4M4GA

Crystal structure of ligand binding domain of cysb, a lysr member from salmonella typhimurium lt2 in complex with effector ligand, n-acetylserine.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
publication title Crystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member from Salmonella typhimurium LT2 in complex with effector ligand, N-acetylserine
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule tags Gene regulation
total genus 57
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m4gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m4gA02
1B51A 2VOZA 3PPOA 4EXLA 2VD3A 3LSWA 3CRBA 4LATA 4G8NA 3EQ1A 5HPQA 1QULA 2PT2A 4C0RA 3RTFB 3GLBA 2NUVA 1B3EA 1ZTYA 2REJA 4R2FA 1QKBA 1MY1A 1DTGA 1BKAA 2BJJX 3E3KA 4G68C 1ZU0A 3Q25A 5TPAA 1AOVA 1QW0A 3CSGA 4ZECA 1IEJA 4RYAA 1H3DA 1N84A 3T9XB 2Y7RA 3LC8A 1MXWA 5TP9A 3T66A 5AA2A 3KGCA 1MY0A 3BFTA 2DWIA 2H9BA 4ONYA 2IEEA 3TQWA 2X26A 1B1XA 3SEUA 2FNCA 3OENA 5I84A 2DE3A 1AIVA 1USYH 5FTIA 1LSTA 1BP5A 2Q2AA 1EU8A 3UIFA 1EH3A 4NEDA 3EN3A 3Q26A 4WKMA 3QIMA 4JDFA 2A5TB 3H3GA 4F19A 2ANJA 1SI0A 1OIBA 4XKPA 3KOSA 3MW0A 2XXYA 4YKIA 1MXYA 2V3UA 2H99A 2HZLA 1B7HA 3PUYE 2HQ0A 3PU5A 2DE2A 3FXUA 5A5XA 4F29A 3PUXE 4BDQA 4I62A 3CR9A 4RJZA 3IB1A 2QS2A 5CBRA 2A5SA 5I58B 1O7TA 4ELPA 1ZBMA 4PQJA 1FQAA 2D5WA 3ZSFA 1LCFA 4OWDA 1NL5A 2OWSA 4DDDA 1GTKA 3UORA 4KI0E 4NF8B 1XS5A 3CFZA 1ATGA 1ANFA 3MUQA 3CSBA 3FUZA 1OLAA 1SYIA 3W9VA 2GH9A 3QSLA 5DVJA 1SW4A 4OTEA 5I2KA 3MZ9A 3KG2A 5ELVA 2DXRA 4F2QA 5K2YA 3ONMA 1MRPA 4RA1A 3SEVA 4F3PA 2XXUA 3PV0E 3IOWA 1B52A 3BKIB 5H8QA 5I57A 4H67A 1FQEA 1I6AA 3B6WA 1B58A 3TTMA 4U21A 2NWJA 3FV1A 1PBPA 4G4PA 4G77A 2XX8A 5DTBA 1JW5A 1PEBA 2DOJA 2XX9A 3KOTA 5HBCA 1RKMA 2H25A 1FW0A 2F7BA 