4QDEA

Dcps in complex with covalent inhibitor
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
297
structure length
287
Chain Sequence
VRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dcps in complex with covalent inhibitors
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords m7GpppX diphosphatase
total genus 70
structure length 287
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4qdeA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 4qdeA02
6FITA 4NJXA 4NK0A 1FITA 1XMLA 1VLRA 5BV3A 4YKLB 4NDIA 1AV5A 1ST0A 3SZQA 2Q4HA 5IPCA 4EQHA 4INCA 4EGUA 1Z84A 2FITA 2OIKA 3O0MA 4FITA 4ZKVA 2Q4LA 5IPBA 5ED3A 5IPDA 3KSVA 1EMSA 4QEBA 5CS2A 3O1ZA 4XBAA 1XMMA 3OXKA 3L7XA 3O1CA 3R6FA 3WO5A 1ZWJA 1KPFA 1KPCA 4EQEA 1HXPA 3P0TA 2H39A 4NJZA 5RHNA 4QDEA 3TW2A 3BL9A 4NDGA 3BLAA 3OMFA 3N1TA 3N1SA 3SPLA 4NJYA 1GUQA 3OJ7A 1ST4A 3SP4A 1HXQA 3SPDA 5IPEA 3NRDA 3O1XA 3BL7A 3IMIA 6RHNA 1KPAA 1KPBA 3LB5A 4NDFA 3RHNA 1RZYA 1KPEA 3ANOA 4RHNA 5EMTA 1Y23A 1FHIA 3QGZA 5IN3A 3I4SA 5ED6A 5FITA 5I2FA 2EO4A 4QDVA 4NDHA 4EQGA 4ZKLA 5I2EA 1GUPA 3FITA 3OHEA 3I24A 4INIA 4ZGLA 2FHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R5YA 3OXTA 1OECA 1CM8A 1H0VA 4Z7HA 5HD4A 3FLWA 4CMOA 5AJQA 3VBTA 4DC2A 1KOBA 2C3IB 4RQVA 4FTNA 4G3FA 4I5WA 3BGZA 2JIUA 5CENA 2VV9A 4BJJA 4DH7A 5IZFA 2XCHA 3D5WA 4B4LA 3VQHA 3CTJA 3MN3A 3NW6A 1O9UA 4C4IA 1H1RA 1GIJA 3NR9A 2F7ZE 2AC3A 4A9YA 4EOQA 5JFXA 3CCNA 3I6WA 2XIYA 4BN1A 3QFVA 3ZXTA 3D0EA 4NM7A 4DEDA 2OF4A 3VC4A 3ZLSA 3PZHA 4USFA 4I41A 4U80A 5EDRA 4APCA 1DI8A 4OUCA 2B9HA 1P4OA 3FV8A 4BCNA 1PYXA 2WMBA 4OBPA 5C01A 2X2MA 3BU3A 4BDKA 3A7HA 1G3NA 2JD5A 5AUUA 5AEPA 3NWWA 4KIOA 2XK3A 4R1VA 2C5NA 4E4LA 4F6SA 2GTMA 4BTJA 1HCKA 3FC2A 4IB1A 4KKHA 3RK7A 3CPCA 1PMEA 3W55A 4HJOA 3R1SA 2YA9A 2X39A 3OFMA 3VF9A 1WVYA 4D5KA 3N4UA 4RVMA 5EKOA 3AMYA 5M4IA 4F4PA 1T45A 3UTOA 3VN9A 2PVFA 1BKXA 4YUQA 4WRGA 3SLSA 3NFGB 4WOVA 4MNFA 2R3FA 4BCQA 3FZRA 4NT4A 3P1AA 3AC3A 3EQPA 4ZMFA 4NJZA 2I0HA 2HYYA 3F6XA 3R9DA 4KRCA 4EHVA 4GK3A 4IHPA 2BZJA 3AGLA 4ACDA 3E87A 1YOLA 4YLLA 5DFPA 3BBWA 1TVOA 2QD9A 4FOCA 2RFEA 3VULA 1XBCA 1GIHA 5D9HA 3TUDA 