5CM6A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KKYRWRLAETWGPNFPIFGDASKNMAKMVKEMSDGRLTIRIDSANKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKDFNTMFFTTVPFGMTAPEQYAWFYYGGGMELMKETYDQYGILSFPGGNTGVQMGGWFRKEINTVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGASPTNIPSAELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWQEPATELQFMVNQKAYDSLPADLQKILTVAMKTAAYDMYSQSTHENGVNLKALQSEYPNVKIRTFPQPVMNAIRDANDELLAEFAAKDKETAKILKSIKTYQEQVRAWTKFADQAYLESFESN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
rcsb
source organism Pseudoalteromonas atlantica
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
total genus 112
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cm6A02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5cm6A01
1T0KA 3S9MC 1MY3A 1GTKA 4Q0CA 3PPRA 3PUYE 4RY1A 2Y7WA 3T96B 3ZKLA 3PPQA 4DCXA 4MMPA 1ELJA 3BFTA 1IIWA 3V8XB 4N4UA 4MAGA 5I2KA 2XXYA 5B7DA 4N91A 4OQOA 2UVJA 5I59A 1OVBA 4G4PA 3DP4A 1AL3A 3VFJA 4JWOA 3S9EA 1UTBB 3F11A 3I3VA 4DI4B 1H76A 4GQOA 3OO6A 1FTJA 1FQDA 1OLAA 2ZYOA 4IGTA 1FCKA 4NF8B 3C35A 1LSTA 3E13X 4X9TA 3FUZA 2ANJA 3QUFA 3C32A 4R9FA 2REGA 5H8QB 1QUJA 4KYSA 5KDTB 4FE8A 4PCDA 2RC7A 2Y7PA 3FIRA 5H8HA 1XT8A 4NF5A 1IXIA 4DZ1A 4LQ5A 2WX9A 3OSRA 3MVYA 2QL3A 4GXAA 2XXHA 2H5YA 4NEDA 4F22A 4ZEKA 4LP2B 4OVRA 1LB8A 4GOTA 3MP6A 3RT6B 1MXZA 2HPGA 4R6YA 5FTIA 4R2BA 4ESXA 4MNPA 2RCAA 4GF8A 3SDFA 4F2QA 1MQIA 4OWDA 3OSQA 3IORA 4PFWA 4NF0A 4N07A 4YKIA 4QFLA 1MQDA 2QS1A 3KN7A 1Z7NE 4OMBA 3RNNA 1NMUA 1FQCA 3RN8A 1MG1A 1B3GA 1PBPA 3OEKA 5CI5A 2QS3A 1Y20A 4N8YA 4PDHA 1N76A 4YKJA 2O7IA 4UABA 3O6GA 3GZGA 3CVGA 2V3UA 3FXQA 1CE2A 3PPOA 4N17A 4IY6A 4MH5A 4XF5A 1FQBA 3L6GA 4ZDMA 2Q88A 2FA7A 2XX8A 2A5SA 4ELPA 4IO6A 3D4CA 3Q29A 5JK4A 3WAFA 4KPTA 3MP8A 1Q1KA 4YKKA 5CMMA 1FTMA 4QRZA 4YICA 1VR5A 3N6TA 5IZZA 2F34A 4OVPA 2I48A 2F5XA 1JETA 1B7HA 5I2NB 1P1OA 1Y4TA 3G3JA 4PP0A 2D21A 3OO7A 