5CMMA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with 2s,4r-4-methylglutamate
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
259
structure length
257
Chain Sequence
GSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
total genus 87
structure length 257
sequence length 259
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmmA02
1DOTA 4QFLA 1B4HA 1JNFA 3I6VA 2AL5A 5EHSA 3KGCA 3RTWB 4QFNA 3M3KA 4GIZA 1JEUA 2O51A 3TCGA 3CIJA 2CZLA 3SEUA 4F3GA 4G2ZA 2IEEA 3CFLA 1I6AA 3LSLA 4JWYA 5LOMA 1M5FA 1NL5A 4R6KA 4QSDA 4X1DA 3QSLA 2ALUA 4X1BA 1JW1A 3OXNA 1US5A 4BDLA 4OESA 3Q29A 1B3EA 2V25A 4U1ZA 3HN0A 5ICTA 1PEBA 1SD3A 3B6WA 3K6UA 1GTKA 2ZNTA 3RN8A 3OO6A 3G3JA 1UIVA 4GXSB 5JTYA 1IEJA 4YMAA 3CRBA 3VV5A 4R6YA 3K6XA 3W9WA 1Y3NA 3IAZA 4KFQA 2XXVA 4KYDA 4X9TA 1QUKA 4KQPA 2QS3A 1J1NA 3S9MC 1R9LA 1B52A 1ZJLA 2R9JA 3KSXA 1DMBA 4Q8RA 4RYAA 3IOVA 4RNSA 1M5DA 1MQDA 1BKAA 2A5TB 4AB5A 4NF8B 1SW1A 2E1SA 5I58A 2OJTA 4R72A 1B3LA 4YAHX 3ONMA 1OVTA 4YKKA 5B70A 2Q89A 3D4CA 1NMUA 2V84A 5ISUA 4R2BA 1MRPA 2B3BA 1CE2A 1VR5A 2XXIA 3BKIB 3VVFA 2AL4A 1YPNA 3MVZA 3B7DA 3IB0A 4EQ9A 2RCAA 3KN7A 3PUVE 4ESXA 2VD2A 1VFDA 2XXHA 4F1YA 5BWJA 1OQGA 3LC8A 5KCJB 2F7CA 4ZZAA 3FJ7A 3WAEA 4RJZA 1PB9A 1LB9A 2RC8A 4F2QA 2ONSA 5H8SA 1N7WA 1R1NA 3IB1A 3C4MA 5H8HB 1FTJA 3KJ7A 2VD3A 1MPBA 1CB6A 2DYXA 3MAMA 4NF8A 4EQBA 5I58B 2Y7PA 3O2AA 4HTGA 2UYFA 3VXBA 2F78A 3ECRA 1Z7ME 3OEKA 4QRZA 5DVFA 4FATA 1HSLA 1RYOA 1S9TA 3PPQA 3PD9A 2OK2A 2Q2AA 4PQJA 1Z7NE 3DM0A 2I3WA 4ZECA 4MLQA 4ESWA 1YCJA 4XKQA 3IO4A 4XKNA 4Z7EA 2O6AA 2REGA 4F3PA 3FZVA 3K00A 4UA8A 4ZS9A 1POY1 1B46A 4U22A 4YB6A 2I49A 1Y4TA 3BBRA 4GXAA 4ELOA 4LZ5A 4G8NA 2XXYA 4RK9A 1H45A 3C34A 4JWXA 