1JEVA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kwk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jevA02
4YMBA 2Q2CA 2ONKE 3G3KA 5CI5A 3MP6A 2QS3A 4P0IA 1QKBA 2BJJX 3G3HA 2V25A 3TODA 3EQ1A 4MF3A 2XHDA 3VVEA 3LVUA 3VVFA 4G8HA 3FJ7A 1N3WA 1PBQA 5I2KB 4LZ7A 3K6WA 1FTKA 4KHZE 3FATA 4GWOA 3FVNA 3S9LC 4F1UA 3BKIB 1T0KA 4IO3A 1FTMA 3G7WA 4KCDA 3OXNA 2UXAA 4MBPA 4OERA 5ICTA 2Z8EA 1H45A 1IZ1A 1S9TA 3FV1A 3KSJA 2I0CA 4KFQA 1Y4CA 3K6UA 4POXA 3PAMA 4XXUA 2P1SA 4O3BA 4E0WA 2QSXA 3H03A 2O7IA 2Y7PA 1R9LA 1MY3A 3SEUA 3OO6A 4BDMA 1A40A 2F5XA 2PMSA 3MJNA 5IAIA 4R9FA 4K3FA 3HHGA 4KQPA 4I8CA 5AA4A 1NMUA 3KN7A 3U72A 2F97A 4R2FA 2RCAA 4H65A 3MVXA 2F7CA 2UVHA 4YKKA 1NNPA 3IOTA 1JW4A 4NF5A 5I84A 5AA2A 3CSBA 3MPLA 4HCWA 3QAXA 4G68C 2H5YA 1KWHA 1LGBC 3FUZA 1VSOA 4ZEKA 4IO7A 3Q27A 1UTHB 1AOVA 3G3IA 1Y3QA 3C32A 1MY0A 3BFTA 2Z8DA 1MS7A 3EHTA 3U8QA 2THIA 2IEEA 4HS7A 3KFMA 4DXCA 3IR1A 3SEVA 1LAHE 1MXYA 4G68B 4ZECA 4FEDA 1Y4TA 1IXCA 1BIYA 2A5TA 3UIFA 2F35A 2FNCA 3CFZA 3TCHA 2GHAA 2V3QA 4RXLA 2DXYA 3R7XA 3MBPA 1M5BA 3LR1A 3K01A 1MQJA 3PMWA 3T93B 1D3KA 1SVXB 4IGRA 3GXAA 3A3UA 1B51A 5KCJB 4DXUA 5CMCA 2I49A 2ONRA 2WKYA 4GL0A 1IXGA 4ZEFA 2M8CA 1Y1MA 3JV9A 1N76A 3MZ1A 4R6KA 5I57B 3UGWA 5JTYA 4H1XA 1Y3NA 5ELVA 1B05A 3MZ9A 1QW0A 2XD2A 4OZ9A 2FYIA 3OO7A 1MY4A 1B1XA 3TQWA 3RQTA 3O6PA 3C34A 3TTMA 1H3DA 3KEIA 4OESA 4HTGA 3TTKA 4X1DA 2I48A 1HSEA 4NF6A 1A55A 1MXVA 4OFLA 1MQDA 4PFUA 3LUYA 4POWA 3AXFA 3CG1A 4LQ2A 1JVYA 2NUVA 1MQHA 5L9SA 1B5HA 2ZNSA 3PMXA 4IO4A 4UA8A 4F19A 2XXXA 3OO8A 4OEVA 4H6DA 1JW5A 3TELA 1MXWA 5H8FB 3FD3A 1URDA 3DP4A 2Y7IA 1MH4A 3KZGA 4OVJA 2XX7A 3W9VA 3RN8A 4WEDA 4F22A 4LATA 3H06B 3PV0E 4U23A 3S2VA 5I58B 5HPQA 2DE3A 1MQIA 3MC2A 5DTBA 4I9DA 4Z7EA 3T22A 1LFIA 2O7UA 2HCAA 3RYAA 2REGA 4F29A 1O64A 3MVWA 1N04A 1OVBA 1MPDA 4NEDA 1LCFA 2G93A 4ZE9A 1POTA 1LFGA 4X48A 1VFEA 2XXPA 2UVJA 5H8SA 4NF8B 2XXIA 