3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
5AA2A 5CC2A 1QJMA 3EHTA 5DTBA 5ICQA 1B6HA 1MDQA 1EU8A 4OZ9A 3OOAA 5HBCA 2F7AA 3L6HA 4N07A 3Q27A 4GVOA 3C36A 1NH7A 2DVZA 1UQWA 3PMVA 1SW4A 3EPEA 3V89B 2G93A 1FTJA 3FUZA 3FATA 3SKPA 1B46A 2V84A 2D3IA 2ZYKA 3CSBA 4QFKA 4PFYA 3TFLA 2G29A 3KSXA 3IOWA 3QSLA 1I6QA 2ONRA 3H3GA 2KLFA 3G3HA 3MP1A 4L17A 4RYAA 3TDJA 3U72A 4F3GA 1S50A 2B65A 5HPQA 5I59B 5H8SA 3RT6B 3PPRA 4NF6A 4BLAA 2F97A 4LVQA 2A5TA 2XXRA 4NE4A 2VHAA 4XKNA 3R7XA 3EF7A 3WAEA 5AA4A 4EF1A 3ZS6A 1YCJA 1MH4A 1USYE 3QIMA 4GWOA 2RF1A 2XXPA 3C35A 3D4GA 3OENA 5ITOA 3B7DA 3O29A 1J1NA 2UVIA 3CRBA 2GRVA 1EZ9A 1GR2A 1LBBA 4I8CA 4X1BA 2DE2A 1N84A 3G3JA 3LC8A 3TELA 3PMWA 4JXIA 1GVCA 3LBSA 2NOOA 3UN6A 1FQAA 2XXHA 2RCAA 3LSXA 4XTCQ 3K02A 3K6UA 4QSDA 5DEXA 3DP6A 5F7VA 3Q29A 4OFLA 2HXWA 3ONMA 5ITPA 4C1TA 3S9MC 2PYYA 4JWOA 4ZE9A 1ZIUA 4JWYA 3C32A 1URGA 3QK6A 1Y9UA 4ND9A 2PMSA 3RGYA 3H7MA 4PFWA 4LQ2A 3VLVA 2V3UA 1RKMA 2DYXA 2XD3A 3C33A 3C4MA 4MLQA 5CMMA 5M2VA 1PB8A 3OMBA 5H8FA 1MY4A 2O1LA 2UXAA 4OMBA 4M4GA 4EUOA 4PETA 2E0SA 1MQIA 2I0BA 5EHMA 2Q2AA 2NXOA 4OERA 2Y7PA 1NKXA 3FASA 4LQ5A 4DCYA 2H25A 4GFRA 3TTKA 1ATGA 1IIWA 2HAVA 4HTGA 1TWYA 5H8QB 5TP9B 3FXUA 3O6IA 4F3SA 5A5XB 4H1XA 4OEUA 1Q1KA 4I62A 4TLLB 2V93A 3Q26A 5TPAA 3E4RA 4QSCA 3QUFA 3RPWA 4F39A 1MQJA 5I84A 5CRYA 1JQFA 1B1HA 4U23A 1OVTA 4GRKA 2ZNUA 5JTYB 2ESNA 1TFDA 4YICA 1PDAA 2HFBA 4FIMA 4TOZA 4AQ4A 4F1UA 2QS3A 5H8HB 1P1NA 1HSJA 3T9VA 1IITA 2F36A 2NVUB 4DDDA 4ZEDA 5CI5A 1ZU0A 2PVUA 3IORA 1DTZA 3K6XA 1P1WA 2FNCA 3H6VA 3OSRA 4R73A 3MQ9A 4G8MA 1B51A 4GL8A 4EDPA 2O6AA 5BUUA 2QMXA 1IZ1A 1CB6A 2I4BA 3CFLA 1QKBA 2PX1A 4WXJA 3OEKA 3U8QA 3O66A 4NF5B 1A55A 3IB1A 4RPOA 4ELQA 2FYIA 3TYHA 1FTMA 4ZDMA 3IB2A 2VP1A 4R6KA 4ESWA 1MY0A 2Y7RA 1DSNA 1QULA 3T9XB 3VFJA 4ZEFA 2DE4A 5I2NA 4O3AA 4YKIA 3I3VA 2YPNA 3K1PA 1SI1A 3Q25A 