5CM6A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KKYRWRLAETWGPNFPIFGDASKNMAKMVKEMSDGRLTIRIDSANKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKDFNTMFFTTVPFGMTAPEQYAWFYYGGGMELMKETYDQYGILSFPGGNTGVQMGGWFRKEINTVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGASPTNIPSAELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWQEPATELQFMVNQKAYDSLPADLQKILTVAMKTAAYDMYSQSTHENGVNLKALQSEYPNVKIRTFPQPVMNAIRDANDELLAEFAAKDKETAKILKSIKTYQEQVRAWTKFADQAYLESFESN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudoalteromonas atlantica
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
total genus 112
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cm6A02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 5cm6A01
3HHGA 3EHSA 1OVTA 4RA1A 2ZYKA 1USYH 3FVKA 1R9LA 3BFUA 5AA4B 3GBAA 4KQPA 3A3UA 4JB7A 1PB7A 4X9TA 3Q25A 2H4IA 3H06B 2GFEA 1QKAA 2RKMA 1NNTA 1JW5A 1A40A 5JEIA 3EQ1A 2DOJA 5CM6A 4LQ2A 3PUXE 3VE1B 4LA9A 4RK2A 3PD9A 4M1VA 1H43A 1NNKA 1JEVA 4MCOA 4OMBA 2XX9A 5FTHA 3R7XA 4PFYA 1XS5A 3L6GA 2NOOA 4N17A 3FJ7A 3E9XA 2ZYOA 3ONMA 3FVNA 1B3FA 4ZZEA 2O1MA 2DWHA 1R6ZA 3KG2A 3RNNA 1P1QA 4XF5A 3IO6A 2Y7PA 4DIGA 1XC1A 2PBWA 2XXKA 5B7DA 4LP2B 5DEXA 2NVUB 2WKYA 3SEWA 4MBPA 4R6YA 4OESA 1II5A 5FHNA 2AIXA 1MH4A 4X1BA 2VPOA 3T96B 2ONSA 4YKKA 4EQ9A 3BKIB 5DTBA 5EHSA 1NH7A 4FEBA 3IOVA 2ZYNA 3OO9A 3TMGA 2DXYA 5KDTA 1YPNA 2LAOA 4G4PA 2VOZA 3SEUA 3BFTA 4BDQA 3QIMA 3G3KA 4N13A 1POY1 1Y3QA 4F29A 4KHZE 4IO6A 1MDP1 2HZLA 4GL8A 5DEXB 5TP9A 4R2FA 3UA8A 4I62A 4EQBA 2XWKA 4NEDA 4RY1A 4LONB 3TTNA 2V3TA 4TLLB 1B3HA 1MQGA 4ZE9A 5ICQA 5KDTB 3IL1B 1URGA 3U93A 2OWSA 4QFPA 4Z0IA 1DMBA 2CEXA 3VLWA 1Y4CA 1LFGA 4MH5A 5AA3A 1IITA 3H6VA 3GZGA 4P1LA 1FQAA 3FGSA 3M8UA 1N3WA 3PUWE 5TP9B 1HSLA 4OZ9A 2DE3A 4G68C 4KD5A 1I6AA 1IQ7A 2ZZVA 1OVBA 1IXIA 1VFDA 3KJ7A 2RINA 5CMMA 4LZ5A 4ZEFA 4GL0A 2I6EA 1LLSA 4IO7A 2F8DA 3SEYA 2I4BA 1I69A 