5CM6A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KKYRWRLAETWGPNFPIFGDASKNMAKMVKEMSDGRLTIRIDSANKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKDFNTMFFTTVPFGMTAPEQYAWFYYGGGMELMKETYDQYGILSFPGGNTGVQMGGWFRKEINTVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGASPTNIPSAELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWQEPATELQFMVNQKAYDSLPADLQKILTVAMKTAAYDMYSQSTHENGVNLKALQSEYPNVKIRTFPQPVMNAIRDANDELLAEFAAKDKETAKILKSIKTYQEQVRAWTKFADQAYLESFESN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
rcsb
source organism Pseudoalteromonas atlantica
molecule tags Transport protein
total genus 112
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cm6A02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5cm6A01
4GFRA 1MY1A 4YKJA 3PPOA 4PCDA 2WYPA 4PAKA 1ELJA 1M5FA 3MC2A 2ALUA 4ZE9A 3TFLA 4PFBA 4NG7A 3O6GA 4ONYA 2A5TA 3TELA 4XEQA 4FORA 5ITPA 2HAUA 4ZS9A 3I6VA 4ND9A 1M5DA 4OVRA 3PUZE 3CIJA 2REJA 2PBWA 2F78A 1POY1 4I1DA 5LTCA 2Z22A 1QUJA 1DSNA 4RPNA 3K01A 1N7WA 5CMCA 1QKAA 2HCAA 4YU0A 2Z8EA 5KZTA 2X7PA 2XXXA 3MP6A 3R6UA 1Y4TA 1H76A 4IO3A 2OCUA 5DVJA 1YPNA 4XIGQ 4OQOA 1ATGA 4FIMA 2PFYA 5H8FA 5CMKA 4OZ9A 5KCJA 3K1NA 3K2DA 3BKIB 4GL0A 1B3EA 2Y7IA 4U21A 3KOTA 4RJZA 4PE5B 1T0KA 3FATA 4DXUA 3OOAA 4Q8RA 3HCQA 1FW0A 2CMOA 3OSRA 4G68B 3A3CA 4U4SA 1B7HA 3W9WA 4F18A 2HZLA 4R6HA 1XOCA 4H67A 5CMMA 1I6AA 1BP5A 1FQFA 2AYSA 2G93A 4H0WA 4E0WA 2XX9A 4RK2A 2F36A 3E13X 4MF3A 1POTA 2QMWA 1LAGE 4OVJA 3A09A 4OYVA 4NF5A 2X7QA 4EUOA 2F35A 4N13A 4MAGA 4G4PA 4MX6A 3ZS6A 5I59B 2Z8DA 4P0GA 4M1VA 1MS7A 4PC9A 4LQ2A 4NF4A 2PT2A 1MPBA 1LAHE 1P1QA 1SW5A 2Y7WA 3G3GA 3FD3A 4OVPA 2XHDA 1Z7ME 1B9JA 1NL5A 1ZU0A 4L17A 1H43A 1Y1ZA 3USDA 4X9TA 1FTKA 4ZECA 4F29A 3KJ7A 3OO8A 4OA4A 5I7IA 4DCXA 4EDPA 2NUVA 4GQOA 2DWHA 1USYE 3PMXA 1MXVA 2B65A 2PMSA 2RC9A 4C0RA 3KEIA 3PPPA 1IXIA 4PE3A 4P47A 4IGTA 4XF5A 4F3GA 2P0SA 3LUYA 1FQBA 5AE4A 