2IEEA

Crystal structure of yckb_bacsu from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr574.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
TGWEQIKDKGKIVVATSGTLYPTSYHDTDSGSDKLTGYEVEVVREAAKRLGLKVEFKEMGIDGMLTAVNSGQVDAAANDIDVTKDREEKFAFSTPYKYSYGTAIVRKDDLSGIKTLKDLKGKKAAGAATTVYMEVARKYGAKEVIYDNATNEQYLKDVANGRTDVILNDYYLQTLALAAFPDLNITIHPDIKYMPNKQALVMKKSNAALQKKMNEALKEMSKDGSLTKLSKQFFNKADVSKKIDADVQDVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB
publication title Crystal structure of probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB from Bacillus subtilis.
rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA02
3K01A 1OLCA 3LC8A 2UVIA 3V89B 3CIJA 4WEPA 2H5YA 3VVEA 1B7UA 5M2VA 3VXBA 4NF6A 3TDJA 2F36A 4X48A 2VHAA 5CMKA 2O7UA 2RKMA 4YB5A 3RT8A 1Y1MA 1SBPA 4I1DA 3PPQA 4N13A 2A5TB 2E1SA 3G3GA 3GXAA 4DLDA 2ZNUA 4O3CA 4RXLA 2Q88A 4O3BA 4U2RA 2DE3A 4F3GA 3C34A 1AIVA 1Y3NA 3HHFA 3H06B 3H7MA 2PMSA 3H03A 3MVWA 1I69A 1II5A 2RF1A 2V25A 1OIBA 4QSDA 1QJMA 4TLLB 3TTRA 3TTNA 1IUDA 2RC9A 3PPPA 5I58B 1MQHA 4EXLA 2XX9A 3N5LA 4NF8B 2XXUA 3HV1A 1PC3A 4OFLA 5B7DA 5KZTA 1B3LA 1NL5A 3IO6A 1ZMGA 3CFLA 4IO2A 3V5AA 5H8NA 3RT6B 4ZEFA 3U94A 4AB5A 3D4GA 2FNCA 3IOWA 4MH5A 3O6IA 3MPLA 4FEBA 2REJA 2I58A 4I62A 1Y1ZA 3MJNA 4F39A 3I6VA 2F7BA 3S9NC 4TQUQ 1MH4A 4ECFA 3C9HA 4OVJA 1DPPA 2I4CA 1XT8A 3U1OA 1MDQA 3UN6A 3O6GA 2RC7A 1TWYA 2AIXA 4H8JA 3VVDA 3QAXA 3VFJA 1IXIA 5CC2A 3LBSA 2ZYKA 4GRKA 2DWAA 3RY3A 3FJGA 1R1NA 3KJTA 4OQOA 1WODA 3M8UA 4G4PA 3ECRA 2QS1A 5TP9B 3C4MA 1PB7A 2QS3A 2DXYA 4XTCQ 2IEEA 2IA4A 3LSXA 3FXRA 1RYXA 4OXVA 4ZEDA 2XXHA 4MBPA 3UIFA 2GRVA 1DTZA 1SDXA 2PT2A 4OEUA 1FTKA 1BIYA 4IO4A 4F29A 1P1OA 4F1VA 1Y3PA 3P7IA 5JEIA 1OQHA 1BP5A 1BTJA 3FV1A 3GLBA 1USYE 3E9XA 