4R9GA

Cpmnbp1 with mannotriose bound
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
401
structure length
394
Chain Sequence
QVVLTLWYPWAGPDGDAVVSLAKEYSKTHPNVQIKAQMVSGAGIAAKFLSAVAAGNPPDLVLYWGQDALPGLADQGAIIPLDDYLKDVDTSKFFEAAYNAMKYKGKIYGLPEMVNVRVLFWNKDLFKQAGLDPNTPPKTIAELDQMAAKLTKTKNGTIEQMGFIPWIGQGVPHVMAGVFGTSLVDSNGNPILSPDKNPQLLNLLKWEVSYSDKYGAMNINKFIAGMSQNSSQANDPFVLGKVAMMISGEWQINANKQYNPKLNFGVGPIPQAPGGKPMPSLMDGNTWMIPKGSKHPQEAMDFIKWTMDPQRIADTADKVYNIAPIVEAAKIQKLNNDPYFKEVLNVAQKGSIYYTPAAKGMLSTETAANNAFQAAQYKKSTPEQALKNAQAEAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Biochemical Basis for Mannan Utilization by Caldanaerobius polysaccharolyticus Strain ATCC BAA-17.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Caldanaerobius polysaccharolyticus
molecule keywords MBP1
total genus 126
structure length 394
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9gA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9gA01
3O6IA 4KYDA 4OWDA 4F3SA 2R6GE 2Y84A 1M5CA 1FW0A 1I6AA 1EZPA 3RNNA 1OLAA 1A99A 1SW5A 4R6KA 3TTLA 5TP9B 1IQ7A 2AIXA 3MP8A 4E0XA 2DOJA 5I57B 3VLVA 1Z7ME 4U4SA 4KQPA 2QS3A 3PPPA 1ANFA 3FJGA 3MQ9A 1B4ZA 3B6TA 4YKJA 1USYH 3UORA 4AB6A 3EQ1A 1MM6A 2V84A 3M3KA 2DYXA 1MY3A 4H5GA 4FEDA 3LSWA 4GFRA 1WVJA 5CMKA 3FJ7A 3IO6A 1EU8A 1P99A 5DYHA 3C4MA 4G68B 3U72A 1POY1 4GL8A 4FIMA 1B4HA 3MVZA 1YCJA 3AXFA 5FTIA 2OZZA 3OO9A 1FTLA 2Z22A 4ZEDA 1MQHA 2ZNUA 4U22A 3R7XA 2FA7A 3BKIB 5DT6A 3KGCA 4THIA 3RTFB 4ISUA 3K2DA 3VXCA 3CRBA 1LGBC 1ZMGA 2VGQA 1VSOA 2FNCA 3PUXE 3IK6B 3ZSFA 4MF3A 2NXOA 4YB5A 5DVJA 1LFIA 3TCGA 3Q29A 3TQWA 4NWCA 4G8MA 3T22A 2Q8JA 4BDNA 3RT8A 4F2OA 3SERA 4GXAA 2LAOA 1P1QA 1ZLQA 5I59A 1US4A 4ZDMA 5JK4A 3OSRA 3S4UA 4ELQA 1OVBA 3MZ9A 3IR1A 4JSDA 4UACA 4G68C 3LR1A 3C31A 1Y9UA 5AA2D 5J1DA 4Z7EA 3CIJA 4POXA 3VVEA 5I84A 1MH4A 1JW4A 4QF9A 4P0IA 3LBSA 1JQFA 3C35A 4XIGQ 3K02A 3C33A 3TYHA 3MVWA 3OEMA 1B51A 4I1DA 3G3KA 1R9LA 4YB6A 1JEUA 1XT8A 1XOCA 1UTHB 3TFLA 1O7TA 3KEIA 2I3VA 2UVGA 4O3BA 4MH5A 3T96B 2P2AA 4IGRA 1Z7NE 