1YCJA

Crystal structure of the kainate receptor glur5 ligand-binding core in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
GANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the kainate receptor GluR5 ligand-binding core in complex with (S)-glutamate
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor 5
total genus 82
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ycjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ycjA02
1MS7A 4Z7EA 4XTCQ 1I69A 3MP6A 4NF8B 2ZXTA 1N7WA 4BDLA 3QYTA 1B4ZA 1II5A 3MC2A 3KJTA 2AYSA 3AXFA 3OSRA 4U4SA 4U1OA 2OWSA 2XXTA 1CB6A 1WODA 4I62A 3OD7A 1Y20A 4KYSA 2RINA 2RC9A 3FATA 2H25A 2V93A 4IB2A 4PFYA 1FQAA 2VP1A 2Z23A 5F7VA 5K2YA 2R9JA 1LBBA 3IK6B 3C4MA 3QUJA 2F34A 1ELJA 2LAOA 1LB8A 3ECRA 1M5CA 4G8NA 2XXRA 3PUVE 4OEUA 1MY2A 4DCXA 4LA9A 4U2RA 4DE8A 3JZJA 1Z7ME 2ALUA 1A54A 3GLBA 1HSJA 1RYXA 3PUWE 1LAGE 4IO7A 5I2NA 1AMFA 2G29A 3RQTA 3UA8A 1MXXA 1YCJA 4GVOA 2NVUB 3QIMA 1B1HA 2DWJA 4NWCA 3B7DA 2QPQA 1WVJA 4OESA 2QS1A 4HCYA 2DOJA 3CG3A 3MP8A 2Q8JA 5DYHA 1MPBA 3OO8A 3E3KA 3HO7A 2E0SA 3SEWA 4EXLA 4M1VA 3K02A 4PE5B 3MWBA 1MM7A 2I6EA 5I57B 4LP2B 4LATA 1NH8A 3LUYA 2B65A 3K01A 4JSDA 2H5YA 1P1WA 1SW5A 4EUOA 4ELRA 1MXWA 5I59B 4PETA 5I58A 1MQJA 1IXGA 3TQWA 4F1UA 3LBSA 4HW8A 3DP8A 4RK2A 1EH3A 2H4IA 4BDOA 4JBZA 2I48A 4NTLA 2DWIA 5BUUA 5H8NB 1TXFA 5ICQA 4NF4A 3G3GA 2ZNTA 4NE4A 4U1ZA 4NF6B 4F1VA 4QSCA 1IXIA 3CR9A 4QHQA 1PB7A 3SESA 4Q5TA 4OETA 3H6VA 1I6AA 4GD5A 1B1XA 1SVXB 2PT2A 2Z8DA 5DT6A 3G7WA 3ODBA 1H45A 1N7XA 4KQPA 3A09A 4GF8A 3KGCA 3ZSFA 3KOSA 1ANFA 1B7UA 4U21A 5ICTA 1LCFA 4G68A 2F7CA 3ZKKA 1DOTA 4NF5B 1URSA 1NNTA 3O6GA 1US4A 1SYIA 3T93B 2D21A 5HPQA 2Q2AA 5TU0A 4EF1A 2DP8A 2FNCA 3N5LA 