4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
4DIGA 4F18A 4NF4A 2QL3A 1ANFA 4F1VA 1VE4A 5TU0A 2XXVA 3RYBA 4JBZA 3U93A 2UVHA 3G3KA 3M3LA 1CB6A 4N6PA 2QSXA 3RPWA 3MVWA 1WODA 1NNTA 5H8HA 2H5YA 2RC8A 3O28A 2XXQA 5FHOA 4XKQA 1B5HA 5L9SA 4EXLA 4PFYA 1ZBMA 1P1WA 1B0HA 1UTHB 4QFKA 2QS2A 5H8FB 2Q9TA 3C34A 1O63A 2CZLA 2HCAA 4JDFA 2Q88A 5B70A 1B58A 3USDA 3OEMA 3KEIA 5DTBA 1B3HA 3PMXA 2M8CA 2E0SA 1ZJLA 3QUJA 1B3FA 2YJPA 3M3FA 4JB7A 1SD3A 1MXYA 2HXWA 1XVXA 2HFBA 3MBPA 3T9UA 2PMSA 3OENA 5TP9B 3H7MA 4OEVA 3T66A 4NMYA 3K02A 1DOTA 5ITOA 2H9BA 1OLAA 1PBQA 2O1MA 5IKBA 4POWA 2ZYOA 3VLUA 4TLLB 4F1UA 1JQFA 3KOSA 1VFDA 3MP6A 1B1HA 3TCGA 3K00A 4FE8A 4R72A 3KSXA 2Y7KA 4GXSB 4MLVA 1UIUA 1SI0A 1MXVA 4H5FA 2DVCA 1POTA 2XXWA 2RKMA 2ONSA 2WKYA 5ICQA 5H8HB 4BDMA 3GXAA 4OESA 1B05A 4F19A 2QRYA 4U23A 2HAUA 2OBGA 4ND9A 3VLVA 3LC8A 3G3IA 5ICTA 1LAFE 5DYHA 3CFLA 1H3DA 2Y7WA 1NNFA 1LAHE 1WDNA 3CG1A 3K1NA 4G68C 4G8HA 3K2DA 3IORA 4ZEKA 2Q89A 4ZEDA 1N7XA 1R9QA 4LONB 3C31A 3LBSA 3ZSFA 1QULA 2F78A 3SDFA 2XXYA 1BKAA 3FJGA 5DVFA 3S9NC 3EPEA 3HN0A 4OETA 4F3GA 3VDFA 4EDPA 1YCJA 1SVXB 3H4ZA 2P0SA 3FGSA 4FATA 1USYE 1M5BA 4DCYA 2REGA 3FJMA 4I9DA 5A5XA 2Y7RA 4P0IA 1US5A 2DXRA 3DRJA 4OVJA 3B7DA 1B5IA 3QXMA 4ELRA 2XXTA 1QKBA 4GF8A 3G7WA 4BDNA 4XIGQ 3B6TA 3SEUA 3S2VA 4YKIA 3MUQA 3O6GA 2HZLA 3PGFA 3PMVA 1GTKA 3TAJA 3V5AA 1B7UA 3K6VA 3OMBA 4F39A 2QS1A 1MXWA 3PD8A 3I3VA 1A7LA 2DP8A 5CMBA 3OXNA 2V3UA 2HEUA 4FORA 2H98A 4QSDA 3IB0A 3EHTA 1EU8A 2V3TA 3TTNA 5I57A 4U4XA 1IXHA 2HZKA 4PP0A 2PBWA 2V93A 5CRYA 2B4MA 4GL8A 3CHGA 2PVUA 4O3BA 1B5JA 4R6KA 1SBPA 2YPNA 2F7CA 4G77A 4EF2A 5ISUA 4RYAA 1FTLA 4WKMA 3HPIA 4XKNA 1RKMA 