2I48A

Crystal structure of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803 in complex with carbonic acid
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MMPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Bicarbonate transporter
publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
source organism Synechocystis sp.
total genus 144
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A01
3IO4A 5K2XA 2V84A 3W9VA 1B40A 2DE3A 5H8FA 3D4CA 1VFEA 4IY5A 3JZJA 1B1XA 1Y3PA 1WODA 3H6WA 4GIZA 3FGSA 1B1HA 4KFQA 4GWOA 4F18A 1FQBA 3FXQA 4DLDA 4XTCQ 5DYHA 2E1SA 3IOVA 2UVIA 4R9FA 3KSXA 4G68A 1MXWA 3GXAA 3MQ9A 3IJXB 4JWXA 3ONMA 2A5TA 4LP2B 4L17A 5I59B 4LVQA 3IORA 4GXSB 3IOUA 2DWIA 4FE8A 3H3GA 4DCXA 1Y4CA 2M8CA 2OZZA 4KHZE 4NF8A 2HZKA 5DVJA 4KD5A 5H8NA 1D9VA 2VHAA 4N13A 4XKNA 1BP5A 1SVXB 5ITPA 3IOWA 2V3TA 5CMCA 3F11A 2PBWA 1PC3A 4YB7A 4M1VA 5ICQA 5I56A 4F29A 4YMBA 1USYH 4DXBA 3CG3A 3KJ7A 1ZBMA 2UXAA 3FXRA 3T22A 1FTJA 4ZECA 1BKAA 4RNSA 2F7BA 3DM0A 3VXCA 2XXVA 4JBZA 3HV1A 4PP0A 3R7XA 1Y3NA 4THIA 4H8JA 4JSOA 4PQJA 1US5A 3C35A 1VFDA 4MH5A 4AB5A 3QAXA 1OQHA 3ZS6A 5FHOA 1MDP1 3M3FA 1A7LA 3OENA 3PU5A 3HHGA 5JTYA 3O97A 2GHAA 1URDA 3K6VA 4YKJA 1SQYA 2OK2A 3KJTA 1B3GA 1Y1MA 5AA1A 1SW2A 4U2RA 3Q28A 1GTKA 2HZLA 3QIMA 3FUZA 4GLIA 1ZU0A 2VOZA 4ZE8A 4WEDA 4RXLA 4R75A 3OEKA 1NNTA 1TT1A 2OWSA 1B7ZA 3JV9A 4AB6A 3UA8A 2F6GA 3LR1A 1SDXA 1FTKA 2QS4A 4OXVA 3MZBA 2ZNSA 1N84A 3T93B 3RUMA 1XHYA 4LZ8A 1B4ZA 2XXQA 1N3XA 3K02A 5I57B 2BJJX 2XXIA 3IR1A 1A40A 1ATGA 3SEUA 1MPBA 2F34A 3VVDA 5ITOA 1AL3A 1A99A 3QUFA 5KDTA 2DXYA 1RYOA 5DEXA 3A09A 2O6AA 2REGA 5CBSA 2ZYNA 3T9XB 4ZEDA 2F36A 1B4HA 2HQ0A 4RYAA 4ZZEA 2D5WA 2XXPA 2HEUA 1M5FA 4H5FA 5CBRA 