2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
3U93A 2V93A 4U2RA 3OEKA 3MZ9A 2H99A 2XD3A 2XHDA 1ZLQA 2ZYMA 4GXAA 4IO6A 1LB9A 4JB7A 5HPQA 2WOLA 1H45A 3IAZA 5I2NB 4G68B 3T66A 5K2YA 1LAHE 2ONRA 1MXYA 4IO5A 2ABHA 4QSEA 2F34A 5H8QA 4LATA 5I59A 2O68A 1I6BA 4QFPA 3QYTA 1P1OA 2ZYKA 5I58A 3P7IA 3FXQA 1A55A 3H6UA 3PU5A 1B1XA 2HZKA 1OVBA 2XX9A 4KCCA 3LC8A 1MS7A 4HCWA 1XHYA 4NWCA 3DRGA 3IOUA 4LA9A 1R9LA 2YLNA 3QXMA 5AA1A 2CMOA 5EHSA 3TQLA 1MM7A 1AL3A 1FTKA 4R6KA 3RYAA 3K2DA 4E0WA 4BLAA 5AA2D 3SEVA 3KSJA 3Q28A 1IXIA 5H8HA 4O3BA 3K6WA 1GGGA 2QMXA 4DIGA 3HPIA 3CSGA 3OO8A 4G8NA 4F29A 3MP8A 1LFHA 5FTHA 3UN6A 5B7DA 3LR1A 4F18A 5AA2B 1ZU0A 2QS4A 2D5WA 1JEUA 1Y3QA 4OQOA 5H8NB 4F39A 4ZEIA 2F6GA 5L8DA 2HEUA 2Y7IA 3PUVE 1LFGA 3MPKA 1MPBA 1HSJA 1LSTA 2ZYOA 1M5CA 3JV9A 3LBSA 4FECA 5DTBA 1SI1A 4U21A 3QUFA 3ZSFA 5I58B 2F78A 5CMKA 2PT1A 1B05A 1N84A 1ANFA 1ZMGA 3RPWA 4AQ4A 1S9TA 4BDQA 4DXBA 4YMBA 1MXUA 3VDFA 2VHAA 4YU0A 3L6HA 1B2HA 2DS9A 2Q8JA 5HBCA 3FASA 1H43A 4HS7A 3U72A 4NEDA 4IB2A 5H8FB 1UTHB 4MBPA 3N6TA 2O7IA 2V3QA 4YZZA 2PBWA 5H8SA 1TFAA 4YKJA 1YPNA 3FVNA 4H8IA 4OENA 2UVJA 2P2AA 3PUXE 1PBPA 1POY1 1Q35A 4EUOA 1SVXB 2XD2A 1SW2A 3N26A 2G93A 2Q2CA 3M3FA 5DYHA 5AA4A 4GQOA 1VE4A 4EXLA 4LQ2A 2PT2A 2PMSA 1QUIA 3BFTA 4LQ5A 2Q2AA 4IO2A 3OO9A 2F5XA 3T93B 1A7LA 3THIA 4Z7EA 4XIGQ 4ZE8A 1SW4A 4H0WA 3O6IA 4GL0A 3GBBA 3RLFE 1FW0A 1N7XA 1Y1ZA 3LSWA 3SESA 1LAGE 1LBBA 4H65A 5CMCA 1H44A 1EZ9A 4R9GA 5IKBA 1MG1A 2XXVA 2RC8A 1VSOA 3KN7A 4JWOA 1II5A 3KOTA 2IEEA 1NNTA 2ZNTA 3VVFA 3JYRA 1MDP1 3PPNA 4M1VA 3RYBA 2DXRA 3A09A 3G7WA 4P0GA 3ILUB 4ZEFA 4TLMB 5CBRA 4ND9A 5F1QA 2I0BA 4NF5B 3SDFA 4LVQA 2REGA 3LSXA 