4YAHX

Crystal structure of the methionine binding protein, metq
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DPNHIKVGVIVGAEQQVAEVAQKVAKDKYGLDVELVTFNDYVLPNEALSKGDIDANAFQHKPYLDQQLKDRGYKLVAVGNTFVYPIAGYSKKIKSLDELQDGSQVAVPNDPTNLGRSLLLLQKVGLIKLKDGVGLLPTVLDVVENPKNLKIVELEAPQLPRSLDDAQIALAVINTTYASQIGLTPAKDGIFVEDKESPYVNLIVTREDNKDAENVKKFVQAYQSDEVYEAANKVFNGGAVKGWLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The contribution of methionine to the stability of the Escherichia coli MetNIQ ABC transporter-substrate binding protein complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords D-methionine-binding lipoprotein MetQ
total genus 78
structure length 245
sequence length 245
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yahX01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yahX02
3EHTA 5I57B 4QSEA 3FD3A 1QKBA 1WODA 1Z7NE 3IK6B 3S9NC 3VLWA 3TCGA 4H65A 2Z8FA 3PPOA 2ZYMA 2ZNTA 3G3HA 1QUJA 3MP6A 5TP9B 2DVCA 3N5LA 1H45A 5BUUA 2DE3A 4OYVA 2V93A 3H6TA 4OESA 4NWCA 5CBSA 1B4HA 4R6KA 3OENA 4X1DA 4F2OA 1OVTA 2PVUA 2AL5A 2I3VA 1B7UA 1B46A 2Y7KA 2HZKA 3ONMA 2UYEA 4HTGA 5I2KB 1EZPA 1QVSA 4EXLA 3O97A 4KYSA 2QMXA 5TPAB 4FIMA 3HN0A 2DP8A 2QSXA 1ZU0A 3D4CA 5H8QA 1II5A 3ZSFA 1B4ZA 4XXUA 2ONSA 2VD2A 3I6VA 4XKPA 1BKAA 3SESA 4ZE9A 4DLDA 4MH5A 3K2DA 4MFIA 1HSLA 3FV1A 1S7YA 1MXYA 1VE4A 4LA9A 1NNPA 4OMBA 3HV1A 3H7MA 4X48A 1MQJA 5ELVA 4QFPA 1R6ZA 3KJTA 1MXVA 3IB1A 4K3FA 4DXBA 3IAZA 4I62A 4GRKA 3N94A 3VV5A 1KWHA 1VFDA 2XXRA 2H99A 1OLCA 4LP2B 3JV9A 4OFOA 1NL5A 3L6HA 1F9BA 3BFTA 1SW4A 1Y4TA 3ZKLA 1LLSA 4GXSB 2H98A 4XKNA 3K6VA 1URGA 4IO4A 3IR1A 4OERA 2RC9A 1SBPA 3IJXB 3MVXA 3QYTA 3TTLA 3FV2A 4MLVA 1SQYA 3ILUB 3E4RA 3ECRA 3UORA 3BBRA 3U1OA 1GTKA 4I8CA 1IEJA 3PV0E 1MQIA 3H6UA 5DEXA 3OO7A 2UVGA 4NF8A 1RYXA 