3HV1A

Crystal structure of a polar amino acid abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus thermophilus
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
264
structure length
264
Chain Sequence
RSHFATQKDQWQTYTKEKKIKIGFDATFVPMGYEEKDGSYIGFDIDLANAVFKLYGIDVEWQAIDWDMKETELKNGTIDLIWNGYSVTDERKQSADFTEPYMVNEQVLVTKKSSGIDSVAGMAGKTLGAQAGSSGYDAFNASPKILKDVVANQKVVQYSTFTQALIDLNSGRIDGLLIDRVYANYYLEKSGVLDQYNVMPAGYEGESFAVGARKVDKTLIKKINQGFETLYKNGEFQKISNKWFGEDVATDQVKGKREGHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus thermophilus
rcsb
molecule keywords Polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding pr
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus thermophilus lmg 18311
total genus 90
structure length 264
sequence length 264
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A02
4ELPA 2F6PA 4YB6A 2XXHA 4ELOA 1LB8A 4F1UA 2RCBA 3CFZA 4K3FA 1PB9A 4ND9A 1AL3A 3KSJA 1OLCA 4PETA 1NFTA 1P1NA 1MPCA 3PUWE 5I59B 4GXSB 4ZEDA 2DS9A 3TAJA 1H3DA 1CB6A 2YLNA 3S9NC 2V25A 2F34A 2V3QA 1FQDA 3F11A 1MDQA 2ZNSA 5TP9B 3THIA 4IO3A 1B05A 1I6BA 1LAXA 3SEVA 4PE5B 4ZZEA 3HV1A 3R7XA 2HZKA 4GWOA 1HSLA 2H98A 3TYHA 5AA4A 2OZZA 2I0CA 1XS5A 3D4GA 1LFIA 3PMXA 3EHSA 4OESA 1J1NA 3CVGA 2YJPA 3K01A 1N7WA 1B9JA 1JW4A 1ZMGA 2UVIA 3T93B 4F2OA 5I58A 1S50A 1Z7ME 3OELA 5H8NA 1B5IA 2XXWA 1B7UA 1SI0A 2VD2A 3H6VA 4U4XA 1M5FA 4KHZE 2ZMBA 4DIGA 3IO6A 1OMPA 2I3VA 2Y7RA 4H0WA 1A99A 1EZPA 3V89B 4JXIA 1LGBC 1NH8A 3JZJA 1BP5A 5I2NA 2Y7IA 2B3FA 4GLIA 1ELJA 3UA8A 3MPKA 1MXWA 1MQGA 4RNSA 4FE8A 1ZU0A 2GHBA 1XVXA 3ZSFA 1AIVA 4IO2A 1A40A 3ODBA 1XVYA 4E0XA 5AA2A 5FHMA 2THIA 1MM6A 4YU0A 4IO7A 2O1LA 2XXQA 3KGCA 1EU8A 3RN8A 1B1HA 4EXKA 1XOCA 3C4MA 3S2VA 3EF7A 5H8HB 4OYVA 1I69A 4DDDA 2HZLA 4GD5A 1EZOA 3QYTA 5TPAB 5DTBA 2F7BA 4F3SA 