4QDVA

Dcps in complex with covalent ligand
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent ligands targeting Tyrosines
rcsb
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 71
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdvA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdvA02
4EGUA 3O1ZA 2EO4A 4NDFA 6RHNA 5IN3A 2FHIA 4NDGA 2H39A 2OIKA 4EQGA 3SPDA 5FITA 1FITA 4XBAA 5CS2A 4NJYA 1ST0A 1HXPA 4YKLB 5ED3A 3P0TA 1RZYA 4NDIA 3I4SA 3SPLA 5BV3A 3L7XA 3SZQA 1ST4A 4ZKVA 3LB5A 3I24A 4FITA 4INCA 4EQHA 1GUPA 3O0MA 3NRDA 4QDVA 3QGZA 4ZGLA 1KPFA 3N1SA 3FITA 3O1CA 5EMTA 1KPCA 5ED6A 4ZKLA 3WO5A 3RHNA 4QEBA 5IPDA 1VLRA 3OMFA 2FITA 3OJ7A 3OXKA 4NDHA 4INIA 1Z84A 1GUQA 5RHNA 3O1XA 1Y23A 2Q4HA 1HXQA 5I2FA 5IPEA 2Q4LA 1XMMA 1KPBA 1FHIA 1XMLA 3ANOA 4NJZA 1EMSA 5IPBA 5I2EA 1KPAA 3BL7A 1ZWJA 3TW2A 3IMIA 4QDEA 3R6FA 4NK0A 3N1TA 5IPCA 4EQEA 4RHNA 3SP4A 3BLAA 3BL9A 1KPEA 4NJXA 6FITA 3KSVA 1AV5A 3OHEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G5SA 2O3PA 4RBLA 4FG7A 2EO4A 4OW8A 4YTCA 5EYKA 4AN2A 4L42A 4KS8A 4AZWA 2H9VA 1Q8UA 5JK3A 3PPKA 4I5VA 3K3IA 5JQ5A 3NAYA 2XJ2A 2YIWA 5DNRA 4CFNA 2DS1A 2HAKA 3SD0A 5AIRA 2XRWA 3S2PA 4NDGA 4OTFA 4F0GA 3DXNA 5C4LA 5T68A 3MFSA 5IA5A 1PMNA 2FH9A 3U55A 3WARA 4QMYA 3UP2A 3U4WA 3E7OA 1YHSA 3LCSA 4R6VA 4BZDA 1FVRA 4A4XA 4O0RA 4A9TA 3FMJA 1Y6BA 3HMNA 1FMKA 3G9LX 2JDVA 4PV0A 5CY3A 4FE2A 1JQHA 4I5WA 2YABA 3P7CA 3R0TA 5HIEA 3TV6A 2YCRA 4FC0A 3MJ2A 3E88A 5GINE 3SZQA 3COHA 3ITZA 1MRVA 1Y6AA 2BR1A 2PVKA 5M4UA 4ZJIA 1QPJA 1JPAA 2XJ0A 3Q9ZA 3OY3A 4XBUA 3A8WA 2OXDA 2WQEA 3C0GA 3D14A 4C4JA 3LCDA 2VAGA 1H07A 4L45A 4QOXA 4I5PA 3UTOA 3EQCA 3VNTA 2R3FA 3BLRA 5E90A 1IEPA 4QMTA 3O23A 4GKIA 3EZVA 3UO6A 2XJ1A 3O0GA 4RMZA 4ORKA 1Q8TA 1SZMA 4KKGA 3UBDA 3R7IA 4AU8A 4DH7A 4UN0C 1R78A 5AAEA 1V0PA 4Y85A 4N0SA 4G1WA 4RIWB 3NEWA 2BAJA 2JBPA 4USDA 1OL5A 3JR1A 4U80A 2WMQA 4XOZA 5M07A 3A99A 2GQRA 3KXZA 4JNWA 3SQQA 5K9IA 3O96A 5IA0A 4D55A 5CEKA 1YHWA 2A1AB 3RHXA 3R00A 2HZ0A 4XG4A 3ZU7A 3MVHA 1EH4A 1Z84A 4YHJA 4J53A 4O6LA 3R7OA 4P5QA 4NZWB 3TI1A 4O0XA 4IZAA 3H4JA 4FNWA 5CAOA 