4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
4FAJA 3D4GA 3MZ1A 5I59A 2ZYNA 2I3VA 1I69A 3OD7A 2D3IA 1DMBA 1XVYA 1LB8A 5IKBA 2DE3A 5DEXA 4R6HA 3H6UA 2B65A 1MPBA 4NE4A 2UVGA 1MQIA 2RF1A 1IXHA 2RCBA 1D9VA 4LATA 4QSCA 3CG3A 3MVYA 3FV1A 4H6DA 4EF2A 3HO7A 3N26A 4GXAA 4RJZA 4M4GA 3IO6A 4N07A 5TPAA 1H45A 3PUXE 2O69A 5DVIA 5AA4A 4UA8A 3K6XA 4ZEKA 4F3GA 1YPNA 3DRJA 1B5IA 4XKQA 4OERA 4HCWA 2AIXA 4XIGQ 2O1MA 1FTKA 4TLMB 4L17A 4OESA 3K1PA 5DTBA 3TCFA 2Q88A 1RYOA 4THIA 5I84A 1MY3A 4IB2A 3S4UA 4OZ9A 1MXYA 4H67A 4GFRA 3QXMA 3TODA 3QIMA 4WEDA 5ITPA 2V3UA 3G7WA 3KSXA 1CB6A 5CM6A 3G3HA 4OVJA 4QRZA 2F36A 4YMAA 1NH8A 3TELA 3IOVA 2QPQA 2PT2A 1ZBMA 1NKXA 1OMPA 2A5SA 2QMWA 2RC7A 5BUUA 3JYRA 4EXKA 4KR5A 3KN7A 3CSGA 1ZKBA 4DXCA 4Q0CA 3RLFE 1II5A 4YB5A 3DRFA 4POXA 1GV8A 2M8CA 1EZPA 5H8HB 4EQ7A 1URDA 1P1NA 3KEIA 3MPKA 3S2VA 3UN6A 3KSJA 1NFTA 3IB0A 1URSA 4JB7A 3K4UA 4NEDA 4RPOA 3KJTA 2QS1A 1Y20A 1LB9A 4I1DA 1Y9UA 4R9GA 1A8FA 3W15C 4ECFA 3QUFA 3GBBA 3GXAA 1XS5A 5HBCA 2GHAA 2XXWA 3LUYA 1FQBA 2Y7IA 3TTMA 1MXUA 4R2FA 4OQOA 2REJA 1UQWA 2XX8A 5DYHA 3HHFA 3MZ9A 3B7DA 2V25A 2Q2AA 3PPNA 2ZMBA 3VVEA 4H5FA 3UP9A 3MWBA 5H8HA 3UK4A 3R7XA 3RYBA 4R75A 3IJOB 1N76A 4U4SA 1AOVA 3V5AA 5DVJA 3CSBA 1FQAA 3OO7A 3DM0A 4AQ4A 1B1HA 3RNNA 4YKIA 3N6TA 2F78A 1POTA 3M3LA 3CFZA 3JV9A 1MRPA 5F7VA 4FORA 3N94A 3TTKA 2F35A 3WAFA 2F7BA 3MPLA 2I48A 3TFLA 4ZEBA 2Y7RA 3IB1A 3OMBA 4K3FA 4NTLA 4EDPA 4OETA 1B52A 1QKAA 2I49A 2LAOA 2ABHA 2Z23A 3LSFB 3VVFA 1FQEA 1OVBA 3FIRA 4EUOA 3LSLA 1NL5A 3SETA 3FUZA 4KYSA 4LQ5A 1UTBB 4NMYA 4U2RA 3FXRA 5I57B 1B4ZA 4F3PA 3EF7A 3IX1A 3MJNA 2O51A 2Y7KA 2F6GA 2VGQA 2P2AA 3VDFA 1B3HA 3T66A 2QSXA 2FNCA 4BDMA 2O1LA 1NNPA 1ZU0A 3WAEA 5FTIA 4IO2A 3CHGA 4HS7A 1US5A 1SI0A 2ONKE 2E0SA 1Y1MA 3LSWA 5AA1A 4X1BA 1H76A 4ISUA 3K01A 4WKMA 4P0GA 3PMVA 3HPIA 4LZ8A 1J1NA 1PB9A 3LBSA 3TCGA 4YKPA 1UTBA 4YAHX 5I57A 1NH7A 