1D9YA

Neisseria gonorrhoeae ferric binding protein
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNCAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)
publication title Structural Basis of Iron Uptake in the Pathogen Neisseria gonorrhoeae
rcsb
total genus 110
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA01
2DWAA 2DXRA 1LCTA 2YPNA 2Q89A 5A5XA 1MRPA 3TCHA 2HCAA 3U8QA 1P1UA 2I0CA 1USYH 3RUMA 3UGWA 2OBGA 3FJMA 2HZLA 4YU0A 4QF9A 3KZGA 4THIA 4C1UA 5TP9A 1LBCA 1POTA 3LSXA 3LSWA 4BLAA 1XC1A 3BFUA 4NF8A 1NNTA 1BLFA 4BDOA 4F19A 2PVUA 1MG1A 4LVQA 3PPOA 1LSTA 2O68A 2QS1A 4NWDA 4N13A 1MPBA 4UACA 1PEBA 3Q28A 3UP9A 1QUKA 4NE4A 3K1MA 2Q2AA 3DP4A 4LATA 1BTJA 4EDPA 5I57A 1O64A 3CR9A 3M3FA 3MZBA 4I1DA 3MZ9A 1EU8A 3BKIB 2E1SA 3HSTA 4DXBA 4OFJA 4F3GA 2H99A 2F6PA 2XXTA 4Q8RA 1Y4CA 1MDP1 1M5BA 5ITOA 4HCWA 4KYSA 3SEYA 1MM7A 4FEBA 4IB2A 4OWDA 4POXA 4YKKA 3OD7A 2M8CA 1US5A 1MH3A 3UN6A 1N7WA 2ONRA 5CI5A 3K6WA 2OWSA 3CIJA 3TEPA 1Z7NE 3N6UA 3TELA 1OIBA 2HXWA 1JQFA 4EF2A 3FV1A 3W9WA 4I62A 3O9PA 1JETA 1O7TA 2DE3A 5H8FA 3HHFA 3DELB 3OMBA 2FYIA 4JB7A 3Q25A 1YPNA 1II5A 1MQIA 3EHUA 4U4XA 5DVFA 2YJPA 3KN3A 1ANFA 2F34A 3PPNA 1LAGE 1B58A 3KSXA 4WEDA 2KLFA 4TLLB 4RK9A 5K2XA 3UIFA 2ZXTA 4JXIA 4POWA 4IO6A 4QFPA 4KQPA 4JWXA 1B4HA 2Y7IA 2X7PA 3TCFA 4F29A 3C34A 1QVSA 5KZTA 1FCKA 3G3HA 3TTLA 3W15C 3IOUA 5IAIA 2VHAA 3PPQA 1JW4A 1IXCA 2DVCA 3KOTA 3O2AA 1XOCA 2H98A 3GLBA 1MXZA 2D3IA 4FECA 4BDRA 4JDFA 3C32A 1ZKBA 5I2KA 4XKPA 1H43A 3VLWA 3FASA 5H8HA 3VVFA 3IB2A 2H9BA 2HEUA 1M5CA 3S9EA 3MC2A 4PE5B 1URDA 2QPQA 2PX1A 3B6QA 4F1VA 1TFAA 4JSOA 3O66A 1XVYA 1B3EA 3PMVA 2OLBA 5L8DA 1Q35A 3DP6A 2VOZA 1N0TA 5LOMA 1D4NA 4TOZA 1MXXA 2B65A 