3KN3A

Crystal structure of lysr substrate binding domain (25-263) of putative periplasmic protein from wolinella succinogenes
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
AAELRMATTTSTDNTGLLDVLAPAYKKDTGVDLKWVAVGTGNALKLGENCDVDVVFVHAPKVELEYVEKGFGIDRTPVMYNDFVIIGNPSFKQKFTGMSVAEAFKLIEKEQVKFVSRGDKSGTHSKEREVWKEALGKIPEKESWYIEAGQGMLATINIAEEQKGLTLTDRGTFIKYESNHKGKPPMVIVLEGDNTLKNFYSIMAVNPKRCEKADYKGAKQFIDWIVSEKMQAEIANF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Wolinella succinogenes
publication title Crystal Structure of LysR Substrate Binding Domain from Wolinella succinogenes
rcsb
molecule keywords PUTATIVE PERIPLASMIC PROTEIN
total genus 79
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kn3A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kn3A02
2XXXA 1H44A 4IY6A 1FQAA 2DE4A 2XXUA 1ANFA 3H3GA 3N94A 2R6GE 4IO7A 5DVIA 4YZZA 2CZLA 2GFEA 1MQHA 4QFLA 4DDDA 4H0WA 2DE2A 4FJPA 1TT1A 4MLVA 4XKPA 3FJMA 4P11A 2I0BA 3MBPA 3UIFA 1SI1A 4NF5A 4N07A 1ATGA 2F6GA 1MS7A 1NL5A 4OHNA 2OZZA 2ALUA 2VOZA 1VFEA 1YCJA 3S9MC 4NF4B 3O6IA 4RNSA 1F9BA 1IIWA 1UIUA 4KI0E 2UVHA 5A5XA 3QUJA 4YB6A 5CBRA 3ODBA 1YPNA 4JWOA 4KYEA 3KOSA 4Q5TA 3E4RA 1MXUA 3TTLA 2ONRA 3H6WA 2Q2CA 5I56A 2XX8A 4QRZA 1Y4CA 4WKMA 3FVNA 3GLBA 1JVXA 5I2KA 1HSEA 2HCAA 4ONYA 3KSJA 5L9SA 5CC2A 3LBSA 2I3VA 3ECRA 1LLSA 4HW8A 4RPNA 3MZBA 3VXCA 1MH3A 3LUYA 4N6PA 4ELRA 3R6UA 1Z7NE 2Y7IA 2REJA 1I6AA 3K00A 2Y84A 4RK9A 2F36A 5BWJA 3IK6B 3VLWA 2HQ0A 5TU0A 3K0VA 3W9WA 3TFLA 4HCWA 1BTJA 3TYHA 1WVJA 3JV9A 5FHNA 2ZYKA 4PQJA 1UTBA 4LONB 1FQDA 2HZKA 4F3GA 1PBPA 2ZNTA 5DYHA 5CMMA 4LATA 2OWSA 3G7WA 1MPBA 1NH8A 5AA3A 3HSTA 5FHMA 4F2OA 1XOCA 1B4ZA 4F31B 2O68A 1ZBMA 1DTZA 2ONKE 4KD5A 5FHOA 1USYE 2DXYA 3FVOA 5AA2A 4ESXA 1FTMA 3O66A 3C31A 2DWJA 4I62A 3OXNA 