2IEEA

Crystal structure of yckb_bacsu from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr574.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
TGWEQIKDKGKIVVATSGTLYPTSYHDTDSGSDKLTGYEVEVVREAAKRLGLKVEFKEMGIDGMLTAVNSGQVDAAANDIDVTKDREEKFAFSTPYKYSYGTAIVRKDDLSGIKTLKDLKGKKAAGAATTVYMEVARKYGAKEVIYDNATNEQYLKDVANGRTDVILNDYYLQTLALAAFPDLNITIHPDIKYMPNKQALVMKKSNAALQKKMNEALKEMSKDGSLTKLSKQFFNKADVSKKIDADVQDVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB
publication title Crystal structure of probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB from Bacillus subtilis.
rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA02
2O68A 4MLQA 1NFTA 4R9GA 5EYFA 3SEXA 2Z23A 1QUJA 3MW0A 1EZ9A 3A09A 3KG2A 3TTKA 5IAIA 1N84A 4DLDA 1MY0A 2DE3A 4WKMA 1QKAA 5K2XA 1LAHE 4N07A 2ONKE 1EZOA 1MQGA 4MF3A 4PETA 1UQWA 3TUSA 3KN8A 2HAVA 3E9XA 3IL1B 1GTKA 5M2VA 1B7HA 1TFAA 4LVQA 3F11A 2F5XA 1B5JA 1JQFA 3TMGA 4QSDA 3TDJA 3SEYA 3O97A 2F35A 4NF5B 3O9PA 3FD3A 2ESNA 2PT1A 3MVZA 4QF9A 3PMXA 2LAOA 3TKDA 5JEIA 4KCCA 1USYH 4G4PA 1OIBA 4X1BA 4AB6A 1N7WA 3H06B 3ZKLA 3FUZA 5I57A 1MXUA 1B5HA 1S50A 5KCJB 4KYDA 2DE4A 4OHNA 4U23A 3FZVA 4ECFA 3DP6A 3RY3A 3CI8A 4OZ9A 3OO8A 3FVNA 2OK2A 1MQJA 3S9EA 3FXRA 1SYHA 1M5DA 4BLAA 1MH3A 4NF4B 2Q88A 3OOAA 2GRVA 1MDP1 4NWDA 2QJEA 2F34A 4E0XA 1B1XA 1US5A 4FATA 2ZYMA 3UP9A 4MLVA 1B3GA 1UTHA 1Y3QA 2DWHA 1LBCA 3FGSA 1B0LA 4TQUQ 4O3AA 2H25A 5JK4A 1Z7NE 1OQGA 2I3WA 3PPQA 4YB7A 2ZXTA 5I56A 4I8CA 4BDRA 2PX1A 5I2KB 3W9WA 4O3CA 3UIFA 3MQ9A 2DOJA 4NF8B 4PFTA 3DP8A 3IORA 3UA8A 3SEVA 5CMKA 2Y7WA 5H8NB 2D5WA 1LLSA 1S7YA 3I3VA 5H8QB 5J1DA 2P2AA 1XT8A 3VV5A 4DXUA 3SEUA 2I4BA 1OVTA 3QXMA 1A55A 5DVJA 1FTJA 3VE1B 3LSXA 1O64A 3MZBA 3O66A 1JW5A 3A3UA 2FYIA 3MP1A 2IEEA 3U94A 2QMXA 