1B7HA 5L8DA 1GGGA 4K3FA 1MQHA 4RK9A 5A5XB 2ESNA 4X48A 4HTGA 5FTHA 5I58A 3LSXA 1P1WA 2O51A 5B70A 1ZJLA 3GLBA 1OMPA 1GV8A 2V25A 1B58A 3PPRA 1Y20A 3TCHA 4XXUA 2RC7A 1MPCA 1MXYA 2B3FA 3CFXA 3CFLA 4R73A 2YLNA 1N04A 1JW4A 4OQOA 3C33A 1NNFA 1RYXA 1JW1A 3O66A 1R9LA 4LUBA 4KQPA 1AH5A 4NF5B 5ICTA 4C0RA 4DZ1A 5ELVA 3HO7A 3KEIA 2PMSA 4PFUA 3LSFB 3IK6B 3P7IA 1CE2A 4NTLA 3DELB 3PMWA 1P1QA 4YKKA 4IO7A 3UK4A 4NF6B 3FVKA 3MVYA 3S9NC 4ZEKA 1YCJA 1VE4A 4OETA 1UTHA 3OO6A 3DLNA 4QF9A 5DVFA 3MZ9A 4RJZA 2IEEA 2XD3A 1MXVA 3WAEA 2Z23A 4OFOA 4KYDA 1DOTA 1POTA 2NUVA 1L5TA 3Q29A 4UA8A 1B5JA 4M4GA 3CVGA 3IL1B 3TQLA 4DCYA 2QRYA 3Q26A 3RN8A 3CI8A 1LB9A 3MP6A 4P11A 4F22A 4FORA 4YU0A 3TCGA 3LUYA 5AA2D 2OCUA 4YICA 3TTLA 2W7YA 3TYHA 4FJPA 3ILUB 1NL5A 2PT1A 4G8HA 2R9JA 4G68C 4C1TA 2DOJA 3EQ1A 1I6AA 1US4A 1A8FA 1UIVA 3VVFA 2ONSA 4X1DA 4POXA 3MJNA 2QMXA 2THIA 2I0CA 5I2NA 3TCFA 2ZNTA 1YAEA 3O29A 2FA7A 4EQ7A 1AOVA 4H1XA 3WAFA 2PX1A 5HM4B 1FW0A 1TWYA 5H8QB 4NMYA 4R6KA 1OQGA 3KOTA 2PVUA 2H99A 3OEMA 1B6HA 1B3LA 2Q8JA 1A8EA 3HCQA 1QUJA 2V93A 1NH8A 5F7VA 2I49A 1H45A 3K2DA 1MXZA 4QHQA 1SI1A 1SD3A 1XVXA 4NE4A 1MXXA 2UVHA 1IUDA 3KSJA 1IXIA 4GD5A 1AIVA 3TTKA 3I5OA 3UN6A 1JVYA 1M5EA 4TOZA 4X9TA 4ELQA 1D3KA 4F3BA 1LAHE 4YKPA 4YB6A 1PEBA 3KOSA 2F97A 2Z8FA 4ZDMA 4R6HA 1P99A 2DWAA 1IZ1A 3V8XB 3G3IA 3IAZA 3G3KA 3KG2A 3PV0E 4LONB 5JK4A 1LBCA 4DDDA 3V5AA 1MM7A 2DVZA 1P1UA 1M5CA 1DTZA 4ZEIA 1P1OA 1Y9UA 1LAGE 2R6GE 1EZOA 4E0XA 4Q5TA 2GRVA 2ZYKA 5CRYA 3OSQA 1MXUA 2X7QA 1PBQA 3LSLA 3PD9A 5EHSA 3G7WA 3TAJA 3TPAA 5I57A 3B6QA 3FVNA 1ZLQA 1N76A 5EYFA 2QL3A 4QRZA 2ZXTA 5AA3A 1NMUA 3TDJA 3S9LC 5ISUA 3PPPA 2A5SA 3EHUA 3G3FA 3EPEA 4H5GA 1PB9A 3S4UA 1FTOA 4Q30B 4EQBA 4ELRA 2UVGA 