2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
3O2AA 5TPAB 2FNCA 3PV0E 2RKMA 1IXIA 2VP1A 3T96B 4GVOA 5JTYB 1MQGA 1GV8A 4QFKA 4NTLA 2V25A 5FHNA 3O9PA 4RK2A 3KSJA 4O3BA 2P1SA 3RT8A 3S9NC 4DZ1A 3T9XB 4GIZA 4GXAA 3RYBA 3T93B 1ATGA 1CB6A 4F1VA 4RPNA 4PQJA 2HXWA 4H8JA 1MY4A 1QUIA 4ISUA 1LFHA 3SEXA 1A8FA 5AA4B 2UVHA 4DXCA 1FTOA 1RKMA 1EZPA 4MLQA 3E3KA 4ESWA 4E0XA 4EQ7A 2XX8A 3I3VA 3JZJA 3K02A 4RNSA 1SDXA 3PUZE 1XVXA 3A09A 3TTLA 4N07A 4R2FA 2DSFA 2XXYA 5J1DA 2YJPA 3UK4A 2OCUA 1P1QA 3QK6A 3PUWE 4NF4A 2RC7A 1XVYA 4H65A 5H8NB 2R71A 3RUMA 3EPEA 3KBRA 5CMKA 3SEWA 2NWJA 3K1MA 1N3XA 5EHSA 4MH5A 3KOTA 4F3SA 4UACA 2Z22A 2WOPA 1FQBA 1LAXA 1SW2A 4NF8B 4F18A 4I9DA 3QXMA 1VR5A 1Q35A 5AE4A 4NE4A 4OFJA 3K1NA 2DWAA 3H7MA 4DXBA 2XXTA 3K4UA 1B4ZA 2O7UA 3FXUA 2PBWA 3K0VA 3KSXA 4QFNA 1AIVA 3U1OA 2ZYKA 2O7IA 4YB6A 3DP4A 3O6IA 4IO4A 3RNNA 1UTBB 2OJTA 1A8EA 2REGA 3VVFA 1N7WA 1FCKA 4DCYA 2Z8DA 2PMSA 2QS2A 3G3JA 4F2QA 5CI5A 3PUXE 1TWYA 2QMXA 5K2XA 1SW5A 3TYHA 3MC2A 5I57B 3O29A 1B1XA 5I56B 3FJMA 2F35A 1B05A 4Q8RA 5LOMA 1UIUA 1MXZA 1OLAA 3T9HB 3O66A 3MP1A 5IAIA 1PDAA 2THIA 4DXUA 4GF8A 1QUKA 3FXRA 4K3FA 5DVJA 1IITA 4OVJA 1Y1MA 3IR1A 1Y3NA 5CM6A 3IJOB 1URDA 2GFEA 3KG2A 1CE2A 4JWXA 3S2VA 1ZMGA 4O3CA 2PVUA 3Q28A 3H6TA 3MW0A 2HZLA 4RY1A 1JW4A 1NNTA 4TLMB 3N94A 3BFUA 3UIFA 1MXXA 4NF8A 2R6GE 3R26A 1USYH 5DVFA 4PP0A 3T22A 4Z7EA 1OQGA 2G93A 3KN7A 1PBQA 4EUOA 1M5FA 2ZYOA 2ALUA 2Q8JA 2Q88A 5A5XB 1PBPA 5L9MA 3SEUA 5ELVA 1SW4A 1B6HA 3VXBA 5H8QB 4GL0A 2GHAA 3USDA 2IA4A 3VLUA 1TXFA 1FTKA 3ODBA 4NF6A 2AL4A 3FV1A 3V83A 2RC8A 4LQ2A 1B51A 2XXPA 3QAXA 4TQUQ 3RTWB 4MLVA 3PPPA 3G3KA 3H6WA 2V93A 1OQHA 1QJMA 2Z8EA 2O6AA 3TTNA 4G2ZA 1B3HA 4EXKA 4ZEKA 1MXWA 2E0SA 5TU0A 1MM7A 3MAMA 5L9SA 3TCGA 3LR1A 5H8FB 4HS7A 2E1SA 1Y9UA 2QMWA 2I4BA 4YU0A 2B4MA 2DS9A 4G8HA 5F1QA 4O3AA 3VV5A 1B3GA 1BKAA 4EQ9A 4X48A 3IB0A 4KCDA 3IB1A 1FQCA 