5L8DA

X-ray structure of nika from escherichia coli in complex with ru(bis(pyrzol-1-yl)acetate scorpionate)(co)2cl
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Efficient conversion of alkenes to chlorohydrins by a Ru-based artificial enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Metal binding protein
total genus 163
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5l8dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l8dA01
4HCYA 3DLNA 3OMBA 5I56A 3MVWA 1US4A 3KOSA 1USYE 4JSDA 2RINA 4R2FA 3U92A 3QIMA 4NE4A 3T9HB 1CB6A 3DRKA 2RCAA 4OETA 4HTGA 3E9XA 2DSFA 4YB5A 5TPAB 3KN7A 1GR2A 3FIRA 1B40A 3H6TA 1H76A 4RPOA 4IO7A 4GD5A 3D4GA 1N7XA 3AXFA 2YJPA 4ESWA 1H45A 1B0LA 5DVIA 5TPAA 3M3KA 5CRYA 1NNFA 4IO3A 1MQJA 2IA4A 1I69A 1Y4CA 1OQHA 1NH8A 1B46A 5JTYA 2F7AA 3EN3A 3ZSFA 3Q29A 4MBPA 1O7TA 2I0BA 1MPDA 4BDLA 5FHNA 3IOUA 3K6VA 2O84X 2E0SA 2BJJX 3RQTA 4ZE8A 2DXRA 4DXCA 2HAVA 3DP8A 3RT8A 4Q8RA 2RC8A 3CSBA 1PBPA 4QF9A 1FQCA 1CE2A 3CG1A 1DTZA 4NF8B 3PMVA 4FEDA 1T0KA 3VVFA 1UIUA 4H67A 4Z0IA 3RPWA 3V8XB 2Y7PA 1FCKA 1SQYA 3HCQA 1H43A 5A5XB 1S9TA 1R9LA 1BTJA 1HSEA 3SERA 1DPPA 1I6AA 5IAIA 4MF3A 3TTRA 2ESNA 4AB5A 3VVDA 3PUZE 1P1WA 4YKJA 4U2RA 3TTMA 3KFMA 4OFLA 3FD3A 4EQBA 3OOAA 4U4XA 2QPQA 3KG2A 3K6UA 3U1OA 4OENA 1NKXA 3S4UA 2RKMA 5DVFA 3H03A 4TLMB 1J1NA 2Q9TA 1Y9UA 4ZECA 1JETA 4ZE9A 4OEVA 1POY1 4DDDA 3O66A 1OLCA 4LVQA 4E0XA 2QMXA 2B4LA 2QRYA 3MW0A 4IO4A 5H8QA 2V84A 1A99A 3HO7A 5AA4B 3MAMA 4FATA 2I3WA 2OWTA 4UACA 1RYXA 4H65A 1AOVA 3MWBA 3U8QA 5DEXA 1BP5A 5L9MA 1OQGA 3O6GA 1OVBA 1IIWA 1B3LA 3IO6A 1UQWA 2D3IA 3ONMA 2NOOA 1US5A 4QFNA 2G29A 3H6VA 4JWXA 3HN0A 4FEBA 5JK4A 1MDQA 4F19A 3TPAA 2OCUA 3C4MA 2VGQA 4YMAA 1MQGA 2Q2CA 4TLLB 1EZOA 3U72A 4NTLA 5FTHA 1DPEA 4OMBA 4IY6A 1NNPA 3TTLA 4X48A 2RF1A 3PPOA 4F2OA 1P1QA 3FATA 5DYHA 3CRBA 2Y7IA 3IL1B 1LBCA 4O3AA 2R6GE 1N7WA 5AA2B 2LAOA 2PX1A 4R9GA 4RXLA 3FVOA 4DXUA 2YLNA 3S9NC 2GH9A 2F7CA 1O63A 5AA2A 5KDTA 3A3UA 