1Y3PA 1O63A 4YZZA 5TPAA 4GIZA 1MG1A 4DIGA 1B3LA 2F6PA 2THIA 3KN3A 3O9PA 1NNKA 1Y4TA 3FIRA 1PEBA 5AA3A 3DP4A 2RC8A 1BIYA 3O28A 4GXSB 1D3KA 5FTHA 3CFZA 2GHBA 4GD5A 5K2XA 3GBAA 5JTYA 4OFLA 2OK2A 5I2NB 2UXAA 3W9WA 3KJ7A 3E13X 3H6UA 3TCHA 3D4CA 2QS4A 3PPRA 3IJXB 5DVFA 4KFQA 4BDOA 1FQAA 1FQBA 4P0GA 1LBCA 4GLIA 4GRKA 1M5EA 5H8NB 3GBBA 3WAEA 1Q1KA 2XXPA 3KSJA 4PFTA 4JDFA 2Q9TA 5EHMA 3G3JA 4DZ1A 4EXLA 1FQEA 1OQGA 2IEEA 1NH8A 1B6HA 3CSGA 1LB9A 3H4ZA 3QIMA 4FORA 4G2ZA 3N26A 3CFLA 1SD3A 2B3FA 3MAMA 1N84A 1OIBA 4H8IA 1B0LA 1B58A 4IO7A 2OCUA 2D3IA 1DSNA 3C36A 2DVCA 4PFYA 3KN8A 4BDRA 4GQOA 1ZU0A 4QFNA 2DSFA 4NF5A 1B9JA 2UVIA 2E0SA 3OMBA 1JW5A 1OMPA 4OEUA 1N7WA 5BWJA 2ZXTA 4XTCQ 4YICA 5B70A 4O3CA 5CI5A 1TFDA 1DTZA 1FQFA 2DE3A 3VLWA 3B7DA 1H44A 1FTJA 4JBZA 3QAXA 1XS5A 4G77A 1SW1A 3OSQA 2VD3A 1A7LA 3B6WA 5M2VA 2XXYA 2O7IA 3CI8A 4OENA 4XXUA 3EPEA 3MZBA 1L5TA 4QFLA 2DWIA 5CMBA 1I6BA 4F39A 4OEVA 3KBRA 3OO8A 2I48A 1VFEA 1F9BA 4HS7A 1HSLA 5I59B 1LAHE 5HPQA 2XXIA 3TTRA 4LQ2A 2XX9A 1EH3A 2HFBA 2VHAA 4E0WA 2DWJA 2RCAA 4DXBA 2O68A 3TTMA 4IB2A 3G3FA 2NOOA 5CBSA 3UN6A 4P11A 3E4RA 1NNPA 4DE8A 4IO2A 5IAIA 4OYVA 4FE8A 3KOTA 3D4GA 2H98A 1BKAA 4ZZEA 2Y7WA 2VD2A 4PE5B 3SDFA 4QSEA 4R2FA 1AL3A 1B46A 3RT6B 3T9VA 1QJMA 4ZEIA 3R6UA 3K00A 4GVOA 4WEPA 3QXMA 3U94A 2HAVA 3FV1A 1IZ1A 3M3FA 2I4BA 3ILTB 1JNFA 3B6QA 3A3UA 2DXRA 4KPTA 2XXVA 2NUVA 2XD2A 5TPAB 1ZKBA 4EF1A 4NF8A 4BDLA 3UP9A 2UYEA 4F31B 4I8CA 2QS1A 2I0CA 5LOMA 4PFWA 5JTYB 3HPIA 1MQGA 2WKYA 3SEUA 3BFUA 1SVXB 1Y4CA 2XX7A 5FHMA 2UVHA 2DWAA 2REJA 4BDMA 5AA2A 3U93A 1P1UA 1PB8A 4OHNA 4DLDA 1B7HA 1JVYA 3CFXA 1YPNA 1LCFA 3DM0A 3PV0E 4R2BA 3FJMA 2XXQA 2V25A 3IB2A 3QUJA 1NH7A 1EZ9A 1B32A 4PQJA 3S9LC 2G93A 4IO5A 2QMXA 3ZKLA 1PBPA 3LSXA 2I58A 1P1OA 1T0KA 4LUBA 4ZS9A 4OZ9A 2GFEA 3S9EA 4RYAA 3PPQA 4F3PA 5L9OA 2F36A 2PT1A 3TPAA 3V83A 3TMGA 2XX8A 3FXQA 2XXHA 1NKXA 2P0SA 3FVOA 2XXRA 4IO4A 1B2HA 1XHYA 1J1NA 3E9XA 4QSDA 4ELRA 1DMBA 4U1ZA 3TTKA 4RNSA 5ELVA 2OJTA 3FVGA 4ECFA 3GZGA 3G3HA 1GTKA 1IXCA 1II5A 2I0BA 3IOUA 3O2AA 4NF5B 