4QFOA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with met-leu
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfoA02
2ZYNA 4GIZA 4EQ9A 4ZDMA 2H9BA 3KSJA 1B52A 5I2NA 3FXQA 4P0GA 4AB6A 3PUXE 2DE4A 1QUIA 3IJXB 1JVXA 4FATA 4DE8A 4Z0IA 4IY6A 1UIVA 4KYDA 1YTVA 5ICQA 1Y3NA 1MPBA 3UGWA 2AL5A 4I62A 4HW8A 1ZKBA 5B70A 3IO6A 1SYIA 2RCAA 1URSA 1B51A 3O66A 2UYFA 3GLBA 4KR5A 4N6PA 1NH7A 4GXSB 2V3TA 4H67A 3CHGA 1DTZA 2PMSA 4GD5A 1B0LA 3KJTA 3SEXA 1N84A 2HCAA 3ODBA 4MLQA 5DEXB 1H44A 2ALUA 4QFKA 1FTOA 4GVOA 2OJTA 2G29A 3C31A 4H8IA 2DWIA 4OTEA 3T96B 4BDLA 2HFBA 4RNSA 1UTHB 2PYYA 2FYIA 1B0HA 1FTKA 2XHDA 1ELJA 2XXXA 3RLFE 4RA1A 3QIMA 3PUWE 4OVJA 1B5IA 2QS1A 4FEBA 1TFAA 3QK6A 4YB7A 3G3JA 4NMYA 1Y3PA 5BUUA 5JTYB 1MY2A 2XX7A 3H3GA 2DVZA 3IK6B 4Q5TA 4RJZA 3RQTA 2ZYMA 4PP0A 1DPPA 4DXUA 1A54A 3PUYE 1A40A 1S7YA 1D3KA 1ZIUA 4X48A 1TWYA 2Z8DA 4KI0E 1VR5A 1FQDA 2O6AA 2AIXA 3Q29A 4F31B 3O6PA 2I0CA 2WOKA 2OBGA 3H03A 3ONMA 3FD3A 3EQ1A 2O1MA 1VE4A 3TTMA 5F7VA 3HN0A 3C32A 5H8SA 1O7TA 3THIA 4I9DA 5EHMA 3IB2A 2O1LA 4XIGQ 3UA8A 2HAUA 3S9MC 1MPCA 3FJ7A 3S9NC 4PFYA 4YICA 2F6PA 4G68B 1LFHA 3U8QA 2V84A 4ELRA 2DS9A 4NF5B 5HPQA 1MY0A 3EHSA 4F1UA 1POY1 2X26A 5FHNA 3TPAA 1ZU0A 1B2HA 1GV8A 4QSDA 4XXUA 3WAEA 3K6WA 4ZE8A 1NNKA 4F3BA 1II5A 3FUZA 4PFWA 4YB6A 2XXQA 1RYXA 3DELB 3MVZA 2I3VA 1QVSA 4GL8A 3TTLA 2XXYA 1H43A 1UTBB 4H5GA 4QFLA 3OXNA 3RPWA 2Q89A 4WXJA 5AA2A 2F6GA 3HCQA 2REGA 4BLAA 3TTNA 4DXBA 3C9HA 3K00A 4LP2B 3SDFA 1JW4A 3HV1A 5IAIA 3SKPA 2ZNTA 3K0VA 2FA7A 1MXXA 4U23A 3MJNA 3QAXA 5ICTA 1JEVA 3M3LA 1P1QA 1LSTA 2WOLA 3IL1B 5I2KA 2CMOA 4EDPA 3GBBA 2QS2A 2O7IA 1Y3QA 1UQWA 1HSEA 5FHMA 2QPQA 3H6VA 3UORA 4OEVA 3UP9A 