2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Thermus thermophilus
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
2DE3A 2VGQA 1YPNA 4ZEKA 2ZMBA 1LAHE 3VVEA 4ELPA 4RY1A 1ANFA 4NWCA 4BDRA 4IGTA 1JW5A 1H76A 2F97A 1VSOA 1MY2A 4F3GA 1OVBA 1MY4A 5AA3A 1NMUA 1LLSA 2GHBA 3MZ9A 5I59A 1O7TA 4ZEBA 3FTOA 4NF4A 3JYRA 4OYVA 2M8CA 1LBBA 3W9VA 4OQOA 1B7ZA 2F7CA 2CZLA 3N6UA 5H8QA 3SKPA 4YICA 3RUMA 4ZS9A 1DSNA 2LAOA 3A3UA 3QSLA 2F8DA 3GLBA 4OEUA 4F22A 1XT8A 4POWA 4M1VA 5TPAA 4F18A 2V93A 2DQVA 4QSDA 1L5TA 3SEUA 5EYFA 3O2AA 4H6DA 5H8HB 4KPTA 2OCUA 3GBBA 1NNKA 2Y7RA 5LOMA 3V5AA 4EQ9A 2DXRA 3IL1B 2IEEA 1AH5A 3MVZA 4H65A 1EZOA 4TQUQ 2I48A 2I3VA 1MPBA 1R9LA 4GOTA 5TU0A 5I2NB 2XXHA 2WKYA 1LSTA 2XXTA 1QJMA 3TCHA 3T9VA 2O68A 4EQ7A 3DP8A 4OENA 4ZE8A 5DVJA 3DP6A 2RC8A 1OLAA 1B5HA 4Z7EA 5IKBA 4R6HA 3TUSA 4DZ1A 3MZBA 2O6AA 4KFQA 1Q1KA 2Q8JA 1EZPA 3T9HB 2RCBA 1MPDA 1LB9A 2UVJA 1ZLQA 4ZZEA 3IJOB 3O97A 3E13X 4TLLB 5FHMA 4GXSB 3AXFA 1SW4A 4OMBA 1B9JA 4JWYA 3M3FA 1VR5A 3MVWA 5B70A 4F2QA 1Z7ME 1DOTA 3PD9A 4YB7A 4ZEDA 5H8FA 1TWYA 2ZNSA 3FGSA 2WOKA 3HPIA 4NF8A 3PUVE 2XX8A 1Q35A 3TDJA 3V83A 5CMKA 4PE5B 4LP2B 3UP9A 1LAFE 3H4ZA 3DRKA 2OLBA 1UTHA 2QMXA 2DSFA 4OFJA 4FJPA 4POXA 1DTZA 4P0GA 3RQTA 1FQFA 2F36A 2YPNA 2H4IA 3HV1A 4BDOA 4FEDA 3S2VA 1LFHA 2ONSA 1B7HA 3RPWA 4O3BA 1JVXA 1XVXA 2QJEA 5AA1A 1MS7A 2DWJA 1NNFA 3S4UA 2QPQA 5DYHA 2F35A 3TTNA 2V3TA 2R71A 2Z8EA 1OQGA 1ZTYA 1WODA 3V8XB 4DIGA 4QRZA 1B6HA 1WDNA 5B7DA 4F3SA 3MPKA 3RNNA 2F34A 2RINA 3EPEA 1TXFA 2ANJA 3R6UA 2PYYA 4GD5A 2ZYMA 3BFUA 1MQHA 4O3CA 4YMBA 4U22A 4YMAA 3QAXA 4OWDA 2H98A 1PB7A 4LONB 3OOAA 3RY3A 1Y4TA 4WXJA 4H5FA 5JTYA 3T96B 3EQ1A 1TT1A 4UA8A 3T93B 4F1YA 3SETA 1USYE 4IY5A 3FUZA 2W7YA 1B0HA 3IB0A 4HCWA 1OQHA 4ESWA 4NF6A 4N13A 3PPQA 1O64A 3K6VA 3CI8A 1B1XA 2PBWA 1EH3A 3Q28A 4OHNA 2NXOA 3G7WA 2UXAA 1I6QA 4IO2A 1USYH 1SD3A 3K00A 3RTFB 5BUUA 3FVOA 3T66A 