3GBBA

X-ray strucutre of iglur5 ligand-binding core (s1s2) in complex with msviii-19 at 2.10a resolution
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
NRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Full Domain Closure of the Ligand-binding Core of the Ionotropic Glutamate Receptor iGluR5 Induced by the High Affinity Agonist Dysiherbaine and the Functional Antagonist 8,9-Dideoxyneodysiherbaine
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 81
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbbA02
1EU8A 2Q88A 4JSDA 3M3LA 2I0BA 2VD3A 5M2VA 4H0WA 1RYXA 3FVGA 4TLMB 1JNFA 4EUOA 1PC3A 3FV1A 1XC1A 3G7WA 1VSOA 5I2NA 4N13A 4IO7A 1JW5A 4HCYA 4HS7A 2B3BA 5HBCA 1MS7A 4IY5A 4FORA 1S7YA 1LAGE 2V93A 1P1NA 2XXRA 3N6UA 2F35A 3SKPA 2VGQA 1B32A 1RYOA 3Q27A 1PBPA 3KEIA 1SYIA 4BLAA 5CC2A 2O1LA 4DXBA 5AA2D 3CFZA 2AYSA 4MH5A 4OETA 4NWCA 2H98A 3M3KA 2XXYA 2XX9A 1USYH 1B7ZA 1MQHA 2GRVA 1UIVA 1EZPA 2O68A 4TQUQ 4I8CA 1TFAA 5IKBA 3L6HA 3G3JA 4KCDA 2R9JA 1IQ7A 1NNPA 5TU0A 3D4GA 4WEPA 1SI1A 5KCJA 2OLBA 4Z7EA 4NF8A 3O6IA 3MAMA 3H6WA 2DVZA 3G3KA 1NNTA 4RPOA 2Y84A 1AH5A 5I56A 3JZJA 2ZNUA 2DXYA 3R7XA 4ZEDA 4POXA 2UYEA 3TCFA 3PUYE 1ZU0A 1JQFA 3AXFA 3KFMA 4KCCA 5CBRA 3U72A 4LZ5A 3PUXE 4XKPA 3MBPA 1YPNA 2R71A 4JDFA 3M8UA 2QS3A 2ESNA 2RF1A 2Z8DA 1P99A 2HFBA 3U94A 2XXQA 1Z7NE 1BTJA 1B5HA 2QPQA 4GQOA 4PFTA 2ZXTA 1MXUA 1ATGA 4GVOA 4Q0CA 1MDP1 1DSNA 1ZBMA 1IITA 1GGGA 2F6GA 3T66A 3MP6A 4TOZA 2H5YA 2XXWA 3T9UA 4HW8A 1NH7A 4UACA 1SQYA 4POWA 1XS5A 3IJOB 4LZ7A 4EF2A 3PU5A 4KHZE 4BDQA 5DVFA 4EQBA 5CRYA 1BLFA 3CVGA 1QKAA 3HCQA 3OO9A 4RA1A 4G4PA 4RXLA 5I56B 3KG2A 3DP4A 3S9LC 4QF9A 5I58A 3QK6A 3OEKA 2V3QA 1AMFA 1B2HA 2I4BA 3UA8A 3T93B 1II5A 2NXOA 2F7BA 1FQEA 