1D9YA

Neisseria gonorrhoeae ferric binding protein
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNCAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis of Iron Uptake in the Pathogen Neisseria gonorrhoeae
rcsb
molecule keywords PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA01
5L9MA 1SYIA 3EF7A 1MDP1 5A5XA 5AA4B 3N6UA 2DYXA 2Q2CA 4L17A 3DP6A 1SVXB 2X26A 3EHSA 3IR1A 3E9XA 1QUKA 1A54A 1LAHE 1AMFA 4C1UA 3O66A 3S2VA 4QRZA 4BDRA 3C36A 4YKKA 2QS3A 4YZZA 4G8HA 4XKQA 3SDFA 1MY0A 4OTEA 2I48A 1XS5A 3O28A 3MVZA 1IZ1A 3MVXA 4NF4B 4JWYA 1XC1A 2CMOA 2HAVA 5H8FB 4FECA 4MBPA 5I2KA 3IAZA 3WAEA 3KOTA 3GLBA 3JYRA 3PPPA 1VE4A 4G68C 2HQ0A 4Q30B 1LCTA 2XXQA 3MP1A 4KD5A 3DLNA 1B3GA 2O7IA 4FATA 1HSEA 4P11A 3IB0A 1Z7NE 1YTVA 2DE4A 1POTA 5FTIA 4DXCA 5CM6A 3O9PA 3OD7A 3VXBA 3LSFB 4KFQA 1IXGA 2XXYA 4JB7A 1US4A 4ELOA 5HBCA 3FZVA 3QAXA 1UTHB 2P0SA 3RLFE 3HN0A 3IO4A 4QFPA 3H6TA 1B3FA 3K02A 1LFIA 1CB6A 3KN3A 4NF8B 5FHOA 5I84A 1S9TA 4QFOA 3M8UA 1OQGA 5FHNA 3IJXB 2H9BA 4FEBA 2UYFA 2Q8JA 4Q5TA 1LBBA 4BDOA 2F7AA 3S9LC 5CMKA 3FJMA 3T9UA 4TLMB 3IK6B 3G3GA 1H3DA 1XOCA 1B3HA 4KCCA 5DEXA 4QSDA 4QSCA 1I6QA 3KBRA 3Q29A 5I57B 1IXHA 3TODA 1JQFA 3FJGA 3FXRA 1A55A 3FXUA 3MZBA 4BLAA 4I1DA 5K2YA 3CFXA 1PDAA 3MPKA 4I62A 1SYHA 2E0SA 3KEIA 5I58A 2VD3A 1DOTA 3RTFB 4LONB 3PMXA 4Q0CA 3VFJA 2X7QA 1FQEA 4YICA 1B4ZA 1MPBA 3RY3A 4F31B 5JTYB 3TFLA 4ONYA 4FE8A 2UVJA 2F97A 4Z7EA 1JW4A 2UYEA 2ZYMA 4R9FA 3ZKKA 3FJ7A 2V3QA 3FVNA 1MS7A 4MLVA 3IB1A 2AL5A 2DWHA 2RCBA 2Z8EA 2O84X 3KJTA 4NF6A 1Y1MA 2NXOA 4NWDA 3VLWA 1B1XA 2I3VA 1FQBA 3TTMA 1NH7A 4C0RA 4OVJA 1EZOA 5KCJB 1M5BA 4E0WA 4NEDA 3HSTA 3MJNA 4R6YA 4ZS9A 2YPNA 4OETA 2OBGA 2PVUA 3GBBA 