4WKMA 1B5IA 3QXMA 4X1DA 1SW2A 4EQ9A 1L5TA 4C1UA 4F2OA 1QUKA 3A09A 5CBSA 2ZYOA 5KCJB 2FA7A 1URDA 4HS7A 4RPNA 1JW4A 1MQDA 5B70A 1H76A 4FEDA 1I69A 1FTKA 4G8HA 4QFNA 4HW8A 1AMFA 3N6TA 3MVYA 1JW1A 1ZKBA 2O84X 4LZ5A 1B3GA 4RNSA 3RLFE 1MG1A 1PEBA 4I9DA 2IEEA 4BDQA 1FQBA 5FHMA 4MFIA 1JEVA 4PFUA 3MC2A 3BFTA 1P99A 2Z23A 3KBRA 3SETA 1R6ZA 4R9GA 1LFHA 3FGSA 1PBPA 2DWJA 1XOCA 4FEBA 5H8FB 2ABHA 4NEDA 1QW0A 3RTFB 4IO4A 3TTMA 3UK4A 3WAFA 3QUJA 5AA3A 5I58B 3KEIA 1PB9A 4OXVA 4DXCA 1D3KA 2I4CA 2CMOA 3OXNA 3HV1A 1MY1A 2ONSA 4R2BA 4OHNA 4F18A 2YJPA 3B6QA 3KOSA 1SD3A 4DIGA 3CG3A 5K2XA 5KDTB 1FTLA 2XXVA 3FVGA 4FORA 4R6HA 5A5XA 2RC7A 2ZNTA 1MH3A 1Y3NA 5FTHA 4ZEKA 3N94A 2QS1A 3TTRA 2WKYA 4KYDA 1MXXA 4OETA 4RJZA 1QUIA 1SBPA 4YKJA 3CSGA 2OJTA 1ANFA 3T9UA 3TCHA 2H4IA 4WEPA 1DPEA 1I6AA 3K6VA 3GZGA 4GQOA 2Z8FA 2E1SA 1BIYA 1ZJLA 4IB2A 5AA1A 2AIXA 3PMXA 4F1VA 4Z7EA 4HCWA 2A5TB 4PP0A 3G3FA 4DCXA 2ANJA 5AE4A 5HM4B 1H3DA 1MXYA 1H43A 1SDXA 4EQBA 3OEMA 2Y84A 4ONYA 5BWJA 5TP9A 1H44A 3GLBA 4BDRA 3VV5A 4IY6A 1UTHA 3SERA 4KHZE 4JSDA 2W7YA 5DVJA 4F19A 2DVCA 3CVGA 4FATA 1R9QA 2VOZA 3SEVA 1SW1A 2I48A 3SEXA 4NF4A 1TT1A 1AL3A 1LBCA 4NF5A 2R9JA 3OD7A 1DOTA 3USDA 4AB5A 2DE3A 1EZOA 3GBBA 1CE2A 3TAJA 3FVOA 1DMBA 1B5HA 3TKDA 4XKQA 1JETA 5IAIA 3F11A 2DQVA 2XXUA 2XXWA 3ECRA 3MPKA 1MY3A 3ODBA 1Z7ME 4ZZEA 1D4NA 2V25A 3PUVE 3V8XB 3TCGA 3LR1A 3VVDA 1US5A 4XIGQ 1LFIA 1BKAA 4U2RA 3IR1A 2A5SA 4QHQA 5F1QA 4R2FA 3MPLA 2ZXTA 4X48A 3RQTA 3UP9A 2I3VA 4YKKA 2O7IA 4OWDA 3M3FA 4R72A 3SEWA 4EQ7A 2NUVA 1FQDA 4MF3A 3IO4A 4NMYA 4OVJA 5JEIA 1T0KA 4ZE8A 1OMPA 3SEYA 4R6YA 1P1UA 3IX1A 4KD5A 4GOTA 1N7XA 3O6HA 3R26A 3FVKA 2B3FA 1PBQA 5I2NB 4IO2A 1XVXA 1GV8A 3UIFA 2F8DA 1O64A 4U21A 4DZ1A 2QL3A 3G3GA 1LFGA 3IOTA 4FE8A 5L9MA 1ZBMA 3QYTA 4XKPA 4F3PA 1Y4TA 2REGA 2O7UA 3HSTA 4Q5TA 4UA8A 1FW0A 4KQPA 4OTEA 5L9OA 2I49A 2R71A 2BJJX 3N5LA 