4ZE8A

Pbp acca from a. tumefaciens c58
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
ERRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 147
structure length 491
sequence length 491
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze8A02
1BTJA 3V8XB 3KJ7A 1YPNA 2REJA 3MUQA 1B51A 2PT2A 2XXHA 3TQLA 1UQWA 2Y7RA 3QUFA 4YMBA 1XVYA 2H4IA 3VFJA 1JEUA 4QSDA 4K3FA 3PD9A 2ABHA 1Y4CA 2QS4A 5FHOA 3T9XB 2XX7A 4HW8A 4F18A 5B70A 1B6HA 1N84A 4R2BA 3N6UA 4PFUA 3O29A 2VP1A 4HCYA 3SEYA 4XKPA 2QS3A 3OEMA 2DWIA 4BDMA 1XT8A 2RC9A 4EF1A 2Q8JA 3DRKA 2W7YA 1L5TA 1B3GA 3PV0E 1NNFA 3O6HA 1QUIA 2P1SA 4FIMA 5F7VA 1LFGA 4F2QA 2RCBA 2D3IA 2ESNA 5FHMA 2F6GA 4NF8B 4RNSA 3DRFA 1B1HA 1P1WA 4QFPA 3N6TA 4GOTA 3KG2A 1PBPA 4QFKA 1JW5A 1LB8A 3LVUA 1MH3A 1OVTA 1Y1MA 1POY1 3K1PA 3TMGA 2QS1A 3MPKA 4LZ8A 3MQ9A 4JWOA 3OSQA 4Q30B 3UIFA 2F7CA 1GR2A 1P1QA 4QHQA 4F31B 4GLIA 1P1UA 4JWXA 4YKPA 3SEWA 4OENA 2WOPA 3MZBA 2DVCA 2VHAA 3GBAA 3FXQA 4ECFA 3TCFA 4YKJA 2LAOA 1UIUA 2ZNTA 3DM0A 1DOTA 2UXAA 5DVIA 4TOZA 3SKPA 5JTYA 2ZXTA 1JETA 3O28A 4PE5B 5I2KB 2PX1A 2THIA 1SYHA 2O1MA 3TYHA 3O2AA 3DP8A 2X7QA 1R1NA 3EHUA 4NMYA 4O3AA 1MY1A 4R9GA 1EZOA 3PAMA 4RJZA 5AA2A 1US5A 2DSFA 4ESWA 2O68A 2RINA 1LLSA 4LP2B 4FECA 1A7LA 2ZYMA 5FTHA 4KFQA 4RPOA 4YKKA 5H8FB 3OO6A 4DIGA 4RPNA 2GHBA 1B7UA 5M2VA 1ZJLA 3THIA 3DRJA 5I2NB 5I59A 4OEUA 1II5A 4R73A 2ZYKA 4F3SA 4NF4B 4GL8A 1FTLA 4KQPA 1NH8A 3PPNA 2OK2A 5CMBA 5DYHA 1B4ZA 1QJMA 2O7IA 2E1SA 3KN8A 1URDA 1B05A 1GVCA 2WOLA 3OXNA 3SEXA 3C4MA 3RUMA 1IXGA 1MXUA 3PUXE 4LZ5A 2CMOA 2R71A 1EH3A 1RYOA 3H7MA 4MFIA 5HM4B 4QSCA 2HZLA 4F22A 4NWDA 1GV8A 4MLVA 4Z7EA 3FASA 1JQFA 4ISUA 1N76A 3PMWA 3G3IA 5AA1A 3R7XA 2O6AA 5AA4B 3RYAA 