3VDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with diaminopimelic acid at 1.46 a resolution
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with diaminopimelic acid at 1.46 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 117
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA02
3IJXB 5EYFA 5CC2A 3KGCA 3LSXA 3DP8A 1UTBA 3OO9A 1UTHA 2RC7A 1NNFA 3QXMA 4I62A 4PFTA 5CM6A 3U93A 2XXTA 3UN6A 3V89B 4F1VA 4NMYA 3H03A 2PBWA 2IEEA 2ONSA 1M5DA 3OO8A 3TCGA 4BDNA 2W7YA 1ZJLA 3TPAA 3DELB 4X9TA 2R71A 3QYTA 3O97A 3HV1A 3MC2A 2OCUA 4MH5A 4RA1A 5L9SA 3D4GA 3GZGA 1LGBC 4P11A 4Q5TA 3TCHA 5H8NB 4KCCA 4NEDA 1M5FA 3K1NA 1OIBA 2DWJA 3OEKA 4OZ9A 2H25A 1YPNA 2V3TA 4R6HA 1MPBA 4RY1A 4NF8A 3TEPA 3OO6A 3B7DA 4EF1A 2AL5A 3TZAA 1EZ9A 1JETA 1O63A 2PMSA 2VHAA 3A3CA 3PPQA 4U4SA 1A40A 3IB1A 3IB0A 3G7WA 1SW4A 5IKBA 2RKMA 1FCKA 1S7YA 1SW5A 3PPNA 4NF5B 4DXCA 1B7HA 1VSOA 1LBBA 3CG1A 2R9JA 3E3KA 1Z7ME 1URDA 2OZZA 2PT1A 2XXQA 3GLBA 1POY1 3K01A 3OENA 4M4GA 1SYHA 1BIYA 3FXUA 5I2NB 3LUYA 1QUJA 4QRZA 4ONYA 2QRYA 1D9VA 4U4XA 4JWXA 2QPQA 4IGRA 4QSEA 3W9VA 1MRPA 5I59A 5KDTA 3C36A 3HO7A 2D5WA 4OFLA 2Z23A 1JVXA 1MPDA 3CG3A 3D4CA 4OTEA 4R6KA 3S9EA 3FV2A 2O7IA 5LOMA 1B3LA 2OLBA 2UXAA 4R75A 5AE4A 4PE5B 5CMKA 2HEUA 3FJGA 4G2ZA 4OENA 2GFEA 3H6WA 3FVOA 2I6EA 4TLLB 1F9BA 5JK4A 4O3CA 4NF6B 2Y84A 4I1DA 3HPIA 1QULA 1P1OA 4KHZE 2AYSA 2FYIA 3E13X 5A5XA 2Y7RA 1P99A 2QS2A 3IOTA 3RNNA 1B32A 2PVUA 2X7PA 2QMXA 1B3HA 3CRBA 5HBCA 4FATA 1XOCA 1ZTYA 3IJOB 1MY0A 3OMBA 1A99A 2NVUB 4LVQA 3S4UA 3RQTA 2ABHA 3T96B 1A8FA 3PPOA 2A5TB 2O51A 4UA8A 4WKMA 1T0KA 5IAIA 3EPEA 1OVBA 2DOJA 5DVJA 4ZE8A 1ZBMA 4OFOA 4Q30B 3Q29A 1S9TA 3FUZA 4BLAA 4H5FA 5BUUA 1CE2A 4NF6A 2F8DA 2F35A 3SEVA 1KWHA 2H99A 3IOVA 3VLUA 4P0IA 3MUQA 3O6GA 4RNSA 3OD7A 5I2KB 2PX1A 3C32A 3HN0A 5FHOA 2CZLA 4XTCQ 5ICQA 3VFJA 4YU0A 5FTHA 2HXWA 3MWBA 1GGGA 4OVJA 3O6IA 3ZKLA 1FQCA 1Y1MA 3PD9A 3GXAA 4LQ2A 3RT8A 1B6HA 4QFLA 2F7AA 1B46A 1SW2A 3KOSA 5I84A 3L6GA 1QUKA 1SDXA 3N26A 3VE1B 5HPQA 3G3IA 5JTYB 1Y3QA 2Q8JA 2XXWA 1MXVA 5CBRA 4MBPA 3BKIB 5L9OA 2H98A 3ODBA 1D9YA 3PD8A 2UYEA 1BTJA 1MXYA 4C1TA 