4QDVA

Dcps in complex with covalent ligand
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Dcps in complex with covalent ligands targeting Tyrosines
rcsb
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
total genus 71
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdvA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdvA02
2Q4HA 3SZQA 4EQEA 4QDEA 1KPEA 4NDIA 3FITA 4QDVA 3QGZA 4ZGLA 3R6FA 3O1ZA 4NJZA 1ZWJA 5IPDA 1KPCA 5IN3A 5CS2A 3O1XA 3SPLA 5IPCA 1KPAA 3SP4A 4EQHA 3L7XA 1Z84A 4ZKVA 1Y23A 3NRDA 1XMLA 3P0TA 4NK0A 1KPBA 4NDGA 3I24A 3BLAA 5BV3A 2EO4A 5FITA 3LB5A 3IMIA 4YKLB 4INCA 5RHNA 4FITA 3ANOA 1ST4A 4QEBA 4XBAA 3OXKA 3SPDA 3BL9A 4EQGA 5IPEA 3RHNA 3I4SA 4RHNA 1ST0A 6FITA 1HXQA 1FHIA 3KSVA 2Q4LA 1KPFA 1GUPA 3WO5A 4NDFA 3BL7A 2FITA 3OHEA 3OJ7A 6RHNA 1VLRA 5ED6A 3TW2A 4INIA 5I2FA 4ZKLA 5ED3A 3OMFA 3N1TA 2H39A 1EMSA 1GUQA 2FHIA 1FITA 1AV5A 4NJYA 4NDHA 1HXPA 4EGUA 3N1SA 3O1CA 2OIKA 5IPBA 4NJXA 3O0MA 5EMTA 5I2EA 1RZYA 1XMMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EIDA 1RW8A 4GRBA 3AG9A 3B2WA 3QXPA 4FKVA 4MD7E 2NRYA 1H1PA 4W8DA 4YLLA 3SRVA 3DTCA 2HOGA 4BGGA 4HW7A 1OKZA 3QC4A 4QP3A 1DAYA 1Q8WA 4U3YA 4L8MA 1BI8A 3U87A 3I5ZA 3A62A 4EK5A 2ZV8A 4NJZA 3QRKA 4X3FC 3ZRLA 2VD5A 2E9OA 4XNEA 3SX9A 1URCA 1BL6A 3PJ2A 4YTHA 2VTMA 1NVRA 4DBXA 2CLQA 2VAGA 4U45A 4AUAA 4L01A 5LVOA 2PL0A 4Z3VA 3QRUA 1FGIA 1JQHA 3GOKA 4UEUA 2EUFB 2BMCA 3EFJA 3EFKA 4G17A 1ZYDA 2GFSA 3FY0A 4V0GA 3WF7A 3AMAA 3ZOSA 1XBAA 4PMTA 4X2KA 4O0UA 4JIAA 3RWPA 3LFSA 1XMLA 4Z55A 3DZQA 3E64A 1R1WA 3GENA 4QYHA 5CS6A 3G90X 3SC1A 4DE4A 2CMWA 4CRLA 5IEYA 2CCIA 2PZIA 5FM3A 2YIYA 3VN9A 1PXOA 4RWIA 2QVSE 1F5QA 3AQVA 4L68A 3D15A 3R71A 5CU6A 3MFTA 4DTBA 5CZIA 2UZNA 3OUKA 2XNGA 1A06A 4IAKA 4EOMA 4K77A 2ZDUA 4FEVA 2R3PA 4FSQA 5HCXA 4O2ZA 5AP2A 3HUBA 3MW1A 3C50A 1M7QA 2HENA 3O8TA 5H2UA 4NM3A 4G6LA 2R7JA 3VUHA 2OG8A 4RJ4A 3QD0A 5LMKC 5DEWA 4HOKA 4O22A 3RWQA 2B52A 4CFMA 5EW8A 2P4IA 5LQFA 5EM5A 4FX3A 4YZNA 4KKGA 5BQ0A 4APCA 6FITA 4L3JA 3U54A 3VW6A 3AD6A 2A0CX 4IX6A 5DRBA 4JOAA 4YJRA 4FL1A 3MA3A 3UODA 3E8NA 4Z16A 1RJBA 2OH4A 2CLXA 