3A3UA 5I59B 2HAUA 1HSJA 2A5TA 2ANJA 1YPNA 3S9EA 3CR9A 3TCHA 1R6ZA 5K2YA 1UIUA 5L9MA 1IZ1A 5EYFA 3FGSA 1FTJA 4JDFA 3UP9A 3H6VA 2WKYA 3B6TA 2P1SA 1N3XA 2XXIA 5AA2B 4QRZA 1Y3QA 2DWIA 1NH7A 3DP4A 1NH8A 4IGRA 3SESA 3QSLA 2I6EA 1IXGA 5I58A 2GHAA 4NF8A 5CRYA 1JVXA 2ONSA 3FJMA 5ISUA 1D4NA 4H8IA 3KEIA 4G8NA 1MXVA 2M8CA 2HQ0A 5FTIA 4PFYA 1B9JA 5A5XB 3IOTA 4G68A 4LZ8A 5L8DA 2AYSA 4AQ4A 1QW0A 1US5A 4FJPA 3PPOA 3ODBA 4OTEA 4WKMA 4OZ9A 4MF3A 5I2NA 2R9JA 3CFZA 4PFWA 1MXZA 3RPWA 5HBCA 3C33A 2F35A 4ZEKA 4KCCA 1URDA 3IJOB 3CG1A 1JW4A 3PU5A 2F6GA 2PYYA 3QUFA 3VXCA 4M1VA 4THIA 1POTA 2DWHA 3VVFA 2AL5A 1M5DA 3VLUA 2QRYA 3HN0A 4Z0IA 1NNPA 4KQPA 5H8FB 4U4SA 2O68A 3KFMA 1D3KA 1MPCA 2HZKA 2E0SA 3VLWA 2O1LA 4Q8RA 1B3HA 5TP9A 2V3UA 3TAJA 4JWYA 5DVIA 4G77A 4DIGA 3ZKKA 4IO7A 3N6TA 2ZYMA 2QPQA 3O6HA 3K6UA 3DLNA 4RK2A 3I3VA 2HFBA 2XHDA 1FQFA 4NF6B 3OO7A 4IY5A 3SEWA 3KN8A 3Q25A 2OK2A 3K02A 4FEDA 4RPNA 1A99A 3G3HA 1ZLQA 2QL3A 1QKBA 1OQGA 4OMBA 4ELOA 4FE8A 2W7YA 1LFIA 4IO3A 3PD9A 3PUVE 3MBPA 1FCKA 2GFEA 1FTOA 3K1MA 3PPRA 3KG2A 5EHSA 2F78A 5I59A 5ITPA 3CG3A 1JETA 3U8QA 5BUUA 4ZDMA 4X9TA 1SYIA 1NNKA 3TQLA 1FQCA 3S4UA 2XXXA 3ZKLA 2PVUA 2UVHA 2RINA 4LQ5A 3K1PA 3BFTA 1IEJA 2RCBA 1B2HA 4KPTA 2UVJA 3QIMA 3H6UA 1P99A 2I0BA 2G29A 2ONRA 4NTLA 4GL8A 3L6HA 1ZU0A 4U21A 3OO8A 2NXOA 1CB6A 5A5XA 2HXWA 2Y84A 2DWJA 1N04A 3MQ9A 1OLAA 3TELA 3S9MC 1ELJA 3SERA 2CZLA 3T93B 4K3FA 1LFGA 3EN3A 2O51A 2HEUA 3LSFB 3PMVA 3TTMA 1XHYA 3T9UA 2I3VA 1O63A 2NUVA 5I56B 3O97A 1JEUA 1JQFA 1IXHA 3SDFA 5CMCA 1ANFA 3MAMA 4LZ7A 4OWDA 3R7XA 4GXAA 3C31A 4ELQA 4BDLA 4GD5A 3IB1A 3PPNA 5F7VA 1MY3A 3S9LC 1PB8A 3UA8A 4U23A 4GL0A 2ZYNA 2Q8JA 2P2AA 4FIMA 2Q9TA 4OYVA 4OESA 2FYIA 3FATA 3LSLA 1A55A 1Y9UA 5JTYB 1LCFA 3IO4A 1Z7NE 5ITOA 3G3IA 1KWHA 1FQBA 