1GGGA 2O69A 1MY1A 4RYAA 4NF5A 1ANFA 4WXJA 1UTHB 3RY3A 3U94A 3QUJA 2DVZA 2I49A 3FTOA 2Q9TA 3OO9A 4WEPA 3IOUA 1ZJLA 1JQFA 4F1YA 4YB5A 4R73A 3HO7A 4KHZE 2XXRA 3FXQA 3KJ7A 1FTMA 2ZMBA 3WAFA 4YMAA 1KWHA 1FW0A 3DELB 3P7IA 3KFMA 3VDFA 3QIMA 1Y3QA 3OO7A 1USYE 1ZKBA 4H1XA 1PC3A 3LSXA 2BJJX 5I2NB 4GRKA 1HSEA 3DRHA 1QULA 3W15C 3K6VA 2F34A 3R6UA 4MFIA 3O97A 1Z7ME 4N13A 1PB7A 1H3DA 3DRGA 2NUVA 3BBRA 3FV2A 3PMWA 1OIBA 3E13X 3RQTA 3CFLA 1GTKA 2OLBA 5AA2B 1IZ1A 3LBSA 3EN3A 3OEMA 2DOJA 4OEVA 1DMBA 1JVXA 4JWYA 3K6XA 5KDTB 4ZEDA 4DDDA 4ZE9A 4KYDA 3VVEA 4QSCA 4QRZA 1B5JA 4KPTA 5CRYA 3CRBA 5I59B 3E9XA 4AQ4A 3IORA 2DE3A 2HEUA 4DIGA 4KD5A 4LP2B 3HV1A 3CHGA 3DRJA 4KI0E 3O28A 2QS1A 2ANJA 2H25A 3MPLA 1MQJA 1EZ9A 3ONMA 1OMPA 4QHQA 4BDNA 4G68C 2F8DA 1TFAA 3T9UA 4YKPA 3TUSA 3FZVA 2A5TB 1URSA 2I4CA 1LCFA 4QSEA 2V3TA 1MQHA 4G68B 1LBCA 2I3WA 1OLCA 3TEPA 1D9YA 4OENA 3IJXB 5FTIA 3KGCA 3U72A 1IXCA 3ECRA 5CC2A 1QVSA 2F6GA 4JB7A 2I0CA 3OSRA 1VSOA 1YPNA 4I1DA 5I2KB 5BWJA 1B58A 4Z0IA 1R9QA 5I2NA 3EHUA 4YKIA 1L5TA 1FQEA 1B3FA 4THIA 4C1UA 3FD3A 1MG1A 2QS3A 1MM6A 3MVXA 2DQVA 1SYHA 3DP8A 2ZXTA 2LAOA 3GBAA 3D4GA 3IB2A 1QW0A 1FTJA 2PYYA 3TFLA 1VE4A 4ZE8A 3IAZA 2V3UA 4GLIA 2PT2A 2HFBA 2QRYA 1JNFA 1B2HA 4XKNA 2HQ0A 3FATA 2AL5A 3C34A 3DRFA 3RT6B 4PFUA 5L8DA 4LVQA 5DTBA 4QFLA 2VD3A 4E0WA 2VOZA 3CSBA 1WODA 1B3EA 4BDRA 3B6QA 1NH8A 1MQIA 3B6TA 3T66A 4ZS9A 1R6ZA 3TZAA 2WOLA 1URGA 1B1HA 5TPAA 3LVUA 5CMMA 4F3GA 1Y4TA 3PPNA 2FA7A 3PUVE 2RCBA 1NMUA 1MDP1 2XD2A 5JTYA 1N84A 1FQDA 3CG3A 1DTZA 2O51A 1LGBC 1B5HA 4ND9A 2QSXA 1OVTA 1LLSA 1MXUA 2CZLA 3G3HA 4KR5A 4FIMA 3DRKA 4IGTA 1R9LA 2KLFA 2WOKA 2I3VA 4JBZA 1PEBA 4U22A 1Y3PA 1B7ZA 1SW1A 2HAUA 2V84A 1IXHA 1BIYA 3B7DA 3CSGA 1XT8A 4XXUA 4ELOA 3S9EA 5BUUA 1EU8A 5AA4A 2PX1A 4IO6A 4NEDA 5CBSA 3D4CA 4R9FA 2DXYA 4H0WA 3DRIA 1A55A 3M3FA 2FYIA 1DSNA 1N7XA 3QUFA 4IGRA 3L6HA 1US4A 3SDFA 2V3QA 