1NMUA

Mbp-l30
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
EEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inherent Protein Structural Flexibility at the RNA-binding Interface of L30e
pubmed doi rcsb
molecule keywords maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Sugar binding protein/ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nmuA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nmuA01
4XTCQ 1POY1 1QKBA 5AA4A 4JB7A 2DWHA 3MVYA 1D9YA 3BBRA 4KCDA 1D4NA 5DEXA 3WAEA 3T96B 4U22A 1MXXA 4JXIA 1MH3A 1ZIUA 4AB5A 4OERA 1US4A 3T93B 3PD8A 5I84A 4GWOA 4EQ7A 3FVKA 3T9HB 5EHMA 2H99A 1MPCA 3OO9A 3B6WA 4NF5B 1EU8A 1FQFA 2UVIA 1MRPA 4R72A 4JBZA 2DOJA 2OK2A 4GRKA 1UTBB 3N6UA 4IO2A 1GV8A 4FECA 1A8EA 1VFDA 3E13X 4I9DA 4PFWA 3PUWE 1SVXB 2GHAA 4DE8A 3H3GA 4TQUQ 4U21A 3PMWA 2PBWA 5DTBA 5I2NA 2QRYA 1I69A 1A55A 2I6EA 2X7PA 2Z8DA 4MFIA 3JZJA 3FUZA 3DP4A 2CZLA 3LUYA 1LAGE 3SKPA 1I6BA 5TU0A 1ANFA 4U23A 3H06B 4ZEBA 5TP9A 2D5WA 4G68A 2VHAA 4FJPA 2DYXA 1N0TA 2VP1A 1EZOA 3TDJA 1OQGA 4YMBA 5AA3A 4PETA 2E1SA 2Y7KA 3LSWA 1URSA 3RTWB 2F97A 2ONRA 1TXFA 3OD7A 4FEDA 3C34A 4F18A 2I0CA 5CMMA 5ELVA 3KN3A 4RYAA 2Q2CA 4GD5A 4ZZAA 1IXHA 1LSTA 2XX9A 3ILUB 2I48A 4FORA 3RY3A 5EHSA 4NF8B 4X1BA 3G3HA 2F7CA 1Z7NE 5I56B 1UQWA 2O6AA 3H6WA 3FVOA 3OEMA 1P99A 4F1VA 4GXAA 3T22A 5K2YA 2DVZA 3V89B 4RK2A 5I59B 4NF5A 1DPPA 1P1UA 4IB2A 1HSJA 1JQFA 3JYRA 2UXAA 1LFIA 1AL3A 1UTBA 1Q35A 5HBCA 1B46A 2RKMA 5ISUA 2G93A 4OEUA 3S4UA 2ESNA 2VOZA 4LATA 3KSXA 4U1OA 1H3DA 2Q2AA 5CMCA 4XKNA 3PPQA 5IAIA 4G77A 1Y3QA 2QSXA 3TEPA 3UN6A 3QUJA 1GTKA 5AA1A 5H8SA 1IXGA 1LCTA 4H1XA 3KSJA 4N6PA 2ONKE 4E0XA 2OLBA 1P1QA 4RPOA 4ZEKA 1B3HA 1JETA 3ECRA 4NWCA 1TT1A 4RJZA 2NVUB 4LQ5A 4OENA 4UACA 1TFDA 4R75A 3CVGA 1N3WA 2LAOA 4NE4A 5KZTA 4OETA 4GQOA 4OESA 1B9JA 1YPNA 1B3FA 4EF2A 2OBGA 2ZYMA 2DXRA 3RLFE 2WKYA 4NF8A 2OZZA 4KHZE 1XOCA 4F2OA 3IOWA 3SEXA 1EZPA 3OSRA 3M3LA 2Q89A 