1MY1A 2O7UA 3ODBA 1CB6A 4XKQA 1M5BA 5KCJA 1B3HA 1F9BA 1LCFA 3K4UA 2NVUB 4BDQA 5A5XA 4FATA 3E3KA 3PUXE 3K0VA 3IB1A 1URSA 3T9VA 4GL8A 4DIGA 2AIXA 3PUVE 3GZGA 3PUZE 1B32A 5H8HB 1DPPA 1RKMA 2XXHA 3QYTA 3IOTA 2Q89A 3FXUA 3QUJA 2GFEA 2REJA 3MVXA 3O6GA 4NF5A 5K2YA 4QFOA 4NF4B 4OFJA 1YTVA 3O9PA 2E0SA 4OEUA 1OVBA 3K1MA 4TQUQ 4FIMA 2HAVA 1BLFA 2B3BA 4QFLA 4ESXA 4LA9A 5CI5A 1QULA 3MWBA 1SBPA 5CM6A 3OMBA 3PUYE 1Q35A 3IB2A 3E4RA 3DP8A 2VD2A 3HHFA 4ONYA 3VXBA 3FVGA 1R6ZA 2ZYMA 3TTNA 1XC1A 1Y4TA 3A3UA 3RTFB 2H9BA 2OBGA 4RPNA 5TP9B 3C9HA 4MF3A 3E9XA 4KYSA 3RTWB 4E0WA 1DPEA 5J1DA 2I0BA 2HCAA 4KCCA 4PFYA 4QFPA 3V83A 4F31B 1P1NA 2XXRA 4BDNA 3K01A 4EF1A 3OO8A 4QSCA 3MW0A 4U21A 5DVIA 1B0HA 3EHTA 2Q88A 3OO9A 5AA2B 1H44A 3HN0A 2VD3A 3MVZA 3LBSA 3PPNA 4U4XA 3BKIB 4F3GA 1JVXA 3DP4A 2DXRA 3B7DA 2AYSA 5LOMA 5DT6A 3T96B 3TELA 4HW8A 1IXHA 4WEPA 3VLUA 3FJMA 4U4SA 4GXAA 4ELOA 1LB8A 1UIUA 1VSOA 2GH9A 4N07A 4X1BA 5H8QA 4U1OA 4JSDA 4BDLA 1MQJA 3MUQA 2R71A 4G8MA 4RK2A 3B6TA 2QPQA 4BDOA 3MPLA 4OMBA 4F1VA 4H67A 2Q9TA 3QK6A 2XXYA 2XX8A 2P1SA 4F1YA 2WKYA 4FECA 2RCAA 4JB7A 2G93A 3AXFA 4BLAA 5I56B 4Z0IA 3MAMA 2VGQA 1M5DA 4RPOA 2PYYA 3QXMA 1O64A 1JNFA 3VV5A 1D4NA 4GQOA 4H8IA 3U93A 1MH4A 3PPOA 1FTMA 4EF2A 3HSTA 1B3EA 3L6HA 3K6UA 1JEVA 3OD7A 2LAOA 2RCBA 1EZPA 3PD8A 3PMVA 3PPQA 5JTYB 4GFRA 3D4GA 1QKAA 3KFMA 4FEDA 3SEXA 3UIFA 1FTLA 1HSLA 1HSJA 3VLWA 3VLVA 3RY3A 4EXLA 3MZ1A 1MH3A 4KYEA 3T9UA 4JXIA 4YAHX 3C31A 1Y3QA 3O2AA 1B51A 1B3FA 4NWCA 4LQ5A 2F78A 2DP8A 3SEYA 3SETA 1IIWA 3KN3A 3FVOA 3C32A 1S50A 5I59A 2UYFA 3PUWE 4QSEA 1DMBA 4EUOA 1TFAA 1LAXA 4R74A 3G3HA 4R2BA 3Q25A 3SERA 4OFLA 5FHMA 4UACA 3RNNA 4LZ7A 3FJGA 2QJEA 1EU8A 1MS7A 1NH7A 1GVCA 1MY4A 4GRKA 2CZLA 1AMFA 