4QDEA

Dcps in complex with covalent inhibitor
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent inhibitors
rcsb
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 70
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdeA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdeA02
4NDGA 4YKLB 1KPCA 4NJYA 1VLRA 3OMFA 4EQGA 1Z84A 4FITA 1KPAA 4EQEA 6FITA 4ZKLA 1FHIA 1HXQA 3L7XA 3LB5A 1FITA 3QGZA 1XMLA 4NK0A 1Y23A 5CS2A 4QEBA 3SP4A 3R6FA 1GUPA 5IN3A 3O1ZA 3TW2A 3FITA 4INCA 2EO4A 4NJXA 5ED6A 4ZGLA 1ZWJA 1KPEA 5IPCA 4NDFA 4INIA 4RHNA 3BLAA 3I4SA 5FITA 1RZYA 4EGUA 2OIKA 1KPFA 3OJ7A 3RHNA 4ZKVA 1ST4A 3OXKA 3KSVA 5I2FA 3O0MA 5I2EA 3P0TA 5RHNA 3NRDA 3SPLA 2FITA 4EQHA 4QDVA 1AV5A 4XBAA 3I24A 3O1XA 3N1SA 5EMTA 1KPBA 3N1TA 5IPBA 6RHNA 5IPEA 5IPDA 4QDEA 2FHIA 4NDIA 3WO5A 3IMIA 5BV3A 1HXPA 1XMMA 4NDHA 1ST0A 5ED3A 3BL7A 2H39A 2Q4LA 3ANOA 3OHEA 3SPDA 3BL9A 1EMSA 1GUQA 3SZQA 2Q4HA 3O1CA 4NJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W4KA 5IH5A 4R5SA 1NVQA 5HHWA 3V04A 2XM8A 5ACBC 3O0GA 3D94A 3AD6A 3N4TA 4IE9A 4ANSA 4DH1A 1Q4LA 3KKVA 1WBNA 5AP2A 4YKLB 1XQZA 3GCPA 4OTRA 5AUUA 4Y83A 3PP0A 5AEPA 2XS0A 4GUBA 4JOAA 4WBBB 5CZHA 5DR2A 5CNNA 4DTAA 4D55A 1M17A 4KAOA 1KOBA 1Y57A 5BYYA 4UWCA 2C3LA 5EM6A 3VUDA 2X2MA 3GFWA 3M2WA 3Q6UA 1HXQA 2VTRA 3OHTA 4ZJVA 2HCKA 2B55A 3HAMA 3LHJA 3VQUA 3EKNA 4F1MA 2YERA 3TG1A 5EYMA 1XMLA 2HZIA 1XHAA 3DQXA 3G6HA 2JKOA 4M12A 2RFNA 3B8QA 4IJ9A 4OGRA 2CN8A 3NIZA 2OLCA 3R8ZA 3D5UA 4OTHA 5CNOA 2NRUA 2RF9A 3CY2A 3W0PA 2QOCA 2YCFA 3CQEA 2WFYA 3DDQA 4YBJA 3CLYA 3Q4UA 4UEUA 3O1ZA 4PQNA 2JDVA 3MI9A 4RWIA 2EO4A 4E6AA 1UWHA 3SHEA 4PUZA 2X4FA 4M68A 4ZTQA 5IPCA 3IDBA 4IFGA 1O9UA 2WEVA 3G51A 2GNHA 3GU5A 3JXWA 4LMUA 5EKNA 4Z16A 5HVKA 2UW3A 4RGJA 2OJ9A 3WF9A 4U3ZA 3C9WA 3D9VA 3E93A 2YDIA 3LZBA 3FL4A 2PU8A 4R5YA 4YP8A 5HE2A 4XBRA 5CF5A 1OIRA 4QP6A 2WD1A 3NW6A 5M06A 2CHLA 3BEGA 4TRLA 3K5VA 3AG9A 3TIYA 5M08A 3BE9A 2AC3A 3C5IA 3FSKA 3KXMA 3PSCA 4I6BA 3NGAA 3H9RA 5HBEA 1YWNA 1YDTE 3MH0A 4BZDA 3H0ZA 4NM0A 4DHFA 4XCUA 4F70A 4ZJIA 4QTEA 5I2EA 5JFVA 5AADA 4JAIA 3DBDA 4U7ZA 