2Z23A

Crystal structure of y.pestis oligo peptide binding protein oppa with tri-lysine ligand
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ANVPTGVQLAEKQVLVRNNGSEPQSLDPHKIEGVPESNISRDLLEGLVINDPNGNIVPGAAESWDNKDFKVWTFNIRKDAKWSNGDPVTAQDFVYSWQRLADPKTVSPYASYLQYAHLTNIDDIITGKAAPDTLGVKALDDHTLEVTLSEPVPYLDKLLAHPLMSPVNKTVVEKFGEKWTQPQNFVGNGAYKLKDWIVNERIVLERSPTYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPDQVHVDPYLCTYYYEINNQKAPFTDARVREALKLGMDRDIIVNKVKNQGDLPAYGFTPPYTSGAELTPPEWFSWTQEKRNEVAKKLLAEAGYTKDNPLKFSLLYNTSDLHKKLAIAAASIWKKNLGVDVKLENQEWKTFLDTRHQGTYDVARAAWCADYNEPSSFLNMMLSNSSNNTTHYKSSVFDKLIEDTLKVKSEKERADLYQQAEIQLDKDSAIVPVFYYVSARLVKPYVGGYTGKDPLDNMHVKDLYIIKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Yersinia pestis
publication title Structures of OppA and PstS from Yersinia pestis indicate variability of interactions with transmembrane domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
total genus 173
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2z23A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z23A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2z23A02
1B5HA 4GD5A 1TT1A 1EZPA 1N3WA 1B4ZA 3JZJA 4JDFA 3U1OA 1D9YA 4X9TA 4GWOA 4U4SA 4RPNA 3K6UA 3MPKA 4M4GA 1WDNA 3OD7A 4PFWA 2RC8A 2NXOA 3D4CA 5ITPA 3RTFB 3EQ1A 4R75A 1HSLA 3ILUB 5ICTA 1USYH 4FEBA 1JW5A 1O7TA 3S4UA 3LSFB 3W9WA 1Y4TA 2QRYA 1B1XA 3C9HA 2DE4A 3L6GA 5L9MA 3O9PA 1D9VA 3TKDA 1LCTA 2WKYA 2XXUA 1CE2A 2QMXA 4H65A 4U22A 2HFBA 3T66A 5KDTA 3HHGA 4OTEA 2XHDA 4POWA 4G8NA 3WAFA 4F1UA 2F78A 2Q2AA 3EHSA 1DTZA 2I4BA 1IXHA 4KR5A 2O68A 5KDTB 1URSA 3TAJA 2F97A 2XXRA 2PX1A 3K6XA 1ANFA 4R9GA 4ZEBA 3FXRA 1MH3A 2GHAA 1MXYA 5L9OA 4BDOA 4MBPA 3DRHA 1OMPA 4RA1A 2DWAA 5TP9A 2H99A 