3T66A 5CC2A 3OD7A 4H5FA 3LSFB 2ZYOA 1NFTA 3RUMA 4BLAA 4DZ1A 3OEMA 2O6AA 2V3UA 3SEYA 4DE8A 3O6HA 3Q29A 4G68A 3MZ9A 3FVNA 4RY1A 2I58A 2NXOA 1Q35A 5BWJA 3GXAA 1N3WA 1ZIUA 3OSQA 2XXWA 3Q27A 2PX1A 3PUWE 1JNFA 5I56B 3M3FA 1CE2A 3RGYA 1N3XA 3I5OA 5K2XA 1H76A 3QIMA 3CR9A 4OZ9A 4IB2A 4Q5TA 2ABHA 3SKPA 4ELRA 4F18A 5DT6A 1VFEA 4LUBA 2R6GE 2O1LA 1ZBMA 3OOAA 2B3FA 4ZDMA 2GH9A 5H8NB 1A8FA 1NH8A 4GL0A 5HM4B 3CFXA 1M5EA 3T9UA 1SYHA 4R75A 4THIA 1MDQA 5I2NB 3KG2A 4FECA 3R7XA 2HEUA 3UP9A 4JWOA 1MY3A 4E0XA 3SEUA 3PMVA 1PBQA 4YU0A 1R9LA 4JBZA 4QFKA 3TTNA 2O84X 4G77A 2B3BA 1I6QA 2ONKE 4KCDA 1B9JA 2FA7A 2QL3A 2QS4A 1CB6A 4EDPA 4U23A 4YB5A 3RTWB 1SW2A 1A7LA 2XHDA 4ZEBA 1MM7A 3C35A 2DVZA 4BDLA 4H1XA 2QS2A 1MXUA 3PPPA 4FEBA 2QS1A 3RTFB 4HCYA 3HO7A 4M1VA 3S9EA 1DOTA 3C36A 4YMBA 2IEEA 1US5A 2F34A 4PFWA 3GZGA 1B0HA 1PBPA 1VSOA 1FQCA 1POY1 2AIXA 5I57A 4ESWA 3M8UA 3SDFA 3TODA 4GF8A 3V83A 5F7VA 5I58B 3CI8A 3Q26A 2Y7WA 4ZEKA 4IO2A 1MXZA 2H9BA 3O66A 4NF6B 4GFRA 2B65A 3OO9A 3C9HA 3EF7A 1N76A 3RPWA 1MS7A 4BDMA 4QRZA 5TP9A 3MW0A 3O6GA 3KEIA 3RLFE 2LAOA 1EZ9A 2CMOA 1IXCA 1MG1A 4M4GA 4U4XA 3FXRA 4OTEA 5DTBA 4NF4B 1N7WA 4FJPA 2YJPA 4ELPA 1D9YA 3S9LC 1MH3A 4PFUA 5LOMA 4EUOA 3OMBA 3EPEA 1H43A 2GHBA 1IXIA 4O3CA 4IY6A 1P99A 4XKQA 2Y7IA 5DVFA 4G2ZA 5TPAA 4KR5A 2F7BA 1TFDA 3UK4A 4EQ7A 1L5TA 4OHNA 5M2VA 5AA2D 5IAIA 1MQDA 1IIWA 1XOCA 2XXIA 3QXMA 1OQHA 5I84A 2ESNA 5FTIA 3TKDA 1OMPA 1UIVA 3G3KA 1LB9A 4LZ8A 1PB7A 3FVKA 2OZZA 4EXKA 1D4NA 4P11A 3UGWA 5B7DA 2ZYKA 1T0KA 2RC7A 2V25A 2F35A 1WDNA 1Y3PA 1A40A 5FHOA 2DS9A 3OEKA 4ZEFA 1LAXA 1MPDA 4AB6A 2I3WA 2DYXA 1IITA 2XXQA 3K1MA 3FIRA 1BLFA 2O7UA 3CVGA 3KGCA 3PUVE 4I1DA 4U1OA 5I59B 4YZZA 1XHYA 1D3KA 4ELQA 2IA4A 3QAXA 4F2QA 4ISUA 2F6GA 3LSXA 3S4UA 3KN7A 3EHSA 3K6WA 1NMUA 2F97A 4YKKA 4ZECA 3S9MC 4ZS9A 