3VVDA

Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGSEFQVRSFEEIKRSGEIRIGTEGAFPPFNYFDERNQLTGFEVDLGNAIAERLGLKPRWIAQSFDTLLIQLNQGRFDFVIASHGITEERARAVDFTNPHYCTGGVIVSRKGGPRTAKDLQGKVVGVQVGTTYMEAAQKIPGIKEVRTYQRDPDALQDLLAGRIDTWITDRFVAKEAIKERKLENTLQVGELVFQERVAMAVAKGNKSLLDALNRALAELMQDGTYARISQKWFGEDVRCKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Two ATP-Binding Cassette Transporters Involved in (S)-2-Aminoethyl-Cysteine Uptake in Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Amino acid ABC transporter, binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermus thermophilus
total genus 89
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA02
4HS7A 3MAMA 3K1MA 2V3QA 2A5TA 4R6HA 1CB6A 4ZEDA 2RC9A 2I3WA 3ONMA 3G3JA 2QMXA 3QUJA 1UTBB 1MY0A 4RJZA 1DOTA 5EYFA 3U8QA 2G29A 4RPNA 4FECA 2NVUB 4H8IA 3I6VA 4F31B 3L6HA 3OEMA 3RLFE 3OO6A 4R2BA 4EXKA 2XD2A 3KSXA 2XX8A 1A55A 2ZNSA 3K1PA 3FASA 4U23A 2VD3A 4NWCA 3G3IA 4IO5A 1SD3A 4C1TA 4DIGA 1XS5A 5TP9B 3SDFA 4LVQA 5TU0A 3MJNA 2D5WA 3P7IA 5TPAA 3HSTA 2OJTA 1JEVA 1QJMA 1BLFA 1MPBA 1YPNA 1F9BA 1US5A 3DP8A 1QKAA 1XT8A 4DZ1A 3MP6A 4RXLA 1OIBA 3KJTA 4EUOA 2M8CA 1PDAA 4P0IA 4F2OA 4OMBA 4F3GA 4EXLA 1AMFA 2UYEA 4LQ2A 2F97A 1P1WA 1GV8A 1ZMGA 4R73A 2QL3A 2GH9A 2RF1A 2ZMBA 3HPIA 2R6GE 4ZE9A 4C0RA 3OO7A 4E0XA 1IXGA 4YKIA 3ZKLA 4G2ZA 4ELPA 4NF6A 4MH5A 2CMOA 1FCKA 2DVZA 4X1BA 1A7LA 1WODA 4KCDA 4QFOA 4OQOA 4PFTA 4X1DA 4U1OA 1N7WA 2V3UA 4Q8RA 1B58A 3FV1A 3PU5A 1SBPA 1XC1A 4FIMA 3BFTA 2O68A 5JTYA 3QXMA 2XXQA 2XXXA 1O63A 3T9VA 3HN0A 3KN8A 3RN8A 2F6GA 1MXVA 4PE5B 3GXAA 2RC7A 2R9JA 3Q26A 1M5CA 2QPQA 3H7MA 3GZGA 4O3AA 3TQLA 4G77A 3FXUA 4JDFA 4RK2A 4TQUQ 1SW2A 5L9MA 3RNNA 2ZYKA 3G3KA 3FVGA 4MLQA 3Q29A 4H0WA 3FXRA 3DLNA 4XIGQ 4JSDA 1D4NA 