3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
2QS2A 3E4RA 5AA1A 4EXLA 4QFNA 3MZ1A 3I6VA 1B32A 3MAMA 4R74A 4Z0IA 2A5SA 3H6VA 1B3LA 2H98A 2B65A 2E0SA 1XOCA 3M3KA 3GZGA 1IQ7A 1MRPA 4HCYA 4N6PA 2QS4A 4JWOA 3SKPA 2XXRA 3EHTA 1KWHA 3G3HA 3OENA 5CBSA 4QFOA 4U2RA 3SEVA 3TDJA 1NL5A 5BUUA 5H8HA 1A7LA 4ZZEA 5A5XA 3TODA 3B6QA 1OQGA 3GBAA 4MLVA 3Q29A 1B6HA 3O28A 5H8FB 3EHUA 2HZKA 4F18A 5EHSA 3TTLA 3S2VA 3PMVA 1AIVA 4IO7A 4X1BA 1LB9A 1IXIA 1FTOA 1VR5A 4FEDA 4R9GA 5AA4B 1R1NA 2QRYA 3O9PA 3OO9A 2NWJA 2IEEA 1A99A 1Y9UA 3LBSA 2OLBA 3S4UA 4BDRA 3TELA 5I2NA 3I3VA 2XXPA 1MY2A 3ILUB 2HXWA 4ZEDA 1IUDA 4OFLA 3K6UA 5K2YA 4QRZA 3MUQA 3TFLA 3A3CA 1QKBA 5I58B 4RNSA 4OMBA 5L8DA 1P1UA 4JSOA 3QUJA 3OMBA 4WKMA 1PEBA 1H76A 4F31B 4U1ZA 4OFJA 1MQIA 3RNNA 5JK4A 3F11A 2FA7A 4R73A 4X48A 1PB8A 3DM0A 5JTYB 4G68C 5L9MA 5AA2A 3LSFB 4DXUA 3KJTA 5EYFA 1Y4TA 3T22A 1B05A 4FIMA 1O7TA 2F78A 2O1LA 3FASA 3N26A 4NF8B 4Q8RA 3IORA 2E1SA 4F29A 2O7UA 4GXAA 3JYRA 2ZYOA 2H5YA 3JZJA 4RPNA 3S9MC 1EZPA 1SD3A 4THIA 3RQTA 1B9JA 2PYYA 1UTHA 2V3TA 3LSXA 3FIRA 4P0GA 1NNKA 2V3UA 3CI8A 3QIMA 2DXRA 5ELVA 4QFKA 1LAFE 1USYH 3C35A 1JW4A 2VGQA 3CG1A 4LA9A 1GGGA 1TT1A 1FCKA 4F1YA 4G2ZA 3T9UA 1PB9A 3C33A 2REJA 2XD2A 3LR1A 4YB7A 4QF9A 2G29A 2RC8A 1XHYA 2LAOA 3E9XA 3HHFA 2XHDA 3EHSA 1URGA 1LFIA 4LZ5A 4ELQA 1ZU0A 4FAJA 2H99A 3PD9A 3I5OA 4F2OA 1HSJA 1Y3NA 5H8HB 1JEVA 2QSXA 2DQVA 5CMMA 5AA3A 5A5XB 2F6GA 1FQBA 3LSWA 1TXFA 4NF5A 4OTEA 4OVJA 3C32A 3OEMA 4NF6A 5M2VA 3UN6A 4F3PA 2PX1A 2CZLA 2XXTA 3RY3A 4TQUQ 3RT6B 1O64A 4JDFA 5DT6A 4AQ4A 3L6GA 1M5CA 3SEXA 1D9YA 3RPWA 4G8HA 1N3WA 1N04A 4KYDA 2KLFA 3TMGA 4TLLB 3MZ9A 2XXYA 5ITOA 5FHNA 4DLDA 1SI0A 1BLFA 4U4XA 1QKAA 3IL1B 3S9LC 1LSTA 3TTRA 4R72A 4M1VA 3UORA 1N0TA 2UYFA 1QULA 3W9VA 1LCFA 3K1NA 2DXYA 3SEWA 3PV0E 3TQWA 2ZMBA 3FUZA 2OZZA 1MY1A 3VLVA 1IXGA 4YB5A 1R9LA 3MPKA 5CMBA 