1XMLA

Structure of human dcps
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
299
structure length
284
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDMKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFRAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTMTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords heat shock-like protein 1
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 284
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmlA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmlA02
5I2EA 4EGUA 3N1SA 3O0MA 1VLRA 4NDHA 4NDGA 3P0TA 1KPEA 4INCA 3BL9A 3LB5A 3OJ7A 3RHNA 4ZGLA 3KSVA 2EO4A 4RHNA 1XMMA 4NDFA 3OXKA 1XMLA 1ST0A 1HXPA 1FITA 3BLAA 1HXQA 3QGZA 1KPBA 1AV5A 2Q4HA 2FHIA 4XBAA 1GUQA 1KPFA 1GUPA 3L7XA 4FITA 4ZKVA 5BV3A 5FITA 4ZKLA 5EMTA 4QDEA 1ST4A 5CS2A 6FITA 1RZYA 2OIKA 4EQHA 1KPAA 4NJYA 3FITA 3SPLA 3WO5A 3O1CA 3ANOA 4EQGA 4QDVA 1FHIA 5IPCA 3TW2A 2FITA 5ED6A 3O1XA 3NRDA 3SPDA 4NDIA 1EMSA 5IPDA 3I4SA 4YKLB 4INIA 4NK0A 3I24A 3O1ZA 3N1TA 5I2FA 3BL7A 5IN3A 5IPEA 1KPCA 1ZWJA 2Q4LA 5ED3A 3R6FA 5IPBA 3OHEA 3SZQA 4QEBA 6RHNA 4EQEA 1Y23A 2H39A 3OMFA 3SP4A 3IMIA 5RHNA 4NJZA 1Z84A 4NJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E9NA 4AG8A 2BRHA 4E26A 1Q8YA 5IDNA 3DB6A 1FMOE 1Q8ZA 2CMWA 5F20A 3T9TA 3BWJA 4GK3A 3VHEA 4NDGA 3DFCB 3FZPA 3QRTA 3UNZA 4D1XA 1SYKA 1I09A 3PJ3A 4FT5A 3ENHA 5A54A 3Q9ZA 4HYSA 3GCVA 4A9SA 3KSVA 3OW4A 2PVRA 4Z16A 2QI8A 1OL1A 2ZV7A 3OCGA 1JQHA 1XMMA 2C4GA 4OW8A 5HG9A 5JGDA 2WTIA 4KB8A 3V5LA 3OXKA 3I7CA 3P5KA 3MTFA 3PRIA 3QKKA 3TZMA 2OF4A 3FYJX 5L6OA 3DKCA 2WTCA 4TNDA 4WIHA 4RJ6A 3C0GA 5E90A 3UZPA 4BDIA 3LCKA 3BLAA 1G8KA 3R04A 4ZTSA 4YURA 3QHRA 3QTXA 2W99B 4IIRA 2W5AA 4RA4A 4CKJA 4EJNA 3E88A 1R78A 1H1WA 2HW6A 1S9JA 3EN7A 5DOSA 5HESA 3W2CA 3ZFMA 4BN1A 4FEXA 4IX6A 4GKIA 2GNGA 4MXCA 4QP3A 3ZLSA 2VN9A 5BVFA 4QQCA 2ZFYA 4Y46A 3W2QA 4C02A 4AOJA 4OTDA 4J8NA 5EH0A 3K5VA 3TNIA 4D4SA 5AP1A 4EOOA 5K5XA 4FNWA 2HZ4A 4RX7A 4RC2A 3BGQA 4F4PA 4G9RA 3OXTA 4FOBA 3GUBA 5TOZA 4J8MA 4OUCA 3C50A 4FKRA 4ZLOA 2B9IA 4ZSLA 3R2BA 3IOKA 4FEWA 3IO7A 4G16A 2CNQA 4OTFA 5CAVA 4AGWA 3BZ3A 4FITA 4UZDA 