1XMMA

Structure of human dcps bound to m7gdp
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords heat shock-like protein 1
total genus 69
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmmA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmmA02
3NRDA 4EQGA 4NDHA 4NDGA 2FITA 1XMLA 5EMTA 4YKLB 3BL7A 1HXPA 4RHNA 3I4SA 3WO5A 3O1XA 4FITA 4EGUA 2Q4HA 4ZGLA 3OJ7A 3I24A 4NJXA 6FITA 4EQEA 3N1TA 5BV3A 3KSVA 3L7XA 5ED6A 1KPBA 4NDFA 4EQHA 3QGZA 3OMFA 3O1ZA 4NJZA 4INCA 1AV5A 1EMSA 5I2EA 2EO4A 5IN3A 3LB5A 2FHIA 4NJYA 3FITA 3BLAA 1HXQA 4QEBA 1Y23A 4XBAA 3P0TA 3RHNA 3SPLA 5IPBA 2H39A 3TW2A 1RZYA 3SZQA 5I2FA 1ZWJA 3SPDA 3R6FA 6RHNA 4QDVA 1KPEA 5IPEA 1KPAA 1GUPA 3BL9A 4INIA 3N1SA 5CS2A 4NDIA 2OIKA 3OXKA 1Z84A 1KPCA 1KPFA 1GUQA 4NK0A 5IPDA 1VLRA 3OHEA 3O1CA 1XMMA 3O0MA 5FITA 3IMIA 3SP4A 4QDEA 3ANOA 1ST4A 1ST0A 2Q4LA 5IPCA 4ZKVA 1FITA 4ZKLA 1FHIA 5ED3A 5RHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IACA 1KOAA 3R7UA 1WFCA 3A62A 4ZS0A 1URWA 3PG1A 4FZ6A 2C3IB 2R4BA 4FV8A 1RDQE 2XNBA 1R0PA 3BU5A 3LCSA 2BTSA 3UOKA 3RI1A 3SAYA 4APCA 4I5WA 2YACA 4DH1A 2UW6A 3CTJA 4FSTA 4BDFA 1HXPA 4A7CA 3OW4A 2JGZA 4FTKA 3L9MA 1H1PA 5CZIA 4AXEA 5ANKA 3IGOA 4LOOA 4XYFA 3DU8A 2PZ5A 3HDMA 2WHBA 2NYAA 3FBVA 4RMZA 2HW6A 3BYUA 2FH9A 3ZONA 4FITA 3AC8A 2CNQA 2Q4HA 4ZGLA 4U0IA 2XIRA 3ZM9A 4DG0E 2NRYA 1JVPP 4JLCA 4O86A 4OTIA 3ERKA 3FJQE 2WMUA 5FEEA 2J4ZA 3LOKA 4S33A 3LZBA 4C4GA 2O63A 5AA8A 5M4UA 2OIBA 4G0JA 4MHAA 3IGGA 3QTRA 2WTWA 4RIYA 4HPTE 3QD3A 4C4FA 2QQ7A 5EHOA 4D55A 5HTCA 2WTKB 4I5VA 2PVRA 3SOCA 1JSVA 1X8BA 4FV1A 1XBBA 2R3LA 3P1AA 3QQHA 4UXLA 4V04A 5M09A 3DZQA 5JFWA 3COKA 3QX2A 4FIIA 3O7LB 3TZ8A 4O7LA 2X2KA 3C0GA 4K9YA 3K5VA 2CMWA 2WU7A 2GNIA 2YDJA 4WA9A 4EH7A 4MAOA 3FEGA 4NFNA 2ZOQA 3C4FA 4ALVA 4DTBA 5T6KA 5HHWA 4YNEA 3AG9A 3FZOA 3LM0A 4G3GA 3OUKA 4DFUA 3WZDA 2ITXA 4FVPA 1Q24A 1R1WA 2Y4PA 3HRFA 3OD6X 5DRBA 5CSWA 4EOQA 5B7VA 1CDKA 3NIZA 5C8KA 4I5PA 2PWLA 2VWYA 1GIJA 4EONA 2VWUA 4IQ6A 2B52A 3ALOA 4YZ9A 2VWBA 4O7WA 4U3ZA 4L8MA 1NVSA 3S2PA 2AYPA 3PXRA 3LCDA 4BCIA 4W8DA 2J0KA 1KUTA 2X4FA 