5CM6A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KKYRWRLAETWGPNFPIFGDASKNMAKMVKEMSDGRLTIRIDSANKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKDFNTMFFTTVPFGMTAPEQYAWFYYGGGMELMKETYDQYGILSFPGGNTGVQMGGWFRKEINTVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGASPTNIPSAELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWQEPATELQFMVNQKAYDSLPADLQKILTVAMKTAAYDMYSQSTHENGVNLKALQSEYPNVKIRTFPQPVMNAIRDANDELLAEFAAKDKETAKILKSIKTYQEQVRAWTKFADQAYLESFESN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
rcsb
source organism Pseudoalteromonas atlantica
total genus 112
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cm6A02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5cm6A01
5TP9A 2HXWA 4GL0A 5KDTA 4IGTA 1N0TA 2H25A 2B3BA 2F35A 4HW8A 4TOZA 3VLWA 3ZKKA 4FAJA 4P9KA 4ELRA 3LSFB 5F7VA 3W9VA 3GBBA 3UGWA 2Y7PA 4F19A 1JEVA 5AA2A 4FJPA 3BBRA 3CG1A 3MC2A 4ZEBA 3RQTA 1OIBA 4OFJA 3CSGA 1P1NA 3S2VA 4BDLA 1NL5A 1LSTA 2D3IA 5CRYA 4OXVA 3PUVE 3ILUB 4IO4A 1TFDA 3JV9A 1XOCA 2Z8DA 3PMWA 3U93A 1PB7A 1B4HA 1LAFE 3B7DA 4H65A 2ZYKA 1LBBA 4LONB 2RCBA 4KYDA 3OOAA 1OLCA 4QSEA 1S7YA 1IIWA 5CI5A 2ZNSA 4GLIA 1HSJA 3S9EA 3M8UA 3LBSA 1NH7A 2OWSA 4PFWA 1RKMA 3O6HA 2XWKA 4N07A 5LOMA 4XF5A 4YMAA 2VPOA 2AYSA 4G8MA 1ZIUA 5I84A 3RY3A 4JWYA 3OSQA 4ELQA 3RTWB 1Y9UA 3PV0E 1PEBA 1IXGA 4FECA 3ZKLA 2X7QA 4F1YA 2ZZWA 2GHBA 3OO9A 2B3FA 4MCOA 4PF8A 1FQEA 1B32A 2A5TB 2ZNUA 1URSA 1NH8A 3TPAA 2V93A 2UYFA 4NF5B 4U4XA 2Q8JA 1SVXB 1MH3A 4NHBA 1O63A 1NKXA 3RPWA 3THIA 2ZMBA 4GVOA 2XWVA 1D4NA 2V84A 4F3GA 3OXNA 3QSLA 5IZZA 4PFIA 1BKAA 1OMPA 3TTLA 4EF1A 5AA3A 1B52A 5K2YA 3FD3A 3EQ1A 4DE8A 1I6QA 3MUQA 4PFYA 3QYTA 1XVXA 4MLVA 1LCTA 1VR5A 4EF2A 3V5AA 3K00A 2V3UA 2XD2A 3K1MA 3H6TA 3PMVA 3CRBA 2ANJA 4WXJA 3ILTB 1LAXA 4IO5A 3G3JA 4LQ5A 1Y4CA 1UTBB 4H0WA 3SERA 3O2AA 3VE1B 4OVQA 1ZTYA 4PBQA 4R73A 4N4UA 4FATA 1LB9A 4GFRA 5A5XA 4MAGA 