2UVHA 5A5XB 5CRYA 1M5EA 5IKBA 1FQFA 4NEDA 2IA4A 1B5IA 1SI0A 1NMUA 1IITA 3KFMA 4U1ZA 2WKYA 3LSLA 3U72A 1IXHA 1OVTA 3FVNA 3U92A 5TP9B 2QL3A 2XX7A 3HHGA 2I4CA 5K2YA 4DDDA 4NF8B 4F1UA 2R71A 2DWIA 1AMFA 2XX9A 5AA4A 2LAOA 3JV9A 3TMGA 2HFBA 2O6AA 5JK4A 3HCQA 3TYHA 3A3UA 1I6AA 2H25A 5I57B 1S7YA 3GZGA 3OELA 4R75A 3OXNA 1VR5A 3G3FA 3GBBA 5I2NA 1B7ZA 2VD2A 1DSNA 3RPWA 5ICQA 5AA1A 4HTGA 1R1NA 4IGRA 2O1MA 1LFHA 1OQGA 5H8SA 4GL8A 3ZS6A 1FTOA 4FEDA 1NFTA 3H06B 1GV8A 2RC9A 3SEXA 3I6VA 3FVGA 4RY1A 1B51A 3T9UA 3ILUB 2XD2A 4XKRA 2Z22A 4OZ9A 4Q0CA 3O6GA 1MY3A 2V3UA 4H5FA 3ILTB 1T0KA 3PU5A 2Y7KA 1ZMGA 3TTKA 2XX8A 4FE8A 4IO4A 4X1BA 2I48A 5F1QA 1ZTYA 3KSJA 5H8FB 3TCGA 3H6TA 4KHZE 5CMKA 4YICA 2UVGA 1PB8A 4ZEKA 1MPCA 4H0WA 4LP2B 4PFWA 4H65A 2R6GE 3IJXB 1FQAA 4IO3A 1LCFA 2F97A 5DVIA 3VXBA 3IB1A 4KYDA 5M2VA 3VVEA 4QFNA 4H5GA 4IO7A 4N6PA 2H5YA 3V8XB 3TZAA 5CC2A 4M4GA 3PUWE 3H6UA 2AL5A 4JWYA 3O6HA 3MW0A 1MXVA 5EHSA 2RCBA 2QJEA 1LLSA 1B3GA 4OERA 4C1TA 5I2KB 1A7LA 1L5TA 4RPNA 3CG1A 4ZZAA 1IZ1A 3M8UA 5H8HB 5L9MA 3UA8A 2XXWA 4G4PA 3RGYA 2ONKE 2XXYA 2THIA 4R6KA 2AIXA 1MXUA 2ONSA 2XXHA 4RK2A 1UQWA 2H4IA 1UIVA 4RNSA 1PBPA 3LR1A 5TPAA 4PFYA 1ZJLA 4Q5TA 3SDFA 3LC8A 4OHNA 1JVXA 4KR5A 3C36A 1DOTA 3PMWA 1NNPA 3FXQA 2V93A 3D4CA 5AA2D 2XD3A 2Z8EA 4F1YA 4OFOA 3ODBA 1QKAA 1SYIA 1LGBC 1MQHA 5DEXA 1Y1ZA 2RC8A 1I6QA 1PB9A 5B70A 2XXVA 1B4ZA 3QUFA 4GXAA 3VLVA 3QAXA 1RYXA 2REJA 1POY1 2XXIA 3IAZA 3G3KA 4O3AA 1P1OA 3D4GA 5I56A 3FJGA 2O51A 1B5HA 3K02A 1B05A 5ICTA 5AA4B 1FQBA 3OOAA 4U23A 4JWOA 3TAJA 2XHDA 2X7QA 4DLDA 4O3BA 2UYFA 4HCYA 3A3CA 4GF8A 3LUYA 4WKMA 4ELOA 3TTRA 3RY3A 5I2NB 4PFTA 4ECFA 5CMBA 5H8NA 4YMBA 1NH8A 4XKNA 4EXLA 5I59A 1LFGA 3R26A 1QKBA 