5CMMA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with 2s,4r-4-methylglutamate
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
259
structure length
257
Chain Sequence
GSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
total genus 87
structure length 257
sequence length 259
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmmA02
3O29A 3A3UA 2RC9A 4U4SA 2OK2A 1Y9UA 2QS3A 3K0VA 2RC7A 4RPNA 3RTFB 1B3FA 1I6QA 1NNTA 2DS9A 3CR9A 2UVJA 3Q25A 1FTMA 2O6AA 2UVHA 4Z0IA 3TMGA 3O28A 1ZTYA 3N26A 3ONMA 1LGBC 3QYTA 2Y7WA 4NF4B 3PUYE 1MM6A 1MQHA 3IX1A 4G68A 5H8QB 5AE4A 4F3BA 1ATGA 2WKYA 3OEMA 3U92A 4G8NA 1B5IA 3KN8A 4BLAA 5F7VA 3FVOA 1DSNA 4EXLA 1J1NA 4H8JA 2Q9TA 5KCJA 2DOJA 2HAUA 3G7WA 1B9JA 4FEBA 4E0XA 3O66A 3GXAA 3HV1A 4IO6A 1UQWA 4BDRA 1GGGA 4R74A 4YICA 1OIBA 3BBRA 3C32A 3I3VA 2ABHA 4IGRA 1BP5A 4QRZA 5JTYB 4ZEDA 3T66A 1URDA 1QUKA 1OLCA 3I6VA 3N6TA 3R7XA 1OVTA 2X26A 2XX7A 4HCWA 1BIYA 4ECFA 3EN3A 2O7IA 4TQUQ 4U1ZA 4KR5A 3W9VA 5LOMA 3FVNA 3G3JA 3H06B 3E4RA 1QUIA 3PD9A 2CMOA 1HSEA 3O6HA 4KD5A 4QHQA 3RPWA 5CMCA 5H8NB 2DXYA 4YKJA 3MZ1A 1MY3A 3OELA 3QAXA 2DWJA 4PQJA 1JW4A 4OMBA 2F6GA 1YPNA 4M4GA 3OEKA 1PEBA 1Q35A 4FORA 4FIMA 3V83A 2Q2AA 3PUXE 2QS1A 5A5XA 2ALUA 5I2NB 1QVSA 2XX8A 2XXPA 4XKQA 4K3FA 5M2VA 1NH7A 4GL8A 1A8EA 1B3HA 3MP1A 1QKBA 4JWYA 1OLAA 2O84X 2UXAA 5H8HB 2XXIA 5J1DA 4DCXA 1XC1A 1M5BA 3IORA 3LSFB 3R6UA 1UTBA 5CRYA 5L8DA 2E0SA 3RQTA 5I56A 3KSXA 3O6IA 1DTZA 4X9TA 3CG3A 1SW5A 2ZYKA 3FATA 4GWOA 3UN6A 1VE4A 2HAVA 3IOWA 4MBPA 3TZAA 4H8IA 4ESWA 4O3AA 4H6DA 2DXRA 2Z8FA 3TODA 1VR5A 3H03A 3N6UA 2XD2A 4N07A 2NWJA 1R6ZA 3VXCA 4EF1A 1HSLA 4OEUA 3DP6A 2D21A 3FVKA 3U93A 4OTEA 1XVYA 2QMXA 3P7IA 2OZZA 4THIA 