2D5WA

The crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus thermophilus hb8 complexed with pentapeptide
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
602
structure length
602
Chain Sequence
MGPQDNSLVIGASQEPRVLAGDFLRVISNQAIKSEIEQYLFAPFIGFNADSQNFPVLATEVPTLENGRLRVTDIGGGKKRLEMDITIRPDAKWSDGRPITTEDVAFYFEVGKAKGMPVLNPDFWERVNVRIKDARNFTLIFEPAYYYDTYGPINTYAPKHIMGPEWERVKAAARGLDPDKDAEKLNELYRNFFLKFATPQALNRGAMVYSGPFKLKRWVPGNSIEMERNPNFPIKPEGGESKYVQKVVYRFIQNTNSLLVAVIGGSIDATSSVSLTFDQGRSPQLVRRAPGRFDIWFVPGAIWEHIDINKFENCQVVKDLGLNDKRTRQAILHALNREGLVKAFFDGLQPVAHTWIAPVNPLFNPNVKKYEFDLKKAEALLAEMGWRKGPDGILQRTVNGRTVRFEIEYVTTAGNVVRERTQQFFAEDLKKIGIAVKINNAPSAVVFADEFIQRASECKWTGMFEFAWVSNLQEDGSLFQYKNLNTGAIMVPTKENNYQGQNIGGWRNDEFDRLTSQAVLEFDPERRKQLFWRAQEIWAEELPALPLYFRANPYVVRKGLVNYVASAYSGGYGYPGWNAWEIGWESRGAVKKWDQAKYALST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords peptide ABC transporter, peptide-binding protein
publication title The crystal structure of oligopeptide binding protein from Thermus thermophilus HB8 complexed with pentapeptide
rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Peptide binding protein
total genus 219
structure length 602
sequence length 602
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2d5wA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2d5wA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2d5wA02
4JWYA 3QAXA 3BBRA 3FXQA 1MPBA 2P2AA 1H76A 3Q26A 4R72A 2XXQA 4ZS9A 3RLFE 4KYEA 4PFTA 3E9XA 1FQAA 2ZYMA 4ZE8A 4LONB 1EU8A 4ECFA 1NMUA 1P1WA 4AB6A 1USYH 1OMPA 3FV2A 1LFIA 4ELPA 3RTWB 5I2NA 4JDFA 1OVTA 3SEWA 2XX7A 3IJXB 4Q30B 2Z8EA 1LB8A 1QKAA 2RC9A 1MQGA 3S4UA 1DMBA 1FQFA 3W9WA 4N13A 3C35A 2I3WA 3OXNA 1P1NA 5A5XB 4EQ9A 5DVFA 4NF8A 1N76A 4XXUA 1N7XA 3RUMA 1LAGE 