3TAJA 1DTZA 3IJXB 1M5FA 4KR5A 4ZE8A 1MQJA 3SEXA 3R7XA 1ZJLA 4F3BA 1ZIUA 5JTYA 1II5A 4Z7EA 4YB7A 2F6PA 4HW8A 4U21A 4F3GA 3FJMA 2V25A 1RKMA 3MPLA 1N3WA 5LOMA 3QSLA 4PF8A 3USDA 3H03A 5AA2B 4GXSB 1SYIA 1GGGA 4MFIA 4XKNA 2ALUA 4E0WA 4GL8A 3K6VA 4YB5A 1JW4A 2O51A 3U92A 2XXTA 3O2AA 4TQUQ 3K1MA 3KZGA 3G3GA 2RCBA 1RYXA 1MY2A 3B6WA 2UXAA 2PFYA 4N6DA 5AA2A 3N26A 1UIUA 4KQPA 5I57A 2XXXA 4AB6A 4P1EA 2ZNUA 5H8NA 2X26A 1JNFA 3MJNA 3I6VA 3KBRA 2HQ0A 5CBSA 3QK6A 2ABHA 2XWVA 1Y9UA 4F1VA 3OXNA 3C33A 4OERA 4R9GA 4U23A 4IO7A 3SETA 4R2FA 3H6TA 4ELOA 4YKPA 3HCQA 3SEVA 5ICQA 1B9JA 1L5TA 1I6QA 1OQGA 1EU8A 5DEXA 3R6UA 3IK6B 4MHFA 3G3KA 5CMBA 2V3QA 2XXIA 2I58A 1WVJA 4RK9A 1N84A 1MM6A 5IM2A 3IX1A 4EXKA 3VLVA 2DVCA 4JWXA 4ISUA 4OVJA 4OVTA 4IGRA 3BFUA 5H8HB 4PFRA 5TP9B 1MH4A 1P1QA 2DXYA 1JVYA 3FJ7A 4IB2A 1I6BA 3N5LA 3VXCA 4KFQA 3LSXA 3K2DA 3WAEA 4QFNA 5CC2A 1MY1A 2ZYNA 3PD8A 4F3PA 2Z8EA 4LQ2A 2OWTA 3BBRA 1FW0A 1D9YA 1Y1ZA 4NWCA 5H8QA 2DQVA 4EF2A 4OFJA 4MX6A 1M5BA 4UA8A 1B32A 3B7DA 3ONMA 4X04A 1N04A 1MPCA 2XWIA 3FGSA 3ODBA 5FHNA 1PB9A 3P7IA 5IKBA 1US5A 4YU0A 4DDDA 3OD7A 4F19A 1CB6A 4PE5B 4OHNA 3UIFA 4PFYA 1LFIA 1A99A 1O64A 3SERA 4DI3D 3V89B 2XD3A 4G8MA 5FHOA 2Y7IA 1MY4A 1LBCA 4FEDA 3PPPA 3K1NA 4EDPA 5H8FB 3K6XA 1AOVA 2Q8JA 2VD2A 4FORA 3O29A 2AL5A 5L9SA 2V84A 1WDNA 3MZBA 3PU5A 4P56A 3IOWA 5AA3A 3N6UA 2HZLA 4UACA 1BIYA 2Q2CA 3EHTA 1UTHB 1EH3A 4QFKA 5I2NA 2O68A 3D4GA 2VPNA 3K6UA 1B0HA 3UK4A 1LBBA 1FQEA 3HO7A 3TTLA 3FV1A 2NWJA 4PAKA 2P2AA 3SEYA 3TTKA 4ECFA 1IXGA 1N0TA 3IL1B 2H25A 1DPPA 2OCUA 2H9BA 3VVEA 4H65A 2ZYKA 2XXUA 3TYHA 4X1BA 4U4SA 2A5TB 2HAUA 4LVQA 5I5PA 3TZAA 2Z8FA 3B6QA 1I69A 3E3KA 3OO9A 4RPOA 4MLQA 4AQ4A 4LN5A 3MUQA 1SW5A 1LCFA 4IO4A 1IQ7A 1B40A 1MS7A 4LA9A 1BTJA 1VFDA 1H43A 1LGBC 2XXRA 1S50A 4QHQA 1ZLQA 4NMYA 2DE3A 5AE4A 1URDA 1A55A 2O7UA 2Z23A 1D3KA 2O6AA 3S9NC 2DWAA 3IAZA 3CSGA 1USYE 3IOVA 3TELA 4N8GA 1MXVA 4QF9A 1B51A 