The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
LGSMEELNRSKKDFEAIIQAKNKELEQTKEEKEKMQAQKEEVLSHMNDVLENELQCIICSEYFIEAVTLNCAHSFCSYCINEWMKRKIECPICRKDIKSKTYSLVLDNCINKMVNNLSSEVKERRIVLIRERKAKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Rnf168 Ubiquitinates K13-15 on H2A/H2Ax to Drive DNA Damage Signaling
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF8
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| total genus |
48
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2012-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13920 | zf-C3HC4_3 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HTK C; 4HYT B; 2HYE D; 5AVV B; 4C7N B; 5H9M A; 2VJF A; 3O37 A; 1X4J A; 2M3H A; 1WEP A; 5AVQ B; 1FAV A; 2KR4 A; 1FP0 A; 2ECI A; 3O34 A; 4YAB A; 2ECG A; 4YBS A; 4M3L A; 3U5N A; 1Z6U A; 5AIT A; 2EOD A; 3L1Z B; 3EB5 A; 4R7E A; 3HCS A; 2MNY A; 3MGN A; 2YW8 A; 3A5T A; 3N9Q A; 4V3L C; 2ECT A; 5FB1 A; 3GV4 A; 2YSJ A; 4QF2 A; 3VYI A; 3ZNI A; 4I6M C; 1VD4 A; 2RI7 A; 3KV5 A; 4N3W A; 2YQM A; 5G0F A; 5KH3 A; 2E43 A; 3PUQ A; 3HE5 A; 2R32 A; 3O7A A; 4FJC A; 3HTK A; 2VJE B; 2XV5 A; 1KQL A; 2LGK A; 1OWA A; 2FUI A; 4B86 C; 2Z5I A; 1V87 A; 1WFK A; 2MD8 C; 2W6A A; 2VP7 A; 2Q3I A; 1FOS F; 2E6S A; 4YAT A; 3V43 A; 1HYJ A; 3N9L A; 3O35 A; 2ECV A; 4QF3 A; 2LN0 A; 2KWJ A; 2EGP A; 3RPG C; 2WT7 A; 1H8A A; 2KIZ A; 1WEN A; 2YO3 A; 4WZ0 A; 1VFY A; 2M85 A; 2L43 A; 4F52 B; 1GK4 A; 2N9B A; 4FK5 A; 3DQV R; 2H7H A; 1VYX A; 3A3Y B; 4NN2 A; 5APW A; 3V4Q A; 1MUU A; 1CI6 B; 2H0D A; 4UI9 B; 2JMI A; 4AUW A; 2FUU A; 4CA1 A; 5APV A; 4XE5 B; 2K4D A; 1RMD A; 2MA5 A; 3EB6 A; 1MV8 A; 3LRQ A; 3KV6 A; 2QIZ A; 5D1M B; 3NTN A; 1WGM A; 3SOU A; 4JYC A; 3VMZ A; 5LCW B; 4GKG A; 4GNG A; 2JJL A; 1JOC A; 3LQI A; 2P7J A; 2ECW A; 1WEQ A; 3ZVY A; 2G6Q A; 3M63 A; 2D8S A; 5J3X A; 3N9O A; 1SLQ A; 1S9K D; 4S3O B; 3TK1 A; 4ZDT A; 1J2J B; 1F62 A; 5TBN A; 1U6G B; 2R3C A; 3ZYQ A; 1X4I A; 1SP4 A; 4I7D A; 4AYC B; 1DH3 A; 2KP8 A; 