1DPEA 3H6VA 3LVUA 2NWJA 5KDTA 2ZYKA 3D4CA 1QUIA 5A5XB 3A09A 3TKDA 1A54A 4NF5A 2Y7PA 3LUYA 3IOWA 4UA8A 2DWAA 4R2FA 4YZZA 3UP9A 2F34A 3SEXA 1DTGA 1M5EA 2XXPA 4DZ1A 2A5TA 1TFAA 4R9GA 1LB8A 4BDQA 1OIBA 1UTBB 3VV5A 3K6UA 5H8NA 3KG2A 1MM7A 3R6UA 4OFJA 3K4UA 3JZJA 3JYRA 3GBBA 3O29A 5FTIA 2X7QA 1Y1MA 1M5DA 4QHQA 4U21A 3MP8A 3RYAA 1PDAA 1Z7NE 1MY3A 3IB2A 1QVSA 1B3EA 4LUBA 3KJTA 4IO2A 1GV8A 3KOTA 3FVKA 2HQ0A 4ZZEA 4ESWA 5CMCA 3O97A 1FQCA 3K01A 1B46A 4O3CA 5FHMA 3FD3A 1JW1A 1A55A 3TQLA 5KDTB 1FCKA 3EN3A 2I48A 4ZEBA 2ESNA 4NF5B 4DDDA 3EF7A 3OSQA 1JVXA 4NTLA 5HM4B 1JW5A 4KYEA 2O51A 1HSLA 2A5TB 4DXBA 4F22A 2DWJA 3TTMA 4YKPA 2QS3A 4IO6A 4U2RA 1IXIA 3A3UA 5H8NB 4X1BA 3RTWB 2WOKA 2LAOA 1LCFA 4WXJA 1NMUA 4RXLA 2GRVA 1N3XA 4PFUA 5H8FA 3DP8A 3TCFA 2ZYMA 3A3CA 4XXUA 4KPTA 4M4GA 4OYVA 3UGWA 4C1TA 3ECRA 3TZAA 5I84A 1PB7A 4U22A 3UIFA 3G3FA 4IO3A 2F6GA 3N6TA 4THIA 1JW4A 5AA3A 4YAHX 3TUSA 1AOVA 4XTCQ 3O66A 1TFDA 3CVGA 1DMBA 3E3KA 1D9VA 3LSFB 5TP9A 3R7XA 1OQGA 3Q28A 4BDLA 2O1LA 3SETA 1F9BA 3B6QA 4AQ4A 3FIRA 1SDXA 5DVJA 2B65A 2I6EA 2GH9A 4C1UA 4KFQA 4YU0A 5H8QA 2THIA 4ESXA 2BJJX 5AA2D 3UORA 1LB9A 3SEVA 3TDJA 1B7HA 1N84A 2XX8A 4ZZAA 3RY3A 1TXFA 2DE2A 4YMAA 4EUOA 2D3IA 3T93B 3IOTA 3ILUB 1LSTA 3FXUA 3HO7A 1B0LA 4GFRA 3O2AA 4EXKA 2O7UA 4P0GA 1FQDA 4OMBA 2WOLA 3MZ1A 4GXAA 4C0RA 1MRPA 2ZNUA 3S4UA 2UYFA 2YLNA 5ELVA 4DCXA 3BFUA 2XXRA 2VGQA 5CI5A 1MY2A 4H6DA 4EQ9A 3H03A 4I1DA 1A40A 1Y20A 3K1MA 1Y3QA 2DVZA 3OOAA 5H8QB 1MH4A 4ZEFA 3CR9A 2RCBA 4IGTA 3TMGA 3U92A 3CIJA 4OTEA 3SEWA 3B6WA 3KN8A 1WVJA 2Z8DA 1VR5A 2O68A 2NVUB 4ZE9A 1YTVA 4YKKA 2ZMBA 5I58A 4KI0E 1JEUA 1QJMA 2NUVA 3KN7A 3UK4A 4BLAA 1YAEA 3P7IA 