1Y20A 3TTNA 1H43A 3ODBA 4YB7A 4UA8A 4C1TA 3CG3A 2PFYA 2FA7A 1AL3A 1B0HA 2RINA 4OEUA 3PUZE 1YPNA 4DZ1A 1Y1ZA 3SDFA 1B3FA 4LA9A 3IOWA 3B6WA 2O84X 2XX8A 3K6XA 4NEDA 4LQ2A 2H4IA 2Q89A 4AB5A 2D21A 4F22A 2DWHA 3VVFA 3KFMA 3PUWE 3UIFA 2OLBA 5CC2A 1O64A 4QFLA 5H8FB 5FTHA 1H76A 1SDXA 2GHAA 3I3VA 2UVIA 2I3WA 3C35A 5DVFA 1N7WA 5TPAA 2ONKE 3PUYE 4PFUA 3EHTA 1NNTA 1Y3QA 1QULA 4R74A 4KQPA 4P56A 4WEDA 2PBWA 5HPQA 3OO7A 4GXSB 4H8IA 2AL5A 4RY1A 2THIA 1MQGA 1ANFA 4X9TA 2P1SA 4PAFA 4E0XA 4BDOA 2R71A 2VD3A 2DSFA 4MEVA 4PETA 4PAIA 2NUVA 3HO7A 3B6QA 4ZDMA 4QFPA 1PBQA 3Q26A 2ABHA 1US4A 3U65A 3CSBA 2QMWA 1QW0A 5DEXB 3E3KA 2LAOA 4NF6A 4F31B 4NWCA 4OVTA 3LUYA 1DTGA 1LGBC 2HEUA 5KCJA 4G68B 1B4ZA 2VP1A 4DCYA 4DI3D 1GV8A 2XX7A 3FXBA 3TFLA 1Y3PA 3PUXE 4PF6A 3SEXA 4WEPA 2XA5A 1UQWA 4PCDA 2W7YA 5ICTA 2DVCA 1KWHA 3MP6A 5CMCA 4MHFA 3BFUA 3N6UA 3TZAA 1OQGA 4OTEA 3G3HA 4R2FA 4ECFA 4N15A 4R6KA 4GD5A 4ZS9A 2OJTA 4UABA 2XXRA 1P1UA 2B65A 5I57B 2E0SA 2DOJA 4O3BA 5LTCA 5J1DA 3CFXA 3CR9A 4O3CA 5HBCA 4X1DA 4NF8B 1OVBA 3RUMA 2UXAA 3HPIA 3TKDA 4DDDA 4R9GA 3MBPA 3U1OA 1S50A 2Z8FA 3OSRA 1B1XA 3KOTA 5I56A 3OELA 2XXPA 2I4BA 4I9DA 3BKIB 1MH4A 2DWJA 2VHAA 3F11A 4NAPA 4EXLA 1R9QA 3TODA 2X26A 4DLDA 1PB9A 4OVJA 4O94A 4F2OA 2RKMA 3TCFA 5DEXA 4OEVA 1B5HA 1QKBA 4BDQA 2XXHA 4OERA 3O29A 4Q0CA 1QKAA 3GYYA 2V4CA 1CE2A 3EHUA 3PPRA 5B7DA 2F36A 2F7CA 1QUKA 1R6ZA 3TQWA 5FHNA 1AIVA 2NWJA 4YKIA 5I59B 2UVHA 5TU0A 1B0LA 4IO6A 4MNIA 2H9BA 4ZECA 4OVPA 5M2VA 1FQDA 4NX1A 4U4SA 1N3XA 2DYXA 2ZYOA 1ZMGA 4JWOA 2F34A 1UIUA 1POTA 4KPTA 2QPQA 4P1LA 1ZU0A 4Z0IA 3SEUA 3UP9A 2FNCA 4MMPA 1D3KA 2I49A 4F1UA 3TTKA 1SBPA 4R75A 4KI0E 2ESNA 3G3KA 1N3WA 4N6PA 5AA1A 4YB5A 1H3DA 1MDP1 1EZ9A 3KBRA 4LN5A 4PDHA 3Q28A 1JETA 4N6KA 4OA4A 3C34A 3U8QA 4RPOA 3MW0A 2XXKA 1FQCA 1GTKA 5H8NA 3H6VA 3T9UA 3OO8A 4GIZA 3HHFA 1TWYA 1IUDA 3T93B 1B6HA 1FW0A 1FTJA 2OK2A 4YKKA 3T22A 3USDA 5I58B 3K6WA 