3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
2UYEA 3Q28A 3O6IA 3VLUA 3T9VA 5CRYA 5H8SA 4Z0IA 4FATA 3VLWA 3MJNA 3RPWA 4ZE8A 3GLBA 1MXWA 3HHGA 3KSJA 4NF5A 1XHYA 3PPQA 4Z7EA 3ZKLA 2PVUA 3VVDA 4ECFA 5I56A 5ICTA 4LONB 3VXBA 3TQWA 2NXOA 1RKMA 3IORA 3I5OA 2I6EA 3FUZA 3W15C 4QSCA 2ZMBA 3U1OA 1LLSA 3H6UA 5I58A 4WKMA 4ZECA 2E1SA 4ELRA 1VE4A 2DWJA 5A5XB 5CM6A 1N0TA 2DXRA 4BLAA 5CBSA 1H3DA 1A99A 1GGGA 1SW4A 2RC8A 2H9BA 4AB6A 4U23A 2HZKA 4UA8A 3S4UA 2I4CA 2QJEA 4WEPA 2F7BA 1OMPA 4LZ8A 4G2ZA 2HXWA 5CMCA 4KFQA 3I3VA 1SW5A 1GTKA 3MPKA 4IY5A 3RLFE 4KR5A 2XX8A 1II5A 4AQ4A 3EPEA 4GWOA 1JVYA 4YMBA 3MW0A 1MQHA 1FQBA 3KJ7A 2ANJA 3S9NC 1QUJA 4I62A 5I2KB 4OVJA 5H8HB 2DE2A 1N76A 3OEMA 2ZNUA 3WAEA 2QS1A 3TCHA 2G93A 3MVZA 4LATA 2Y7IA 1I6AA 2XXTA 4FAJA 1BTJA 3LSLA 4H67A 1CB6A 2DXYA 4XKNA 3V89B 3HSTA 2RKMA 2FA7A 3MVWA 2H25A 3FVGA 4BDNA 5CC2A 1XS5A 1QUKA 4LQ2A 4RPNA 3FATA 2XXIA 5BWJA 3MBPA 2QSXA 2XXRA 3U93A 3PPOA 1MDQA 1B0HA 3RQTA 1PBPA 2CZLA 3EN3A 4X9TA 2VP1A 1DSNA 3VVEA 4DIGA 1B9JA 3QSLA 2LAOA 3CIJA 4QRZA 3JYRA 3VV5A 1LAHE 2Q88A 2OLBA 3TCGA 3PUVE 4U21A 3HHFA 3C4MA 2ONKE 3TCFA 3E3KA 1GVCA 3TMGA 3IB1A 3CVGA 3TODA 3FVNA 2F35A 3TZAA 2RINA 4R6YA 1H76A 3K02A 4PE5B 3BBRA 2QL3A 3HN0A 1NH7A 5TU0A 5A5XA 3T22A 3TUSA 2RCAA 3H3GA 2HFBA 1MRPA 1B1HA 1ZIUA 3G3HA 3OO9A 2R9JA 1B4HA 3H7MA 1NL5A 3B7DA 1H45A 3H06B 1B5HA 3OEKA 3EHSA 2HQ0A 2H98A 4OEVA 1N04A 4X48A 4U1ZA 1IXCA 1TWYA 2XXHA 4JXIA 1ZKBA 4ELPA 3JV9A 5EHSA 3GZGA 4C1TA 4HS7A 2CMOA 3K1PA 2VD3A 1IQ7A 1DPEA 4OFLA 3O97A 2P1SA 2XX9A 3CI8A 1SW1A 3S9EA 4G8HA 2DWIA 3OO6A 2Q9TA 1SW2A 3SEXA 5IAIA 3KEIA 2Q89A 4RK9A 4FECA 1JEUA 1NNFA 1M5BA 1FTJA 3ILUB 3HCQA 4NE4A 3T9UA 4FORA 3ILTB 2I49A 1FTMA 1PEBA 5TP9A 1SD3A 2Z8DA 3TTLA 1AH5A 3T9XB 2UVGA 4YB7A 3G3GA 2Y7PA 3A3UA 2RF1A 1A55A 4R6KA 3VLVA 1RYOA 1Y4TA 1JW1A 4KQPA 2DSFA 1B5IA 5I2NB 1VFDA 3USDA 3UA8A 4P0GA 3MVYA 1BLFA 2ABHA 3WAFA 3DELB 4POWA 1N84A 5FTHA 3SERA 4PFWA 1EU8A 4C1UA 2X7PA 2OZZA 4GL8A 2R6GE 3TTRA 3BFUA 1SQYA 1Q35A 4ESWA 4HW8A 3FZVA 3T96B 3KBRA 4NF5B 2XD3A 3KFMA 1PB9A 