1FQFA 5FTHA 3PMXA 1R9QA 2F6PA 1RYOA 2D21A 4U21A 1Y4CA 4BDOA 1B3HA 1GV8A 2OWTA 3TCFA 1O7TA 3FVOA 2O7IA 4GOTA 5JTYB 4AB5A 4N13A 1MH4A 2X7QA 3VXCA 3TUSA 1ZMGA 3DM0A 2F7AA 3B7DA 4G8MA 4DCXA 4U2RA 2Z22A 3MC2A 5FHMA 3TAJA 2RCAA 4POWA 4ESXA 2O1MA 4OWDA 1FQAA 1JW4A 2NUVA 2HCAA 1B5IA 4P0IA 2QMWA 5I56A 4WKMA 4Q0CA 3TCHA 1I6BA 1USYH 1O64A 3K4UA 2A5SA 3HCQA 2H5YA 1IXGA 2ANJA 2V3QA 4YKIA 1FTLA 3H06B 2OJTA 2UXAA 1A99A 3QK6A 3OO6A 3K01A 1B40A 1M5DA 1P1QA 3K0VA 2W7YA 5H8NA 3EHUA 2REGA 4RA1A 3MBPA 4KI0E 1NNKA 1VR5A 5AA4B 4YKPA 3G3IA 1QULA 5I2NA 1IUDA 3IJOB 4IO3A 4QFLA 2ZNSA 3TQLA 1LFIA 4FORA 2XXTA 1SW1A 4X9TA 2OWSA 3A3UA 2PYYA 5H8FB 5L9MA 4GLIA 5K2YA 4N07A 2AYSA 3TQWA 1LGBC 4DXUA 3WAFA 3S2VA 1MM6A 1NNFA 2RCBA 5CMBA 1MPCA 2RF1A 3QUJA 3G7WA 3MVWA 3FXQA 3ZS6A 5FHNA 3H6VA 1USYE 2GRVA 4LZ7A 4OVJA 4ELOA 1FW0A 3O28A 2Q2AA 5CI5A 3CRBA 1URDA 3M3LA 1FTMA 1B05A 2I4CA 4F3GA 4R2FA 4KFQA 2V3TA 1P1UA 1R1NA 4KHZE 1MY0A 4R9FA 3B6TA 1SD3A 1PB8A 4F3SA 4HS7A 2GHAA 4IO5A 5IKBA 1IXHA 5ITOA 3IX1A 2ZXTA 3RNNA 2ALUA 5CRYA 3H4ZA 1MY4A 4WXJA 3RT8A 5I58A 3IOWA 1B5JA 1PDAA 2XXHA 4FAJA 2VD3A 3A09A 4O3BA 2DXYA 3P7IA 4OETA 4NF6A 3U72A 5CMCA 4OEUA 2YLNA 2A5TB 3USDA 4JWXA 4KYDA 1PB9A 1EZOA 3RQTA 3JZJA 4F39A 2E0SA 4DCYA 4U22A 4F22A 2Q8JA 1OVBA 1XC1A 5DVJA 1H44A 2DWAA 2QPQA 1HSJA 1ANFA 1LFHA 4NF4A 2HAUA 4X1BA 5AA3A 4DDDA 4LZ5A 5F1QA 2P2AA 4ZEIA 2THIA 1LAGE 4HCWA 4PFTA 1B3FA 3FVGA 3ILTB 2GFEA 3HPIA 2HQ0A 1YCJA 1IZ1A 5B70A 3PD9A 1D9VA 1JVYA 1JEUA 1M5CA 4OFLA 4UACA 3MPKA 2OK2A 1EU8A 3U92A 2UYFA 3WAEA 1O63A 4R6YA 5KDTA 2H25A 3RN8A 1FTJA 4N6PA 4H8IA 3FXUA 1ZLQA 4IY5A 5ITPA 1Y9UA 5CMKA 3Q28A 3THIA 1B58A 4NMYA 2VP1A 2XX8A 3K00A 5ICQA 4KPTA 2QS3A 2DXRA 3N6UA 4IGTA 3V89B 1UTBB 4KD5A 4F19A 3MPLA 1FQEA 3TFLA 4G4PA 3B6QA 4Q8RA 2Z8EA 4C0RA 1LFGA 3I3VA 