1B3GA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kik
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3gA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3gA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3gA02
4QHQA 4ELPA 3O97A 2ONRA 1OVBA 3IOUA 3GBAA 1HSLA 3UP9A 4TLLB 3TTLA 1RKMA 5FTHA 3MWBA 3LR1A 4YICA 3LSLA 3PPRA 2F35A 2X26A 3T9VA 3GZGA 5A5XB 3RY3A 3KJ7A 1FTJA 3E4RA 4BDQA 2QS4A 1B4HA 3DP6A 3Q25A 4PQJA 3TTKA 2HCAA 3O28A 2I3VA 4U4SA 5H8HA 1FW0A 3PD8A 3V8XB 1LBCA 3VE1B 2PBWA 2HAVA 3O9PA 1N3WA 1IZ1A 3N6UA 4NF5A 1USYH 1Y20A 1DOTA 3GBBA 2V3UA 4M1VA 4LONB 4NE4A 2ZNTA 4MLVA 1ZTYA 4RPNA 1LAHE 3O66A 4GF8A 1QKBA 3RTWB 1NKXA 4F29A 2OBGA 4ZEKA 1EU8A 3SERA 1DMBA 4RK2A 4YAHX 2F36A 1H43A 5TP9A 4NMYA 2X7PA 5KDTB 1PB7A 4YMBA 1XVYA 2PVUA 2UVIA 1R9QA 2DXRA 2F34A 3PD9A 4R2FA 3RT6B 3RN8A 4RXLA 2UYEA 2RF1A 1MXUA 2B65A 4FORA 1GV8A 3FTOA 1GTKA 3VXCA 3S9EA 2O6AA 2VGQA 4Q8RA 3EHSA 4BDNA 3TKDA 3MZ9A 1D3KA 1Y3NA 3CSBA 3CRBA 3C9HA 3V5AA 4EF1A 1FQDA 2DYXA 1SDXA 3G7WA 2P2AA 2F78A 1JNFA 3K1PA 3DP8A 3O6HA 1LB8A 2H98A 1IUDA 3KBRA 3DRIA 3KGCA 1UQWA 4O3BA 3DM0A 4E0XA 1P1QA 4G2ZA 4FAJA 1ZIUA 4H8IA 2I6EA 1NNFA 3PUXE 3S9LC 2PYYA 3G3JA 5F1QA 2F7CA 3JV9A 1FTLA 5EHMA 3H4ZA 4X48A 3K1MA 3C34A 1P99A 5H8QA 1LCFA 4GQOA 4P0GA 5ICQA 3OO9A 2QJEA 3ZS6A 3PPOA 1SW4A 4NTLA 5F7VA 1HSJA 1LCTA 4C1TA 5H8SA 2F5XA 4YB5A 3VLWA 1B40A 4BDLA 1H3DA 1PDAA 2E1SA 1B32A 2XXYA 4KD5A 3MAMA 3KOTA 5KCJB 4YKKA 2RKMA 4ZEDA 2DVCA 1R6ZA 3IO6A 3RPWA 4GRKA 1NH8A 3TDJA 3M3KA 5EYFA 2Z8DA 2ZYKA 3OEKA 3AXFA 2A5SA 4U21A 4U4XA 4Q0CA 1XT8A 2XXQA 5M2VA 1LB9A 3MW0A 2ABHA 3SEYA 1YAEA 1QVSA 2Z8EA 2XD2A 1B05A 5K2XA 1DSNA 3PPPA 4GXSB 5TU0A 4F19A 4NF5B 4GD5A 1M5EA 1SD3A 3CVGA 2QS2A 4IB2A 3TYHA 3G3HA 3MJNA 3OXNA 4DZ1A 1I69A 5AA1A 3FASA 1PBPA 3N94A 2WKYA 2A5TB 4IO2A 4WXJA 5AA2B 1OVTA 4X9TA 3OMBA 3SEUA 1QJMA 1HSEA 1MM7A 1QW0A 3FV1A 2UVGA 5FHOA 5H8NA 3S9NC 4PFTA 4G8NA 1FCKA 