1A8EA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Two high-resolution crystal structures of the recombinant N-lobe of human transferrin reveal a structural change implicated in iron release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a8eA02
3N26A 2ONKE 5TPAA 3UGWA 4NF8B 2Z8EA 2ESNA 3ZKLA 1SW1A 2UXAA 3VLUA 3U92A 3MPKA 5DTBA 3U1OA 4JB7A 3C4MA 4AB6A 3UORA 2AL5A 3ILUB 4IO7A 4ELQA 4O3CA 3ZSFA 2VGQA 4XKQA 4QFKA 2HAUA 2XXUA 3FXQA 3KEIA 5HPQA 1N3WA 4QRZA 3C34A 1SQYA 2I49A 1D4NA 2DOJA 4FECA 2A5TA 3FVNA 3G3KA 5JK4A 1XHYA 4F31B 1MPDA 3O2AA 3OD7A 3CG3A 4H5FA 5FHNA 3Q26A 1B4HA 4G68C 4LZ8A 4BDRA 5CMBA 1XOCA 1MY4A 2DS9A 1BKAA 1TT1A 1QJMA 4MH5A 4L17A 1T0KA 1FQCA 3SERA 1M5DA 1LAXA 1F9BA 3B6TA 1EH3A 3C35A 2FA7A 3VVDA 1POTA 3CRBA 3V8XB 2B65A 4KD5A 2P0SA 4C1TA 2AL4A 4GF8A 4GRKA 3C31A 3T9HB 5EHSA 3O6GA 3LR1A 4H65A 4F1VA 4F22A 3EPEA 2UYFA 3EHSA 4PFWA 4PE5B 4F3PA 3EF7A 2Q2AA 4Z0IA 1NNFA 1S50A 1B1HA 3IJXB 1USYE 1B05A 3O97A 3SEWA 1S7YA 2GFEA 3O29A 1OQGA 2LAOA 3PUZE 5AA4B 4OQOA 3KN7A 2VOZA 1IIWA 4MF3A 2Z23A 3A3CA 1XT8A 2QMWA 4F3GA 5B70A 1ELJA 4IO3A 2Z22A 1MXWA 3TKDA 4FJPA 4ND9A 3PU5A 5H8SA 2ZYNA 1ZIUA 4P0IA 5IKBA 3O6HA 4POWA 5CC2A 2O1MA 4YB7A 2Q88A 3MP6A 5TP9B 1QVSA 5AE4A 1B32A 2O1LA 1A8EA 2PMSA 3PPOA 2ANJA 4LQ5A 5EYFA 3UN6A 4IO4A 1RYOA 2I0BA 4EDPA 1RKMA 2I0CA 5I59A 2YJPA 3TUSA 2RC7A 4U2RA 2GHAA 3OO7A 1SI1A 4G68B 4OMBA 1MQJA 4GXAA 1IQ7A 4G4PA 4UA8A 1OVTA 1XVXA 4X1DA 4RJZA 4DCYA 3VVEA 1B3LA 1QW0A 2O7IA 4NF5A 1B7ZA 1MG1A 3IK6B 3AXFA 4QSCA 4K3FA 3RTWB 3PPRA 2DE2A 1PB7A 4DLDA 4DE8A 4OENA 2X7QA 2PBWA 4R9GA 4IO6A 2DSFA 1UTHB 2DXRA 3D4CA 4FEBA 4NF4B 1MQIA 1Z7ME 2M8CA 1B9JA 2DVCA 5KZTA 1UTBB 3GBBA 2XXHA 3CFLA 3ZKKA 4KYSA 5L9MA 3TCGA 4RA1A 1OQHA 1B3HA 3O9PA 1UIUA 4U1OA 2HAVA 3TFLA 1R1NA 3PUVE 4GD5A 5DT6A 4LUBA 3KFMA 2QJEA 1B52A 1P1UA 3DLNA 4YU0A 3SETA 1LB8A 5ISUA 4EQ7A 3RT6B 2D21A 2F97A 5EHMA 4Z7EA 5CM6A 