1XMLA

Structure of human dcps
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
299
structure length
284
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDMKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFRAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTMTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords heat shock-like protein 1
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 284
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmlA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmlA02
2Q4HA 2H39A 4QEBA 1ST4A 3NRDA 4QDVA 4XBAA 1KPBA 3R6FA 4NDFA 3SP4A 5I2FA 3SPLA 2FITA 1FITA 5EMTA 5CS2A 3WO5A 3I24A 4EGUA 3O1XA 5I2EA 5IPEA 1GUQA 5FITA 6RHNA 3O0MA 1XMMA 4EQHA 1ST0A 4NDGA 3O1ZA 1ZWJA 4NDHA 4NJYA 4INIA 3L7XA 2Q4LA 1EMSA 1AV5A 3N1SA 4ZKLA 1HXPA 4EQEA 4EQGA 3SZQA 4YKLB 5IN3A 3LB5A 1KPFA 3FITA 4NJXA 3TW2A 5IPBA 4INCA 4ZKVA 1RZYA 4FITA 3OHEA 5IPDA 2OIKA 5IPCA 1KPCA 4QDEA 3IMIA 4NK0A 1FHIA 1Y23A 3OJ7A 5ED6A 3SPDA 5BV3A 3O1CA 4NDIA 3ANOA 1Z84A 1VLRA 5RHNA 3OMFA 1GUPA 2EO4A 3KSVA 3BLAA 4RHNA 1XMLA 2FHIA 1KPAA 1KPEA 6FITA 3OXKA 3BL7A 3N1TA 3P0TA 3I4SA 1HXQA 4NJZA 4ZGLA 3RHNA 3QGZA 3BL9A 5ED3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z8CA 3HMOA 4AZWA 4CCUA 2V7OA 4FKGA 4QEBA 3TKIA 3UC3A 4D2SA 2EWAA 5CF4A 4AX8A 1VZOA 3I81A 4BI2A 4QDVA 3PRIA 2KTYA 2C1AA 2OI4X 5M4UA 2QKWB 5HG8A 1OUYA 1YXTA 3PPZA 3U55A 4RA4A 4FTCA 4B7TA 1H0WA 5KHWA 1OPLA 3H0YA 4YPDA 3L8XA 3LXKA 2YA9A 4L3LA 2RG6A 2BILB 3OWPA 5ICPA 2FA2A 5DG5A 3R9RA 2C6KA 3O1XA 2AYPA 1OGUA 4GFOA 5CASA 4ANLA 3OVVA 4RWKA 4HYIA 3LJ2A 3DT1A 2E2BA 4O7LA 2V62A 4RFYA 1BI7A 4MXXA 4F9WA 4EKLA 4NH1A 2J51A 3GC9A 1BUHA 5DR9A 3TDWA 3WZKA 2X7FA 5E8YA 3QRUA 3L8PA 5JFWA 4CFMA 5ETFA 2IW9A 2VGOA 3UIMA 4XP0A 4INIA 3MB7A 3PLSA 4Z7HA 5LCKA 4M13A 5FM2A 3VS5A 4HOKA 3K54A 3QGWA 5KMIA 1PYXA 4QNAA 2VWXA 4TY1A 3VUGA 3F3TA 1YWNA 3QF9A 4FVRA 4AT5A 4MBJA 4ZIMA 2XIYA 3ZHPC 3PJ2A 2O0UA 2W99B 5F1ZA 4K18A 4NKAA 3GEQA 3P4KA 5HNIX 5H8BA 2WQEA 2XP2A 2G15A 4F0GA 3JVSA 4K1BA 4YKLB 4GU6A 4DINA 4E4LA 2GHLA 4ENXA 4O7ZA 3VF8A 1ND4A 4QMNA 4IB1A 4K9YA 4OR5A 2ETRA 4AZTA 2FO0A 2PZPA 3FBVA 5HX8A 