3A3UA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
270
structure length
270
Chain Sequence
ALRLGFSPCPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Menaquinone biosynthetic enzyme
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Thermus thermophilus
total genus 95
structure length 270
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA02
1LGBC 1MPDA 3KN7A 2V25A 3RUMA 3IJXB 3PV0E 1JNFA 3OEMA 3Q25A 4F3GA 4GRKA 4IO2A 3MAMA 4MH5A 4Q5TA 5CMBA 1NNKA 1NL5A 2DXYA 3GLBA 3IOUA 2Z8DA 2ESNA 3OXNA 2E0SA 5I2NA 3V5AA 1FQFA 4FE8A 3I3VA 2HCAA 2VP1A 4DXCA 4ELQA 3LUYA 3BFUA 1DPEA 1FTKA 1GR2A 3SEUA 4THIA 3TTKA 4KQPA 3PMWA 3OMBA 3OO8A 5FTIA 3FJGA 4JXIA 3GXAA 1OLAA 4RJZA 1MY4A 3DP6A 2F7AA 3OO6A 2UYFA 1D9YA 4DXUA 1FQCA 1LFHA 4F2OA 1OQHA 2I58A 5KCJA 1Z7ME 4QFLA 2A5SA 4EQ7A 4WEPA 1SI0A 4TOZA 2M8CA 3MBPA 2QS1A 5KDTA 5L9OA 5K2XA 4MF3A 1N3WA 3TEPA 2BJJX 2R9JA 1H43A 1LSTA 2F34A 4IGTA 3O6GA 3K6WA 3QUFA 3LSLA 4F19A 2PT1A 2H98A 3FVGA 4POWA 1LB9A 2ONKE 3O9PA 3T93B 3RT6B 5DEXA 4PETA 3B6WA 2QPQA 1JW4A 3OEKA 3RQTA 3FATA 4ZZEA 4YZZA 2XXIA 1JW1A 5H8NA 3USDA 3IB1A 1AL3A 1ZU0A 1QKAA 1XS5A 1R9QA 2Z8EA 3FVKA 4NF5A 3CSBA 4H67A 3HCQA 2O6AA 1LLSA 3DELB 4F39A 1HSLA 4JBZA 4E0XA 4Q30B 3OENA 5CMKA 4F31B 1PC3A 2VOZA 1UTBB 1Y20A 1SW1A 4F2QA 2DS9A 4R75A 1MY3A 5I58A 3IAZA 4R2FA 3IX1A 3N94A 1NNTA 2O1LA 2F35A 1EZ9A 4ZEIA 3HSTA 2CZLA 3VVEA 1Y1ZA 3CFXA 1MXYA 3OD7A 4ESXA 2GHAA 3ZSFA 2IA4A 4U4SA 1MH3A 1BIYA 1YCJA 2XXPA 1F9BA 3C34A 2KLFA 1HSEA 4PP0A 4I9DA 5FHNA 4OETA 3C36A 1TFDA 3QUJA 1B40A 4G8MA 3FD3A 3CRBA 4H8IA 3EPEA 1WVJA 3S9LC 1H76A 4ZDMA 1B51A 2DVCA 4H5GA 2Q8JA 2ZYNA 3TCHA 5HPQA 4OENA 1MXZA 4Z7EA 4R2BA 1ZIUA 3DM0A 3GBBA 4P0GA 2OWSA 1VFEA 