4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
4JWOA 4QFNA 2ZYMA 5H8FA 3TEPA 2WKYA 4YB6A 3UA8A 3TCGA 3SEWA 1Y3QA 3TODA 2PYYA 4DE8A 1H45A 4EDPA 3E13X 4F18A 5BWJA 1OMPA 3B6QA 2D21A 4XKQA 1T0KA 2D5WA 3V8XB 2B65A 2QPQA 3K1PA 4MBPA 4LA9A 3IOVA 3AXFA 3PMWA 3K00A 3EF7A 2I3WA 2RC8A 3DRHA 3T96B 1ZJLA 3H03A 4IO2A 3N6UA 3EHSA 3H6TA 1H3DA 3DP8A 2XXPA 1B3LA 1PB7A 5I58B 3EHTA 4DDDA 3UP9A 4EQ7A 1DMBA 3KN3A 3Q29A 1NNPA 1MM7A 3ZKKA 3FUZA 2XXHA 5CMKA 2VHAA 5FTHA 2UXAA 3K01A 3ZSFA 1MY1A 3FV2A 4ZE9A 2E1SA 1MPCA 3RT6B 4OFJA 1QUKA 4DZ1A 3CIJA 5CBRA 2Q2AA 4ZEFA 3TTLA 5A5XB 3MJNA 2GH9A 4ZEIA 1TXFA 4R6KA 1R9QA 5DEXB 1B3FA 3OO6A 5I56A 4P0GA 4XKRA 3FTOA 1JVYA 2H9BA 4H65A 2PT2A 1TT1A 3QUFA 3QSLA 3VV5A 3C35A 3UIFA 3HHFA 1N3WA 4WEDA 4YKJA 2AL4A 4BDNA 4F31B 1MS7A 1S50A 3V89B 3TDJA 4MLVA 1FTKA 1B32A 1GGGA 3KG2A 1NNKA 4MFIA 3MZ1A 2F35A 1A7LA 5TPAB 3VE1B 1PEBA 4BDQA 2DE2A 4IO3A 1I6QA 3PPQA 4TLMB 1R1NA 4HS7A 4NF4B 4RNSA 1N0TA 1B46A 4OQOA 4X48A 4NF5A 1MY2A 1PBQA 4DXBA 3K6VA 3H6WA 1XHYA 3T66A 2Y7KA 2HCAA 1B58A 3M3LA 1N7WA 2R71A 5JK4A 4C1TA 2P0SA 2X7QA 4K3FA 2V84A 4X9TA 4OETA 3K6XA 5CMBA 4ESXA 2LAOA 3VXCA 3FATA 2H98A 3QXMA 2XD2A 5IKBA 3FIRA 1B9JA 1MPDA 1XVYA 4QFOA 3BKIB 2XX8A 2DQVA 2FYIA 4IO7A 4R73A 2IA4A 3TCHA 2V93A 3FVOA 3MW0A 1HSEA 3OO9A 1B52A 4KPTA 2IEEA 5H8HA 3GXAA 2GFEA 3JZJA 1D3KA 1BTJA 3CG3A 3C31A 2I4CA 3OEKA 1SBPA 2UVHA 1LCTA 3FD3A 5TP9B 5M2VA 1LFHA 2AYSA 3G3HA 4F22A 3RNNA 1LBCA 4DCXA 2F7CA 1Y20A 1LFGA 4IGRA 3TTNA 2REJA 5ITPA 4LQ2A 1JNFA 2B3BA 2V3QA 3E3KA 5TU0A 1A99A 1PB9A 4H5FA 1JW1A 4JSDA 2DE4A 4RK2A 4WXJA 3EN3A 4YKPA 3K4UA 2DOJA 3SKPA 3KJTA 1ZTYA 3TTMA 2DVCA 1WVJA 3N5LA 3TAJA 4F29A 5H8QB 4IY5A 2G29A 3K0VA 5HPQA 4DXUA 1QKAA 2R6GE 1PBPA 2HFBA 1O64A 2DE3A 2PT1A 1QKBA 3T9XB 4UACA 1AIVA 2RC7A 4XKNA 1Y1MA 1NNFA 3FVGA 3OO8A 1OLAA 4GF8A 4H5GA 4NWDA 4I1DA 4HW8A 1LCFA 3PUVE 4OEUA 4KI0E 5ICQA 3IO6A 