2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
1PB7A 1SYIA 2HCAA 2XX8A 3TELA 3W9WA 5KDTB 2O7IA 2DSFA 3TCHA 2W7YA 3DELB 3BFTA 3Q29A 5FHOA 1MXYA 5H8SA 4GL8A 4ISUA 4H8IA 5DVFA 5CMKA 3EHUA 3OENA 1F9BA 3PPQA 1M5CA 4F3PA 1OLAA 2REGA 3E4RA 3OELA 1UTHA 2Z8EA 3IB2A 4GQOA 4QSCA 5ITOA 2ZMBA 3FVKA 3FJ7A 2ZNTA 3PMVA 1B3GA 2PT1A 4G68B 4UA8A 3OO9A 3HV1A 4F19A 2REJA 1AOVA 3B6QA 5DT6A 3MZBA 4IY6A 5CI5A 4ELOA 1B7UA 1JW5A 2G93A 3EPEA 4YMBA 4BDLA 1XOCA 4FECA 1MQHA 4JBZA 4O3AA 5AA1A 5L9MA 1JW4A 1MDQA 2ZNUA 3O6IA 4R75A 4X9TA 4DXBA 5LOMA 1SW5A 2F8DA 2UVJA 3PAMA 1URGA 2Y7RA 3D4CA 4MFIA 4R72A 2FYIA 3PUYE 4QF9A 1EH3A 1P1UA 4POXA 4QFKA 4OEVA 2DP8A 3CSGA 3MBPA 3UP9A 2AL5A 3RLFE 4NF4B 1B3HA 2FNCA 1PEBA 1UTBB 4E0XA 3W9VA 1IITA 1Y4CA 2Y84A 2ONRA 1OQGA 1Y3QA 3U92A 3MPLA 4IGTA 1I6BA 4M4GA 1QKBA 3K4UA 2I58A 3LSLA 1IEJA 2O1LA 4KCCA 4X1DA 3TTNA 3VLWA 4EQBA 3CVGA 1Y9UA 3C32A 3T9XB 1A8FA 2I4BA 4GF8A 2DYXA 1B5HA 2RINA 4GRKA 2B4MA 3E3KA 3G3JA 3H6VA 3T9HB 1ELJA 1MQIA 2XXYA 4R6HA 2ZYMA 5K2XA 1B3FA 3HHFA 4EDPA 1N7XA 4FJPA 3JZJA 3LVUA 1P99A 4XTCQ 3KBRA 1T0KA 2F35A 4DXUA 4F2QA 2O84X 2X7PA 1P1NA 4FEDA 3G3FA 3ZSFA 1AIVA 3DRHA 2UYEA 4FATA 3QSLA 1VE4A 3O28A 3CFLA 5TP9A 1R9QA 1Z7ME 1H44A 4G68A 4THIA 4U4SA 1QKAA 4PP0A 5CRYA 4ZZAA 4DCXA 5H8HA 3LSWA 4HTGA 1FQDA 1DOTA 1EZ9A 1M5EA 2O51A 4H1XA 4OHNA 4YKPA 2D3IA 2QPQA 1B51A 3L6GA 1OVTA 4NWDA 4NF8A 4R9GA 1MXXA 1B5IA 1NKXA 2HFBA 3CG3A 1YAEA 4OFLA 1B1XA 3QAXA 3V8XB 3ZKKA 1Y1MA 3FUZA 5KCJB 2ESNA 3UA8A 2Q2AA 1DTZA 3U94A 2OZZA 2XXIA 3G3IA 1MQJA 3RUMA 1MM7A 1J1NA 3RT6B 1MQDA 2F7CA 2NXOA 4DLDA 3PD9A 2WKYA 4OWDA 2XXWA 1Y3PA 5A5XB 3OO8A 2UYFA 1HSLA 3DM0A 3PPPA 5DEXB 2A5SA 3MP6A 4BDMA 3MWBA 3MZ9A 3O29A 4LA9A 1JEUA 1Z7NE 1N0TA 3C31A 1B3EA 3LR1A 4GVOA 3DRFA 2WOKA 3V5AA 5KCJA 2H98A 4JWXA 4OFOA 4RA1A 2HZLA 1JQFA 3PUVE 3S9EA 4ZZEA 4ESXA 3SEVA 2XXPA 3KN3A 1I6AA 1JNFA 3DRKA 3VXBA 1MDP1 