5JTYA 1OLCA 2X7QA 1WVJA 4F3PA 3JV9A 4RPOA 2E0SA 3RUMA 4JB7A 4KQPA 3C31A 3HN0A 2O7IA 1IEJA 1BKAA 3VXBA 2UVGA 3RTFB 4F22A 3IO6A 1AMFA 5FTHA 4YZZA 2UVJA 1QUIA 3EHUA 3PD8A 4GVOA 4I62A 3TPAA 4H8JA 3H3GA 5DVIA 4ISUA 2I49A 1DTZA 3KSJA 4LZ5A 5H8SA 4NE4A 5AA2A 2B65A 1N76A 2BJJX 3PD9A 4R2FA 2UYFA 2V93A 3O6IA 3IOVA 1OLAA 2DE2A 3Q26A 4KI0E 1B40A 4ZZAA 4ND9A 1ATGA 2ZMBA 4OTEA 1JEVA 1D3KA 2G93A 3N5LA 3SERA 1XVXA 3PPRA 1I6BA 4P11A 3TCFA 2GHBA 4C1UA 4NMYA 2OWSA 1XS5A 1CE2A 4QSCA 3MZ1A 3H7MA 4DDDA 4POWA 3TQLA 3I6VA 3PUVE 4KD5A 4THIA 3V89B 3GLBA 3KSXA 4Q30B 4EUOA 5CMBA 5I57B 3DELB 4QFOA 5L8DA 3MUQA 1EU8A 4OYVA 1DSNA 3G3KA 2PVUA 2XXUA 3K6WA 4U4XA 4G2ZA 3K0VA 3USDA 2XXRA 1H76A 5DEXA 4KFQA 3S4UA 4H0WA 4R9FA 1DOTA 4MFIA 1Z7ME 1MG1A 3Q27A 2I4CA 1NH7A 4YU0A 3ILTB 1OMPA 1NH8A 3ODBA 2VGQA 1UTHB 2WKYA 1MY3A 2AL4A 3LSFB 4ZEBA 5HBCA 1NNPA 1TWYA 1MXVA 4LZ7A 3CIJA 1QJMA 2D21A 3RQTA 5I56B 1LAXA 4HW8A 5AA2D 1BP5A 2GHAA 3UGWA 1NNFA 2A5TA 5AA1A 5FHNA 4GFRA 4LZ8A 3B6TA 4TLMB 2PYYA 1IXHA 2O6AA 2XX8A 3G3IA 5I2KA 3OSQA 2Y7IA 3PMVA 2PT2A 5AA3A 1Y4CA 1O7TA 1UIVA 3KJTA 3K00A 1FTKA 1QULA 3N6TA 2QS4A 1M5BA 1B3LA 2NVUB 5HPQA 3TCHA 3IB0A 4K3FA 1QKBA 2DWJA 1Q35A 2RC8A 1B4ZA 4Q8RA 1URGA 5JTYB 4IO6A 3KOSA 5KZTA 5CI5A 3GZGA 2XXIA 2QRYA 4F31B 3L6GA 2VD2A 3Q25A 3VLUA 1I6QA 4QFPA 3OEMA 2DQVA 4U1ZA 2H99A 2F7CA 2V25A 2HZKA 2Q2AA 3K6XA 1IQ7A 3U8QA 3G3GA 3PUXE 5HM4B 4I9DA 2NOOA 2HZLA 3OELA 4F2QA 3EPEA 1MRPA 2DSFA 3KN7A 4DXBA 4ELPA 3OMBA 5BWJA 1XOCA 3HSTA 3EN3A 2XX9A 1M5CA 3T93B 5AE4A 2QS3A 3RTWB 3S9MC 4HCWA 2O69A 3OXNA 4H5FA 1SVXB 1ANFA 2HXWA 2XX7A 4JWOA 2Q89A 3TCGA 1ZBMA 2Q2CA 1N7XA 5CBSA 4IO5A 3WAFA 2RKMA 2Z22A 3E3KA 3GXAA 1YPNA 3H03A 2CZLA 3D4GA 2X26A 1BIYA 1PB9A 4NF6B 2DWIA 2QS1A 4G8HA 4PE5B 1ZTYA 4XTCQ 4OENA 