4NE4A 1AOVA 4Q30B 3OO6A 1D3KA 2ZYKA 4C1UA 5H8NA 1XC1A 3DLNA 2QS2A 4X1DA 1R1NA 1JEVA 3IK6B 4LQ5A 1AIVA 3THIA 1QW0A 1II5A 1Y3NA 1ATGA 1ZKBA 4OERA 2FA7A 5A5XA 1B5JA 5TP9B 3TTRA 3B7DA 1CE2A 4WKMA 3GBAA 3N94A 1VFDA 1FTOA 3S9MC 4C0RA 4BDLA 3DRHA 5AA2B 5CBRA 4EQBA 4F3BA 1A55A 1UTBA 4ZZAA 3FIRA 4DLDA 5IAIA 1MH3A 1MM6A 3KGCA 3G3GA 3LR1A 3U8QA 4OFLA 4ELOA 4THIA 2CMOA 3F11A 4KYSA 3H6UA 4I62A 3KOTA 2ZYOA 2ZNUA 3FV1A 3W9WA 1B3LA 4YB6A 2Y7IA 2RC7A 2NUVA 4DCYA 3H6WA 1LAGE 4U1OA 2XXQA 4DCXA 2XXXA 3M3KA 2B3FA 2UYEA 1NH7A 3OD7A 4WEDA 3CFZA 3OEMA 4KCCA 3IOWA 1B58A 4LQ2A 1MXVA 1LFIA 4F1VA 3MVYA 3S9EA 3KSXA 3O6HA 3IR1A 2ZYNA 4LA9A 1N3WA 4QFPA 4RA1A 5EHMA 1P1QA 4NMYA 4RNSA 2IA4A 3O66A 3HO7A 1OMPA 4C1TA 1I6BA 2V3UA 1HSLA 4NF5A 4AB6A 2NWJA 1UIUA 5ICQA 3VXBA 2NVUB 5L9MA 3UK4A 3VDFA 2E0SA 1LFGA 4DXUA 3CSGA 4GVOA 4ZE9A 3DRJA 4JSDA 1BLFA 5L9OA 3K2DA 3HCQA 3VVDA 4FORA 4KR5A 4TLMB 4F3PA 1BTJA 3WAFA 1N76A 1YCJA 3N26A 5EHSA 1FTKA 2DWAA 2UVGA 3TQLA 3K4UA 3FXUA 1Y1MA 4IGRA 5KDTB 1JW1A 3KFMA 5I58A 2F78A 1XVYA 1MY1A 3IORA 1I69A 3QYTA 3TKDA 3VLVA 3QK6A 5ELVA 3SEYA 2BJJX 4GF8A 2AL4A 4YAHX 4QFNA 4RK9A 1US5A 1Y20A 4G4PA 2VD2A 3CG1A 3C36A 4GL8A 3MWBA 4BDQA 2D21A 2QSXA 1SI0A 4MH5A 4N6PA 1FQCA 1B3FA 3PUXE 4U1ZA 1BIYA 1IXIA 2XX9A 4PFUA 3D4CA 3PUZE 1H45A 2VD3A 3KJ7A 2A5SA 1PC3A 3VVFA 2RCAA 3PPNA 1SYHA 4MBPA 1OLCA 5I56A 2HXWA 3U93A 3CG3A 3MW0A 2FNCA 5I2KA 4ZEFA 2XD2A 3IOTA 1CB6A 3W15C 3RYAA 3G3JA 2DXYA 3FATA 3A3CA 3BBRA 2XXYA 5JK4A 3C31A 4OVJA 3H06B 2P0SA 2B4MA 1PB9A 1B46A 2I0BA 3TODA 3IOVA 2XX7A 3I6VA 1LB8A 3TMGA 5BWJA 2I3WA 3KG2A 2HAVA 1IXGA 3PPOA 4L17A 4EF1A 4ISUA 1S9TA 4N07A 2V84A 2UVIA 3KN7A 1OVTA 1UIVA 1FW0A 3SERA 5KCJA 3L6HA 1SYIA 4ELQA 4GIZA 3O6GA 5CM6A 1XS5A 1DPEA 3SESA 4UACA 2ZNTA 1ZU0A 4NTLA 1MXXA 2XXUA 4M4GA 3IAZA 4LZ8A 4BLAA 4Q5TA 3DP4A 4ONYA 4G68A 3CVGA 5DEXB 4HW8A 1SBPA 2ESNA 4QFLA 3MP8A 5AA4B 2XXWA 4P0IA 4H0WA 3G3FA 