1NNKA 1UIVA 1PDAA 3DP6A 3RNNA 5I56B 4YKKA 2H99A 4KHZE 4Q5TA 3PGFA 1MY3A 2I58A 3CSGA 5I58B 4PFYA 1LCFA 4FIMA 4ND9A 4PETA 3K6VA 3MQ9A 3I6VA 3TFLA 1Y3QA 4XKRA 2O69A 4ZZAA 4F1YA 4JB7A 5DEXA 1WVJA 1MPBA 3K1MA 4KD5A 3IOWA 2XX7A 5AA2A 4OFJA 5KDTA 4RNSA 5DVJA 3IOTA 1T0KA 4IO4A 4H8JA 3N26A 3W9VA 1EH3A 4EXKA 2DVZA 4QHQA 3Q25A 1NMUA 1R9LA 4EF2A 4F3BA 1YTVA 4YKPA 3IJOB 4OHNA 3O6GA 4GQOA 4NWCA 1MY0A 4NEDA 3E4RA 1AL3A 3UK4A 3KOTA 3P7IA 3U94A 3AXFA 2V3UA 2UXAA 4DCXA 3M3LA 3QXMA 3C33A 4OFOA 1OVTA 4YAHX 4O3CA 4BDMA 2O68A 3QYTA 4IO2A 1N7WA 3IOVA 3PV0E 1OLAA 5KZTA 1B51A 1IXIA 1R1NA 2AIXA 4R9GA 4ZE9A 1GR2A 1FQEA 1MS7A 3IK6B 4R73A 2GHAA 3PMXA 4F3GA 5I59A 1Y4CA 4U2RA 4HCYA 3VDFA 2F34A 1QUIA 4R75A 2B3BA 3G3JA 1MY2A 2V84A 1MQGA 4KYSA 2A5TA 5AA2D 1SYHA 2YPNA 4F29A 4OWDA 3O9PA 4BDOA 4FEDA 1KWHA 4ONYA 2D21A 1B7ZA 2ONSA 3CG1A 1POY1 3RY3A 2VGQA 4BDQA 5L9MA 5I84A 3SDFA 3FXRA 1HSEA 1I69A 3PPNA 4XIGQ 1DTZA 2O84X 3OMBA 4JSDA 3RT6B 4GLIA 3K6UA 3G7WA 1B3HA 4GF8A 3T9HB 4F2OA 4JDFA 1URGA 1WODA 4P11A 1B3FA 3OO7A 4GIZA 2DVCA 1SYIA 1SDXA 1BP5A 3KOSA 3OD7A 3LSFB 3KGCA 3H4ZA 5L9SA 1ANFA 4JSOA 4KYDA 4HCWA 3K1NA 5H8FA 2UVIA 1B5JA 1LFIA 1AMFA 3R7XA 2Q8JA 1B3GA 3MUQA 5B70A 1VSOA 3N6UA 2RCBA 3S9MC 1P99A 1FQDA 4WEDA 2A5SA 4ISUA 4KPTA 1CE2A 4O3BA 4IGRA 5JTYA 4GXSB 4R6HA 3KN7A 4OQOA 3LC8A 5CI5A 4ZEFA 2AYSA 1ZLQA 3TQLA 1USYH 1GV8A 5I57B 3M8UA 2V25A 2YJPA 4YZZA 3CFXA 1DPPA 2PYYA 4F3SA 3M3KA 3EF7A 4NF8B 4UACA 4I9DA 5TP9B 4M4GA 3RN8A 1Q1KA 4EDPA 4YB5A 4N6PA 4PFTA 3FD3A 3TKDA 5M2VA 3FVOA 3N6TA 4GL0A 2NUVA 2F78A 3QUJA 3L6GA 3ONMA 2O7IA 1EZOA 3C34A 3ZS6A 3KG2A 3PUWE 1BKAA 2Y7RA 3FXQA 4MF3A 2XXUA 2OBGA 2AL5A 2PT2A 2FNCA 1BIYA 1N3WA 2QS2A 3C32A 4EXLA 1DOTA 1P1UA 1URDA 1MQJA 4GRKA 4GD5A 3OO8A 4MH5A 1QKBA 4H65A 4MBPA 1SBPA 3QK6A 3OENA 1ELJA 2ZYKA 4N07A 1TFAA 5EHMA 1PBQA 1EZ9A 5AA3A 2Y7WA 1S50A 4ESXA 4U4SA 3PMVA 4F1VA 2OWTA 3O29A 3O6HA 4JBZA 2XXWA 3G3FA 2DE4A 2OK2A 4M1VA 2GHBA 1DMBA 2NVUB 5L8DA 3HO7A 2DWHA 4H6DA 3ECRA 2Q2CA 2O1LA 1Z7ME 3DP4A 5DT6A 5DEXB 1MQDA 4RXLA 4F22A 4ZEBA 1IUDA 2O1MA 