1XMLA

Structure of human dcps
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
299
structure length
284
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDMKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFRAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTMTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords heat shock-like protein 1
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 284
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmlA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmlA02
3I24A 5FITA 5IPDA 3OMFA 3ANOA 1AV5A 4FITA 4INIA 5IN3A 4NDFA 4EQGA 1KPBA 1FITA 1KPFA 4RHNA 3R6FA 1ST0A 3QGZA 2FITA 4XBAA 4QDVA 3RHNA 4NJXA 3O0MA 3BLAA 1KPCA 3FITA 1GUQA 3OHEA 3I4SA 2Q4LA 3NRDA 1ZWJA 2FHIA 3OJ7A 5EMTA 3KSVA 5IPBA 1RZYA 4EQEA 3SPDA 1Y23A 3TW2A 3L7XA 4NJYA 1ST4A 3IMIA 4EQHA 2H39A 4QDEA 1VLRA 4ZGLA 5CS2A 5I2FA 3SPLA 3N1TA 1KPEA 3O1CA 3WO5A 1EMSA 5BV3A 3P0TA 3SP4A 1GUPA 2Q4HA 4NJZA 5IPCA 5I2EA 1FHIA 5ED6A 3LB5A 4NK0A 4ZKLA 6RHNA 4NDGA 3O1XA 4NDHA 4NDIA 1XMMA 3OXKA 1KPAA 3N1SA 4EGUA 5IPEA 4QEBA 2EO4A 2OIKA 4ZKVA 3BL7A 3SZQA 1Z84A 1XMLA 4INCA 3BL9A 1HXPA 5RHNA 4YKLB 6FITA 3O1ZA 1HXQA 5ED3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AUTA 4U79A 3ZLWA 2YCQA 4WKQA 4Y83A 5FM3A 3NUNA 4G1WA 2Y4PA 3O8UA 4X0MA 5EDQA 3UE4A 3PXRA 1J7UA 2X81A 4FGRA 3GB2A 2P2IA 3A7GA 2VAGA 2YN8A 4FV3A 3DAKA 4IM3A 2UZTA 3RPVA 1DI8A 3KULA 4CKRA 2QOKA 5CZIA 5D1JA 4YR8A 5J9LA 4J95A 3DBEA 4M0YA 3Q5ZA 4ERWA 4N6YA 4DN5A 1OIYA 4KINA 5FQDC 4L67A 1ZYCA 3D94A 4O7NA 4TYHB 4AAYA 5E9EA 1QCFA 4L6QA 3Q4UA 4FVPA 3LFBA 4TRLA 4KWPA 2QLQA 3NWWA 3SG9A 4YZ9A 5HX6A 3SVVA 2BMCA 3BEAA 3A7HA 2XNMA 4ANBA 3OCGA 2FH9A 2CSNA 3VBWA 3FYKX 4XV2A 4BDEA 2XEYA 4U80A 3LJ1A 1BI7A 3PUPA 5CEQA 4QT1A 3HDMA 5FTOA 4EK6A 4P5QA 3EYHA 4PMMA 4OLIA 2IZRA 5M07A 2OZAB 1OBDA 2XP2A 2VX1A 2OBJA 2OW3A 3CXWA 4BCMA 4C2VA 1R3CA 4E6DA 2AYPA 4KIPA 3V5PA 3KVXA 3HV6A 3WBLA 4FK3A 5AFVA 3PXKA 2XNBA 2GHMA 4GG5A 5DT4A 3OWLA 5A4QA 5AIKA 5T3QA 3WE4A 1A06A 4GCJA 4MUQA 2WB8A 4EUTA 3TNWA 1P4FA 3FI3A 5AP0A 5IU2A 4P7EA 1DM2A 2WMSA 3TEIA 1XH6A 3QA0A 3TNPC 4DFLA 3P08A 2JFMA 3A99A 1UU9A 2NPQA 