3ZS6A 3G3HA 4AQ4A 3TCGA 1LCTA 3A09A 4X48A 3U72A 5H8SA 1PBPA 2I58A 3EHSA 1LBCA 3HHGA 3UGWA 4FECA 1XHYA 3UN6A 3QIMA 3GZGA 4IO6A 4EXKA 4H67A 2REGA 1MDP1 1N84A 3C32A 3D4GA 1MXYA 3H3GA 4LUBA 1M5FA 2PT2A 3K0VA 1LGBC 1SW5A 2DS9A 3BFTA 4ELRA 4LZ7A 4U23A 3VLWA 3O28A 1SDXA 1M5DA 2GHAA 2XD3A 3FVKA 3FJ7A 2QS3A 4G2ZA 2AYSA 3SEWA 4KYDA 3KSJA 1AMFA 4JB7A 1IEJA 1NKXA 5I57A 3OO7A 2O7IA 5H8HA 3BKIB 1MH4A 3SEVA 3PGFA 3PU5A 4E0XA 1FTMA 2AIXA 3MVXA 4YKIA 3RT6B 3N5LA 1B3EA 1LAXA 4IO3A 1GR2A 3PD8A 4LVQA 5FHOA 4JBZA 3PMWA 5I2NA 2HAUA 1FQDA 1JEUA 3PMVA 1D4NA 3Q27A 1DMBA 4NEDA 4GQOA 1SQYA 4XKNA 1M5BA 4I8CA 3LC8A 3ONMA 2Q2CA 4HS7A 5K2YA 2ONRA 4G77A 3RYBA 4YB5A 2H99A 1ELJA 1US4A 3PUWE 3P7IA 5CMCA 2O1LA 1SI1A 1PDAA 4ZECA 3ZSFA 1QUIA 2OJTA 3ZKLA 1B3HA 2A5TB 1B52A 1KWHA 1P1NA 3IO4A 1D9YA 1RYXA 4G8HA 2VP1A 4JWOA 1MY3A 1POY1 4JDFA 1R9QA 2F7AA 1ZIUA 5CMBA 3RN8A 1PEBA 1NL5A 4U21A 3TFLA 1A54A 2Y84A 1VFEA 2V3QA 5HPQA 3LSXA 4FAJA 4E0WA 4YKJA 2I0CA 3TEPA 3IJXB 2Q88A 4YKKA 3K6XA 4JXIA 4BDNA 1SW1A 2WOPA 4R9GA 1HSEA 1NH8A 3OSQA 1SW2A 4IB2A 4OZ9A 3CIJA 1B7UA 4OXVA 3PV0E 3TTLA 3O9PA 2ONKE 4R6KA 2UYFA 5I59B 4MFIA 4F1UA 3K02A 4R73A 1ZMGA 1NNPA 4NF4B 3T9UA 2AL5A 1ZJLA 3OO8A 3TYHA 1URGA 2E1SA 1B32A 1QKAA 5CMMA 3TCFA 2ZXTA 2B3BA 1GVCA 3B6TA 3IOUA 5H8QB 1VE4A 4MF3A 3ECRA 3MZ1A 3TELA 3KZGA 1YTVA 3SEXA 1TFDA 1B51A 4MLQA 2OWTA 3HHFA 4H5GA 2VHAA 3PPPA 3KN3A 3K1MA 4IO4A 5TPAB 3K6WA 1ZBMA 3TAJA 3IX1A 4RYAA 4H8IA 3KOSA 2P1SA 4GFRA 1JQFA 4RPNA 3G3IA 1B3GA 2XXIA 4QFKA 2OZZA 2DP8A 5DT6A 3KN8A 4MLVA 4X1BA 4OEVA 4XKQA 1MXUA 5L9SA 4U4SA 3DELB 3FV2A 3H03A 4ZDMA 2Q89A 1FTJA 3TQWA 2O1MA 5DVIA 3S9LC 2F6GA 2R6GE 2I49A 2QS1A 3T9XB 3CSBA 2D3IA 1QUJA 4GWOA 3M3LA 4ECFA 1B4ZA 4R72A 2F5XA 4QFOA 4QSCA 1RKMA 1MDQA 3FASA 3JV9A 3PPRA 2WOLA 2NOOA 1T0KA 3RTWB 2B4LA 3QUJA 5TP9A 3DRIA 4G8MA 2XXRA 2YJPA 1GGGA 3EHTA 5HM4B 1GV8A 1A7LA 4WEPA 3TTMA 5AA2A 4FATA 3RLFE 