4G8HA 4PFUA 1FTJA 3C4MA 3KN7A 1I6BA 4IGTA 3MBPA 5FTHA 3I3VA 3IO4A 1R6ZA 2QS2A 1PB7A 2PMSA 5JEIA 1UTBA 5H8QA 3B7DA 3N94A 3VVDA 4ISUA 5CMMA 1A8EA 3CI8A 4H8JA 3OO6A 3IOVA 2DWHA 2PBWA 2X26A 4MLVA 2ESNA 3C35A 4WXJA 1MQDA 1B1HA 1IXGA 5BWJA 4G8MA 1B3LA 1WODA 3H6WA 3IJOB 3T96B 1HSJA 1ZU0A 2Q2CA 4DCXA 5L9OA 3OO8A 1H3DA 4G68C 4ZECA 1XHYA 2GFEA 1B32A 1OQHA 4YB7A 5L9SA 5KDTA 3QSLA 4IY5A 3CFZA 4EF1A 1UTHA 4YKJA 1YAEA 2F6GA 3N26A 1MS7A 1A99A 4R6YA 2I0BA 3I5OA 4IO5A 3UK4A 1B3FA 4GLIA 4GXSB 3KOSA 4YZZA 3QYTA 4OENA 4RJZA 3OSRA 3KBRA 3FIRA 2B3FA 4FORA 1B2HA 3MAMA 2QRYA 1LB8A 5TPAB 3DLNA 3FXRA 1MH4A 4R9GA 2FNCA 3S2VA 3S4UA 4EQ7A 5ISUA 3VV5A 3OO9A 3ZKLA 1NKXA 3CFLA 3WAFA 3SEVA 4HS7A 2DOJA 1SI1A 1QUIA 2HAVA 4DIGA 2O69A 5DEXB 4LZ7A 2O84X 3EQ1A 3K01A 1IEJA 1SQYA 4XXUA 1OLAA 3MP1A 1TWYA 4ZS9A 5I56B 5HPQA 1R9QA 3QK6A 5HM4B 1DTGA 4K3FA 5DYHA 5FTIA 1M5DA 4R72A 4G68A 3QXMA 2GRVA 4F3PA 2F7CA 4X1DA 5CBRA 4MF3A 3RT8A 4ONYA 2E0SA 3F11A 3T9VA 3P7IA 4KPTA 1I69A 2BJJX 1LAHE 1NL5A 1B7UA 3OEMA 4I9DA 5H8NB 1H45A 3K0VA 5I59B 4GFRA 2I3WA 2F36A 4NF5A 4OETA 1Y4TA 1N84A 3VLUA 1WVJA 3KEIA 4NTLA 4F2QA 1YCJA 3T93B 1UTBB 4QHQA 5H8QB 2I58A 1MY1A 4U4SA 5AA2A 2ZYOA 3TTNA 4XTCQ 3Q26A 3OO7A 2XXQA 4YAHX 3SKPA 1US4A 3K6VA 2DXYA 3JYRA 5TU0A 1SW5A 3GXAA 3O28A 3RN8A 2ZNUA 2R9JA 4GRKA 2V84A 1AOVA 5KCJA 4IO2A 1JW5A 3ECRA 3K6XA 3PUXE 3MWBA 4G8NA 3RQTA 3H7MA 3TUSA 1MQGA 4O3CA 1MXYA 2O1LA 1PDAA 1N76A 4LQ2A 3PUYE 3W9VA 4R9FA 1B46A 2DQVA 3B6WA 4RPOA 1JW1A 3PGFA 3CSGA 5FHNA 1O63A 1Y3NA 2Z8DA 2V3QA 3G3IA 4BDNA 3SEWA 4ZZEA 1CE2A 3K2DA 4F3BA 3V5AA 2Z8FA 1Y9UA 5KDTB 1N3XA 5EYFA 1UTHB 4L17A 2UYEA 5I58A 4ZDMA 3S9NC 1NNFA 2DWJA 3CVGA 3M3LA 2Y84A 1GVCA 3SEUA 3U1OA 1J1NA 