4OEUA 4TOZA 3E13X 4TQUQ 3RN8A 4G4PA 5AA2B 3OELA 3RLFE 5CBRA 2I0BA 3MPLA 1GR2A 3ONMA 1T0KA 4NF8A 2NOOA 2AL5A 3H6UA 3RGYA 2OLBA 3T96B 1AIVA 3MC2A 4EQ7A 2ALUA 3CRBA 4F3SA 2F8DA 3RT6B 4BDRA 3PPNA 1MH3A 5DEXA 3N6UA 4FEDA 3QIMA 2X26A 4NWCA 4KYSA 1P1QA 4HCYA 1BTJA 3FATA 4K3FA 4JWXA 2F6PA 5DVIA 1MQJA 3MW0A 2UVJA 3IL1B 3IOVA 1MDP1 1N76A 3IAZA 1MPBA 3IJOB 2Z23A 1MQHA 4Q30B 3S9LC 1DTZA 5BUUA 5I58B 1IQ7A 3FASA 2D5WA 1B4ZA 1UTBA 2DE3A 3C36A 5CBSA 1ZTYA 5HBCA 2Y7IA 1A8EA 2D21A 3EHSA 5I2NA 4RK9A 2V25A 2A5SA 1H45A 4P11A 1EH3A 1LCTA 1DSNA 1B3LA 4NF8B 4G8MA 3FJ7A 4HCWA 3HCQA 2DE4A 2GHAA 1MXXA 3E4RA 5KCJA 1QUKA 4F1YA 2F7BA 4Q0CA 1EZPA 1US4A 2VD2A 4QFPA 4PE5B 3U8QA 2H25A 4OENA 4I62A 1URGA 5DEXB 3K0VA 5M2VA 1I6QA 4Q8RA 4DLDA 3PUZE 2ZNSA 2VP1A 1QKAA 4KCCA 3DM0A 4H1XA 2F97A 3IO6A 4R6HA 3WAFA 4JXIA 3PPRA 1MQGA 3S9EA 2Z8EA 1JNFA 1HSJA 3MVXA 3T22A 2I58A 1OQHA 5LOMA 3PPPA 1I69A 3K6XA 4JSOA 3IOUA 2XX7A 3FXRA 1SYHA 1A99A 2OWSA 1M5FA 2QJEA 3VXCA 4DXUA 3LSLA 3G3HA 2AYSA 2VD3A 4GRKA 3EQ1A 3QSLA 4FEBA 2IEEA 1FQAA 2IA4A 5I2NB 4TLMB 4OZ9A 3TTLA 3T9HB 3O6PA 2XD3A 1EZ9A 1KWHA 4RK2A 2ONKE 1URDA 3N94A 5I56B 1H76A 4FAJA 2DSFA 3G3GA 3O6IA 3MAMA 2O69A 5KZTA 1ZKBA 5KCJB 2FA7A 1MY0A 4NEDA 1R9LA 5DT6A 3SESA 3V8XB 3DP4A 4Q5TA 3TTKA 3DRFA 3PUVE 3K1PA 4MFIA 5TPAA 4ONYA 1B32A 4G8NA 3K6WA 4LQ5A 3I6VA 2PX1A 1JEVA 1A8FA 4LVQA 1POY1 3SERA 3KFMA 2I3WA 1B3GA 2O84X 4G68A 2RINA 4R6YA 2Z8FA 3FTOA 1MXZA 4PETA 3W9WA 4GVOA 3FUZA 4X9TA 1OMPA 1ZLQA 4F3PA 3R26A 4ELQA 4LA9A 5B7DA 4R75A 4F3BA 3ZKLA 3DRKA 4DXCA 2ZXTA 2F36A 4QFNA 4OFLA 2WOPA 1GGGA 3RT8A 5I59A 3CSBA 1GVCA 1P1NA 3TEPA 3C32A 3MPKA 1TT1A 4RPNA 4JWOA 3MQ9A 1OLCA 1XT8A 1Q35A 