2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
b'MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Peptide binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
1DOTA 1MH4A 3EHTA 3ZKLA 5AA4A 3KN8A 1H43A 4LQ5A 1H45A 3IOWA 3FASA 3V5AA 2F6GA 5CMCA 1MQIA 3GXAA 3OD7A 4LVQA 2PBWA 1OLCA 2BJJX 4WKMA 3IORA 4DLDA 3QXMA 1B7HA 1IQ7A 5HPQA 1MPBA 3HHGA 2RC7A 3H6UA 3CFZA 3UA8A 1LBCA 3OO6A 3UN6A 1LFGA 3CSGA 2E1SA 3BFTA 4XIGQ 3KJTA 3O66A 3RTWB 5FHNA 5I84A 5L9SA 5KDTA 4O3BA 3H6VA 3KG2A 4HS7A 3CVGA 1MM7A 2DWHA 3IK6B 3SETA 1ZIUA 3HV1A 2FNCA 1FCKA 3EQ1A 1UTHA 4GFRA 2NXOA 4PETA 1ZJLA 2XXUA 1XHYA 4F29A 3TEPA 3K6VA 2HQ0A 4TQUQ 4LUBA 3KSJA 3N5LA 3D4CA 4OWDA 3IX1A 1NNTA 2I48A 2DSFA 1O7TA 3B7DA 4LZ7A 4QSDA 5I59A 3JYRA 3O6IA 1TT1A 4JSDA 3S9LC 1P1UA 1ANFA 1XT8A 3UIFA 3VLUA 1N7XA 2B3FA 4NWDA 1LLSA 4R9FA 4I9DA 3VVEA 2I4BA 3DRGA 4GRKA 4NF8B 3LSXA 3N94A 1CB6A 4F39A 2I6EA 4OVJA 3P7IA 1B4ZA 4NF8A 1LAFE 3C35A 3O97A 3LSFB 4ECFA 2XXWA 1L5TA 2UYEA 2AYSA 2O1LA 3E3KA 3T66A 3MBPA 5I56A 5JEIA 4YB5A 3MVXA 4NMYA 2HCAA 3K1NA 4RK9A 2HZKA 4R2FA 1B0HA 3O6GA 4H5GA 3A3UA 2OWSA 3MVYA 1P99A 2QRYA 3IAZA 4DIGA 4KI0E 1MY4A 3FJMA 5H8QB 3ONMA 1CE2A 2Y7PA 3VLWA 3LUYA 1URSA 2I58A 3TTNA 3LSWA 4RJZA 3KFMA 3N6UA 1HSLA 1XVYA 5L9OA 3DRJA 2H4IA 1WVJA 1M5BA 1B3EA 2F36A 3CG1A 3FVNA 1B1HA 4OFLA 5DVJA 3OSRA 4RPNA 3WAFA 3HPIA 1EU8A 4OETA 1D9YA 1B3LA 2Z23A 1JW1A 4MBPA 4RA1A 2NVUB 5ITPA 1SD3A 4XKPA 4U23A 3MAMA 4JXIA 5H8NB 5CBRA 4FORA 1JEVA 2I0BA 5TP9A 4XKRA 3G3GA 5EYFA 4I62A 2X7QA 4PFTA 2YPNA 3G3JA 1T0KA 2I49A 2HAVA 2QS2A 2RF1A 3I3VA 2O68A 3JV9A 5I57B 4KCCA 3VXCA 3HSTA 1FW0A 3CRBA 1B5HA 3RYAA 2ZNTA 1MPCA 4IO5A 4P0IA 4KCDA 2AL4A 4JWXA 1N76A 3B6WA 