2F5XA 2F7CA 2CMOA 4R2FA 4BDNA 3KN3A 1UTHB 3MP8A 4O3AA 5B70A 3HSTA 4YB7A 3H3GA 1B58A 3C35A 4YB6A 3CI8A 1JEVA 1QULA 1MQGA 3Q28A 4OFOA 1Z7ME 1NMUA 2V3QA 4FATA 3FXUA 3RQTA 3O66A 1B3EA 1LCTA 4QFPA 2QMWA 4KYSA 2V3TA 4ELPA 1MQIA 4H0WA 4NF4B 1O7TA 4FECA 3EHTA 4YICA 4ND9A 3HPIA 3RGYA 1Y4TA 2P0SA 4BDOA 2O69A 2OZZA 1DSNA 1SW2A 2F8DA 3TFLA 1S9TA 1MDP1 3ONMA 4H65A 3H4ZA 3T9VA 4C0RA 3FXQA 3K4UA 1NFTA 2ZXTA 2DYXA 3SEXA 1Y20A 2PT1A 3TUSA 1I6AA 4G68B 3BFUA 5FTHA 2DE2A 2I48A 3LR1A 3T9HB 3R26A 1LFHA 4YAHX 4YMAA 1P1WA 3KGCA 5K2XA 5I2NB 3MUQA 1B46A 1USYH 2H25A 3IJXB 4P0IA 1ZTYA 2DP8A 3EHUA 4X1BA 3Q27A 4G8HA 5DEXB 3AXFA 1N3WA 4P11A 1F9BA 3PMWA 3N26A 2DVCA 3IB2A 2XXQA 4EQBA 2ZNSA 4U1OA 4LQ2A 1MXUA 1H76A 1M5CA 5I56A 4ELRA 4F2QA 2VD3A 4PETA 3WAFA 4G68C 4ZS9A 3N6UA 3K6WA 3FVNA 4UACA 1XS5A 3SETA 4OHNA 1YTVA 2Y7KA 1MH3A 4GQOA 4EDPA 1SVXB 2F6PA 3TTKA 1B05A 1EH3A 5HPQA 3TEPA 1XVYA 1US4A 4EUOA 3MWBA 1TXFA 5JTYA 5IKBA 2I4BA 3GBAA 3OELA 3VLVA 3KSJA 2V93A 3GZGA 1B52A 3Q26A 3BBRA 1UTHA 3MC2A 4OEVA 2NWJA 2R6GE 1RYOA 4NE4A 2XXRA 5AE4A 2H99A 4QFLA 1PB9A 3QXMA 4YKIA 1B4ZA 1SW1A 2YLNA 3KZGA 4NF5A 5JK4A 3V83A 4DXCA 4NF4A 1RKMA 4Q30B 1VR5A 1LBBA 3IOVA 1B6HA 3O9PA 1LSTA 4Q5TA 1PEBA 4XKNA 4KI0E 1MQDA 3IAZA 1IITA 3B7DA 3UGWA 3FJ7A 1LB9A 4KR5A 1NNTA 5CBSA 5CI5A 4R73A 1IXCA 1P1QA 2A5SA 2HAVA 4XXUA 4DZ1A 5J1DA 2YPNA 2Q2CA 1FQEA 2Y7WA 4JXIA 1MXWA 4LA9A 4RNSA 3IORA 2O7IA 3IK6B 4F1YA 3KBRA 4QFOA 3JZJA 5DEXA 3LSWA 5ICTA 5IAIA 4EXKA 4IB2A 4I8CA 2OLBA 3MPKA 4RY1A 3TODA 4X1DA 3OEKA 4F3BA 1I6BA 4EQ9A 4C1UA 2VP1A 4H6DA 2XD3A 3N94A 5DVJA 4R9GA 3FVKA 3T66A 3QYTA 4R6HA 1LAXA 3DM0A 2ESNA 4F3PA 3H6WA 4QFKA 1B40A 4I9DA 3O28A 3RTFB 4YKKA 3KN7A 3MP6A 5I84A 4KFQA 1R9QA 2Z8EA 3K1NA 4MLVA 4JSOA 4IO5A 3TKDA 4TLMB 1MS7A 1QUIA 