2OCUA 1URDA 4H6DA 3Q28A 4GVOA 1LAHE 2NWJA 1WODA 3IB0A 1Q1KA 1DTGA 1TXFA 4HW8A 2A5TB 3HCQA 5CBRA 2Q89A 4Q0CA 4C1UA 5AA2D 2UVJA 3KOSA 3OELA 3CSBA 1LAGE 2H98A 5FTIA 2V25A 2VHAA 3MQ9A 1EZOA 1YAEA 1SDXA 4DCXA 3I5OA 4F18A 4YKIA 3PPNA 3U93A 2YPNA 2XXWA 1P1QA 2HEUA 1I6BA 1M5EA 3KOTA 1J1NA 1US5A 5H8QA 2HQ0A 1GTKA 2XD3A 1MQHA 3SEXA 3S9MC 3PD8A 4R72A 2AYSA 1QULA 1N0TA 1DPPA 1MM6A 4RPNA 4EXLA 1FW0A 3T9VA 2F7BA 1Y3QA 2XX9A 1JQFA 4I1DA 3S9NC 4OXVA 5A5XA 1H3DA 5I56A 1LB9A 3TODA 3IAZA 3S9LC 1MH3A 3DP6A 3O6IA 4FEDA 3MAMA 2XX7A 2BJJX 5BUUA 3SEUA 3RN8A 1OIBA 3OSRA 2DWJA 4LONB 1LAFE 3N6TA 4YMBA 1NH8A 4G8NA 3KJTA 3KN3A 2IA4A 1I69A 4ZS9A 5ELVA 4THIA 4HCYA 3TQWA 2W7YA 2D5WA 4F19A 4KCCA 1MXZA 2CZLA 4N07A 1PBPA 3PUXE 1FTOA 1S9TA 4LA9A 4GXSB 3OMBA 1Y3NA 4IGTA 4ZZEA 5DYHA 4LZ7A 5AA3A 3VE1B 4OEVA 4H67A 1GVCA 3CSGA 4IGRA 1UTHA 1FCKA 5FHOA 4WKMA 4G2ZA 4NF4A 1Y9UA 1FTMA 4DXCA 3PUWE 5BWJA 5L9SA 3RT8A 1Y4CA 3CG1A 3LC8A 4QFNA 1UTBA 3N94A 3PMXA 5CMMA 3G7WA 3LSXA 3G3IA 1UIVA 1NFTA 3UK4A 4KI0E 5I84A 1JEUA 4ESWA 2F7AA 4WEDA 3A3UA 3IO6A 3SDFA 4WXJA 3IORA 4EQ9A 1O7TA 1FTLA 1H45A 1DOTA 3FXRA 1A55A 3TCFA 5DVFA 3T96B 2DE4A 4YB6A 3SESA 4JBZA 1USYH 1EZ9A 3FVOA 3Q27A 1NKXA 4FIMA 4JWOA 2CMOA 5CMKA 1XS5A 3P7IA 3V5AA 4Q30B 5KDTA 4Q8RA 2ONRA 1MY1A 1N76A 5ICQA 3IX1A 4N6PA 1VFDA 2RC9A 3ZS6A 3HN0A 1H43A 1SW5A 4FAJA 2F5XA 2Q9TA 1MH4A 3K2DA 3KJ7A 2ALUA 4ZECA 2HCAA 5FTHA 1I6AA 3CI8A 4DXBA 3S2VA 5CI5A 3IJOB 5JEIA 2I4CA 4R9FA 4DZ1A 2REJA 4MLVA 1H44A 1M5CA 1DMBA 4H8IA 2R71A 3K6XA 3IL1B 5JTYA 2V3TA 2V3UA 1VSOA 4HCWA 3MBPA 3LBSA 2I3WA 4LQ2A 4F3BA 3H6UA 1B40A 4PP0A 1FTKA 4UACA 5I2NA 1MRPA 5HBCA 4EXKA 1NNKA 1PB9A 4F3SA 4ZEFA 3LSFB 1MXXA 4WEPA 1VFEA 3Q29A 4TLMB 3T9XB 1B7UA 5CRYA 2XHDA 3RNNA 3H6TA 4ESXA 1IXCA 1B5IA 3OOAA 4QFLA 4R2FA 3T93B 1NH7A 4GL8A 1EU8A 1N7WA 4KPTA 2VD3A 3KSXA 4C0RA 5H8QB 4MFIA 5FHMA 5H8FA 4EF1A 1Y4TA 4JWYA 1YCJA 3OSQA 3RY3A 4NWDA 3QSLA 