2F78A 3H7MA 1SW2A 2XXVA 4GFRA 3OSRA 1R1NA 1BP5A 3B6TA 3KN8A 2ZYMA 3O66A 4LA9A 3IK6B 3CG3A 4QHQA 1Y3QA 3R6UA 1DMBA 3B7DA 5TPAA 3TCGA 3K01A 3VDFA 3O9PA 2XXIA 5TP9B 3QAXA 1IXGA 3PMVA 5H8FA 3IOWA 2DQVA 2O7IA 1LFIA 4FAJA 1MRPA 5ITPA 2FYIA 3DP8A 3CFXA 4YMBA 1A8FA 2OZZA 4NF4A 4H5FA 3PPOA 1NKXA 4QRZA 4EDPA 1SBPA 4JWXA 1VFDA 3IAZA 3C4MA 3MVWA 1YTVA 3CSBA 3O97A 1JVYA 4F3GA 3VE1B 3QUJA 1H45A 4OFJA 1Y1MA 1NNFA 1H44A 3T96B 4R74A 3K1NA 1EH3A 2Y7KA 1UTHA 5AE4A 1FW0A 4KI0E 4C0RA 2I3VA 4EQ9A 3HSTA 2QMXA 4RK9A 1VFEA 2D5WA 1TFDA 1CB6A 2V84A 4XIGQ 1R6ZA 3GLBA 4DCYA 4N6PA 4GD5A 4F31B 2AIXA 4GF8A 5H8FB 3PD9A 4L17A 4ZZEA 5L9OA 5A5XB 4C1UA 1IIWA 4F2OA 3MVZA 4I9DA 3IORA 1SDXA 2Y7IA 2Z8FA 3OELA 1MY4A 2ZYOA 1URGA 1A99A 4DDDA 4ZZAA 2XXUA 2RINA 4BDRA 3C34A 4R9FA 1Y9UA 2NOOA 4KYDA 4YMAA 4ESWA 5AA2A 5JEIA 3PPPA 2FA7A 1IZ1A 1XHYA 1LB9A 1URSA 1FQCA 4PQJA 2ZNSA 2QS2A 3JYRA 4H67A 1IEJA 4OQOA 3TAJA 4ONYA 1UTBA 2P0SA 3KSJA 5JTYA 2NWJA 3QIMA 4G68A 1Y3NA 2IEEA 3C31A 1UTHB 3SEYA 1BKAA 3QXMA 2VP1A 1EZOA 3U1OA 5ITOA 4FEDA 3KGCA 1XVYA 3A3UA 3RQTA 1B5JA 1NH8A 4F3PA 4LP2B 2G29A 5H8QA 2RC7A 3FJMA 2ZYKA 5CMMA 5JK4A 2QSXA 1ZTYA 1RKMA 4OEUA 2HAUA 4OFLA 1BIYA 1XOCA 2I48A 3RY3A 1US4A 2F97A 2E1SA 4FE8A 2I3WA 4F1VA 1Y4CA 1SI0A 4PFYA 4OWDA 2OCUA 1M5EA 5AA2B 2YPNA 1S9TA 4I62A 3IJXB 4NWDA 4AB6A 2XXXA 2DSFA 4ECFA 4DXUA 3V8XB 1OMPA 3OENA 4KR5A 1B40A 4NF6B 5L8DA 1SVXB 2Y7WA 3K1MA 3TQWA 4GOTA 3E9XA 3W15C 2QMWA 3PPQA 5CBSA 2VHAA 3FJ7A 3HO7A 5JTYB 4NF5A 1LCTA 2QL3A 4H1XA 4G68B 4H8IA 3S4UA 4Z0IA 1PDAA 3KZGA 2ABHA 1B58A 1LB8A 3MPLA 1B3EA 2XXHA 3LSLA 2PT2A 1TXFA 4X1DA 5DYHA 2OWSA 4YICA 5BUUA 3ILUB 1FTKA 3B6WA 3FV2A 1IXIA 4BDNA 1YCJA 1MXZA 2Q8JA 1O64A 3G3IA 3V83A 3E13X 5CMCA 1N3WA 3RPWA 3GBAA 1FTMA 4GXSB 