2VAGA 2FYSA 3OJ7A 2PZRA 5BVKA 5J95A 2O8YA 4NFMA 3LMHA 4GH2A 3UIXA 2C3JA 3FMDA 2IVUA 4EONA 3R63A 3AC8A 2C3LA 5CF8A 4JMQA 3LMGA 3O0GA 3PE1A 4BICA 4HVDA 4WG3A 3AKJA 2VTIA 4Z9LA 3IW5A 5CSXA 1IA8A 1FBNA 2O5KA 3BLRA 3CE3A 3ALNA 4YURA 3C4ZA 5AM7A 4A4OA 5FDPA 5HBJA 1KPBA 5DWRA 3LFAA 4D28A 4KUJA 4PDSA 2BZIB 4XCUA 1WBOA 3DXPA 3LFBA 4FTLA 2YCQA 3Q9XA 3FY0A 4RHNA 3RAIA 4HVIA 4O7LA 3TV7A 4O91A 3BV3A 4PTGA 4XP0A 4K18A 4F0IA 1R0PA 2HENA 2OLCA 4IEBA 3EOCA 4BYIA 3FPQA 3LFSA 3CJGA 4XEYA 5F94A 5CAVA 4K6ZA 4UX9A 3DAJA 2GU0A 4NU1A 4MCVA 1GUPA 4AAAA 5KHWA 4QMMA 3RPYA 1F3MC 3DNDA 5A6NA 4YBKA 4J99A 5M07A 5CALA 4WUAA 3HLLA 3P78A 4O6LA 4AN3A 2B9JA 2C1AA 2CKPA 4IVBA 4NK0A 4DCEA 3QQLA 3KF4A 4E1ZA 4IVAA 4ZK5A 3PIXA 1W82A 1JSUA 2YIQA 3IECA 4C33A 5E8ZA 2IVVA 3NUPA 4QPSA 2NO3A 3LFQA 3TZ8A 2VZ6A 3EYHA 1FINA 4FG9A 4I5PA 2B53A 2WQBA 1AV5A 2UVXA 4DT8A 4YJVA 4ZIMA 4EOSA 4QQCA 4DTKA 1FVRA 4XH6A 3S4QA 4FBXA 1SZMA 4JDJA 5FLFA 3OC1A 2W17A 3DDPA 3ZHPC 2WU6A 3BYUA 1YWVA 3G6GA 2IG7A 4RVLA 5F1ZA 3FI3A 4OW8A 1OKWA 3OHTA 3D5XA 2XIKA 2VWVA 3Q96A 4X6RA 5HLPA 3NYNA 4CD0A 2J4ZA 3MS9A 3R22A 4M13A 4O7WA 2CKEA 4P5ZA 4ENYA 4WKQA 4UXQA 3W33A 5ED3A 3FLNC 2GS7A 4E6DA 3POZA 4DHFA 2XKFA 2I1MA 3BGQA 1YI4A 4FTAA 1DM2A 2BRGA 3ZO4A 2XRWA 2E9PA 3TDWA 1ZARA 2UZDA 4FK3A 2VTHA 3NNXA 4DG3E 5I4NA 3HA6A 1QPJA 3HKOA 3VUGA 4AW2A 4LMNA 4RMZA 4QQTA 4HYSA 3HAMA 4IX4A 1WBNA 3QTWA 5BUJA 3L9PA 4AGUA 5L6PA 1GZKA 2P2HA 4NIFB 4XP2A 5FRIA 3ENHA 5EM7A 3E62A 4FV0A 2UW7A 4DFZE 3F5GA 4ACCA 1UKHA 3PSCA 5FEQA 4W4XA 1DS5A 2JBOA 2ETKA 3FZSA 4QP8A 1GAGA 4E6CA 4MXOA 1OIQA 5DIAA 3ZCLA 5KMJA 3PPJA 5M06A 2XF0A 4C62A 4AGDA 4N6ZA 3DFAA 5BMSA 1Q61A 3AOXA 3C13A 3ITZA 3W0MA 3S0OA 1YI6A 3DQWA 1GUQA 2PE2A 3NPCA 4F7LA 3T3VA 1B39A 2J6MA 3O96A 1GZNA 5C8NA 3U6HA 2XNMA 3O8UA 2VWBA 3FJQE 3OXZA 3LOKA 1VR2A 3I5NA 5T3QA 3M2WA 2R3GA 5CI7A 1PRYA 4KNBA 1U54B 3UQFA 4EJ7A 4TW9A 1OGYA 4O0SA 4FTTA 3WF6A 3HRFA 2QOCA 2QOFA 1WVXA 3QA0A 3U6IA 3A7JA 1FQ1B 3BZ3A 4LI5A 3UZPA 4LYNA 2IWIA 1M7QA 3KCKA 2YIRA 1ZOEA 3L1SA 3IW6A 4BKJA 3MFSA 1LR4A 2UV2A 2R3OA 5D12A 3RGFA 3IO7A 3KRLA 3A4PA 4G16A 1G8SA 4ZP5A 3PY1A 1KUTA 3PA5A 3UP7A 2I0YA 4HGTA 1CMKE 