3TMGA

Crystal structure of glycine betaine, l-proline abc transporter, glycine/betaine/l-proline-binding protein (prox) from borrelia burgdorferi
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
266
structure length
266
Chain Sequence
LKSVKIGYVNWGGETAATNVLKVVFEKMGYNAEIFSVTTSIMYQYLASGKIDGTVSSWVPTADKFYYEKLKTKFVDLGANYEGTIQGFVVPSYVPISSISELKGKGDKFKNKMIGIDAGAGTQIVTEQALNYYGLSKEYELVPSSESVMLASLDSSIKRNEWILVPLWKPHWAFSRYDIKFLDDPDLIMGGIESVHTLVRLGLENDDFDAYYVFDHFYWSDDLILPLMDKNDKEPGKEYRNAVEFVEKNKEIVKTWVPEKYKTLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/
publication title Crystal structure of Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX) from Borrelia burgdorferi
rcsb
source organism Borrelia burgdorferi
molecule tags Transport protein
total genus 98
structure length 266
sequence length 266
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tmgA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3tmgA02
1MXWA 5DT6A 2PVUA 4POXA 1NNPA 1MQIA 1MXZA 4NF5B 1B3GA 1LBCA 3T9UA 4DZ1A 1URSA 4PP0A 2Z8DA 1S50A 4F31B 2O69A 4X48A 2AIXA 4QFLA 4F39A 2QPQA 4YMAA 1H44A 3RLFE 3H4ZA 5DYHA 3KSXA 1FTLA 1IEJA 4BLAA 3QXMA 1Z7NE 2UXAA 2ZYNA 4WEPA 1ZKBA 1D3KA 3PU5A 2D3IA 4I9DA 5H8FB 1OLAA 4IO5A 1FTJA 2VHAA 2DE4A 4C1UA 2RC7A 1BKAA 1JW5A 4XIGQ 2NUVA 3CG3A 2F6GA 1T0KA 3FVKA 4JWYA 1ZIUA 1I6AA 1B3HA 3M3FA 4RPOA 4FATA 2CMOA 4H65A 3FVGA 4R73A 4KR5A 5L9MA 5L9OA 4F18A 3QYTA 3G3IA 3C4MA 3CSGA 1XOCA 1HSJA 1MDP1 3UA8A 4Q8RA 3EHUA 3K02A 1P99A 4GL0A 5K2XA 4IO6A 2F35A 1XVXA 1OIBA 1LFIA 4PQJA 1JW1A 1M5BA 2DWIA 4R2FA 2H4IA 5AA4A 4BDQA 3FJMA 4NF6A 5I2KA 3ONMA 2WKYA 1N76A 4GOTA 1N7XA 3G3JA 1B7UA 1CB6A 1DOTA 4N07A 2PT2A 4F3SA 1KWHA 3IO4A 4O3AA 4GVOA 4F3GA 1TFAA 4WEDA 1B3LA 1NMUA 1MXYA 3SDFA 1QUKA 2E1SA 4GQOA 5FHOA 1ELJA 3UP9A 2D21A 3SEVA 2D5WA 3MZ9A 