4OVJA 2REJA 5AA4A 1GV8A 3PV0E 5I59A 1PB7A 2QS2A 3EHSA 4ZECA 3KJ7A 1Y20A 1JNFA 3RT6B 2ANJA 1TXFA 1N3WA 1I6AA 4IO3A 4OXVA 5DEXB 2R9JA 4FJPA 1VE4A 4XKPA 3T22A 3RN8A 3G7WA 3MPLA 1MS7A 1SYIA 3HHGA 2ZYKA 2E1SA 2ALUA 3LR1A 4IO7A 3BFTA 4FECA 3OO6A 4ZEKA 1IZ1A 5K2YA 4G77A 1Y1ZA 3FXQA 3O6GA 1LSTA 3GBAA 3BBRA 3TEPA 3IK6B 5ITPA 3UN6A 3C35A 3HV1A 1JVYA 5F1QA 1GGGA 3V8XB 2A5TB 1EZPA 3OSRA 4YKJA 3PMWA 3ONMA 4JXIA 5DVFA 1Y3NA 1USYE 1MM6A 3IO4A 3U1OA 3VXCA 4R6YA 1ZU0A 3IB1A 4HCYA 4OMBA 4JWYA 4OFJA 3PUYE 4DXCA 5ICTA 4ELRA 3W15C 3IAZA 1A8FA 4ZS9A 3FATA 4U4SA 1BLFA 3OD7A 1MQHA 3L6HA 2XXQA 3RPWA 1H45A 4R75A 3U92A 4YAHX 1WODA 4JBZA 4EF1A 3O29A 3TFLA 1NMUA 4WEDA 3R26A 1PBPA 1MPCA 1H3DA 2V84A 3AXFA 3EHTA 4IY5A 2NUVA 5I58A 4PQJA 1SW4A 4EXLA 3MZ9A 3SKPA 3UK4A 2I0BA 3QK6A 1JW1A 1Y3PA 2Z8DA 3C32A 4PFUA 1AIVA 4KYSA 3VLVA 4EDPA 1HSLA 4LUBA 3FV2A 3RT8A 3S2VA 3TYHA 2Q8JA 1B1HA 5DT6A 1NNTA 1ZLQA 3W9VA 3CG3A 5FHOA 5ICQA 1FTOA 1TFDA 3H6UA 3IJOB 3V83A 4HS7A 4PP0A 1VFEA 1GVCA 1URSA 3GBBA 4KCDA 4XKQA 3K6UA 5B7DA 3RGYA 2NWJA 2REGA 1N04A 4WXJA 5H8FA 1PBQA 1FCKA 4ZZEA 3H6WA 1XVYA 3TTRA 5L9OA 1B58A 3ZS6A 3CSBA 4FEBA 4F39A 3OO9A 4H6DA 5CM6A 1MQDA 3K6VA 2O1LA 1LBBA 3R7XA 5AA4B 4XKRA 3MVYA 1PB8A 2VP1A 1N3XA 4HTGA 4NF6A 5I59B 1LFHA 1A54A 2Y7KA 3B6WA 2HAUA 1XHYA 3D4CA 3VLWA 2XXVA 2XHDA 1B51A 2DYXA 1LAFE 4ZEDA 3TELA 2XD3A 3QIMA 2FA7A 4IO4A 2YLNA 1MXWA 3N6UA 2HQ0A 2CMOA 2F8DA 3CRBA 2V3UA 4ZE9A 3V5AA 1AL3A 4L17A 2RF1A 1P99A 1YTVA 3FV1A 5CRYA 3TAJA 3H6VA 4R74A 1A8EA 2DWAA 1FQDA 3H6TA 4UACA 5H8HB 1B3HA 4R73A 1B52A 4EQBA 4M4GA 3IOUA 3HPIA 4G68B 2AL5A 3EF7A 4X1DA 2UVHA 4N6PA 2XXHA 3K2DA 3N94A 4DE8A 4MH5A 3HHFA 1FQFA 1OVBA 1R9LA 4F1VA 3T9HB 1CB6A 1R1NA 3KOTA 1IUDA 3FJ7A 4JSOA 1M5FA 3FVGA 2RC7A 1LB9A 4QFNA 4JSDA 