5JK4A 3V83A 1ZMGA 4IO5A 1N7WA 3DLNA 3Q26A 3OO6A 4KR5A 3CG3A 1FW0A 3THIA 3QK6A 1RYOA 2GHBA 3HHGA 1B6HA 3CI8A 4MF3A 4IO7A 4GL0A 4R9FA 5TPAB 1NFTA 1B9JA 1MPCA 3L6HA 1P1UA 3MP1A 3KZGA 1FQEA 2F7AA 2RCAA 2OWTA 4YMBA 4WEPA 5FTHA 4G68B 2W7YA 4IB2A 4FJPA 4F29A 1B1XA 2PT1A 1PBPA 1LFIA 4Z7EA 3CFXA 3JV9A 4Z0IA 1LGBC 2ONRA 4ELPA 1R6ZA 3I5OA 1L5TA 2OZZA 4MH5A 3IK6B 2DS9A 1NH7A 2XXXA 2V3QA 4YB7A 3KJ7A 5I59B 2UYEA 1PEBA 4LQ2A 3N5LA 4EF1A 4IO4A 1H44A 4POXA 3VVEA 1XS5A 1IIWA 3OO7A 1IUDA 1TWYA 4NWDA 1NKXA 2I4BA 1FTMA 1URSA 1LBCA 5AA2A 5F7VA 4RY1A 1SYIA 1B7ZA 1UQWA 1XC1A 4OFOA 4QSCA 1VSOA 4YKJA 3Q25A 5FHNA 4R73A 4GWOA 3DRIA 3GBAA 4XKRA 5F1QA 2B3BA 1NNKA 3O9PA 4QSEA 3SKPA 1D3KA 2OK2A 2HAVA 3V89B 3PUYE 2H99A 4KHZE 3TPAA 3H06B 2ABHA 3TELA 2B4LA 2P2AA 3VLWA 2G29A 1B51A 3LSWA 2I3VA 5EHSA 3PUXE 1ZU0A 1IITA 2Q2AA 1QUJA 1I6BA 1USYH 3VFJA 4O3AA 2Z22A 3FV1A 3DELB 3MWBA 1IZ1A 4RNSA 3F11A 5AA4A 4NF4B 1HSEA 4YB5A 4GOTA 3T9XB 3HV1A 1SW2A 2QPQA 3OO9A 1Q1KA 4AB5A 4WEDA 5BWJA 3L6GA 2DXYA 3G3JA 3H3GA 1R1NA 3VE1B 4H8JA 5AE4A 3MVYA 4GQOA 4OWDA 3TFLA 1S50A 4R2BA 4QFLA 1CE2A 2DYXA 2AL4A 4ELOA 3LR1A 4UACA 2UVIA 2KLFA 1MQDA 4LATA 3C4MA 2I0CA 1MY4A 2FYIA 2DWHA 2B3FA 1O64A 1D9YA 1ZIUA 3FVNA 3U72A 3FVGA 3QUFA 5CM6A 4H0WA 4ZECA 4NE4A 3EHUA 3DRGA 2QMWA 3RUMA 3PPQA 1MDQA 4KCDA 2CMOA 1AH5A 1Y4TA 2R6GE 1II5A 1SW1A 4H67A 3TYHA 1BP5A 5EYFA 1B4HA 2H4IA 5AA4B 3PPOA 3CFZA 2UXAA 2UVGA 2DOJA 3VVDA 1SQYA 2Q2CA 2XD2A 2XX9A 1MPDA 1DPPA 4HS7A 1MM6A 3ILTB 4NF6A 1MQIA 3W15C 1Y3PA 3UA8A 2G93A 3IJXB 3TQWA 2XXUA 5I56A 4OHNA 4N13A 4ZE8A 2F35A 4ZEIA 4GIZA 3Q29A 1LFHA 3T9VA 4F2OA 4IGRA 4GLIA 2RC9A 4OXVA 4FIMA 3DRHA 1Y9UA 3IR1A 3ZS6A 