1FQCA 2O68A 3PGFA 3RN8A 1H3DA 4MF3A 1P99A 3FASA 1MM7A 3O6HA 4P0IA 4N6PA 4OHNA 2WOLA 4PE5B 1JW5A 1NMUA 3G3KA 3D4CA 4E0XA 4LZ7A 4H8IA 4ZZEA 2VD3A 2THIA 3K0VA 4I9DA 3K1NA 3OEKA 2F5XA 2QS3A 3EHTA 3G3GA 1H43A 3L6HA 2P0SA 1MQGA 3EQ1A 1LAHE 4PFWA 1SDXA 5EYFA 1SBPA 2HFBA 4OFJA 4PFUA 3C31A 3SEXA 3B6WA 3FV2A 1HSJA 4QFLA 3B6TA 1USYE 2KLFA 3A3CA 4RNSA 4H8JA 3TAJA 4JDFA 5FHNA 2Q89A 4QSEA 2XHDA 5AE4A 4I8CA 5CMBA 4KCCA 1B2HA 3PUYE 1SQYA 1S9TA 2I4CA 3IAZA 3U94A 4HW8A 1QUJA 3FD3A 3CI8A 4YKJA 4F1YA 5JTYB 3VLUA 3QYTA 2Z8DA 2HZKA 2QRYA 3V83A 1QJMA 3H3GA 4OTEA 4GRKA 3K6UA 5ITOA 1VSOA 3PAMA 1P1WA 4FEDA 1IXGA 4QFPA 3C33A 3Q25A 4FE8A 5DEXB 2GRVA 2AL5A 2PVUA 1WDNA 1QUIA 3MP8A 1N7XA 2A5TB 1UTHA 3OO8A 1QUKA 4GOTA 3E13X 3E4RA 3T93B 3KG2A 4XKNA 4DCXA 2VHAA 4NF5B 1M5CA 3EHSA 3O6IA 5TPAB 3IJXB 1WODA 1A54A 5I2NA 3H03A 5ICTA 4NF4B 3BBRA 1MH4A 4UACA 4QHQA 3GBAA 5L9MA 1MQDA 4R74A 3P7IA 5JTYA 1OIBA 4G8MA 3KFMA 3PPOA 1AIVA 4F29A 3FVOA 5AA2B 2Q9TA 1TFDA 3FATA 4OYVA 4PP0A 4KCDA 4G4PA 2RCAA 1PDAA 2RINA 2WOPA 3FVNA 3H6TA 5TU0A 3K2DA 4R6YA 3TKDA 4DIGA 2A5TA 1NNKA 5K2YA 3OOAA 3OELA 3KZGA 4NF5A 1EU8A 1DPPA 4BLAA 3E3KA 5H8QB 2HCAA 3MW0A 4JBZA 4OXVA 4O3CA 2ZNSA 3I5OA 5I56B 1SYHA 4G2ZA 4GVOA 1UIVA 3JZJA 1ZLQA 4NF4A 3FJMA 3UGWA 1B7HA 1B40A 3OSRA 3HN0A 2IA4A 1N04A 3SEYA 1N0TA 4FIMA 1MQHA 3RGYA 5AA2A 4KI0E 4FECA 1B0HA 2DVZA 5TP9B 3UORA 2B4LA 3BFTA 3M3KA 2ZNUA 1OVTA 2CMOA 4R72A 2DWIA 4NWCA 2GFEA 5B7DA 3PUVE 5CC2A 3CIJA 3ZS6A 5H8QA 4QFNA 2HZLA 4KQPA 2AL4A 4MLQA 2O7IA 5JEIA 3T9HB 4DXBA 2HAVA 4F3BA 2ZXTA 1JEUA 3MBPA 4ZE9A 5I56A 1AMFA 3RTWB 1FW0A 4LONB 3O28A 5KZTA 4KPTA 4X9TA 3O29A 3PV0E 1B5HA 3FGSA 2ALUA 4LZ5A 3KN3A 1SYIA 4F39A 2XXPA 1M5FA 4IY6A 2QL3A 4BDNA 1MXXA 5TP9A 4MH5A 2Q8JA 1DTZA 1GVCA 1MY1A 2REGA 3CVGA 1LFIA 3C4MA 4X48A 2UYFA 3V8XB 4YKKA 2AYSA 2VP1A 3Q26A 1B3EA 3MQ9A 4ZEDA 2HAUA 1Q1KA 1XHYA 4KHZE 1USYH 4EXLA 1LAFE 