2QJEA 3DRGA 3Q25A 4G2ZA 1XT8A 2NUVA 2VP1A 2Y7IA 1XHYA 4IO2A 4G8HA 4GIZA 3ILTB 1MRPA 1AMFA 1UIVA 1NH8A 3TTMA 1VR5A 1LAFE 3EHSA 4R73A 2HEUA 2I0BA 3T96B 5I56A 1CB6A 2QL3A 2I49A 3IO4A 1FQFA 4R6KA 3T66A 3THIA 3UK4A 4EF2A 5BWJA 3VVEA 1SW1A 4OETA 2G29A 3B6TA 4LONB 1HSEA 5I2KA 3S9LC 3M3KA 5I59B 3MAMA 4DCYA 3CSBA 4IO6A 1B4ZA 3LC8A 4TQUQ 4H67A 3MW0A 4QFPA 2V3QA 3C33A 3GBBA 3FXQA 1URDA 3IR1A 3KN7A 3D4GA 3V89B 3BKIB 4BDOA 4F1VA 2XX7A 4U21A 2P2AA 1Q1KA 2DVZA 3MQ9A 2QMXA 3DRJA 3OEKA 1JVXA 4YICA 4C0RA 2VGQA 2ZXTA 1XVXA 1LBCA 2DE3A 3HPIA 1YTVA 3IJOB 1HSJA 4I9DA 1H3DA 2WOLA 5L9OA 1DMBA 1SDXA 1B05A 1R6ZA 1D9VA 3DP8A 5ITPA 1LAHE 4GD5A 3IORA 3H3GA 3VVFA 1OIBA 4P0IA 4KFQA 4QFNA 1QJMA 1B52A 4KD5A 4H65A 5EHMA 3SEWA 1N3WA 1ATGA 1SW2A 1Y1ZA 4KYDA 2XXXA 4LQ5A 3ZKLA 5AA2D 5JTYA 5L8DA 5ICTA 3A09A 4QSEA 1P1OA 2ONKE 2X26A 4RPOA 3MVZA 3K1NA 3S9MC 4YB6A 2P1SA 3CIJA 5F7VA 4QFOA 5CBRA 1TFDA 1B7ZA 3W15C 4JSOA 1XVYA 3RQTA 2E1SA 2HXWA 3IAZA 1PC3A 1SQYA 3KJ7A 3OOAA 5H8QA 5H8HB 4HS7A 1O7TA 3ODBA 2HZKA 4XKPA 2I48A 2Q2CA 2HQ0A 2UVGA 4AB5A 3U1OA 4ZE8A 5KZTA 4UACA 2I3VA 2QS1A 3FD3A 3IK6B 3UGWA 2I6EA 3KOSA 1IXIA 2ABHA 3O6PA 4KCDA 2ZYKA 4QSDA 3KG2A 3FZVA 4POWA 3FGSA 3PPNA 5H8QB 1D3KA 1B58A 3EHTA 2ZNSA 2AYSA 2H25A 4FAJA 3H06B 1O64A 1H45A 2R71A 1GGGA 1JW1A 4LUBA 4MH5A 2PYYA 1MH4A 4PFTA 3MVXA 1IXCA 1OLCA 1MY2A 2O1MA 3FXRA 1ZLQA 1BLFA 4KQPA 3C36A 4PFYA 2RCBA 4LQ2A 4YKIA 3C4MA 2IA4A 4MF3A 5JTYB 4AB6A 3KSJA 4NF5B 1BTJA 3TODA 1ANFA 2B3FA 1LFGA 1FCKA 2DQVA 1KWHA 3FATA 1IQ7A 1JETA 2OLBA 4NF4A 4TLLB 1LCTA 4U22A 5FTHA 5M2VA 1DPEA 2F36A 3F11A 4I8CA 5I2KB 3M3LA 3RN8A 2XXVA 2OK2A 3WAFA 4EUOA 1AL3A 3IOUA 4GXSB 2Q89A 5H8FA 1MY0A 4Q5TA 4EF1A 4U23A 1N7WA 3MJNA 3PPOA 3MUQA 1EU8A 1MS7A 2I4CA 3KFMA 3HHGA 3MC2A 2I3WA 4IO7A 4RY1A 4ELRA 5I84A 5J1DA 2YPNA 2X7QA 3K1MA 1PDAA 2QS3A 2F6GA 3A3CA 3E13X 4G77A 4ZS9A 1A54A 3SEUA 2V84A 1PB9A 3MPKA 