4QDVA

Dcps in complex with covalent ligand
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent ligands targeting Tyrosines
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
total genus 71
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdvA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdvA02
5IPEA 3SPLA 4YKLB 3O1ZA 4EQEA 2EO4A 1HXQA 3WO5A 4NDFA 1FITA 3I4SA 4ZGLA 4NJZA 3I24A 4ZKVA 3OHEA 3OJ7A 3N1TA 3SP4A 6FITA 2Q4HA 3OXKA 5IN3A 1XMMA 1ZWJA 1KPAA 5BV3A 3SZQA 5RHNA 3LB5A 1KPBA 4EQHA 3O1CA 5IPBA 1XMLA 3O1XA 5ED6A 2FHIA 1VLRA 5CS2A 4NDHA 1Y23A 3RHNA 1RZYA 3BL9A 4EGUA 4NJXA 4NJYA 3L7XA 2OIKA 1KPFA 1FHIA 4INIA 5I2FA 3ANOA 3BLAA 4RHNA 1KPCA 3BL7A 4QDVA 3R6FA 3O0MA 5IPCA 5EMTA 6RHNA 1GUQA 1ST4A 4NDGA 3KSVA 1GUPA 4ZKLA 2H39A 4QDEA 4INCA 5I2EA 1KPEA 1EMSA 1Z84A 3P0TA 3N1SA 3IMIA 5FITA 4NK0A 3TW2A 1ST0A 5IPDA 4EQGA 2Q4LA 4NDIA 2FITA 1AV5A 3QGZA 3FITA 3NRDA 4QEBA 1HXPA 3SPDA 4FITA 5ED3A 4XBAA 3OMFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MIYA 1GZ8A 4ASZA 4QT1A 1GIJA 5DT0A 2VV9A 2C30A 3N51A 3O8TA 4MTAA 3ROCA 2EO4A 4L52A 3HVCA 5A4CA 4PTGA 4YBJA 4AXCA 5HIDA 4FKJA 4FZDB 5GIPE 4XG6A 3F7WA 3IOPA 4BCJA 4TT7A 4NDFA 4P90A 1TKIA 2P55A 2BZJA 2R3RA 2Y4IB 3KCKA 4YO6A 4CCUA 4D1XA 2HYYA 4I22A 5A54A 2H34A 1RDQE 3O51A 5KMOA 5KX8A 4BJJB 1Q8YA 3ZYAA 2OZOA 3CLYA 3AGMA 2F2UA 3MFSA 1Z9XA 4DHIB 3UGCA 2X8IA 4FKSA 4FKPA 2GTNA 3FJQE 4I5TA 1Q99A 4UY9A 2FYSA 5DH3A 2JGZA 5KHWA 5ETIA 2JIIA 5HBEA 4HCTA 3CQWA 3GCPA 2I0VA 2IVVA 3FSFA 1FVVA 4O38A 2A4LA 4L7FA 4S32A 3P86A 4MXOA 3QRJA 3AD4A 3ZFYA 4ANBA 1WBPA 4RQVA 3V3VA 3FBVA 4M8TA 4XMOA 4LUEA 5BVWA 4AGWA 4OT5A 3A7JA 1Q61A 2Y4PA 3WIGA 5BVFA 4FVQA 3U6HA 4H39A 1JKSA 3BGPA 4EH9A 4JT3A 5JQ8A 4DT9A 3WZJA 3LLTA 5CS2A 3LE6A 2W5HA 5HG8A 3E63A 4EZ5A 4EQUA 3F2RA 3BQCA 4L42A 4FIHA 2LGCA 4Y5QA 3HA6A 4C4IA 2YA9A 2R3MA 3ENHA 5CF5A 4IB3A 4BBEA 1F0QA 4IM3A 3ZRMA 2XRWA 4L01A 4R5YA 2OIKA 1G8JA 1B39A 3I6UA 2ITPA 3O17A 2PYWA 3BLQA 2H9VA 5DVRA 1ERKA 1NVQA 4KUJA 4HZSA 5L2IA 4H1MA 2J51A 3IGOA 4PTCA 3VVHA 5DNRA 4NK9A 4RWKA 3HMIA 5B2KA 2AUHA 4C35A 3KSVA 4TWOA 3ACKA 3M2WA 