1PB8A 5I7IA 4OANA 2Z22A 4P47A 4MAGA 4X04A 2O1LA 1NH8A 4NF0A 1GR2A 3ILTB 5KZTA 3MWBA 1IXHA 2GHAA 2F34A 4FE8A 3QSLA 4NF6B 5ISUA 4P3LA 3W15C 4E0XA 3KSXA 5JK4A 3OOAA 2HFBA 2QS2A 3UIFA 3IOTA 1MDQA 5CMCA 1N84A 1MY3A 4OVQA 4UACA 1A8EA 1LSTA 2XXUA 3MVWA 4EUOA 2DWJA 1IUDA 1N3XA 5KCJB 4FECA 1FW0A 4DI3D 5I5PA 4GLIA 1FCKA 4H5GA 4UABA 4LATA 4MNIA 1DTZA 1Y1MA 3IK6B 4YMBA 3CG1A 3C33A 1MQDA 5HPQA 1Y3PA 3C9HA 3H03A 3CVGA 1FTLA 3KBRA 4QFNA 1SW5A 1QUIA 4H0WA 4GVOA 3SEVA 5L9MA 2XXIA 4PFUA 4P11A 1MY2A 2B3FA 1FTJA 1ZIUA 2O51A 1DTGA 3K6VA 3H3GA 3TQWA 3SEXA 5DVIA 3QUFA 3M3KA 1LBCA 3KJTA 3OELA 3OEMA 4GRKA 3RTFB 1JW4A 2RCBA 4PC9A 4P8BA 2ZXTA 1N04A 4F22A 4IO2A 2QL3A 1US4A 3QUJA 2XXYA 4JWXA 3GYYA 4FATA 5H8NA 1SDXA 4JBZA 4YB6A 1B0LA 2ZZXA 1JVXA 1B1HA 3FASA 3TFLA 4DXUA 4L17A 3PUYE 2I0CA 4ZDMA 4OVRA 1AOVA 4EDPA 5A5XB 3QYTA 2PT2A 5AA2A 2DE4A 3Q28A 5I2NA 3B50A 3VV5A 1RYOA 4P1EA 3IJOB 1B32A 4DLDA 2PMSA 1UQWA 1EZ9A 4DZ1A 5CC2A 1SQYA 2F36A 2QMXA 2R6GE 1Q1KA 1USYE 3KN7A 4QSEA 2E1SA 3S9NC 5K2YA 4DXCA 4N91A 5FHMA 4PDDA 3FV2A 3CR9A 4LN5A 3MVZA 3U65A 2XWOA 3KN3A 3OO6A 1AMFA 2H99A 1MQIA 5AA2B 1Y9UA 4F1VA 4Q30B 4QFLA 2DVZA 4QSDA 1LAHE 1PEBA 4TLMB 1SW4A 5I2NB 1P1NA 2DVCA 1CE2A 5IM2A 1MQHA 2H5YA 3I5OA 1TXFA 4OERA 1NNPA 1UIVA 3CI8A 4F39A 2P2AA 5LOMA 5AE4A 5ITOA 3ZKKA 1T0KA 5CMKA 5DYHA 4MMPA 4NWDA 3V8XB 1O64A 1VSOA 1ZU0A 4F31B 4U2RA 4N8YA 4WEPA 3ZS6A 5I56A 4JXIA 1ZKBA 4NE4A 3PD8A 1H45A 4RXLA 2O7UA 3MAMA 4NHBA 3GLBA 3IR1A 3MQ9A 4F18A 4HS7A 4HCYA 2ZNUA 5CI5A 3IORA 3MPLA 3CRBA 3VDFA 4GWOA 3S4UA 1NFTA 1FQDA 3G3JA 1GV8A 3UGWA 3H6TA 4I1DA 1L5TA 4MHFA 3TTKA 1ZBMA 2QS1A 2CMOA 3LSLA 1QKBA 4OEUA 3CFZA 3I6VA 3IB1A 2XXHA 2OCUA 1CB6A 3LBSA 2REGA 5I56B 4P9KA 4IO5A 3O97A 2R71A 4PFTA 3HPIA 3TELA 1YCJA 1SYHA 4U21A 3PU5A 4XIGQ 2VPNA 1ANFA 3F11A 2H98A 5CMBA 4PFBA 1JQFA 1PC3A 1QVSA 1MPCA 1HSJA 2VHAA 4BLAA 4NGUA 4M4GA 4MEVA 3MP1A 3WAFA 2FNCA 3R6UA 4BDNA 2XXVA 