4OVJA 3R7XA 3OSRA 5B7DA 2VHAA 2H9BA 4AB5A 4LATA 1I6QA 1S7YA 4EQBA 3O6IA 4NF6A 1CE2A 4ZZAA 3SETA 3O97A 4ISUA 3LSWA 2XD2A 2LAOA 3B6TA 3TZAA 3KZGA 3KOSA 5ELVA 3EHUA 1LCTA 4GD5A 3SESA 5I2KA 3UN6A 4GIZA 3U72A 3SEWA 3D4GA 3RT8A 4ZE9A 1Q1KA 5CBRA 2DOJA 1FQBA 4F22A 5L9SA 3DLNA 3MVWA 3K4UA 4KFQA 3KG2A 4GLIA 3EHSA 4NF8B 1MQHA 5AA4B 5K2YA 4EDPA 3RTFB 3R6UA 2OLBA 3FV2A 3A3CA 1BTJA 4X9TA 5TP9B 4DDDA 4RK2A 2AL4A 3TQWA 4DXBA 1PB7A 4NEDA 4C1UA 4OQOA 3VE1B 4JB7A 1LFIA 2ZYMA 2O7UA 4AQ4A 4DCYA 2Y7KA 4KHZE 3PUVE 4QFKA 2F6PA 4PFWA 2F36A 1PEBA 2DWJA 1IQ7A 4JDFA 2ONSA 2REGA 3A3UA 4OTEA 3MVXA 3TTNA 4U4XA 1P1OA 2PT2A 3KJTA 1B32A 3PUYE 5I59B 4EXKA 2XX8A 1DTGA 3IJOB 1B4ZA 2XXRA 3UP9A 3IR1A 4XKQA 2XXTA 2D3IA 4OWDA 3G3IA 2OK2A 4IO7A 2FYIA 3TAJA 1YTVA 4G68A 1DMBA 3O66A 4GL0A 2O7IA 3QAXA 3T96B 1S50A 3S4UA 4QFNA 1TT1A 3KBRA 4RK9A 2Y7RA 1QJMA 2DE4A 2I4CA 1IUDA 2O69A 3CG1A 2G29A 2ZYOA 4M4GA 2I49A 3FZVA 3PPOA 3MP6A 2X7PA 3PD9A 1PBPA 2I3VA 2I4BA 3FVNA 1ZTYA 2UVJA 4R72A 2DYXA 4GOTA 5I57B 4RXLA 4RA1A 1MPCA 1MH4A 2ZMBA 5BWJA 3W9WA 4JSDA 3HPIA 4WKMA 4HTGA 5AA3A 3O29A 2V84A 2OCUA 1O7TA 1H44A 4OXVA 3T22A 3HO7A 5AA1A 1JETA 1XVXA 4GWOA 2I3WA 1N04A 4FAJA 3KFMA 3FJ7A 5DTBA 1US5A 3H03A 3LBSA 3EHTA 1MDQA 5ITOA 1B9JA 3G7WA 4R74A 3PPRA 1FQAA 2QS3A 3PU5A 3PMXA 3VDFA 2HAVA 4JWXA 1MXWA 2ABHA 3MPLA 4TLLB 1B52A 2XXHA 4QSDA 5TPAB 1BLFA 4OEVA 4Z0IA 1UIVA 3FXUA 4H6DA 3DP4A 2A5TB 4R6HA 3S9EA 4TQUQ 1PBQA 2RCBA 4I62A 4QSEA 4PE5B 2XHDA 2PMSA 1IEJA 3U8QA 5CI5A 3K01A 1Y1MA 4DE8A 1QUIA 1SD3A 2X26A 2DWIA 4IO3A 1I69A 5KZTA 4OFOA 1YAEA 4H5FA 3E13X 3S9NC 3TTMA 4NE4A 1N7WA 3PUWE 3LSXA 1UTHB 3RY3A 3H06B 2I48A 5EHMA 2PX1A 3W9VA 3F11A 4F1VA 3IB2A 4DZ1A 4MFIA 5I56B 1A7LA 4BDLA 