2R71A 3U72A 1R1NA 4OESA 1Y1ZA 3SEVA 4OHNA 1SI1A 1M5CA 1F9BA 4IO5A 2RINA 2NOOA 3OO8A 1GTKA 3T22A 3EPEA 4KR5A 2I4BA 1ZIUA 4RK2A 3ZSFA 3TELA 1ZMGA 1DPPA 2B3FA 5H8NA 4DCYA 2I58A 4P0GA 1OVTA 4MLQA 4R2BA 2F8DA 1MXWA 5DVJA 1DTZA 2ABHA 4OWDA 4KYEA 4OFOA 2E1SA 2V3UA 5I2NA 4ZEKA 4NF5B 2Y7IA 4JDFA 3ODBA 3IOVA 1BKAA 3N6TA 1A40A 1D9VA 2ZXTA 3PU5A 3CIJA 3TPAA 3S9NC 1M5EA 4MF3A 4EF1A 4F22A 2OK2A 5ITPA 4YB7A 1O63A 1J1NA 5B70A 2Z23A 3G3IA 5TU0A 3K1PA 4FAJA 5AA2D 2F6PA 4JSOA 1NNTA 3TEPA 4C1TA 3I3VA 3RPWA 3UIFA 2XXHA 2NVUB 3U94A 3OEMA 2RC8A 3O29A 3USDA 3FVOA 5AA4A 4LA9A 4F19A 2VHAA 3VDFA 2H99A 4YB5A 3A3UA 1FQFA 2PYYA 3CI8A 1AOVA 2IEEA 4GWOA 5I56B 2UXAA 2F78A 3OMBA 1B3EA 3TYHA 3TTLA 1B58A 2XXPA 4KPTA 2AYSA 1DMBA 5DT6A 4R74A 2OZZA 5AA1A 4AB5A 4OMBA 4IGRA 3LSLA 4LP2B 1P99A 2O1MA 4NF4A 4R9GA 4DXUA 1N84A 3DM0A 5H8FA 1EU8A 3K1NA 3MVYA 1MG1A 1N04A 3VVEA 4ZEBA 5KZTA 3FV2A 4G68B 2KLFA 1N3WA 4ISUA 3G3FA 4ZDMA 1XVYA 1NFTA 3CR9A 1USYH 4DDDA 4RJZA 2A5TB 3K4UA 1MXVA 3CFZA 1FQAA 1LGBC 3PMWA 3LR1A 2O1LA 4I9DA 3H3GA 1ZTYA 4ELPA 3IJOB 1SDXA 3W9WA 1GGGA 3EHTA 1I6AA 1UTHA 1RYOA 1MQJA 4LQ2A 4U2RA 1LSTA 4NF8A 2RCAA 1WODA 1PB9A 3N26A 2QL3A 3TUSA 2YJPA 3TTRA 2H98A 3RUMA 2A5SA 2DVZA 1P1QA 3F11A 3IOTA 3LBSA 3PPQA 3HHGA 3IOUA 3PUZE 4KI0E 2VP1A 3SEUA 1HSLA 5F1QA 1RKMA 2W7YA 3O6HA 3HO7A 4WKMA 2V3TA 3QXMA 1JVYA 1LFGA 2GFEA 4MH5A 3OSRA 2DWAA 3ONMA 4RXLA 5I57A 2Y7KA 3E13X 3MUQA 3SESA 3A09A 3TAJA 3GZGA 2DSFA 2ZNTA 2REGA 4FJPA 1QVSA 4GIZA 4DLDA 4F39A 4YMAA 3ECRA 4EUOA 2Y7WA 3MAMA 4QSEA 4FORA 4FEDA 4AQ4A 2Z8FA 1IXCA 1P1OA 2X7PA 3JZJA 3T9XB 4QFLA 3U8QA 2DQVA 1RYXA 2REJA 4GXAA 4U21A 3W9VA 4PQJA 1D9YA 1I69A 3T66A 3O6GA 3FD3A 3MPLA 3QSLA 5JTYA 2DOJA 