5CF4A 2OSCA 4AZSA 3UC3A 4CVAA 3ANQA 3E3PA 3Q2JA 4D1ZA 1JVPP 1ZZ2A 5D7AA 3PY1A 3A61A 3LJ2A 4PDYA 3MY1A 2QO9A 2X8DA 4ITJA 5ANGA 3W2RA 1UNLA 3MPAA 2VTIA 2QODA 4JBQA 2BRGA 3NUAA 2PZRA 4AAYA 4EYJA 3R9HA 5EW3A 4J7BA 4YSMA 2IVUA 3OP5A 4FSTA 3V01A 1YKRA 4X6RA 3CTJA 3VWAA 2RF9A 4RX7A 3RPOA 2UW3A 1EH4A 3FYKX 5FXRA 4K8AA 5HICA 4HGSA 4XBUA 2W96B 4QQ5A 3UPXA 1DI8A 4IZYA 4NTTA 2QG7A 4BCKA 4ASXA 3SRVA 3BLHA 2UZOA 3TDWA 3PUFC 4GS6A 4K77A 5IQEA 3WOWA 2HXQA 5ACKA 2ZM3A 4BI0A 4F6SA 4JS8A 4P4CA 4QYHA 5HD4A 5L3AA 1ATPE 3U54A 5J87A 5E8YA 1PF8A 2V7AA 4C4GA 4TWCA 3W8QA 3D2IA 2IZTA 1IG1A 3DCVA 5DLSA 1YWRA 5IA1A 1J7UA 1SM2A 3BV3A 3OXZA 4IAFA 3F66A 2Q83A 3LFBA 2PE0A 4FSUA 4QTDA 3PE2A 5CU4A 3BE2A 4FZ6A 5IQBA 4Q5HA 1WBWA 2GU8A 3AT4A 3FY2A 4K33A 1CMKE 4IMYA 3D5XA 3EKNA 3DJ7A 5F9EA 3NYOA 2WMUA 3ELJA 5CU2A 1YXSA 5ANIA 3NRMA 2RFDA 4O82A 4NT4A 4DG3E 2CDZA 3KULB 3QCSA 3TACA 1H00A 3CXWA 5KZ0A 3VS5A 4CXAA 4E73A 2Q4HA 3N1SA 3UZPA 2ZV2A 4J1RA 4QYGA 3QCYA 4BDIA 5LQFA 2PY3A 3GEQA 3KMWA 4WRSA 3DKGA 4GT3A 4IQ6A 5KKRC 5HBJA 3FL4A 4GYGA 2J90A 3B8QA 4LGGA 1GIHA 2B55A 4W4VA 2YDJA 4NKAA 5RHNA 4O2PA 3LB5A 3IW8A 4U0IA 4YZNA 3COIA 1OIRA 4QMLA 2SRCA 3OY3A 3W55A 3COKA 3H0YA 4MD8E 4QNAA 4ZZOA 5IPBA 4FC0A 2IW6A 3KB7A 5IMEA 1G8SA 3BEAA 2ZM1A 2YWVA 4OUCA 2VWZA 2EB2A 5DPVA 3W2CA 3CEKA 2R7JA 2OJFE 4W4YA 1UWJA 4I41A 3OS3A 4N6ZA 4O7NA 4NWMA 4YC3A 5ANJA 1CDKA 3AMBA 3R1SA 4AXFA 4K18A 4U80A 4AXDA 5AP2A 1H4LA 2JIVA 3MJ1A 3POZA 3K5VA 4X2GA 4H1JA 4OBQA 2PVRA 4DG0E 2PVYA 2XJ0A 3OTVA 4YC6A 3VF9A 3EQBA 1YDSE 3FMHA 2UW8A 3R01A 4EJ7A 5FDXA 5DYJA 4X21A 5EI2A 2ZB1A 4JDKA 3Q4TA 4TZRA 2UVXA 1B6CB 4FIJA 3W0OA 4A06A 5GIOE 1OM1A 3HZTA 4RIYB 1JLUE 1JBPE 3FEGA 4NZWB 5AAEA 5EMTA 2FVDA 2BUJA 2H96A 4QQTA 3EFKA 4MBJA 4W4WA 1VYWA 3GC9A 5DWRA 2Y9QA 1ST4A 3AC1A 3KRRA 2XIXA 3W0PA 3GC0A 2W4JA 4O83A 5F1ZA 4AN2A 4OTWA 1JKKA 4F08A 4QDEA 3ORZA 2R3IA 4CRSA 4U45A 3D4QA 4HCVA 2G1TA 1UKIA 4D28A 4E6QA 5I2EA 2W1DA 1IASA 4B8MA 3JVSA 4HNFA 2VNYA 4JLCA 3TUCA 4UB7A 1JKLA 4L44A 4KBKA 3U9NA 4NK0A 4AT5A 4PF4A 4CQEA 3QQLA 4PQNA 2OK1A 4LRMA 5AJQA 4MCVA 5DR6A 1OUYA 4JIAA 4FZFB 5HHWA 