4PF6A 4PAIA 3G3HA 4LVQA 2HAUA 3K1NA 2GHBA 3TCHA 1XT8A 1A54A 3KOSA 3LSXA 3D4GA 1FTOA 3O6GA 4ECFA 5AA2D 4KPTA 1BTJA 3GXAA 3RUMA 4KI0E 1OLCA 3C36A 1B58A 1B9JA 4PFRA 2Q8JA 3ILUB 5LTCA 1N0TA 3EHUA 3ODBA 4FIMA 4H8IA 2P1SA 3T93B 5BWJA 2XX7A 3OSRA 1R1NA 4LZ8A 2UVGA 3N6UA 2XD3A 1MXUA 2O68A 3KZGA 3P7IA 3IB0A 1A8FA 4WXJA 1MXXA 1S7YA 5B70A 4F19A 1IXGA 1JEUA 1OQHA 1URSA 2A5SA 4ELOA 2UYFA 1D9VA 4NF8A 3UORA 4U22A 4YB5A 3OO7A 2UVHA 4BDLA 3FV1A 1LCFA 4Q5TA 3SKPA 1H76A 1PBPA 1KWHA 2ZZWA 1I6QA 4H5FA 3OD7A 4R73A 5I84A 1B5IA 4IGRA 3H7MA 3R26A 1MG1A 3FIRA 1OLAA 1XVXA 2F6PA 3S2VA 2O84X 4OA4A 5IAIA 2Z23A 2F6GA 3VFJA 3IB2A 1LBBA 4XKNA 1MPDA 1B6HA 3U1OA 1SVXB 1DOTA 4XKRA 3K6UA 3V89B 4NF8B 3K1MA 1TWYA 4JSOA 5J1DA 4GXAA 4H6DA 3VVEA 5I58A 1BLFA 4YU0A 1GVCA 4H1XA 2O6AA 3EN3A 4PGNA 4N6KA 2Y7IA 2CZLA 3QAXA 2UYEA 3FXRA 4IO4A 1AH5A 4LQ5A 1BIYA 3MJNA 2OJTA 1PBQA 4R6HA 3UN6A 4E0WA 1A7LA 5H8FA 3PMWA 2YJPA 2Y7WA 1DPEA 1UTHA 4OXVA 5FHOA 2XXQA 3BBRA 3MBPA 1SYIA 3C31A 1XOCA 3OEKA 3QXMA 4PP0A 3TZAA 4DCXA 3T9HB 2Y7KA 5I58B 4OFLA 4IGTA 2Q9TA 3HHFA 4AB5A 1LAXA 3IX1A 4XTCQ 2KLFA 4IY6A 4THIA 3RN8A 4EXKA 1RKMA 3TCGA 2H25A 2ZYMA 4U1OA 3W9VA 4F2QA 3HSTA 2HCAA 1MXWA 2HEUA 4YZZA 3MPKA 3RY3A 1Y20A 4PAKA 3B6TA 3RQTA 1Y4TA 1ZJLA 3CSGA 3SERA 2F5XA 1BKAA 1UTHB 2Q2CA 1QUJA 4Z7EA 1WODA 2QRYA 3MZBA 1B3EA 3VVFA 4O8MA 3PGFA 3T22A 4O94A 3KSJA 4C1UA 4P0GA 5I59A 2I0BA 1ZTYA 3G3IA 5H8SA 2D5WA 2I3WA 2PT1A 2UVJA 3FZVA 3MW0A 3K1PA 4F2OA 2B65A 1O63A 1S9TA 3LSFB 4IO3A 4JWOA 5M2VA 3MZ9A 3K6WA 4HCWA 4QFOA 2NXOA 1B3LA 4R2BA 1MH3A 1OMPA 3GBBA 1QUKA 3S9EA 2DP8A 5I59B 2RC7A 1B4HA 4GD5A 3K4UA 5ELVA 1SW1A 2THIA 1B7ZA 3U8QA 1B05A 4MIJA 3VLUA 4H67A 3DP6A 2M8CA 1TFAA 1MQJA 3U94A 4C1TA 4YKJA 4ZEKA 4U23A 3SDFA 3TODA 2O7IA 2X7QA 4GFRA 1YAEA 5CBSA 5ICTA 4R9FA 3G3GA 3E3KA 3OXNA 4RK9A 4IB2A 4X1DA 3WAEA 4FAJA 1ZLQA 5TPAA 3DM0A 2NWJA 1JW1A 4LUBA 4I8CA 3RT6B 2F7CA 3N5LA 4H8JA 1JNFA 