1JEVA 1UIUA 4PQJA 2H9BA 3HO7A 1MXXA 2Y7WA 4OWDA 1GGGA 3CRBA 2Q2AA 1DMBA 3ILTB 3C36A 3U92A 4DLDA 1OIBA 4RY1A 2RC8A 2RC7A 3TCHA 4IGTA 4LA9A 2QMWA 2PX1A 3SEXA 4WKMA 2FYIA 5IKBA 5L9OA 3KOSA 1DPEA 4NF4A 1UTHA 2DE4A 3PUVE 4H8JA 1WODA 2IA4A 3RT6B 1LAFE 3FJGA 4IO5A 1TFDA 1N3WA 1QKBA 3K2DA 4XIGQ 5ITOA 1SBPA 2QRYA 3EHTA 3SETA 1MQJA 4BDOA 3LSXA 1S9TA 3MWBA 2CMOA 2GH9A 1XHYA 3FASA 4ECFA 3K02A 1ZJLA 3SESA 3RTWB 4P0IA 2I49A 1QW0A 4XXUA 2ALUA 4RPOA 4YMAA 3OENA 3R26A 4R2FA 1URGA 3PPRA 3E13X 2Z22A 4YKKA 1D4NA 1FQBA 1IQ7A 1GR2A 2ONRA 3WAEA 3L6HA 2ZYNA 3B6QA 2D3IA 3RTFB 3CG1A 5K2YA 3OO6A 5I56A 1H45A 1ZBMA 2HAUA 2UYFA 1B1XA 2ONKE 1MH3A 3IORA 2F6GA 3M3LA 4ZS9A 5H8QB 2XXPA 1JETA 1MM7A 3IOVA 1IEJA 2VGQA 3FVOA 1URSA 1PBPA 2V3UA 3EHUA 3MW0A 3RY3A 4DXUA 4R74A 2LAOA 4G4PA 4DXBA 2HAVA 4F3PA 3TUSA 2ESNA 2I0BA 2V3TA 4HW8A 4C0RA 4JWYA 1WVJA 3OO7A 1LCTA 2ZNTA 3GLBA 4WEPA 1B0LA 5ISUA 3VLWA 3TODA 2QMXA 4BDLA 3U1OA 2E1SA 3FJ7A 3G3FA 3C9HA 1FW0A 5L9SA 2UYEA 2HEUA 3VXBA 3B6TA 2QS4A 4XKNA 2H4IA 1P1WA 4QHQA 2RINA 1H76A 3I5OA 4YKPA 3OEMA 4QSDA 1PC3A 3M3KA 1A8FA 5BWJA 3ECRA 5JK4A 3FXUA 3UIFA 2XXRA 4G8NA 3TKDA 3SEYA 1UIVA 4EDPA 4F22A 1NNTA 3KN7A 4ELRA 2ZNUA 4FECA 4BDNA 3KFMA 1L5TA 5B7DA 2DSFA 4G8MA 4WXJA 3TZAA 1Y3PA 4HCWA 5I2KA 2PVUA 1LB9A 3T9HB 1OVTA 4H67A 3IJOB 1JNFA 4GL0A 3IK6B 1EZ9A 4X48A 3FATA 4OEUA 1B58A 3K6XA 3G3HA 4YZZA 4KR5A 2Z8EA 2O1MA 3C31A 1B4HA 2A5SA 3MQ9A 3S9MC 5I59A 1FTJA 2W7YA 3V5AA 4OTEA 2QS1A 1RYXA 1XC1A 4PFYA 2M8CA 4YKJA 4I1DA 1SW2A 4UA8A 3MP6A 5DVIA 3U93A 3FUZA 5BUUA 5EHMA 4OQOA 1O64A 4F39A 5TP9A 1B6HA 2Q88A 5CI5A 3OO8A 1US5A 5KZTA 3IL1B 1A54A 4BLAA 4FORA 4TOZA 4OFLA 1BKAA 4IGRA 2WKYA 2QL3A 3LC8A 2OBGA 2Z8FA 4KYDA 3MJNA 3FIRA 3MBPA 3H6TA 3B6WA 2QS3A 1MQDA 3Q28A 4MBPA 2DWHA 1MS7A 1MY4A 2F8DA 4LZ7A 2OWTA 3VFJA 2PMSA 