3T93B 1WDNA 3U1OA 4Q8RA 3MVWA 1IXIA 4QRZA 3S9NC 4JDFA 2P0SA 4KR5A 2PT2A 4DLDA 1RYOA 1XHYA 1OLCA 1NL5A 2CZLA 3MZ9A 1O7TA 5H8QA 5H8NA 2I3WA 1NH8A 5KZTA 4OFJA 4F22A 1XT8A 2XD2A 3BFUA 1B3LA 3SESA 1A99A 1Y3QA 1IUDA 3O97A 4NF8A 2HQ0A 3FJMA 1Y20A 2XX9A 3ZSFA 4POXA 4IO3A 5ELVA 4U22A 3V83A 2D5WA 2DS9A 1FQCA 1LLSA 2OBGA 3JZJA 3M3LA 3CR9A 4GLIA 1QVSA 2Q88A 4F3BA 1FTOA 1N04A 3EN3A 2RINA 2H9BA 1M5DA 3DP4A 3H03A 1FCKA 4GIZA 4YMAA 1UIVA 3TCFA 3THIA 1VSOA 2F5XA 2THIA 5AA2D 2Q89A 4I1DA 1LCTA 1ZTYA 3K1NA 2V3TA 3CI8A 3PUYE 1DPPA 3DELB 3FV1A 1PB7A 3K2DA 3OELA 3IO6A 2HZKA 4RA1A 2OLBA 2OZZA 3K01A 4O3BA 1Q35A 3ILUB 1BTJA 5TU0A 3LSLA 1B9JA 2F35A 1S9TA 3H4ZA 5DT6A 5FTIA 1HSLA 1UTBB 3FXRA 1NMUA 4NF8B 2Q8JA 3U94A 3V5AA 1NFTA 2HCAA 1MS7A 3K1MA 4G77A 2ZYNA 2PBWA 3L6GA 4MBPA 1F9BA 4G4PA 1R9LA 2VD2A 1D9YA 1B05A 3VXBA 5DVIA 1OVBA 1SVXB 1UTHB 2H5YA 3DM0A 3KOTA 4U1ZA 4YU0A 1JNFA 4O3CA 3B6TA 1B58A 3K6WA 2Z22A 4RK9A 4ECFA 4EF2A 3TQWA 1POTA 3G7WA 4IGRA 4ZECA 4YB6A 1QUJA 1HSEA 3PPQA 4H67A 3MJNA 3TMGA 2Y7IA 4F29A 3HN0A 3LSFB 1VE4A 1WODA 1LB8A 3PUZE 4LZ8A 2QS2A 2RCBA 3UA8A 4P0IA 3A3CA 2ONKE 4ISUA 3BKIB 1PC3A 3MW0A 1D9VA 1URSA 1GTKA 5FHOA 4KCCA 1M5CA 3K00A 1A8EA 3KZGA 5LOMA 3EHSA 1B52A 2UYEA 1MQGA 3MVZA 4ELRA 1VR5A 4LA9A 1B1XA 2ZMBA 3CFZA 2XXIA 2H99A 3OSQA 1B3FA 3C31A 1OLAA 1IEJA 4YB5A 3JYRA 1XS5A 2GFEA 4N13A 5CMBA 2AL4A 1MY2A 1LSTA 2R6GE 2V3QA 1US4A 3TODA 1Y1ZA 2NWJA 3TZAA 3VDFA 1B4ZA 1LAFE 4XKRA 1QKAA 1H45A 3BBRA 2GHAA 3H6WA 3H6TA 4KYEA 2P2AA 4HCYA 4U4SA 3OO7A 5ISUA 5DYHA 3G3KA 3HO7A 3HCQA 3MBPA 3PD8A 3H06B 1B7ZA 3MWBA 3MVXA 4KCDA 1B3HA 4C0RA 1O63A 1Z7NE 3O9PA 1B0HA 4EXLA 4NTLA 1B7UA 1B3EA 1LAXA 3S4UA 1IXGA 1P1QA 1OQHA 1ZLQA 2YLNA 3IOUA 4H5GA 4JBZA 2QSXA 2DOJA 4KFQA 4NF4B 4EXKA 5J1DA 1LAGE 1N3WA 2I0CA 4YMBA 5I58A 2OWTA 2UVHA 1S7YA 1AH5A 4QFOA 3PPPA 4GL0A 4H5FA 3ZKLA 1B2HA 4H65A 3E3KA 