5L8DA

X-ray structure of nika from escherichia coli in complex with ru(bis(pyrzol-1-yl)acetate scorpionate)(co)2cl
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Efficient conversion of alkenes to chlorohydrins by a Ru-based artificial enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 163
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5l8dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l8dA01
5CC2A 1NKXA 3PUZE 3TMGA 2ANJA 4GRKA 2I3WA 3OSQA 3QYTA 4QSDA 1SI1A 2LAOA 4QF9A 2DQVA 1UIVA 3SETA 3G3IA 4N07A 1Y1MA 2O84X 2O7IA 1IITA 3PUVE 2ZMBA 4C0RA 3I3VA 3BFUA 4IO3A 2G29A 3E3KA 1N76A 3E4RA 3BFTA 4PQJA 2I48A 2ONSA 5BWJA 1F9BA 3TCGA 4H8JA 2O6AA 1N04A 1MRPA 2OCUA 3TTNA 2ONKE 1ZIUA 5I57B 2DE2A 2Q9TA 1UIUA 4G2ZA 3C35A 2F6PA 1VSOA 3ZS6A 3SEUA 2OWTA 3Q28A 3IB0A 4FEBA 1NNPA 3FVKA 1P1QA 2OJTA 4XKNA 2AYSA 2FA7A 1B40A 4OENA 2RC9A 4ZEIA 2WKYA 3A3UA 2RKMA 4E0WA 3USDA 3UORA 1SDXA 4ESWA 5AA2A 3IJOB 3JZJA 3O6IA 1NH7A 1GR2A 2DS9A 3QSLA 3K1MA 3O66A 2AL5A 4R74A 4R75A 2NUVA 1USYE 3VLUA 3CR9A 3KBRA 4OESA 5H8FB 4F19A 4N13A 3PGFA 5I57A 2XD3A 4UACA 4LONB 1B52A 4TLLB 1OMPA 1BTJA 1YCJA 1QJMA 1BP5A 1SW5A 4ELQA 3PPNA 3QIMA 2PMSA 3MBPA 1R6ZA 3RTFB 3SEVA 4YKJA 3H6UA 3PUXE 5EHSA 1H3DA 4XIGQ 4XKQA 4MFIA 3HN0A 1WDNA 3AXFA 1A40A 3OEMA 3DP8A 4HCWA 4N6PA 3IOVA 1QW0A 3M3KA 1KWHA 2H4IA 4IGTA 1M5FA 4BDNA 5L9MA 1PC3A 3QK6A 4QSEA 1POTA 3CG1A 4OEUA 1B7ZA 4F31B 1TFDA 2IEEA 4RA1A 3DELB 4OERA 1N0TA 2XXUA 3RTWB 1XT8A 3H4ZA 4AQ4A 3R26A 1GGGA 2QMXA 3TTRA 4KD5A 4JWYA 4HS7A 5TU0A 4BLAA 3IAZA 1TFAA 2VD3A 3B6TA 5DT6A 5CMKA 4OFJA 2XX9A 3MC2A 3KN8A 1B0HA 2WOKA 1BLFA 3OMBA 4QFNA 4FEDA 3UK4A 5CRYA 3K4UA 1J1NA 2FYIA 2V3UA 2X7QA 2DXRA 5KDTB 4PP0A 3TCFA 2GFEA 2RCBA 2F35A 3MVYA 3V83A 2PT1A 4EUOA 2DWJA 1Z7ME 4R73A 2O68A 1M5DA 1PBPA 1FTJA 1JNFA 1ANFA 3PV0E 1MXZA 4F3SA 3EHUA 3CFZA 1R1NA 2Z8FA 4BDLA 2O69A 2DSFA 2XXWA 1MXWA 3C4MA 4POWA 5I2KB 2HQ0A 2DP8A 3A09A 1A8FA 3U8QA 3ZSFA 1O63A 3ZKKA 