3KJ7A 2HEUA 3B6QA 4LQ5A 1FTJA 4NWCA 1A99A 1LBCA 2P0SA 1O63A 3MP1A 3SEYA 5ITPA 5CM6A 1TFAA 2O84X 3G3GA 3VVFA 2HQ0A 4ECFA 3HN0A 3M3FA 1ZKBA 1LAXA 3E3KA 5J1DA 1P1NA 4ZE8A 1IZ1A 3MVZA 3TTRA 4ESWA 1JW5A 1IIWA 3KSXA 3WAEA 1II5A 3LC8A 3O6HA 3K1PA 2NOOA 4YMBA 4NWDA 3FXRA 5CMMA 4ZEBA 1XHYA 4GXAA 2ONRA 1B2HA 3B7DA 3RTWB 2RC8A 1N0TA 1B5IA 5LOMA 2GRVA 2RF1A 4XKPA 1LCFA 2B65A 2F78A 3JZJA 3FASA 5A5XB 4MLQA 3QXMA 1A55A 4YB5A 2Z8FA 3K6UA 1FW0A 3FVOA 3PPQA 3ILUB 1UIUA 1I6AA 3TTLA 1ATGA 2O51A 3VXCA 1VSOA 2NVUB 1P1UA 1SDXA 4KCDA 3U92A 3Q29A 4F18A 3MZ9A 2PYYA 4ZS9A 1UTBA 1H45A 3PUZE 5L8DA 1JVXA 1QW0A 5H8FB 1ELJA 2RINA 3BBRA 4LZ8A 2F7BA 1MY2A 1A40A 1EH3A 3FV1A 5CRYA 1QUJA 3KEIA 4U23A 3MUQA 2Z23A 1MM7A 1QULA 3ILTB 3K1MA 1LB8A 3FIRA 1A54A 3I5OA 3Q28A 4QFOA 4NMYA 4LP2B 1OQGA 3MVYA 2ZNUA 1FTLA 2H25A 3WAFA 1I6BA 3SEXA 2NXOA 3VLWA 2CMOA 1PB8A 2B3FA 3RPWA 4YB7A 4DCXA 1SQYA 4G77A 1RYOA 3V89B 3IORA 2DVZA 1ZBMA 3KN3A 3H6WA 1FCKA 3VV5A 2YLNA 1Z7NE 3T9VA 3PMVA 4FORA 3TCGA 2OBGA 4LQ2A 4YB6A 1AMFA 3M3KA 1B7UA 4YKJA 3C33A 5IAIA 2P1SA 2UVIA 3C9HA 1B0LA 1NH8A 1OVBA 3RGYA 4LUBA 1TWYA 3IO4A 4EUOA 4FATA 3R26A 1SBPA 3JYRA 4O3BA 1M5EA 3C4MA 3UORA 4O3AA 2D21A 4NF8A 3K0VA 3K02A 2AIXA 3THIA 5AA4A 3FXQA 4Q8RA 3RNNA 2XXXA 1M5CA 1RYXA 1D4NA 4ZEKA 5FHOA 4R6YA 2QRYA 4X1BA 5TP9A 5H8QB 1SW2A 3E4RA 1QKBA 4OFLA 1XT8A 1URSA 1IXHA 2H4IA 4GF8A 4NF4B 2OWTA 4PFUA 3MZBA 3K1NA 4K3FA 2HFBA 1B5JA 2ZNTA 1USYE 4KYEA 1LAFE 1MS7A 3OO7A 5DVFA 4R9GA 3O2AA 1D9VA 4TLMB 3IOVA 1JVYA 1WODA 4GXSB 1L5TA 1MXUA 4F1YA 5M2VA 1N3XA 4N13A 3C31A 5I59A 2DWAA 1URGA 2ZYKA 3ZKLA 3H6TA 1DPPA 1UQWA 4HCYA 3T66A 1A8EA 1RKMA 3MPKA 3O28A 5CBSA 1FQDA 1D3KA 3N26A 4YKKA 3QIMA 2F8DA 5F1QA 2W7YA 