3H6VA 4U1ZA 3ILTB 3MVWA 4PFWA 1IIWA 2QS1A 2ZNSA 3EHSA 3EN3A 4GOTA 4F19A 3E3KA 2I49A 2XXIA 1F9BA 3TUSA 3CG3A 1HSLA 3RQTA 3FXRA 4NMYA 2Z22A 4I8CA 3FTOA 4PFTA 1FTJA 3MUQA 3R26A 3T9VA 3D4GA 4M4GA 5DVIA 1PDAA 2Y7WA 1P99A 3HCQA 1CB6A 4FE8A 3DRHA 2FNCA 4ZEDA 3V8XB 3CR9A 2RF1A 5CI5A 4ELQA 2V3UA 3OMBA 3BKIB 1AOVA 1VR5A 3K02A 4QFKA 2ANJA 4N13A 1B6HA 4Q30B 1PB7A 1UQWA 2RINA 3LUYA 1SI0A 2O1MA 1MQHA 1TXFA 4ESWA 4QRZA 1LCTA 1OLCA 3RNNA 1UIUA 3O28A 3CFXA 3RT8A 4IO7A 3KN3A 1A54A 3IR1A 5DEXA 3RGYA 1NL5A 1MH3A 4LZ7A 1JVYA 3OELA 3H6TA 2Z23A 3N5LA 3TKDA 3G3IA 5EYFA 3B6TA 1QJMA 1FQBA 1N0TA 1QW0A 3JZJA 1ATGA 2ZXTA 2XXTA 3DP6A 4JWYA 2REJA 1GV8A 1P1NA 3UK4A 4E0XA 4F22A 5I57B 2WOPA 4HCYA 1IEJA 4QF9A 4FATA 3FV2A 4IO3A 3VFJA 2XXWA 2F8DA 1VFEA 2H98A 2O1LA 2QS2A 4ISUA 4LONB 4UACA 1QUJA 4OEUA 4I62A 4FIMA 3UORA 3W15C 3H7MA 3C35A 4KYEA 4QSCA 1TFDA 3UGWA 2M8CA 4G8HA 4DZ1A 5KDTA 3KJTA 4H1XA 3MC2A 4P11A 1NH7A 1PB8A 4X1DA 2H25A 1B4ZA 3MVYA 1DOTA 4DCXA 3FJGA 3G3FA 3G3KA 1B32A 2HFBA 2VD3A 3H6WA 3S4UA 4RK9A 3BFUA 1B3LA 1B46A 3IOTA 4JWXA 3VE1B 2NXOA 3DP8A 1OQGA 3MWBA 2G29A 3OSQA 4N6PA 4YAHX 1B5HA 2VGQA 1UIVA 3N94A 3WAFA 4EQ7A 3U94A 5AA4B 4U4SA 4EQ9A 4ELOA 4Q5TA 3IB1A 2YJPA 3VXCA 2QJEA 5M2VA 3Q25A 4WEPA 3VLUA 2D3IA 1LB8A 2RCAA 3FIRA 4AB5A 4EDPA 1D3KA 2UXAA 2UVIA 3RTWB 3TTMA 2ONSA 3MBPA 3B7DA 3HO7A 3TELA 1OLAA 2HAVA 3ECRA 4OXVA 1MQJA 1H3DA 4QFNA 3C34A 3QSLA 3SKPA 4EF1A 1MRPA 4G77A 4JBZA 1DSNA 4FORA 2XXXA 3CI8A 3G3JA 1ZJLA 3C9HA 3G3HA 1B3EA 1Z7ME 2X26A 1B7UA 2QL3A 5DVFA 5L9MA 5KZTA 1B5IA 1URGA 2HZLA 5DEXB 3MVXA 3FZVA 3VLVA 4DLDA 4F3GA 4OHNA 1Y20A 3FD3A 3GBAA 4RA1A 2A5TB 4F2QA 3V89B 4PP0A 3FVOA 2XXQA 5ICTA 