3EPEA 3TCHA 1B32A 3MC2A 2Y7WA 2F8DA 1M5EA 4N07A 2QL3A 4BDOA 2XXXA 2O1LA 4YKPA 2Z23A 1Y4TA 2H4IA 3MZ1A 1VFDA 2AIXA 4NWDA 3K1NA 1HSLA 1Q35A 5CC2A 1MPBA 1GGGA 4EUOA 1EU8A 3UGWA 2E1SA 5H8SA 4H6DA 1FTKA 3L6GA 3FTOA 1XT8A 4KCDA 3C34A 1B52A 2O68A 4LZ8A 4R6HA 2O6AA 3OEKA 3K0VA 2NXOA 4EQ7A 1MQDA 3TUSA 3IB0A 4PFTA 2WKYA 5KCJB 2FA7A 2O7IA 1Z7NE 4QFPA 3T66A 3GXAA 3A3CA 2V3TA 1ZTYA 2XX7A 1B6HA 5H8HA 3PAMA 2QSXA 5ITOA 5AA3A 2H9BA 1XHYA 3SEWA 1I6QA 1WODA 4F22A 2V3QA 2Y7RA 3OELA 2F35A 1NMUA 2I4BA 1SYIA 3B7DA 3SEVA 2CMOA 2B3BA 2I49A 3PPQA 3UORA 1MQHA 2H98A 2O1MA 2O7UA 3PUXE 4OERA 3FJMA 4F1UA 3MP1A 4X1DA 4K3FA 2OBGA 2HEUA 1FW0A 2UXAA 1TWYA 1IXCA 2DE3A 1A7LA 2QS2A 4NF5A 4NF6A 2WOPA 3TELA 3E4RA 3VLWA 1BKAA 2X7QA 1N04A 4H5GA 2XX8A 1B5HA 4HCWA 4GWOA 2DS9A 1N3WA 4WEPA 4ISUA 3N6TA 3L6HA 5H8FA 2QJEA 4RYAA 3ILTB 2P1SA 1WVJA 2HXWA 2D5WA 4RNSA 4OESA 3IJXB 3FXQA 1YCJA 3ILUB 4I62A 4G68C 4TOZA 4JWYA 2QS4A 3G3FA 5BUUA 4C0RA 2P2AA 1IXGA 1SI1A 4GVOA 3VFJA 3MPKA 3TDJA 1DSNA 3JYRA 2F78A 3MP6A 3DRFA 2GRVA 5L9SA 5CMKA 3MJNA 4PQJA 2VD3A 5J1DA 5B70A 3DRHA 2KLFA 1B3FA 1UTBB 4F3SA 2ZYKA 4F3PA 3N26A 3K1PA 1D4NA 1SVXB 3O9PA 4BDNA 3MP8A 1IEJA 2PT2A 3CFLA 3C33A 4XKPA 4OYVA 5HBCA 4JBZA 1DTGA 1SI0A 4GXAA 4QSCA 1SW2A 3PV0E 4PE5B 4YKIA 2YPNA 5I57A 4PFYA 4GLIA 3T9UA 1SW4A 3THIA 3DP4A 1JEUA 1OMPA 5F7VA 3VLUA 3ECRA 2F5XA 3IR1A 4ELPA 3HSTA 4R74A 1TT1A 3ZKLA 1TFDA 1LB9A 3OXNA 4WEDA 5HPQA 4YMBA 1LGBC 3SEYA 1LSTA 4RJZA 2ZXTA 4IB2A 3G3KA 1RYOA 1LCFA 3BKIB 2DWAA 2WOKA 1QUKA 4G68B 1VE4A 3T9VA 3BFUA 4H5FA 2VOZA 4F1VA 2UVGA 3HPIA 1LLSA 1XVXA 2Q88A 5L8DA 3LSLA 1B1HA 3EHTA 1B3EA 1QUJA 1A8EA 4G68A 3PD8A 2QS1A 1N84A 2ZYMA 4JXIA 2ZNTA 3UN6A 1Y3PA 4XKRA 1MY1A 3H3GA 3FGSA 4DXBA 2A5SA 3TTKA 1I6BA 2B3FA 4U1ZA 1LFGA 4XKQA 1AMFA 3DRIA 3TYHA 2VP1A 1LCTA 1R9QA 1Q1KA 2OZZA 1MH4A 4NF8A 2WOLA 3RYBA 3RT6B 1DMBA 3QAXA 3OO9A 3O2AA 5CMMA 2ANJA 2F34A 3CVGA 5ELVA 4XXUA 5ICQA 4I8CA 2XHDA 3O29A 1A40A 5A5XA 5K2XA 2XXUA 3K02A 4IGRA 