3C31A 3PUXE 3IB0A 2V3UA 4P0IA 1P1OA 2HEUA 1D9VA 3Q26A 2H98A 3T9UA 5I59A 4PE5B 1B3GA 1Y1ZA 1IXIA 3ODBA 3PPOA 2RC7A 4LP2B 3VLWA 3T66A 4GL0A 2F7BA 4M4GA 3G3GA 3OEKA 4NEDA 1II5A 2UYFA 4EQBA 4ZDMA 1FTOA 5DVFA 3K4UA 4M1VA 4QSEA 4YB6A 1SI0A 3R26A 4ECFA 4NF6B 3W9VA 2AL5A 4PQJA 3K2DA 2XXUA 4F1YA 1B6HA 4F2QA 4EXKA 2R9JA 1AMFA 2F35A 3RNNA 3TFLA 5KDTB 5DYHA 4QFOA 4N07A 1LGBC 1H45A 5JTYB 1Y1MA 1FCKA 4BDLA 2O7IA 3KZGA 1VR5A 1IEJA 2Y7RA 3FV2A 4PFYA 4F3PA 1ZTYA 3TTNA 1XVYA 4JWYA 1MY4A 4F3BA 4FIMA 1N7XA 3FXUA 2QS3A 4K3FA 3S9NC 4JDFA 3E4RA 4O3AA 4ZEDA 2I3VA 3Q25A 4IGRA 3OENA 4LUBA 1QUIA 1PEBA 3Q28A 1LAHE 4HCWA 5CBRA 3FATA 1A40A 3V83A 2H25A 4R6HA 2I58A 3PV0E 4PFUA 2B3BA 3MP1A 2I4BA 3FIRA 3B6TA 4LZ7A 2DWJA 3O2AA 1MY2A 1O7TA 5I2NB 2H5YA 3KOSA 3TELA 3RT8A 2RINA 5FTIA 4Q5TA 1IXCA 1FQEA 3PPPA 2QMWA 2RCBA 4ESXA 4NF6A 4OEVA 1HSLA 4HW8A 4DXCA 1OLAA 3IK6B 1JEVA 1ZBMA 5TP9B 4ZE8A 3FD3A 4F3GA 1ATGA 2Y7WA 3Q29A 5F7VA 1USYE 4GF8A 4QHQA 1Y3PA 1OIBA 1HSEA 1M5CA 4EUOA 4DZ1A 1XS5A 3IOVA 1SQYA 3HCQA 2ZYNA 1FQBA 1FTJA 3KN7A 2ANJA 4R2BA 3CFXA 3H03A 4WEPA 4N13A 4OFLA 5KDTA 4YICA 5J1DA 3DLNA 3VV5A 1M5DA 1MDP1 2AYSA 3KFMA 3TYHA 2XD3A 1XC1A 5JTYA 5JEIA 3MPLA 1NNPA 5DVJA 4U2RA 4OFJA 3MZ9A 4X9TA 3LSXA 4H5GA 3U93A 1B0LA 3BFUA 1A99A 2D21A 3IOUA 3C36A 2XXQA 1B5HA 5AA2A 2QS2A 1P1NA 1MH4A 4YKIA 3BKIB 5FTHA 4I62A 2I3WA 1A8FA 1UTHB 1JEUA 3VXCA 5ICTA 1N7WA 5CM6A 1M5EA 3VDFA 1H44A 2XXVA 2ABHA 4FATA 2V25A 1FTMA 1B51A 1SW4A 4F29A 2Q88A 1B5IA 5A5XB 3KGCA 2R6GE 5K2XA 2V3QA 1SW2A 3QK6A 3S2VA 3FV1A 3LSLA 1MG1A 2Q8JA 2IA4A 2P0SA 2BJJX 1QW0A 1B58A 2DP8A 2UVHA 1EH3A 1B52A 1IITA 4RXLA 2YPNA 3K1MA 1L5TA 1SI1A 1Q1KA 1MXUA 4OWDA 4YKJA 4XKQA 1DOTA 2I4CA 4KD5A 2XXYA 3VLVA 3O29A 3TTMA 3OSQA 2P1SA 3P7IA 3G3KA 3FXRA 3CR9A 3ZSFA 3H6UA 3MW0A 1O63A 2HQ0A 5CMBA 1H76A 3HN0A 3CSBA 1MQDA 3U92A 4BLAA 1B2HA 1NNTA 4RNSA 3K6WA 3PPNA 3I5OA 4OHNA 4O3CA 4GXSB 4KYSA 2O1LA 1VE4A 3TTRA 2ZNSA 1B7ZA 4RA1A 1QUKA 