1JEVA 3PGFA 2XXWA 3I6VA 1MQDA 2Y7PA 4HTGA 1DPPA 3CFXA 1XHYA 5TP9B 3U92A 4IY6A 5EYFA 1JETA 1YAEA 2M8CA 1LAHE 2QJEA 1DPEA 2DYXA 1DOTA 1MY2A 4PE5B 2X26A 5DYHA 4HW8A 3KN3A 4YB7A 3FJ7A 4EF2A 2QL3A 4PFWA 4XKRA 5H8NA 4F1UA 1SQYA 4YKKA 4FORA 3CI8A 2O68A 1HSLA 3LUYA 5EHMA 5H8SA 1JEUA 3BKIB 4LA9A 1B46A 3FVGA 3S9LC 4PFTA 2DWJA 3E4RA 2ZYMA 4ZZEA 3VFJA 3VLWA 5F7VA 2PT1A 3RGYA 2B4LA 4POWA 1IXGA 5KCJB 1B7UA 3W9VA 1ZU0A 1J1NA 2O1MA 5CMBA 2VGQA 1DTGA 2Z23A 5I58B 3OMBA 5AA2D 2Y7KA 1I6QA 4C1TA 3EQ1A 2DWIA 3G3FA 1B9JA 1SBPA 2UYEA 4U2RA 3IOVA 4YKJA 3Q27A 1B52A 4N6PA 1S9TA 2CMOA 1UTBA 1ZTYA 3IK6B 4R6KA 1M5CA 4IO2A 1T0KA 3TKDA 3FIRA 2RF1A 1YTVA 5I57A 5I56A 3RLFE 2H99A 2ZNSA 3VE1B 2DE2A 5FHOA 2REJA 3PPRA 4ZECA 2Y7WA 4OEUA 3PMVA 2H5YA 4MF3A 3PD8A 3UGWA 3PPQA 3N5LA 1N76A 2GH9A 1LB9A 3C32A 4X1BA 4KFQA 3THIA 2DP8A 3SESA 3SKPA 4X9TA 3V89B 5TP9A 4G77A 1AMFA 2ZYNA 1Y20A 5DEXB 3W9WA 3U93A 4ONYA 2OK2A 2UVIA 5FTHA 1SI1A 4OTEA 1H45A 2X7QA 3KOSA 3MBPA 4R74A 4R75A 3WAEA 1H76A 1O64A 3EHSA 3TDJA 1D4NA 5H8HB 2ESNA 4P11A 2Q2AA 4JDFA 3MQ9A 4OWDA 4JSOA 1LFIA 1O63A 1P1WA 2X7PA 3C35A 1LBBA 4F3PA 5KCJA 1MPBA 2ONRA 2ONSA 4F31B 4PFYA 1NL5A 5CMCA 1SVXB 4LZ8A 3PPOA 3TELA 3JV9A 4ZEIA 5JK4A 4R2BA 5AA1A 5A5XA 3CIJA 3KJTA 3MWBA 1RYOA 1TFDA 4DLDA 4U23A 4XTCQ 4DE8A 3OXNA 1N04A 1MPCA 3CR9A 5H8QA 1IQ7A 4OQOA 4DCXA 1R1NA 2OZZA 2XX7A 3G3IA 1P1NA 3G7WA 3RPWA 3H6VA 3CVGA 4LATA 4R72A 4FATA 3OO6A 3OEKA 2OWTA 3MZ9A 3K00A 5M2VA 4FE8A 2YPNA 3RYAA 3IO6A 1BP5A 2ZNTA 4EF1A 1O7TA 2F5XA 3K2DA 1AOVA 4FEDA 1UQWA 2ZNUA 2RC9A 3H4ZA 1VFEA 4U1OA 4OZ9A 4NWDA 2Q2CA 4YICA 5DEXA 3CFZA 3V5AA 3K6WA 4OXVA 3IX1A 4OFLA 2QPQA 1B32A 4X1DA 4NF4B 1II5A 4G8NA 5H8FA 4IB2A 3U8QA 3PAMA 2I48A 1MH3A 4R6HA 4JWOA 1I6AA 4F39A 3PU5A 2Z8FA 3TQLA 1LB8A 1UIVA 1LSTA 3OOAA 1WDNA 3Q29A 3LC8A 3ZKKA 3I5OA 1SI0A 1NNPA 3HN0A 2OWSA 1A99A 4KQPA 1UTHA 3M8UA 4LUBA 2F7CA 3FVOA 3PUYE 