2IEEA

Crystal structure of yckb_bacsu from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr574.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
TGWEQIKDKGKIVVATSGTLYPTSYHDTDSGSDKLTGYEVEVVREAAKRLGLKVEFKEMGIDGMLTAVNSGQVDAAANDIDVTKDREEKFAFSTPYKYSYGTAIVRKDDLSGIKTLKDLKGKKAAGAATTVYMEVARKYGAKEVIYDNATNEQYLKDVANGRTDVILNDYYLQTLALAAFPDLNITIHPDIKYMPNKQALVMKKSNAALQKKMNEALKEMSKDGSLTKLSKQFFNKADVSKKIDADVQDVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB
publication title Crystal structure of probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB from Bacillus subtilis.
rcsb
source organism Bacillus subtilis
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA02
4N13A 1FCKA 5J1DA 3T66A 4C1TA 4EXLA 4OFJA 4RYAA 4PETA 1MPCA 1JNFA 2ZNUA 3N94A 4ND9A 4ELRA 4AB5A 1VFEA 4OHNA 1MQGA 3S9MC 2ZXTA 1B40A 1OQHA 5HPQA 1IXIA 2D3IA 2HCAA 1D9VA 3ODBA 3O97A 1AMFA 2A5TB 5I2KB 4H5FA 3FJ7A 4YZZA 2QS1A 3G3KA 3C9HA 3GBAA 1N3XA 3TTMA 4JSOA 2RC7A 4BDOA 2HAUA 2GHBA 2DWHA 5DTBA 5K2YA 3H06B 2F34A 1MG1A 2HZKA 1QW0A 2I49A 5AA2B 5H8FB 3TZAA 1ELJA 2HZLA 1MH4A 1B7HA 3O6IA 3GXAA 4F19A 3T9UA 2Y7RA 5JTYA 2PT2A 1BLFA 2UVHA 3HSTA 4GQOA 4ZDMA 1FQDA 1MQHA 1IQ7A 3KEIA 1SW1A 2GRVA 3PUXE 1A8EA 1KWHA 2R9JA 4LZ8A 3BFTA 5ITOA 3TTRA 3N26A 5CC2A 2ALUA 4NF6B 1WVJA 3ONMA 4OERA 2FA7A 3IL1B 5CBSA 1VE4A 4ELPA 3KJTA 3FVOA 4R9GA 4YAHX 4EQ9A 4F18A 2QMXA 4I9DA 1SD3A 1B32A 2QS2A 1MDQA 3DELB 3K1NA 2Q9TA 4OENA 3LSFB 1URDA 4PFYA 1BIYA 2O7UA 4KR5A 1Y9UA 3USDA 2GFEA 1RKMA 3ILUB 1O63A 2P2AA 2LAOA 2DQVA 1I6QA 1FTOA 5KCJB 2XXYA 3K1MA 1HSEA 1B5JA 3FV2A 1B9JA 3RNNA 5DVIA 3T96B 1SW5A 3UA8A 4BDLA 4KD5A 3PV0E 4G2ZA 4XIGQ 1MPDA 4EQBA 3I3VA 1T0KA 3HN0A 2F7BA 2F6GA 3OO6A 3KZGA 3ZS6A 4DXCA 3QUJA 1B6HA 2ZNTA 4GRKA 4FATA 4QFOA 1QJMA 