2F7BA 2Y84A 3L6GA 2B3FA 1XS5A 4GXAA 3TAJA 4LZ8A 3FVKA 1SW1A 3ILUB 1ANFA 3O6GA 1D9YA 5K2XA 5H8NA 2V3QA 4TOZA 2F35A 2QRYA 3IOWA 3PV0E 3Q27A 4LQ5A 3UN6A 3HHFA 1MPDA 5CMKA 2UVJA 4ZEDA 3VVEA 3EHUA 4DXCA 1MXWA 3ZKLA 3JV9A 5I2NB 1XVYA 3KGCA 1JVYA 3PUVE 3TZAA 4GOTA 2RCBA 1ZJLA 3CG3A 2Y7PA 1IIWA 3Q26A 3LUYA 3UK4A 4NF6B 5AA2D 4ZEIA 2DWHA 4QSCA 4GWOA 2UYEA 5DYHA 1B5JA 3RY3A 2ZYKA 2Q9TA 1SD3A 3TMGA 4IO7A 3H6TA 3E3KA 2ESNA 3OD7A 4F18A 1SBPA 3N94A 1YAEA 2YLNA 5JEIA 1BTJA 3TELA 3FXRA 4E0XA 4BDMA 1WDNA 4OXVA 2REJA 1F9BA 4DLDA 1N0TA 4ZZEA 2NVUB 3LVUA 4IO3A 4EQ7A 4OFOA 4OENA 3D4GA 4HCYA 4IB2A 4JBZA 3PAMA 3TTKA 3MZ1A 3KN8A 3FV2A 1URGA 1RKMA 3FZVA 1A8EA 3OEKA 3SEWA 4G2ZA 1R6ZA 4XKQA 4R6KA 4NF8A 1JEUA 4H65A 2O84X 4F19A 1LCFA 2YPNA 4G68C 3VXBA 3OO6A 2B3BA 1PEBA 4IGRA 5H8FB 3VVFA 1N3XA 3MP6A 4NEDA 2F8DA 3U72A 1RYOA 2XXWA 5EYFA 2A5SA 3IOUA 3PPRA 3KN7A 1UIUA 3V5AA 1Y9UA 1DSNA 4OQOA 1PB7A 2E1SA 4OWDA 4YMAA 3PPNA 4OETA 2F78A 4F1YA 1QJMA 3F11A 5FHOA 1B9JA 1M5BA 1ZMGA 3TTRA 2XXUA 1FCKA 3RTWB 1FQFA 1MH3A 3DRHA 3CSGA 1B3GA 2Z22A 1AL3A 2QJEA 4PFUA 5IKBA 3N5LA 1B7HA 4TLLB 5I58B 2XXPA 5CMCA 1US5A 1J1NA 3E4RA 4LONB 4X1BA 1MY4A 1OMPA 3N6TA 4YKJA 5ITPA 1MY3A 3CFLA 3DRFA 2I0BA 4NTLA 4OERA 1NNPA 1HSLA 4TLMB 4R9GA 5L8DA 2Q88A 2UXAA 4YMBA 1FQEA 4TQUQ 3TDJA 1IEJA 3M8UA 1M5FA 1B7ZA 3OO9A 2OWTA 3VXCA 2QS4A 1ATGA 4G77A 4KPTA 3CFZA 3U94A 5KZTA 1XHYA 3K6UA 1SVXB 4JSDA 3KEIA 5KDTA 3BFUA 3M3KA 3MAMA 1SQYA 4P0IA 3MC2A 3CG1A 3K6XA 5AA2B 4AB5A 1PB8A 3E9XA 4OHNA 4O3AA 3VVDA 3K01A 4E0WA 2ZMBA 1H45A 4U1OA 4UA8A 2I49A 2P0SA 3FIRA 3MVWA 4GF8A 3CFXA 5CBRA 3H06B 2BJJX 3G3HA 3Q25A 1BIYA 2HZLA 2DE3A 4KQPA 2HQ0A 4DCXA 3MBPA 1KWHA 3PMWA 3B7DA 