3ECRA 4GFRA 1XC1A 1TWYA 3B6TA 4HTGA 4ZEIA 2PYYA 1B4ZA 3CVGA 2FYIA 2B65A 4ZDMA 4IY6A 5AE4A 4H6DA 4DLDA 3N5LA 3IJXB 4R6HA 1B5HA 2UYEA 2YLNA 3MP1A 3MWBA 3IAZA 3USDA 5AA4B 3TCFA 4G8HA 5KCJA 3T9VA 4GL8A 2PT1A 3AXFA 2P2AA 3L6HA 1IZ1A 1PC3A 3K02A 3THIA 4N6PA 4XTCQ 3KJTA 2O1MA 4GWOA 1NH7A 5JEIA 4KR5A 4F22A 2Z8DA 2KLFA 3K1PA 3EF7A 5H8HA 2F7AA 4IGTA 2F36A 4KQPA 1IXGA 3VVDA 3TEPA 1YPNA 1DPEA 1JVXA 2QSXA 3TTLA 4G68B 4AB6A 1S9TA 4YZZA 3TKDA 3GXAA 3SETA 3IORA 1MXUA 1POTA 3SESA 3KFMA 4R73A 4R75A 5FHOA 5KDTA 1UQWA 1FQCA 3QUFA 2OZZA 4IO2A 1I6BA 3TCGA 1LLSA 1FTKA 3I5OA 3SEWA 4ELRA 1A55A 2DYXA 4U4XA 1UIVA 5B70A 2I6EA 1RYOA 3MJNA 5HM4B 4FATA 2DSFA 5I59B 4JWYA 4UACA 1DSNA 3RNNA 1B3GA 2F6GA 4QRZA 1P99A 1H43A 3QXMA 4NF5B 3KN7A 2PMSA 3SERA 1P1OA 4X1DA 4O3CA 1H44A 2DP8A 3JV9A 4OERA 3EHSA 2VP1A 1USYE 2RINA 3E13X 2I3VA 3V8XB 1Q35A 1EZOA 5ITOA 4LQ5A 1ZJLA 3KSJA 3SEXA 2R71A 4ELOA 1Y1ZA 3RT8A 3S4UA 4PETA 2RC8A 2O84X 1EZ9A 1Y3QA 5ICTA 1TFDA 5BWJA 2GRVA 4DXBA 3O6GA 3KSXA 2UVIA 3N26A 3K4UA 1VE4A 3FZVA 1GV8A 4P11A 1B7UA 1URGA 1SW5A 2B3FA 2IA4A 4IB2A 2HXWA 2UVHA 4TLMB 2NOOA 1B3HA 4H65A 3C36A 2FA7A 4GOTA 1S7YA 2QMXA 3B7DA 3GBBA 2I0CA 3TCHA 3SEYA 3DM0A 2A5TA 5ISUA 4BLAA 4PE5B 4NMYA 1KWHA 1OVBA 1LAXA 4IO4A 4F3GA 1LGBC 1QJMA 3FIRA 3U94A 3JYRA 4HCYA 3C34A 3IB2A 2HAUA 5CC2A 3W9WA 3WAEA 4H1XA 5I2NB 2I0BA 1QKAA 1NNFA 4P0IA 1II5A 2W7YA 3MZBA 3MAMA 4POWA 3TFLA 3OO6A 3GZGA 1Q1KA 3T9UA 1NMUA 4IO7A 4OFLA 1MQGA 3OSQA 2X7QA 1Z7ME 1N7XA 2QS1A 4AB5A 4GIZA 3PPQA 3UN6A 4K3FA 3OSRA 2AYSA 3MC2A 1N7WA 3ODBA 1MM7A 1R9LA 4ZEDA 3D4GA 3U92A 3C33A 2REGA 3FD3A 1XOCA 3G3KA 3PPNA 1I6QA 3T96B 1POY1 1D3KA 2XXPA 1MQJA 4IO5A 4DZ1A 1A8EA 1R1NA 1Y1MA 4LVQA 2Z23A 4XKNA 4FAJA 3H6VA 2RKMA 1JW1A 2RF1A 4IO6A 3EHTA 1WVJA 