3HV1A

Crystal structure of a polar amino acid abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus thermophilus
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
264
structure length
264
Chain Sequence
RSHFATQKDQWQTYTKEKKIKIGFDATFVPMGYEEKDGSYIGFDIDLANAVFKLYGIDVEWQAIDWDMKETELKNGTIDLIWNGYSVTDERKQSADFTEPYMVNEQVLVTKKSSGIDSVAGMAGKTLGAQAGSSGYDAFNASPKILKDVVANQKVVQYSTFTQALIDLNSGRIDGLLIDRVYANYYLEKSGVLDQYNVMPAGYEGESFAVGARKVDKTLIKKINQGFETLYKNGEFQKISNKWFGEDVATDQVKGKREGHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus thermophilus
rcsb
molecule keywords Polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding pr
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus thermophilus lmg 18311
total genus 90
structure length 264
sequence length 264
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A02
3ONMA 2XXIA 4UACA 5IKBA 2I4CA 4N6PA 1B52A 5EHMA 1B7ZA 4IO6A 1GVCA 2THIA 3T9XB 3IB2A 5I2KB 2AL4A 2QS4A 1LFHA 4H1XA 2XD3A 3O6IA 3VVDA 4THIA 4QHQA 2X7QA 3EHTA 1NNFA 1XVYA 2F34A 4I1DA 3TQLA 4NEDA 4FAJA 4KQPA 2O51A 5CM6A 1NH8A 1MQDA 3U72A 1Y3QA 1XT8A 1I69A 3TYHA 4X1DA 3ZS6A 2UXAA 1P1UA 4DIGA 2YJPA 3K1NA 5H8QB 3JZJA 1DPEA 2A5TA 2Q2CA 2HAVA 3T22A 5I2NB 1F9BA 5L9OA 4U1OA 1ATGA 5ISUA 3G3JA 2I49A 4FJPA 1ZU0A 5DVIA 3Q29A 3FXQA 3DP8A 4R9FA 3ZKLA 3OOAA 1H3DA 1MXYA 4GF8A 1YPNA 3V89B 3VFJA 1A99A 5DTBA 3T9VA 2R9JA 1MG1A 2AIXA 3O9PA 4YKPA 2ABHA 4BDOA 4QSCA 3SEYA 3HPIA 2P2AA 4QFNA 4IO3A 2XXTA 3KOTA 4EF1A 5K2XA 4GL0A 4G8HA 3RN8A 2E0SA 3H4ZA 2DE3A 4LUBA 3K6WA 2OLBA 4H65A 3QAXA 2ESNA 4NMYA 1B9JA 3FVKA 1YTVA 3I5OA 4LONB 5EHSA 1R6ZA 2XD2A 4E0WA 1AL3A 2F7CA 2F6PA 3O6HA 1NFTA 3RLFE 4KFQA 1POY1 1JVXA 4OXVA 1HSJA 3FASA 2RKMA 4F22A 3CSBA 1IXIA 4ESXA 4NWCA 5TP9A 3PMVA 2DE2A 1SW4A 4OESA 3OSQA 5AA4A 1MRPA 3CR9A 2Y7WA 