1A40A 2Q9TA 3G3HA 1M5EA 2GHAA 4GWOA 3ZS6A 4LVQA 4FE8A 3LSXA 4KHZE 3LSWA 4F2QA 4YZZA 4LZ7A 4C1UA 1UTBA 1JETA 3MVWA 2X26A 3TQLA 3FD3A 1SYHA 2HAVA 2HZLA 3K6WA 3KN3A 3H6TA 1VFDA 4K3FA 1N3WA 1R6ZA 5H8QA 3FVOA 2F35A 3KSXA 4DXCA 2VOZA 2DVCA 3P7IA 4YICA 4RK9A 4YMAA 3VDFA 3PV0E 2F78A 4F31B 4F39A 3FZVA 2QSXA 4F18A 1FTJA 3C32A 4ZE8A 1QUJA 4GLIA 1MXVA 2NOOA 5ITOA 1F9BA 1LFHA 4LQ5A 4JB7A 2WKYA 1O63A 3KN7A 3ILTB 2F97A 3R26A 1NNPA 5AA1A 1HSEA 4IO2A 5DEXB 2V25A 4OEVA 5ELVA 1H43A 2GH9A 2REGA 1R1NA 3U93A 1VFEA 3O6IA 2F8DA 5A5XA 4P11A 3H6UA 3FXUA 5JTYA 4I9DA 4DZ1A 1PDAA 4DLDA 2BJJX 2OLBA 4TLLB 3FGSA 3I3VA 5B70A 3G3JA 4FEBA 4YB6A 3T9HB 2ABHA 3KEIA 3BFTA 4H1XA 4F19A 1B0HA 4EQBA 3PMWA 3S9EA 3G3KA 1N76A 1MQGA 1XOCA 1BKAA 1RKMA 1SBPA 3RN8A 1ZLQA 5FHNA 3OO7A 3TPAA 2UVHA 1BTJA 4ZS9A 4JWOA 1TWYA 1MRPA 3BFUA 5L9OA 2O6AA 1I6QA 3T96B 4YKJA 3S9MC 1Y3NA 3FASA 1P1OA 2RF1A 1MG1A 2FA7A 3DLNA 1FTKA 4PFTA 4X48A 5TPAB 3OEKA 2O69A 3M8UA 2AIXA 3RUMA 2ONKE 4BDNA 4OERA 3V5AA 4ZZAA 3K0VA 4QFOA 4KFQA 2PX1A 1EU8A 3EPEA 1N84A 2NUVA 1ZU0A 4RPOA 1SW2A 1OLCA 3FVGA 2XXIA 1MXYA 2XX7A 1MM6A 4IGRA 2P2AA 3CVGA 3SDFA 3K4UA 3U1OA 4N07A 3UGWA 4NMYA 4WKMA 1D9VA 3N94A 4XXUA 3H03A 5M2VA 1DTGA 2B3FA 2HEUA 1HSLA 3C33A 5L9MA 4FATA 4JDFA 1I6BA 2OWTA 3TEPA 3Q26A 4GRKA 3K2DA 2UYEA 5L9SA 4OZ9A 3TTMA 3EHSA 3HCQA 3FUZA 5I2KA 1M5BA 5DVIA 2GRVA 4U4XA 3RLFE 1Q35A 5CMBA 4YMBA 5KCJB 1Y3PA 3JV9A 1PBQA 4ZE9A 4RJZA 1LAXA 3H06B 1FW0A 3PPRA 5CMCA 4JWXA 4IGTA 3PUXE 2W7YA 1MXZA 2PYYA 1FQDA 4LQ2A 1MDP1 3O66A 3KSJA 4R9GA 2R71A 4LZ5A 4OVJA 3PUZE 5EHMA 4GQOA 4FJPA 4E0WA 1H3DA 4PFUA 1GTKA 4IO3A 4AB5A 4X9TA 3DP4A 4OWDA 1SI1A 3CFZA 3IOWA 5H8FB 2O68A 4G68C 4H5GA 1EZOA 3KOTA 2OCUA 1PBPA 2ESNA 4R6HA 3MZ1A 2XXXA 