1UTBA

Dntr from burkholderia sp. strain dnt
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription regulation
source organism Burkholderia sp.
publication title Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 60
structure length 214
sequence length 214
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbA02
3OMBA 4F2OA 3FZVA 2ABHA 1EZ9A 1MXZA 3H6UA 3TQLA 2ESNA 4DIGA 1YPNA 3RQTA 2F7BA 3B7DA 5AA3A 4JB7A 3C31A 2NVUB 3JZJA 3O6IA 2VHAA 1A40A 5TP9B 1LFHA 3A09A 1PB8A 2VGQA 2DXYA 4XKRA 4U4SA 2OCUA 1Y20A 1GTKA 2Z8FA 1BP5A 2F6PA 4U23A 3SDFA 3FATA 4NMYA 3JV9A 2XXUA 4BDMA 1UTBB 4KQPA 3Q26A 4QFLA 2THIA 1B1XA 4U1OA 1B2HA 2B3BA 1Z7NE 4QFOA 3ECRA 3H06B 2QS3A 2XX8A 3FVOA 3GZGA 1D4NA 2AL4A 2UVHA 3K6XA 3RLFE 1TFDA 1MDP1 2H25A 1B58A 3E9XA 1ZMGA 2RKMA 3UK4A 1SW1A 2PMSA 4GF8A 3T9UA 5L9MA 2UVJA 5CRYA 1A55A 2F78A 2PVUA 3HPIA 4Q0CA 4JDFA 2DE4A 2O1MA 4MLVA 1JW5A 3TCHA 3CFLA 3RPWA 3LR1A 3IB1A 1L5TA 5AE4A 4POXA 4ZECA 5CC2A 4OQOA 3G7WA 1EZPA 1OVBA 4PFUA 3PMXA 3TDJA 3D4GA 4PFYA 1LBBA 3C33A 4OWDA 3ODBA 1QJMA 3UP9A 3QSLA 3VDFA 1EH3A 2D21A 4OYVA 3PU5A 5I57A 1DPEA 3SKPA 2QPQA 3SESA 3SETA 3V83A 1M5DA 1URGA 4R9FA 4C1TA 2Y7WA 5AA2A 4MBPA 3TPAA 2I0CA 1DPPA 4ONYA 5TPAA 3OO9A 4QFNA 1B0LA 1LLSA 3MC2A 3FUZA 3U92A 3O2AA 2RINA 3O66A 3V89B 1MDQA 4F3SA 1O7TA 4PFTA 5DEXB 1US4A 1LAHE 3G3GA 5CMKA 4IO4A 2I4CA 3PD8A 3FVKA 4XIGQ 2OBGA 3FV1A 4I8CA 1MG1A 1YAEA 4FATA 4G68C 4GXAA 4LP2B 3EQ1A 3PUXE 1ZKBA 2D5WA 4Z0IA 2ONKE 1HSLA 3PUVE 2X7PA 4NTLA 1LB8A 1XC1A 2DWAA 3VVDA 4UA8A 5H8FA 3MZ9A 1S9TA 2ALUA 1LCFA 1MM6A 1Z7ME 3FXRA 4OMBA 3VE1B 3V8XB 3OENA 2Z8EA 1H43A 1Y1MA 4GVOA 4G8HA 2V25A 1PC3A 1A7LA 1Q35A 3OXNA 1MPCA 1M5EA 1ZIUA 2O68A 2I49A 4EDPA 4XKNA 3E3KA 1SVXB 4KI0E 2UVGA 3FVGA 1LSTA 4R75A 3QK6A 4XXUA 4OHNA 4H8JA 1OLAA 2ZYOA 1JVXA 4BDOA 4H67A 3TTNA 1AMFA 1BKAA 4NF4A 1B46A 5DYHA 3EPEA 5KCJB 3IOUA 3I5OA 1NL5A 1IUDA 4RNSA 3KOSA 5H8NB 1P1OA 3B6QA 3FASA 