4ZE8A

Pbp acca from a. tumefaciens c58
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
ERRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 147
structure length 491
sequence length 491
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze8A02
1P1NA 4GFRA 1JVXA 4H6DA 4G77A 1N7XA 3H6VA 1MH4A 1HSEA 4Q0CA 1A8FA 5J1DA 2D3IA 1GVCA 5EHSA 2PMSA 4YKIA 4F3SA 3G3GA 2Z23A 4YMBA 1P1UA 4C0RA 2F6PA 3IOWA 2XXHA 1MM7A 1B9JA 1R9QA 3PPQA 5CMMA 2QSXA 1NH8A 5JTYB 1OVTA 3K01A 1VR5A 4UACA 2R6GE 4O3CA 4N13A 4U2RA 1UIUA 2GH9A 2DVCA 2HZLA 2RINA 3IOVA 3SEXA 4R73A 1VFDA 1FQFA 3U1OA 4F2QA 1BKAA 2ZYKA 5TP9A 5CBRA 1IQ7A 1GTKA 4OFLA 1IXCA 1A55A 3LR1A 5KCJA 5BUUA 4QFPA 1UTBA 1M5FA 4R72A 1B05A 2DE3A 3FXQA 2DYXA 2IEEA 1Y3PA 2KLFA 3O2AA 1QVSA 1JVYA 3FTOA 1AOVA 2VD3A 4ELOA 3IORA 2OCUA 3T9VA 3O6PA 5JK4A 1B4HA 2Y7IA 2DXYA 5ISUA 3ILTB 3K00A 4LQ2A 1NNTA 1PB9A 2O1LA 4KFQA 4N07A 3CFXA 5F1QA 1MQDA 2AIXA 3H6WA 1H3DA 2CMOA 4XKPA 4EDPA 1LFGA 3FGSA 1R1NA 1WVJA 2NUVA 1B3FA 4PFYA 2QMXA 4GWOA 4EF1A 2F8DA 2WOPA 4YB7A 1ZTYA 4Q30B 1SVXB 3HHFA 1AL3A 3IJOB 4NF6A 1P1OA 3ILUB 1B1XA 3FVOA 1JW1A 1RKMA 4LZ8A 3N94A 3C9HA 3QUJA 4NF4A 4QSEA 1N0TA 3OMBA 3PUXE 3K02A 4RPNA 5ELVA 4Z0IA 1OLCA 1SYIA 1WODA 3KN8A 4WKMA 4NF8A 4PFUA 5DEXA 4OETA 3TZAA 4RXLA 1I6QA 3H6TA 2ANJA 2UVJA 2I48A 2G29A 4X1DA 5H8NA 3IOTA 1QUJA 2M8CA 3CI8A 1DMBA 1DPEA 3CRBA 2Q8JA 4R6KA 4JB7A 5KCJB 1Y4CA 3GZGA 1UTBB 1B52A 3LVUA 1PBQA 4QHQA 3RY3A 2GFEA 4LP2B 3TTKA 2LAOA 1US4A 3DLNA 5I2NA 1Y20A 4YAHX 2Y7PA 5ICQA 1B51A 3O9PA 3VDFA 1B7UA 3MP8A 3OO9A 4GIZA 4PFTA 3L6GA 2FYIA 2R71A 4OEVA 1SW4A 1LAFE 3N6TA 3KGCA 1B7HA 3Q25A 4DXBA 4H5FA 4AB6A 4ONYA 3HV1A 3EHUA 4GL0A 2Z8EA 3S9MC 1ZKBA 4JWYA 3TEPA 3MP6A 