4R74A 3LUYA 4ZZAA 3DP8A 4F1VA 2ZNTA 3R7XA 1MH4A 3U72A 1LB9A 1JQFA 3O66A 3C31A 4EXKA 1Z7NE 1IXCA 2VD2A 3QYTA 3IR1A 3LR1A 2XD3A 4JB7A 4Q0CA 4PFWA 1B9JA 1MY2A 3WAFA 3CG1A 1QVSA 2OWTA 4F1UA 3QAXA 3OEKA 2Q9TA 1MG1A 3MZ1A 3OELA 4QSEA 4NF6B 5L9OA 4R9FA 2V3QA 4ISUA 1IIWA 3RUMA 5I56B 4ECFA 2P0SA 1A99A 5AA4A 4GQOA 4U1OA 1FCKA 4GXAA 4QFOA 3K1NA 5LOMA 2DQVA 2LAOA 2DWAA 1A54A 4OYVA 5CMMA 2RCAA 3KBRA 4LZ7A 1LAFE 4PP0A 4P0GA 4RK9A 3FGSA 4NF4A 3C35A 1URSA 4NWCA 1VR5A 1FQDA 3IOVA 1IUDA 2V93A 3E9XA 3TUSA 1TT1A 1YTVA 5B7DA 1PDAA 3MP6A 4DXCA 3RLFE 4OENA 3K01A 3TDJA 1FQBA 4FECA 2O7UA 3G7WA 2Y84A 4XIGQ 4NTLA 3G3GA 3V89B 2I49A 1H45A 1UTHA 3TAJA 3DP4A 1MS7A 2Q88A 4TQUQ 4QFKA 3UK4A 1B5JA 3IO6A 3C9HA 5H8SA 3CFLA 1R6ZA 2XXTA 3M3LA 1FTJA 1US5A 3FVKA 5TP9B 5JTYA 4GD5A 2I48A 2V84A 3HN0A 4FJPA 4YKKA 4UA8A 3IO4A 4JSOA 1AMFA 2ONSA 1UTBB 1FTMA 4NF5A 4QF9A 1ZIUA 3ZKLA 2ONRA 4N07A 4U22A 2O51A 2YJPA 3FJMA 3PUZE 4BDMA 4EF2A 3PD8A 4ZS9A 4OQOA 4I1DA 2HZKA 3PMXA 3QUJA 1M5FA 2ESNA 3OMBA 2OCUA 3V5AA 4M4GA 1P1QA 3I6VA 3ILUB 4OETA 4KCDA 2ZXTA 1AL3A 4KYDA 4KPTA 4TLLB 5F1QA 4I8CA 4R6YA 1IQ7A 1P1UA 2XXQA 1N76A 3PUWE 3VVFA 4RXLA 1D9VA 1JVYA 3HPIA 5CMBA 2Y7WA 4DE8A 4ZEKA 1Y9UA 4ZEFA 1TFAA 5AA2D 1IITA 4HCWA 1WDNA 3SKPA 2QPQA 4MBPA 5L8DA 3MPLA 5L9MA 3FV2A 1OVTA 1TXFA 3H6UA 1PB7A 2I58A 5H8FB 1R9QA 4Z7EA 3FVNA 4ZE8A 3A3UA 5AA3A 1B3FA 3ZS6A 3R6UA 4OXVA 4G2ZA 2E1SA 3ILTB 1MPCA 3S9MC 5H8NA 4E0WA 2XXHA 4IO3A 3B6QA 3O29A 3TMGA 3FVGA 1NH8A 1MDQA 1GVCA 3HSTA 2UVJA 3K6WA 1A40A 4EF1A 3VLWA 3K00A 5I2KB 1D9YA 1P1WA 3EPEA 5BUUA 4MH5A 3VLUA 2I3WA 2B3BA 4BDLA 1Y4CA 4MLVA 2XHDA 3CG3A 4LUBA 5I57B 5CMKA 1VFDA 2F6PA 2F78A 1HSJA 3U93A 3RQTA 4FE8A 1JEVA 3TYHA 2XXIA 3IL1B 2V3TA 2D21A 3MVZA 2QS4A 4EUOA 3IOTA 4ZE9A 3O2AA 