4I1DA 5IKBA 3FGSA 3F11A 1FTJA 5CMBA 1PB9A 3LSWA 2VHAA 3MVZA 3H7MA 4R73A 1S9TA 4NE4A 3LR1A 1IXGA 3D4CA 4I8CA 3EF7A 1A99A 2REGA 3DP4A 4IO6A 3E3KA 4LATA 1B3EA 3K02A 2QJEA 2YJPA 4KPTA 2OCUA 3LSLA 2UVGA 1UIUA 1FTLA 3OSQA 2A5TA 4IGRA 5I2KA 4JWOA 3T9VA 1Y20A 3TTNA 3IJXB 3QK6A 4THIA 4ISUA 2I0CA 3PUYE 3MP8A 3C4MA 3IORA 1A40A 3T22A 4L17A 4NTLA 2F8DA 3MZ9A 3IOUA 4DZ1A 1BKAA 4ESXA 2QRYA 1N3WA 1MM7A 1ZBMA 4KQPA 5AA2A 5H8FA 2PBWA 4E0XA 1XT8A 3IK6B 1B51A 5B7DA 3G3GA 1P99A 4F1UA 3VFJA 4QSDA 5DEXB 2ONRA 3KOTA 5EHMA 4FIMA 3SETA 1XHYA 2H99A 1B7ZA 1SDXA 4JWXA 4Q8RA 3C35A 4O3BA 4P0IA 2DWAA 4YMBA 1S50A 3N6TA 2UVIA 4F22A 3CSBA 1LB8A 3MVYA 1F9BA 3TTLA 3K6VA 5I84A 4NF6A 4H5GA 4F3GA 4DCYA 1DMBA 3FIRA 3KN3A 2E0SA 4U1ZA 4MLQA 1OVBA 1UQWA 4N07A 2OK2A 5I59B 3SDFA 5LOMA 2XX7A 4RPOA 2OZZA 2DXYA 1R1NA 1QULA 3MPLA 3C32A 4NMYA 5L9SA 1SW4A 3V5AA 1FQCA 4RK9A 3CFZA 4H6DA 2BJJX 2XXTA 1N7XA 3H6TA 5HBCA 4NWCA 2F6PA 2I48A 1NNPA 2DS9A 1VSOA 2I4CA 1LFHA 5L9OA 2F7CA 2ZYNA 4OZ9A 1JW5A 3G3JA 1JEUA 3OELA 3K1PA 1JVXA 4ZE9A 3RT8A 2O84X 2ZYMA 3VVFA 1JVYA 3I6VA 3Q27A 1J1NA 3CFXA 4EQ7A 5L8DA 1PDAA 4AQ4A 3TTKA 2G93A 1NH7A 3UORA 4OFOA 1HSLA 5DYHA 2NOOA 3TFLA 2DE3A 4C0RA 3E4RA 1FQAA 1L5TA 4R72A 3TAJA 4MLVA 3PPOA 4R75A 2F5XA 2R71A 2XXQA 3MAMA 2F36A 4U4XA 1B0LA 3KN7A 1AH5A 4DIGA 1URSA 4ELOA 1DPEA 1Y1ZA 4EF1A 1SBPA 2DVZA 3QXMA 1XVXA 4WEPA 1LAHE 3VXBA 3IB0A 4U1OA 4WKMA 4U23A 3JZJA 4HTGA 3OMBA 3C34A 3GBBA 2X7PA 3IJOB 3Q26A 3H6WA 2D21A 3JYRA 5CI5A 1BTJA 1VR5A 2H25A 2O51A 5BUUA 4ZEBA 1M5DA 3SEYA 3TKDA 1YTVA 2NWJA 2PYYA 4AB6A 3T9XB 4LONB 4F1YA 5DEXA 3EPEA 3FJGA 2Z8FA 1H76A 2YLNA 5I2NB 3W15C 1MDP1 1Y4CA 3A3UA 5AA1A 2R6GE 1CB6A 4X1BA 4U2RA 4F3BA 1WODA 3VE1B 4OQOA 4K3FA 2GHAA 2PT1A 2Q2AA 1POTA 2A5SA 3K00A 3OENA 4OTEA 3MW0A 3VXCA 1MPBA 