4R6HA 2XXPA 5KZTA 4G68B 1YAEA 2XXHA 1B5IA 3PUZE 3VDFA 5EHMA 1O7TA 3K0VA 5I59B 2A5SA 3C33A 1MQJA 4OEUA 2OBGA 4RXLA 4PFYA 1A55A 1JEUA 4YB5A 3TKDA 1NNTA 4F19A 2QRYA 4JB7A 1SYHA 3ILUB 3FXRA 1JETA 2XXXA 2HAVA 4DCXA 4YKIA 3PD8A 2PBWA 4EDPA 1LGBC 4F3BA 2B3BA 3ONMA 2DXRA 3R6UA 1OVBA 1EH3A 1LB9A 3H06B 3RY3A 1SBPA 2DWHA 3EHTA 3N6TA 2A5TB 3KSJA 4EXKA 1NH8A 4YKPA 3D4GA 3U93A 3OENA 3V8XB 3OOAA 2QPQA 4R74A 1B3GA 2HQ0A 3VLWA 3PPNA 4I8CA 5LOMA 4F1YA 4H5FA 1B32A 4KD5A 1Y1MA 3AXFA 2I49A 3DRJA 1GGGA 3U94A 4RK9A 2F5XA 1VE4A 5FHNA 5F1QA 1GV8A 3CFXA 3ZS6A 4G68A 1FQEA 1R9QA 1XVXA 5B70A 1B46A 1DTZA 2THIA 5I59A 1M5DA 4Z7EA 1N0TA 1UTBB 4XKQA 1LCTA 4R9FA 3IB1A 2DP8A 3K2DA 3H3GA 3FVKA 2XD3A 2VHAA 4P0GA 4GIZA 2QJEA 4F29A 2RF1A 4MLQA 1DOTA 4GL8A 3MVXA 4TLMB 3SKPA 2PVUA 4OESA 4RPOA 2WOPA 1QUJA 2RINA 3GBBA 1FTOA 1TT1A 2XX9A 1NH7A 5H8NB 1A8FA 1Y1ZA 5B7DA 3E3KA 3H6TA 4IGRA 3G3KA 3PPOA 3V5AA 2A5TA 1MQIA 2GRVA 4DXCA 2H25A 4Q8RA 5JTYB 2O51A 3TTMA 1Y4TA 1P1UA 4FORA 4O3CA 5DVIA 3LSFB 4LA9A 3IB0A 3VXCA 2I3VA 4ND9A 1MXYA 3DELB 3FATA 3CFZA 4N6PA 1MQHA 3A09A 4GXSB 2DYXA 4H5GA 3KJTA 5TU0A 1EZPA 3LC8A 4ZE9A 4RNSA 3TTLA 1JW4A 4IO3A 4M1VA 3W9VA 3QYTA 4I9DA 2O1MA 2ALUA 3S9NC 1MDQA 2XXIA 2ABHA 1TFAA 1B5JA 1MXUA 4JSDA 4R73A 2HZLA 1UTBA 3KEIA 1TXFA 1N3XA 4G8NA 3MWBA 2F7AA 5I2KA 3GZGA 5TP9A 1YTVA 4P0IA 1MY1A 4QFPA 1ZTYA 5FHOA 3CVGA 4OENA 2NXOA 3O6PA 5HBCA 4POWA 4OMBA 4PFUA 1N3WA 4QSDA 3S2VA 3IL1B 4GFRA 4MLVA 4G2ZA 3IJOB 2CMOA 4U21A 2P1SA 3E13X 5I84A 4MBPA 3K4UA 4O3BA 2ZNUA 3ZKLA 3O29A 2ANJA 2OWSA 1IXIA 4JXIA 2F6PA 1A99A 3OSRA 4F22A 5H8NA 1J1NA 4YZZA 3ZKKA 3TZAA 2RC8A 1IIWA 4GD5A 3MAMA 3JZJA 5JTYA 3PUXE 2OZZA 3DRFA 3IOVA 1IITA 4QFLA 4NWDA 3IOTA 2QS2A 1HSJA 1GVCA 3VXBA 3O66A 3VE1B 5ICTA 2VGQA 3FD3A 4KQPA 5FTHA 2AIXA 1LAXA 5ELVA 1PB9A 4NE4A 