1GGGA

Glutamine binding protein open ligand-free structure
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LVVATDTAFVPFEFKQGDLYVGFDVDLWAAIAKELKLDYELKPMDFSGIIPALQTKNVDLALAGITITDERKKAIDFSDGYYKSGLLVMVKANNNDVKSVKDLDGKVVAVKSGTGSVDYAKANIKTKDLRQFPNIDNAYMELGTNRADAVLHDTPNILYFIKTAGNGQFKAVGDSLEAQQYGIAFPKGSDELRDKVNGALKTLRENGTYNEIYKKWFGTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Binding protein
source organism Escherichia coli
publication title The crystal structure of glutamine-binding protein from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMINE BINDING PROTEIN
total genus 62
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gggA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gggA01
4EDPA 2XXQA 2O7UA 4ZEKA 3MC2A 4G77A 3HCQA 2QS1A 5CI5A 3K1MA 4RYAA 2UYEA 4IO5A 5I2KB 1ELJA 1B7ZA 3Q28A 3E3KA 5M2VA 1RYXA 2F34A 5DVJA 3EPEA 4KFQA 1LGBC 2XHDA 2AIXA 1JQFA 3PPQA 5I57B 4E0WA 5TPAA 4G68B 1B52A 2HAUA 3K6VA 1OIBA 4I1DA 1MG1A 1H43A 1MM7A 3THIA 1SW1A 1Y3QA 3G3KA 1LLSA 1QKAA 3JYRA 5EYFA 3TCHA 4H5FA 1OVBA 2Y7KA 2Z8EA 4MLQA 4HCWA 1FQCA 5DT6A 2ALUA 3G7WA 2PX1A 4KYSA 4DLDA 5ITPA 3FD3A 2CZLA 1IQ7A 4UACA 2DE3A 3IR1A 1MQHA 4ZEDA 1LB8A 4OESA 1Y9UA 3KSJA 4EXKA 1Y3NA 1Y1MA 2KLFA 3CI8A 2PMSA 3FXQA 1BIYA 1USYE 3LSLA 3Q27A 5KCJA 2BJJX 4LA9A 4MBPA 4MF3A 3PV0E 1QVSA 4ND9A 5LOMA 4OZ9A 2ANJA 4IO6A 2F97A 5DEXB 4LQ5A 4ZZAA 4PETA 4I8CA 1Q35A 3HPIA 4R9GA 1IXHA 4NF6A 3QSLA 5H8SA 1D9VA 4R6HA 1MXXA 4RPNA 1MH3A 3FGSA 3LBSA 1JVYA 4F1UA 2DE2A 2RINA 2V25A 1XVXA 4RK2A 1PB7A 3GBAA 4RK9A 4RY1A 2O1LA 3TMGA 5I59B 4LATA 1QUJA 2Z8DA 4C1TA 5IAIA 1FTLA 1XVYA 3B6TA 2G29A 4I62A 3GLBA 3U93A 4OENA 3FJ7A 3KJ7A 3SDFA 4EQ9A 5CMCA 3FV2A 1Y4TA 1N04A 5F7VA 4H5GA 2Q9TA 5A5XA 3MVXA 5F1QA 5CC2A 3Q29A 2XX7A 1Q1KA 4KPTA 