1MPCA 4YKJA 3OXNA 4FIMA 3K00A 3FATA 3KN7A 3ZKLA 1URDA 3OO7A 2YLNA 2NVUB 1MM7A 4KFQA 4F1UA 1USYE 1NL5A 3PMWA 2O1MA 2OJTA 3CSGA 3CRBA 3TQLA 1MXYA 2HAVA 4G8NA 1D4NA 1H43A 3L6GA 4NE4A 4QSCA 4HTGA 5I2NB 4F18A 4KD5A 3W9VA 5EHMA 1B52A 3K6VA 5ISUA 4GL8A 3C35A 5FTHA 3RNNA 1N76A 1SW1A 5ICTA 3MZ1A 2I49A 1N04A 4OYVA 2F7CA 1N0TA 1B5IA 1OQGA 3IB1A 1I6AA 1AOVA 2M8CA 4XTCQ 2XXPA 4XKQA 5DVIA 3H03A 3QUFA 3O28A 1PB9A 4DZ1A 3PV0E 1LFGA 3TODA 1ZIUA 1Q35A 3B6QA 3N26A 4R6YA 5K2YA 3CG1A 4YB6A 1PEBA 4AQ4A 3SEXA 3VVDA 3FASA 4ZECA 1TWYA 3N94A 4QFNA 2X26A 3ZS6A 3EHTA 4PFUA 3TZAA 4LVQA 1PB7A 3PD8A 3GXAA 1M5FA 5KCJB 4GIZA 4NF8B 1UQWA 1LBCA 3FIRA 4F22A 3ECRA 3K6UA 2HEUA 2DS9A 1B3LA 2I58A 4JXIA 2ALUA 5K2XA 1ANFA 4TLLB 1GV8A 4H6DA 1NFTA 2ONSA 2V3TA 1OVTA 4O3BA 2F7AA 1WDNA 4OTEA 1F9BA 4PETA 3WAEA 1YAEA 2AL4A 1LBBA 5F7VA 2PMSA 3OMBA 1P1UA 3USDA 1OQHA 4RPNA 3MQ9A 3MJNA 3KJTA 3SETA 3C9HA 2OK2A 4F39A 1MY3A 4GL0A 1Y20A 4AB5A 2WKYA 3TEPA 1O63A 4FATA 2UVJA 4Q8RA 1IXHA 2Z22A 1SW4A 2NUVA 1DPPA 2R6GE 4KQPA 3TPAA 1M5BA 4ZEKA 5KDTA 1OIBA 2QRYA 5L9MA 2ONKE 3D4CA 1N3XA 1B3GA 4YB5A 4QFKA 5I2KA 2QS4A 1POY1 2GH9A 1T0KA 2DYXA 3TDJA 3S9MC 4F1YA 2UVIA 1FQBA 3FVOA 1MQIA 5H8HA 4LQ2A 3VLUA 3I5OA 2QS1A 3FXUA 1IUDA 5LOMA 1D9VA 3G3GA 4WKMA 5I58B 3N6TA 5HM4B 2Y7PA 2ANJA 1JW4A 3FZVA 3RUMA 1MQDA 2RC9A 2DWHA 4DIGA 4LQ5A 4IO4A 3Q26A 4UA8A 4R9GA 4ZEBA 3TELA 5I59A 2ONRA 2ZYNA 4FEBA 3S9EA 4MF3A 2Q9TA 3HN0A 5TPAB 4F19A 4IO5A 3K02A 3K6WA 3MVYA 3SEWA 3WAFA 3IB0A 2ZNTA 1P1WA 1QKBA 4ELQA 3O6HA 2W7YA 3A09A 1LAXA 3SEUA 4YZZA 1Y4TA 3JV9A 4F3SA 1LLSA 3UGWA 4NF4B 4JSOA 3TTKA 5KDTB 3Q28A 3N5LA 1MY2A 4H8JA 3QSLA 3MWBA 3TTRA 4F3BA 5I2KB 1B0HA 3K1PA 4WXJA 1MXWA 4G8MA 3IOUA 3K6XA 4IY6A 2GHBA 3QYTA 2E0SA 3P7IA 3G3FA 