3CSBA 3TCHA 2QS1A 4U4XA 4PFUA 2HEUA 4ZEFA 1US5A 1SYHA 2CMOA 1VE4A 2P2AA 4EXKA 2O7IA 2VOZA 1AL3A 4JWYA 2F6PA 3PPNA 3G3HA 1Z7ME 3BKIB 4GD5A 4JWOA 1N3XA 2R9JA 4ND9A 4N07A 3KOTA 4OESA 3FJ7A 4NEDA 4IB2A 4NF5B 2H9BA 1DSNA 2V25A 4X1DA 4TLLB 2DS9A 1ZTYA 2XX8A 4OEUA 3TAJA 2G93A 3SKPA 2THIA 3VLVA 1FQAA 5DEXB 2ONKE 3PPOA 4AB5A 2VD2A 3RGYA 4GLIA 2GHBA 4I1DA 5DEXA 5LOMA 5H8SA 4KYEA 3IR1A 3G3KA 5BUUA 2DYXA 4JBZA 4R75A 3K1PA 2I4CA 4ZE9A 1A7LA 1PB8A 1AMFA 2IA4A 2UVIA 4OTEA 5F7VA 2QMWA 4EUOA 3N26A 5AA1A 2Y84A 3SEWA 2V3UA 3PUVE 3R26A 5HBCA 4P11A 4GF8A 1DPPA 3K02A 3O9PA 3IB1A 4H1XA 2Q88A 2O69A 1OVTA 2XXHA 3DP6A 1OLAA 3CR9A 1PB7A 4DCXA 3OSQA 2A5TB 1TWYA 3RUMA 1MDP1 5FHOA 4WEDA 1RYOA 4Q5TA 2XXXA 4LZ8A 2XX7A 2QS4A 4X48A 1BLFA 2I3VA 3HCQA 1N7WA 4ZZAA 4IO6A 3I6VA 4QSCA 4P0GA 3LSLA 1AH5A 2H98A 2PT1A 4YU0A 4BLAA 1QVSA 2XXQA 2F8DA 4JSOA 3O29A 3ODBA 1D4NA 5CMBA 1GTKA 2Z8FA 4WEPA 3PUXE 2UVHA 1VSOA 3CHGA 1AIVA 4NF4B 1R9LA 4F3GA 4I8CA 1P1OA 1SW5A 3A3CA 5EHMA 4F18A 1FTKA 1FQDA 2X26A 4RXLA 4OERA 2GRVA 5KCJB 4GXSB 4U21A 5CBSA 1PEBA 5AA4B 1UTBB 2ESNA 4YZZA 3FJGA 3PMVA 3VE1B 1N04A 3GBAA 3MQ9A 4EXLA 4OEVA 3TODA 1UTBA 3VFJA 1ATGA 3PAMA 1A8FA 5M2VA 4C1UA 1FQBA 2D5WA 1JW4A 4EQ7A 2V93A 5F1QA 1R6ZA 1UQWA 4F1UA 4F19A 1FTJA 1MDQA 3ILUB 3DRKA 4UACA 4H8JA 5I58A 1BKAA 4ZEKA 1QJMA 1B6HA 4EDPA 4KD5A 1Y3PA 1D3KA 3Q27A 1MXXA 5KDTB 2WOPA 4K3FA 1QKAA 3FV1A 4N13A 2RCAA 4G68C 3VV5A 4EF2A 2OBGA 3H6TA 1WDNA 1UTHB 3UP9A 3FGSA 3T96B 3VVDA 1Y9UA 3DLNA 1IZ1A 3QSLA 3K4UA 1J1NA 1PDAA 1PB9A 4G68A 2PT2A 1B3FA 4EF1A 4NF6A 3ZSFA 4OQOA 4O3AA 4H5FA 1JQFA 2ZYKA 3U8QA 1MPDA 3S4UA 1B9JA 5I59B 3MJNA 5FTIA 3DRFA 4IY6A 1B51A 1LB8A 4LONB 5CMKA 3MZ1A 1B3GA 1NH7A 