1M2QA 3S1HA 2W96B 4WNKA 4X3FA 2J0LA 2BAQA 1Q8TA 2JKKA 3OBJA 3LJ0A 2H34A 3TI1A 2W1IA 3Q2JA 4FIFA 4R1YA 4S32A 5J7HA 2AUHA 4BTMA 3RPRA 4H1JA 3V5LA 3FZRA 2C5NA 2QODA 2XKFA 3C5IA 4CVAA 5K5XA 3SRVB 2Y4IB 4RIWB 2OJGA 5J1WA 4G31A 4DEIA 3UPZA 5IDNA 1U54B 3BU5A 4I5MA 3KMMA 3OWPA 2HWPA 1IASA 2OI4X 2R3RA 3PPJA 1FQ1B 1J7LA 2R0UA 3KREA 4LMUA 4AF3A 1BI8A 2X7OA 3W0SA 3NFFB 5CNOA 1XH9A 4W4XA 4CT2A 3DJ5A 3HYHA 3QQGA 4FKGA 4WUAA 2CLXA 3G51A 3U9CA 1J3HA 2H96A 2W0JA 3E62A 3I4BA 5E1EA 4EHZA 3PVUA 3ORIA 1XBAA 4U0IA 5FXRA 5EOLA 5HKMA 1UKHA 2YABA 3QQJA 2CLQA 2PUUA 3ZHPC 4ASZA 1L9VA 4ZKVA 4INCA 2V22A 2YDJA 1P2AA 3QQFA 3R83A 4CZTA 2YDIA 4AZEA 4MHAA 2WGJA 4BCGA 5LMAA 4F1OA 1UV5A 4FJVA 4ZTSA 2PVMA 4BCHA 1LPUA 5AV4A 5FITA 3MVMA 3UIXA 4HYHA 3RZBA 5L3AA 4C02A 4LGHA 2B54A 1OVEA 4BDGA 4M13A 3KA0A 5D7VA 3W2PA 2OIBA 2R3HA 4IFGA 3OW4A 4O83A 4BR3A 1V0PA 5EK7A 3IPHA 3GQLA 2C3KA 2W7XA 2RFNA 3PXQA 5DA3A 2QOBA 3UOKA 4RWLA 3VBXA 3DTCA 3W0OA 4CNHA 4A4XA 2WO6A 4NKAA 1GOLA 4ZTQA 4EOIA 4BIBA 4YURA 5EM7A 4V0GB 4NJXA 2HOGA 3DLSA 1MRYA 5H8BA 4YZBA 3LIJA 5CLPA 4M15A 4DFYA 4RMZA 4BBEA 4D1SA 4DBXA 5I9ZA 4IB5A 2VUWA 3FLWA 4IANA 4R77A 5HE1A 3VS6A 4DGGA 5IA4A 4C4IA 4LUEA 2XKCA 3EWHA 4DLIA 5CU0A 4F09A 5CQWA 2ITVA 3EFLA 4X2GA 3W8LA 5C8KA 1SZMA 4FEQA 2A2AA 3GU8A 4JLCA 1Y8GA 3PFYA 4EUUA 4JXFA 3JR1A 4TT7A 3TJDA 5EYKA 5L8KA 1PJKA 2YHVA 3AT4A 4WG4A 2GNIA 3R9HA 3DK3A 1H26A 4IE9A 4R78A 4MXCA 2WTDA 5HGIA 2O5KA 1YHWA 3PJ3A 2W9FB 3PJ2A 3MN3A 3GENA 1V0OA 2BZHB 1Q8UA 3EQIA 3U51A 3I7BA 3FQSA 3PDTA 1TQMA 4O2ZA 3VS5A 4I23A 4J53A 3L9PA 1B6CB 2HZNA 4UX9A 5CF6A 3R04A 5HESA 4F4PA 3BHTA 1OPLA 2FSOX 5HO8A 2YITA 4NM5A 2Y6MA 2Z60A 4IM0A 4BDIA 4YPSA 3VS4A 4F6WA 4GK4A 3H4JA 2ITXA 4C61A 3FPMA 3H0YA 2R4BA 3DQXA 4QYYA 3AMYA 3KEXA 1PXKA 3MW1A 4GH2A 4HVHA 3O1CA 2WMWA 5BMMA 4A9YA 1UNLA 3OHTA 2Q4HA 3SOAA 4IBMA 2PE2A 3DT1A 3OUNB 2EU9A 2BILB 3TTIA 2ITZA 2V7OA 1OL2A 2YWVA 1BUHA 3LMHA 2C1AA 2HWOA 2JIUA 1HOWA 4QP8A 4I21A 4TYEA 5AJQA 4ZKLA 4O22A 3C4XA 4L43A 4HVIA 3NUSA 1W7HA 1REKA 1JBPE 4FT0A 1MUOA 3RM6A 3BGQA 3QQHA 2ZYBA 4Q5HA 2RGPA 4M68A 3NYXA 2G15A 1PXJA 3ZM9A 3ZRMA 2X39A 1WVYA 2PMNX 4ACHA 4DG0E 2HENA 4CGAA 5A9UA 1JKKA 