4LATA 3FD3A 1MXVA 3MC2A 4HTGA 2O1MA 4R6YA 2I4BA 5A5XB 3IO6A 1EZ9A 3MUQA 5AA1A 3PD9A 2QS2A 1LFGA 2XD2A 3QUJA 2I3VA 4XKRA 3VFJA 4F3PA 4OEVA 5I58B 4OXVA 3G3HA 3L6GA 3FIRA 3E13X 3FXUA 3SEYA 2ABHA 1SW5A 1I69A 4KYDA 5I2NA 4MH5A 5J1DA 4FEDA 1LB8A 1NNFA 5L9SA 1GGGA 3VLWA 3BBRA 3TTRA 1EZPA 2F36A 4QRZA 1IIWA 2UVHA 1R6ZA 1P1WA 4YKKA 3OENA 2UVGA 5KCJA 5EHMA 2F7BA 1LLSA 2A5SA 2Q2AA 1QVSA 3V89B 2YLNA 3WAFA 3ECRA 1IXHA 4FAJA 5FTHA 4LONB 4LZ7A 2XX9A 1EH3A 3O6HA 3EHTA 4XKPA 1IQ7A 3E3KA 4OZ9A 3UIFA 1MM7A 3OO6A 4AB6A 2QL3A 4RPNA 3U72A 1XS5A 4YB6A 3ODBA 5JTYB 3VVFA 3PUZE 5AA2A 2PYYA 1P1UA 3O28A 2QRYA 4N13A 1XHYA 4H0WA 4GIZA 4JSDA 3SERA 4O3CA 4X1BA 4OTEA 3OSQA 3BFUA 1XT8A 2ONSA 3PMVA 1Y1ZA 4OFLA 4OEUA 2GH9A 2DYXA 3B6TA 3C35A 1OMPA 3IK6B 5AA3A 1A99A 3HHFA 3RPWA 4RXLA 3FV2A 1SYIA 4LUBA 3FJGA 4ELRA 4DCYA 1LAXA 4R9FA 1MPCA 4GLIA 4DXUA 3GXAA 4JB7A 1A8EA 4Q5TA 4NF5A 1RYOA 2RC9A 3IOUA 3CSBA 3W15C 2O68A 3KJTA 2AL4A 4Z7EA 1SQYA 4DLDA 1QKBA 3OMBA 2DP8A 2XXIA 3TPAA 3UK4A 4R2BA 4HCWA 1NKXA 3F11A 2UVJA 1UTHB 2RINA 3ZKLA 3L6HA 4F22A 3TEPA 4KYEA 5TPAB 4ND9A 1JVYA 1M5EA 4OFJA 2H25A 3PPRA 4QFKA 2O6AA 2V93A 1PDAA 4UACA 2I3WA 1B7ZA 3O2AA 2A5TB 3SEWA 5H8FA 4R6KA 3S9MC 4EF1A 4YMBA 3LR1A 5DVFA 5AE4A 1B3EA 1B46A 1URDA 3IJOB 3PV0E 1O63A 2UVIA 3MBPA 4FJPA 4KFQA 4ISUA 5CMKA 4K3FA 4MLVA 4RK9A 1NL5A 2I4CA 3TODA 3TCGA 3TCHA 3T9HB 3N5LA 3T22A 3H3GA 2FYIA 3VE1B 2XXRA 1NH8A 4G4PA 3TTNA 3CFLA 4G2ZA 3DP4A 4YKPA 1FCKA 4O3BA 3O6IA 1WODA 3VVDA 3R7XA 1URGA 5F1QA 4LA9A 2ESNA 2HEUA 2IA4A 2XXTA 4OENA 3EN3A 1VSOA 2Z8FA 2P2AA 4OESA 4MFIA 1TXFA 4EQ7A 4PETA 4KI0E 5CBSA 3JYRA 4IO7A 1F9BA 3QIMA 1A8FA 1QKAA 3G3GA 4I1DA 4F2OA 4ZEBA 4N6PA 5I57A 1MY3A 1L5TA 3MP8A 3TQWA 1POTA 4IO4A 5ISUA 3HV1A 1AL3A 1B0HA 4YKIA 4QFNA 3OO7A 1LCFA 1OVBA 5A5XA 3VXBA 3KN8A 1M5FA 1JVXA 3FXRA 4H5FA 3PPQA 1ZTYA 