1XMMA

Structure of human dcps bound to m7gdp
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords heat shock-like protein 1
total genus 69
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmmA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmmA02
3OMFA 1XMMA 4EQGA 5IPEA 4NJYA 1XMLA 1RZYA 1FHIA 3N1TA 5IPDA 4YKLB 3SZQA 3BL9A 1KPCA 4ZKVA 3O1ZA 4INIA 2EO4A 3OHEA 1GUQA 3L7XA 5ED6A 4ZKLA 3SPDA 3N1SA 2Q4HA 1ZWJA 1KPEA 4NDHA 5RHNA 1Z84A 3ANOA 3QGZA 3O1XA 3R6FA 4QEBA 5IN3A 1Y23A 2FITA 4QDVA 3OJ7A 3I4SA 4FITA 4NDFA 2Q4LA 1FITA 4NDGA 6FITA 2FHIA 1EMSA 3I24A 1HXQA 3KSVA 1ST4A 6RHNA 5BV3A 3TW2A 2H39A 4EQEA 5ED3A 4EGUA 5I2FA 3NRDA 3WO5A 4NJXA 3LB5A 5FITA 4RHNA 1KPAA 1AV5A 1ST0A 4INCA 3RHNA 5IPBA 5EMTA 5CS2A 1GUPA 4XBAA 4ZGLA 4QDEA 3SPLA 3FITA 3O0MA 1KPFA 1VLRA 4NDIA 5IPCA 3BL7A 1KPBA 3BLAA 2OIKA 3SP4A 3OXKA 1HXPA 4EQHA 3O1CA 3IMIA 3P0TA 4NJZA 4NK0A 5I2EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HZSA 5HIDA 4H3BA 4J96A 4FEQA 3DKOA 4FTRA 5JT2A 3QD4A 4TY1A 5F1ZA 5FG8A 2W96B 4FKOA 4IIRA 4F9AA 4K77A 5I9VA 3TV7A 3NGAA 5BMMA 3LOKA 2OJ9A 3E8DA 4O84A 3TDWA 4BGQA 2G01A 4NIFB 2VV9A 3NW7A 3O7LB 1OGYA 4BIBA 2XP2A 3BL9A 4ZTSA 2R2PA 4FIJA 5A46A 1OL7A 2P33A 3QRIA 4ARKA 2UV2A 2REIA 3JPVA 4FIIA 5DR2A 4AZSA 4D1XA 4F1MA 4KBCA 4OLIA 5H3QA 5JEBA 2J51A 2OW3A 3DTCA 4AXFA 3CBLA 4L44A 4XG2A 1GZOA 2RG6A 1G8SA 2OIQA 3COKA 4AAAA 5HLNA 1L3RE 4CGAA 3GFWA 2J50A 4NDHA 4TNDA 5A4EA 3QF9A 3BIZA 4BCNA 5DEYA 5E8YA 3BX5A 4DEAA 5JKGA 2XKFA 5ICPA 3FKNA 2GHGA 4QEBA 2UW0A 4FC0A 5E92A 3VBTA 4DF3A 3KIOC 3QD0A 5FEEA 4C33A 3BV2A 3PPKA 3O50A 4MH7A 5AUYA 2PU8A 4FV9A 2QLUA 3SOAA 5LWNA 4FTMA 5BVDA 3O5AA 4O96A 2XYUA 4RC3A 5CU4A 1DM2A 1PKGA 2YDKA 3PFYA 3QALE 1KV1A 3GCPA 3QCXA 4GT4A 4HCUA 4MNEA 2OBJA 3G6HA 3HX4A 4PTEA 4WT6A 3FI8A 4J1RA 3UZRA 2IW6A 3E7VA 2I0EA 5AJQA 3R8MA 2BIKB 4FKJA 3FZRA 2WMTA 3ZRLA 4C62A 5I9WA 2CPKE 3RNYA 4DDGA 3T9TA 2XIZA 4U45A 3FPQA 4XV1A 5IF1A 1Y6BA 4FZDB 3NUUA 4BGGA 4D4RA 1XJDA 2ITXA 3KU2A 3FMLA 5D7VA 4CFVA 4DEGA 5DOSA 5DHJA 5BVWA 3HP2A 4L45A 3ULZA 4ALWA 3QZGA 4DLJA 4ACCA 5EW8A 2QC6A 