3KXHA 3VS0A 4PP9A 3ZSGA 4GU9A 2XNEA 2WIPA 3BYVA 4EOOA 4FKJA 4BC6A 4E8AA 1PXKA 3BIZA 3BELA 3E88A 1U4DA 1PKGA 4L01A 3R8ZA 2X8DA 4KS7A 4G3GA 4I20A 5ITAA 5EYMA 3IOKA 3VBYA 5AX3A 2WOTA 3GU7A 2JFMA 4O22A 1U54A 1OUYA 1VLRA 3FLZA 4O84A 3EN6A 5BVFA 4K0YA 2ZVAA 1XO2B 3QUDA 5B2LA 5IA2A 1XKKA 3KF7A 2ITZA 5EW3A 5EI2A 4Y8DA 3TKUA 1MRVA 4W4WA 1ST0A 3PJ8A 4YC6A 3FPMA 1RE8A 2Q4HA 1LEWA 2IVTA 2GU8A 4UEUA 2VTNA 2HWPA 3R1QA 5I9ZA 2YJSA 4TL0A 2VTMA 5CAUA 5EFQA 4L7SA 2XK7A 4FTCA 3Q4ZA 4I92A 4MXXA 4F0GA 4C3FA 5BMMA 4A4XA 3FZPA 3PTGA 3Q2JA 4H3PA 3ZONA 3M1SA 4AXAA 3K3JA 4KBKA 4EWQA 4U45A 2QOKA 2BAQA 2GDOA 3HMOA 3UPZA 2C6TA 2O63A 4RSSA 3DK3A 1JKSA 1KOAA 4FSQA 3ROCA 5C4KA 1YRPA 5K5NA 4W8DA 3NMUF 4JG7A 5H8EA 3QYZA 4EYMA 3VUMA 4MD9E 2ZDUA 2GNFA 4LOPA 2VWUA 4I1ZA 5FXSA 3CQWA 1Q3WA 4C58A 4EI4A 4A4LA 2JFLA 2VO3A 2X7GA 3TIYA 3FEGA 2VTLA 1HOWA 3LXPA 3MPMA 3VS4A 4EQCA 5IUIA 4K11A 4APPA 2HZ4A 1OPLA 3KRRA 4MD8E 3C4WA 5A46A 4CLIA 4D1XA 3ULZA 1FPUA 1S9JA 4IW0A 3UG2A 4U8ZA 5EH0A 4YJQA 1M52A 4YO6A 3BL9A 4QYHA 4EKKA 3D94A 2J2IB 2XP2A 5M44A 4FG8A 2JDOA 3E64A 4J96A 3KXNA 3DB8A 3HEGA 3R2YA 3SPLA 5GJGA 4NJYA 3R9RA 3I7BA 3DAEA 3D5VA 3EFJA 5JQ5A 3OEZA 4HCVA 5B7VA 2BRHA 3GT8A 3VS5A 2F9GA 5JZNA 3RM6A 4EK6A 4ZTSA 3VHEA 4NWMA 4PUZA 4YC8A 3U9CA 3DTWA 3WIGA 4FV9A 2F7EE 2NNWB 3FL4A 3R02A 4IWPA 4KSPA 4Y72A 3NAYA 2Q0BA 4RJ7A 3BCEA 2W5HA 2XYUA 5HX8A 1ZOGA 4QP1A 3DU8A 3H0YA 1KPAA 3GFWA 3KXXA 4PMSA 5I9WA 5IH6A 5IQGA 4I6FA 4XLVA 4AT3A 3ZYAA 1UVRA 2O2UA 3UZTA 3AG9A 5A4QA 5DH3A 4HCTA 2B7AA 2W99B 3HX4A 2WTCA 1YWNA 3VJOA 4RPVA 4ZZNA 5BVOA 1Q24A 1TKIA 3KMWA 1Q8YA 2XK4A 4G9RA 3AXWA 4ZTRA 2C0OA 2YZLA 3QGWA 4F9YA 5LQFA 3LIJA 3FSFA 5TR6A 4RIXB 4UB7A 3VUKA 2R3QA 4BRXA 5I2FA 4GL9A 4M12A 4EQGA 4NDHA 3W0OA 3I4BA 3LFEA 1V0PA 5KZIA 3VWAA 1Q8TA 2C4GA 4TYGA 4AWIA 1VEBA 4CG9A 4FKTA 2QOQA 2J5FA 4F9AA 3EL8A 4JLCA 4L52A 3R9NA 1YDTE 1GZOA 3DB6A 4NW5A 4WT6A 2GNJA 4BI1A 2QCSA 1IG1A 3GU6A 3K5UA 3KFAA 2QO7A 3QUPA 4GU6A 4RLLA 5D11A 4IBMA 3VBVA 1XBBA 5AUVA 4AUAA 3NNVA 4R7BA 3O51A 4BCKA 3A7GA 1Y91A 1KWPA 3PSBA 4TWCA 2VGOA 5HCZA 3C4CA 3LLTA 2WHBA 3PA3A 5IH5A 1H01A 1NY3A 2VGPA 3E63A 4G6LA 4L68A 3NW5A 