2I48A

Crystal structure of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803 in complex with carbonic acid
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MMPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bicarbonate transporter
total genus 144
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A01
3V8XB 5I57B 1B7HA 4AQ4A 3K02A 1Q35A 3EHUA 4LP2B 1FQEA 4UA8A 1MPDA 3MC2A 2DWIA 4F22A 4BDRA 1URGA 4X48A 2OWTA 1QJMA 2Y7IA 1SVXB 2I48A 3IB1A 1JEUA 5F7VA 2VHAA 4ZE9A 2DXRA 2X7QA 1B0HA 4ELPA 3T66A 4TQUQ 3IOWA 3LR1A 5H8HA 4R6HA 4QRZA 2A5SA 2Y7PA 2A5TA 2OWSA 2RKMA 2I0BA 4GXSB 4LQ2A 3R6UA 2OCUA 3IOTA 4GXAA 1MXWA 1PDAA 2QS3A 2QMWA 1ZMGA 1ZLQA 4YB5A 2DWHA 3LSXA 3OXNA 1QKBA 1NNTA 1MPBA 3U94A 5I84A 2ZNTA 4QFNA 4LA9A 2B65A 2Y7KA 4F18A 1IIWA 4YKIA 2XXQA 4POWA 1AL3A 1SW5A 3VVEA 4ELQA 1B3LA 4XIGQ 3CFLA 4F31B 1VSOA 2DE2A 1FTMA 3M3FA 3U92A 3UGWA 1J1NA 3HV1A 4IO5A 3Q26A 4XKQA 3FV2A 4KYSA 1I6AA 5JK4A 4YB7A 1Y1MA 4PE5B 4ZE8A 1YAEA 1SI0A 1I69A 3FIRA 5TPAA 2XHDA 5CBSA 5I2KA 3B6TA 3VLUA 1OIBA 2W7YA 3QK6A 2F36A 1ZKBA 1DMBA 5BUUA 3Q27A 1FQBA 1OMPA 2AL4A 3KBRA 1JVXA 3HCQA 2OJTA 2ANJA 3CG1A 2ABHA 4LQ5A 1LAXA 3OELA 3H6VA 2DWJA 4OTEA 4GVOA 1NH7A 1Y3NA 4O3AA 2ONKE 1FW0A 4R75A 1PB8A 3W9VA 1LB8A 4PQJA 2V84A 1NFTA 3TTRA 1IQ7A 2IEEA 2IA4A 2VD3A 3O9PA 3RLFE 4WKMA 4GF8A 3OOAA 4PFUA 4HTGA 3OO6A 3OSQA 3LC8A 4ZEIA 3KZGA 1H43A 1JQFA 4IB2A 3TQLA 4H65A 5I58B 5B70A 3A3UA 3OD7A 5ITOA 1B5IA 4H5GA 4DDDA 3MVWA 3TZAA 1GV8A 2DXYA 3G7WA 2ZYOA 4QFOA 3IJOB 1NKXA 1LAGE 4IO2A 4LZ5A 3G3KA 3GLBA 1L5TA 1FTJA 4M1VA 3QUJA 1XC1A 3KJ7A 2Q9TA 3W15C 4F1VA 2I3WA 1QUJA 3IOVA 3K01A 5DTBA 4IY5A 4PETA 3Q25A 4NF5A 4FECA 4BLAA 4DLDA 4OHNA 5HPQA 3VV5A 1PEBA 1B9JA 2R71A 3E3KA 4JDFA 5TP9A 3RT8A 4FIMA 1LCFA 1LFGA 2XXUA 3P7IA 2HEUA 2ZYKA 4QSCA 3RGYA 3KOTA 4F39A 1A7LA 5H8NB 4YB6A 2OBGA 2RC8A 2O1LA 4F3BA 4I8CA 1FQAA 2QS2A 2QMXA 2H25A 1JNFA 1N3XA 3U8QA 5AA4A 1US4A 1ZIUA 3DP8A 1RYOA 4KQPA 4F19A 4G8NA 1DSNA 3QSLA 1MH3A 5LOMA 2I6EA 3MZ1A 5CBRA 4TOZA 2PT2A 2XXPA 3IB0A 3CSBA 3PUVE 4JWYA 2O51A 4QFLA 3LBSA 1WODA 4NWCA 4G77A 2I4CA 1GVCA 4JSOA 2G29A 4QFKA 1ANFA 3TQWA 