3LBSA 5ITOA 3VVDA 3W9WA 4WEPA 3KOSA 2DE3A 1H44A 1HSJA 2E1SA 4GRKA 3SEYA 4LQ2A 1A99A 4EQ9A 4MF3A 4LUBA 4AB5A 4YMBA 4IY5A 4ESXA 5I57B 4QF9A 3RGYA 4QFPA 1AIVA 5I2KA 4KFQA 4ELRA 1SBPA 3KOTA 3PUWE 1ZBMA 5ICTA 1B7HA 2FYIA 2UYEA 4R6YA 4JBZA 4HS7A 4KYSA 3UGWA 3ZKKA 4RYAA 2QRYA 3FIRA 1B05A 2OWSA 4H67A 4QFLA 3SEWA 3T9VA 3THIA 2AIXA 1T0KA 1BKAA 2HZLA 2PT2A 1I69A 3K6VA 2THIA 3MJNA 5EHSA 2ONKE 3VXBA 1BLFA 3CVGA 4NWCA 1PB9A 2DWAA 3ZS6A 3GZGA 3B6QA 4GF8A 1OVBA 3B6WA 3DELB 4G68B 5H8QA 1H76A 5CBSA 2V3TA 3H3GA 4PP0A 1B58A 2AL5A 2Y7PA 4KI0E 4YMAA 1MDQA 3T22A 4WEDA 4RXLA 5AA4A 1Y20A 2DSFA 2RF1A 1IXHA 3M3FA 1LBCA 2VD2A 3FD3A 3IB1A 4R72A 1A55A 5CM6A 5JK4A 3TUSA 4FJPA 1AH5A 1II5A 3OMBA 4NF8A 1PDAA 2FA7A 4U21A 5AA1A 2I58A 2A5TA 3S9NC 2H25A 4IGTA 3G3HA 4KYEA 1RKMA 3HHFA 4F19A 5I57A 2A5SA 2IEEA 2F35A 3M3LA 1M5DA 3KBRA 3IOVA 2UVIA 4I9DA 1SW4A 3TCGA 1LAFE 1MH3A 1MM7A 5I56B 3QUFA 4ZDMA 1UTHA 1B32A 2I49A 1LFIA 2P0SA 2PMSA 3Q28A 1TXFA 3PD8A 2PT1A 1R9LA 5TPAA 1OMPA 1IQ7A 1LFGA 1Z7ME 4ZE8A 1LCTA 2B3BA 4NF6A 4YB7A 5BWJA 4OERA 1EU8A 3IB2A 5DEXA 3MVYA 5A5XB 5CBRA 2F7BA 4R2BA 4F1VA 3IOTA 1EZPA 5AA4B 1ZLQA 1P99A 4YB5A 2YPNA 3LSLA 4DXCA 1N7WA 4ZEIA 1IIWA 1UIVA 1UTBB 3O97A 4RY1A 1H3DA 1IXCA 1M5EA 2O69A 3C4MA 1MG1A 4OXVA 5JEIA 1ZIUA 2D5WA 1SYHA 2ONSA 2A5TB 3H7MA 4NEDA 3CRBA 1KWHA 4NMYA 3RN8A 2F97A 4XKPA 2XXQA 2REGA 3LC8A 4DXUA 4BDMA 3D4GA 5TU0A 2RINA 1MPDA 3T9UA 3K6WA 3BFUA 3CIJA 2UVGA 4DZ1A 1LB9A 3IO4A 4QSDA 5AA2A 5TPAB 1N3XA 1FQBA 4FE8A 1L5TA 3CSBA 4YAHX 3K1MA 1JEUA 2Y84A 2I4BA 4ZEFA 1XHYA 1QUJA 3PU5A 2B3FA 3MZBA 5DEXB 3C35A 3ECRA 4P0IA 4XTCQ 4P0GA 1B4ZA 2D3IA 2Y7RA 3KFMA 4R6HA 4UACA 3G3GA 4H5GA 3IR1A 4IO3A 5I2KB 4ZEKA 1UIUA 3TTKA 4EQBA 