3HV1A

Crystal structure of a polar amino acid abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus thermophilus
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
264
structure length
264
Chain Sequence
RSHFATQKDQWQTYTKEKKIKIGFDATFVPMGYEEKDGSYIGFDIDLANAVFKLYGIDVEWQAIDWDMKETELKNGTIDLIWNGYSVTDERKQSADFTEPYMVNEQVLVTKKSSGIDSVAGMAGKTLGAQAGSSGYDAFNASPKILKDVVANQKVVQYSTFTQALIDLNSGRIDGLLIDRVYANYYLEKSGVLDQYNVMPAGYEGESFAVGARKVDKTLIKKINQGFETLYKNGEFQKISNKWFGEDVATDQVKGKREGHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus thermophilus
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus thermophilus lmg 18311
molecule keywords Polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding pr
total genus 90
structure length 264
sequence length 264
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A02
4POWA 3SESA 2X7QA 3KBRA 3FXQA 2NWJA 2I3WA 2DOJA 4GL8A 4QSCA 1QJMA 2I6EA 2ONKE 4NF8A 4R72A 3E9XA 1FTKA 1Q1KA 4Q5TA 3MP6A 2F97A 3TFLA 3DM0A 1O63A 3H06B 2ZNTA 3TDJA 4ELQA 2V3UA 1QW0A 1FTJA 4OFJA 4RA1A 5I58A 4R74A 1MQHA 5I2KB 1MG1A 4JXIA 3FVNA 4DXBA 2M8CA 3IOTA 5ICTA 3G3JA 3QUFA 3KFMA 1LCTA 1CE2A 4UA8A 1LB8A 4IO4A 1NNPA 3IORA 3K1NA 4ECFA 4P11A 3T9UA 3PUXE 4N07A 1KWHA 1MH3A 3RTWB 4WEDA 2VD2A 3BFTA 3C33A 3O2AA 2XXXA 4NF4B 5DEXA 2NXOA 2GH9A 3B6QA 1N3XA 4H8JA 3PPQA 5B7DA 4YKPA 5HPQA 3RLFE 4EF1A 3O97A 5L9MA 3LSXA 4OFLA 4GXSB 1FW0A 2I4BA 1SW5A 1GVCA 2GHBA 3H7MA 3T93B 4F1UA 5B70A 4N6PA 5L8DA 3G3KA 1H43A 2D5WA 5FTIA 1B3FA 4I62A 3U92A 4HCWA 4OXVA 3OSRA 3ECRA 3CFZA 1FQDA 5H8HA 3VXCA 5AA2A 3IR1A 3N6TA 3VLUA 5DYHA 5CBRA 3FZVA 3IL1B 3SEVA 5EYFA 1XVXA 2AL4A 3S9MC 5H8NB 1B5JA 3CSBA 4YZZA 2THIA 4MF3A 4THIA 3UK4A 1B7UA 3DP6A 2QS4A 1YPNA 2V25A 3MAMA 3MP8A 1MXUA 2A5TA 3MVZA 1USYE 4TLLB 1WDNA 3K02A 3PPPA 4ESWA 4IB2A 