4LA9A 2OWSA 1DSNA 1N3XA 1FQDA 4FEDA 3TDJA 4DXUA 3RUMA 2ZYNA 1Q1KA 4ZDMA 1HSEA 3PMXA 3A09A 3B6WA 3MVYA 2I4BA 3UP9A 1FQBA 2OBGA 4NF6A 4ELPA 2O1MA 4H8IA 3S9NC 4F3SA 4F3PA 3TZAA 2GFEA 1VSOA 2ZNTA 2RCAA 4QRZA 2PYYA 1IUDA 4NTLA 1SW2A 1BLFA 2LAOA 4HCYA 4DE8A 1A40A 3HHFA 4QSDA 1URGA 1ZMGA 3TPAA 4RA1A 4KD5A 3LR1A 4Q5TA 3TTLA 1DMBA 3LSWA 5H8QA 4M4GA 4YZZA 2HFBA 2V3TA 1MQHA 5I2NA 4YB5A 1Y3NA 1JETA 3QSLA 1XC1A 4YKJA 3FXUA 4L17A 2Q9TA 4NF8A 3ZSFA 4ZEBA 1M5DA 1SQYA 4KPTA 3OEKA 1LLSA 1MS7A 2AYSA 2DWJA 5TPAB 5JK4A 1IEJA 5ITPA 4JBZA 4YB6A 3S9LC 4RK9A 3RNNA 4U23A 5H8NB 2QMWA 4FE8A 5DYHA 1UTBB 2Z8FA 1FTJA 2Y7KA 4R73A 2Y84A 2F5XA 2F97A 4F1YA 4EDPA 5AE4A 1Y9UA 1BKAA 1UTHB 1B58A 4GIZA 1DOTA 3KZGA 1ZLQA 1VFEA 3R26A 3K00A 4GXAA 4RK2A 3HHGA 2VD2A 3PUXE 3MUQA 4XXUA 3TQWA 4RNSA 1PEBA 3UGWA 4OZ9A 3ZKKA 3VLVA 4ND9A 3KSXA 3MP1A 4LQ2A 4I8CA 2B3BA 1S50A 3E3KA 1P99A 1AOVA 4H6DA 3ILTB 2WKYA 1P1NA 2PX1A 3KFMA 4IO7A 1OQHA 1PC3A 5CMKA 4JB7A 3Q25A 1VFDA 3I6VA 3VXCA 4POXA 3H3GA 2YPNA 2QS1A 3PUYE 1LAFE 3SERA 4X48A 2F6GA 3M3LA 2XHDA 4FECA 5EYFA 3IJOB 5IAIA 3HO7A 2REJA 5AA2B 2R71A 1IQ7A 3HV1A 1N7WA 5A5XA 4ZECA 3IOTA 4BDRA 4PFTA 5H8FB 4LP2B 3R7XA 3U1OA 1MQGA 3TCHA 4RY1A 4LVQA 3T96B 4NWDA 4G2ZA 1FQAA 5I84A 4U1ZA 1P1QA 4C1UA 1LFGA 4Q30B 2Q8JA 3GBBA 5I57B 1B3GA 3O6GA 4QSEA 2P0SA 3FD3A 2RINA 2M8CA 2PVUA 4NF5B 2Z8EA 3IB1A 3VV5A 5KCJB 5L9MA 1SYIA 1PB9A 3WAEA 3O97A 2PMSA 4GL8A 4IB2A 1R9LA 3K6VA 4G68B 5TPAA 1URDA 4PFUA 3KN8A 1QJMA 1OLAA 4JSDA 4EQ7A 3KEIA 3TTRA 1R9QA 3QIMA 5DVJA 5H8NA 3DP4A 1UTBA 1MY3A 2RC7A 3MJNA 2I0BA 4I62A 1L5TA 3CG3A 1FTMA 1MXZA 1EZPA 5HPQA 3PD9A 1TFAA 2ONKE 3PMWA 1UTHA 4P0GA 3F11A 1M5CA 3SEVA 4XKNA 3EPEA 3EF7A 1B6HA 3ECRA 3UA8A 3RTFB 3U8QA 2H99A 4ELRA 5CMBA 4ELQA 1NNTA 1LFIA 2OK2A 1US4A 2W7YA 3MVZA 1JEUA 3U94A 3U92A 1ZIUA 3CSGA 