3F3TA 4M0YA 5BVWA 2G2IA 1YOMA 2XUUA 4V0GB 5M57A 3H9OA 4WUAA 3R8PA 1TQIA 1JAMA 3QRIA 4O83A 4UYNA 3DBFA 4IJPA 4K2RA 2V5QA 5AP1A 3ZBXA 4OTQA 3U9CA 1Y8GA 3KXHA 3VUDA 4CQEA 2GU8A 3AC2A 3G0FA 3R1YA 5DPVA 4AOJA 2J0MB 1F5QA 3BQRA 4HW7A 3U4WA 2WKMA 3NYXA 3PSDA 2V22A 3F5PA 3GOKA 1OIQA 2XIZA 3GVUA 5K4IA 2H34A 3WILA 3AT4A 5FDXA 3BCEA 4RIOA 4FNYA 5AM6A 5HEZA 2YAKA 1RE8A 3RALA 1K3AA 4RX5A 5KO1A 3M1SA 4GEOA 4ZTQA 4TYEA 2EUFB 2NP8A 2WEVA 2QR7A 2XNEA 3EFKA 2CCIA 3TUCA 3NNVA 3WE8A 3ZO3A 4DTAA 2EB2A 4BDAA 2J5FA 5TR6A 1ZMUA 5CY3A 2JKKA 3RWQA 4F65A 1FITA 3VS6A 2HENA 1OBGA 5F20A 2V55A 2X81A 4CFNA 3E8EA 3AMYA 3B8QA 3DBEA 3MESA 3W2OA 5DR6A 1URCA 3BHYA 4CEGA 4P90A 1SM2A 5A6NA 4OTGA 3DFAA 5CU3A 1BL7A 4DHFA 5M06A 4NDHA 2GNLA 3UDZA 1DI8A 5M4FA 2CLXA 5JK3A 4KABA 3Q6UA 2UVZA 1XH5A 4S32A 5FRIA 3OEFX 3SV0A 4HVDA 5IEYA 3ZLYA 2CDZA 5E8SA 3E8CA 3LMGA 5C4KA 5IG1A 4R7BA 5I0BA 4ALUA 1TVOA 4FKLA 4OW8A 1H07A 4KSPA 2JBPA 2XP2A 3KRJA 4MBJA 4PWNA 3ENMA 3BZ3A 4ZTNA 2G01A 2ITNA 5HICA 5B2KA 1Q97A 3TKUA 6FITA 2ZB0A 4WNMA 4M8TA 4ZLOA 3L8XA 3FQSA 3Q53A 3WYXA 4GK2A 4X0MA 5M07A 3NYOA 5GJGA 2OFVA 4AU8A 4BDGA 3FMMA 3GENA 5JT2A 2WMBA 2Z7SA 3W2QA 1F0QA 4I22A 3U54A 4TY1A 3HUCA 4AT5A 4ENXA 3BELA 3OROA 4MXXA 5BYZA 5JN2A 4Z7GA 2C0TA 2A2AA 3JY0A 4GKIA 4I6HA 3KIOC 4U8ZA 5AADA 2CN8A 4Y46A 5CSPA 4QMVA 4GU9A 4TKSA 1YWRA 3AD5A 3PP1A 4JG7A 2VTJA 5GJFA 3O8PA 4IWDA 2QOKA 4ZTMA 3UQFA 2GTMA 2J5EA 3H10A 4CVAA 3AOXA 4L44A 4Z16A 3S95A 2ACXA 2FB8A 3C4WA 3FLWA 3Q9XA 3FSFA 3FKLA 4R3CA 4YJPA 2YM4A 3PVUA 4DCAA 3OCGA 4DFZE 3HGKA 2BDWA 4JS8A 4U3YA 3D7TA 2CCHA 3UDBA 2XK6A 2R7PA 2UZOA 4IAKA 4L68A 4E8AA 3COMA 3I6UA 4KKEA 3SPLA 4ZXTA 2IVSA 3DB6A 3G9LX 3O8TA 5F94A 4DF3A 1JBPE 3H3CA 4RZVA 1QPJA 1J7IA 5H8GA 3BWJA 2E9UA 2ETMA 1TQMA 4NKAA 5JRSA 4D1SA 5LCKA 2IZSA 1K2PA 4PUZA 3FL4A 3O23A 2QOLA 3D5XA 3FZ1A 2PL0A 4NK9A 1XH6A 2UZEA 3LXKA 4FSZA 1OVEA 4MX9A 4B0GA 3QU0A 3FI3A 3RMFA 4E4XA 2VTQA 4ZJVA 2JBOA 1UU9A 5HIDA 4PDOA 4EH4A 1IA9A 3AMBA 3H9FA 4DEHA 4DBNA 4BTKA 3O96A 3A60A 2XCKA 3QCSA 4LRJA 3I79A 4G3DA 1VYZA 2ETRA 4LMNA 1Y57A 3HDNA 3PIXA 3ZLWA 2PMLX 3JVRA 