4QFOA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with met-leu
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfoA02
4R72A 3MVXA 2NWJA 3MAMA 5JTYA 5KDTA 4EF2A 4N07A 2QS3A 4H8JA 5H8NA 2B4LA 1UTHA 2Q2AA 1P1UA 2HZLA 2VOZA 4XTCQ 2XXTA 3UP9A 2WOKA 4OESA 5I2KB 3G7WA 1II5A 4PFWA 2XXUA 1OQGA 1O63A 1NKXA 1B0LA 4R6KA 3RN8A 3K1NA 3RY3A 2VHAA 4E0WA 3G3HA 3F11A 1XVYA 1MY2A 4F22A 4BDNA 1A99A 2G29A 3HPIA 3RTFB 4TLMB 3EF7A 1UTBB 3QAXA 5HM4B 1JQFA 1JEUA 3I5OA 3IL1B 1SI1A 3EHSA 5FTHA 1UIUA 2V25A 3SDFA 1MPDA 3MW0A 5FHOA 5A5XB 2X7PA 3MZ9A 4ESXA 3IOWA 3CFLA 2VGQA 3HN0A 1LFHA 2Y84A 4GRKA 3FXUA 3SEYA 1NH7A 2DP8A 4GWOA 4FEBA 1Q35A 4H6DA 4F3SA 1OIBA 1PB8A 5I58A 1DTZA 4KD5A 1M5EA 3LSLA 3GLBA 5AA4A 3TEPA 4ZE9A 2F5XA 1LB9A 1XT8A 4R75A 1YCJA 1SBPA 4ONYA 1O7TA 1IEJA 4EQBA 1WODA 4LA9A 3PUYE 3KEIA 1N76A 4KFQA 4OFLA 2O1LA 2V84A 1M5BA 3TZAA 1T0KA 3TCFA 2VD2A 4WXJA 3D4GA 1B9JA 2LAOA 4LZ7A 3HHGA 3LSWA 1EZOA 1MDQA 1JETA 4RYAA 3SEUA 3A09A 5TPAA 3RGYA 1L5TA 1NL5A 3KN7A 3PUVE 1FTJA 4NF5B 3VLUA 2Q88A 3KZGA 1MY3A 2B3BA 4OXVA 3O6IA 5TP9B 2G93A 4WEPA 1UIVA 4XKRA 4MF3A 3PD9A 4GLIA 3DRKA 3QUJA 2Z8FA 4QSCA 2Y7IA 4MBPA 1JW5A 4NF4B 1P1NA 4NF6B 2O84X 4TQUQ 2FA7A 3PU5A 3QSLA 2Q8JA 4YMBA 5DYHA 1A40A 3TTRA 1YAEA 5I57B 2FNCA 4R6HA 5CI5A 2ZNSA 4NMYA 1FTLA 5I2NB 4ZEFA 1B32A 3O29A 3DRIA 1Y3PA 4DLDA 3B7DA 3FD3A 1TXFA 1EZ9A 1URSA 5HPQA 1B4ZA 1MQJA 1SI0A 3TTMA 2R9JA 3H3GA 2Z22A 5CMKA 2QSXA 2W7YA 4JB7A 3A3CA 2AL5A 4BDQA 1CE2A 2XX7A 4HS7A 2V3QA 5ICQA 5EYFA 5I84A 4YKPA 1S9TA 5LOMA 3U94A 5L9MA 1UTBA 3WAEA 1MQHA 1H44A 2OBGA 2DWAA 5CM6A 4FATA 1B3GA 4YB6A 4OTEA 1IUDA 2P0SA 5CBRA 2XXQA 3S9EA 5A5XA 1WDNA 3C34A 1LGBC 2D5WA 4GFRA 5JTYB 5KDTB 1N3WA 1Z7ME 1SW2A 3ODBA 3RTWB 3VXCA 2R6GE 3TCGA 5H8NB 3QUFA 3PMWA 2DE2A 1UTHB 4ELQA 3MPKA 2V3UA 5L9SA 2O69A 4AB6A 1P1WA 2PT2A 1D9YA 1OVBA 3CSBA 4O3AA 3N5LA 2F97A 2Z8EA 2DVCA 4JXIA 1TT1A 2B65A 3TCHA 3M3KA 