3IJXB 2OK2A 2DXRA 1LFHA 4KYSA 4PETA 5AA1A 3KGCA 2RC9A 2V4CA 4RNSA 4G8MA 4AQ4A 2XA5A 2I3VA 4MX6A 2AL4A 4YKIA 3K01A 4DDDA 4OEVA 1AIVA 4YKPA 2V84A 3TEPA 4R72A 3MVYA 3CG3A 5IGAA 4I9DA 5EHMA 5H8NB 2XXWA 2ZNSA 1WVJA 4GQOA 3N94A 1MRPA 4OQOA 2HQ0A 3G7WA 4H65A 4ISUA 5H8QA 2FA7A 3TTRA 3V83A 3IOWA 4TQUQ 4EF1A 1P99A 2V25A 5I2KA 3O28A 5CRYA 2I49A 3AXFA 3W9WA 2D3IA 4U4XA 2Z8DA 4NF5A 2A5TA 1Q35A 2ALUA 2Y7RA 1B7HA 3Q27A 3MUQA 3E13X 1FQCA 1AL3A 3O29A 4KR5A 1DSNA 3IAZA 4FJPA 3B6WA 2HXWA 4GOTA 2DYXA 2ONRA 4P0IA 4RYAA 2NUVA 4G77A 3FXUA 2QPQA 5H8QB 5EYFA 3FJMA 4WEDA 1B2HA 3Q26A 4Q8RA 3PPNA 4PDHA 1URDA 5I2KB 3TYHA 4O3AA 3FVGA 1NL5A 4YICA 4PQJA 3TAJA 3PV0E 3LC8A 3RT8A 1XHYA 1SBPA 1RYXA 4PE3A 4MF3A 2OZZA 5BUUA 2H9BA 5F1QA 3U72A 4ND9A 1LAGE 5JTYA 2G29A 3N6TA 3C34A 1M5BA 3MP8A 2F97A 2CEYA 2XWVA 1P1WA 3VLVA 4ZEIA 4BDOA 1FQBA 3OENA 4EQ7A 1B0HA 2XHDA 4PBHA 1LCTA 4F1YA 4G8HA 2HPGA 1M5EA 3C32A 1M5CA 3FXQA 3TUSA 2ESNA 4LZ7A 5HM4B 3LUYA 4F3GA 3PUVE 2DWAA 3ZSFA 2VD2A 2E0SA 3UP9A 4AB6A 4OWDA 2XD2A 4MNCA 3MVXA 2ZNTA 5JTYB 4YMAA 3VXCA 1SW2A 4XXUA 5IZZA 1D4NA 1POTA 3EPEA 4NF4A 1LB8A 4GIZA 5DVFA 1FQFA 3C4MA 4PBQA 3VXBA 4ESXA 2XX8A 4MNPA 2RCAA 4QRZA 4UA8A 1Y1ZA 3K2DA 5DT6A 3PPRA 1BP5A 3ZKLA 2V93A 4QFKA 1DPPA 3TQLA 4N07A 3IO4A 3PMVA 3TPAA 5L8DA 1VFEA 4NF4B 1MXVA 2V3UA 4EF2A 3TTMA 4MLVA 3SETA 4OVPA 2IEEA 4O3BA 1JVYA 1US5A 1B46A 3LSWA 3O9PA 4F3BA 3UK4A 3KN8A 2WYPA 2R9JA 2X7PA 1F9BA 4XKQA 5IKBA 4DCYA 4POWA 2UXAA 2QSXA 1QULA 3HN0A 3RPWA 4PE5B 3M3LA 3THIA 1MS7A 1P1UA 3PPPA 2RF1A 1PDAA 2X26A 3DELB 1NKXA 1H44A 2VP1A 4ZECA 4N8GA 3FUZA 1VR5A 4KCDA 4NMYA 5H8HA 1Z7ME 4O3CA 3TKDA 2Q88A 4ZEDA 4PFIA 1FTMA 1WDNA 3A09A 4ELQA 2O69A 4N4UA 4N15A 1IEJA 1N7WA 3EF7A 4JDFA 4RPNA 4R74A 2XXRA 1UIUA 3H6UA 5TU0A 4FORA 4XFEA 3S9MC 1XVYA 1OIBA 4ZZAA 1ZMGA 5HBCA 4X48A 2G93A 1B5HA 2XXPA 4Q0CA 3CFLA 1D9YA 3LR1A 4JWYA 3CFXA 4GXSB 2REJA 2PVUA 5CBRA 4G2ZA 4OFOA 2DS9A 