3P7IA 3H6VA 1BTJA 5I59B 4HW8A 1JNFA 3W15C 2ONRA 1PB9A 1SI1A 3LSFB 2QMXA 3CG1A 2HZLA 4NWCA 5AA1A 4C0RA 2XXVA 3ONMA 3K1PA 4YAHX 2A5TA 4G8NA 3B6TA 2XXIA 2LAOA 3RN8A 3T22A 5JTYA 5FHMA 5ICQA 3H4ZA 3I3VA 4QFKA 2XXTA 4U21A 2X7QA 3TEPA 3FJGA 1M5FA 3KFMA 1P99A 4FEDA 1MQDA 1B7HA 2QMWA 5I2KB 4Q5TA 4JSOA 1FCKA 1SW4A 2F97A 4FORA 1SD3A 3IJXB 1POY1 1XVYA 1JVYA 2X26A 3L6HA 2CZLA 3HCQA 2DYXA 4G2ZA 3EHTA 1UIVA 3KZGA 4N07A 2V3QA 1IXGA 1PBQA 1R9QA 2O69A 4O3AA 1VE4A 2REJA 2QS1A 5K2YA 3BBRA 1B32A 1M5BA 4YU0A 4R6HA 4NE4A 1YCJA 5F7VA 3MJNA 4H5GA 1B3LA 3VLUA 1QULA 3DM0A 4G68A 1TFAA 4OESA 1MH4A 2F7AA 3O6GA 5A5XA 3VFJA 2UVIA 3N5LA 3C36A 1XHYA 1MQGA 3PD9A 5CMBA 5CM6A 1SYIA 4IO6A 1SDXA 3RY3A 3MP8A 3N94A 1B3FA 4GL8A 1GR2A 4TOZA 2YPNA 1O63A 1II5A 1MXUA 1B1HA 1P1QA 5CBRA 2Z23A 3R6UA 4BLAA 2GRVA 1QUKA 1JQFA 1UTHB 1CB6A 4H1XA 3KN8A 1FQFA 4R9GA 2YLNA 2RC8A 5DT6A 3U1OA 3K01A 5CI5A 2DQVA 2G93A 1N7WA 3PPNA 3U94A 4DCXA 1UIUA 4K3FA 1PEBA 5BUUA 5HPQA 1MY0A 4R72A 1LFGA 4H0WA 1PB7A 4JXIA 3KBRA 1RKMA 4F1UA 4RA1A 3CRBA 1F9BA 2DWIA 5H8QA 3O9PA 2H5YA 4NEDA 3G3HA 2ZNSA 2DVZA 3KJ7A 1VFEA 2I6EA 2D3IA 4YKPA 4XKPA 3TELA 1R1NA 4KYDA 4KYEA 3ILUB 5I56B 4H6DA 1JEUA 4RPNA 4H65A 3UIFA 1MM7A 4NWDA 3K1NA 5JK4A 1KWHA 3H7MA 4FECA 3HHFA 1Y9UA 2B3FA 1QKAA 3C32A 3U93A 2RCBA 1LFIA 2PT2A 3OD7A 1USYE 4UACA 2VD3A 1URSA 2ZXTA 2KLFA 3O97A 4ISUA 1H3DA 4OFLA 2Y7PA 3IAZA 1OIBA 4WEPA 1WDNA 1IXIA 4LA9A 4IO7A 4YB5A 1MY1A 5KDTB 4DXCA 3CR9A 1DMBA 1US5A 4X1BA 1S7YA 2DE2A 3TAJA 4NF8B 2PT1A 4GIZA 3UORA 2V3TA 3G3IA 5L9OA 1N84A 2P0SA 2DE3A 3QYTA 3MBPA 4EUOA 5ICTA 4KCCA 3DP4A 2ZMBA 3VVEA 1ZU0A 2ZNTA 4ZZEA 5AA4A 2HAUA 1FTKA 1DOTA 3CI8A 1IEJA 4XKQA 3RT8A 3C4MA 3Q29A 2R6GE 4XTCQ 3LSLA 2XXYA 2FA7A 4YKIA 4PP0A 2DP8A 1Y3PA 4ND9A 1D3KA 1NNPA 1FTOA 3MWBA 2WKYA 2ZYNA 5F1QA 3S9EA 2Q2AA 4RXLA 1B5HA 1NMUA 1TT1A 4Q30B 4KR5A 5TU0A 2Z22A 1JEVA 5LOMA 4U22A 1NFTA 3V5AA 4EXLA 4P11A 5H8HA 3MVZA 2PYYA 