1B3GA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kik
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3gA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3gA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3gA02
1HSJA 4GL8A 2Q88A 2QS2A 2RF1A 4YB6A 1D4NA 1NKXA 3C35A 4ZZAA 3T93B 3FJ7A 2O84X 3H6WA 4BDOA 4ZEBA 3RT6B 3IB2A 4BLAA 4RYAA 3FZVA 3OO6A 4YKKA 3U8QA 1Y4CA 4IY5A 1B05A 2DVCA 5M2VA 2Z22A 3C31A 4BDNA 5TPAB 3RQTA 3OO9A 1TXFA 2CMOA 1LAGE 2P2AA 1N76A 4R73A 5I2NA 4I8CA 3PPPA 3RTFB 3QSLA 1AIVA 3LR1A 1Y4TA 3SEVA 4YKPA 4HS7A 1B4HA 3DP6A 2ABHA 4KCCA 2GHBA 1MQDA 2DWHA 1JNFA 1TFDA 5KDTA 2ZNUA 3UP9A 5A5XA 1QUIA 1MQHA 3LSFB 4JXIA 3T9VA 1POTA 4OQOA 1MY0A 4JBZA 5L9OA 4QF9A 3TTMA 1N7WA 5B70A 4RK2A 4R6KA 3PGFA 2XXVA 1JW1A 1B3FA 4X48A 4XKNA 3D4CA 2ZYKA 4H6DA 4QFOA 5ICQA 4R6HA 1IXIA 3M3LA 4UACA 4F3SA 2WOPA 2QJEA 3H6VA 3K6WA 3S9NC 2QPQA 1J1NA 1H76A 5CMKA 2A5TA 1Y9UA 1BTJA 3Q27A 2DE4A 1JQFA 5I56A 1L5TA 1Z7ME 1OQHA 1GR2A 3RYBA 3DP4A 4BDMA 1FTLA 3A3UA 1NNFA 1B3EA 3ECRA 4F2QA 5KCJA 2REJA 4O3BA 4O3CA 3V83A 5JK4A 1QULA 4QFNA 1IZ1A 2Y84A 3Q29A 5DEXA 3DRKA 2AL4A 1MY4A 1QKAA 4OEUA 2F78A 4DXBA 4K3FA 2Q2AA 4ZEFA 2W7YA 4F3GA 3VLWA 4U1ZA 4JB7A 1SW4A 1VFDA 3EF7A 4GXAA 1GV8A 5HPQA 1FQDA 4H1XA 1B46A 3TYHA 3DP8A 3CFLA 1MQJA 1H43A 1S7YA 3MUQA 5L9MA 3VV5A 2ESNA 2XXHA 4MFIA 4UA8A 2DE2A 3TPAA 2RCAA 1YCJA 4G68B 1LBBA 4DZ1A 1FCKA 2OK2A 3OSRA 3MVWA 1S9TA 2F8DA 2RCBA 4HCYA 1DSNA 2XXQA 4HTGA 4E0XA 3CRBA 2VOZA 3PV0E 1US4A 1XHYA 4OETA 1B7ZA 4JWYA 5ISUA 1POY1 1Q35A 3E4RA 3G3HA 3EHTA 4YMBA 4TLMB 3VVEA 2DOJA 3PPNA 1B5HA 1MXYA 4F3BA 4EQ7A 5DVIA 4E0WA 1SYHA 1CB6A 2QMWA 2LAOA 4KQPA 2RC9A 4OERA 3L6GA 3O6GA 1A54A 3FD3A 4F31B 2UVJA 2VHAA 5L9SA 2DSFA 1ZLQA 1OVTA 3KFMA 1P1WA 3H6TA 1MY3A 4YKIA 3CFZA 2Y7PA 1YTVA 1NFTA 1SD3A 3PUZE 3T9XB 3HPIA 4DCYA 1SYIA 2OZZA 2GHAA 1JEVA 4ZS9A 3FVKA 3FJGA 4OVJA 2RINA 3RYAA 4NF8A 5AA4B 2F5XA 4RY1A 3RPWA 4GFRA 