3HHFA 3PGFA 1SYIA 5H8FB 3K6VA 2D21A 1QUJA 3QSLA 1J1NA 2O1MA 1B7UA 3RYBA 2I49A 3PPNA 3CG1A 1A8EA 1IQ7A 4MFIA 4YZZA 3FUZA 3IB2A 4KQPA 3U8QA 3DP4A 4KYDA 3R6UA 4NF4A 4EQ7A 3CI8A 1GGGA 1Y1MA 1XC1A 1Y4CA 3IOTA 4JBZA 1FQCA 4F1UA 2OWTA 1D9VA 1FQFA 3C33A 3PMVA 1IIWA 4F18A 2REGA 5I56A 4F3BA 4OHNA 4RYAA 1JQFA 1US4A 2M8CA 2XXUA 3FVNA 1A99A 4ND9A 4XKQA 3KZGA 3MBPA 4LUBA 3TODA 3D4CA 1B5IA 3PMWA 4E0WA 3BBRA 2XXHA 1T0KA 4G77A 4IGRA 1UTBB 1UTHA 5CM6A 1DTZA 3IX1A 4ONYA 1JETA 3TCHA 4N07A 1OLCA 1P1OA 3FXRA 3I6VA 1BIYA 3M8UA 1B3HA 3T9XB 5AA2D 3JYRA 4H8JA 2GRVA 3CFXA 1LAGE 5K2YA 3U93A 3D4GA 3I5OA 2ZNUA 4OQOA 1MH3A 3S9MC 3K6XA 4FEBA 4X1BA 1B3FA 3IJOB 3Q29A 2UXAA 3K6UA 2QRYA 4WEPA 3B6WA 4R74A 4GFRA 4LZ7A 3SEWA 3KN7A 1LFHA 1B1XA 2DS9A 2WOKA 3O29A 1Y1ZA 4MLQA 3WAFA 1N7WA 3SETA 1DPPA 4ZE8A 5JEIA 2DSFA 1MQGA 3OO6A 4ZZEA 4IY6A 1H76A 2Y7WA 1MXWA 4ZE9A 2VHAA 3N6TA 1IXGA 3QUFA 3MPKA 4NF6B 1B46A 3QIMA 2XXWA 4OZ9A 2XXXA 4PE5B 3H06B 4P0IA 3R26A 1MPCA 4IY5A 5IAIA 1QUIA 3PMXA 4DCXA 4PP0A 2AIXA 2QS3A 3MVYA 3S4UA 4QFKA 3SDFA 3WAEA 1O64A 5BWJA 3LVUA 3LC8A 4RY1A 3U1OA 4ECFA 1OMPA 1BLFA 1B6HA 2Y7KA 4F2QA 3K4UA 3FIRA 1URSA 3FJGA 3THIA 2Y84A 1ZMGA 1QKAA 2Q89A 4NF8B 5EHSA 3DRHA 4OWDA 1N0TA 3KEIA 3MVZA 4ISUA 1IEJA 4R72A 3S2VA 4QFNA 4H5GA 4GIZA 3H3GA 4U1OA 2H25A 3KN8A 4RJZA 2BJJX 2Q88A 1MQHA 1OLAA 1IITA 5I57B 3EHUA 5I58B 4GVOA 1BKAA 3ECRA 3H6VA 2FYIA 1CE2A 4BDRA 3O6PA 4XKPA 3TMGA 4JDFA 5AA4A 2DWHA 5CMMA 3TEPA 2XX7A 3CFZA 3Q26A 2IEEA 4OESA 1EZ9A 4Z0IA 2I0BA 3U72A 1MY0A 2F97A 3OO7A 3OOAA 4RK9A 1ANFA 2VP1A 5CBRA 5IKBA 3DRKA 2RC7A 3KG2A 3H6WA 5I59B 1FQAA 1YCJA 3T22A 1XVXA 2B3FA 4U23A 5ICTA 1NL5A 2Z22A 1PB9A 3SKPA 2THIA 2XXVA 2RC9A 3OENA 4OFJA 3KFMA 1B2HA 2XHDA 4R6KA 2DWIA 2CZLA 4IO7A 3PU5A 4QSDA 1SI1A 2QMXA 3LSWA 2NXOA 1M5BA 4KYEA 1ZJLA 3QUJA 3FVOA 1A40A 4F2OA 2F6PA 1WDNA 4U22A 4XKNA 4KCCA 1IXCA 4FATA 4THIA 3MVWA 2Z8FA 4P11A 1TFAA 3ONMA 3USDA 3K2DA 4OETA 