4Z0IA 3K1NA 2Z8EA 3FASA 3RN8A 3I6VA 2REGA 4HS7A 1UTHA 4R74A 1B05A 4KI0E 3EN3A 2PT1A 4QFLA 1B1XA 1ZJLA 1B3EA 3FJ7A 5H8NA 2XHDA 1A7LA 4Q0CA 2HZLA 1DSNA 4MLQA 3RTFB 3USDA 3Q27A 4WXJA 4IO7A 4ZS9A 1R6ZA 3DELB 5ITPA 1B4HA 2X26A 4KR5A 5A5XA 3CFLA 3GBBA 5H8HB 1Z7ME 2VD2A 2ZNUA 1OVBA 1ZU0A 5FHMA 1CE2A 4QSDA 4U4SA 1ELJA 4BDRA 4IY6A 4H65A 3IAZA 3VLUA 4RY1A 1M5BA 3SEWA 4DDDA 4G8NA 1LLSA 3ZKLA 4QSCA 1LAFE 5F1QA 1JVYA 1R1NA 2KLFA 3FJGA 3TTLA 1NNFA 3FVNA 4MBPA 2GH9A 2F36A 1LCFA 4OMBA 1Y4CA 5B70A 3IOTA 4P0GA 3IX1A 3T9VA 4R73A 4OVJA 4UA8A 2QL3A 3EF7A 5EYFA 3FVGA 5L8DA 4OZ9A 4QFNA 3K1PA 4BDNA 2V84A 4YB5A 4XIGQ 1GGGA 3KJTA 4FAJA 4H6DA 1PC3A 2HCAA 4AQ4A 3K6UA 1PB9A 4U4XA 3O6GA 3O6HA 4H0WA 3KEIA 3O28A 3MBPA 1LAXA 2YJPA 3PUYE 5BWJA 1I6QA 2D3IA 2OWTA 1PDAA 3PD9A 4F31B 2NOOA 2YLNA 1NL5A 1QULA 2ZYKA 3B6QA 4NTLA 3QSLA 1JW4A 2HFBA 3FZVA 3N5LA 2HAVA 4LA9A 5M2VA 1OVTA 2XXIA 4H8IA 1IIWA 4U1ZA 4RPNA 5H8HA 3B7DA 3S9MC 4XKRA 3IB1A 1M5FA 4H5FA 4ZE9A 4R6KA 3U72A 2GRVA 3MZBA 4DCXA 3PPRA 3PUZE 3IL1B 3OXNA 3C9HA 3C35A 4KQPA 4EQ9A 3G7WA 1SD3A 1AH5A 1T0KA 2ONSA 2O51A 1JVXA 4F3SA 4KYEA 3E9XA 3A3UA 3N26A 3O97A 4JWXA 1S7YA 3IJXB 2F6PA 3K00A 2NXOA 4OYVA 3H4ZA 3LSFB 3D4CA 2ZYOA 4H67A 2O84X 2PYYA 1FQAA 4FE8A 3CSGA 4QF9A 3SESA 2A5SA 1Y4TA 5CI5A 5AA2B 5IKBA 2DS9A 2QS1A 4MLVA 1QJMA 2H4IA 1QUJA 1XVXA 4LVQA 1GR2A 4EF1A 1QKAA 2UVJA 3KN8A 1LFGA 3MQ9A 1B40A 5I58B 3CI8A 3HO7A 1NNKA 1A54A 3SEUA 2Z8FA 3MP8A 2Y7PA 3PMXA 4ISUA 4DCYA 1ZKBA 3MZ1A 4F1UA 1SBPA 2X7QA 3RUMA 3MVWA 2AL4A 1PBPA 2V3TA 1P1WA 3N6TA 3N94A 3UIFA 2DE2A 4ELPA 2XXTA 4DIGA 4EDPA 3K6XA 1USYH 4F19A 2HAUA 3MVZA 2GFEA 4GVOA 2GHBA 2PMSA 2XXRA 3CG1A 3CG3A 2DE3A 2RCAA 3TMGA 1WVJA 2ALUA 3SERA 2DWAA 4TLMB 4G8MA 5CMKA 5JK4A 2VGQA 3HV1A 4ZEFA 1O64A 3F11A 1DPEA 4G68C 4XXUA 4OTEA 4R9FA 3ONMA 3IO4A 3S9LC 1POTA 1OQHA 3T9XB 3H7MA 4TOZA 3QXMA 2F78A 4NF4B 3RT6B 5L9OA 1N76A 4RK9A 4HTGA 2O68A 2RC9A 3PGFA 2I0BA 3RPWA 1MY1A 1ZLQA 2RC8A 