3O2AA 4GD5A 2ESNA 4H65A 5L8DA 1JNFA 2YLNA 2UYEA 1US4A 2DS9A 1Q35A 3OENA 4RK2A 5CMMA 3HSTA 1YAEA 3TDJA 4YICA 4PQJA 1B7ZA 1MY2A 2OCUA 4N13A 2XXYA 1SD3A 3PPRA 2Y7WA 2R71A 2OWTA 2W7YA 4I62A 4F22A 4U22A 1PC3A 4ZZAA 3SEVA 4ZEIA 3UIFA 1B6HA 2V84A 4FEBA 3USDA 4U1ZA 5FTHA 1FTOA 4IGTA 1A99A 1GGGA 4MBPA 2RC9A 5DVFA 1B51A 4O3AA 1PBPA 3C35A 1SW4A 3TQWA 1IQ7A 4O3BA 4H5GA 1MDQA 3IOWA 3MP1A 2PT1A 1B58A 4KYEA 3B6QA 2DQVA 1BTJA 5CMKA 1F9BA 5H8SA 3M8UA 4OMBA 2DVCA 2DSFA 4OFLA 1N84A 2RKMA 3DRKA 1OLAA 4ESXA 3FVKA 1B0LA 2XX7A 1LGBC 1JW1A 1TWYA 2XXXA 1SW2A 1URGA 3ECRA 3FZVA 2NWJA 5H8NB 1WVJA 4F3SA 4LA9A 4PETA 4R9FA 4GIZA 3R26A 1MY0A 3TZAA 4G68C 2DXRA 3VFJA 2ONRA 1IXCA 2PBWA 3PD8A 3FTOA 2NXOA 1ZTYA 2HQ0A 3Q28A 3QAXA 3IOUA 3DP6A 2DE4A 3U92A 5B70A 3IR1A 4F1VA 3M3FA 1B1XA 3EPEA 2PMSA 2Z8EA 4GXSB 4ELOA 1FTJA 1ATGA 2V3TA 1POY1 2ZYOA 4DXUA 4IO7A 1B9JA 2G29A 3KOSA 5KDTB 3O97A 3PU5A 5EHMA 1MXZA 3MVZA 2Q2CA 2XXVA 1SW5A 2F7AA 5M2VA 3QSLA 2OLBA 1ANFA 1LLSA 1EZ9A 3E9XA 5H8NA 1R9LA 3A3UA 4OENA 1OQGA 4YU0A 4GWOA 3TTRA 1MXWA 2RC8A 2I3WA 5CMCA 2DWJA 1T0KA 3DRIA 4ESWA 3ZKKA 1UTHB 4RK9A 4IGRA 2H5YA 3KGCA 1GR2A 3IB2A 4C1TA 3RYAA 5JK4A 4LUBA 1I6QA 1BLFA 2PYYA 5ICQA 3UA8A 4RPNA 1DSNA 3THIA 3F11A 3H7MA 1QULA 3TEPA 2GHBA 2DWAA 5I2NB 1MPCA 4OEVA 1ZJLA 3RY3A 1PBQA 3FVGA 2G93A 2WKYA 5KDTA 3RPWA 1MH3A 2XXRA 1IUDA 1Y4CA 3KJ7A 4ELQA 4ZE8A 4ELPA 1Z7ME 3ZSFA 1TXFA 1M5BA 5HPQA 3FXUA 3C34A 5AA2D 3MVXA 1MDP1 3VXBA 3MP6A 2H25A 4FJPA 3SKPA 1VR5A 4HTGA 4IO5A 2I4BA 4E0WA 3IL1B 3DLNA 3DRGA 1ZMGA 2I6EA 2H99A 3HHGA 1DOTA 1R1NA 1PEBA 4H0WA 3I6VA 1VFDA 1I6AA 1DTGA 2V3QA 4HCYA 4TQUQ 4U21A 4GQOA 2CZLA 4F2QA 2O84X 3O9PA 1UIUA 3K00A 3SEWA 5AA3A 3RQTA 2F7CA 1I6BA 3H4ZA 3PMWA 4Z0IA 2OK2A 3EHUA 5CI5A 1D9YA 2ZYMA 5A5XB 4PFYA 4XKRA 3W9WA 1O64A 4JSOA 4ELRA 3S9LC 2B4MA 3ONMA 1AH5A 2YJPA 3Q29A 1OLCA 3G3JA 1FTMA 4G68B 2X26A 3TMGA 3K1MA 3U8QA 3SERA 