4FSMA 2ITPA 1YXSA 2PYWA 3MVLA 2X1NA 4XOYA 4CRSA 3WZEA 1GUPA 4S34A 4O91A 3ZLYA 4MXXA 1ZY4A 4FEXA 2JIVA 4JAJA 4N70A 5FXSA 2WTDA 3HRFA 2YJSA 4TYJA 3JS2A 3ROCA 2IWIA 3S1HA 3F3WA 4H39A 1AGWA 3TNPC 3VQUA 2HXLA 1J91A 5LXMA 3QA0A 4DLIA 3Q9ZA 4FSZA 3EKKA 3ZC5A 4GW8A 2QONA 2X4FA 1PXLA 3H0YA 4BIEA 2F7XE 2VX1A 2FHIA 1YOMA 4O7WA 5AFVA 3HECA 5FTOA 4DAWA 1K9AA 2C1AA 2ITXA 5DIAA 3QTUA 3KN6A 5FXQA 4OT6A 3OWPA 4EGUA 3N1SA 1TQMA 3LFCA 4PL3A 4CNHA 2PZYA 3A2CA 4UXQA 4FSYA 4D4SA 2RFDA 3DNEA 4IX4A 2ZM3A 4RRVA 5L2WA 1WVYA 3NUUA 3IW7A 1TVOA 4D5KA 4EOSA 3UIXA 3GI3A 3COKA 3CKXA 3PPJA 4O6LA 4PNKA 4FTCA 4IAAA 3TT0A 3Q32A 2VGPA 4OUCA 4WBBB 2CKPA 2J0MB 3QX2A 5CZHA 2Y6OA 2JEDA 5E4HA 3I81A 4DFXE 4HJOA 5HLWA 1JNKA 5A46A 2YCRA 3QGWA 2XM9A 4ITJA 2GHLA 3OCGA 4PP7A 2BDFA 3GC9A 2VTSA 5ANKA 4DITA 3R6FA 2CKQA 5IPDA 2YM6A 3OEZA 5CSVA 1V0BA 4EORA 2W5BA 4YPSA 5CS2A 5M06A 2XCKA 3H3CA 4F7JA 3MFRA 1PMEA 4GK3A 3NR9A 4HGSA 2X6DA 4HGEA 4ZY5A 5C4KA 2ZB0A 4L52A 3UC4A 5AP6A 4RJ5A 1UU8A 4FICA 3LCTA 3OUNB 2E2BA 4OTWA 2W7XA 4R77A 4TY1A 1SMHA 2R0IA 1Q24A 4ZKVA 4QT1A 2CPKE 4PDPA 4HCTA 5CYIA 5EQPA 3GQIA 3P7CA 4GMYA 3FQSA 3PVWA 2J90A 2OIBA 4Z7HA 5IQEA 3QHRA 3M42A 4FK3A 4DFZE 4CFNA 1OPKA 2HIWA 4M15A 2Y4IC 4ZTQA 1W7HA 2VNWA 3EN6A 3U6JA 4NKSA 3AKKA 1MRVA 2HZIA 2PE0A 4M97A 4XCUA 5FGKA 4DN5A 2UW7A 2HCKA 4C59A 2GQSA 4IX5A 1XBCA 4ZZOA 5IUGA 3IW6A 3I7BA 2EXCX 5ITAA 4G34A 2JFMA 4C37A 4GH2A 3DDQA 4F64A 3O50A 2W5AA 4EUUA 3EQPA 3SG9A 2PVNA 4YZ9A 4BRXA 4ZP5A 2PUPA 3TJDA 4QEBA 4YJQA 1I09A 4I6QA 1NXKA 2B53A 3RK7A 4DCAA 3HX4A 3LAUA 2CGVA 2QO7A 1Z5MA 2B4SB 1ST0A 3HRCA 4LI5A 3QKKA 5TKDA 3LCOA 1FHIA 5D41A 4C34A 2VZ6A 4WD5A 4FTLA 5BVDA 5FP5A 4NFMA 5AA8A 5LWMA 3P1AA 3SA0A 4EQMA 3HMNA 3S4QA 4BHZA 4XS2A 2VTJA 5E8YA 3W2QA 1PYEA 3H0ZA 4O83A 4CT2A 5IUIA 2P55A 3OT8A 2HY0A 4NTSA 3W2RA 5IDPA 2OZAB 5JMSA 4TNDA 5K4IA 1YXVA 3Q3BA 4ONAA 3FKNA 5HBJA 3C0HA 4KBCA 2FSTX 2XK6A 4MF1A 5C01A 1DS5A 4INIA 4HZRA 1JKSA 3GXLA 2WEVA 3OMFA 2H39A 5CI7A 4FZDB 3AKLA 1ZARA 4DFLA 3EYGA 3CPCA 1Q8TA 4QMPA 4I0SA 3R0TA 2IVUA 3QQGA 1TQPA 2GHGA 2XK9A 2UW8A 3IG7A 5AUWA 4A9RA 3MTFA 3W2CA 1M14A 4RJ7A 