1NVRA 3KULB 2OICA 2DWBA 2W1ZA 1XWSA 2ZFYA 4LV8A 4HVIA 2YDIA 3V8SA 1FVVA 4WRGA 4RLKA 3CP9A 3GC8A 5FITA 3DJ6A 2W17A 1ZY5A 4Y83A 2IVVA 4MD7E 5ANGA 2VO3A 3R9DA 2XK9A 5I9XA 3QZFA 1BKXA 3MWUA 4ZZNA 3MV5A 4GUEA 1QPEA 4AACA 4F9CA 3ITZA 3PY1A 4S31A 2PMIA 5HIBA 2R3IA 3MJ1A 4IFCA 4I0TA 2BAQA 2OO8X 4GG7A 3V01A 4XX9A 2QO9A 3LQ5A 1H28A 3PIZA 2C69A 4QYGA 1JKTA 4I4EA 3BE9A 3JUHA 2GPHA 4YKLB 2CLQA 3E7OA 3WARA 4IDTA 3ZZEA 1ZAOA 3R01A 4XBRA 5LVOA 4YPSA 4YTIA 2F2CB 1XO2B 3JR1A 1BI7A 2AUHA 2IWIA 4FK3A 4KIOA 3F2RA 5ANIA 4RLLA 4AGDA 2C3JA 4O7RA 2J7TA 2XF0A 1CKIA 2QU6A 4FA2A 3HV4A 2OJGA 5FM3A 1M2QA 2BZKB 5DR9A 2WTDA 2XNGA 2ITWA 4JNWA 3C4CA 1WCCA 2R3GA 4GW8A 4RC2A 4EHZA 2O5KA 3FLNC 3VF8A 1GZNA 4ZJJA 4KD1A 4Y85A 3W10A 4QMPA 4A4LA 4CRSA 3ENHA 2EXCX 4MXCA 4PV0A 2RFNA 3VC4A 4Y73A 4Z55A 3FYKX 3PA4A 4A4OA 3R22A 2C6LA 4XHKB 4XLVA 5KMIA 3P7CA 5J5SA 3PE1A 4AZVA 2C4GA 1WVYA 4TWNA 4QNYA 4EK5A 5L8KA 4QMQA 3ZO4A 4CG8A 3TZ9A 4LUEA 2VN9A 4EHGA 5JGAA 5KE0A 2DQ7X 4AS0A 3QXOA 3PSCA 2CGWA 4IZAA 3SRVB 2UVXA 2W1FA 3LJ1A 3R1NA 5IDPA 4QMMA 5A4TA 3EQHA 5CXHA 3PXZA 2WIHA 3SXSA 3UGCA 4FZFB 4RPVA 4M69B 2FHIA 4AZWA 4DTKA 1FBNA 4JBPA 3RPVA 4DE4A 2HZNA 3MYGA 2IZUA 4DN5A 1XH9A 5GIOE 4YR8A 5M55A 3RPRA 3SW4A 3HYHA 3P0MA 3UBDA 5GHVA 4KBCA 3W18A 3VJOA 2B1PA 3F9NA 5CSHA 2BVAA 2IPXA 3LXNA 2ITVA 4L7FA 3TWJA 4U97A 5J1WA 3VS5A 5E8UA 4DG3E 2UUEA 1UWHA 3BBWA 4ORKA 4ASDA 4BI1A 3DBDA 1MQ4A 5A46A 5I9ZA 6RHNA 3OOMA 2VV9A 5HVYA 3VAPA 4INIA 2PY3A 1IAJA 3PZHA 3BI6A 4CMOA 3G33A 2Z8CA 3ODZX 4BHZA 3R6XA 1ZZLA 4RIWA 4ACGA 3VS0A 3HV5A 2ZDUA 3WOWA 1OL7A 4CXAA 3F7WA 2X2LA 3NCZA 4DDIA 5CVGA 4UEUA 5AV4A 2C30A 2ITQA 3KXNA 1ZY4A 4GRBA 3OWKA 5B0XA 3W2SA 2YWPA 4EK4A 2QVSE 1QL6A 3C0IA 3QAME 5DT0A 3OS3A 5HCYA 2XVDA 3TKHA 5KMLA 3UZTA 3IMIA 4ZLYA 5IEVA 5KMKA 4E1ZA 3UIXA 3V8TA 4M12A 3GCUA 1GNGA 4U6RA 4XMOA 2YAAA 3QLFA 4GJ2A 3ORLA 5DI1A 1ZMWA 4E5WA 2UZWE 1K9AA 2P55A 4XG8A 5CI6A 1IAHA 4XP3A 4FV4A 2XJ2A 2W1HA 3VO3A 1ZLTA 5CQUA 3GNIB 3PY0A 3RTPA 4X2KA 2WTCA 4EQGA 4FC0A 4J95A 3UDTA 3EQDA 4QP9A 4HVHA 4FI1A 1YXXA 3EN6A 5FG8A 4CV9A 1EH4A 1NT2A 1YHWA 2YABA 4G16A 