3T66A 3MP8A 2RCAA 2F34A 1UIVA 1MM6A 2Y7WA 1D4NA 1M5BA 3MPLA 1XS5A 3H6UA 1Y4CA 4RJZA 3K4UA 4YKIA 1IIWA 1B0LA 1LB8A 3VLWA 4BDQA 2GHBA 4N13A 5CMMA 3IR1A 3MZBA 3W15C 5H8HB 2HAVA 4LZ8A 4F2OA 4JWYA 1NNTA 1MY4A 5AA4A 2ONRA 5TP9A 1I6AA 2GH9A 2VOZA 3BBRA 3RTFB 5CRYA 2D3IA 4R9GA 3T9VA 3RN8A 2RC8A 1B1HA 2OJTA 5K2XA 2O1MA 1OLAA 2V3QA 5H8QB 3MVZA 4C0RA 1RYOA 3FJ7A 1MH3A 2P0SA 2VGQA 4UACA 3V5AA 1UTHB 4KD5A 3QAXA 4ZECA 3FIRA 3IAZA 4TQUQ 2ALUA 3CSGA 2DSFA 3T9XB 2Q88A 1H76A 4YB7A 5CBSA 3SEYA 5EHSA 4EUOA 3TTNA 5FHNA 1QKBA 1H44A 2DVCA 2DE2A 3TTMA 2XXRA 4FE8A 1ZIUA 2OWTA 2I58A 3ILTB 1I6QA 2G93A 3USDA 3S9MC 4TLMB 2DVZA 1HSJA 3KEIA 1H43A 2B65A 1MS7A 3PUXE 3U8QA 5ISUA 2Q9TA 4F3SA 2Y7KA 1IXGA 4F2QA 3H06B 3JYRA 4OESA 4PFYA 1LFIA 5DEXB 1N04A 2ONKE 4QFNA 4ZS9A 5FTIA 4IO7A 4QHQA 2QMWA 3SETA 4EXKA 1IXIA 3CFZA 4YMAA 4NF4A 1QJMA 4HCWA 4R2FA 4X1BA 3G3HA 4XKNA 1YTVA 4MFIA 1TXFA 1TFDA 3N5LA 3HHFA 4F19A 1GTKA 4YICA 1LSTA 1TWYA 4IY5A 4DCYA 4L17A 4O3AA 3MZ9A 3DM0A 2Y7IA 3IO6A 3B6QA 4NF5A 4KYDA 1PEBA 4FEDA 5TPAB 3K6VA 2QJEA 3IB2A 3KN7A 4O3BA 3SERA 3OOAA 4ZEDA 4BDOA 2D21A 1N84A 1O64A 2QSXA 4G8MA 4GVOA 3KZGA 4RPOA 5KZTA 2XHDA 3JV9A 4FIMA 1MXZA 2REGA 3U94A 2I4BA 4F18A 1XVXA 4OERA 3T22A 4R9FA 1MY1A 1QW0A 1UIUA 1LAXA 1MM7A 3N94A 5FHMA 3HHGA 4F22A 1A54A 4TOZA 1XT8A 2P2AA 4JSDA 4BDMA 4EQBA 2F7CA 5L8DA 1SD3A 1HSEA 1QVSA 3FV1A 4ZZEA 3ZS6A 2HCAA 1IEJA 1US4A 4HTGA 3LSFB 2A5SA 3CI8A 4JDFA 5CMBA 4GD5A 2XXPA 4F31B 1FTJA 4G4PA 2M8CA 1LAGE 1P1UA 1AH5A 1YCJA 4I8CA 4KCDA 5DVFA 3ZSFA 1OLCA 5F1QA 4ZEIA 1B05A 3DLNA 4WEDA 3C4MA 1L5TA 3M3KA 2I48A 4DDDA 2FA7A 4G68A 3G3GA 2QL3A 4LATA 2A5TA 3O6HA 4C1UA 3LSLA 1B9JA 1MY3A 2DE3A 2O1LA 4DE8A 1FQEA 1MQHA 4R73A 3MVWA 3MVXA 5I57B 3OO7A 1YAEA 3M8UA 3KBRA 3OSRA 3FVGA 3TODA 3DP4A 4JSOA 2OWSA 3EHSA 3JZJA 3KN3A 4U1ZA 2O69A 3KG2A 4GL0A 4OHNA 1BLFA 1MPCA 2DXRA 1LAFE 3Q26A 1R6ZA 3UA8A 4GOTA 4KYSA 2O7UA 4GRKA 4KPTA 1I69A 4F3PA 1PB9A 3MVYA 4F29A 2DWAA 4LQ5A 4JBZA 3PMWA 4QF9A 3G3JA 4GL8A 3TTLA 5I58A 1BP5A 2Z22A 3H6VA 1AIVA 1LB9A 3U92A 2DP8A 4OQOA 4ELRA 3O2AA 5H8FA 1VR5A 4PFUA 4PP0A 5JTYA 3VVEA 2Z8FA 1B5HA 4ECFA 4ZEKA 