4QSCA 4WKMA 1ATGA 3MC2A 4BDRA 1PBQA 4ELRA 5AA4A 3H6WA 4F19A 3UIFA 1XOCA 4LZ8A 3VE1B 2ZMBA 1B0HA 4MBPA 4P11A 4C1UA 1ZKBA 2B65A 3G3KA 5H8FA 2QS1A 1PB8A 1N3WA 3R6UA 1A99A 3MVWA 4H5GA 4I62A 4HW8A 1OQHA 5AA2B 5I2NA 1KWHA 3FVOA 1MQIA 2GHBA 3IOWA 3S9EA 3T66A 3G3GA 1Y20A 5FHMA 3RNNA 1JVXA 3QAXA 1NH7A 3LSXA 1VSOA 2YLNA 1FQBA 3R26A 3CVGA 4K3FA 3U8QA 5I84A 1N3XA 1B05A 2XX8A 4LATA 5FTIA 3ZKLA 1AH5A 3EHTA 5I2KA 1L5TA 4Q0CA 4XIGQ 1B1HA 3IL1B 4H67A 1P99A 3EQ1A 1SW4A 3A3UA 4JXIA 1O7TA 4GL8A 2O1MA 3ZKKA 5BUUA 4LONB 2G93A 5KZTA 3IX1A 2ZYMA 3K6WA 1DSNA 3VFJA 3Q26A 3IJXB 3R7XA 4GVOA 3TDJA 3IOTA 3TMGA 2VGQA 4O3CA 4GL0A 2XX7A 4DZ1A 3FJMA 1NKXA 2QS2A 4IY5A 1A7LA 3MUQA 1BTJA 2F6GA 2DE3A 4OMBA 3MWBA 4Q30B 4P0IA 1XC1A 2R6GE 3MZ9A 3N6UA 5AA2D 5KDTB 2PBWA 3FJGA 1N76A 2XXRA 3KOSA 3M3FA 3MP8A 4GLIA 4RY1A 3RT8A 3H6TA 4YKPA 3FV2A 4WXJA 3SEXA 3QK6A 4JBZA 4YZZA 1SW2A 1FQCA 3TEPA 3GBAA 3O66A 4G8MA 3RY3A 2ZNUA 3MPKA 1IIWA 5CC2A 1TFAA 4L17A 4DIGA 1IUDA 2I0BA 4LVQA 2HQ0A 4OQOA 4ZEFA 3U1OA 3FIRA 2RINA 1GV8A 3KFMA 1LLSA 3KG2A 4KD5A 3L6HA 5EHMA 1UTHB 2H25A 3C9HA 4R6HA 3H7MA 5H8NA 2RF1A 5CMMA 1IQ7A 3C33A 3TTKA 2PT1A 3TZAA 3O28A 4NF5A 3OO8A 4PE5B 1A40A 5AA2A 1P1QA 3KJTA 4ZEBA 4KYSA 2HAVA 3MZ1A 4ZDMA 2DQVA 5IKBA 4R2FA 1DPPA 2XD2A 4MFIA 4ONYA 4GRKA 3K1MA 4ZEKA 4ELQA 2I58A 2QS4A 4N6PA 1IITA 1OMPA 1B32A 1GGGA 5CBSA 3PUYE 5IAIA 1B4ZA 1M5CA 4LZ7A 3K0VA 4X48A 3U93A 2HZLA 3CSGA 3TAJA 1N0TA 2DXRA 2QL3A 1LBCA 3KN3A 5I2KB 3HSTA 4F3SA 5HM4B 3EPEA 3KN8A 5JK4A 1MM7A 2V3TA 5ITPA 4NF5B 2XXUA 2GH9A 3MVYA 2Y7RA 3P7IA 1B7ZA 1N04A 5CMCA 3U94A 1VFEA 2Y7WA 3CFXA 4NF4B 5DTBA 1MXVA 5ELVA 3VVEA 5CM6A 1OVBA 1Q35A 3QYTA 1MXZA 1EZ9A 3W15C 2H4IA 1B1XA 2HZKA 1HSJA 4TOZA 3V89B 