1UIUA 3MPKA 3N94A 3MC2A 1QUIA 3MJNA 3B6TA 1YCJA 1F9BA 5ITOA 3FJMA 1JW5A 3FVGA 1TFDA 1L5TA 3QUJA 1H45A 3LUYA 2RCAA 3S9LC 5H8FA 1B6HA 1D9VA 1JW1A 1QUKA 1I6BA 4NF5B 3FGSA 2OJTA 4G77A 3I3VA 3K6XA 2PMSA 2YLNA 4H0WA 2V3UA 2Z8DA 4PP0A 2WKYA 1SYIA 1PEBA 2QMWA 3IB2A 1NNFA 2ONKE 4DE8A 2F78A 4IO2A 3MVZA 5F7VA 2I4CA 3PMXA 2AL4A 3SETA 4YICA 3KN7A 2O7IA 3OO8A 3Q25A 4XKNA 1S9TA 3KOTA 1QJMA 4C1TA 5FHMA 3LR1A 2QMXA 2D5WA 4OHNA 1Q1KA 4ELRA 4NMYA 3T93B 2DE4A 1AMFA 3FASA 4DXBA 1VR5A 4OERA 4MF3A 3R26A 1SD3A 1ANFA 3JV9A 4EF1A 2DVCA 3TTNA 1WDNA 1LCFA 3M8UA 3VV5A 1MXVA 3PUVE 4YU0A 3PPPA 4MH5A 4F3GA 4BDMA 2O84X 3KZGA 1URGA 3IR1A 4NF4B 5L8DA 3BFTA 5FTIA 2NUVA 4AQ4A 4BDNA 2HAUA 4KCCA 2UYEA 4UA8A 3K1NA 2Y7IA 1NL5A 4OFOA 3VFJA 1AOVA 4X1DA 3FVOA 2G93A 3U8QA 1TWYA 1IUDA 4NF5A 4NF6A 2Z22A 1HSEA 4YB7A 2VD3A 4WEPA 2AL5A 3F11A 4U23A 5DTBA 3L6HA 4GQOA 4ZEIA 2PT2A 3R7XA 1B4HA 4ELOA 3HHFA 1R1NA 4U1ZA 3C32A 3EHUA 4U22A 2GH9A 5I57B 1LBCA 1M5CA 1I6QA 4JBZA 1MG1A 4QSEA 3OEMA 3IOUA 2Q8JA 2M8CA 2B4MA 1NNPA 3T9HB 2VP1A 4MFIA 4EXLA 1B3HA 3VVFA 4C1UA 1DPEA 3E4RA 3DP6A 1SQYA 2F8DA 3MZ1A 1B3LA 3TPAA 1SI0A 5H8QB 4E0WA 1RYOA 3UORA 2I4BA 1MH3A 1JVYA 2GFEA 2OK2A 5I56B 3CFLA 3TCGA 1LSTA 4KPTA 1HSLA 2YJPA 3SDFA 3O6IA 4KR5A 3VLUA 3TMGA 4GLIA 1N84A 1BP5A 4KCDA 2DE2A 4UACA 4NF4A 3EF7A 2RC7A 1IZ1A 3OMBA 4R6YA 2HZKA 1LBBA 1USYE 1B4ZA 3OO9A 3OO6A 4WEDA 3HO7A 2ONSA 1MXWA 3B6QA 3I5OA 3HCQA 4LQ5A 4X9TA 5AA1A 3B7DA 3OSQA 4RJZA 2Y7KA 1VSOA 1B52A 2DWAA 5EYFA 2OLBA 2F97A 1B40A 3LBSA 3FZVA 2HEUA 4YMAA 1OQHA 4R2BA 4NWCA 2DE3A 5I57A 1ZJLA 1B2HA 3IOWA 5EHSA 1SW1A 1QKBA 3O28A 5I2KB 5TP9B 3OEKA 4POXA 3KFMA 5DYHA 4G4PA 1MPCA 3OELA 3MBPA 2R6GE 2F7BA 4OFJA 3QXMA 1VFDA 2I0CA 2F34A 4XTCQ 3VLVA 2V25A 3QUFA 3FV1A 3MP1A 5H8QA 4QFOA 1B3EA 2AYSA 1M5FA 5I56A 4QF9A 1A40A 