1URDA 1B51A 4G8MA 4NF6B 3K0VA 1VR5A 2H99A 2F5XA 3G3JA 5ITOA 5L8DA 4BDMA 3LSXA 5JK4A 1D9VA 5ELVA 3VE1B 5I56B 3U93A 1PB8A 1TXFA 2PBWA 3MQ9A 3CIJA 4GL0A 3CRBA 2H98A 2QS3A 2DOJA 3DM0A 4OZ9A 2I4BA 1UTBB 2H9BA 2M8CA 3KG2A 2R6GE 2DE3A 3IB2A 4F1VA 2O7UA 5I2KA 3M3LA 4OHNA 4QFPA 3ZKLA 1D9YA 3H3GA 1O64A 4LUBA 3N6UA 3LVUA 4G68C 1B46A 4R72A 1BKAA 2QSXA 3TQWA 3TODA 3L6GA 1NFTA 1SYHA 1H43A 2Y7KA 4OETA 4U1OA 5I56A 5I59B 2X7PA 4YB7A 3MVWA 2UVJA 1MXYA 4IY6A 1UTBA 5KZTA 4O3AA 3K1PA 2DVZA 4G77A 3GZGA 1OLAA 3S9NC 1XHYA 1NL5A 4X1BA 1B5HA 3PU5A 1IXCA 1MY1A 1CE2A 3PPPA 5B70A 1SYIA 5J1DA 3H6WA 3TELA 2XXYA 2Z23A 2O1LA 3EHTA 1MXVA 1YTVA 1MQJA 4GFRA 3MP6A 1XS5A 4EDPA 3LR1A 2XHDA 5LOMA 5H8HB 4IO7A 3FV2A 4KR5A 3T9XB 4QFKA 2AIXA 4KCDA 5ISUA 2QMWA 4P11A 3DLNA 4GVOA 3RYAA 3N6TA 1T0KA 4E0XA 3VFJA 3S2VA 4F3BA 3FV1A 4H1XA 4MH5A 4X1DA 1I6AA 4H6DA 4EF2A 2Y7PA 4G8HA 2QS2A 4M1VA 4JWOA 2H25A 4U21A 4HTGA 1MH3A 1QUJA 3N26A 4GF8A 1ZJLA 1H44A 1EZPA 4THIA 1NNTA 1MY2A 3V8XB 5HM4B 3JV9A 3OD7A 4F2QA 1ZKBA 5AA1A 3KN3A 5ICQA 4F18A 4LQ2A 1AL3A 2A5TB 2P1SA 3HO7A 4Z0IA 1URGA 1B0LA 3THIA 4JSDA 3EN3A 4L17A 5H8HA 3K01A 4U4SA 1MXUA 1B3FA 4YZZA 3G3KA 4DLDA 4F29A 1LAGE 2DWAA 1B1HA 3QAXA 2Y7IA 1P1WA 4F3GA 3SESA 3RQTA 4PFTA 3UP9A 4JSOA 4NWDA 4RPOA 3TEPA 1JW1A 3HHGA 1B9JA 4DDDA 1Y3NA 3VXCA 1GTKA 1SW2A 3FTOA 4KHZE 1YAEA 3HHFA 4QFOA 3K00A 4R6HA 5AA2B 2OLBA 5JEIA 4WKMA 2A5TA 4GXSB 4H65A 2HAUA 3U92A 4MLVA 1JW5A 4TLMB 1MM7A 1OQHA 3RY3A 1PB9A 2DYXA 3EF7A 3VVEA 3CSGA 4FECA 3H6TA 3N94A 1LAFE 3SERA 2YJPA 4GXAA 1OIBA 3KOSA 3MVZA 2ALUA 1B05A 3PUYE 1HSEA 4O3CA 3OEKA 3BBRA 2FNCA 4LZ5A 1URSA 4OQOA 3RN8A 3TCHA 1FQEA 1LB8A 4Q30B 4FIMA 5TP9A 4M4GA 1B5IA 3MP1A 3W9VA 3CFLA 3EQ1A 4PETA 5HPQA 1MY4A 2OZZA 4YMAA 3HCQA 4GOTA 3C34A 5TPAB 3KEIA 1P99A 5FTIA 5A5XB 4NTLA 5JTYA 4WXJA 2VD2A 1I6BA 1B2HA 1S7YA 1PB7A 1EZOA 4RK9A 2XD2A 3Q26A 4LZ7A 4JDFA 4KFQA 2PVUA 3FJMA 4ND9A 4RXLA 3K6UA 3U94A 3VLVA 1ZU0A 1RYXA 2HCAA 3LSLA 3L6HA 1FW0A 1R9LA 