1B4HA 1MXUA 4F3SA 2DE2A 3UA8A 5ITPA 4TOZA 2VOZA 4N07A 3N6UA 4F1VA 3MVYA 1YPNA 2DP8A 3TAJA 4PQJA 3CR9A 1NNTA 5TP9A 2Y7KA 1SDXA 2W7YA 4ZEBA 3B6TA 1QUKA 1A8EA 1ZIUA 5A5XA 4OFOA 1QJMA 3B6QA 2Q88A 2QS2A 4R9GA 4H5GA 3PUXE 4DDDA 1Y3PA 3O6GA 4DCYA 3LC8A 1B32A 3EF7A 5I59A 1ZBMA 3O9PA 1FQBA 4OYVA 5TU0A 2I6EA 2X26A 4LONB 3IO4A 5DVJA 2WOKA 1B3GA 3A09A 3OELA 2X7PA 1GGGA 1EZOA 1MQGA 3GLBA 2Q9TA 4ZDMA 5TPAB 4ZEDA 4C0RA 1UTBA 3LBSA 4GD5A 3CHGA 1LAFE 5CC2A 1JEVA 4EDPA 1Y1ZA 2DWAA 1EZPA 3C33A 1FQEA 1N7XA 2Q8JA 3QSLA 4Q5TA 3N6TA 5H8QB 1B5JA 5JK4A 2F34A 4AQ4A 2ZMBA 3LSXA 2QS4A 2DWJA 4MH5A 2QL3A 3ONMA 4FATA 1FQAA 1IXIA 3E9XA 4U4XA 3V83A 1LBBA 4FORA 1R1NA 4YB5A 1I6BA 1LCTA 3R26A 1OMPA 3DELB 2QRYA 4OEUA 4DCXA 4NE4A 1B3LA 1UIUA 2DQVA 3TCFA 1NH7A 4KYDA 3DRJA 3THIA 1ZLQA 1JEUA 2H25A 3OENA 1URGA 1MRPA 2RCBA 3T96B 5EHSA 5CMKA 2RC8A 3IOVA 2F78A 4LVQA 4U4SA 2ZYKA 3OSQA 4R75A 4RNSA 3O97A 3JZJA 2GHBA 1RYXA 1NNKA 5FHNA 4KR5A 3H3GA 3ZKLA 2E0SA 1D9YA 3TCGA 4QFKA 1ZU0A 4ONYA 2V3UA 3TEPA 4H0WA 4X9TA 5ITOA 3ILUB 1B6HA 4HCYA 2O69A 1NH8A 2FA7A 3BBRA 4OHNA 2YJPA 3VVDA 5CM6A 4YAHX 2GH9A 2ZYMA 4IO6A 1H76A 5HM4B 1MY2A 3I6VA 3N94A 2YPNA 4ELOA 4ND9A 1B0LA 3K1NA 3OEMA 1XS5A 4JSOA 1P1QA 4OTEA 3L6GA 1JETA 1NFTA 1QUIA 4C1UA 2A5SA 2XXWA 4NF4A 4NWDA 5ISUA 3CFLA 1MXZA 2OWTA 3QXMA 3MZBA 1RYOA 3FJGA 2DE4A 4OENA 2OJTA 2XXTA 4TQUQ 4UACA 3PUWE 5H8HB 1ZKBA 3DRHA 5LOMA 3RT8A 3IL1B 4YKIA 1Z7ME 3E3KA 5AE4A 3G3JA 3UK4A 2DWHA 4YKPA 1B7UA 1XC1A 1H43A 4YU0A 1SW1A 1WDNA 3DP6A 1DPEA 1HSJA 5AA1A 3HCQA 5HBCA 2HAVA 4MFIA 2E1SA 3O6HA 3M8UA 5H8NA 5I56A 1EH3A 3DRIA 1I6AA 2HZLA 4JWOA 1PDAA 3TMGA 1CB6A 2ONSA 3QYTA 2O6AA 4PP0A 3CRBA 1VE4A 1VR5A 3LSFB 1MH3A 1XT8A 3UORA 3MW0A 5KDTA 4EF1A 2QMWA 1FQCA 1WVJA 3FXQA 4ZEIA 3H7MA 3IB2A 1B40A 2ZYOA 3DM0A 5EHMA 3FXRA 2XXRA 4NWCA 4ELQA 4EUOA 2O51A 3HN0A 5I2NA 3O6IA 4F2OA 4U1ZA 4XKNA 2HEUA 1OIBA 1B3FA 3RPWA 1MM7A 3FJMA 