1B46A 1DTZA 1IQ7A 1WVJA 4GOTA 2HZKA 4BDLA 2PBWA 5BUUA 1AOVA 2X26A 5FHMA 4JWYA 4R2FA 1N7XA 1EH3A 3TCHA 3TYHA 1H3DA 4R74A 5FHOA 4G4PA 2DE2A 5KCJB 1MY4A 3C31A 1SI0A 5TP9A 1B0HA 1H43A 1LSTA 5I58A 3IOVA 3MVXA 3VLVA 3SESA 2V93A 4P0GA 3RUMA 5H8NB 3RY3A 1YTVA 2UYFA 3R6UA 3QK6A 3AXFA 2HXWA 3CRBA 2F8DA 4WKMA 4Z7EA 1B3LA 2ZNUA 4BDRA 4THIA 3MPLA 3ZSFA 2CZLA 4UA8A 3N5LA 3IX1A 1FTJA 1MQDA 2ZYOA 3V5AA 1URGA 3TTRA 1ZKBA 4MFIA 4BDMA 2Q2AA 3SERA 4N6PA 1B05A 5I59B 3SKPA 4XXUA 4WXJA 4IO7A 4GL0A 3IK6B 4ELOA 4U4XA 4PQJA 2O1MA 2H4IA 4N07A 4LONB 1VFEA 2VOZA 2DWIA 1FW0A 1OVTA 3HHFA 2DWJA 1XOCA 2DE4A 3UP9A 4JXIA 2QS2A 2ONSA 3K02A 1S50A 4ISUA 1R1NA 2UVHA 1A99A 1OQGA 2VHAA 1MQJA 2OLBA 2DOJA 4DE8A 1PB8A 4GQOA 4MF3A 3PMXA 3E13X 1TFDA 1LB8A 1R9LA 3MZBA 2HQ0A 3MBPA 1MDP1 4G68C 1MQHA 3N6UA 4UACA 4GXSB 2G93A 3PGFA 2XXTA 3TCFA 4RPOA 1RYXA 1MM6A 4JWXA 5ITPA 3UN6A 1B1HA 3PD8A 3IOUA 3EHUA 1JW5A 4QRZA 1B7UA 4HW8A 1RYOA 3OSQA 1FQDA 4XKRA 4ESWA 2VP1A 1IXCA 5B70A 3EF7A 2I48A 5FHNA 1LFIA 1JETA 4IO3A 2F6PA 3LSXA 3KJ7A 2I4CA 4GRKA 3EN3A 3C33A 5TPAB 2V84A 4ESXA 5K2YA 4PP0A 4R75A 3HO7A 1MXUA 1D3KA 5CBRA 4ZEBA 3CVGA 5AA3A 1JW1A 3PPPA 1DSNA 1UTHB 1B5JA 1Q35A 5H8QB 5H8NA 4U1ZA 1JVYA 4XKQA 4RY1A 3K6XA 2RC8A 4NMYA 5HPQA 1Y20A 3EQ1A 4E0WA 1LAXA 3T9HB 4LZ7A 1IUDA 1M5FA 3GBAA 3ZKKA 2RKMA 1D9VA 3LUYA 3TKDA 4OEVA 3T93B 2QRYA 2F5XA 5ELVA 1XHYA 5I59A 4F2QA 4I1DA 1SYIA 1NNKA 3G3GA 1LCFA 3MW0A 4POXA 3TTMA 4U21A 1BKAA 3MP8A 4ZEKA 1PB7A 3IORA 4KCCA 2XD3A 3O6IA 2XXYA 4OETA 2AIXA 3VXBA 3Q28A 1ZLQA 4I62A 2IA4A 3KOTA 4YMAA 2Y7RA 1GTKA 3PPNA 4G8NA 3IB0A 1IIWA 2I49A 3UORA 2Z8DA 4YICA 1B3GA 3E4RA 4P11A 4KPTA 1QUIA 1R6ZA 1VFDA 2ZNTA 2O84X 4I8CA 3OO8A 3O97A 2P0SA 3JZJA 4JB7A 4R6YA 3IJOB 2H25A 4LA9A 1BP5A 5I57B 3O2AA 4I9DA 3SEUA 5AA4B 