2I58A 3TCGA 5ITPA 2D3IA 5H8QB 2OWTA 5CMBA 2HAUA 3RN8A 4U21A 2E0SA 1II5A 2IEEA 4PP0A 4YMAA 4C0RA 4LP2B 4Z7EA 2A5SA 4EF1A 2O6AA 4ONYA 3MAMA 3LUYA 3IB1A 3U72A 4AQ4A 4P0GA 4EXLA 3ONMA 2PX1A 1A8EA 1P1OA 2FNCA 2D21A 3CFXA 3QYTA 1SVXB 2B3FA 2XXPA 4P0IA 5CM6A 4PFYA 4ZE9A 3BBRA 3HHFA 5DVFA 2HFBA 1R9QA 4IGRA 5ELVA 1AOVA 3K00A 3SEWA 3TQLA 1MPBA 4ELOA 4KYDA 3PUVE 2GFEA 4MH5A 5TP9A 2YJPA 1YPNA 2H99A 3DRJA 1FTMA 1MG1A 3I6VA 3PMVA 3Q25A 1AL3A 3LSWA 1SW2A 5I84A 3MW0A 1QUJA 4KYSA 3VLVA 4NF6A 3TTNA 3MVZA 3C9HA 3W15C 3AXFA 1QJMA 3R6UA 2YPNA 1M5BA 2OCUA 2F97A 2G93A 5I58B 1B32A 4IO7A 3TMGA 3UK4A 1MQIA 2H98A 3MJNA 1B3LA 5EHMA 1LAFE 4PQJA 4NF5B 5JEIA 3G3IA 3GXAA 3WAFA 4ZECA 4F22A 5I2KA 3QK6A 4LQ5A 3IOTA 2DVZA 2PT1A 3RT8A 3JZJA 1H3DA 2IA4A 3PMWA 4ISUA 1H45A 3OELA 3IOVA 4TLLB 4IGTA 4TQUQ 4FEBA 3IX1A 4GD5A 3THIA 3O2AA 5CRYA 3S2VA 3R7XA 3T66A 3K2DA 1HSEA 2O1LA 3HCQA 1KWHA 4IO6A 4FECA 4MLVA 3SESA 1AH5A 2XXRA 2X26A 1MDP1 2I3WA 2Z8EA 4JDFA 4NMYA 4H5GA 5I57B 3G7WA 2I4BA 5CMCA 1ATGA 2VD3A 2HZKA 4EF2A 4C1UA 2QS4A 4GLIA 1I6BA 1T0KA 3TODA 4LONB 1DOTA 2R71A 4NEDA 3VDFA 3IJOB 4JSDA 3VXCA 1WODA 2HZLA 3OXNA 4I1DA 3O29A 2HQ0A 2B4MA 4LVQA 3HN0A 1B40A 4BDRA 2I6EA 4MF3A 1XS5A 3H6UA 5DTBA 3FTOA 2Z8DA 3S9EA 4X1BA 2R6GE 5BUUA 2V93A 2V25A 2ZYMA 4RJZA 1JVYA 4GF8A 4R75A 4LATA 4WEPA 1LFGA 3K1PA 1ZU0A 3M3KA 4POXA 4YICA 4QFLA 4RA1A 3OOAA 1XVXA 1TFAA 5JTYB 5IKBA 1UTHA 4MBPA 1RYXA 3C34A 3VVFA 4R2BA 4WXJA 1IITA 3S4UA 1PB9A 4AB6A 4KFQA 4HCWA 3B6WA 3HV1A 1IEJA 1MH4A 1D3KA 4U4XA 3MVYA 3MP8A 1EZOA 1IXHA 3TUSA 2I0CA 3EHSA 3CG1A 4ZEIA 3T22A 2THIA 2DXYA 4H8JA 2H25A 5H8HA 3MBPA 3N26A 2V3QA 3G3FA 2DQVA 1JEUA 4RPNA 1QW0A 3DRHA 1IXGA 3K1MA 1MQGA 3FVGA 5CBSA 3FIRA 3EPEA 4U2RA 4FATA 4EUOA 2F34A 4PE5B 4ELPA 3PUYE 3BFTA 4F1VA 5K2XA 1A7LA 2PYYA 3QAXA 1A40A 2P1SA 3I5OA 3FV1A 3DLNA 3RNNA 1URDA 3OEKA 5AA4A 2Q9TA 4F1YA 1LFIA 1FTKA 5H8NA 3SETA 5L8DA 3U94A 3TCFA 1QKBA 1FQFA 1FQCA 