5CMCA 1MXVA 3RT6B 1M5DA 1URDA 3PGFA 1IXHA 4JWXA 4C1TA 2XXVA 1MDP1 3LSFB 4OVJA 5DVFA 1JEUA 1FQFA 1SD3A 2D3IA 5DT6A 2DWHA 1YCJA 4OFJA 3OXNA 4ESXA 1DMBA 3IOUA 3D4CA 4MLQA 4LQ2A 4Z0IA 4GXSB 3C4MA 5AA1A 4MF3A 5KCJB 3LSLA 4YU0A 4YMAA 5KZTA 1OMPA 2F35A 4RNSA 3RY3A 2QJEA 2ABHA 2VGQA 4H5FA 1Y20A 4JXIA 2R9JA 3FJ7A 3R26A 3U8QA 1I69A 4G8MA 4F18A 2GFEA 4XXUA 4EDPA 4RY1A 5H8HB 4F3SA 4Q30B 4U4SA 2UYFA 1CB6A 4IGRA 3G3IA 1XHYA 1B5IA 3K1MA 3N6TA 5TU0A 3O28A 4DIGA 1SW2A 3T93B 4Q5TA 4LONB 1GGGA 2ZMBA 1MXXA 1MQDA 3CIJA 5I56A 3HHFA 3OO9A 2P1SA 5KDTB 3FATA 2ONKE 1A8FA 3FVOA 2XX7A 4QFPA 3KEIA 2QRYA 3CI8A 1VFEA 1XVXA 1JETA 3ZKKA 4WEDA 1LFIA 2R6GE 3TTKA 5I58A 4H8IA 4GF8A 3PPPA 2DVZA 3Q28A 3QK6A 1NNKA 5DEXB 3S9EA 5CRYA 4R6KA 4NWDA 4C1UA 1B4HA 3LSXA 2Q2CA 1LAHE 4FORA 3PMVA 1HSEA 3K0VA 5M2VA 1Y3NA 1VSOA 3LBSA 4NF8A 4GLIA 1WODA 2OBGA 4ZZEA 3OO7A 5CM6A 1B1HA 5EHMA 1CE2A 4EQ9A 4JWOA 4F2OA 3PUVE 2M8CA 1LBBA 5J1DA 1B0LA 3DLNA 4F1YA 4YB7A 3H06B 4DXUA 4HW8A 4F39A 5EHSA 3DELB 3G3FA 4MFIA 3I3VA 1B05A 1F9BA 4LA9A 3O97A 4JBZA 3VFJA 4O3AA 2G29A 1PB8A 1NFTA 4OEUA 1MM6A 3P7IA 2QL3A 1AH5A 3UP9A 4RPOA 5K2XA 2HFBA 4R9GA 3MPKA 2XXXA 1UTBA 2Q8JA 3VVEA 5ITPA 3S9LC 1IXIA 4Q8RA 2XD2A 1BTJA 1NNPA 4U1ZA 3HHGA 1DPPA 2OLBA 2Z8FA 3UGWA 2DXYA 2HEUA 5L9SA 3K6VA 4M1VA 2HAVA 2O1LA 1SQYA 4GVOA 2CZLA 3BFUA 1RYXA 1N3XA 4PFUA 4QHQA 1Y3PA 2F7CA 3FASA 3K2DA 3TELA 4OZ9A 3OEMA 3HV1A 4PFTA 3K6UA 4OESA 3Q27A 2QS3A 3PPRA 1N0TA 1SYHA 4AQ4A 5IKBA 4YB5A 1YAEA 3OOAA 1PBQA 3L6GA 3E4RA 1ELJA 4L17A 3A3CA 4YKJA 1A7LA 4KD5A 1Y4TA 2H98A 4G68A 4YB6A 5H8FA 4H5GA 2ALUA 3M3KA 2F8DA 3RTWB 1D4NA 1MPBA 4EQ7A 4OMBA 4U2RA 3SDFA 3G3JA 4DCXA 1J1NA 1BIYA 1B7ZA 3GBAA 4N13A 4TOZA 4YMBA 5TPAB 1QUJA 2ZNUA 2NXOA 4X1BA 2O7IA 2ZYOA 4GRKA 3KJ7A 