1BIYA 2O7UA 2OLBA 4PFTA 1B58A 3PMVA 5ICTA 1B6HA 2V25A 1XS5A 4BDOA 2DSFA 1VFEA 2QS1A 3MPLA 5M2VA 1N3WA 3H03A 4EQ9A 2F35A 3FV1A 2D5WA 3KSXA 4OERA 3GBAA 1N84A 3CIJA 1Y4TA 4U2RA 1MXVA 2P1SA 4GLIA 3SERA 1IXCA 1KWHA 4F3SA 3O66A 1MY4A 5L9OA 3I3VA 4OEVA 3OENA 4OFLA 3H6WA 1ZU0A 1ZJLA 4EXLA 2CMOA 3JYRA 3G3FA 3L6HA 2Y7RA 2X26A 2UVGA 1NNPA 3PUXE 3MJNA 5KDTA 3RPWA 3O6IA 3SEWA 4U1ZA 4YKJA 3A09A 4GOTA 4NEDA 1EH3A 3LUYA 3VVFA 3EHTA 2LAOA 1D9VA 3TCGA 2Y84A 1H76A 3EF7A 2Y7WA 3C32A 4WEDA 3RT6B 1N04A 3MP1A 1SYIA 3ZKLA 3CVGA 3MPKA 2QRYA 5H8QA 1USYE 4IGTA 4OFOA 4XKNA 5H8SA 5I59B 5DYHA 1B3GA 3HO7A 5DT6A 2F97A 3O6GA 4H8IA 5CMCA 2NVUB 3O28A 5I56A 1YTVA 2P0SA 4LONB 3DLNA 3IX1A 1AH5A 1MM7A 2H98A 2XX8A 1B7ZA 1B5JA 2F6PA 3FXRA 5ELVA 4JBZA 3THIA 3KN3A 1QW0A 3PMXA 1MH4A 4U4XA 1NL5A 3I6VA 3PPOA 2Q89A 4EUOA 4F3GA 1POTA 4KD5A 3TFLA 4Q0CA 3CFXA 2M8CA 3M8UA 4RA1A 3TMGA 5H8HB 4EXKA 5K2XA 4ZS9A 1NNKA 4JXIA 4DCXA 2A5TB 1AMFA 2PX1A 1LLSA 3VXCA 4NMYA 4NF8A 4NWDA 3C33A 1R9QA 4EDPA 3FZVA 4IO4A 2XX9A 3K1NA 4EQBA 2G93A 5CRYA 2F8DA 3IO6A 3TTNA 3K1PA 5H8FA 4GIZA 1OVBA 1Y3PA 4NF6A 4Z0IA 4JWOA 3JZJA 4X1DA 1TFDA 3GBBA 3IK6B 4ECFA 2HZKA 5CI5A 3SEVA 1IZ1A 1XVXA 4X9TA 5DEXA 5CMBA 2GHBA 1IXHA 2ONRA 3QXMA 2VOZA 2BJJX 4XKPA 3S9MC 3RY3A 2HQ0A 1P1WA 3K6WA 1A8FA 4MBPA 1B32A 1MQJA 1EZ9A 1NMUA 3U1OA 2I3VA 2Z8EA 3CFZA 4O3CA 2PBWA 4R74A 1Y3QA 3H6TA 2Q2AA 5TPAB 1OQGA 5I2KB 3K1MA 2D3IA 2R6GE 1DPPA 2HAVA 1BLFA 2Q88A 5J1DA 5IAIA 1DOTA 4G68C 1UIVA 3PD8A 5AA2A 5JTYB 2P2AA 1DTGA 5TU0A 4YMBA 5FHMA 1MQDA 1LGBC 2I58A 1S50A 3FJGA 3RNNA 4IY6A 1Q1KA 1FCKA 3TKDA 5JEIA 1JEVA 5BWJA 3PGFA 3R26A 5AA2D 4FEBA 1BTJA 4Q8RA 4ELRA 4GD5A 3KSJA 5JTYA 3CR9A 2DP8A 2XXVA 1FTOA 1A54A 2ZMBA 3Q28A 4H6DA 2AYSA 4FORA 1LFHA 5HBCA 4GFRA 3WAFA 2ESNA 3MQ9A 4H1XA 4JSDA 3H06B 1URSA 4YZZA 3DM0A 4KPTA 4U1OA 2XXIA 1NNFA 1GR2A 4FEDA 2DE3A 4NF5B 4G2ZA 5I2NA 4KFQA 5TP9B 2DQVA 4EF2A 1IXIA 1Z7NE 4ZEFA 2V93A 3FVOA 1B3HA 3EHSA 2I0CA 3QYTA 3T96B 3D4CA 2VGQA 4OVJA 3OEMA 1A55A 1PC3A 4KCCA 5AE4A 4EQ7A 5FHOA 1JETA 3FJMA 4F3PA 5AA3A 4EF1A 1B5HA 3GZGA 3EN3A 5AA4B 4IO6A 1B4ZA 2QPQA 1OLCA 1SD3A 3H7MA 2NWJA 3ODBA 