3LVUA 3H06B 1BKAA 3RT6B 3O6PA 1B3LA 4KD5A 2OWSA 3A09A 4G8HA 2E1SA 3CG1A 1R9QA 4G77A 1MM6A 1CE2A 3ILUB 1JW4A 4YZZA 3Q27A 1SI1A 3TCHA 1BIYA 1BP5A 2X7PA 4QFKA 1L5TA 3IO4A 2ZNTA 4AB5A 2QMXA 2YPNA 4YMBA 4TLLB 4XTCQ 4DZ1A 2XXUA 3SDFA 3OSQA 5A5XA 2V93A 1SVXB 2DE2A 1VFEA 1FQDA 1KWHA 1QVSA 1AL3A 3MVWA 3CFXA 4ZEFA 2I58A 1R6ZA 4GL8A 4G68A 3PPQA 4F2OA 1MPDA 3T22A 1PB7A 4C0RA 2UXAA 3IK6B 5FHOA 4R6KA 4U4XA 2XXTA 3FJ7A 3LSXA 2XXIA 3OO9A 2OBGA 1LBBA 3K6VA 2IEEA 2PX1A 3U72A 1LBCA 1O7TA 2I0BA 3U93A 3TUSA 4GF8A 1LAXA 3O6GA 4DLDA 3VLWA 3S9NC 1IXIA 1ZIUA 3FJGA 2XD2A 3K6WA 5J1DA 3MZBA 2FYIA 2DYXA 4ZS9A 4U23A 3PPPA 4MLVA 4DE8A 2UVJA 2ZYKA 3IORA 5KCJB 3QUJA 1MG1A 1MY4A 2ONSA 1YTVA 4AB6A 3KBRA 1P1UA 5I58B 1EH3A 5L9OA 1LFHA 1B3GA 2F34A 2F6PA 1IEJA 5LOMA 3ILTB 4NF8B 4Q30B 3GZGA 3TPAA 4XXUA 2QS4A 1QKBA 4QSDA 1JQFA 1MS7A 1IZ1A 3VV5A 1XOCA 3SEUA 1B7UA 3LR1A 1D3KA 1ELJA 5I2KB 1XVXA 1MQJA 4LVQA 3W9VA 1TT1A 3G3IA 1N3XA 2FA7A 4TOZA 1JETA 2QJEA 5KCJA 4H1XA 4GL0A 4QF9A 2DOJA 3T9VA 4EQ9A 4JWOA 1Y1ZA 3DRHA 1MXVA 1FTLA 1FQFA 3GLBA 5I58A 3HCQA 4F31B 3S9MC 3VXCA 2X7QA 3R6UA 3C32A 1XT8A 4ONYA 4POWA 4NF8A 1LAGE 2QS2A 4JWXA 2XD3A 4JWYA 4R2BA 4IY5A 2UVHA 4OWDA 2O7UA 5I2KA 3PMXA 3N5LA 4NF6B 3G3FA 1A40A 3MUQA 2F97A 3I3VA 5ISUA 1NNTA 2ANJA 1HSEA 3VLVA 4F18A 1B46A 5H8FB 1Y3QA 3CRBA 1VE4A 3ODBA 3TTNA 5CBRA 2XXQA 4DCYA 1Y3PA 4F19A 2H4IA 4OFOA 3FXQA 4YB6A 3IOTA 4C1UA 2R6GE 1B3FA 3KN8A 1LCFA 1Y3NA 5HM4B 2B3FA 3ZKLA 2DWHA 1N3WA 3U1OA 1FCKA 1LCTA 4QFOA 1N7WA 2XXHA 5K2XA 2NVUB 2F8DA 3CFLA 1A8EA 2DXYA 3O66A 1B5JA 1YCJA 4BDQA 3DP8A 3CR9A 4KFQA 4Q8RA 4OEUA 1D4NA 1GTKA 4DDDA 4RXLA 5BWJA 5F1QA 4NF6A 4GLIA 2D5WA 2D21A 4R73A 2R9JA 4X1DA 3VVDA 3K02A 3MC2A 5H8FA 3S9EA 3T9XB 3SESA 4NWDA 3T96B 3DP4A 1RKMA 4IO4A 2VOZA 3H6WA 1B4HA 1A7LA 3HV1A 4BDLA 1S7YA 4BDRA 3T9UA 2HEUA 4M1VA 1Y4TA 3PUWE 4Z7EA 1PB8A 3DELB 1JEVA 4RA1A 4YB7A 3EN3A 5IAIA 