4LQ5A 2G93A 5FTIA 3IORA 3N26A 3F11A 4RPOA 2H9BA 1B5JA 2F8DA 3A3UA 3VDFA 3HPIA 5TPAA 2H4IA 2PX1A 2F7AA 3ILTB 3IB0A 4R2BA 2DOJA 2Y7PA 2GHAA 1EH3A 1B7ZA 2AL5A 2AYSA 1MY3A 5JTYA 1MPBA 3G3KA 3QK6A 2AL4A 3VFJA 2PT2A 3ZKLA 5DEXB 5L8DA 1TFDA 4OERA 2HZKA 3EQ1A 1WODA 3ZSFA 3L6GA 4OFLA 4R73A 4UACA 5L9SA 1LAXA 2V25A 3BFTA 4EXLA 4GWOA 2GFEA 5HM4B 5I2KA 1VFEA 1OIBA 3TQWA 2HFBA 2UVJA 3FXQA 1VR5A 4ZEIA 2O68A 4I62A 1N84A 3FD3A 1LAFE 4DCYA 3IR1A 3LSXA 1YTVA 3JZJA 3B6QA 4QF9A 4ELOA 3CIJA 4QFLA 3EHTA 1QUKA 2XX9A 4QFOA 4OTEA 1B3LA 1MPDA 5BUUA 4WEDA 1DPEA 4GXAA 5H8HB 5CC2A 4G68C 2UYFA 1BP5A 4ELQA 3CHGA 4C1UA 4YMAA 2QMWA 3HCQA 4G68A 3KOSA 4LVQA 4XTCQ 2Z23A 5ITOA 1JW1A 4OEUA 2H99A 3V89B 3K01A 1OQGA 4KPTA 5DYHA 3FJ7A 3TFLA 1Y3QA 2XX8A 3VLUA 1PC3A 4PFWA 2ONKE 2O7UA 4ESWA 4X1DA 4KI0E 3VV5A 1RYOA 1MY2A 4KYSA 2YJPA 2RC8A 1RYXA 1ELJA 5A5XA 3C32A 1FTMA 5TP9B 4OFOA 4LA9A 2REJA 2GHBA 2KLFA 1NMUA 4PFYA 1SBPA 2V93A 1IXHA 1MH4A 3TZAA 2HEUA 1ZBMA 4LZ8A 3IL1B 3B7DA 3PUVE 3SEVA 4AB5A 1AH5A 1D9YA 1NNTA 4O3AA 2O84X 3TUSA 2V84A 3MPLA 1FQEA 3M3LA 1M5FA 4MF3A 4OEVA 1H44A 2XXTA 2RCBA 1B52A 1A54A 1SW5A 3R7XA 3OELA 3C4MA 3K00A 1MXXA 2X7QA 2I0CA 4F22A 4EF2A 4R9GA 1CB6A 2YPNA 3IJXB 2DWJA 3O6IA 4AQ4A 4Q30B 2YLNA 1O7TA 5KDTA 4ZEBA 1B5HA 3PUYE 4HTGA 4DE8A 3RNNA 1JW5A 4NEDA 4BDMA 2NOOA 3MVXA 3K02A 3O6GA 3FV2A 4MBPA 3TPAA 4ZZAA 1VSOA 3UGWA 1WVJA 4JWXA 2XD3A 1BTJA 1N3XA 3TTNA 2HZLA 1POTA 1SW1A 3MUQA 3B6TA 5H8QB 2P0SA 4FE8A 2RINA 2ALUA 3U94A 4TOZA 2IA4A 3H03A 4OENA 3TTMA 2FNCA 2D5WA 1SQYA 1A8FA 3EN3A 3MC2A 1USYE 3PV0E 3KSJA 3RGYA 2HXWA 1LFIA 4JSOA 1UIVA 3MP1A 4LQ2A 2HAUA 3TAJA 3MQ9A 3O2AA 3VVEA 3IAZA 3MP8A 3OSQA 1AOVA 4YKJA 4POXA 1Q35A 4XKRA 1B0LA 4YB7A 2I4CA 5B70A 2Q2AA 3CR9A 4POWA 4QFPA 2GH9A 1JEVA 1ZLQA 4FECA 3VXBA 4I1DA 1EZPA 4EUOA 3FGSA 4HCYA 1SW2A 4TQUQ 4I9DA 2ZMBA 3VVFA 4MH5A 4KHZE 3GLBA 4DXUA 4ZEFA 1TWYA 3QYTA 1O63A 4F3SA 4H6DA 5I2NA 1L5TA 3DLNA 4ELRA 