3TODA 1B1HA 5I57B 1YAEA 3U92A 5I59A 3K0VA 3L6GA 3U94A 4F2OA 4F29A 5HM4B 1LFIA 3R26A 1SW2A 1BP5A 4DXUA 1D3KA 2RKMA 4NF4B 2OWSA 1R9LA 5EHSA 4F3PA 4GL0A 4QFPA 3W9WA 1ZMGA 1H43A 1LB9A 1AIVA 2QS3A 3CVGA 5F7VA 4NF8B 3K6WA 2DWJA 3G3FA 1NL5A 2O1MA 4Z0IA 3EN3A 4WXJA 3HHFA 1Y3QA 2AYSA 1IXHA 3O29A 1M5BA 1D9YA 2OJTA 3PMWA 1B3HA 1MRPA 2OBGA 1MQIA 4F3SA 1B2HA 4KCCA 4OFLA 1Y4TA 4XXUA 1B7UA 2RINA 5DVJA 3MVWA 1ZTYA 1MY0A 1POY1 3UN6A 3ZKLA 4F31B 4PFTA 5I58B 2YPNA 1GV8A 4GIZA 4YB6A 1EZPA 3ILTB 3FXRA 4P0GA 1B3LA 4P11A 2IEEA 1FQEA 2H98A 3S9EA 2M8CA 3JV9A 2X7QA 5AA3A 3BBRA 4BDMA 4HCYA 3C31A 4FE8A 3BKIB 1DOTA 4H8JA 2DOJA 4F2QA 1QVSA 3FVGA 4U21A 3D4GA 5TPAB 1SI0A 5IAIA 5KDTB 2OLBA 3MWBA 2AL5A 2DE4A 1NFTA 3PGFA 3U93A 3A09A 1USYE 4RJZA 4GVOA 1OQGA 3O6GA 2V3TA 4O3AA 2RC8A 4IO2A 4R6YA 3KSXA 1OVTA 3PMVA 3PD9A 2XXWA 2QS4A 5F1QA 1IIWA 1LCFA 2PX1A 1GTKA 3TEPA 4C1UA 1JEVA 3CG1A 3TQWA 3KGCA 4KYEA 2ONKE 4G8MA 3TQLA 3GZGA 3RTWB 4ZECA 1XVYA 1GGGA 1WDNA 3TCHA 5ELVA 3KN8A 3UGWA 1A54A 5I57A 3MP1A 1N84A 1LSTA 2IA4A 3CIJA 3C36A 3Q28A 1LCTA 5BWJA 5AE4A 3TUSA 1JW4A 4R6HA 3RQTA 2XXRA 2Y7KA 4NF4A 3MZBA 4MF3A 1M5EA 5FHNA 1XC1A 5ICTA 3IX1A 4PQJA 4NF8A 4MBPA 3MP6A 1S7YA 4M4GA 4NF5B 1JW1A 1FW0A 1TFDA 4RA1A 4E0WA 1RYOA 5TP9B 3H03A 4LA9A 1USYH 2ANJA 3MZ1A 3OXNA 4R2FA 2W7YA 4EDPA 4UA8A 4YKJA 1M5CA 1SVXB 4GD5A 1GR2A 1B3FA 4GLIA 2RCBA 3UK4A 2RF1A 2XXUA 1DSNA 4JBZA 4U4SA 1RYXA 5I58A 1LAXA 3IOVA 2WKYA 3N5LA 5ISUA 2NVUB 1MQDA 2DYXA 2F35A 3B7DA 4XKNA 4ZZEA 1MM6A 4G8HA 1QUIA 4OEVA 4YB7A 4UACA 4IO5A 4IO7A 2OWTA 3CSGA 4KCDA 3R6UA 1UTBB 4ZEIA 3TMGA 4HW8A 5M2VA 2Z22A 5KCJA 2QL3A 2O68A 3EHTA 4X48A 4G68C 1N7WA 2HEUA 4TLLB 5I56B 5KDTA 2DE2A 2HAVA 3FV1A 1ATGA 3HV1A 4OWDA 5H8NB 2I4BA 4R9FA 4DLDA 3KSJA 2ESNA 3OO9A 3G3IA 2I6EA 3EQ1A 