5L2TA 3VQUA 4JQ7A 3UVPA 5AM6A 3II5A 1XMLA 1X8BA 2ZV7A 2YJSA 1M2PA 4D28A 4EYJA 4HVSA 4J52A 3CEKA 5K9IA 5KUPA 4IB3A 5BYYA 3BV2A 5LWNA 2GS7A 4R5YA 3ZRLA 3QFVA 4APPA 4U43A 3RM7A 2OZOA 3PZEA 3FL5A 2CHLA 3KQ7A 2VZ6A 3DNEA 1T46A 1VR2A 1H25A 1YQJA 3SW7A 1W98A 1UVRA 3VF8A 3NNXA 4EEVA 2JGZA 2E2BA 3HVCA 3ROYA 3VUHA 2QURA 3C7QA 3TIZA 2CKQA 4DFUA 3UJGA 5KZIA 5TR6A 4EH8A 5AAEA 2OXDA 5EDPA 5AEPA 1Q62A 3PJCA 3ZBXA 4F9CA 5E8UA 3IW6A 3B2WA 4DH3A 4BHNA 3BLRA 4JT3A 1ST0A 4OBQA 4YJPA 3ZO3A 1R0EA 5CENA 2WTCA 3EKKA 2JDRA 2UUEA 3FWQA 3HRBA 4I5CA 4A9RA 3LM0A 4KKEA 4O0WA 3GXLA 4AOJA 3NIEA 1OKWA 3NCZA 4ITHA 4KBAA 4O0UA 4QNAA 1UNGA 1OMWA 3NNUA 3TT0A 2A4LA 4TTHB 1CMKE 3F5UA 2WTVA 4FKQA 5F20A 5J1VA 3Q96A 2POFA 2YAKA 4RSSA 2X8EA 3LVPA 3VWAA 3FLSA 4AW1A 3I0OA 2GHLA 3LXPA 4FIEA 4DH7A 2Q4LA 3KC3A 4NK9A 2XK9A 2BCJA 2XYNA 3A61A 3D83A 4OR5A 5E91A 3FI8A 3W2RA 3QBNA 5ETCA 2ZM3A 4ZIMA 4FKUA 4EH6A 2ZMDA 3NAYA 1KOAA 4EORA 4J8MA 2RL5A 2C6OA 2GTNA 2XJ2A 5KKRC 4DEHA 3ZS5A 1CTPE 2EWAA 5JGAA 2QKWB 3OOMA 3QQKA 2C6KA 1QMZA 2NO3A 3KU2A 4DHFA 4S34A 2Y4IC 5ITAA 3P9JA 2BAJA 4QDEA 2ITOA 3W0RA 5HCXA 3TL8A 4W8DA 5FBNC 3MDYA 1AGWA 4TN6A 3S3IA 4YMJA 5B2LA 5CI7A 5AV1A 4XP2A 4PWNA 4D9TA 5JK3A 3WF7A 1QPEA 4X3JA 4XCUA 2XA4A 5CF5A 4CEGA 2QVSE 3BCEA 4D4YA 4XV9A 4DG3E 3E5AA 5M4IA 2HYYA 3O2MA 4I5HA 4AWIA 2J9MA 3OCSA 3P1AA 3VQHA 1WBVA 4MBJA 5DRDA 3WI6A 4YUQA 5L2WA 3BU6A 4Y85A 4QMXA 4FTNA 2XK8A 5DT3A 2UW3A 2IVTA 1NVQA 2REIA 5KBRA 2BFXA 4JBOA 2C6LA 4LV7A 5AV0A 5ANIA 4K2RA 3EZVA 4RWIA 3COKA 4TWCA 3WF5A 5AA8A 3LHJA 3QHWA 4P90A 4PTCA 4C7TA 3PPZA 4EZ3A 5F4NA 4TXCA 3UNJA 3WF9A 3LAUA 5FDPA 3PSDA 5G1XA 2XCHA 3BHYA 5HG5A 4D5HA 1L3RE 1LP4A 3FBVA 4DG2E 1WVXA 2I7QA 2XKEA 3Q4ZA 1H24A 1JWHA 5I9UA 3RJCA 4EGUA 2VTPA 3KFAA 4TW9A 2IW9A 4DEGA 4GVAA 3W55A 3DS6A 2WD1A 4GJ3A 2QCSA 2W4JA 3OXIA 4ZTLA 2YM5A 3R8UA 2HY0A 5AP1A 3OVVA 4ZAUA 4YU2A 3VUIA 1WBTA 2Q83A 3UG1A 1XKKA 5BVDA 4H39A 5DFPA 4MK0A 3RNIA 3EH9A 5IH6A 3QXOA 4GT5A 2SRCA 4LFIA 4RBLA 4WRSA 2C6IA 4ACCA 3TUBA 3QUEA 5FEDA 2PSQA 3ODZX 5HVKA 3U6HA 4JDIA 3V8SA 1AD5A 5KX8A 5HORA 3EL7A 4BGGA 3QD3A 1U5QA 5FUTA 2XMYA 2WTKB 4Z7HA 4IX4A 3R6FA 4DFXE 1YOJA 4CKJA 4MF1A 5CAOA 2F7XE 