5KDTB 1S50A 2UVIA 4WEPA 3EQ1A 1MH3A 2AL4A 4JSDA 3KN8A 5J1DA 4POWA 3OOAA 3MW0A 3PPOA 1SW4A 3Q27A 2F36A 1Z7ME 3K2DA 5AE4A 4DE8A 4O3AA 5CMBA 1IUDA 1SD3A 5BUUA 1MM7A 3R7XA 5KCJA 4GL0A 5JEIA 3K00A 3ZS6A 3RT8A 1B51A 2QPQA 4IGTA 3QYTA 4TOZA 3TCFA 1A99A 3PD8A 2FNCA 5EYFA 3SKPA 3KSXA 3MC2A 4LUBA 4ZECA 3UORA 2RC9A 2O6AA 1B52A 2XD3A 1B9JA 1OLAA 3I5OA 5HM4B 4ZEFA 3SEYA 4FIMA 2DS9A 3W15C 2HZKA 4R6HA 4F3BA 4MFIA 4OEVA 4GF8A 1P1NA 2ZMBA 2D3IA 4ZZAA 4EXKA 1LB8A 4U4XA 4NF5A 4HW8A 1FCKA 4JXIA 2O7UA 5AA2B 3OO6A 1URSA 2GRVA 1ATGA 2BJJX 3SEWA 1B46A 1MXXA 1PEBA 3TQWA 1Y3PA 4PFUA 3C9HA 4HCYA 3PUWE 1Q35A 5I2KB 5CI5A 3FVKA 2B65A 5TPAB 2HEUA 2F5XA 4XKNA 1N0TA 1FTMA 3CG1A 3N5LA 1ZKBA 3VLUA 1WDNA 4XIGQ 3G3HA 3MP8A 1IIWA 2QS4A 4GL8A 2PMSA 4IY6A 5DVFA 4OENA 2PBWA 1D3KA 5I56A 4GQOA 1FTJA 3TTNA 5FTHA 1B5JA 3Q26A 3OENA 4P0IA 5CBRA 2ZYNA 1MXUA 4AB6A 2ZNSA 3IORA 4EQ9A 4G2ZA 3V89B 4H65A 1B4HA 1JNFA 2OJTA 1M5DA 3G3KA 4KCDA 3MZ9A 3CFLA 3I6VA 4ELRA 1O7TA 3SETA 1MPDA 3V8XB 2UVHA 1Y3NA 4G68A 3K6VA 4YU0A 2ZYOA 3S9MC 4UACA 1SW1A 5CBSA 5B7DA 1A7LA 2DE2A 2A5TA 4JBZA 2O68A 3LC8A 1NNPA 2QJEA 4X9TA 3VVFA 5AA3A 3FXQA 2I0BA 4M4GA 4GLIA 1B32A 3O97A 2HCAA 2Z22A 2I49A 1PB8A 1BIYA 3L6HA 4RPNA 4IO3A 3MZ1A 4HS7A 1LAXA 3IO6A 1JW1A 3OO7A 2H4IA 3EN3A 2ANJA 4ESXA 3O2AA 2QS1A 5H8QB 1GV8A 1O64A 5CMCA 4YB6A 1MQDA 2NUVA 4U4SA 4F1YA 2Z8DA 4H5FA 2H5YA 4THIA 4QFNA 4OFJA 3PMVA 2ESNA 3HHFA 1ZJLA 2G93A 3KFMA 3U93A 1B3LA 3GXAA 4WXJA 1QKBA 3T9VA 4ECFA 3K01A 4LZ5A 2FA7A 5DYHA 3SEXA 1QW0A 1VSOA 2Q2AA 5L9OA 3SERA 1TWYA 3KGCA 4R73A 1JVXA 5L8DA 1PC3A 4RY1A 2XXUA 3FASA 2XXVA 1B7UA 1DTGA 3MBPA 1XT8A 4GVOA 2I0CA 5ITOA 1MQHA 1VFDA 1T0KA 4LVQA 1JETA 3KJ7A 1OMPA 4F29A 2ONKE 