5IAIA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein arad_9887 from agrobacterium radiobacter k84, target efi-510945 in complex with ribitol
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
KPLDGVTLTLASQNDPFGAVLTKLAAEFKQDTGADLKVEVMDYGTLLTKTTADFVGKTKGYDLVTMDIVWAGAYQANGYSVDLTDWVKRDAAELDLDDIYPVILQSLGQYKGHYVAFPFAAYANVLAYRKDLFQAAGLPVPTTVEELVSDAKKLTDPSKKQYGFVANGQKGPAVAQDWMQYNNQMGGSILDNDGKPALNSPENVKSLTVYKQLFVETAPPGAIEYDWGGREESFRQGAAAMMQTWSVGAPGYSDPASSNVVGKVGITTAPVGKGVPPQYGVGGWGMAINADIDPKQKEAAWTFIKWLVSKKIHKEFNMDGAGSFMRKSQMTDPDLTAKFDFLPVVAKTYENGNGEYRPRIPEYPEIQDILGSAVNSVLAGAAEPQAALDEAQVEAKKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Solute-binding protein
source organism Agrobacterium radiobacter
publication title Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_9887 from Agrobacterium radiobacter K84, target EFI-510945 in complex with Ribitol
rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter
total genus 142
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA02
4KQPA 4F3GA 4GXSB 1A40A 2QRYA 1FQCA 1Y3PA 2GRVA 1XC1A 3GBAA 3E4RA 3FATA 1PBPA 1RYXA 1PBQA 1XOCA 3T66A 1JETA 3M3LA 2AIXA 4EQ7A 1S50A 1N7WA 4OFLA 4RK9A 3S9MC 4FEDA 4PFUA 2F36A 3H7MA 3TTLA 1MM6A 3SESA 3H6WA 4U4SA 3KGCA 4F3BA 2XXHA 1Y1ZA 3EHSA 3QIMA 3RNNA 4H65A 2UVHA 3TPAA 2Q9TA 4NWDA 4IGRA 4ZEIA 1N76A 3OEMA 3LSFB 3SEVA 1N3XA 4XKRA 2XHDA 1B5HA 3MZ1A 2Z23A 4WXJA 1P1QA 3RTWB 4IO7A 3USDA 5TU0A 4LA9A 3EHTA 4M1VA 1QJMA 1OLCA 2BJJX 1YPNA 3K6VA 2F7AA 3N94A 1VR5A 5HPQA 1P1UA 5FTIA 3BKIB 4G8MA 4C1TA 4LQ2A 4NEDA 3PPPA 5EHSA 3FJ7A 2DOJA 5ITOA 4QFKA 3MJNA 3O2AA 3F11A 3TEPA 4XKNA 3P7IA 3TCHA 3A09A 5HBCA 4JXIA 1B1XA 4OQOA 2DQVA 5I57B 2DE3A 1LFIA 1LCFA 3CR9A 3B6QA 4ZZEA 3OEKA 3OD7A 3KOSA 3IJOB 3CFXA 4EQ9A 3IB2A 2HEUA 1MM7A 2XD3A 3O6GA 2A5TA 5I57A 3FD3A 3KN8A 3DP8A 