3VVDA

Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGSEFQVRSFEEIKRSGEIRIGTEGAFPPFNYFDERNQLTGFEVDLGNAIAERLGLKPRWIAQSFDTLLIQLNQGRFDFVIASHGITEERARAVDFTNPHYCTGGVIVSRKGGPRTAKDLQGKVVGVQVGTTYMEAAQKIPGIKEVRTYQRDPDALQDLLAGRIDTWITDRFVAKEAIKERKLENTLQVGELVFQERVAMAVAKGNKSLLDALNRALAELMQDGTYARISQKWFGEDVRCKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Amino acid ABC transporter, binding protein
publication title Two ATP-Binding Cassette Transporters Involved in (S)-2-Aminoethyl-Cysteine Uptake in Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Transport protein
total genus 89
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvdA02
2Q89A 2XXYA 2DWJA 1VSOA 5AA1A 4H65A 3R7XA 1GTKA 4X48A 4G68B 2G93A 1RYOA 5CMBA 1LFIA 3UP9A 2F36A 2REJA 3K00A 4Q8RA 3I5OA 2PYYA 3QIMA 3RT6B 1NNTA 4HTGA 3K0VA 2XXQA 4F22A 5F7VA 3USDA 2ONRA 3SKPA 2RCAA 1II5A 4F1UA 4RY1A 4GQOA 1SW2A 1EZPA 4C1UA 1JQFA 1T0KA 3KBRA 1B5JA 1QVSA 4DIGA 4OENA 4XKNA 5H8QB 1DSNA 2GH9A 2Z22A 5JTYA 1OLCA 2CMOA 3KFMA 3TFLA 2O69A 3S2VA 2QS4A 3OENA 2HCAA 4EXLA 4G8MA 1Z7NE 2I0BA 1B7HA 4ESXA 3KG2A 4KCDA 5I56A 3C31A 3V5AA 1MM6A 2O1LA 1BKAA 5H8FA 4O3CA 3FATA 1EU8A 4NE4A 3TELA 1B0HA 1ZU0A 5ICTA 1YAEA 1PB8A 2H5YA 5CC2A 4DXUA 4F3SA 4ZE8A 1B0LA 1SQYA 3LSLA 4BDQA 5M2VA 1M5CA 1MXZA 4KHZE 1DOTA 3RN8A 3KJTA 2I3WA 3IO6A 3T22A 4DCYA 4IGRA 2UYEA 3MVWA 1B5HA 2XXVA 5DT6A 4OHNA 3Q25A 4JSOA 5HBCA 5TP9B 3M3KA 1FQDA 3EHUA 4G8NA 1MG1A 4N6PA 1POY1 3TCFA 1FTLA 3O6HA 2Y7WA 3VLVA 4IO3A 4IO2A 1XS5A 1H45A 2Y84A 1PEBA 3GBBA 5AA2B 2DE3A 3U1OA 5K2XA 1O7TA 3IR1A 5JK4A 3OSRA 3R26A 4RPNA 4NF6A 4YKIA 1WDNA 3A3UA 2Q9TA 4LZ7A 2I58A 3O6GA 3CRBA 1UTBB 4ELPA 2DE4A 5I84A 3FZVA 2QJEA 3QUFA 3CVGA 1MPDA 1SYIA 3VV5A 3HO7A 4KYDA 4OZ9A 2DOJA 4M4GA 2Q2AA 2DQVA 