3TYHA 4G8NA 2B3BA 1O63A 2I0CA 1DPEA 4EQBA 2DP8A 2VD2A 5CRYA 1M5EA 1B05A 4WXJA 1QW0A 3TQLA 2NOOA 2O6AA 1TFAA 3C36A 1OQHA 3L6GA 4F1UA 4JXIA 4P11A 4JSDA 4ZDMA 3V89B 4IO6A 3BFUA 3N6UA 3OEMA 3LC8A 1XC1A 1LSTA 2OJTA 2HXWA 3PUZE 5CBSA 3PD9A 3RUMA 1P1OA 4RY1A 2WOKA 3H6VA 4U1OA 2H98A 1A55A 2P1SA 3KOTA 4LQ2A 2UVIA 5ELVA 4FATA 5I59B 2NUVA 2Y7PA 1LFGA 3QK6A 4KYDA 4MFIA 4Q5TA 1P1QA 3OXNA 5L9SA 4ND9A 3VE1B 2OZZA 2Z22A 4BDOA 4RYAA 1B32A 1JVXA 2Y84A 4EF1A 3AXFA 4IO3A 3RTFB 1S50A 2BJJX 1HSLA 1JVYA 4LP2B 3MAMA 1SW1A 1EZOA 2Z8FA 4XKPA 3RT8A 3BKIB 5DT6A 3C9HA 1M5DA 1RYXA 5AA4B 4WEPA 1NNFA 3TTLA 1IIWA 2H9BA 5EHSA 5FHMA 1Z7NE 2GH9A 2XX9A 4PFTA 1H44A 4ZECA 1IITA 3OO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FAJA 3D4GA 3MZ1A 4I40A 5I59A 2ZYNA 3E78A 2I3VA 1I69A 3OD7A 2D3IA 1DMBA 1XVYA 1LB8A 5IKBA 3FXBA 2DE3A 5DEXA 1FPBA 4R6HA 3H6UA 2B65A 1MPBA 4NE4A 2UVGA 5IZZA 2KQZA 1MQIA 2RF1A 1IXHA 2RCBA 5IZ1A 1D9VA 4LATA 4QSCA 3CG3A 3MVYA 3FV1A 4H6DA 4EF2A 3HO7A 1NV1A 3N26A 4GXAA 4RJZA 4M4GA 3IO6A 1NUZA 4N07A 5TPAA 4QXDA 1H45A 3PUXE 2O69A 5DVIA 5AA4A 4UA8A 3K6XA 5EQ7A 1INPA 4ZEKA 4F3GA 1YPNA 3DRJA 1B5IA 4XKQA 4OERA 4HCWA 2AIXA 4XIGQ 2O1MA 1FTKA 4TLMB 4L17A 4OESA 3K1PA 5DTBA 5I5PA 3TCFA 2Q88A 1RYOA 4THIA 5I84A 4N6KA 4PAKA 1MY3A 4IB2A 3S4UA 4OZ9A 2QVUA 1MXYA 3T1BA 4H67A 4GFRA 3QXMA 3TODA 3QIMA 4WEDA 4O7MA 5ITPA 4HE2A 2V3UA 3G7WA 3KSXA 1CB6A 5CM6A 3G3HA 4OVJA 5LTCA 1NV2A 4QRZA 2F36A 4YMAA 1NH8A 3TELA 3IOVA 2QPQA 2PT2A 1ZBMA 1NKXA 1OMPA 2A5SA 2QMWA 2RC7A 5BUUA 3JYRA 4EXKA 4KR5A 3KN7A 3CSGA 4X04A 1ZKBA 4DXCA 4Q0CA 3RLFE 1II5A 4YB5A 3DRFA 4POXA 1GV8A 2M8CA 3B8BA 1EZPA 5H8HB 4EQ7A 1URDA 1P1NA 3KEIA 3MPKA 3S2VA 3UN6A 3KSJA 2PFYA 1NFTA 4PFBA 3IB0A 1URSA 4JB7A 3K4UA 4NEDA 4RPOA 4GWUA 3KJTA 2QS1A 1Y20A 1LB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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