2O51A 2ONSA 1YTVA 3K6WA 3ODBA 3GLBA 4K3FA 1MH3A 3R7XA 2QL3A 2I3WA 3RLFE 4TOZA 4PDHA 3FJGA 3QIMA 2UXAA 2DWIA 1FQEA 4PQJA 3VVEA 2XXIA 2UVGA 2B3FA 5HPQA 3FGSA 2I4BA 2XWIA 4F3SA 3FUZA 2D3IA 3JZJA 1NNTA 3MAMA 3RY3A 2IEEA 3THIA 2DVCA 2QS3A 2VPOA 2Q88A 3MZBA 4YKKA 3MP8A 4LUBA 3H7MA 2PX1A 4OXVA 2OZZA 2RCAA 3EHUA 5AA2B 1SD3A 3H6UA 3CG1A 4IO2A 3G3FA 2VGQA 3FV1A 5KDTA 4H5FA 1D3KA 4RPOA 5H8HB 3KZGA 4QSDA 2DP8A 1B7UA 2HZKA 1NMUA 2XXHA 4OWDA 2V84A 4KPTA 2AIXA 4X04A 4KCDA 2CEYA 4M4GA 1Y4CA 3QXMA 4H8IA 1B32A 1UTHB 4NF0A 1B0HA 3PD8A 3IOWA 4PETA 1PDAA 4LP2B 3M3KA 4NAPA 2O1MA 4Z7EA 1NNKA 2V3QA 1N7XA 4MCOA 5I2NB 1B5JA 4OEUA 3FXBA 4POWA 2XXWA 1RKMA 4ELPA 3EN3A 4F19A 1Y9UA 3E9XA 1VFDA 2D5WA 4Q30B 3OELA 1BIYA 3ZSFA 3W9VA 1MH4A 3TKDA 4XKNA 3HHFA 4U2RA 1MPDA 3FXQA 1AL3A 4POXA 3HHGA 1MM6A 3PUYE 1FTJA 2RF1A 1B1HA 4YKPA 3WAEA 2NVUB 4LZ5A 1P1WA 3PMWA 4X48A 4N8YA 4R75A 3L6HA 4G68C 1B46A 1O63A 5HBCA 3B6QA 3O6HA 2M8CA 3K4UA 3I3VA 3VFJA 2ZYKA 3OMBA 1WVJA 1YAEA 2Q2CA 4GLIA 3LC8A 1QUKA 5IM2A 4LONB 2YJPA 3FVGA 1IQ7A 3O97A 4DE8A 1URDA 1US4A 4KFQA 4MIJA 2VD2A 2AL4A 4MMPA 2V93A 2THIA 4YAHX 4ZEIA 4DIGA 4PGNA 1MY2A 1TT1A 3HSTA 3OENA 1GTKA 2F7BA 1LAXA 2O68A 4N6PA 4G77A 4LZ8A 1QKBA 4N07A 1EH3A 2ONRA 4IGRA 4NMYA 1O7TA 3MZ9A 4RA1A 4BDRA 1GV8A 3GBAA 4DI3D 4IO7A 1HSLA 3GXAA 1M5BA 5AA1A 3OD7A 2Z23A 5B70A 3H06B 4IY5A 3MVXA 3FZVA 4GWOA 1SVXB 5I56A 4R2FA 2V25A 4NF8A 3RTWB 1UTBB 4MHFA 3IORA 4FECA 2QMXA 1Y3PA 4OFLA 4IB2A 5I58A 5CMBA 3RTFB 4KYEA 2XXTA 4KI0E 5FHMA 2ZMBA 2OLBA 2FYIA 3TTRA 4THIA 3T9XB 4LATA 4OERA 1FTOA 4ZEBA 4ESWA 5CM6A 3C31A 4PF8A 2YPNA 3KFMA 1LFGA 2XX7A 3CR9A 4U4XA 5DT6A 3TDJA 1P1OA 4O7MA 1MM7A 4YB5A 4PGPA 5TPAB 2A5TB 1MQDA 4HW8A 1RYXA 5DEXA 1JNFA 4JSDA 3AXFA 3DELB 1FTMA 4F1VA 4P56A 3KSJA 4DCYA 3VXCA 1USYH 4R6YA 3UK4A 4FEBA 3E4RA 4BDOA 5B7DA 3LSFB 1DPPA 4MFIA 1LBBA 1QULA 3FJMA 3N6TA 1SQYA 4KR5A 3IOTA 5H8QA 1H44A 5CRYA 4NE4A 3KG2A 