4ELPA 3KN3A 3IX1A 4U22A 4LZ8A 4X1BA 2ALUA 4F1YA 3RT6B 1Z7NE 2OLBA 2VD2A 5F1QA 2QPQA 2GFEA 2PX1A 4U1OA 2DOJA 4ZS9A 4WXJA 3V8XB 1PB8A 1Y9UA 5CBRA 4IY6A 1J1NA 3M3LA 3SKPA 4R6YA 1B5IA 3DLNA 4QRZA 3RUMA 3RGYA 1JQFA 4FEBA 2CZLA 1IIWA 3QIMA 2Q89A 4KYSA 2PBWA 3PU5A 4Z0IA 1L5TA 2NXOA 2PT1A 4QSDA 1N7WA 2DVZA 5L8DA 4YB6A 3TUSA 5B70A 3I3VA 3SEYA 1WODA 3RTWB 5DEXA 1B7HA 4YKJA 3WAFA 3VLUA 4E0XA 1FQDA 1SI0A 2Z23A 3GBAA 3HHFA 2ZNTA 1XVYA 4ESWA 1IEJA 3H6TA 4JWXA 4RK2A 3M3FA 3S9EA 4N6PA 2B4LA 1ANFA 5AA4B 1US5A 2R9JA 4FAJA 4TLLB 3L6HA 3MP1A 1DTZA 1II5A 3DRKA 2I3WA 3CSGA 5FHOA 5FHMA 3M3KA 1Q1KA 3HPIA 3ZKKA 4NF5B 5AA2B 3ILTB 3K1PA 1P1NA 3KBRA 2RF1A 3G3FA 2I0BA 3A3CA 1LAGE 3K02A 4ELRA 3BFUA 1URSA 3MVZA 1BLFA 3MQ9A 1FTJA 5I2KA 4Q0CA 1DOTA 4OMBA 4WKMA 4RJZA 1M5CA 2O1LA 1P1UA 4YZZA 2O68A 3SEXA 4BDLA 4KI0E 3PMVA 4GF8A 4F18A 1SI1A 3U1OA 3KG2A 3TTRA 1IQ7A 3DRGA 2A5TB 2AL5A 3LSLA 3RTFB 1RKMA 1ATGA 1LFHA 1N84A 3FZVA 4OXVA 1OVTA 1H44A 1PEBA 1YAEA 2UYEA 4F39A 3RY3A 4GL8A 3KOTA 5AA2D 2VHAA 4H67A 3D4GA 3K4UA 1HSLA 4QSEA 3ZS6A 1AH5A 5JTYB 4RA1A 2H4IA 2QMXA 4EXKA 3UP9A 2D3IA 1FTOA 3ECRA 2OBGA 4BDNA 3PPNA 1MPCA 4P0GA 3U94A 3WAEA 3CI8A 3C31A 4IO2A 3TYHA 3W9WA 4R74A 2XX8A 1AMFA 3KOSA 2I4CA 1SW5A 4ESXA 2F7AA 4RYAA 1UTHA 4NF6B 1XOCA 4IY5A 1EZ9A 3PD8A 3PUYE 3MWBA 3OMBA 1LB9A 4LUBA 5FTHA 2HFBA 4PE5B 2F8DA 3C9HA 3TQLA 3FV2A 3DRFA 4RK9A 4G68A 1R9QA 4THIA 4BDRA 3SESA 1GR2A 1US4A 4DE8A 4I1DA 4OWDA 2X7QA 1USYH 1A7LA 4FE8A 4KD5A 4QFPA 3OEKA 5FTIA 5CMBA 4PFWA 3C4MA 4RPNA 3MP8A 2R71A 2O84X 1P99A 1B0HA 5KCJA 2LAOA 2ZYNA 4EF2A 3FVKA 1P1OA 3KGCA 2DS9A 1D4NA 1JNFA 1VFDA 3CFXA 4QFLA 4R6HA 5I57A 3K6XA 2REJA 2O1MA 4XKQA 1B58A 4BDQA 2Y7WA 3UN6A 4MLVA 3USDA 1IITA 4DXBA 1AIVA 3S9MC 1QUJA 3OD7A 1QKAA 1LBCA 2DXRA 4GQOA 3SETA 1PB9A 3V89B 4JXIA 1B52A 3IJOB 3K0VA 4FECA 1FW0A 4GOTA 1O63A 3S9NC 4I62A 1LSTA 4R2BA 3OO9A 1B1HA 4ZZEA 3EN3A 4M4GA 3Q26A 1TFAA 