1S9TA 2HZLA 2ZYMA 4QFOA 5I2KA 2XX9A 2ZZVA 4PE3A 3MVWA 3IO4A 2Q2CA 3KSJA 2UVGA 3H6UA 1JNFA 1MM6A 1OVTA 3IB2A 4EQBA 5L9OA 4NG7A 2DVZA 1VE4A 1USYH 4ZE8A 3V8XB 1DTZA 3U92A 3E9XA 2Q9TA 2V3TA 4PGPA 4H5GA 4ZEDA 3IJOB 3A09A 5I2NB 1FTKA 2I58A 3DP8A 3IB1A 1II5A 3DP6A 1MY1A 1FTMA 2XXQA 1ZLQA 4DXCA 2QS3A 1BLFA 4RPNA 4N8GA 1LAGE 4LVQA 4PDDA 2V3QA 4LATA 2OWTA 4NTLA 1M5FA 3K0VA 1P1QA 3IX1A 1B58A 1XHYA 4PAKA 3JYRA 1HSLA 3QIMA 4IY6A 2XXUA 4PP0A 3PD9A 4MX6A 4YKPA 1LFIA 1TFAA 4F3PA 1B7UA 1YAEA 2Z23A 1AOVA 2ZNTA 3CVGA 3SESA 5I58A 2Y7IA 1PB8A 2QJEA 1JW4A 1FQAA 4GWOA 3U72A 1MDQA 1MS7A 2XXYA 3K1NA 1T0KA 3IJXB 4R2BA 3KN8A 2PT2A 1DMBA 1MY0A 1TXFA 4XTCQ 3PU5A 4NQ8A 3IR1A 3A3UA 4P8BA 4PFBA 3UA8A 2QMXA 4NGUA 4GRKA 1Y3NA 3I5OA 3TYHA 1OLAA 3C33A 3FXQA 3GBAA 5H8HB 3BFTA 5ISUA 2O51A 3HCQA 5EYFA 1NNFA 4C1UA 1N84A 1LAHE 1A55A 1PC3A 2P0SA 4G8HA 4QFKA 3H7MA 2YJPA 4POXA 1M5CA 4G4PA 1MY4A 2F6PA 4C0RA 5JK4A 3VDFA 1B5IA 2GRVA 4OFOA 5IAIA 3KG2A 4RJZA 4O3AA 2VPNA 2UVJA 4EDPA 4OVSA 3SEYA 1JVYA 3FASA 4MLQA 5CMBA 1WDNA 3T66A 4EQ7A 4FIMA 3MVYA 5IKBA 3S9NC 4G8NA 4XIGQ 1IZ1A 2A5TA 1VFDA 2Z22A 4XEQA 1EU8A 2I0BA 3GLBA 3LSLA 3O28A 4NF5A 4NF4B 3KJ7A 1LCFA 2XWIA 3V89B 1UTHB 2DXYA 1PDAA 1F9BA 2F7AA 3O66A 2DE2A 2XXTA 3FIRA 1LFHA 4WKMA 3O9PA 3VLUA 4KR5A 3UN6A 4AB6A 1N04A 3OMBA 3SETA 2VGQA 3IOVA 3T9HB 3H06B 1P1WA 3K4UA 4QRZA 1FTLA 1QUIA 4DCXA 3KZGA 2DQVA 5DT6A 4H8JA 1FCKA 3TTRA 4PGNA 1POY1 1B3GA 1UTBA 1AH5A 3MWBA 3IL1B 2RF1A 4XKPA 2KLFA 1A54A 3W9WA 5DTBA 2REGA 1FTOA 4Z7EA 1I69A 1GGGA 3H3GA 1GR2A 1B05A 4YMBA 1JEUA 4ZZAA 3S9MC 4P47A 4PC9A 1WODA 5IGAA 3TTMA 5ELVA 2RCAA 3TEPA 5AE4A 1LLSA 1D9VA 3TCGA 2F5XA 1ATGA 3O97A 1WVJA 3K01A 4F39A 4OYVA 1SW4A 3PD8A 3OEKA 2V25A 2RC8A 5DVJA 4PQJA 3Q27A 4EUOA 3IK6B 1AMFA 4N13A 5H8FA 4U21A 4IY5A 5EHSA 1FQBA 4OETA 1B3EA 2HQ0A 3G3FA 2DP8A 5AA2D 2HCAA 5BUUA 4ELOA 3TQLA 4F18A 3P7IA 3H03A 4R9FA 3Q29A 4YKJA 1PBPA 4RYAA 