4QDVA

Dcps in complex with covalent ligand
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent ligands targeting Tyrosines
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
total genus 71
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdvA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdvA02
3QGZA 1VLRA 3LB5A 1AV5A 3P0TA 2EO4A 1ST0A 3BL9A 1GUPA 3SPDA 1KPCA 1KPFA 3R6FA 2H39A 5I2FA 4NDHA 5IPBA 4EQEA 4NDFA 1KPBA 4INCA 1GUQA 5EMTA 1XMMA 1ST4A 1HXPA 3O0MA 5IPDA 3NRDA 3SP4A 4YKLB 1FITA 1Z84A 2OIKA 5I2EA 4EGUA 3OHEA 3TW2A 5FITA 3KSVA 3OMFA 4QEBA 4NK0A 3SZQA 1FHIA 3O1XA 5IPCA 5ED3A 3FITA 1KPEA 4NDIA 3IMIA 4EQGA 5CS2A 1KPAA 3N1SA 3ANOA 4FITA 5RHNA 3RHNA 3L7XA 3I24A 4NJYA 1Y23A 5IN3A 2FHIA 3O1ZA 3N1TA 3OJ7A 5ED6A 4EQHA 3BLAA 6FITA 6RHNA 3OXKA 4QDVA 4RHNA 4NJXA 5IPEA 4ZKLA 1EMSA 3WO5A 3BL7A 3SPLA 3I4SA 4ZKVA 2Q4LA 1ZWJA 3O1CA 4NJZA 4ZGLA 2FITA 5BV3A 1RZYA 4INIA 4NDGA 1XMLA 4QDEA 2Q4HA 4XBAA 1HXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FD2A 2Y4PA 4W4YA 3GP0A 1OIQA 4L42A 5BYZA 2UUEA 1E1VA 1AV5A 1BLXA 2R3KA 4C38A 2B52A 3I7BA 3ZLXA 1Y6AA 2R7PA 4FTAA 4GSBA 5J95A 2WMQA 3UPXA 4I0TA 4FR4A 4NH1A 1KE6A 4BCMA 3FXXA 3QLGA 5AAEA 3KKVA 5EQEA 5IQDA 3RPOA 2JBPA 3MH0A 4IAYA 2BILB 2OO8X 3DK3A 2R3OA 2J5FA 3WZJA 5A46A 5E8ZA 4L00A 3UE4A 1H1WA 2HXLA 2H6DA 2JKQA 5IPJA 2RF9A 2EB2A 2ZDTA 3HDNA 3OUKA 3OW4A 5FXQA 4Y8DA 3F66A 3IPHA 2BRHA 3NFFB 5LOHA 5DBXA 2WQBA 4O0UA 3R1SA 3BLRA 3PVWA 4DF3A 2B0QA 4K11A 5ANIA 1HXPA 2YISA 4EOKA 2O3PA 2GQRA 5IPDA 4QQ5A 3PDTA 5LCJA 1PMUA 3CP9A 3WIGA 3WOWA 4QP6A 2XEZA 1KUTA 3IECA 3PJ3A 5HNBA 4QO9A 4I20A 5L6PA 2J51A 2WU6A 1RE8A 1QL6A 2JDOA 3BGZA 3BHTA 4TWCA 1E1XA 5BVKA 4AZWA 4L7FA 4NZWB 4BDHA 4WBBB 3OWPA 4MKCA 3COIA 1QPEA 1YXXA 2IVTA 3ZDIA 4I22A 4IAKA 3VS1A 4MCVA 2PVMA 2NP8A 5DWRA 1FVTA 4F9WA 4XMOA 5ED3A 2GPHA 5EM8A 4M69B 4O38A 2JFMA 4O84A 4E6DA 2CHLA 3CPCA 2YJSA 3LM5A 3ORLA 4FZ6A 3Q6WA 1WVWA 3FKLA 4FL3A 4IZAA 4IZYA 3QHRA 4OBPA 5BMMA 3V6SA 4GU6A 4ZXTA 1R78A 1ND4A 2OFUA 3FKNA 3POOA 1KPAA 4OT6A 3CTHA 3N9XA 1IAJA 2C6MA 5CALA 4ZJVA 5L2TA 3ORTA 4OTDA 1OGYA 5AUZA 