5AA2B 5KDTB 4THIA 4U22A 1NH8A 2UYFA 2B65A 1OQGA 4TLLB 1POTA 3RT8A 4H1XA 1B0LA 3O2AA 3FV1A 1ZBMA 3TPAA 3IO6A 4LP2B 5I57A 4O3AA 2GRVA 3FASA 4GXAA 1FTLA 1XOCA 1JQFA 1WDNA 3R26A 4I1DA 4ZS9A 5F1QA 4ELOA 4F18A 5FHOA 1XC1A 3ODBA 1H43A 4C0RA 5H8NA 1UTBA 4NF8A 1OIBA 1UQWA 2H5YA 3PMWA 1XVYA 1B7UA 1YAEA 1JW4A 3Q27A 2F6GA 3FJ7A 4LUBA 5I59B 4OERA 1M5DA 4LA9A 3BFTA 3FGSA 1QVSA 1QJMA 3UIFA 3QUFA 4F39A 4NF6A 2A5TB 1O64A 2Z8FA 3U72A 4RA1A 1LBBA 2D5WA 3TYHA 1N3XA 4NTLA 4KCDA 4U4XA 4HTGA 3H6VA 3RUMA 2QS4A 3PD8A 3OELA 1Y20A 1NNTA 2W7YA 4GOTA 1R6ZA 3W9WA 5K2XA 4F1UA 1B4ZA 1DTGA 4QFLA 3O28A 4H5FA 1JEVA 1SI0A 2WKYA 1M5FA 5HM4B 1MXVA 3MPLA 4L17A 1LB9A 2HAUA 2Q2AA 4TLMB 4G68C 4RPOA 4NF4A 3N5LA 1M5CA 2XD2A 3B6QA 4TQUQ 1MXXA 4R9FA 4K3FA 4LZ7A 3F11A 5FTIA 2DYXA 1QKAA 5H8FB 4F2QA 5DTBA 1LFHA 3CR9A 4YU0A 1P1WA 4LQ5A 3DP8A 3M3FA 4RY1A 3T66A 4PP0A 2ZNSA 2QPQA 5ITPA 3TTKA 4BDLA 4QSDA 3TDJA 2ZXTA 4BDRA 2PMSA 5JTYB 3MP6A 3V83A 3KSXA 1M5EA 3SETA 3QIMA 1FW0A 2QMWA 1TFDA 3VE1B 1O63A 2YLNA 5HBCA 4KYEA 4FE8A 4QFNA 4NWDA 1MDP1 4IO5A 4OESA 3GBBA 4MLQA 3K6WA 4E0WA 5JK4A 3ZKKA 4DDDA 4OENA 3D4GA 3FV2A 1HSLA 4KI0E 4H0WA 1B32A 1HSJA 3PU5A 1VR5A 3LUYA 1NNPA 1ZJLA 2M8CA 3IOUA 4EQ9A 2OJTA 1MM7A 3GBAA 1MPCA 5AA4B 4QSEA 5FHMA 1FQAA 3K6XA 1UTHB 2REJA 1H44A 1P1QA 4GFRA 4KCCA 1FTKA 2GH9A 1VFEA 1A40A 4F19A 2B3FA 2RC7A 1ZMGA 4EQBA 1FCKA 5HPQA 2DE3A 3H03A 2Z23A 1B52A 4EUOA 1JETA 3OXNA 3RTWB 3G3IA 3H6TA 2ESNA 4JWXA 3B6WA 2I3WA 2OCUA 1LAXA 3IX1A 1PB7A 1QULA 2FYIA 3MP8A 1LSTA 3PUZE 3IR1A 1MXUA 1F9BA 2KLFA 4GVOA 4ZEIA 4H8IA 4DE8A 1B7HA 3Q29A 4R2FA 1NFTA 2UVHA 3KN3A 1URSA 5ICQA 2XXPA 1MG1A 4DZ1A 4Q30B 4R2BA 2AL4A 3D4CA 5AE4A 2ONRA 4QFOA 1Y3PA 3N94A 1AOVA 2I0BA 1MXYA 2PT1A 2ALUA 1MH4A 1SVXB 3OSRA 3MAMA 3UN6A 1MM6A 1LFGA 3VFJA 4QFPA 3VXCA 4NMYA 3EHTA 3K4UA 5DVFA 3RGYA 4DXBA 3IAZA 5F7VA 3QAXA 3RTFB 1D9VA 3EHUA 4YKIA 1B6HA 3U92A 1LCTA 3Q26A 4G68A 1MPDA 2BJJX 2Z22A 3B6TA 3V8XB 2ZNTA 2XXVA 2DOJA 3C31A 1J1NA 5CMKA 4ELQA 5IKBA 4OETA 5H8NB 1UTBB 2F7CA 1PC3A 5K2YA 1D9YA 3C36A 4G4PA 3S9LC 4QF9A 5DYHA 