1O64A 4KQPA 1NNPA 2VGQA 2DE2A 3IJOB 2IEEA 3G3IA 5ELVA 4G8MA 4RYAA 1B46A 3SEVA 1TFAA 1POTA 3FXUA 1SDXA 3VXBA 3B6QA 3IB0A 1B05A 1GR2A 2DWIA 5I56B 3PUZE 4MFIA 1Y3QA 3SERA 3U94A 1B3HA 1ZKBA 2Y7WA 2XXIA 2ZYMA 3SDFA 5A5XA 3FXRA 2NWJA 3KGCA 1MG1A 4MLVA 1O63A 2XXRA 1QUIA 3H7MA 3PMXA 4PP0A 3MPLA 4X1BA 4LP2B 3C4MA 3MPKA 4ELOA 3V89B 4GL0A 5L8DA 3LBSA 3K2DA 3CG3A 1NMUA 4OMBA 4AQ4A 2PYYA 1ZU0A 1US4A 3RY3A 3GLBA 3PMWA 3MVZA 3IOTA 4NWCA 4YICA 2QPQA 2QSXA 3RPWA 1MXUA 1LAHE 4NTLA 2O84X 5ICTA 1JETA 4M4GA 2F35A 3QYTA 1IXIA 1QUKA 1IXCA 5KZTA 5AA3A 3K0VA 3CFXA 2UYFA 3K6XA 3H06B 3OO9A 3S9MC 2PVUA 4YKIA 1S50A 4U2RA 3Q26A 4YAHX 3A09A 1A99A 5TP9B 3G7WA 4HCYA 4F2OA 1Y3NA 4PQJA 2B3BA 4BDRA 4H0WA 4DXCA 4YKJA 1BIYA 1EH3A 4IO3A 3CIJA 4Z7EA 3TPAA 2DWJA 1F9BA 1R9QA 2OWTA 4F3BA 4R72A 3C31A 3D4GA 3OENA 3VDFA 1Q35A 5IAIA 3T9HB 3EHSA 5I2KA 1JW5A 5HM4B 2QL3A 1PC3A 4IO2A 4OZ9A 3PV0E 4YB6A 4R74A 1YAEA 2O51A 1I6BA 3UORA 2V3QA 3QAXA 1NFTA 3Q25A 5H8FA 4PFWA 1M5FA 4FECA 2ABHA 4QFKA 4R6KA 2XXYA 3S9EA 4GL8A 2Y7IA 3TQWA 4IO4A 1PBQA 4FE8A 3N6TA 2Q8JA 4F1VA 1URDA 3RYBA 2OK2A 1H76A 4OENA 3ZKKA 2XD3A 3C33A 4YB7A 4FAJA 1B52A 1MXZA 2F7BA 3QUFA 2DE3A 1KWHA 2G29A 2D21A 5AA2A 4WXJA 3MP6A 1MQDA 4ZS9A 4FJPA 2RC8A 1DMBA 3L6GA 1B5JA 3H03A 3HN0A 1MH3A 2ZNUA 5ITOA 1A40A 4FIMA 1IITA 4KYSA 1WODA 2R71A 3PD8A 3FVGA 4QFOA 1AOVA 3BFUA 2D3IA 3MC2A 2R6GE 4ESWA 1MXWA 1VR5A 3DRHA 4YMAA 4F3PA 5CC2A 3OO8A 3HHFA 3K00A 1P1QA 1N0TA 3RLFE 2RCBA 4TLMB 4DXBA 4IGRA 4EQ9A 4Q8RA 1JVYA 3CFLA 4XKNA 1A55A 3ZS6A 1PBPA 4O3CA 1SQYA 3SESA 3JZJA 1P1WA 4HTGA 3KZGA 2DQVA 4RK2A 2M8CA 2ONSA 1HSEA 2ONRA 2W7YA 3U1OA 5I2NB 1IEJA 3QK6A 1MS7A 3O28A 2Z8EA 1B58A 3OOAA 5I2NA 4X9TA 3W15C 4M1VA 