3EHUA 3DP6A 2A5SA 3HSTA 4IY5A 2GHAA 3D4CA 4RYAA 3C9HA 1ZKBA 4U4XA 3S4UA 3K2DA 4U4SA 1NNKA 3IORA 4O3BA 1ZBMA 3MAMA 4HTGA 3THIA 3T9UA 3TKDA 3UN6A 2G93A 1VR5A 2V3QA 1QULA 4PP0A 3FGSA 4ZE9A 4GWOA 4H5FA 4YB7A 3RTWB 3IR1A 2D3IA 1PBQA 2V3UA 5JTYB 1Z7ME 3FVOA 4KHZE 3MZ1A 1Y20A 4FEBA 1QW0A 1MY0A 1I6AA 3IJXB 3B6QA 1FQFA 5FHMA 3N26A 2OZZA 4EQ9A 4JWOA 4OVJA 2ZYKA 2GRVA 3GZGA 5DT6A 5AA2A 1LAGE 4R2FA 4HS7A 1D3KA 2CZLA 2HZKA 4DZ1A 1MH3A 2DP8A 1GTKA 3CFLA 5ICTA 2I6EA 1TWYA 4OWDA 1B5JA 1UQWA 2H25A 1N76A 5H8FA 1ANFA 2ZNSA 1EH3A 3Q27A 2V93A 3K0VA 3E9XA 1A54A 1MQIA 1OQGA 2BJJX 3N6UA 1MH4A 5CRYA 1B46A 4LQ5A 1LCFA 4AB5A 1B5HA 4IGRA 4NF5A 3QYTA 2PT2A 3BBRA 1IXGA 3MBPA 5FHNA 3TMGA 3DM0A 2PT1A 3EHSA 3T93B 3G7WA 4G68A 1OLCA 4R6HA 1US5A 4OYVA 1LBBA 1B1XA 1B7HA 1P1WA 2V25A 5CBRA 3G3KA 2DS9A 4GFRA 2HZLA 3TEPA 4AB6A 1PB8A 3PU5A 4U2RA 4F1UA 1Z7NE 4E0XA 1RKMA 4H0WA 3SESA 2ZNUA 3FV2A 4ZZAA 4MLQA 5ELVA 4LZ5A 5I2KA 4IO5A 2F36A 1M5BA 3TFLA 1B3FA 4XIGQ 1B4ZA 2O7IA 3USDA 2QJEA 5AA1A 4Z7EA 3PPPA 1HSLA 3K6UA 4BDLA 4YMBA 3C34A 2NWJA 4ZEDA 3KOSA 3V83A 2I48A 2ZYOA 3W15C 2ZMBA 5AA2D 3E4RA 3AXFA 3OXNA 2IEEA 4F2OA 3KJTA 1SW5A 5DEXB 3PV0E 4F3BA 3H6TA 3CVGA 5J1DA 3MVWA 3EN3A 4WEPA 4GRKA 2X26A 5L8DA 1H45A 3IX1A 2DVCA 4X1BA 1GGGA 2VHAA 4F3GA 2IA4A 4MF3A 3PPQA 3RT8A 3HN0A 2Q2AA 5JTYA 2XXUA 1WODA 3QUFA 4JDFA 5HBCA 5CBSA 1B4HA 3IB0A 2H4IA 4KCDA 3K1MA 1ELJA 1CB6A 3LSLA 1JVYA 1PDAA 3VDFA 1MM7A 2DWAA 2NXOA 1B0LA 4LZ8A 2UYEA 3G3HA 4M1VA 3N6TA 3OEMA 3LUYA 3QK6A 1N3WA 4OETA 3UK4A 1IZ1A 1AMFA 2F7AA 1Y4CA 4R9GA 1UIUA 4AQ4A 3VXBA 2R6GE 3IO4A 3N94A 4H67A 2XX8A 4TOZA 1DPPA 3MPKA 2B3FA 3JYRA 4EXLA 4KYSA 3KJ7A 2P1SA 3QUJA 3SEXA 4ZZEA 3MQ9A 1USYH 3VVEA 1WVJA 1FQCA 5L9SA 4OTEA 1SVXB 1VE4A 3DELB 1POTA 3H03A 3SEWA 3A3UA 1OMPA 1B40A 1QUKA 3S9MC 4YMAA 1SI1A 3ILUB 