2Q83A 2WGJA 3FSKA 3FWQA 5CAOA 3UOJA 2FYSA 2JDVA 1M2QA 2R3JA 4J95A 4NSTA 4LGGA 3R8ZA 4JBPA 1LEZA 3R7YA 2PY3A 1PXNA 4P5ZA 1S9IA 4MXYA 2R7CA 3DS6A 2R3IA 3PVBA 2BFYA 2XZSA 3DBDA 5IQAA 3PXRA 1TFFA 4FKGA 4J99A 2C3KA 3EN4A 3C4XA 3DXQA 3V51A 1L3RE 3Q2JA 4FOBA 4FV5A 3EQHA 1YOLA 2HWPA 4G9RA 4MHAA 3D0EA 5JRSA 3UGCA 4NDIA 4G0AA 4LFIA 3BWJA 3RP9A 4D1ZA 5CAQA 4QMMA 1OKWA 4DDIA 4ZS0A 2PHKA 3LFQA 3QLGA 4L00A 4QMUA 3RAKA 3NDMA 3DJ5A 1BLXA 5BUEA 5I5ZA 4MBIA 4X2JA 5JZNA 5AIRA 3T9IA 5LJJA 4JDKA 4TW9A 4AE9A 5EDRA 4F0GA 2CDZA 5BYYA 4BGQA 2AC5A 4P5QA 1F0QA 2YCQA 4AACA 4RC2A 2R3LA 5AM6A 5FQDC 3POOA 5EYCA 2WQEA 1ZZ2A 5HNBA 2C5XA 1OPJA 1H0VA 5BX0A 4EH8A 2UZOA 4ACMA 3ET7A 2ESMA 3HMMA 3OP5A 3BYOA 4MUQA 4EBVA 2W4KA 3E92A 1Q4LA 3O2MA 3A4OX 5CSHA 2PVYA 4GU6A 4TN6A 3G2FA 4E4XA 2PULA 4QQJA 4DEIA 5EFQA 4KKHA 3G0EA 4O27B 3KEXA 4U8ZA 3NYNA 3SDJA 3RPVA 4C33A 1P4FA 4INCA 1Q8YA 2EWAA 2RGPA 2WXVA 4I22A 5LVPA 2JDSA 5KKRB 3D5WA 4GK4A 2WEIA 3OOGA 2CCHA 5CVGA 4CG9A 2XP2A 4CCBA 3OVVA 2JFLA 1WBSA 3FZOA 4FG8A 3UMXA 3UPXA 3V5LA 4BY9E 3VC4A 3CR0A 3ORKA 4E8AA 1JOWB 4AA0A 4A07A 4FIIA 4ENYA 3SG8A 3F5PA 1Q41A 2XYUA 5AUVA 4F9AA 3E87A 4HVDA 3CP9A 5J8IA 3CJFA 2ZYBA 3MS9A 2BDJA 3IOKA 3QQJA 4ALUA 3HV4A 2FGIA 1Y6BA 3O71A 4UXLA 4K1BA 2O64A 5HTBA 2W4OA 1FMKA 3R9DA 3M1SA 3O96A 5CEMA 5LMBA 2EB2A 3BL7A 1WFCA 2RL5A 2UW5A 4XMOA 3GVUA 3EQGA 3L9MA 3T3UA 4O7LA 5HU3A 3DKFA 5IH4A 4WNPA 5BYLA 5CF5A 2GNIA 3ERKA 4A9SA 1LP4A 2ERZE 5I2FA 3NIEA 3QQKA 2PVJA 1J7UA 4ZJJA 4ALVA 5AV2A 3ZM9A 4RVKA 2WQMA 4ASDA 2UW0A 4DHIB 2QG5A 1UU7A 3HL7A 4K33A 1G8SA 4C3PA 4GUBA 2R64A 4CFFA 3PUFC 2WTCA 3LVPA 3HV3A 4L45A 4YNOA 1Q8ZA 5EYMA 2UVYA 1OBGA 4C36A 3FZRA 3TNIA 5J9LA 4WRSA 4XH6A 4D2SA 4IB3A 2PSQA 3EH9A 4IM2A 4ARKA 4AU8A 1ZLTA 2WOTA 4RG0A 5A3XA 5DT0A 3V04A 5HIBA 4USFA 2Y0AA 4IWOA 4F6WA 3FMLA 1BKXA 1H00A 5AM7A 3FMNA 3KMWA 5EM8A 5HE3A 4EWHA 4P2KA 3RZBA 1ZYCA 3VUMA 4JVGA 4RFYA 4I5WA 3TZ7A 4CKRA 2WMWA 2WZJA 4F6SA 1FBNA 4LMNA 4JL9A 3EYHA 3KMUA 3ML1A 2X0GA 3OHTA 4UYAA 3Q4UA 4K9YA 3FKOA 3PE1A 1OIRA 4IQ6A 4BF2A 1GIJA 4XOZA 3UBDA 3HMPA 4U43A 4D0WA 1WBPA 4AN2A 4FIJA 2QD9A 2YABA 3UDZA 3V8WA 