3ZKKA 3DP8A 1MQIA 4RYAA 1Q35A 3MZBA 1EZ9A 2F34A 2XXWA 4OMBA 4C1TA 3A3UA 4LZ5A 4KYDA 1B4ZA 3FJGA 4NF6B 4R2BA 4LATA 2ZNTA 5ITPA 3IL1B 1MS7A 2ZNUA 1EH3A 4NWDA 3MP1A 4ELRA 3FVGA 4IB2A 3SKPA 4F1YA 4ZEIA 4RJZA 5JEIA 1AMFA 2DQVA 3LSXA 2RKMA 3V8XB 1D9VA 3TCFA 3CFLA 3KN3A 4NF8B 1GR2A 4KYSA 2XXVA 2RCBA 5DEXB 1GV8A 3B6WA 4G2ZA 2A5TB 1PB8A 1S7YA 5H8FA 3DP4A 3PV0E 4L17A 5DVFA 1B3HA 4YU0A 4GL8A 4H1XA 4NF5A 1SW1A 3O28A 1B5IA 5H8NB 2QJEA 4LVQA 1LAXA 3O6HA 3LBSA 2XXTA 3FZVA 3C36A 4BDQA 1PB7A 5CM6A 1XS5A 3QSLA 1FTJA 5I2NB 3QIMA 1MDP1 2P0SA 2F7AA 1QW0A 2O51A 4R9GA 4U22A 2Q2AA 3SDFA 2B3FA 4XIGQ 4EQ7A 5HPQA 3C34A 4OWDA 3IB0A 2O84X 3O97A 3QAXA 4ZEBA 1LB8A 1P1QA 3MPLA 4TLLB 1N76A 3PGFA 3OOAA 3DRIA 4LQ5A 2A5SA 1NL5A 5TPAA 4ZEKA 3TTNA 1OVBA 2V93A 2Y7WA 3IB1A 4C1UA 4U4XA 4FJPA 3M3LA 4ZE8A 2F7CA 5L9SA 4G4PA 2XD2A 1YAEA 3HHGA 1HSLA 4KCCA 1SW2A 2P2AA 3KOSA 2UXAA 3FD3A 3K6WA 3FXUA 4DLDA 4BLAA 4R75A 2H4IA 2R9JA 4G68B 3DRFA 4P0GA 1A40A 1B3GA 1TFAA 5H8FB 3DRHA 1RYXA 3QK6A 4QFKA 4NF5B 4GVOA 3T96B 1FTMA 3VFJA 3HSTA 3SESA 1LAHE 1AH5A 3OO7A 4G8MA 3SERA 2X26A 4DDDA 4FATA 3ECRA 1IEJA 2F7BA 3ONMA 5H8SA 1MXZA 1LLSA 2DWIA 5DVJA 1B40A 2DWJA 4M4GA 3U93A 4MLQA 3THIA 1PC3A 3PUVE 5AA3A 4RA1A 1J1NA 1B3EA 2ONSA 3KSJA 3K1PA 1XVXA 2GHAA 2VD2A 3USDA 3HPIA 4XKQA 3RT6B 4QSCA 1POY1 4HCWA 1ZU0A 1WDNA 2DSFA 2F97A 5TPAB 2XX8A 2I49A 1B0HA 1LSTA 4GQOA 3HO7A 3OEKA 2DP8A 1MXWA 2WKYA 5DYHA 3FJ7A 3IB2A 2F35A 2XXQA 4ZZAA 3BKIB 4GLIA 1JEUA 3VLUA 5FTIA 3CFZA 4I62A 2HXWA 2OWSA 3VXBA 4MH5A 4N6PA 3CG1A 1R6ZA 3RT8A 5I56B 3C32A 3M3FA 4Z7EA 1FQCA 3MVXA 3WAEA 3KSXA 1Y1ZA 2ALUA 1IZ1A 1MY3A 3UP9A 3L6HA 4JWOA 4DIGA 1NFTA 4EQBA 2X7QA 2NXOA 4QFLA 1EU8A 3CG3A 4F19A 2Q89A 4WXJA 5I58A 