1FTMA 1SBPA 1BIYA 2DYXA 1WDNA 2XXRA 3V89B 4DCYA 2QS3A 3MQ9A 1P1QA 2DP8A 4H6DA 3EHSA 4FJPA 1VE4A 1S50A 1FQDA 3K00A 1R9LA 2Q9TA 1XT8A 2HAUA 1FTLA 3PUVE 4ZEIA 3EPEA 3PV0E 3S9MC 2G29A 1A55A 4H1XA 4TQUQ 4DE8A 1FW0A 1USYE 3OSQA 4QSDA 2F35A 3IR1A 1EZ9A 2Z23A 3RT6B 3THIA 1F9BA 4P0IA 2F5XA 4G68B 1FTKA 1QW0A 3L6HA 3MZ1A 3MP6A 4R2BA 3SESA 3VDFA 5BUUA 1N3WA 2ZYKA 1MM6A 4LZ8A 1OVBA 3DM0A 4U22A 4X9TA 1DPEA 1A54A 4OVJA 5JTYA 1AIVA 4YB5A 4RA1A 4QSCA 4EXKA 2O7IA 2Y7RA 3FVKA 3PD8A 4RXLA 4G77A 3KN8A 4MFIA 4OESA 3TODA 2F7BA 4GL0A 3PMXA 4QFOA 2ALUA 1LAFE 3FVOA 1IQ7A 2P0SA 3IK6B 5DVJA 3A09A 4ELRA 4NF5B 3CFXA 3N6TA 1SYHA 2DE4A 5F7VA 1H44A 4GQOA 3T66A 1Z7ME 3SERA 4I8CA 2NWJA 4PP0A 2AYSA 4R74A 1P1WA 1MY4A 3C9HA 4DXUA 4KCCA 2P1SA 4ZE9A 2D21A 1FQEA 5AA2B 1EH3A 3H6VA 4ND9A 1JVYA 1MXWA 3FATA 4QSEA 1TXFA 1Y3QA 3FV2A 4NF6A 1XS5A 5FHOA 4FATA 4NWCA 1OMPA 4KFQA 4U1OA 4AB6A 4EUOA 2HZKA 2RF1A 4YB6A 4GIZA 3B6TA 1Y3PA 4KD5A 5KCJB 2NOOA 4ZEFA 3TQLA 3TTMA 4ESWA 2DVZA 3V83A 1ELJA 2VD3A 3IOWA 1YTVA 2AL4A 1DTZA 2ABHA 2I3VA 3MVXA 1B9JA 3U93A 1LBBA 4GVOA 3KGCA 3S9LC 3R6UA 1VSOA 1SW1A 2V25A 3MVYA 4GWOA 4NF4A 4OEVA 1JEVA 4F31B 2Q88A 2O7UA 1URGA 3OENA 2NVUB 4LQ5A 2OWTA 4QFKA 4BDMA 4OYVA 1VFEA 2B3BA 3VFJA 2F8DA 3BBRA 1SW2A 5I58B 4H67A 3IX1A 3PUZE 2UVIA 2P2AA 4OQOA 1Y1MA 3LSFB 1MY0A 2ZNTA 4R73A 3PD9A 4LONB 3E9XA 4ZEDA 5AA3A 3T9XB 3O97A 1JEUA 1M5FA 4DXCA 2NUVA 1N04A 1AL3A 1QJMA 1SVXB 2F78A 1JNFA 1P99A 3IL1B 4NMYA 4DZ1A 5CMCA 3G7WA 3RTWB 3HO7A 3L6GA 3PPRA 3EHTA 1P1NA 2ZYMA 5I84A 3E3KA 3TPAA 3TQWA 4ZEBA 4M1VA 3LBSA 2PT2A 5ELVA 4PQJA 3KJ7A 2Q8JA 1SD3A 4YKPA 3RNNA 4ELPA 3TFLA 1SDXA 1Q1KA 3AXFA 5CBSA 4E0XA 3JZJA 4C0RA 3MVZA 4OMBA 2RCAA 1DMBA 3H3GA 