4G8MA 3M3KA 1LFIA 2QS4A 1UTHA 3RTFB 2M8CA 4N6PA 1ZJLA 3MZBA 3IR1A 4R73A 3HHGA 3OELA 4ISUA 4PP0A 3RGYA 2HCAA 4H6DA 3OMBA 4OFJA 4IY6A 1M5FA 1NMUA 1JNFA 3IB1A 3LC8A 3KZGA 3FJGA 3PGFA 1B2HA 3MQ9A 4H8IA 1B7HA 3IOTA 5DVFA 3O9PA 4RY1A 1YAEA 4U22A 3E9XA 4I1DA 2IEEA 2VGQA 1OLAA 5AA2B 5AA4A 3T9XB 1IEJA 3C31A 1LFGA 4FECA 4MLQA 3O28A 3GBAA 2Q89A 3MW0A 5CBRA 1R9QA 2V3TA 1B3GA 1XHYA 3CIJA 4C0RA 3O6HA 1GR2A 3MPLA 1PB9A 4H0WA 3T22A 2O1MA 1DSNA 3KJ7A 3A3CA 3RNNA 5BWJA 4YU0A 3K1NA 3T9UA 4GXSB 4GFRA 4YB5A 1XC1A 4QSEA 3EHTA 4O3AA 4QF9A 2V3QA 1JW4A 4UACA 2X7QA 3CFXA 2XXQA 4TOZA 2XXYA 1JEUA 1FTMA 1FTLA 4DXBA 3WAFA 1Y9UA 2OBGA 3SEVA 1B32A 1D9YA 3VXCA 4M4GA 2QRYA 2Y7RA 3Q25A 3IO4A 4L17A 4H8JA 3S9LC 1S9TA 2REJA 1MH3A 1TT1A 3KBRA 3N6TA 3FJ7A 5I57A 1Y1MA 1B40A 4F29A 2R6GE 3TAJA 5LOMA 2I4BA 4MF3A 1FQFA 5I59A 3L6HA 1BIYA 1H44A 2DSFA 1MXUA 4EDPA 5I56B 3LR1A 4G2ZA 3OEMA 1USYH 4FORA 2DE3A 2XXHA 5H8NA 3IL1B 3C34A 2ZYMA 1MQHA 4IO6A 1YTVA 1S50A 1TFDA 5H8HB 3IB2A 2D3IA 2ANJA 2YLNA 4NF6A 4BDMA 5AA2D 2ZYKA 2YPNA 2UXAA 3PD9A 4FAJA 1P1UA 4POWA 3I6VA 1VE4A 4IY5A 4QSDA 1B05A 3FIRA 5J1DA 3N26A 3T9VA 3K6VA 2OZZA 4AB6A 3K1MA 3TTLA 2YJPA 1NH7A 4MLVA 5CMKA 1NNFA 4EXKA 5KDTA 2DYXA 2A5TB 4NF5A 2RC7A 1MH4A 4UA8A 4ZEKA 4QFPA 1LGBC 2ZNUA 1MQDA 1D4NA 3QAXA 2NXOA 1JW5A 2XX9A 2P0SA 3H7MA 4XKPA 4LUBA 1EZ9A 2FYIA 3MAMA 3TTNA 4F1YA 2AL5A 5CM6A 5KZTA 4Q8RA 1P99A 2DE2A 1OIBA 1Z7NE 1MPDA 4YKKA 4OHNA 3Q28A 4H67A 2HAUA 2DXRA 4QRZA 1B9JA 5TP9B 1A8FA 1FQBA 3CSGA 3PD8A 1NL5A 4QFLA 4ELPA 2Z22A 4MFIA 3QSLA 1CE2A 1QW0A 5L8DA 3Q29A 3E13X 4PFWA 4IO5A 4QFNA 5ISUA 1DPEA 3K00A 4ESXA 4WXJA 4P0IA 3ONMA 2PMSA 1OMPA 3TMGA 1B52A 4I8CA 1FTOA 1MY4A 2DQVA 5CBSA 1P1NA 4AQ4A 4YKPA 4QFKA 4F3SA 1EZPA 2ZYNA 