4IO5A 1EZOA 1S9TA 1B40A 3MZ9A 2OCUA 3FUZA 1Z7ME 2HAUA 4HS7A 4PFWA 3U93A 2DVCA 1UIUA 4GRKA 3O2AA 4GXAA 4LZ5A 3N6TA 3MVXA 4OFLA 2R71A 4FAJA 3HPIA 2QSXA 2DWHA 3Q26A 3EPEA 1US4A 3H6WA 1WVJA 2HAVA 4ZZEA 3PPRA 2DYXA 3RGYA 2ZNUA 3VXBA 4ND9A 3IAZA 1QJMA 3CSGA 1M5DA 5CRYA 4G2ZA 2DXRA 3C4MA 4JB7A 2ZNSA 3MQ9A 3TQWA 1P1NA 4GL8A 1TFAA 3MPKA 4X1BA 2I3VA 2O68A 5I2KB 5EYFA 1B3HA 1H43A 4XKQA 1AIVA 5FHMA 1MQHA 4O3AA 4R2FA 4BLAA 4MF3A 1SW4A 2YJPA 3O28A 1NH8A 3SERA 1LCTA 3PD9A 4OEVA 1Y4CA 2H99A 1OQGA 4H1XA 3K6XA 4FECA 4F1VA 3PUXE 5L9OA 3OEMA 2HEUA 4QFPA 2DWIA 5ITPA 4QFLA 3OO7A 4ISUA 1POTA 4RJZA 4PFYA 2V3UA 4R72A 1QUKA 4AB6A 4YU0A 4DXBA 3BFUA 4JWXA 4KQPA 2DXYA 1MDP1 1JW1A 2I4CA 3K02A 1QUIA 3QUJA 5AA2D 3LSXA 2ALUA 2VD2A 3MZ1A 4G68C 1N3WA 5I57A 3E13X 2Q8JA 3C34A 4BDNA 4HW8A 2RKMA 2ZXTA 2NWJA 4H5GA 3MAMA 4EF1A 2CZLA 5TPAB 3ZS6A 4EQ7A 5I2NB 3WAFA 5BUUA 1B05A 1VR5A 1HSJA 3OO6A 3S9MC 4OWDA 4GLIA 1IIWA 1IZ1A 3FV2A 4ZECA 3U8QA 4R2BA 4BDOA 3TUSA 4RPOA 3UK4A 4Q0CA 1MXWA 4GWOA 4DLDA 4R74A 3M3LA 1NMUA 2V84A 3VLUA 2DS9A 3EF7A 5F1QA 5A5XB 3ILUB 4F3GA 3THIA 1H3DA 4U23A 3RQTA 4QFNA 1MXXA 4NWDA 3CR9A 1VE4A 3EHSA 1H76A 3G3FA 1YTVA 1H44A 3CIJA 3B6WA 4LVQA 3A09A 5DVJA 4IO6A 3H3GA 2NUVA 4YICA 4QFKA 3MP8A 5EHSA 2ONSA 1LFHA 4LUBA 3HN0A 2Y7PA 1LGBC 2PT1A 1A99A 4EQ9A 4GOTA 4R6KA 1FCKA 2OLBA 1A55A 4DXCA 3OSQA 1AH5A 5TPAA 2F35A 1LCFA 1R9LA 2XXIA 2XXTA 4NF4A 2XXRA 2IA4A 1B5IA 4HCWA 3RTWB 3PUYE 4HCYA 3EHTA 5JTYB 3G3HA 1QW0A 4OVJA 3K4UA 4BDMA 1FQAA 3JYRA 3KZGA 3FXRA 5KDTB 2B3BA 1OMPA 3VDFA 3N26A 5I56B 4YMAA 1JW4A 3PMVA 5H8FB 1ZBMA 3E3KA 2GHAA 3O9PA 2X7PA 3CI8A 3PPNA 3MPLA 3KGCA 4YAHX 4E0XA 3ILTB 4N13A 1M5FA 5CI5A 3PUWE 3T96B 1I69A 4FORA 1URGA 5DYHA 3G3JA 1LFGA 2VHAA 1EH3A 3A3CA 1SI0A 3T93B 1M5BA 3O66A 3PPPA 