2CMOA 3B6TA 3ODBA 5H8HA 5AA1A 4JB7A 4DXCA 4IO6A 1IXHA 3FATA 4DXBA 3RPWA 4NMYA 2HEUA 2O69A 4GWOA 2OWTA 3LSFB 1S7YA 2XX9A 4IGRA 3CG1A 2H99A 2ZNSA 4R73A 2XXWA 4R9GA 4DCXA 1POTA 1MDQA 3PD8A 3PMWA 3G3FA 3RTFB 2I6EA 4TLMB 2UXAA 5L9SA 1OIBA 2NOOA 3BFTA 4KPTA 1IXGA 3EHSA 4PFWA 2W7YA 1VE4A 3TCFA 1GR2A 3IR1A 2LAOA 1S50A 2RKMA 3FVNA 5B7DA 4AB6A 4ZE9A 2XXTA 1QW0A 3JYRA 4F29A 4QFPA 5EYFA 1ZIUA 1BIYA 3O6HA 3DP8A 4IO7A 5TU0A 1YTVA 2F8DA 5TPAA 1QKAA 3PPRA 4NEDA 3LR1A 2DWHA 4NWCA 4QF9A 3SETA 3T96B 1D9YA 3T93B 3TODA 3N94A 3E3KA 3IOUA 2DVCA 2QRYA 3QXMA 4G68A 5FHOA 3PUXE 3TYHA 4EQ7A 2DP8A 4U4XA 2NXOA 5I57A 1JVYA 1SBPA 3LUYA 2DWAA 3CI8A 4RXLA 1B0LA 3UK4A 1FQDA 1JW5A 1B7UA 1JQFA 3DP6A 1IXCA 3FXRA 3G7WA 3T9HB 3HCQA 3E9XA 3USDA 1QUJA 3PUWE 4N07A 1B5IA 2DOJA 4U1OA 1NH8A 1URSA 2R71A 2XXPA 1N7XA 2I3VA 1MDP1 1BP5A 5FTHA 4E0WA 1Y1ZA 2PVUA 3MJNA 2Y7KA 1MS7A 4LUBA 1JETA 3F11A 1UIUA 4POWA 5DYHA 4JDFA 2QJEA 4NE4A 2O7UA 5KCJA 3SDFA 2A5TA 2Q8JA 3HPIA 4I1DA 1DPEA 5CMKA 2F97A 4KI0E 1XT8A 2OLBA 1Y3QA 4ZE8A 5H8QB 4YB7A 1SI1A 3LSWA 3OD7A 1LCFA 4KCCA 4ZZEA 3SEYA 3DELB 3IORA 3N26A 2ZYNA 3Q28A 2AIXA 3MW0A 3HHGA 2DWIA 3H6UA 3OO7A 4MF3A 4OFJA 1O63A 4Q5TA 2UVHA 1II5A 2HAUA 3A3CA 1MY3A 4WEPA 4YKIA 1LB8A 3QUFA 4ELPA 1B7HA 4QHQA 1LAFE 2RCBA 4JWOA 1USYH 5F1QA 1OLCA 3IO6A 2OZZA 1O64A 1QKBA 4PFTA 3UGWA 4H0WA 4EXLA 2XXXA 1Y1MA 2UVIA 3G3HA 4HCWA 3V8XB 5I59B 4YU0A 3GLBA 3T9VA 4C1TA 3U72A 4F22A 4G8HA 1LFHA 1B58A 4XKRA 2DE4A 4M4GA 2HCAA 4GQOA 1BLFA 3FXUA 1P1UA 4G68C 4OVJA 5H8FB 4JSDA 2ANJA 2F7BA 3H03A 4YICA 3M8UA 3PPOA 3C36A 5DVJA 3TTNA 4EUOA 3EF7A 2UYEA 3FUZA 4EXKA 2D3IA 2X7QA 4OXVA 5AA4B 4OTEA 1LAXA 5DT6A 5I56A 2QMWA 3O9PA 1AOVA 2VHAA 1D4NA 4R74A 4YB5A 