4Q30B 5L8DA 4GXAA 3BKIB 2O69A 4ECFA 1ZJLA 3F11A 5DVIA 3KOTA 1AIVA 3LR1A 1P1OA 3LC8A 3SEXA 1NKXA 3FASA 2DWJA 5I59A 4YKJA 2FYIA 2FNCA 1RKMA 1LB8A 5KZTA 2DOJA 4RPNA 1ATGA 1OQGA 1FQDA 3MZ1A 3OSRA 2XD2A 3O29A 4R9GA 3DP6A 3V5AA 4MF3A 1LCTA 2Y7PA 4YMAA 1MDP1 5A5XB 2VHAA 4ONYA 1B7ZA 3T9HB 1B32A 4F31B 4NWDA 4WEPA 1GR2A 2F7CA 3PUXE 1B7HA 1XVYA 3KBRA 3PUZE 4OENA 3SEWA 5JTYA 4JSOA 1SDXA 3O6IA 2DSFA 1B3LA 4YICA 3KN8A 3U93A 1Y3NA 2ZYNA 4EQBA 2PMSA 3QUFA 3QSLA 3IB2A 3VLVA 3KSXA 1MXWA 5HBCA 3VE1B 3LBSA 4ZEDA 4YB7A 3GLBA 1BTJA 2Z8DA 5KDTB 1N0TA 3T96B 1XT8A 1SW5A 2RC8A 4ZZEA 3LSLA 3MWBA 4MBPA 5L9OA 3IOTA 4GL8A 1Y1MA 3TTRA 4PQJA 4HW8A 1DPEA 2NOOA 3FGSA 3LUYA 4JB7A 2BJJX 4R74A 3HHGA 1BIYA 3PMWA 5AA4A 2VGQA 1PEBA 4POXA 5TU0A 5AA2B 4QFOA 3G3GA 4RYAA 5CBRA 3CFLA 1B6HA 3MAMA 4OQOA 3MUQA 4RK9A 1XVXA 4FATA 5H8FA 4MLQA 3CIJA 3TZAA 2X7PA 3T9XB 4JXIA 5EHSA 2QJEA 3CSBA 3T93B 4F29A 4GVOA 3FJMA 4NF5B 4TOZA 4NTLA 4EF2A 3V8XB 4LQ5A 4FEDA 3U94A 1PC3A 3ODBA 4L17A 2QRYA 1MXXA 3TTKA 4Z7EA 1B1XA 5JK4A 4H67A 3UIFA 3HSTA 2XXUA 4XIGQ 2X26A 1QW0A 4H5GA 1FQBA 5CMMA 1JQFA 3H3GA 3TPAA 3U8QA 1DTZA 4RXLA 4RK2A 3T22A 3IO4A 4EF1A 4RJZA 2XXYA 2V84A 4TLMB 2F36A 1AOVA 1I6AA 2RINA 5JEIA 3IO6A 4KCCA 2D5WA 4F1YA 1US4A 2VOZA 2Q89A 1B5HA 1P1WA 4R2BA 4BDRA 4LVQA 3FUZA 3DELB 3EQ1A 3VVEA 1DTGA 1QJMA 3L6GA 1Z7ME 4QHQA 1UTHB 1URSA 4F3BA 2A5TA 3CFZA 5KCJB 4H6DA 4GWOA 3VVFA 1MPBA 4JWYA 2NWJA 4OXVA 1M5BA 3MVZA 2O68A 4LQ2A 3DP8A 1SYIA 3CSGA 4XTCQ 4QSDA 3G3FA 4DXCA 3KFMA 3C32A 3LSWA 3MP8A 1A8EA 1POTA 5EHMA 2I0BA 2DWIA 4U4SA 1S9TA 1I69A 1N84A 3ZKKA 4H8JA 4TQUQ 2E1SA 1NNTA 2REJA 1NH7A 1SVXB 3GBAA 4NEDA 2CZLA 5CM6A 1JEVA 1OLAA 3TYHA 1DSNA 3CG3A 3K1NA 3PGFA 3TMGA 3K1PA 5L9SA 3IOVA 3PPQA 4AQ4A 3T9VA 3FZVA 3W9WA 2D3IA 2G29A 3SERA 1LAHE 3VVDA 1BP5A 2P0SA 3SETA 4LATA 