2RC8A 3H6VA 3K1NA 3EHTA 1A8FA 4IO5A 1B6HA 2F34A 3ONMA 2HZLA 3S4UA 5A5XB 3MUQA 5I56B 3PPPA 2RCAA 1D9YA 1MY2A 3I6VA 3TEPA 4OVJA 5LOMA 1L5TA 1II5A 1MXVA 3VLWA 3FJMA 5I2KB 4RK2A 4R6HA 1PEBA 4G8HA 1DSNA 1B58A 2NUVA 2O6AA 3MW0A 3TDJA 3VDFA 3LSWA 5H8NA 4ZEDA 1LBCA 1SBPA 3VLVA 2H4IA 1R9LA 2DWIA 4H0WA 3KZGA 2Y7WA 3OXNA 2VP1A 1HSEA 4OFLA 2ZNUA 3OO6A 4MLQA 2RINA 3MJNA 3DP8A 2GH9A 4KCDA 3TZAA 1URSA 1JVXA 3RPWA 3LSLA 4YICA 4KYDA 5J1DA 2ZNSA 4BDMA 3HHGA 3FV2A 1PBQA 3U94A 2H25A 4XKRA 1LCTA 1M5BA 1Y20A 3ODBA 3K6WA 3O28A 2DWAA 1SW4A 1D9VA 1SYHA 3MPLA 2Y7PA 2UVHA 1BLFA 5I57B 2Z8DA 3BBRA 1JW5A 1N04A 4PFUA 3G3HA 5KDTB 5DVIA 3M3LA 3T22A 3M3KA 2A5SA 1AH5A 2H99A 3GXAA 2Z8FA 4OZ9A 3D4GA 1YTVA 2H5YA 1R9QA 1B4ZA 3JYRA 2O68A 4PQJA 3C9HA 2I3VA 2NVUB 3QAXA 3QUJA 5DVJA 1QUIA 4RYAA 3N5LA 3EHUA 2UYEA 4U4SA 1UQWA 2DXYA 3TMGA 4BDNA 1A54A 4F1YA 4R75A 4ELOA 1IEJA 3BFTA 3IOVA 2X26A 4LP2B 4PFTA 5HM4B 4NWCA 1JW1A 4JWXA 4LVQA 3V83A 4OFOA 1N7XA 3E3KA 5DEXA 5JTYB 2F6GA 1MPBA 1ZMGA 5TU0A 2QL3A 3IR1A 3MVWA 2F35A 2IEEA 3K6VA 3QUFA 3WAFA 3HO7A 4EQBA 1QKAA 3G3JA 4OESA 4OERA 4F39A 5I2NB 3FVGA 2NOOA 1SYIA 2ZNTA 2DWHA 3RGYA 2F36A 3IOWA 3VXBA 3KBRA 3KN8A 2R9JA 3U72A 1R6ZA 1H76A 2DE3A 4QFPA 1Y1MA 4X48A 4LATA 1JVYA 2THIA 3BFUA 4N13A 3USDA 3VVFA 3MP8A 1MDP1 4IY5A 3T9UA 1DTZA 5I2KA 3VFJA 5H8FB 3Q25A 5F7VA 2O84X 1B1XA 3ECRA 3H7MA 1BTJA 2YLNA 5CMCA 3ILTB 1AOVA 2UVGA 1POY1 3H4ZA 2I48A 4O3AA 5KCJA 2G29A 1NL5A 2P1SA 3PGFA 2Q8JA 2KLFA 4DXUA 3V89B 3CFXA 3EQ1A 2XXQA 1JETA 4M4GA 3IB1A 3CR9A 3TTNA 3CIJA 1B3GA 1MY0A 2PT2A 3M8UA 2PX1A 1LSTA 2QS3A 4NF6B 1CE2A 2XXVA 3H3GA 1LBBA 4P11A 3IOTA 4XKPA 2E0SA 3K6UA 3QIMA 1B5JA 3K4UA 4QFOA 4XIGQ 3PPQA 5H8NB 5M2VA 4P0GA 3UP9A 3PMWA 4KHZE 1FQEA 4BLAA 2FNCA 2V84A 3FJGA 2OLBA 3JZJA 3TQLA 4TLLB 1GGGA 1Z7NE 1B3EA 5I57A 4XTCQ 2V93A 4IB2A 1TFDA 5ITPA 1SD3A 2E1SA 2PT1A 4YKJA 3KGCA 3MC2A 3MVYA 4F2OA 3TTRA 3CFZA 3THIA 2XXXA 