1XC1A 4BLAA 4LZ8A 1B5JA 3FJMA 3MPKA 5AA4B 1MY2A 3U94A 4ZEIA 2QSXA 4P0IA 2Q2AA 3CFLA 5H8QB 2O1LA 5TP9B 3IOTA 3CIJA 4JB7A 3OD7A 4TLMB 3M3LA 4NF0A 2F6GA 3C9HA 4LZ7A 4ONYA 5CM6A 1CB6A 1DSNA 1URDA 2PMSA 4GQOA 2I0CA 3UK4A 2OZZA 3HN0A 1VSOA 2H98A 3RTFB 4XKNA 5JTYB 3H4ZA 3FUZA 3IAZA 1QUJA 3HHGA 5AA2B 1SI0A 4P0GA 4DI4B 4G68A 3C36A 1ZKBA 2PX1A 3IB0A 1SD3A 2H5YA 3TUSA 5CBRA 1BTJA 3FVGA 1MPBA 2VD2A 4K3FA 3OEMA 4KHZE 3ONMA 4FEBA 2F78A 4GL8A 1ELJA 1ZBMA 3JZJA 4JSOA 3D4GA 3MZ1A 1H44A 3EPEA 4U23A 5H8SA 2O7UA 2PYYA 3EHSA 3CI8A 4IB2A 1MXVA 4BDNA 3LC8A 4HS7A 2ZYNA 2Y7RA 4OVRA 5I57A 4X1BA 4O8MA 2I48A 1SYHA 4H1XA 1D9YA 1IQ7A 1HSEA 2I3VA 1P99A 2M8CA 4NF8A 3VVEA 4YB6A 2XXXA 3FXRA 1JQFA 1DOTA 3ZSFA 1YTVA 5JEIA 3TMGA 4OENA 2REJA 3N94A 1N7XA 3T9XB 4QFNA 4KCDA 3W15C 3L6GA 3DP4A 2QL3A 1LFGA 4LP2B 3WAEA 5ICQA 1O7TA 3HSTA 4KYSA 2OBGA 2RC9A 1EH3A 3GXAA 2CZLA 3MJNA 5IM2A 4ZE9A 1IITA 1USYE 2O1MA 4TLLB 1BIYA 1XS5A 2ZXTA 5CMKA 5JTYA 4MNPA 1MXXA 1SW1A 4FORA 3KOSA 3T9VA 3M3FA 1Q1KA 2XD3A 3A3CA 4AQ4A 4QSDA 2WX9A 2QS1A 4GXAA 4M4GA 3PPOA 1A8FA 3G3GA 5I59A 5B70A 2Y84A 2O6AA 1MXWA 4L17A 4RK2A 2O68A 4JBZA 5F1QA 2HFBA 3MZBA 1FQFA 4PE5B 4RA1A 4ZEFA 2YPNA 5CMMA 4F3SA 4Q30B 2CEYA 1XT8A 1Z7ME 1BP5A 5L9MA 4P1EA 1B40A 1MRPA 3L6HA 3PPNA 1B2HA 2DE3A 2NOOA 5BWJA 3O6IA 2D5WA 2F8DA 3R6UA 2CEXA 1B46A 2XWOA 1LB8A 1Z7NE 1L5TA 2Q88A 1RYXA 3MP1A 3MAMA 3QK6A 4OMBA 4KD5A 4P3LA 1J1NA 1IXIA 4FEDA 5A5XB 1A99A 3FJGA 4KFQA 4R6YA 3MP8A 4U22A 1I6BA 4JSDA 1M5DA 2O69A 4OESA 1MY3A 2ALUA 4JXIA 3FJ7A 2HZKA 4FE8A 1IEJA 3S4UA 3ZS6A 3EN3A 4N6DA 3KGCA 1URGA 4ND9A 1SYIA 4I8CA 4OANA 3OENA 4THIA 3RLFE 3E13X 4F29A 3UORA 3AXFA 2WKYA 2QRYA 3CFZA 3TDJA 2CMOA 2QS2A 5TPAB 1IXCA 1MQIA 5KZTA 1SW2A 5CBSA 3RT8A 4H5FA 1SQYA 4Q5TA 1QVSA 3K2DA 5EHMA 1MPDA 2XXWA 3HV1A 3H6WA 1IXHA 4OQOA 3FV2A 3FVKA 2E1SA 3RGYA 5I2NA 3SEWA 2HPGA 4YZZA 3B50A 4MBPA 1MQDA 2P2AA 2GH9A 1MXYA 1QJMA 1JW5A 