2Z8DA 2AYSA 1DTGA 4JB7A 2ESNA 4F29A 2UVJA 3MPKA 2X7QA 5CBRA 4R73A 4R74A 4U2RA 4YMBA 2HXWA 1N3XA 2G29A 4FJPA 5ICTA 5ISUA 5ICQA 2B65A 2QSXA 3W15C 3DLNA 1MPCA 2ABHA 2GH9A 2F35A 3ODBA 1AMFA 3T93B 3PMXA 1JEVA 1SYIA 3OEKA 4HW8A 3CR9A 3UGWA 1FTKA 3MZ1A 2OWTA 4OXVA 3TCFA 4Z0IA 3KJTA 1UIVA 2ZYNA 2V3QA 1SQYA 1WODA 2D21A 4H67A 4X48A 1A55A 2ONKE 4N6PA 1D9YA 3QK6A 3OXNA 4ELOA 2Y7RA 1HSJA 1B52A 2H5YA 1Y3NA 3ONMA 2RKMA 1MRPA 2ZYOA 1N76A 2I6EA 1N3WA 4KHZE 4M1VA 2QL3A 2A5SA 4AQ4A 4Q8RA 5CMMA 4F2QA 5DTBA 4KCDA 1MY1A 2X26A 3K0VA 3KOSA 4R72A 3G3GA 2XXTA 4WEDA 5DVIA 4F3BA 1JVXA 4EQ9A 3C32A 4GL0A 1MM7A 3W9VA 3U1OA 3H7MA 3Q28A 2XHDA 1MXVA 4NF8B 3O6HA 3SETA 5JEIA 3OENA 5F1QA 3L6HA 4EXKA 1MPDA 1URDA 3H03A 1PB7A 1ZIUA 3FVKA 4QFKA 1AH5A 4R6HA 2PBWA 1VFDA 3PGFA 3CG3A 4KYEA 4NMYA 3TQLA 2F97A 2OLBA 1LAGE 1MPBA 5AA2B 3S9MC 2P1SA 1IXGA 1MQJA 3I3VA 1PBQA 2QMWA 4BLAA 3H6VA 3PU5A 1JW1A 1B0HA 3TZAA 3QSLA 3LC8A 3OO7A 3K1PA 3VLUA 1MXXA 4Q30B 4U21A 3ILUB 5H8FA 3K1MA 2YLNA 1AOVA 4FEBA 4QRZA 3A3CA 4OVJA 4OETA 3T9XB 2A5TA 2H25A 4BDQA 3C9HA 3IB0A 4TQUQ 4F1VA 1YAEA 1HSEA 1OQHA 4O3AA 4WKMA 3T9HB 1SYHA 4R9GA 2H9BA 2DXYA 4H8JA 1QUJA 2XXUA 1YTVA 2O1LA 3MVXA 4M4GA 1PDAA 3HHGA 4X9TA 1FQDA 5CC2A 3BFTA 3ZS6A 3PUVE 4NE4A 4C0RA 2O7UA 1ZJLA 2F5XA 3IOVA 4TOZA 4F19A 4RPOA 4ELPA 5H8HA 3TODA 3IJOB 1Y20A 5BUUA 4OESA 4LP2B 1D4NA 2X7PA 4ESXA 2ZNSA 1NFTA 1FQCA 4QHQA 1IUDA 3VVDA 3PD8A 4X1BA 4GOTA 2QJEA 2V3TA 3IOTA 3CG1A 3O97A 3K01A 1MDQA 1DOTA 5DEXA 2YPNA 4OQOA 5L9SA 5KDTA 1TXFA 1GVCA 3JZJA 4EF2A 5ITOA 3QUFA 2M8CA 4OFOA 3G7WA 1B3FA 2VP1A 1WDNA 2QRYA 1XC1A 1LLSA 4QFOA 5CM6A 1LBBA 4NF4A 3LSFB 2ZNTA 4EQ7A 5CRYA 3MC2A 5A5XA 1M5BA 1QULA 1OVTA 3PUZE 4LZ5A 3O29A 3V89B 3G3IA 3S9NC 3EN3A 4X1DA 1B3EA 1TT1A 2RF1A 4YAHX 3N6TA 4PETA 2DWHA 3OD7A 1B5JA 4R6YA 4QFPA 1MY2A 3PMWA 3FV2A 4HTGA 3SEYA 3N5LA 2HAUA 3H06B 3SKPA 3V5AA 1B5IA 3UIFA 2Y7IA 2DP8A 2DE2A 1H3DA 2Z8EA 2RINA 3SEVA 3USDA 4FECA 2E1SA 4F3GA 1MXZA 4KI0E 4TLLB 1MY4A 3K6XA 2O1MA 2Z23A 4YKIA 3V8XB 3PD9A 3DP6A 2PVUA 1LB8A 3RQTA 5FHOA 2PT2A 3TDJA 