3D4GA 3MZ1A 3VXCA 4YB5A 3OXNA 3GBAA 1FCKA 2I0BA 4G8NA 2V3QA 3IO4A 3KOTA 4H67A 1FQAA 4Q5TA 4ZEDA 3DELB 4F39A 2HQ0A 1SI0A 3W15C 4O3BA 3PU5A 3JYRA 1B5JA 1OQHA 1MY1A 1QUKA 3OD7A 1M5EA 2DE2A 4FECA 2UVGA 4U1ZA 2DVZA 4F1UA 3MVZA 4M1VA 3FV2A 2XXUA 1N3XA 2ZYNA 2I4BA 2QL3A 2W7YA 1JEVA 4ND9A 4OESA 2Y84A 3RPWA 4UA8A 2UYFA 3MBPA 1LFHA 1B46A 1UTHB 1ZLQA 5I57B 4R6YA 3OO8A 2GRVA 3I5OA 4IO3A 1MQGA 4X1BA 3ZSFA 3IK6B 1URSA 5CRYA 3FVKA 1NMUA 2PX1A 3W9VA 4POWA 1DTZA 3PD9A 3M3KA 5FHMA 1T0KA 5I2KA 4TLMB 3TTLA 1ZBMA 5EHMA 3GBBA 2RCAA 2FA7A 1D4NA 3VVFA 3KEIA 2H5YA 2VHAA 3TTRA 2WOLA 3PD8A 4PP0A 3OSRA 3H3GA 3T66A 3N6UA 3D4CA 1FQBA 3KFMA 5CI5A 1UQWA 3TAJA 1VE4A 2VGQA 5TP9B 5I58B 1FW0A 3MQ9A 4O3AA 3M8UA 4R6HA 4RPOA 2Z8DA 1MY4A 3O6GA 4JBZA 3DP6A 5B70A 3MVYA 4POXA 1XVYA 2B65A 1H76A 1B1HA 2I58A 4KPTA 1FTKA 4BDRA 2ZNSA 1IITA 1O63A 4IY6A 4OQOA 4DXCA 3CSGA 2NVUB 4YKKA 3V5AA 4OFJA 3TDJA 4H0WA 4OZ9A 2XXIA 2O68A 2QS1A 1NNFA 1MPDA 4QRZA 1A99A 1JETA 3KJTA 3DRGA 4OXVA 1IIWA 1O64A 3IOUA 1CE2A 1YPNA 3TQLA 3A3CA 3S9LC 2ZXTA 3FXRA 4KD5A 4YZZA 5FHOA 3VLVA 4OERA 2AYSA 5IKBA 1M5BA 4NTLA 2B4MA 2HAUA 4YB6A 4IO5A 4K3FA 3TQWA 3TKDA 1QKBA 4HS7A 5I2KB 4NF4B 1ZMGA 3MUQA 1B32A 1I6BA 5K2XA 3U94A 5H8HA 3E3KA 3C4MA 3S2VA 3OEMA 1Y9UA 3IJXB 1OMPA 3MJNA 4QFOA 1N84A 4MBPA 4RNSA 4NEDA 4H8JA 4NE4A 2ABHA 3UN6A 1GGGA 5KDTA 2X7PA 4MFIA 3C35A 4NWCA 5AA2D 3QXMA 1LCTA 2QS4A 3KBRA 1IXGA 4PETA 5AE4A 4KCDA 2E0SA 1PEBA 3O6IA 3RN8A 3TYHA 3PPNA 4JWXA 4EXKA 2RC9A 1BP5A 3EF7A 2G93A 4XKRA 1MQHA 4HCYA 2QRYA 2UVIA 1P99A 1S9TA 1B2HA 3EHTA 4GD5A 1I6AA 1XHYA 4ISUA 1IXIA 2O1MA 4EXLA 2ZMBA 3HCQA 4KI0E 3K1MA 5AA4A 1D3KA 3LSLA 3TUSA 2OJTA 2ESNA 2PVUA 1N7WA 1OQGA 1S50A 4YKPA 3UGWA 3OENA 1URDA 