4ZDMA

Pleurobrachia bachei iglur3 lbd glycine complex
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
254
structure length
249
Chain Sequence
SNNLNGMHLRLGIIPEMPFISEPSLGCTNIRDPSCYTGVNVEIVSMMSQDLNFTYNFITPEDLKFGGKEWNGLIRDLLDNKTDMIVVALSNNAVRKADIDFSLSMMDGGLGALVKSDGTDLSHPLELLNQDKYQWGVVDSRNPELLLASNQNADYNRIAEDAVKVGSYGEGLERMRAGGFVFIDEIPGINYATKGECDIVQIGETFQPFELAFGLRKNSPFKNLVDTFMLGIREQGVISELYAKYENQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Pleurobrachia bachei
publication title Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor kainate-like protein
total genus 81
structure length 249
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zdmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zdmA02
3M3FA 3M8UA 3KBRA 5I57B 4YKPA 4JXIA 2NOOA 3O97A 5CC2A 2HQ0A 3OELA 1P1WA 4H67A 3VLWA 1PEBA 1II5A 2XX7A 1P1NA 4Q30B 4OESA 1LBCA 2OBGA 1MPBA 1SYHA 4BDLA 4DCXA 1D4NA 3G3IA 4LA9A 4BDMA 2Q9TA 1WVJA 3O6IA 3P7IA 3K1NA 5A5XB 1A8EA 5I59B 4YZZA 1MXWA 2V84A 2GHBA 3UGWA 2H98A 1ZTYA 2XD3A 1N3XA 1BKAA 2NVUB 1B58A 2AYSA 3PMVA 3TMGA 4GFRA 1JW4A 2E0SA 1JVXA 4JWOA 2GHAA 4PFUA 3PGFA 2Y7PA 4F3BA 1LAGE 3QUJA 1FW0A 2THIA 2O51A 2RCAA 3OO6A 2RC8A 3DP8A 4RYAA 4BDRA 3OEMA 1VR5A 3RTFB 5AE4A 4N13A 3SEVA 1B7UA 2PYYA 4PETA 3V5AA 4KYEA 2F36A 4GL0A 5CMBA 3QIMA 3T9XB 3CIJA 1RYXA 4AB6A 3UORA 4FEDA 2DE4A 4U2RA 3OD7A 3TQWA 1JEUA 5FTHA 4L17A 2Q2AA 4F31B 3S9EA 3T9HB 2H99A 2HEUA 3E13X 2O84X 1XS5A 1ZU0A 4GRKA 1LAXA 4YB6A 2XXTA 4OVJA 1I69A 3LSLA 3V8XB 2O7IA 4NF8A 1IQ7A 1B3HA 3KZGA 5JEIA 2YPNA 2ALUA 1LB8A 3DM0A 3E4RA 2NUVA 1YTVA 4RJZA 3TTLA 2ONRA 1Z7ME 4XKNA 4ZEBA 4EQ7A 5H8HA 3U1OA 3I3VA 5F1QA 1POY1 2DWJA 4RK2A 2XXUA 2ZYKA 4R6KA 4NMYA 3S9NC 5CMCA 4EF2A 3PV0E 1MY1A 4H5GA 4E0XA 1URSA 4NF6A 1CB6A 4HCYA 4GLIA 1DSNA 