2PT2A 3PMWA 4MFIA 1Y3QA 4YB7A 3MAMA 1EZOA 2H98A 5JK4A 3FVGA 4YB5A 4GFRA 2ZXTA 4LZ5A 5CBRA 4KPTA 4FECA 4LQ5A 4F1YA 4YICA 2QS4A 2DXYA 1MY3A 4NTLA 4F22A 3K01A 3Q26A 4RPNA 1XVYA 2XD2A 1LB9A 1US4A 2HFBA 4GL0A 3SKPA 2F7CA 3Q28A 2PX1A 3CI8A 4GLIA 5ITPA 3MZ9A 4EF1A 3HCQA 2PVUA 2ONRA 2W7YA 3TFLA 2I4CA 3CRBA 3PUYE 3VXCA 4X9TA 4FORA 2GH9A 1T0KA 3HO7A 3T22A 3QXMA 1OQHA 2ZYNA 3IK6B 1HSEA 3TCFA 4EQBA 3K02A 2XXTA 1IQ7A 3U92A 4X1DA 2ZYOA 1O64A 4KHZE 3SETA 4KCCA 1SD3A 1AMFA 2FYIA 3G3GA 4Q5TA 1LAHE 4FE8A 4DIGA 1Y20A 2Q2CA 2H5YA 4OENA 1DTZA 3K6XA 1SW2A 1QUKA 2REJA 5KZTA 2V3UA 4GRKA 3ZS6A 4LVQA 2NWJA 3K2DA 1B3HA 1NMUA 3DELB 4YAHX 1USYE 3O66A 4QFLA 3VLWA 1S7YA 2QJEA 1XT8A 3RT8A 1Q35A 3S9LC 4YKKA 3N6UA 3UIFA 1IXIA 3JYRA 4NWCA 2F8DA 4PE5B 4ZE8A 4GWOA 4ELPA 3HSTA 1UIVA 5AA2D 1R1NA 3S4UA 1SQYA 2X26A 3IOVA 2XXWA 4HCWA 3UORA 4ISUA 4KR5A 3OSQA 2CZLA 2H4IA 2ZMBA 1MXXA 3FVNA 1A7LA 2PT1A 1ATGA 4Z7EA 3TELA 3LBSA 5I56B 4P0IA 2I0CA 1UIUA 4LP2B 1DTGA 4DXBA 4YB6A 3PPQA 5DTBA 1LBCA 4OVJA 4IY6A 1XVXA 3PMXA 1SI0A 3IR1A 3PPNA 4H1XA 4F18A 1NL5A 4YU0A 1DOTA 1B0LA 1N7XA 3RQTA 5I56A 2B3BA 5FHNA 5H8QB 4OZ9A 3JV9A 3QUJA 4F39A 1MY2A 4AB5A 2HQ0A 1QKAA 3E3KA 4I62A 2M8CA 1SVXB 1MDP1 4QF9A 3U1OA 3VDFA 3V5AA 1LAXA 4OEVA 3FUZA 1P1OA 1H43A 3O28A 2O84X 4IB2A 2WKYA 2I48A 4DXCA 1O63A 5H8QA 4NF6B 2ALUA 4JSOA 3IB1A 1YTVA 3MP6A 4QSCA 4IGTA 5TP9B 1NNKA 2DYXA 5CMCA 1IUDA 2XX7A 2XXYA 1OLAA 1SYIA 2G93A 3RGYA 1PDAA 4NF6A 1URGA 2ONSA 3VVFA 1FQEA 5L8DA 3TUSA 4R73A 1B3FA 4R74A 2O1LA 2E1SA 3IO6A 3GBBA 4HS7A 1B1HA 1Q1KA 2Q88A 3U94A 4YKIA 4R6HA 3K1NA 2VD2A 2Q8JA 3CG1A 1B4HA 1MXWA 3TTNA 3PUXE 2HAUA 5I2NB 1MPDA 5ELVA 3R6UA 1LSTA 2F78A 2Q89A 2O69A 4TLMB 3T9XB 4QFNA 2OBGA 4H5GA 3EF7A 2AL5A 4MH5A 3FJGA 4KD5A 1FW0A 2DWHA 2F97A 4BLAA 1B3LA 1MQDA 5EHMA 2ZNUA 3D4CA 4I1DA 1TXFA 5ISUA 5I2NA 5CI5A 1OVBA 3MVWA 