3IJOB 5AE4A 5A5XB 3FV1A 1M5CA 3KZGA 4OXVA 4ELOA 1US4A 1IZ1A 1B5IA 2P0SA 3O6GA 2XX9A 1BP5A 4XKQA 2E0SA 1IIWA 3K1NA 4NF5B 3GLBA 3BKIB 2B4MA 5H8HB 4ZEKA 3BFTA 3FVKA 5LOMA 1BLFA 5FTIA 5KZTA 4ZEFA 3W15C 3TTKA 3W9VA 4YKIA 2RKMA 3FUZA 3R26A 4BDRA 2ZMBA 5B7DA 5A5XA 3MBPA 5L9OA 1CB6A 3MW0A 1POTA 3V89B 1JEVA 3SEVA 1WODA 1LAXA 3K6UA 5CMMA 1LCFA 2B3BA 3PMXA 3DLNA 3TELA 4C1UA 1B52A 1B58A 2KLFA 2QPQA 3DP6A 4H8IA 1XS5A 5F1QA 2Q2CA 4BLAA 3CI8A 2F5XA 2ONRA 4I8CA 3RYBA 1N7WA 2XX8A 3KEIA 3M3LA 4LVQA 5I84A 1N3WA 3MZ9A 2HAVA 4R6YA 3RTWB 1H45A 3CVGA 2XXQA 1A54A 5H8NA 3U1OA 5L8DA 2DWHA 1Z7NE 2I0CA 3B6QA 2QSXA 1B7HA 3K2DA 4E0WA 4F19A 5I59B 4WKMA 4YB7A 2H9BA 2V3UA 3VV5A 3LUYA 3T96B 3KOSA 5I58A 4H0WA 4QFOA 1H3DA 1FTJA 1MY0A 1UTBA 1MQIA 4IO7A 4ZDMA 5K2YA 4JXIA 5DVFA 1USYH 3U94A 2B3FA 4DXUA 2DQVA 4KYSA 4H65A 2ANJA 2NUVA 4OZ9A 1QUKA 3PPOA 4GXAA 5CI5A 4I9DA 4NE4A 1FTMA 3IO6A 3ONMA 4F1UA 5CMCA 3I3VA 3RNNA 2VD2A 2QS2A 1D9YA 3RTFB 3MP6A 1JW4A 2Z8EA 4U1OA 1B46A 3S4UA 3MC2A 4YICA 3A3CA 3OO9A 4QFNA 3T9HB 4U22A 1RYXA 4G68B 1H43A 1B1XA 3FVGA 3H4ZA 4FJPA 4R9FA 3ZS6A 2F8DA 2I6EA 1LSTA 3FATA 3U72A 5HPQA 3D4CA 3EF7A 4XIGQ 1R6ZA 1IEJA 5IAIA 1ZMGA 4FE8A 3K00A 2G29A 3FD3A 3HCQA 1FQBA 3ZKKA 4IY6A 2XXYA 5K2XA 3A09A 3AXFA 2NOOA 3UA8A 3BFUA 1ZLQA 1SBPA 3HSTA 1GTKA 3C9HA 4JB7A 2OCUA 3C36A 4POXA 1B3LA 4OHNA 1H44A 3IOTA 3DRHA 2FYIA 4OTEA 1MXZA 4IO4A 4AB5A 1NNKA 5JTYB 2NWJA 5DVJA 1O64A 2ONKE 3EHSA 3OENA 3H03A 1NH7A 4GD5A 3R6UA 3K0VA 2PT1A 2GHAA 3M8UA 2PYYA 4H6DA 4F3BA 3E3KA 2VGQA 3CIJA 4U2RA 2F36A 1QW0A 1CE2A 5I58B 4AB6A 2F35A 3FXRA 3KJTA 1ZBMA 4G77A 4H1XA 4OFLA 4X1BA 4LA9A 5J1DA 2XXTA 2Q2AA 3IB1A 4Z0IA 4EDPA 2I4CA 1BKAA 3L6GA 1MY3A 2B65A 3FV2A 2H98A 4OWDA 