3IK6B 3IO4A 3LC8A 5K2YA 1SQYA 1H3DA 2PX1A 2OBGA 4FORA 4M4GA 1B46A 3ZS6A 3U94A 3C9HA 1UTHA 4ZE9A 3PUZE 1R6ZA 1JW1A 2XXVA 1IUDA 3ILTB 2BJJX 3GBBA 3ODBA 1MQDA 2ONRA 4RY1A 2Y84A 4ISUA 1FTMA 2G93A 2GFEA 3SDFA 3UIFA 1Y9UA 4IO7A 4JSDA 3T9HB 5FHMA 2HCAA 4ELPA 2AL5A 2F35A 2QRYA 1B6HA 4U22A 4H6DA 2F8DA 3PMWA 1O7TA 4ZEDA 3O9PA 2RCBA 4PFTA 4PE5B 3FVGA 1XS5A 4PFWA 3MQ9A 1LAFE 4AQ4A 3U1OA 4FEBA 3UN6A 4KD5A 3KOTA 4GFRA 3S4UA 4O3CA 5A5XA 4E0WA 3S9LC 3VDFA 1WODA 4DCXA 2RCAA 1P1WA 3O6IA 2FYIA 2XD2A 1A55A 2GHAA 2V3TA 3E3KA 1LB9A 2DWIA 5TP9A 2IA4A 3VLVA 2O7IA 4G68B 4LUBA 1IIWA 1SVXB 3PUVE 4OETA 5I56A 2VD3A 4YKIA 1ELJA 4U1OA 1EZOA 1S9TA 4OERA 4ZEBA 1NKXA 1GGGA 3O6GA 3CIJA 1PDAA 3FVKA 2XXWA 5AA3A 1N84A 4HCYA 3QK6A 1Y4TA 2DXYA 3OD7A 4KYSA 3KJTA 1N76A 4L17A 4H67A 2I3VA 4OQOA 1SI1A 5ISUA 4F3BA 4U2RA 2ZYNA 3BKIB 3PV0E 2QMWA 3FJ7A 1OQHA 1QUIA 1Z7ME 1DTZA 4BLAA 3OOAA 2O51A 4FECA 4LA9A 4G8MA 4EF2A 1PB7A 2I58A 3PMXA 2ZNUA 3C31A 4R6YA 1TXFA 5CM6A 3TTRA 1OLAA 4C0RA 1UQWA 1M5DA 3TCFA 4NF5B 2H9BA 1MY1A 1VE4A 1QUKA 2HFBA 3IOVA 2UYEA 4FEDA 1OVBA 3TKDA 4NE4A 1ZTYA 2D21A 2W7YA 3H6UA 1TWYA 3TTKA 3GZGA 1NH7A 5HM4B 1NMUA 2F6PA 4GIZA 4MFIA 1LBBA 3K0VA 4U4XA 2XXIA 2A5SA 3TQWA 3TCGA 2O68A 4QFOA 2ZXTA 3TUSA 1Y3NA 3CR9A 3IB2A 1R9LA 4LONB 4Q0CA 1SYIA 3TQLA 4F18A 3R26A 1JEVA 5I59B 3VVFA 4G4PA 2ZYOA 3QUJA 2WKYA 4YICA 2LAOA 3KEIA 1B52A 1O64A 4POXA 3OELA 1B58A 2R9JA 4OEUA 1AOVA 3K00A 1ZMGA 2PVUA 5CRYA 3SEYA 1I6AA 2HZKA 2Q8JA 5I2NB 4ZS9A 1M5BA 3N5LA 3RN8A 5I57A 3RT6B 3K1MA 3IJXB 4DDDA 1FQFA 3F11A 5I84A 5BUUA 3CSGA 4H65A 2Q89A 3HHFA 1B3GA 4GF8A 4KQPA 2NVUB 4TLMB 2E0SA 2XXTA 4LP2B 4O3BA 4PETA 3G3GA 4JWYA 3HV1A 5L9SA 1Y20A 3MWBA 4QFKA 3W15C 1ZLQA 5KDTA 5L9OA 1LAXA 1HSEA 4U4SA 2ONSA 4NF6B 4BDLA 1AMFA 4F19A 1TT1A 2PYYA 4NTLA 1D9VA 4BDMA 4OYVA 4M1VA 