3CPBA 2P0CA 4EOMA 2JDTA 1XH8A 1XR1A 4GK4A 5CVHA 4A07A 4FTAA 2OXXA 4YGAA 3KXHA 2HW6A 3Q60A 3SKCA 3UNZA 3KXGA 4DEDA 4AAYA 3NUPA 3F3WA 4H1MA 5JSMA 4FIFA 4FVPA 4FX3A 3H3CA 4HPUE 1YDSE 2GPHA 4ZSLA 2PMLX 5AV0A 3UMXA 3D7TB 2J50A 2WO6A 1YOJA 4FK3A 3W8LA 2JC6A 2OJFE 5IF1A 4J8MA 3KMUA 4R7BA 4S33A 4ARKA 4R3CA 5D10A 3U8WA 3SPDA 3QUEA 3NW7A 4GT4A 3EHAA 2VTQA 3VBWA 2O2UA 3EN4A 4IVDA 5H8GA 4FZAB 3KY2A 2RL5A 4WUNA 2C6DA 2EUFB 2Y4PA 3BYMA 4H3PA 2I7QA 4JIAA 4BCGA 4D1SA 1KWPA 2ITQA 3SOAA 3O7LB 2XEYA 4ZTMA 5C4LA 4MK0A 3GOKA 4I21A 3T3UA 3G15A 4CKIA 4DG2E 3HUCA 5IISA 5DPVA 1CM8A 5CAQA 4DH8A 4USEA 3I7BA 4X2FA 5AFVA 4EWHA 4W4VA 3K5UA 2C3LA 1OL1A 4NK9A 4M3QA 4J8NA 4KIQA 5HCXA 2GDOA 3TNHA 1G8JA 1QMZA 2CMWA 1OBGA 2QC6A 2B4SB 1OL7A 3A7GA 3EKNA 2X2KA 3BHHA 4FMQA 5E1SA 5AA9A 3DLZA 3HRBA 3I7CA 1W82A 3NUAA 3TIZA 3BL9A 5DT0A 5IMXA 5IH5A 3GU5A 3LFNA 3LM5A 4QQ5A 3AMAA 2ZDTA 2JITA 2Y6MA 3O71A 3QL8A 4JI9A 3ZSHA 4DGLC 1VEBA 3KEXA 4F9YA 5DN3A 3A99A 2C5VA 1Z9XA 2HXLA 5FQDC 5C26A 4C3PA 2YCFA 3OROA 4V04A 3R1SA 1STCE 3AD5A 3NEWA 2VD5A 3GXLA 5I2FA 3DBCA 3MFTA 5AM7A 3L9NA 3HMNA 4CT2A 4I5CA 5CU4A 5IEVA 3SGCA 2O8YA 4RMZA 4CFVA 4QP2A 4E20A 3BU3A 3UO6A 4IACA 5CSHA 4DFLA 3RK7A 4BDKA 1V1KA 3WF8A 4RWIA 3ZO4A 4F70A 2J0LA 5IEXA 5HNBA 2R3RA 3WOWA 5A54A 3REPA 2DUVA 2R5TA 2HY81 4OT6A 2UW9A 4L7SA 4I6QA 4Q9SA 5CF5A 4FV4A 4TWPA 4Y95A 4O7SA 4U3YA 3GU6A 1APME 3WARA 5HU9A 3DTCA 1ZWJA 5HORA 1JBPE 3DZOA 2A4LA 4ACGA 5DFPA 3ODYX 5GJGA 5FXSA 3D94A 3R30A 3P7AA 4FG9A 2NRUA 2I1MA 4E4XA 5LXMA 2OFUA 3KFAA 4G17A 3N1SA 4RPVA 3BPRA 4Q5HA 3IW6A 4TZRA 4CMOA 4L8MA 4BDHA 2IVTA 1Y91A 4TNBA 4AFEA 2W9FB 4L68A 2PHKA 2PVRA 2C5OA 4IX5A 3UODA 3ZRLA 3UQCA 1XJDA 2YWVA 4KRDA 2XBAA 4H3QA 2ZJWA 2PY3A 1QPDA 3DBEA 3MVMA 1HOWA 5L6OA 3LHJA 4QPSA 4QYYA 1JOWB 4BJJB 3RCDA 4E8AA 3ZO1A 2Y4IB 3P5KA 4WG4A 2UVYA 4FOCA 1QPEA 3ALNA 2XRWA 3HKOA 5DH3A 4ZSJA 2VTTA 3ALOA 5EOLA 5IPBA 1YI4A 4E6QA 4CRSA 3GCPA 2ITVA 3P9JA 5CSWA 4H39A 1GIHA 1P14A 2Z7SA 1OITA 4FIIA 4C58A 1REJA 4GIIA 5FM3A 1XBCA 5KE0A 3RJCA 3FPMA 1H01A 4S32A 1W8CA 1PXNA 2CCHA 5IPCA 4QDEA 2OGVA 4P90A 1JPAA 2QO2A 2PMNX 1OIYA 4FT3A 2ACXA 1PMUA 4ZOGA 4I20A 3TTJA 4TPTA 3UDBA 4AZEA 