2G43 A; 1E4U A; 4WA6 A; 1WEU A; 5FEY A; 3NXS A; 3VMX A; 3QZV A; 3SWF A; 1X4U A; 4LKA A; 3ZPV E; 1JM7 B; 4DZO A; 2KWO A; 3IR9 A; 4RES B; 3V4W A; 5AVT B; 2K16 A; 2XU6 A; 2YHO A; 3OAK A; 2ECN A; 3HCU A; 4TKP B; 3TYY A; 5AVS B; 1XWH A; 3M0D A; 3I2D A; 3O8Z A; 5C11 A; 4CCG X; 2UZG A; 2K1J A; 3U5M A; 3UIA A; 3VK6 A; 3MHH A; 4I7B A; 5TRB A; 4W4U A; 3M9B A; 4PTB A; 5AW5 B; 2K17 A; 3LQH A; 1MM3 A; 2BAY A; 4IC2 A; 4YAD A; 2LXH C; 3O36 A; 5FB0 A; 4IC3 A; 2R5B A; 2JMJ A; 3LIE A; 3LID A; 2PNX A; 3O70 A; 5B76 A; 1YYC A; 5D1K B; 5LKX A; 2XEU A; 5AW9 B; 4I7C A; 1WE9 A; 1WEM A; 5AW1 B; 5B77 A; 2F6N A; 2KE1 A; 2WPR A; 2CKL B; 2F42 A; 2ECJ A; 5APY A; 5AW2 B; 4C7N A; 3A7O A; 4WZ2 A; 2VPB A; 5B79 A; 3V5B A; 1A02 J; 2P2U A; 5KH9 A; 1JM7 A; 2C2V S; 5H1V A; 2C2L A; 2MIQ A; 2R5D A; 2IPP A; 4C46 A; 1FBV A; 2MT5 A; 5DIN A; 4AP4 A; 1MM2 A; 3VTP C; 2W27 A; 5AW4 B; 3TNU B; 3PHD A; 2KGG A; 3I5C A; 5B78 A; 2VPG A; 3A2A A; 1FOS E; 5AW6 B; 1GD2 E; 5AVY B; 2E42 A; 4L7X A; 4ZUX U; 2E6R A; 3L36 A; 4FO9 A; 5TAB A; 4O64 A; 3L1X A; 3T6R A; 2LRI C; 1H89 A; 3NFQ A; 2RSD A; 2CSY A; 2CSZ A; 4XI1 A; 1LDJ B; 3SHB A; 3SOX A; 1X8Y A; 4YC9 A; 4YBM A; 3VMY A; 3B8E B; 5G04 B; 3M62 A; 2VPE A; 4BBQ A; 2XZR A; 4UP5 A; 2LGL A; 4A4C A; 1GTW A; 2LXP C; 2CT2 A; 2MNZ A; 5EYA F; 3C5K A; 1DVP A; 2KYU A; 2VJE A; 2VJF B; 2WTY A; 2CKL A; 2VNF A; 1A02 F; 3KQI A; 5H1U A; 4B7Y C; 2JRJ A; 1Z60 A; 5AVX B; 4LLB A; 4P5O B; 4BHW A; 2C9N Y; 2LGG A; 3IHP A; 2QJ0 A; 3T97 A; 2KU3 A; 1GU5 A; 5AVR B; 4R2Y A; 4I2L C; 2BAS A; 2PUY A; 5APX A; 4MVT A; 2AN6 A; 4L58 A; 5TDW A; 3ASL A; 4GT1 A; 3FL2 A; 4S3O C; 5LKT A; 3P32 A; 1K2F A; 5AVU B; 2MUM A; 2MD7 B; 3T7L A; 5APS A; 2WPS A; 2YYR A; 3U5O A; 5CMZ A; 3HE5 B; 1CI6 A; 2L75 A; 4C9Z A; 2VRS A; 2ZET C; 3SOW A; 2FSA A; 2OXQ C; 2L5U A; 1CHC A; 2Y43 A; 3M0A A; 1CZQ A; 4JYB A; 1IO4 A; 4GNF A; 4LJN A; 2Y1M A; 2YQL A; 3HCT A; 3M99 A; 2M1R A; 3N9N A; 4R8P K; 2QM8 A; 5KH7 A; 2WT7 B; 2KFT A; 3MD0 A; 5JG6 A; 4X3G A; 