3OOMA 4YHFA 3FZOA 5DR6A 5JN2A 2DUVA 2AYPA 3EZVA 3HMMA 2ITOA 4PRJA 5CVHA 4CRLA 4U3ZA 2HWOA 4DA5A 1XH9A 3Q52A 5H9BA 5DOSA 2F2UA 4DLJA 4H1JA 4FTUA 3RPVA 4FV4A 4HW7A 3OCSA 4IZYA 4YC3A 2QG5A 3JY0A 3EJ1A 4FV5A 3TMOA 3QQHA 5L2SA 4GK2A 4FITA 2G2HA 2YM7A 4JIKA 5E90A 4IZ7A 3SDJA 1H8FA 2CN8A 2R3KA 3DNEA 1K2PA 2CGWA 2UW8A 3KU2A 3ZBXA 4Z16A 2C6EA 4DHZA 3OW3A 5DVRA 3R8PA 4TRLA 4G6NA 1KE9A 1BLXA 4I5VA 5BYYA 2NRUA 3K2LA 4O7RA 2V0DA 4NCTC 4NJDA 4RG0A 5A4TA 4P2KA 2GQSA 5GINE 5FXQA 2V22A 4I21A 5EHLA 3SC1A 3UIBA 3O1CA 4XBAA 3TI1A 5AP6A 1ZWJA 4NM5A 4OLIA 2HOGA 3BKBA 2B54A 3PZEA 4Y5HA 3BLHA 4OBQA 4CZUA 5HHWA 5JKGA 1Q41A 5ACBC 4I6BA 3R0TA 5C27A 5E7RA 2F57A 4CZTA 4MBJA 3MPAA 5LJJA 3EQBA 4OTDA 5HO7A 4QRCA 2YDKA 4NKSA 3AD6A 2HY0A 5JEBA 4NCTA 3WYXA 3BQRA 3KEXA 2HZNA 2ZB1A 4XLIA 5E1EA 3UOLA 4YBJA 3QWJA 4KBCA 4YZBA 2C6IA 3I0OA 3TZ9A 4GT4A 4AX8A 2J5EA 4KKGA 4BVUA 5CZIA 5JGBA 4EOKA 3DCVA 4CT1A 2VNWA 3R71A 4QMPA 5HTCA 4LRKA 2PVLA 2FSTX 2FH9A 3IW4A 4ZY4A 1OGUA 3MA6A 3UNJA 3V01A 3A99A 1PXIA 3OT8A 3DDQA 3PP1A 2YWPA 4JR7A 1P14A 2XUUA 4O0WA 3TACA 4CFFA 4G34A 3KL8A 3V6RA 2V7OA 3TG1A 1IAHA 2BROA 2C6DA 1H26A 1URWA 4FSWA 1Y8YA 3SGCA 4EOPA 5K4IA 4EBVA 3AQVA 2P3GX 3KMMA 3ORMA 4DEEA 4E20A 2JKMA 2W1IA 5FTOA 3IG7A 3H30A 4RWIA 4DFNA 3M11A 4IANA 3S2PA 4YNEA 2B9IA 2OFVA 4XP3A 5J1VA 3HV6A 5AM6A 2BTRA 3RHNA 2OZAA 1AD5A 5LVLA 3QRUA 4IFCA 5DHJA 2ZYBA 4QTBA 4EC8A 1KV1A 1FHIA 4JXFA 2RG6A 5F9EA 4FMQA 1TQPA 1JSTA 4O2ZA 2OI4X 4R5SA 3QD2B 5B2MA 3PXQA 1XH8A 4QYGA 1TQMA 2IVSA 2BFYA 2RIOA 1PXLA 3FKOA 4X0MA 2B9FA 2EO4A 2A27A 3F9NA 3R73A 2R3HA 5M57A 4C59A 2XCKA 3QF9A 5CSWA 4G9CA 5E91A 5JGAA 4FL1A 4AZWA 4S33A 5AP3A 2GHLA 2A2AA 3EN7A 3HUCA 3ULIA 5I5ZA 3QL8A 5K3YA 3P5KA 4O7NA 5HG7A 3W1FA 4YZMA 5J7HA 4NK9A 4I6QA 2Z7SA 3IK3A 1OPKA 3GGFA 3L9NA 1XMLA 4D1ZA 3ORKA 3PIYA 2ITXA 2PVRA 4TWPA 4BDAA 2W0JA 4EUTA 4P5QA 3FLQA 4PMMA 4R3CA 4BGQA 2E9NA 4L00A 4NDIA 5M4UA 4I4EA 4XRJA 5EYDA 2WB8A 4EHGA 1UU9A 1NW1A 5JRSA 4YU2A 4U5JA 2H34A 5KMLA 3IPHA 3W16A 3F5XA 5M51A 3C9WA 2ZM1A 4YGAA 4FTMA 2YM6A 5J8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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