3L9MA 1NA7A 4NIFB 2H8HA 4LRJA 1Y91A 2QCSA 4XHKB 4CSVA 4O7NA 3VW6A 1GIJA 2CGVA 2W4JA 1HCKA 2OFVA 3U87A 2RL5A 4AGDA 1IRKA 3E64A 2BTRA 4XG4A 3FY2A 3R9OA 4A9RA 3F3VA 3OWLA 1ZMVA 4CD0A 4EQHA 3F9NA 4MVFA 3V3VA 5BVDA 3CY3A 3TNPC 2BIYA 3H4JA 4J97A 4IAIA 1DAYA 1QPJA 1WBOA 3KVWA 4O7VA 5B2LA 4AA0A 3QZHA 4CGAA 4HJOA 4A9SA 5HU9A 5EHYA 4DHZA 2XKDA 4DE4A 3C50A 4I0RA 5CANA 3K5VA 2REIA 3ZLYA 3LFBA 4JRNA 3MIYA 2OZAA 3VAPA 2P3GX 5CF5A 4TT7A 3WO5A 3ORIA 3DTWA 4JRVA 4QYEA 3SPLA 3TACA 3IDBA 3KRJA 2JD5A 4H3BA 4EOLA 3MB7A 2RIOA 2C0TA 3I81A 1LUFA 5CI6A 5HICA 3BV3A 3VF8A 4MF1A 2C6OA 3PE2A 4LDTA 2RFDA 2FITA 2YA9A 3KVXA 4EK8A 1VEBA 3GC7A 2B4SB 4H39A 5CAPA 2WMWA 4B8LA 4FOCA 4XYFA 4XCUA 4BTFA 4CT2A 3NWWA 4EH8A 4O86A 3MA6A 5F4NA 4EYMA 4NDGA 2A2AA 2C4GA 3DFCB 3QTQA 4NWMA 4ID7A 3TKUA 4AG8A 3LB5A 5KKRB 5JGAA 2PE0A 3OBGA 3E62A 2HZ0A 2OZOA 4Q2AA 3G9NA 5KZIA 4CNHA 2PE1A 5HKMA 4BZDA 2OXXA 3CXWA 3LM0A 1SNXA 3NLBA 3TJCA 1MRUA 4NUSA 4HGLA 3VHEA 3SPDA 4O0TA 3A4PA 1PMNA 3KEXA 4LMNA 3NVMB 3EHAA 5F20A 5IDPA 2WU7A 4G3FA 5CEPA 3K3IA 3E8EA 2XNPA 4QRCA 1YI6A 2PMOX 4DEAA 4EQEA 3KL8A 4L68A 4DFNA 3TT0A 4JDHA 4O27B 5DEYA 2UW9A 3NYOA 4U3ZA 1YXTA 4INCA 2VX1A 3MJ2A 2JDRA 5AUYA 1PF8A 2E9PA 4KKEA 5IA0A 4PUZA 3MIAA 2BRNA 5KMKA 5AP5A 1F5QA 4GU9A 3UO5A 3IKAA 3LIJA 3S95A 3KK8A 3UIBA 4DEGA 2BIKB 2C5NA 4UX9A 4QMQA 5KMIA 5M07A 4U41A 3KN6A 3GU4A 4FZDB 3W0PA 2CKPA 3UP2A 3TUDA 2B9HA 1KOAA 3EQRA 5FQDC 2GS2A 3LFCA 3PFQA 4QMSA 4NM0A 3E93A 2W1ZA 1OIRA 1NT2A 4JG6A 1M14A 3PIXA 2WTKC 1YDSE 5D7AA 4OLIA 4AP7A 5IISA 1MQ4A 3CR0A 1SM2A 4FTTA 2BAJA 2W5BA 1OKVA 3LE6A 2PVJA 4QQCA 4UBAA 3TM0A 5DEWA 2XK3A 3Q6UA 3PSBA 3Q04A 5A6NA 2F7XE 2PUPA 3QGWA 4EQGA 4YO4A 4BDEA 3LMGA 4FSRA 4FTCA 1JNKA 4RJ4A 3FDNA 4IDTA 1G3NA 5L8JA 3BWFA 3ZC6A 2XKFA 2HY0A 3MFSA 3AC8A 3P08A 3ZO1A 5KUPA 2PZPA 3ZCLA 1W83A 2VWUA 4FSZA 5CU4A 5LARA 5AIKA 4NJYA 2UZNA 2ZMDA 4XP2A 2QI8A 3PXKA 3HMNA 4ZMFA 3D4QA 3C4EA 3JY0A 5ACBC 3NPCA 4WOVA 1Q61A 4D4RA 1WAKA 3H9RA 3VS0A 3BZ3A 2BRMA 4JAJA 2VN9A 4G5JA 3QA0A 4DEDA 4IB5A 1YOMA 2W1GA 4G3CA 4WNPA 4EJNA 4ZLZA 4FG7A 4XBUA 3DAEA 5FXRA 2YM5A 2CKOA 3UZRA 2EWAA 