4RXLA 1B4HA 4KHZE 4QRZA 4KR5A 4ZEFA 4EQ9A 4R9FA 3TMGA 2ANJA 3UORA 1FQEA 3TYHA 1WVJA 5H8FA 3KN7A 2RC8A 1SW1A 3EQ1A 1Y4CA 4F2QA 2V93A 2Q9TA 4YU0A 3TODA 1LSTA 2OLBA 5LOMA 3SEUA 1JEUA 3K6UA 1A99A 5JEIA 3CI8A 4XXUA 1EZ9A 2AIXA 4RPOA 4XKPA 1YCJA 4RYAA 2I48A 4IO5A 4H1XA 2GRVA 2IEEA 2P2AA 3WAEA 3B7DA 2QMXA 3QYTA 4G2ZA 3QSLA 1MH4A 3EHTA 3I5OA 1DTGA 4NWDA 3Q25A 4XKRA 2RC7A 3QAXA 2RINA 3K6WA 1IEJA 4I9DA 3D4GA 1XC1A 1MQGA 1SDXA 3PMVA 3FD3A 1MY3A 3DLNA 4OFOA 5TPAB 3U93A 2ZYKA 1R9QA 3OXNA 1Y3PA 3V5AA 1PB9A 3O28A 4C1TA 3RUMA 1PC3A 3RQTA 2Z23A 4UACA 3MZBA 5FTHA 1EU8A 1LBCA 3HO7A 4YB7A 5K2XA 3W9WA 5H8QA 3KGCA 1VFEA 3HN0A 3S2VA 4F3GA 3VVEA 3N26A 5DEXB 3W9VA 4N13A 5F1QA 4F39A 1ZBMA 3L6HA 3U8QA 3SETA 1M5FA 4JDFA 1B7HA 4I1DA 1P1QA 2HXWA 4MH5A 4Q8RA 1Y1MA 4KCDA 2DE3A 2B65A 5AA4A 1XT8A 2OK2A 4R73A 1Q35A 4R2FA 4U21A 3FV1A 5ELVA 1BLFA 3LSLA 3T96B 4EXKA 3MVXA 4RJZA 3VFJA 1UIUA 4MBPA 4QFLA 3JYRA 2XXPA 1H44A 1YAEA 5H8HB 4MLVA 4KPTA 1RYXA 3C32A 3VXBA 4ZE8A 3FVOA 1FCKA 2QL3A 3HCQA 5JTYA 1LCFA 4I8CA 2UVGA 2X26A 1RKMA 2A5TB 2OJTA 1OQGA 2QS1A 3S9NC 4LQ2A 3PGFA 1JW5A 1N3WA 3MVWA 1P1OA 4AB6A 4FE8A 5EHMA 1UTHB 1PEBA 3UP9A 4R75A 1QULA 3RT8A 4IGRA 3TPAA 1B3LA 3IX1A 4OVJA 3TCHA 3OSQA 2Y7PA 4U1ZA 2RC9A 1DMBA 1CB6A 1FTLA 2Z8FA 2HEUA 3R6UA 1M5EA 1LLSA 4ZECA 2VHAA 3OO9A 2DXRA 1PB8A 4IO2A 4PFUA 4QF9A 3PPNA 3DELB 3MUQA 4JBZA 4ELOA 4XIGQ 2REJA 3FV2A 1II5A 2HAVA 2DVZA 3VLWA 3VVDA 2F6GA 1JVXA 4GL0A 5A5XB 3Q28A 4U23A 1LGBC 2F5XA 4XKQA 2O84X 3MC2A 3T22A 4OENA 4EXLA 5TP9B 2V84A 4YMAA 4O3AA 4BDOA 1XVYA 2DSFA 2FA7A 1YTVA 2UVJA 3I6VA 4KCCA 5I56B 2FNCA 2F7CA 2OCUA 4WKMA 4NF5A 3PPOA 3IO6A 3FXRA 1MDP1 4LQ5A 2O6AA 1J1NA 3LUYA 1ZJLA 2QJEA 1MQJA 1GTKA 4F2OA 5AE4A 1NL5A 4YB6A 3KSJA 2I0BA 1AL3A 5CMBA 3QIMA 2DYXA 3CRBA 1VR5A 2REGA 4Z0IA 4QSDA 2Z8DA 4P0IA 