2O6AA 4NF4B 3CFXA 2Y7IA 4OEVA 1XS5A 2OCUA 3LSFB 1Y4TA 1P1OA 4DXCA 1LB8A 1B0HA 3K6XA 1MDP1 2OJTA 4IO2A 3H6UA 1B1HA 1SI0A 3OO8A 2VGQA 5FTIA 3FJGA 4OFJA 3LC8A 5CC2A 1GV8A 3O66A 1FTKA 3GLBA 4XKRA 3KN3A 2NOOA 4YU0A 1NKXA 2OWTA 3TTMA 2RC8A 4I9DA 4DLDA 1IXHA 4POWA 2RC9A 1Y1MA 3SETA 4G68C 4ONYA 4RPOA 3MWBA 4MBPA 2DWIA 3KN7A 1O63A 4P11A 1N04A 2H9BA 3VLWA 3UIFA 3PUZE 2HAUA 4BDNA 2O69A 2ALUA 3C36A 4N13A 4ZS9A 2XXRA 2V84A 2UVIA 4OHNA 4KCCA 3CFZA 3K02A 1H44A 4BLAA 3OMBA 1B05A 3SKPA 1N84A 1XHYA 5DEXA 1R1NA 3LSXA 1DTGA 3IAZA 2F8DA 4BDQA 3I3VA 3OENA 2RF1A 3E13X 4YICA 5F1QA 1JEVA 3RGYA 5K2YA 5KZTA 3KBRA 3G3IA 4MLVA 5I59B 2DE4A 1EZ9A 2Z22A 2D21A 4LATA 3C4MA 2O7UA 2Q89A 2X7PA 3C31A 1MY2A 2VP1A 5TP9B 2QMXA 4QFPA 5AA3A 4F2QA 4HCWA 1B2HA 3PD8A 3TAJA 3K4UA 1O7TA 2I0CA 4OMBA 1NMUA 3MP8A 4ZEKA 4JXIA 1JNFA 4QF9A 2XXHA 3KG2A 2ONSA 1XVXA 3Q26A 1MPBA 5H8HB 1B3EA 4NF6B 1NH7A 4N07A 3M8UA 2O1LA 2Y7RA 4FORA 3EQ1A 4MFIA 1Y1ZA 3R6UA 4PQJA 2QS3A 2XXQA 2FYIA 4EQBA 5ICQA 1D4NA 3M3FA 4TQUQ 4NF4A 1SD3A 1MM6A 1AIVA 1N0TA 4EF2A 3RT6B 3TELA 4O3CA 4R72A 2DXYA 2XXVA 3UORA 3HCQA 2XX9A 1KWHA 4IGTA 3OD7A 1B7UA 1MY1A 1PB7A 5BWJA 3H7MA 4G4PA 3JV9A 1TXFA 2HQ0A 4GVOA 1WDNA 3MPLA 3PPRA 1LB9A 3L6HA 3P7IA 1QKBA 4H5GA 2Y7PA 3SEUA 2ZYMA 1Q35A 2NUVA 4NF8B 5LOMA 4WXJA 2HEUA 3B7DA 3G3FA 2DYXA 4ZEFA 3CI8A 4XTCQ 4JWYA 3FXRA 5I58B 3IO6A 1NL5A 1QVSA 2I58A 3S2VA 1LCTA 3RPWA 3FZVA 1MXUA 2O68A 2UVGA 1LAXA 3BFTA 3FJ7A 3H06B 3IOWA 4C0RA 5I56B 3N5LA 2Z23A 4XKQA 4MH5A 2Z8DA 1RYXA 2QRYA 1BTJA 1FTLA 4OQOA 5I57A 2XXPA 3ODBA 4PE5B 4YAHX 4H8JA 1D9VA 2ZXTA 5KCJA 2QPQA 4R75A 3PGFA 1YCJA 5I59A 4RPNA 1MXVA 2XXXA 3IK6B 3OO9A 1URSA 2F7BA 1Y3PA 3IOUA 4R6KA 3G3GA 4X9TA 4YKKA 1QKAA 2GH9A 4QFOA 3T66A 3VVFA 2NVUB 4ELOA 1M5EA 1EZOA 5KDTB 4KI0E 3GBAA 4EUOA 2D5WA 3OELA 3Q28A 2O84X 