2V3QA 1LGBC 1JQFA 2FYIA 3G3HA 1POTA 3KFMA 2X26A 1GV8A 3MVZA 1A55A 4ISUA 4GL8A 5JEIA 4QFNA 1T0KA 4H8IA 3SDFA 1XS5A 1B51A 3DP4A 3MWBA 3WAFA 1D9YA 3K6XA 1XVXA 4RA1A 3EPEA 3IOUA 2PMSA 3N26A 1MDQA 1GTKA 3TQWA 1UTHA 2P0SA 3PMWA 4ECFA 4R6YA 1N0TA 3FJ7A 3G3IA 4DZ1A 4X48A 3QSLA 2VGQA 1MXYA 1UIVA 2GH9A 2Z8DA 1MXZA 3MW0A 4EF2A 1URGA 1B40A 3PUWE 2YPNA 3PD9A 4NWCA 3ZKKA 3O6GA 2Q89A 2Y7KA 3DELB 4LA9A 4XKNA 5EHSA 2F34A 3TMGA 2RCBA 2UVJA 1OQHA 3PU5A 4OFLA 3U94A 3MC2A 4ZEKA 3MVYA 2OJTA 2F7CA 1BLFA 2ANJA 4TQUQ 2V3UA 3SEVA 3K1NA 1CE2A 1LBBA 4E0WA 4TOZA 1DTGA 3SEYA 2HFBA 4F3PA 2NXOA 4NEDA 1LSTA 5HPQA 3VLVA 2FA7A 2Y7RA 4Z7EA 4QSDA 2XD3A 1P1OA 2F78A 3Q27A 5CMCA 4G8MA 4TLLB 1VSOA 3M8UA 3M3LA 3MQ9A 2LAOA 4RPOA 3MP6A 1Q35A 4AQ4A 3FASA 4YB5A 4C1TA 1OVBA 2Z8FA 1JW1A 3BBRA 1QVSA 2THIA 4EF1A 3BKIB 5H8QB 1R6ZA 1DSNA 3P7IA 3I3VA 1DOTA 1MY2A 3R7XA 3IOVA 3T9HB 1A40A 3UP9A 5JK4A 3UORA 1Z7ME 4BDOA 3OELA 1PB9A 3DLNA 4KCDA 1B7HA 2OWTA 5AA4A 4KYDA 2ESNA 1IZ1A 4EDPA 3ZSFA 5CRYA 4JSDA 3IJXB 2UXAA 1B3EA 3JYRA 3RGYA 5HBCA 1LAFE 1P1NA 4MLQA 4R6KA 3A09A 2H25A 4DE8A 5H8NA 3FD3A 3UA8A 4OERA 3T93B 2I6EA 3G3FA 3IR1A 4R73A 5H8HA 4NF8A 1BKAA 3PV0E 2ABHA 3MZ1A 3PPRA 5DVFA 4ZEIA 4G2ZA 4G68C 4H65A 4C0RA 4FEDA 1IXIA 2H98A 2Z8EA 1D4NA 1N3XA 3ZKLA 1YTVA 2O51A 2NWJA 1FQEA 4G8HA 2R9JA 5EHMA 1EZ9A 3Q29A 2F6PA 2XXRA 3HHFA 3IO6A 1A7LA 2AL5A 3ONMA 2O7UA 3OO9A 1N7WA 5I59B 2DS9A 4BDNA 3C32A 3KJ7A 1USYH 4R72A 4R9FA 4U2RA 5I56B 3RY3A 2A5SA 2ZXTA 1SBPA 2AYSA 3A3CA 1MY3A 5I2KB 3TTMA 2P1SA 2DWHA 1MY1A 1RKMA 4OYVA 2RKMA 3C33A 1GVCA 1Y9UA 4NWDA 3KN8A 5DEXA 3PPOA 3L6GA 1URDA 3TZAA 2VHAA 1MM6A 1II5A 3MP8A 3CFZA 4F18A 4FIMA 4G77A 2PVUA 1LAGE 4QF9A 4HTGA 1NFTA 1WDNA 2D21A 4L17A 4MF3A 3AXFA 3CG1A 1Y1ZA 5B7DA 2M8CA 4X9TA 5JTYA 3USDA 1GR2A 3VVEA 3MAMA 5L9OA 