1XMMA

Structure of human dcps bound to m7gdp
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords heat shock-like protein 1
total genus 69
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmmA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmmA02
1KPFA 3IMIA 1XMMA 1KPAA 1Y23A 3QGZA 4NJYA 1KPBA 4ZKLA 4YKLB 2FHIA 1EMSA 3BL7A 1GUQA 3TW2A 4EQEA 5I2FA 5IN3A 5IPCA 1KPEA 5BV3A 2Q4HA 1ZWJA 1KPCA 3N1TA 4ZKVA 1HXQA 3LB5A 5I2EA 4RHNA 5ED6A 3OJ7A 4QDEA 3O1XA 4QDVA 4NDHA 3RHNA 5CS2A 5IPDA 3SPLA 2FITA 4INCA 1GUPA 4NJZA 6RHNA 3BL9A 5EMTA 5FITA 3FITA 3O1CA 3O1ZA 5ED3A 3O0MA 4NK0A 3KSVA 4NDGA 4INIA 5RHNA 3N1SA 3OHEA 2OIKA 1ST0A 3SPDA 3I24A 1HXPA 5IPBA 3SP4A 4EQHA 2EO4A 1XMLA 3P0TA 3L7XA 1Z84A 3NRDA 3ANOA 3OXKA 2Q4LA 3I4SA 1FHIA 1AV5A 1ST4A 3BLAA 4XBAA 4EQGA 1RZYA 4NJXA 3R6FA 2H39A 4QEBA 5IPEA 4NDFA 1FITA 4ZGLA 3WO5A 1VLRA 4EGUA 4NDIA 6FITA 3OMFA 3SZQA 4FITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C6EA 2C5YA 1H08A 2BPMA 2X2LA 5E8YA 3V5LA 5CSPA 4MQ2A 5HX6A 2VNYA 1OITA 3PIXA 4AXDA 3KEXA 3NUNA 4IFCA 1KOBA 4IB3A 3TJCA 3TV6A 4BI1A 1KV2A 2B4SB 2PE1A 3DKFA 4AW0A 2I0HA 3CQWA 2GS7A 4XX9A 2VN9A 3POZA 5CZIA 4AX8A 4EOIA 2BZHB 4U5JA 2F2UA 3KK8A 4JAIA 4ZTHA 5IDNA 4PMTA 4EC8A 2ZM4A 3PVUA 3WF9A 1FINA 3B8QA 4YP8A 5EOLA 3C13A 2NYAA 3TACA 5DWRA 4K11A 4MEDA 5C26A 4J8NA 5CEKA 4Q2AA 4CMUA 1QPDA 3KIOC 4EOMA 3FJQE 5HBEA 4WBBB 2ERKA 3EN9A 4FTKA 4A9SA 1Q3WA 3R02A 4S31A 5EI6A 1JKSA 3NNXA 3P7CA 5FD2A 3W10A 5CEQA 4GCJA 4F9AA 4C33A 3NFFB 4YZBA 2PHKA 4IVCA 4J71A 3DBCA 4Y85A 1XO2B 1ZZ2A 1O6LA 5L3AA 3E3BX 3PXQA 5DBXA 3VUMA 3Q5ZA 4G0JA 2C30A 4GKHA 4ZSGA 4DGOA 2OBJA 3EQRA 3DJ7A 4XV9A 3WARA 2BRHA 2WOUA 4FV4A 3DJ5A 3SOCA 3UOLA 4NKAA 5AM6A 2YZAA 3PY3A 4D4SA 4OUCA 3LPBA 4IC7A 2ERZE 4HYIA 2IWIA 4BCFA 4TL0A 3CP9A 4EZ3A 2JGZA 3BGQA 4UYAA 4I21A 1WVYA 3HECA 2PTKA 3WIGA 3DK3A 3IW7A 2PE0A 2ZM3A 4ASEA 2I0VA 4CD0A 4IAYA 1GJOA 1TQIA 3CE3A 5FITA 2OXYA 3CIKA 1YXSA 2C0OA 3ANOA 4QNAA 5HE3A 2VWUA 3G6GA 2PZ5A 3SG9A 5ED3A 3OY3A 4L7SA 2ONLA 2XK9A 4AF3A 5GINE 5CT0A 4MHAA 5EI8A 1DI9A 2R7JA 4JRNA 4O6EA 4EOLA 4JX3A 