1REKA 1GOLA 3DKGA 4LQMA 1Y8YA 5C8NA 1OITA 2GS6A 2O5KA 1U59A 4K11A 5AAGA 4JNWA 3TZMA 3VIDA 4IBMA 2X4ZA 4MNEA 3TUBA 2OIQA 3R2YA 4FGBA 4KSQA 3DNDA 3MVJA 4FVRA 3WILA 1OECA 3U4UA 5JFXA 1SM2A 2GSFA 3FMDA 4NM5A 5CU4A 5EMTA 3UZPA 2W17A 5CNOA 3KXGA 3VS7A 1H8FA 4E5WA 1Q61A 1GZ8A 4K6ZA 2RFNA 4N0SA 5JFWA 4BCIA 2UW4A 2UVXA 2W0JA 1G5SA 4BICA 4WIHA 5IEVA 4ZTLA 4A7CA 3OW3A 4IAYA 1XHAA 5JN2A 3U6IA 4L3LA 1TQIA 3NFFB 4FNYA 4DHZA 4NYEA 4BCOA 4GL9A 3PTGA 2C3IB 5KO1A 4MK0A 1O6LA 3KY2A 4RPVA 3BWFA 1BX6A 3MPTA 2YHVA 5AUZA 3QTIA 4BIBA 4C3RA 4JI9A 2XMYA 2XJ1A 4AN3A 4O7ZA 3DQXA 5KZIA 4BN1A 4U7ZA 1OBDA 3FUPA 3IW5A 1HOWA 3I4SA 2JIUA 3C5IA 2VO6A 3ULIA 3RNIA 4GEOA 5HLPA 5J5SA 3K5VA 3ZSHA 2W05A 3MVMA 3OXIA 2VWXA 2QOCA 3C0IA 5HU9A 5JK3A 3P4KA 3V01A 5IMEA 4YPDA 3ROYA 2XIXA 1SVHA 5L8JA 1HCKA 1W83A 2O2UA 2UZUE 2YITA 3K3IA 3NNUA 3RMFA 5EHLA 5L6OA 4EH2A 2FITA 4Y5QA 2Y6MA 3UVPA 2CN5A 4JRNA 4XV2A 4AZWA 4PP9A 1OI9A 2OKRA 4L7FA 1XH8A 3NUAA 3VUKA 4F65A 4IX3A 2HYYA 3D5VA 3OBJA 2OJIA 2C47A 5ED6A 4PNIA 3VRZA 4XG3A 1M7NA 3I1AA 3CY3A 4RIWB 4D5HA 4C2VA 3HZTA 3NX8A 3PJ3A 5E1SA 3MH2A 4E6QA 4EK6A 4KUJA 3N1TA 4KS7A 4LOPA 5KNJA 1BYGA 2W1GA 4AQCA 4F99A 3R8PA 2VRXA 3GU8A 1MQ4A 1YXXA 1OM1A 4BDFA 4XEYA 4QP7A 2J5FA 1TKIA 4YHJA 3Q96A 4QTAA 3I0QA 2FVDA 3PP1A 3HMOA 3PE2A 2EU9A 2VO0A 3ZO4A 4FTIA 4Y95A 1RZYA 4ANMA 3HYHA 1ZRZA 5LARA 3G9LX 4FT9A 4YMJA 5M08A 3BRBA 2Q4HA 2XNBA 3R8VA 4NK9A 5BVWA 3FLYA 1PXIA 4BDGA 3R1QA 4CTCA 3O7LD 3W0NA 4O7RA 4PMMA 3SKCA 4ZGLA 3O1ZA 3LW0A 2OJGA 3I79A 5FTGA 2YA9A 4NUSA 2I0YA 5BMMA 2BR1A 1OMWA 4G6OA 4E20A 4NT4A 4C4HA 4F6UA 3DJ6A 1PHKA 5EHOA 3DXPA 3RCJA 1GAGA 3E8DA 3D7ZA 3VWAA 4EK3A 5HCYA 4AXDA 5IEXA 1CM8A 4IFCA 2R7PA 5H8GA 1ZYSA 2V22A 4FV4A 2ZFYA 5M09A 1W0XC 2W9FB 1Q62A 3R7VA 4DGLC 5HVJA 3MJ1A 3R2BA 3POZA 4FL3A 3FMMA 3DFCB 2R3QA 4LOOA 4OTRA 4OGRA 5DWRA 5TF9A 2WELA 2R0UA 3FI2A 1J7LA 3M2WA 4LG4A 3HUCA 4IWPA 3RVGA 4F78A 5KMMA 2OICA 4G3GA 4MXZA 3TTIA 2XKDA 4FT0A 1VR2A 4I1ZA 1V1KA 3LFBA 4FV7A 3W55A 2R3KA 2WMSA 3IDPA 4IM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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