5AA2B 1B0HA 2RF1A 3IOUA 3LUYA 3R26A 3E9XA 1LFHA 1B5HA 2F78A 1LFGA 3I3VA 4RNSA 3OEMA 3K0VA 4GLIA 1PC3A 2F8DA 1B2HA 1MM7A 1VR5A 2FYIA 1OLCA 2ZYKA 1GV8A 3B6WA 1EZPA 4RPOA 1N3XA 4U21A 3TELA 4F29A 2UVIA 3SKPA 4ZDMA 3FUZA 4OHNA 4U23A 1SW2A 4ELPA 1PB8A 2DVZA 2XXRA 4M1VA 4I9DA 1HSJA 4KQPA 3VXCA 5I58A 3HHFA 2ZXTA 1ZLQA 2RKMA 4GIZA 3W15C 5CBSA 4GOTA 4U22A 4H1XA 5L9OA 4F1UA 1IITA 1TWYA 1PDAA 2RCBA 4NMYA 3S9EA 1B51A 4TQUQ 4GQOA 2ABHA 2OWTA 3TTLA 1ZTYA 1N84A 3C36A 4X9TA 3R7XA 3OENA 3OO8A 3HV1A 4XXUA 4KFQA 4QSDA 4JSOA 2ONSA 4ZEIA 3FV1A 2REGA 3O66A 1BP5A 5DEXB 1MQDA 1NNTA 3DELB 3IO4A 1MXUA 3TTKA 4AQ4A 1P99A 3G3GA 3GLBA 2AIXA 2XXIA 1ZKBA 1TFAA 1P1NA 4RXLA 4YMAA 4ZEBA 2QPQA 3FJ7A 4OETA 4X1BA 4YB5A 3K1PA 1MQGA 2XXYA 3TTMA 1FQDA 1ZBMA 1LCFA 4ONYA 3E13X 1FQBA 4OWDA 5K2YA 1MS7A 3EN3A 1ANFA 1B7HA 1B46A 1OLAA 3B6QA 1YPNA 4O3BA 3KG2A 3MVXA 2B3FA 1B3FA 4NF6A 4KYEA 1ZU0A 2WKYA 3L6GA 3KSJA 1NNPA 3H03A 1MY3A 3RUMA 3H06B 4E0WA 3HPIA 3PD9A 1VE4A 4FORA 4JXIA 4ECFA 5KCJB 3IB2A 2O51A 2Y84A 4F2QA 1FTJA 3RQTA 1JEVA 3T66A 2F7CA 3K00A 2ZYOA 2I6EA 1Y3PA 4MBPA 4YZZA 5H8HB 4HTGA 3MVZA 1NMUA 4NF8A 5ICTA 2PYYA 3FATA 1URGA 4GWOA 2H9BA 4ZEKA 2GHBA 4E0XA 2X7PA 3FGSA 3C33A 1US4A 2O7UA 2QS2A 5AA2A 4I62A 2QRYA 1RYXA 4I8CA 3CVGA 1B0LA 1A99A 2ZMBA 1KWHA 4EUOA 2B3BA 4R6YA 4DDDA 3RLFE 2OBGA 1XC1A 1O64A 1IXIA 2XX8A 4ZE9A 2Q2CA 3C32A 4BDLA 4H8JA 1AL3A 4U1ZA 1XVYA 5ITOA 3UIFA 3F11A 3DP4A 1ATGA 5TPAB 2QS1A 3QYTA 3TYHA 2XXPA 2DYXA 4FE8A 1LGBC 3G3FA 1JW4A 1SI0A 3FVKA 2XXTA 3TPAA 3DM0A 3FASA 4FATA 2OWSA 5B7DA 4NTLA 4YKPA 2DQVA 2HXWA 4LZ5A 2PVUA 1MXYA 4KR5A 4Q5TA 3K01A 3JV9A 5K2XA 5F1QA 1O63A 3TCHA 3MZ1A 2Y7KA 3GZGA 4R74A 2I58A 3FXUA 3HSTA 3PUYE 4GFRA 1OMPA 1FQAA 2P2AA 2HZKA 4PFYA 4NE4A 2XD2A 2VD2A 2OZZA 4NEDA 1MDQA 5I58B 1AMFA 3PMVA 5IAIA 2HFBA 4QHQA 1ZJLA 3U8QA 1SVXB 4OYVA 1D3KA 3OO9A 1A7LA 2GRVA 1LLSA 4ELRA 4IY6A 1BIYA 1P1OA 1DPEA 2OK2A 3FZVA 