4WXJA 4G68A 1H44A 2WKYA 3OO9A 4NTLA 3W9WA 5EHMA 4F1UA 4QF9A 4P0GA 3SEXA 2HXWA 4U21A 3E13X 1CE2A 3B6QA 3VFJA 1EZPA 1UTBA 2O84X 2GRVA 1HSEA 4ZEDA 3TCHA 1IUDA 1QUIA 4R72A 3N94A 1Y20A 3U93A 4BDNA 4OENA 3HHGA 4MLQA 3AXFA 3CG3A 2PVUA 2X7PA 3T9HB 3O97A 2XXWA 2REGA 4F2OA 1P1QA 4P0IA 2V3QA 4H0WA 5L9MA 3OMBA 1MY2A 1Y4CA 3SESA 1A40A 4ZEKA 4P11A 3L6GA 4RY1A 2O69A 2UXAA 3O6HA 4QHQA 4KR5A 3BBRA 3PUWE 3RUMA 3Q29A 3F11A 4RPOA 3UORA 1SBPA 4U4SA 3U72A 1AIVA 1TFAA 4LZ7A 2YJPA 4MF3A 3VDFA 4IO7A 1RKMA 1JW1A 3S9LC 4E0WA 2VP1A 4X1BA 3RN8A 4LUBA 1N7XA 4N6PA 1M5CA 1IITA 1LSTA 5CC2A 3C34A 3TTMA 4ZECA 4ELOA 4R9FA 3IL1B 3PD9A 5KDTB 2RC9A 3KEIA 1TWYA 1PB7A 1A99A 4QSDA 3FXQA 3O29A 2B3FA 3TTKA 3RTFB 3CI8A 3O2AA 4HW8A 4HS7A 2Z8FA 3MW0A 4OETA 4H67A 3K00A 4U23A 4ISUA 5H8QB 1SDXA 4M4GA 2E0SA 2REJA 1SQYA 3MUQA 2ZYMA 4KI0E 1FQFA 4AB6A 4TLMB 3CRBA 3TCFA 3PMWA 4ESXA 4ONYA 3IR1A 1OQHA 1TXFA 5A5XA 2PT1A 1MY0A 3K4UA 5I56B 1O63A 3RTWB 1R6ZA 4DCYA 3C9HA 4N13A 1F9BA 1SI1A 4Q5TA 1IEJA 4YICA 2RC7A 3ECRA 4MFIA 4RK9A 3USDA 1I6QA 3QIMA 3JV9A 1B2HA 3B6WA 1XVYA 2ZNSA 4RPNA 4RJZA 1O7TA 3K6UA 3TYHA 3MP8A 4NF4A 4NF8B 5CM6A 2V3UA 3A3CA 1BP5A 4Q30B 3IO4A 3T9XB 3MP6A 4KYEA 2UVHA 5H8FB 2VD2A 5KZTA 4XXUA 5EYFA 1D9YA 3ZKKA 4OMBA 1B3EA 4NF6B 5KCJA 2DVZA 1LAHE 4C1TA 1BKAA 5ICQA 3EQ1A 4RNSA 1B1HA 3LSFB 1LAFE 4AB5A 1QKAA 3PUZE 4XKRA 3FVKA 3VLWA 1M5BA 3UN6A 1ZBMA 3QUFA 2XXTA 1LFIA 1UTHA 2GH9A 3FUZA 4H5FA 4WEPA 3S9EA 5DEXB 3ZS6A 3T22A 3KFMA 3ONMA 4MLVA 1B05A 1M5EA 4HCYA 1JW5A 3MVYA 1II5A 1P99A 3BFUA 4DE8A 3TDJA 3C31A 1VR5A 3KJTA 3N5LA 4POXA 4ZEBA 2PMSA 2UVJA 3LSWA 3D4GA 3VE1B 3S4UA 2AIXA 4OZ9A 3FATA 4RYAA 2H4IA 3SDFA 3C4MA 3EPEA 5AA2B 5I57A 1MXXA 3MZBA 3M3LA 4O3BA 4DZ1A 3ILTB 3SETA 1I6BA 4IGRA 2XXYA 1DPEA 3MZ9A 3SKPA 2DWAA 4LVQA 3K0VA 3SEYA 1AOVA 3FXUA 4PFYA 5DVFA 1XOCA 4KYDA 4I9DA 2YLNA 5FHNA 2F78A 1EZOA 2V3TA 4KHZE 1FTLA 3BFTA 2Z23A 1MS7A 1S9TA 4GQOA 2ZYNA 4NE4A 3FVNA 1JW4A 4L17A 4H8JA 1MM6A 3H6UA 1N0TA 1QULA 5L8DA 2ZNUA 1PBQA 3KG2A 4RXLA 4DXUA 3N6UA 1MY3A 1MDP1 5EHSA 3PPNA 1T0KA 5F1QA 3FJ7A 1LBCA 2F6GA 1Y9UA 1SYHA 3I5OA 2O7IA 4TLLB 1N76A 5CMKA 3ZSFA 4ZZEA 