1IITA 1LCFA 4PFTA 4IO2A 3C31A 3THIA 2Y7PA 4TLLB 3K0VA 4RNSA 4E0XA 3ILTB 4POXA 2F6GA 1QUIA 1JEUA 2OLBA 3M3LA 3PPRA 1MXYA 3IL1B 3VV5A 2P2AA 4ZZEA 3ZKLA 5H8HB 1LAGE 3GBAA 4GD5A 1IQ7A 1R9LA 2Y84A 1R6ZA 3Q28A 4BDLA 5KDTA 1N7WA 5HPQA 4F1VA 1M5FA 5K2XA 1A8EA 3PPNA 4UA8A 4TQUQ 3H03A 1MY3A 1JEVA 1QUJA 1MXZA 5IKBA 1FTKA 4LATA 1ZU0A 1OIBA 2O51A 4YAHX 2OCUA 2V93A 5JK4A 2VD2A 4XKRA 3PGFA 3PD9A 3P7IA 3K6WA 1HSJA 4G8NA 4QFKA 3OO9A 1DSNA 4F2QA 3M3FA 4F3SA 4KYSA 1MY4A 4PFWA 3MWBA 5DTBA 4H0WA 3AXFA 4BDQA 1A8FA 1UIVA 1S7YA 4G8MA 3OXNA 1CE2A 1UTBB 1WVJA 2XX8A 5TP9B 1MY2A 4ESWA 1LLSA 3LSXA 3D4GA 3B6QA 4KYDA 3H6UA 3HCQA 3TKDA 2H25A 2HZLA 3CVGA 2PT2A 3N94A 1UIUA 3PUYE 3B6WA 1H45A 3RGYA 2PX1A 2ALUA 4Z0IA 4NE4A 1H76A 2G29A 1BTJA 4F2OA 3H6WA 4F3GA 1H43A 1ELJA 3PUXE 2XXIA 1USYE 1H44A 1Y9UA 3E4RA 1KWHA 1BLFA 2Q88A 3QIMA 1L5TA 4U1OA 5AA2A 1LB9A 4WEDA 4YKPA 1Y20A 3BFUA 4XTCQ 3ILUB 3RNNA 4N07A 1MQGA 2GHBA 1B6HA 5I59B 3FV1A 1UQWA 2LAOA 3T93B 2OWSA 2QMWA 2WKYA 5TPAA 3S4UA 4ZE9A 1POY1 2VGQA 3DP4A 4K3FA 4IO7A 1D4NA 1NH8A 3DP8A 2HFBA 3T96B 1FQDA 4QHQA 1B7HA 2ONSA 4JWXA 1BP5A 1NKXA 4F18A 2RF1A 3D4CA 3Q25A 1LFHA 3JV9A 5ISUA 2XXWA 2ZNUA 4QF9A 3RN8A 1FW0A 1XVXA 1NNKA 2NWJA 4RK9A 1SW2A 2GH9A 1SI0A 4LZ7A 3R26A 5CC2A 4PFYA 1SQYA 2F35A 3UGWA 1B5HA 4H6DA 1TFDA 2CZLA 3VLVA 3U92A 4OYVA 2DE3A 1PBPA 1R9QA 3HV1A 1OQHA 4ND9A 2Q89A 4DXBA 5A5XB 3KN7A 2YLNA 3CRBA 1I6BA 4RPOA 1P1WA 5DVIA 2FYIA 4X1BA 4EQ7A 3FATA 4U22A 3C33A 4R6KA 1N7XA 2R9JA 1QKAA 2HXWA 4F3PA 2ZYKA 1YPNA 2DWJA 1LAFE 3O6IA 4OXVA 2XHDA 1ZBMA 4N13A 4HTGA 5H8QA 3B7DA 3FGSA 3IB2A 3BFTA 5LOMA 4NMYA 4RA1A 4IY5A 4OERA 2XX7A 1VR5A 1EH3A 3CSBA 3RT6B 4M1VA 4Q8RA 2RKMA 4H1XA 2R6GE 3VE1B 