1SYHA 4PQJA 2ZYOA 3OO6A 4LZ5A 1XOCA 3H06B 2E1SA 1Z7ME 5TP9B 1POTA 2V25A 3QUFA 1LAGE 2H4IA 2WOKA 1MDP1 3DRGA 4IY5A 5H8QA 4YB7A 4U21A 2LAOA 2DOJA 1ZMGA 5EHSA 3FTOA 3R7XA 5H8QB 1AMFA 1H76A 1XS5A 4NF8A 5ITOA 3T9XB 4H0WA 3OOAA 3GBAA 3N6UA 3FXUA 3N26A 3B6WA 5EYFA 3MWBA 4NF8B 5TU0A 3K01A 1Y3PA 2QPQA 3HPIA 4F2QA 2OLBA 4OETA 3THIA 4PETA 2Q2CA 3FZVA 4F39A 4YMBA 4GL8A 4OHNA 1B46A 3RT8A 2DVZA 3F11A 1BIYA 3KJTA 2RC7A 5AA2D 1O63A 3VE1B 1EZOA 3H4ZA 1M5FA 4M1VA 3H7MA 3ONMA 5DVIA 4F1YA 3G3IA 2REJA 2DWJA 2F34A 1FQEA 2Y7KA 1MPBA 2R71A 4NEDA 3FATA 4DIGA 4G68C 1Y4CA 1B4HA 1US5A 1B1HA 3DRIA 2R6GE 4G68A 4IO2A 5DVFA 4R2FA 2H98A 4KHZE 4E0XA 4FE8A 1H45A 4AB6A 4MLVA 2DYXA 3N5LA 1PC3A 2X7PA 1NNTA 4G68B 4PFYA 3VXCA 3UORA 1FW0A 2O7UA 1S9TA 4P0GA 1BKAA 1KWHA 3TDJA 4OEVA 1SD3A 2GFEA 1VFDA 4IO6A 3PUYE 3KOTA 2FNCA 3T96B 1LAFE 3FJ7A 5H8FA 1N7XA 5DT6A 4JSOA 1IZ1A 1SI1A 3VDFA 4TOZA 3S2VA 1FQBA 5ISUA 3K6VA 3E4RA 2YLNA 4DXBA 5H8FB 1I6BA 4NWCA 4OQOA 3B6QA 2E0SA 3KN3A 2HCAA 1A7LA 3KGCA 1JNFA 1LCFA 5IAIA 4DCXA 4BDQA 4BDLA 4WEDA 3WAEA 2Z8FA 2RC9A 2O6AA 4DCYA 5CMMA 1NNPA 2QJEA 4ESXA 3LBSA 3S9EA 3DP8A 3OENA 3PUWE 3IK6B 3K6WA 1OQHA 1R9LA 4BDMA 3W9VA 1DSNA 4X1DA 1PB9A 4WKMA 4X1BA 2ONSA 4GOTA 4ND9A 5CBRA 3RPWA 3OMBA 4ELPA 2X7QA 4FJPA 5L9SA 4ZEKA 3O6HA 1B5IA 4YB5A 1XT8A 3MZ9A 3SEXA 4ELOA 2ZYMA 3LC8A 3FV1A 3U93A 1SVXB 1WVJA 4N6PA 1GVCA 4ZEDA 2D21A 4PFTA 3VVFA 2AL5A 4I1DA 4R6KA 1LFIA 1JQFA 2XXIA 2Y7RA 4QRZA 1N3XA 3TTRA 3PPNA 1ELJA 3PGFA 3PAMA 3B6TA 3A3CA 3B7DA 3QYTA 1H44A 3RNNA 1R1NA 2I58A 2OJTA 1DMBA 5KCJA 2ABHA 3MVYA 1QW0A 1IEJA 3L6HA 1MQJA 1FCKA 4OXVA 1WODA 3PMWA 1LLSA 5KCJB 2R9JA 3MZBA 3CHGA 2XX9A 5CMBA 4LONB 1M5EA 4QSDA 3GXAA 1AIVA 2RKMA 3OSQA 3UK4A 2Q9TA 4JXIA 4G8MA 4GQOA 3VVDA 1NNKA 1FTKA 