4RVKA 4CZUA 1KPAA 3ZONA 4ERWA 4M3QA 5AWMA 2ZVAA 3RHNA 5HVYA 3DQXA 3SXSA 4X3FB 4FNZA 3Q4UA 4FEVA 4I1ZA 3MPMA 2V55A 5EW3A 2WEIA 3R1QA 4E26A 5KX8A 4IX5A 4QMYA 1ZZLA 3C4CA 2QKRA 3O8PA 4JBQA 3R7VA 3GT8A 4BI1A 3O0MA 3AT3A 3DK6A 4NDIA 1OPJA 2HWPA 2ZV9A 5H2UA 5KMMA 3W0OA 3U9CA 1JSTA 5GJGA 4B99A 5EQPA 3PIZA 1MQBA 5J95A 3DJ7A 1H00A 4F63A 5IISA 2GCDA 3AD6A 2XIXA 3IPHA 2VTTA 3G90X 3Q9YA 5CT7A 1ZYSA 4FZFB 4DA5A 1J7LA 4IDTA 4QMNA 1WBTA 1FINA 1KE6A 3TIYA 4YR8A 5BQ0A 2V62A 3Q4TA 2XEYA 3PPZA 4OBOA 4BHNA 1FQ1B 3TNHA 2WOTA 3V8TA 4JX3A 4I3ZA 4R7BA 2R3QA 3U6IA 3Q4CA 4UN0C 3B8QA 3BZ3A 4IBMA 3FY2A 2W1DA 3WILA 2CDZA 3LFNA 4AGWA 3IGOA 3PUPA 3GQLA 1YXSA 2V5QA 4ITJA 5EM5A 5CF6A 3F2AA 1UV5A 3RWQA 4JX7A 4DAWA 3UO4A 2NRYA 3OT3A 3U4UA 3HDMA 2UVYA 3TDVA 3TT0A 4DCEA 4D4YA 4ZZNA 4P7EA 2GFCA 4F78A 3TTIA 4OTWA 4YTCA 2QHNA 4HYHA 4P5ZA 4ZP5A 3OHEA 2IO6A 4BCPA 4IZYA 3NZ0A 3SPDA 4IVCA 2VWZA 3MN3A 5A9UA 3VWAA 2YAKA 3OCBA 4R7HA 3SQQA 4FSNA 4EHVA 4HZRA 3I1AA 3WZUA 3O1XA 1A9UA 2R3HA 2WIHA 4C7TA 4EK4A 4I5WA 1S9JA 4FVQA 3KL8A 4YJVA 3I5NA 1M14A 2OH4A 2W17A 3BWFA 3FKLA 3NVKI 2VUWA 4CFFA 2RFEA 3LFFA 5T3QA 4XRLA 4O82A 3V6SA 4CT1A 2W99B 4I0TA 3HZTA 3Q5ZA 3QLFA 1QCFA 2WQNA 3R73A 3Q4ZA 4I92A 2F9GA 3I6WA 4BCHA 3ORIA 4GH2A 3UVRA 2J0KA 2WIPA 3BV3A 5AA9A 2P0CA 3QUPA 4YJNA 4ZY6A 3NEWA 3QTZA 4ZMEA 2YCQA 3OMVA 3NUPA 4Y85A 4AW2A 5L8JA 5I9UA 5HBHA 3TI1A 5M07A 4IADA 4BDAA 4U80A 4ZOGA 1NVQA 4C34A 2A0CX 1YI6A 4BDKA 2EB3A 4IHPA 4JAIA 3RHXA 2YM6A 4DEBA 2BALA 3FMNA 4EH2A 4GU9A 3LMHA 3QYZA 5KUPA 4CG9A 3EL8A 2Z7RA 3DGKA 3GC9A 3GP0A 4YC6A 3PA5A 3KRWA 2YZLA 4WBBB 4X2GA 5E8UA 3MY0A 4FV4A 5CS2A 1WBOA 1J1CA 5G1XA 4C58A 2ZDUA 3F6XA 5CALA 2BRGA 3NPCA 4BDJA 4D55A 4GYGA 2V0DA 4MVFA 5JRSA 4O6LA 1P4OA 3PZEA 4EONA 1FVTA 1M2RA 5L2SA 4FG8A 5IQDA 1ZYJA 2FSMX 3F7WA 1YXUA 2E9UA 4LQMA 4M0YA 4QRCA 4GT3A 4NFMA 4JR7A 3P7CA 4B9DA 4USEA 3UP2A 3DU8A 5FTOA 2B0QA 3O51A 3W16A 4D0WA 1H0VA 3NAXA 3R7OA 4W4XA 3GGFA 4O0VA 4BY9E 5CEQA 4EOJA 3L9MA 2QOIA 2J0JA 3QGYA 4AZFA 2A1AB 4NT4A 2YCRA 4I0SA 3FI2A 3SLSA 5CS6A 2NP8A 3GCQA 3LCSA 4XP2A 5A4CA 3TL8A 2X7GA 4LRMA 1PHKA 