5H8HB 3SKPA 2Z23A 2V3UA 4GOTA 3V89B 3O9PA 4TQUQ 3PUWE 4Q30B 2Q89A 5JTYB 2FYIA 1NNFA 3VV5A 4YMAA 5AA4B 2GH9A 1MS7A 3FZVA 3LBSA 1M5FA 1QUJA 2ABHA 4IB2A 1B1XA 2H5YA 3N6UA 1D4NA 4G77A 4KFQA 4I62A 4ZZAA 5K2XA 1O7TA 3PMXA 4LQ5A 3S2VA 1HSJA 1OLCA 2VD3A 4JSDA 1ZLQA 1FQFA 3O2AA 1UTHB 5B70A 1PB7A 3CFLA 3CRBA 4IO4A 3HCQA 4IO3A 1OIBA 1IITA 4YKPA 2I58A 3E13X 3VLVA 4YU0A 1MXXA 4FORA 1AOVA 1Y3PA 1FTKA 3CI8A 3MJNA 3PPPA 3MC2A 1I69A 3QUFA 3KJ7A 4R2BA 3IB1A 2G29A 4G4PA 3FUZA 4DE8A 1SYIA 4XTCQ 3S9LC 3TDJA 3QSLA 3LUYA 4OMBA 2HFBA 3LSXA 3KG2A 4NF5A 4IGTA 4QSCA 1FTMA 4DDDA 4OETA 5TP9A 3UIFA 3PPNA 2XXPA 4PE5B 4RPNA 5ICQA 1MXWA 3E9XA 4NWDA 1YPNA 2VP1A 3K4UA 3SEUA 4EF2A 4POXA 4BDQA 1PBPA 3H6UA 1B52A 1PB8A 5FHMA 3PPRA 1MY1A 5FHOA 2DP8A 2XXHA 3EHSA 2HQ0A 3L6HA 1Z7NE 4TOZA 2Q2CA 3MPKA 3O66A 5EYFA 3FASA 4NEDA 2I0BA 1B0HA 1N76A 3RY3A 3FJMA 1NH8A 1FQBA 5CBRA 4R74A 3IOTA 3H6VA 1PC3A 5CM6A 1NMUA 2H4IA 4GXSB 2XX8A 4QRZA 2CZLA 1UTBA 4FJPA 1OLAA 2B3BA 2ZMBA 4RK2A 2B3FA 3AXFA 1YCJA 3PU5A 4KYDA 1B5IA 3BFUA 1CE2A 3RUMA 2F7AA 1SI1A 3MQ9A 3CG3A 1P1WA 5DVFA 5I56A 3R7XA 3M3KA 1XOCA 4OXVA 5H8NA 3TPAA 4FECA 3G3HA 4ELQA 4JWYA 1B4ZA 4G8NA 4GWOA 1A8FA 2XD3A 1B05A 5H8HA 3OO7A 1A55A 1MH3A 1US5A 1MQJA 4LVQA 3M3LA 2Y7IA 3ZSFA 1IEJA 3EHUA 3HO7A 2O6AA 5AA4A 2UXAA 5A5XB 1MXVA 5FTIA 4F1VA 3WAFA 5H8SA 3P7IA 1EZOA 1ZJLA 3LC8A 4QHQA 1TFAA 1R9QA 3K6UA 5L9MA 1ZKBA 3CR9A 1ANFA 4RXLA 1Z7ME 1UTHA 1JQFA 3DLNA 4LQ2A 4LUBA 4H67A 2UYFA 4ZEKA 2QPQA 1I6AA 1OMPA 2XHDA 2THIA 4ZEFA 2Y7WA 3B6QA 1DPPA 3RT6B 1LLSA 2VGQA 1A7LA 5JEIA 1LFGA 3RGYA 2XD2A 3PUZE 4RNSA 2XX9A 1B46A 3OEMA 3A3CA 5CRYA 4OESA 2RC9A 3GLBA 2V93A 1MXUA 2UYEA 1LBCA 5KZTA 3QAXA 4RY1A 2V25A 1PEBA 2F97A 3T9HB 2D5WA 1Y3NA 1NNTA 1N04A 4YB5A 2ZYKA 2QMWA 4BLAA 5I2NA 4N6PA 3QIMA 4IY5A 