3M8UA 2XXRA 3HSTA 3TODA 4R9FA 1FQCA 4H67A 4KPTA 3T9XB 3TQWA 1DPEA 3MZ1A 4QHQA 3EPEA 2H4IA 1IXHA 1N7WA 4ZE9A 4I9DA 2DXYA 3OOAA 1OIBA 1US4A 2LAOA 1ZBMA 4U22A 3VXBA 4BDMA 4F2OA 1JEVA 2H5YA 5I2KB 1IXGA 3N6UA 4YICA 3E4RA 2I3WA 4MLQA 1RYXA 4Z0IA 5AA3A 2B3BA 3MAMA 1YCJA 3KJ7A 3TTLA 1FTLA 1R9QA 1I69A 2DYXA 3IOWA 5FTIA 5I56B 3VVEA 4PETA 3UA8A 2B3FA 1M5EA 1MQDA 4FEDA 1CE2A 4PFUA 3O2AA 1OQHA 2I4CA 1B9JA 2UYFA 5JTYA 1OVTA 4RPOA 3S9MC 3MVZA 3IJXB 1ZTYA 2HXWA 3K6UA 4LUBA 2R71A 3PPQA 1XS5A 3L6GA 3O6HA 3EF7A 4IY6A 1FQEA 2O51A 3G3GA 3KBRA 2PX1A 1MQGA 2GFEA 2RC7A 4GVOA 2O69A 1SD3A 5H8FA 3DRKA 1SDXA 4ZEBA 3FJ7A 5F7VA 3Q29A 4ZDMA 1ELJA 1Y1MA 4NF4A 3AXFA 2NOOA 4KR5A 2AIXA 2F7AA 4G4PA 3C33A 3SEYA 2OLBA 4WXJA 3K0VA 4R73A 3ZKLA 2XX8A 2B4LA 1IITA 1US5A 1NNKA 1UTBA 1Y4TA 3PD8A 4R74A 3VVDA 1QKBA 3RY3A 1ZIUA 2B65A 3EQ1A 1H76A 3IB0A 4XTCQ 4ONYA 4BDRA 3PMXA 2VOZA 1T0KA 3OD7A 5KCJA 3KSXA 3FJMA 2I3VA 4POXA 5CBSA 3UIFA 3KZGA 1R6ZA 4IO4A 4OYVA 3E13X 3CFLA 1MY0A 3D4CA 2QPQA 4DCYA 2ALUA 1FCKA 2Q88A 1B4HA 3QIMA 3IX1A 4YMAA 1XVYA 2QRYA 3H3GA 3C4MA 4YKIA 1POTA 2F36A 5TU0A 4FEBA 5FHNA 2X7QA 4GFRA 2DP8A 3R7XA 5KDTB 3V83A 1NMUA 4QFOA 2A5TA 3FV1A 1URDA 2I6EA 4NF6B 5LOMA 2DQVA 1QULA 3M3LA 3RT6B 5ICQA 2ZMBA 5DVJA 4EXKA 1I6QA 4NTLA 1O7TA 5JTYB 2Z8EA 4NF5A 3O66A 3T9HB 1B3GA 3CIJA 1D4NA 3IO6A 3PUZE 3IK6B 4R2FA 3U8QA 4DE8A 4EQBA 3DRFA 1NNPA 3IORA 3TDJA 5I2KA 2D21A 2AYSA 4RYAA 5KCJB 3CHGA 2CZLA 2QMWA 1XVXA 4I1DA 5H8QB 3ZKKA 3K1MA 1MPDA 4NF8A 1IQ7A 1J1NA 1Y3NA 2DE3A 2B4MA 2RCBA 3KOSA 2ZYNA 1FQDA 1YTVA 2NVUB 4OESA 1B40A 4OWDA 4DXCA 4O3CA 2RC9A 3DELB 3TFLA 2V3TA 1M5FA 3K01A 1PB9A 3PMVA 2DE4A 4L17A 3WAEA 1MXVA 3FVKA 4GWOA 