4P3LA 1VSOA 2WX9A 3SEVA 5IAIA 3U72A 2GHAA 5H8FB 2F6PA 3O29A 2F6GA 3T96B 1Y20A 1JEUA 3U8QA 1IXCA 4JXIA 3IL1B 2HQ0A 2A5SA 4PBQA 3PV0E 1D4NA 2QJEA 1SW1A 2I6EA 4EXKA 3RN8A 4LZ7A 1LLSA 4NX1A 1R9LA 3G7WA 3O66A 1S50A 3LSXA 1MXYA 3PGFA 3PPNA 1MQIA 1N0TA 1AOVA 1IZ1A 3T93B 1AMFA 3DP8A 4JB7A 3TODA 1MG1A 4P1LA 5DTBA 3QSLA 1GGGA 3KN8A 3VLVA 5A5XA 3VVDA 5CBSA 1PBQA 3I5OA 4JSOA 4NF5B 4OEVA 1TXFA 3MWBA 2REGA 3TUSA 2DYXA 4QFLA 1LFIA 3C4MA 3UORA 1Q1KA 1JW5A 3P7IA 2OK2A 2DS9A 5I2KA 4GL8A 1IITA 2Y7RA 3R26A 2F7AA 2F34A 2HFBA 1B6HA 1MQJA 4QF9A 1GR2A 1US5A 3B6TA 3SEUA 1PEBA 4NF4B 3GYYA 3FVOA 4YB6A 4F2QA 4H5GA 4TLMB 4XKPA 2DE4A 2O1LA 3LBSA 3O9PA 3LSLA 2ONKE 4DDDA 2F8DA 3CSGA 1ZLQA 3KJTA 1J1NA 2R9JA 1KWHA 2RC7A 1A8FA 4LN5A 4P8BA 2O69A 3PPRA 5TU0A 4UABA 4F22A 1UIVA 3ECRA 2OWTA 2WKYA 4PP0A 3N5LA 4YB7A 3CFZA 2ZXTA 4G68A 1JQFA 1SBPA 3DM0A 4PAFA 2RKMA 1OLAA 4KCCA 1LBCA 3OO6A 3JV9A 4O3AA 1PB9A 3U94A 1BKAA 5DYHA 4NN3A 1SI1A 3MPKA 3HV1A 4QFOA 2DOJA 4AQ4A 1XS5A 3HN0A 3V89B 4ZDMA 4RY1A 1JEVA 3Q27A 3TYHA 3OEKA 5H8NA 4JWOA 2Q2AA 2XXUA 3T22A 3DP4A 2NXOA 1JVXA 3QYTA 1B58A 4OVTA 2Q9TA 4NGUA 2VOZA 4H8JA 3VV5A 4NQ8A 3K1PA 1FCKA 2VPNA 5HM4B 4DLDA 3H3GA 2XWOA 5L9OA 1BLFA 2O7UA 4DI4B 4OFOA 5TP9A 4ELQA 4OETA 3UN6A 2CZLA 3K02A 2DE2A 1A54A 3O2AA 5KDTB 2DWJA 5AA4B 1QJMA 1B1XA 3MZ1A 2I49A 4KYSA 4NWDA 1MQGA 4RK9A 2QSXA 4EF1A 3B50A 5JK4A 2LAOA 2VP1A 1ANFA 2QPQA 4E0XA 1SYIA 3C33A 3OO9A 3Q29A 3TTNA 2W7YA 1R1NA 3GZGA 3T9VA 1IEJA 3KN7A 5DVIA 4OENA 2I3VA 3VLWA 4R6KA 5CBRA 2DE3A 4R9FA 4OMBA 2XXPA 4PFWA 3W15C 4PDDA 1WDNA 3MBPA 4PBHA 4R9GA 1N04A 2QS2A 2ABHA 5ICQA 1I6BA 4C1UA 2HAVA 2Z8FA 3MVWA 2OJTA 3GBBA 1A7LA 1DOTA 2UVHA 4C1TA 1LFHA 4FJPA 3U65A 2RC8A 4Q0CA 4GVOA 4N91A 3M3LA 1Y1MA 1OQGA 2ZZWA 3PMVA 1CB6A 3QK6A 1PB7A 4GF8A 4UACA 3G3IA 3S9EA 4F39A 4U22A 1JETA 4QSEA 3K0VA 4X8RA 1ZMGA 2G29A 1N3WA 4QFKA 2R71A 3K00A 1A8EA 3C36A 3K6XA 1A99A 4ESXA 4PAIA 2H99A 