4PQJA 1PBQA 5FTIA 1LFHA 1F9BA 1PDAA 1WODA 4PP0A 4NMYA 5AA4A 3PPNA 4KCDA 4UA8A 1Y1MA 1ZJLA 2B3BA 1WVJA 5I57A 1NH8A 4KI0E 4EQ7A 5ISUA 2DOJA 4ZE8A 4XKQA 2ZXTA 4K3FA 5AA2B 3VDFA 4F1VA 2I6EA 5CM6A 2VP1A 4GVOA 2AL4A 3O29A 3IOWA 2UVJA 2PVUA 4RK9A 3KOTA 1H44A 1JQFA 2Q88A 3IK6B 3U92A 2I3WA 1B7HA 3OSRA 3FXQA 4H1XA 1ZMGA 3K0VA 3KGCA 4DCYA 1SW1A 4OZ9A 1UTHB 1UQWA 2M8CA 3SDFA 3O97A 1JEUA 1MPCA 2ZYNA 1VFEA 5FHMA 1DSNA 3SERA 4ZEIA 4YB6A 2UVGA 1B51A 5CBRA 1A8FA 2XXQA 1FTJA 5L9SA 4ECFA 1MXUA 2R71A 1ZBMA 1GR2A 3PMXA 3E13X 3WAEA 1FW0A 2HAVA 4OESA 3UGWA 1GVCA 2XXIA 2ZNSA 5BWJA 4JWYA 3U72A 2P0SA 2A5TB 4EUOA 1LBBA 5KZTA 4U23A 3RTWB 1B52A 4H67A 3KN7A 4POWA 3KFMA 1MY0A 3IB0A 1D4NA 3KEIA 1GV8A 1GTKA 3CG3A 1US4A 2DWHA 5HPQA 3K2DA 1LAHE 1II5A 5DVFA 2Z8EA 4LUBA 2ESNA 2X7PA 1OLAA 3KBRA 5DEXA 2HFBA 3V83A 3MZBA 2O1MA 2V3QA 4DZ1A 4WXJA 2FYIA 1QW0A 1B0LA 4JB7A 2NVUB 4N13A 4NF5B 4ZDMA 3JV9A 4NF6B 3C9HA 2H25A 3H7MA 4I9DA 3FD3A 1LLSA 2Z22A 3OXNA 2VD3A 2XXWA 3EPEA 1B5IA 3K6XA 3R7XA 3B7DA 4WEPA 3BKIB 3IOTA 3PGFA 1B5JA 3C36A 1LAGE 1YPNA 4R2BA 4ZEFA 3TYHA 5AE4A 1AL3A 5K2XA 4O3AA 3N94A 3VV5A 5IKBA 1MXYA 2F7CA 4R6KA 3P7IA 1QUKA 4ND9A 2ZYKA 4U21A 5KDTA 1SW2A 3CSBA 2I0CA 2QMWA 4G68A 1B5HA 1B3HA 2F5XA 4OETA 5TP9A 1B1XA 1B4HA 4XKNA 3O2AA 1Q1KA 3H4ZA 1DOTA 2QL3A 1XVXA 1A8EA 3IB1A 3UA8A 4BDQA 3USDA 5I57B 1EZOA 3H6UA 1BIYA 3TPAA 5I84A 4FJPA 4AB6A 1HSLA 4IO4A 4DXBA 3OO7A 5CC2A 3VLUA 1BTJA 5CMCA 1JNFA 3B6WA 4QHQA 1MH4A 4GIZA 3G7WA 3SEYA 3W9WA 3Q27A 1BKAA 2H4IA 4OXVA 2YLNA 3DP8A 4IO5A 3T66A 2ONSA 1B58A 3FV1A 3L6HA 2Q2AA 3M3FA 1ELJA 3IAZA 4LQ2A 1JETA 4F3BA 2YPNA 1Y1ZA 1LB8A 2RC7A 2DE3A 1FQFA 1TFDA 2Y7KA 4YKPA 4XIGQ 4FE8A 1RKMA 4LQ5A 3SESA 1MG1A 4FORA 3VFJA 2XX8A 4JSDA 3MC2A 4GLIA 4KHZE 4Q5TA 4BDMA 1TFAA 3ZKLA 1UTBA 5FHOA 4GFRA 3WAFA 4NWDA 3D4GA 1B7UA 1R9QA 1N3XA 2RCAA 2Y7IA 4OEUA 1M5DA 4GWOA 4ELOA 1XVYA 