1NNPA 3UA8A 3VE1B 3VVDA 4ND9A 2AL5A 2Z23A 1POY1 1GR2A 4QFPA 3W9WA 3SETA 3CSGA 3MUQA 2DXYA 1OQHA 3HHGA 5DVJA 3ILUB 3LSFB 2DXRA 4F22A 2LAOA 1N04A 1NL5A 4H8JA 3H3GA 3L6GA 3G3HA 1MH4A 4F1YA 3DELB 3ODBA 5L9OA 1B7HA 4MLVA 3CFXA 2Q2CA 5I58B 4NTLA 3T9UA 1LGBC 3GBBA 3PUVE 5J1DA 3H03A 4KQPA 4R9GA 1B1XA 2UVGA 3CG3A 4F3SA 1Z7ME 2BJJX 3IO4A 3KEIA 3MPKA 2RCBA 3FXQA 3O6GA 1MXZA 1UTHA 2GHBA 4PFWA 5EHMA 1TT1A 1B4ZA 2V3TA 4DDDA 3QUFA 3CIJA 3RQTA 3EHSA 5H8QA 1NH7A 4RNSA 5AA2A 4FEDA 5IKBA 5DT6A 4NEDA 4U4SA 2Y7KA 1ZU0A 2I0CA 1N3WA 1SW4A 2DSFA 1Y3QA 5H8FB 4F29A 4RYAA 2AYSA 3BFUA 3IOWA 1MDQA 2ESNA 4YB5A 3TUSA 2R71A 4Q5TA 1LFGA 2Y7IA 2Q8JA 1N84A 3RTWB 3O29A 2REJA 3OEKA 1B9JA 4ZS9A 2X7PA 3LSWA 3O6HA 4WEDA 4OEUA 3TODA 2ZXTA 5L8DA 4PFYA 1NNTA 3TPAA 1ELJA 3MWBA 2Z8FA 2KLFA 2YPNA 1A54A 5AE4A 2P1SA 3I3VA 3CG1A 3OENA 1ATGA 2F7BA 1LAHE 3SEWA 2YJPA 2XX9A 4PFUA 4WEPA 4ONYA 1GGGA 2HAVA 3FGSA 4NF8B 3G3FA 2I6EA 4YU0A 4FE8A 5I57A 3DM0A 5AA4A 1T0KA 2H99A 1USYE 2HCAA 5FTHA 4NE4A 4DCXA 5H8SA 2HFBA 3VXCA 4GD5A 3PUYE 4KYSA 1MS7A 1Y3PA 3O66A 3PMVA 2HAUA 4DXUA 5KZTA 2D3IA 5ICQA 1M5EA 3M8UA 3FVKA 5A5XA 2Z22A 3JV9A 1I6AA 3FUZA 3C34A 1NFTA 3T96B 3KGCA 2QMWA 3SEXA 4OENA 2I58A 1H44A 3C35A 2ANJA 1O7TA 3WAFA 3IOTA 2DWHA 2B3BA 1YAEA 4QSEA 3PPOA 3C9HA 2PYYA 3H6TA 3MQ9A 2X7QA 3FJ7A 4AQ4A 2OWTA 4OFOA 1MY3A 3O28A 5ICTA 4GLIA 2WKYA 1LFHA 1XVYA 2OWSA 2OK2A 2F7CA 1WDNA 4ZECA 5H8FA 1VSOA 1EZ9A 4QHQA 1JNFA 3G7WA 3F11A 2ONKE 3MZ1A 1VR5A 3U92A 2NXOA 2E1SA 4QFNA 1HSLA 3O9PA 5BWJA 3ILTB 3VDFA 4FAJA 1II5A 5CC2A 3PPRA 1Y4CA 3MC2A 3S9EA 1FQFA 4XTCQ 3TMGA 5LOMA 5M2VA 2XXUA 1Y3NA 1A40A 5B7DA 1Z7NE 1QUKA 4HCWA 3CI8A 1JEUA 1QULA 2HZLA 2H5YA 3A3UA 5CBSA 5CI5A 2W7YA 1I6QA 4IGRA 3EPEA 2O51A 2Y7PA 2REGA 1KWHA 4IO4A 1POTA 1Y1MA 2PMSA 4NF8A 