3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
2G93A 1Q1KA 4WEPA 3K02A 1N3WA 4LZ8A 2NXOA 2P2AA 4O3CA 2Q9TA 1IXHA 2ABHA 3MAMA 4PFUA 1ZKBA 1FW0A 3PPPA 2DQVA 1GGGA 4H67A 1NH7A 1PC3A 4M4GA 1XVYA 4F3BA 3HSTA 3PPQA 3G3GA 3RQTA 2QMXA 4NF6A 2XXQA 2GHAA 1A8EA 3OSRA 3OO6A 4U22A 1I69A 2B65A 1R6ZA 3OMBA 3OD7A 1SBPA 4OHNA 2NOOA 2F6PA 3TPAA 3K01A 4KI0E 1WODA 2XX8A 1QUIA 1VFEA 4LUBA 4OENA 4HS7A 1P1WA 3OELA 4YB7A 1EZPA 3ODBA 2A5TB 4GWOA 2HAVA 3UIFA 2AL5A 1OMPA 3PD9A 4OFJA 4C0RA 4GOTA 3K6UA 2F6GA 3B6WA 4K3FA 3O66A 4RA1A 1B58A 3K1PA 3S4UA 1HSEA 4H6DA 2P0SA 1MY3A 3E3KA 5KZTA 2ZYNA 1Z7NE 3IR1A 4NEDA 2QS4A 3PPNA 1B0LA 1MM6A 2PMSA 4LATA 5CC2A 1VFDA 3L6GA 1FQCA 4NF8B 5EYFA 2I6EA 3SEUA 5K2XA 3MWBA 1NNPA 1ZTYA 4E0WA 3UORA 2REJA 4XTCQ 1O7TA 3UGWA 1B40A 4F1VA 2CMOA 3KEIA 2D21A 5H8QA 1P1UA 3A3UA 1XOCA 3MC2A 2RF1A 4DZ1A 1CE2A 1YAEA 1TXFA 5LOMA 1POY1 3TAJA 3IAZA 1S7YA 3AXFA 1B4ZA 1ZBMA 2A5TA 2E1SA 2AL4A 3TQLA 4O3BA 3B6TA 4IB2A 4EXKA 2X7PA 3KOTA 1JVXA 4G8NA 1MQDA 3VVFA 1UTHB 4GD5A 1POTA 3TQWA 1D9VA 2D5WA 1R9QA 4U2RA 1LBCA 2Y7KA 3TCFA 3CSGA 5J1DA 2Z22A 1N7XA 1GV8A 5I2KB 1MXZA 4H5FA 1A7LA 4QFNA 3UA8A 4I62A 3JYRA 5DVFA 1SD3A 1MDQA 1LB8A 4NF8A 1B3FA 1A54A 4Z7EA 3VVDA 1HSLA 2VOZA 1D3KA 4F1YA 3CG3A 3RLFE 4WXJA 2F36A 1IZ1A 1M5EA 4BDOA 1MXYA 3V8XB 4DIGA 1N7WA 1R9LA 4RPNA 2PT2A 3RY3A 5HBCA 4WKMA 1LB9A 1MY0A 2Z8DA 5L9SA 2R9JA 2F78A 1KWHA 4FORA 1QULA 1A99A 3THIA 3TTNA 4JSDA 4EF2A 3MVXA 4XKNA 1WDNA 1LGBC 3RGYA 5KDTB 4OQOA 1QKBA 4R72A 1YCJA 3C36A 3I3VA 3S2VA 4BDLA 1A55A 1UIVA 2DWHA 5KCJB 3KN3A 4G77A 1XHYA 3MPLA 3ZKKA 1MPBA 2I4CA 5F7VA 4ZDMA 3LSLA 3N6TA 1N76A 3OENA 1TWYA 2ONRA 1LFIA 4NF5B 3MUQA 1BP5A 5EHMA 4OWDA 4EQ7A 3TMGA 1Y1ZA 1FQBA 4EQ9A 3W9WA 1LCFA 5AA1A 3K1MA 1LAFE 1B1XA 1SYIA 1OQHA 3KZGA 3T93B 2O51A 3H4ZA 4OMBA 3VDFA 3PUWE 2DS9A 4JXIA 3TODA 2HEUA 4L17A 4X1DA 4TLLB 4FAJA 4U1OA 