3DM0A 4DCXA 2H9BA 2O1LA 2Q88A 4Z7EA 3I5OA 2V84A 1VFDA 5JK4A 3B6WA 3W9VA 3IO4A 2PVUA 3V8XB 3SEXA 3O28A 2O69A 1H3DA 2FNCA 5ITPA 4JXIA 2Z8EA 4WEDA 4Q0CA 1O64A 1B58A 1H45A 4X1DA 5H8QB 3K2DA 3O6HA 2Y7PA 2ZYOA 3FD3A 5FTHA 2CMOA 4BDNA 3TCFA 1EZ9A 2X26A 4G68B 4M1VA 4H0WA 1URGA 4U22A 3TELA 4FEDA 2F78A 3U1OA 2O7IA 1UIVA 3OEKA 3RTFB 3M8UA 4JB7A 2I3WA 3Q29A 4OEUA 2REJA 1JETA 4HS7A 3KOSA 5CMCA 4X9TA 2DSFA 2Q8JA 2DXRA 4LZ5A 1Q1KA 3FATA 1DTGA 4EXKA 1ZU0A 1MXZA 4QFLA 2Y84A 3THIA 3VLWA 2DVCA 3SESA 4GFRA 4MH5A 5TU0A 3MUQA 3RLFE 4KHZE 2DWIA 3VVDA 4XKPA 1PBQA 5A5XA 1I6BA 1SYHA 3RN8A 1MY2A 4QFKA 2XXIA 1P1UA 3FXQA 2E1SA 3C33A 4PP0A 1NNKA 1XS5A 4LP2B 3B6TA 4PFWA 1QKAA 5DT6A 3U72A 3KFMA 1MXYA 2B65A 4ONYA 2HXWA 2QSXA 1Q35A 4XKRA 3VDFA 4FAJA 1H44A 1EH3A 4R6KA 3IAZA 1TXFA 3S9NC 2ZNSA 1GVCA 3M3FA 4ESWA 3IR1A 5TPAA 1LGBC 1EU8A 3SEWA 4KI0E 1MY4A 2VOZA 1TT1A 5AA2D 2NXOA 2PMSA 2RCAA 3U8QA 4EUOA 4FEBA 4H65A 4QSEA 4ZS9A 3QYTA 4QFNA 4BDRA 3K01A 3DP8A 3FVKA 2V3QA 4OYVA 3Q25A 1P1OA 4GXAA 2XXVA 2I3VA 3KBRA 4POWA 3S4UA 1LAGE 4PFUA 3UP9A 3VVEA 4O3CA 4HCWA 3H4ZA 3HHGA 1IXCA 1IZ1A 4JDFA 4XKQA 1LBBA 4MFIA 3OOAA 2UVJA 1P1QA 3PPQA 3TYHA 4QF9A 3T93B 4ZEDA 3FXUA 1DTZA 3IO6A 1LAFE 1ZIUA 4H8IA 1B3GA 1R6ZA 2P0SA 1N0TA 1B4HA 4KYSA 3V83A 3OO8A 1NKXA 4ECFA 5H8QA 2KLFA 1B5HA 3RPWA 3IB2A 2NUVA 3DP6A 3PUVE 4YKKA 2P1SA 4H1XA 2AIXA 3SEVA 4TLMB 4G68A 3OD7A 3VLUA 2Z8DA 3HPIA 3ECRA 4LZ7A 1IUDA 3OSRA 3WAEA 2ONSA 4YICA 5CMMA 4ZE8A 1US4A 1TWYA 5CMKA 1II5A 4IY6A 4YKIA 4GF8A 3FVNA 4Q5TA 3ZKKA 1P1NA 4OVJA 3IOWA 4F39A 4DXBA 3K6XA 3PD8A 1SQYA 1QUKA 1Y1MA 4GL8A 2AL4A 1MY3A 1QKBA 3TCGA 1AL3A 2XXXA 2VD2A 3SERA 3MBPA 3MVXA 3H3GA 3G7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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