5FHNA 2Z8EA 3IB0A 2H5YA 4PP0A 1UTBA 1N0TA 2DP8A 2DWJA 2VOZA 4R6HA 2DWAA 1US4A 3FUZA 1QVSA 1IQ7A 5KCJB 4IY5A 3HSTA 4WXJA 1EZPA 5H8SA 1B3HA 3E13X 1P1UA 4LZ8A 3QXMA 4OMBA 4RNSA 3IAZA 2PBWA 3H6TA 3M3FA 5I2NA 1RYOA 5AA1A 3EN3A 5DVFA 1OMPA 3K01A 5M2VA 2F34A 1ZU0A 2D3IA 4FAJA 2H25A 3FJGA 3FASA 4G8HA 1B1XA 3MPLA 3VE1B 2H99A 4F29A 3GLBA 3CFXA 1M5CA 4H5FA 3TZAA 4ZZAA 4F3SA 5TU0A 1N04A 1ZKBA 3Q27A 3FJMA 1FQCA 2YPNA 2DVCA 4K3FA 1MXXA 4OEVA 4R9GA 1LFIA 1T0KA 3C4MA 4QHQA 5I57B 4IO6A 4GQOA 2RKMA 4LZ7A 5ITOA 2XX9A 3OEMA 3MW0A 4YMBA 2ABHA 3A3UA 3C36A 1MS7A 4GRKA 1I6QA 3IB1A 4F3PA 3H3GA 4KFQA 3G3FA 5J1DA 4OZ9A 1FQBA 3MPKA 3JV9A 3K2DA 5KDTB 4FJPA 3SKPA 3HHGA 4ND9A 1MY0A 1MXZA 2ZYMA 4AB5A 3KN8A 1Y3QA 4YAHX 5EHSA 1MQIA 1OIBA 3S9EA 1SBPA 4JB7A 4QFNA 1B40A 3M3LA 5I2KA 3L6GA 1XOCA 2B3FA 4EQBA 2Y7RA 4LVQA 2Y7IA 3K6XA 1US5A 2YJPA 4ELRA 1NFTA 5H8FB 3I3VA 1A7LA 1MXVA 2I0CA 2F7AA 3KZGA 5ICQA 1JW4A 2PMSA 1N7XA 3V89B 1Z7NE 1PBQA 3IOUA 4NF4A 3CG1A 4NF8B 3P7IA 1JVYA 3JZJA 5DTBA 3G3HA 4F22A 5F7VA 2DE2A 5TPAA 3HPIA 2AYSA 4EDPA 2NOOA 2H98A 3H6WA 2P0SA 3Q29A 4MLQA 3KN3A 1B0HA 1H76A 1NNTA 4FATA 5I58B 1B51A 4F1VA 1IXIA 1GV8A 2XX8A 1NNKA 3V83A 5DT6A 4F1YA 4Z7EA 3ONMA 1MPBA 3CVGA 3OO7A 1B4ZA 3M8UA 3IOWA 2I4CA 4NWCA 1B3EA 4KYEA 2HZLA 4DE8A 3EHSA 4NMYA 1ANFA 1A54A 2Y7KA 5H8NA 4JWOA 1QKAA 1FQAA 1LFGA 4X1DA 2R6GE 2UVIA 4RPNA 5BWJA 3EPEA 3OENA 3TTNA 4QSEA 3SERA 4LATA 1MRPA 4GLIA 1QKBA 3K6VA 3BFUA 4JWXA 1IXGA 3M3KA 2KLFA 3KG2A 1D3KA 3RNNA 1I69A 4BDNA 5H8QB 4IY6A 1S7YA 2R71A 4ESXA 4E0XA 2O69A 1P1NA 3A09A 3GBAA 3G3IA 1H45A 2V3QA 3Q26A 3THIA 5AA2B 1B9JA 3N6UA 1MPDA 1DPEA 5AA2D 3D4CA 1B05A 4DIGA 4ZEIA 1MPCA 5CMKA 2G29A 4ZDMA 1HSJA 5AA4B 3EF7A 3RY3A 2I49A 3LBSA 4TQUQ 1XHYA 1A40A 1MY2A 2ALUA 3GXAA 4F31B 5DVIA 2F7BA 3LSWA 3B6TA 3UA8A 1USYH 5IAIA 