4C1TA 3O29A 1LCFA 3FGSA 1MXXA 1FTOA 3T96B 5DT6A 3FUZA 3QK6A 1WODA 3H06B 3TZAA 3S9LC 2V25A 1GTKA 1MY2A 1PC3A 2NUVA 4IGRA 4MFIA 1IUDA 4OZ9A 4X48A 3V5AA 3O9PA 3H03A 2Y7RA 1MXZA 5JK4A 1DTZA 1EH3A 2UVHA 3MP1A 4PQJA 3GLBA 2GH9A 4KYDA 3SERA 3IL1B 3OENA 1GR2A 3OSRA 5CMMA 1WDNA 3FVGA 1TT1A 4POWA 5JEIA 2DSFA 1Y3PA 1TWYA 1Q1KA 3K6XA 3MPLA 4BDNA 2F6PA 3H4ZA 1LAXA 2R6GE 4OTEA 4ZZEA 3O6GA 5TP9A 1KWHA 5BWJA 2X7PA 3KN8A 4MH5A 5J1DA 4JSDA 1SW1A 4KD5A 2F97A 4PFYA 4KCDA 3FATA 3TTNA 3TCHA 1HSEA 1LLSA 4LP2B 1JW5A 3GZGA 3B6QA 2AL5A 3MQ9A 1L5TA 2DWJA 4WKMA 2Z8DA 1VFDA 3K4UA 2XXYA 3PPPA 4KQPA 4N07A 3RTFB 4TLLB 3PUWE 4G2ZA 4GIZA 2O7UA 3TEPA 3FXUA 3TPAA 1SQYA 1LBCA 3KFMA 3GXAA 2OCUA 3K6VA 2I58A 1A8FA 1N3WA 3CSBA 4G68C 4ELPA 2THIA 1B0LA 1RKMA 3R6UA 1MM6A 1AIVA 4C0RA 4FAJA 3T9UA 4H5GA 1Y9UA 4XKRA 3OEMA 2R9JA 3OO6A 4NF4B 5AA2A 1A99A 2DVZA 2OK2A 4R6YA 1XC1A 4P0IA 1NKXA 4JSOA 1IZ1A 5A5XB 2QS3A 1QUKA 2ESNA 3HHGA 2UYEA 3K1PA 3C36A 1LAFE 4XKPA 1M5BA 2PYYA 4MLVA 4F1VA 3C31A 4LZ5A 4GXSB 3TCGA 3CG1A 4ZECA 3O6PA 1B0HA 3U1OA 2E0SA 2XXPA 4QSDA 1NH8A 3CRBA 5I59B 1EZOA 4OFOA 4KHZE 3ONMA 4YB7A 2IA4A 3TTRA 3S9EA 1QKAA 5I56A 1BLFA 3Q26A 3HV1A 3SETA 2F35A 4R75A 3I3VA 1DMBA 4RK2A 1JVXA 4ELRA 2AL4A 4OMBA 5FHOA 3TMGA 1Y4CA 3KEIA 2OWSA 3PPOA 4GL8A 3A3CA 4R6HA 2PVUA 5IAIA 5HM4B 2DWHA 3LVUA 1NFTA 4QFLA 2ONKE 2ZNUA 1YAEA 5ELVA 3C32A 4ZS9A 2GRVA 2DE2A 4H6DA 5L9OA 1Z7NE 3B6WA 3T22A 1M5DA 4R2BA 1JETA 3DRJA 2I0CA 3Q27A 1S7YA 4X1BA 1UTBB 5H8NA 2DWIA 3I6VA 1NNFA 3ODBA 4Q0CA 1B7HA 2RKMA 5EHMA 5B70A 3W9WA 3OXNA 1EU8A 1O64A 4F3SA 4EF2A 5CM6A 3IB2A 1MY1A 1ZKBA 2Q9TA 4RJZA 4ESXA 2WOKA 4PE5B 3RUMA 4X9TA 1D9YA 2V84A 3SEWA 3TYHA 