4ELPA 1FQDA 3USDA 3T9XB 3HHGA 5BWJA 3K00A 2XXPA 3OSQA 4NF5B 5I58A 3W9VA 3S9MC 2HCAA 4AB5A 3MPLA 3T66A 1GGGA 1MY2A 2UYFA 1MY4A 1ATGA 3L6GA 1ZJLA 2OJTA 3FIRA 3E13X 4ESXA 4YKJA 2PBWA 3TTKA 5JEIA 4DXBA 1ELJA 2H98A 3MVYA 4YB6A 1OLCA 2Q9TA 1LB9A 3K1MA 5FTHA 2XXWA 1LCTA 3HSTA 2RC9A 2XXRA 3DLNA 4QHQA 3TCGA 1N76A 4F29A 4ZEBA 4ELOA 4N13A 3QUFA 2REGA 3G3KA 3RUMA 1D9VA 3S4UA 1XT8A 1XVXA 3IB0A 1SW2A 3G3JA 5K2XA 4POWA 1MQHA 3DP8A 4G4PA 1FQBA 2NXOA 4R2BA 2ANJA 2F35A 4DDDA 1MQIA 4JWYA 4IGTA 2VP1A 4U2RA 4OZ9A 1LAXA 3BFTA 4F1YA 1EZOA 5FHNA 3C34A 4ZZAA 4NF6A 1SW5A 3U8QA 4TLMB 1USYH 2OK2A 3ILTB 4HTGA 3IL1B 4QSEA 3PPPA 1MY3A 3MQ9A 1QW0A 4TQUQ 3KGCA 2XD3A 5HM4B 4O3CA 4R6KA 1P1UA 3T9HB 2Y7IA 4MLQA 4GLIA 2R9JA 1GVCA 4BDLA 5KZTA 2R71A 1RYOA 4LZ5A 3N26A 5HBCA 4F3PA 4JBZA 4ELRA 3VLWA 5TP9A 3VVFA 1A8EA 2F8DA 4EF1A 4U4XA 2FYIA 2G29A 5ELVA 3PPOA 4H8IA 1AH5A 3KN7A 1I6BA 3FXQA 1Y4TA 4YKKA 3KSXA 4ECFA 5ITPA 3K6WA 1UTBA 1O64A 1QVSA 4M4GA 1B0HA 4ELQA 4FEBA 1B9JA 2OLBA 3PMWA 4JWOA 3T96B 1XS5A 1B40A 3UN6A 5EHMA 3OO6A 3O6HA 3ZKLA 1N0TA 1NNFA 3SERA 4NF8A 3TFLA 1QKBA 2I0BA 4GXSB 3TKDA 1ZBMA 2UYEA 5DVIA 4RY1A 4F3GA 3HV1A 1FW0A 2V93A 4IY5A 2VD2A 3WAFA 2O84X 1DTZA 3T93B 4OEUA 1JETA 2Q89A 3R26A 1R6ZA 4LZ7A 4RPOA 3OSRA 5DTBA 1Y1ZA 2DWJA 2M8CA 3S9LC 4EQBA 2RC7A 1SBPA 4KHZE 3PUZE 2PX1A 3RTWB 3PPRA 1B3HA 3KOTA 2DOJA 3CIJA 4I9DA 1MH3A 3VV5A 2XD2A 1B6HA 2W7YA 5DVFA 2RF1A 1URDA 1DTGA 3SEXA 3UA8A 4OFOA 2H99A 4F1VA 4PETA 4P0IA 2F6GA 1I6AA 4N6PA 4BDRA 3K0VA 3KEIA 3THIA 3MPKA 1T0KA 1B7UA 2H4IA 2QS2A 2I58A 4BDNA 2UXAA 4RJZA 5ISUA 3GXAA 2NWJA 3TQWA 4RYAA 3Q27A 4G8MA 5DEXA 1IIWA 3PMVA 1FQEA 1P1WA 4MF3A 4RK9A 1NKXA 3FJ7A 3I6VA 3IR1A 2VOZA 2I4BA 1H45A 4THIA 1PBPA 1B4HA 3MVXA 2ZYKA 3K02A 1B5JA 1OVTA 5ITOA 4FIMA 1JW1A 4F2QA 5CMCA 3MVWA 5CBSA 4IO5A 2GHAA 5I2NB 3AXFA 4F39A 4QFPA 3MP6A 2Z8DA 5CMMA 4X48A 4QSCA 3BFUA 4G77A 4IGRA 4DE8A 1IXHA 2AYSA 4NF4B 3ZKKA 3IB2A 2Y7KA 