1B58A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kyk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b58A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b58A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b58A02
4UA8A 5B70A 1JW5A 4N07A 2YLNA 1H43A 1JETA 4OEVA 2V93A 2QJEA 3TTKA 1B40A 4ONYA 4OEUA 4F1UA 1DMBA 3V5AA 4FORA 2OLBA 4O3CA 2UVHA 3EHTA 3K00A 3E4RA 1B9JA 5DYHA 2UXAA 4RYAA 1ZBMA 1URDA 4G68B 2QPQA 5BUUA 3MPKA 2QS1A 3PMVA 1FQBA 2R71A 1FQEA 4DCYA 2F78A 1Y3PA 2GH9A 3PMXA 5CBRA 1RYOA 2F7AA 1IITA 1AMFA 4NWDA 2I0BA 3U8QA 1SW5A 3PUYE 1P99A 2B65A 1SBPA 1SW2A 3KG2A 4U22A 2HEUA 1TWYA 4F39A 3BBRA 3IO6A 2PBWA 1IXIA 1B3HA 1M5DA 3C4MA 1A99A 3DELB 2CMOA 4U4SA 2O1LA 4F1VA 3MVXA 5I2KB 3U93A 1XS5A 1Y3QA 2Y7KA 4OQOA 4H5GA 4KYDA 3PPPA 1UIUA 1M5BA 3MZ1A 3VV5A 2PMSA 1ZU0A 3HHFA 1AH5A 1JW4A 5I2NB 2F6GA 1B5HA 1IEJA 3PGFA 2XX7A 4O3BA 4QF9A 3TPAA 4TOZA 3MP8A 3SEXA 1NNKA 3CFLA 1Q35A 4QSCA 3FJ7A 1RYXA 3TDJA 1VFEA 3O6HA 4KPTA 4OZ9A 2F97A 3FV2A 2WOPA 5H8NB 3IR1A 1ZLQA 2F35A 1URSA 3TCGA 1VR5A 2I0CA 1B7ZA 1H44A 1POY1 3B6QA 5EHMA 2DVZA 4Z7EA 3W9VA 5CI5A 5CMCA 2QL3A 4U23A 2ONSA 3UN6A 1H45A 1USYE 1CE2A 4FEBA 5EHSA 2OZZA 1P1OA 3C33A 2HCAA 3PUVE 5K2YA 4QHQA 3VLVA 1LFIA 1F9BA 3MUQA 4EDPA 4GFRA 4IGTA 3PPOA 4RPOA 3IOUA 4NMYA 3DRJA 2IEEA 2XXPA 2HXWA 3I3VA 3S9EA 2O69A 4YB6A 1M5EA 3ILTB 5I58B 4THIA 1H76A 4K3FA 1MM7A 1B52A 1B51A 3H4ZA 4NF4B 4LZ5A 1R1NA 3O28A 4NF6A 1MY0A 1FQAA 2Q88A 4G77A 3FIRA 3PPRA 1LB8A 3H3GA 1USYH 2GRVA 4F3PA 4U1ZA 4ZEKA 4FJPA 1NH7A 2Q9TA 3CIJA 1EZ9A 2RC9A 1N76A 1P1NA 4Z0IA 3O6PA 3U1OA 4NF5A 1LBCA 2FA7A 1BP5A 4H8IA 3G3IA 4Q0CA 1PEBA 3KZGA 4OESA 2I3VA 2Z8DA 3LSWA 1EZPA 3CHGA 3HV1A 1WDNA 3R7XA 3LSLA 