5L9MA 3ZSFA 4F39A 3RLFE 2I48A 3S9NC 5CMBA 3K1PA 2H98A 4G77A 4WEDA 1Y3PA 4QSEA 2Y7IA 3FV1A 4IGTA 4F3BA 4ZEIA 3OELA 1NNKA 1LFIA 3OSQA 4OHNA 1URDA 1EZPA 2G29A 4IO3A 1JW4A 1MM6A 3Q25A 4ND9A 4ZEDA 1QULA 2P1SA 3PMVA 2UVGA 4THIA 1A8EA 5M2VA 3H06B 4GOTA 4BDMA 4EF2A 4BDQA 3PMXA 1H76A 1MQJA 4DXUA 3RQTA 1YAEA 5I2NB 2P0SA 3H3GA 3LBSA 1WODA 2E0SA 2X26A 4OWDA 1WVJA 2RC7A 2I4BA 5A5XB 1FTOA 3OEMA 4OETA 5I56B 1A54A 2H9BA 4BLAA 4F2OA 2Q88A 3DLNA 4KR5A 3TFLA 3RUMA 1AL3A 4XTCQ 4KHZE 4IO5A 4FEBA 1B40A 4LA9A 4P0GA 2GFEA 4M1VA 3KZGA 1D3KA 3HHFA 3VVDA 3TTRA 5CBRA 2F34A 2PYYA 2DVZA 3FD3A 4OENA 3CG3A 1LAGE 5I59A 2M8CA 2O68A 3SEVA 3SESA 2Z23A 2XHDA 4HCYA 4TQUQ 4LQ2A 2KLFA 3S4UA 1ZLQA 4EDPA 3SKPA 1FTMA 3UORA 1FQEA 1SDXA 3IB2A 1UQWA 3VXCA 3N5LA 1MY1A 1FTLA 3I3VA 4IB2A 3OENA 2XD3A 4NWDA 5ITOA 2ZXTA 5ICQA 3PV0E 5L9OA 4MLVA 2F36A 3VLWA 3MVXA 4OERA 3OO9A 3ILUB 4PP0A 3TQWA 4BDOA 3C35A 2QPQA 3HO7A 3IK6B 5H8QA 1DTZA 2BJJX 1I69A 3FXQA 3K4UA 2THIA 5DEXA 4F1UA 1ELJA 4C0RA 2O1LA 1QUIA 2YJPA 4EF1A 4IY6A 1FW0A 4OZ9A 1XHYA 1RYXA 3PPPA 1I6BA 1TWYA 3O6IA 4OYVA 5F7VA 3TTLA 4PFUA 4U2RA 3UN6A 4IO4A 3C32A 1PB7A 1ZBMA 3TKDA 1QVSA 3U92A 2D5WA 2B3FA 2NUVA 4H6DA 4N13A 5JTYB 4E0XA 5AA3A 3EHUA 1Y4CA 4XKPA 5HBCA 1QJMA 2WKYA 4H8IA 5A5XA 1B9JA 4KYEA 5TPAB 1XVYA 1USYE 2FYIA 3K6VA 1IZ1A 3JV9A 2DWJA 3PU5A 4FJPA 4I9DA 5J1DA 3TCHA 4NTLA 3AXFA 4NF4A 5I57B 3CSBA 4FIMA 5K2YA 3FASA 3V83A 3T22A 2Z8EA 1PDAA 3MP1A 4YKJA 1UTBA 2HFBA 2REJA 2VP1A 2OBGA 3K2DA 4TLLB 3H4ZA 3VDFA 1H43A 4G68B 1ZMGA 2F7AA 1RKMA 3CR9A 4ISUA 1H3DA 1MG1A 1PBPA 2FA7A 3L6GA 2RC9A 2FNCA 2QSXA 4GFRA 4OEVA 3ILTB 2F6PA 4H65A 5AE4A 2P2AA 1M5BA 4U21A 2PT2A 2OCUA 4QFKA 4U4SA 3EN3A 1Y9UA 4FEDA 1NNTA 2DE2A 3GBBA 