3V89B 2PX1A 4IO4A 2ZYOA 5H8SA 4ZEFA 1XHYA 4KD5A 2UVIA 1B4HA 4U1ZA 3D4GA 3T66A 4H6DA 2UXAA 2YPNA 1JETA 2H98A 2NVUB 3EQ1A 2XX7A 1IXIA 5ISUA 1MY1A 4RNSA 1ZTYA 3RT8A 1URSA 3CFLA 3W9WA 4JWOA 3MJNA 5I59A 4ELOA 1TWYA 5H8NA 3O29A 3FVOA 1JVYA 2YLNA 4UA8A 1GV8A 3G3GA 1MQIA 1PDAA 3FXUA 1MH4A 3PMWA 3C32A 1MXYA 3GLBA 4IB2A 5KDTA 4NF6B 4WEDA 4WXJA 2O1MA 2F78A 3C9HA 4F19A 2X26A 3T9XB 2A5SA 2IEEA 4POXA 3PPQA 1ZMGA 2OK2A 3DP6A 4Z0IA 1ZLQA 5AA3A 1P1QA 3TODA 3TMGA 2XXUA 4R6HA 2RC8A 3SEWA 3CFXA 2LAOA 4TLLB 2UVGA 5DVIA 4PE5B 1B52A 3IORA 4GF8A 4JSDA 5I58A 2NXOA 4OFOA 4UACA 1WODA 4JDFA 3O6IA 4WEPA 5L8DA 4ZEBA 4JWYA 1B2HA 4FJPA 3MWBA 1LBCA 1B58A 5DTBA 2KLFA 2OZZA 2F34A 1AOVA 2F7BA 4H5FA 4NEDA 4WKMA 4X9TA 2O6AA 3KEIA 2VD3A 5TU0A 5IAIA 1NNPA 4YB6A 1IXCA 1URDA 3SEUA 3PUVE 4NMYA 4KYSA 4QHQA 4XKPA 3W9VA 1SD3A 3Q29A 3ZKLA 1P1WA 3L6HA 4OYVA 1B4ZA 4X1DA 2W7YA 1P99A 2XXWA 2OBGA 4U2RA 3QXMA 2D21A 3IOTA 3TTRA 3K6VA 4KFQA 5BWJA 1VFDA 3KN7A 3K01A 4GVOA 3S4UA 4KR5A 3N6UA 2ESNA 3T9UA 5HM4B 4ZE9A 3IO4A 3O97A 1FQFA 1MXVA 1YPNA 2R9JA 1JEUA 4OEUA 3K1PA 1I6BA 5DEXB 4E0WA 1A8EA 3SDFA 3KOTA 5ELVA 1OVBA 2AL5A 3SEXA 5AE4A 3N94A 1P1UA 2OWSA 4KI0E 3CG1A 1OLAA 5I57B 3JZJA 4QRZA 2UVJA 5FTHA 3B6QA 1S7YA 2VOZA 3D4CA 3L6GA 4N07A 3TZAA 3PGFA 2P1SA 3UN6A 1M5EA 1QUJA 2F5XA 1SW1A 3V83A 4PFUA 1DTZA 4C1TA 2DE2A 2AL4A 4ESWA 4F1YA 1Y4TA 4M1VA 3PU5A 5AA4A 1GR2A 3Q28A 3DP8A 3MW0A 4H8IA 3K6WA 3C36A 3H7MA 1UTHA 4RK2A 4MLVA 2ZYKA 1R1NA 3EN3A 3TEPA 1XOCA 2QS3A 2NOOA 2I6EA 3LC8A 2R6GE 2QRYA 2XD3A 3TDJA 2Y7IA 3IX1A 2B3FA 4EQBA 1NL5A 3P7IA 1B46A 4R73A 3SETA 1GGGA 4LATA 2H25A 3W15C 5DEXA 4H67A 2F97A 1N7WA 5DVFA 3ZKKA 4XIGQ 3GBAA 1B1HA 4KYEA 3B6TA 2O7IA 3MC2A 4AB5A 4RYAA 2XXPA 1QULA 2VP1A 1MH3A 3FD3A 3VFJA 3QYTA 4R6YA 4EXKA 5KZTA 2V3TA 