4JSOA 1MQJA 1MXZA 2M8CA 5TP9A 5K2XA 4F22A 3CG1A 3HHGA 3S9MC 4IO4A 3PPNA 1SD3A 2OCUA 1LBBA 1QW0A 3MBPA 3QXMA 2Z23A 2Z22A 1B5HA 3S9EA 1MQGA 4E0WA 4XKRA 1H45A 4LA9A 3C31A 1JVYA 2I0CA 3L6HA 3OOAA 2F6PA 4H1XA 4NTLA 1JW1A 4MH5A 3TTLA 1JEVA 1D4NA 3ZSFA 2Q88A 2QPQA 1ELJA 1LLSA 2Z8EA 3MC2A 3CFZA 1MXYA 2GRVA 4OETA 1LFHA 4GXAA 4Q8RA 3G3KA 3IK6B 4YKIA 2V93A 4IY6A 2XXTA 2R9JA 1MY2A 4NF5B 1EH3A 4G8MA 3S2VA 1US5A 4YKPA 3UIFA 1NKXA 1TT1A 5DVIA 4OFOA 5H8HA 5ICQA 2GHBA 1FQFA 3MP8A 3PMVA 1TFDA 1N0TA 2ZNUA 2DQVA 4G77A 3U1OA 4OVJA 3TTNA 1B5JA 1O7TA 1XS5A 4LZ8A 1GR2A 2ZYMA 3UK4A 5EHMA 4QSCA 4R9FA 3EF7A 3MAMA 2QMWA 3KG2A 4DXBA 1B3GA 3FXUA 5I58B 4GOTA 1FTLA 4Z7EA 4H0WA 1IXGA 2XXRA 1XOCA 4FECA 4GXSB 2HEUA 4YKKA 2I48A 1MPCA 3FUZA 4OYVA 1B3LA 4Q30B 3PPOA 2ONRA 1DOTA 1FTKA 2V3QA 3CI8A 2XXXA 1N3WA 1PC3A 2B65A 4KPTA 3D4CA 4TLLB 1POTA 2W7YA 3TFLA 4F39A 3IL1B 4G68C 4ZE9A 3KGCA 4U23A 3QK6A 3OSRA 1IZ1A 3TQLA 1B2HA 1SVXB 1B3EA 3FV1A 4BDLA 4IO5A 2ZYNA 4H5FA 2XXHA 3FVGA 3MPKA 4I62A 5KDTA 1IXIA 1MXXA 1B0HA 2OJTA 3LSXA 3TELA 5ITPA 1D9YA 4U1OA 4WKMA 1QJMA 3C36A 5L9MA 4FAJA 2Z8DA 1CE2A 1XT8A 4KHZE 4PFUA 4PFTA 3U94A 3MW0A 1SQYA 4OQOA 3G3IA 1VFDA 1EZOA 1URSA 3VLWA 1M5FA 1POY1 2O51A 4RJZA 1NMUA 2QL3A 3JZJA 1SW1A 4F3GA 3R26A 3RNNA 3EHSA 4JWOA 3SERA 4OFLA 4IO2A 5L9OA 2QJEA 3O6GA 2DE2A 2HZKA 5FHNA 1ZJLA 3KJTA 1JETA 3DP4A 3DP8A 3H6VA 3VVEA 4BDNA 5IAIA 4UA8A 1JQFA 2H98A 1MRPA 1SYIA 2PBWA 4JB7A 5ISUA 4OEVA 3SEUA 4XKNA 4ELQA 1JVXA 3MQ9A 1AL3A 2O68A 4QFNA 3HPIA 2PVUA 2PX1A 3SDFA 3TEPA 2KLFA 3IOUA 1XVXA 3EPEA 3PGFA 1NNPA 3Q26A 4YB6A 2O1MA 4R6KA 4R9GA 1B7UA 1PB7A 3U72A 4WXJA 3S4UA 3OO6A 4GFRA 4F31B 3ZKLA 3VVFA 3H6UA 4RPOA 1USYH 2QS2A 5IKBA 3C34A 4PETA 3PMWA 