1LSTA 2V93A 3KSJA 1NNFA 1B5JA 2DS9A 1MXWA 2DSFA 2ONKE 3FVGA 1TXFA 2HXWA 2X7PA 1N84A 3DP4A 1P1WA 3GXAA 3O97A 3ZS6A 1UTBB 1P1OA 4MH5A 1ANFA 4O3BA 2AYSA 4I8CA 1UTHA 3FVKA 3G3IA 5H8NB 1URGA 3JZJA 3V5AA 3E4RA 3VLVA 2VOZA 4UACA 4NF6B 1H44A 2OWSA 2ZYOA 3A09A 1LBBA 1SVXB 2F35A 3Q27A 4FE8A 1GVCA 1NFTA 4DCYA 1B6HA 1R6ZA 1EU8A 1TFDA 2O84X 2PMSA 2ESNA 1FCKA 3BFUA 2QMXA 3OSRA 4POXA 4RA1A 3SEWA 4AQ4A 1A55A 1EH3A 4JSOA 5CRYA 3HV1A 3SERA 2D21A 5CI5A 1B3HA 2XXQA 3H6VA 4U23A 1SYHA 1OLAA 1WDNA 3C31A 5TP9A 1FQAA 3S2VA 3KOTA 1ZU0A 1P1NA 3PPNA 3TELA 2Z22A 4PFYA 3O29A 2H5YA 2Z8FA 3D4GA 1MY4A 4RPNA 4F18A 1T0KA 1MXUA 1IXIA 4Z0IA 1DTGA 1B2HA 1FQFA 4F1VA 3VLUA 4IO2A 1US4A 2UVJA 3TQLA 5DEXB 4H1XA 1F9BA 4KCDA 5L8DA 2ONRA 4DE8A 1HSEA 3T9XB 3KBRA 5FHNA 1AIVA 4R9FA 3I5OA 3PGFA 4OFOA 1XVXA 5HPQA 4NF6A 2F5XA 4FAJA 1MY2A 3MZBA 3FGSA 4PETA 1MQGA 4OEUA 4H5FA 3TPAA 4YMBA 2NWJA 3W9VA 3M3LA 3MPLA 1Q1KA 2GHAA 2Q9TA 2I0CA 4RPOA 3K1NA 3UP9A 1B51A 1MPCA 4LP2B 3T9UA 3KEIA 1SW5A 1D9VA 1LAHE 1NNPA 3TUSA 3GZGA 4FECA 1A8FA 2I4CA 4BDNA 4O3AA 1XS5A 5K2XA 1JEVA 3O6GA 3TTMA 3WAFA 4ECFA 3OOAA 1FTKA 3OMBA 1B3GA 1MQHA 1MPDA 1SQYA 2Y84A 4F31B 3S9LC 1PC3A 4DDDA 1I6QA 3RT6B 5KDTA 1LGBC 1MY0A 2IA4A 4QFOA 3MQ9A 3UA8A 3MBPA 1LCTA 3CFZA 3K01A 2V3QA 4GD5A 2NVUB 4OFLA 1EZOA 3THIA 4GF8A 5JEIA 4RK2A 1MXYA 2Z8DA 3E13X 2O7IA 5TP9B 3RGYA 4DLDA 1MH3A 3QUJA 3K02A 1B3FA 1ZTYA 3MP6A 4XXUA 2DXYA 4H8JA 2A5SA 3N6TA 3PUZE 3B6QA 1M5EA 3QIMA 5DVIA 2ZYKA 1SI0A 4FORA 1AMFA 2PX1A 3IJOB 1R9QA 1MXXA 1TT1A 1MH4A 1SYIA 2ABHA 2GRVA 2Q2CA 2V3UA 2YPNA 1B5HA 4G4PA 4LQ5A 4R75A 4HS7A 1LFGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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