1PEBA 3C31A 1A8EA 4OMBA 3EHUA 3KOSA 4C0RA 3IB0A 4EDPA 3PPNA 1RYXA 1XHYA 1LBBA 4MH5A 1MRPA 3MVYA 4PP0A 2DE3A 4KYSA 4KHZE 5FTIA 1FQCA 4ZEIA 4Z7EA 3FASA 4R73A 3FJMA 2V93A 3KJ7A 3MP1A 4ESWA 3MP8A 3PPOA 4YB7A 4GVOA 4H5GA 4GXAA 2WOLA 2QMXA 3M8UA 5I58B 2V3TA 3E3KA 4M4GA 5AA4B 4XKPA 3FXQA 5KCJA 3V5AA 3MQ9A 1B3EA 3R7XA 2I4BA 1WVJA 3E4RA 4F31B 4JSDA 2BJJX 2DWHA 3LSXA 3DRFA 3VFJA 1B4HA 3DRGA 3FTOA 4QSEA 2ABHA 4YMAA 4G68B 5ITOA 3Q26A 3KG2A 4YZZA 1FQAA 3M3LA 1SD3A 1MY4A 3UGWA 2XHDA 3MBPA 5ITPA 2O1MA 2UVJA 3IOVA 4F1UA 3O9PA 5FHMA 2Q9TA 2DE4A 1B3FA 3ZKLA 5TPAB 2DYXA 3UK4A 2GH9A 1ZLQA 2O6AA 5AA2A 3MP6A 4OQOA 5IKBA 1ZKBA 1B58A 4QFNA 1IIWA 4IO2A 3IAZA 4Z0IA 1IZ1A 3K4UA 2O51A 3UIFA 4G4PA 5I56A 4F2OA 4IO3A 1B1HA 2RF1A 1MQGA 2D3IA 2GHAA 2PT1A 4DDDA 1D3KA 1HSJA 3FV2A 1B7HA 1B05A 1DPPA 5I59A 3E9XA 2ZYOA 3JZJA 3JV9A 3K6VA 1LFIA 2IEEA 4RK2A 4LQ2A 4H1XA 2RCAA 3IJXB 3THIA 3DLNA 3DM0A 4IO6A 3IO6A 1MXWA 3EPEA 2QRYA 5JEIA 2PVUA 4MLQA 2UYFA 4JBZA 4IGRA 3KSXA 1MH4A 2H98A 3S2VA 1B3HA 2O7IA 1FTKA 5F7VA 3K0VA 1B3LA 2QL3A 3P7IA 5M2VA 1URDA 3G3KA 1TWYA 3EHTA 2HAUA 3TKDA 4K3FA 4EF1A 1N7XA 1AOVA 1A55A 1O64A 1BTJA 3PMVA 4NE4A 1BIYA 4PFYA 3TTLA 4IO4A 1D4NA 4PQJA 2I58A 3TAJA 3VXBA 3K2DA 4ECFA 3Q28A 4U4XA 1Y4CA 3SETA 4BLAA 2XXHA 4QFLA 3TQWA 2DQVA 4HTGA 3MPLA 2RKMA 1LCFA 3TODA 5CMBA 3C9HA 1Y1ZA 1LBCA 4X1DA 1FTMA 1F9BA 4IY5A 2CMOA 4ZZAA 1SYHA 3LC8A 1B6HA 4KI0E 3IOUA 4GIZA 2XD2A 1ZJLA 3MVZA 2A5TB 3KFMA 3KSJA 1JVYA 4C1UA 3MUQA 3LUYA 1FCKA 1I6AA 3OEKA 2REGA 5AA2D 3VVFA 5ISUA 1OLAA 3HV1A 3VLWA 3T9HB 2ESNA 2I4CA 2QS1A 2DWJA 4G68A 1M5FA 4PETA 2UXAA 4HCYA 5H8FA 3Q27A 4H65A 1USYE 4BDRA 3FXRA 1US4A 4FECA 3PUWE 5H8SA 2NUVA 4U23A 3PPPA 1ZTYA 2XXPA 3SESA 2OWSA 3S9MC 4G8NA 1MPCA 1SVXB 3LSFB 2Z8DA 1EZPA 2UVIA 2UVHA 2Y7RA 4YKKA 2XXXA 2WOPA 3FV1A 3PAMA 4F3GA 4POWA 4F1YA 1B46A 3OD7A 5KCJB 3JYRA 3DP8A 1SW4A 2HFBA 1P1QA 4IO7A 2E0SA 2ANJA 4GL8A 4I9DA 