4RK2A 4XTCQ 1MXXA 4C1UA 1OLCA 1UTBB 2F7BA 2QSXA 4NTLA 2HEUA 4PFYA 1D3KA 1N84A 3U93A 3OEKA 3KZGA 1B4HA 3PUXE 3K4UA 4GOTA 3CSBA 4F39A 5DVJA 1MY0A 1FTOA 1AIVA 1P1WA 4IB2A 3DP6A 1EZPA 3E13X 3SEWA 1B32A 2QMXA 4KYSA 5I59A 3VFJA 4OXVA 3LSXA 1PBQA 5AA2B 4YMAA 2UYFA 2VD2A 2I4BA 4POXA 4H5FA 1IXHA 3Q25A 5AA2D 4RY1A 4F1YA 1Y1MA 2O7IA 2PT2A 4IGTA 3S2VA 3TTKA 3K1MA 1B1HA 4GD5A 3FXUA 3VLUA 3T9UA 3TDJA 1LAHE 3K6VA 4U4SA 5CM6A 4PE5B 3PPNA 1JW4A 4OTEA 4F22A 1MRPA 1MQIA 4F29A 3PD8A 4F3BA 5FTIA 1QJMA 5IKBA 3JZJA 4M1VA 2XXIA 3CRBA 3D4GA 4M4GA 2Q8JA 1UTHB 1MDP1 1NKXA 3MVWA 2QL3A 4MFIA 3GZGA 3MPLA 4XXUA 2RF1A 1XVYA 1MQDA 4DLDA 2RCAA 2F5XA 1ZU0A 3TTRA 3T96B 2YJPA 3S9EA 4R74A 3H7MA 5I58B 2ZNUA 3UN6A 2QMWA 3S9LC 3TELA 1SVXB 5CMKA 3SESA 1IQ7A 3EHSA 3IOWA 4GLIA 4PETA 3CG3A 1NNFA 3CFLA 4IO6A 3Q28A 5KDTB 3RLFE 2H99A 3MP1A 5L8DA 4QSCA 5CBSA 2WKYA 3O29A 4QFKA 2QS4A 3HO7A 2QPQA 4GL0A 1FQFA 3K1PA 3L6HA 2HXWA 3RQTA 3ZS6A 3T9VA 4MBPA 2XXTA 5M2VA 1US5A 3GBAA 4ZECA 4U21A 3IB2A 4PFUA 1FTLA 1MH4A 3QK6A 3HCQA 5BUUA 2DE3A 2NVUB 3QYTA 4PP0A 3MJNA 5K2YA 1SW2A 2D3IA 1ZLQA 4FORA 1MQJA 1JEUA 1YAEA 1WODA 1B3HA 4JWXA 1XHYA 3C4MA 1I6BA 2DVCA 1PB8A 3SETA 3KSXA 4YMBA 1ZKBA 4ZEDA 4EXLA 2QS1A 3FATA 2I4CA 1A54A 1O64A 2B3BA 3H6TA 4DXBA 1NNKA 1ZTYA 4F2QA 4K3FA 1VE4A 1JETA 4GIZA 4UA8A 4LQ2A 5I58A 3C34A 1SYHA 1LB8A 3V5AA 4F1UA 1B9JA 2KLFA 2OBGA 3G3KA 3B6TA 1B5HA 2AIXA 5AA4B 4NMYA 1MPDA 1Q1KA 2QJEA 1P1UA 2BJJX 1MPCA 3TPAA 4R75A 5KDTA 3F11A 4BDRA 3W9VA 1QKAA 3H06B 3PMVA 3VV5A 2NOOA 4ZE8A 4DCYA 3TQLA 4P0GA 3KN3A 4RJZA 2PYYA 3B6QA 4XKRA 4U23A 1NH7A 5H8NB 4GXSB 3MPKA 1J1NA 2X7PA 4U4XA 3THIA 2Z23A 5AA1A 1DMBA 5H8HB 3HV1A 4NF8B 3FXQA 1B3LA 1IXCA 2NUVA 3KEIA 4OMBA 2QS3A 4PFWA 3A3UA 3BFUA 3EN3A 2F7AA 1B46A 4PFTA 2GHBA 4OENA 2DOJA 2HAVA 1A8FA 4BLAA 1LCTA 