5HG9A 4BCOA 3LPBA 4BDGA 4RJ3A 4U3ZA 2VO0A 5F4NA 4QOXA 5HBHA 3O2MA 4DDIA 1RW8A 2WOUA 4DBXA 2PWLA 3ZXZA 2OJ9A 2B9IA 3H3CA 2ZYBA 3RNIA 2PZYA 4QYFA 4DFBA 4UWBA 4EH5A 2JDOA 4H58A 4ITHA 5EW9A 3KIOC 5JFWA 4C4EA 2C6OA 2WFYA 2BRMA 3CD3A 3RWQA 5KBRA 4GFOA 2BZIB 2F49A 4O7VA 3KXMA 4PL5A 3UO6A 2YFXA 3JVRA 4JJRA 4XG9A 5EOBA 2R2PA 3MY5A 5HLNA 3LZBA 3UO4A 4J99A 1Z57A 4JDIA 1FITA 4YGAA 3QD4A 4BJJA 4MVFA 1GZKA 1CKJA 4JOAA 4OT6A 2BHEA 2IG7A 5IZFA 4PV0A 3B2WA 2C3LA 3VHKA 1ZXEA 3W8LA 3LQ8A 5D1JA 2BFYA 2UW4A 3NR9A 3UVPA 4MUQA 4WG3A 3KXGA 3OUKA 5EDQA 3A7FA 4ALUA 1W83A 1Q8ZA 3LLAA 1OPJA 4PDPA 2C1AA 2P2HA 2XP2A 2RFEA 5DE2A 4A7CA 4BCGA 4DT8A 1PYEA 1KPAA 3QF9A 4R3PA 2RL5A 4KABA 2VTJA 4ZSGA 4ZTHA 1T46A 1XBAA 1YWVA 1P4FA 1HCKA 3FLNC 3RMFA 4EH3A 2C0OA 4DFUA 2GS2A 1WBNA 2C0TA 2PVJA 4Y5HA 3RK7A 3ZTXA 4DA5A 2R0UA 1WZYA 4OTHA 3DDPA 5KMKA 3KVXA 4DTKA 2YDKA 5BMMA 3P7CA 1M17A 4FKRA 4FTLA 3DFAA 3FQSA 3GU8A 4RLKA 3OVVA 4I93A 3UP2A 4AF3A 3UG2A 5CAOA 3U4WA 2CSNA 1FGIA 5CAUA 1J7IA 2R9SA 3G9LX 4JG6A 5T6KA 5AV4A 4IDTA 4I5MA 4FOCA 4LQMA 3PUPA 2VUWA 3BHUA 4AW5A 2RG5A 5IQGA 4F1OA 1GIIA 2FSTX 5EQPA 5EK7A 1JKTA 3GXLA 4JVGA 5FP5A 3QTIA 4UALA 3ZLWA 4FODA 4KWPA 4LV5A 3BYUA 5LMBA 4FV8A 4NW5A 4O7LA 3IS5A 4EOSA 2J4ZA 1BLXA 3PVUA 4ZMFA 3OD6X 4PUZA 4O86A 3GU7A 2WMSA 3PJ3A 2OW3A 4RPVA 5KMMA 2A19B 3ZDIA 4BCPA 1PMNA 4EH7A 3NYVA 5IA5A 3D94A 4QDVA 3NX8A 3R71A 5J95A 5FEDA 3QA0A 4LDTA 4L7SA 4FNYA 4FTJA 2QOOA 1GUQA 3IK3A 3ZSHA 4QP8A 5IEXA 1PKGA 5FBNC 5KMIA 4RBLA 4IAKA 4TTHB 4FEUA 4HVGA 4F9YA 3CS9A 4APPA 5AUTA 1H1WA 4CD0A 1J1BA 2JIUA 1V1KA 3DU8A 3DOGA 3LJ0A 1O6KA 4FL2A 3T3UA 1H1QA 3VW6A 5AUUA 3BYOA 1EMSA 2R3PA 3JS2A 3MTLA 4CMOA 4C4JA 4IX4A 3KRLA 4JL9A 5FITA 1LEZA 4Y73A 4GK4A 4YLKA 4EYMA 2B52A 3DBEA 5EG3A 3DAKA 3MI9A 5CSPA 2JLDA 3L9PA 3D83A 4J95A 3FLYA 2BTRA 2OFVA 3ZZEA 2XS0A 3BHVA 3ENMA 2XNEA 4IVCA 4RWLA 5E8XA 4B99A 5BUIA 5TKDA 4XEYA 1PW2A 5FEEA 4M97A 4RVMA 4S30A 3H9FA 4IBMA 4FTTA 1CKPA 1GNGA 2XUUA 3HEGA 4FTNA 4O6LA 3TEIA 4FITA 3DFCB 2GDOA 2WQNA 2UVYA 2XIRA 3OCBA 4HGLA 3ACJA 3ETAA 2I7QA 4YKLB 4HGTA 2QOKA 4PNKA 2ZDUA 2YIQA 4G6OA 3IOKA 5KUPA 