1MPDA 1I6BA 3MZ9A 2QL3A 4R6YA 3KSJA 5TU0A 3TUSA 1BP5A 5H8HA 3KGCA 4OERA 1LGBC 2DOJA 2XXWA 4YKIA 1LBCA 3M3KA 1H43A 3O28A 3GXAA 3W9WA 1NNPA 3A3CA 4R2BA 1XOCA 5CMCA 1MPCA 3FIRA 4ZE8A 3OO7A 2CMOA 5A5XB 1ZJLA 4OFOA 2DWHA 4GD5A 4C1TA 2DXRA 1J1NA 2UVHA 2FA7A 2ANJA 3MC2A 2REGA 4O3AA 2G29A 3FV1A 5B7DA 4GOTA 4LZ7A 1I6QA 1EU8A 2HCAA 2VD3A 3OSRA 2XXYA 3OO6A 1DTZA 1B3LA 4DCXA 1MDQA 1JW1A 4F29A 2H98A 3PUVE 4F1VA 4EXKA 5DVFA 2GHBA 1II5A 4Q8RA 1MY4A 4OENA 1D9YA 1TT1A 4ESWA 5HM4B 5I58A 4G8NA 2F78A 4UA8A 5H8SA 3H6WA 4RJZA 1A7LA 4XKPA 3FJMA 2QS2A 2RCBA 2DVZA 4NE4A 4BDMA 1SYHA 5ITOA 4QFLA 3K01A 3MVXA 4FIMA 4G8MA 3FVNA 5F7VA 1QUIA 3S9EA 5I56A 1USYE 1IIWA 3FUZA 4IO4A 1H76A 2HXWA 1O64A 3TTKA 1N7XA 3RY3A 4R74A 3QXMA 3C33A 3C32A 3U93A 3D4GA 1JW4A 5BUUA 3CRBA 1OVTA 1M5FA 2UVJA 1B5IA 4ISUA 4GQOA 2ONRA 3CG1A 4F31B 2QSXA 1SBPA 1SDXA 4PETA 5B70A 1B32A 3B6TA 1FTOA 3TODA 5JEIA 4OFLA 3TCGA 1IITA 1A8EA 2I3WA 2PBWA 3CIJA 3VE1B 2A5TB 3C35A 3H6VA 4IY6A 5KDTA 1TFDA 1ZTYA 3FVGA 4K3FA 1YAEA 3V8XB 1A55A 3TTNA 1B51A 1MXWA 3IL1B 1RYOA 3FATA 4PFYA 5CI5A 4P0IA 4DDDA 1JQFA 4WKMA 1SW1A 1PBPA 5FHOA 3PUWE 4OEUA 5M2VA 3PPOA 2UYFA 2F35A 1QUJA 3T9HB 4F39A 3W9VA 4GLIA 2YLNA 4U21A 2KLFA 1UIVA 2DSFA 1IXCA 1S9TA 4F19A 4U22A 4ECFA 2AL5A 4JWXA 1JW5A 2I3VA 1FCKA 4Z0IA 3MZBA 3SDFA 4FATA 4Q0CA 3VLUA 4KR5A 1OIBA 4JSOA 1BIYA 2XX7A 3O29A 4DXBA 2DQVA 3O2AA 1T0KA 4HW8A 4ZEIA 3BKIB 3TCFA 3PPNA 1GR2A 2Q88A 3RQTA 1FQEA 4KYEA 3K1PA 1CE2A 4PFWA 4TLLB 4F18A 2B65A 1A8FA 1AH5A 4WEDA 4KYDA 1LSTA 1OVBA 3BFUA 2FNCA 1LAHE 4G77A 5AA4B 1B3HA 5FTHA 1MQJA 5CMMA 2H5YA 4GXSB 3WAFA 4TLMB 4QFKA 3L6GA 2E1SA 3MW0A 3LBSA 1MXXA 4RXLA 3IOVA 1FW0A 3DLNA 3MP6A 1S7YA 3V5AA 4DCYA 2VOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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