2Z23A

Crystal structure of y.pestis oligo peptide binding protein oppa with tri-lysine ligand
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ANVPTGVQLAEKQVLVRNNGSEPQSLDPHKIEGVPESNISRDLLEGLVINDPNGNIVPGAAESWDNKDFKVWTFNIRKDAKWSNGDPVTAQDFVYSWQRLADPKTVSPYASYLQYAHLTNIDDIITGKAAPDTLGVKALDDHTLEVTLSEPVPYLDKLLAHPLMSPVNKTVVEKFGEKWTQPQNFVGNGAYKLKDWIVNERIVLERSPTYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPDQVHVDPYLCTYYYEINNQKAPFTDARVREALKLGMDRDIIVNKVKNQGDLPAYGFTPPYTSGAELTPPEWFSWTQEKRNEVAKKLLAEAGYTKDNPLKFSLLYNTSDLHKKLAIAAASIWKKNLGVDVKLENQEWKTFLDTRHQGTYDVARAAWCADYNEPSSFLNMMLSNSSNNTTHYKSSVFDKLIEDTLKVKSEKERADLYQQAEIQLDKDSAIVPVFYYVSARLVKPYVGGYTGKDPLDNMHVKDLYIIKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
publication title Structures of OppA and PstS from Yersinia pestis indicate variability of interactions with transmembrane domains.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Peptide binding protein
total genus 173
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2z23A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z23A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2z23A02
1OIBA 2Q2CA 3Q27A 4G4PA 2NXOA 5CBSA 1JNFA 2Y7WA 3VXBA 2B3FA 3CFZA 1MQHA 2Y7IA 1DMBA 4F39A 2NUVA 3RY3A 1LBBA 1M5EA 4LZ7A 2O1LA 1OQHA 1HSLA 3CRBA 3OSQA 3KN3A 2DVCA 3E9XA 4PFUA 3SKPA 4BDOA 4R6YA 2DWJA 4TQUQ 4F1YA 4EF2A 4HCWA 5H8NA 4U23A 4H0WA 5DTBA 3KSJA 3W9WA 1O7TA 3CG1A 1KWHA 4EXKA 4NF6B 2DXRA 4EDPA 4ONYA 2V3UA 3KOTA 3N5LA 4WKMA 5DVIA 5BUUA 4RPOA 2X26A 3M3FA 2I4CA 2ZYNA 2OWTA 1BP5A 2ZYKA 3K1PA 1XVXA 2DWAA 1EZPA 3TKDA 3RTFB 1XS5A 1QW0A 4YMAA 3TTLA 1LSTA 2Y7KA 2Q2AA 3TQWA 3KOSA 1AL3A 1Y3PA 1MXZA 1POY1 3DRHA 3PPNA 1QKBA 1I6AA 4KR5A 4DLDA 3K01A 1USYE 5B70A 3E13X 1NNPA 4KFQA 4NF6A 3DRFA 1OLCA 2I58A 3MZ1A 4I1DA 3QXMA 1MY0A 1CB6A 1CE2A 4F19A 3UORA 3K0VA 2XXYA 4OVJA 2HFBA 3CIJA 4QF9A 