1UIUA 1LB8A 4X9TA 1LFGA 1SDXA 5AA2B 3HO7A 3MVYA 5I59A 2THIA 4ND9A 3CFXA 3S9NC 2QMWA 3M8UA 2ZYNA 2O68A 4FIMA 3C32A 2DS9A 2VHAA 1LFHA 1SW1A 1OLCA 3H6TA 3KN3A 4R2BA 2YPNA 1NNTA 4DCYA 1B2HA 1DOTA 2Z22A 3RPWA 4QSDA 4XKRA 3F11A 3M3FA 2O69A 1N04A 3H6WA 3EHUA 1MH3A 4IY5A 2F5XA 4LP2B 5CBSA 1PB9A 2CMOA 4BDRA 2RC7A 2GHAA 5EYFA 5IAIA 4LZ8A 2DE4A 1B0HA 1B3LA 2WKYA 2Z8EA 4I9DA 1N3WA 3IJOB 3MVXA 3S2VA 3FXRA 3MBPA 1BLFA 1FTOA 4BDNA 1NKXA 4YICA 3A09A 2E0SA 1QUKA 5A5XB 1O64A 3DP6A 4KCCA 3RN8A 3H4ZA 5FHNA 2Q89A 3V83A 4OEVA 2RCBA 2HCAA 5F7VA 4OFOA 1O63A 2H5YA 4NE4A 1P1NA 3MVWA 4XKQA 4NF4B 4WXJA 3VXCA 3IB0A 2ZYMA 3VV5A 3T22A 5FTHA 1XT8A 1XVYA 3H03A 1M5EA 1OQGA 2F34A 1M5CA 1HSLA 4O3BA 5I2NA 3IX1A 1GR2A 2H4IA 3BBRA 3OD7A 4F3BA 4QFLA 4ZEBA 5JK4A 3N94A 4GL0A 3W15C 5CI5A 4OHNA 1L5TA 3O6HA 2DVCA 3KN8A 4F31B 1US4A 3G3HA 1UTHB 2NVUB 2PBWA 1JW4A 3TODA 4EQBA 2Y7KA 2RC9A 5H8QB 4THIA 5DEXA 4RK2A 1MXZA 3HCQA 5JTYB 3IK6B 4KFQA 1DTZA 1S50A 3K6XA 3RGYA 1LBCA 4ESWA 2OK2A 1B32A 1B40A 3O9PA 3FXQA 4QFNA 1JNFA 3OO8A 2UXAA 4U23A 4H8JA 1ZKBA 2AL5A 2DWJA 4H0WA 5ICQA 2I4CA 1OQHA 3VLVA 4YAHX 2PX1A 4X48A 3TTRA 2G93A 2AL4A 3FJGA 3JZJA 4KHZE 2I4BA 4HS7A 3N6UA 4E0XA 4RPNA 2AIXA 1FTLA 2PVUA 4POXA 2Y7PA 2ZYKA 3TZAA 4R72A 4ELQA 1M5BA 1MQHA 2X7PA 1T0KA 3KZGA 1SVXB 1EZPA 2ZNSA 1B6HA 3U1OA 3VE1B 5DVIA 3TPAA 1H76A 1ZMGA 2UVGA 2Y7IA 2XXRA 1ZLQA 4LZ5A 4NF6A 1B46A 3UA8A 4BDOA 3VXBA 3MP8A 1QUIA 4YKPA 3TTNA 1LCTA 3PD9A 5FHMA 2GHBA 1MY4A 2V25A 4WEPA 4KYEA 3PMWA 4JSDA 4KYSA 5H8NB 3TQLA 2F97A 4FEBA 1SBPA 4PFYA 3Q29A 3MQ9A 1LAGE 4FEDA 5DYHA 4QSCA 1MQIA 2OJTA 1MPDA 2XXWA 2O6AA 1SI1A 1MY3A 3VDFA 3O6IA 3T9HB 3H7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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