2R6GE 4QF9A 1D9VA 1MXXA 3V5AA 3E4RA 5AA3A 3GBBA 1S7YA 5IKBA 4IO5A 3IOUA 3S4UA 2Y84A 4XTCQ 1LB8A 5JEIA 3OOAA 1I6QA 3TKDA 3FTOA 2WOLA 4EQBA 4ZE8A 4NMYA 1M5DA 3K00A 5TP9B 4QFNA 2Q2AA 2RC9A 5A5XB 3U92A 1F9BA 4KPTA 2IA4A 4ZZAA 1OLAA 4FJPA 2DSFA 3T9UA 2XXVA 5H8FA 3VLVA 5DVFA 1R6ZA 4AB5A 1TT1A 3TDJA 4F3PA 3HV1A 4L17A 2OWSA 3IAZA 5I59B 1OLCA 4G77A 3H6UA 1IUDA 4GRKA 5BUUA 3B7DA 3R6UA 5L9OA 4JBZA 2H99A 5DVIA 4F31B 1MDQA 3LSWA 5I58A 1B4ZA 4BLAA 4F2QA 2ANJA 3ODBA 2OK2A 2AIXA 5B7DA 4XIGQ 4PFTA 4QSCA 4YB7A 3PPRA 1UTBB 4OFJA 3OSRA 2VD3A 2HAUA 4KYEA 3IJXB 2B3FA 4H5FA 1QULA 5EYFA 4WEPA 1GV8A 1B3HA 2XXUA 3K6VA 2F7BA 2V93A 2ZNUA 5M2VA 1BKAA 2UYFA 3GZGA 4OQOA 4NF8A 1SYIA 3PUVE 4IGTA 3CVGA 2RINA 1TFDA 4XKPA 2HXWA 2NWJA 4JDFA 3VDFA 4DLDA 3HO7A 4GIZA 3IB0A 5KZTA 3TTLA 4GFRA 4R72A 4H8JA 3IORA 3TZAA 3RNNA 3FXUA 5K2XA 3TTNA 2HZKA 2QS1A 4JB7A 3KN8A 1YCJA 4U21A 4PETA 2I4BA 4Q30B 2V3TA 5CMMA 2PYYA 1Y20A 5ICQA 2KLFA 3TFLA 3FVOA 3SEWA 4QFOA 1SQYA 1N0TA 4LA9A 1BP5A 2XD3A 4GLIA 1ELJA 1GVCA 2I3VA 5TPAA 3K1MA 3FGSA 2ABHA 1FCKA 2NVUB 1ZJLA 4XKRA 3TPAA 1TXFA 1B46A 3SDFA 3N5LA 1AL3A 3SERA 2P2AA 1LLSA 3H6VA 2AYSA 1A8FA 3D4CA 3VXCA 3IB1A 3O28A 4GVOA 2GRVA 1S50A 2YLNA 4KCCA 1OQHA 2H9BA 1NL5A 5H8QA 2DVCA 2V84A 2PVUA 3Q28A 5CRYA 1FQFA 2B65A 3ZSFA 3T9VA 3MPKA 1A99A 1MM6A 4NF4B 1MG1A 2ESNA 1B9JA 3C36A 4EQ7A 4DZ1A 2AL4A 4F3GA 1LAXA 1A54A 2B4MA 3EPEA 1PC3A 1Q35A 1ZMGA 2ZXTA 2DYXA 1USYE 3T9XB 3FVGA 1TWYA 3EHSA 3CIJA 1P1WA 2I58A 1FTLA 3VV5A 4R73A 3PGFA 5H8NB 4LP2B 2RC7A 5I56B 3VFJA 3B6WA 4EQ9A 3KSXA 4N13A 3G3GA 1M5FA 2Z8FA 2VGQA 3PD9A 4OETA 1B3EA 1UIVA 4LQ5A 4GXSB 5KDTB 3RYBA 4G4PA 5J1DA 1IXHA 3VXBA 2RKMA 3QK6A 1ZTYA 3F11A 3O29A 4Q8RA 1YTVA 2F6GA 3KJ7A 1B2HA 2B3BA 1JW1A 2DWIA 5DT6A 4TLMB 1XVXA 2CMOA 4YICA 5I2NB 1NKXA 3H6WA 4QHQA 4RPOA 1B7ZA 4GXAA 1I69A 3MUQA 4FIMA 1XHYA 4NTLA 1M5EA 2F6PA 4PFYA 1SYHA 3RLFE 2UVIA 2PT2A 3VE1B 3IOWA 