2ANJA 1PDAA 4L17A 5BWJA 2H5YA 3FXRA 2XX8A 3TKDA 1USYH 2XXXA 1PC3A 3IJXB 4Q30B 4DXUA 3KN7A 4RXLA 1WVJA 1B2HA 3E3KA 4PFTA 2VD2A 5FTIA 3KOSA 4YB7A 3HO7A 4R9FA 3CVGA 2XD3A 1Y1MA 4JSOA 2O68A 5H8FA 3G3KA 3RUMA 4NWCA 1VE4A 4ND9A 4XTCQ 4XIGQ 1DMBA 1ANFA 1BLFA 3MWBA 2I3VA 3OENA 4ZEDA 2F36A 2F7CA 4GIZA 2XXYA 2QL3A 3MVXA 3IOUA 4EQ9A 4R6YA 2X7QA 4O3AA 2F35A 4WKMA 2GRVA 1N0TA 5I2NB 1LB8A 4NF4A 1Y3PA 1JW5A 2F7AA 4KHZE 4OHNA 2NXOA 4DE8A 4FIMA 1LCTA 1FTJA 2P0SA 4XKQA 1M5FA 2M8CA 2OBGA 4F2OA 1LFHA 2NWJA 4WEDA 4DCXA 2ZNSA 3IO4A 5FTHA 3B7DA 1NH7A 1I69A 3KN3A 1ZTYA 5AA1A 5KDTB 2I0BA 5A5XB 2Z23A 1A8FA 1MRPA 1O7TA 3S9MC 4OFLA 3C33A 3L6HA 5HM4B 3BKIB 3RY3A 2O1MA 3PPOA 1B51A 1MS7A 4U22A 3JYRA 3EHUA 4POWA 4QSDA 3C32A 3E9XA 2RC8A 1D9YA 1PB7A 4GXSB 1P1UA 4GWOA 2A5TB 2UVIA 1B3GA 5I56B 4KD5A 4OTEA 4F39A 4ECFA 5EHSA 3OD7A 2ZNTA 2QS1A 5LOMA 3O9PA 4MLQA 2RC7A 4GQOA 2GH9A 1N3XA 2WKYA 3PUXE 2B4LA 3KN8A 1FQAA 2B3BA 3W9WA 1N3WA 4KPTA 3KJ7A 5DEXB 4ZZEA 1IQ7A 2AL5A 4OENA 2HXWA 3KOTA 3OO8A 5J1DA 4ZE8A 1B58A 4PFWA 2VGQA 5AE4A 3H3GA 3B6QA 4OFOA 1RYOA 4IO2A 2RKMA 4BDQA 2ZYOA 4YKJA 3WAEA 5CC2A 1H44A 5TPAA 3N94A 1TT1A 2O7IA 2XD2A 3T9UA 3SDFA 2I49A 1VR5A 2DP8A 2I48A 4F19A 4OXVA 1R1NA 1IUDA 3I3VA 5DT6A 3T96B 2Q8JA 3F11A 4X9TA 2X7PA 1XT8A 1QUKA 3UN6A 5AA3A 4OWDA 2XXTA 3PPQA 2O7UA 1LBCA 1DTZA 2Y7KA 3H4ZA 1NL5A 1BP5A 3RLFE 3G3JA 3SEYA 3EQ1A 3C4MA 4QHQA 1OIBA 1SDXA 4I9DA 3QXMA 3ZSFA 1EH3A 3R26A 1S50A 5I59B 1D9VA 5FHOA 3PAMA 1B7HA 3PU5A 3VE1B 2FA7A 2V84A 4N6PA 4GVOA 1B5IA 3ZS6A 3TZAA 4YAHX 1F9BA 4ELQA 1ELJA 2UYFA 4FEDA 3H03A 4LA9A 3FXQA 4KR5A 4AB5A 5DVJA 1OQGA 3ODBA 2Y7RA 3Q26A 4G68C 2G29A 3VFJA 3KG2A 4XXUA 3HSTA 3K1NA 4F18A 3TTRA 4NE4A 4G8HA 1PB8A 3TTKA 1OMPA 4NF8B 1USYE 2Q2CA 2HEUA 4NWDA 4LZ8A 1B0HA 1OLCA 4R72A 2HCAA 1NMUA 2ZMBA 4DXCA 4YZZA 3UIFA 1LLSA 4IO4A 4G8MA 4G4PA 4KI0E 4OESA 1M5EA 1HSLA 2Y7IA 4F29A 1PBPA 5ICTA 4BDLA 3FGSA 4YB5A 4XKRA 2OLBA 2DXRA 