1QUJA 4YMAA 4MLQA 5FTIA 3C4MA 4WEPA 1A54A 2F7CA 1QUIA 5H8NA 3DELB 5AE4A 1MY2A 3DRFA 4EQBA 2A5TA 4G77A 5H8NB 1BP5A 3R6UA 2UVGA 2I6EA 3K4UA 5JK4A 4H6DA 1IITA 4HTGA 4YICA 4Q0CA 5FHMA 3PD8A 4QSEA 1D4NA 1TFAA 2Z8EA 3VLUA 1B3EA 3IX1A 1NKXA 3PU5A 3FVGA 3GBBA 3TCFA 4R2BA 1SW4A 3MQ9A 3HSTA 3PPQA 5I84A 2HZKA 3MP8A 3RGYA 4WXJA 4BLAA 4KYDA 4F29A 1RYOA 3MZ1A 3ECRA 1P99A 1BLFA 4EXLA 3JV9A 1JVXA 2BJJX 4XXUA 2O1LA 3SESA 3O6GA 5ELVA 2UYEA 4C0RA 2XXHA 2ZMBA 3C31A 2DSFA 3E13X 3OO8A 1GR2A 1NMUA 3HV1A 3VXBA 4ZZEA 2GHBA 3TYHA 2IA4A 1DPEA 3RYAA 4XKNA 4RK2A 5ICQA 4LVQA 4GL0A 1L5TA 3RQTA 3VV5A 4OFOA 1R6ZA 4QF9A 3O28A 2DP8A 1LAXA 3HN0A 4XIGQ 4GLIA 4R74A 5BUUA 4XKQA 3H03A 3TQLA 4GF8A 4F3GA 2V84A 2B65A 4F3PA 5J1DA 1FQFA 4O3CA 3KFMA 1VSOA 1D3KA 3N6TA 4RYAA 4OERA 3G7WA 3M3LA 1B3FA 2ANJA 3C32A 1Y3NA 3K0VA 1GV8A 1N7WA 2V93A 1HSEA 4UA8A 3PUZE 2PT2A 2F36A 2V3UA 3KG2A 4DE8A 2Y7WA 4H8JA 4KD5A 4FIMA 1SDXA 2Y84A 2I48A 5EHMA 4IY6A 1NL5A 3MVWA 1YCJA 3ZSFA 4Z0IA 2XXXA 3UA8A 2I3VA 4NMYA 2CZLA 3CR9A 2M8CA 3BBRA 5CM6A 3CFXA 4EQ7A 1URGA 3GZGA 3N94A 1IXCA 2RF1A 3E3KA 4Z7EA 1H43A 2UVJA 3UIFA 3OXNA 4R73A 3VLWA 2NUVA 5DTBA 4F22A 4FORA 4G8HA 1ZTYA 1O64A 3SEWA 2PMSA 2HQ0A 3IOUA 1LB8A 1I69A 3UP9A 4QFOA 1SYIA 4O3AA 1B7UA 3ZKLA 1MY0A 5HM4B 1S7YA 2UYFA 2HZLA 1XVXA 1FQAA 1PBPA 2UVHA 4AB5A 2AIXA 3TTKA 3HO7A 3EF7A 3RY3A 3KEIA 4LQ5A 2I4CA 5FHOA 1ZJLA 4GRKA 2F7AA 1OQGA 1P1QA 4IO7A 1NNFA 1MQHA 4ZZAA 4ECFA 1RKMA 3FJGA 2O7IA 5FTHA 4MFIA 2RCBA 3T22A 4QFNA 3EHUA 3DP4A 4GVOA 1OLAA 3M3FA 1LSTA 1DPPA 3A3UA 4H8IA 2O51A 5CBSA 1EZ9A 4DLDA 1OVTA 4MF3A 3DLNA 4NWDA 4F1VA 3HCQA 1A40A 2F35A 1POY1 4JB7A 5HPQA 4DDDA 3KZGA 4ZEFA 3FVKA 4ELRA 3E9XA 3MW0A 2G93A 3CVGA 1US4A 3TCHA 1PB8A 4QFPA 4XKPA 1A55A 3FIRA 3EN3A 4UACA 5I58A 