3KN3A 3GBBA 1VR5A 3OEMA 1SI1A 4NWCA 2F7AA 1IXIA 3IORA 1Q1KA 5JEIA 5I58A 3MZ1A 3C34A 2GHAA 2AL5A 4ZEKA 2F7CA 5M2VA 3K4UA 3ZKKA 4U1OA 4LVQA 3TAJA 3THIA 3R6UA 1H3DA 3M3KA 1H76A 1SW2A 3RUMA 3T9XB 1LFHA 4JWOA 1N84A 1B5JA 1WVJA 1ATGA 4FE8A 3MAMA 4RA1A 1A54A 2ZXTA 1PBQA 3TMGA 2OZZA 1LSTA 4DE8A 1OQGA 4QHQA 1P1NA 3M3LA 4NE4A 4EXKA 1JQFA 3U93A 4F19A 5HBCA 1IXGA 1ANFA 4R72A 2Q89A 5EYFA 2O51A 3P7IA 1CE2A 4DCXA 1PC3A 3C32A 3IJXB 4MLQA 1YTVA 2I0BA 3T9VA 4ZE8A 4H8IA 1B4ZA 1FQCA 2PMSA 1BP5A 1D4NA 5IKBA 3RN8A 2ZNSA 1B6HA 4RNSA 1N3WA 3MWBA 3FVNA 2Y7IA 3USDA 2OK2A 4TQUQ 1ZMGA 4KCCA 3MVZA 1QJMA 3K2DA 5JTYA 1B9JA 1N0TA 3D4CA 3K1NA 4ZZEA 3HN0A 1MPBA 1O7TA 4JDFA 3KBRA 2V3QA 2X7PA 2XXYA 1VE4A 4P0GA 2THIA 3U8QA 2DXRA 3T66A 2RF1A 3UGWA 3V8XB 3IB0A 2HAVA 2R9JA 2Y84A 3TCFA 2FA7A 2H98A 4YU0A 2XXVA 1OVTA 2XHDA 1MXXA 5I56B 2XD3A 1Q35A 1MQDA 3DLNA 2XXWA 4U23A 3R26A 2DXYA 2VD3A 4EQ9A 3QSLA 1N3XA 4IO3A 2F97A 4NF8B 4DDDA 4G68A 2XXPA 4LZ5A 3RGYA 4ELPA 3PMXA 2H99A 3OXNA 2O7IA 3JV9A 3SKPA 1IXCA 3OEKA 4LQ5A 3OOAA 3TQLA 3RTWB 1B58A 4XKNA 2Q9TA 1UTHA 4DIGA 2QS1A 4U21A 3KFMA 1ZLQA 2ONKE 2O1LA 5TP9A 1LAHE 5TPAA 1DTGA 4C1TA 3RT8A 1DMBA 3A3CA 2RKMA 3KN7A 1B32A 4LQ2A 2A5TA 4XTCQ 2V84A 1MM6A 4FORA 2PBWA 3CR9A 3AXFA 1B5IA 2B65A 1FW0A 3OELA 3VXCA 4MF3A 3MW0A 3HPIA 4TOZA 5AA2D 4WXJA 3DP8A 3DP6A 1XVYA 2ZNTA 1SW1A 2H9BA 3MZBA 4YB7A 4NEDA 1MXUA 2O84X 4OFOA 3E4RA 2I6EA 2NOOA 4ZE9A 3ZS6A 1UQWA 3IB1A 1R9LA 5H8NB 2OLBA 3UN6A 2Y7KA 1MG1A 3PPPA 5FTIA 1IITA 4YB5A 4GFRA 3ILUB 3KOSA 1P1QA 4KQPA 1DPEA 3O29A 3E9XA 1NH7A 1LAGE 1JETA 4U4SA 4NF4B 3GLBA 3KG2A 3VV5A 1POY1 4H6DA 4YZZA 1B3FA 1US5A 3V83A 4F1UA 3TUSA 4JXIA 4H8JA 1M5CA 1N7WA 3A3UA 2Q2CA 3RQTA 3PD8A 1Y20A 3KZGA 1SVXB 3CRBA 2HZKA 2BJJX 3MJNA 2M8CA 1UIUA 1M5DA 4PFTA 2REJA 3MQ9A 4THIA 1A55A 1S7YA 3OO8A 2I58A 3FVOA 3V5AA 3C33A 