2H9BA 5H8QB 5L9SA 1EZOA 3MW0A 1QUJA 3CRBA 1SI1A 4R75A 1A8EA 2G93A 3CFXA 1B7ZA 3OSRA 2XD2A 2I49A 3SKPA 3MVZA 3QK6A 4KHZE 2ABHA 4FORA 4H1XA 4H5FA 1HSEA 3OEMA 1J1NA 2DSFA 2Y7IA 1B0HA 1A8FA 1WDNA 1O64A 4HCWA 4RJZA 1MY0A 1B1HA 5I57B 1OMPA 1EZ9A 2OCUA 1XOCA 4XKQA 1N76A 3C36A 5H8SA 2X7PA 4PP0A 3O2AA 1UTBA 5AA4A 1H43A 1FQAA 2V84A 1QVSA 1B5IA 2YJPA 3K00A 3OOAA 1DTGA 3IOUA 3EHSA 5ELVA 1B1XA 4H5GA 4RYAA 4DXBA 4R6KA 4ISUA 2F7AA 2Z8FA 4M4GA 3W9VA 1NKXA 3T9XB 4E0WA 1UQWA 3MVXA 3G3JA 3FIRA 1LAGE 3E13X 3ZS6A 5KDTA 4R6YA 3SEVA 1M5BA 1A7LA 4RA1A 4GWOA 5I2KB 3O29A 3M3FA 4XKPA 2BJJX 2HZLA 3FD3A 1JVYA 1TFAA 4LZ5A 1MXXA 4QHQA 2B65A 2O1MA 1URGA 1LGBC 2AL4A 3GBBA 3SEYA 1JW5A 3FVOA 3OMBA 3A09A 1AH5A 3BKIB 4KCDA 4ZEBA 2X26A 4ZZAA 5TPAA 1DOTA 2B3BA 3H6TA 2GH9A 3RTWB 3U72A 1JW1A 1B7HA 1SD3A 1TFDA 1LLSA 2RCAA 1GVCA 5ICQA 4JWOA 3EQ1A 4EF1A 1FW0A 4WEDA 3UK4A 3IX1A 4F31B 5AA2D 3JV9A 1BLFA 2XXPA 4MFIA 2O84X 1LAHE 3MVYA 5H8QA 4ESXA 1MPDA 2PBWA 3ILUB 4NF5B 3RNNA 4ZEIA 5DTBA 1UIVA 4ZE9A 4OETA 1AOVA 1SQYA 4JSDA 3G7WA 2XX7A 2REGA 5HM4B 1R9LA 4Z7EA 3KOTA 4WXJA 4FAJA 3L6GA 3VV5A 3F11A 1B5JA 2XX8A 2DXRA 3A3CA 3IB0A 4KD5A 4F2OA 3QUJA 5I57A 1MPBA 4POWA 1M5FA 2THIA 4BLAA 2Z8DA 5BWJA 1MXYA 1H44A 4F19A 4PQJA 2XXTA 4HS7A 3CVGA 3OO6A 4XIGQ 2PX1A 3DP6A 2DVZA 2HCAA 2DE4A 1EU8A 2GHBA 4GLIA 1SW5A 3CSBA 3EF7A 4F22A 3E3KA 1OVTA 3DP8A 1IQ7A 4ZE8A 1MY1A 1ZKBA 4KYEA 1B3FA 3C32A 4QFNA 5FHOA 1FQDA 1YCJA 2F97A 5I2KA 4Q0CA 3W15C 4PE5B 3K2DA 1SW4A 3U93A 2VGQA 1GGGA 3FVGA 4LVQA 1LBCA 3PUXE 3KJ7A 1SYHA 1S50A 3S2VA 3MZBA 2QS4A 2UYFA 3PUZE 4MLQA 4DCYA 5H8HB 2QSXA 4POXA 1B51A 2OWSA 3HHGA 3EPEA 2DS9A 2B3FA 3VDFA 1FTLA 4GOTA 4DE8A 1LB8A 4PFUA 3RLFE 3OXNA 1TT1A 4BDRA 2QS2A 2LAOA 2OWTA 5AA3A 3I5OA 3FV2A 3OENA 2I0CA 1GTKA 1PDAA 