4IGTA 3IOWA 5ICTA 3FJMA 2HAUA 3PU5A 4LONB 4YKPA 2I0CA 5TU0A 4YKJA 1FQAA 4X48A 5DYHA 5AA3A 2F6PA 4H5GA 4Q8RA 2DE4A 4IO4A 2OBGA 3I5OA 4ELQA 1IZ1A 2V3UA 4PQJA 4R6YA 3RUMA 3FGSA 5H8SA 5KDTB 3S9LC 3O29A 5DTBA 3H7MA 3H6TA 4R74A 1CB6A 1FQDA 3U1OA 3MJNA 4OWDA 4BDLA 2UVIA 3QK6A 1Y20A 2QS3A 1FQBA 1NNKA 1P1NA 2YJPA 2ZNSA 3MPKA 3TYHA 3KOTA 4QFPA 5I58B 1FTKA 5I2NA 3T9HB 2XD2A 4LZ7A 3U72A 1XHYA 3KN8A 4DLDA 5HM4B 1LAHE 2V93A 3IORA 4E0WA 2HZLA 3KJTA 3MP6A 4WEPA 3PUWE 1DTZA 2CMOA 2KLFA 2Z8DA 3RTWB 3EF7A 1NKXA 3C9HA 3PPPA 4F3BA 1H45A 4YB6A 3PPRA 3GBBA 3KSXA 4OFJA 4F3GA 3E4RA 3UIFA 3TUSA 4POWA 1EU8A 2H4IA 4YKKA 4OEUA 4KQPA 3VXCA 1URSA 1FTLA 3M3LA 2REJA 3IL1B 2XXVA 1B52A 1JNFA 3A09A 4G68C 3PUVE 4FAJA 2QS4A 4X1DA 1DMBA 1B5IA 4ZDMA 5CI5A 4IO3A 1J1NA 2ZYKA 4G8NA 4ELOA 3KFMA 1B3FA 1ZU0A 1JQFA 3FVKA 1NH7A 4LP2B 1MH4A 2E0SA 3QUJA 4AB5A 2GRVA 5J1DA 3V83A 1EZOA 3OSQA 1OQHA 1LLSA 1EZPA 3T9UA 3UP9A 1B2HA 4EDPA 4PETA 2O84X 3S9NC 2OK2A 1B3GA 4DXUA 5AA2B 2F5XA 3AXFA 3M3FA 1Q1KA 1PBQA 5I59B 1LCTA 1B7UA 3CFXA 4WXJA 1FTOA 2DWHA 4HCYA 4IO6A 5M2VA 3W9WA 1B1XA 3K0VA 2XD3A 3PMXA 4PFWA 2PYYA 3FXQA 1MQDA 4Z7EA 4GF8A 2LAOA 1B58A 3IX1A 5DVIA 3LSWA 4RK2A 3RT6B 1MDQA 1LCFA 1MDP1 3Q28A 5A5XB 2DQVA 3TAJA 1LFGA 3UK4A 3RY3A 5DT6A 1AL3A 1DPEA 2XX8A 3R7XA 4JB7A 2E1SA 2F6GA 5K2YA 5ITPA 1JW1A 1SI0A 2RC9A 2ZYMA 1VE4A 4OYVA 3QIMA 3SKPA 1JEUA 1OQGA 3A3UA 4LUBA 1ATGA 2DYXA 2O6AA 4EQ9A 5BWJA 1WDNA 3MW0A 3N6UA 3K6WA 2IA4A 4U22A 4KR5A 4YAHX 5EHMA 4MF3A 3TTKA 2UYFA 2DS9A 3RPWA 2B3BA 4N07A 1M5EA 4P0GA 2H9BA 3MP1A 4KFQA 3K02A 3VDFA 4QSCA 3V8XB 1ZMGA 1B0HA 4H67A 4NWCA 3CVGA 3UGWA 1P1WA 1SBPA 3FD3A 1MG1A 3H3GA 5B70A 1VFEA 2I3WA 3C31A 4ISUA 4JWOA 4RXLA 1HSLA 2AIXA 1A7LA 1SQYA 3B6TA 3EHUA 4GQOA 1Y4TA 3KJ7A 1N7WA 2O68A 4NF8B 4Q0CA 4R72A 4THIA 4ESXA 1SI1A 1ZKBA 2XX9A 3ECRA 2ZXTA 3F11A 1PBPA 4H1XA 1B3EA 2XXIA 3O28A 1ZLQA 1JEVA 4G77A 4RYAA 4JXIA 1R1NA 4ZEBA 3SESA 4F1UA 4AQ4A 3WAEA 1PC3A 2X7QA 3MBPA 5I57A 3TELA 3IOUA 3TQLA 2THIA 5AA2D 4HS7A 1Z7NE 4OETA 2DXYA 2HZKA 2DWIA 2BJJX 1NFTA 5ITOA 3OELA 3R26A 4LA9A 2AL4A 1MXUA 4BDRA 4DXBA 1USYH 2Q89A 3MQ9A 3CIJA 4ZE9A 2P1SA 