4IY6A 4IGRA 3EQ1A 3TCFA 4O3CA 3CR9A 4F3BA 4XIGQ 1FTMA 3G3JA 1B58A 4P0IA 1IITA 4OFJA 1NH7A 3G3FA 1B7HA 1BP5A 4R73A 4IO4A 3KGCA 2XXUA 2HZKA 3G3HA 2ALUA 1Y4CA 4BDOA 3MJNA 1N76A 1P1QA 4OYVA 5DYHA 4G4PA 3M3LA 5B70A 1MG1A 4M1VA 1B0HA 3ZKKA 4E0WA 3ONMA 5I57A 1MM6A 2XX7A 5JTYB 4FJPA 1GTKA 4NTLA 4RPOA 3VVDA 1LFGA 1R1NA 2VD3A 3TDJA 4JSOA 3U1OA 1Y3NA 4IY5A 2I0BA 4GVOA 4RNSA 3CFZA 2H99A 2XXYA 3MQ9A 2QJEA 1MY1A 1MQGA 4ND9A 3P7IA 4MLVA 4LONB 3I6VA 4KI0E 3OELA 2V3TA 3VLUA 1VFDA 3BFTA 1POY1 5AA2B 1B7ZA 1ZMGA 2B3BA 2G93A 3RLFE 1TXFA 4QRZA 1EZOA 4F29A 2Q88A 3LR1A 4R9FA 3CIJA 2NUVA 4YKPA 1MPBA 2DP8A 5AA2D 4FIMA 3GZGA 4MBPA 1IXGA 1MY0A 4H65A 1YPNA 5AE4A 5TPAA 4XXUA 1OLCA 2A5TA 2ANJA 2UXAA 1ZJLA 4QHQA 4U1ZA 4OERA 1XC1A 4OHNA 1NNPA 1QUKA 3IK6B 3QK6A 4DIGA 5IKBA 4AB6A 2OJTA 3QYTA 5I2NB 4OMBA 4YMAA 4WEDA 4I1DA 2HXWA 4F3PA 1UTHA 2XXQA 1B3EA 4BDQA 3VFJA 1NMUA 3TQLA 5FHMA 4JWOA 1SI1A 3U94A 1NNFA 2UYEA 5I56A 3OOAA 1LBBA 2NWJA 1NFTA 1T0KA 3IOWA 5CC2A 4G2ZA 3N6UA 1AH5A 4H8JA 4RPNA 4LVQA 4DLDA 3H4ZA 3EN3A 3CFLA 1KWHA 1MXXA 4EF1A 1AOVA 2UVHA 5KCJB 4I8CA 5HM4B 5FTHA 5KDTB 3PD8A 3PGFA 2X7QA 4X1DA 5L9MA 3FUZA 5JK4A 1MQJA 4G8NA 3MW0A 1FQEA 4G8HA 2XXVA 3ZS6A 3IOTA 1M5FA 4YICA 3CI8A 2F6GA 3Q27A 1M5BA 2DQVA 1MRPA 3TFLA 3N6TA 2Y84A 4N07A 3KN8A 3TYHA 4ZECA 5DEXB 2DWHA 4KD5A 3SKPA 3OO9A 3SDFA 4HS7A 3C32A 5A5XA 2WKYA 3ECRA 4H0WA 2H5YA 3TMGA 3K00A 1SYIA 4FEDA 1N84A 3MZ1A 2PBWA 4BDNA 5EHSA 3CG3A 4BDRA 2THIA 2FNCA 5H8NB 5EYFA 3ODBA 1LAGE 4FECA 4U21A 3S9MC 1Y4TA 2ZNSA 4C1TA 2R71A 3KOTA 4IO6A 1GGGA 1B6HA 1B1XA 4NF5B 1USYH 4XKNA 2F7CA 2RC9A 2YJPA 1MXVA 1DSNA 2I6EA 3MWBA 4U1OA 3UA8A 3K6XA 4GFRA 5H8FA 3GBAA 3TELA 1JEUA 1O64A 5DVIA 1J1NA 3LSFB 2I0CA 1Y3QA 