2P1SA 4R6YA 1B3LA 1PB8A 3FXQA 3QYTA 4NMYA 2PYYA 2Y7IA 3Q26A 3T96B 1M5CA 1AH5A 2UYFA 1JVYA 2WKYA 4U1ZA 2GHBA 3H6VA 5CI5A 1M5DA 4ZS9A 2F8DA 3E4RA 4MLQA 4U21A 4HCYA 1H44A 3OSQA 3H03A 3LUYA 1F9BA 1JEVA 3Q29A 2XD2A 4PFTA 3U72A 3SETA 4GFRA 3LSFB 4F29A 1B5HA 3HPIA 4EUOA 3E13X 3D4GA 1IEJA 1R1NA 3QUJA 1MQGA 4YZZA 4NF5A 4BDQA 1SYHA 2H9BA 4QF9A 3U94A 4U23A 2ONSA 3ZKLA 3L6HA 3DM0A 4LQ5A 4ZEKA 2YLNA 3PUZE 2O69A 2LAOA 1S9TA 1ZLQA 4EDPA 2DE2A 4NTLA 3FJ7A 1ZJLA 2ZXTA 4KYDA 3K2DA 5I2NB 3PMXA 5I56A 1GR2A 3O6IA 2RKMA 3RT6B 3SEYA 2OZZA 3TCGA 5BWJA 1LLSA 3OEMA 3UK4A 3C32A 1OIBA 3TZAA 3VXBA 3RUMA 2NVUB 2O7IA 3H06B 4QFPA 3VV5A 1OVTA 2ZNSA 2HAUA 1XS5A 4GF8A 4FEBA 3W15C 5B7DA 2AYSA 4N07A 3EQ1A 4JWYA 4GL0A 3UN6A 1Y20A 1Y9UA 5M2VA 1B9JA 1URDA 2RCBA 3DLNA 3DP4A 3VLVA 3KOSA 2E0SA 4ZE9A 2QPQA 2Y7PA 4Q5TA 5HPQA 5FTHA 5FTIA 5L8DA 4BDRA 3M8UA 4IO4A 4RNSA 3USDA 1VR5A 4ZEDA 3TFLA 4KPTA 1ZIUA 4GLIA 3EHTA 4ZZEA 4C1TA 2G29A 2M8CA 1N04A 1N0TA 2YJPA 4F3SA 4QFKA 2V3UA 3S9NC 2UXAA 2DXYA 4EF1A 1GVCA 2XXYA 2XXIA 2OK2A 3HN0A 1QKAA 4ZEIA 3TUSA 1RYXA 3TTLA 4ND9A 2ZYOA 4PP0A 2Y7RA 5H8HB 4YKPA 3O6GA 3K6WA 4LP2B 5I57A 3CRBA 1MXUA 5CMKA 4DXUA 3PU5A 4HW8A 2HCAA 5DTBA 3OXNA 2I3VA 4DE8A 4R74A 4RPOA 1OVBA 3CR9A 2V93A 1TT1A 3IOVA 1H43A 3KFMA 1URSA 4LONB 2QS2A 3MZ9A 4YICA 2BJJX 1MQIA 3MPKA 2F34A 1FQAA 3GBAA 4QSCA 4R9GA 2Q2AA 1QJMA 3PUXE 3K4UA 1NNFA 5FHMA 4IO3A 3RT8A 3RNNA 5AA2D 4ZEFA 1PBQA 4IGTA 3QUFA 2ESNA 3T9UA 3U92A 3LC8A 3DP6A 1SW2A 1MG1A 4IO5A 4DCXA 2F7CA 3I5OA 1Y3NA 4GL8A 4RK9A 4TOZA 3O9PA 2ZNUA 4JSOA 4GXSB 1S50A 1US4A 4YU0A 1Y1MA 2PT1A 1BLFA 2OWSA 1SVXB 5ELVA 4F39A 2DXRA 3Q28A 3R7XA 1EU8A 4ZZAA 1FCKA 1PBPA 1IXGA 1MRPA 2DVZA 1QW0A 2FA7A 2D3IA 1Y3PA 3TCHA 1H76A 4YB5A 5AA3A 1B3HA 1CB6A 4C1UA 3H6UA 2X26A 3EN3A 2QMWA 1MH3A 4BDNA 3R26A 3RTFB 1IITA 3IO6A 1SI1A 1IUDA 3D4CA 3FUZA 4G2ZA 4G8HA 1P1OA 5ITPA 4MLVA 