2QS2A 1XVYA 3KFMA 5JEIA 5IKBA 1O7TA 1B7ZA 4BDRA 1XT8A 4WEPA 4XKNA 2DWAA 3IX1A 3VVDA 4H65A 1B3EA 1ATGA 2HFBA 3LSFB 2QS3A 2XX8A 1LBCA 1Y3QA 3K6UA 5FTHA 4GOTA 5ITPA 2GFEA 1SW1A 3USDA 3I5OA 3UORA 3OSQA 5FTIA 3D4CA 1B0LA 2O7IA 4R74A 5DEXA 1MY3A 3MVZA 4BDQA 1US5A 2QJEA 2THIA 4ZECA 1B3HA 3FXQA 5JK4A 3TUSA 3GZGA 4YAHX 3H4ZA 2Y7PA 1UQWA 4GL0A 1A55A 4Z0IA 1DTZA 3FXRA 3U94A 3KG2A 3CSBA 1JQFA 2PVUA 3SERA 2PBWA 4HS7A 2Z8EA 1O64A 2ONSA 2I0BA 1MDQA 4ELOA 3V83A 1Y1ZA 4R6KA 1LAFE 3QXMA 3SEUA 3TFLA 1NFTA 3IJOB 4JSOA 3PPNA 2F36A 2UVJA 3H6WA 3UP9A 3IOVA 2XXVA 5EHSA 2E1SA 3QK6A 4G77A 4NWDA 2ZYOA 2VD3A 5TPAA 2XHDA 4R75A 2KLFA 4F2OA 3GBBA 3PPPA 2DVZA 1PB8A 3OO6A 1SI0A 4ZEDA 2I0CA 1T0KA 1AIVA 3TODA 4EQ7A 1B46A 4WEDA 3N6UA 2Y7WA 4GXAA 1B58A 2QMXA 1JVXA 5I2NB 4U23A 3L6GA 2ZMBA 1OVTA 3U8QA 4LZ8A 1D3KA 3HHFA 1Y4TA 3DM0A 3O2AA 2PT1A 3UK4A 3RY3A 4N13A 5FHMA 5EYFA 4OENA 1QKAA 3IO6A 3EF7A 4G4PA 3PPOA 3HPIA 3THIA 1BP5A 2Y84A 3M3LA 4DIGA 4ELQA 3FVKA 1B5JA 4R2FA 3SKPA 1OQGA 3JYRA 3R6UA 4KPTA 3RTWB 5AA4B 2AL4A 4OFLA 2A5SA 3FVNA 3LSLA 2Y7KA 1AH5A 3VFJA 1A7LA 4FIMA 4GIZA 1XS5A 1J1NA 4NF8A 2O84X 4F3GA 3K1PA 5KCJA 1AL3A 4R2BA 2OK2A 4KR5A 5I58B 4MBPA 2F7AA 4YKIA 2I3VA 2HZKA 3VVFA 3MP1A 3C36A 2V84A 4Q30B 4R6YA 1GGGA 4RXLA 4ESWA 2XD3A 4NF4B 3RPWA 4JXIA 2DWHA 4DDDA 4G8HA 1LLSA 4TQUQ 3W9VA 2RCBA 5H8FA 3B6TA 3VXBA 3SEXA 4E0XA 3G3FA 2VD2A 1ZBMA 1SD3A 1SW4A 3TCFA 3CFLA 2QMWA 3IB0A 4ECFA 3FV1A 4THIA 5CRYA 1QUIA 1BLFA 2HQ0A 1JW1A 1NKXA 4GL8A 4ZDMA 1PEBA 4G68B 1R9LA 2H9BA 1FQCA 3S9NC 3WAEA 4YB7A 1M5DA 5AE4A 1B6HA 4Q0CA 4IO4A 1Q1KA 5AA2A 3VLVA 1H76A 2DS9A 4EQ9A 2CMOA 3PU5A 3T66A 3C35A 1B5IA 1N0TA 4HCWA 2P1SA 2XD2A 4KD5A 1B5HA 1OQHA 4ZEIA 1QUKA 3IJXB 1LAHE 1Y4CA 5CMMA 3V8XB 