2X7QA 3CR9A 5K2YA 2I4BA 1MG1A 5I2KB 3SEUA 2UVHA 4LATA 4EXLA 4OFLA 1D4NA 1GTKA 4ESXA 3O6HA 3RTFB 3SETA 1N04A 1N3WA 3M3FA 2XX9A 1FTLA 1MQGA 4FECA 2QMWA 4PETA 1LBCA 4YZZA 1I69A 1R9QA 3K02A 3PPPA 4I8CA 4FJPA 3IB1A 1O63A 5ITOA 3MVXA 1BLFA 4H8JA 5H8NB 1N7WA 4I1DA 5I57A 4MLVA 2AL4A 4FIMA 4G8NA 3KJ7A 4O3CA 4P11A 2O69A 4DDDA 1CB6A 2OK2A 5JK4A 1TT1A 1B7UA 2XD3A 1MRPA 5ISUA 4ONYA 3KSXA 3FGSA 3W9VA 3RN8A 3LBSA 3TCGA 3PMXA 2HXWA 2VHAA 5BWJA 3KOSA 1N76A 2QL3A 4OFJA 3Q28A 1H3DA 1P99A 1SW4A 3KOTA 3EPEA 2Z8FA 2H4IA 3KFMA 2RINA 3N6UA 2W7YA 4ISUA 3I6VA 3T9XB 4FORA 3T22A 1USYH 5CM6A 4XKRA 3LSWA 3CSBA 1MY1A 4HCWA 2R9JA 2F7AA 3TODA 4U4XA 3V83A 3S4UA 5M2VA 5DTBA 2WOPA 4EXKA 3OSQA 3TFLA 2XXRA 4F22A 1VFDA 2NWJA 3IOVA 1PBQA 1LGBC 1MH4A 4GLIA 3K1NA 3VLVA 3GXAA 2GH9A 4IO5A 3LR1A 1LAXA 2F36A 3O2AA 4NF8B 2G93A 2QSXA 3MPKA 2DXRA 3MUQA 1D9VA 2ZNSA 3PPQA 1SDXA 3K6VA 4IO2A 3VDFA 3FJMA 3TYHA 3H4ZA 1IXIA 4X9TA 3LSLA 3JZJA 2O68A 3R6UA 2OWSA 4RPNA 4KD5A 2RC9A 4KCCA 2PX1A 2IEEA 4KYEA 1QKAA 4BDQA 3C34A 2GRVA 1CE2A 2ABHA 1B3FA 3H6UA 2HZKA 3FASA 2P2AA 4LVQA 3TQWA 4F1VA 1B3EA 1LLSA 2XXHA 1B4HA 3DM0A 3K1MA 5A5XB 1ZTYA 4WKMA 2VD2A 4BDNA 5HBCA 3MZ9A 3QYTA 3O9PA 3UIFA 2F7CA 1Z7NE 5I56A 4NWDA 4WEPA 1LFIA 1ZBMA 2P1SA 3VFJA 1Y4CA 3MP8A 1Y1MA 3DP4A 1A99A 3MWBA 4H6DA 4C1UA 1NMUA 1S50A 5L9OA 4KHZE 2Y7RA 3ECRA 3KG2A 4LZ7A 4G68A 4Z7EA 1NKXA 4PFTA 4QRZA 1QULA 4RPOA 3QUFA 3IORA 4OYVA 4QFNA 3MZBA 3CVGA 4ELOA 3C4MA 3QSLA 4QFPA 5TP9A 2FNCA 1A7LA 4H0WA 3OELA 4QFOA 4PE5B 3T9VA 4K3FA 2GFEA 1VSOA 1FQBA 5AA3A 1OVBA 2VP1A 2A5TA 5KCJA 1MS7A 4O3BA 3LSXA 4R72A 5L9MA 3RT8A 4C1TA 3IJOB 4GRKA 3SESA 1XT8A 4DZ1A 1ZLQA 3OO7A 4GL0A 3G7WA 1B58A 1MM6A 4KYSA 