1A99A 5HBCA 2Q2AA 2Y7WA 5ICTA 1JVYA 3VV5A 1OIBA 5H8FB 2DE4A 4DXCA 2HZLA 3IO6A 1H43A 4NF8B 5ITOA 4RJZA 1MM7A 1XOCA 5K2XA 2H9BA 1UTHB 1M5CA 2KLFA 3MUQA 4ESXA 2DVZA 1IITA 4O3AA 4R74A 2QS4A 3Q29A 4P11A 1B2HA 3QXMA 1FTLA 3MP6A 1IUDA 1FQEA 4JSOA 1MXZA 2F6PA 3WAEA 3E4RA 3HN0A 3I5OA 1MQDA 4KYEA 1MRPA 5I57B 2GH9A 5ITPA 4FIMA 4QHQA 1QKBA 1FQAA 4NWDA 4PETA 4K3FA 4OETA 1JW4A 3FVGA 5J1DA 3UA8A 4Q0CA 1A8FA 4XIGQ 1B5IA 1N0TA 4KQPA 4YU0A 5CRYA 3QUFA 3O6IA 4XKRA 4QF9A 1N3XA 1SVXB 1FCKA 4PFTA 5KZTA 2DYXA 4DDDA 3FZVA 2FYIA 3M8UA 3CFXA 1N04A 4GXAA 2OWSA 5JTYB 1A8EA 1Y4CA 1IZ1A 3K6UA 3E3KA 2F7BA 2G93A 2ABHA 2QL3A 5KDTA 4ND9A 1QVSA 4IO5A 3OO9A 1NNTA 2Z8FA 3MQ9A 1P1OA 3ZKKA 5FHNA 3H6VA 1O63A 1URSA 2DVCA 4F31B 1AL3A 3OELA 2Y7PA 2Y7KA 4NF6B 2PMSA 4I9DA 3LSFB 3FXRA 3OEKA 4JWXA 3UIFA 3H7MA 3DRFA 3B6QA 5DVFA 3SDFA 2X26A 3FD3A 5ISUA 2V25A 1PBQA 1B1HA 1B4HA 4F29A 4PFYA 2ALUA 3C33A 3O29A 2RKMA 4KD5A 3R26A 4H1XA 4PQJA 1MQJA 2H5YA 4U2RA 5FTHA 5H8NB 2PVUA 2GRVA 3TTKA 1Z7NE 3G3KA 4OFOA 1MXWA 2HFBA 2OBGA 3FJGA 5A5XB 4DE8A 3U94A 3IB1A 1GTKA 1UQWA 2X7QA 2Q9TA 4PP0A 3VLUA 1URDA 3C35A 1RYOA 1JETA 5L8DA 3KJTA 2I4CA 4R2BA 4RPOA 4LATA 4ZEIA 1YAEA 1UTBB 1TFAA 2YLNA 2O84X 3MJNA 3K1PA 2Z8DA 4TOZA 3O6PA 2GFEA 1Y1ZA 4R9FA 4FE8A 3LSLA 1JNFA 3Q26A 4GLIA 3C9HA 4EDPA 1POTA 1MQIA 4GL0A 1A40A 4RK2A 3FVNA 4LZ5A 3ILTB 3MAMA 4OTEA 3C34A 4XXUA 3MP1A 1Y3QA 2XXPA 4EF2A 4DXBA 2H25A 5DEXA 1DPPA 2DWIA 3K01A 1D9VA 5AA4A 1EU8A 1P99A 4HTGA 4R6YA 3USDA 1IQ7A 3MPLA 1WVJA 1IXHA 3ILUB 3LSWA 2O51A 2B65A 4NF5B 1N7XA 3B6WA 4XTCQ 3N6TA 4G8NA 4Z0IA 4QSEA 2HZKA 3PAMA 3S9NC 4FEBA 4YZZA 5AE4A 1B40A 3C4MA 4KI0E 2PT1A 3CFLA 4F19A 3PMXA 3LVUA 2X7PA 2I6EA 3R7XA 1I6AA 3TZAA 2DWHA 1MQGA 3U92A 1P1UA 4X9TA 2I4BA 3OXNA 1S7YA 2DE2A 2R9JA 4EUOA 3DM0A 5I58B 1B0LA 5CI5A 3OMBA 1NFTA 4G68C 4PFWA 3ODBA 1J1NA 3L6GA 3I3VA 4F2OA 1BKAA 1DTGA 3RGYA 4XKPA 1N7WA 1IXCA 3HSTA 3OENA 1IIWA 