3ZUTA 4DTAA 1R0EA 3HVCA 4D4SA 2BHEA 2OF4A 3VS5A 3O96A 3I60A 4I1ZA 4BHNA 3RM6A 3BE9A 3PLSA 5JGBA 2VNYA 4IC8A 2GHMA 3BYOA 2UVZA 2C3LA 3HP2A 4YTFA 2VTAA 3FMLA 3Q9XA 4BZOA 4FZ7A 5BUIA 4QP7A 3ZEPA 3P86A 4BTMA 4C2WA 3RTPA 4DITA 2WAJA 5JFWA 4B99A 4A4OA 3MV5A 4CKRA 4H05A 4DHJA 3B8RA 1XWSA 4BB4A 3SX9A 4O6EA 3VUGA 3MGYA 4U3YA 3FMNA 3DLSA 4C36A 3N4TA 2PVRA 2XM9A 4I6LA 2ZB0A 4LRMA 2CLQA 5EKNA 3PRFA 4OT5A 3LQ8A 3D94A 5T6KA 2IZRA 4ZY4A 1Q8TA 4Q9ZA 1CKIA 2HWOA 5I4NA 2PWLA 3COKA 1OI9A 3OVVA 3PA4A 4Z3VA 3FI8A 2XK6A 4QP4A 5HIDA 3C51A 2JDSA 2C6IA 5CT7A 3DCVA 5DE2A 2Z7QA 4YU2A 3HLLA 5A4CA 3BKBA 3H9FA 1DAWA 2R3IA 5CU0A 3GVUA 3KRXA 4QQTA 2BKKA 3QKMA 4BRXA 4C3PA 3KXHA 4FKQA 5BVNA 1CMKE 4TYEA 3NUXA 3RWPA 2XH5A 1PXMA 2W05A 4LOQA 1ZZLA 4GK3A 1SVHA 5AP0A 2HXQA 1O9UA 5IMXA 3PA3A 4O22A 4P7EA 2VTLA 4JR3A 4AOJA 2VTHA 3TJDA 4XG8A 3TV4A 4N70A 4F9CA 3HV5A 2UW3A 2QC6A 1TQIA 4XRLA 4IACA 3R8ZA 3ZO4A 4YKLB 4M13A 4YJVA 5AUVA 2XRWA 4ZY5A 2ITOA 3DKOA 3E3PA 1XKKA 4U43A 5AUUA 2XNBA 4QTCA 2ZDUA 3TWJA 5FTOA 2EVAA 3QQGA 3HV6A 3DBCA 5A9UA 4AUAA 3QQLA 4F65A 3SXFA 2RFEA 1LPUA 4NDIA 3PY1A 4IEBA 2B1PA 4WT6A 4IWDA 3L8XA 1Q8YA 4NL0A 2AEGA 1OKZA 2V7OA 2XJ1A 3KRWA 4NJ3A 3W0OA 3LCKA 4FV6A 3TIZA 3V5WA 4RWKA 3SG9A 2H96A 3A2CA 3TI1A 4A06A 3WF5A 4K8AA 4MXZA 1Q41A 2XF0A 1MQBA 2ITWA 4FV7A 1PXNA 3MSSA 4DTBA 4EEVA 4D58A 4BR3A 3DXQA 3F3WA 2WMTA 2VD5A 3PXQA 2HIWA 3EQBA 4FUXA 4YPSA 5AP3A 4A4LA 4TWNA 2B9IA 2GNHA 3L9LA 2PZ5A 3GQLA 4F9YA 5ETCA 2YM7A 2WEVA 3HA6A 4E5BA 5C03A 5FXSA 3AGMA 3DU8A 4AE6A 5J5SA 3BRBA 3R0TA 3F5XA 1G5SA 3AD5A 3FEGA 4L9IA 4YPDA 5LVNA 3DAKA 3MA3A 3UDBA 4MH7A 4C4FA 2I1MA 5LMKC 3MPMA 1URWA 3O50A 5CXZA 4AXAA 3LCTA 2VTNA 2AC5A 3HRBA 5GNKA 2OW3A 1QMZA 3PRIA 3JVSA 4RX5A 1BMKA 1OL5A 1ZARA 2WMUA 5A6OA 4H58A 3RMFA 2C0OA 5J9YA 1JQHA 2E9VA 1T45A 3DK7A 1EH4A 4QP2A 1S9JA 4U5JA 2UW7A 2JC6A 1V0BA 2PHKA 3U51A 4HCUA 4ORKA 4FKTA 4LMUA 3EKKA 4PMMA 3NW5A 4XLIA 3R83A 3KRLA 4Z7GA 4BI0A 4I4EA 4RIOA 5AV0A 3VRYA 1URCA 5JFXA 3OZ6A 2Q4HA 3EKNA 2JDTA 2O63A 5AM6A 5KZ0A 4LL5A 4C3RA 4A4XA 1ZZ2A 4HNFA 3AD4A 3R1NA 4MNFA 4CT1A 4YURA 5DH3A 5EK7A 3MW1A 3S00A 