4G8HA 4N07A 4ND9A 5KDTB 2I3WA 2DWAA 4ISUA 3U92A 3ZKLA 2I0BA 5DYHA 5HBCA 4ONYA 3MWBA 3VFJA 1JW1A 3FJ7A 4NF4A 1MY4A 5L9MA 5ITPA 1HSEA 4R6HA 4ZEFA 1MY0A 4ZDMA 3IO6A 4AQ4A 1FTOA 3N94A 1Y3NA 2PVUA 2RC7A 2OWSA 5H8QB 4O3CA 5TP9A 3AXFA 4P0IA 4U1ZA 4BDQA 2ZYOA 4KD5A 5M2VA 3CR9A 4O3BA 1B5IA 1ZBMA 1PC3A 4R6YA 1EZ9A 1H44A 4H0WA 3RT8A 4Q0CA 3HPIA 1XVXA 1OMPA 2OCUA 4IGRA 2DYXA 4OQOA 2XXQA 1R1NA 3M3LA 3MP8A 4QFNA 4RNSA 3FV2A 4YKIA 1B05A 2F35A 1D9VA 3OO9A 1YCJA 3TAJA 4OWDA 4MLVA 1B7HA 1TFDA 4JBZA 4QRZA 1LCFA 4IO4A 2F8DA 1N7XA 2GRVA 2CMOA 3PUYE 2Y7WA 1NNTA 3GZGA 1SW1A 2B3FA 1QJMA 3RTWB 1BIYA 3FIRA 4JWXA 4TLLB 4K3FA 1P1UA 2OK2A 4RK9A 5CBSA 4QFLA 3H6VA 3K1PA 3EHTA 1ATGA 4OEVA 4R75A 3G7WA 3OENA 4MH5A 3O29A 1KWHA 2DVZA 5JTYB 4OFOA 2HFBA 3C35A 1AIVA 4LATA 1BP5A 4H65A 4Z0IA 4QSDA 1Y1MA 3E9XA 4LZ7A 4DLDA 2XX8A 2QSXA 1NNKA 4R74A 1LBBA 2VD3A 3RUMA 3KGCA 1GGGA 1S50A 1DOTA 1QUJA 1US4A 5JK4A 1DTZA 1UTHA 4THIA 5IKBA 2I58A 1OLAA 3EHSA 5I58A 4OYVA 4F18A 4G68A 4TQUQ 4NWCA 4BLAA 4OFLA 3KSJA 4U4SA 3SKPA 1SVXB 5J1DA 3RQTA 3HV1A 1TFAA 3GBAA 3KOSA 3TCHA 1PB8A 5DT6A 4ESWA 1EU8A 1A7LA 4MFIA 1VFDA 4GL8A 1SI0A 1NFTA 4IO7A 3VXBA 1MXYA 4GF8A 1UTBB 1J1NA 5FTIA 1UQWA 5I56A 4NF5B 2ZYMA 3MVWA 3FXUA 3KJTA 5ICTA 3TYHA 3BBRA 2H5YA 3UN6A 3K6XA 4GXAA 4XXUA 2HZKA 2B3BA 1OIBA 2YJPA 2HCAA 3CG1A 3M3KA 2ABHA 2Z8EA 1S9TA 1MY2A 5ICQA 1B40A 2RCBA 4DE8A 3TTRA 4G4PA 4ECFA 1ZMGA 3WAEA 3MVZA 3FVNA 3O6HA 2A5TA 4LUBA 3VVDA 1PBPA 4ESXA 1MXUA 5DVFA 3EHUA 4PQJA 3EF7A 3HO7A 1GR2A 4DCYA 4Q5TA 3RPWA 3PUZE 1US5A 3MZ1A 4RPOA 1Y4CA 4U1OA 4LONB 3IOTA 5EYFA 4EXKA 4X48A 2UYFA 3S9LC 3PPQA 2DVCA 3KEIA 4UA8A 1LGBC 5DEXA 1YPNA 4ZEKA 4OMBA 1TT1A 3Q27A 2VD2A 3OMBA 3VLVA 1O64A 3QYTA 1SBPA 1TXFA 1XOCA 4KYSA 1VFEA 3IJOB 2DS9A 1FQEA 4YMAA 1Y1ZA 1FQFA 2ONSA 3KJ7A 