4F39A 3A3UA 4C0RA 3U8QA 1FTKA 4P9KA 4N15A 2DS9A 1UQWA 4I62A 5TU0A 2AYSA 3JV9A 5CM6A 4LZ5A 1MH3A 1NKXA 4O3BA 1R1NA 2DYXA 4TLMB 5I59B 1SVXB 1URGA 4RNSA 2I6EA 4PQJA 1UTHA 2ZZWA 2RKMA 3OEMA 2WYKA 4WEDA 4MBPA 4PAFA 1LAHE 2DWHA 4GWOA 4XKRA 4OA4A 1MXWA 2DWIA 1BP5A 2B3BA 4DE8A 4MLVA 3TDJA 5AA4A 4PFBA 4XXUA 3S2VA 1R9LA 2QMWA 2F7AA 4Q5TA 2I4CA 3LSWA 1UTBA 3DLNA 4O94A 2DE4A 4DCYA 4POWA 1SI0A 2W7YA 1S9TA 4GVOA 1FQFA 2GRVA 2V4CA 3VVDA 4ZZEA 1P1NA 4DLDA 4TLLB 2XWOA 4RPNA 4R73A 4DXCA 2RINA 2Y7RA 2G93A 4NGUA 5AA4B 3VLUA 3OOAA 4YZZA 3IB1A 4GFRA 1KWHA 3KN3A 5KCJB 4NN3A 2YJPA 4GIZA 1LAGE 1QVSA 1OMPA 1MPBA 4NX1A 4KYEA 3O6IA 3MWBA 2YPNA 3KOSA 3I5OA 3K01A 2PVUA 3FVGA 4F1UA 1YPNA 3VLWA 4ESWA 3HN0A 4KCCA 3PMXA 3K6WA 3PUZE 3MAMA 4U1OA 2ONRA 1MPDA 1MQGA 2WYPA 2F78A 3K02A 5TP9A 1EZOA 5DVJA 2REJA 3QIMA 4NAPA 1NH7A 2OK2A 4QFOA 2GH9A 5FHMA 1QKAA 5DVIA 1POY1 2DOJA 4G8NA 3V83A 4OFLA 4RJZA 2YLNA 3UP9A 1A8EA 2QMXA 1EZ9A 1B5JA 2ZNTA 4KYDA 1FTOA 1ZU0A 4YB6A 2VP1A 5DTBA 1NFTA 2O1MA 1QJMA 2VOZA 3W15C 3QUJA 1B5IA 3EHSA 2QRYA 4PFTA 1GV8A 4P3LA 1ZBMA 5KDTA 3C4MA 4KCDA 4DXBA 2R6GE 5JTYB 3IOTA 4HS7A 3MP1A 1H44A 2R71A 1ZTYA 3A09A 1JW1A 3JZJA 3SEWA 4Q8RA 1VE4A 4N6KA 4OETA 2NXOA 3S9LC 3T9XB 4ZEIA 3PPNA 4EF1A 3FVKA 2AIXA 1N3XA 3TPAA 2XWKA 3HPIA 5TPAA 3JYRA 1NNKA 1JEVA 5LTCA 4QFPA 3FASA 4KI0E 1B7UA 3QXMA 4Q30B 4HTGA 1Q35A 3C31A 2OBGA 4G68B 1MRPA 5DYHA 4AB5A 1AH5A 4YAHX 3O97A 1DMBA 3G7WA 3IJOB 1A40A 4PGNA 3O28A 3H06B 4H5GA 1Y3QA 2XD2A 3KJTA 1XHYA 4XIGQ 5H8FA 3C34A 1B4ZA 2PT1A 3KN8A 3ILTB 1B5HA 3U72A 5ICTA 4RK2A 2QS4A 1NL5A 2H98A 2VD3A 2ZMBA 3OELA 4EUOA 4E0XA 2PMSA 2Z8DA 4F1YA 1TXFA 3H3GA 4QSCA 2OWSA 4R75A 1LAFE 2E1SA 3N94A 4P8BA 2GHBA 5AA2D 4NF4A 3FVNA 4U22A 3OO8A 2HFBA 4P11A 4H67A 3BKIB 2QSXA 1POTA 2PX1A 3IR1A 3U94A 1JQFA 2R9JA 3FXRA 4I1DA 3UGWA 2FNCA 4P47A 5CBRA 4BDRA 3RT8A 3MVWA 4FIMA 3CFZA 4FECA 4BDMA 1P99A 3EN3A 4NTLA 2THIA 1Z7ME 5I56A 