1B2HA 1JNFA 1NFTA 2DP8A 4U4SA 4EQBA 3I6VA 1VE4A 3ODBA 5BUUA 4EUOA 3C32A 1DTZA 1LB9A 1QULA 2XXWA 3HHFA 2P2AA 4R74A 1D9VA 1EZ9A 3VVEA 3RPWA 1J1NA 3PPPA 1Z7ME 2NVUB 3KGCA 3HN0A 5EHSA 4RA1A 1LFIA 3HO7A 4ELRA 3PPRA 1B3FA 3G3KA 2XXRA 3LR1A 3WAFA 1HSJA 2DWAA 2Z23A 1YTVA 2Y7IA 3DP4A 2XXUA 3TPAA 1WDNA 3IR1A 3Q27A 4HS7A 4HTGA 1A40A 2CZLA 5ITOA 4ZECA 4EQ7A 4ZE9A 1PEBA 1N04A 2UVIA 3B6WA 4U4XA 4O3BA 3PUWE 3E9XA 2O7UA 4HCWA 4YZZA 3TDJA 1B40A 2A5SA 3GBBA 3M3FA 3O6PA 4POWA 2DYXA 5H8QA 4KYEA 3FJMA 3D4GA 3Q26A 1WVJA 4PQJA 2M8CA 3B6TA 3E13X 4GWOA 3MAMA 4NF6B 4NEDA 4ZEDA 4THIA 3VVFA 3FTOA 1N7XA 3C35A 2V84A 3LC8A 5CBRA 3QUJA 1FQAA 4C1TA 4EQ9A 4DZ1A 1ZTYA 4MLQA 3ZSFA 3SESA 4N07A 1Q35A 1B4HA 1FTKA 3H3GA 3LBSA 3PUZE 1QVSA 2I48A 3MWBA 1SYIA 4ZEBA 1PDAA 3KSXA 3P7IA 4BDQA 1MG1A 3OSRA 1YAEA 4MBPA 2XHDA 4RYAA 2DE4A 5HBCA 2PBWA 1Y3QA 4LONB 1F9BA 3OMBA 1URSA 1NNTA 3JV9A 3MP1A 4LUBA 1A55A 2AL5A 3TFLA 4JWYA 2ZNUA 2V3QA 4F3PA 5H8NB 1ZIUA 3GZGA 3OOAA 2XD3A 4PFTA 2HEUA 1R9LA 1MPCA 4OETA 1KWHA 2H99A 5ITPA 4YMAA 3CHGA 3VXBA 3K6XA 3N26A 2VOZA 3CG3A 4OERA 1ZKBA 4ZEIA 4XXUA 2AL4A 5JEIA 1AOVA 3RLFE 1PBQA 1MXYA 1TWYA 3IL1B 3OEKA 1P1OA 1M5FA 1MXXA 4H67A 2R6GE 4GF8A 3K4UA 1I6BA 4IO3A 3IAZA 3VXCA 4E0XA 2OLBA 3S9EA 1DPEA 4DE8A 2F97A 3TTNA 2YJPA 3TZAA 3O6IA 1R9QA 1B5HA 2DXYA 1O7TA 1SQYA 3MP8A 3O97A 4BDLA 1B7ZA 3EQ1A 4KI0E 3L6HA 3TUSA 1OMPA 2XXVA 1I6QA 5CM6A 1RKMA 1QKAA 5H8HA 3C34A 1MY2A 3TTRA 1S7YA 4NF5A 4TQUQ 4LQ2A 4BDOA 1B0LA 1P1NA 4F39A 5CMKA 3G3GA 1AIVA 2QL3A 3DELB 1I69A 2DS9A 2FA7A 2OBGA 1EU8A 4OFOA 1EZPA 1Q1KA 4GXSB 5H8SA 3T93B 3FJGA 4EXKA 3DRGA 2Q89A 1UIVA 4QRZA 4UACA 4N13A 2X7PA 3GXAA 4JDFA 4ESXA 5I57B 1SI0A 2O84X 3K1MA 2XD2A 3IO4A 3PUYE 5L9MA 