1NNFA 3HSTA 4G2ZA 3O66A 1OQGA 4U2RA 3O2AA 5H8HA 3W15C 4AB6A 3C35A 3H4ZA 2NOOA 1GTKA 1SW4A 1UQWA 2XXQA 2H98A 4JWYA 1DMBA 3FASA 2VP1A 3IO6A 3E13X 1DSNA 3Q29A 3IK6B 1MY1A 1MPBA 1PBPA 3U93A 3K2DA 2HQ0A 3FIRA 1SBPA 2XXYA 4ECFA 3N26A 3I5OA 4MLQA 3KJTA 3QUFA 4ISUA 1PB7A 1SW2A 1SD3A 2D5WA 3PPPA 1EU8A 3Q25A 3CG3A 4P11A 2Z22A 2G29A 4EXLA 5DEXB 4G8NA 4F3BA 4DIGA 5F7VA 5BWJA 2Y7RA 1QVSA 3PPQA 3MAMA 4LZ5A 4O3CA 3JYRA 2OCUA 3T9HB 1O7TA 1N3XA 2F36A 5K2YA 2OZZA 4G8MA 2P0SA 1BTJA 4H8IA 5CBSA 3PPOA 4JSDA 2XXHA 3T66A 1DTGA 1CE2A 2WOPA 2QJEA 4M1VA 4O3AA 3QUJA 3VLWA 3EHUA 2UVGA 1JVXA 3DP8A 4HW8A 3P7IA 1POY1 4C1TA 5DYHA 5L9MA 4IB2A 1DPPA 2XX9A 3PUZE 4YMAA 2D21A 4RY1A 1MDP1 4BDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YMBA 2Q2CA 2ONKE 3G3KA 5CI5A 3MP6A 2QS3A 1IMAA 1FBCA 4P0IA 1QKBA 4N4UA 2BJJX 3G3HA 2V25A 3TODA 4PCDA 3EQ1A 4MF3A 2XHDA 3VVEA 3LVUA 3VVFA 4G8HA 3FJ7A 1N3WA 1PBQA 5I2KB 2Q8MA 4LZ7A 3K6WA 1FTKA 4KHZE 4QBAA 3FATA 1YXIA 4GWOA 3FVNA 3S9LC 4F1UA 3BKIB 1T0KA 4IO3A 1FTMA 3G7WA 4KCDA 3OXNA 2UXAA 4MBPA 4AS5A 4OERA 5ICTA 2Z8EA 1H45A 1IZ1A 1RDZA 1S9TA 4PGPA 3FV1A 3KSJA 3U65A 2I0CA 4KFQA 1Y4CA 3K6UA 4O7MA 4POXA 3PAMA 4XXUA 2P1SA 1NV2A 4O3BA 4E0WA 2QSXA 3H03A 2O7IA 2Y7PA 1R9LA 4PBQA 1MY3A 3SEUA 3OO6A 4BDMA 1A40A 2F5XA 2PMSA 3MJNA 5IAIA 4R9FA 4K3FA 3HHGA 4NHBA 4KQPA 4I8CA 5AA4A 1NMUA 5IZZA 3KN7A 1IMCA 3U72A 2F97A 4R2FA 4PAIA 2RCAA 4H65A 4OVPA 3MVXA 2F7CA 5ET7A 2UVHA 4YKKA 1KA1A 1NNPA 3IOTA 1JW4A 4NF5A 4X04A 5I84A 5AA2A 3CSBA 3MPLA 4HCWA 3QAXA 4G68C 5F24A 2H5YA 3LV0A 1KWHA 1LGBC 3FUZA 1VSOA 4ZEKA 4IO7A 3Q27A 4MMPA 1UTHB 1AOVA 3G3IA 1Y3QA 3C32A 1MY0A 2L5VA 3BFTA 2Z8DA 1MS7A 3EHTA 3U8QA 1FPLA 2THIA 2IEEA 4HS7A 3KFMA 4DXCA 3IR1A 3SEVA 1DK4A 4JVCA 1LAHE 1MXYA 4G68B 4ZECA 4FEDA 3FXBA 1Y4TA 1IXCA 1BIYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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