1XOCA 1ATGA 1FTKA 3CG3A 3K6WA 4F31B 5KCJA 4PETA 3RQTA 2FA7A 4IO6A 4H67A 5H8NB 1LFGA 1LGBC 1MM6A 4U1ZA 2W7YA 3ILUB 2PT1A 1R9LA 1MXZA 4EXKA 4N13A 3T96B 3UN6A 1US5A 1MS7A 2OLBA 1MRPA 3T66A 4HS7A 4JSDA 2H5YA 2R71A 2UVHA 3G3IA 3FJMA 3VLVA 5B7DA 4NF4B 1B58A 3T9UA 4K3FA 4ZDMA 3BKIB 4FIMA 1P1WA 1SYHA 1II5A 1N76A 4F3PA 1TXFA 4XXUA 4F1YA 2F6GA 3TCFA 1N7XA 3RT8A 4BDOA 4OMBA 1Z7NE 4LZ5A 3T9HB 2VOZA 3MZBA 1FQBA 2A5TA 4FEDA 2LAOA 2ZNSA 5I56B 5AA2A 5KZTA 3T93B 4R6HA 4F1VA 3FVGA 4GL0A 1TT1A 3GXAA 2Y7RA 2NWJA 5FHMA 2I4BA 4R6YA 3DRFA 5H8FA 2ONSA 4OVJA 3MP6A 4OYVA 3Q27A 3EF7A 3ODBA 1UTHB 3UK4A 1VFDA 1ZU0A 4QRZA 5CRYA 5DTBA 1A7LA 4KFQA 1B1HA 1I6AA 5DVJA 3I3VA 4H5FA 4G4PA 2NUVA 1UIUA 3A09A 3EPEA 4EQBA 2ZYOA 2R6GE 2RCAA 4YKPA 3PUZE 1XHYA 1PB8A 3A3CA 5ELVA 2QS1A 4QSEA 2Q2CA 5CI5A 3IOWA 1AMFA 1SVXB 3KN3A 4H65A 3M3FA 5CBSA 4IO3A 1URDA 3PUWE 3TQLA 3QXMA 1GVCA 2F7BA 4IGTA 3FVKA 1JW4A 4YKIA 1S7YA 4OXVA 3G3GA 2P1SA 3K1NA 2XXIA 1P1NA 4JXIA 3UA8A 5ITPA 2I48A 1A55A 3ZKKA 1B3EA 4M4GA 4EQ9A 3OD7A 1MY1A 1MQDA 3SESA 1POY1 5DVIA 1UTBA 1PEBA 2XXRA 1I6QA 2O7IA 3LSFB 3QAXA 1EZOA 2DWAA 1M5CA 4WKMA 3RLFE 3CSGA 4LATA 4YU0A 1B3GA 2Q9TA 4R75A 2CMOA 3TELA 2ESNA 3K0VA 4HCWA 1AIVA 3H6TA 5LOMA 5DVFA 1JVYA 1B0HA 2WOLA 1I6BA 4G8HA 2R9JA 3DELB 1R1NA 3BFUA 2B3BA 2NVUB 5CMBA 1NFTA 1S50A 3W9VA 4F39A 5I2NB 2I3WA 4GLIA 3HO7A 4YB6A 2ZYMA 1NH7A 4H1XA 5HBCA 2DQVA 3KSXA 4O3CA 3DRJA 4KCDA 4Z7EA 4NWCA 1Y9UA 3RTFB 1B51A 2E0SA 2OK2A 3E3KA 1DTGA 1Y3PA 3MZ1A 1FTOA 2D3IA 2O1LA 3L6HA 3FATA 4N6PA 2DP8A 4GL8A 1LBBA 5L9OA 3V83A 2V3QA 4Q5TA 5CMKA 2OCUA 3TCGA 4C0RA 4NF6A 1GR2A 3FXUA 2Q8JA 1XS5A 4IO5A 4H0WA 1SI0A 3OEMA 4DXBA 1MXYA 2QSXA 5AA4B 4F3GA 3UIFA 2DVZA 1P1UA 2QPQA 3C31A 2WOPA 2V3TA 1Z7ME 1Q1KA 3RYAA 4DDDA 2OJTA 4I8CA 3N5LA 1KWHA 5FHNA 3CFLA 3OSRA 4JB7A 4UA8A 3G3FA 4NF8A 4GOTA 1MG1A 5CMCA 4XIGQ 3HN0A 1QULA 1D4NA 1B7HA 3C35A 4G8MA 3IOVA 3P7IA 5AA3A 5I57A 2G29A 3PPQA 4RA1A 5I58A 