4H1XA 5KZTA 4I8CA 4POWA 5I2KA 1VSOA 3USDA 5DVJA 3WAFA 3C9HA 4NWDA 2H25A 3ECRA 3ZKKA 1N7WA 4DXCA 4U4XA 2QJEA 3OOAA 4IO2A 1NMUA 2DE3A 4KR5A 3VLUA 4G8MA 3PUXE 2X7QA 1SW5A 5L8DA 4R72A 4YB5A 2ZNSA 4Z7EA 4JWYA 2F7BA 5BWJA 1FQBA 1MXXA 3CG3A 1A8FA 4NF8B 1R9QA 2UVGA 4EQ9A 2W7YA 5CMMA 4OFJA 3TFLA 1MQDA 2O1MA 1B52A 2YLNA 3MP6A 2P1SA 5H8HB 1DPPA 3QSLA 3IOUA 2DE2A 3IOWA 1MDP1 2FYIA 4JSDA 3V89B 1QUKA 3T9VA 3TELA 2XX9A 2DP8A 4XKPA 1URDA 4NF6B 2FNCA 3HN0A 3H6UA 3VVEA 4HCWA 4G68C 3MZBA 3IO4A 5AA1A 4F1VA 1CE2A 1IXHA 3PD8A 1B3GA 3FVKA 2RKMA 1LFHA 3OSQA 4ZZEA 5ISUA 3OEKA 2OZZA 1YAEA 1MQJA 3K01A 4F1YA 4NF4B 4YKJA 1T0KA 1A55A 5EHMA 5HPQA 5L9SA 4NTLA 5BUUA 2DXYA 1LCTA 3C31A 3H7MA 1NL5A 2G29A 5K2XA 4ELQA 3FASA 5KCJA 3KN7A 2HXWA 3PU5A 5TP9B 2UVJA 4I1DA 3K4UA 2V3UA 5ELVA 1B9JA 3IR1A 4OERA 3OSRA 3TQLA 1MY3A 4G8NA 4QFKA 2Z8DA 1UIUA 1I6QA 3UP9A 4KYDA 3TZAA 3CFLA 2XXIA 3JYRA 2O68A 3H3GA 3U8QA 2PX1A 3TTKA 3K1MA 2ESNA 3QK6A 2I49A 3H6TA 1P99A 3VVFA 2M8CA 2X7PA 1MQIA 4RPNA 3TEPA 4FEBA 4H6DA 3GBBA 5B70A 3VDFA 1JW5A 3T93B 2CZLA 4EDPA 1AOVA 3IK6B 1MXZA 3B6TA 4PFYA 3LSFB 2Z8FA 1IXIA 1B1HA 1DPEA 3GLBA 3SESA 2XHDA 4H8JA 4P0GA 4AB5A 3T96B 5CMKA 3C33A 1Y9UA 2R9JA 3E3KA 2ZYNA 4F3SA 2Q8JA 3JV9A 3MPKA 4F29A 2H4IA 5FHMA 4TLMB 4PP0A 1XC1A 3IAZA 3N6TA 2I4CA 3Q29A 2XXHA 4GOTA 4R73A 3THIA 4DXUA 3LSXA 3O28A 1SW2A 2BJJX 1B5JA 3HHFA 3MC2A 5H8NA 4BDOA 2O69A 4KQPA 2REGA 1Z7NE 2QS3A 1QULA 2DQVA 1B32A 1MM7A 1B46A 1N84A 3K02A 3O9PA 3FVOA 1Q35A 4POXA 2REJA 3T9UA 1PBQA 2IA4A 4GWOA 1B0LA 4KCCA 5L9OA 5I84A 3S2VA 3FGSA 4WKMA 1OVBA 1MDQA 2F5XA 3IX1A 4YKKA 1O63A 4R2FA 4U21A 3F11A 1SI1A 4IO6A 1MH3A 4G68B 3IJXB 3MVYA 4ZZAA 1L5TA 2V93A 2OLBA 3PPRA 1LB9A 2RC9A 4KCDA 5AA2A 4O3AA 3G3HA 3SEYA 2VGQA 3IB1A 4IO5A 4R9GA 2HAVA 3UA8A 4XKRA 2VHAA 1I6AA 