4TLLB 1ANFA 1MDQA 2XXPA 2FNCA 1RYOA 4RK2A 1LLSA 1MPCA 2VOZA 3IAZA 4NF4B 1GR2A 4WKMA 2DXRA 3HN0A 3PPOA 5JTYB 2QSXA 3LSLA 1NNPA 3O97A 2Z8FA 3TTKA 2X7PA 2OWTA 3VVDA 2R9JA 3IOUA 1FQDA 3BFTA 4G68C 1B3EA 4LUBA 3QYTA 1WODA 3ZKLA 1UTHB 2UYFA 2FA7A 2UYEA 3TKDA 1VFDA 3DLNA 5ICQA 3PGFA 4KYSA 1B0HA 5I2KB 3MQ9A 1MXUA 3AXFA 5JTYA 2VP1A 4U1OA 2XXVA 3I3VA 4M4GA 4UACA 4ZZAA 3QK6A 2UVGA 2NOOA 1AL3A 4IO5A 2D5WA 2DWAA 4MF3A 1FTJA 2ABHA 1H45A 1QUIA 5L9MA 2OZZA 3IJXB 1N04A 1M5EA 3L6GA 4ESXA 4H0WA 4X1BA 1FTMA 1M5CA 4DZ1A 5KCJB 5A5XB 2XXUA 2Q2AA 1FQAA 2V84A 2NUVA 3FVKA 3KJ7A 5AA1A 4ZEDA 3MPLA 3VE1B 4U21A 2H99A 3I6VA 1B3GA 1N84A 2ESNA 2DSFA 3VLUA 1MXYA 3K6UA 4H8IA 2ANJA 1GVCA 1FQBA 3PD8A 4QSEA 4KYEA 4G68B 3MBPA 4XTCQ 2VD3A 5I59B 1Y9UA 5KCJA 5A5XA 5HM4B 5F7VA 2I0BA 3KBRA 3LSWA 1P1WA 1B51A 4F3PA 2Y7KA 3VFJA 1OVTA 1O7TA 4Z0IA 4JSDA 4BDOA 4OHNA 2XXRA 4BDRA 4G68A 4P0GA 1LGBC 5TPAB 3PUVE 3PUWE 5I59A 3K6WA 3IOTA 3SERA 3ZSFA 2OCUA 1B5JA 1DSNA 4L17A 2P2AA 4ZE9A 2PYYA 4KCDA 5B7DA 1R9QA 4JDFA 5H8FB 3ILTB 2RF1A 5TPAA 3VLVA 3N6TA 2XX8A 3TQLA 4F3SA 4EF2A 5DT6A 3E13X 2HCAA 1B6HA 4U4XA 1FQFA 1IEJA 1URDA 1HSLA 1JW4A 1MY4A 2CMOA 2XXIA 5KDTB 2XX9A 1PB8A 1B7ZA 3R26A 4EUOA 5H8FA 3FGSA 4OYVA 4QHQA 1Z7NE 3RN8A 1B05A 1DPPA 1B9JA 2IA4A 3KSXA 1EZ9A 2DWIA 3UN6A 4AQ4A 3EN3A 4DE8A 2D3IA 4YKJA 1MXZA 5KDTA 1QUJA 4PP0A 3MP1A 3FJMA 3PMVA 3M8UA 5IKBA 1US5A 1A8EA 2RINA 3GLBA 3C35A 2HAVA 3MVZA 3OO6A 1JVXA 1FTOA 4YMAA 1XHYA 2Y7IA 4OERA 4F1VA 3VVEA 4XXUA 1M5FA 4OEUA 3MZBA 1IXCA 4HCYA 3I5OA 4ONYA 1H44A 4YKPA 4BDNA 3Q29A 3C32A 2B65A 1ZTYA 1MXVA 4E0WA 3KJTA 2I3WA 1MQJA 4XIGQ 4ECFA 1B32A 1M5DA 4RNSA 5K2YA 3V83A 3OELA 4GOTA 2QS2A 5CMBA 4R2FA 3CSGA 2HZKA 4R72A 4G8NA 4H5FA 5CM6A 3QUFA 1I6BA 4Q8RA 3OENA 4YMBA 2P0SA 4R9FA 3RLFE 5H8HB 3WAFA 4XKQA 3TTMA 1I69A 3MWBA 3LSXA 3KOTA 1MQIA 3KSJA 1J1NA 4RY1A 4H67A 