1VFEA 4LONB 4GL8A 1VR5A 4PFYA 1UIUA 3LSXA 3MP8A 3DLNA 2XXUA 1Y3NA 3PUXE 4XTCQ 4ZS9A 2I48A 1N76A 3DELB 1MH3A 3G3JA 4YKIA 3IB2A 2Z23A 2QJEA 2HZLA 4U22A 3IOTA 3E4RA 3U93A 4DIGA 4RJZA 1XVXA 3IAZA 3F11A 5I2NB 2M8CA 1B7HA 1ATGA 2XXXA 3RT8A 4OERA 4Z0IA 1UTHB 3OO7A 4G68C 2RINA 3U8QA 1NKXA 1SI1A 4O3AA 2XXYA 5EHMA 2H4IA 5I2KB 3I3VA 3T22A 3H6UA 1BKAA 3LBSA 2QMWA 4YICA 4BDOA 4IO5A 4ELPA 4KCCA 3EHUA 1YAEA 3K1NA 4ZEKA 2CMOA 3MPKA 1D4NA 3TTRA 4Z7EA 3DRGA 3QAXA 4JXIA 3O29A 4QFPA 2YLNA 1YCJA 4PFWA 1MQDA 1P1NA 2ANJA 3LSFB 4R9FA 3IORA 3HO7A 4L17A 4GOTA 1MQGA 5I57B 4F3BA 1N84A 3QK6A 4GXSB 2OLBA 3DRFA 1JW5A 3ILUB 4NF6B 3TQWA 4HCWA 3QYTA 1EZ9A 3DRKA 5K2YA 3O6HA 3FVKA 4F39A 1II5A 3C4MA 1B40A 4KQPA 2QL3A 1JEVA 3OEMA 2REGA 5DYHA 4ELQA 4U4SA 1YPNA 4YB7A 1R6ZA 1US4A 1FQBA 3RLFE 1B1XA 1Q35A 3OD7A 1FQDA 4I62A 2XXTA 2DXYA 1SW5A 2OWSA 3HPIA 2ONKE 5L9OA 2GHBA 4DXCA 4LZ5A 3H4ZA 4BLAA 2O84X 1B5JA 4ZDMA 3VVFA 4Q30B 4THIA 3O6IA 4PFUA 5ELVA 4NF8A 1SVXB 2XXWA 5I59A 2QS2A 1P1QA 4G68A 4JDFA 2OK2A 3V5AA 5KDTA 2XXIA 3EPEA 4E0WA 2H25A 4OVJA 3U92A 4R72A 5JTYA 4JSOA 3OSQA 3D4CA 3H06B 2DVZA 1MQIA 2RC9A 2I3VA 5L9MA 3IJXB 4YMAA 3PUZE 1M5FA 4XXUA 3GZGA 4FIMA 3FXRA 1URGA 2F78A 3S4UA 5AA2B 1N3XA 1YTVA 3W9VA 1MQJA 1IITA 1IXGA 4ZEDA 2DP8A 1P1OA 1I69A 1Y4CA 2ABHA 4Q8RA 1JETA 1IIWA 5B7DA 1RKMA 4M1VA 3CRBA 3O97A 1GVCA 5H8NA 4U21A 3Q28A 4TLLB 1LB9A 3PPRA 4QSEA 4M4GA 2UYEA 3OOAA 3WAEA 4F2OA 2XX7A 3PGFA 5AA4A 3HHGA 4EXKA 3L6GA 2O7IA 1SYHA 1USYE 3PUYE 2V3UA 3KEIA 3IOWA 4OZ9A 1Y1ZA 4ZZEA 4OYVA 4PE5B 5CI5A 4NWCA 2O1MA 3RY3A 3C36A 2V25A 3A3CA 2A5SA 3Q25A 1I6BA 4YB5A 1Y4TA 4BDLA 3PU5A 5DVJA 4LZ8A 4F3PA 5KCJB 3Q26A 3KFMA 1UTBA 2I0BA 3PMVA 5AA3A 2GRVA 3ZS6A 4QHQA 4BDMA 3S9MC 1GR2A 3FGSA 4LZ7A 3E9XA 2NVUB 1LB8A 3UORA 3C34A 1NL5A 3PAMA 3RYBA 1OVBA 3IL1B 4YU0A 2GHAA 2QS1A 1B0HA 3PD8A 1R9LA 1ZMGA 1BLFA 2Q88A 4RA1A 1MY3A 4OFOA 4LATA 1LAHE 