4EXLA 4M1VA 1ZLQA 1A54A 3DP4A 5EHSA 1EZOA 4MF3A 3HHGA 1AH5A 5TPAA 3CFZA 3TUSA 2ZMBA 2H9BA 3W9WA 4GXSB 3Q26A 3RGYA 5I56B 4RXLA 3LBSA 3A3UA 2P0SA 4C0RA 3H4ZA 2VOZA 4UACA 1FTKA 3OO7A 2F7AA 4H5FA 1IZ1A 2Y84A 2UVIA 3B7DA 2D3IA 4ZEIA 3U94A 1NNPA 1EH3A 2LAOA 1QKAA 4X1BA 3TTNA 3IB2A 3QXMA 1S7YA 4X9TA 2OJTA 4KHZE 4I62A 1B3FA 2B65A 4BDNA 2AL4A 3HSTA 1JVYA 4G77A 2A5TB 3K2DA 4FAJA 1OQHA 4F1UA 4LVQA 3IL1B 1EZPA 3OXNA 4LZ5A 3W9VA 1B6HA 4FJPA 3UK4A 4JSOA 1B0HA 4WEDA 1UIVA 1VE4A 1N04A 3C34A 4NE4A 3R6UA 4YB7A 4WXJA 1SQYA 5DEXB 3DP6A 1LFGA 2Y7RA 1MQGA 3CRBA 5CI5A 2QS1A 5AA4A 2F7CA 3I5OA 4MLQA 4ZEDA 3BFTA 1B5HA 3PUWE 3RT6B 4R2BA 3KOTA 1IEJA 3MBPA 1AMFA 5I2KB 4ELPA 2QRYA 5H8FA 3RLFE 1LFIA 3CVGA 3JZJA 2GFEA 1DMBA 2AL5A 3KSXA 1ZJLA 3W15C 5AA3A 1IXCA 1URGA 1ZKBA 4DIGA 5I2NA 5K2YA 1SYIA 3ILUB 1H3DA 3ZS6A 3MPLA 1SW4A 1IIWA 3G3GA 1R9LA 4C1UA 3D4CA 4FE8A 1B1XA 3QAXA 5LOMA 2KLFA 2X26A 1FTLA 2QMWA 4KPTA 4U22A 3L6HA 3B6QA 3OO8A 4JB7A 1NKXA 3ZSFA 4LZ8A 1RYOA 4IO3A 1NH7A 2G93A 5DVIA 3LUYA 1MXVA 4GVOA 3G3KA 1FQAA 5I57A 1B3LA 3RNNA 2P2AA 1PB7A 4QSCA 4WEPA 3DELB 5FHOA 3FATA 1QUIA 1Y3PA 1FQCA 1SDXA 3SETA 1OLCA 1XHYA 3S9MC 3A09A 2I3VA 1JEVA 3CI8A 4HW8A 3IORA 3K6VA 1B3EA 2Y7KA 5IAIA 3GXAA 1ANFA 4IB2A 4OETA 3R7XA 3FUZA 3FXQA 3DLNA 4IY5A 4P11A 2XXPA 1WODA 5DTBA 3A3CA 1HSJA 5A5XA 5I59A 4KFQA 1QW0A 2XXYA 3CFXA 2Y7IA 4QFPA 3FD3A 3VE1B 4IGTA 4DDDA 3QUFA 2XD2A 3FV1A 2F6GA 4G2ZA 1JQFA 2V3TA 4H8IA 5KCJB 2DXRA 2F97A 1MPDA 1B4ZA 1N0TA 1MG1A 4QHQA 1PB9A 4LQ2A 1OVTA 3H03A 3C4MA 5TU0A 5F7VA 4KI0E 4OZ9A 2QS2A 4FORA 3MW0A 4XTCQ 3PMXA 1USYE 3R26A 3TCGA 2I4BA 2A5SA 1Y3QA 2NWJA 2Q2CA 3FJGA 2O1LA 3K6WA 3TODA 1FTMA 2UVHA 2HAUA 2DWHA 3KN3A 2QPQA 1B7ZA 4TOZA 1N76A 3TPAA 3O6GA 4XKQA 1MPCA 3U72A 4EF1A 1ZIUA 4EQBA 3TCFA 1SD3A 4HS7A 