1SQYA 2I48A 3U94A 4OEVA 2NWJA 1VE4A 3QUJA 3K6VA 3SEXA 3TQLA 1B3HA 3BKIB 3VV5A 3H6WA 1XT8A 2F34A 4RA1A 3ILTB 3G3JA 4ELRA 1VFEA 1SW5A 4EQBA 4R73A 4F1UA 3UIFA 2UYFA 2UYEA 3G3FA 3T93B 3PAMA 2VD2A 5I59B 3KN8A 4AQ4A 3SESA 2NVUB 3OEKA 4O3AA 2F7CA 1UIUA 4JB7A 1B5IA 3V8XB 2CMOA 1B3EA 2F35A 1N0TA 1ZLQA 4O3BA 4OFOA 1D9VA 3FJMA 4EQ7A 3PPOA 3FJGA 5KDTB 3B6TA 3HCQA 3R6UA 3H3GA 3KJ7A 1B5HA 3MVXA 3FVGA 2OLBA 3OXNA 4I8CA 3A09A 5I59A 2ZMBA 4RJZA 2R71A 2ZNUA 3PD9A 4ELOA 1B58A 1MY2A 4FJPA 3PPRA 4H67A 3R26A 5TPAB 3K6XA 3G3HA 3PUXE 4MFIA 3RN8A 1MQJA 2AYSA 5CI5A 4ZZEA 2P0SA 2DP8A 2YPNA 3I6VA 4OENA 4WEDA 1ZJLA 4XIGQ 5KDTA 3G7WA 1OMPA 4GL0A 1XOCA 2WOKA 1H44A 3FVKA 1MXYA 3EN3A 2Q8JA 1B4ZA 4FORA 4XKRA 2BJJX 1DTZA 4R9GA 4EQ9A 1N3XA 3ODBA 4F22A 1XHYA 1MPDA 1MXVA 2QL3A 5TPAA 4DXCA 3PPPA 4X1DA 3O9PA 2Z8DA 3I5OA 3MP8A 1YCJA 5ICTA 3RT8A 3G3GA 4KYDA 2D21A 1D3KA 2DOJA 4HW8A 4ECFA 2E1SA 3TTRA 3CFXA 4ZECA 3S9NC 4BDMA 2Y7RA 3THIA 1B52A 4G8HA 3HO7A 3O2AA 4ZS9A 4GVOA 1A7LA 1O63A 4GLIA 4PP0A 4OWDA 4O3CA 3DP4A 3SEVA 3OENA 2PMSA 2QPQA 2DWIA 3OO6A 2V3QA 1S50A 1F9BA 1H45A 4XXUA 4IO4A 4ZEFA 1B7UA 3O6HA 1A55A 3T66A 2B3BA 1D9YA 4P11A 3BFTA 2XXPA 3TFLA 2R9JA 1AH5A 1ZIUA 4ZE9A 2FNCA 4Z0IA 3C32A 3IOUA 4YKKA 1B6HA 2VD3A 3TDJA 4JXIA 3IORA 3OEMA 3DLNA 1S9TA 3MUQA 1N04A 4EF1A 4L17A 1GGGA 4F3SA 2D5WA 1TWYA 3LUYA 1NH8A 3TCGA 4JWYA 1QUKA 3IJOB 1R9LA 3DM0A 1PEBA 3T96B 3OOAA 3CR9A 3IO6A 3V89B 2AIXA 2IEEA 3EHSA 2THIA 4HTGA 4PQJA 1BTJA 1Z7ME 2ZXTA 1XVYA 5CC2A 4G8NA 2QJEA 3CG3A 1I69A 2XXUA 3DP6A 4UA8A 3TTKA 2YLNA 1FTJA 1FTLA 1ZKBA 4MLVA 4ZEIA 2CZLA 4RY1A 3TMGA 4Q30B 4R6KA 2XXXA 4RNSA 1TFDA 3O6IA 2LAOA 1HSJA 2XD2A 4R72A 3TUSA 4OETA 4HS7A 2F6PA 5DEXB 4RK9A 1SI0A 1P1QA 4DXUA 4GQOA 3N94A 1P99A 4G77A 1MY3A 1B9JA 3SEWA 4YB7A 1FQEA 3S2VA 1FQDA 5H8HB 1VFDA 3C33A 3PMVA 3CFLA 3MPLA 3A3UA 5JK4A 4AB6A 4R2FA 3SDFA 1J1NA 2REJA 1NMUA 1IXGA 4H8IA 1IQ7A 