1RKMA 1LAHE 4FIMA 3TODA 3E13X 4PP0A 1T0KA 3SERA 4POWA 4U21A 1B1HA 2H5YA 3MVZA 4OFJA 3QAXA 1N3XA 3DRKA 2X26A 3A3CA 3EN3A 3JZJA 3SESA 4OVJA 1B5IA 4F22A 4LA9A 1FQDA 3KOTA 4Q30B 1LSTA 3O29A 4NEDA 1Y1MA 1UQWA 1B3GA 1J1NA 3VLUA 2QS2A 1I69A 2B3BA 2XD2A 2RC7A 3KFMA 2PT2A 1US4A 3O6IA 4BDRA 2O1MA 5KCJA 2OWTA 4EF2A 1POTA 4LQ2A 2HZLA 2DYXA 3OMBA 5CMBA 5I56A 4IO2A 4LQ5A 3K4UA 4HTGA 3RYBA 2XD3A 4GOTA 1UTHA 2AL4A 2V25A 3S9LC 1N84A 4PQJA 4ISUA 4R9GA 2DOJA 4ZE9A 4IO3A 5DEXB 3FJMA 2ESNA 4DXBA 3Q27A 1NMUA 5DTBA 4TLMB 2REJA 4DZ1A 5IAIA 2D3IA 3UORA 1Y20A 3VFJA 4KYEA 4ELOA 1B1XA 4KR5A 4YAHX 5CM6A 1XHYA 4YKJA 3N26A 5HBCA 3OSQA 2F36A 2RINA 2DWHA 1I6AA 3Q28A 3T9HB 1S50A 5HPQA 1LB9A 4ESWA 2DQVA 4HCWA 3H06B 3K6UA 4EXLA 5A5XB 3H03A 1OVTA 2F6PA 1GGGA 3PD8A 1VSOA 2H99A 4QFOA 2Q89A 2OBGA 4C1TA 1MQHA 3BFUA 2PVUA 4FATA 1ATGA 1GVCA 1MY3A 4MBPA 2DE4A 2XX9A 2P0SA 1OQGA 4LZ7A 1O63A 5L9SA 3TAJA 1MRPA 3CI8A 4C1UA 4PFYA 2O6AA 1P1QA 3ILUB 5J1DA 4IO6A 3DM0A 3TUSA 4U1OA 1YAEA 4G8NA 3M3FA 3G3JA 4R6YA 3FXQA 1MXXA 1N7XA 3TELA 4DLDA 5ITPA 4NF8A 1BKAA 3FGSA 5AA2B 4R6KA 5CBSA 2ZYKA 4IO5A 3MC2A 4JWYA 4LVQA 3RLFE 2ZNUA 4IO4A 2Y7RA 4YB7A 1JEUA 1XVYA 3FZVA 3T9VA 1FTLA 4I8CA 1CB6A 1VFDA 2QMXA 2ONRA 2ZXTA 4BDLA 4LATA 1A40A 3O2AA 3T96B 3LC8A 3W9WA 3CR9A 5DVIA 1DSNA 4YICA 2AYSA 1UIVA 3IX1A 3KEIA 5AA2D 2F34A 1MH4A 4DDDA 3IOTA 1UTBA 1Y4CA 4R2BA 3RUMA 1MM6A 3DRIA 4IGRA 3QK6A 5I59B 4EQ7A 2DXYA 2PX1A 4AQ4A 5I57A 5H8HB 3TQWA 3PPNA 4IO7A 3TTLA 3IB0A 3ZS6A 2X7PA 5F7VA 3DRHA 4YMBA 3TCHA 3IJOB 1NNPA 3LVUA 1GR2A 4OTEA 3VVFA 5HM4B 3OO9A 2XXUA 1PC3A 4M4GA 1BTJA 2YPNA 5CC2A 1TFDA 4RA1A 1B3EA 2ZYOA 3I5OA 3PUZE 5JTYB 1NH8A 1NFTA 3IK6B 2ZYMA 5I84A 4L17A 4WEPA 1LGBC 4YKPA 