2O69A 4GFRA 4DXBA 4PETA 1BTJA 1O64A 3KZGA 4H5GA 4YB6A 2XHDA 3GLBA 1Y4TA 4ZE8A 5CMKA 1OVBA 5ISUA 2QJEA 4F18A 4DXCA 1ZIUA 4KYEA 5I56A 2FA7A 2IEEA 3U94A 3DP6A 5I84A 1IXIA 1B52A 3Q27A 3LR1A 1FTKA 2ZYMA 3KN7A 2XXVA 1MPDA 3CR9A 3K00A 4NF5A 3OO9A 1DPPA 1DPEA 1D9YA 2O7IA 3VFJA 3R26A 4DCYA 4F39A 1UQWA 2VD2A 1R9QA 1P99A 4O3BA 3RTFB 1PEBA 3H6WA 3I5OA 3JYRA 1GVCA 5AA2B 3KN3A 3PPQA 1IEJA 4JWOA 4OYVA 1MXXA 3M3LA 3MVYA 1B5IA 4HCYA 1L5TA 4OZ9A 2I4BA 3SEVA 3LSLA 1NKXA 4ECFA 4LATA 1B2HA 2B65A 4H5FA 1JVXA 2UVIA 4FEBA 1B6HA 1EU8A 2QSXA 4LZ5A 3FVOA 1B32A 4ZEIA 1I6BA 3QAXA 1PBPA 1SVXB 5DEXA 3TTKA 2QS4A 1OLAA 3HV1A 1QW0A 3RGYA 4YZZA 4BLAA 4H1XA 3KG2A 1NH8A 5AA1A 3VVFA 5AA2D 3H4ZA 2V25A 4GXAA 4DLDA 1N76A 3B6QA 5CMCA 4EDPA 1DMBA 5I2KA 1H45A 1MRPA 4OTEA 1PBQA 1FTOA 5K2XA 3EHTA 4RK9A 3OD7A 1Q1KA 3S9NC 2RINA 3TQWA 3V8XB 3UGWA 2HEUA 1JW4A 1MQIA 3VV5A 2O7UA 2Z8EA 3B6WA 4YKKA 1P1OA 3SEYA 2OBGA 1LAFE 1PB9A 4GL8A 3QIMA 1QVSA 1B40A 3TAJA 4ZZAA 2H9BA 3FV2A 3M3FA 3IR1A 2O6AA 4O3CA 3PV0E 4YAHX 1MXYA 1IZ1A 4LQ5A 3K6UA 2O1LA 4L17A 3PUZE 4X48A 2H98A 1SI1A 1P1UA 3C32A 1URSA 2DVCA 3TTLA 3OELA 5A5XB 3CFLA 3TZAA 3VLUA 3PD9A 4AB6A 5DVFA 4Z0IA 3VLWA 1SW5A 3IO6A 1UIVA 1B5HA 2I3VA 3UK4A 4MBPA 3IJXB 2Y7WA 3THIA 3QSLA 4KD5A 1TWYA 1P1NA 4OESA 4ZEFA 2DQVA 4QF9A 3RPWA 3U93A 1SW1A 3FATA 1IITA 4QSDA 1ZJLA 2NUVA 1CE2A 4G8HA 1LBCA 4IGTA 3B7DA 1FQCA 1VE4A 3UIFA 4GVOA 3CFZA 1LB9A 4EQBA 2ONRA 2GFEA 5KDTB 3FVNA 2PX1A 3OSRA 3T22A 1A8EA 2NWJA 3K01A 1DTGA 3PMWA 4EF1A 1MPCA 3U1OA 1EZOA 3TDJA 3TELA 4NF4A 1MY2A 3C36A 3IB1A 4RA1A 3W9VA 3K1NA 5DVIA 3BBRA 1MM7A 1AL3A 3QYTA 3T66A 4OFJA 4U22A 3WAEA 1LBBA 3K6WA 2OZZA 1M5DA 2A5SA 3BKIB 3K2DA 3FJMA 1LLSA 1MG1A 2FNCA 4G68B 4EF2A 3FZVA 1SQYA 1Y1ZA 1Y9UA 3LBSA 5ITOA 3FD3A 1MH3A 1FQAA 3S9LC 