3FIRA 1A8EA 3FJGA 3SESA 4F31B 5AA4A 3IO4A 4OMBA 1B46A 5ITOA 1UTHA 1B40A 3O66A 1JW5A 2XXYA 3PPPA 2RC9A 5KCJA 1Y9UA 5TPAA 1OVBA 1SI1A 4YB6A 4IGTA 3K00A 1UIUA 2V3QA 2F97A 5H8QA 1Z7NE 4IO6A 4NF6B 3IB2A 4X1BA 2THIA 1P1OA 3JZJA 1D3KA 2O7UA 2V3TA 1D4NA 1US4A 2NOOA 2ZYNA 3A3CA 1USYE 1ATGA 3PUYE 4OXVA 4MLVA 1R9QA 2HCAA 1Y1ZA 5JEIA 2E0SA 2F7AA 4EF1A 4N13A 4TOZA 2GFEA 2QMXA 4XTCQ 3IL1B 3THIA 1AIVA 4LVQA 2O6AA 1B05A 4JWOA 4ZDMA 2Y84A 3SKPA 1P1NA 3UGWA 1IEJA 4WXJA 2DQVA 4P0IA 1B3LA 3R6UA 3VVFA 4POXA 3SEWA 4F3PA 5EYFA 2F6PA 2F8DA 2DP8A 1XT8A 4EQ7A 3U8QA 4QFKA 1FQCA 4NF4B 3G3KA 5J1DA 3HPIA 1MQIA 3T93B 1JNFA 4G8NA 1A7LA 2I3VA 2ZYOA 3CSBA 1B2HA 3LBSA 1I6BA 4OYVA 1B1XA 3FXUA 3LR1A 1O7TA 2I0CA 3ZSFA 1IXGA 2F36A 1I6QA 3FVKA 1ZU0A 4FEBA 1QW0A 2VD2A 1IIWA 1PB8A 3MWBA 5FHNA 4Q8RA 2G29A 5I2KA 4XKPA 5H8HA 1L5TA 5AA1A 3CFLA 3OOAA 1LAFE 4OTEA 3C35A 4I8CA 3HV1A 4H5GA 1IXHA 2PX1A 3SEYA 2XXXA 3E9XA 4YKJA 1US5A 2VOZA 3SEUA 2DWAA 3MP1A 5LOMA 3S2VA 1YPNA 1S7YA 2V93A 3V5AA 4DCYA 3IJXB 3K0VA 2OWSA 5CMBA 4DXUA 2PBWA 3UP9A 4IO3A 4RYAA 5CMMA 2IA4A 1B3EA 2QS3A 3DLNA 3IB0A 3C9HA 4RJZA 2XXQA 1IITA 1FTOA 1XVXA 4DLDA 4IO7A 1TT1A 4ZZEA 4XXUA 4ZEKA 2Z8EA 3H6WA 4R74A 3UORA 4R72A 3TELA 3MC2A 3PUXE 1LGBC 3LSXA 1S9TA 3KN8A 3MZBA 4LZ5A 3FJMA 3KZGA 2P0SA 2H4IA 3PD9A 4MFIA 1B58A 4IB2A 4PQJA 3SEVA 2QRYA 2UVJA 3K2DA 4OZ9A 4Q0CA 2P2AA 4IY6A 1NKXA 5ELVA 3MZ9A 1ZTYA 3A09A 3LSWA 2I4BA 4XKQA 1N7XA 2D3IA 4YMAA 4G8MA 1OQHA 1LAGE 4DXCA 2X26A 3CG3A 3TTMA 3E13X 4OEUA 4AB5A 3KJTA 3TEPA 2HAVA 3PPRA 2DS9A 4RK2A 3GXAA 5DVIA 1EZPA 3BKIB 5BUUA 3DM0A 1MY1A 1MY4A 4FJPA 1LBCA 3CRBA 2X7QA 2Y7KA 3TAJA 3MZ1A 4G68B 4G77A 1Y3NA 5L9OA 1Y1MA 1LB8A 3CFZA 3EQ1A 1JVXA 4PFUA 1FQFA 1TXFA 1IZ1A 1MXZA 2XHDA 2HZLA 2I48A 4JWYA 2VHAA 4YICA 2IEEA 3OSQA 4E0XA 5CBRA 1A54A 1YCJA 1A8FA 1MH3A 5KCJB 5I2NA 5B7DA 1OLCA 2O51A 5TPAB 2REGA 3MVXA 2R71A 3K01A 2F5XA 3TTNA 2HEUA 2NWJA 5H8QB 4U1OA 4ZEDA 2ZYMA 5ISUA 1RYXA 3L6HA 4X1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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