1USYH 3CVGA 1B1XA 3LSWA 1I6QA 5CMCA 1PB8A 3FJ7A 3K00A 3OSRA 4IGRA 4WKMA 4GRKA 4IY5A 3RTFB 3MVXA 1B51A 5I59B 4DXCA 4ZS9A 1GTKA 1H45A 3K6UA 4M4GA 2YPNA 2ZMBA 1SD3A 3SESA 2OJTA 2QS4A 1B05A 4FECA 3VVEA 1Y3QA 3LSFB 1FTOA 3EHSA 2XX7A 3RNNA 1B1HA 1B0LA 1B5HA 4HW8A 2FNCA 4X1DA 3GZGA 1B2HA 3CI8A 1FQBA 1YPNA 1OQHA 3Q27A 3TELA 4RK2A 1MH3A 4PE5B 4RJZA 3SETA 5CI5A 4ZEFA 4ELQA 5DVJA 1AH5A 3PUVE 1A7LA 2DS9A 2OBGA 4IO2A 1YAEA 1MY2A 4R6HA 3IB2A 3FXQA 2I48A 2RC8A 2I0CA 3MP1A 3KGCA 4KD5A 3FZVA 3PPOA 3VLVA 1UTBB 2Z23A 3B6QA 1DSNA 4EXLA 1FQAA 1Y3NA 4IGTA 3O97A 2ALUA 2F6PA 3M8UA 4GXAA 2HQ0A 3TYHA 3PGFA 4P11A 4OQOA 3PMWA 3Q25A 2X26A 1MPDA 2OCUA 1MY0A 3IAZA 4GXSB 1FQFA 3EQ1A 1NNTA 3S9LC 1EU8A 2B3FA 5ITOA 2AYSA 4GD5A 3TKDA 3KJ7A 4OYVA 5HPQA 4G8NA 3TTKA 2DVCA 2F8DA 1S9TA 1B40A 2O7UA 3IOVA 3RY3A 5I56A 5ICQA 2GRVA 2LAOA 4I8CA 3QK6A 4OVJA 3U92A 2P1SA 1SI0A 3LBSA 1MRPA 4NF8A 5ELVA 3Q26A 1BLFA 3N26A 2PT1A 3ILTB 3Q28A 3K1MA 1LGBC 5BUUA 3H03A 1Y1MA 2VP1A 4XKQA 2Z8EA 2Z22A 1LB9A 3T93B 4TLMB 4EUOA 2NXOA 3TTMA 2HCAA 4OMBA 1TFDA 3QAXA 4M1VA 1SDXA 1O64A 3VLUA 1QUJA 3OD7A 3S2VA 4YKJA 2HXWA 3LSXA 1BTJA 1DTZA 3MVWA 4XXUA 4ZECA 3H6VA 1US4A 4F1YA 4OWDA 1Y9UA 4GWOA 2GHBA 5DEXB 3N6TA 5BWJA 2I49A 1LAFE 3W9WA 4MBPA 5H8QB 1AIVA 2XX8A 4ECFA 2F78A 3CIJA 4NTLA 3LC8A 3JZJA 1QULA 3H6WA 3U1OA 2DOJA 5H8NA 3O66A 4BDRA 4YICA 3CFZA 1H43A 4U1ZA 5JK4A 5H8HB 1JEUA 4QFPA 5H8SA 3OO9A 2NVUB 4NWDA 2Y7RA 3IR1A 3GBAA 1P1OA 1N04A 2QMXA 3S4UA 5KDTB 4E0XA 1SYHA 1II5A 4NF4A 3FASA 1FQDA 2F5XA 3C36A 5ICTA 5FHMA 4Q0CA 2GFEA 1PBPA 4AB5A 1PB9A 2Q88A 4HS7A 2HAUA 3T96B 2R6GE 2DE2A 1MQJA 5I57B 3DELB 3RT6B 1AOVA 4TLLB 3TTLA 3EPEA 4LP2B 2DVZA 1R9QA 2VGQA 1ZU0A 3FUZA 1SBPA 4F1VA 4I62A 5B70A 3LUYA 4JWXA 3MPKA 5FHNA 4E0WA 3HHGA 1JW4A 4ELOA 5CBRA 5DTBA 4Z0IA 1QW0A 4U4XA 2QSXA 5I59A 2OWTA 4JSOA 