5G1XA 1UV5A 4U79A 4O91A 5AIRA 2POFA 1XQZA 4IB3A 4XOZA 4DHZA 5LVNA 5L3AA 2R0IA 3FXWA 3NUSA 4YZNA 3V51A 4IX4A 2X7FA 4UYAA 4FYNA 4G5JA 1FQ1B 4BIBA 4FT0A 3ZM4A 4MCVA 1M17A 4QO9A 4U5JA 5C8NA 1CKPA 4KKHA 4Y95A 5HIEA 1G8KA 3K5UA 1FINA 4M14A 2VTNA 5HGIA 3IS5A 3SG9A 4CCUA 2PZPA 4X3JA 4NDFA 4HZSA 4O0RA 4WNOA 4ZY5A 5FBNC 4D9TA 4DH3A 3HL7A 2WQEA 3R28A 3R30A 3EKNA 2PVYA 2WELA 4FIEA 2R3KA 5BMMA 4W4YA 4C4EA 5JQ8A 4F6SA 3IDPA 3CTHA 1QCFA 3MFUA 4FNWA 3EMGA 4ANBA 1PXNA 3PE2A 4ZMFA 3DV3A 4X3FA 4F7NA 2JFMA 4FKWA 4USDA 3UYTA 5I2EA 1PMVA 1T46A 4Q9ZA 3OTUA 1KE9A 3SA0A 2OGVA 4YJRA 3HVCA 3ANQA 4AA0A 4HJOA 4ENYA 4FK6A 2PUPA 5CSXA 1LR4A 3Q4TA 2LJWA 4BKJA 3V6RA 3UDSA 4FL3A 2Z7RA 3EHAA 4NWMA 5IA3A 2QURA 3LFCA 1FPUA 4D1ZA 2QHNA 4X6RA 5E8XA 3DDQA 2QU5A 3A7GA 4O27B 1BYGA 2ITTA 4OBPA 4USFA 5HG8A 5HNBA 2ZMCA 3OXIA 3NEWA 3DT1A 4OR5A 2P4IA 3QRJA 2YM5A 3V3VA 1H26A 4FYOA 5M56A 3FXXA 3VW6A 3N1SA 2E9PA 3HLLA 3QCQA 4NSTA 4YC3A 3ZDIA 4UWBA 5EK7A 3DKOA 3QYZA 1UU8A 3DCVA 1PMEA 2W4JA 4J52A 4UX9A 4EH3A 1OBDA 2Z7LA 5I9VA 4AGUA 1XH4A 4AW2A 5DE2A 3WE4A 2BDJA 3F3WA 3DAKA 1UKHA 4KS7A 2BHHA 4QMOA 4BF2A 4FV9A 5AA9A 2OJ9A 3LJ2A 2UW3A 4J53A 3OVVA 2WQBA 4O84A 1H1WA 4IH8A 5B2LA 5ANEA 2VZ6A 2PZIA 3HECA 4XRJA 3LFBA 3FYJX 4MYGA 3ZFXA 5BUEA 3TNQB 4DFLA 3DK7A 5HX8A 3R7IA 3LQ3A 3DTCA 4BN1A 4FKVA 4XV2A 5FUTA 5ED3A 3DQWA 4NIFB 4ASZA 3L9PA 3MIAA 3KB7A 2CJMA 5CQWA 5BYYA 2JIUA 4CSVA 4F6UA 4I1ZA 3UO4A 1Q8YA 4NDGA 2JFLA 2PYWA 4DH8A 3FE3A 4AA5A 5CEOA 2CGVA 4M84A 3TKIA 4O22A 3DPKA 3VWAA 3WZUA 3TUBA 3GXLA 3UP2A 1IASA 3W33A 3VBVA 1R39A 4H39A 2BRBA 2XJ1A 2ZMDA 4LGGA 4D4RA 4QTBA 4GT5A 2BZIB 4PNKA 2JKMA 2QONA 3JYAA 2JLDA 3GUBA 4L6QA 4KWPA 1F3MC 3ZSHA 4BYJA 4FOBA 4N6ZA 4MVFA 1VZOA 3AC1A 4DFBA 5LWMA 3Q6WA 3VRYA 1IA8A 2VTHA 2W7XA 3L7XA 3EQPA 1Y91A 4H3BA 3RHXA 1XKKA 4GS6A 2GS6A 4FZAB 4BZOA 3FWQA 1YW2A 4O7YA 3MTFA 4IX6A 3RCJA 2C5VA 4PP7A 1R78A 4GCJA 5HVKA 2J0IA 1M7NA 1Q8UA 2O0UA 2PMNX 3FL5A 3DBCA 3KVWA 3QTWA 3W55A 3W8LA 1E1XA 4EKLA 1LEWA 5HLNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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