1JW4A 3T93B 3BKIB 1SW1A 4JWYA 5F7VA 5I58B 3VLVA 3S9NC 3O29A 2O69A 1MS7A 2ALUA 3S9MC 4U4XA 3U94A 3I6VA 4X48A 3OEKA 1ZU0A 3CG3A 1B7HA 3IR1A 3G3FA 5AA3A 3OSRA 3IAZA 4KYSA 3TFLA 5CMCA 5A5XA 3Q27A 5AA1A 1M5DA 4IB2A 1Y20A 3OO9A 2IEEA 2QL3A 4ZECA 5A5XB 1URDA 1FQCA 4L17A 3C33A 3PMVA 2OK2A 2QS3A 2F8DA 3KOSA 4I8CA 1YTVA 1B05A 4TQUQ 3FD3A 5AA2A 3K1NA 2B3FA 2XD3A 3LSLA 2B3BA 1IXIA 3OELA 4ELQA 3RYBA 1Q35A 4DXUA 5H8SA 3CFLA 2O84X 2QS1A 5AA2B 2YPNA 2PBWA 2ESNA 4IGTA 2HEUA 4K3FA 1TWYA 3CFZA 4U1OA 1I6QA 4OVJA 5M2VA 3MUQA 4F31B 1F9BA 1MPDA 3OEMA 5AA4A 2DS9A 4NE4A 3JYRA 1UIUA 3KBRA 1MG1A 3SEUA 3W15C 5AA4B 2O1MA 4U23A 5CC2A 2XXVA 1ZLQA 2A5SA 1LBBA 4JSDA 2ZNUA 3G3HA 2FYIA 3T9HB 1B0HA 3PPOA 2W7YA 1QJMA 4LP2B 1MDQA 2P0SA 5I56A 1N76A 3H6TA 4IO4A 1PEBA 4C1TA 4R72A 4PP0A 4XTCQ 3Q25A 3KSXA 3K00A 1PB7A 3O6IA 4LA9A 2P2AA 5CRYA 5I56B 1N84A 4OYVA 1SW5A 2XXQA 1B51A 1ZBMA 1PBQA 4QHQA 2DE2A 3I3VA 5F1QA 3USDA 3SKPA 3C35A 1NH8A 3PMXA 3FUZA 5K2XA 2Q89A 4PE5B 2A5TB 1DTGA 2ZNTA 3ZS6A 3M8UA 3IL1B 3K2DA 3M3KA 1LGBC 3PD9A 3TODA 3O66A 3SDFA 3OO7A 2OBGA 4F3BA 4IO5A 3U8QA 3CG1A 3SEYA 4JBZA 1A8EA 3FXQA 4EUOA 1DOTA 1P1UA 3BFUA 4F2OA 2Y7IA 1ZKBA 1MXWA 5DVJA 4OFLA 3QXMA 3TUSA 1QUKA 3MP1A 2B4MA 2OWSA 2D5WA 1SI0A 2VOZA 5DEXA 2Z22A 2F7BA 4QFKA 2DWIA 1JEVA 4F19A 1YPNA 3FVNA 4ZDMA 2XX7A 3FJMA 2F6PA 1LBCA 3H3GA 3TCGA 4IO3A 4KI0E 2OCUA 3HHFA 5B70A 5DEXB 2UXAA 5LOMA 3TTMA 3K02A 2V3QA 1FQDA 4O3BA 4OZ9A 1FTMA 4F18A 3RN8A 1II5A 2UVIA 3RUMA 1JVYA 4I62A 1JW1A 3RT6B 4NF4A 3IORA 4HS7A 1MXVA 5HBCA 1P1NA 4DZ1A 3MVZA 2F6GA 3O2AA 4RPOA 1R9QA 4JWXA 4NF4B 3UN6A 3CSGA 3IB2A 3PUVE 4ZS9A 4QFLA 2QS4A 2ONKE 4R6YA 1NH7A 4YKJA 2YJPA 2X26A 3LSWA 2VHAA 4OESA 1MM7A 1B52A 2NWJA 4RJZA 4XKRA 3H6WA 2QMWA 2V3TA 1MQIA 2XXWA 2FA7A 3Q26A 