1FQDA 5FTHA 2HEUA 1BIYA 5H8QA 1N04A 2D5WA 4TOZA 3TELA 4BDMA 3JV9A 2HAVA 4GF8A 1FTLA 3TCHA 4FIMA 4ECFA 3SEVA 4HTGA 3LSFB 3S9NC 2RF1A 3K0VA 1F9BA 3TMGA 4ELPA 1MDQA 2B4LA 4IGRA 3K6XA 1B58A 1QKAA 5CMBA 3ZKLA 2O69A 2Z8FA 1DPPA 4ELQA 3K1NA 5JTYA 4GOTA 2HFBA 4GXSB 1MH3A 3GXAA 5KDTB 3CR9A 2I3VA 2YPNA 4DCXA 3T9UA 2Z22A 2D21A 1D9YA 1A8EA 3B7DA 5ITOA 1M5CA 3R6UA 2YLNA 3IX1A 3V89B 4JDFA 4YMAA 2Y7RA 3S4UA 3IR1A 2XD3A 3H7MA 4IO7A 3VE1B 3I6VA 2V3TA 3UIFA 3SEYA 1B5HA 3MZ9A 3RTWB 3FJMA 3CIJA 1JW4A 3RYAA 4DZ1A 3OO6A 4GRKA 2VOZA 4OFOA 1MXXA 1IUDA 5HM4B 1OLAA 4DE8A 5AA4B 3OSQA 5AA2A 2PT2A 2ONKE 3TPAA 2AL5A 2WOKA 1TWYA 1LAGE 3TFLA 1LBBA 3V83A 3TODA 1USYE 3T9XB 2H25A 5H8QB 3H4ZA 2Y7KA 3EHSA 5K2YA 2O7UA 2QS2A 2Q2CA 4YKJA 2F6GA 2DOJA 1B6HA 4AB5A 4QSDA 4F31B 2XXRA 5AA1A 1UIVA 1NH7A 2P1SA 4IY5A 1VFEA 1AIVA 2RC8A 5I59A 4XKNA 4YICA 4ZDMA 3G3HA 4EUOA 4F29A 4OTEA 1R9LA 5CMKA 2I3WA 4R74A 4FE8A 3G7WA 1II5A 3FUZA 1Z7NE 3MVWA 3C31A 3CSBA 4BDOA 3MC2A 1SYHA 2QMWA 3S9EA 5L8DA 3SEWA 3MW0A 1LCFA 3PUZE 3WAFA 3RTFB 3UA8A 1LBCA 1TT1A 1BTJA 1H45A 2XXXA 4F3PA 2O7IA 4FEBA 1XOCA 1BLFA 2ONRA 1LB9A 2H99A 5F7VA 1POTA 3VV5A 1VSOA 1LGBC 1MXVA 4P0IA 2UVHA 1MG1A 4JSDA 1TXFA 3R26A 3E9XA 4H8IA 1TFDA 3ODBA 3E13X 3GLBA 3DRJA 5KZTA 4F1VA 4ZS9A 1ANFA 2F5XA 1Z7ME 3RQTA 1MRPA 4THIA 3LC8A 4E0WA 3O66A 5AA2B 1I69A 4OENA 3PAMA 4WEPA 2F78A 1H43A 3QUFA 4OYVA 2DWAA 3T93B 3Q29A 4OHNA 2DS9A 1EZPA 3PUYE 1QULA 2B3BA 3PPRA 4ZEFA 4ZECA 3RNNA 1B7ZA 2DWHA 2V3UA 3K6VA 2THIA 1JNFA 4RK2A 3CVGA 5I59B 3TTMA 3U92A 2I0CA 1DSNA 2DXRA 2XXYA 3BFTA 5CMCA 1Y3NA 3BBRA 1MY2A 4R2FA 3DM0A 4QF9A 4X9TA 1N3WA 3TCGA 5DTBA 3PPPA 2A5TA 1QJMA 4FORA 2DE4A 1H44A 3U72A 1MM6A 1DTGA 4KR5A 1XC1A 4F22A 4JSOA 