4DT9A 3COHA 2CNVA 4FKJA 3V01A 2FITA 4I0RA 2W1IA 4D4RA 5AV1A 4JJRA 4M8TA 5C1QB 2O65A 4ZS0A 3TJDA 5EMTA 4AXFA 4I22A 4JVGA 1H4LA 4X2JA 3PXKA 4IB3A 3UDTA 5HIDA 5CU2A 3RP9A 3A7GA 4FV6A 4F78A 4X3FB 4XG3A 1JBPE 3UIUA 2WMSA 3PG3A 4FV2A 5C4KA 4MTAA 4OUCA 4CFUA 4YUQA 5M57A 3KQ7A 3MSSA 1PYXA 4H3QA 2IZRA 3AMBA 3I7BA 4AOTA 4D2SA 3RHKA 3W8QA 2GPHA 3E63A 2G2IA 1YXUA 4AOIA 4CLJA 2GTMA 2R3HA 3DPKA 2F2CB 3KRXA 4L67A 4TYHA 3VRZA 4R1VA 4HYUA 2R3FA 2WGJA 4DLIA 4FKPA 4GMYA 4FTIA 2I40A 3GFEA 2QO7A 4BCIA 1ZMVA 3NNUA 4GIIA 3OC1A 4DGNA 4BDBA 4TXCA 5CVGA 4DGGA 2QO9A 2XZSA 1M2RA 4MQ1A 2Q4LA 3CR0A 1GJOA 2WIHA 3R7VA 2C6LA 3M42A 4GYGA 4WT6A 5IPJA 2OKRA 2VX0A 4YTCA 4KRCA 3V5LA 4LV8A 2GHLA 5DA3A 2VU3A 2XB7A 4DC2A 1ZYDA 4WNPA 2QOOA 3RVGA 5HD4A 5A4LA 1YKRA 3R71A 1XKKA 4RC2A 2ITZA 3ANQA 2VWBA 1U4DA 4USFA 4IM0A 3FMJA 3HV7A 4DGMA 2X2LA 3QYWA 5M4IA 2E2BA 2EXCX 4FZ6A 2VWZA 4G2FA 4XBUA 4BDAA 4BGHA 5IQCA 2UVXA 5CYIA 1H8FA 3KA0A 4NU1A 1FOTA 3FL5A 2W17A 4C61A 3AGMA 4G1WA 4EQEA 2OG8A 3WF7A 3Q9WA 1MP8A 3GOKA 1YXXA 3TZ7A 3FHIA 4DG0E 1IAJA 3KXHA 1ND4A 5BVWA 4NJDA 2VTNA 3ACKA 4KS8A 2UZOA 4FBXA 4X2KA 3DTWA 4EOKA 2FA2A 3A60A 2P33A 4PX6A 2OJGA 3BRBA 3L9NA 4E8AA 2VV9A 3QQKA 4NK9A 3MJ1A 4FKWA 5ETFA 3VUKA 5CAOA 4J7BA 5DT3A 3QRIA 2XNPA 3QQHA 3U9NA 2A19B 4WHZA 5BMMA 3F3VA 3ATSA 5HORA 3RM7A 1MRVA 1ZYSA 4FVPA 3GOPA 3FXZA 4HZSA 1Q8TA 5E1SA 4ZAUA 3R04A 1MRUA 2Z2WA 3I6UA 4EQMA 4AZVA 4LOOA 4AOJA 2R3LA 3PJ3A 4DDGA 3UMXA 4FKIA 4XLIA 3RAWA 4HVSA 3TCPA 4YZMA 3DZQA 2QU6A 2OIDA 4V04A 2F57A 3V3VA 5JZJA 3ORLA 5IA0A 3TNIA 5T6KA 3BLHA 4MBIA 2DUVA 1H1PA 2OIKA 2EU9A 2Z7RA 2UV2A 4AU8A 1PYEA 1IA8A 4YMJA 4EOJA 4OTQA 4IB1A 4FKRA 3V5JA 4ASZA 3MVJA 5J9YA 1ZOHA 4B6LA 5KMKA 4I5VA 4TWOA 4GW8A 1W7HA 4XHKB 5EH0A 3TNHA 3UNZA 4BGQA 3MY1A 3ELJA 3F3WA 3IDCA 3QRJA 4J1RA 4XG6A 4GVAA 4DFXE 4EQHA 2X39A 4W4XA 3ZZEA 5IDNA 5LVOA 4IAZA 1OITA 2WQNA 3PIZA 2QURA 3NFGB 3NS9A 3TV4A 4E6QA 4LUDA 4IZYA 3T3VA 1P5EA 3ORTA 5HG7A 1Q61A 3HP5A 4H36A 4O96A 4ACMA 4ITIA 2W5AA 2PVFA 5BYZA 2OSCA 1YHSA 2EWAA 3OFMA 4AN3A 2UW0A 3LCDA 5D41A 2CKPA 3FWQA 3IDPA 3KCFA 2XK3A 4FV5A 1OKYA 1Q97A 5IDPA 