1YHSA 1GUPA 3F5PA 4C0TA 1KOBA 5AV3A 1ZLTA 4QP1A 1KPCA 4EQUA 3R01A 4C59A 5BPYA 5CT0A 5BMSA 2BAKA 3O51A 4UWBA 3UMXA 3DS6A 1IEPA 3EQFA 3K5UA 4I23A 4PF4A 5BVWA 2OI4X 5AUTA 5IH6A 4JT3A 4TYJA 2I0YA 2W0JA 2BKZA 2ZV7A 3PFYA 4NM3A 2FB8A 4FVRA 2O64A 5HI2A 2YM3A 3P7AA 4M68A 3UG1A 3DLZA 3DJ5A 1Y6BA 3PJ8A 4M84A 1QCFA 4KSQA 3QZIA 3G0FA 5D12A 5D41A 4DGGA 2J50A 1JBPE 4YHJA 5BUJA 1H27A 4QMOA 4YJSA 4JDKA 3NMUF 4GJ3A 4Y85A 2BDWA 2HAKA 3QUEA 5LVOA 4BKJA 3PWYA 4M97A 1GNGA 1Q99A 3PXZA 4C02A 5HNIX 4ASZA 3GC8A 4Y5HA 3UQFA 2X0GA 1J7IA 3AT3A 3IOKA 1SVGA 1UU3A 4G6NA 4I4FA 3IK3A 1OB3A 5CU3A 4K18A 1UKIA 3A7FA 1W0XC 4HOKA 1OIYA 1LEWA 2X6DA 3CJGA 2DQ7X 3OCBA 3LFAA 3GNIB 4I41A 3MH2A 3E7VA 3KULA 3QA8A 3ENMA 4FIIA 4X6QC 3SW4A 5AWMA 4BDFA 5AEPA 3POZA 4FT7A 4LUDA 4U0IA 5ANDA 4EOSA 5IQFA 4Z16A 3N1SA 3VW8A 3U4UA 2OLCA 2CN5A 4FKOA 4MXOA 4L8MA 3QBNA 2WQEA 1UWHA 5DOSA 3LFDA 3IW8A 4R5SA 1Q3WA 4FKGA 1G8KA 3EZRA 4GS6A 5EYMA 5A4EA 5G1XA 2ZV8A 4JG7A 3WE4A 4DH8A 4IFGA 4LOPA 4AW2A 5IA2A 2ZYBA 5JGDA 2XYNA 4QT1A 5IQGA 3ZLWA 1NVSA 2BZHB 2Y4IB 2J0MB 3IQ7A 4AXDA 3ANQA 3ZXTA 2JFLA 3EQDA 3G2FA 4QMXA 4O0VA 3FV8A 4W4XA 4X2FA 4NJDA 3S2PA 2OIBA 3NFGB 5F94A 3OXKA 5D7VA 1H07A 2HENA 5LMAA 1OKWA 1WBNA 2CPKE 2VO0A 3KK9A 3RNIA 3QKKA 1FGIA 2YIQA 1KE9A 2UW0A 2OJ9A 2UVYA 4K6ZA 5HE3A 3EQCA 4C4HA 1CDKA 4DG2E 3LAUA 3IDPA 4HYUA 4YC6A 5GJFA 1VR2A 2QOLA 3DZQA 5E1SA 5F1ZA 4KNBA 3OROA 1KWPA 3I4SA 4QTDA 1ZOEA 3A7JA 4XJ0A 1OBGA 2W1IA 4YP8A 3O1CA 4O7TA 3EWHA 3W2SA 3EZVA 3D2KA 3ID6C 5JRSA 5AADA 4FKVA 2YN8A 4JLCA 3G6HA 4AGCA 5IH5A 1H8FA 1Q3DA 2WEIA 3C13A 3QALE 1M7QA 3JUHA 4RWLA 1FMKA 3HGKA 5AMNA 3VWAA 3PTGA 3DBDA 4FBXA 1NVRA 1VLRA 4IJPA 1RDQE 4JX3A 2RG6A 5IH4A 2IN6A 2CJMA 4TY1A 3VBTA 5IA4A 3PXRA 1P5EA 5KHXA 3DKFA 4YJNA 3VJOA 4F9BA 3VF9A 4BF2A 4BBFA 1YOLA 2C6DA 2X81A 2W9FB 2WZJA 3P5KA 4QMYA 3FMMA 3ORZA 2JKMA 3R6FA 4TZRA 4L45A 2YDKA 3UOLA 2J7TA 4D0WA 2B9JA 4CEGA 2WQMA 3IW4A 4J7BA 1UNLA 3ACKA 2F57A 2PSQA 3R22A 2GQGA 3VRZA 1X8BA 2WTIA 2GU8A 1YQJA 5EMTA 4CRLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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