4I8CA 3LSWA 1MY0A 3C33A 3KN7A 2OK2A 1JW5A 4R9FA 1NKXA 4PQJA 3RUMA 3P7IA 3EQ1A 3KZGA 3MPKA 1CB6A 5B7DA 2V84A 2PYYA 4NMYA 2YJPA 2CZLA 3EN3A 3W9WA 1MPBA 3G3FA 1FTOA 4I9DA 1SW5A 3MAMA 4PE5B 2NOOA 4KHZE 1ELJA 1DOTA 3PMXA 2Q88A 2BJJX 3A09A 3JZJA 3IAZA 2RC7A 2XHDA 1LFIA 1M5DA 2HCAA 4EF2A 4MF3A 1SD3A 4XXUA 1B3LA 4MLVA 1NNKA 1SQYA 5HBCA 2REJA 3T22A 4FEDA 2UYEA 4E0XA 2QS3A 2FNCA 3PUWE 4IO4A 1Y1MA 4IGTA 5L9OA 3H03A 1IXHA 3RYBA 4ESWA 3VLWA 3IO6A 3QYTA 4PFWA 3N26A 4F18A 5FHNA 3AXFA 4BDNA 3Q28A 1PBPA 3FVNA 4G68A 1ATGA 3LUYA 4FAJA 3K2DA 3PMWA 2XXPA 1B0LA 5A5XA 1MXUA 4G68C 4ZZEA 4JXIA 3RGYA 3Q26A 1A54A 5I84A 1OIBA 4P11A 4F2OA 3DRKA 3HN0A 1RYOA 3R7XA 5ICTA 5DVIA 2AL4A 3PPOA 3UORA 5BWJA 3KG2A 1SDXA 4U4SA 4Q8RA 4WEDA 1O7TA 3CHGA 2I4CA 3H6UA 1URGA 4LONB 1PDAA 3N5LA 3K4UA 2E1SA 1SBPA 1MPCA 4EQ9A 1NNPA 2VP1A 2ZYOA 2REGA 1XT8A 3B6TA 3B6QA 1ZJLA 4GXAA 2IA4A 3T9HB 2Q9TA 3G3IA 4KQPA 1Y3QA 5M2VA 3U8QA 4ESXA 3F11A 1P1WA 1Y4TA 4LUBA 4H5GA 1ZIUA 2H98A 2F36A 5IAIA 4H65A 4X48A 4BDLA 5CBSA 4OVJA 5CC2A 1US5A 5H8HB 2I6EA 1QUIA 1USYH 1L5TA 3O29A 3RLFE 5TU0A 3BFUA 4KYEA 4HW8A 4IO2A 2OZZA 2XX9A 3FATA 5I56A 2QPQA 4RK9A 3I3VA 3FIRA 1MXYA 2GHBA 2PT1A 3VVEA 2XX7A 1Q1KA 3SEUA 4QFNA 4DXUA 5L9MA 4I1DA 4LZ7A 5A5XB 4RY1A 3KJ7A 4AQ4A 4OEUA 4F3BA 2O6AA 1YTVA 3ZS6A 4TQUQ 5DT6A 1JQFA 3SETA 3FV1A 3K6UA 2V25A 3FASA 3E4RA 4U1OA 1MQJA 4U23A 4IO6A 1YCJA 2OLBA 4DCYA 3G3JA 4G8HA 1EZOA 1HSJA 4U21A 3UK4A 1FQEA 3Q27A 4LA9A 3H06B 5LOMA 3MWBA 2PBWA 4XTCQ 1KWHA 3G3KA 3EPEA 5EYFA 4ZE9A 2HZKA 3VVDA 2OBGA 1A7LA 3PMVA 2ZYMA 2H9BA 4F3GA 2NWJA 3OELA 1SI1A 2OWTA 1UTHA 5I57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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