2WOTA 3AC4A 2YM7A 4ITIA 4C61A 2BR1A 1V0PA 2J5FA 5IQBA 5D10A 2ERKA 4KBAA 4ZY6A 4EC9A 2X1NA 2Y0AA 4AT5A 5AMNA 3KXZA 4EH5A 2X8IA 3L9NA 3AOXA 2A1AB 3LFDA 5M56A 1PKGA 3COHA 3I0QA 3WF8A 5IEVA 1T45A 3DNEA 4YJPA 1RW8A 4XG9A 2XIKA 2XK9A 3ACJA 4I24A 2IVTA 5HE3A 3MVLA 5CAOA 5ED6A 3Q4CA 3FI3A 4E5AX 3SPDA 5HNBA 2O64A 2VTPA 2UUEA 4AGDA 5IPJA 2R3QA 4O0XA 1FGKA 4YKLB 4E4MA 2VWXA 4XLVA 3ZDIA 1J7UA 2F49A 4QO9A 4QMYA 4X6QC 5EYCA 3WF9A 5IQCA 4F1TA 2CHLA 5ANKA 4Z3VA 3DB8A 5CAUA 4LRMA 3FHIA 4DHZA 2GPHA 2XYNA 4FKWA 4FT0A 5LXMA 1YXTA 3JYAA 2PU8A 2PZ5A 4YNEA 5E7RA 4E7WA 2P33A 3WF6A 4F78A 3ALNA 2H9VA 3MY1A 2J51A 5AM6A 5CAPA 4E4NA 2IVVA 3OWJA 4FZ7A 3EQFA 3VS4A 4CFFA 4DT9A 4LDTA 5M09A 4RFMA 2CKQA 1OZ1A 3OT8A 3PDTA 4XV9A 1L9VA 3A2CA 3ORZA 4NTTA 3R9RA 3NVMB 4GMYA 5KUPA 4X3FA 5C8KA 2JDSA 2YM5A 4FZFB 2W4OA 3ZC5A 4DH1A 4OTHA 3NUPA 5LQFA 2X7GA 4WNKA 4G5PA 4I6FA 1UNLA 2IPXA 2O3PA 3EN6A 4O7WA 4PDOA 4QMSA 2R3RA 4G3GA 4IC8A 2ZM3A 3QCQA 4IEBA 4LL0A 4EHGA 2UVZA 3IDPA 3UE4A 2UW8A 3FQSA 3EL7A 2OJJA 5IA3A 3DTCA 2PTKA 2BIYA 2OKRA 2WMXA 4F0IA 5JFVA 5GIOE 2UZOA 3LFQA 2CN8A 5AV3A 3TV7A 2XIXA 2BHEA 3LFFA 4F09A 5CTPA 2PZPA 4I4EA 4FVRA 4IAFA 5AP0A 3THBA 2UW0A 4GCJA 4EQMA 1ZOGA 4FIFA 2QQ7A 4H58A 4RSSA 5D41A 4DG3E 2YDIA 4Q9SA 4YJVA 3BYMA 4F0GA 5IG1A 2G01A 4RZWA 3TWJA 4IX5A 3E3PA 3EFJA 3EN4A 3K2LA 1HCKA 5CZHA 4XRJA 5EM7A 1MUOA 4KIOA 4X3FB 3HLLA 3IGGA 4HCTA 4RFYA 5BQ0A 3QZFA 4YC8A 4YJQA 1SM2A 5HVYA 1FVTA 3HDNA 2J6MA 4HGEA 4GIIA 2R7CA 4P5QA 2CCHA 3KL8A 4JT3A 1KV1A 5HLPA 3A7FA 3AC2A 1ZWSA 1REKA 3BEGA 4TT7A 5EQEA 3QRIA 3D2KA 2C68A 3AMAA 3I5ZA 4LRJA 3RPOA 4QMQA 3CEKA 3DBFA 4I6QA 3Q53A 2ZJWA 3GI3A 2QR7A 5CEQA 1H08A 3UDTA 2YIXA 2JBPA 2XIZA 3CTQA 5EQPA 5IUIA 2IW9A 3PJ8A 4FKUA 4O7VA 3LQ3A 3QD4A 5CEPA 3AT2A 3D83A 3N9XA 3QXPA 3QZIA 3VAPA 2Z2WA 3CPBA 2IVSA 2P55A 1U4DA 5BVKA 3HNGA 5J87A 3QKMA 5LOHA 4NJ3A 2C6LA 3ET7A 1YQJA 5CVFA 3P0MA 3UTOA 5ITAA 2KULA 3PUPA 1NA7A 2I7QA 3R22A 3EZRA 3MPTA 4FICA 3OEZA 4OLIA 1LPUA 1LR4A 4P2KA 4PMMA 4MAOA 3F7WA 3QA8A 3AMBA 5IMEA 3KN6A 2YCRA 5H3QA 1XKKA 3FZTA 4IVAA 5JZNA 5E1SA 2IVUA 2GNLA 3R7EA 4ZZOA 3LXPA 1KPCA 2R2PA 4MUQA 4EWHA 3BI6A 4DEEA 2X9EA 5ACKA 3VQHA 3PY3A 