1AL3A 2NVUB 4EXKA 1EH3A 4WKMA 3KJTA 2QS2A 1MDP1 1US5A 4EQ7A 3PPRA 2Y7PA 3FUZA 5B70A 2A5SA 3V89B 2ONSA 3FATA 4RY1A 1N84A 1NNPA 4G8MA 3LBSA 3SKPA 2HQ0A 2AL4A 3C35A 1MG1A 3K1PA 3LR1A 2PMSA 3FVNA 1P1OA 1LCTA 4YAHX 3IJOB 5EHSA 3K01A 3L6GA 3W9WA 3V83A 5AA2B 4ZDMA 2REJA 3H7MA 3IX1A 4G68C 4EQ9A 4WEDA 5I56B 4ZS9A 3IB2A 2ZYNA 4KCDA 1R1NA 3OO8A 3T22A 3OXNA 1Z7NE 1H3DA 3CFXA 5I59B 2Q89A 2DSFA 4X48A 2VP1A 1IXCA 4G2ZA 2DOJA 3MJNA 3CRBA 2OK2A 4M1VA 3Q29A 1XC1A 1GTKA 4U21A 1LAFE 1GR2A 1NNFA 3KOTA 4R6YA 4OHNA 4OERA 3KGCA 2ZNTA 5DTBA 2QPQA 4JDFA 3KN3A 2XXYA 4DZ1A 5F1QA 1XOCA 3HSTA 4G77A 3FVOA 1QUKA 4F3PA 1LAHE 5TU0A 4LP2B 1B51A 1QKAA 1IXHA 4BDLA 1MH3A 4DCXA 3AXFA 4JWYA 2B3FA 3K1MA 2F34A 4UA8A 4RJZA 3T9VA 4DE8A 2DXYA 3LVUA 1URGA 2A5TA 4KYDA 3ONMA 4JWOA 4AB5A 4Q30B 4PE5B 2XX9A 1LB8A 1ZU0A 4KPTA 5EHMA 1ATGA 4ZECA 3ZSFA 1JW4A 2UVGA 1JNFA 4EXLA 3T9XB 3C33A 4N6PA 2X7QA 1JW1A 5CMCA 1I6BA 1PB9A 4E0XA 4BDOA 1R9LA 3RQTA 4KR5A 2Z23A 3RPWA 5H8HA 2ONRA 4IO5A 1NH8A 3C32A 4JWXA 3ILTB 3S9NC 2HAVA 2F36A 2RC7A 3M3FA 2I6EA 1M5DA 3UORA 2ZYKA 3PD8A 1JVXA 2AYSA 1B7UA 2OWTA 2ALUA 1B2HA 1Y4TA 3B6QA 3EQ1A 1HSLA 1SDXA 1ZIUA 1POY1 1H43A 1FW0A 1H76A 4RPNA 3B6WA 2F78A 4GL0A 5FHNA 5H8FB 2OZZA 4BDMA 3H6UA 3TTNA 3I6VA 5B7DA 4IY6A 4RXLA 2ZNUA 1CB6A 5HBCA 5DEXA 4LONB 3PV0E 4TOZA 2YLNA 1RYOA 2GRVA 4F1VA 3R26A 1YTVA 3UA8A 2F7CA 4DXUA 3O66A 4ELPA 1NFTA 5CBSA 1R9QA 1OMPA 3E13X 3CIJA 2Q2CA 2I3WA 3OMBA 2F8DA 2H5YA 2HCAA 3C36A 4U1OA 4ZEBA 2OJTA 1P99A 4XKNA 2F7BA 3K00A 1MM7A 4FORA 4XXUA 1MXZA 1Y3QA 4U2RA 3FZVA 3VDFA 2CZLA 3N94A 1TFAA 4OEUA 4JSOA 1NMUA 3VV5A 2RINA 4FJPA 2P1SA 1I69A 4OYVA 4YKJA 1XS5A 2HZKA 4I62A 3PUZE 5L9OA 2ONKE 1B40A 5KZTA 3DRJA 1VFEA 5H8QA 2DWIA 2PX1A 1MM6A 3QIMA 1DMBA 1ELJA 1GV8A 4NWDA 4HW8A 3CG1A 4QF9A 3VLVA 3QK6A 4RPOA 1ZBMA 4OWDA 3DELB 1MY1A 1MS7A 3O6GA 3CR9A 3I3VA 2H9BA 4QFOA 5DVJA 4I8CA 3TQLA 4F29A 3RT6B 4ND9A 4R2FA 