3KJ7A 2I0BA 2ZNTA 2UYFA 2F6GA 3RT8A 4DDDA 5CMKA 1B1XA 4BDQA 4TOZA 3BFUA 3IORA 2HCAA 3TQLA 5IAIA 2W7YA 3IAZA 2B4LA 4EF2A 1XVYA 1MY3A 1US4A 1MY4A 4ZEFA 4GWOA 4I1DA 1MY2A 3K1PA 1JNFA 4IO5A 2FYIA 2REGA 3K6UA 1A8EA 3FVNA 2LAOA 3N5LA 3T9XB 3PUYE 1MRPA 3ILTB 3H6VA 4OEVA 3H03A 3K00A 3DRKA 3CI8A 5HM4B 3LSLA 2X7PA 3QSLA 4U1OA 1OLAA 4FIMA 3CIJA 5DT6A 3PGFA 4ZECA 2UVGA 5H8FB 4HCWA 4U2RA 2H4IA 1Y4CA 1IXHA 4H65A 3RGYA 2Y7PA 5CBSA 1B7ZA 4G8HA 4F3PA 4FEBA 2QL3A 4LVQA 3MPLA 4ONYA 3T22A 4OYVA 3Q28A 4TQUQ 3KOSA 2H99A 3CG3A 1FTMA 2XXRA 3RYAA 1M5BA 1EZOA 4EUOA 3Q27A 3LSWA 1MY0A 1B7HA 3MVWA 4QSCA 2I58A 1Y3NA 4FAJA 2NWJA 4F3SA 1P1OA 3T9VA 1N7WA 1NNKA 3RT6B 1BTJA 5CC2A 2X7QA 2XXUA 4LQ2A 3A3UA 4FATA 3OD7A 3QIMA 3UGWA 1Z7NE 3RNNA 2B65A 5IKBA 3EN3A 3TDJA 2I48A 1LAFE 3C4MA 4IGTA 4YAHX 3MW0A 5JK4A 3V89B 1POY1 1P99A 3U72A 3L6GA 2I6EA 4F18A 4GOTA 4LUBA 4GRKA 1SI1A 2F36A 3N6UA 5AA2B 4H67A 3TCFA 3K1MA 1PC3A 1RYXA 5I58B 2ONRA 1LAHE 3G3FA 3DRGA 2XX8A 3O6GA 1BIYA 2NOOA 4IO6A 4U4XA 4JSOA 4ELQA 5BUUA 1R9LA 3MUQA 2Z8FA 3DLNA 1IEJA 4K3FA 3G3IA 3UIFA 2CZLA 3EPEA 1XOCA 4NF6B 1PB7A 3T66A 3K01A 2E0SA 3TFLA 1SVXB 3PUWE 5TPAA 2DWIA 3MP8A 3K6WA 1PB8A 4RK2A 1D3KA 1XS5A 4M4GA 2V3QA 1N04A 2UVIA 4IB2A 5HPQA 3FXUA 4QHQA 3TUSA 1AIVA 4R75A 2XHDA 5L9OA 3GBAA 3SERA 1CB6A 4WXJA 4LZ7A 4RPNA 4G8MA 5H8SA 2GHAA 3MVYA 4ZEBA 4O3AA 3D4CA 1QULA 4GL0A 4H1XA 2V84A 4LZ8A 3C34A 3Q29A 2ZNSA 1OQGA 4EQ7A 5AE4A 4PQJA 4ISUA 2Y84A 2H9BA 2Q89A 2PYYA 4XIGQ 3A3CA 1NKXA 2Y7WA 3TEPA 5JEIA 4BDRA 5KDTB 1LLSA 1PBPA 3I6VA 5AA2A 1UTHB 3TTRA 5DVJA 4LP2B 5I58A 4E0XA 3SEXA 3HSTA 3OO7A 4LZ5A 4YKJA 3HPIA 2R71A 1JQFA 2FNCA 4YMBA 4X48A 1LFGA 4TLLB 1SW5A 1B9JA 4FJPA 1ZBMA 1POTA 4DLDA 3GLBA 3CHGA 1URSA 1S7YA 5CMCA 3DM0A 3FTOA 2DQVA 3SEUA 5L9MA 1B51A 3ECRA 2H98A 2X26A 1B05A 4P11A 3EHSA 