3TTMA 3UGWA 3C34A 3IOVA 4L17A 4ZDMA 1USYE 3TQLA 2DOJA 3TMGA 4F31B 2DE4A 4PFYA 2WOKA 4IGTA 1R1NA 1SW1A 1NNFA 4PE5B 1I69A 1H3DA 1Y4CA 3H4ZA 2YLNA 3FXQA 3EF7A 3DM0A 4R73A 3IO4A 1NH8A 3T9XB 3EPEA 5H8HB 2VHAA 3MW0A 2F7AA 2PX1A 1B40A 4R6HA 5H8HA 1B7UA 2VP1A 2DXRA 3TFLA 1LBBA 4YKPA 3H6WA 1MQHA 5DVFA 3ECRA 4YKKA 3MZ9A 3LC8A 5JTYA 4ZE8A 2FYIA 1NNKA 1VFDA 2F97A 3OXNA 3MP8A 5BWJA 2ANJA 4KHZE 3UK4A 3W9VA 1QKBA 2REGA 1A8EA 1MQGA 5CI5A 3FUZA 5DTBA 3IL1B 2ZNSA 3TTLA 1B32A 2XXVA 3K6UA 3T22A 5I58B 2WOLA 2F5XA 2Q89A 3F11A 3IOUA 1XOCA 4GVOA 3C9HA 5L9MA 2WKYA 3I5OA 3V8XB 4JDFA 2QS3A 5TPAB 4F2QA 2UXAA 5K2YA 4POWA 1GGGA 3MVWA 5K2XA 3M3FA 5TPAA 4UA8A 2DP8A 4TOZA 1IXHA 2OJTA 2B65A 3V83A 2P1SA 3E4RA 4F1YA 1OVBA 1MXYA 1UIVA 3SEXA 4LQ2A 4G68B 4U4SA 4MLQA 1RKMA 1MY2A 4NF6B 4GXAA 3KEIA 3WAEA 4MF3A 2OZZA 4XTCQ 3U72A 4YMBA 3Q29A 2LAOA 4G8HA 2RINA 3C32A 1LGBC 1Y1ZA 2OCUA 3PD9A 4RY1A 2UVJA 5AE4A 2QJEA 5IKBA 1TFDA 1SW4A 1SYIA 4QF9A 3R6UA 2HAUA 3TDJA 3DP8A 1FTOA 1FQFA 4GQOA 2O6AA 3C36A 5CMMA 4QFLA 3GBBA 4OFJA 3TUSA 2GHAA 3OEKA 1S9TA 1ZBMA 3PPPA 2A5SA 2RKMA 4RNSA 3IO6A 3SEYA 4QFPA 3MUQA 1MY3A 3MZBA 4ZZEA 1YTVA 3MP1A 2Q9TA 2VD3A 3E9XA 2YJPA 4ESXA 5A5XB 3FV2A 1EZPA 1JEUA 1P1NA 4DDDA 4G77A 1XS5A 5FHMA 3FATA 2AL5A 5JK4A 2H25A 3LR1A 1LCFA 1B1XA 4H8IA 4DE8A 3KN3A 2Z22A 2PMSA 2Z8DA 1MXVA 3RTFB 3FVOA 1EZOA 2AIXA 3FTOA 2ZYOA 3FIRA 3L6HA 4KYDA 1M5DA 3E13X 2Y7KA 3PUWE 2Q2AA 4XKQA 2I0CA 1IUDA 3PU5A 3O2AA 4BDLA 4BDMA 4QFNA 4THIA 2V3TA 4G2ZA 3U93A 3TTKA 1SBPA 4IY5A 3VVFA 1M5EA 1B7ZA 1EZ9A 4ELRA 4FEBA 4OXVA 5H8QA 1B2HA 2KLFA 1Y1MA 1MM6A 4C0RA 3PPQA 4LA9A 5FTHA 4BDNA 1XVXA 4GWOA 4ELQA 1BP5A 4BDOA 5DT6A 2ZXTA 4G4PA 3DELB 4FEDA 3S2VA 5I2KB 