2XXHA 3TAJA 1P1OA 1H44A 3SERA 4IO3A 1QUJA 1SD3A 3T9VA 1Y1ZA 3FUZA 4P0IA 1WVJA 2XXIA 3Q25A 3UORA 2UXAA 4H5FA 4BDLA 4IO5A 3A3CA 4ELQA 3OO8A 3MPKA 2G29A 1QKBA 4OESA 3LSFB 4NWCA 4I8CA 5ISUA 4G4PA 5JEIA 2UVJA 3GXAA 2I58A 1D9VA 4H5GA 4L17A 5B7DA 2YLNA 2F78A 4EDPA 1US5A 2Q89A 3PD9A 3Q26A 3GBBA 4ELPA 4OETA 3N26A 3C36A 3MVYA 3FJGA 3B6WA 1FQFA 2Y7RA 1MH4A 2QS4A 3O6GA 4OYVA 5AA2A 3HCQA 2NVUB 3ZS6A 3PMXA 2XHDA 3O6HA 4F22A 4F29A 1QKAA 1M5EA 5KDTA 5ITPA 4KCCA 4RJZA 2XXVA 1XC1A 4U4SA 5AA3A 5CBRA 2H98A 2OBGA 2B3BA 2VD2A 3M3KA 1GVCA 5I59A 1GR2A 1NH7A 4F19A 4LZ7A 1B4HA 3ILUB 3FASA 4YAHX 1LAFE 3IOTA 3GLBA 4TOZA 3TQWA 4XKPA 4F2OA 1N0TA 1I69A 3VXCA 3DM0A 2B65A 2D21A 1ZBMA 1F9BA 4Q0CA 2WKYA 4KYEA 1MY0A 3K1PA 2A5TA 3MP6A 1LCTA 3DP6A 3M3LA 5IKBA 4BDOA 4G68A 4M4GA 2IEEA 2DE4A 3K01A 4AB5A 1XOCA 3HSTA 2Y84A 4XIGQ 3H03A 3MJNA 3QYTA 1B40A 4U1ZA 1POTA 2GHBA 4IY5A 1AL3A 1MS7A 5I2KA 4P0GA 3HHGA 4OHNA 2H4IA 1MRPA 2O1LA 4GFRA 2AIXA 3MVWA 2RCAA 4NF6B 2I6EA 4M1VA 4OFOA 1EH3A 5KZTA 3TTMA 4FJPA 2XD3A 4MBPA 4RPOA 3HPIA 3IOWA 2AYSA 2ABHA 4Q30B 4OERA 1RYXA 2UYFA 3TODA 3VVDA 4H6DA 1IUDA 4YMBA 3ZKLA 4I62A 1ELJA 4QSDA 3MZBA 4GL8A 4JXIA 4ELRA 1A7LA 4H67A 5FHMA 2NXOA 3TCHA 4POXA 1JW5A 3LSWA 4EQBA 3UA8A 1A40A 4Q5TA 3IO4A 1Y4CA 1D3KA 4LONB 2D3IA 1IEJA 3JYRA 4RK9A 1IIWA 2HCAA 4F3BA 5I84A 1JW1A 3SEYA 4GOTA 3R7XA 3EHTA 1MPDA 2H9BA 5ICQA 3C31A 3UN6A 3H3GA 1XS5A 4NF5B 3H6UA 1BLFA 4FAJA 1SYIA 4G8MA 1P1UA 4JSDA 3S9MC 3HHFA 1A54A 1VFDA 5B70A 3C9HA 3SEVA 5ICTA 1NNFA 2W7YA 1H43A 1LFGA 3CG1A 2ONKE 1P99A 3RN8A 2F6PA 5ITOA 3TCFA 3F11A 4ESXA 4QFPA 2HAVA 2DXRA 4RA1A 5HBCA 3C33A 3FGSA 4AB6A 3MVZA 2O84X 4BLAA 1N3WA 4RXLA 4GQOA 4R9GA 4FEBA 4QF9A 1I6BA 3FVNA 4FECA 4R6YA 4WKMA 1MXVA 3G3GA 3ILTB 3MP8A 1B0HA 3DLNA 4NMYA 1MXYA 3L6GA 1NNKA 1S7YA 4LQ5A 3EF7A 1S50A 5HM4B 1TT1A 4UA8A 3K6UA 3OSQA 1Z7NE 2VHAA 4QFOA 3TPAA 4BDQA 3KZGA 2F7BA 1MY3A 