4PL4A 4RA4A 4V05A 4QPSA 4XV3A 3COIA 3RM7A 4F7LA 2RF9A 3HMPA 4MK0A 5CENA 4AZVA 4BI0A 1RZYA 5AV2A 4J97A 4E4XA 1NA7A 1T45A 3EQFA 2JKOA 4EJNA 5A4TA 4EK8A 2R8FA 4KD1A 4RT7A 1Z9XA 5CWZA 3G33A 4DN5A 3FUPA 3SRVB 2IN6A 4KRCA 4F9CA 3PDTA 4JIAA 4L46A 4XG9A 4F70A 2IZRA 2WQMA 1GUQA 2CGWA 3P86A 3KFAA 4H39A 3T3UA 2XK9A 1XR1A 4LOOA 1U4DA 2YAAA 3MVMA 3FLSA 4MD7E 3ZXZA 5CSWA 4W4VA 5DNRA 4MXOA 5M55A 1Z84A 1IA9A 2WTVA 4J99A 4RIWB 4DH3A 3R2BA 2B55A 3D14A 5KMOA 5CU2A 4KSQA 3S4QA 4R3PA 4FL1A 3BYVA 5BVEA 3UZPA 4YBJA 3UIXA 3NUXA 5J9ZA 2XAMA 1URCA 3QTXA 4APCA 2XKDA 4M0ZA 3TZ7A 2UW3A 3OEFX 4ZTNA 5CASA 2J7TA 4FVPA 2G2IA 3PXZA 5D10A 4QPAA 3FLZA 5DT3A 4DFUA 4EOQA 2CLXA 4UWYA 4AW5A 2GU0A 2C68A 4V0GB 2PSQA 4GEOA 1Q4LA 4FTTA 4BBMA 3P1AA 3TZ8A 2YITA 2WMXA 3R71A 2WO6A 3ZRKA 4OTDA 5DA3A 2XNBA 2Y4IB 2E9VA 1J91A 4MQ1A 2G2FA 3POZA 4FG7A 3GCVA 3NAYA 5B7VA 1JNKA 2ITTA 3MVJA 2JAVA 2PVKA 1KE7A 2QOBA 5E4HA 3PUFC 4CKIA 3EN9A 2UW8A 1UNLA 3UPXA 5K3YA 2UZWE 4FNWA 1H01A 2X7OA 3VC4A 2VTOA 3NFFB 3PY3A 3PVUA 2VZ6A 2BVAA 4AA4A 1LEZA 4ZTHA 4ZSJA 1L8TA 2XZSA 2BAQA 2Z7SA 3RINA 5HNGA 3EQGA 4N0SA 3NYXA 4F6SA 1H08A 4GS6A 4K33A 2CCIA 3RWPA 4I4FA 2XALA 4FTAA 3F88A 3ZHPC 4D1ZA 4L3LA 4F0IA 4XV9A 1UA2A 3FXXA 4CMOA 4RZVA 5JGAA 3TUBA 4BTKA 5E1SA 4F9WA 3TZMA 4TL0A 3JS2A 2QD9A 4ASDA 3AD4A 3BYMA 5CY3A 2Z02A 3DV3A 4IX3A 4CMUA 4FNXA 4PMMA 4F9YA 2VGOA 4ZZMA 3OTUA 4Z3VA 3LQ5A 3NDMA 1UU9A 4RJ3A 3N4TA 3A8XA 3LXKA 1WBSA 3LPBA 4RX9A 3BLRA 1B39A 3MFTA 4JQ8A 4TRLA 4E73A 2ETRA 1W84A 5JGDA 1ZZ2A 2RIOA 4AGUA 3KXNA 3CJGA 3IDBA 2OFUA 3AGMA 3VS2A 4KABA 4JIKA 1Q5KA 1M17A 2CKQA 4UXQA 3QTWA 3JVSA 5HQ0A 3FPMA 1NT2A 1UNHA 4C4HA 5ETIA 4P5QA 5CEPA 3FQHA 3QTUA 3IW4A 5CX9A 1UKIA 4G3DA 4JBVA 5EYMA 3PRFA 4IB1A 3ORPA 3EN5A 3OUKA 4RLKA 2P3GX 4RJ8A 5E8SA 4O0WA 3PZHA 4APPA 5DR6A 2BKKA 2JLDA 3V5JA 3MB6A 5CAVA 4C4JA 2CMWA 4O83A 3VS4A 5LCJA 2HYYA 2Q0BA 3LXLA 4NTSA 4IWPA 5K9IA 3H4JA 2GQRA 3I79A 5HE2A 3EH9A 1REJA 2VWUA 3ZO2A 1FMOE 3F5PA 3ATSA 4XG4A 2WQBA 5E1EA 5DWRA 4E5WA 2H34A 3R6FA 4G2FA 3S3IA 1ZYDA 2I6LA 2GDOA 3QU0A 3A4PA 4FZAB 2RKUA 1NVSA 4LOPA 1A06A 5DVRA 4B6LA 