1IZ1A 4ND9A 3OOAA 2B4LA 2ZXTA 3R7XA 3V89B 1FQAA 4EF2A 4G8HA 5CI5A 1QUJA 1LB9A 1B40A 2PBWA 3TUSA 4AQ4A 3CI8A 4KFQA 3DRGA 4F3GA 4JSOA 4ZECA 2XXIA 2ANJA 2Q8JA 1PB9A 3G3GA 2CZLA 1LB8A 3H7MA 3ZS6A 5CBSA 3VE1B 1EH3A 2Q2CA 5TPAA 3TQLA 3C33A 5I57B 3FVNA 1VFEA 4JWOA 3SEVA 1B1XA 1IXCA 1NL5A 1PDAA 1MDP1 4JWYA 4MFIA 2DVCA 1US4A 4MH5A 3FVOA 1AIVA 4Q30B 3K1PA 4N13A 3DP8A 5FTIA 3ZKKA 2PT2A 2NOOA 3P7IA 1OLCA 4G8MA 4BDOA 3PU5A 3OO8A 4GFRA 1B32A 5J1DA 5CMMA 2Y7KA 4F3SA 2I6EA 2QMXA 3U1OA 4R74A 3CIJA 4NWCA 2ONRA 3IO4A 3DRIA 1IQ7A 3KN3A 3RGYA 4NF4A 3N26A 1LFGA 5L9SA 1LAFE 2DE2A 1WODA 3D4CA 4KCDA 1NNFA 1BKAA 2IA4A 3IR1A 1EZ9A 4NF6A 4MBPA 4JXIA 1DTGA 4XKNA 1B1HA 5H8HA 4C0RA 2O51A 1MQIA 3AXFA 3I3VA 3CRBA 2RC8A 1DPEA 4QF9A 3KZGA 1AH5A 3JYRA 3BFTA 2H98A 3OSRA 3IB0A 1BP5A 1QW0A 4ZS9A 4GQOA 4R2FA 2DWAA 1FW0A 4U4SA 1AOVA 4ZEKA 5ELVA 3W15C 3FVGA 2B4MA 1B4ZA 2Z8EA 1QUKA 3U93A 2DSFA 4HS7A 3EN3A 2XXVA 1YCJA 1L5TA 5DVJA 1MQHA 3T9HB 4XTCQ 2DQVA 2I4CA 3PPOA 1SW2A 3TKDA 3B6WA 1USYE 4YAHX 1Y1ZA 2O7UA 3VV5A 5H8FA 5TU0A 3K4UA 2D5WA 5HM4B 3OENA 1SYHA 4R6HA 4HTGA 4IO6A 3S2VA 3GZGA 2XD2A 2YJPA 3A3UA 3TCFA 4LZ5A 3VLWA 5DVFA 3ZSFA 3HO7A 3G3KA 3SERA 3MW0A 3W9WA 2DOJA 5I59A 1LAGE 1OVTA 4FAJA 5LOMA 1POTA 5H8QA 1P1OA 5I84A 3B6TA 1EU8A 4THIA 3S9LC 1GR2A 4H5FA 4N07A 1NNTA 3FV1A 2RF1A 4DIGA 4RYAA 3E13X 1FTJA 4FEDA 2PT1A 5AA4A 4ELQA 3MQ9A 2THIA 5I56B 1M5CA 3O28A 1NFTA 2V3UA 4H1XA 1MXYA 1MM7A 2GHBA 1Y20A 5I58A 3DRJA 4ZEFA 3T93B 3HSTA 1B5HA 2XXTA 3K2DA 2V25A 2Y7IA 4RXLA 5FTHA 3IOTA 1MQJA 3FXUA 4U22A 1OLAA 3DP6A 1A8FA 3HHGA 1DMBA 5CC2A 2M8CA 1T0KA 2D3IA 4DCYA 2VGQA 4QSEA 3LSFB 4ECFA 1QKBA 5AA1A 5TP9B 3LC8A 3I5OA 2QS3A 1FQCA 3IAZA 