3IJOB 3TQLA 3A09A 1BKAA 5BUUA 5CC2A 3PUVE 3U1OA 3K0VA 3OOAA 3VFJA 3OO8A 1B7HA 5H8NB 3MP6A 5I58A 1MM7A 5L9MA 3THIA 4GL8A 4ELQA 4YB7A 2XXXA 4L17A 1LBBA 1Y20A 3LBSA 4LZ5A 3CIJA 2OCUA 5KCJB 1B4ZA 3QUFA 3L6HA 2ZXTA 3PU5A 5FHNA 1LFHA 2UYEA 1NFTA 5L9SA 3MUQA 3QYTA 3UORA 1S9TA 1GVCA 2I49A 1MS7A 3TKDA 1SYIA 2DWIA 3TCHA 3TAJA 3RQTA 2V93A 3OO7A 3TCFA 2O7UA 1URGA 4QFKA 4F22A 1R9LA 3CRBA 4YKPA 1OLCA 3TCGA 1F9BA 4Z7EA 2REJA 3FXQA 4PP0A 2FNCA 3C4MA 3MPKA 1FQDA 4LQ2A 4C1TA 1I6AA 5ICQA 3O9PA 4JWOA 1UIUA 4I8CA 1RKMA 3KG2A 2PVUA 2Y7IA 3R6UA 3V8XB 3W9WA 1MQGA 4QFPA 3KBRA 1N84A 4O3BA 3E3KA 4G8HA 4NF4A 5AE4A 2CMOA 3TQWA 1EZ9A 1AIVA 1FW0A 1B3LA 3GZGA 4GOTA 5DT6A 3GXAA 3EHSA 1LBCA 3O6IA 3EQ1A 1R9QA 4YMAA 1DTGA 1B5JA 1US5A 4Q8RA 1WDNA 2Y84A 4E0WA 1Y9UA 3HHGA 3M3KA 2FYIA 2F34A 3S9EA 1LB8A 3MC2A 4IO6A 3TZAA 4I1DA 2XXHA 2A5TB 3WAFA 3H6VA 5KCJA 4DLDA 4THIA 4QRZA 5TPAB 4OQOA 1DTZA 5H8QB 2E0SA 1OMPA 3OO6A 4X48A 4BDMA 3RGYA 2XD2A 3HSTA 1B1HA 3O66A 3TPAA 1NMUA 2Z22A 1B7UA 1MQIA 4KCCA 5CBSA 1TFAA 4LZ8A 2P2AA 1BIYA 3SEYA 5CRYA 1MPBA 3L6GA 3A3CA 4ONYA 2RF1A 3IO6A 4P11A 1S50A 3MWBA 5H8FB 4GIZA 1B0HA 2Z23A 3M8UA 3C32A 4WEDA 2F6GA 2W7YA 3DM0A 4JSDA 3G3FA 4C1UA 4DXUA 2NUVA 1MY3A 2QMXA 1JW5A 2THIA 2UVGA 1KWHA 1PB8A 4IO3A 4G2ZA 2O1MA 3V5AA 1URDA 4ZEIA 4XKPA 4HCYA 3GBAA 2XX8A 1MXVA 3C33A 4MF3A 2R71A 3EHUA 1N3XA 3PMVA 2F5XA 4EXLA 3GLBA 5I57B 5HPQA 4IY5A 3LR1A 5I56A 5AA2D 1VFEA 1ZMGA 1MPDA 1MY0A 1J1NA 3EHTA 4FEBA 4NMYA 1H43A 1JNFA 2OWSA 4ESWA 1AOVA 5HM4B 3ZKKA 1D3KA 4KYDA 1PBQA 2DVCA 3MVXA 3I3VA 4JSOA 2F8DA 5FHOA 3SETA 1TWYA 3SEVA 3OELA 1RYXA 1RYOA 2A5TA 4NWDA 1FQCA 3VE1B 5TPAA 2QJEA 2DE4A 4ZECA 5H8QA 1NH7A 1IUDA 2XX7A 4F39A 3G3IA 4H8JA 3ZS6A 1JW1A 1XHYA 3G3JA 3HHFA 3IR1A 1SYHA 5B7DA 3VVDA 2HXWA 2QS4A 1NH8A 2F7AA 1IQ7A 3VVFA 3UGWA 3TUSA 1B32A 3K02A 1MXZA 3SDFA 5DVIA 3VXBA 2ZNTA 1BLFA 4OXVA 2IEEA 5H8FA 2O69A 4KFQA 4R9GA 3R7XA 4POXA 1Y3NA 4ND9A 3MJNA 3UA8A 3MAMA 3LC8A 