2NVUB 3TTLA 1R9LA 2HZKA 5CMMA 3T22A 1MY2A 4JWOA 2NWJA 5H8QB 3FXUA 1YTVA 2ZYKA 2A5TA 2FYIA 4JXIA 1VE4A 1OLAA 4LP2B 3KZGA 4OMBA 1UTHA 1IUDA 3VLWA 3VLVA 4GWOA 2DS9A 4P0IA 2B3FA 2I3WA 2VOZA 1TFAA 4BDOA 4KI0E 4NF5A 4RA1A 1US4A 3ODBA 1M5BA 4GF8A 5DTBA 2P2AA 3MVZA 5ISUA 4GL0A 1NH8A 3HO7A 3C36A 4YKKA 4G4PA 4KR5A 2PBWA 1IXIA 5I58B 1A99A 4QFKA 3IJOB 2DVCA 1NMUA 2UVHA 3KGCA 4WXJA 2GHBA 1N76A 2GH9A 3K1NA 3DM0A 3BFTA 2F36A 3KOSA 2ZYNA 1MM6A 3K1PA 3OELA 1PEBA 5CM6A 4H0WA 1B6HA 4POWA 3N6UA 1URDA 2ZMBA 1WODA 2Y7WA 4H67A 2FA7A 5KDTB 3UK4A 3T9VA 4R6KA 2RKMA 3O97A 4NWDA 3OO6A 3WAFA 3OSRA 3PPNA 1MDP1 1Y4CA 3TTKA 4PE5B 5K2XA 4AB5A 1MXWA 3JZJA 4XKNA 1FQBA 4JB7A 4ZECA 1UTBB 1SVXB 3KEIA 1II5A 5DYHA 3K6WA 2V3QA 4OHNA 3PPRA 2ESNA 3IL1B 2ZYOA 1IXGA 2X26A 1XS5A 3H4ZA 4X9TA 2X7QA 1MPCA 3SEWA 5L9MA 3N6TA 5TP9A 2QJEA 2HQ0A 2OWSA 5FHOA 4GFRA 2OCUA 3USDA 3N26A 2XXIA 2PYYA 3E13X 2QS3A 4IO3A 3PPOA 1A40A 2V3TA 4XIGQ 1VFDA 1ZTYA 1POTA 4NF4A 3A3UA 3SETA 4FAJA 4THIA 1LFHA 2F7CA 1OLCA 3IJXB 3FVOA 2M8CA 3N5LA 1MQIA 3MVWA 1MXVA 3QUJA 4LQ2A 2QS2A 4LZ5A 2ONSA 3RTFB 2O68A 4ZE8A 4F1YA 4X1BA 4IY5A 4P0GA 2Y84A 4ZEFA 3EQ1A 1URGA 1MXUA 1R1NA 3M8UA 4IO4A 4XTCQ 5AE4A 3OD7A 4POXA 3RT8A 3SEVA 2REGA 4X1DA 5CMKA 5DVIA 4F39A 1B1HA 3FVKA 4AB6A 3E4RA 1A7LA 3DLNA 3FJGA 3DP6A 5K2YA 3OO8A 4O3BA 4QSEA 1YPNA 1LBBA 4OERA 2H25A 1QUKA 1QULA 2DXYA 2Y7RA 1IITA 3ZKKA 1NNFA 1SYHA 1AOVA 1B4ZA 4G8NA 2XXXA 3MP8A 1FQFA 3MPLA 1SI0A 4F3GA 1S9TA 4N07A 4JDFA 4O3AA 3GZGA 1S50A 3SERA 2ZYMA 3KN8A 2E0SA 1LAGE 2D5WA 1ZLQA 2O69A 3MPKA 1UIUA 4JSOA 3T96B 5HM4B 1B4HA 4F2QA 2Q88A 3C9HA 2OLBA 2V84A 3HHGA 2I0BA 2RC9A 2LAOA 4FATA 1H45A 4GD5A 2ZNSA 1O64A 4U21A 4F31B 3TTMA 3T9XB 3SEYA 2DXRA 1IEJA 4GXAA 3ILUB 4LUBA 2OJTA 3PMXA 3G3FA 1AH5A 3GXAA 3HV1A 4FJPA 4IB2A 