4MH5A 1POTA 2Y7PA 2B4LA 1ANFA 4LA9A 1NNKA 1BLFA 1AIVA 1N7WA 5DEXA 5HBCA 3H6UA 4EXLA 5HM4B 2XXRA 1IXIA 5B7DA 4K3FA 4ZDMA 3L6HA 1IXCA 2DQVA 3RNNA 3MBPA 4YKPA 2XXHA 1YAEA 2H4IA 3FJ7A 5H8HA 1M5FA 3PUVE 2ESNA 4PETA 4YB6A 4WEPA 3TODA 3CVGA 2FYIA 5CRYA 2Z22A 3HV1A 2F7AA 3KG2A 4KD5A 3E3KA 1UTBB 3BFUA 1P1OA 1SYHA 4ZEKA 4PFWA 2XD3A 4YAHX 3KBRA 4I9DA 3U72A 1PBQA 1JVXA 3JZJA 1DOTA 1MQDA 4QFOA 3ZKKA 1B4HA 1FQBA 3LSFB 4GL8A 2Q89A 2V93A 3I3VA 5CBRA 5AA4B 3ZKLA 2REGA 5FHMA 1SYIA 4DCXA 3OO8A 5H8SA 5I56A 4NMYA 2O1MA 5ITOA 1UTBA 3TELA 2V84A 3VE1B 4OYVA 1OQGA 2RC9A 4NWDA 4ELQA 4GXSB 1BIYA 3FUZA 2H5YA 3VLWA 4U2RA 5AA4A 2PT2A 4X1BA 1AMFA 1M5BA 3FIRA 5H8FB 3QYTA 4FAJA 4HCYA 4NE4A 2O7UA 3KJTA 3FV1A 3FTOA 4TLMB 2Y84A 5KZTA 1LFHA 3N6UA 2ONSA 4POXA 3FXRA 4PFYA 4OXVA 2Q88A 3KGCA 4KHZE 1LBCA 1MPCA 2ZNSA 2PT1A 1EU8A 1IZ1A 4F31B 4RPNA 5CMMA 4R75A 5AA1A 3DP8A 4GOTA 1EH3A 3IOWA 1MY4A 1USYH 2DS9A 2HAVA 4X9TA 5JEIA 4F3BA 5H8FA 3RGYA 3MWBA 5IKBA 4QFLA 5ELVA 2P1SA 5A5XB 3T9HB 2DVZA 3GBBA 2I4BA 4QFNA 3OMBA 4OHNA 3F11A 1Y4TA 5DVJA 4UACA 3FVNA 2XXVA 1H76A 1OVBA 1R6ZA 3T9XB 3U1OA 4U21A 3TCHA 1N7XA 2QMXA 4F2QA 3ILUB 3DRGA 2O69A 3W15C 4BDQA 1US4A 3K02A 5I58B 3S4UA 2RINA 5A5XA 3SETA 1FTOA 4F18A 4POWA 2O68A 2PX1A 3TYHA 4LVQA 4GFRA 3H6TA 2DE4A 2D3IA 3QK6A 4QHQA 5K2YA 2ONKE 4GIZA 4QSEA 5CMKA 5AA2B 2RCAA 3D4GA 2OBGA 3HSTA 4F1VA 3UK4A 2HAUA 1EZ9A 1OVTA 3T9UA 3DRJA 4N6PA 1B40A 2E0SA 1I6BA 4R6HA 1QVSA 3T22A 5I58A 5CM6A 3MJNA 3MVZA 4E0XA 3TZAA 4N07A 1MY1A 3SERA 5J1DA 5AE4A 3O29A 2UVIA 2QS1A 3C4MA 4RXLA 4H1XA 4ESWA 3K2DA 2O51A 3B7DA 1YTVA 2XXIA 1II5A 1FQAA 4JWOA 3EPEA 5AA2A 1R1NA 5FTIA 3PUZE 1P1WA 4G68C 3RPWA 2WOPA 4KQPA 5I57B 3Q25A 2XXQA 4OZ9A 3KSXA 1MXUA 3LSLA 1A8EA 2XXWA 4NF4B 4ELPA 1ZMGA 3T9VA 3MZ9A 2I0CA 2XHDA 4N13A 4GD5A 5EHSA 1PB8A 4ZE8A 3M3LA 3IR1A 1OLAA 5CMCA 2ALUA 3UGWA 3G3KA 3IX1A 2H9BA 2H98A 1A8FA 3C31A 4GF8A 5I2KB 