1LCTA 2OZZA 4OYVA 4TLMB 2XXPA 4Q0CA 5ICTA 5KCJB 4XKNA 4N6PA 3OO8A 4F29A 3O66A 3TCGA 4IGRA 4C0RA 1A99A 3EN3A 2I3VA 2A5TA 4ZZEA 1IXHA 3K01A 1IXIA 4IGTA 4ND9A 4R2FA 5DEXA 4KCCA 1D3KA 2F7BA 3RY3A 3DRIA 1IUDA 4F3GA 4OESA 2HZKA 3CRBA 5ICQA 3FJ7A 4U23A 4FATA 2UVJA 1MY4A 2I4BA 3QXMA 3VE1B 1MXWA 2GRVA 4LZ7A 3UN6A 1N0TA 1HSLA 2YPNA 4R6KA 2HCAA 4BDNA 5KDTB 1AH5A 5TU0A 1MH4A 4GVOA 3PU5A 4YU0A 4OMBA 3KOTA 2HXWA 3LSXA 1B5JA 3LSFB 4PETA 2V25A 4XTCQ 5EHMA 1VFDA 1VSOA 1A8EA 1GGGA 3B7DA 3BBRA 4YB5A 4ZZAA 5DTBA 1XC1A 4DXBA 3MVYA 3FVOA 3EHTA 5TPAA 1N3XA 4ELQA 1T0KA 2I49A 4EF2A 1M5EA 1AMFA 1ELJA 1TFAA 4R6HA 4Q8RA 1A8FA 1FQFA 1IITA 2OJTA 3TODA 2Z22A 1OLCA 1SVXB 2I3WA 3CSBA 3KBRA 1Y3NA 4MF3A 3FGSA 4P0IA 1MDP1 1IQ7A 3S2VA 1LAFE 1PB9A 4PFWA 3G3JA 3PD8A 4NF8A 2QMWA 2H25A 2Q88A 3VLVA 3KN3A 4KD5A 3G7WA 2PMSA 1QUJA 1IXCA 1S50A 4FORA 3KFMA 2X26A 2HAUA 3QSLA 4GIZA 4EXLA 3A3UA 4I1DA 3T22A 3H6VA 1MXVA 4X48A 1MM6A 4ONYA 3RN8A 3T9UA 1TT1A 3IB0A 3ILTB 4RK2A 1Y1ZA 5ELVA 2QRYA 4Q5TA 4DCYA 1I6AA 1Y20A 2Z8FA 3W9WA 3T9VA 3FZVA 3IORA 3M3KA 4U21A 4DXCA 1XVXA 2REGA 3FVNA 2ZYOA 3U8QA 4DDDA 3OELA 2XXXA 3CSGA 3Q25A 4QSEA 3SEUA 5IKBA 2ZNSA 5CRYA 5KDTA 1HSEA 1USYE 3H6TA 3H6WA 4G8NA 3U92A 3UORA 1LBBA 1MQGA 3I5OA 2I58A 4XKRA 4O3CA 3UK4A 4PFYA 1MQHA 3CFZA 3SETA 5I56A 5H8FA 1MS7A 1URGA 3QK6A 1S9TA 1MQJA 1DMBA 3JYRA 5AA2D 1O63A 1TXFA 4RY1A 1QKBA 1JVXA 1MDQA 3O9PA 4F1VA 2UYEA 3C33A 4KPTA 5AA4A 5AA2B 1NKXA 1OIBA 2D21A 4NTLA 4L17A 1D4NA 3IX1A 5DEXB 5TPAB 3TQWA 2BJJX 5BWJA 3RGYA 1SI1A 2F78A 2ZYNA 1TFDA 4OFJA 4H5FA 4UA8A 2DE3A 1VR5A 1ATGA 4NF4A 2DXRA 1NMUA 1UTHA 1Y9UA 2UVGA 4H8JA 3OO7A 3ILUB 4ZS9A 5CBSA 5I2NA 2O51A 5H8QB 1ANFA 3S9NC 2D5WA 3MJNA 3TCHA 3E4RA 3S9LC 