3DP8A 5H8HB 1QW0A 3Q29A 3M3FA 1Z7NE 1J1NA 3TCFA 2OLBA 4ZEBA 1B51A 2Y84A 4MLQA 2HAVA 4NF6A 3B7DA 1QJMA 1TFDA 3O66A 4NX1A 3PMXA 3FXBA 4ONYA 1N7XA 3OSQA 3MP6A 3S9LC 4F3PA 4YAHX 1IZ1A 2Z8EA 4BDMA 5H8FB 4JSDA 1N76A 3B6QA 1Y3NA 5I57A 4U1ZA 4NAPA 3H6WA 5KCJA 1MY0A 3FJGA 1NNFA 2P0SA 3HCQA 4OTEA 1VE4A 5FTIA 4U4SA 4PGPA 5K2XA 1MXZA 3V5AA 2WYKA 4YB7A 2DQVA 4KFQA 2AYSA 3K00A 2F7AA 4R75A 3EHTA 4PAFA 3H4ZA 1ATGA 4MFIA 4OFJA 2YPNA 2YLNA 1GGGA 4OHNA 3FVOA 4G8NA 4HW8A 3D4CA 2F78A 1R9QA 3JZJA 2DSFA 4X8RA 5F7VA 3U92A 4N6PA 5L9SA 1M5DA 1HSEA 5I57B 4ZE8A 1D3KA 1B7UA 4R6KA 3K6XA 2QMWA 5L9OA 4KYDA 2PYYA 2I48A 4C0RA 2QJEA 4O7MA 2VGQA 3FATA 3RTWB 4KYEA 4G68A 4OVSA 1JETA 3C35A 3MC2A 2XXXA 3HO7A 3K02A 2ANJA 2I58A 2BJJX 4XKPA 2W7YA 3DLNA 4KCCA 2D21A 4DE8A 3PPQA 1P1OA 4WKMA 4DI4B 2DWIA 2OBGA 3JV9A 4OVTA 4K3FA 2VD3A 1EZPA 4OETA 5A5XA 1YTVA 4IY5A 2XXTA 3KFMA 3OMBA 1EU8A 5DVJA 3QK6A 3T9UA 1M5FA 4DXBA 4RPOA 4G68B 2XWIA 4TOZA 3FD3A 3KEIA 3VVDA 1TT1A 4GF8A 1IIWA 2Z8FA 3ECRA 3G3FA 3MZ1A 1PB9A 1B5JA 2QS3A 2Q2AA 2ZMBA 1EZOA 1SD3A 4XEQA 1O7TA 3KOTA 1MPBA 3I3VA 1B40A 1GTKA 3PUZE 2F7BA 3SESA 2PX1A 4RJZA 3IOUA 2DE2A 5TPAB 4P56A 3A3CA 1B4ZA 2ONKE 4OENA 1MM7A 1I6BA 4PF8A 4FEDA 2F35A 1SI0A 4POXA 4ELPA 2WX9A 2PFYA 4OVJA 3T66A 2ABHA 4R9GA 2OWTA 4ESWA 3O6HA 3HV1A 1B1XA 2RC8A 3JYRA 1B3GA 3CSBA 4NWCA 4F1UA 2Q89A 1S50A 1IXCA 1MM6A 3O2AA 1LGBC 4OYVA 3PPOA 1MY4A 5ITPA 4ZS9A 2PFZA 1LAFE 4NTLA 3CIJA 4HTGA 4QF9A 2HZKA 1UTBA 2V3QA 2GRVA 4PCDA 3K0VA 4F3SA 1MXYA 1NMUA 4QSCA 4NQ8A 4NG7A 1A55A 2FYIA 1LFIA 3T9XB 3T9VA 1LB9A 1A99A 5AA4A 3TTLA 2UVIA 1FTKA 4NF5B 1FQEA 4EXLA 2A5TB 3L6HA 4ELRA 3USDA 1EH3A 1ELJA 2GH9A 3DP4A 2AL5A 2B3BA 3O6IA 2QS4A 1B52A 1H3DA 3RLFE 1UTBB 3TDJA 1SI1A 4NN3A 1OQGA 4PFWA 1MY1A 4QHQA 4N6DA 2I4CA 3E4RA 3OO8A 3N26A 4BDRA 2IA4A 3RGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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