1ZMWA 3I6UA 4OTRA 3DY7A 4MWHA 3ZH8A 4I5MA 2QLQA 2PUPA 4TYHA 4QYYA 1XH8A 2O64A 4O27B 2QNJA 3GU7A 4Q5EA 4AG8A 3UDZA 2R3JA 1JKTA 2UW7A 5E9EA 3G9NA 2QO7A 3OXTA 5AX9A 3UVQA 4ZTRA 3ZC5A 2VTAA 2BRMA 3UYSA 5IQEA 4NDGA 3U51A 5EKOA 1G3NA 1BLXA 5JQ5A 3FSKA 4FL2A 2IW8A 3CE3A 5M51A 2WHBA 4CCUA 1QMZA 3LXPA 2JFMA 5F9EA 3GOPA 4MBLA 4IB5A 5IA5A 3ORTA 2OIKA 4GFOA 3FQEA 2HZNA 1P4FA 5CF5A 2XF0A 3OT8A 4HGSA 2FA2A 1OL6A 3HMOA 3PLAE 3PXYA 2IVTA 5KE0A 1M7NA 4G6LA 4MD9E 3P23A 1STCE 4AN9A 5J1WA 3CP9A 2CHLA 2ZFYA 4FGRA 2WMAA 1ND4A 4TWOA 4YLJA 5AP2A 5HLWA 2XARA 5GINE 4K9YA 3R8VA 5JMSA 3CJFA 3AT4A 3W2SA 1AQ1A 4IFGA 4J7BA 2FH9A 4EZ5A 4GG7A 3TNQB 5JN2A 5ANJA 4RRVA 4LV8A 4IVDA 3ZO3A 1I09A 4G5PA 3Q6WA 1IAHA 3MV5A 3QKKA 2R3FA 5ANGA 5AUVA 5IQIA 4EHEA 5L8LA 3KKVA 4L3JA 1GY3A 4BZNA 2XNOA 2CSNA 4FZ7A 4AW1A 1YXXA 3NUSA 3QHRA 4JG6A 2R7BA 3P9JA 4RIXB 5CEOA 3SD0A 5HTBA 3E8NA 2NNWB 1HOWA 4EHZA 3G9LX 3V04A 5M08A 2PVNA 1DI9A 5EHLA 2WMBA 4C61A 2ERZE 3BGQA 1SVGA 4TWNA 2VWIA 3OCSA 4JRNA 3RPVA 1GIJA 3KF4A 2OICA 2G1TA 4GCJA 4RZWA 5EDRA 3RNIA 4BB4A 4ZJJA 1OMWA 3W8LA 5BUJA 5BVNA 4ACMA 4ASXA 3ACKA 2X39A 3C4FA 4DT8A 2A4LA 4EQHA 2DWBA 3A61A 2X6DA 3Q32A 4FTCA 4EJ7A 3RI1A 4F0GA 3OZ6A 3SDJA 4A9UA 3LMIA 4RJ7A 4FBXA 3S2PA 1DI8A 3L8VA 5I9ZA 3BKBA 1WZYA 4S33A 1IASA 3MW1A 3PJ2A 5TOZA 5IPEA 3Q53A 2WMVA 3ZMMA 3UC3A 2P2IA 3ETAA 4FKRA 2BTRA 2BZJA 5IU2A 3I81A 3TIZA 2WQOA 5FLFA 3GEQA 2X4FA 4JBOA 5BVOA 5CI6A 3QD3A 5HE0A 5TF9A 4YSJA 4DC2A 3IO7A 2C6KA 3KMUA 2ITOA 3OY3A 3KB7A 4UWCA 3FZPA 4DHZA 2O63A 3D4QA 2WTDA 3EB0A 4ZJIA 4Z7HA 3CTQA 1KPCA 3W33A 1I44A 3RCDA 4D58A 4ERKA 4AE9A 4CFWA 3FYKX 2F7EE 1OBDA 4X6RA 5CAOA 2UZLA 5EFQA 4RVTA 2PVLA 2HELA 3NYOA 1Q8YA 5A6NA 4FVRA 3G51A 2Q4HA 4CVAA 4AQCA 4U42A 3LE6A 5AV1A 4HGEA 3NX8A 5CAQA 3PXFA 3WF6A 5AM7A 1F5QA 2VTHA 2EWAA 2HZ0A 3HP5A 4N57A 4RLLA 2Y4PA 4XCUA 4YPSA 2YM4A 3TEIA 1UKHA 4DDIA 2XKCA 4IWOA 5KZ0A 4YC8A 4QDVA 3ALOA 4PNKA 2VTJA 3DFAA 4G3EA 5J5SA 2XM9A 1OB3A 2PUUA 4NM3A 4QT1A 3ZBXA 4YZMA 5A4QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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