4DXBA 2H9BA 4MH5A 5I2KB 1YAEA 3EPEA 3QAXA 1IZ1A 1YCJA 4OFOA 4BDOA 4TLLB 2B3FA 1SDXA 3K6VA 5AA4B 3AXFA 3M3FA 4ELOA 2PX1A 3JV9A 5DEXB 2OJTA 4LONB 1BTJA 1NKXA 2XXPA 4YZZA 5I57A 4G4PA 2DSFA 4POWA 1MXYA 1WODA 4WKMA 4GLIA 4YU0A 3ILTB 2QPQA 1CB6A 4ZZEA 1MQJA 1QVSA 2HZKA 4Q30B 3UK4A 4IO4A 3DP6A 3IORA 3HPIA 4R2FA 4C0RA 1XT8A 3QIMA 3CFZA 3BFTA 2DQVA 3IB2A 1PB7A 2NWJA 3OMBA 4R6YA 2AIXA 1BP5A 1SW1A 2FA7A 5ITOA 4IO5A 1YTVA 2PT2A 5LOMA 1N04A 4YAHX 3FGSA 4BDQA 2M8CA 1SW5A 3KJ7A 3TTKA 3K01A 3KOTA 4AB6A 3UP9A 4KPTA 4G68B 3U8QA 1MDQA 3VVEA 1FTLA 1MXWA 4GFRA 2DXYA 1VSOA 4ELRA 2B65A 4IGTA 3FJMA 4PFTA 1UIVA 2ZMBA 2Q9TA 2G29A 4X1DA 1MQHA 5I2KA 3U94A 1MM6A 1FTKA 4YKKA 3W15C 3D4GA 3TODA 1DMBA 3DP8A 1LB9A 3H6TA 2XXWA 2VD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XTCQ 1POY1 1QKBA 1NUWA 5AA4A 4JB7A 2DWHA 1NI9A 3MVYA 1K9YA 1D9YA 3BBRA 4JVCA 4KCDA 1D4NA 5DEXA 3WAEA 3T96B 4IR8A 4U22A 1MXXA 4JXIA 1MH3A 1ZIUA 4AB5A 4OERA 1US4A 2XWVA 4DI4B 3T93B 3PD8A 5I84A 4GWOA 4EQ7A 3NOHA 3FVKA 3T9HB 5EHMA 2KR0A 2H99A 1MPCA 3OO9A 3B6WA 4NF5B 1EU8A 1FQFA 2UVIA 1MRPA 4R72A 4JBZA 2DOJA 2CZHA 1EYJA 2OK2A 4GWXA 4GRKA 1UTBB 3N6UA 4IO2A 1GV8A 4FECA 1A8EA 1VFDA 3E13X 4I9DA 4PFWA 1RDYA 3PUWE 1SVXB 2GHAA 4DE8A 3H3GA 4TQUQ 4U21A 1FBCA 3PMWA 2PBWA 5DTBA 5I2NA 2QRYA 1I69A 1A55A 2I6EA 2X7PA 2Z8DA 4MFIA 3JZJA 5J16A 3FUZA 3DP4A 2CZLA 3LUYA 1LAGE 3SKPA 1I6BA 5TU0A 1ANFA 4U23A 3H06B 3A29A 4HXVA 4ZEBA 5TP9A 2QFLA 2D5WA 4G68A 2VHAA 3U65A 4PAKA 4FJPA 2DYXA 1N0TA 2VP1A 1EZOA 3TDJA 1OQGA 4YMBA 5AA3A 3BIHA 4PETA 2E1SA 2Y7KA 3LSWA 1URSA 4O94A 3RTWB 2F97A 2ONRA 1TXFA 3OD7A 4FEDA 3C34A 4F18A 2I0CA 5CMMA 5ELVA 2CZKA 3KN3A 4RYAA 2Q2CA 1LBZA 4GD5A 4ZZAA 1NV5A 1IXHA 1LSTA 2XX9A 3ILUB 2I48A 4FORA 3RY3A 5EHSA 4NF8B 4X1BA 3G3HA 2F7CA 4N8YA 1Z7NE 5I56B 4P56A 1UQWA 2O6AA 3H6WA 3BIGA 3FVOA 3OEMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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