1N3WA 2I58A 3VVDA 4FECA 4NEDA 4F29A 3PU5A 4DXBA 1GR2A 3PMWA 3UN6A 1P1OA 4KCCA 2UYFA 1RYOA 2F35A 3H6WA 1MRPA 4IY6A 3DP8A 3MZ9A 3O2AA 1L5TA 3H6UA 3W9VA 3RGYA 4QFPA 5I56A 3B6QA 4BDQA 4M1VA 3S9EA 4YZZA 4MH5A 4WEDA 1B3GA 1JW4A 2OZZA 2DOJA 1B3LA 4ZDMA 3OMBA 3C34A 5AA1A 4F3SA 1MQDA 3E9XA 4K3FA 2GRVA 3IB0A 4RJZA 3UP9A 3DP4A 3Q25A 1I6AA 5BUUA 3I3VA 3FVGA 1LB9A 1QJMA 2O7IA 1B7UA 4DZ1A 5TPAB 1PBQA 4YMBA 4H1XA 4DIGA 2O6AA 4U4SA 2I4BA 5EHSA 2VD2A 1TWYA 3IOTA 4ZEBA 2I49A 2RCAA 4TOZA 3IO4A 2RC8A 4DCYA 3U72A 1R9QA 3PUXE 2XXRA 1FCKA 5AA4A 4C0RA 1N3XA 3ZS6A 3KN7A 3QUFA 2CMOA 4OETA 2P1SA 1MPDA 1URSA 1B3FA 3SEUA 3PD9A 1O7TA 1GV8A 4Q8RA 3OENA 3LSFB 3CVGA 1RKMA 3PGFA 3MP6A 4QSDA 1MS7A 4MFIA 5KCJB 3VE1B 4TLMB 3LC8A 1OQHA 1EZ9A 4QFLA 2ZNTA 2DYXA 5L8DA 4GRKA 1LAHE 2A5SA 1MDQA 3CG3A 2GFEA 2I4CA 2Q2CA 4NF6B 3ZSFA 4YB7A 1LCFA 4YMAA 1H76A 3TCGA 3V89B 1YCJA 4JWYA 2H5YA 2REJA 1B40A 3FXRA 2XXUA 4RNSA 5H8NA 3AXFA 1US5A 4YKIA 1GTKA 3K6UA 3VLUA 3IK6B 5FHMA 1LFIA 1WDNA 5JTYA 5EHMA 2Q89A 2IEEA 4G68C 4IO2A 3O9PA 1B58A 5A5XB 1WVJA 2HFBA 1FTMA 3VFJA 5AA2D 5FTIA 1NL5A 3IOWA 1H44A 4R74A 1UIVA 3OEMA 1ZBMA 3R6UA 3TUSA 2A5TB 1B51A 4F2OA 3ILTB 3FV1A 1DPPA 3O29A 4DCXA 2NXOA 4KYDA 1UTHB 1FQAA 4BDMA 3G3HA 1B32A 5DVFA 3I5OA 2UVGA 2ZXTA 3C4MA 4NF5B 4E0XA 3V8XB 1IZ1A 1VSOA 4QSCA 4ZE9A 3G3JA 4OQOA 1B9JA 4YKJA 3H7MA 2QRYA 1SW2A 3O6GA 4EF1A 1CB6A 2VD3A 3IOVA 2YPNA 5B7DA 1NNPA 2R71A 3LUYA 4R2BA 4ELPA 3CSGA 4Z7EA 1GGGA 3PUWE 3W9WA 3EHUA 1J1NA 5BWJA 2DQVA 4XXUA 2Y7IA 3RQTA 1GVCA 1N84A 4YB6A 1ZJLA 4ZZEA 2XD3A 4GXSB 2OWTA 1ATGA 3H06B 1Z7ME 4NF8A 5JK4A 3P7IA 3U92A 4LVQA 2ONRA 3EF7A 3K4UA 1JNFA 1D3KA 5I84A 4F1VA 3MAMA 2I3VA 4EXLA 2HAVA 3QIMA 1D9YA 4HS7A 1Y3PA 1NNTA 4KD5A 3HSTA 3PMVA 5TP9B 2H9BA 2W7YA 3T9UA 3QXMA 5AA2A 3O28A 4F3BA 2WKYA 