1MY2A 4YMBA 4JB7A 2XXVA 4GXSB 4LATA 5TU0A 4AB6A 2Y7RA 2ZMBA 3UORA 4BDMA 4LUBA 2I3WA 2D3IA 4YKPA 4N6PA 1Q35A 4G8MA 5CM6A 1QKAA 1ZJLA 5KCJB 3Q29A 4U22A 4BDQA 1ZBMA 2UYEA 1PBQA 4KYDA 3OSQA 1UTBB 5AA4B 3FUZA 4RK9A 4XKRA 4JBZA 3PGFA 4UA8A 3K6XA 4R74A 4NEDA 4YZZA 3USDA 3D4CA 2ZNTA 3G3KA 4F1UA 4E0XA 3KOSA 4R2BA 3R6UA 4TOZA 1N7WA 2VD2A 1D9VA 3W9WA 3JYRA 4G2ZA 4N07A 4GVOA 4U1ZA 1VE4A 4F3SA 2RC8A 4YU0A 4DCXA 1Y4CA 1CE2A 3THIA 4HTGA 4OERA 1T0KA 3ILTB 3IL1B 5DT6A 3WAEA 1VFDA 4EF2A 3OO9A 5KDTB 1HSLA 3E4RA 1Q1KA 2Q2AA 4IGTA 1H45A 3SEUA 1H3DA 2ZYOA 4L17A 3TCFA 2D21A 5FHNA 1XC1A 1JNFA 1MY4A 2NVUB 3G3FA 1SI0A 4EQ7A 3M3LA 3B6QA 5TPAB 4GF8A 3PUWE 4OFJA 1VSOA 2R71A 2OJTA 2Q89A 5CMMA 1P1UA 1I6QA 4RPOA 4ZECA 1A40A 2OBGA 4PFTA 5FHMA 1S7YA 3ZSFA 5H8HA 4JWXA 2NOOA 1OVBA 2X7QA 4QF9A 4LP2B 1WVJA 4DXUA 1DMBA 3RUMA 3PMXA 2Z22A 4QSCA 5LOMA 3TQWA 1N0TA 4HCYA 1B0LA 3U92A 5L9OA 4R9FA 4LONB 4IY6A 3TCGA 2UXAA 2Y7PA 4OENA 3VE1B 3DELB 1B5HA 1GR2A 2H98A 3TYHA 3MZ1A 1GV8A 3RN8A 1YAEA 4DDDA 2ALUA 4GFRA 5EHMA 2VOZA 3T22A 2XXWA 2QMXA 3B6WA 4C1TA 1NNFA 5KCJA 1MQJA 3K6VA 4NWCA 3FZVA 2QJEA 1B3GA 4IO6A 2O6AA 1B32A 3K0VA 1DPEA 4ZZEA 1MRPA 4R72A 3TTLA 5AA1A 5AA2A 1FTMA 3MP1A 1VFEA 5DVFA 2Z23A 2F34A 2KLFA 3PUYE 4F18A 2H4IA 3V8XB 2DOJA 4ONYA 2DQVA 3HO7A 1B4HA 4P0GA 1POY1 3TZAA 1L5TA 4ESWA 5H8NB 3HCQA 1LAFE 3KSXA 4HW8A 1EZPA 4GIZA 1QUKA 4NWDA 1AL3A 3PD8A 5F1QA 1MM7A 2UVGA 1BKAA 1XVXA 2XXYA 1IIWA 2D5WA 1D9YA 3M3KA 4NMYA 3IR1A 5DYHA 3PV0E 4U4XA 3FASA 1P1NA 3LUYA 4YKJA 1ATGA 2ONKE 1MG1A 1AMFA 1M5EA 3OD7A 3TPAA 1ZIUA 3MZ9A 3CSGA 2FA7A 1A54A 3TMGA 1PBPA 3T96B 5CMBA 1URSA 5H8FA 5CBRA 4H67A 1MM6A 1N84A 1N7XA 4QSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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