4U22A 2UVJA 1MPBA 4G77A 3TYHA 1PC3A 2HZLA 4R2BA 3WAEA 3DP4A 1A55A 4LZ8A 1MY1A 1ZJLA 2Y7RA 1PEBA 4ESWA 5H8HA 1OQGA 4GD5A 3PV0E 5J1DA 2GFEA 4PFTA 3G3KA 3MP8A 3FXQA 4U23A 1MG1A 3C4MA 3TTRA 1D9YA 1QKBA 2OJTA 1WDNA 3MW0A 3CFZA 4F29A 1D9VA 1LBBA 3C36A 1SBPA 4THIA 4WEPA 3K1PA 4PFYA 1ZKBA 3TDJA 3KEIA 4I9DA 5LOMA 2QS3A 4X48A 4H6DA 5CMKA 2RCAA 2Y7PA 4N6PA 3GXAA 2ZNSA 4KFQA 1Y3NA 3R7XA 1EU8A 3O6HA 2O7IA 1A99A 1PB9A 3IOWA 4R6KA 2XXXA 1MH4A 3DP6A 3K1MA 1P1NA 1B4ZA 2Z8EA 4KYDA 4H8JA 2V93A 1B2HA 2LAOA 5CRYA 4TOZA 1Y4TA 1LCTA 3RY3A 2F34A 1NNFA 3PPRA 1ZU0A 3T96B 2YPNA 1MQGA 1MRPA 1IITA 2R71A 2YJPA 2Y84A 2IEEA 3HV1A 4JWOA 2P1SA 5FHMA 4RXLA 3UGWA 1DPEA 3W9VA 4GF8A 2DWJA 2QL3A 1JQFA 2THIA 1RKMA 3TZAA 1EH3A 5TP9A 4F1UA 2AYSA 3G7WA 1II5A 1SW5A 4O3CA 3MPKA 2H9BA 2I58A 3H4ZA 3SEUA 2AL4A 4ZS9A 3U8QA 1MH3A 4RYAA 1VE4A 4OESA 1B7HA 4FIMA 1B40A 2OWSA 1MS7A 3B7DA 1AH5A 1JVYA 4HTGA 3H06B 2PBWA 4GXAA 1I6QA 3CSBA 1WVJA 1YAEA 5DEXB 3DM0A 1H3DA 3QAXA 4IO6A 1LFHA 5DVFA 4MLQA 5AE4A 3K0VA 1QVSA 3KN7A 4HW8A 1TT1A 2F6GA 5FHOA 3OXNA 1MQHA 1LB8A 1ZIUA 1N3WA 3MC2A 4ZEBA 4OXVA 1R6ZA 3H03A 5DEXA 3O29A 3S9EA 4OFOA 4IY5A 3LR1A 1SYHA 2E0SA 4F2OA 2HXWA 5CBSA 4N07A 1Y1MA 3O6IA 2UXAA 3CVGA 3GZGA 4OWDA 3OOAA 3CFLA 3TAJA 2ZYKA 4O3BA 1PB7A 4DCXA 1L5TA 4RJZA 1BP5A 4NF4A 2A5SA 3THIA 4NMYA 3ILUB 4GL8A 4P11A 4POXA 4N13A 3RPWA 3T9VA 1ZMGA 3ONMA 1GTKA 1UTHA 1NFTA 3C34A 4U1ZA 4G4PA 4UA8A 3TQWA 5ICTA 5I2KA 3FXUA 2O1MA 3TMGA 3UA8A 2OLBA 2F5XA 4PFWA 5CC2A 1B52A 1GGGA 1JNFA 3T9HB 2QMWA 4K3FA 2Z8DA 3FXRA 2ZNTA 4NF5B 4GVOA 4PQJA 1SI1A 4OMBA 3V8XB 2OK2A 3U72A 4DLDA 4FJPA 3G3HA 4LATA 2DS9A 4KI0E 4TQUQ 4NF8B 5L9SA 1VFEA 4DXUA 4QFOA 3IORA 3H3GA 5DVIA 1B58A 4NF5A 3Q25A 5FTHA 1R9LA 3L6HA 2PMSA 3BFUA 4EXLA 2A5TB 2REGA 1BLFA 4R75A 4NF8A 1A54A 1Y4CA 1JW1A 3H6UA 2UVIA 3JZJA 3LUYA 3N5LA 4YZZA 2X7QA 1FCKA 