4I5MA 5TT7A 4AZWA 3HV3A 3VS2A 1OUYA 4DG3E 4RFMA 4D5KA 4GU6A 3TUBA 1U54B 4L00A 2I1MA 4HVGA 2V5QA 2JFLA 3Q6WA 2XKCA 3QQGA 4IDVA 2F2UA 5DFPA 4E5AX 1NA7A 4F65A 3VS1A 1PXOA 5AX9A 1PXKA 4O84A 2OIBA 2OJJA 5TF9A 5FXSA 3ZLWA 3SXFA 3LXNA 3CPBA 5CS6A 5ANGA 3EQHA 5L6OA 2OICA 3LM5A 1GUQA 3D5XA 3O2MA 4LDTA 4V0GA 2W5HA 3O1CA 3R2BA 2X81A 3DZOA 1W82A 1BKXA 4CFNA 2AEGA 2J0JA 2QOFA 4FGRA 4D5HA 3WF8A 3OD6X 3OXTA 4C4EA 4NDGA 2OZAB 3G2FA 3G0FA 2BILB 4C4HA 3B8RA 3MFUA 3P86A 1QCFA 4JX7A 4RIWA 4EZ5A 5A4TA 3GXLA 1H07A 1PXMA 1VLRA 3W2CA 1TQMA 2RG5A 5IH4A 4FG7A 2BRNA 3ETAA 4V05A 4H1JA 3P78A 4MUQA 3ZEWA 3ORPA 3SOCA 4TYJA 5EHLA 4D1XA 4PY1A 5J1VA 1Q41A 2W1CA 2C6OA 2QG5A 4I5TA 3PPZA 3SLSA 1YWRA 5BYLA 1P4FA 2PVJA 4H3PA 4MD7E 4IJPA 2BTRA 5GJGA 3GU7A 4EOMA 3L8PA 4MWIA 1J1BA 3BV3A 1A48A 3NUUA 2Q0NA 3MY5A 3UVQA 3ODZX 4C4FA 4O2ZA 3F5XA 3FLSA 4I6HA 1G8SA 3RNYA 5EQEA 5ITAA 3HA6A 4IAYA 5BVDA 1U54A 4XLVA 2HZNA 3ZO2A 4ALUA 4L3PA 3RJCA 2GCDA 2JIVA 4QYHA 1CTPE 5AIRA 4GVJA 3VBXA 3UYSA 1O6YA 2Y6MA 3HECA 4HW7A 4RWLA 4E1ZA 3R7UA 3EHAA 3C4WA 3R28A 4BCJA 2GFCA 1FGKA 3PWDA 2FSOX 5EG3A 4JRNA 3DAEA 5D10A 3P4KA 3W0SA 4QMWA 2V22A 4JT3A 4RBLA 3ZO3A 2PVHA 1F3MC 3BCEA 3COMA 3ORXA 4J8MA 4XOYA 4L68A 4G3CA 4IHPA 2QD9A 4PL3A 4I5WA 4YJRA 2XNOA 1VYZA 3TN8A 4FV1A 4DEBA 1OGYA 4GG7A 2OZAA 4KA3A 3FQEA 5I2FA 4DHZA 3OUKA 3G5DA 5CAQA 1J1CA 3SOAA 3WZUA 5LMAA 5J7HA 4CV8A 3Q9YA 1JPAA 3HV6A 2XP2A 3LFAA 4JXFA 3KREA 4UXLA 3QX2A 3O1XA 2H34A 1H0VA 5LWMA 3QHRA 1KPBA 3N1SA 5I0BA 1UKIA 2C6IA 1H28A 4OLIA 5CX9A 3VN9A 2JDOA 1H1RA 1UU8A 3HMIA 4DEHA 5A4CA 4EH9A 2R3JA 4EQUA 3WILA 2O8YA 3A61A 4WNOA 3JUHA 4BZNA 3D15A 3ZLXA 1KV2A 2BKZA 4QPSA 4DEGA 4BTFA 2HAKA 3FPMA 4BZOA 4ITHA 1G3NA 3RZBA 4ZSAA 4UY9A 1VZOA 1Q3WA 3L8SA 2QLUA 4DFYA 5FLFA 3Q04A 4JIKA 4CCBA 4QYYA 1G8KA 1P4OA 3EYHA 4DFBA 4L3JA 2YM5A 4OTGA 2VTAA 5H2UA 3TNQB 5EYDA 3ZCLA 2YIWA 1FMKA 2UZEA 4FA2A 3HUBA 3KK8A 3KXXA 4FKOA 3KXZA 2PE0A 3PXYA 1L8TA 4TYGA 1EMSA 1AD5A 2Q4HA 4XG2A 3R1NA 4Y8DA 5HTBA 4ZZNA 4RRVA 3BU6A 4FEXA 4X2FA 2GFSA 4XYFA 4CCUA 3A8WA 5K9IA 1IASA 4TWNA 3TUCA 3P0MA 3MVLA 4ZZOA 5KMMA 5T68A 3C0IA 