1QUIA 1MY3A 5DEXB 1D3KA 5JEIA 5F1QA 1VFDA 4EQBA 2D21A 4AB5A 4C1TA 1MS7A 2ZNUA 2DE2A 3OEKA 3T9VA 1I69A 2A5TA 2FNCA 4RA1A 4BDLA 3VXBA 4F1UA 1H43A 1XS5A 4QSEA 3CFXA 1P1QA 4NE4A 1XT8A 4IB2A 2RC9A 1S9TA 3KN8A 1PC3A 3FVOA 4G8NA 2D3IA 2CMOA 1SYIA 3MPLA 3PUYE 1NNPA 3TAJA 1N84A 5ICQA 4PFYA 5HBCA 2DE4A 2PT2A 1IITA 2XXVA 2DWIA 1NKXA 5I56A 4IO6A 3T9HB 1LFGA 3D4CA 4PE5B 4PETA 3QXMA 4QSDA 4R2FA 3FJGA 3BFTA 4PFUA 3RT8A 5KDTB 3E3KA 2DVZA 2O84X 1LBCA 2DP8A 4F3SA 4G68B 3KSXA 4NTLA 2Q2CA 2Z8DA 3HO7A 2OCUA 5TP9B 3M8UA 4EXKA 2XXXA 4NWCA 1O63A 4LZ8A 3BBRA 1MQDA 3IO6A 1ATGA 1TWYA 5J1DA 4OFOA 3A3UA 3TUSA 4H6DA 1XC1A 4F3GA 1US5A 1BP5A 1MXVA 2QS1A 2OWSA 3A09A 2PBWA 1OQHA 4HTGA 1VSOA 1N7XA 3KSJA 3LC8A 3W15C 1YCJA 3OO6A 3Q28A 1I6AA 5DVIA 4H5GA 4UACA 2G93A 1AMFA 4GL8A 4R75A 2THIA 4U22A 3H6TA 1LAXA 3U94A 3OSQA 2F6PA 4I62A 4E0XA 3PUVE 4H0WA 4RPOA 4FEBA 2HZLA 3FXRA 4DE8A 2P1SA 1B0HA 4FECA 2I49A 1OMPA 3FGSA 3SETA 1FTKA 2HAUA 3CRBA 4YKIA 3VVEA 3U1OA 4H65A 2X26A 1MPBA 2F35A 4KYEA 4C1UA 3MP8A 4GL0A 3TZAA 3RLFE 5F7VA 1OLCA 5ICTA 5B70A 3TTNA 3TTMA 1UTBB 2HCAA 3OELA 3IJXB 1QJMA 4EF1A 4BDOA 4BLAA 4Z7EA 3FZVA 3CR9A 1DPEA 4P11A 1IZ1A 1USYE 2B3FA 1R6ZA 1ZTYA 1DTZA 1L5TA 4Q0CA 1DMBA 1URDA 1S7YA 2R9JA 2DWAA 3IB2A 1VE4A 1N76A 2PT1A 2F36A 4F19A 3T93B 2Q89A 2GRVA 4N07A 1PB7A 5ITPA 4IY6A 1IXCA 3IOUA 1YAEA 4I1DA 3TCGA 4Q30B 1UIUA 4GOTA 3KJ7A 4WEDA 3MVXA 2I0BA 5KCJA 1M5FA 1JW5A 2F7BA 4G8MA 3K00A 5I56B 1UIVA 2Z23A 1N7WA 1ZLQA 2AL5A 4ZEKA 4YMAA 3G3FA 3DP6A 1B1HA 3T96B 4IO2A 1DPPA 3PPQA 4KPTA 1B2HA 5H8QA 1MPDA 3O6HA 3O6IA 3N5LA 3UP9A 3PPOA 1RYOA 1ANFA 3K6WA 3FJ7A 2OK2A 4ZZAA 1Y3QA 3C31A 3O6GA 3FXUA 3G3JA 2P2AA 3G3GA 4MFIA 4U1OA 3GXAA 4ELRA 4XKRA 3OO8A 4ZS9A 5I2KA 2QS3A 3IR1A 4I8CA 3MP6A 2ANJA 4RXLA 1T0KA 1CB6A 4HCWA 4MH5A 2UVIA 1B40A 4U4SA 3QUFA 4YZZA 2F8DA 3K1MA 3HCQA 4TOZA 1S50A 1LCTA 3FVGA 3O66A 