3VVFA 4YMBA 3QSLA 2GHAA 2RC7A 1LCTA 3MZBA 3EHUA 3H03A 3ZSFA 4H5FA 3VVDA 5I57A 3O66A 3V5AA 3N6TA 4NF5B 3QUFA 1JW5A 4NF4A 1UTHB 3M8UA 1TT1A 3OO9A 1JEVA 1M5DA 5TP9B 1PBPA 4F2OA 5AA2D 3LSWA 2VHAA 2XX7A 1UQWA 3FASA 5I2KA 1ZBMA 3VXCA 5I84A 1IITA 4YB5A 1WDNA 5FHNA 1JQFA 1MS7A 2ONRA 2B65A 1FCKA 4OFLA 3VLVA 4LUBA 4LZ8A 4JWXA 2O7IA 4NF5A 3PPQA 4QFKA 1UTHA 3IO4A 5TP9A 1Q35A 3WAFA 2I49A 2O6AA 5ICQA 5AA3A 1B1HA 2KLFA 3H06B 1MG1A 3VFJA 1FTMA 3MVYA 1B3LA 1QUJA 1Y1ZA 4QRZA 4GWOA 4BDLA 2F7BA 3IK6B 3K6UA 2AL4A 2VGQA 1JW4A 1IEJA 3H6VA 3FVOA 3RT6B 2XXTA 1N76A 3H7MA 1URSA 4THIA 3RLFE 2OK2A 3ECRA 1FW0A 3TTNA 1B2HA 2GRVA 2I6EA 3HN0A 3B6WA 3VDFA 3ONMA 4FECA 1QJMA 4DXBA 2VOZA 3R7XA 2DXYA 4DDDA 1B7HA 2OZZA 3K6WA 2DE2A 1MXWA 3O97A 3U92A 1DPEA 2DSFA 3CSBA 5CMBA 5L9OA 4YKJA 1MH4A 4U22A 4X48A 1NH7A 3CHGA 3TCFA 1TXFA 4H8JA 3MAMA 2XX9A 2I0BA 4C1UA 4IGRA 2XX8A 2VP1A 2X7QA 3IB0A 2A5SA 4MF3A 3FD3A 2PBWA 1URGA 2QRYA 2I3WA 4ZEBA 4Q0CA 5L9MA 2UXAA 3EF7A 4OQOA 2F97A 3LR1A 1JW1A 3VVEA 3K1MA 3MW0A 4LZ5A 1P1NA 1WVJA 3BBRA 4JBZA 3RQTA 2RCBA 2GH9A 4IO6A 3OD7A 3G3IA 1SI1A 3O28A 1A99A 4ESXA 1FTKA 4IO5A 4F3GA 4P0GA 3IL1B 3CI8A 3LBSA 1QKAA 4MLQA 3ZS6A 4IY6A 3LSXA 4IO2A 2Q9TA 3TEPA 5L9SA 3CSGA 5F1QA 4U4XA 2PYYA 2PVUA 1SW2A 3PUWE 1LAFE 3HPIA 2HEUA 4PFTA 4IY5A 2RKMA 3OSRA 5EYFA 1PB9A 1A40A 1GR2A 4OTEA 5IAIA 1JEUA 4QSCA 4OERA 4ND9A 3KEIA 5KCJB 2UVJA 3KN7A 1URDA 2H99A 2UVGA 1MH3A 3MQ9A 1Y3NA 4F29A 1QULA 4FATA 3SEUA 3MP1A 4H65A 1EZOA 3K00A 1SDXA 3IAZA 1WODA 2IA4A 3N26A 1Y1MA 1D4NA 3GBAA 4ISUA 3IOVA 1O64A 4C1TA 1LAGE 1LB9A 1FQFA 3FZVA 2DWHA 4DCYA 1SBPA 3UN6A 1HSEA 4IO3A 3PMXA 2F78A 3TTMA 1UIVA 2V25A 1N84A 5KCJA 1B32A 3W9VA 4OMBA 5L8DA 3U93A 2HZLA 2V3TA 3B6QA 3GZGA 4ZZAA 1B5JA 5DVFA 3O6GA 5LOMA 5FTHA 2F8DA 4OESA 1MDQA 1MQGA 3H4ZA 1LCFA 2ZYMA 1GVCA 1VSOA 1B3GA 2P2AA 1DSNA 2OWSA 4KCCA 4TOZA 1B7ZA 2ANJA 4LONB 5BWJA 2RF1A 4Q5TA 