3IW7A 4FV3A 4EJ7A 4PP7A 2EXMA 3DKGA 4O6EA 3ZC5A 4QMLA 4XV9A 2CLQA 2I0HA 2UVYA 3KF7A 3BYUA 2LJWA 5IA4A 3FXWA 3MVHA 4X3FC 4PNKA 2CCIA 4QYFA 2WPAA 1JKKA 2XAOA 4CZTA 3QRTA 3OT8A 2VTMA 1Q3DA 3U54A 3ZRMA 3MESA 3E7VA 1KE7A 4YZBA 3WZJA 1T45A 3TZMA 4JL9A 4OBOA 4IAIA 2YWPA 4HGEA 4B7TA 1JWHA 3D5WA 5IA5A 1WBTA 5CS2A 2O0UA 3BIZA 2ONLC 2QCSA 3RINA 5M56A 4C2VA 4C2WA 4IM2A 2Z02A 3FZPA 1FQ1B 2BZJA 4AZEA 4EZ7A 4A9UA 3F2RA 3F2NA 3R2YA 1GY3A 2W1HA 3KB7A 4XRLA 5IUIA 3RMFA 3TKHA 1ERKA 3UIXA 3ZU7A 1U46A 2W99B 3QBNA 3KIOC 3PVWA 2WTKB 3BU3A 5F4NA 4O7SA 3U87A 1GIIA 1PY5A 1ZWJA 3QD2B 5J8IA 2PZPA 3VONA 3PPJA 4A4OA 3CS9A 1Q8WA 3BQRA 4HJOA 4PTGA 5E8XA 3K3JA 2IG7A 5CEQA 3BLRA 4TT7A 5CAPA 3LW0A 4F64A 3AC5A 4WNMA 5HLNA 3IS5A 4NYEA 3OJ7A 2XALA 3QC9A 3EJ1A 5HVYA 3W18A 4RX5A 2WQMA 1TQIA 4FIFA 3R22A 4DH7A 3ENHA 2IVUA 3UVPA 4O7ZA 4MH7A 2GHGA 2H6DA 3R30A 3I6WA 1M14A 4YJUA 4ITJA 4AQKA 3FC2A 1YQJA 3H0YA 4RWKA 2XAMA 1OBDA 4IX3A 5AUTA 4MBLA 5D11A 4LFIA 4N4SA 4JAJA 2NNWB 4MEDA 3ZSHA 3VNTA 4J8NA 2ZV2A 1XH6A 5DGZA 2ZVAA 4OTDA 4ASDA 4BYJA 4UYNA 4C35A 1VJYA 4FOCA 4USDA 5IPEA 5FGKA 4A4LA 5ANJA 4BCOA 4HYHA 2F4JA 1FMOE 4IWQA 3EWHA 5IISA 4IWDA 2HENA 1S9IA 2J51A 3MH2A 3BE2A 4ID7A 3VS6A 2IVVA 3CGFA 4OBQA 4YR8A 2B54A 4QO9A 1OKZA 3FZ1A 4FTAA 1ZYLA 3LLAA 3LQ8A 1H26A 3I81A 4RX7A 3VRYA 4KUJA 2BTSA 4A9SA 4NT4A 3F5GA 3UIBA 1CKPA 4EH6A 2OK1A 3R0TA 2X0GA 5KMNA 5IZFA 1R39A 4BDDA 3R9DA 1IA9A 5CXZA 2GDOA 1PRYA 3F3ZA 1R3CA 5CXHA 3AT3A 4RIXB 2XBAA 4ZSEA 2C0TA 1ZY4A 4FC0A 4XS2A 4FG9A 3QWKA 4U6RA 3U4UA 5FEDA 4YURA 4AT3A 2OIQA 2VX1A 2I7QA 5AUVA 4JQEA 3PLAE 4FSNA 5HEZA 2Y4IB 3UNKA 3HLLA 5IEVA 5JEBA 1UU9A 2E9NA 1JAMA 5B2LA 4B0GA 1YOMA 3QTXA 3QRUA 5JGBA 2B9JA 4ZMFA 2XKFA 3GCUA 3QQLA 4F0IA 1JKTA 4KBCA 4AZTA 4ANBA 5I9WA 5KKRC 3MH1A 4LV5A 3QGYA 4QNAA 2C47A 2Z60A 4KS7A 2VO3A 2ZM1A 1RDQE 4O7NA 1Q24A 1MUOA 1V1KA 2C6DA 4ZSLA 2LAVA 4I5HA 5HO7A 4I4EA 3QTRA 4TY1A 4RLLA 1V0BA 4D4YA 3MY0A 1XH8A 3AC8A 5FTQA 3FLNC 4IX4A 3W2QA 4FNXA 1GIHA 2XM9A 4I0SA 3NUXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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