1QKBA 4JWXA 4LONB 3H3GA 4FE8A 3K00A 4OVJA 3FIRA 2HCAA 5FTHA 3G3IA 3O66A 3ECRA 4ELQA 1EZOA 3OXNA 2B3BA 1N7XA 2Z22A 2VP1A 4QF9A 1PB8A 4H8IA 2RF1A 3K01A 3PD8A 4R73A 2FNCA 4JBZA 2UVIA 1A54A 4NF4B 1YAEA 4OTEA 2VGQA 1ZMGA 4U2RA 1BP5A 1PDAA 4JSDA 2QMXA 4NE4A 2F6GA 1M5CA 1ZKBA 5CRYA 2DVZA 3LR1A 4F3PA 4ELRA 3U8QA 1PBPA 3FZVA 1I6BA 3RN8A 1B05A 5ITOA 3LSXA 3MP1A 2OBGA 1LAFE 3BFUA 1XOCA 3EHSA 3TZAA 4HTGA 3CR9A 5L9SA 1B5HA 4G2ZA 2Z8FA 3OEKA 3CRBA 4H65A 4Z0IA 1FTOA 3T9HB 2E1SA 3MWBA 2Q8JA 4FEBA 4OEVA 4AQ4A 2V3UA 3TODA 4KYEA 1FTKA 5J1DA 5TU0A 5I2NA 5B70A 5H8FA 3RUMA 2B65A 4H6DA 4U23A 4X48A 3QYTA 4ESXA 1B5IA 4N6PA 1OMPA 1XHYA 1T0KA 4YKPA 1OQGA 3H6VA 4EUOA 1TXFA 5H8FB 1OVTA 3TTNA 1B3EA 3TYHA 4GIZA 4PP0A 1D4NA 1NKXA 1M5FA 3QAXA 2PT2A 3UIFA 1SD3A 3TKDA 1DTGA 1I6QA 4F19A 2AL4A 3K0VA 3MZBA 1BTJA 1LCTA 1Y1ZA 3K02A 3TFLA 1B1XA 4WKMA 4YB5A 5H8HA 5CBSA 3VXBA 5L9OA 3TDJA 2DE4A 2RC7A 5I2KA 1SDXA 1P1NA 3RY3A 3IB2A 1MY3A 4ELOA 3IOUA 4Q5TA 3WAEA 3KJTA 2PT1A 4XKQA 1EH3A 3SESA 5H8HB 5HBCA 3QK6A 2DWAA 2Z23A 3HN0A 1EU8A 4OFJA 3W15C 5I57A 5CBRA 1P1QA 4G68A 2ABHA 1VFEA 1ANFA 4C1UA 3M3KA 4G8HA 2F7BA 2P0SA 1P1UA 1JEVA 2HZLA 5I56B 3K2DA 4R2FA 2XXTA 3PUZE 4Q30B 3F11A 1SQYA 1M5EA 3R26A 3IORA 3TAJA 5HPQA 4P11A 3CIJA 1O63A 4NMYA 2Y7PA 3RTWB 1P1WA 2OK2A 1H3DA 1B5JA 2X7PA 3TELA 3R7XA 4HCYA 3VDFA 3IB1A 4L17A 4QHQA 3S9NC 3K6XA 4IO7A 4ECFA 5DEXA 1MQGA 1N0TA 1QUIA 2XXVA 2F5XA 3TQWA 3B7DA 3HHFA 4YAHX 5AA4B 4LZ8A 2PVUA 4RPOA 1ZIUA 4ONYA 4O3CA 1IIWA 3CFLA 3S4UA 2H98A 3JV9A 5I59A 4BLAA 1SW4A 4HW8A 3SKPA 1JVXA 4F18A 5JEIA 1N7WA 1MXYA 1Y20A 1CE2A 3VVEA 2XX9A 1JETA 3S2VA 1SYIA 4LZ7A 3SEXA 4EQ7A 3B6WA 1UQWA 2DWJA 1XT8A 4DDDA 4PFUA 3OO9A 2D21A 1XC1A 2QSXA 3L6GA 3Q26A 3VV5A 3S9MC 3CSBA 4PFTA 5H8QA 3CFZA 4EF2A 4OFLA 4R9FA 4R6YA 1MPBA 