4H67A 5IAIA 3UN6A 4IO4A 1OVBA 4GRKA 3IX1A 1VFEA 1SBPA 3TTKA 3S9EA 2XD2A 2P1SA 1XHYA 3K6UA 3V5AA 1MRPA 3H7MA 3C32A 2D21A 4EQBA 3TQLA 3EHUA 3KG2A 5EHSA 3G7WA 2Q9TA 2I4CA 3QUJA 3IOWA 1B5IA 3TZAA 2HAUA 1AIVA 1FTOA 1US5A 3A3CA 2DP8A 1LBCA 1ZLQA 1EZ9A 4ZE8A 4HCWA 1B2HA 2V84A 1TFAA 4ZEIA 3VXCA 4I8CA 1B0LA 4R75A 3K1MA 3PV0E 4R72A 1B40A 4IO6A 2PT1A 3LUYA 1GR2A 1MY1A 4OQOA 3C34A 5H8HA 3M3KA 1GVCA 3BKIB 4G77A 5L9SA 1FTLA 3CG3A 4KQPA 2THIA 2RC7A 1QULA 2AIXA 4H5GA 4NTLA 4X48A 5DEXB 4GFRA 3KZGA 3MP6A 1AH5A 4GOTA 4U1ZA 2QS2A 3C35A 5ICQA 3CSGA 3OEKA 2B3BA 1OLCA 4GXSB 3E3KA 1Y4TA 2V25A 3T9HB 1PBQA 3QUFA 1QJMA 3FUZA 1TT1A 2IA4A 5CMMA 1SW5A 4LQ5A 3UK4A 4OEUA 4YKJA 1NNFA 4YMBA 3OSQA 4H8JA 1AL3A 2M8CA 2UVGA 1B05A 3L6GA 5I58B 5H8SA 1MQIA 3BBRA 1EZPA 3V83A 3PUVE 1UTBA 3LSWA 3FIRA 5TP9A 1N3XA 3FVGA 2DXYA 3R6UA 4PE5B 4EDPA 3VVDA 1IXIA 1URDA 4ZEDA 4BDMA 1B1HA 2DXRA 4EF2A 1IEJA 2QRYA 2XXXA 2Y7RA 5ELVA 4KHZE 4R2FA 1MPCA 4O3BA 4O3CA 1URGA 4NF6B 1NMUA 4H8IA 3TCGA 3TCHA 1B7ZA 3TDJA 2DWIA 1YAEA 3TMGA 1FQCA 5CRYA 4YKIA 3U1OA 1ANFA 2F34A 4EXLA 2OWTA 1N76A 4LZ8A 2GHAA 1NL5A 4JWOA 4IB2A 3H06B 4X1DA 3K6XA 4OFLA 5I59A 4F1UA 3DELB 5EHMA 1Y3QA 2I3WA 5BWJA 3C4MA 4OZ9A 1Q1KA 2ONRA 1B0HA 3HPIA 1JW5A 1DPEA 3MVWA 2F7BA 4ELQA 1PB7A 2I6EA 5H8NB 4BDNA 1II5A 3RTWB 3WAFA 3RQTA 1MH4A 5I2NB 5ICTA 3B6TA 4G4PA 4RYAA 3OELA 2VOZA 5F7VA 4N6PA 4DIGA 3G3JA 4XXUA 3KOSA 4PP0A 1TXFA 2QSXA 1P1UA 1Y4CA 3H4ZA 5FHMA 1MM6A 2XX9A 3KSJA 4NWCA 4DZ1A 2XXTA 1YCJA 4U23A 2XXRA 2O69A 2DVCA 3MQ9A 3UA8A 3H6VA 4DCXA 2D5WA 4XKPA 3UP9A 3QK6A 5M2VA 2F7CA 4PETA 1MDQA 2QMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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