3PPRA 1I6QA 3H7MA 2P0SA 2O6AA 1Q35A 1MQGA 1POY1 3O6HA 4H0WA 3R7XA 3JYRA 3K6UA 5A5XA 4NF6A 4BLAA 3SETA 4I1DA 2PT2A 1CE2A 1SVXB 4FEBA 4NF5A 1UTHB 1H43A 2I0CA 3MZ1A 3WAEA 5I2NB 1N76A 4OESA 3OEMA 4QRZA 5JEIA 1FQEA 3PMXA 3IL1B 1Y20A 2GRVA 4OERA 4JDFA 1FTMA 4MLQA 1BP5A 3T9VA 3O2AA 4RPNA 4IGRA 2F78A 2Q8JA 2Y7WA 3IJXB 5IKBA 4YMAA 3R26A 3SESA 4YU0A 3TTKA 3VE1B 1MM6A 3FV2A 5TPAA 4ESWA 5I58B 3U72A 2HAUA 3O9PA 3H6UA 4FORA 1LB8A 5IAIA 3SEYA 1LSTA 3LSFB 2V93A 4G8MA 3QUJA 1LFIA 4RNSA 5B70A 4ZE9A 1US5A 3LBSA 1N04A 4G8NA 1SBPA 2DWIA 2V25A 4ZEKA 3K0VA 4NMYA 3RTWB 3PV0E 1GTKA 3PD8A 1NNKA 2ONSA 4OTEA 1SW4A 3BFUA 1B1HA 4I62A 3ILUB 3TFLA 1OMPA 4NF6B 1ZJLA 3MVYA 2UXAA 1EZPA 3KOTA 4R6YA 1MXUA 4YKJA 3K2DA 5AA2B 1FTLA 2QRYA 1B9JA 1A7LA 4PQJA 2H4IA 3G3GA 4ELPA 1ZKBA 1IXHA 1NNTA 4FIMA 2DS9A 2XXUA 2YLNA 1D9YA 3O97A 4IO4A 2D21A 2B4LA 4OMBA 3I3VA 4BDNA 1TXFA 3DLNA 3M3FA 1NNPA 5DYHA 1GV8A 3SERA 3U8QA 3VDFA 5AA2A 5EHSA 3VVDA 2WOPA 1OVBA 4OFJA 5AE4A 3O6GA 2DE2A 5L9SA 1L5TA 2OJTA 3BBRA 2RCAA 1QULA 3O66A 4PETA 2NWJA 3FVGA 1US4A 3OMBA 4Z0IA 5I56B 4JXIA 2RC8A 3MP1A 4GXAA 1USYE 3ECRA 4JB7A 4X48A 3K00A 3DRIA 5JK4A 3FJMA 1A8EA 1ZIUA 2DWHA 3DP4A 2XHDA 4IB2A 4XKRA 3K6VA 4P0GA 5KDTA 4IY5A 1B5JA 3VLUA 4LZ7A 1S9TA 4ZEBA 4GL0A 4O3BA 3CG1A 1UIUA 2OWTA 3N26A 2D5WA 4F1YA 3TQWA 4JSDA 2O68A 3OD7A 1II5A 1ZMGA 2IEEA 2RC7A 4F29A 5H8NA 4ND9A 4NEDA 1MXZA 5ELVA 2VHAA 3RT8A 3VV5A 4R2FA 3QUFA 4KYEA 3GXAA 2H99A 1MG1A 2QS4A 3ONMA 3RPWA 1EZOA 5EYFA 2XX9A 1M5BA 3TQLA 1PB8A 5I58A 2DXYA 4NE4A 5I59A 3EF7A 1LB9A 4H6DA 2Q88A 4G4PA 4KR5A 4YB7A 4PE5B 4YZZA 3G3KA 4P11A 3M8UA 1LGBC 2ALUA 3RGYA 2F5XA 4DXCA 4ONYA 5AA3A 4HCYA 4QFLA 4JWOA 3TAJA 1LAGE 2VOZA 1DSNA 4NF8B 1A99A 3C35A 1NH7A 3RYAA 1S50A 1MY1A 4GOTA 4Z7EA 2GHAA 3FJGA 5TPAB 2Z8FA 4R2BA 3TTRA 3TZAA 4H8JA 3UN6A 3IOWA 3PGFA 3KSXA 2B65A 3TCFA 3GLBA 1B0LA 3RNNA 4F39A 1N84A 1QW0A 4ZECA 1MXWA 