4GXSB 4OENA 4IGRA 1ZIUA 1AH5A 3K1PA 3T9XB 3ZS6A 1P1OA 4ISUA 3M3LA 3GLBA 3FV2A 2X7QA 4JBZA 1MDQA 1OVBA 2AIXA 3U93A 4DXCA 4F22A 5TU0A 2ONKE 3VVFA 1CE2A 2IA4A 3TQLA 1IIWA 3KN3A 2DSFA 3UIFA 3HSTA 5HM4B 3VVDA 4TLMB 1Z7ME 3QAXA 1P1WA 4LZ7A 1EZ9A 1Y3PA 5CI5A 3ZSFA 2I4CA 4YICA 3THIA 3QYTA 1OIBA 4NF4A 4RJZA 4H5FA 1PBPA 2Z8FA 3DP4A 3ILTB 5AA2D 2I4BA 3IJOB 4MF3A 3TCFA 3MWBA 2RCBA 3ONMA 1B46A 1H45A 4F2QA 2QMXA 2YJPA 3MVWA 1Y4CA 2DYXA 3B6TA 2ONRA 1MXZA 2DS9A 3LSLA 1NFTA 3TTKA 4DCXA 3TCHA 2HEUA 2V84A 1MH3A 3N6TA 2UXAA 3CFLA 2XX9A 3V89B 2GHBA 1NNFA 1HSEA 1SQYA 2DVCA 2DWJA 3H6WA 3FVKA 3FATA 4XXUA 2GHAA 3FJMA 2NUVA 4O3BA 4LP2B 4L17A 3K4UA 4JXIA 1Z7NE 4NEDA 3PPPA 3KZGA 5CMKA 1QUJA 1MQHA 2V93A 3DELB 3PUZE 5CRYA 3G3IA 4R6HA 1B3EA 5LOMA 1QVSA 5TPAA 3PU5A 5H8NA 4DIGA 4YU0A 3GBBA 4OEVA 1MY4A 5FTHA 1B4ZA 3MJNA 4RK2A 1POY1 3FVNA 1I6BA 3VE1B 3C4MA 4OQOA 1B3GA 5KCJB 1JW1A 1FQAA 4DDDA 2RINA 3PMWA 1EU8A 1MM7A 2W7YA 2VD2A 2GFEA 2H9BA 2O51A 4YMBA 4EQ9A 2V25A 4ELPA 1MQJA 3MBPA 4LATA 3MVZA 4ESWA 5H8QB 4HW8A 4LONB 4GQOA 2QPQA 3H03A 4E0WA 3G3KA 4R9FA 4BDNA 4O3CA 4RYAA 4QSCA 5I2KB 4RY1A 4EF2A 2QJEA 3S9EA 4KD5A 3HN0A 1SDXA 3R26A 5I59A 5DTBA 4KQPA 3S9NC 4ONYA 1OVTA 1MQGA 4POXA 2O6AA 2RF1A 3MP1A 2Y7RA 3IOVA 1NNTA 2I58A 2OJTA 3PD8A 3CFZA 2NOOA 2XXUA 2UYEA 2Y7PA 3K01A 1P1NA 4YKJA 2HQ0A 4H8IA 4EDPA 3RUMA 3CVGA 3Q25A 3HV1A 4QFLA 1MXXA 2XX7A 3QSLA 1SVXB 1FQEA 1LGBC 3SEUA 4GRKA 1YTVA 4F39A 5DVJA 4IY5A 4XKPA 1EH3A 2NXOA 4LVQA 4M4GA 1SW4A 2OBGA 1SW5A 1MM6A 5DYHA 2O69A 2D5WA 5I2NB 3VLWA 3PUWE 2ZYMA 4NF4B 4X9TA 4OHNA 1J1NA 5H8FA 2I3VA 4ZECA 1DTGA 4MBPA 1H3DA 4KCCA 1ZKBA 4H8JA 3V8XB 4KFQA 3H06B 4C0RA 4P0IA 3R6UA 1RYXA 2RKMA 5EHMA 2ALUA 3TEPA 3VXCA 1P99A 3HHGA 1MDP1 3PPRA 3BFUA 1NMUA 3K6VA 4OERA 2O7IA 1D9VA 2Y7WA 1NH7A 3AXFA 4G77A 1URSA 1FQDA 1IEJA 4ZEBA 3RGYA 4OYVA 2REGA 1AOVA 1B3FA 2F34A 2VOZA 2AYSA 