3VLUA 5I57A 3UGWA 5KCJA 4LP2B 5EYFA 3I6VA 3EHUA 4OQOA 5DVFA 3T22A 3A3UA 4LUBA 2O68A 3AXFA 4GF8A 4ZS9A 3UORA 2O1MA 5EHSA 1Y4CA 4DXBA 1VFDA 3K0VA 3QAXA 3PPNA 3ZKKA 3E13X 3W9WA 4ELOA 5B7DA 5IKBA 3FD3A 4NWCA 2RKMA 1B40A 3JV9A 3KSJA 5CMCA 5K2YA 4LZ7A 3KG2A 1P1OA 3C9HA 3TEPA 4JWXA 2GHBA 2XXQA 1JW5A 1Y3PA 4LATA 3KN3A 5JTYA 2I58A 3KGCA 4IO7A 4KYSA 4KPTA 1MPBA 3N6UA 2F6PA 1NNKA 4QF9A 4R75A 2DXRA 1N76A 4F2QA 1MRPA 1MPDA 1EH3A 1RYXA 1TXFA 1A40A 3IOVA 3KN7A 1MXUA 3LUYA 4U1OA 4E0XA 3N26A 4PE5B 3PUWE 5I56A 4ELPA 3IJXB 1MM6A 1B0LA 2UVJA 4H8IA 1IQ7A 4BDOA 1I6BA 4E0WA 5I59A 2QJEA 3TQLA 1YPNA 2GH9A 1SYIA 3FV2A 3MUQA 1II5A 4TLMB 1A7LA 4NWDA 3RUMA 1MXVA 2F34A 4AB6A 1NNTA 1FQFA 4Z0IA 1NNPA 5FHNA 4JB7A 5H8NB 2F6GA 2UYFA 2HAUA 3PPOA 3TTLA 2X7QA 2D21A 4FAJA 4THIA 3U93A 2PT1A 2OCUA 3H6UA 4YZZA 2QS4A 2B3BA 3O2AA 4MH5A 5ICTA 1MXWA 1MDP1 2M8CA 4POWA 4QFPA 4G2ZA 1B32A 4YKPA 1AOVA 2F7CA 1IXHA 2XXTA 3CG1A 2Q2CA 3CFXA 2OWSA 3DP8A 3GBAA 3IAZA 3OO6A 4H0WA 1MXZA 5L9SA 1AIVA 1USYH 3TUSA 2DP8A 4G68B 4DXUA 1TFAA 1B4HA 2OK2A 1A54A 3G3IA 4TQUQ 3TTNA 1WVJA 3U92A 4RXLA 3RN8A 4QFLA 2VGQA 3K4UA 1BP5A 4ZZAA 3IJOB 1XC1A 4X9TA 3FXQA 2VD3A 5AA2B 1NNFA 4PQJA 1N0TA 2I6EA 3D4CA 3HHGA 3MZ1A 4G68C 1YTVA 3VVEA 4BDNA 1UTBA 1SYHA 2DWAA 2XX8A 3VXCA 3HHFA 3PUXE 1SI0A 4GXAA 1KWHA 4QSEA 4H8JA 1FQEA 4WEDA 2QRYA 2Q9TA 3O6GA 1IXCA 4G8NA 2HEUA 1LAHE 2REJA 4UACA 5H8HA 4LONB 4ZEBA 5L8DA 5CBRA 1YAEA 2HZLA 3HPIA 3PGFA 1OIBA 2Y7KA 1M5BA 4KI0E 4P11A 1N7WA 4G68A 3SDFA 3O28A 3M8UA 3RNNA 2AYSA 2RC9A 3FIRA 3FJGA 3I5OA 1A8FA 1MM7A 4IGTA 4OESA 1DTGA 4BDMA 1VFEA 3IL1B 3P7IA 4GXSB 1JEUA 4P0GA 4RY1A 1LB9A 4NF6B 4N6PA 3T96B 3T66A 2O51A 1MQHA 5DEXB 5CMKA 1B7HA 2O69A 2DWIA 1JVYA 3FZVA 4GD5A 5AA4B 5KDTA 4F31B 1POY1 4OFOA 1M5EA 3RT8A 3S2VA 2RC8A 1SQYA 2ZYMA 3B6WA 1N3XA 3FVNA 1SW5A 3M3KA 4M1VA 4U4XA 3S9EA 3S9LC 3OO9A 2QPQA 4OENA 2DWHA 