4LVQA 1FQCA 2Y7PA 3R6UA 4EQ7A 1WDNA 4U4XA 3GBAA 4ZDMA 4Q0CA 1NFTA 3OXNA 1A40A 2F97A 2THIA 2UVHA 2XXTA 3PUZE 4IO3A 4OQOA 4RJZA 2XD2A 4BDRA 4C1UA 1ZU0A 1UQWA 2AL4A 3K1PA 3VLVA 2E0SA 3SDFA 1D4NA 1DTGA 1BIYA 3LSXA 3I5OA 3PU5A 2OBGA 3S4UA 4H5FA 3MP8A 3OSQA 1R9LA 5H8FB 4MLVA 1VFDA 3G3HA 2F7AA 1FQBA 3CFXA 5CC2A 1GR2A 2B3BA 2NOOA 2OWSA 5BUUA 4Q8RA 3PUWE 2M8CA 5HPQA 4RYAA 3C34A 3CRBA 5ISUA 3Q27A 1MH3A 1MPDA 1WVJA 5DTBA 3TUSA 1JEVA 4RK9A 4EXKA 5ICQA 5CMCA 3EQ1A 4F1UA 4F31B 1B32A 4E0WA 2F34A 2F6PA 3IB1A 1MY4A 1XC1A 2V3UA 5HM4B 1SYHA 5F1QA 1I69A 1B6HA 2V3TA 4GWOA 3FVNA 3HCQA 3FASA 2VD3A 5FTIA 3RTFB 4GFRA 4F3SA 1DPPA 2O7UA 2QMWA 3K6WA 1VSOA 2R9JA 3TYHA 3T9UA 2Q9TA 3H03A 3K02A 4YKKA 4KI0E 1URSA 1YCJA 4R9FA 3B6WA 3T93B 4BDQA 1FTJA 1P1WA 1VFEA 3PUXE 4O3CA 4OVJA 4LATA 4KPTA 1LFHA 1B3LA 4LZ8A 2H9BA 3SEXA 1Y3NA 2Y7KA 3L6HA 3A3UA 4R74A 1UTBA 1RYXA 4U1ZA 5DEXA 2GHBA 4ZEDA 4H5GA 3K01A 5FHNA 4F3BA 4HW8A 5CM6A 1LBBA 3T22A 5TP9B 2QSXA 4ECFA 2ZYNA 1B2HA 5HBCA 3QIMA 2GH9A 4FE8A 2Z23A 3FXUA 1GVCA 5AA4B 2A5TA 1USYH 3LUYA 1SI1A 1BKAA 2DWJA 2F7BA 2GFEA 2H5YA 2HAVA 2OCUA 3H6WA 3QK6A 4WEDA 1QUJA 2DWAA 4OENA 1YPNA 4ELQA 4AQ4A 2RKMA 5AA4A 5H8NB 3V83A 4U2RA 3AXFA 2PMSA 2Z22A 2RC9A 1NMUA 3FVOA 3HN0A 4WKMA 3VFJA 5CMBA 2DE4A 2VD2A 4X1BA 1TWYA 3K6XA 4LP2B 4RK2A 4YAHX 3UIFA 4F22A 1MXVA 4TOZA 1MY3A 3TKDA 5I2NA 1QUIA 5I57A 4RXLA 3VXCA 2A5TB 1A55A 4NTLA 4XXUA 1B4HA 4F18A 3HO7A 3N6TA 1NL5A 3KZGA 4G68C 4OZ9A 1LLSA 5I57B 2ZYOA 3TEPA 4OEUA 1TT1A 2R6GE 3S2VA 5CBSA 3KJTA 4XKQA 3Q28A 1N3XA 3H4ZA 3KEIA 3CI8A 3B7DA 2AIXA 2LAOA 4N6PA 4IO5A 3Q26A 4YB5A 2PVUA 1IXGA 5CMMA 3MVWA 2QS2A 4N13A 2O69A 4L17A 2DXRA 2ANJA 3KN8A 1IIWA 4PFUA 2CMOA 2YJPA 4NWCA 3PMWA 4F2OA 1JVYA 1FTKA 3IOTA 3USDA 2DOJA 3OO6A 2XXQA 5FHMA 3TDJA 1LAXA 2BJJX 1FW0A 1M5FA 2FA7A 3G7WA 3HSTA 3JV9A 1FTOA 4JWYA 3SKPA 3P7IA 4GLIA 3S9NC 1NNFA 2DVCA 3DP6A 4U1OA 4PFWA 