1PDAA 2PX1A 1MDP1 1M5EA 3V83A 1MQDA 3TAJA 4YKKA 4QFNA 1DSNA 2Q88A 2O7UA 2REJA 1US5A 4F2OA 2Z23A 5DEXB 4G68C 3EQ1A 2ZYNA 1Z7ME 1B7UA 1SDXA 2D21A 3G7WA 5CMBA 4IO4A 4ESWA 3SEYA 5AA2D 1A54A 2DXYA 3TODA 2DWJA 3CR9A 3MQ9A 3S9MC 1I6AA 4GF8A 4ESXA 1OIBA 1B5HA 1IQ7A 3PV0E 3PAMA 2UVJA 3O9PA 2HFBA 2OCUA 1FW0A 1DTGA 4H8IA 4ZZAA 1MXZA 5KDTA 2QS4A 3TELA 3IK6B 3GXAA 3CSBA 1I69A 3PU5A 4KFQA 4DXUA 1UTHA 1VFEA 3G3HA 1NFTA 4EQBA 4OVJA 4FE8A 4OETA 1FCKA 3DP4A 1Q35A 3ZSFA 2XD2A 3SESA 3K02A 1D9YA 1UQWA 3HHGA 3B6WA 2XXWA 1O63A 2Q2CA 4PE5B 5CMMA 5J1DA 2QS1A 1B1HA 4XKRA 2ZYKA 2F35A 4IY5A 1FQCA 3KN3A 3RPWA 2QSXA 5H8HB 4OZ9A 2QS3A 1AH5A 1MPDA 3PPQA 2G29A 4Z0IA 4THIA 2O68A 4F1VA 1IXCA 5AA4B 1H43A 3KN8A 3UA8A 5A5XA 3VVEA 1EZ9A 2VD2A 1Y20A 1P1QA 5DEXA 3U92A 1B0HA 1AL3A 3MZBA 2D3IA 1FTKA 4KHZE 3DRIA 3T96B 1FTJA 2GHBA 1XC1A 2Q9TA 1FQDA 3UP9A 3FUZA 4IO7A 1JEVA 5KCJB 3LSXA 4KYDA 4R6KA 4Q5TA 3U1OA 2XXVA 4OTEA 1LFHA 5K2YA 1ZLQA 3BKIB 1ZMGA 4I62A 2Q2AA 5BWJA 2IEEA 1DPPA 1MM7A 2RKMA 3LVUA 3FJGA 2O1LA 1R6ZA 5K2XA 1FTLA 2H5YA 3C36A 4F31B 4F39A 1MXXA 4PETA 5L9SA 3TQWA 4F2QA 4AB5A 3T9UA 4QRZA 2XXTA 3M3KA 2UXAA 3C9HA 2V93A 3O2AA 3PPRA 1QW0A 1B58A 3G3GA 1OLCA 4BLAA 4NTLA 2XXYA 2B3FA 4GXAA 3FIRA 3MZ9A 3RQTA 5H8HA 3H6UA 4LATA 4ZZEA 3DP8A 4U4SA 1SW4A 4BDLA 1PBQA 4OQOA 3JYRA 4HCYA 4YB6A 5CM6A 2P0SA 3IO6A 4RY1A 4OWDA 4HTGA 5AA4A 3O97A 3KG2A 1B3FA 4XKPA 4ZEKA 3H4ZA 2R9JA 3CG1A 2UVHA 1MH4A 4JWOA 3IO4A 3M3LA 1ZIUA 5TPAB 1BLFA 2F7CA 3IX1A 1YPNA 3MP6A 4DIGA 2O69A 3CSGA 3K6VA 1ZKBA 5KCJA 3USDA 4RYAA 3QK6A 5AA3A 3TYHA 5ITPA 3UK4A 5M2VA 1XT8A 4JWXA 2WOKA 3WAEA 1SW2A 1Y9UA 3VVDA 4R2FA 2HXWA 3G3JA 2ZMBA 4OFLA 4RA1A 5CRYA 1GTKA 2ZYOA 3RN8A 3DRHA 1ELJA 4X1BA 5CBRA 3HN0A 4WKMA 4N07A 2ESNA 1QVSA 2DOJA 1S50A 1KWHA 3S9EA 3KGCA 3FJ7A 4GVOA 1Y3PA 4QFKA 