3UP9A 4YZZA 3C36A 3OELA 4XTCQ 2WKYA 1ZU0A 1YPNA 4JDFA 4U1OA 5JTYB 1L5TA 4LQ5A 3JV9A 1LFIA 1B05A 4QFPA 1B46A 3K4UA 1RKMA 3AXFA 4IO7A 4DE8A 3U8QA 4R74A 4LP2B 5DT6A 3OO7A 3EHTA 4KYEA 3C9HA 3HHFA 3QAXA 4C0RA 4G2ZA 3RTWB 4M4GA 1NFTA 1LB8A 3DRIA 3MC2A 4YU0A 4XKQA 4E0WA 3LC8A 5JTYA 2ZNTA 4XKPA 5H8QB 5EHMA 1JVYA 3FV2A 4Z7EA 4TLLB 3SEYA 4I62A 1LAXA 5FHOA 3JYRA 2Z8FA 2ZYOA 1R9QA 1Y9UA 4XKNA 1MQIA 1S7YA 3Q28A 1PC3A 1B1XA 3UA8A 4GXAA 3A3CA 3MVWA 1DPPA 1I6QA 2HQ0A 4R9FA 2QSXA 1MRPA 4BDRA 5ITPA 4G68B 2UVHA 2I3VA 3FXQA 4FEDA 2WOLA 4RK2A 1LGBC 1MDP1 5H8QA 2FA7A 4H6DA 4JSDA 1LFGA 1MM7A 4U1ZA 2GHBA 3FATA 3DELB 1Y4CA 5F7VA 3TAJA 1ELJA 3LVUA 2GFEA 2RC8A 1ATGA 1IUDA 2DYXA 4KCDA 1IIWA 3EQ1A 3IOTA 1H3DA 2ABHA 3V83A 3FGSA 4EUOA 2YJPA 3PGFA 4YICA 4G68A 4NTLA 2Z23A 1SW1A 3GXAA 3C35A 1Z7NE 4BDNA 1VR5A 4P0IA 2A5TB 1Q1KA 1PDAA 1PB7A 1B0LA 2Z8EA 3E4RA 1JETA 3D4CA 2F36A 2HCAA 4RYAA 4H5GA 3MP6A 2G29A 3S9LC 3Q26A 1A54A 4BLAA 4OFJA 2X7PA 4IB2A 2NOOA 3USDA 1NKXA 1QUIA 4GRKA 3VLUA 1GTKA 2R6GE 4KPTA 4DIGA 1RYXA 1US5A 2F5XA 4FE8A 1MXXA 3PUYE 4FIMA 1AOVA 4QSDA 4ZEDA 2A5TA 1B51A 5ISUA 4U4SA 2AL5A 1SVXB 4LATA 2OCUA 3TPAA 3O6PA 1MPBA 2QMWA 3RUMA 3K1NA 4Q8RA 3QIMA 3KFMA 3PD8A 4OEUA 2QS4A 3P7IA 2H25A 4IGTA 2QS2A 3RYAA 4NWCA 4NF8B 3L6GA 4PE5B 3RYBA 5M2VA 3HHGA 4NEDA 5TU0A 2G93A 3WAEA 4M1VA 4YKIA 1SW4A 5I2NB 2HXWA 3KZGA 1LLSA 3PV0E 4MBPA 1N3WA 2M8CA 2O84X 1BKAA 3FXUA 2F6GA 2OJTA 2W7YA 4LQ2A 1T0KA 2QS3A 1M5CA 4G8MA 1DTGA 2HZKA 1B3FA 5HPQA 4F3PA 2B4MA 1ZTYA 4FEBA 4NF8A 3IJXB 1NNFA 1Y3QA 5DYHA 3PMWA 3C34A 3DRKA 1LAHE 1B0HA 1GV8A 1FQCA 1TFAA 4WXJA 3IB2A 1Y20A 1XC1A 4JSOA 3S9MC 3Q29A 2DE3A 1RYOA 5I2NA 4KI0E 1SD3A 1MM6A 3S9EA 3MPKA 1P1UA 5H8NB 3PU5A 4KYSA 1IXHA 4R2BA 5I56B 1H43A 1NL5A 3IB1A 3M3KA 5K2XA 4DZ1A 1NNTA 3GLBA 4AB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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