2Q2CA 4DIGA 2HQ0A 3VV5A 1IUDA 3H4ZA 2RINA 4KI0E 2XX7A 2ZNTA 4QFOA 3CR9A 2FNCA 3SDFA 1MY2A 1N3XA 1N0TA 1RKMA 3E9XA 4H0WA 4M1VA 3QUFA 4OXVA 2B3FA 4H6DA 4Z0IA 5L9MA 5B7DA 1FW0A 4IO2A 1ANFA 1NL5A 2X26A 2ZYNA 3N6TA 3RLFE 1DSNA 1II5A 2I0BA 3PV0E 1GV8A 2RF1A 4XKPA 3THIA 1AOVA 3I3VA 1FTMA 1Y3PA 3SEXA 3TQWA 5KCJA 5CMCA 1IXCA 1USYE 1P1QA 2F7BA 4GIZA 4N6PA 2I3VA 3BFTA 1JW4A 4XKRA 3R6UA 2RCBA 3CFLA 4RPNA 2ANJA 4LZ5A 1B5JA 4K3FA 3T93B 3FVNA 4NE4A 5AA1A 2NWJA 2XXUA 2Y7PA 3GBAA 3K6UA 2GHAA 5JEIA 5I56A 1NH8A 4AB6A 3TMGA 5H8HA 2NXOA 4EXLA 2F36A 4E0XA 1B40A 3OXNA 4NWDA 2V84A 3K6XA 1SYIA 1NNPA 2ESNA 3K1MA 4POXA 3SEWA 4GLIA 2VD2A 2XXYA 1IITA 4FORA 2R6GE 1M5CA 4XXUA 1O7TA 1IXHA 5H8FB 2UVGA 4YB5A 3HSTA 2HFBA 2Q2AA 1FQFA 3FATA 3TFLA 3VVFA 4F39A 1WODA 1ELJA 3EHTA 1B51A 1B4HA 4XIGQ 2YPNA 3SEUA 1WVJA 3MZ1A 3ILUB 3ONMA 3K2DA 3FZVA 4GXSB 1R9QA 2UVHA 2ZNUA 3TTRA 4HW8A 1I6BA 1B4ZA 1Y3NA 3Q25A 2I49A 2F78A 1D3KA 2G29A 3QSLA 2V25A 4GXAA 3HCQA 4F1YA 4IY6A 4ND9A 1SW1A 3KSJA 3O9PA 4ZEFA 3VXBA 1MQGA 1MXWA 1IQ7A 2UVJA 1PDAA 1POTA 3IK6B 3LC8A 4FEBA 4KYEA 3P7IA 4OEVA 1QKAA 2NOOA 4NTLA 1N3WA 2QS1A 3G3KA 1LBCA 4QSDA 4DZ1A 3TCFA 4YMBA 4RK9A 1VFDA 2H5YA 3IO4A 3MAMA 4QFKA 1N7XA 3PUZE 1SVXB 3RGYA 3I6VA 1US5A 4H8IA 5H8QA 1A55A 1GVCA 2I4CA 3S2VA 1DPPA 5I2KA 3K00A 4G68B 4G8HA 3PUYE 4R2BA 5ELVA 1RYXA 1OVTA 3DP6A 3VVDA 3Q27A 3BFUA 4U2RA 4I9DA 3TDJA 1AMFA 1XC1A 2VP1A 1MXXA 1PB8A 1TT1A 3K1PA 4IO5A 5AA4B 2YLNA 1QUIA 2ZMBA 2Z8EA 4EQ7A 4U23A 4MLQA 5TPAA 1S50A 1Y9UA 3PMVA 1GR2A 4ELPA 1UQWA 1JVYA 3UORA 1A8EA 4IB2A 2NUVA 4FJPA 3VLVA 4ESWA 1XVYA 1BKAA 1H3DA 3CSBA 1UTBB 3OEMA 3C33A 1TFAA 5KCJB 1URGA 1OMPA 1NMUA 3C35A 3G3FA 3FASA 3PGFA 5DEXA 1MQJA 1N76A 1PB7A 4H65A 4ZZAA 1Q35A 2XXXA 3O66A 4NF4B 1R9LA 2XXHA 5F7VA 3ZKKA 3LBSA 4FECA 3LR1A 4XKQA 4DCXA 5AA2A 5I56B 3FXRA 1JW5A 2F97A 1EH3A 3WAFA 4OMBA 4H8JA 2WKYA 4MLVA 1Y1ZA 4U1OA 1B7ZA 4GFRA 5TP9B 1MQIA 4U21A 3TKDA 4EF2A 2PT2A 5H8NA 4YZZA 4GWOA 1LFHA 2VD3A 1DOTA 3EQ1A 2ZYOA 3EN3A 1DTGA 3B6WA 3L6HA 3C34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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