4LQ5A 4Z7EA 3T66A 4YB6A 1KWHA 1RYOA 4OEVA 1P1NA 1Q1KA 4ESXA 1FQAA 3PUZE 3MBPA 1IIWA 2DVZA 5TPAA 3B7DA 2NXOA 2XXTA 1WDNA 3M3FA 4BDQA 2R6GE 2VHAA 3PPOA 3K01A 4N13A 3ECRA 2THIA 4JDFA 5L9SA 5DTBA 3G3JA 4ONYA 3C36A 4IY6A 4ZDMA 5KDTB 3Q28A 5I58B 1MXYA 4F3GA 3HO7A 3E4RA 1NL5A 3UORA 5FTIA 2F6PA 4U21A 3S9LC 2AYSA 1SI1A 4P0GA 4EF2A 4X48A 4PFWA 3QAXA 5IKBA 4OQOA 1QUKA 4IGRA 1MY1A 3C34A 1PEBA 4QHQA 1Y1MA 4FORA 3IOTA 4RA1A 3S9NC 1P1UA 2I0CA 2I58A 3MVWA 5CC2A 4RPNA 4BDMA 4GL0A 4ESWA 2V3TA 4FAJA 2ZYNA 1A40A 2O7UA 5H8FB 4GF8A 4GXSB 2Q9TA 4GD5A 5F7VA 1LAGE 5L9MA 4F18A 4GRKA 3RLFE 2XXWA 2OWTA 1QW0A 1Y4TA 1RYXA 1VR5A 1DPEA 2R71A 4F3SA 3KGCA 2ZNTA 1I69A 4KYEA 3SESA 3MC2A 4QFKA 4NWCA 4WEPA 3U72A 1IXIA 3LSLA 1B2HA 3C4MA 3TTMA 2DXYA 1B46A 4F3BA 4XXUA 1XC1A 1A99A 1VSOA 4TOZA 1D9VA 4EQ9A 1FQBA 1OQHA 2O84X 5BUUA 3K1PA 1SI0A 2ABHA 3M3KA 1UIUA 4Q0CA 5CBRA 1POY1 2ONSA 2PBWA 3IB2A 1FW0A 1YCJA 4U1OA 3C33A 4LA9A 3FJMA 1B9JA 3K4UA 4ZEIA 2F7BA 3G3HA 3PUWE 4H1XA 1QVSA 1RKMA 2QSXA 4QRZA 3JZJA 2X7PA 2RCBA 3K1NA 2OZZA 1SDXA 4AQ4A 5H8HA 2Z8FA 4FEDA 2P1SA 4G68A 2RC9A 3MVXA 4F29A 4YB5A 1URDA 2YPNA 3BFUA 1FTLA 5DYHA 2UYEA 4R6KA 1D4NA 1R9QA 1S9TA 4GOTA 1UTBB 4XIGQ 4EXKA 4RYAA 3SDFA 2DVCA 4R2BA 3VVDA 4DIGA 1O63A 1B4HA 1VFDA 3QUFA 1JETA 2F36A 2OLBA 5I84A 1MM7A 5ISUA 1JVXA 4U22A 3OO7A 1AOVA 2I3VA 2Y7RA 4OFOA 2DXRA 2H4IA 4FIMA 4ZEFA 4Q5TA 1LB8A 3TTNA 1DMBA 1LCTA 4EQ7A 3KN3A 4YICA 1NKXA 4AB5A 4YKKA 1YAEA 5TPAB 4Z0IA 5A5XA 3BKIB 1II5A 3QYTA 2GFEA 4DCYA 1DTGA 1T0KA 3P7IA 2F6GA 4RXLA 1MH4A 3M3LA 3PGFA 2XD2A 5EHSA 3WAEA 2AIXA 4NEDA 4XKNA 5CMMA 3A3CA 4LP2B 4O3BA 4UA8A 2B3FA 2VD3A 3K02A 2H98A 2PMSA 3KBRA 3VDFA 1NNKA 1SQYA 2P0SA 4YKPA 4DZ1A 3JYRA 1MY4A 2OCUA 5TP9A 5KDTA 4GWOA 2O1MA 4TLLB 3C9HA 1L5TA 3CVGA 1EH3A 