3OO8A 2QSXA 4Q30B 2XD3A 1A8FA 1EH3A 3FGSA 3IJOB 4HW8A 3PD8A 3K1PA 2XXYA 1HSLA 3TTMA 5JTYB 1BP5A 4DLDA 1URSA 1NNFA 5KZTA 1LAGE 1SW2A 2VP1A 4PFYA 4QFPA 3FXUA 1IZ1A 1BKAA 1IITA 2OZZA 2Y7WA 3MVYA 4OESA 1OVTA 3ILUB 4G8NA 3TELA 3RPWA 3OO6A 1A8EA 4JSOA 3MP1A 1F9BA 3PUYE 4GXAA 1ZIUA 4G68A 2HQ0A 1TFAA 2X7PA 4YB5A 4P0GA 1BIYA 4NEDA 4X48A 1D4NA 4RK2A 3G7WA 4EQ7A 2Z22A 3C34A 4YKJA 3SEWA 1MM6A 1DOTA 1GR2A 3MBPA 4PQJA 2F78A 1MDQA 3N94A 2XHDA 1Y1ZA 1L5TA 1B2HA 2B3BA 2P1SA 3ZKLA 3KOSA 4ONYA 4GVOA 1QUJA 3O29A 1B1HA 3OEKA 3K4UA 3O66A 3SEXA 3MZ9A 3OMBA 1N7WA 3RTFB 3U72A 2ZNSA 3EHUA 5FHOA 4X1BA 3KJ7A 3H03A 2O1LA 4FIMA 1PBPA 3FATA 3TEPA 1JNFA 4C1UA 1POTA 2OWTA 5CMMA 4R2BA 1URGA 3C35A 2E1SA 2NUVA 5CMCA 2VGQA 3FIRA 3H4ZA 5CC2A 5ITPA 1D9YA 1LAHE 5IKBA 3CG3A 1TFDA 3LSFB 3PD9A 3V8XB 4EUOA 1MXYA 3PPRA 5CBSA 1JQFA 2XXUA 3RGYA 4TOZA 3MJNA 3ZSFA 2DWHA 1IXCA 3TTLA 1BTJA 4G68C 3LR1A 1LFHA 3TAJA 1B7ZA 4XKNA 3PUWE 1AH5A 5KCJA 2Q88A 1R1NA 4BDRA 4GD5A 2XXRA 2O1MA 4OTEA 1P99A 2UVHA 1UIVA 3AXFA 2XXQA 2QS2A 5I59A 4KYDA 3ZKKA 4ZEKA 4GWOA 2H4IA 2PT1A 4DZ1A 4DXCA 2XX7A 4R6KA 1IXHA 3USDA 1MXWA 4H5GA 2Q2AA 4X9TA 2YLNA 2Q2CA 1FTOA 4H8IA 3R7XA 2ESNA 3DP8A 1B5IA 4IO3A 5CI5A 2OWSA 4RK9A 1UTBB 3O6HA 4YKKA 4IGTA 3WAFA 5DVJA 3KSXA 4WEPA 1MY4A 3BBRA 3T9XB 4ZZEA 3B6WA 4XTCQ 4GOTA 3UGWA 4LZ5A 4G77A 2UXAA 1MM7A 2QS3A 2O7UA 1NH8A 4HTGA 1URDA 1OLCA 2DE4A 4NF6A 3PU5A 1I6BA 2PT2A 4OWDA 3T66A 1S50A 1SW4A 4DXUA 2QPQA 1SYHA 2UYFA 3E4RA 4KI0E 3T9VA 3CFLA 1B5HA 3VV5A 3DP4A 2ZMBA 5JK4A 1B0LA 2RF1A 4HS7A 2DQVA 1POY1 1DSNA 1VFDA 2XXHA 1ATGA 1JETA 2CMOA 1DPPA 1VSOA 4DCYA 2F36A 1SD3A 2CZLA 1SI0A 4BDQA 1AIVA 5HBCA 2HAUA 4H0WA 2DS9A 3A3CA 3MZ1A 1B32A 4OHNA 3H6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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