3G3KA 3EQ1A 3KOTA 2V93A 3RLFE 4OFJA 4L17A 3K0VA 4NE4A 2I4CA 4C1TA 4IY6A 5DEXB 4MLVA 4R2BA 1SDXA 5EYFA 5ICQA 5KCJB 1Y4TA 3KJ7A 2F35A 4Q5TA 4ZEKA 3PUZE 1I6AA 4QRZA 2DOJA 5M2VA 1LSTA 4H1XA 3U72A 3C34A 4KCDA 3MVWA 3O29A 4RYAA 5AE4A 4F18A 5B70A 1UTBB 4QFPA 2XXIA 3IAZA 1SW4A 2HFBA 5FTIA 4NF8B 1M5EA 2OLBA 1M5BA 2XXVA 1MY3A 1MY1A 2UVGA 1JVXA 5K2XA 1PDAA 1JVYA 4R6KA 3A09A 1NNFA 2D21A 1N3XA 1HSJA 5H8HA 4NWDA 2AIXA 1H43A 2X7QA 3IB1A 3SEUA 2HQ0A 3T66A 4GQOA 4FAJA 5TPAA 1DPPA 1SW5A 3WAFA 1B3LA 3VVFA 3FVKA 1AMFA 3S4UA 3K6VA 2E0SA 4NF5A 4M1VA 1QJMA 3QUFA 2DVCA 3RPWA 3PD8A 4PFUA 4LZ8A 1CE2A 3DLNA 4G77A 5DT6A 2I48A 5DYHA 1Y4CA 3VVDA 1B3FA 4N6PA 3OMBA 4UACA 1Y9UA 3VE1B 2OJTA 5J1DA 3HN0A 3PPOA 5JTYB 3SDFA 1R9LA 2XD3A 4LATA 1B40A 4R9FA 2FNCA 3KJTA 4Q0CA 1AH5A 5FTHA 4R73A 1N04A 1LAHE 4NMYA 2NUVA 4OXVA 2DQVA 1SW1A 3TTKA 4N13A 2I4BA 1USYE 2VD3A 5I57B 5L9MA 2ZYMA 4THIA 2F7CA 1YCJA 4PFTA 4BDMA 3CFLA 2O6AA 4KPTA 4G68C 3E4RA 4QFLA 3IO4A 4KI0E 3VLVA 3LSFB 4LVQA 1A7LA 4GOTA 4MF3A 2DWJA 4LUBA 4DE8A 1IIWA 5EHSA 2HXWA 1TWYA 3TPAA 2PT2A 3FV1A 1HSEA 4ZE9A 5H8QA 4DXCA 5CMKA 3QXMA 5H8NB 1B2HA 2Z8DA 1EH3A 2OK2A 2NXOA 5HPQA 3O9PA 4RK2A 1NKXA 3O6IA 4EUOA 3FD3A 2PYYA 3RGYA 4I8CA 2ONSA 4G2ZA 5TU0A 3I6VA 1RKMA 1ATGA 3LR1A 2CZLA 3N5LA 3DM0A 3O6HA 3HPIA 2UVJA 3K1MA 1P1OA 1UQWA 4RK9A 2NVUB 1OQGA 5CC2A 4YB7A 3TELA 1N84A 3TTMA 4JB7A 1OQHA 1FTKA 2REJA 2XX7A 4G8HA 4ISUA 4RJZA 4GL8A 4HS7A 2KLFA 2O7UA 5ELVA 4H65A 3U8QA 5HBCA 1LFGA 5A5XB 5CRYA 2Q2CA 1R9QA 1MXZA 4ZEBA 3D4CA 4ESXA 4JWOA 1SD3A 1Y20A 4QFKA 1Z7NE 4F19A 2REGA 5H8FA 1N76A 3UGWA 2GFEA 3DP8A 2RCAA 4ZE8A 4QF9A 4NWCA 2F5XA 3HSTA 5KDTA 1B4ZA 1OVBA 4NEDA 1QUJA 4OEVA 3N26A 3TDJA 1S7YA 5FHNA 2Q8JA 3CFXA 1IXGA 3KSXA 2QS2A 3IR1A 4FEBA 2G29A 1FTMA 3VXCA 4DZ1A 3OSQA 1FQCA 3OD7A 4OENA 3B7DA 4NF6B 