1BIYA 1PC3A 2Q88A 2XXIA 3B6TA 1EZPA 1B4HA 3USDA 2ABHA 4JBZA 3K4UA 1FTMA 3KOSA 1UTBA 1B3EA 4F3BA 1MQGA 4ELRA 1TXFA 5I56B 3V89B 4GWOA 3OOAA 1LAGE 4YMBA 1MXWA 4Q0CA 4GF8A 3W15C 4NF5B 1HSJA 1USYH 3IAZA 4TLLB 2F36A 2XXWA 1ZTYA 4TLMB 5JEIA 4GIZA 3Q25A 4Q30B 4ZDMA 4JSOA 2FYIA 3VVEA 1US4A 4BDQA 1N3XA 4XKNA 1MY1A 2Q89A 3D4CA 2DYXA 5HBCA 2DE3A 3S2VA 1YCJA 1JQFA 1M5BA 4FATA 1B51A 3CSBA 1SYHA 3R7XA 2F34A 1TFAA 4OHNA 4U2RA 5H8HB 3OXNA 3TEPA 1J1NA 2D21A 5EHSA 2I0BA 3S9MC 4YKPA 5DEXB 4YKJA 2QS1A 5F7VA 4QFLA 2ZYNA 1B3FA 1B7ZA 2YLNA 3TCGA 4BDOA 3A3CA 5KDTA 3N6TA 3U72A 4H6DA 2DS9A 4EQ7A 4QSCA 3DP4A 3OMBA 4KHZE 2QS3A 4H67A 4F1VA 3MZ9A 3D4GA 5I2KB 2Q9TA 2XXHA 5JK4A 4KFQA 5IAIA 5I2NB 2DP8A 5CMMA 3K6VA 4KI0E 3KBRA 3N94A 5DTBA 1NNFA 2A5TB 2F35A 2P2AA 3TFLA 2GHAA 4F3PA 3H6UA 2DWAA 4G68A 4IO6A 3E9XA 3V83A 4AB5A 1OMPA 3TTNA 4IY6A 1IXHA 1A8FA 1B3HA 3A09A 4IB2A 3KFMA 5HM4B 5CRYA 5CM6A 3S4UA 4POWA 4IO2A 3MP1A 4G8MA 4BDNA 2F78A 1XVXA 4OERA 4HTGA 1P1QA 2AL4A 4NWDA 3E3KA 1LCTA 1QKBA 4OWDA 4F19A 4OVJA 1AIVA 1ZBMA 2B3FA 2OCUA 3N26A 3H6VA 2VGQA 4EQ9A 1HSEA 4KYDA 3FJGA 1UIUA 2UXAA 1RKMA 3C4MA 3M3KA 2UVJA 3MVZA 4OFLA 2ALUA 2PVUA 1FQEA 3RT6B 4LUBA 4M1VA 2PT1A 3ECRA 3K0VA 2Y84A 3PUXE 2XXPA 4XKPA 1S7YA 1ANFA 5FTIA 3H06B 4ELQA 3HCQA 2NOOA 4X9TA 5KCJA 1OLCA 4IY5A 4F1UA 1S9TA 2RCAA 4LZ8A 4ZZEA 4K3FA 3FIRA 2XX7A 3MVWA 3IB2A 3ZS6A 5H8HA 5CMBA 3RT8A 3LC8A 1I69A 4NF4B 5DYHA 3KSJA 1NMUA 1B0LA 4YB7A 4OXVA 4FJPA 4LP2B 2XXRA 1FTLA 4NF6B 4KR5A 3IL1B 1H76A 1SDXA 4FORA 2PT2A 4M4GA 3T9XB 5F1QA 4QFKA 1URDA 1FQBA 4C1UA 4H65A 4R9FA 2THIA 4N13A 4R72A 1AH5A 1N0TA 5I2NA 1QUJA 2E0SA 5L9SA 3PUWE 2GRVA 4R6KA 5JTYB 2F7AA 4TOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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