2ITOA 4NM3A 4X3FC 4ZTRA 6RHNA 4ZEGA 4GS6A 4V0GA 3MV5A 4ZJIA 2E9UA 4FKOA 1I44A 3LCTA 1IA8A 4LFIA 3AC5A 5CXHA 5EOLA 2ESMA 3EFWA 2V0DA 2XARA 3BV3A 2PE1A 4PP9A 4X2FA 3UO4A 3G6HA 3L8PA 3WZJA 1Y6BA 1ND4A 4MYGA 4OR5A 4AFEA 5T3QA 4HPUE 2I40A 1PXIA 3FYKX 5ETAA 2OBJA 1G8SA 4TYGA 3BBTB 4FSWA 5BYZA 1QPJA 4CMUA 1YOLA 4C0TA 1H26A 3NYXA 2WTVA 3I4BA 5KMMA 3ORNA 4U45A 3BU6A 2FUMA 4QMMA 1XH4A 3PP0A 2WMVA 2PULA 3LFNA 3MI9A 4WOVA 4CG9A 2J0JA 2BZHB 1VLRA 2PZIA 3CLYA 4DFYA 5I9XA 5M4IA 4IX4A 4J95A 4BCPA 2ITXA 4FEQA 5JQ5A 3S1HA 4UWCA 3CS9A 3K5UA 4AA0A 5AV4A 3MH0A 3S0OA 4O0SA 4L3JA 3F3TA 3MTLA 3SXSA 3S3IA 1BLXA 4MKCA 1YHWA 1YI6A 2I0YA 4YZBA 2EO4A 1ZARA 5KMOA 3FJQE 2C30A 4U3YA 3IK3A 3BHTA 1MQBA 5KHWA 3NYVA 2GNIA 3C7QA 3TKHA 5DEYA 3NNVA 3L9PA 2EXMA 3O50A 2J4ZA 3PY0A 4C3RA 2WEVA 3KREA 3MB7A 4C38A 4Z7GA 4V0GB 1HXPA 5E91A 2WO6A 1HXQA 3P23A 3G51A 1PXMA 1W83A 4I21A 5IA4A 1WBWA 2XEZA 5AAEA 3L1SA 5HD4A 3LXNA 3FPMA 3C0IA 1E1VA 3NIEA 2X9FA 1XBAA 2VTMA 3UIMA 4FIIA 3MB6A 4FOCA 2RFEA 4CCUA 3JUHA 5AIRA 1GZNA 3OF0A 5FM2A 1J3HA 3C9WA 4HYHA 3ZRLA 3UP2A 4HYUA 2WQMA 5HO7A 4GW8A 4AN2A 2Z7SA 4DFNA 3A8WA 5E8WA 3TKIA 5CYIA 1ZZLA 1BI8A 1DS5A 3R1QA 4FTUA 4AA5A 4W8DA 5AP2A 3V01A 5EI2A 5B2KA 5A4QA 3OUKA 3RNYA 2OH4A 4TY1A 2OGVA 3B2WA 4I23A 2BRNA 4O7TA 5C4KA 3AGLA 5CF8A 2CNVA 2H96A 3R73A 3GFEA 5CZIA 3TUBA 4HCVA 3KVXA 4MHAA 4ORKA 3IDBA 4QTCA 2X81A 3FI8A 4BKJA 3VUIA 5D11A 4G31A 4C4FA 4PTCA 4QMZA 4UN0C 3MFUA 4QYEA 4GUBA 4DFBA 3CCNA 3ZBFA 3LFSA 3T8OA 3W0PA 4Z7HA 3UC4A 1Q8UA 5FTQA 4ANMA 2HWPA 3ZH8A 4YZNA 5ANEA 2YAKA 2CKPA 5K5NA 5LJJA 4EYMA 2W1DA 3O8TA 2P3GX 3QTUA 1O6YA 1RQQA 1YHVA 4EOQA 2YA9A 5FLFA 4CXAA 3FXWA 4LOOA 2G9XA 3EQBA 4ACCA 3W0NA 5IN3A 2JITA 4IVCA 1H07A 2Q4LA 4YC3A 5H8BA 5HE0A 2VGOA 4BR3A 1BMKA 3ZLWA 3P79A 3EN9A 3KRWA 4G2FA 2JLDA 3OY1A 2C6MA 2P2HA 3A60A 4ZS4A 5LMKC 3GOKA 2R3MA 2CCIA 5DWRA 2WZJA 4QMPA 3R7UA 3SP4A 1JSVA 3HZTA 4XP2A 5GIPE 3U87A 5RHNA 1XBBA 4J99A 5DNRA 2GTMA 1NVRA 4AT4A 3NDMA 4HYIA 4BCJA 3ZEPA 2A0CX 4FL2A 5HIBA 2VTJA 5CSHA 4QP9A 3OC1A 3LLAA 4IAYA 3AC1A 3ALOA 4F7JA 3R0TA 3SXRA 4FSNA 3CD8A 4OT5A 2YCSA 1B38A 4QYYA 4ZZNA 3QXOA 4C62A 2QC6A 1WVWA 3FZ1A 4QTDA 5K4IA 3ROCA 5L3AA 