4EXLA 4XKQA 4ZEBA 3N6TA 1JVYA 1B7HA 2F36A 4BDMA 2GRVA 1NKXA 3A3UA 4IO7A 3KEIA 5DT6A 2P2AA 2D5WA 4GD5A 1PB9A 5DVIA 3O6PA 1FTLA 1ZIUA 1ZLQA 2R9JA 3GZGA 1OVBA 2XX9A 1M5DA 5I58A 2I0BA 1B0LA 2XXXA 2F7AA 3KN8A 2XXUA 3QSLA 3MZ1A 1LAGE 1AH5A 4H8IA 4KYSA 1M5BA 3S4UA 3UP9A 2P0SA 1Q1KA 2DWHA 2NOOA 4ZZAA 1NFTA 4TLLB 3V8XB 4C0RA 4U4XA 1B3LA 2B3FA 4YZZA 2RINA 1POY1 1BTJA 1FQAA 1YCJA 2HZKA 3FVKA 3TTRA 1EZOA 3IL1B 3SETA 2DVCA 3VLVA 3TTKA 3N6UA 1MDQA 2F97A 3OD7A 3MUQA 5L9OA 1B5IA 4GWOA 3OENA 3AXFA 1HSJA 2Y7IA 3BFTA 4PETA 2A5SA 3LSLA 4HCWA 3TMGA 3C4MA 3H06B 4ECFA 4ZEFA 4U21A 5K2YA 3RTFB 4LZ5A 1PB8A 4WEDA 3OELA 3ZSFA 4GXSB 4HCYA 5HPQA 4OMBA 2UVGA 5H8HA 4ZDMA 2XXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O2AA 4GWZA 4O8MA 1IMBA 5TPAB 2FNCA 3PV0E 2RKMA 4PFBA 1IXIA 1FJ9A 2VP1A 3T96B 1SPIA 4GVOA 5JTYB 1MQGA 1GV8A 1BK4A 4QFKA 4NTLA 2V4CA 2V25A 4NF0A 5FHNA 4NN3A 3O9PA 4RK2A 3KSJA 4O3BA 2P1SA 3RT8A 4MEVA 4DZ1A 3S9NC 3T9XB 1KA1A 4GIZA 4GXAA 3RYBA 3T93B 4N8YA 1ATGA 1CB6A 4F1VA 4RPNA 4PQJA 2HXWA 4H8JA 1MY4A 2VPOA 1QUIA 4ISUA 4PF6A 1LFHA 3SEXA 1A8FA 5AA4B 2UVHA 1D9QA 4DXCA 1FTOA 4N4UA 1RKMA 1EZPA 4MLQA 3E3KA 4ESWA 4E0XA 4EQ7A 2XX8A 3I3VA 3JZJA 3K02A 4RNSA 4HXVA 1SDXA 3PUZE 1XVXA 3A09A 3TTLA 4N07A 4R2FA 2DSFA 2XXYA 5J1DA 2YJPA 3UK4A 2OCUA 1P1QA 3QK6A 3PUWE 3B50A 4NF4A 2RC7A 2WYPA 1FBDA 3U65A 1XVYA 4H65A 5H8NB 2R71A 3RUMA 3EPEA 3KBRA 5CMKA 3SEWA 2NWJA 3K1MA 1N3XA 5EHSA 4MH5A 5I5PA 3KOTA 4F3SA 4UACA 2Z22A 5LTCA 2WOPA 1FQBA 1LAXA 1SW2A 4NF8B 5IM2A 3D1RA 1FPBA 4F18A 4I9DA 2CEXA 3BIGA 3QXMA 1VR5A 1FPIA 1Q35A 5AE4A 4NE4A 4OFJA 3K1NA 2DWAA 3H7MA 4DXBA 2XXTA 4N6DA 3K4UA 1B4ZA 2O7UA 3FXUA 2PBWA 3K0VA 3KSXA 4QFNA 1AIVA 3U1OA 4OA4A 4P56A 4PAFA 2ZYKA 2O7IA 4YB6A 3DP4A 3O6IA 4IO4A 3RNNA 1UTBB 2OJTA 1A8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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