4E6AA 3BWJA 1W0XC 3G6GA 4E26A 5FGKA 1W82A 3KGAA 4FV2A 2BALA 4J98A 4KSPA 4X2FA 3SGCA 5IEYA 3KC3A 3NNXA 2HXLA 5CALA 2Z7QA 2A27A 3TV4A 5KO1A 3UODA 1O9UA 5FQDC 2C6KA 2ERZE 5D41A 3KULA 3PFQA 3AT3A 4ITIA 2JDSA 5EKNA 2Z7RA 3OEZA 4MKCA 1BUHA 3P9JA 2X4ZA 3DBFA 2OO8X 3EQIA 3QD0A 1XMMA 3E3BX 1R39A 3R7VA 4CFXA 3BHTA 4PMPA 2YEXA 3OG7A 2R3HA 1H07A 2XIZA 4FSQA 5E8ZA 1OKZA 2JDTA 4NTSA 4LMUA 5E8UA 3V8TA 1ZARA 5BVDA 2WIPA 5LJJA 5L8KA 4XV2A 3ANRA 4EZ7A 3NSZA 1UNGA 3QUDA 4O7TA 4ZSLA 1KPBA 1CKIA 4CV9A 1X8BA 2PVFA 3VULA 2BZHB 4NKSA 4D1SA 4KB8A 5HIBA 1WBOA 5EHYA 3WF6A 2A1AB 3BQRA 5AP0A 4YJVA 2NP8A 5LARA 4CFVA 3K3JA 3QWJA 2PPQA 4WG5A 1WBSA 3MFTA 3OT8A 4DGOA 4XX9A 4BR3A 2C5NA 2G15A 1Q8WA 3VUIA 3PXKA 1FQ1B 4WG4A 3Q04A 2CPKE 4BB4A 4BKJA 5HORA 2C5VA 4GT4A 4QMWA 2O65A 5H8EA 3N4TA 2XCHA 4NSTA 3FI4A 4HYHA 4NJXA 4UWCA 3W2QA 2V22A 3R7IA 4F70A 4G16A 5HX8A 2C6DA 2UZWE 1YVJA 2W06A 2ZDTA 4RIYA 4DEAA 3T3VA 2KTYA 3R9NA 3I5NA 3SXSA 4W4XA 3Q9XA 3R8UA 4CLJA 3JY9A 3TKHA 3ZFMA 2FUMA 4KIQA 2EUFB 4OGRA 5LVMA 5HGIA 4MQ1A 1ZMWA 4RIXB 3W2OA 2YDIA 5L2TA 1ZYCA 3FZSA 2CGUA 1H1PA 2BROA 3F88A 4PDSA 3LFAA 3QC9A 3TZ9A 3GVUA 2B7AA 2B9JA 4IW0A 2X6EA 2PVMA 4BCQA 5B2MA 4WOVA 4YHFA 5AAGA 3TN8A 1IEPA 3HV4A 4ZIMA 3V5WA 5M57A 4FSNA 4IZAA 2YABA 4ZLYA 4FV1A 3OOMA 2WELA 3OBJA 3UJGA 3SOCA 3ZS5A 4D0XA 4YR8A 4HVIA 5CEKA 4EQGA 4M3QA 3UC4A 3POOA 3WZUA 1KWPA 4JBPA 4EQCA 3IQ7A 4P5QA 4R7BA 3L8PA 3CIKA 3MH3A 2W1HA 2HOGA 5CF6A 2IJMA 3FHRA 4C4FA 1REKA 5M44A 3LMGA 3R1NA 3IW6A 4KKEA 3NVMB 3ZO2A 1H0WA 5JT2A 3CR0A 3EN6A 3MB6A 3FYJX 4KBAA 3SOAA 2UZBA 5C01A 3O0GA 5IQDA 3OROA 4EI4A 4ASDA 3R28A 2IZRA 3GU6A 3PZHA 5EYMA 2YERA 4NJDA 4GJ3A 3U55A 2ITTA 4R1VA 5DFPA 5FG8A 5M4FA 1H8FA 3O8UA 2OJGA 5L6OA 3PSBA 2PMIA 4YBKA 2PZPA 5HKMA 3WZKA 3OY1A 4EQMA 3C0GA 4O96A 3HGKA 5TO8A 2Y6OA 4ZKVA 3OJ7A 5HCZA 3WE8A 2PK9A 2BIKB 2O64A 3CJFA 3G15A 3PRFA 4C38A 4FT9A 3FMDA 3SKCA 4K0YA 4QMVA 4AA5A 3NZ0A 4PMMA 3QZFA 1H1SA 3KKVA 1XKKA 4FA2A 4CMTA 3QLFA 5AIRA 4RWJA 4NM0A 3DV3A 4JQEA 4M67A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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