3DELB 3A09A 2PBWA 4QSEA 3W9VA 3QUJA 3IOWA 4OEVA 2OWSA 4G68A 3K02A 1Q1KA 2DWIA 3O6PA 1MXXA 2D5WA 3ZKLA 4DDDA 1GGGA 5FHNA 3CI8A 4R2FA 4M1VA 3FV2A 3CHGA 3OSQA 5AA2B 3DRFA 3OO7A 4LZ5A 4PETA 1PEBA 3LBSA 4GL0A 3TEPA 1UIUA 4TOZA 3FATA 3MC2A 4GRKA 3GBAA 3KSXA 4QFKA 1LCFA 3FASA 3ILTB 3K0VA 4LUBA 1MXVA 5TP9B 1O64A 1SQYA 1DPPA 1JW4A 2XX9A 2UVHA 1MXWA 3JV9A 3N6UA 3SKPA 4EQBA 1UTBB 3O6IA 4NF6B 3TDJA 5CMMA 4ELRA 1EU8A 1GTKA 1ZIUA 1AMFA 5F1QA 1I6AA 3FVOA 1JVXA 3QIMA 1A55A 3IORA 4QFPA 1SW1A 3A3CA 1OLAA 1I6QA 2B65A 5I2KB 2KLFA 1MXUA 1UQWA 3M3FA 5H8SA 4Q5TA 1Y3QA 2FYIA 1R9LA 5EYFA 2HAVA 1MY2A 3U93A 2ONSA 3S9LC 2E1SA 4R74A 4N07A 2V3TA 4IY6A 5DYHA 5ITOA 4EDPA 3O28A 5K2YA 2QS3A 4EXKA 5H8QA 4RK9A 3SERA 5B7DA 3DM0A 3P7IA 4FAJA 4OZ9A 2XX7A 3G3GA 1MPCA 2Y7WA 1Y3NA 3EN3A 3PMXA 2I4CA 4IO5A 3ILUB 4OFJA 4H8IA 1LSTA 2ONKE 3CR9A 1FQEA 2UVGA 3LSLA 3CSBA 2ONRA 3K6XA 3Q28A 1RKMA 2F6PA 3TQWA 3KZGA 2NVUB 1VFEA 3D4GA 4R9GA 1US5A 1B7UA 4H65A 1MDQA 1P1NA 4Z0IA 2XXWA 3T9HB 3PUWE 1ZKBA 2BJJX 1P99A 4KCDA 3O6HA 3MZ1A 1IIWA 1B4ZA 2NUVA 3N6TA 3K4UA 5HBCA 3DRIA 3CG3A 4ESWA 4G77A 3GLBA 4H0WA 3IL1B 1BIYA 3M8UA 2PMSA 5IAIA 1DTGA 2QSXA 2AIXA 1MY1A 1XC1A 1TWYA 4THIA 3K6UA 4F3PA 4NTLA 3ZKKA 3IK6B 2F6GA 1FTOA 4XKPA 3H7MA 3BFUA 1IXCA 1N84A 4RPOA 3PD9A 1UTHB 4DIGA 2H4IA 2DWJA 3IO6A 5I58A 4JWXA 1N7XA 2DWAA 3IAZA 1OVBA 4NF5A 3KEIA 5I59A 1Y1ZA 3LSXA 1XVYA 1XOCA 4GOTA 1GVCA 4JWOA 5CI5A 3MPKA 4OMBA 3K6VA 1SI1A 3UORA 1URGA 4PFUA 4ZDMA 3U1OA 3PPRA 3CIJA 4Q8RA 5H8HB 1SW5A 1Y20A 4KYEA 2O69A 1JETA 1LAXA 1LB9A 3SEUA 4I62A 1EZPA 2DS9A 3FVNA 1Z7NE 1BKAA 3VXBA 1ZBMA 1B1XA 4QRZA 3DRGA 2H9BA 2QMXA 3PD8A 5I57A 1B52A 3TTLA 3LC8A 3FUZA 5H8NB 1ZMGA 1VSOA 2OJTA 5KCJB 2ZYNA 4OYVA 1O63A 1FW0A 2XXUA 1NNKA 4H67A 3HHGA 1EZ9A 1FQBA 4X1DA 2VP1A 3LVUA 4F1UA 3H06B 2ZXTA 4C1TA 1M5DA 1M5CA 3VLUA 4U1OA 4G8NA 1WDNA 3SEXA 3MQ9A 3N5LA 3O97A 2ALUA 2Z8FA 3MZBA 1B1HA 1CE2A 5H8FB 2R9JA 2NOOA 3TAJA 