4DFUA 3MVLA 2JIUA 2QODA 2VWWA 2C0IA 4FV8A 5DT0A 4TNBA 4QMQA 4D28A 4JRNA 3VUKA 1PXPA 2VUWA 1E9HA 4JR7A 4ZSEA 4XCUA 1Q24A 1Q61A 2R5TA 5BYYA 4PP9A 1WVXA 5EW9A 5I9UA 4B8MA 4I5TA 1URWA 1PW2A 2R9SA 2W5HA 2WZJA 3II5A 4JIKA 3U4UA 3QQFA 3WOWA 4BBEA 2XCKA 3DQWA 1UU3A 2YAAA 3MB6A 5A3XA 2YM3A 3R7EA 2QOIA 2ITQA 4BGGA 3R22A 4MWIA 3WZEA 1XJDA 3TYKA 1VYZA 4P4CA 4WOVA 4J97A 4EHVA 2JIIA 5BUJA 3R30A 3DXPA 4IC8A 4IM3A 5HLPA 3R1QA 4EHGA 4QTEA 5A14A 2R7JA 2IZUA 3CIKA 1JSUA 2OW3A 2HXLA 4GYIA 3TZ8A 4L8MA 4V0GA 4QMSA 3FYJX 4ZEGA 2WIPA 1FVVA 1GIIA 4WHZA 4M12A 2B4SB 5ETIA 3MA6A 4NCTC 5AM7A 4EKKA 1QPEA 3QFVA 4O82A 4RJ8A 4PTGA 4PX6A 5AA8A 1PF8A 2OK1A 4U7ZA 3WYYA 4F78A 2XIRA 1WVYA 2Z8CA 5AAGA 3SAYA 1DAWA 4MNEA 3DCVA 1PY5A 2HENA 2QO9A 4O7VA 2UZEA 3C4EA 3GB2A 4RJ6A 4EUTA 1J91A 4ZOGA 3PSBA 5HNGA 4DHFA 3PSDA 4ONAA 2EWAA 3DOGA 3LXKA 2XP2A 2F7ZE 4AZFA 4FJVA 5GIOE 4IBMA 5CALA 3IOPA 1PMUA 3UOHA 5HEZA 4H3BA 4QMLA 4RWLA 3SV0A 2XM9A 5IQCA 2XBAA 1RZYA 1JKSA 4EONA 3U54A 3H9FA 3F3WA 5BNJA 4RC2A 3H3CA 5IG1A 4O81A 3K5VA 1OUYA 4O6EA 4OTWA 5LVPA 4FX3A 4BZNA 4UBAA 5L8LA 3ANQA 4P5ZA 3VS5A 5EYDA 3BQCA 4JG7A 4G2FA 1KE8A 3CTQA 3ULIA 4AG8A 3KMMA 3BRBA 3PRFA 2GNHA 4J96A 3QD2B 3BEAA 5GHVA 5CAQA 4OTIA 1X8BA 3FHRA 3AT3A 3HECA 4IZ5A 4D1ZA 5CAUA 1FPUA 1REJA 2UW7A 3GVUA 3M2WA 4OT5A 3KMUA 5FBOA 2CNUA 3N1SA 1OIUA 1XKKA 3IPHA 3VS2A 2VTIA 2J51A 5C8MA 4AXDA 1OBGA 3PXFA 4KUJA 3I60A 3CBLA 3QTRA 4TN6A 4CLJA 4XS2A 1TQMA 1H1RA 2YN8A 4EH3A 4O84A 3V51A 2FUMA 3FJQE 2IVUA 1TVOA 1CKPA 4BYJA 5J9YA 5KBRA 1ZWSA 4DT8A 4HOKA 3FPMA 3FY2A 1DI9A 4FT9A 1FVTA 4K0YA 4IWOA 4DTKA 4RWKA 4EH5A 4TNDA 3T3UA 2C6EA 4U9AA 4C2WA 3GP0A 3MY0A 1GIHA 1XBBA 3VQUA 3IK3A 2QVSE 2GNGA 4QT1A 3MY1A 4IAIA 5J87A 5FTOA 4H36A 3O1XA 2Y7JA 5IPJA 3P7AA 3LFDA 4CFFA 2Q4LA 4R77A 1WBPA 2B9JA 1G8AA 2DQ7X 2ONLC 4FT5A 5HTBA 3KXMA 4YJSA 1Q97A 5LCKA 4E4NA 3NW7A 2GS2A 4V01A 2X0GA 4Q9ZA 3WF7A 3NWWA 4D9UA 1DM2A 2R0UA 4NWMA 3ZBFA 3E5AA 5AV3A 4PTEA 3C7QA 4BDAA 3BL7A 3U87A 2JDOA 1A9UA 2GNJA 3PUPA 3LFBA 3FZSA 3A7JA 3BHHA 3HRCA 3MH3A 2PVMA 3R21A 3UYTA 3W8LA 4MYGA 5I9ZA 3VRZA 2PVHA 4GG5A 4H1MA 4I94A 