4C0RA 2Y7IA 3KGCA 1MY4A 3KOSA 1SW4A 4TOZA 3IB1A 3FJMA 4AQ4A 1N04A 1BIYA 3TCFA 4RK9A 4EF2A 2YJPA 2DWHA 4QSDA 4UA8A 1MPBA 2ONRA 4KD5A 3BBRA 4OMBA 1NMUA 3VLWA 3GBBA 4P11A 4QSCA 1TFAA 4EXLA 3PMXA 2A5TB 3DP6A 2Y7PA 4ONYA 2ZMBA 3RN8A 3TMGA 3VXBA 5H8FB 3M8UA 3FZVA 5LOMA 1B3GA 2QMXA 2WOKA 1ZKBA 2XXVA 2QSXA 4EQ9A 3CFLA 4IGTA 1FTLA 5CM6A 4DLDA 4RPOA 5EYFA 1A40A 1Y9UA 3T9VA 3MZ9A 1IXCA 3CFZA 2DXRA 4OESA 4GD5A 3FVNA 5BUUA 3I5OA 2VGQA 2VP1A 4R2FA 3K02A 1O63A 5L9SA 4OEVA 4MH5A 3QUJA 3LVUA 5I58A 4ZECA 2F8DA 1GV8A 1PDAA 1ANFA 2HZKA 4OWDA 4EQBA 1VE4A 1H76A 4RYAA 2X26A 1JQFA 4GFRA 3OXNA 4KYSA 2UVJA 4H8JA 1QVSA 3MAMA 2O51A 1OIBA 4MF3A 4U2RA 1FQFA 1B3EA 3IOUA 4F1UA 4H67A 2I49A 2NUVA 2PVUA 4N13A 2HXWA 2ESNA 4HTGA 4F1VA 4LP2B 3C33A 5A5XA 3S9EA 3TZAA 2QS3A 2ZYOA 5DEXA 4OXVA 3SERA 2NWJA 4YZZA 5ITOA 4U1ZA 2FA7A 2Y7WA 5FHMA 1ZLQA 3BFTA 1XS5A 4PP0A 5I56B 3SESA 1JVXA 1XC1A 3RTFB 3KN7A 3K6UA 3EQ1A 4X1BA 4U1OA 1ELJA 1Z7ME 1N7XA 4IO6A 2F97A 3JV9A 4EUOA 3LSLA 5CMCA 2I4BA 1PC3A 1LLSA 3T93B 3H6VA 3SEYA 2R9JA 1MDP1 1LBBA 4G8NA 3RGYA 3H7MA 4Q5TA 1DPPA 1TFDA 1P1UA 3CSGA 5TPAA 4NTLA 3G7WA 1LFIA 3PPOA 5CBSA 2I6EA 2V3TA 3C32A 1J1NA 4NF4A 4LQ5A 3RTWB 3TFLA 1F9BA 1ZU0A 4IB2A 3WAFA 5ISUA 2VD3A 4WKMA 1XOCA 4NF5B 2O68A 1B05A 1WODA 2OJTA 5FHNA 2DWIA 2QRYA 1OQHA 1IQ7A 5K2XA 1MH4A 1A55A 2AL5A 2F6PA 2XX9A 4IO4A 2OZZA 3O6GA 4ESWA 4R75A 4NMYA 2O7UA 3B7DA 3U1OA 3VLVA 1DPEA 2FNCA 1RYOA 3CFXA 2PBWA 4R6YA 1Y3PA 1QULA 3U72A 3FV1A 1AOVA 1QJMA 2UVIA 4R9GA 3RYAA 1MXYA 2ZYKA 3S9NC 1A54A 3PUWE 4F19A 2O6AA 3IB0A 4H0WA 2ZXTA 2G93A 2DS9A 3LC8A 1LGBC 5H8HB 3SEXA 4OTEA 4ND9A 3N6TA 2I58A 1OLCA 1VSOA 4KFQA 4X1DA 3O9PA 3MUQA 5TP9A 3G3KA 2BJJX 1IZ1A 4O3CA 1MDQA 1KWHA 2F5XA 1WDNA 1Z7NE 5B70A 3HV1A 1B5IA 3MP6A 1MQHA 4GLIA 5ICTA 3OENA 4GWOA 1GTKA 4PQJA 4PETA 3K6WA 3ILTB 3HCQA 1L5TA 3A3UA 1EH3A 1Q1KA 1M5EA 4FE8A 1B5HA 5H8QA 3PPPA 1DOTA 5J1DA 