3VDFA 3CFXA 4NF6B 4C1UA 1OQGA 2ZMBA 5EYFA 3Q27A 4NF5A 2Q2CA 1SDXA 2XXYA 4C1TA 2YJPA 2XHDA 2DP8A 4NWDA 1ZU0A 3KJ7A 1TFAA 3H6TA 5AA3A 4GQOA 3W15C 3TTMA 1O63A 4LATA 2Y7IA 3PPRA 1B1HA 2VOZA 3K1PA 2NOOA 2HCAA 1I6AA 1US4A 2DE4A 5HBCA 1Y4CA 4LQ5A 5K2YA 1MS7A 2DWIA 3KZGA 4LZ7A 3MVZA 4NE4A 2QSXA 3E9XA 4I1DA 2HQ0A 2FNCA 2VP1A 3LR1A 2HXWA 5H8FB 1NNKA 1URGA 3KN3A 1Y3NA 4RNSA 2GFEA 3M3KA 1SI0A 3HO7A 3SEVA 3MWBA 3BKIB 1R1NA 3I5OA 3VV5A 4EDPA 2IA4A 5I84A 5L9SA 1FTJA 2XXUA 3RY3A 4LZ5A 4Q0CA 1DTGA 2VGQA 3CSGA 3MVWA 3MZ9A 4KCDA 2Y7KA 1DPPA 4Q5TA 4GVOA 3N94A 1WVJA 2H99A 2QS4A 3TAJA 1B52A 2VD3A 3PUZE 1GVCA 2DVZA 3V89B 5AA2D 1B6HA 4GIZA 2DYXA 3FASA 3G3FA 4POWA 1MDP1 3OO9A 5CI5A 3RT8A 3C33A 1OQHA 4G8HA 4ZZAA 4DE8A 4ZZEA 4ELOA 1A54A 4HW8A 1B46A 4ISUA 4ZS9A 5FHOA 5TP9B 1FQEA 1S7YA 2P2AA 4H65A 1CB6A 3GBBA 4IO7A 1B1XA 1IEJA 3FGSA 3Q29A 4X1DA 3MUQA 3RTWB 4AB6A 2H9BA 3O2AA 3K6UA 3K1NA 4I8CA 3N5LA 3V8XB 4NF4A 2HFBA 4DCYA 4F29A 4TLMB 5FTHA 4F2OA 1JW5A 4POXA 2R71A 2PYYA 2ANJA 2GHAA 2ZXTA 4GL0A 5H8FA 3FJ7A 4HTGA 1MXWA 2I6EA 4MFIA 2XXVA 3FXRA 1MY4A 5KCJB 2G93A 1H43A 4HCYA 3C9HA 3TYHA 4F3SA 1D3KA 1F9BA 3TDJA 4N6PA 1A7LA 1A8FA 2F34A 3K4UA 4GD5A 1S9TA 4PFWA 4MLVA 4ND9A 2I3VA 4X1BA 3ILTB 5DT6A 2RCAA 2RC8A 3FV2A 3JYRA 3PPQA 1MQIA 1IUDA 1MQDA 2F8DA 1DMBA 2RKMA 4ONYA 3SEXA 3TKDA 4X48A 4DDDA 4F1UA 5B70A 4OESA 3A09A 2BJJX 5B7DA 1R9QA 4R2FA 4F18A 3EQ1A 3LSWA 3MVXA 4XIGQ 5I59B 3QUJA 1S50A 1I6BA 1WODA 3B6TA 1LAXA 4O3BA 3UORA 3TPAA 3MP6A 4KYDA 4M1VA 4EXKA 2RCBA 4O3CA 3HCQA 2F7CA 3GBAA 4EQ7A 3K2DA 1N76A 2P1SA 1MY1A 3RLFE 1MY0A 3K6XA 1LCFA 1DPEA 2XXWA 3FJMA 2OBGA 4JSDA 4RK9A 3FZVA 3PUVE 2G29A 3K00A 4OENA 1NNFA 4RK2A 3OENA 4QFOA 1BTJA 1M5CA 3SETA 2I3WA 