3N6TA 4WXJA 3QAXA 2CMOA 1B51A 5FHOA 4C1UA 4YICA 4U1ZA 5DVJA 5H8SA 4R73A 2O6AA 1N3WA 4R2FA 1VR5A 3M3LA 5J1DA 1LBCA 1Y3NA 4DXUA 3FXUA 3R7XA 1OMPA 5L8DA 4ZE9A 3MUQA 4YB7A 4PE5B 2XXXA 1IITA 2RCAA 4FE8A 4OVJA 4ZE8A 2O51A 2F36A 1MPBA 4OFJA 3FGSA 3S9NC 5EYFA 4I1DA 1N04A 2A5TB 3SEYA 4Z7EA 3LSXA 1BIYA 5KCJA 3IX1A 5JTYB 5I84A 4YMBA 2Y84A 4TLLB 2DXRA 3IO4A 4KCDA 4KPTA 3MW0A 5H8NA 4QRZA 3S2VA 3C9HA 1PDAA 3PUYE 3QXMA 3MZBA 4OTEA 3OEMA 5I59A 3QUJA 3HO7A 3MZ1A 4YZZA 1J1NA 2ZNUA 1XOCA 4L17A 3EF7A 3SEWA 1WVJA 3VLVA 4JWXA 3E4RA 1M5CA 4HCWA 4R74A 4OENA 5EHSA 2GH9A 4OERA 1R9LA 2OWSA 4X1DA 1ANFA 1Y4CA 1IQ7A 2P2AA 2HXWA 2P1SA 3RTFB 2I3WA 3ZS6A 1D9YA 3RNNA 1B5IA 2DWHA 4M1VA 1A54A 4G68B 3OEKA 4LZ8A 4OXVA 5A5XB 5I2KA 2E1SA 3CSBA 2QRYA 4ZEIA 3UGWA 2I48A 1OQGA 4GL0A 1A99A 1HSEA 1IXCA 1IZ1A 1MRPA 3TYHA 3RGYA 3IK6B 4H5FA 4AB6A 1FTMA 4IO3A 4FJPA 2I3VA 3FVNA 3EHSA 4LQ5A 1VFDA 1SQYA 4RK2A 3A3CA 2QL3A 2XHDA 3M3FA 4GFRA 4EXKA 1MXXA 3EHUA 3M3KA 3GBAA 2XXQA 3Q28A 1NNTA 4QF9A 4F31B 2F7CA 3TUSA 4DCYA 3H03A 1SYHA 1LAFE 1H44A 2HQ0A 4EF2A 3LBSA 1SI0A 3VXBA 1Q1KA 5AA2D 3IOTA 3MAMA 1I69A 5H8QB 2HFBA 3T9VA 5FTIA 1JW4A 1LGBC 2NUVA 3FV2A 1UTHA 3EN3A 4ZEKA 2QS4A 4IO2A 4HS7A 3RT6B 2OWTA 5M2VA 3M8UA 3O29A 3QIMA 1FQAA 4WKMA 1NH7A 4LVQA 4PFWA 1MQJA 1N3XA 4O3BA 1B4ZA 3LSWA 1HSJA 2NOOA 2XX7A 4LATA 3K2DA 1N7XA 1B3EA 4ESWA 1MXWA 2E0SA 2BJJX 3DP6A 4LQ2A 1TXFA 1EU8A 3A3UA 3KN3A 5I2NA 3LUYA 1CE2A 3IORA 3U72A 4JSDA 3GBBA 3C35A 2DVCA 1H76A 3ZSFA 1S50A 3CFZA 1B7ZA 4EQ9A 2ONSA 1MS7A 5I56A 2HZKA 3SEVA 4Q8RA 4KYSA 3KJTA 2YJPA 3DELB 4QSDA 1BLFA 4KFQA 2DS9A 3SEUA 2IA4A 4X9TA 5IKBA 1AOVA 3PPQA 3FJMA 3OO7A 2HAVA 4GQOA 5AA4B 2H9BA 4BDQA 4OEVA 1AIVA 2A5SA 1ZLQA 1YTVA 4AQ4A 1P1NA 3KG2A 3GLBA 3TTRA 1FQCA 1POTA 2Q2CA 3H6WA 1MPDA 2AIXA 4GOTA 3CSGA 3CG3A 1FTJA 5KDTA 1A8FA 3IO6A 5I57B 1MXVA 1GV8A 4GD5A 3TTMA 1DSNA 3FD3A 2Y7RA 3TZAA 3IOWA 3PV0E 3HN0A 2AL5A 3B6WA 3TTLA 4EQ7A 