2QS1A 3KN3A 1JNFA 4NF4B 3FJ7A 4ZZAA 4ZEKA 2Y7RA 1DPPA 1DMBA 2UVHA 1MPBA 1CB6A 3E9XA 3N5LA 4I1DA 3FV1A 1MM7A 3CG3A 1ZKBA 3CFZA 3IJXB 2THIA 4FE8A 2ZYNA 4OERA 3TKDA 2RINA 3GZGA 1QKBA 1B7UA 4OXVA 3DM0A 4ECFA 4XTCQ 4NF5B 1B9JA 4QSEA 3BBRA 3B7DA 3FJGA 3H03A 1N84A 1F9BA 2G29A 1IUDA 1LBBA 5B7DA 3MVYA 1SBPA 2HQ0A 1FW0A 5CBSA 2PVUA 1UQWA 3OEKA 3UIFA 1IEJA 5I59B 3PMXA 4LQ2A 3H6TA 3TQLA 4KCCA 5H8NB 1SYHA 1FTKA 4EUOA 4C0RA 4U4XA 1B3LA 1N0TA 1P1OA 2Z8DA 1FQBA 3K1MA 2PT2A 1MY3A 4PP0A 5CM6A 2V25A 4QFOA 1US5A 2AYSA 3IL1B 3LUYA 3T9VA 3QAXA 1FQEA 3VE1B 5J1DA 1UIVA 3FVKA 4U22A 4OETA 3RY3A 1R6ZA 2HXWA 4XKRA 2F7CA 3TAJA 2F6PA 3DLNA 1KWHA 2P2AA 3LSWA 5IKBA 2PBWA 4R9FA 2HZKA 3TPAA 5JEIA 1Y20A 2QMXA 1CE2A 3LSFB 4QSCA 4NF5A 2HFBA 4IGTA 1NNFA 3DP4A 3OO8A 1SI1A 1AMFA 5I58B 1OIBA 1B7ZA 1Y1ZA 4Z7EA 1XVYA 4IO7A 2RF1A 2QS2A 4LONB 4BDRA 3FIRA 3LBSA 3TCHA 3IOUA 1ZIUA 5L9MA 4DCXA 3S9NC 3MP1A 3VVEA 4LP2B 1HSLA 1D9YA 1PC3A 4NWCA 2O7UA 5H8HA 2ABHA 4F31B 3TCGA 4MH5A 4Q5TA 3MVZA 4JBZA 2Z8EA 4XXUA 2RC7A 3SEYA 4EDPA 2I48A 4ZDMA 4H8JA 3HHGA 1BIYA 2PMSA 3IB2A 5L9SA 3KOSA 3T9HB 2H4IA 2OJTA 1Y9UA 2XXXA 3FVNA 2F7AA 2ONKE 1MXUA 4IY6A 4I9DA 4FEDA 5HPQA 3AXFA 1BTJA 3G3KA 4ZEIA 2GHBA 1MY2A 4F3PA 4OMBA 3C35A 3FASA 1BLFA 4ZEDA 5B70A 1IQ7A 1PBPA 1DPEA 4I62A 3VVDA 4OTEA 4YB5A 2Z23A 4YMBA 1BP5A 1FTMA 3DELB 3JV9A 3K2DA 1DTGA 3FXQA 3PUZE 3IOWA 3VLWA 5FTIA 2V93A 1LAFE 1HSEA 1GVCA 4I8CA 4GXSB 4G68A 5CMMA 2FNCA 3KJ7A 4IY5A 5CMCA 2DVZA 4NTLA 1MQGA 3OMBA 4RXLA 2XXHA 3V8XB 2I4BA 4THIA 1B3EA 2AIXA 3VVFA 2XD2A 4AQ4A 2OWTA 3MZBA 3IB0A 4KPTA 1I6AA 3HHFA 3VXCA 1IXGA 1LSTA 1LB8A 1LAGE 3GXAA 5AA4B 3K6UA 1MQJA 1PBQA 3OOAA 3S9EA 3OXNA 1TFDA 4NF8B 1UTHB 2ZYMA 1JVXA 5H8QA 3S9LC 1FQCA 2Q2CA 1XVXA 1B3GA 2VGQA 3RNNA 3PV0E 2E1SA 1QKAA 