4H8JA 5F1QA 2F35A 4LVQA 2OK2A 3HPIA 4OFJA 3QXMA 1LCFA 4G4PA 4GFRA 2RC9A 1N7XA 1TFDA 2H9BA 3PGFA 5H8FB 4R6HA 4OQOA 2D5WA 1H76A 4YU0A 1NMUA 2XXVA 4ZE9A 5IAIA 3KN7A 4P0IA 3FIRA 3C9HA 4Q30B 3LSFB 3VE1B 1AH5A 3SERA 3CFXA 1SW5A 5LOMA 2UVGA 3M3FA 3O97A 1OIBA 1AL3A 4ZDMA 2DP8A 4KHZE 3OENA 3HN0A 1HSJA 4IO5A 4IGRA 3M3KA 4LZ7A 5DEXB 4RYAA 4YKJA 3RPWA 4EUOA 3K01A 4OESA 4RXLA 3PPQA 5B70A 2B65A 1ELJA 5K2XA 3MUQA 1MXVA 1LFIA 4QFOA 3LSLA 5JTYB 3KBRA 3CIJA 1VR5A 3B7DA 3O2AA 1S9TA 3FUZA 3DM0A 4ZZEA 4OEUA 3T66A 2V25A 4FATA 2HZLA 2V93A 1S50A 4Z0IA 2DSFA 1BIYA 3ILTB 4WEDA 1M5FA 3U1OA 3KG2A 1B0LA 3V8XB 1LFGA 1FQCA 5H8FA 2F8DA 2UVIA 1QKBA 1Y3PA 4R9GA 3SEUA 3TUSA 2OLBA 3D4CA 1M5BA 4R2FA 3V89B 4JSOA 1Y3NA 3PUVE 3FV1A 2XX9A 5L9MA 4IO4A 3IAZA 4KQPA 4AB6A 5CMBA 2XXQA 5I2NA 5TPAA 1ZJLA 4OVJA 4THIA 3TODA 2XX7A 2B3FA 4TLMB 2O1LA 3N5LA 3PUYE 4JB7A 3O9PA 2O69A 3RT8A 4LQ5A 2IEEA 1JNFA 4QFPA 1FTJA 1FCKA 4BDLA 5F7VA 5CI5A 1LB9A 4U22A 2R71A 2O1MA 4X1BA 3SKPA 1DPEA 4G68B 1GGGA 2E1SA 5TP9B 1I69A 3S4UA 1MM7A 5I84A 3QIMA 4IO3A 3DP8A 5I57A 4O3CA 4YKIA 2A5TB 3IB0A 2FNCA 5ELVA 1PEBA 3N6TA 3K2DA 1B1XA 3EHTA 5ICTA 4EQ9A 3RUMA 3RN8A 4ZEBA 1JW5A 4O3AA 3LR1A 2E0SA 2Y7WA 2HAUA 4F19A 3C35A 1RYXA 1MY4A 2CMOA 3G3JA 4F1VA 1SW4A 4YKKA 1B5JA 1R1NA 3TCHA 3MVXA 1FW0A 4ND9A 4F3SA 4NF6A 4JDFA 1CB6A 2OCUA 5KCJB 2F97A 4OWDA 1R9LA 3RTWB 3UK4A 5ITPA 3IO4A 3FVKA 3PPPA 4GRKA 1DPPA 4HCYA 2DYXA 3CVGA 4G8NA 4BDMA 2Q2AA 3KJTA 4LP2B 3PUZE 4EQBA 2ZYNA 2Z22A 2XD2A 1N3WA 4OZ9A 1HSLA 2H5YA 4O3BA 4G68A 3SEXA 2QRYA 5TP9A 3FGSA 3S9NC 3FZVA 3FXRA 2G93A 4JXIA 1NNTA 2Q9TA 1OMPA 3OMBA 1XT8A 1B05A 2A5TA 2DWIA 1MQGA 1SW1A 3ILUB 4DCXA 3B6WA 1B3FA 4EXKA 3OO8A 3N6UA 3E3KA 1LAXA 1I6QA 2VD3A 3VDFA 1B7UA 1JEVA 1IITA 3IL1B 3KOTA 4NF4A 3U8QA 4XIGQ 3W15C 1XC1A 2RINA 1B0HA 1QULA 