5H8NB 4OFOA 4OYVA 3B50A 2Q2AA 2QJEA 4DXUA 2OJTA 4JSDA 3G3FA 3VE1B 2Y7KA 4TOZA 3MZ1A 2NOOA 4MF3A 4JDFA 2ZZXA 2KLFA 4PGPA 4ZEFA 4HCYA 3MC2A 5K2XA 3DM0A 4PFUA 2V93A 2HCAA 4ZECA 3Q25A 3OENA 1URSA 2UYEA 3KG2A 4BDNA 1P1UA 1VFEA 3TCFA 3PGFA 3MBPA 4BLAA 3RY3A 3T9UA 4X8RA 2F35A 2B65A 2OLBA 2OZZA 3TFLA 4MCOA 4KHZE 1B52A 4BDOA 3L6HA 3H6UA 3MVXA 4F31B 4G2ZA 2WKYA 5M2VA 3TCHA 1XC1A 1HSLA 4YMBA 3RQTA 1H3DA 3CI8A 1B1XA 2NVUB 4O8MA 3VVFA 3H6WA 1XS5A 3Q27A 5EHMA 5I58A 5ITPA 5DVFA 1VSOA 5FTHA 1SW2A 2O84X 4P0IA 2H99A 4BDQA 1LFGA 3PUXE 4PBHA 3LUYA 1SYHA 1NNTA 4G68C 2RC8A 1R6ZA 4LUBA 1D4NA 3CG3A 4PBQA 1IUDA 4R6HA 3SEUA 3Q28A 4NF6B 1QW0A 1S7YA 5I58B 3UA8A 1WODA 5KCJA 4RA1A 1I6AA 4RXLA 1FTLA 3RLFE 3KOTA 3FXUA 2M8CA 4R6KA 3LR1A 3TTMA 3DP8A 3U65A 4ZZAA 1GVCA 5JEIA 1ANFA 4C1UA 2I3VA 4O3AA 1ZKBA 4MIJA 2NUVA 2P1SA 5CMCA 1MDP1 5DT6A 1USYH 3VV5A 3CR9A 2GFEA 4X48A 1XVXA 5I2KB 2E0SA 5A5XA 1TT1A 1J1NA 1XOCA 3UORA 1GR2A 4F3SA 4M4GA 3TQWA 2ZNSA 2I49A 3RPWA 1O63A 3R26A 4NG7A 1MXUA 4ND9A 2F6GA 2ONKE 4LONB 3KJ7A 2ONSA 3LSFB 2D3IA 2DXRA 1EZPA 4ONYA 4BDLA 3CRBA 3FZVA 4MEVA 2ESNA 1F9BA 1YCJA 5HPQA 5BUUA 2PFZA 4POXA 3CSBA 1M5CA 4IY5A 4DIGA 2B3FA 2CMOA 3TTNA 4JSOA 4F2OA 3VDFA 2XHDA 1N7XA 2RC9A 1H45A 4L17A 1QKBA 2DP8A 3KEIA 1DPEA 1OIBA 2F36A 1SDXA 4IO2A 3VXBA 3RGYA 2XXKA 1MXXA 1TFAA 5H8SA 3K0VA 4ZEBA 3H4ZA 4JB7A 3GLBA 2X7PA 3IO6A 4OVSA 5J1DA 4WXJA 4MNIA 1SD3A 4P0GA 1MQHA 4U4XA 3CIJA 5I56B 2UYFA 1YTVA 3K00A 4H0WA 3TMGA 3ILUB 1SI1A 1BKAA 2XXVA 3M3FA 4PF6A 2IA4A 4U2RA 1LB9A 4WEPA 4EQ9A 3U93A 2PT2A 1QUKA 2QPQA 1Y4CA 1B3HA 2HAVA 1PBQA 4XTCQ 4F29A 5I57B 4FAJA 4OANA 3PMVA 4C1TA 3SESA 2Z22A 2XXQA 3RTWB 4K3FA 3T22A 4GL0A 3AXFA 1SW4A 2XXPA 3KSJA 3EHUA 5KZTA 3HHFA 1SQYA 3K1PA 1B4HA 3IB2A 1TWYA 1IEJA 1LFHA 3HV1A 2DWJA 3FJGA 1P1WA 1D9VA 1ZMGA 1OLCA 4PAIA 4NHBA 1XVYA 4N6PA 5A5XB 4XKQA 1HSJA 3C9HA 3C36A 4I9DA 3ECRA 3B6TA 1NH8A 1MM7A 5ITOA 1A54A 2HZKA 1A8FA 