4ECFA 3CSGA 1B4ZA 2ZMBA 1UTHB 1ZU0A 3UA8A 3LSFB 4NEDA 3M3FA 4PETA 3IB1A 5FHMA 1ELJA 2DQVA 2UYFA 3W9WA 3S9MC 4QFKA 1SW5A 3K6XA 4NMYA 3IOTA 1IQ7A 1B3HA 4YB7A 4YZZA 3T93B 4OWDA 3SKPA 3FJ7A 4F29A 2PMSA 4GL8A 1AL3A 3FXUA 1B51A 2HZKA 3B6QA 1D9YA 3C31A 3K4UA 4LATA 3TKDA 3WAEA 1FQDA 1PB8A 3OSRA 2DP8A 4ZEFA 4BDRA 3H6WA 5M2VA 1H3DA 4DE8A 4OQOA 4ZDMA 1LFHA 1B1XA 5AA4A 1GVCA 4OFOA 5I84A 5B7DA 5CBSA 3FVGA 3N5LA 1Z7ME 4DIGA 3MVZA 3VXBA 4XIGQ 3RGYA 3IK6B 2DWHA 3OSQA 2XD3A 5IKBA 5JEIA 4NF4B 4KHZE 1EZ9A 4IGTA 1NL5A 1N76A 4GXSB 4OHNA 1IXIA 2I0CA 2H5YA 3RYAA 3G3JA 3MBPA 1PBQA 3IO4A 3EHUA 4YB6A 2RCBA 2I6EA 3TZAA 1YTVA 5ICTA 4QRZA 4JWOA 1OLAA 1YAEA 2F6PA 4GOTA 1M5DA 2GFEA 5TP9B 2XXWA 1B05A 1MXZA 4RK2A 1HSJA 4U1OA 4BLAA 1MXWA 4R2BA 2HQ0A 4KYSA 1N0TA 4ZZAA 2NUVA 3FUZA 4EF1A 2XXVA 1A55A 5TP9A 5I2NB 3O28A 2D21A 1IZ1A 4LUBA 2CZLA 3G3HA 4QSDA 4MFIA 5CM6A 2B65A 3I3VA 1GTKA 1B0HA 1Y20A 1FTOA 1USYH 4Z7EA 2W7YA 1QKBA 3GBBA 4G8NA 2XXPA 4KQPA 1LFIA 2XXTA 1IXHA 3ZKKA 1MXVA 3Q25A 1MPCA 4ZEDA 3MZBA 5I59B 1P1NA 3PU5A 1URSA 2HAUA 2Y7KA 3WAFA 2UVJA 5ISUA 4OVJA 4KYDA 4U23A 1II5A 4MH5A 3KN8A 5EHMA 3RUMA 1FTJA 5FHOA 4R72A 2OLBA 5FTIA 5KZTA 1S50A 1SW1A 2ZYNA 4KFQA 1EZPA 3M8UA 3DP6A 1ZIUA 4M4GA 3R26A 5BWJA 1JEVA 3N6UA 1S7YA 2THIA 4GF8A 1ZMGA 2XXYA 2P0SA 2X26A 1XC1A 3KSXA 4F2QA 2DXYA 4ELQA 3O6IA 1MXYA 4WXJA 2ZNUA 2VHAA 1M5CA 4U21A 1PDAA 4GQOA 4IO2A 3I6VA 3G7WA 3O97A 4DCXA 4F3BA 5KCJA 2Z22A 3GZGA 3UIFA 5AE4A 1QVSA 1NNKA 3GBAA 5LOMA 2ONKE 3C32A 2AL5A 2A5TB 2Z8DA 3SEUA 1KWHA 1EH3A 5HM4B 4LZ5A 4GL0A 3TQWA 4XTCQ 1VFEA 1ZBMA 5AA1A 4Q0CA 1SDXA 3PPRA 2UYEA 1H44A 1JQFA 4FORA 3D4CA 1MG1A 5ITPA 3HV1A 4LP2B 2VD2A 3S2VA 1LAXA 3TMGA 3VXCA 3PD9A 4GRKA 3TTNA 3OD7A 4F31B 3R6UA 3FV2A 2REGA 3ZS6A 1B9JA 3CI8A 3IAZA 2R9JA 3HHFA 1B7ZA 3EQ1A 3UK4A 3KBRA 1B5JA 4N6PA 1NNTA 1A54A 4F18A 2QS3A 1NFTA 1MDP1 4R6KA 2ABHA 1P99A 3O6PA 1XVYA 1LBBA 3RY3A 3S9LC 3DRGA 1FQBA 5CI5A 3RTWB 3H7MA 4RA1A 3OO6A 1JW1A 1OVTA 3KEIA 5DT6A 3RNNA 