2ONSA 2ZYOA 5ISUA 1M5EA 5DT6A 4DIGA 3KGCA 3TAJA 5KCJA 1TXFA 4ZZAA 2XXHA 1P99A 3RNNA 1IXGA 1SYIA 3CI8A 4YAHX 1SI0A 2XHDA 4GWOA 3WAEA 3K02A 1ZMGA 1PC3A 2W7YA 3GXAA 1AMFA 4JWYA 2QS2A 1B58A 4ELOA 1FQBA 3OO6A 4NE4A 3TCFA 3OOAA 4H5GA 4ELPA 3GBBA 1OLAA 3H6UA 1MG1A 4LUBA 4YB7A 4ZS9A 4X1DA 2XXPA 1MXWA 5DTBA 1RYOA 2X7QA 3EHUA 3O6HA 3FVGA 5KZTA 4GXAA 1N04A 3BFTA 2DQVA 2XXWA 1B3GA 1US4A 3C36A 4WXJA 4N13A 4Q8RA 1M5CA 3G3GA 4I1DA 5AE4A 4OETA 2Q88A 1R9QA 3R26A 3IOTA 1VFDA 3HHGA 4FECA 2I0CA 2PT1A 2V3TA 4H1XA 4GVOA 1OQGA 1QUIA 2VP1A 2ZYMA 3U72A 3E9XA 3LSWA 2PX1A 4YKPA 1BP5A 1EH3A 4YICA 3IJOB 4POWA 3QUFA 3OD7A 2Y7PA 4GQOA 4KPTA 3CR9A 3H4ZA 5J1DA 1B7ZA 3IORA 1B2HA 3TKDA 1B52A 3I6VA 3OEMA 1N76A 4ELQA 3RT6B 1AOVA 1LFHA 4KR5A 1IEJA 3OO7A 4IO2A 5FTHA 4E0XA 3U92A 3EQ1A 1Y20A 4KCCA 1SD3A 3UGWA 1O7TA 4H6DA 4IY5A 2IA4A 3I5OA 4AB5A 4R2BA 1P1QA 4OFOA 3OSRA 2I3WA 2I48A 4FE8A 4QSEA 3VXBA 2RC7A 1PB7A 2O6AA 1TFAA 1KWHA 1QW0A 2UYEA 4Q0CA 4HS7A 1SQYA 2V84A 3VVDA 4LZ5A 1D9VA 3FV2A 1B6HA 2DVZA 4MH5A 2AL4A 3RTFB 4GF8A 1JVYA 3MZ9A 1EZOA 2DWAA 4QHQA 5I2NB 5TPAB 1TWYA 1NNPA 3T9XB 4I9DA 5H8SA 2I58A 4I8CA 4H67A 2GRVA 5HM4B 4JBZA 4XKQA 5EYFA 1FTKA 2DXRA 1H3DA 1O63A 1POY1 4WEPA 3IB1A 4KFQA 3K6WA 1A8EA 3H6VA 1LBCA 3H03A 4EQ7A 3Q26A 1QUJA 2ZNSA 3IX1A 3CSGA 5I57B 1Y3QA 1Y4TA 5ITOA 2XXYA 3QAXA 3PMXA 2REGA 5ICQA 2GHAA 4U1OA 3TTNA 4ESWA 1L5TA 1PDAA 3TEPA 2H4IA 1A99A 1QUKA 4ZEFA 1EU8A 2RC8A 4BDQA 1B5IA 4NF5B 3O28A 2G29A 1UQWA 1SDXA 3EF7A 3OSQA 5H8QA 4FAJA 4OEVA 1H45A 3LC8A 2I49A 2ZMBA 3TCGA 4LZ8A 2YLNA 5A5XB 2PBWA 1S7YA 1H43A 1IUDA 4DXUA 2P2AA 1M5DA 4FEBA 4NF6B 1URSA 4U1ZA 3K6UA 3VVFA 3V83A 4DXCA 1OVTA 1ZIUA 4UACA 3T22A 3FJGA 2O84X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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