4YKPA 5AA2D 4RXLA 3KEIA 1BP5A 3CRBA 4AB5A 5CC2A 2RC9A 1HSJA 1S50A 2Z23A 4KCDA 3K1NA 4OESA 1Y3PA 5F7VA 3LUYA 1MY0A 2QRYA 2UVHA 4GRKA 3Q25A 4F39A 5I84A 3GXAA 5F1QA 3UORA 1PB8A 2HEUA 1M5EA 2G29A 2O69A 4BDMA 1MPCA 5I56B 5CBSA 5FTIA 5M2VA 3VXCA 4Q8RA 1Y9UA 5I2KB 3T22A 2OK2A 4EXLA 3FJMA 3EF7A 1QUKA 1MG1A 3TPAA 2VOZA 1B05A 4IY6A 2THIA 3EN3A 3CHGA 3JZJA 2A5TA 1LCFA 2P2AA 3U1OA 3VE1B 2DOJA 2O7UA 1H3DA 4U4XA 1FQBA 4KHZE 3RT8A 2XHDA 3FXQA 3V89B 3E9XA 2REJA 5KCJB 2RF1A 2HQ0A 2QMWA 4HCYA 5JEIA 1F9BA 4IO7A 3LBSA 1H44A 2XXVA 3IB2A 4H8JA 3VFJA 2D5WA 3EHUA 2PX1A 5DTBA 4I1DA 1EZ9A 1P1WA 1R6ZA 3MC2A 4R75A 3KBRA 2HCAA 3MBPA 3DRGA 2Z22A 3PUYE 3OSRA 1QULA 4G68B 4R2FA 3CR9A 3H6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DE3A 2VGQA 4G61A 1RDYA 1YPNA 4ZEKA 2ZMBA 1LAHE 3VVEA 4ELPA 4JVIA 4RY1A 1ANFA 4NWCA 4BDRA 4IGTA 1JW5A 1H76A 2F97A 1VSOA 1MY2A 4F3GA 3T0JA 1OVBA 1MY4A 5AA3A 1NMUA 1LLSA 2GHBA 3MZ9A 5I59A 2OX3A 4PBQA 1O7TA 4ZEBA 3FTOA 4NF4A 3JYRA 4OYVA 2M8CA 4N15A 1LBBA 3W9VA 1CNQA 4OQOA 1B7ZA 2F7CA 2CZLA 4NAPA 3N6UA 5H8QA 3SKPA 4YICA 3RUMA 2Q74A 1FJ9A 4ZS9A 1DSNA 1JP4A 4O7MA 2LAOA 3A3UA 3QSLA 2F8DA 2F3BA 3GLBA 1IMCA 4GX3A 4OEUA 4F22A 2XWKA 1XT8A 4POWA 4M1VA 5TPAA 4F18A 2V93A 2DQVA 4QSDA 1L5TA 3SEUA 5EYFA 3O2AA 4H6DA 5H8HB 4KPTA 2OCUA 3GBBA 1NNKA 2Y7RA 5LOMA 3V5AA 4EQ9A 2DXRA 1FPGA 3IL1B 2IEEA 1AH5A 3MVZA 4H65A 1EZOA 4TQUQ 2CZKA 2P3NA 2I48A 2I3VA 1MPBA 1R9LA 4GOTA 5TU0A 5I2NB 5ESYA 3RYDA 2XXHA 2WKYA 1KA1A 1LSTA 2XXTA 4XF5A 1QJMA 1NUXA 1IMDA 1K9YA 3TCHA 1FPIA 5EQ7A 3T9VA 2O68A 4EQ7A 3DP8A 4OENA 4ZE8A 5DVJA 3DP6A 2RC8A 1OLAA 1YXIA 1B5HA 4HXVA 4Z7EA 5IKBA 4R6HA 3TUSA 4DZ1A 3MZBA 2O6AA 4KFQA 1Q1KA 2Q8JA 1EZPA 3T9HB 2RCBA 1MPDA 1LB9A 2UVJA 1ZLQA 4ZZEA 3IJOB 3O97A 3E13X 4TLLB 5FHMA 4GXSB 3AXFA 1SW4A 1NV0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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