2F78A 3A09A 4WXJA 1UTBA 1GR2A 4XKPA 4U1OA 4Q0CA 2V93A 4ONYA 1O64A 2RC9A 4DXUA 4FATA 4NF6A 1JETA 3THIA 1D9VA 3RGYA 1OLCA 2BJJX 2XXWA 2H4IA 4DDDA 5HBCA 4UA8A 4IY5A 5H8SA 2Y7KA 2D5WA 1MQIA 3EHTA 2PMSA 4LATA 5L8DA 4ZE8A 2HCAA 1PC3A 4IO3A 1URSA 3PPNA 3EHUA 3H6TA 3PUYE 5H8FB 1NNTA 1FTOA 1LAFE 3C34A 4JWOA 3BBRA 2F7CA 3RTWB 3RPWA 2A5TB 5F7VA 4MBPA 2Q88A 1MH3A 2Q2AA 2I3WA 3DELB 4K3FA 4LQ5A 1SW4A 1CB6A 2DE4A 1P1WA 3ECRA 3RN8A 1A8EA 1ATGA 4KCCA 5AA1A 1R9QA 3Q25A 3S2VA 5I56A 3KG2A 3H3GA 4RXLA 4ZEKA 5KZTA 3HSTA 3K4UA 5H8HB 2FYIA 4DCXA 1B3HA 1PB9A 1SW2A 4OERA 4C1UA 4KYSA 2AL4A 3TUSA 2RC7A 3FUZA 2B3BA 5I2KA 4PFUA 4C1TA 5DEXB 3Q26A 1Y1MA 5H8QA 4AB5A 5KDTB 2Y7PA 1B7ZA 1BTJA 4U23A 4U4XA 4ZE9A 4RPNA 1LFGA 1VE4A 4N07A 1QW0A 1XVXA 2REGA 3F11A 2ZYMA 1I6QA 3WAFA 3CSBA 3IO4A 4F18A 4NF4B 4GWOA 3OOAA 3MVYA 3N6UA 2ZMBA 4F1UA 1H45A 3MBPA 1M5FA 4JWYA 5A5XB 3CVGA 3I6VA 3SESA 1QUKA 1Y1ZA 2DVZA 1FCKA 1B3GA 4ZEBA 1DPEA 1LFHA 4XKNA 1ELJA 1LCTA 4EUOA 3P7IA 4QSCA 5IKBA 5ITPA 5CMCA 1A54A 1POTA 3QYTA 4R75A 3TKDA 4IY6A 2GHAA 2XXXA 4H5FA 4IGTA 4YKPA 3MP6A 1FTMA 2CZLA 1SI0A 2Q2CA 2F8DA 3UA8A 4ND9A 1Q35A 2F7AA 2OBGA 1B1HA 4LONB 3VV5A 1XVYA 2IA4A 1QKBA 3IAZA 3OELA 3Q27A 1ZTYA 2ANJA 2QS2A 4OTEA 2I4CA 4PP0A 5AA4A 4LZ8A 3SEXA 1S50A 5FHNA 4G4PA 3I5OA 1MXUA 4KR5A 1UTBB 4HCWA 3VFJA 1Y3QA 1QVSA 3KFMA 3UK4A 3HN0A 4EQBA 2HZLA 3JV9A 1URGA 4MFIA 1SDXA 3ZKKA 3U92A 1MXWA 4NF6B 1QUIA 1B7UA 5I58A 3H6WA 2DS9A 2O6AA 3R26A 3MWBA 1BP5A 1S7YA 5HM4B 5AE4A 3MP1A 2ALUA 4ZEFA 4IO6A 1RYOA 5KCJA 4XKRA 3KSXA 3HO7A 3PMVA 4LZ7A 1H43A 2F34A 2UYFA 3MW0A 4RA1A 4YU0A 3O66A 2F6GA 4F1YA 2HEUA 1MY0A 2NVUB 5K2YA 3HHFA 2HZKA 4FAJA 3OO6A 3FZVA 1NNFA 5B7DA 5TP9A 1IITA 4N13A 5I57A 4G8NA 1ZBMA 3FASA 1M5DA 4LA9A 1UIUA 2XD3A 2O69A 1KWHA 4OFJA 5I56B 2V3UA 3U8QA 1I69A 2O84X 2HQ0A 3VE1B 3PUWE 3HCQA 4Q5TA 3VXBA 4NWDA 3EHSA 4G68A 1MDP1 3K1NA 2NWJA 4MLQA 1P1NA 1NL5A 3MPLA 1TWYA 3IOWA 3FXUA 1AIVA 3FGSA 3VDFA 5I2KB 2O51A 3JYRA 3E3KA 5H8QB 3K6WA 3IX1A 1IEJA 4HCYA 3HV1A 3M3LA 3VVFA 1LAXA 4JSOA 3MJNA 1RYXA 3TEPA 3M8UA 