4FZDB 3WYYA 4NK0A 2HZNA 3NGAA 2BIKB 3Q32A 2WGJA 1VYWA 1WBNA 3PUPA 3QZHA 1ZYJA 4LMNA 4IHPA 2XB7A 4LGGA 2OG8A 4C61A 4EEVA 2WOUA 1Q24A 4OTRA 2E9VA 3ZZWA 3BIZA 1PXKA 4BDIA 5DT4A 4RJ8A 3JPVA 2UW5A 1M2PA 4YU2A 2OIDA 5ACBC 4KAOA 4D55A 3GQIA 3CXWA 3VS2A 1JQHA 1OMWA 2VGPA 4QO9A 3V6RA 4AWIA 3GP0A 5J9YA 4L3PA 4FK6A 3QHRA 2QKRA 4RWLA 1VYZA 3UJGA 3NVKI 2RFSA 4KD1A 5M55A 4APPA 3N1TA 5A46A 3WE4A 1RJBA 3MPMA 2V55A 3QQKA 3DDPA 5ETIA 3NYXA 2YJRA 4TRLA 3ET7A 3C0HA 1BI8A 4QQCA 5AA8A 2JDSA 1L3RE 1W0XC 5HESA 1JNKA 3MVLA 4FODA 3I0OA 1OKZA 3QC9A 4ITHA 5BNJA 3G90X 4PDOA 3D14A 1LPUA 3LFDA 4QT1A 5CI6A 2EXCX 1LEWA 4G9CA 5A3XA 3KVXA 4EH9A 1J1CA 3CD3A 4EZ5A 5A4LA 1WVWA 5K5XA 3AQVA 1CDKA 5DI1A 1UNLA 1XBAA 3F5UA 3L9PA 1K2PA 4ZJJA 1Z5MA 2XYUA 3ZRKA 3GC8A 2WTKB 4CG8A 3PWDA 2XK6A 3H10A 4WHZA 2CN5A 3LQ3A 3V6SA 1W84A 3NUNA 4ZZNA 3OD6X 4E6AA 4BRXA 3TEIA 3CQUA 2GNHA 2VNYA 2B54A 2WQBA 4FEWA 3MH2A 2E9NA 2VTOA 4WBBB 3ZMMA 4EL9A 1RE8A 1A48A 4NDHA 2PE2A 2UV2A 3CJFA 4P4CA 4J96A 3COHA 2Q4LA 4EZ3A 3UZTA 1OIUA 5HE3A 3R8ZA 3BWJA 4DEGA 4ERKA 1FVVA 4RJ4A 2OJIA 4HCUA 1XKKA 4G5JA 4L52A 2ZFYA 2Y8OA 4UWBA 4JLCA 5KO1A 3NAXA 3QA8A 4FNXA 4YSMA 4IEBA 5I9YA 2VAGA 2YFXA 3LVPA 4OTQA 4QMMA 2OIBA 4LOPA 2C6IA 4M69B 4CV8A 4E93A 1KV1A 3MIAA 4XP3A 3HGKA 5K9IA 2HXQA 3HNGA 3VS7A 4G6NA 1O6LA 2W1GA 3O96A 2C6EA 3DNEA 4CCBA 2QVSE 4JBPA 4GSBA 4F0IA 3JR1A 2OZAA 4W8EA 3TM0A 3FI4A 2W1EA 3DTWA 3NYOA 4EHVA 4RIOA 4EI4A 5C8MA 4NJXA 3DA6A 1H08A 1OL2A 2QU5A 4X2NA 3LMHA 3OW4A 5GIPE 4FEQA 2DYLA 3QTQA 4X21A 4ZKVA 2GNFA 3DB8A 4D4YA 5CANA 4C4IA 2JGZA 4RLLA 3K2LA 3GCSA 1Q3WA 4WNMA 3IW4A 2VTAA 3C4CA 3QA0A 4DHFA 1SM2A 4G3FA 4EH3A 5HE2A 3RCJA 4XV1A 4OGRA 2JAMA 1MQBA 2QOBA 2J7TA 5ANGA 3C1XA 3EFJA 4CSVA 4KBKA 5I5ZA 2HOGA 3FLYA 4C4JA 4LL5A 4LRKA 1URWA 2I0YA 1V0OA 3DXQA 3GFWA 3ROCA 5LVPA 5B0XA 4PMPA 1UVRA 4M15A 4O0XA 3FLZA 4GFMA 4HCTA 1WBTA 2GNIA 4IVAA 1LUFA 3WF6A 5EYCA 2OXDA 4D28A 1Q8TA 4YZBA 2Y9QA 3F3UA 3E88A 5ITAA 5BUEA 4RJ3A 3HV7A 1FVRA 1H1RA 3PIXA 3RK9A 3RNIA 1ZWSA 2GHMA 3DQWA 2GQRA 4QMOA 4F1TA 2F2UA 4TWCA 2BIYA 4OBQA 2WKMA 3AT2A 3FUPA 4JQEA 1Y8GA 4HZRA 3CY2A 1ZZ2A 4NJZA 3QGZA 3NSZA 4QNYA 4EK6A 3FV8A 4U44A 2WTWA 5GIOE 2XIXA 