2PBWA 5H8SA 4OHNA 1BTJA 1F9BA 3EPEA 2HZLA 3EQ1A 3FVGA 2QL3A 3I6VA 3T66A 1M5CA 3K0VA 3MJNA 1O7TA 3KFMA 4PFWA 3MP1A 2DOJA 1P1OA 3G3JA 3L6GA 4X1DA 1M5FA 2ZNTA 4YICA 2F6PA 4F39A 1IITA 2UYEA 3PMWA 1H45A 2DSFA 3MUQA 3H6WA 3PPNA 2PMSA 5CM6A 4M4GA 1RKMA 3TTMA 3K00A 5H8NB 1FQDA 1XT8A 3S4UA 3HCQA 3O66A 1JETA 3Q28A 4FATA 1A40A 3FJMA 4ZE8A 5KDTA 3LR1A 3KG2A 2ONKE 1NNFA 4OTEA 4YU0A 4E0WA 1IUDA 3V83A 4QSEA 1HSLA 1B2HA 1M5DA 3FZVA 2Z22A 4LQ5A 3FXRA 1OQGA 2UXAA 1I6BA 3C36A 2QS4A 2E1SA 4EUOA 2XXRA 3U93A 1N3WA 1MH4A 3MVXA 1MQHA 1TWYA 1DTGA 4GIZA 2QMXA 4NEDA 4DZ1A 3CSGA 3PUVE 5H8QA 3B6WA 5AA2B 2DWIA 4HTGA 2Q89A 2XXVA 1XVYA 3UIFA 1Q1KA 4JDFA 1GVCA 3VXCA 1BLFA 2R71A 5TPAB 1M5BA 1MM6A 3ODBA 1P1QA 1UTHB 1FTJA 4F2QA 3PD9A 2I48A 5I58B 1WDNA 1GTKA 2ZNUA 3VV5A 4ZECA 1QVSA 5CRYA 1JNFA 4F19A 4F3GA 1GV8A 3SDFA 4IY6A 3TKDA 3PPPA 4Q8RA 2V25A 2PT1A 2F34A 1R6ZA 2PT2A 2OWTA 3D4GA 3Q25A 3N26A 4QFOA 4OEUA 3RN8A 1A99A 4YMBA 1POTA 4ZS9A 4FIMA 1Y20A 2D21A 1LSTA 4I9DA 4ELOA 5FHNA 3MAMA 3IOVA 3BFUA 2O6AA 4RY1A 4PFTA 4ELRA 4F2OA 1Y4TA 5CBRA 2O7UA 1ELJA 3ONMA 3LC8A 1NH8A 2IEEA 2ZXTA 2I6EA 4F22A 1FCKA 3G3FA 5JTYA 4FECA 4YAHX 3SEXA 4N6PA 2RF1A 1B51A 1B4HA 4U23A 2Q88A 1LAFE 2V3QA 4RA1A 3ILTB 3K6UA 5AA4B 1AL3A 1MRPA 3LSWA 4DXBA 1LLSA 1H43A 1LAHE 2AIXA 3T22A 4F3PA 1QKBA 2XXXA 3TDJA 2I0CA 2R6GE 1USYH 3BKIB 4OENA 1H76A 4C1TA 4R9FA 5ITOA 2WKYA 3SEWA 3RY3A 1MS7A 3N5LA 2D5WA 3C32A 4MBPA 3CSBA 3O2AA 5H8FB 5HM4B 4XIGQ 4GD5A 1M5EA 2FA7A 1PDAA 4LP2B 3SERA 5I2NB 1IXGA 4PE5B 3H06B 3IB0A 2GH9A 2VP1A 4OXVA 3MZ9A 1UTBA 2ANJA 2NXOA 2F78A 1D3KA 2RINA 1D9YA 4NF5A 2Z23A 5AA2D 3MQ9A 5B7DA 3EN3A 3N6UA 3KN8A 3SEUA 4GQOA 2XXWA 4ZE9A 4QF9A 3PPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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