1LBBA 1EU8A 2QSXA 1OLAA 5I2NB 3GXAA 2Z8DA 2UYFA 2NOOA 4YKPA 1SW1A 1ELJA 3MVXA 3V89B 3TPAA 4DXCA 4F2QA 5AA1A 3VXBA 4YAHX 4IO3A 3FGSA 1GGGA 1LCTA 3HSTA 5K2YA 1IXGA 3UIFA 1MY1A 1SW2A 2B3BA 1M5DA 3MVZA 3MWBA 3G3HA 3LSLA 2DOJA 4ZZAA 4FJPA 3TODA 1D3KA 4G68B 1VFDA 3DP6A 2QL3A 2F7CA 2RCBA 2HFBA 2QS4A 3OSRA 2D21A 4ESWA 1Y1ZA 3UP9A 1B46A 1ATGA 3TELA 3TTLA 4RK2A 1UIUA 1O64A 1UTBB 2I49A 1CB6A 3SEUA 1A8EA 3HPIA 3S2VA 1XHYA 4FE8A 4ND9A 1MQGA 3ILUB 2DS9A 4GL8A 1H3DA 1POY1 3C35A 2ALUA 3OO7A 2GFEA 3T9UA 2GHAA 5DVJA 5I58A 2ONSA 3HN0A 1DTZA 1UQWA 4ZDMA 1HSJA 2YPNA 5IKBA 4I62A 4GWOA 3H4ZA 2O6AA 3E4RA 4G8MA 1N7WA 3R7XA 5ITPA 1MRPA 3UK4A 4YMAA 4R73A 3C36A 3N6TA 3QAXA 1US5A 1FTKA 2RINA 3S9NC 4I1DA 2QJEA 3V83A 2F7BA 1MQIA 4QSEA 1ZTYA 3G3IA 1MXYA 2FNCA 4OESA 4LATA 1YCJA 2Z22A 2Q8JA 4YKKA 3TAJA 1PBPA 4YU0A 4HCWA 1R9LA 1Z7ME 4JB7A 4GL0A 2O68A 2XXXA 2XD2A 1GTKA 4MH5A 1B0LA 3G3JA 2OK2A 1JVYA 3KOSA 3OO8A 2O1MA 5H8NA 2XXHA 3PPPA 2OZZA 4BDMA 2HAUA 1QUKA 5HM4B 1B52A 1B1XA 4Z7EA 2UVIA 5L9SA 5FTHA 2ZXTA 3KGCA 1M5FA 2NXOA 3V5AA 3PPRA 1B7UA 3PV0E 2NUVA 1S7YA 3CSGA 4PFWA 2HZLA 4R6KA 1FQCA 2DVCA 4C0RA 1H45A 2XX7A 3H3GA 2H9BA 1MG1A 3PPQA 1VE4A 2CZLA 5A5XB 2THIA 4XTCQ 1WVJA 2E1SA 3G3GA 4KCDA 1TT1A 4OEUA 4R2FA 3N26A 2F5XA 4G4PA 2R9JA 2UYEA 1OVTA 1D4NA 4OFJA 4QFPA 1USYH 3E9XA 2RCAA 1B51A 4R9GA 2RF1A 3DP4A 1MPCA 2F34A 3VVDA 1RYXA 3M3KA 4GRKA 3TEPA 1NH8A 4OXVA 4C1UA 4BDQA 1P1NA 2I4BA 2H99A 3IAZA 5ISUA 2PYYA 3B7DA 3VLVA 4LZ8A 4R2BA 4NF4B 3PU5A 3BKIB 1B3FA 1MXUA 3T93B 1WDNA 1MXZA 1LB9A 4OQOA 4N07A 3FVGA 2XD3A 3IOUA 3MAMA 4E0XA 3IB2A 4DXBA 2XXRA 4OYVA 4UACA 1R1NA 5KCJB 2Q2CA 1B4HA 2AL5A 3K6VA 1PB9A 2KLFA 3TUSA 3K2DA 4OWDA 2FA7A 2HCAA 3FD3A 5FTIA 4FAJA 1P1OA 2DYXA 1URDA 4U22A 3KN7A 1B40A 4G8HA 4F29A 5CMMA 1QVSA 4F1YA 1UTHB 3KN8A 3WAEA 3UA8A 2FYIA 2H5YA 3PUYE 1MDQA 4FATA 3OEKA 4THIA 4DIGA 3K6XA 1HSLA 1XT8A 4PP0A 1FQDA 1SW4A 5I59A 4JWXA 3MBPA 3IORA 5B7DA 1MQHA 4K3FA 3T9VA 3HHFA 1P1UA 2F7AA 4R6YA 1YPNA 4BDLA 3DELB 3IJXB 2DE4A 3RQTA 5DVIA 3FASA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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