4R9FA 1H76A 2KLFA 3FVNA 1IXHA 4ZECA 4G8HA 4RK9A 3FATA 3KZGA 4JWXA 1R1NA 5EYFA 1A40A 3K6UA 2W7YA 3N94A 1VR5A 1GV8A 1B5HA 1IIWA 5L9MA 3L6GA 1N0TA 1IXIA 1RKMA 2RCBA 2R9JA 3EF7A 2I49A 2R71A 1QKAA 4ZZAA 4YKKA 4RJZA 2ONRA 4NEDA 1BLFA 4NTLA 4I62A 3PPOA 2Q89A 3TELA 1US5A 3K6VA 3T66A 1UTHA 1SI1A 3TTNA 2F7BA 2ONSA 2DQVA 1CE2A 2PYYA 1MQDA 4OMBA 4EDPA 2H99A 2AL5A 5AA4B 4I9DA 2Z8FA 4KD5A 1MXYA 4DCYA 5I2NA 3RUMA 1UQWA 4H65A 3RLFE 1B40A 4MLVA 3T9UA 4LVQA 1GGGA 4YB7A 1MS7A 3IB1A 4F22A 1N7XA 1B1XA 4RY1A 3FD3A 2GRVA 3FXRA 4RK2A 3DP8A 5EHSA 4ESWA 5H8NA 2ZYKA 1N04A 5I58B 1R6ZA 1SBPA 2PX1A 3RY3A 4POWA 1NMUA 1TFAA 3O6GA 5TU0A 2QPQA 3MUQA 1LSTA 4H0WA 3GLBA 2OWSA 1S9TA 4GF8A 1DPPA 3KN7A 4JXIA 4TLMB 5KCJB 3LSLA 3GXAA 1EZOA 2CMOA 3SEWA 4L17A 3IL1B 2VOZA 1USYE 3IORA 4H1XA 1A8FA 2YJPA 4XKQA 1B05A 4DXCA 4H6DA 3TAJA 4YMAA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O6IA 1NUXA 2PFZA 4KYDA 4P1EA 4OWDA 4F3SA 2R6GE 2Y84A 1M5CA 4P1LA 1FW0A 1I6AA 1EZPA 5ESYA 4O8MA 3RNNA 1OLAA 4PGNA 1A99A 1SW5A 1EYIA 4R6KA 3TTLA 5TP9B 4OA4A 1IQ7A 2AIXA 3MP8A 4E0XA 2DOJA 5I57B 1IMDA 3VLVA 1VDWA 1Z7ME 4U4SA 4G61A 4KQPA 2QS3A 3PPPA 1ANFA 3FJGA 3MQ9A 1B4ZA 3B6TA 4YKJA 1USYH 3UORA 4AB6A 3EQ1A 4XFEA 3CHGA 1MM6A 2V84A 3M3KA 4XF5A 2DYXA 1MY3A 4H5GA 4FEDA 1FPBA 3LSWA 4GFRA 1WVJA 5CMKA 3FJ7A 3IO6A 1EU8A 1P99A 2QVVA 5DYHA 2FBPA 3T0JA 3C4MA 4G68B 3U72A 1POY1 4GL8A 4FIMA 4PF8A 1B4HA 3MVZA 1YCJA 3AXFA 5FTIA 2OZZA 3OO9A 1FTLA 2Z22A 4ZEDA 1LBYA 1MQHA 2ZNUA 5ET6A 4JVDA 4U22A 3R7XA 2FA7A 3BKIB 5DT6A 4PAFA 3KGCA 4THIA 3RTFB 4ISUA 3K2DA 3VXCA 3CRBA 1LGBC 1ZMGA 2VGQA 1VSOA 2FNCA 3PUXE 3IK6B 3ZSFA 1YZ0A 4MF3A 2NXOA 4YB5A 5DVJA 4PF6A 1LFIA 3TCGA 3Q29A 3TQWA 4NWCA 4G8MA 3T22A 2Q8JA 4BDNA 3RT8A 4F2OA 3SERA 4GXAA 2LAOA 1P1QA 1RDXA 1ZLQA 4PBQA 4N81A 5I59A 1US4A 4ZDMA 5JK4A 3OSRA 1IMAA 3S4UA 4ELQA 1OVBA 3MZ9A 3IR1A 4JSDA 4UACA 4G68C 3LR1A 3C31A 2CEXA 1Y9UA 5AA2D 5J1DA 4Z7EA 3CIJA 2F3BA 4PAKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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