4K3FA 2FYIA 3MJNA 4IY5A 3QUJA 1SYHA 1QVSA 3HN0A 4AB6A 3TTKA 3SEUA 4H8JA 5CC2A 4BDLA 4XKQA 2UVGA 1URSA 1I6AA 2F7CA 2VP1A 3PPRA 4H5FA 5FHMA 1RYOA 4O3AA 4G8MA 1SYIA 4GD5A 4U1OA 2QSXA 1MQIA 1MDQA 1R1NA 1AMFA 1JQFA 1WVJA 2Q89A 1MPCA 3EHTA 3O97A 4NWDA 1JNFA 1SBPA 1USYH 2OJTA 3MW0A 3IO4A 4HTGA 3CFZA 4OFJA 1B7ZA 3EHUA 5ISUA 2I48A 3KG2A 4THIA 3USDA 3DLNA 3VV5A 1B3FA 5I84A 3IOVA 4NE4A 4XXUA 1AH5A 2E1SA 1LFIA 4DXUA 4Q8RA 4F1YA 1N3XA 1B51A 2P1SA 3BBRA 2F7BA 3VLWA 2O6AA 4JXIA 2OBGA 4ECFA 1BIYA 3TAJA 1EZPA 1P1QA 3MZBA 1PEBA 2XXUA 1D9VA 2OZZA 3U92A 1GVCA 4JDFA 1O63A 2HQ0A 1N04A 4F3BA 4HW8A 4OFLA 4KYSA 4RPNA 4YB6A 1MY4A 1P1WA 3F11A 1XT8A 3PUYE 5TPAB 4UA8A 4U4XA 1SW5A 1P1UA 3PV0E 2A5SA 4OEVA 3LSLA 3PGFA 4XKNA 1DTGA 1S50A 2Y84A 1B52A 5BUUA 3I5OA 1UTHA 1BKAA 3MP6A 3OO7A 1B1HA 3QAXA 3SEXA 2BJJX 1FQFA 1B5JA 3PAMA 2HCAA 2WKYA 3A3UA 3UP9A 4MF3A 1USYE 4NF6A 4OVJA 4G68A 3ZS6A 1A8EA 5ITOA 1B3HA 3CVGA 5I57A 4RY1A 5A5XA 4KFQA 2O84X 2YPNA 1BP5A 5TPAA 1A40A 1FQAA 2GHAA 4ZZAA 3KGCA 2Z8FA 1JW4A 5CMBA 5ITPA 4RXLA 2KLFA 2I4BA 3PMWA 4TQUQ 5TP9B 1BTJA 4OETA 1MY3A 3W9VA 1B58A 1PBQA 2W7YA 4TOZA 3E9XA 5AE4A 4C1UA 4ZEKA 3LSFB 1N76A 4OERA 4BDOA 2GHBA 4RNSA 2DVCA 2Y7PA 5I2NA 2XX7A 2XXHA 4F3PA 3DM0A 2Y7KA 3TCFA 2P0SA 5CRYA 4DDDA 3S9NC 4IGTA 1LGBC 3K00A 4LZ8A 4R72A 3K1NA 4GLIA 1OMPA 2VD2A 5H8HB 2NWJA 5L9SA 1JW1A 2DWAA 1MH4A 2H9BA 4GRKA 4F1UA 5K2XA 4F31B 1XOCA 2DOJA 4U23A 1DPPA 1IXCA 2HAUA 3M3KA 4YB5A 3IJOB 4YKPA 4KI0E 3HHFA 3DRIA 1FTMA 2OWTA 2FA7A 4WEDA 1MXWA 4FJPA 3PD9A 4NF8B 3RN8A 3S2VA 4YKKA 3DP4A 4GF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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