2ZMBA 2REJA 5B7DA 4Z0IA 5CRYA 3MWBA 3T9VA 3TTRA 3H3GA 3OO7A 3RQTA 1FQEA 4N6PA 2H99A 1GV8A 4R9GA 5H8NA 1URGA 1MY0A 4ONYA 4C1TA 5H8FB 3DP4A 4KPTA 1II5A 1FTMA 1N84A 3IJXB 3M3KA 4LATA 5DYHA 1NKXA 1MY1A 1Z7NE 1YCJA 1Y20A 3QUJA 5I57A 4E0XA 3Q28A 3HO7A 1BTJA 2XX9A 1SW2A 2HXWA 3GZGA 3RNNA 4XXUA 3ILTB 4JB7A 4ELPA 4DCYA 3O6HA 4RPOA 5AA2B 3K6WA 3FVKA 2ALUA 2DVCA 5TU0A 1DTZA 1DPEA 1SI0A 2GH9A 4U22A 1TXFA 3BBRA 1FTLA 5ICQA 1S7YA 1QW0A 3W9WA 4ZECA 1DTGA 2B4MA 1UIUA 3KOSA 1RYXA 2XD2A 3TZAA 1LB9A 3RT6B 2O7UA 3OMBA 1A54A 4QSEA 5AA2D 3B6TA 2B4LA 3M3LA 4R2BA 2CZLA 4KFQA 1B4HA 1LCTA 4HW8A 2GFEA 1ELJA 1VFEA 3M8UA 1M5CA 1OQHA 2F78A 3O6PA 4NF5A 4GIZA 3TCFA 3FD3A 2V84A 3TELA 1LFIA 3K01A 1ZMGA 3THIA 2F34A 4OHNA 2NUVA 3PGFA 3G3FA 3KN7A 4MH5A 4F22A 3CI8A 3R7XA 1JVXA 2XXTA 5DVIA 4LZ5A 1LSTA 4NE4A 1HSJA 1LAGE 1N3WA 2ZYNA 1SVXB 3T9UA 4ZEBA 2DXYA 3USDA 2HFBA 1QULA 3LVUA 2H5YA 3RT8A 2NOOA 4Q30B 4F3SA 1OQGA 1LAXA 3RN8A 1QUJA 3EN3A 5EHSA 4HCWA 1XC1A 4E0WA 1JNFA 2E0SA 3SEUA 3K1MA 4H67A 3AXFA 1ZLQA 3QIMA 4DZ1A 4EQBA 4OFOA 2Q2CA 1POY1 2A5TA 2X7PA 4U1OA 5J1DA 4H65A 1D9VA 1YPNA 3TYHA 2OLBA 4R6YA 3KSXA 5B70A 1USYH 1H44A 4IO7A 3PPRA 4DXUA 1OIBA 2UVGA 1IXGA 4ZEDA 3S9NC 4AB6A 1I6QA 1B0LA 2XXPA 4QHQA 1I6AA 2FA7A 3TKDA 3KBRA 3TCGA 3KJ7A 4Q0CA 2O1MA 4H6DA 5ISUA 2I3WA 4OYVA 2DVZA 1Q1KA 4ISUA 4G8NA 3FZVA 1LFHA 2XHDA 3T93B 4QRZA 3PUYE 1NL5A 2P0SA 1MRPA 4U1ZA 1GVCA 4BDQA 3OELA 5JTYB 2QMXA 3DRIA 4ZEIA 2DWAA 5CM6A 4FATA 4NF4A 3IB2A 2RC9A 4GOTA 1OMPA 2F7CA 1Y4TA 1SI1A 4KR5A 3U92A 2HZLA 1B5IA 3EHUA 1FQCA 4POXA 1IIWA 1MQJA 5KCJA 3OEMA 2Y7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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