1OLCA 4YICA 2DVCA 1QULA 1VFEA 1MQIA 1SW4A 4RNSA 1HSJA 2XXHA 5TPAA 4YB5A 3GXAA 3DRJA 5A5XA 3K6WA 5DEXB 3Q27A 4R2FA 1MQDA 3H06B 1JETA 2F7AA 1QKBA 4K3FA 3TTLA 2F7CA 1DMBA 4DXUA 3OO9A 3S9EA 4HCYA 1XVXA 3U1OA 3DRGA 3PD9A 1PEBA 1S9TA 5I58B 3T9HB 5F7VA 3T96B 2O1MA 3EPEA 3LC8A 3C9HA 4AB6A 4H8IA 1LBBA 3T66A 3FIRA 3M3FA 3K2DA 4BDRA 1AMFA 4I62A 4GLIA 5CM6A 1B7UA 1CB6A 3KGCA 3MAMA 3E9XA 3B6WA 3MZ9A 5DEXA 2Z8DA 3SEWA 3TTKA 3ILUB 2OBGA 2O51A 2X26A 3MJNA 1FQFA 2B3BA 3M8UA 1A7LA 3T9VA 4ECFA 2ZYNA 2GH9A 4YMBA 2XXQA 4G68B 1A55A 2D5WA 2UVIA 5I58A 1B4HA 1O7TA 1GVCA 1A54A 4YU0A 1I69A 4MBPA 4ZEKA 3FATA 1IZ1A 1FTOA 1MDQA 5H8QB 2GHAA 4R6KA 3FVOA 4YB6A 3G3FA 1LGBC 4X9TA 3DRKA 1MXXA 2ZNSA 3MWBA 3O9PA 1A99A 3G7WA 1Y4TA 1B1XA 3D4GA 2GRVA 5FTHA 1I6QA 4IO4A 4UA8A 1MG1A 4G68A 3OO8A 3SEXA 5KCJA 2V3TA 2OK2A 4R2BA 4RPNA 3SEYA 4KCCA 2B4LA 3UA8A 4OXVA 3OSRA 1SVXB 1QKAA 3GLBA 1M5EA 3GBAA 2Q2CA 1LSTA 3R7XA 3D4CA 2P0SA 1OVBA 3RGYA 3KZGA 2F36A 1DOTA 4RK2A 4OYVA 5H8QA 3GBBA 2B4MA 4I9DA 3FJGA 3KJ7A 2KLFA 3F11A 2XX7A 1B4ZA 3PMVA 2Y84A 4F1YA 3TUSA 1IXIA 3HV1A 3VVFA 1TT1A 4OMBA 4YAHX 3QUFA 3N5LA 2I6EA 4P0IA 2I0CA 1P1OA 4LQ5A 1RKMA 5FHMA 5ITPA 3IO4A 4GWOA 4YKKA 4QFLA 4FATA 1US4A 2F34A 2Y7RA 3S9MC 1XC1A 4U22A 2VGQA 3CI8A 4XKPA 4TOZA 3O28A 1B58A 1FQAA 4U4XA 4DXCA 4TQUQ 2Z8EA 3LSWA 2Y7WA 3H6VA 1DPEA 4Q0CA 3RT8A 1MH4A 5IAIA 1N7XA 3OO6A 2OWSA 4NF5A 3V89B 4ZE9A 2ONRA 1L5TA 3VLWA 4G8NA 4EXKA 3V5AA 4JBZA 1EU8A 2NVUB 1H76A 1B3HA 1S50A 2QS4A 3QUJA 5AA4B 4KYEA 1DTGA 4U23A 3K1NA 4C1TA 1OVTA 1TWYA 1SQYA 1GV8A 1R9QA 5EYFA 3UIFA 3VVDA 1B3GA 3O97A 4H5GA 4NF4B 1DSNA 4ZS9A 1B3EA 2XX8A 1IEJA 3ONMA 1N7WA 5HBCA 1II5A 4OFOA 2UVGA 2V3QA 3DP6A 3OO7A 1LFHA 2PX1A 3RNNA 4EF1A 4DXBA 4ONYA 1IXHA 4FORA 4U1ZA 2D3IA 5AA4A 3PPQA 3QXMA 3PMWA 2RINA 4IO2A 5DYHA 2I3VA 5IKBA 2R9JA 3FUZA 1OQGA 1N3XA 1SD3A 1XOCA 3IB1A 4NF4A 2HXWA 4EQBA 3E13X 1RYOA 3TYHA 3IX1A 3UGWA 4IO5A 1MPBA 2A5SA 4Q8RA 3BKIB 1SW1A 3RLFE 3MPLA 2AL4A 4YKIA 