5D11A 3MIAA 4INIA 4DH1A 4G31A 4UV0A 4YNOA 5JK3A 4L46A 1JAMA 4JDIA 4YR8A 4KAOA 4EK5A 4GVAA 3H9RA 1OB3A 3C5UA 2RG5A 5ANDA 5C8KA 4BY9E 4EYJA 5IA3A 3NRDA 3FZTA 4QTBA 2W1FA 4EH7A 3CBLA 3Q52A 4PDYA 4E4XA 3D7TB 4AZVA 4BF2A 3F3UA 2VTJA 2WD1A 3IOKA 3BU6A 3BLAA 4QTCA 1M2RA 3MV5A 5TOZA 1WZYA 4G9RA 1JLUE 4I4EA 3ZHPC 5KZ0A 5HBHA 4BCQA 3R6FA 1WBSA 2BFYA 2GQRA 4F7JA 1BYGA 2V62A 5IPEA 3UODA 1J91A 1B6CB 2A0CX 3PG3A 3QTRA 4U6RA 5G6VA 4CEGA 2GU8A 2UW5A 2QLQA 4R3CA 4U42A 4AP7A 3V51A 5JRSA 4CT1A 1JPAA 2XCKA 5HLPA 3VUHA 1YRPA 4X2KA 3PWYA 5L2SA 4H1JA 4FTJA 4KINA 1R1WA 2VWWA 4OTFA 4LM5A 4EH9A 4F9WA 4F6WA 5JGDA 2I6LA 2W1EA 2WTVA 3QRKA 2EXMA 4O81A 5BVKA 1MRYA 3ZLXA 1REKA 3W55A 4B4LA 5BUIA 2IZSA 4JT3A 4TWNA 5M44A 2BTSA 3BE9A 3RAHA 5E7RA 2CHLA 3C9WA 1VR2A 2IVUA 2HAKA 3R73A 3ZO4A 3FY0A 2C0IA 5AP6A 5HNGA 5HESA 4C7TA 4KIQA 4IM2A 2HENA 5ANIA 5ETCA 3WIKA 4A9UA 2W5AA 5AM7A 4C4EA 4CV8A 3D14A 1M2PA 3DGKA 1OL2A 4KKHA 1XH5A 1G8KA 3DY7A 3OWJA 3IOPA 3DTCA 4HCTA 5ETAA 1YDTE 1ZWJA 3JYAA 3WBLA 4FYNA 4MXYA 5M56A 4EHEA 2XNGA 2W1GA 3FL4A 4I23A 4M8TA 5EDQA 2IJMA 1H8FA 4IAAA 5FGKA 2C1BA 3NS9A 4L3JA 1KUTA 4YGAA 4D9TA 4R6VA 4TWCA 3CS9A 4IM0A 4JAJA 3WZJA 2Z8CA 3LFQA 4CMOA 4RWIA 4AACA 4R77A 3NEWA 4APCA 4DF3A 4DG2E 3U6JA 3AQVA 4I6FA 3O1XA 2B0QA 3HDNA 3UVPA 4DEIA 4AGUA 4FL2A 2BIYA 4AW5A 1LP4A 3Q4ZA 1WBNA 1K3AA 5ETFA 5A6OA 5K5XA 2FUMA 4N57A 3T8OA 1OIUA 3DAEA 3EFJA 3R00A 4O0RA 2W17A 4WUNA 3V04A 5AP5A 1GUPA 4OTQA 5FM2A 2J9MA 2BDFA 5JSMA 3GU6A 3OC1A 2WEVA 3R01A 1U5QA 4TYIA 5A46A 2OIBA 2W7XA 4O7VA 5AIRA 2BKKA 3ZS5A 1PYXA 4QMOA 4WIHA 4O2ZA 4NW5A 4XHKB 4AN2A 1H07A 3Q2JA 2BRMA 2WU7A 4WOVA 1H1WA 2VO3A 3DAKA 4AZFA 1UKIA 2Y6MA 5D1JA 3W2QA 4NDGA 5RHNA 2AEGA 1ZMWA 4AN3A 4GMYA 2YM4A 2QO9A 3V6SA 2V7OA 4LMNA 5DIAA 5D10A 4EHGA 4E8AA 3Q5IA 1NW1A 4UALA 2NO3A 4Z7HA 4J7BA 2BHHA 1P4OA 3PZHA 4RC3A 4DEGA 4AE9A 4IX6A 4QMMA 3ZEPA 2OZAA 4GUEA 2OU7A 4NIFB 5HX8A 5KX8A 1FHIA 2YACA 4NTTA 5M4UA 5F4NA 2ZV7A 4PL4A 4LV7A 2BMCA 3PG1A 4KSPA 1Y91A 2YERA 3NR9A 1OBGA 4L7FA 3RNYA 3ORZA 5CF5A 2UZTA 4AOTA 4FG9A 2ZB1A 4ZGLA 1H01A 2OKRA 1HCKA 2CLQA 2QHNA 2WFYA 