1GV8A 3LBSA 4O3BA 3Q27A 3AXFA 4QFOA 4YICA 2AL5A 3TEPA 4MH5A 3JV9A 4OHNA 2O7IA 1SVXB 3FV2A 1B7ZA 3QIMA 2H5YA 3KBRA 4R9GA 1IZ1A 3E3KA 3UP9A 3IX1A 3MP8A 1ZTYA 5ICTA 3PPPA 3H4ZA 4MFIA 4EF2A 4X9TA 1Y1ZA 4F3GA 1US4A 4POWA 3G3JA 4LP2B 4BDRA 3TQWA 1FTLA 3BFUA 2P0SA 3KG2A 1R1NA 5DEXA 3T9VA 1D9YA 2Y7KA 4O3AA 5KCJA 1OLAA 3PV0E 1T0KA 3OXNA 5L8DA 4N07A 3H7MA 1Y3QA 1YAEA 5F1QA 2GRVA 4BDQA 4F3BA 1F9BA 2Q9TA 3N6TA 3TCFA 2R6GE 5CMMA 1LFHA 3PMVA 4QSEA 1UTBA 3PMWA 1P1QA 1B52A 3GBAA 1N7XA 5IAIA 3MP1A 1B51A 1POTA 1O7TA 4KQPA 3PU5A 4GIZA 3GXAA 3K6UA 3HCQA 2QSXA 5LOMA 3FZVA 2O51A 3GBBA 5ITPA 1R6ZA 2NWJA 3DELB 1WDNA 2Y7PA 1M5CA 3IB2A 3OOAA 1USYH 5DVJA 2QJEA 1D3KA 4I9DA 4Q30B 4Z7EA 4WEDA 1JEUA 4U22A 3CSGA 3FXRA 2RF1A 1IXCA 2A5TB 2RC9A 3S9EA 1MDP1 3G3IA 1MY0A 4OFOA 1QVSA 4XKPA 4O3CA 2R71A 5I2KB 4QFNA 3FJMA 2I3WA 1VSOA 2G93A 4JBZA 4FATA 4GXAA 2P1SA 1VFDA 2NOOA 2O68A 3U94A 2AL4A 5HM4B 5I84A 3M3FA 1Q35A 3TTNA 4KCCA 5JTYA 2DE3A 4OETA 3OEKA 1TFAA 4Q8RA 2F97A 5F7VA 3T9XB 2ZYOA 4H5FA 2F36A 3LSWA 4ONYA 3ONMA 2R9JA 3USDA 4KFQA 4JSOA 1NNPA 3TQLA 3W9VA 3QSLA 2P2AA 3V8XB 4H5GA 2ZXTA 4OMBA 3MAMA 4F29A 4U4SA 5I57A 2DXRA 2DYXA 4YB5A 1DSNA 3GZGA 1JW1A 1NNKA 4X1BA 3CI8A 2V84A 3IOUA 4XKQA 3EN3A 3H06B 3FVNA 4GF8A 1QKAA 2PT1A 4AB6A 3QUJA 1YPNA 4LQ5A 4U1OA 1IITA 4G68B 3TCGA 3A3UA 1LLSA 4JWXA 3O66A 4ZECA 3O6GA 1FQFA 5JEIA 4F1VA 2VHAA 3FGSA 4POXA 3TMGA 4IO6A 3MVZA 2VOZA 2ABHA 4KYEA 2YPNA 4HCYA 3JYRA 4R6HA 1IUDA 3H03A 4AB5A 1I6QA 4XKRA 1II5A 2DE2A 2DWIA 1B32A 2FA7A 2X26A 3IOWA 4H6DA 3S9LC 3PPNA 2B3BA 4JSDA 1FQAA 3MVXA 3OO9A 1RYOA 3M8UA 1FQEA 1B3GA 1D9VA 3VDFA 3UN6A 4OVJA 4FIMA 4EXLA 4DCYA 4ZZAA 1PB7A 3CR9A 3LSLA 5AA4B 3ZKLA 1ZIUA 1P1UA 3C33A 2XD2A 1JQFA 3VLUA 2VP1A 4FJPA 1B3HA 4MLQA 4P0GA 4YKIA 5A5XA 4NF5B 4IY5A 3KEIA 3KN8A 1ZKBA 5CMCA 2UXAA 