2RC7A 2F7AA 4KYEA 4YKIA 3WAEA 1NH7A 1GTKA 1ZBMA 1B52A 2GHAA 2I4BA 5B7DA 1IUDA 1B3HA 5JTYB 3E13X 2ZMBA 1QULA 2CZLA 3ZKKA 1LFIA 3ZSFA 3PPPA 4X48A 2UXAA 3K1PA 2YLNA 2PT1A 3G3JA 3IOTA 4F39A 1D9YA 4FAJA 3G3GA 2DSFA 5J1DA 3K4UA 4HW8A 2A5TA 3QIMA 3VXCA 4R2FA 1B0LA 3K6UA 5DTBA 1MQJA 1BKAA 1DPPA 1VFDA 2DE2A 1TFDA 1MY2A 2QSXA 3FGSA 3RLFE 3UORA 3RTFB 2G93A 1QUJA 4WEPA 3Q27A 4OTEA 1EZPA 2PYYA 4QRZA 3EN3A 4MBPA 4GOTA 1BP5A 2OJTA 4MH5A 4KCDA 3BFTA 4OXVA 4NF6B 4RYAA 2Y7WA 2RINA 1PBQA 1URSA 3MP8A 2ZYNA 4LA9A 3R7XA 5ITPA 1A8FA 1B7HA 1ATGA 1B5JA 1S9TA 2HQ0A 4LZ5A 3MPLA 4JSDA 4UA8A 2UVJA 3M3KA 1GR2A 1FQCA 3ONMA 1N7XA 1NNKA 4QFLA 2XXPA 1B40A 3HV1A 3EF7A 3VE1B 4U21A 4XIGQ 4ZE8A 4EQBA 3T22A 1RYOA 1UIUA 4E0WA 1B0HA 5EHMA 3N5LA 3T9HB 2OK2A 4F22A 4NF4B 3USDA 1IXIA 3O29A 4OFLA 4U2RA 4BDQA 3FZVA 3HPIA 2FA7A 4OEUA 3MVWA 1PC3A 3IORA 1OLCA 1GGGA 3IB0A 1A40A 4Z7EA 2OZZA 4XKQA 2IEEA 4P0GA 1D3KA 1EZOA 4N07A 4F2OA 5FHMA 1TT1A 1RKMA 3H03A 3HN0A 3QUJA 2GH9A 4FIMA 3MUQA 5AE4A 3FJ7A 4YMAA 4BDLA 1LAXA 4AB5A 1IIWA 3SETA 3IO6A 4P11A 3GBAA 1HSEA 3FD3A 1KWHA 3E4RA 2ANJA 3CG3A 1D9VA 3C33A 4R6HA 2QS4A 4IY6A 5HBCA 4Z0IA 2OCUA 4G2ZA 2RKMA 2NXOA 4H8IA 4MLQA 1XVXA 2REGA 2ZNSA 3KG2A 2GHBA 2XXXA 3H4ZA 1HSLA 1SW4A 1MPDA 3TKDA 2VGQA 4ESXA 1H76A 1Y20A 4ELQA 3Q29A 2DS9A 1LB9A 4EQ9A 5CM6A 4F3SA 1ZIUA 3U94A 3CRBA 2QMWA 4Q30B 3O6IA 1ZLQA 3TDJA 5DT6A 1CB6A 2Y7PA 4TLMB 3MPKA 2V3TA 2A5SA 4LUBA 2XXUA 1B1XA 4KI0E 1B6HA 2W7YA 4F18A 2VP1A 3MJNA 3FXUA 3K1NA 2I6EA 3C31A 3DP8A 4PETA 1MDQA 3FUZA 2CMOA 1AH5A 2QMXA 2D5WA 2I49A 2A5TB 4AQ4A 4GD5A 3OEKA 4JBZA 3KJTA 3CSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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