3KN3A 1MG1A 1SI1A 4F2QA 1SW4A 2OCUA 3M3KA 3TCHA 3E9XA 3C35A 3PUWE 3PU5A 4OQOA 3PAMA 3CSGA 1JVYA 1OVTA 4N07A 4QRZA 1FQBA 3WAEA 1S9TA 3HHFA 4PQJA 3O6HA 4MLQA 1FTKA 2NXOA 3IO4A 2O6AA 3SEYA 2RF1A 5JEIA 4KYDA 2ZYNA 1VFEA 4LZ8A 4RA1A 1PB9A 3MZ9A 4JWYA 3Q27A 2DWIA 3GZGA 1O7TA 3PV0E 2PT2A 1XOCA 2VHAA 3MZBA 1FQFA 3QAXA 1IEJA 2I49A 4I8CA 3MVZA 2GFEA 3U1OA 1J1NA 3VVFA 1EZOA 4ZS9A 3U94A 3OD7A 5K2XA 1Y3NA 1Y1ZA 3C33A 3IB1A 2RC7A 2REJA 3QYTA 1RYXA 2R9JA 1N3WA 4G2ZA 3VXBA 4LZ7A 4NF6B 3IX1A 3N26A 4ECFA 3RNNA 4DE8A 4QF9A 1S7YA 4BDOA 2XHDA 5CMKA 1N04A 1I6AA 2O7IA 3FXQA 3MJNA 1LAGE 1XVYA 2DQVA 3RTFB 1P1OA 4H65A 3BFTA 1D4NA 2XXIA 4LZ5A 5I57B 1JETA 4IY6A 4YICA 2F5XA 1NH8A 4H5GA 4IY5A 1IXGA 1N0TA 1PB8A 1PC3A 2R71A 2Q8JA 4RJZA 4JSDA 3C9HA 1B40A 5HPQA 3M8UA 5JTYA 4KQPA 1IXCA 2ZNTA 5CMMA 2FNCA 3PMWA 4X1DA 4U4SA 1AL3A 3KGCA 5I2KA 2P1SA 5AA1A 1Y4CA 4HTGA 1XHYA 5L8DA 3AXFA 4PFWA 2X7PA 1M5CA 4U1ZA 1YPNA 1LFGA 1H43A 1FTOA 3H6TA 1UIVA 4GD5A 4F31B 5J1DA 4R74A 2ANJA 2V84A 3KBRA 1MY1A 1MXUA 3BKIB 3ODBA 2XXHA 1BLFA 5ITPA 5H8SA 4PFTA 1P99A 4AB6A 4MBPA 2PYYA 3DP6A 3D4GA 5L9MA 4HW8A 5K2YA 3UN6A 4E0WA 3LSXA 3OO8A 4U1OA 1NL5A 3OEKA 4LP2B 3PD9A 1UTHA 3S9MC 1LAXA 1LLSA 4E0XA 4OERA 3FVOA 4FECA 5IAIA 4H8IA 3W9VA 2I4CA 1Z7ME 5CC2A 1B2HA 2VOZA 4XKPA 2E1SA 1LBBA 5L9OA 3BBRA 4ISUA 2OJTA 4QFOA 4L17A 5JTYB 3FZVA 3OSRA 2Y84A 3ZKKA 1B52A 1MS7A 5EHMA 2AIXA 1BIYA 4RPOA 3H6WA 5I2KB 2QMXA 4ZDMA 3TTRA 1NNPA 1QW0A 1FTJA 4KD5A 4X48A 1OVBA 4M1VA 3TODA 3HSTA 1SW5A 2QS4A 3GLBA 1AMFA 4YB6A 3FV2A 3RQTA 1ATGA 4EQBA 3KSJA 1ELJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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