1IXGA 3SEVA 4H6DA 1Y3QA 2YPNA 4HW8A 1O64A 1H44A 4ZEDA 2V3TA 3P7IA 4BDOA 4F1UA 1D4NA 4KI0E 4R9GA 5CI5A 2E1SA 3ODBA 1WVJA 2DVZA 2DS9A 3HV1A 2NVUB 1H3DA 4FECA 3TTKA 1GR2A 1RKMA 4DCYA 5I2NB 3PD9A 3PMWA 2OWTA 4DZ1A 1FQBA 3UN6A 3RYBA 3KSXA 4NEDA 5ISUA 1ZU0A 3C31A 1A7LA 1ATGA 4L17A 2FA7A 3H6WA 4FEDA 3O6HA 3THIA 5ICQA 3RTFB 4NF8B 3KBRA 1XHYA 2BJJX 3WAFA 4C0RA 1MM6A 4ZDMA 2WOLA 3N26A 1B0LA 4KYSA 2RCBA 1T0KA 1WODA 1UIVA 4Q0CA 4PFWA 1CE2A 4H8JA 3PMVA 2KLFA 1MS7A 2VOZA 2ZXTA 1BKAA 4IY6A 3W15C 1JVXA 2IA4A 2DSFA 3TCHA 4OXVA 3CRBA 1II5A 2O6AA 2Y7RA 1URDA 2PT1A 3H7MA 4HS7A 3M3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JWYA 3QAXA 3BBRA 3FXQA 1MPBA 2P2AA 1H76A 1KA1A 3Q26A 4R72A 2XXQA 4ZS9A 3RLFE 4KYEA 4PFTA 3E9XA 1FQAA 2ZYMA 4ZE8A 4LONB 1EU8A 4GX3A 4ECFA 1NMUA 1P1WA 4AB6A 4MNIA 1USYH 1OMPA 3FV2A 1LFIA 4ELPA 3RTWB 5I2NA 4JDFA 1OVTA 4X04A 1G0HA 3SEWA 2XX7A 3IJXB 4Q30B 2Z8EA 1LB8A 1QKAA 2QVUA 2RC9A 1MQGA 3S4UA 3IFAA 4P8BA 1DMBA 1FQFA 3W9WA 4N13A 3C35A 1FPDA 2I3WA 3OXNA 1P1NA 5A5XB 4EQ9A 5DVFA 4NF8A 1N76A 4XXUA 1N7XA 3RUMA 1FJ6A 1LAGE 4R6HA 2XXPA 5KZTA 4G68B 1YAEA 2XXHA 4PGPA 1B5IA 3PUZE 3VDFA 5EHMA 1O7TA 3K0VA 5IZ3B 5I59B 2A5SA 3C33A 1MQJA 4IR8A 4MEVA 4OEUA 2OBGA 4RXLA 4PFYA 1A55A 1JEUA 4YB5A 2WBBA 3TKDA 1NNTA 4F19A 2QRYA 4I3YA 4JB7A 1SYHA 3ILUB 2WX9A 3FXRA 1JETA 2XXXA 2HAVA 4P56A 2P3VA 4PBQA 4DCXA 4YKIA 3PD8A 1NV4A 2PBWA 4EDPA 1LGBC 4HE1A 4OVRA 4F3BA 2B3BA 3ONMA 2DXRA 3R6UA 1OVBA 1EH3A 5ET5A 1LB9A 3H06B 3RY3A 4AS5A 1SBPA 2DWHA 3EHTA 3N6TA 1NV7A 2A5TB 3KSJA 4EXKA 1NH8A 4YKPA 3D4GA 3U93A 3OENA 3V8XB 1IMBA 2QPQA 3OOAA 4R74A 1B3GA 2HQ0A 3VLWA 3PPNA 4I8CA 5LOMA 2ZZWA 4F1YA 4H5FA 1B32A 4KD5A 1Y1MA 3AXFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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