1CDKA 3BYSA 4GK2A 4ANSA 1UKHA 2NRYA 4CZUA 1FVRA 5KCVA 4CFFA 5IH5A 5JGAA 2ITXA 3EZRA 3KA0A 4JMQA 3QQGA 5T68A 4FITA 3RK7A 4Z3VA 1Q8UA 4PP7A 4CTBA 3FZPA 5A54A 4JDJA 4C4GA 3IGOA 3VF9A 3FL5A 4RQVA 4NJYA 2OJFE 2GFCA 3WILA 5LVPA 2VD5A 4QMXA 5IUHA 2XIKA 4N0SA 5HCXA 2PVFA 3NMUF 1SM2A 2GNIA 2VGOA 5J8IA 4C4IA 2WQOA 5HIEA 3AMBA 3UIMA 4A4XA 4Y83A 3O5AA 4GSBA 5EQYA 3BBWA 3W0RA 1GIJA 2IVVA 2OFUA 3C4ZA 4J1RA 1CMKE 5I2FA 2WTCA 1W82A 2XAOA 3PWDA 3VUGA 3O17A 4QTDA 4MQ1A 4JBQA 4B0GA 4EZ5A 2VTTA 3HGKA 3AG9A 4C36A 5BV3A 2BCJA 2ZVAA 4D5KA 4GYGA 3HEGA 3TWJA 4U80A 4FEXA 4FNWA 1R78A 1GZKA 3MSSA 3FXZA 4HVSA 4RFYA 2OW3A 3F61A 3FZSA 4ZZNA 5J1VA 1NT2A 1UU8A 1WAKA 3GQLA 1H26A 4DFUA 4IJPA 3S0OA 3AC8A 3PJ8A 3VJOA 4RX5A 4BN1A 4UX9A 3V5JA 4Q5HA 4E20A 1LUFA 1U54A 1L3RE 1SZMA 2PZRA 3PVBA 5DGZA 4IJ9A 2A19B 3ZONA 3U4WA 3PLSA 5E90A 3GCUA 3GCPA 5A4QA 4CKRA 3D5VA 2VO7A 3V5WA 1YWVA 4IDVA 4FG7A 3ODYX 4FKVA 4WBOA 4F1TA 1ZYJA 1CSNA 4RX8A 5D41A 4NM0A 4ZTMA 3CY3A 3A4PA 3PSDA 3RAWA 3UGCA 4AXEA 4BGGA 5FLFA 4AT3A 4WSYA 5C4LA 2Z7QA 1IEPA 4FSNA 4KRCA 4BICA 1LR4A 1VYZA 4EOSA 4CVAA 3TTJA 5HIBA 4AOIA 3NLBA 2I1MA 2JITA 4ZP5A 4UN0C 3BE2A 5EMTA 4QMUA 5AP0A 4BTKA 1J7IA 5HG8A 4FSQA 2R3RA 3F9NA 5DOSA 1VEBA 4XG8A 3O1ZA 2UW4A 5FUTA 4F9CA 3QWKA 4YURA 4L53A 4FVPA 3ZBXA 1M52A 3OG7A 4L6QA 3R8MA 3F88A 3LJ0A 4YJSA 3F2NA 2NP8A 3PXYA 2PVRA 3F3ZA 3FI4A 3H4JA 2HZ4A 3N4TA 3NAXA 3EB0A 3ML1A 5IUGA 4C34A 2AC5A 3R0TA 2X4ZA 2B53A 3BLHA 4RJ4A 3UO5A 3VQUA 5ANOA 3P0TA 1E1VA 3L9NA 4LI5A 4KS8A 5AV0A 4QYGA 2NNWB 1V0PA 3G6HA 3TNPC 4DFBA 3AC2A 3ENHA 5EM5A 4ZLZA 1KE6A 3FC2A 5DPVA 3KXXA 4GV1A 2W1CA 4UBAA 2YHVA 2W05A 1LPUA 4F0GA 4RVMA 4AFJA 2PULA 1V0OA 3FEGA 5BVFA 3W16A 3EYHA 4QP2A 4O38A 3D7ZA 1WBOA 3LM0A 3LFSA 3R8VA 2WKMA 3O96A 3QD4A 3F66A 1M17A 3BLQA 5DVRA 3LFAA 4DH5A 4GG7A 3OY1A 4GL9A 4KS7A 3R7EA 3Q6WA 3FLSA 3AMAA 4ZSEA 3GBZA 4WNKA 3ODZX 1J1BA 4E6QA 3SHEA 4N6YA 2XRWA 1XH6A 2XJ2A 3IDBA 4YJVA 5I5ZA 2O5KA 3U9CA 4NFNA 4BDBA 3I81A 3PRFA 2FSOX 3N51A 3C0GA 1A06A 4RWKA 3ZOSA 3BYMA 3WF7A 5EKOA 3QC4A 5HU9A 3MESA 5KHXA 3TUBA 5B2MA 3U54A 2XKCA 2ONLC 3I5ZA 4X2GA 