3PXKA 4BYIA 1ZXEA 3C9WA 3TNWA 5B2MA 3ZM4A 1GZKA 4F7NA 4K33A 4S31A 2EU9A 1YDRE 4AA0A 3DOGA 3PVUA 2UW6A 2Q4HA 2W1IA 3NYVA 1DAYA 5IZFA 3FY2A 3SG9A 3NZ0A 2RFNA 4I0RA 4PF4A 2BZHB 3SXFA 5A6NA 4QYFA 4FEVA 4IAKA 2NYAA 3G2FA 3N4VA 4JIKA 2WMTA 4EUUA 3RPOA 1FITA 4OBPA 5IQDA 5AAGA 2BPMA 3ACKA 3GNIB 4J97A 1H26A 3D5XA 3HUBA 2C5XA 5AP2A 3VBYA 4F6UA 3OTVA 1OIQA 1MQ4A 3HMPA 4FICA 4ZY4A 4W8DA 3VW8A 3ZONA 2QLUA 3TV4A 2X7GA 4LUEA 1PMNA 3WZJA 3CTQA 3PA3A 1PKDA 2PE1A 1FMOE 4JBVA 4JBOA 2RKUA 4U0IA 3W0MA 4ZY5A 4G3EA 4NM3A 4IW0A 4AACA 4USFA 4L42A 3EN7A 5FTGA 2J0IA 4MXOA 4O0VA 2PYWA 2OJGA 4H58A 3TUCA 1PJKA 2YCRA 4I5MA 4MX9A 3THBA 3QX2A 3QHWA 4LQMA 2VO7A 5LQFA 3QD3A 2R3IA 5CU6A 3AD4A 3KK9A 4EH4A 3QQHA 1SZMA 2C6OA 4F99A 1ZY4A 2R3OA 3A4PA 3KMWA 5CEQA 5IDPA 2VTLA 4I93A 2B7AA 3A8XA 3R7UA 5CYIA 3RTPA 2R3GA 4FG7A 3W0NA 5JGAA 1JKLA 4QP6A 3UOKA 2XALA 3HV5A 3AKJA 3PDTA 4CLIA 3TDVA 1MUOA 4YZ9A 3RZBA 4EOOA 4U3ZA 3EN5A 3QBNA 4C4HA 3C5IA 3LM0A 4J1RA 1L9VA 3EQHA 4GK2A 4IC7A 3ERKA 4XG4A 4YBJA 3K3IA 2YERA 3NNVA 3PUFC 4Y5HA 4BI1A 2E9OA 3LCOA 5H3QA 4AGUA 3QRKA 1XHAA 4YPSA 4ZTHA 3W8QA 4D9UA 3WZEA 4FZFB 4KKEA 4XG7A 3W2SA 5HTBA 4HYUA 2AEGA 2B9FA 4LI5A 4HVIA 5FP6A 2WAJA 3UVRA 3RINA 1Y23A 5EDRA 1UKIA 4YLKA 4GMYA 1J1BA 3TMOA 5RHNA 3UBDA 2WU6A 3FKNA 2QOHA 1H8FA 4FKJA 3CCNA 3TYKA 4CTCA 2R7PA 3B8QA 2F4JA 5AIKA 3HLLA 4IX4A 4AAAA 4BCHA 2UW0A 4BHZA 3UYSA 3R1YA 2CGUA 2QU6A 3G9LX 1WMKA 4L6QA 3W2RA 4DLIA 5FD2A 4O7RA 3LXPA 3SD0A 2PULA 5HVYA 1KE8A 3QTZA 3PPJA 4A7CA 3MV5A 4FIJA 4IVCA 5DRBA 5FRIA 4YC8A 1E1VA 5CU3A 2X7OA 4FA2A 5AAEA 4C7TA 4TYEA 1HXQA 2WMUA 3FHRA 4JT3A 3VRZA 1OVEA 4BY9E 3PXYA 4CD0A 3IDPA 1ZYCA 1KE5A 4IB0A 3AC2A 4NU1A 1G5SA 4O0WA 4XJ0A 3MFRA 3OW3A 4IZ5A 5DIAA 3TJCA 1H25A 2PVFA 5LVMA 4YZMA 4Q5EA 1YKRA 3GCVA 3OEFX 2E9UA 4I5WA 4HVGA 5HIBA 3IGOA 3QCYA 1TQIA 4ITJA 2VX1A 3FLSA 2IG7A 2J0KA 4F0FA 2XJ1A 3PG1A 5I0BA 3HA6A 3HDNA 1V0PA 3EYGA 5CT7A 4GKIA 3QD4A 4EGUA 2AUHA 3WILA 4R6VA 4DH3A 3QTXA 3ORTA 3UIUA 3FYJX 2PWLA 4BZDA 4FV6A 4EOKA 2REIA 2HW7A 5M4CA 3BLRA 3DQXA 3F2RA 4XG2A 3W55A 4C3FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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