3TFLA 1B9JA 3KSJA 1SBPA 5KZTA 2DYXA 5CBRA 2PVUA 2YLNA 3IB0A 1B6HA 5AA2A 3K01A 3FXUA 3TELA 2XXIA 3QUFA 1UIVA 5JTYA 1MPDA 3RGYA 3V8XB 1B0LA 1B5JA 5FHMA 2WOKA 3KBRA 3B6TA 4U4SA 2F7BA 1YAEA 5AA2D 4IO3A 4G2ZA 3KGCA 1PBQA 3GZGA 3RTWB 5F7VA 4M4GA 5TU0A 4NF4B 3TCHA 3V89B 1A99A 4Q0CA 1UTBA 2XHDA 2V3UA 2O51A 4H5FA 3VVDA 1MM6A 1LGBC 4FE8A 4ESXA 4YU0A 1DPEA 3MZ9A 4P11A 1P1QA 1NNPA 4HW8A 3V5AA 1NH8A 2REGA 3E13X 4LQ2A 2WOLA 3OMBA 3FJMA 3OEMA 2AYSA 2UXAA 3O66A 4DLDA 2CZLA 3UA8A 3MPLA 2PT2A 4IB2A 4N13A 4LZ7A 2DE3A 1NNTA 4RNSA 3C36A 1B3HA 1ZJLA 4FJPA 1R6ZA 3MP6A 3IR1A 1SI0A 3USDA 1LAHE 4FORA 2UYEA 1MM7A 3MP1A 4QSCA 3CSGA 4U23A 3UGWA 3KJTA 1QVSA 1MXZA 1URSA 2Q89A 4ZEKA 2QRYA 3U92A 1N04A 3GBBA 1MH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HSJA 4GL8A 2Q88A 2QS2A 5IZ3B 1FPDA 4PF6A 4GWUA 2RF1A 1IMDA 4YB6A 1D4NA 1NKXA 3C35A 4ZZAA 3T93B 3FJ7A 2O84X 3H6WA 4BDOA 4ZEBA 3RT6B 3IB2A 4BLAA 4O7IA 4RYAA 1FSAA 4PGPA 3FZVA 3OO6A 4YKKA 3U8QA 1FPIA 4X04A 1Y4CA 4IY5A 1B05A 1KA1A 2DVCA 5M2VA 2Z22A 3C31A 4BDNA 5TPAB 3RQTA 3OO9A 1TXFA 2CMOA 1LAGE 2P2AA 1EYIA 1N76A 4R73A 5EQ8A 5I2NA 2PFZA 4I8CA 3PPPA 4I3EA 1BK4A 2F3DA 3RTFB 3QSLA 1AIVA 3LR1A 1Y4TA 3SEVA 4N15A 4YKPA 4UABA 3LUZA 4HS7A 1B4HA 1NV4A 3DP6A 2ABHA 4KCCA 2GHBA 1MQDA 1FPJA 2DWHA 1JNFA 1TFDA 5KDTA 2ZNUA 3UP9A 5A5XA 3BIGA 1QUIA 1MQHA 1YZ0A 3LSFB 4JXIA 3T9VA 1POTA 4OQOA 1MY0A 4JBZA 5L9OA 4QF9A 3TTMA 1N7WA 2WBDA 5B70A 4RK2A 4R6KA 3PGFA 2XXVA 1JW1A 1B3FA 4X48A 4XKNA 3D4CA 2ZYKA 4H6DA 4QFOA 5ICQA 4R6HA 1IXIA 4AS4A 5IGAA 3M3LA 4UACA 4F3SA 2WOPA 2QJEA 3H6VA 3K6WA 3S9NC 2QPQA 1J1NA 1H76A 5CMKA 2A5TA 1Y9UA 1BTJA 3Q27A 2DE4A 1JQFA 5I56A 4NG7A 1L5TA 1Z7ME 5ET5A 1OQHA 3T1BA 1GR2A 3RYBA 3DP4A 4BDMA 2XWIA 1FTLA 3A3UA 1NNFA 1B3EA 3ECRA 4F2QA 4N81A 5KCJA 2REJA 4O3BA 4O3CA 3V83A 5JK4A 1QULA 4QFNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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