4FECA 4TLLB 4OENA 3RTWB 1MRPA 4MH5A 1M5BA 4ZE9A 2GRVA 3T9UA 2DQVA 3TTLA 4OMBA 3S9LC 3V83A 2I0CA 4YKPA 2D3IA 2ZYNA 3TPAA 1Y1MA 3PUXE 1UTBA 1B2HA 2H25A 4LQ2A 3V8XB 2RCAA 1MM6A 1I6AA 1B3HA 1UTBB 3PPRA 2B4LA 2DXYA 2THIA 1B6HA 1XC1A 1CB6A 5L8DA 3O97A 3H6VA 4LZ8A 1GTKA 2H5YA 1VR5A 3CIJA 1B0LA 4AQ4A 3FVOA 4LUBA 1N04A 2Z8DA 4QSCA 5I59A 2NVUB 1JEUA 2F5XA 2VD3A 2OWTA 3G3GA 4JWOA 4ISUA 2XD2A 2KLFA 5I57A 4TLMB 1UTHA 3CSBA 1B5JA 4NF6A 5I59B 1QKAA 2ZNSA 2WOPA 1MXZA 2Q88A 3CI8A 4N07A 1VFEA 1EH3A 1SBPA 4Q5TA 1AL3A 5I57B 3T9VA 1MQGA 5JTYA 4FATA 1UTHB 4H5FA 4EF1A 4NF6B 4PFUA 5KZTA 1HSJA 1AH5A 2ZYKA 3MVXA 3SEVA 3IB1A 4KFQA 1SW2A 5JTYB 3SETA 3IO4A 1USYE 1NFTA 1PDAA 1OIBA 1TFDA 2DE3A 3K1PA 2I3WA 2HAUA 4DXCA 4OWDA 2DVCA 2VP1A 2ONRA 1S50A 1Y1ZA 4YB6A 3U72A 1VE4A 3ODBA 3G3JA 4KCCA 3IJXB 4GXAA 3KN8A 5B7DA 1B3LA 1BTJA 4P0IA 3TMGA 3R26A 4Q8RA 2CMOA 3MBPA 1IUDA 3KSJA 1ATGA 5BWJA 3QIMA 1UIVA 2ZXTA 4LATA 1IXGA 5DYHA 3PV0E 4HCYA 1MY4A 2QSXA 2VD2A 4IGRA 1B7ZA 3IJOB 5I2KA 1B40A 2DWHA 1Q1KA 1XVYA 1FTJA 1B32A 3MJNA 5I2KB 4U2RA 2PT1A 3ILTB 4NTLA 3U92A 5H8HA 2NOOA 4C1UA 3EHTA 4HCWA 3IB0A 3KJ7A 1Y3QA 1MY1A 4H67A 1B3GA 4R9FA 1Z7NE 3Q29A 1N0TA 1IIWA 2OZZA 2WOLA 5CI5A 4I9DA 5H8HB 1B9JA 4RY1A 3C36A 3A09A 4KCDA 4KQPA 4ONYA 3DM0A 4Q30B 1OVBA 5I2NA 3LSXA 3SERA 1RYXA 3QSLA 1UQWA 3EPEA 1A99A 4YKIA 5IKBA 3QUJA 3MP6A 5I2NB 5CMKA 2PYYA 4EXKA 3DRJA 3Q28A 1LB9A 3IOWA 1FTOA 3IOVA 1AOVA 1XHYA 3VVEA 4BDNA 3IOTA 4NF5A 3AXFA 3IO6A 3PPPA 4GIZA 1MY3A 1MH4A 3VFJA 3TQWA 1SQYA 4YU0A 1P1WA 2PVUA 4YAHX 1IQ7A 2REGA 4NF5B 4N13A 3P7IA 4EQ9A 4YKKA 4FEDA 4BDRA 2Z23A 3V89B 1MQDA 3UGWA 4ESWA 1B58A 1OLCA 2VGQA 2XX8A 5FHNA 3BFTA 3K1MA 3ZKKA 4P11A 1MXUA 1QKBA 2HXWA 3FASA 2RINA 3GLBA 3KN7A 2XXPA 3D4GA 1T0KA 1JETA 1FTLA 