3GBBA 1UQWA 4ELRA 1A7LA 1J1NA 2F35A 3CI8A 1B7ZA 3OSRA 3USDA 1PBQA 1QW0A 4OFJA 4ELOA 2O68A 1GVCA 4NTLA 1MPBA 2XXIA 3ZS6A 1SW5A 3IORA 4OENA 4Q0CA 5CRYA 1QUIA 3DP4A 4P0GA 1FTOA 4YICA 4QSDA 3T9UA 3TMGA 3OO9A 2WKYA 3K6UA 2IA4A 4U4SA 4R9FA 1MQDA 3EN3A 2PYYA 3G3IA 2E1SA 3TFLA 1VSOA 3D4CA 1MQIA 4YU0A 4TLLB 5BUUA 3UN6A 3RLFE 4NF8A 1MXYA 3GXAA 4H67A 3VVDA 1FQDA 3HHFA 3O6PA 3T93B 2OLBA 1LAGE 1PB7A 4QHQA 4I1DA 5AE4A 4LVQA 4RA1A 1Y1MA 2I3VA 5CC2A 4OETA 1RKMA 3H6TA 4XIGQ 3Q25A 4DXCA 2KLFA 1QULA 3RT8A 1DOTA 4O3CA 1D9VA 2RCBA 1I6QA 2I0CA 1MY0A 2YPNA 4F3BA 3HCQA 2Y7WA 3N6UA 1MXXA 1QVSA 5H8HB 3U1OA 3BFUA 3DP6A 4R9GA 3H4ZA 3CSGA 4EUOA 4U22A 2NXOA 2VD3A 1N04A 1R6ZA 3MVWA 3IR1A 1A8FA 2P2AA 3QXMA 3RUMA 3N6TA 3SERA 3OOAA 3IO4A 2YJPA 4KCCA 1IXIA 3T96B 1YPNA 4F19A 1LLSA 1POTA 3TDJA 3O28A 4QFKA 3K02A 3GBAA 1Q1KA 1LAXA 1N0TA 4THIA 2QMWA 2AIXA 3N26A 3H6WA 3OO6A 1DPEA 1A54A 3KBRA 1AIVA 3BFTA 4L17A 3K6XA 1GGGA 3VE1B 4XKQA 1DTGA 5DEXB 2THIA 1M5CA 3CVGA 3KN8A 4DCYA 4HCWA 4ZEDA 1S7YA 2XXWA 1ANFA 1QKBA 3DRHA 3ZKKA 4GQOA 4H8IA 2B4MA 3OEMA 1Y3NA 4O3BA 3HO7A 2NOOA 1SW1A 2F6PA 4NEDA 4ISUA 5I2KA 3FIRA 1ZMGA 1B5JA 4R74A 2Y7KA 3R6UA 3ECRA 3OO7A 4ZZEA 4YKIA 4X9TA 3OENA 3FVGA 2X26A 1QUJA 1SQYA 3G3FA 4OVJA 3CHGA 5K2XA 2QS4A 3C4MA 3WAFA 3CFZA 2DXRA 3PPQA 5AA1A 3PMXA 1OVTA 3QYTA 1B52A 4MLVA 3PGFA 3U72A 3L6HA 3FGSA 4LATA 4MFIA 3H6VA 3U93A 1EU8A 4POXA 5H8QB 3TPAA 2QJEA 2H99A 4YB5A 1Y9UA 3MC2A 4G8HA 3U92A 3FJGA 3MWBA 2XX8A 4FIMA 1OLCA 1VR5A 4LUBA 4DIGA 4FEDA 3BBRA 3O2AA 3MZ1A 4Q8RA 5BWJA 2HXWA 1NNKA 1BLFA 3O97A 1B0HA 1FQFA 4F18A 4GOTA 2OCUA 5AA3A 5CMMA 5ICTA 1AH5A 2DS9A 5J1DA 4C1TA 4LZ8A 2RC8A 4NWCA 4KQPA 1FQEA 4RNSA 3OSQA 4ZEKA 1PC3A 4N13A 1FQBA 1KWHA 3G3GA 2ZXTA 1BKAA 1PDAA 1NNTA 3O6HA 3TUSA 1PBPA 3PUXE 3SEXA 4DXBA 2HEUA 4PFUA 4PFTA 4P11A 3TELA 4U1ZA 4RK9A 1TFDA 4OZ9A 4KYEA 3RYAA 4F2QA 1MXVA 3IB1A 4LQ5A 3U8QA 1SYIA 2F6GA 2ZYMA 2GFEA 