3EHSA 2HZLA 1LAHE 2I49A 4NMYA 1YPNA 3FGSA 4OTEA 3C33A 2ZNTA 1ELJA 5AE4A 2RF1A 4BDQA 1AIVA 4GL8A 1IXGA 3TAJA 2QL3A 3CSBA 4H67A 3SDFA 4IY5A 1MDP1 5DVIA 1MM6A 5TP9B 1MY3A 1M5BA 1B5JA 3MZBA 1BIYA 1P1UA 1Q35A 1QUIA 2ABHA 5B7DA 4LZ8A 1B7HA 4LVQA 3UN6A 2CZLA 3FXRA 3FASA 2DWIA 2NXOA 5JTYB 4HW8A 1AOVA 4LP2B 1FQDA 2QRYA 4POXA 1UTHB 3C31A 4KPTA 2GHBA 1VFDA 2ZYKA 3OXNA 4H0WA 1JW4A 2ESNA 3W9WA 4ZECA 4ZDMA 3DRIA 3TFLA 2VHAA 4JWXA 2E0SA 2XXRA 5BUUA 1WODA 4RJZA 4DCXA 5FHNA 1A8EA 2I0BA 2UVHA 3IL1B 3OOAA 1IIWA 3CG3A 3S4UA 3OELA 4QRZA 1B6HA 4PFYA 1B3LA 1D3KA 2IA4A 1LB9A 4NF8B 1M5CA 4QSCA 2QS1A 3KN7A 4I8CA 4F1UA 1FTLA 4DE8A 3SKPA 1LLSA 2RCAA 5M2VA 4XKRA 4KYDA 3FVNA 1UTHA 2D21A 1POY1 2REJA 2E1SA 3VXBA 3KFMA 5DVFA 1USYH 4NE4A 3KSJA 3ECRA 1FQCA 1Y20A 2YLNA 2V84A 5CMBA 4FJPA 3O6PA 2XXXA 5EHMA 3P7IA 4PE5B 5ICTA 3I6VA 3WAFA 2G93A 3PUWE 2B3FA 5CMCA 2XXVA 4GQOA 5CBSA 2R71A 2XXTA 4JXIA 4NF8A 2VP1A 4F2OA 2V93A 3CFXA 2REGA 3FXQA 1IQ7A 5H8FA 5F1QA 1ZTYA 1US5A 1DPPA 4PFWA 2F78A 2XXIA 2RC8A 3S9LC 4ELPA 1FQBA 3C36A 3B7DA 1UQWA 3TZAA 4F22A 3KJTA 3FD3A 1Q1KA 4EQ9A 3A3CA 4G4PA 4H5FA 4IO6A 4OVJA 4ZZAA 4OWDA 3O6HA 3K02A 3TPAA 4GD5A 4ZZEA 2HZKA 1MPDA 3HPIA 3TKDA 2P2AA 4XXUA 2VOZA 1WVJA 1JEUA 1JEVA 3T22A 3VDFA 1EZ9A 4EQ7A 1MS7A 2WOLA 4RYAA 1Y9UA 3RPWA 4OFLA 3G3GA 1PDAA 4DZ1A 4OEVA 4GIZA 4JB7A 3K6VA 3FJ7A 5DTBA 4NEDA 4ELRA 2DWHA 3MP8A 4P0GA 2DE4A 1JQFA 4BDOA 3H03A 4WEPA 4EXLA 5KCJB 3IORA 3RYBA 1MPCA 4C1UA 5I84A 1LCFA 2NOOA 2RC7A 3CVGA 2DXYA 1Y3PA 3C32A 2Q89A 3WAEA 5I2NB 5CBRA 5L9OA 4R9GA 4KQPA 4LATA 2XXPA 3FVGA 5K2XA 4PFUA 4R9FA 4ISUA 2PYYA 3TQLA 3TTMA 3T93B 1FCKA 2F6GA 4FE8A 4QHQA 1Y4CA 3IK6B 3JYRA 3FXUA 5AA3A 2NWJA 5KDTA 4NWCA 1LCTA 3U72A 2B65A 5CI5A 1NH8A 2W7YA 4ELOA 1LAXA 1D4NA 1Y3QA 3DRFA 2ZYMA 2HAVA 4YKPA 5I2NA 3MPKA 3MUQA 2I58A 2WOPA 3MZ1A 5K2YA 3LUYA 3ODBA 4ESXA 1QVSA 3Q29A 3R6UA 3I5OA 1ZBMA 4NF5B 2V25A 4ZEFA 4MF3A 3PPRA 4O3BA 4NF6A 4Z7EA 5FHOA 3PMXA 5DVJA 3Q25A 1FTKA 3O6GA 