2HEUA 4G77A 1I6AA 4F1YA 3BFUA 2Q8JA 1H43A 1B1HA 5HBCA 1P1WA 3TELA 1H44A 1B0LA 3G3IA 4P0IA 2VOZA 4LUBA 1VFDA 3RUMA 1FQCA 4E0XA 1A8FA 3R7XA 4YAHX 4HCYA 1UIVA 1B7UA 1SYIA 4YMBA 3LSWA 1FTOA 1USYH 4U23A 4G8HA 4G8MA 1TWYA 2Z8FA 3CVGA 1BP5A 1D9VA 1HSLA 2UYFA 5AE4A 2DYXA 2B3FA 4FATA 1FQEA 1DTZA 4O3BA 2CZLA 2W7YA 1RYXA 5FHOA 3HN0A 2RCAA 3VVEA 4N07A 3JYRA 1MM6A 4H6DA 4H1XA 3O28A 3MVXA 3RQTA 4ZEBA 3K1MA 4DCYA 3OELA 1S7YA 2D3IA 3R26A 3SDFA 3KBRA 3VVDA 5JEIA 1B6HA 1EZOA 2WOPA 2ZNTA 1FTJA 5I2NA 1AMFA 1A8EA 2THIA 3D4GA 4JWYA 3O66A 4N6PA 3V83A 4XIGQ 3OMBA 3MBPA 3GBAA 1UTHA 3N26A 2Z22A 3P7IA 3FJ7A 5I2KA 1ZIUA 2F7BA 4AB5A 5FTIA 4YKKA 1FQAA 3MVWA 1S9TA 3MVZA 2HQ0A 3S2VA 1MXUA 1US5A 1LAFE 3T9UA 3GLBA 1XT8A 1M5DA 2XXRA 2Q89A 2YPNA 3MPLA 3O6PA 2Z8EA 3UK4A 3VFJA 3VLUA 4I8CA 3KJ7A 3MP1A 4F2QA 3FJGA 3L6HA 5EHSA 3A09A 5DVFA 2ZYNA 2XD3A 5I57A 4U4XA 3K2DA 4NF6A 1SQYA 3HSTA 4JB7A 4ECFA 3CR9A 1EZPA 3USDA 3VDFA 3ZKLA 5HM4B 3DRIA 1POY1 4JBZA 3T9HB 4GIZA 5DVIA 3QIMA 1LAGE 3THIA 2RCBA 2DWAA 2Q2CA 4RY1A 1B4ZA 1JEUA 3RPWA 4FAJA 4QFKA 2NOOA 4WEPA 2Y7RA 3ONMA 4G4PA 4H8IA 3PD9A 1DSNA 2H99A 3FXUA 1MXVA 2OCUA 2Z8DA 1CB6A 1NFTA 1B51A 1O7TA 3KSJA 3B6WA 5CC2A 4ZE8A 1SDXA 3FXQA 4GL0A 2H5YA 2B4MA 2HAVA 1SI0A 3SEUA 1UQWA 4FEDA 3TTKA 1URDA 3KN8A 3TKDA 4IY6A 1DTGA 4GXAA 4KR5A 4FECA 4R2BA 5F7VA 2E0SA 2QS4A 1IXIA 1NNTA 4NF8B 1B7ZA 3FASA 5I59B 1AH5A 4G68B 2PMSA 3I6VA 1SD3A 5KDTB 1FW0A 4OFLA 2XXQA 4POXA 1PB8A 3G3GA 2P1SA 2O1LA 1HSJA 3B6TA 5JTYB 2ALUA 3IO4A 4OENA 4LVQA 3W9WA 1ZBMA 4OHNA 4PFTA 5IAIA 3TUSA 1EU8A 4QF9A 1IXHA 1MXXA 5AA2D 3DP4A 4R74A 3KOTA 3M3FA 1OQGA 4ELRA 2XHDA 4TQUQ 3LUYA 4NEDA 2HAUA 3CG1A 4RXLA 3H3GA 5AA2A 1OVTA 3OSRA 3IX1A 3TQLA 3KSXA 2X7PA 2ONSA 3MC2A 4GRKA 2RF1A 4KYDA 2PX1A 3S9LC 3KZGA 4GVOA 4MLQA 3UGWA 1SW2A 3CSBA 3LR1A 2Q9TA 3O2AA 1QUIA 2F7AA 3PV0E 5KZTA 5H8NB 1URSA 2DSFA 3PPNA 5I84A 4GQOA 1QW0A 3CHGA 