1ZMGA 3K1MA 4KHZE 2HCAA 1M5EA 3N26A 5CMCA 5FHMA 3FASA 4F19A 2UXAA 3IJXB 3QUJA 1IITA 1HSEA 4GLIA 3EQ1A 5I2NB 4IB2A 1D9YA 2XXPA 3HCQA 4BDNA 2RINA 4POXA 2QMWA 3T96B 1B6HA 3FVKA 3MAMA 3OENA 5ELVA 1PC3A 4OERA 1MPDA 4C1TA 3CFZA 4OEUA 2QPQA 3R6UA 2D3IA 1TT1A 1SW1A 4DCXA 4PFYA 1B7UA 4LQ2A 1H43A 3QSLA 4E0WA 3LUYA 1A7LA 2HFBA 3IOWA 4YKIA 1HSJA 3TTLA 1MXZA 3IX1A 2B3BA 4OWDA 3ILUB 3ZKKA 4F1YA 2DP8A 1JEUA 2G29A 2VOZA 4YMBA 1SW5A 4LONB 4H65A 3M8UA 4R6HA 3SETA 5B70A 3MP6A 2Z8EA 3O28A 1B32A 1ELJA 2OBGA 4QFLA 3PPPA 2UVIA 4RK9A 2H9BA 4IGTA 3KFMA 1LCFA 2F7AA 3VVFA 3LC8A 4ELQA 1SD3A 2Y84A 3FXUA 4NF5A 2F97A 4YMAA 1US4A 4LATA 4G8MA 4FE8A 3CR9A 2ZYOA 3PPNA 2XXYA 4RJZA 3RNNA 3TZAA 1B05A 3MJNA 2Y7PA 3H4ZA 1ZJLA 3O6HA 1JW4A 1R6ZA 1IXCA 2HEUA 4OFLA 4R72A 3TODA 1B5IA 1P1QA 5KCJA 4H67A 4ZE8A 4RK2A 1B7ZA 3ZSFA 5ITOA 3O2AA 4C0RA 4IO2A 1AH5A 4QSEA 4RNSA 3THIA 4OESA 1F9BA 1P1WA 2W7YA 1LFGA 1N0TA 4NTLA 4KPTA 1DPPA 1UTBA 4NF4A 4P0IA 2YJPA 1POTA 1PDAA 3TQWA 3T9UA 1B0HA 4G8NA 1BTJA 1Y9UA 2ZNUA 4F2OA 5EHMA 3LSWA 1IXGA 5A5XB 4I1DA 4X9TA 1B3EA 4M1VA 2A5SA 2V3QA 3Q29A 2RCAA 3FJGA 3KZGA 3CFXA 2H5YA 2O51A 3G3FA 4KR5A 4NF8A 3DM0A 3FVOA 2ZNSA 2KLFA 1SW2A 3FIRA 5H8NA 1B3FA 5H8QA 2I48A 5LOMA 5TP9B 1MY2A 3CG1A 2IA4A 4H5GA 4ELOA 3CSGA 1FQEA 1ZKBA 4BDLA 4MBPA 4G68C 4U2RA 4OETA 3VVEA 1J1NA 4BDOA 3T9VA 1P1OA 2FNCA 2OJTA 4GIZA 3OEKA 4F1UA 2ONRA 3MWBA 3I5OA 3KEIA 1ZIUA 1LFIA 4H8IA 3DLNA 1LGBC 1MPBA 1MDQA 3SEWA 4GL8A 3LBSA 2DS9A 2M8CA 1FTMA 3T9XB 1MXXA 3VFJA 2GH9A 3CFLA 1H44A 3B6QA 3U93A 5TU0A 3PU5A 5I2NA 2I6EA 4JWXA 1SBPA 5AA2B 2QL3A 4GQOA 4GXAA 3MP8A 3DP4A 2XXXA 4RY1A 3IR1A 1GR2A 3E13X 1FQCA 3MPKA 1MQIA 2F78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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