4WIHA 2DWBA 5DR9A 3AQVA 5EW3A 3RNYA 2I0VA 3QGWA 4CFUA 3R8LA 4FZ6A 3RPSA 1E1XA 1TQPA 1W0XC 3R8PA 1I44A 5EI2A 3BLHA 2YWPA 1DAWA 3VS3A 4EC9A 4JQ8A 3UZRA 2QOFA 2X9FA 4FEWA 4OTRA 5J8IA 4NUSA 5AADA 3VUGA 5EYDA 2C5XA 3VBQA 3R28A 4YJSA 3MIAA 2W4KA 4MXOA 1XH7A 2BR1A 2W5BA 3W8QA 1ZY5A 2CMWA 3TV4A 3ZEWA 4CQEA 5EM5A 3QTQA 4IWPA 2C5OA 4XRLA 3SG8A 2OJFE 2E9VA 4FTKA 3W2OA 5HTCA 4ZTNA 1ZY4A 3H9FA 2UZNA 4HYIA 3GC0A 3PRIA 5EYCA 5JMSA 2LJWA 4O7RA 3ZOSA 3C4ZA 4LG4A 5CEOA 4RQVA 4KABA 3NW6A 1KE7A 2NRUA 3ID6C 3MTFA 3QZGA 4OTGA 5AIRA 4ZLYA 5JQ5A 4UV0A 4OTIA 3DKCA 3W2SA 4WHZA 5IQDA 2ERZE 4CFXA 3M42A 2EB2A 4F78A 5CF4A 3DDPA 1VZOA 5FXQA 4LMNA 4F9BA 5CT7A 4QQCA 4FNXA 2C6EA 3MPTA 4OBPA 4JX7A 4HZSA 3VNTA 4TNDA 2RFDA 2UW8A 4DTBA 4J98A 3TJCA 4AZTA 4CD0A 5KBQA 5KMOA 3GU7A 1P4OA 4HGSA 4F7LA 5CU6A 4O0SA 1JKLA 5HLPA 4JIKA 3TXOA 2C0OA 1FBNA 5C01A 3NVMB 5CT0A 1R1WA 4FTLA 3U8WA 2Q0BA 4GL9A 1FVRA 1JKSA 2C5YA 4LRMA 4AXCA 4USEA 5EYMA 3QCQA 4IAFA 3DOGA 3IOKA 3QWKA 4L3JA 3F5PA 3RMFA 3FPQA 3O1XA 3V5QA 1P5EA 5E92A 3AC4A 3OWJA 4O7LA 1SVGA 3CTQA 4HCVA 4EK8A 5AA9A 2GNJA 3E92A 2G9XA 2ITPA 5LWMA 4GYGA 4O0RA 2BRMA 3LCKA 3AKJA 5KMIA 1QPJA 1UWHA 3VHEA 4RVTA 2A27A 1IEPA 3HV4A 4QP6A 3W0NA 4KUJA 3UQCA 1JLUE 1H0VA 4ENYA 3FY2A 2PULA 4IAIA 5FEEA 4JR7A 2C30A 3I24A 4HOKA 5IG1A 2VO6A 3VUDA 4IAKA 3DU8A 3I0QA 4KBKA 3TNIA 3TKIA 4AX8A 4ZMEA 5BUJA 2GNFA 2ONLA 1K2PA 2XRWA 1BYGA 1NA7A 5B0XA 3Q9YA 1E1VA 2IW8A 3OOGA 2I40A 5IA3A 1NW1A 3HGKA 1MQ4A 4NKSA 1WVWA 5AUUA 2B0QA 3ML1A 1YDSE 4NW5A 4ZJVA 3RCJA 4EQMA 2R3KA 4KA3A 1H00A 2NRYA 3SAYA 3FSFA 3UOLA 3MPAA 3DKFA 4IWDA 4JS8A 3F6XA 3V51A 4G0JA 2WOUA 2J90A 4FV6A 4O84A 4PP7A 5IQHA 3O0MA 1ZOEA 5CSVA 3DNDA 3Q53A 4KAOA 4BTJA 2W1FA 5A6OA 5C4LA 4KSQA 5JZJA 3ZXTA 5HE3A 3R9NA 3DK7A 3FV8A 4ZTMA 3QWJA 3A8XA 3L8XA 4I5TA 4FSMA 3R1YA 3E63A 4LV8A 4MBLA 4NM7A 2G1TA 3GC9A 3QRKA 3E7VA 4N57A 3ERKA 1DI9A 4U81A 2XH5A 4L8MA 4MX9A 4X2FA 1IR3A 1YI3A 2W17A 2XK3A 5I0BA 3TUDA 2BFYA 3FDNA 4BTKA 1RZYA 2X6EA 3FMNA 4EOSA 2F7ZE 3MH2A 4WBOA 4EKKA 4WBBB 2EVAA 4JRNA 4OUCA 3R8ZA 1Q24A 3MYGA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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