1ZOHA 4R1YA 4K77A 4ZKLA 4MAOA 4XBUA 3QCQA 2OK1A 4YPSA 1EMSA 3ZRMA 1NXKA 3VS2A 1OGYA 3E92A 2Y4IC 4YZDA 2YN8A 2OF2A 3AC5A 3MTLA 4WRSA 1L8TA 1OZ1A 2VTRA 2YJSA 3EN7A 3SGCA 3NUYA 3E7VA 3QUEA 4FTUA 4FV3A 4J95A 3WOWA 5AEPA 1KPEA 3NNWA 5HHWA 2CCIA 3NRMA 4F9BA 5DH3A 3VJNA 2EU9A 1R0EA 2W1ZA 3MB7A 5BYZA 4Y95A 3RM6A 3UDTA 4GU9A 3HV4A 1H1QA 3QRIA 3S3IA 5CQUA 5CT7A 4YZ9A 2F4JA 2GSFA 4ZJJA 3QHRA 3NVKI 4JL9A 2O65A 5BVOA 4PTCA 2QOBA 1OM1A 4ANMA 4EQUA 4J98A 1Z5MA 3HUCA 2OJJA 3G9NA 4E7WA 1SMHA 1MUOA 1O9UA 1XH7A 2WIPA 4DINA 3GEQA 3DPKA 5A4EA 3EN6A 3E8NA 3A60A 2O8YA 4G17A 2G1TA 2RFSA 2ZFYA 1U59A 3LMHA 3Q3BA 4FKJA 2QU6A 3CY2A 4K0YA 4B9DA 4FKSA 4IIRA 4TNBA 4C2WA 5K4IA 3EKNA 4TZRA 1G3NA 5D12A 2GQSA 4IB5A 3ZDIA 4XV1A 2YM7A 3BEAA 4QMVA 3O0GA 4MK0A 4PL3A 4Y73A 5FTGA 4NDHA 3REPA 5IG1A 4I5TA 3VHKA 4FIHA 4C38A 4EH5A 4FTQA 3MFUA 3LFNA 4FEVA 4UWYA 3HDMA 5B2KA 5E8TA 1RJBA 4HJOA 2UZDA 2WEIA 4MKCA 4OT6A 5LMBA 2ZYBA 2PMLX 4ZY6A 3SRVA 3FV8A 5A4CA 4WUAA 1PY5A 5EYCA 3A62A 2RFDA 3CD8A 5LVLA 4WA9A 3RPOA 3RNIA 2ITYA 4B8MA 1WFCA 4L42A 1Y6AA 2A4LA 3MBLA 4K33A 3UOJA 2YCQA 1RQQA 2IW6A 2XNPA 4O7ZA 1STCE 3QZIA 3FMMA 5AP7A 2DQ7X 1ST0A 2XIZA 3QAME 5LMKA 4MNEA 5TKDA 3MW1A 2XCHA 3H3CA 5DT4A 1IRKA 3OUKA 5CX9A 3PA3A 5FEQA 3SXRA 3HAVA 5I9UA 2IN6A 2ZAZA 5FM3A 1PMNA 1LEZA 4MXZA 3I4BA 3ZXZA 5DHJA 3NUPA 3WE4A 4QP7A 2B9FA 1CKJA 2W9ZB 1BKXA 3OWLA 4LFIA 4ZXTA 1MQBA 1YI6A 2QQ7A 3DTWA 3FZOA 4S33A 3DKOA 3IDCA 4QQJA 2I0YA 3CJFA 5HBJA 4CKIA 4AZTA 4ZS4A 2VV9A 4K2RA 5E8XA 5IQIA 2AYPA 4ACMA 2R3MA 1JQHA 2FVDA 1SVEA 3ETAA 3NUUA 4FTOA 4GT3A 1JSTA 5F95A 3SAYA 1P14A 4EBVA 5EYKA 2R4BA 4UXLA 3NAYA 1YVJA 2W5BA 1SYKA 3ELJA 4ZIMA 3KMWA 4PNIA 2PE2A 2W99B 3L9PA 2QOLA 4D9UA 2JDTA 3BKBA 4USDA 2O2UA 3ZH8A 3ORIA 4ALUA 2B1PA 2J2IB 2OXDA 4CFNA 4JG8A 4PF4A 2X0GA 5KUPA 2PVYA 4NM5A 3G90X 3KK9A 1SNXA 1NY3A 4WKQA 2VO0A 3WYXA 5J7HA 3PSBA 4EQEA 3SW4A 1ZAOA 5DA3A 5E92A 3QKLA 2WMAA 4I5HA 4E26A 4G2FA 3R7IA 4DFYA 5CVFA 4RMZA 3ZO3A 3E88A 5HTCA 3DJ6A 3CEKA 5CSWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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