2YLNA 3KSXA 2DWIA 1NNKA 4GL8A 1LBCA 3TQLA 1DTZA 5H8NB 3IX1A 1M5DA 3V5AA 1NFTA 4OYVA 4IGRA 4YICA 2DP8A 3KN3A 1B46A 3FVNA 3S9LC 4MLVA 1LFGA 4FORA 3FUZA 5JTYB 1P99A 4FEDA 2NUVA 5I58A 3OSQA 2QS4A 4OXVA 3RLFE 2I0CA 2F6PA 4F22A 3FATA 5AA3A 5IKBA 2F7AA 1MH4A 1A55A 1DMBA 2ZNUA 1MY0A 3T66A 1IXCA 1A8EA 5FHNA 1DOTA 1JW1A 1USYH 2QMWA 5ICTA 1MY4A 5KDTA 3FASA 4QFOA 3CFXA 4BDLA 4XKRA 1HSJA 4NWCA 1JEUA 2Q2AA 2XXPA 3KOTA 3U1OA 1FQEA 4QFNA 2DSFA 1UTBA 1LAXA 2G93A 3MZ1A 2VHAA 2AYSA 4QRZA 1R6ZA 3O6IA 3GBBA 1PC3A 1AL3A 1HSEA 1FQDA 3TCFA 4EQBA 1Z7NE 3MW0A 1SBPA 1AIVA 4NTLA 3U94A 2F8DA 2V93A 3C35A 2I48A 4GOTA 1EZPA 3N94A 4ISUA 1MXZA 4IGTA 2XX8A 4GQOA 3BKIB 2XXWA 3PPPA 3M3FA 3VXCA 2O51A 4BDRA 4U22A 1POY1 1A8FA 1JW5A 4NF8B 4BDNA 3PUYE 2THIA 3D4GA 2UXAA 3KG2A 1DSNA 1DPEA 2QL3A 3PUVE 3MQ9A 3A09A 3O6HA 3M3LA 3VVFA 2UVJA 4WEPA 4KCDA 2O1MA 3ZKLA 2D3IA 4U4XA 4TQUQ 4DXCA 3CG1A 2YJPA 1BLFA 1F9BA 5AA2B 3BBRA 2I6EA 2R6GE 3UORA 4PFYA 4Q0CA 1ZU0A 3V83A 2XXYA 5ICQA 3C33A 3RNNA 4PQJA 3KFMA 4H8JA 1B7HA 1HSLA 3H03A 3FJMA 3MBPA 3OO7A 4YU0A 4U1OA 3UA8A 4DE8A 3RPWA 1QW0A 2IA4A 3C32A 3EN3A 3UGWA 1TT1A 5KZTA 4OEUA 1NH7A 2XD2A 1S7YA 2DWHA 4ZEIA 3KBRA 4KQPA 3L6HA 4R72A 3LSWA 2H99A 2XXHA 3C31A 1B3HA 1FW0A 3ONMA 2NOOA 5CMBA 3A3CA 1VR5A 4ZS9A 2HEUA 4GVOA 3MJNA 4G8MA 4M4GA 4ESWA 1BKAA 3TEPA 4U1ZA 2GHAA 1MQJA 5I2NB 5ELVA 4DXUA 4OWDA 1SI1A 3D4CA 2ONKE 1AMFA 3G3GA 3TPAA 1B2HA 3H6TA 4PFWA 4FIMA 1TFDA 1MY1A 2RCBA 1B0HA 1B0LA 2AL5A 1KWHA 3I6VA 3TTRA 3MUQA 3EHTA 1I69A 4R75A 4OFOA 1FTJA 1LSTA 2HXWA 3IO6A 4I9DA 2QPQA 1SW5A 3OOAA 4GLIA 3MVYA 3T93B 4RXLA 3RT6B 4TLLB 3DELB 2F78A 3IAZA 2H4IA 1PB9A 4N13A 2R9JA 4XKPA 4UA8A 2O84X 4KHZE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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