1QUJA 1P99A 3G3JA 4YMBA 5I58B 1PB7A 3QAXA 4LQ2A 4FATA 3SEXA 4NWDA 2Q88A 3FASA 4GVOA 4QRZA 3ILUB 3O97A 3W9VA 5CRYA 3C35A 2VD3A 3FVGA 3UP9A 2VP1A 2O68A 4RJZA 3BBRA 2R71A 1NH8A 1JQFA 1NMUA 4F2OA 4H8JA 1MM7A 2DE3A 5L9OA 2UVIA 3C31A 4ELQA 2RC7A 2HZKA 3HO7A 3M3KA 1XVXA 1P1NA 1B1HA 3A09A 3FV2A 4YKJA 4EXLA 2F97A 4U4XA 3V89B 3N5LA 2ZYKA 3FJMA 2V84A 4Q30B 2PVUA 5DVIA 1L5TA 4I8CA 5EHSA 3T22A 4QSDA 1B5IA 3PPRA 2THIA 4F19A 3O6HA 1MY1A 4PFYA 1UIUA 1IQ7A 1B32A 4N6PA 3RN8A 1NL5A 3S9EA 2QS3A 2XXHA 2I49A 1B4HA 1ANFA 4OERA 5AA4B 4AQ4A 3CI8A 1UTHA 5I58A 2O7UA 4R2FA 2QRYA 1I6AA 5A5XB 3BKIB 1MY2A 5I2KA 3T9HB 3FVNA 2CZLA 4QFOA 4QFLA 1H45A 3H6TA 3PV0E 3IJXB 3MVZA 4KR5A 3N6UA 4R2BA 1MPDA 1VSOA 4OEUA 3SKPA 2XXUA 1EH3A 4MBPA 2I58A 2DE4A 1FQFA 5B70A 3QIMA 5FHOA 2XXVA 4LA9A 3SEVA 1B5JA 4RY1A 1LCTA 4ZEBA 4EQBA 2ZYMA 4FE8A 3MP6A 1ATGA 4U4SA 4F2QA 2OLBA 4DCYA 1B46A 3SERA 1MQJA 4R73A 4NF4B 3MZ1A 5FHNA 3PD8A 1NKXA 3IB1A 3IO4A 1N84A 3BFTA 1LFHA 3KJ7A 3CIJA 2DOJA 2DVCA 1DTZA 2PBWA 4LVQA 3MQ9A 3K6XA 2XXWA 4XIGQ 4NWCA 5KDTA 2YPNA 3PMWA 1OLCA 4NE4A 5H8NB 4KYEA 2RCAA 5ITOA 1FTLA 5KCJA 1N3XA 5A5XA 4AB6A 1LBBA 2F5XA 4KFQA 4IO7A 4OFLA 3FGSA 1US5A 4POWA 4KCCA 3VLUA 5DT6A 1SDXA 4YKIA 5ISUA 4TLMB 4F31B 2XXTA 3EF7A 3M3LA 2IEEA 4G68B 1YTVA 3T66A 3OO9A 3SESA 5JK4A 4IY5A 1URGA 2I0BA 3LSWA 3KBRA 1D9YA 2Q2CA 3O28A 4DXCA 4NF4A 3C34A 3FXUA 3CFLA 1USYE 4HCWA 2XXRA 1MXVA 4OETA 2H99A 3PPOA 1SQYA 3FIRA 5DVJA 3IOTA 1AMFA 3MVWA 5F1QA 3QSLA 4JDFA 1LAHE 5H8NA 4QSEA 2ANJA 5TP9B 1DPEA 3FXRA 3U8QA 1AL3A 1LAGE 4MFIA 1IXCA 3N94A 4ELOA 3P7IA 3MJNA 4JB7A 3O2AA 4N13A 4FECA 3CSBA 1UQWA 1B52A 4Q8RA 4IO6A 5IAIA 2KLFA 1A40A 2HQ0A 4MH5A 4GQOA 3S9LC 1VE4A 2Q89A 4G8MA 1SW4A 2QSXA 4ZE8A 3IL1B 5DEXB 4OYVA 2DYXA 4I1DA 3VXCA 2NUVA 2RC8A 5I2NA 3KG2A 3CG1A 1JEUA 4QHQA 2Y84A 3PGFA 1B7UA 3O29A 1B0HA 3RTWB 3CFXA 4OTEA 4ESXA 2VHAA 