2DE4A 3SERA 1O7TA 4THIA 4U1ZA 5DT6A 3IOTA 4M1VA 2G93A 3UP9A 3VVEA 1B7UA 4YKIA 1A7LA 2PVUA 2AL5A 4DLDA 1AL3A 2PT1A 1MXXA 4MBPA 4ZE8A 1OVBA 3SESA 3RTWB 2HCAA 5L9SA 1Y3PA 1B1HA 5EHSA 3MZBA 4RNSA 3ONMA 3ILTB 1MG1A 5I59B 3E4RA 5BWJA 2O84X 2DE3A 3EPEA 3KSXA 4Q30B 2UYFA 4GXAA 1US5A 1MDQA 2I6EA 2DVCA 5DVJA 3H4ZA 1MY1A 2F6PA 1I6BA 4LZ8A 3T9VA 1B4HA 2GHAA 4ZEFA 4MLVA 4R73A 5HPQA 4U2RA 5FHOA 4G8HA 2Z23A 2DE2A 1MXVA 2I4CA 4MFIA 1B7HA 1NMUA 3H6VA 2RCBA 4BDMA 1HSJA 4H65A 2XD3A 3IL1B 3IR1A 3PUVE 3Q29A 1OLCA 1DOTA 4QFOA 1M5DA 3I6VA 3KOTA 2A5SA 3BKIB 2XX7A 3IO4A 4PE5B 4E0WA 4XKNA 2XX8A 2V25A 4ELRA 1A54A 1B46A 1B3HA 3C33A 3VVFA 1H76A 5CMBA 3C36A 3TTLA 2XHDA 4EF1A 2F5XA 3KJ7A 1GTKA 3CI8A 3I3VA 1A40A 1UTBB 1M5CA 2HQ0A 5I57A 2H4IA 3OD7A 1NNKA 2F8DA 4IO3A 3FJGA 4LUBA 4G68C 3TTNA 4JWOA 5ELVA 5F1QA 3E3KA 2PBWA 4YAHX 3RT8A 1FCKA 1MPDA 1MQJA 1I69A 4OVJA 1FQFA 4R6HA 1MH3A 4LONB 3MUQA 5H8QB 3BFTA 4X1BA 2CZLA 4OHNA 1JEUA 4EXKA 2QJEA 1Z7ME 3R26A 1JVXA 4IO2A 5B7DA 2ZMBA 5H8SA 1XT8A 4NEDA 1ELJA 1MY0A 2A5TA 3IX1A 2DWIA 1B4ZA 4YKPA 3LSXA 3Q25A 3EQ1A 3DELB 3HHGA 4U22A 3UN6A 4M4GA 1QUIA 4OENA 5AA4A 3RLFE 4ELOA 3S9NC 3FGSA 4PP0A 1DTGA 2REGA 3LUYA 1POTA 3BFUA 3G3HA 4RJZA 1QVSA 3PPNA 5EYFA 1SYHA 2LAOA 5AA3A 3HHFA 3OOAA 1N7WA 2DXRA 3O2AA 3RN8A 1MH4A 4NF5B 3O29A 5I57B 2Q2CA 2XD2A 3MW0A 1LFHA 1FTJA 4O3AA 3UORA 2O6AA 4U23A 4ZDMA 3H06B 3T22A 4RK2A 3DLNA 1QW0A 4G2ZA 4QSDA 4R6KA 1LCFA 3DP6A 2KLFA 4OESA 1J1NA 3EN3A 1LGBC 3VV5A 4OXVA 2FNCA 4OMBA 3U93A 2VOZA 2O51A 2F36A 3FXRA 4YB7A 1SW5A 4P0IA 2A5TB 3EF7A 2HZLA 3GZGA 3TTMA 2PYYA 5I84A 5TP9A 4GWOA 5DEXA 5H8NA 5AA4B 4DCXA 4YU0A 2RCAA 3MPKA 4XKRA 5ICQA 2REJA 3C32A 3CFLA 4QSEA 1H3DA 4GRKA 3U8QA 4F29A 3RT6B 2UVGA 3CIJA 1HSEA 3VFJA 3EHSA 3RTFB 