1PXPA 1YDRE 3EOCA 4KKEA 3KK9A 3TTIA 2YFXA 3K3IA 2FSLX 3VS0A 3CIKA 3ZLYA 4IWQA 4RPVA 2YACA 4EK3A 4FC0A 2QOKA 5FQDC 5BUIA 3UZTA 1BL6A 3RKBA 5BUJA 3IONA 4K11A 3FLWA 2R3KA 2HW7A 5CU3A 3BYUA 3TIZA 1SNUA 5FGKA 1KPFA 2XS0A 5HLNA 4JVGA 3LFEA 4ZKVA 1T46A 2C6TA 2OIQA 3PLSA 4F08A 4JL9A 3L8XA 4JNWA 4ZKLA 4I6LA 4YP8A 3MBLA 3R83A 3DQWA 4JJRA 5L2IA 4U97A 4YZDA 4IQ6A 3OZ6A 2PZRA 4M12A 5M55A 4YTCA 4TNBA 2YIYA 3BLRA 4KRDA 5KKRB 3QD0A 5KHXA 4GKHA 4MNFA 4PNKA 1SVEA 2F9GA 3C5UA 3OWPA 4GK4A 5EHLA 5FG8A 1KPAA 3CPCA 2PE2A 4MXXA 2Y8OA 3UO6A 5AWMA 3ETAA 3ZO4A 3ZOSA 4ZK5A 1PXKA 2XNOA 4I0TA 4MTAA 1PXLA 1UU9A 4BIEA 4I5VA 5B7VA 1JVPP 4G6NA 4YJNA 1URWA 3HV3A 4F9CA 3QU0A 3VJOA 3A4OX 1SVHA 4YMJA 5TR6A 4B7TA 3T3VA 5HU9A 3FMJA 3KY2A 5IUHA 3ZO1A 4Y5HA 4F64A 3W18A 2WQOA 2C6EA 4EQGA 4QP4A 2ONLC 3TJCA 1FHIA 2QO2A 4DBXA 1ZY5A 2A4LA 3DZQA 4JDKA 4JR7A 4E5BA 3P78A 4BDKA 2WMRA 1KUTA 4TYIA 1WFCA 3AGMA 4U44A 4GT3A 3SC1A 3FQHA 2J50A 4PDYA 3VONA 3DV3A 5LVPA 4QTEA 2W5HA 3QUEA 3VUMA 3R21A 4E73A 5AAGA 4GT5A 4BRXA 3RWQA 3NX8A 3UP7A 1ZWJA 5CANA 4QMLA 3DKOA 5BVOA 4I5HA 4L9IA 3I1AA 3PXQA 5H8EA 4ANBA 1H1RA 1MP8A 3FZOA 4C3FA 3R28A 3VF9A 5AUTA 5J9LA 3KULA 4L3PA 2I0EA 3OWKA 3ATSA 3FMMA 5CSVA 4AS0A 4AX8A 4I94A 4R77A 2HYYA 4R3RA 3H9RA 5BYYA 3AXWA 2VTLA 3NAXA 3EQGA 3UYTA 4ACDA 4IZYA 4M8TA 4USDA 3S95A 4I41A 4C4IA 4ACMA 5DT4A 3VRZA 1WZYA 5DLSA 3QC4A 2GFSA 3HV6A 4ZSJA 2AEGA 3RZBA 2VU3A 1UVRA 4B4LA 3BWFA 4IFCA 2EU9A 1NVQA 3QX4A 2WMAA 3QRUA 1PRYA 4MBJA 4U43A 1AGWA 2VWUA 1L3RE 1OGYA 2XEYA 3KMWA 3FMDA 1ZYSA 3O7LB 1YWRA 3BHVA 3CC6A 4S33A 2VTTA 3A62A 1PHKA 3KCFA 3KMUA 5CU4A 5FEQA 1FOTA 3OBJA 5EK7A 3ORLA 4FKLA 3A4PA 2BFYA 1JBPE 3OXIA 5HI2A 3BYVA 3RK5A 5E8YA 2BRGA 3IECA 3SRVA 3F66A 3TMOA 2YWPA 5L2WA 1ZMWA 2BUJA 3KULB 2F7XE 3WZDA 3GCPA 4F1MA 4WG4A 5JFWA 2OIBA 3QGZA 3MVHA 3PRFA 4FBXA 4OBOA 3FQEA 3ORIA 3NR9A 2QG5A 5CEOA 4OTQA 4F0FA 2BAKA 3S4QA 1GUPA 2OZAA 4HVHA 4NFNA 5LWMA 3FLZA 5BV3A 2XIRA 3EYGA 3NLBA 3NUAA 1CM8A 1J7IA 1QL6A 4NIFB 4D5HA 4XP3A 3BBWA 2J0LA 2W1HA 4EBWA 4BCQA 2JIIA 3F5XA 4GJ3A 4JG8A 2HY0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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