3SDFA 3ECRA 5KDTB 1PB8A 5TPAB 1R9QA 3MPKA 4O3BA 5DEXB 1MQIA 1WVJA 4DXCA 3FIRA 3LC8A 1JETA 1MQDA 5L9OA 3GBBA 1IXGA 5H8HA 5HPQA 3TQWA 4QFNA 3CFZA 4G77A 4YMAA 3TTMA 4FEBA 4Q0CA 5CC2A 3O6IA 4XIGQ 3OOAA 5JEIA 1DTGA 3OSRA 4GOTA 3SKPA 1B46A 4F39A 4PE5B 1SW4A 1FQEA 2O69A 4POWA 4I62A 2D21A 4JWYA 4KI0E 2F7CA 1WDNA 3KGCA 4EDPA 5AA4B 1OVTA 2I3WA 2O7IA 5CMMA 4P0IA 1HSEA 1B5HA 2ONRA 1MQGA 1B52A 3K6XA 2NXOA 1LCTA 4TLLB 1ANFA 1MDQA 5TP9A 4PFTA 3OO7A 2XX7A 3ILTB 3FD3A 2F8DA 2RF1A 2IA4A 3K1PA 2UYEA 3FV1A 1SYIA 4AQ4A 3TUSA 3KBRA 5H8SA 1T0KA 2RC8A 1UQWA 1B05A 1A55A 2YPNA 1UTHB 1MY2A 4OENA 5HBCA 2ALUA 1B2HA 2DWJA 1QUIA 3SEVA 4PFWA 4QFKA 1B5IA 5I2KB 4YB5A 3PGFA 5AA2A 3USDA 3RPWA 5M2VA 4IO3A 3CR9A 3H03A 4HS7A 4R2FA 4U23A 2O1MA 1KWHA 3U72A 1LFIA 1N7WA 3L6GA 4KCDA 1O7TA 1D9YA 4KR5A 1A54A 2P0SA 1LBBA 4F1UA 3MBPA 3VE1B 4DXUA 1EH3A 3C34A 1S7YA 1B7UA 3ZKLA 4F3SA 3FATA 2FYIA 1Y1ZA 1PB7A 3IX1A 1N7XA 1IQ7A 3S2VA 2Z22A 3FV2A 2V3QA 4I1DA 1I6BA 3V89B 3RT8A 1XT8A 4GVOA 3MP1A 4TLMB 4F2QA 3KZGA 1IITA 3O28A 1LGBC 4GL0A 2DSFA 1IEJA 2DQVA 1JQFA 1MG1A 1SW1A 2P2AA 3RLFE 5I2NB 3M3KA 2ANJA 2KLFA 2Y7PA 3N94A 2GHBA 2F7AA 3U92A 3FJ7A 1UTBB 3SESA 1LFGA 3R26A 4YKIA 4N6PA 2DVCA 1QKBA 1ZIUA 3M3LA 3I3VA 1Z7ME 4RA1A 3U1OA 2UVJA 1QJMA 3HPIA 2OJTA 4ZEFA 2XXWA 2PT2A 2DYXA 3IO6A 4NF6A 3S9MC 4Q8RA 3T66A 1BTJA 2I3VA 4OWDA 2DE2A 4G2ZA 4IY6A 4XKRA 3BFUA 2Q2CA 3TMGA 2B65A 3OXNA 3W15C 3MVWA 4MLVA 1FQFA 2O68A 3VVEA 3ZSFA 1NKXA 2XHDA 3H6VA 4EQ9A 4OHNA 4LQ2A 1LSTA 3CSGA 1MPDA 4OEVA 2O84X 3THIA 3B6WA 1NFTA 5L9SA 4RY1A 2H4IA 2I4BA 2X7PA 3S9EA 4XKPA 5H8FB 4H65A 4MLQA 1H76A 2F6PA 3QSLA 2Z8EA 4F3PA 1MY3A 2F35A 4F19A 1B0LA 3RT6B 2DE4A 3BBRA 2Y7WA 3MP8A 1H43A 5EHMA 4O3CA 3K00A 1O63A 4NWDA 