2VD2A 4KCCA 3RN8A 1QVSA 3PD9A 3LUYA 4OMBA 1MS7A 3ECRA 4DXCA 4GXSB 5KDTA 3QSLA 4I1DA 1QKAA 5ICTA 3SDFA 1D3KA 2NWJA 3ZSFA 1GV8A 3TFLA 3A09A 2Y7IA 4H6DA 2OWSA 4X48A 4ELPA 4ZDMA 2NVUB 2O7UA 3GBAA 4NF5B 4YU0A 3IB1A 1D4NA 4DCXA 2GHBA 5ITOA 3MVWA 3DP4A 2F7CA 1NNFA 4LP2B 3MJNA 5TP9B 5EYFA 2QMWA 5TPAB 1P1WA 5H8FA 3S2VA 3FXRA 1MDP1 5FHOA 5LOMA 3BFTA 3IO4A 3LBSA 5M2VA 3WAFA 3OOAA 2H9BA 4IB2A 4H1XA 3KSXA 1XVXA 2VGQA 4QSDA 2X7QA 4QFLA 1HSLA 1FTOA 3MAMA 1JW1A 2V3QA 1SI0A 2ZNTA 1PDAA 1BIYA 1A55A 4GLIA 3EPEA 3VDFA 2V3TA 4MLVA 3GXAA 1MXYA 1N7WA 5DVJA 1FQCA 1BLFA 1ZKBA 4KI0E 3KN8A 3RPWA 3K1NA 2HZKA 3QUFA 4OERA 2XXQA 4MH5A 4ZECA 3N5LA 4Q8RA 4G2ZA 4G68A 1B46A 3U92A 1IXCA 2XXVA 4R2FA 4LONB 2O84X 4LUBA 3K1MA 5CMMA 3TCFA 3N6TA 2O7IA 3O97A 3OSRA 4BLAA 1LFHA 4O3AA 3ZKLA 1QW0A 4MLQA 1PB8A 2D21A 4GL0A 3M8UA 3RY3A 1VE4A 2R9JA 3QIMA 3C35A 1Z7ME 3UGWA 5I2KA 5CMKA 4OETA 2A5SA 1MQDA 3FASA 3T9UA 4JB7A 2DP8A 3OD7A 5AA4B 2XXYA 4EF1A 3CSGA 1MXUA 4KCDA 2RF1A 1QUJA 2VHAA 2UYFA 3FATA 3FTOA 3G3HA 2RCAA 4F31B 1IXGA 1LFGA 2IA4A 5H8SA 2XXWA 2DWAA 2D5WA 1MY4A 2I3WA 5H8NA 3VXCA 2UVJA 1R9LA 3OEKA 4BDNA 2WOKA 3I6VA 4RPNA 1MY1A 1TFAA 2REGA 4OHNA 3TQLA 4Q5TA 4WKMA 3OXNA 3UIFA 4R75A 3MZ9A 2QS3A 2DVCA 2OJTA 2AL5A 3CG3A 2RKMA 5B7DA 3FVKA 1JVXA 3MW0A 4X1DA 3ODBA 3DP6A 2PT1A 2KLFA 1ZIUA 3FVGA 3U94A 4ELQA 3T66A 4G68C 1SI1A 1L5TA 4MF3A 5F1QA 2B4MA 2E1SA 1S7YA 2DS9A 3IAZA 3L6GA 3VE1B 4N6PA 5FHMA 5I58A 2ZMBA 2I4BA 4H65A 5H8QA 4GRKA 1US5A 2THIA 5AA1A 4JSDA 3L6HA 3K01A 4WXJA 2HFBA 1LAXA 1B6HA 1MG1A 3WAEA 1H3DA 4EUOA 3JYRA 2F8DA 4X9TA 3RNNA 4C0RA 5ICQA 3DRFA 4U4XA 3S9MC 1UTBB 1XC1A 4ZZAA 4NWCA 1URGA 1A8EA 1NNTA 2I49A 4GVOA 3DP8A 4IY6A 1YTVA 2UYEA 3OO8A 1QUKA 4TQUQ 