4TWOA 3FSFA 5IPCA 4FKTA 3DBFA 1VYWA 3UGCA 4F64A 1Z9XA 2NRUA 3K5UA 4RLLA 3AXWA 3I1AA 4MXZA 3W0MA 3MFUA 4DITA 2PULA 3UP7A 2YJRA 5AP5A 1J7UA 3BHVA 3Q3BA 4NTTA 5L2SA 4OBPA 3ERKA 2XAMA 3I81A 3G33A 2HW6A 2JAVA 3LFFA 4KB8A 3FL4A 4NDFA 3PA5A 3K2LA 2B53A 1OBDA 3KMWA 3Q4UA 3ZC5A 3BU5A 4B9DA 2XK8A 5CZHA 3QC9A 1P2AA 5CSHA 5E92A 3BV3A 3DK6A 4G3DA 3HKOA 3K54A 2WOTA 5FDPA 3DJ7A 4CXAA 3NUXA 3D4QA 3EH9A 4FZDB 4EQGA 1H01A 5CI7A 1M17A 5FITA 2CSNA 3A4PA 4FV7A 3L9LA 5CT0A 3GUBA 5IH5A 2WMXA 4IWQA 3SC1A 2BRNA 5DBXA 2BDFA 4DAWA 3UPZA 1ZAOA 4YHTA 4EH9A 3P0TA 3QUDA 2QOFA 3PP1A 2YZAA 3ALNA 2X7GA 5I9XA 3BQRA 4BDBA 4UWCA 3PTGA 5KMOA 2XEZA 3ZTXA 3VUMA 3LB5A 5T6KA 1H27A 1YDRE 2O63A 4EH6A 5CU0A 3PG1A 2YM6A 4EBVA 4F7NA 2W1GA 4EJNA 4Z3VA 3GNIB 2C5NA 1G8SA 4R7BA 4YJTA 3JVSA 4ACMA 5HO7A 1LEWA 2IVVA 5CI6A 2VTLA 4G9CA 4CTCA 1XQZA 1PXIA 3OCGA 4LRJA 5JEBA 2C6IA 3C4ZA 5LWMA 4BTMA 4O22A 2QNJA 4EH4A 4M8TA 4F63A 3GCPA 3PVUA 4GCJA 4NSTA 3KY2A 5I5ZA 2GPHA 4F9AA 4ANBA 4FKWA 4EK3A 2OXXA 4BCMA 3LJ0A 2B9IA 3TDVA 4FTKA 5E8YA 4FNZA 5HG5A 3IW6A 3W2CA 3OJ7A 1YWNA 4DH3A 3AGMA 3COMA 2YIXA 3RM6A 5BMMA 3N4UA 4LL0A 4CG8A 3SRVA 2R3LA 3MDYA 5KUPA 1UNLA 2PSQA 3S0OA 4USEA 4ZAUA 3MPAA 4GUBA 5HE0A 3QTZA 3KK9A 5A54A 1Q8YA 2CNVA 3AC5A 1GZKA 3JVRA 5KKRB 5L8KA 5EYCA 3W2QA 2PY3A 3OXTA 1FHIA 2PE0A 2QR8A 3PYYA 2QO7A 4IANA 3NS9A 4LRKA 2I40A 3GCSA 4PL5A 4S30A 4O91A 5AP7A 4HW7A 5LJJA 4LDTA 1XMLA 2XIZA 4H39A 5DR9A 5EHLA 2WMAA 1NY3A 5ANDA 5AV0A 4NJZA 1GAGA 2QLQA 4EL9A 3PLAE 3Q9XA 4EI4A 3QZIA 4IIRA 2AC3A 3MTLA 3ZUUA 4FTIA 3OF0A 4O0VA 3PY0A 5JZNA 4GRBA 2R7PA 3FZRA 3G6HA 4F99A 5KCVA 1BYGA 3A7IA 3FKOA 4IVDA 4LV5A 1XHAA 4FKVA 2XIKA 4JBQA 4AUAA 3LJ2A 4IB0A 4F7SA 4ZSAA 4RHNA 4C3FA 4EH2A 2PL0A 4IWDA 5HE2A 3RPVA 4CG9A 3V5TA 4ANQA 2G2FA 3NZ0A 4RIYA 3FMHA 4M14A 4FR4A 2CJMA 3RMFA 4PWNA 3EZRA 2HELA 3DU8A 4L68A 1CDKA 2BAQA 4W4VA 4PL3A 3VHEA 4CGAA 4I6BA 2R3GA 3L8VA 3O17A 2WGJA 3NFFB 3BPRA 3E8CA 4U79A 1LPUA 2VTAA 4YNOA 4AXCA 3TKUA 3UNJA 3D7TA 3PG3A 4OR5A 4JQ7A 4ZIMA 1I44A 1Q3DA 3ENHA 1U54A 4FEVA 5D9HA 4AFEA 4DN5A 3C0HA 3BWJA 4YTIA 4ID7A 4CLIA 4CFXA 2YERA 2XNEA 4WG5A 