4AB6A 3CI8A 2ZNSA 5AA4B 1IUDA 4ISUA 2NXOA 4G2ZA 3W15C 1M5CA 3MZBA 3MVYA 1FCKA 2VD2A 4NE4A 3ODBA 2WOLA 1MY0A 5CRYA 1MXZA 1D9YA 3C9HA 2OWTA 1JW4A 1B2HA 3G3FA 1MRPA 4FEBA 4R6HA 3Q27A 2F34A 3UN6A 2P2AA 3DRJA 3TYHA 1MXWA 5DTBA 3R6UA 5L8DA 5KCJA 5F1QA 1POTA 5DT6A 3TPAA 2RKMA 4C1UA 4Q0CA 1UTBB 1QUJA 5H8SA 2F6GA 4F3GA 1P99A 4XKPA 3M3KA 4POWA 4F3SA 2AIXA 1SW1A 3SEVA 1NH7A 3IK6B 4KYEA 1B3HA 4QRZA 3SETA 1B4HA 1MG1A 4ELOA 2O69A 2KLFA 1IEJA 3N94A 2OBGA 1CE2A 4KCDA 2DWJA 4FJPA 2Y84A 4QFLA 3IR1A 2ZNUA 4EF1A 1LSTA 3IJOB 1LAXA 4BDRA 4FORA 2F36A 4RPNA 2UVGA 2I0CA 4ZZAA 4JWXA 3U94A 5CMMA 2B4LA 3ECRA 1NH8A 4KHZE 1FTMA 5AA1A 3MQ9A 3DM0A 3MWBA 4I9DA 1M5BA 1AL3A 2A5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JWOA 4QFNA 2ZYMA 5H8FA 3TEPA 2WKYA 4XEQA 4YB6A 3UA8A 3TCGA 3SEWA 1Y3QA 3TODA 2PYYA 4DE8A 4GWUA 1H45A 3ROJA 4EDPA 4P8BA 3E13X 4F18A 5BWJA 1OMPA 5IM2A 2DDKA 3B6QA 2D21A 3BIGA 4XKQA 4I3YA 1T0KA 2D5WA 1KZ8A 1LBZA 3V8XB 2B65A 2QPQA 3K1PA 4MBPA 4LA9A 3IOVA 3AXFA 3PMWA 3K00A 3EF7A 2I3WA 2RC8A 3DRHA 3T96B 1ZJLA 3H03A 4IO2A 3N6UA 4P1EA 3EHSA 3IFAA 3H6TA 1H3DA 3DP8A 2XXPA 1B3LA 1PB7A 5I58B 3B50A 3EHTA 4DDDA 5EYHA 3UP9A 4EQ7A 1DMBA 3KN3A 3Q29A 1NNPA 1MM7A 3ZKKA 3FUZA 2XXHA 2PFZA 5CMKA 2VHAA 5FTHA 2UXAA 3K01A 3ZSFA 1MY1A 3FV2A 4ZE9A 5ET8A 2E1SA 1MPCA 3RT6B 4MX6A 4OFJA 5EYGA 1QUKA 4DZ1A 3CIJA 5CBRA 2Q2AA 1JP4A 4ZEFA 3TTLA 5A5XB 3MJNA 2GH9A 4ZEIA 1TXFA 4R6KA 1R9QA 5DEXB 1B3FA 3OO6A 5I56A 4P0GA 4XKRA 1K9YA 3FTOA 1JVYA 2H9BA 4H65A 2FIXA 2PT2A 1TT1A 3QUFA 3QSLA 3VV5A 3C35A 3UIFA 3HHFA 1N3WA 4X04A 4WEDA 4YKJA 2AL4A 4BDNA 1DCUA 4F31B 1MS7A 1S50A 3V89B 3TDJA 4MLVA 1FTKA 1B32A 4MAGA 1GGGA 3KG2A 4I40A 1NNKA 4MFIA 3MZ1A 2F35A 1A7LA 5TPAB 3VE1B 1PEBA 4NN3A 1FPJA 4BDQA 2DE2A 1NV1A 4IO3A 1I6QA 3PPQA 4TLMB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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