5AE4A 5JEIA 1Y1ZA 1P1UA 2WKYA 3SETA 3R6UA 4ELRA 2Z23A 1B05A 5IKBA 4ZEBA 1I6QA 3OELA 3P7IA 3UA8A 2H4IA 2I58A 1QJMA 1MH3A 4X1BA 4KFQA 1B0LA 1II5A 4RK2A 3R26A 1MXZA 5DVFA 2Y7WA 1N04A 1MY2A 5FHNA 1MQGA 4KHZE 3C34A 4BDQA 1JVYA 1LBBA 1EU8A 3EQ1A 3D4CA 2XXRA 4E0WA 1A7LA 3E3KA 1A8FA 1OLAA 2NUVA 1HSEA 2ALUA 2Z22A 1SDXA 1OLCA 3DLNA 4XXUA 2DXRA 1NL5A 1JEVA 1YCJA 3O9PA 2DWIA 2RC8A 1XT8A 1M5FA 4F3SA 4HW8A 1R9QA 1SW4A 1B7HA 3EF7A 4JBZA 4YMAA 4F3GA 2A5TA 1EH3A 2UVGA 3PU5A 4YB5A 1ZTYA 1LAFE 4EXKA 3JV9A 1GTKA 1OMPA 4AB5A 3KJTA 3H7MA 4RXLA 2Z8FA 4R74A 2W7YA 1ELJA 3B7DA 4U2RA 3SEVA 2E0SA 2ONKE 2UVIA 4OFOA 3KJ7A 3CG1A 3KOSA 4G4PA 4YZZA 1PBPA 2V3UA 2I48A 4QSEA 4KQPA 5DT6A 1DTZA 5A5XA 2Q8JA 4PFTA 3PAMA 3VLWA 1MXWA 3K6WA 1Y3NA 4WEDA 3QYTA 4R72A 2GFEA 3CVGA 4F3BA 3FVNA 4QFKA 1SYHA 3TTNA 2G93A 3SEYA 5AA3A 4JXIA 4XKNA 4OWDA 4F2OA 3B6WA 4QFNA 3PV0E 4NTLA 1DOTA 1XOCA 3PUXE 2QS4A 4EQ9A 2VD3A 4YKKA 4QFPA 3V8XB 1IXHA 3IJXB 1MQJA 4NF6B 1WVJA 4DE8A 3MQ9A 5JK4A 3N6UA 4FEDA 4E0XA 4HCYA 1O7TA 2FNCA 3KGCA 2RCBA 1D9VA 2CZLA 3TZAA 1SYIA 3MP6A 4QRZA 4H0WA 1KWHA 4GD5A 3USDA 2NXOA 2DSFA 1LLSA 1B32A 4ZEFA 4TLLB 1SVXB 3RT6B 1YPNA 4ECFA 1A54A 1B3FA 3K02A 5AA2A 2HAVA 1B4HA 1FQFA 2LAOA 1B4ZA 2I6EA 4JWOA 2ABHA 3GZGA 1O64A 1FTMA 4F19A 2XXTA 4G8MA 1JNFA 3T93B 5K2XA 3EHSA 4JWXA 4R9FA 1OQHA 4GQOA 5TU0A 5ELVA 3G3KA 4I9DA 4FAJA 2Z8EA 4BDOA 3SEUA 1MXVA 4GWOA 3C32A 4GXAA 3TEPA 2DWJA 5I59A 4ZS9A 2P1SA 2Y7PA 5FTHA 5H8HA 3TTMA 3V89B 5KZTA 5L9OA 1QULA 4JSOA 5KCJB 1JQFA 2XXHA 3PPQA 1ZJLA 1IQ7A 4XIGQ 5I56B 3OEMA 1Y4TA 4UACA 1N0TA 3MPLA 3TMGA 4XTCQ 1UTHB 3DRGA 1PB9A 4IY5A 2DE3A 1AIVA 4JDFA 1FTKA 5JTYA 3FXUA 3THIA 3C31A 3QUJA 1OIBA 1WODA 1FCKA 4ZZEA 3ZKKA 1D9YA 