1UTBA 4NWCA 4O3BA 1Y1ZA 3IJOB 3PUVE 2XX9A 5I56B 2PVUA 2X7PA 1ATGA 1FQFA 4FAJA 1B5IA 3TEPA 2UVHA 2ONRA 2DWJA 4KR5A 4ELRA 2ZNSA 3V83A 1MY4A 4ZEIA 4OXVA 1ZKBA 3IX1A 1URGA 4ELOA 3TFLA 3RN8A 4F1YA 3VE1B 3K1MA 4AB6A 1MM6A 1IUDA 1DOTA 3MZ9A 3V89B 1PB9A 3OO7A 5JTYB 3T22A 2PT1A 2XD2A 3A09A 1ZLQA 4C1TA 1A8FA 5L9OA 3PUYE 2Q8JA 2F6GA 3KJTA 1BLFA 4FECA 4F39A 3ODBA 1VR5A 4C1UA 3VVEA 3CFZA 4P11A 1D9VA 3CFXA 4ZEKA 3DRJA 1URDA 3EF7A 2HCAA 2Z8FA 1VSOA 4H0WA 1MY3A 2O51A 3BFTA 2G93A 4RY1A 4H8JA 3QK6A 4P0GA 3KZGA 3V5AA 3MUQA 4EDPA 3H06B 3TCGA 2Q2AA 3KOTA 1AIVA 5DTBA 4F3GA 3U93A 1MXUA 2O69A 3FASA 4DZ1A 4OZ9A 1SBPA 1NH7A 4XKNA 2V25A 3VDFA 4Q30B 3CR9A 5I2KB 3PMXA 1MH3A 4G8HA 4LA9A 1WDNA 2RC9A 2F36A 3LBSA 4OTEA 2GHAA 3Q28A 1B2HA 1UTHA 3CIJA 3JZJA 3G3GA 3P7IA 3USDA 3K00A 2HFBA 3W15C 3QSLA 5I2KA 4ND9A 4BDQA 5CMBA 3PMWA 5H8QB 3KSJA 3E13X 4YAHX 4KYEA 3TODA 2H25A 4P0IA 2UVIA 3LSWA 2F97A 5DEXB 3DM0A 2HZLA 1XOCA 1PC3A 3Q26A 1M5BA 3K2DA 1MY2A 3E3KA 4HS7A 3I5OA 1B7UA 4YKKA 3H4ZA 2I4CA 2DWIA 4I1DA 4IO5A 3Q27A 1R6ZA 3HHGA 3EHSA 3DELB 2DE2A 1LAHE 1BIYA 4MLVA 1JNFA 4QFOA 4ESXA 1Y3QA 4DLDA 4NF4A 3BBRA 4X1BA 5CBRA 1L5TA 4R73A 4UA8A 1JW4A 3CHGA 4G77A 4ZS9A 3QUJA 4ZEBA 2I48A 4ZZEA 4QSEA 1MY0A 2Y84A 4X9TA 4Q5TA 3OENA 2ALUA 4H1XA 2AYSA 3B6WA 4PP0A 4OEUA 3R7XA 2RC7A 3MVYA 4H8IA 4PFUA 4LQ2A 1QKAA 2DVZA 4EXKA 2NWJA 1POTA 3M3LA 1QULA 3H6UA 3OO8A 5KDTB 4I9DA 5I2NA 4LZ7A 3KGCA 3FJGA 1FTMA 1TFAA 1UIVA 2ZYOA 4RK9A 3PGFA 3IB2A 1OIBA 1LAFE 3RLFE 4R6YA 5AA2D 5TU0A 1MXXA 1B4HA 3TAJA 1LB8A 4GFRA 4G4PA 3SEXA 1RKMA 4HW8A 2XXHA 5I59A 3G3IA 3LUYA 3MPLA 1GV8A 3PUWE 4G2ZA 4POXA 4EF2A 1MRPA 1PB7A 3FVNA 4E0WA 2I3VA 1JVYA 1MS7A 3PPNA 3TCFA 4IY5A 2Q89A 3CG3A 3KJ7A 1P1UA 1QW0A 2PYYA 2DOJA 3LR1A 1FTLA 4KPTA 5H8NB 4QHQA 3N94A 1Y3NA 1ZJLA 3VLVA 2DVCA 3QUFA 4TQUQ 4IO6A 3F11A 3SDFA 2NVUB 4YU0A 3SETA 5H8NA 2GHBA 3B6TA 1IITA 3RTFB 4OFJA 5EYFA 5H8HB 1AH5A 3C36A 3IOVA 4THIA 4AQ4A 2V93A 4R75A 4LONB 3OEMA 4FIMA 4KCCA 3QXMA 