2GRVA 1NH8A 1EZPA 3EHTA 2F97A 3S9MC 3QUFA 1TFDA 3B6WA 3CG3A 4QSCA 4GOTA 2XXVA 3K6UA 4O3BA 3OXNA 1DMBA 5CC2A 4JWXA 4NWCA 1LAFE 1TWYA 2WYKA 4F1UA 3MVZA 3A3UA 3TCHA 4MEVA 4KHZE 2O84X 4ECFA 1MXWA 4NF6A 1B5IA 4G8NA 1ZIUA 2DWAA 4HTGA 1YCJA 1EZ9A 5I56B 3PPQA 4NF8B 4JWYA 5K2XA 2I48A 4X1BA 4UA8A 1MPCA 1ZJLA 3HO7A 2ZZXA 4QFPA 5I58B 3EHSA 1A55A 4N6DA 1B3GA 4DXBA 5AA2D 3G3HA 1R9QA 2H25A 4H1XA 1URSA 4R74A 3H6WA 5FHOA 4R72A 2XXYA 4RNSA 2AL5A 4U1OA 5DVFA 4DZ1A 1MDP1 1VE4A 5J1DA 1VFEA 4IO5A 3UA8A 4WEDA 1NNFA 4R73A 1B4HA 2E0SA 3EF7A 5DEXB 1Y3NA 1IXGA 2I58A 1B40A 3ILUB 5I57A 1UQWA 1A40A 1N84A 4N6KA 1HSEA 2ZYMA 3FXRA 3Q25A 4QRZA 2ZYNA 3ZKLA 4XTCQ 4MNPA 4YMAA 4PFRA 1XC1A 3IJOB 1PB8A 2ZYOA 5LOMA 5H8QB 5ISUA 3CSBA 4N8GA 1FQCA 4H6DA 1AH5A 4MLVA 4ELRA 5IGAA 2XX8A 2I0CA 1M5CA 2QRYA 5ELVA 1MXUA 5I5PA 2V4CA 2OWSA 3SERA 3IR1A 2ESNA 3RNNA 3G3JA 2XXKA 4PFYA 3M3FA 1I69A 1Z7NE 3N26A 4AB5A 3SEYA 4F1YA 4U23A 4YICA 3VE1B 2KLFA 1M5EA 4ZZAA 2R6GE 5EHSA 4EQ9A 2H4IA 4HCWA 2ZNUA 4F3PA 1FQDA 5K2YA 3N94A 5FHNA 2QS1A 5KCJB 4OTEA 5TPAA 3TTMA 3DLNA 2H5YA 3MP1A 5EYFA 4MH5A 5A5XB 3VXBA 4Q5TA 3TPAA 1MY3A 3VDFA 5JTYA 1URGA 2B3BA 4F2OA 3UIFA 4EXLA 5L8DA 5I2KB 5EHMA 1NH7A 2Y7KA 2I4CA 1B5HA 2HXWA 4OVQA 4BDLA 2XA5A 3FV2A 4P9KA 2OBGA 4NTLA 4P11A 4XFEA 4P1EA 2E1SA 3CFXA 3SESA 3IO4A 1H45A 3FJ7A 3S9NC 1SW4A 4MLQA 1ZTYA 3N6UA 1OVBA 2X26A 2VD3A 4WXJA 4LA9A 4XKQA 3KN3A 2YLNA 3IO6A 3HPIA 3SETA 4R2BA 3PU5A 3QAXA 3FIRA 5ICTA 4P0IA 1XVXA 1OMPA 4IO4A 1QUIA 3C9HA 3C35A 2DVZA 1B0LA 2Q89A 2PVUA 3CFLA 1MY4A 2D21A 3U92A 3TTLA 5M2VA 3LR1A 1LSTA 1EZOA 4RXLA 2HPGA 4N17A 2BJJX 3UP9A 3K1MA 4EF2A 4RYAA 3K6VA 1P1NA 1JW1A 1P1UA 3H6VA 1NKXA 4LVQA 5FTIA 1B05A 3KBRA 3IX1A 4TLLB 3C34A 3WAFA 2I0BA 4U1ZA 5JEIA 4G8HA 1MXZA 3S2VA 3Q28A 4EQ7A 1S9TA 1DTGA 2DQVA 5H8SA 5H8NB 3FVKA 4GXAA 2RINA 1H3DA 3TCGA 3H6TA 1PC3A 4MNIA 1LB8A 1HSJA 3IJXB 3ZKKA 1IXHA 3OSQA 4O8MA 3CVGA 3FXUA 4XKRA 