3RUMA 4DIGA 3E13X 2B4LA 3W9WA 2ANJA 4HW8A 1JVXA 5J1DA 3W15C 4IO4A 4KR5A 4DLDA 2OZZA 5TPAB 1MQJA 1YPNA 4ZECA 4QSCA 3H7MA 2DXYA 2VD2A 3PAMA 3SEXA 5ISUA 4L17A 2DE4A 3H6UA 5JTYB 5I59A 2I58A 4U2RA 1H45A 1MQIA 1B4ZA 1OQHA 1URGA 1B9JA 1PBQA 3Q28A 3KJTA 2VD3A 1AL3A 3VVDA 4NWDA 3TTRA 4R9FA 2B4MA 4PFUA 3IB1A 4RNSA 4ZS9A 2ZYNA 2QL3A 2Y7IA 5I2KB 5DT6A 1M5DA 3IO4A 1MDP1 2ZXTA 3FZVA 3C36A 1IXIA 2DE3A 2OWSA 1N04A 3DRGA 1MXVA 3IK6B 4ESXA 1VE4A 5JK4A 3U92A 1F9BA 1MY4A 2HQ0A 4AB6A 4DXCA 4JWOA 1NNPA 1ZKBA 4LP2B 1NNKA 3HV1A 3LBSA 2XXPA 2O69A 4TLMB 4BLAA 1Y4TA 3UORA 3LUYA 4JWYA 1MDQA 3OO8A 4G68B 5HPQA 2PMSA 3HHGA 4FJPA 5DEXA 5AE4A 1JEUA 4EDPA 1LSTA 2DE2A 2O51A 3E9XA 3HSTA 5I84A 1LLSA 5L9MA 1S9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QHQA 4ELPA 4H45A 3O97A 2ONRA 1OVBA 3IOUA 3GBAA 1HSLA 3UP9A 4TLLB 3TTLA 1RKMA 5FTHA 3MWBA 3LR1A 4YICA 3LSLA 1CNQA 3RPLA 3PPRA 4N81A 2F35A 2X26A 3T9VA 3GZGA 5A5XB 4I3YA 3RY3A 3KJ7A 1FTJA 3E4RA 4BDQA 2QS4A 2ZZXA 1B4HA 3DP6A 3Q25A 4PQJA 3TTKA 2HCAA 3O28A 2I3VA 5EQ8A 4U4SA 5H8HA 2XA5A 1FW0A 3PD8A 3V8XB 1LBCA 3VE1B 2PBWA 2HAVA 3O9PA 1N3WA 1IZ1A 2ZZVA 2WYPA 3N6UA 4NF5A 1USYH 1Y20A 1DOTA 3GBBA 2Q74A 2V3UA 3BIHA 4PBHA 4XF5A 4M1VA 1FPEA 4LONB 4NE4A 2ZNTA 4MLVA 1ZTYA 4RPNA 1LAHE 4OVTA 3O66A 4GF8A 4PF6A 1QKBA 3RTWB 1NKXA 4F29A 2OBGA 2XWIA 4ZEKA 1EU8A 3SERA 4XEQA 1DMBA 4RK2A 5T3JA 2XWVA 4YAHX 2F36A 1H43A 5TP9A 4NMYA 2X7PA 5KDTB 1PB7A 4YMBA 2XWOA 1XVYA 2PVUA 2UVIA 1R9QA 2DXRA 2F34A 3PD9A 4R2FA 3RT6B 3RN8A 4RXLA 2UYEA 1NUZA 2RF1A 1MXUA 2B65A 4FORA 4PCDA 1GV8A 3FTOA 1GTKA 3VXCA 3S9EA 2GQ1A 2O6AA 2VGQA 4Q8RA 3EHSA 4BDNA 3TKDA 3MZ9A 5EQ7A 1D3KA 1Y3NA 3CSBA 3CRBA 3C9HA 4GBWA 3V5AA 4EF1A 1FQDA 2DYXA 1IMCA 1IMAA 1YZ0A 1SDXA 3G7WA 4O7IA 4PAFA 2P2AA 2F78A 1RDZA 4IR8A 1JNFA 3K1PA 3DP8A 3O6HA 1LB8A 2H98A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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