1NFTA 1MPCA 1Z7ME 2DP8A 2I4BA 2X7QA 1FTOA 4RXLA 5CMBA 4H8IA 4YAHX 4GRKA 1MS7A 1JW5A 1USYH 4OFOA 3OEKA 2I48A 2F35A 1IXIA 1B05A 3ONMA 4IY6A 2FNCA 2GRVA 1B7ZA 3VE1B 5H8QB 3M3FA 4BLAA 4RYAA 5AE4A 5TP9A 3WAFA 3GBBA 3B7DA 2ALUA 3TEPA 4R6HA 5JTYB 2DWAA 4GIZA 3SEWA 4WEDA 2QL3A 2NWJA 2ONKE 1XT8A 1AOVA 2O1MA 1P1QA 3R6UA 2FYIA 3FV1A 2Q8JA 3F11A 3SDFA 2H4IA 4ECFA 1HSJA 1SW1A 1B3GA 2UVGA 1MY4A 4KD5A 5DEXA 4RK2A 3FVOA 4GXAA 1EZOA 1UTBB 4PETA 2O6AA 3IX1A 4F3GA 3DP8A 3IORA 3U93A 2F7BA 5TPAB 3GLBA 3IOUA 2V25A 3FATA 4ISUA 2QS1A 1A8FA 2B3BA 4R75A 5H8HA 3LBSA 3TELA 5TU0A 5AA2B 4OESA 4PE5B 1B7HA 5CMMA 4Z0IA 1Q35A 3KSXA 5I59B 3OOAA 3LR1A 3C9HA 4POXA 3IK6B 3PUYE 2RINA 3HHFA 1DPPA 3T9VA 5JEIA 1FTJA 5DYHA 1WVJA 2OJTA 2Z23A 5ICTA 1B6HA 5IKBA 5JTYA 3PMVA 1BKAA 4IO2A 3H7MA 4H5GA 1QVSA 4DXBA 1FTKA 4XKQA 1Y4TA 1LSTA 1B51A 3QXMA 1PEBA 3U1OA 2VD2A 4XKPA 4AB5A 3K00A 3ZSFA 3OO7A 2UVJA 3FJGA 3IB2A 5ICQA 1DMBA 1NNKA 4R9FA 2OWTA 1TFAA 1UTBA 4HTGA 1ELJA 3V83A 1M5BA 4M1VA 3Q25A 2XXXA 1OQGA 3A3CA 3B6QA 5TPAA 1B3EA 2W7YA 2OBGA 4OXVA 4P0IA 3GXAA 2HXWA 3OO8A 3FZVA 1AIVA 1JW1A 4ELPA 4YB6A 1O63A 5L9MA 4H1XA 4DLDA 5AA2A 3DELB 2HZLA 5I59A 3TTRA 1ZMGA 1XC1A 3IB0A 5H8FB 4ZECA 2V3QA 2VGQA 4P11A 4XKRA 1BIYA 3TTKA 3EPEA 2HFBA 1MDP1 2ZMBA 3KN8A 4JWOA 1LFGA 3HV1A 1JETA 1SI0A 4O3AA 3IJOB 3MP1A 1DSNA 1I6BA 3ZS6A 2XHDA 2Y7WA 3C4MA 4YMAA 3VLWA 2ZNTA 1I6QA 4ONYA 3MP8A 4X1BA 1MQHA 1ZU0A 1D4NA 2XXPA 3FVKA 3G3HA 3T9XB 4LZ5A 3MVYA 2RC9A 4FEDA 2A5SA 2GFEA 4BDMA 1SW5A 2UYEA 1II5A 1FQDA 2QJEA 3LSXA 1RYOA 3FD3A 1RKMA 1IIWA 1J1NA 3TKDA 1LAXA 1TFDA 2O1LA 3HCQA 1Y3QA 3C33A 3KJTA 4I9DA 1MXWA 2Z8EA 3VFJA 1DTGA 3E9XA 1MXXA 2O84X 3JZJA 4G68C 5H8FA 2F7AA 2I0CA 3EHUA 2REGA 2H98A 2XD3A 3CVGA 4KHZE 3I6VA 5I56B 1EZ9A 3G7WA 4MF3A 3TDJA 3RPWA 5CBSA 1OLAA 3WAEA 3K1NA 1NNTA 5AA4A 2R6GE 5K2YA 2I3WA 3TTMA 5CM6A 3ILTB 4KYSA 2H5YA 3Q27A 