2YUR A; 5C13 A; 5G05 B; 2YRE A; 2P67 A; 5AW8 B; 3L11 A; 2YU4 A; 4MSX A; 4N4F A; 5I3L A; 1GZL A; 2KWN A; 5APU A; 4FIP A; 3KDP B; 4AYC A; 2YSM A; 3KQG A; 3ZVZ B; 3HE4 B; 4LC1 A; 1Z2Q A; 2M6M A; 3O33 A; 1HWT C; 2H0D B; 5B75 A; 3KNV A; 2IDA A; 2ZXE B; 2QIC A; 5APQ A; 3P8M C; 1WEW A; 4A0C D; 5AIU A; 2WPQ A; 4KHX A; 5LKZ A; 5LKU A; 2I50 A; 4LK9 A; 4Q6F A; 2KWK A; 1BOR A; 5AVZ B; 2NAA A; 1H88 A; 5AW7 B; 1T2K C; 1WEE A; 1WIM A; 2YHN A; 4EOT A; 2LQ6 A; 3ZTG A; 2ZFC A; 4ZQL A; 4WZ3 B; 4A4B A; 2QM7 A; 3RPG B; 2VPD A; 5D1L B; 1JUN A; 1T1H A; 1MFZ A; 1WEO A; 1NAF A; 2YO2 A; 5AW3 B; 4YAX A; 2Q5U A; 1GU4 A; 5AVW B; 2KGI A; 3PUR A; 3NMD A; 1HJB A; 1G2C B; 4GND A; 2L0B A; 2Z5H A; 1GK6 A; 3N9P A; 1ZBD B; 5AW0 B; 2Q7C A; 4AUQ B; 1N87 A; 1T2K D; 1NWQ A; 3MHS A; 4AVX A; 2C9L Y; 4GNE A; 1CSB A; 2YUC A; 1HUC A; 1G25 A; 1WEV A; 3L37 A; 2YNY A; 1S9K E; 2WWW A; 3NG2 A; 5APT A; 1OXZ A; 3HE4 A; 1HYI A; 5FER A; 3N9M A; 2L80 A; 1WIL A; 3P7K A; 3M91 A; 1WES A; 2Y1N A; 3ZPV 1; 4B86 A; 2LV9 A; 2MA6 A; 3C6W A; 5B8D A; 3L35 A; 4A49 A; 5TDR A; 4YBT A; 2LDR A; 2YT5 A; 4GB0 A; 3VN0 A; 3TNU A; 2F6J A; 5H1T A; 3RTR B; 2XB1 A; 5DKA A; 3DPL R; 3LQJ A; 1JNM A; 3M06 A; 2JMD A; 4UP0 A; 2HDP A; 3GL6 A; 4PPE A; 2G45 A; 2EA6 A; 2LGV A; 4LAD B; 4AQR D; 4V3K C; 3U5P A; 1HBW A; 3M9H A; 1IYM A; 2KRE A; 2DX8 A; 1LDK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AE8 C; 3HTK C; 2A06 E; 5AVV B; 3F5H A; 4C7N B; 4TLF A; 1N73 B; 2ZXX A; 1PGJ A; 3BAT A; 3HUS A; 2W6J H; 1FAV A; 3D6Y A; 1FZC A; 2ECG A; 3G71 P; 3BCC D; 2CPB A; 2K9J A; 3L1Z B; 3EB5 A; 4WY4 D; 1EZV D; 2OTL P; 3CPW O; 4V3L C; 3GV4 A; 1LTJ C; 2J58 A; 4RKU J; 3SUB A; 4QF2 A; 2LAU A; 4HH2 A; 3H1I J; 2D2C D; 3L4F A; 1VD4 A; 1FDM A; 4PV1 C; 1PGQ A; 3CWB D; 5KH3 A; 4WY4 A; 1YQ4 C; 4EIJ A; 1M7L A; 5CHX A; 2FYZ A; 2VJE B; 3AE4 C; 1KQL A; 3MP7 B; 2LGK A; 3KPE A; 4LLH A; 4U3F J; 4B86 C; 1SQB J; 1WFK A; 5K5G B; 2HPC A; 2MD8 C; 4RO0 A; 2FYU J; 1HGZ A; 1JM0 A; 2BEQ D; 3B5N B; 3N9L