1XS5A 2FNCA 3LC8A 3W9VA 4KI0E 3SESA 1B3GA 4RPNA 1M5FA 4O3CA 1F9BA 2A5TA 3S9EA 1MM7A 3FZVA 4QFLA 5EHSA 3C35A 4M1VA 3FVKA 2ONSA 4EQ9A 4YICA 2OWSA 3GLBA 4N13A 1B58A 3C9HA 4LQ5A 4FE8A 4ONYA 3MVXA 3UP9A 1O64A 2IEEA 5I58B 2FYIA 1JVXA 5K2YA 4NF5B 2M8CA 4GIZA 4NF6B 2R71A 2REJA 3FV1A 1QUIA 2B4MA 2DE4A 4POWA 3VV5A 1FQEA 2XXQA 4R9FA 4JDFA 1B7HA 3LVUA 2V3UA 3K01A 5I58A 4KD5A 1MQIA 5H8FB 2OJTA 1PEBA 3O6HA 4BDMA 2DYXA 1N3XA 3JV9A 4G8MA 1Y1MA 2XXRA 1ANFA 1R1NA 2AL4A 3QYTA 4WKMA 3K6WA 2QMWA 1LAGE 3IORA 3U94A 1QJMA 3TQLA 5F1QA 1JW5A 1SD3A 3T96B 4JSOA 4L17A 4EXLA 4JB7A 2XXIA 2Z8EA 2H99A 3T9XB 3IOWA 4U4SA 4U22A 3MQ9A 3FXRA 2OK2A 3KN3A 4MLQA 1P1OA 4FJPA 2I58A 2F7BA 5DVJA 5CMCA 4PFWA 4DCYA 1TXFA 1D3KA 1YPNA 3PPPA 2PBWA 1FQAA 1SYHA 3LSXA 5I57B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCYA 1FSAA 3DLNA 3OMBA 5I56A 3MVWA 1JP4A 1US4A 3KOSA 1USYE 4JSDA 2RINA 4R2FA 2CZIA 3U92A 3QIMA 4NE4A 3T9HB 4DI3D 1CB6A 4H46A 3DRKA 2RCAA 4OETA 4OVRA 4HTGA 3E9XA 5EQAA 2DSFA 4YB5A 5TPAB 3KN7A 1GR2A 4OA4A 3FIRA 1B40A 1KA0A 3H6TA 1H76A 4RPOA 4IO7A 4GD5A 3D4GA 1N7XA 3AXFA 4P3LA 2YJPA 4ESWA 1H45A 1B0LA 5DVIA 5TPAA 3M3KA 5CRYA 1NNFA 4IO3A 1MQJA 2IA4A 1I69A 1Y4CA 4PF6A 1OQHA 2Y5KA 1NH8A 4OVTA 1B46A 5JTYA 2F7AA 3EN3A 3ZSFA 3Q29A 4MBPA 1O7TA 2I0BA 1MPDA 4BDLA 5FHNA 4FBPA 3IOUA 3K6VA 2O84X 2HXRA 5IZZA 2E0SA 4GWYA 2BJJX 3RQTA 4ZE8A 2DXRA 3FBPA 4DXCA 2HAVA 3DP8A 3RT8A 4Q8RA 2RC8A 3CSBA 1PBPA 4QF9A 1FQCA 1CE2A 3CG1A 4P1EA 1DTZA 5IZ3B 2KR0A 4NF8B 3PMVA 4FEDA 1T0KA 3VVFA 1UIUA 4H67A 4Z0IA 3RPWA 1FPIA 4NQ8A 3V8XB 2Y7PA 1FCKA 1SQYA 3HCQA 1H43A 5A5XB 1S9TA 1EYIA 4O8MA 1R9LA 1BTJA 5IZ3A 5T3JA 1YXIA 1HSEA 3SERA 1KZ8A 1DPPA 1I6AA 5IAIA 1FBDA 4O7MA 1DBZA 4MF3A 3TTRA 2ESNA 4AB5A 3VVDA 3PUZE 1P1WA 4YKJA 3HFUA 4U2RA 3TTMA 3KFMA 4OFLA 3FD3A 4EQBA 3OOAA 4U4XA 2QPQA 3KG2A 5ET7A 3IFAA 3K6UA 3U1OA 4OENA 1NKXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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