1IXGA 5DT6A 3TEPA 1S9TA 1MXZA 1MQDA 1FTMA 3BBRA 5DEXA 2A5TB 4ESWA 5KCJB 1B3HA 4Q8RA 2F5XA 4XKPA 1JETA 2LAOA 3OMBA 4YKPA 3EHTA 1UTHA 4RY1A 4F2OA 3MP1A 4WEDA 1I6BA 1OQGA 1GGGA 5DVIA 2VOZA 1Q35A 3MVYA 1JQFA 3FTOA 5JTYA 1LAHE 4M4GA 4POWA 3TCHA 4M1VA 4LA9A 1M5DA 3O97A 4Q0CA 1MDQA 3GBAA 3HPIA 2Y7WA 3SEYA 2PVUA 2F34A 3O6IA 1LBBA 1MXVA 1P1NA 2WKYA 3C36A 4OZ9A 4ZEBA 1MXUA 1R1NA 3BKIB 5TPAB 4YU0A 1Q1KA 2RKMA 2DXYA 4YB5A 2DYXA 5AE4A 1M5EA 4IO4A 1SI0A 3B6QA 4YKIA 5F1QA 3O29A 1IUDA 4R2BA 5EHSA 3IX1A 1AMFA 1GVCA 3KBRA 2I3WA 2XX8A 4JDFA 3T9UA 1EZPA 2ZYOA 3H6WA 1EZOA 2B65A 3R26A 3USDA 4F29A 3C35A 3QUJA 1YPNA 2I48A 4X1DA 2OZZA 3U92A 1JW5A 1XC1A 3EF7A 1HSJA 4NF5A 3PMVA 2H99A 4NF4B 1I6AA 1P1WA 3FJGA 2UVGA 1H76A 2X7PA 3PUZE 2OCUA 2F97A 4IY5A 2GHAA 2NXOA 3OEMA 3ILTB 4R73A 4ELPA 4EF1A 1A55A 1B6HA 1DOTA 1TXFA 2DWJA 4G4PA 4R6YA 3WAFA 1IITA 1NH8A 4JWXA 4U21A 2D21A 4JB7A 3A3CA 1OQHA 4OESA 5H8HB 4QHQA 1XOCA 5KDTB 2AYSA 4F2QA 2I58A 2R6GE 3PD9A 3RUMA 2HEUA 1B3LA 3RYAA 3DLNA 5CMBA 4OEUA 4ZE9A 1UTBA 1LCTA 4YKKA 3PGFA 2RC7A 4RK2A 4BDRA 4FE8A 3FATA 1N7XA 3V8XB 3DRKA 4OMBA 1JW1A 4LUBA 3G3IA 2R71A 2UVIA 1WVJA 1TFDA 3S9EA 2VD3A 4U1ZA 4R9FA 4LQ2A 2V93A 3VLUA 1O64A 1IXHA 1B46A 2ONKE 3RT6B 2H5YA 2OLBA 1PBPA 5B7DA 3MPLA 1B05A 1SW5A 1P1UA 1Z7ME 3G3FA 4PQJA 2Q2AA 4UACA 2E0SA 2DP8A 4F3PA 4L17A 2Z23A 4ZZAA 4POXA 4NE4A 1Y4TA 4F39A 2NUVA 3QXMA 5I59B 1R9LA 1URDA 3RYBA 2H25A 2HAVA 1JNFA 4MF3A 4U2RA 3A09A 4R75A 5H8QB 4IGTA 5CRYA 4EQBA 2ZNUA 3T66A 1SI1A 1XVXA 2KLFA 4RK9A 5AA4B 1I6QA 5A5XA 1OIBA 3L6HA 4EUOA 2ONSA 3RNNA 3PD8A 1PC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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