4EF2A 3G3KA 3MPLA 1LCTA 1MQHA 4POWA 3H6TA 3MP6A 5CM6A 2Q8JA 2DQVA 5I84A 1RKMA 2VD2A 3TDJA 3O6GA 2IEEA 2V3UA 4RY1A 4DXBA 2ZYKA 2CZLA 4H1XA 4X9TA 3U94A 4PFUA 2E0SA 3KEIA 2Y7WA 4KHZE 1QUIA 2QMWA 2X7QA 3W9VA 1UIVA 3D4GA 2HFBA 2REGA 3HCQA 2B3BA 5KZTA 3C31A 5K2YA 4ESWA 1AMFA 2P0SA 3TZAA 2V3TA 1B7HA 5CRYA 3B7DA 1PEBA 2ZNUA 2G93A 3K6VA 1D9YA 3G3FA 3HSTA 1MQGA 3TFLA 3PUYE 3UORA 4QSCA 1TT1A 3ZSFA 5IAIA 3CFXA 5DVIA 3IOTA 4Q30B 4RYAA 3BKIB 3N94A 3O9PA 1UTBA 1IZ1A 4R9GA 2R71A 3K6WA 5AA4B 3KSJA 2Y7PA 3K6XA 3IOWA 4NF6B 5I2KB 4OHNA 4QSDA 3PUWE 1JEVA 3S9NC 1R1NA 1FTMA 5L8DA 2DWHA 1VFEA 1J1NA 4BDMA 1MY4A 4OETA 4NMYA 2DE3A 1VFDA 3HO7A 2DWAA 1USYE 4P0IA 1B52A 4F3BA 4ZEIA 2DWJA 3S9EA 1FTKA 3KOTA 4G8HA 3K1PA 5LOMA 1WDNA 4F2QA 4H5GA 4LZ8A 4BDOA 1ZJLA 2HZLA 1SW4A 5CMBA 2KLFA 4IY6A 4C0RA 4ONYA 5CC2A 1TWYA 5ITPA 1BIYA 2V25A 1DPPA 2ZYMA 3IX1A 3CG1A 4FEBA 3A09A 2RCAA 4EQBA 4G68B 5EHSA 3N6UA 3IL1B 4U22A 3QUFA 2XXUA 4G77A 3I5OA 2ONRA 4QSEA 3DM0A 2ANJA 2XXQA 1MS7A 4KCDA 1B4HA 1Y4CA 3FGSA 1HSEA 1MH4A 5I2NB 2YJPA 4YAHX 3I3VA 2XXXA 4R75A 5TP9B 4U2RA 1OLCA 1NFTA 4OERA 2DSFA 1FQEA 2G29A 1ZBMA 5B7DA 2UYEA 4EDPA 1IUDA 2OWSA 3Q29A 3SEUA 3FV1A 4QF9A 4FIMA 1Y3PA 2QS3A 1MDQA 4ZEDA 1YCJA 4G68C 4HCYA 4JBZA 5KCJB 3K01A 4BDNA 5TU0A 1XC1A 2UYFA 1PB7A 4BDLA 1RYXA 1GR2A 3MVYA 2NWJA 3K0VA 2QJEA 3B6WA 3BFTA 4R74A 3C9HA 5DEXA 2H5YA 4KYSA 3WAEA 2PX1A 1GV8A 1A40A 3VDFA 3H7MA 5CMMA 5H8QA 2XXHA 3PPNA 3G7WA 4ZDMA 4F29A 2F34A 4G8MA 3PUXE 4QFOA 1NNKA 3EF7A 1HSLA 4L17A 2VOZA 3LSLA 5H8HA 4AQ4A 4PFYA 3H6UA 5AA2B 1GVCA 4GF8A 1JNFA 4PFWA 5KDTA 4GL8A 1MY1A 4KPTA 2RCBA 5HM4B 1EZOA 1Y4TA 4UA8A 1Z7ME 4ESXA 2W7YA 5F7VA 1I6BA 3SEXA 1LBBA 4H67A 1D9VA 3H06B 4IB2A 3FATA 2ZYOA 4ZZAA 3I6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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