4JXIA 1DOTA 3QYTA 2F8DA 3E9XA 4ZS9A 4NF8A 2P0SA 3K4UA 4THIA 1FQAA 1B05A 3KGCA 4NWDA 4U1ZA 3QAXA 3GBAA 2IEEA 3PMWA 4PFIA 2F7CA 1Y3PA 1OQHA 4H8JA 1PB7A 2I4BA 1UIVA 5TPAB 5EHSA 1PEBA 3MVZA 1LAXA 3ZSFA 2Q89A 4ZEDA 1IXHA 3V5AA 4ELRA 3TCGA 5HM4B 4O3CA 3W9WA 3PV0E 4NE4A 4ELQA 1LCTA 3MW0A 3U1OA 4FATA 1IZ1A 3Q26A 5I7IA 4EQBA 4H8IA 5I84A 1SBPA 4GD5A 4OXVA 3EF7A 3S4UA 2I3WA 1HSEA 4HCWA 3EPEA 1A7LA 3TQLA 2VPOA 5IGAA 2ZXTA 1IXCA 3T9VA 4N13A 4KD5A 1B3LA 4ZE9A 2O1LA 3LBSA 2ZZVA 4EXLA 2DSFA 3IOUA 3DP6A 1B6HA 2VGQA 4Z0IA 1Y1MA 3FV2A 4PETA 5ISUA 5L9MA 1OVTA 4OVQA 4I8CA 3FATA 1TFDA 3G3IA 1B7ZA 4G77A 2I0CA 5EYFA 3W9VA 1MY0A 2AL4A 3SKPA 1JVXA 3GXAA 4GLIA 4XEQA 1NNFA 4OENA 3THIA 4NQ8A 3OMBA 2Q9TA 4OEUA 4PDDA 3CFXA 3PUWE 5F1QA 3TKDA 3KFMA 4YMAA 1M5DA 1B46A 3ZKKA 3FD3A 3IB0A 3ZS6A 4F18A 4OTEA 3H6VA 2DVZA 4NF5B 5IAIA 3M3KA 3LSLA 4OZ9A 2XX7A 3M8UA 4O7MA 4P1LA 4XFEA 4JBZA 1R9QA 2F7BA 4H1XA 3E4RA 1DSNA 3RUMA 2PBWA 1SW1A 1PB8A 4R74A 3M3LA 1PDAA 4G68A 2ZYMA 1B3EA 3O9PA 2HEUA 1B0LA 1JW5A 3T93B 3T9HB 1IITA 3MQ9A 2BJJX 5CRYA 5ELVA 4FJPA 3CG1A 3LC8A 1BLFA 2V3TA 1B3FA 1MDQA 2FYIA 3TUSA 1PC3A 2HXWA 4EQ7A 4WKMA 3TEPA 3FVOA 4GRKA 1YAEA 2CZLA 2I0BA 4FEBA 4PE3A 4QSEA 4R72A 3A3CA 5L8DA 2F97A 4QSDA 1LLSA 1RYOA 1NNPA 2QS2A 1JEUA 1B1HA 1M5EA 4IO3A 3UN6A 5F7VA 2O69A 1US4A 1B58A 1AIVA 1QULA 4X1DA 4IO5A 3CFLA 2XA5A 2X7QA 2Y84A 2H4IA 3MZ9A 4H6DA 3PUVE 4H5FA 1N7WA 5DEXB 2UVIA 2XXWA 3GBBA 3IO4A 1O7TA 4G8HA 2LAOA 4M1VA 3TTRA 1ATGA 4PC9A 2A5TA 3H7MA 2UVGA 2XX9A 4NF4B 3T66A 3DELB 1DTGA 5HBCA 5K2YA 3EQ1A 1QUIA 3TODA 4MNCA 2CEYA 5L9OA 1AMFA 3MPKA 3O66A 3PD9A 4LZ7A 5AA1A 2DE2A 5B70A 4OESA 4XKPA 2D5WA 4JWYA 2RF1A 4LATA 5CMKA 2G29A 4NF6A 1MXYA 3O6HA 3RTFB 4LZ8A 3HSTA 4OEVA 2CEXA 2UVHA 1Y3NA 2GHAA 3G3HA 1B2HA 3KSXA 2PYYA 2VHAA 3HHGA 4RYAA 5BWJA 3FXBA 3GYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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