3V89B 1UTBB 5I84A 2XXPA 1S7YA 3HN0A 2Y7IA 2O7UA 1DPPA 5IAIA 1XVXA 2DE4A 2UVGA 4JWYA 3UIFA 1LCTA 4MH5A 5KDTB 4OFOA 1AOVA 4OYVA 2ONRA 4F3PA 5H8QB 3ZKLA 3TELA 3OOAA 1MY1A 2F6PA 3OXNA 1LB9A 1JEVA 2O51A 3MPKA 4ZEBA 3PUYE 4OMBA 5K2XA 4DXUA 2F6GA 4KCDA 1UIVA 2VHAA 3G3IA 3K6XA 3OO9A 5HM4B 3EQ1A 1TFAA 1IXHA 3TTRA 2CZLA 1QVSA 1SQYA 3BKIB 3VVEA 1MY0A 3RT8A 5H8SA 1B4HA 3MBPA 2OJTA 1N04A 5CI5A 1IXCA 5DTBA 4C1TA 4OQOA 3VE1B 4EF2A 1QJMA 3U72A 3FJMA 5I56A 3MZ9A 3BBRA 4P0GA 4KI0E 4HTGA 1WDNA 2I58A 5A5XB 2ZNSA 5JTYB 3S2VA 4RPNA 5H8HA 4ZZEA 2IA4A 3C9HA 3VV5A 1A8EA 4TLMB 4OXVA 3PPQA 2H99A 4X1DA 5FHOA 3IOUA 2H98A 1L5TA 2I49A 4F22A 5F1QA 4PQJA 3IAZA 5AA3A 3TYHA 3HV1A 2Q88A 1LSTA 3E4RA 3TCHA 3KN8A 1NNKA 3Q27A 3ILUB 3DP6A 2B3BA 2A5TA 1IITA 4F3BA 1KWHA 4XKQA 4RYAA 2GHBA 4XKRA 3IORA 3PMVA 4KCCA 3VLUA 4X1BA 3SETA 4LONB 4NEDA 3EHUA 1DMBA 3VLWA 1GV8A 1IIWA 1N3XA 4H5FA 3HSTA 3TKDA 1ZMGA 3B6WA 3CI8A 3MJNA 1ZIUA 4KYDA 1PC3A 3TDJA 2Z8FA 3S4UA 3CRBA 2D5WA 3SEYA 2XXUA 1URGA 1IZ1A 2O1LA 5TP9A 5DVJA 3MUQA 4OTEA 1ZKBA 4ZEFA 3O97A 1JVYA 3TCGA 1FQEA 3A3UA 2DXYA 5B7DA 5HBCA 4RA1A 3QUFA 3GXAA 1B51A 1URDA 4R72A 3DELB 2F5XA 1OVBA 3H3GA 3FV2A 4BLAA 1B3LA 4RNSA 1YPNA 3TTKA 1VR5A 4ONYA 5I2KB 3RT6B 1POTA 3EN3A 1VSOA 1MPCA 1A99A 3F11A 4XIGQ 2Q2CA 3W15C 4KYEA 2UYFA 4O3BA 3UN6A 4FEDA 2QL3A 1IUDA 4R9FA 2I3WA 2G93A 1RYOA 2I4CA 1B3FA 1P1QA 2X7PA 3D4GA 3OENA 2RCAA 4POXA 3MVYA 4ND9A 1GVCA 3CG1A 3MVXA 1SDXA 1FCKA 1USYE 1MQIA 1ZTYA 2V3UA 3O29A 3U92A 2XXWA 2RKMA 3W9WA 1UIUA 4O3CA 2F7BA 3PMXA 1QKBA 5CC2A 2RC8A 3M3FA 3B6QA 3TZAA 2HXWA 1QULA 1UTHB 4DCYA 1POY1 1IQ7A 2UVIA 3R7XA 2NWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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