3Q28A 1OQGA 3RT6B 3G3FA 1B3HA 2F6PA 2GH9A 3ECRA 2QJEA 2QMXA 4H5GA 5AA3A 4PP0A 3ZKLA 4LQ5A 4RXLA 3MPLA 3PMVA 4NWCA 3WAEA 3EPEA 4U1ZA 2V93A 3K02A 5DT6A 1NNPA 1SD3A 4X9TA 4AQ4A 4KR5A 3TTLA 1UTHB 3S9MC 1B9JA 3OD7A 3V83A 2ALUA 2GFEA 1FQCA 2WKYA 5CC2A 5KCJA 4LATA 3MVWA 3T66A 2Q9TA 5I2KA 3CFLA 2RC8A 2G93A 3UGWA 4ELPA 2HFBA 3V5AA 4JBZA 4OEVA 1JW1A 3F11A 1LFHA 4IY5A 3CR9A 2DWJA 1B0HA 5L9SA 3Q29A 1PC3A 1FCKA 5I57A 1DTGA 3LSLA 3MVXA 4KHZE 1H76A 1FQEA 2AYSA 2OWTA 1UTBB 1SW4A 2Y84A 1MQDA 4R75A 3TKDA 4OQOA 3VVDA 5I56B 1B32A 2V3TA 1SW5A 1OQHA 2OWSA 2RCAA 3CG1A 3QYTA 4TLLB 1FW0A 3C31A 3JZJA 3H06B 2YLNA 3TTMA 3IOWA 3QIMA 2O1LA 4G4PA 5EYFA 1SW2A 3UP9A 4ZE8A 1M5DA 2ONSA 4G8MA 1AL3A 2IEEA 5FHNA 1YCJA 3IB2A 3FXUA 2DVZA 1FTOA 4GL0A 4FEDA 3VDFA 4IO5A 2RF1A 4YB6A 2RC7A 4GQOA 1ZU0A 4KYDA 1NL5A 2I0BA 1VFEA 3PGFA 1Y4TA 3HHGA 4GRKA 4MH5A 1B3EA 3TAJA 3IOUA 1P99A 3IJXB 4WEDA 1LAGE 4JSDA 1LGBC 5JK4A 1PB7A 3VLUA 2DE2A 1MPDA 2AIXA 3RQTA 2XXIA 4GFRA 2Y7PA 1XHYA 2F7AA 4QFLA 3KN7A 1LBCA 1PB8A 3H6UA 2B4LA 4DLDA 1JVYA 3SERA 3FIRA 4F2OA 1SW1A 4P0GA 3IOVA 1MPBA 4R72A 4M1VA 1MRPA 4P11A 2WOKA 2H5YA 3PPQA 4KCDA 2NXOA 4NF6A 4QF9A 4WEPA 4G68A 2HQ0A 4FEBA 2Y7WA 4IB2A 2DOJA 3MVZA 3K6WA 3PUVE 4OVJA 3TEPA 3HPIA 2Z8DA 5ISUA 4IO6A 1MM7A 1OVBA 4IO2A 2F34A 3QAXA 5TP9B 3N5LA 3SDFA 4F1YA 1BIYA 4DCXA 2O69A 2R9JA 4YAHX 2FNCA 3LSWA 4X1DA 3IK6B 2VD3A 1XOCA 4JSOA 2UVHA 1SDXA 3HV1A 2PVUA 1Y3PA 2A5TB 3KSJA 1DPPA 3U93A 1OLAA 3N94A 4WXJA 3RT8A 3K6VA 4G2ZA 4M4GA 5TP9A 2Y7KA 1FQDA 3USDA 3CFXA 4I62A 4FAJA 2IA4A 1LAHE 2UYFA 4G68C 3MZ1A 4RK9A 3VLWA 3G3HA 1DSNA 4G8HA 1M5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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