2QS3A 3PMXA 4NEDA 3N6TA 2XD2A 4PETA 4U22A 3UGWA 3A3CA 2XXUA 2Z8DA 2O1LA 1J1NA 3SEWA 3C36A 4G68B 3E13X 3GBAA 1PBPA 1OIBA 2Y7RA 4IB2A 4IO6A 1FQAA 2RKMA 1TXFA 5TPAA 2NWJA 4MFIA 3LSWA 2A5TB 2ABHA 1URGA 3W9WA 1POY1 3N5LA 3G3JA 1YPNA 3ZKKA 5KCJB 2V3UA 4ESWA 4NF8B 1NNKA 3RGYA 4JWOA 2QMWA 2G29A 5H8NB 3FASA 1BIYA 3CIJA 2H25A 3TZAA 1IXCA 2ZYOA 1Z7NE 2Q2AA 3TODA 2XX9A 2HXWA 4IO4A 5CMBA 3CRBA 3EHSA 4HCWA 4R6YA 4ELPA 3R6UA 3K1NA 3BFTA 4IGTA 1I6QA 1MY0A 5AA4A 3UORA 5F1QA 1N0TA 4BDMA 4I9DA 3FZVA 2XXTA 4R9GA 1SW5A 2DWHA 1LFHA 1XOCA 1OLCA 5CMKA 4ND9A 3C4MA 3MC2A 2XXXA 2ONKE 2VP1A 1II5A 2Y7IA 3UP9A 2X26A 4IGRA 3K6WA 2RINA 3JYRA 4GF8A 2DS9A 1XVYA 3H06B 4IO2A 5I84A 5FTIA 1I69A 2YJPA 4H6DA 4IO5A 4WKMA 2QS2A 4ECFA 1LAFE 1R1NA 3IB0A 1ZTYA 2CMOA 4QSDA 3H4ZA 1QUKA 3TKDA 1SYHA 5I2KA 1OLAA 1ELJA 1QVSA 2AL4A 1GR2A 3EF7A 2ZMBA 4OESA 3H6UA 2OWTA 3H6TA 1DSNA 1MM6A 3U8QA 3TFLA 2Y7KA 4LZ5A 2I58A 1LLSA 4OTEA 3TTRA 4WXJA 5BUUA 4ZZAA 5AE4A 5L9MA 5FHNA 1S9TA 4OERA 3CSBA 2D3IA 1FQDA 2AL5A 1FQCA 4HCYA 3VFJA 3G3GA 3RQTA 4F2OA 3T9HB 2HAUA 3KN8A 2RC9A 3IJOB 2H98A 4BDRA 4JDFA 2ZNUA 3CG1A 4C1UA 4YZZA 4EXKA 1NNPA 2I48A 1XS5A 2H5YA 4OVJA 3KN7A 4I8CA 1QW0A 2FNCA 4G8NA 3N6UA 4OYVA 2QSXA 4U1ZA 4P0GA 4ZS9A 1USYE 3O6HA 1MRPA 1JEUA 1EZ9A 4ISUA 1PDAA 1TFDA 2I4CA 1ZMGA 4FAJA 1UTBA 2Y84A 5I58B 4NF4A 3H7MA 1SI0A 3Q27A 5BWJA 1Q1KA 2QS1A 5IAIA 5KZTA 2HFBA 1FCKA 4G4PA 3OELA 2OLBA 4H0WA 5DTBA 4ZEBA 1ZKBA 2I6EA 1JW5A 1VR5A 5B7DA 2F5XA 4LATA 4R72A 3N26A 4MBPA 4DE8A 1H3DA 2NOOA 4O3AA 3EN3A 3U94A 5TU0A 4KPTA 3I6VA 3TEPA 4OZ9A 4ZE9A 1N3WA 5IKBA 3M8UA 1B9JA 3VDFA 4Z7EA 3DP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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