4ESXA 4RK2A 2XX7A 4JSOA 3W9VA 3CIJA 5CM6A 5I56B 3SEUA 1JVXA 1MPCA 2Z8DA 2H98A 3MZBA 1ZMGA 2XXXA 3PV0E 4FECA 4IO6A 4R74A 3GXAA 2XXYA 2AL5A 4Q30B 3KN8A 2UVGA 4YAHX 4R9FA 3KJ7A 3MP6A 5I2KB 3T9HB 3EQ1A 2DXYA 4DE8A 1B5JA 3MAMA 3VLWA 1Y1MA 2ALUA 1ELJA 3IB0A 3KFMA 3OO8A 3RTWB 3RY3A 2QMWA 2IA4A 3LSWA 3W15C 4F1YA 3IK6B 3Q28A 1OQGA 2P1SA 3PD9A 4IO5A 1LCFA 4IY5A 2Z8EA 4OYVA 3TPAA 1EZPA 2X26A 1R1NA 3FJ7A 1UIUA 1BLFA 2LAOA 3MP8A 2F7BA 2DSFA 1M5FA 3E9XA 1GGGA 3C34A 2ZNSA 3ILTB 4MLVA 4Q0CA 1XVYA 3VE1B 4K3FA 3KJTA 2Y7WA 2F78A 4PFTA 3DLNA 5I57B 5JK4A 4H6DA 2X7PA 4OEVA 5TPAB 3VVFA 1LGBC 4XXUA 3PU5A 4YB7A 2XHDA 4BDLA 5I2KA 4ZEIA 4FJPA 3R6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QJMA 1B6HA 5HBCA 3B8BA 1LBYA 5EQAA 3PMVA 1SW4A 3V89B 3SKPA 3FATA 2V84A 4QFKA 3KSXA 3IOWA 2KLFA 3TDJA 3MP1A 4RYAA 2B65A 3PPRA 2XWOA 4PDHA 4XKNA 4EF1A 4GWWA 1MH4A 1USYE 4GWOA 2RF1A 3D4GA 2B4MA 3LC8A 4JXIA 3LSXA 2RCAA 3CHGA 2PYYA 1ZIUA 3VLVA 2V3UA 3C33A 5H8FA 1PB8A 2O1LA 1D9QA 3BIHA 5EHMA 4OERA 2NXOA 1NKXA 2V4CA 3FASA 4DCYA 1IIWA 4HTGA 4F3SA 4OEUA 2V93A 3Q26A 4QSCA 5CRYA 1JQFA 2ESNA 4YICA 1FBCA 2QS3A 1P1NA 4DDDA 5CI5A 1ZU0A 2PVUA 4PF8A 3OSRA 3MQ9A 1B51A 2O6AA 2PX1A 4GX3A 3IB1A 4FBPA 4MNIA 1FTMA 4ZDMA 4R6KA 2VP1A 1FPBA 4YKIA 1SI1A 3Q25A 4X1DA 4EQ9A 1JW4A 4PC9A 1KZ8A 4G8HA 4MIJA 1I69A 1FTKA 4QFNA 4HW8A 3MVYA 1ZKBA 4I9DA 4BDQA 1NV1A 1JEVA 5LDZA 4N4UA 4R9GA 3RTFB 4FEBA 3BIGA 3TTMA 3WAFA 1D3KA 3HV1A 2ONSA 4F18A 3KOSA 4DIGA 5K2XA 3FVGA 4R6HA 2CZIA 3N94A 2WKYA 1QUIA 2Z8FA 1BIYA 4IB2A 4Z7EA 2A5TB 5AE4A 2ANJA 4EQBA 5BWJA 3RPLB 3VV5A 4IY6A 2W7YA 3CVGA 2Q74A 4XEQA 2VOZA 1SW1A 1TT1A 4AB5A 2DE3A 1EZOA 1CE2A 3TKDA 3FVOA 1B5HA 4XKQA 3T1BA 1JETA 3F11A 1DBZA 3B50A 4ZZEA 1D4NA 2V25A 3V8XB 3LR1A 3VVDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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