A; 3MUD A; 5KLV E; 3RBX A; 1PIX A; 2N9Y B; 3G9R A; 3RPG C; 1OVU A; 2WQY C; 2W8Z A; 1LTB C; 3Q1D A; 2KIZ A; 3FAN A; 3H1K J; 2L43 A; 2Y0D A; 2N9B A; 2HOD A; 4FK5 A; 2N1T C; 4GOD A; 4H0L B; 3A3Y B; 1LT9 B; 5APW A; 1WRG A; 1CI6 B; 1JCC A; 4OGQ D; 3RL0 B; 3LW5 H; 4XE5 B; 1FZC C; 3EFF K; 3EB6 A; 3LRQ A; 3KV6 A; 3AE7 C; 1LT1 A; 1SQQ E; 2IFM A; 2WSC H; 1AV1 A; 2QIZ A; 5D1M B; 5SVI A; 4JYC A; 4GKG A; 3RK3 B; 2KOG A; 2JDI H; 4DJG A; 1N86 A; 2KLV A; 2ZVO B; 3LQI A; 2ECW A; 3ZVY A; 1LTI C; 1NU1 J; 1NJI Q; 1M56 D; 2KSE A; 1J2J B; 2K88 A; 1F62 A; 2R3C A; 1S2E A; 1X4I A; 3BCC E; 4I7D A; 3VMA A; 2BEZ F; 2IQJ A; 1WEU A; 3WU2 E; 5TIS E; 3VMX A; 1X4U A; 1EZV E; 1K73 Q; 4IL6 X; 1RE3 A; 3MUD C; 2A45 G; 3H1H G; 2ECN A; 5AVS B; 2OYO A; 5SVX A; 2B0O E; 2KSJ A; 1H0T A; 2E75 D; 3UIA A; 4I7B A; 3L72 G; 1IFJ A; 4YAD A; 3TGU J; 4A7P A; 2R5B A; 1SQQ J; 5CCH A; 2PNX A; 3WU2 H; 5B76 A; 5D1K B; 3VP8 A; 5AW9 B; 5KLI C; 1WEM A; 5AW1 B; 1S1C X; 2IDB A; 2F42 A; 2QJK B; 2AEM A; 4W80 A; 4WWI A; 4C7N A; 3FWN A; 2KKX A; 2V7Q J; 1DIP A; 1NTM D; 2VPB A; 3V5B A; 4NPD A; 3O6Q B; 3T97 B; 1JM7 A; 3H1H D; 2FXM A; 1YJN P; 3CX5 E; 1KC8 Q; 1HF9 A; 1VQN P; 1SQX E; 1MM2 A; 5B78 A; 3PHD A; 3TNU B; 3I5C A; 1FOS E; 3L72 D; 2KXP B; 4L7X A; 2D8U A; 1DCQ A; 1KTM A; 4JPZ B; 2LRI C; 3FXD A; 3SOX A; 1RF0 A; 3L75 G; 1KQG B; 3B5N D; 3H32 B; 4YBM A; 1EDK A; 3E1I A; 3CWB J; 2VPE A; 1AQ5 A; 2LXP C; 1RE3 C; 2MNZ A; 4OWF A; 3C5K A; 2VJE A; 2ZJS E; 3CX5 H; 1A02 F; 5H1U A; 4B7Y C; 2YIU B; 2JRJ A; 2KB7 P; 2WSE H; 3S4R A; 2E5T A; 3B5N A; 4H0L D; 1FDI A; 2OGU A; 3PH0 A; 5C39 A; 2PUY A; 5APX A; 5CCH C; 1KZU B; 2AN6 A; 1T3J A; 4L58 A; 5TDW A; 2YKO A; 1LDK C; 1OVV A; 1SQV E; 3H1J D; 4R4L A; 1QLE D; 2XP0 A; 1JY2 O; 1JO5 A; 1VQM P; 2PAJ A; 4NPE A; 5BU8 B; 2MUM A; 3T7L A; 3Q2Y A; 2P1J A; 3L75 D; 2GM4 A; 3LVQ E; 1IFN A; 2H8P D; 1CI6 A; 4C9Z A; 2AXC A; 3HTK B; 2Q9I A; 1KB9 I; 1P84 I; 3SOW A; 1SQP K; 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