2D21A 2O69A 3HV1A 4P0GA 3IOVA 1N7XA 5FTIA 1DPEA 3TYHA 2H25A 1LAFE 3PUWE 4FECA 3CR9A 1S50A 2OBGA 1ZMGA 2V3UA 4OERA 3UK4A 4BDLA 3TCHA 1GVCA 2RC8A 3SEVA 2HZKA 3T9XB 4ESXA 4ISUA 3V5AA 1MQGA 1Q1KA 2Y7RA 2HXWA 4K3FA 4ZE9A 2XXTA 3KOSA 5IAIA 3UIFA 2H9BA 4NMYA 3FD3A 3S2VA 4X48A 4JBZA 2X7PA 3BBRA 5CM6A 4U21A 1EZ9A 5DEXB 4KPTA 5H8NB 3LR1A 1TT1A 2DP8A 3VXCA 1KWHA 5A5XA 4RYAA 4JWYA 1PB8A 3IO6A 2IA4A 3TMGA 2Q2AA 5B70A 1AIVA 4XXUA 4KYEA 3H6TA 1WODA 2RKMA 1PBQA 1D3KA 2D3IA 3LSWA 5FHMA 4G77A 3K2DA 2DWAA 1A8EA 1WVJA 3MC2A 2CMOA 1QUJA 4U4XA 3KBRA 2O7UA 4YKKA 4ZEIA 4KYSA 3ZKKA 2VD2A 1VE4A 4ZS9A 1MM6A 1ZKBA 4R72A 4IGTA 4P11A 1JETA 3PPRA 4MLQA 4C1TA 3W9WA 4JB7A 3H3GA 4QFLA 1JEVA 4E0XA 4FJPA 3PMXA 1R9QA 4OZ9A 1SD3A 1LAHE 3A3CA 3O6GA 4X9TA 4R2FA 1GR2A 3PUZE 1B1XA 2DOJA 2THIA 4HCWA 5CMKA 4DE8A 1JW1A 1FTLA 3PGFA 4IO6A 2Z8EA 3FVNA 3V89B 3K0VA 4I1DA 1ZLQA 4OFOA 4ELPA 5CI5A 3F11A 4O3CA 1CE2A 3EHUA 3VLVA 2Q89A 3LBSA 3LSFB 3OO8A 2I0CA 4U1OA 1OLAA 1DTZA 4N07A 3OSQA 3RGYA 1QULA 4GLIA 3ZSFA 1XVXA 2DWJA 4EXLA 3VLWA 5H8HB 5KZTA 3MP8A 3FUZA 5FHNA 4IB2A 3T9HB 4R75A 1FQAA 3GBBA 4BDOA 4H5GA 4LATA 3SDFA 4NF6A 1B05A 4QFPA 1B51A 1QUKA 2P2AA 3IB2A 2UXAA 4PFWA 3DM0A 1Y1ZA 3U92A 2H99A 3KN3A 4EQ7A 4F2QA 2P1SA 1B3FA 4R2BA 4RY1A 3MVXA 1R9LA 3THIA 1FTOA 1QJMA 4OEVA 1ZJLA 1B6HA 1B9JA 4NTLA 4ND9A 2B65A 2F34A 3VXBA 4WEDA 2B3FA 4Q5TA 1HSLA 3FXQA 3K4UA 1MPBA 4IGRA 1P1QA 2BJJX 3TUSA 3MZ9A 1D9YA 5J1DA 3TFLA 1N84A 1I6QA 1VR5A 2OWTA 3TKDA 1L5TA 3ODBA 4DXCA 1UIUA 5DTBA 3FVKA 1LSTA 2X7QA 3OO6A 1A55A 2UVHA 2YJPA 3HPIA 3MP1A 1IXCA 5AA1A 4U4SA 3H6UA 2GFEA 1B0LA 3LC8A 3OEMA 1FQDA 2PX1A 1P1OA 3M3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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