2Q2CA 4KYSA 1B2HA 1PBQA 4ZEDA 3TTRA 3E9XA 2F7BA 3O66A 4P11A 1B7UA 3W15C 1OVBA 5H8QB 4PFWA 3ONMA 4AB6A 2FYIA 1DPEA 3TYHA 2R6GE 4OYVA 2WOLA 4G8HA 3K1PA 1B58A 4ESXA 4H5FA 1S9TA 3OENA 4R73A 5L8DA 1AL3A 3H6TA 4DIGA 3AXFA 3RYAA 3MWBA 2O51A 4KD5A 3C36A 1B5JA 4P0GA 4PETA 2F5XA 2O68A 5I2NA 4OFLA 3HSTA 4PFUA 1TT1A 4M1VA 3MP1A 2Y84A 5TP9A 5TPAA 4H67A 3CFXA 1MPCA 3K0VA 1IUDA 3T9XB 3TKDA 4HS7A 4BDMA 1LCFA 2B4LA 4R6HA 3N94A 2BJJX 2GHAA 1B3LA 1Z7NE 4RY1A 4F2QA 1MQIA 2XX8A 2P2AA 3K6XA 2OCUA 3T22A 2HAUA 3HN0A 3IOVA 4XKRA 4YKIA 3H6VA 1R6ZA 3HPIA 2XXIA 3C9HA 2M8CA 3MZBA 4F29A 2HQ0A 3EHUA 3UP9A 4LZ8A 3CFZA 3CRBA 4ZEIA 3V83A 1LAGE 3M3LA 3SEWA 4FE8A 3S9NC 2QSXA 5ISUA 3O6GA 4NF8B 3FJGA 2Q2AA 1FW0A 4GL8A 1Q1KA 2VP1A 1DPPA 3G7WA 1FTJA 3PMWA 3B6TA 2QRYA 1NKXA 3G3FA 3UK4A 3M3KA 1M5CA 2A5TB 1AOVA 3Q25A 3VVEA 4NF4A 3RTWB 1N3WA 2ZYNA 4GIZA 2ANJA 1MPBA 3RT8A 3KBRA 3SKPA 2H98A 1MPDA 3Q26A 3PUWE 2H25A 4H8JA 4PE5B 3CSBA 3OO7A 1I6BA 2I4CA 1IZ1A 3Q29A 4F1YA 3KN7A 1MDQA 5I57B 1IIWA 4ND9A 1PB7A 3RQTA 3QXMA 2XXXA 3RGYA 3IB2A 5CRYA 2V84A 4P0IA 3RTFB 3A3UA 3K6VA 3LSFB 1B0HA 3LR1A 3VXBA 3BKIB 5AA4A 2AIXA 3IORA 3H6UA 1QKBA 3IOWA 3KSJA 4XKQA 3FD3A 3U72A 5L9MA 2VOZA 4OENA 1Y9UA 1SW1A 3MBPA 2OK2A 4XKPA 2DE2A 3VVDA 5KDTB 1QUIA 2YJPA 3HHGA 1EZOA 4EQBA 3MVYA 1DTGA 3LSXA 4RK9A 3FUZA 1ZMGA 3F11A 3FV1A 2XHDA 3G3GA 3GBBA 3S4UA 4RJZA 4RNSA 1HSJA 1ANFA 5FTIA 2ZNSA 4ZE8A 4NE4A 3H6WA 2NOOA 2G29A 3KN3A 4F18A 5BWJA 1TXFA 4OXVA 3HO7A 4MFIA 1SQYA 5DEXA 1SD3A 3D4GA 3OO6A 3HCQA 4I62A 5H8FB 3K2DA 4N13A 2PYYA 4POXA 3IL1B 3FVOA 3GLBA 4GF8A 4DXUA 4FECA 1LCTA 2B3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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