3UA8A 5AA4A 2DP8A 2QS4A 1LFIA 3K1MA 1AIVA 3MP1A 4G77A 3OEKA 3MZ9A 2OJTA 2D3IA 4HS7A 2V3QA 4QF9A 3PV0E 4R2BA 1GR2A 3GBAA 2I4BA 3M3FA 1QUKA 4BDQA 4OEUA 1Y1ZA 1OVBA 3SEVA 1FQFA 5TP9A 3K02A 4RY1A 3E4RA 4ZE8A 3TAJA 4R73A 1IXGA 4U4XA 4ZZAA 3L6HA 1QKBA 2R6GE 4H5GA 3R6UA 1M5FA 3SEYA 3W9WA 4JSDA 4G68A 4R6KA 3VV5A 3W9VA 4EF2A 2QSXA 4YAHX 3WAEA 4ISUA 5H8HA 4OFJA 1WVJA 4GL0A 3N6UA 4QSEA 4PETA 2O69A 3RTFB 1I6QA 3A09A 3BKIB 3FD3A 1Q35A 1IXHA 1IZ1A 1JNFA 1HSLA 1WDNA 2NXOA 2Y7IA 1IUDA 4TOZA 4RK9A 4G8MA 2ZYMA 4IO2A 4DIGA 3MWBA 2QMXA 1CB6A 2Y7RA 4XKNA 2F6PA 3FIRA 4YKKA 5L8DA 5I59B 3MZBA 3QXMA 5AA1A 3H6WA 1A40A 4JDFA 4AB5A 3B7DA 1P1WA 4OTEA 3QK6A 1QUJA 2G93A 4BDOA 1MPCA 4NF5B 4POXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N26A 2ONKE 5TPAA 3UGWA 4NF8B 2Z8EA 2ESNA 1K9YA 3ZKLA 1SW1A 2UXAA 3VLUA 3U92A 3MPKA 5DTBA 3U1OA 2WYPA 4JB7A 1INPA 1NV6A 3C4MA 4AB6A 3UORA 2AL5A 3ILUB 4IO7A 2FVZA 4ELQA 4O3CA 3ZSFA 2MKZA 2VGQA 4XKQA 1FPLA 4QFKA 2HAUA 2XXUA 4LN5A 3FXQA 3KEIA 5HPQA 1N3WA 4QRZA 3C34A 1SQYA 2I49A 1D4NA 3B8BA 2DOJA 4FECA 2A5TA 3FVNA 1NUXA 3G3KA 5JK4A 1XHYA 4F31B 1MPDA 1FPGA 3O2AA 1IMEA 3OD7A 3CG3A 4H5FA 5FHNA 1NUWA 3Q26A 1B4HA 4G68C 4LZ8A 4N8YA 4BDRA 5CMBA 1XOCA 1MY4A 2DS9A 1BKAA 5ET6A 1TT1A 1QJMA 4MH5A 4L17A 1T0KA 1FQCA 3SERA 1M5DA 1LAXA 1F9BA 3B6TA 1EH3A 3C35A 2FA7A 3VVDA 1FPKA 1POTA 3CRBA 1Q9DA 3V8XB 2B65A 4KD5A 2P0SA 4C1TA 2AL4A 5ESYA 2QVRA 4GF8A 4GRKA 3C31A 1FTAA 4N81A 3T9HB 1FPIA 5EHSA 3O6GA 3LR1A 4H65A 4F1VA 1G0HA 4F22A 3EPEA 2UYFA 3EHSA 4PFWA 4PE5B 4F3PA 3EF7A 3ISPA 2Q2AA 4Z0IA 1NNFA 1S50A 1B1HA 3IJXB 1USYE 1DCUA 1B05A 3O97A 3SEWA 1S7YA 2GFEA 3O29A 3KBZA 1OQGA 2LAOA 3KC0A 4XF5A 1FRPA 3PUZE 5AA4B 4OQOA 3KN7A 4P1LA 2VOZA 1IIWA 4GWSA 4MF3A 2Z23A 3A3CA 1XT8A 2QMWA 4F3GA 5B70A 1ELJA 4IO3A 2Z22A 4N17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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