4LONB 1P1QA 5CMKA 3MPLA 3ILUB 4P11A 2H4IA 3H6WA 2X7PA 2NXOA 2V84A 3IJXB 2ZNTA 4QFKA 1EZ9A 1P1WA 1PBQA 1PBPA 2V3UA 3JV9A 1LAHE 3T9HB 3T9XB 3VLUA 4F1YA 4OZ9A 5BUUA 3IAZA 1FCKA 3SESA 3TTRA 1UTHB 1ZKBA 1P1UA 2YLNA 5I59A 3QSLA 4N13A 1P1NA 1N04A 2AYSA 5CMBA 1GTKA 4G2ZA 1RYXA 1VSOA 3E3KA 3UP9A 4PE5B 4XXUA 4C0RA 2O1LA 3HN0A 3TCHA 4F3PA 4R73A 1B51A 4ZEBA 1GV8A 5HPQA 5KZTA 4RA1A 3KEIA 2X7QA 1FQAA 1N84A 3K01A 2F5XA 2H5YA 3IJOB 5ELVA 2I4CA 4TOZA 4FEDA 1D9VA 4JDFA 1B40A 1Z7NE 3OSQA 4FATA 3IO6A 3M8UA 4LVQA 1MXUA 3A3CA 3RT6B 3VE1B 5JTYA 4U22A 3T96B 4U4XA 1MPBA 3OO8A 4PFYA 2O7UA 1VFEA 1LB8A 1SI1A 2CZLA 1NH8A 2DVCA 3OD7A 3UA8A 5I58A 2VHAA 3DM0A 3H4ZA 4MLQA 3T93B 3S9LC 2XX9A 4BDOA 5CMMA 1B0LA 5DYHA 5H8NA 4EUOA 1B4HA 4U2RA 1A40A 4GLIA 5CC2A 3PMXA 1ZMGA 3FXQA 5AA2B 3AXFA 5FHMA 5FTIA 1LAGE 1USYE 3DLNA 2F7AA 2OWTA 2F36A 1TWYA 1QULA 2ZYOA 2ZNSA 3KN7A 4YZZA 3RUMA 4ZECA 5HM4B 4F2QA 3EHUA 5I2NA 3LUYA 4NF8B 4OFJA 4IB2A 2Q8JA 4OWDA 5KDTB 2LAOA 3PV0E 1YAEA 3WAFA 4JWXA 3OO7A 4EF2A 3QIMA 1IITA 1SW2A 3TCFA 1JNFA 1NFTA 2F78A 2OLBA 2R6GE 3OXNA 4AQ4A 2AL4A 5DTBA 3V5AA 3TQWA 4ELPA 1Y3QA 3ODBA 4DLDA 1ANFA 1Y1ZA 1FQCA 1B7ZA 1AMFA 3WAEA 1AOVA 4JXIA 3FJGA 1WDNA 1Y1MA 4QSEA 3SKPA 4OHNA 2GH9A 3IB0A 5DVFA 5H8SA 3GLBA 3BFTA 1LSTA 1Q1KA 2Q89A 2NVUB 3L6GA 1NL5A 1YCJA 1Y3PA 3U8QA 1N7XA 2I0BA 3HSTA 3CFLA 3K02A 3O9PA 4KCCA 1MXVA 4KQPA 2REJA 4YU0A 5DVJA 3VFJA 1FW0A 2ESNA 1RYOA 1Y4TA 1P1OA 3B7DA 3EHTA 3USDA 4R75A 2V25A 1PB8A 2XD3A 3VLVA 2NUVA 1O64A 5F1QA 4L17A 1MH4A 1FQDA 2DWHA 4LP2B 3F11A 4DIGA 1QKAA 1FTOA 3PPPA 4G4PA 3KSJA 2UYFA 3E13X 4BDQA 1YTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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