1MXXA 4OEUA 2H9BA 1P1OA 1ZIUA 1GGGA 3RLFE 4LZ7A 2HAVA 4RXLA 3DRKA 3FV2A 4HW8A 1QULA 4H5GA 1A8FA 1M5CA 3FGSA 4H1XA 4KPTA 3LUYA 4THIA 4GXSB 3V5AA 3QAXA 3O6PA 3MAMA 3I5OA 2AL4A 2Q8JA 2DXRA 4GFRA 4EF2A 4EDPA 1LAHE 3TTNA 2XXYA 4E0WA 3TEPA 2QS2A 1YAEA 2I0BA 5JEIA 2I49A 4R6HA 5TPAA 4RK9A 4ZEIA 1LFHA 3MPLA 2G29A 4POXA 1H3DA 4FAJA 4F3SA 1Y9UA 3MC2A 4G4PA 5K2YA 5TPAB 4RNSA 4YZZA 1EU8A 1TXFA 3LVUA 2AYSA 3TELA 1MPCA 2XXTA 4U1ZA 3TZAA 4KYEA 1QVSA 1J1NA 3H6UA 2GH9A 3C34A 3CRBA 2P1SA 3QK6A 3LR1A 4G2ZA 4ZE8A 3DP6A 3G3KA 2Y7PA 4OFJA 1LFGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5HA 4GD5A 1TT1A 1EZPA 1N3WA 1B4ZA 3SZPA 3JZJA 4JDFA 3U1OA 1D9YA 4X9TA 1K9ZA 4GWOA 4U4SA 4RPNA 3K6UA 3MPKA 4M4GA 1WDNA 1LBVA 3OD7A 4PFWA 2RC8A 2NXOA 3D4CA 5ITPA 3RTFB 4HE1A 3EQ1A 4R75A 1HSLA 3ILUB 5ICTA 1USYH 2XWKA 4FEBA 1JW5A 1O7TA 3S4UA 3LSFB 3W9WA 1Y4TA 2QRYA 1B1XA 3C9HA 2DE4A 3L6GA 1DBZA 5L9MA 3E79A 1IMFA 4OVPA 3O9PA 1D9VA 3TKDA 1LCTA 2WKYA 3LV0A 2XXUA 4PFBA 1NI9A 1CE2A 3ISPA 2QMXA 4H65A 4U22A 2HFBA 3T66A 5KDTA 3HHGA 4OTEA 2FBPA 2XHDA 2ZZWA 4POWA 4G8NA 3WAFA 4F1UA 2F78A 2Q2AA 3EHSA 1DTZA 2I4BA 1IXHA 4KR5A 2O68A 5KDTB 1URSA 2Y5LA 3TAJA 2F97A 4PC9A 2XXRA 2PX1A 4N6KA 3K6XA 1ANFA 4R9GA 4ZEBA 3FXRA 1FPGA 1MH3A 2GHAA 1MXYA 5L9OA 4BDOA 4MBPA 3DRHA 1OMPA 4RA1A 4DI4B 1FSAA 2DWAA 5TP9A 2H99A 1SYHA 4PQJA 2ZYOA 3OO6A 4LZ5A 1XOCA 3H06B 5IZZA 2E1SA 1Z7ME 5TP9B 1FBHA 1POTA 2V25A 3QUFA 4PDDA 1LAGE 2H4IA 2WOKA 2WEFA 1MDP1 3DRGA 4IY5A 5H8QA 4YB7A 4U21A 2LAOA 2DOJA 1ZMGA 5EHSA 3FTOA 4X8RA 3KC1A 3R7XA 5H8QB 1AMFA 2Y5KA 1H76A 1XS5A 4NF8A 3QMFA 5ITOA 3T9XB 4PBQA 4H0WA 3OOAA 3GBAA 4N6DA 3N6UA 3FXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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