2OZOA 4WSYA 4DFNA 4IQ6A 4O0UA 2OGVA 3T9IA 2QO2A 3CKWA 3FLSA 3W2RA 3ATTA 3NNUA 5M53A 5IQAA 1CM8A 1LR4A 4AXAA 5BV3A 4WNOA 4I5MA 3RPRA 1H0WA 3VBTA 4EOKA 3NDMA 4IX3A 2C3JA 1M2RA 2P2HA 4G31A 5ANKA 3PVWA 3A2CA 3MN3A 3GCVA 1GUPA 1CKIA 1UWJA 2OIQA 3BYMA 3F5UA 3LFCA 4N70A 3ORMA 1XH9A 4NKAA 4PL4A 3CY3A 5AJQA 4CKIA 4DH1A 3R8ZA 2YDJA 3VF9A 4XG7A 4E5AX 3MGYA 3LMGA 3CD3A 3OWLA 5HIDA 2BKZA 2B54A 3CCNA 3IDBA 4HPTE 3ZC6A 4AW0A 3GU7A 5H9BA 1ZYJA 3LPBA 3SKCA 1ZYLA 5DG5A 2FYSA 1J7IA 4WUNA 3TNHA 2BILB 3LAUA 4QMZA 3QRKA 5HICA 2UUEA 3E3PA 2ITUA 3LLTA 4FSWA 4K33A 4KKHA 5DFPA 3TKIA 4OTDA 4KAOA 2YA9A 3ZRLA 3OXKA 4QYEA 3KN6A 2J0MB 1HCLA 3ORKA 4C34A 5CEQA 4INIA 2R64A 1Y8GA 3DAEA 3DNDA 4D4RA 4FTUA 5E8VA 3UG1A 4O96A 1YXUA 4YUQA 2JKKA 1QL6A 4GT4A 4TT7A 1BI7A 1IRKA 2O2UA 3F5PA 2X7OA 3BHUA 3PE2A 4BCOA 2X6DA 4MHAA 4QMUA 4I3ZA 2WQMA 5C8KA 4Y8DA 5ITAA 5I2FA 4X2KA 5IPEA 4ACGA 2JKMA 3LCTA 3FZTA 3TKHA 3HP5A 3W32A 2F2UA 2E9OA 3EQRA 3IW4A 3QKLA 3QTUA 4O7WA 3ZFMA 4NFNA 4C62A 4FIEA 3FSKA 3GOKA 4DFZE 5J7HA 3E93A 1XH8A 4FT3A 4JR3A 4F1TA 3E8DA 3GC0A 4RFZA 4JX3A 3P08A 4RFMA 4O2ZA 1BL7A 3LMHA 3OUKA 4GU9A 5EHOA 4QDEA 5CEMA 3QLGA 4TYHA 4CZTA 4YU2A 2JFLA 4O0WA 3FI3A 3HRBA 4EK6A 3VAPA 4BDKA 5M4CA 3KCFA 2HZIA 2XCHA 3NSZA 1B39A 3NVMB 5AP1A 4YZNA 1ZOGA 3CR0A 5FEEA 4XYFA 3U9CA 2R3RA 5CAVA 5K5NA 3UZPA 4F0FA 5EQPA 3DJ5A 3IKAA 2Y8OA 3NUPA 4X3FA 4X2GA 4ZP5A 3LHJA 5HLWA 4QYGA 3ZRKA 2C1AA 1K2PA 4FL3A 2O0UA 2OJFE 5CSPA 2JITA 4UYNA 2GTNA 2YDIA 4A06A 5IQDA 4EQUA 4UWYA 5KNJA 5FRIA 3W55A 5E7RA 5IA3A 4X6QC 4BCFA 1APME 1F0QA 4F1OA 3RPOA 5IN3A 2QG5A 2VO7A 4IWPA 2XBJA 4AWIA 2WOUA 1Q8WA 3AC4A 2I1MA 2RF9A 3B2WA 3H30A 3NW6A 3TV4A 4AZVA 1PKDA 3W0SA 2UZOA 3PXQA 5BX0A 2BIKB 4RZWA 4YBJA 5HGIA 2ETMA 3HLLA 1PMEA 3G2FA 3HRFA 4MD7E 3VBWA 4V0GB 5HVKA 3R7UA 4ZY6A 3UOKA 4NDIA 1VZOA 4BJJA 4O86A 5EKNA 3VO3A 2C3KA 3FAAA 4ERKA 3WI6A 2Z02A 2CHLA 3DPKA 3NIEA 3PRIA 4MXAA 4FITA 2WPAA 4LV7A 4KIPA 4A9UA 2C5OA 1M2PA 2VWXA 3AGLA 1CKJA 3HMIA 3IDPA 4HGTA 4RZVA 3GFEA 4E26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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