3A3UA 4IB2A 4GF8A 1IQ7A 3T66A 1XVXA 3OELA 1MXUA 4NF8B 1B5HA 2FYIA 4R2BA 3W9VA 3CG3A 4GD5A 4Q5TA 4NF5A 1QJMA 2ZMBA 2D21A 4X1BA 1LFGA 3RNNA 1HSEA 5DVFA 5TP9A 3TYHA 5L8DA 3FJ7A 2XXVA 4F39A 1JEVA 2R71A 2H4IA 1Y20A 5IAIA 3IOTA 1H45A 1B1XA 3BKIB 1OQHA 3S9LC 4NF4A 3MZBA 4QFPA 4GXSB 4NF6A 1B5IA 2DVZA 1IXGA 3S4UA 3SEVA 1N3XA 1USYH 1BP5A 4H5FA 5K2YA 5I57A 3RYBA 3G3JA 5ELVA 5DT6A 2I49A 4UACA 5I2NA 2I48A 3IK6B 3H06B 3ILUB 2O7UA 3W15C 3B6TA 3GZGA 4IGTA 3FVKA 4AQ4A 1N7WA 4OFOA 1IITA 5JK4A 1DSNA 4QRZA 2F7AA 2M8CA 4FE8A 2RC9A 3H03A 3TTKA 2UYEA 4H0WA 3VVEA 3K6WA 2GHBA 2XD3A 4ZE8A 2PBWA 3SEWA 3V8XB 4OEVA 1S50A 4P0IA 1VFDA 2I0BA 1LSTA 1AMFA 4LZ5A 2H25A 1VE4A 4FAJA 5DVIA 2XXRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R72A 3MVXA 2NWJA 3MAMA 4N8YA 5JTYA 4PFRA 4EF2A 5KDTA 4N07A 2QS3A 4H8JA 5H8NA 2B4LA 1UTHA 2Q2AA 1P1UA 2HZLA 2VOZA 4XTCQ 2XXTA 4MNCA 3UP9A 2WOKA 4OESA 5I2KB 3G7WA 1II5A 4MNIA 4PFWA 2XXUA 1OQGA 1O63A 1NKXA 1B0LA 4R6KA 4OANA 3RN8A 2QVRA 3K1NA 3RY3A 2VHAA 4E0WA 3HFUA 3G3HA 3F11A 1XVYA 1MY2A 4F22A 2V4CA 4BDNA 1A99A 2G29A 3HPIA 3RTFB 4TLMB 3EF7A 1UTBB 3QAXA 5HM4B 1JQFA 1JEUA 3I5OA 3IL1B 1SI1A 3EHSA 5FTHA 1NV6A 1UIUA 2V25A 4LN5A 3SDFA 1MPDA 3MW0A 5FHOA 5A5XB 2X7PA 3MZ9A 4ESXA 3IOWA 3CFLA 2VGQA 3HN0A 1LFHA 1XI6A 2Y84A 4P8BA 1FJ6A 4GRKA 3FXUA 3SEYA 5LTCA 1NH7A 2DP8A 2WX9A 5EQ7A 4GWOA 4FEBA 1Q35A 4H6DA 4F3SA 1OIBA 1PB8A 4N81A 2VPOA 4PAIA 5I58A 1DTZA 4N8GA 3LV0A 4KD5A 1M5EA 3LSLA 3GLBA 5AA4A 3TEPA 4ZE9A 4O94A 2F5XA 1G0HA 1LB9A 1XT8A 4R75A 1YCJA 1SBPA 4ONYA 1O7TA 1IEJA 4EQBA 4OVSA 1WODA 4LA9A 4P3LA 3PUYE 3KEIA 1N76A 4KFQA 4OFLA 2O1LA 3RPLA 2V84A 2JJKA 1M5BA 1FPDA 3TZAA 1T0KA 3TCFA 2VD2A 4WXJA 3D4GA 1B9JA 2LAOA 4LZ7A 3HHGA 3LSWA 1EZOA 1FPIA 1JETA 1MDQA 4RYAA 3SEUA 2XWOA 3A09A 5TPAA 3RGYA 1L5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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