4ZEKA 3W15C 2DVCA 5CMMA 4F31B 1USYH 1NH7A 3TCGA 3OO7A 1N0TA 3SDFA 1TWYA 3FIRA 3KZGA 3O9PA 3KFMA 4Q0CA 2ZYMA 1URSA 1VSOA 2DVZA 4E0XA 2G29A 4PETA 5DVJA 3HPIA 4F19A 2RCBA 4JWYA 3G3FA 3C31A 1OIBA 2GHAA 1UTBB 4DDDA 1KWHA 1BTJA 4OFJA 2V3TA 3RT6B 4ZECA 2B3FA 2DP8A 1UQWA 4ELOA 1NKXA 3G3JA 3MUQA 1NNTA 4RPOA 1Z7ME 2R6GE 3CG3A 3EQ1A 3IX1A 3V89B 2XXQA 3LC8A 2I3VA 5M2VA 3OSRA 1FTKA 2F7BA 1UTBA 3HHGA 4XKPA 2ONKE 4ZDMA 3C9HA 1NH8A 1POY1 5H8NB 4ND9A 3IO4A 3RUMA 4O3AA 1CE2A 1OMPA 3B6TA 2V25A 1YCJA 1LAGE 1S9TA 3KN3A 4IO4A 1FTLA 5H8NA 2H25A 5AA4B 1H76A 2V3QA 3G3IA 3A3CA 3FASA 4GQOA 3MVXA 2F35A 1AIVA 4NE4A 4BDQA 1SW1A 2NXOA 3KG2A 2O68A 3QSLA 3C33A 1JEVA 2RC7A 5AA3A 4GIZA 2VGQA 4OTEA 4IO3A 4G2ZA 4FEBA 5BWJA 3T93B 5AA4A 2YLNA 4DCYA 3FV1A 2RKMA 3OMBA 3BBRA 4C1UA 3ZKKA 1D4NA 3OO8A 5H8SA 3D4GA 3IL1B 4R6YA 3RTFB 3UP9A 4G8HA 4JWXA 2Z22A 3ODBA 2I4BA 4C0RA 1LAFE 3PUZE 5I84A 5I58B 3W9WA 1POTA 3CIJA 1BIYA 4U2RA 1IXGA 5L9OA 1JW5A 3FZVA 3FV2A 3T9UA 4JB7A 2VHAA 1F9BA 3MVYA 2I6EA 4JBZA 4MBPA 1A8FA 2RC8A 5EYFA 3E9XA 3Q27A 4IO2A 1HSJA 4BDMA 2O6AA 3PU5A 5DYHA 2NVUB 5I58A 2QPQA 4LONB 4FAJA 1ELJA 5AA2B 3IB0A 3PD9A 1SDXA 2Y7WA 2O51A 1IZ1A 1MY0A 3U93A 2DE2A 4OETA 3SEXA 4R9GA 5BUUA 1TFAA 3TODA 3S2VA 1P99A 1I6AA 4EDPA 1XS5A 3HHFA 3K00A 1QULA 4BDLA 4ELQA 1TFDA 4ELRA 5AA2A 3OO9A 3SEYA 1IIWA 3SEWA 2D21A 2O7UA 3EHUA 4EXKA 1B7UA 1ZLQA 3FVOA 1LFGA 3H6VA 2GHBA 2RC9A 1AOVA 5K2XA 2DE4A 1DMBA 1B5IA 1GV8A 3B6WA 1B46A 5IAIA 3ECRA 4MLVA 3S9NC 3M3FA 1M5BA 3VXBA 2KLFA 1IXHA 4AB6A 1SW4A 4ZEFA 3M3KA 4QFPA 1JEUA 1D3KA 4QSDA 2QS1A 2QMXA 4WEDA 2I49A 3A3UA 3EPEA 4Q30B 3H6TA 3N26A 4QRZA 3K4UA 2F6PA 4RA1A 4I8CA 5F1QA 4POWA 1BKAA 4F2QA 1QW0A 1CB6A 4FATA 5JEIA 5B70A 4LZ7A 3VV5A 1EZPA 1ZBMA 3UK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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