3IJOB 1OQHA 1J1NA 2BJJX 4F2OA 4QF9A 1A40A 1PB7A 5FHOA 3RPWA 4LZ8A 1ELJA 3PD8A 3H06B 1A54A 1JEVA 1NNKA 2RC9A 1LAXA 1SW5A 4POWA 3I3VA 1Q35A 1D4NA 3MUQA 1RKMA 4LA9A 1IXHA 1PB9A 2DWAA 2ANJA 2A5TB 1TT1A 1Y3QA 3MBPA 3QK6A 1XT8A 3R6UA 2DP8A 4P0GA 3I6VA 1EZ9A 1MS7A 3F11A 1NH7A 1I6QA 4BDLA 4PFTA 3IB1A 2QMWA 4OFJA 3RUMA 5TP9A 4LQ5A 2FYIA 1IITA 4K3FA 1OVTA 3LR1A 2P0SA 1ANFA 4DDDA 2D5WA 4PQJA 3IOVA 3UA8A 5EHMA 3CSBA 3RTFB 1N7XA 4NF8A 1A8FA 3TTNA 4MFIA 4YZZA 3H4ZA 5AA2A 4GD5A 2E0SA 1L5TA 2ZMBA 4FEBA 3UGWA 2Z8FA 1B3FA 1NFTA 3H6VA 1N3XA 3HV1A 2QPQA 1UTBA 1LB9A 4P0IA 2DSFA 4G77A 4RA1A 3PPOA 2X7QA 3IK6B 3HCQA 4QSDA 1MY0A 4JXIA 1D9VA 2F8DA 1O63A 5K2YA 1VFEA 4ELQA 3TYHA 1AL3A 4ZS9A 2O84X 4YB7A 3MP6A 4H0WA 1Y3PA 3C33A 4GL0A 1B6HA 3HSTA 2A5TA 4FIMA 4YKKA 3KN8A 2ZNTA 1SDXA 4RK9A 3FGSA 4U1OA 5CBRA 4ONYA 4R75A 4YKJA 5ICQA 4YKPA 1YCJA 4MBPA 1O64A 1RYXA 1USYE 2UYFA 4F18A 4OQOA 1LAHE 2I0CA 2FA7A 5CMKA 5I2KA 3QSLA 4DE8A 4F29A 5KCJB 3OD7A 3ONMA 3U94A 3FJMA 3OO9A 3ECRA 4TQUQ 2I49A 3RLFE 1NKXA 4R9GA 3UORA 4DZ1A 4EF2A 3G7WA 1ZJLA 4F2QA 4OESA 3SESA 3U72A 1JW5A 2RCBA 4Q30B 4ELRA 2Y7KA 1TXFA 2F6GA 1FTOA 2H9BA 1D3KA 1N76A 3OELA 1N04A 3M8UA 5FHNA 2Q88A 4F3BA 3Q27A 3TTMA 3KSJA 1B32A 4U21A 4MLQA 3E4RA 1FTJA 1SVXB 4FATA 2D3IA 1LLSA 3BFTA 5H8HB 2O51A 2GFEA 5LOMA 3FVGA 1MY4A 2REGA 4F39A 3ZSFA 3WAEA 4PETA 4TLMB 4TOZA 4O3BA 1USYH 3SEVA 5I2NA 5ITOA 1Y1MA 2GRVA 1R9QA 2V3QA 2QL3A 1B1XA 4U4SA 1MPCA 4G4PA 2M8CA 1Q1KA 1MRPA 3H6UA 2HZLA 3G3IA 3K1NA 3U92A 1B51A 1MQDA 2XX8A 1MDQA 1ATGA 2XHDA 5KCJA 5A5XA 4P11A 3ODBA 3BKIB 4L17A 1XC1A 4GIZA 2B65A 1Y3NA 2XX9A 1A7LA 1S50A 3KSXA 3M3FA 4GFRA 2WKYA 3TTLA 4G8HA 3TTKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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