5I58B 1MXYA 3MZ1A 4EQBA 3K4UA 1NMUA 4Z0IA 2O69A 4ELQA 1B0HA 3UORA 4GFRA 4FEDA 4JDFA 3VVEA 3QAXA 4X1DA 5CMBA 3I3VA 2DWAA 2XXUA 1DTGA 1QUIA 4RPNA 3PGFA 4EF1A 3O97A 3DP6A 3Q25A 3PUYE 1M5DA 1ZLQA 5I2NB 3W15C 3QK6A 4E0WA 3T9UA 3HHGA 2DVZA 3SEWA 3EPEA 1FTOA 1B46A 4ZDMA 3O28A 3Q26A 5AA2B 4R72A 3KZGA 4YAHX 3MPLA 1LCFA 4RA1A 2HCAA 4NF6A 1QUKA 2F7AA 4C1UA 4M4GA 3SERA 3IJXB 5CBSA 4NTLA 4ZEIA 2H99A 3H6WA 4I62A 3L6GA 3O2AA 2UVHA 4U21A 1VFEA 1NL5A 4U1ZA 1GVCA 1TXFA 1BLFA 1QULA 4LONB 3PUXE 3T22A 1MPDA 3N6UA 3LUYA 1JW5A 1A8EA 1NH7A 5H8SA 4TLMB 2OCUA 3ILUB 4ESWA 1MQIA 2ZYKA 2DP8A 1B5HA 3MZ9A 1YTVA 3KN3A 3BFTA 1VE4A 1A55A 1N0TA 3RUMA 1B3EA 4EQ9A 3K6WA 3CSBA 4XTCQ 5DVFA 2XHDA 1Q1KA 5AA3A 1LBBA 3VV5A 4NF4B 1UTHB 4LZ5A 4AQ4A 5CBRA 3MZBA 1SI1A 1IXHA 1O63A 1AOVA 3MVYA 3N94A 3A3CA 3FVGA 3UK4A 4H8IA 3E9XA 4R75A 1POY1 1MG1A 2OWSA 4RXLA 4QSCA 5AA2D 4KD5A 3Q29A 3SKPA 1PEBA 1SYIA 2Q89A 1FCKA 1BIYA 2F78A 1SYHA 3K1NA 3BKIB 2AYSA 1URDA 2DXYA 3IB0A 2H25A 4P11A 3K00A 3RNNA 1MXUA 1B7HA 1ANFA 4ZEFA 1TT1A 2IEEA 4LQ2A 4U23A 3PD9A 3HHFA 2XX9A 1P99A 3RQTA 5I56B 3MUQA 4PFWA 3TFLA 3OSRA 3CIJA 3G3GA 1Y1MA 2GHAA 2A5TA 4IB2A 4GVOA 3T96B 3TTRA 4DCXA 3H3GA 4R6YA 1KWHA 3C32A 1GTKA 1BTJA 1MXVA 1MQHA 2D5WA 2XX8A 2Y84A 5AA1A 1MRPA 5H8FB 1B5JA 3W9WA 3V83A 1Y3NA 4TLLB 1MY2A 3DP4A 1XT8A 1DOTA 5FHOA 2O84X 5KDTB 3C35A 1DTZA 3BBRA 2XXXA 3PPQA 2XXTA 1MH4A 4F2QA 4TQUQ 4NF8A 4F1YA 2X7PA 5CM6A 4PP0A 1LAGE 3H6UA 3TTLA 2ANJA 2QPQA 1SQYA 2I6EA 1PB8A 3G7WA 3P7IA 1IXIA 1VR5A 4OERA 4IO4A 2RKMA 4EQ7A 1MPBA 3FXQA 4GRKA 3MC2A 3K1PA 3R6UA 4YMBA 4OZ9A 2PBWA 2I58A 2Z23A 2XXYA 3ZKKA 4F31B 3ZS6A 1H44A 4U2RA 1PBQA 3RT8A 3CG3A 2B65A 2BJJX 1LBCA 3IOTA 4G68A 4HTGA 4KYSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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