1POTA 4GF8A 2Q9TA 2F7AA 4QFPA 1A55A 3HPIA 3TKDA 3PUXE 1IXHA 1Y20A 1Q35A 2XXHA 4GD5A 5I58A 2ABHA 4YAHX 3C34A 2ZNTA 3MW0A 1SYHA 4HS7A 5TPAB 5H8NB 3N6UA 3Q26A 3CSGA 4R6YA 3EQ1A 2BJJX 5B7DA 3ZKKA 2GH9A 3KOSA 1FTMA 3DLNA 4YKKA 3IX1A 4KYSA 5JTYA 1SI1A 1A40A 2F97A 3KG2A 4ZE9A 4JWXA 2O68A 1M5EA 1FQCA 4G4PA 3IO4A 4OWDA 2I48A 1MXWA 3K02A 4NF8A 2UVHA 2Q8JA 4X1DA 1B7ZA 5IAIA 2XD3A 5L9OA 3EN3A 2PMSA 5H8SA 3OOAA 2OWTA 2VHAA 3RTFB 2WKYA 3OD7A 2Y84A 3H3GA 1JVYA 1SBPA 4FATA 3CIJA 3MQ9A 4IO3A 4KR5A 1FTLA 1M5BA 3MVYA 3QK6A 3ODBA 5I59B 3EF7A 3UK4A 4MLQA 3U8QA 3V5AA 1I6QA 4IGTA 3RN8A 2R6GE 1WDNA 4PFTA 4XTCQ 3LUYA 4ESXA 1A54A 4PFWA 3ECRA 1JVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QS2A 3E4RA 5AA1A 4X8RA 4EXLA 4QFNA 3MZ1A 3I6VA 1B32A 3MAMA 2FIXA 4R74A 4Z0IA 2A5SA 3H6VA 1B3LA 2CZKA 2H98A 2B65A 2E0SA 1XOCA 4N91A 2FIEA 3M3KA 2CEXA 3GZGA 1IQ7A 1MRPA 4HCYA 4N6PA 2QS4A 4JWOA 3SKPA 4MNCA 2XXRA 3EHTA 1KWHA 3G3HA 3OENA 5CBSA 4QFOA 4U2RA 3SEVA 3TDJA 1NL5A 4MEVA 5BUUA 1G0IA 5H8HA 1A7LA 1NUZA 4P56A 4PAKA 4ZZEA 5A5XA 3TODA 3B6QA 1OQGA 3GBAA 4MLVA 3Q29A 1B6HA 3LUZA 3O28A 5H8FB 3EHUA 2HZKA 4XEQA 4F18A 5ET7A 5EHSA 1NV0A 3TTLA 3S2VA 3PMVA 1DBZA 1FTAA 1AIVA 4N17A 4IO7A 4X1BA 1LB9A 1IXIA 1FTOA 1VR5A 4FEDA 4R9GA 5AA4B 5EQAA 1R1NA 4PCDA 4JVDA 2QRYA 3O9PA 3OO9A 5IZ3B 3IFCA 4QXDA 2NWJA 2IEEA 1A99A 1Y9UA 3LBSA 4IR8A 2OLBA 3S4UA 4BDRA 3TELA 5I2NA 3I3VA 2XXPA 1MY2A 2VT5A 3ILUB 2HXWA 4ZEDA 1IUDA 4OFLA 3K6UA 5K2YA 4QRZA 3MUQA 3TFLA 3A3CA 1QKBA 5I58B 4RNSA 4OMBA 5L8DA 1P1UA 4JSOA 3QUJA 2WEFA 2ZZXA 5T3JA 1CNQA 3OMBA 4WKMA 1PEBA 1H76A 4F31B 4U1ZA 4OFJA 1MQIA 3RNNA 5JK4A 3F11A 2FA7A 4R73A 4X48A 2WX9A 2B4MA 1PB8A 3DM0A 5JTYB 4G68C 2XXKA 5L9MA 5AA2A 1FSAA 3LSFB 4DXUA 3KJTA 5EYFA 1Y4TA 3T22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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