3VV5A 4MLQA 3PD8A 4IB2A 3IR1A 1JVXA 3LBSA 2F8DA 2Q88A 1MY0A 4Q5TA 3G3HA 4DIGA 1LBCA 3RT6B 1LFGA 4XTCQ 3IJXB 4F3PA 3O29A 2PT2A 3IO6A 3MVXA 2Q2AA 2F7BA 2Z22A 1Z7NE 1NNKA 4KI0E 1PBQA 4LA9A 4IGRA 3H7MA 3O2AA 2THIA 4U2RA 4I1DA 2UXAA 1JVYA 3DRHA 4WEDA 2BJJX 1N84A 2CMOA 1ATGA 3K6XA 4R6YA 4ZEBA 2YPNA 1HSLA 4X48A 1MQHA 2UYFA 2QPQA 3KSXA 2ZYOA 1P1NA 5H8SA 5I59A 3PAMA 1EH3A 2I4CA 5AA2D 4RY1A 3W15C 3B6QA 1NNFA 1VE4A 5H8NB 4ZE8A 1Y1ZA 3ILTB 4ZEDA 1IUDA 1SBPA 2HEUA 3RUMA 4FAJA 1AH5A 3T9UA 2QJEA 1DTZA 4F39A 3PPOA 2Q8JA 3DP4A 1FTMA 1NMUA 3CHGA 1MQGA 1N3WA 1ZMGA 1H45A 3IOUA 3IOWA 3KOTA 1B32A 3MW0A 1XVYA 5CMMA 1SI0A 2UYEA 3HSTA 1LFIA 4KYSA 2HFBA 3IOTA 1ZLQA 4DCYA 5L9SA 3FZVA 2ZNUA 2ZXTA 1QUKA 2H5YA 5H8NA 3OENA 2F97A 4AB5A 3TDJA 3LSFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LUZA 5CC2A 1NKXA 3PUZE 3TMGA 2ANJA 4GRKA 2I3WA 3E79A 3OSQA 3QYTA 4QSDA 5IZ1A 1SI1A 2LAOA 2VPNA 4QF9A 2DQVA 1UIVA 3SETA 3G3IA 4N07A 1Y1MA 2O84X 3D1RA 2O7IA 2KQZA 1G0IA 1FJ9A 1IITA 3PUVE 2ZMBA 4C0RA 3I3VA 3BFUA 4IO3A 2G29A 3E3KA 1N76A 3E4RA 3BFTA 4PQJA 2I48A 2ONSA 2CZIA 5BWJA 1F9BA 3TCGA 4H8JA 2O6AA 1N04A 1MRPA 2OCUA 3TTNA 1NV3A 3MYUA 1IMDA 2Q74A 2ONKE 1ZIUA 5I57B 2DE2A 2Q9TA 1UIUA 4G2ZA 3C35A 2F6PA 1VSOA 3ZS6A 3SEUA 1FPJA 2OWTA 3Q28A 3IB0A 4FEBA 1NNPA 4PF6A 3FVKA 1FPLA 4PTKA 1P1QA 2OJTA 4XKNA 2WYPA 3RYDA 2AYSA 2FA7A 1B40A 4OENA 2RC9A 4ZEIA 2WKYA 3A3UA 2RKMA 4E0WA 4NX1A 3USDA 1VDWA 3UORA 1SDXA 2PFZA 4ESWA 5AA2A 3IJOB 2DDKA 3JZJA 3O6IA 1NH7A 2FHYA 1GR2A 2DS9A 3QSLA 4PBQA 3K1MA 3O66A 4OVTA 2AL5A 4R74A 4R75A 2NUVA 1EYJA 1USYE 3VLUA 4N6KA 3CR9A 3HFUA 3KBRA 4OESA 5H8FB 4F19A 4N13A 5FBPA 3PGFA 5I57A 2XD3A 4UACA 4LONB 1B52A 4TLLB 1OMPA 4OA4A 1BTJA 1YCJA 3ISPA 2QFLA 4GWUA 1QJMA 1BP5A 1LBWA 1SW5A 4ELQA 1FPEA 3PPNA 3QIMA 2PMSA 3MBPA 1R6ZA 2VPOA 3RTFB 3SEVA 4YKJA 3H6UA 3PUXE 5EHSA 1H3DA 4X04A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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