4WXJA 1OQHA 3N5LA 4DIGA 1QVSA 4DE8A 1S7YA 3IO6A 3C9HA 4XIGQ 1ZTYA 4Q30B 3TMGA 3EN3A 3GZGA 2NVUB 3U93A 4KHZE 1XS5A 4ZEIA 3E9XA 2XD3A 3KGCA 4MBPA 2KLFA 5K2YA 1WODA 1IZ1A 1PBQA 1TFAA 2PBWA 2UVIA 3QYTA 4M1VA 3IOVA 4ZEFA 1H76A 3I6VA 1O63A 4EXLA 3QXMA 3IX1A 2PX1A 1FQAA 4XKNA 1POTA 2RF1A 4KYSA 1B0HA 4N07A 4K3FA 5TU0A 4OYVA 4DZ1A 1IUDA 1SI0A 3CFZA 5DVJA 4DDDA 3ZS6A 1QUKA 3N6UA 5DVIA 1M5DA 3H6TA 3TTLA 1LCFA 1B40A 1B7HA 3FTOA 1RYOA 3FIRA 3IB0A 3RYBA 1Y4TA 3CHGA 1R1NA 2Z8DA 3N94A 4QHQA 1ZBMA 2XXHA 1B46A 4HCWA 3TCGA 1SD3A 4C1TA 2CZLA 1MPBA 1RKMA 3TPAA 1MPCA 1PBPA 3UORA 1AH5A 4EQ9A 4LZ5A 3OSRA 4TLMB 5B7DA 1P1QA 4F3GA 4WEPA 3RY3A 2XXRA 3FV1A 4OXVA 3OO7A 3CR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q74A 2O7IA 3BFTA 1BK4A 4P9KA 5CMKA 2DDKA 4F3PA 3OELA 4QSCA 2ZNTA 1B3GA 5DW8A 3OO9A 3EPEA 4YMBA 4BDLA 1XOCA 1MQHA 5AA1A 5IZZA 1JW4A 4DXBA 2UVJA 1URGA 2DP8A 2OX3A 1PEBA 3W9VA 2ONRA 3MPLA 3K4UA 4KCCA 2I4BA 2DYXA 1B5HA 3E3KA 3H6VA 1B3FA 1K9ZA 1T0KA 4F2QA 2O84X 2X7PA 1P1NA 3G3FA 2UYEA 2PFYA 3QSLA 4AS5A 3CFLA 5TP9A 4G68A 5H8HA 3LSWA 4H1XA 4YKPA 2D3IA 3GYYA 1OVTA 4NF8A 3CG3A 3FUZA 2NXOA 4GX3A 2QVVA 3PD9A 4OWDA 1Y3PA 4BDMA 4LA9A 3O29A 1Z7NE 3DRFA 2WOKA 4JWXA 4RA1A 1JQFA 2XXPA 3KN3A 4IR8A 1XT8A 1XHYA 4GIZA 1MRPA 1NH8A 2XWVA 1LAFE 2F3DA 2I49A 1FQFA 5BWJA 4LONB 4DCYA 3CSBA 1RDYA 1G0HA 3LC8A 4GWWA 4QFPA 3GBBA 2VT5A 1FRPA 2PCRA 5IZ1A 2DE3A 1EYIA 1HSJA 1SDXA 3H3GA 4P0IA 5EYGA 1N3WA 1YZ0A 2XXXA 3ZKLA 5AA2D 5L8DA 5ICTA 4OVSA 4RPOA 4OANA 3K1NA 5F7VA 3CIJA 4OA4A 5CBRA 1TFDA 1B7ZA 1PC3A 1O7TA 2HZKA 4XKPA 2HQ0A 2UVGA 4AB5A 4UACA 3FD3A 2I6EA 1IXIA 2ABHA 1NV7A 1RDXA 2ZNSA 4FAJA 3H06B 2R71A 4LUBA 1MY2A 1OLCA 4DXUA 4AB6A 3KSJA 1ANFA 4TLLB 1FCKA 1JETA 4U22A 4NF4A 5FTHA 4I8CA 4NX1A 3MJNA 4GWSA 3MUQA 1EU8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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