4BDNA 5I59A 4TQUQ 1ZBMA 1EU8A 3KSXA 2XXQA 4PF6A 2HEUA 5TP9B 1MQHA 4ZEDA 4Z0IA 3MJNA 1QW0A 5FTHA 2UVIA 3O6IA 5BWJA 3E3KA 3MQ9A 5AA3A 4PFUA 3RUMA 3DP6A 2PT1A 1B52A 1O64A 4F31B 2P1SA 4FE8A 4O94A 3MUQA 2Y7PA 1R6ZA 3BFUA 3MW0A 4X1DA 3TCFA 3Q26A 4YMBA 3PUVE 3T9HB 1LB9A 1XHYA 4BLAA 4HCYA 1MDQA 5F1QA 2DXYA 3KOSA 3FVNA 3TZAA 4I62A 1OLCA 3D4CA 1CE2A 3SEWA 1B7ZA 2DSFA 4QFNA 4G8MA 1GVCA 3SKPA 3BBRA 2P2AA 3SDFA 3C32A 2XWKA 3M8UA 4PFTA 1LCTA 1Y3QA 1NNPA 2VHAA 1N3XA 1B3HA 2XXRA 3SEXA 4OESA 1NFTA 5AA4A 3O28A 3PUWE 3OO7A 2XWVA 5IKBA 3MPLA 4HS7A 1F9BA 3L6GA 4YZZA 3G3KA 2F7CA 1ZKBA 3KGCA 3RT6B 3S9LC 1B4ZA 3F11A 3CI8A 4F3BA 4XXUA 5CI5A 3V5AA 5AA2A 5F7VA 1VR5A 1II5A 4ZZEA 3H4ZA 2NOOA 2RCBA 1XT8A 2FA7A 5H8HA 4GRKA 4IO6A 4JBZA 2V3UA 4BDMA 1UIUA 4KYDA 3JYRA 2UYEA 1LGBC 2XD3A 4PFIA 4NF6B 4AB6A 5ITOA 3EQ1A 4ELOA 4I9DA 4G2ZA 4FEDA 4WKMA 3D4GA 4JDFA 1SW2A 1LCFA 4ZEKA 1UTHA 2O6AA 4FATA 2H9BA 4O3CA 3IB1A 3IOVA 3RPWA 3TQLA 3IAZA 5L9SA 2ZNSA 2IA4A 3BFTA 3FASA 5I2NA 2Y84A 4EQBA 1MXXA 2UVJA 1BTJA 3PUXE 2DXRA 4IY6A 3TMGA 1I6QA 1AIVA 3IB0A 4GIZA 1N76A 2Q8JA 2GFEA 3TAJA 4QHQA 3IB2A 3LSWA 2ZZVA 2UYFA 5I84A 3TEPA 1MY0A 2ZNTA 1OVTA 3RQTA 4NHBA 2H98A 4ZEFA 3IOUA 1IIWA 2PYYA 3VVFA 3IK6B 1WODA 2NWJA 3S4UA 4N15A 1PBPA 5I57B 3H03A 2F5XA 1DPEA 2O7IA 4BDQA 1L5TA 1D9VA 3T9UA 4KD5A 1S7YA 1SDXA 1JVYA 4N4UA 3TTKA 4KQPA 3V83A 2XD2A 2V3TA 1B2HA 4I8CA 1FTLA 1P99A 3B7DA 4LQ5A 4DXCA 1IUDA 3QUJA 1TFAA 3EPEA 1D9YA 3ONMA 1DTZA 4FAJA 3RT8A 1QVSA 1JW4A 2QS4A 4MNCA 1XVYA 2PFZA 4OANA 3VLUA 4OFJA 3V8XB 4GD5A 4GXSB 4H65A 1MRPA 3MVYA 4OHNA 4ISUA 5BUUA 2ANJA 1RYOA 2GH9A 5IZZA 3T66A 1SYHA 4OVSA 1Q35A 3U1OA 4MBPA 1OQHA 3ILTB 4NEDA 1OIBA 2GHBA 2FNCA 1FQAA 1UTBA 3CRBA 3OEMA 2CEXA 1B3LA 3PD9A 1SI0A 3UGWA 1B51A 5L9MA 3U93A 1B3FA 4YKIA 3TQWA 4WEPA 5JTYB 3RGYA 4ZE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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