5I58B 4LZ5A 4U22A 2Q2AA 3DP8A 3VLVA 1ZLQA 3TPAA 2AYSA 4R6KA 1Y3PA 1SW4A 4ELRA 5ICTA 4KYSA 3L6GA 1URDA 5I84A 5ICQA 1IXCA 2V3QA 4OESA 4Q0CA 2VD2A 1B3LA 1GVCA 2QMWA 3H3GA 2PVUA 4EQ9A 2UVGA 4PFTA 2RKMA 4YAHX 1B3HA 3V8XB 4WXJA 1BKAA 3H7MA 2V3UA 3FGSA 3IO6A 1B3FA 4HW8A 4LA9A 2DE3A 1GV8A 4UACA 1Q35A 3BKIB 4POXA 3AXFA 1MDP1 1XVYA 3T9HB 4BLAA 1VE4A 4BDMA 3E9XA 3HV1A 1DOTA 2F97A 4OZ9A 4YU0A 4L17A 1QVSA 4NF6B 3H6UA 4GL8A 4ZEDA 2Q9TA 1B5HA 1HSJA 2XX9A 3VXBA 3IB0A 4G68C 4KPTA 2Y7WA 1OIBA 3KSJA 2QS2A 1N7XA 5TU0A 3V83A 1AIVA 2Y7IA 4PFYA 5I2KB 1FTOA 3QSLA 4GQOA 3EF7A 4C0RA 2QS4A 1US4A 2Q89A 3CVGA 3PPPA 3H6VA 1M5DA 3HHFA 4RY1A 1MQIA 4ZEFA 1POTA 4LZ7A 5H8QA 4KCCA 1H3DA 3SERA 2RC7A 1B46A 1JQFA 4NF4A 4U2RA 5H8HA 1XOCA 5H8HB 1B4HA 1B3GA 4KYDA 1LAHE 4F1UA 1ANFA 2ZXTA 3L6HA 4XTCQ 2F5XA 1EU8A 2R6GE 4X48A 3PPNA 1B05A 1VR5A 3U93A 5CMCA 1CB6A 1DTZA 3UK4A 2XD3A 3S2VA 1R6ZA 2HZLA 4XKRA 4RYAA 5ISUA 4FEBA 4EF2A 3TKDA 2FA7A 1P1WA 2VGQA 4P11A 2RCAA 1OVTA 3K6VA 1MQDA 2GH9A 3PUXE 3JV9A 1IXIA 2O1MA 4HCWA 2HAUA 4ELPA 1Y9UA 2QSXA 1WDNA 1SYHA 3Q26A 5DT6A 2REJA 3SEVA 3HHGA 4G68B 1B1HA 4QF9A 3W15C 4EXLA 2P2AA 2DSFA 1NKXA 1OMPA 1S9TA 3OSQA 3MP8A 5BUUA 2QMXA 2AL5A 2YPNA 3D4CA 1PDAA 2GFEA 1A8FA 5HBCA 5JTYA 2Q2CA 4ELOA 2O68A 4JWYA 3UGWA 4N6PA 3TUSA 2XXWA 4QSCA 1EZPA 4QFPA 3IL1B 3G3KA 1SVXB 1R9LA 1PB9A 4H1XA 4IB2A 4PQJA 2IEEA 4ONYA 3A09A 2E1SA 3CSGA 1P99A 2GHBA 2QL3A 4IO5A 4KR5A 2DXRA 5JEIA 3M8UA 2DE2A 3C35A 5F7VA 4F3SA 2D5WA 5AA2A 3T9UA 5H8SA 1SW5A 2Z22A 4YKIA 4OEUA 3K2DA 3FJMA 2OZZA 3UIFA 3TODA 2Y7PA 3T9XB 5DVJA 4UA8A 2V93A 3N5LA 3MC2A 1JEVA 3RN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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