5AA2B 3H6TA 4MFIA 3CVGA 5H8HB 4LONB 3OO8A 3K4UA 4F22A 5TPAB 3O28A 1QUJA 2O1LA 4MH5A 1WODA 1Y3QA 1UQWA 2QSXA 1QUIA 3H3GA 4HCYA 4DZ1A 3CFXA 1VSOA 1AL3A 2XXHA 3LC8A 4I62A 5I58B 1NH8A 4YMAA 1B52A 3JYRA 1B05A 3K6VA 3PGFA 1OQHA 3D4CA 3TMGA 2QJEA 1TWYA 5B70A 3K6UA 2HEUA 2Q88A 3VXCA 2V84A 3WAEA 4GWOA 4IY6A 3Q25A 2DSFA 2F5XA 2IEEA 5IAIA 2O7UA 3N6UA 3TCFA 3OELA 2Q8JA 4F18A 3F11A 4OETA 4ZEDA 4GRKA 2GFEA 4P0GA 4R6YA 5H8FB 4WEDA 2O7IA 4NF5A 1NNKA 5B7DA 1B3GA 2GHBA 3W9WA 3IJOB 4F3BA 1RYXA 2FNCA 4PQJA 5L9SA 2F34A 3KSJA 2ZYMA 1ZTYA 1I6QA 3G3FA 4ZDMA 4DLDA 4E0XA 3IOVA 2V3UA 4F19A 4FAJA 2B65A 4IB2A 4E0WA 4ZEFA 3TODA 4KD5A 3MP1A 1FTLA 2OZZA 4NF6B 3BKIB 4ZS9A 1MXYA 3PUWE 2XX9A 1LAGE 3OOAA 4LUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OMBA 1Q9DA 4F2OA 3FZVA 2ABHA 1EZ9A 1MXZA 3H6UA 3TQLA 2ESNA 2B4LA 4P47A 4DIGA 1YPNA 4NN3A 3RQTA 5EYGA 1YYZA 2F7BA 3B7DA 5AA3A 4JB7A 3C31A 4N17A 2NVUB 3JZJA 3O6IA 2L5VA 2VHAA 1A40A 5TP9B 1LFHA 3A09A 3D1RA 1PB8A 2VGQA 2DXYA 4XKRA 3A29A 4U4SA 2OCUA 1Y20A 1GTKA 2Z8FA 1BP5A 2F6PA 4GWZA 4U23A 4I3EA 3SDFA 3FATA 4NMYA 3JV9A 2XXUA 4BDMA 1UTBB 4KQPA 3Q26A 4QFLA 2THIA 1B1XA 4U1OA 2QFLA 1B2HA 2B3BA 1Z7NE 4QFOA 4O7MA 3ECRA 3H06B 2QS3A 1FBDA 2XX8A 3FVOA 3GZGA 1D4NA 2AL4A 4I40A 2UVHA 3K6XA 4PBQA 3RLFE 1TFDA 5DW8A 1MDP1 4AS5A 2H25A 1B58A 3E9XA 1ZMGA 2RKMA 3UK4A 4NG7A 1SW1A 2PMSA 4GF8A 3RYDA 3T9UA 5L9MA 2UVJA 5CRYA 1A55A 2F78A 2PVUA 3HPIA 4Q0CA 4JDFA 2DE4A 2O1MA 4MLVA 4PF6A 1JW5A 3TCHA 3CFLA 3RPWA 3LR1A 3IB1A 2WYPA 1L5TA 5AE4A 1CNQA 4POXA 4ZECA 5CC2A 4OQOA 3G7WA 1EZPA 1OVBA 4PFUA 3PMXA 4OVPA 3TDJA 3D4GA 4PFYA 1LBBA 3C33A 4OWDA 3ODBA 1QJMA 3UP9A 1XI6A 3QSLA 4HE2A 3VDFA 1EH3A 2D21A 4OYVA 3PU5A 5I57A 3MYUA 1JP4A 4X8RA 1LEVA 4P9KA 1DPEA 2DDKA 3SKPA 2QPQA 3SESA 3SETA 3V83A 1M5DA 1NV7A 1URGA 4R9FA 4C1TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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