1JNFA 3ECRA 5CBRA 4XXUA 3N26A 3KN7A 4F3PA 2DWJA 4G4PA 2Z8FA 4UA8A 1YPNA 3MBPA 2H25A 2AIXA 4UACA 1BTJA 4KCDA 3G3KA 3MW0A 3CFZA 4OEVA 1DOTA 3V5AA 3KSJA 4OVJA 5BUUA 2UVHA 4ESWA 4OZ9A 4R6KA 3H3GA 1M5FA 3IOWA 2V3TA 1FQEA 4F18A 3G3IA 4H65A 4LZ7A 1GTKA 3K6VA 1PB9A 3KGCA 3VVEA 4DDDA 4PFWA 4P0GA 2DWIA 2DSFA 5CMCA 2XX9A 1MH4A 3QK6A 3GZGA 3JV9A 1PDAA 5H8SA 3G3FA 1O64A 3K0VA 4NF6B 4TQUQ 4X48A 2B3FA 3EHSA 1T0KA 5I57B 1JW4A 3HHGA 4H0WA 1B2HA 2PX1A 4YKKA 5HM4B 3MZBA 4THIA 4FIMA 2GH9A 4JBZA 4F22A 3PUVE 4ELRA 4JWXA 2OCUA 4PQJA 2IA4A 1Y4CA 4KQPA 4FJPA 4F1UA 3TYHA 3BFUA 4IGRA 1QUKA 2XX7A 4Q0CA 4G68A 5I84A 1FTMA 4X9TA 3H6WA 3S9MC 4E0XA 1H3DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G93A 1Q1KA 4WEPA 3K02A 1N3WA 4LZ8A 2NXOA 5EYHA 2P2AA 4O3CA 2Q9TA 1IXHA 2HPGA 4MAGA 2ABHA 5J16A 3MAMA 4PFUA 5I3SA 1ZKBA 1FW0A 3PPPA 2DQVA 1GGGA 4H67A 1NH7A 1PC3A 4XFEA 4I40A 1KA1A 2XWIA 4M4GA 1XVYA 4F3BA 3HSTA 3PPQA 3G3GA 3RQTA 2QMXA 2QFLA 4NF6A 2XXQA 2GHAA 1A8EA 3OSRA 3OO6A 4U22A 1I69A 2B65A 1R6ZA 4OANA 3OMBA 3OD7A 1G0IA 1SBPA 4OHNA 2PFYA 2NOOA 2F6PA 4I3EA 3TPAA 3K01A 4KI0E 1WODA 2XX8A 1QUIA 1VFEA 4LUBA 4OENA 4HS7A 1P1WA 3OELA 4YB7A 1EZPA 3ODBA 2A5TB 4GWOA 2HAVA 3UIFA 2AL5A 1EYJA 5IM2A 1OMPA 3PD9A 4OFJA 4C0RA 4GOTA 1FPFA 3K6UA 4FBPA 2F6GA 3B6WA 4K3FA 4JVCA 1D9QA 3O66A 4RA1A 1B58A 4OVSA 3K1PA 3S4UA 1HSEA 4H6DA 4GX4A 2P0SA 1MY3A 3E3KA 5KZTA 2ZYNA 1Z7NE 1DCUA 3IR1A 4NEDA 2QS4A 3PPNA 1B0LA 1MM6A 2PMSA 4LATA 5CC2A 1VFDA 3L6GA 1FQCA 4NF8B 1IMCA 5EYFA 2I6EA 3SEUA 5FBPA 4HE0A 5K2XA 3MWBA 1NNPA 1ZTYA 4E0WA 3UORA 2REJA 4XTCQ 1O7TA 5EQ9A 2VT5A 4PBQA 3UGWA 1FTAA 1B40A 4F1VA 2CMOA 3KEIA 4PE3A 2D21A 5H8QA 1P1UA 3A3UA 1XOCA 3MC2A 4P47A 4PC9A 2RF1A 4DZ1A 4MNPA 1CE2A 1YAEA 1FBPA 1TXFA 5LOMA 3KC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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