2GFEA 4I1DA 3FVNA 3TELA 1P1OA 4RXLA 2G29A 3C31A 4NF6B 1B1HA 2NXOA 2H99A 2OCUA 2O7IA 2DWIA 3KEIA 4GOTA 4YICA 5L8DA 5KCJB 2AIXA 3MZ9A 4HCWA 3N6TA 4OHNA 1M5BA 4M1VA 3ECRA 2RC7A 4HCYA 1R9LA 1SI1A 4XKRA 1OQHA 4G2ZA 1NMUA 5FHMA 4TQUQ 2R6GE 3FV1A 1B3HA 3E4RA 5FTIA 4F3BA 4F1VA 1Y1MA 5I7IA 1B51A 1Q35A 2DS9A 4MFIA 3VVDA 4P11A 4LZ5A 3VXBA 2I6EA 3K02A 3VXCA 3D4CA 4OZ9A 3Q25A 1US5A 2XXVA 5K2XA 3C4MA 4IO7A 3GZGA 3T96B 4BDRA 3DM0A 3FZVA 4MIJA 5ITPA 3I6VA 4HTGA 2HAVA 2XHDA 2I4CA 4ESXA 3SKPA 5H8HA 5I56B 1UIVA 4IO3A 2A5SA 2DXRA 1MG1A 3N26A 4E0WA 3WAFA 1ZJLA 3PPPA 3R7XA 5L9SA 2FYIA 3KN3A 3TCHA 4NMYA 1R1NA 2HAUA 4DXUA 1MXUA 4N17A 3KJTA 4XKQA 1B7HA 4X8RA 3FGSA 3G7WA 3MVXA 4ZEKA 3LSXA 4I62A 1M5EA 3QUFA 4XFEA 3MPLA 4EQ9A 1MXZA 5I5PA 1Y4TA 3DLNA 4MF3A 4MNCA 4PBHA 2R9JA 3VFJA 4ELPA 3K6UA 2BJJX 4OWDA 4F2QA 4XXUA 3EF7A 4QHQA 4ZZEA 3PMXA 2QS4A 3IORA 3LSWA 4U1ZA 4JDFA 3TAJA 1I6AA 3QXMA 3C32A 2IA4A 3K1PA 4NF4A 4IGRA 2Y7KA 4MH5A 1UTHA 3IO6A 1NNKA 3FVOA 2XXIA 1B7ZA 4NN3A 5FHOA 4H67A 3SEVA 4G68C 1MPCA 5HM4B 1MM7A 3QUJA 3KSXA 4OFLA 2X7PA 3V83A 4EXKA 1YCJA 3R26A 1B9JA 4IO2A 4DXBA 3MQ9A 2Z8EA 3RT6B 4NWDA 3LR1A 4RK9A 2DE4A 2Y7WA 3K6VA 3B6TA 4DIGA 3FATA 1LBCA 5KDTB 2F97A 3S9LC 2ONSA 1NNPA 2VOZA 3OO6A 4POWA 3QAXA 4PFRA 4U2RA 3IOUA 2F7BA 4RNSA 5ITOA 3MVZA 1A40A 5H8NB 4YAHX 1EZPA 1VFEA 4R72A 4N91A 5DVIA 2PT1A 2WYKA 4O7MA 3KN7A 4PFTA 1MQJA 3G3IA 3RN8A 2ONRA 1DPPA 4KYEA 1JW1A 5I2KB 2G93A 3VLVA 5DYHA 2AL4A 4JWXA 2NVUB 1SW5A 4LUBA 1TT1A 3RNNA 4H6DA 4ESWA 4U1OA 3VV5A 4X04A 3FXUA 1H45A 1B3LA 3O6GA 2ZZXA 4UACA 2WYPA 1GVCA 3N5LA 2DWAA 3PGFA 1A7LA 1XVYA 1MQHA 1A8EA 2UYEA 4KCCA 3M3KA 4BDMA 4N8YA 3PPQA 4X48A 2IEEA 2PVUA 1EZOA 4QF9A 1RYOA 1N76A 4GF8A 4Q8RA 1DPEA 5AA4A 4ISUA 4QSCA 4YU0A 2YLNA 4R6HA 2PFZA 4NE4A 1NFTA 5H8QA 1JVXA 4G77A 3DELB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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