2HFBA 1JW1A 4PFYA 4R6HA 2R9JA 3C31A 5DYHA 5H8SA 2HXWA 4GIZA 2WKYA 1Y3QA 1UTBA 1S50A 1DPPA 4ND9A 1QUIA 3MQ9A 3UA8A 3TDJA 4WEDA 5ISUA 3EN3A 2XXVA 4G8NA 2OLBA 3E13X 1FTOA 3MJNA 3OXNA 3BFUA 4KQPA 1TFAA 1UQWA 4R72A 2HAVA 2M8CA 3H03A 2F5XA 3FATA 5J1DA 3RY3A 3TTMA 3JYRA 3E9XA 5H8HA 4YAHX 5H8QB 1JVXA 2UVJA 3K6XA 2F78A 3SEVA 3VDFA 3DLNA 3OO8A 2G93A 1N7XA 1B1HA 2OCUA 1GVCA 1IQ7A 5A5XA 1LCFA 1Y1ZA 4KYEA 3H6WA 3KN3A 4U1ZA 1MQGA 1UIUA 3KJ7A 1YTVA 3MVYA 4PE5B 3K02A 1B2HA 4R73A 3KZGA 3E3KA 3FJGA 3VFJA 4IGRA 4ZZAA 3IORA 1AMFA 3IB0A 4OEVA 2PBWA 2Y84A 1SI0A 1AL3A 4GQOA 3K6UA 1ZKBA 4ZE8A 3Q25A 3G3JA 5ICTA 2Q88A 4YB6A 4P0GA 4EQ9A 1XS5A 2Z23A 3VXBA 2DWHA 1FTKA 3M3KA 1DMBA 2ZMBA 2KLFA 4QF9A 1LSTA 3W15C 4IO7A 2R71A 3O9PA 4C1TA 1B0LA 1B52A 1ZTYA 1EH3A 3VLUA 2XD3A 3KOSA 3PPNA 1MY1A 5EYFA 1TWYA 3RT6B 3PU5A 1LBCA 3IL1B 1OIBA 2I6EA 5AA2A 4RPOA 3KSJA 5DEXB 2XX9A 4NF8B 1QKAA 2F8DA 1MY2A 3TEPA 2HZLA 1WVJA 4F1VA 2DE2A 2DE4A 2UVHA 4F3PA 4XKRA 2Q9TA 1SI1A 1HSEA 3MP1A 3FJ7A 4NF5A 4G68B 2RKMA 3N26A 4E0WA 2YPNA 3DP4A 2ZNUA 3C4MA 5H8HB 2XX7A 5AE4A 4OFJA 3R26A 2P1SA 4DIGA 2I4BA 3PPRA 2AL4A 5AA1A 2XXPA 2DQVA 4RNSA 2UVIA 4NE4A 1YPNA 3MZBA 4JSDA 5HPQA 3PD8A 2NVUB 1QUKA 2ONRA 4PETA 1P1NA 3A3CA 2Y7RA 3B6WA 2I48A 3N6TA 2PT1A 1JETA 3HHFA 2OBGA 2PT2A 1ELJA 4LONB 5I2KA 4JDFA 4C1UA 3UN6A 1LAFE 1H3DA 4F1UA 3OELA 3IOUA 1UTHA 4FE8A 5KCJA 3CG1A 4G8HA 3TELA 2O51A 4BDNA 1A54A 3W9VA 3C33A 1Q1KA 2Q2CA 1MQHA 3D4GA 2I0CA 4BDQA 1Y20A 2I49A 1FCKA 1A55A 4GD5A 3C34A 4O3AA 1TT1A 1GGGA 1TXFA 1B3EA 3O2AA 4H0WA 1B51A 1B3GA 1AH5A 4IO6A 2XXXA 1J1NA 1MRPA 4TLLB 4G68C 4I9DA 3GBBA 4QSCA 4PP0A 4Z0IA 3R6UA 4UA8A 4QFNA 1M5FA 1JW5A 3PUYE 2H4IA 1YAEA 1N04A 3AXFA 1LBBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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