3RY3A

Putative solute-binding protein from yersinia pestis.
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
492
structure length
489
Chain Sequence
TLQLAIGDEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Putative solute-binding protein
total genus 148
structure length 489
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3ry3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ry3A01
4R2BA 5AA1A 1WDNA 3G3KA 3H03A 4Q30B 2Q2CA 4WEDA 1BLFA 2VHAA 1MQHA 1SI0A 3I5OA 2UVIA 4IO3A 2UYEA 1PEBA 3PUWE 3K6UA 3M3FA 4YZZA 3MVWA 3Q29A 5M2VA 2RC9A 4R75A 3KEIA 3VDFA 4LZ8A 1GTKA 3SKPA 4FEBA 1DTGA 1LCFA 1SDXA 3RTWB 5FTIA 1NNPA 1OMPA 4HS7A 3E13X 4MH5A 2DWHA 1HSEA 3T9VA 2PMSA 1SW2A 3FATA 3H7MA 2RCBA 4IY5A 2NVUB 3S2VA 3SEWA 1LLSA 1FTMA 1IZ1A 1I6AA 2Z8DA 3MP8A 1S50A 3RNNA 4LUBA 3HHFA 3UP9A 3PPOA 5CBSA 1T0KA 4NF8A 3U92A 3HHGA 1H43A 2YPNA 3ILUB 3OEMA 4NE4A 2DWAA 4GWOA 4KYDA 1B4ZA 4F1VA 5FHNA 3DRFA 4AQ4A 5I58A 4YAHX 5JTYA 3MPLA 4ZEDA 3I6VA 2OLBA 3EHSA 5HBCA 4C0RA 1MH4A 3L6GA 1B58A 4TLMB 3TYHA 1O63A 3VVEA 3QAXA 1B3FA 1LAHE 1NMUA 3EF7A 2OK2A 3OMBA 4OENA 2DWJA 2O69A 1UQWA 3TDJA 3IOUA 1R1NA 1Q1KA 4R9GA 1BP5A 4BDRA 2Z22A 5ICTA 1IXGA 3RQTA 1XS5A 2OJTA 3W9WA 3IAZA 2QJEA 2B4MA 3OOAA 3VLUA 4OYVA 4IY6A 1Y4CA 2DXYA 2F35A 3VXBA 5B70A 3DRHA 3LSXA 4DZ1A 3KG2A 3S4UA 2CMOA 2NOOA 2RINA 3R7XA 1VFEA 2O1MA 1P1NA 2UVGA 1JQFA 5KCJA 3ODBA 3TCGA 4BDMA 4EQ7A 4LQ5A 3ZKKA 5I58B 4OETA 3CVGA 1LFIA 4ZDMA 4F3GA 1D9YA 4YICA 3KSXA 5I56B 4LZ5A 3ILTB 5CMCA 2I4CA 4XTCQ 5CM6A 3M3KA 2QRYA 1B5HA 1XOCA 2F5XA 4RJZA 2OZZA 3CFLA 5DEXA 1B4HA 1R9LA 3HV1A 1Z7NE 3JYRA 5I2KB 3RLFE 4XKRA 3HPIA 1N3WA 3OO6A 4JB7A 3H6VA 4ELPA 4HCYA 5ISUA 3VVDA 3C9HA 1I6BA 1BIYA 3FJGA 3FJMA 4R6YA 4FATA 5I56A 3O29A 3FXUA 3PAMA 1MXWA 1B7ZA 1OVBA 4YU0A 5HPQA 4ZE9A 1B40A 4H6DA 4QHQA 1PBQA 3O66A 3MVXA 3U93A 2XXYA 3C34A 3TCFA 2D3IA 4Q0CA 4QSCA 2H99A 3IB1A 5DEXB 1A8FA 2NUVA 4F3SA 5TPAA 5I2KA 3PUZE 3VLWA 4DXUA 3O2AA 4X48A 1B46A 3RYBA 4GL8A 4ZZEA 1ZKBA 4I8CA 1DSNA 1EZ9A 3GXAA 3K6VA 2PX1A 3B7DA 5CI5A 1FTOA 5H8HA 4F3BA 1SD3A 1FTKA 4QFPA 2XX8A 3S9LC 4FORA 1HSLA 2I0CA 3IX1A 2CZLA 1ATGA 3SEXA 5L9SA 2DS9A 1I69A 3PPNA 5AA3A 3GLBA 2GH9A 4DCYA 2F8DA 2I0BA 2W7YA 4DXBA 3KN8A 3T93B 2XXUA 4DE8A 1ZMGA 1A40A 2XXHA 2I3WA 3IJXB 4NF8B 3OEKA 4GL0A 5HM4B 1URGA 2Y7PA 3CIJA 3L6HA 3QSLA 2PT1A 4H5GA 4MF3A 4E0XA 1LB9A 3BBRA 4G68C 1URSA 5JTYB 1ZU0A 1H45A 2QS2A 2XHDA 2V93A 4FIMA 4GXSB 1P1UA 4QFLA 4R74A 5H8SA 1AOVA 4HW8A 2UVJA 3RUMA 3HSTA 4OMBA 2HFBA 2Q8JA 1EH3A 1A54A 5CBRA 4KD5A 1FQFA 2DVCA 4MLVA 3FXQA 3V83A 2XXIA 1MH3A 2R71A 5EYFA 3K4UA 2Z23A 4FE8A 3K1NA 3PD8A 1GVCA 4N13A 1MQIA 3ZKLA 2THIA 3K2DA 4MLQA 2ESNA 5ELVA 5TU0A 5LOMA 3K6WA 3FVGA 1CB6A 2XD3A 3OO7A 1MM7A 3HO7A 3TPAA 2AIXA 4EXKA 4G8HA 3PUYE 3V89B 2XD2A 3QUFA 4ZE8A 2RKMA 1N3XA 1SQYA 2WOLA 2RC8A 3IOTA 3KJ7A 3O6IA 4KCDA 1URDA 1OQGA 2V84A 3TUSA 2XXXA 1M5BA 1WVJA 5DT6A 2WOKA 1B5IA 2ZXTA 2V25A 2AL5A 3QYTA 3IB2A 4H8JA 5DTBA 1LAGE 4BDQA 1AH5A 3TODA 2F34A 4PFUA 3TZAA 3T66A 5DVJA 2AYSA 3B6WA 2F6PA 2R6GE 3IOVA 3T22A 4I9DA 2ZYKA 3H6TA 4JBZA 4ND9A 4OQOA 2O68A 4XXUA 3RGYA 1SYIA 4R9FA 5AA4B 3EN3A 3T9XB 1VR5A 3E9XA 3T9HB 2GHBA 4N07A 2A5SA 3IL1B 3O97A 4X1BA 3FUZA 4C1UA 4DLDA 2NXOA 1Z7ME 5L8DA 4QFOA 1FQDA 2DXRA 1B05A 3JV9A 3MAMA 3KOSA 1NNFA 3BKIB 3VFJA 1FQEA 2XXQA 3FVKA 4F18A 1IUDA 5A5XA 5CRYA 4RPNA 1H3DA 1DMBA 3PPRA 1VFDA 2VP1A 4RYAA 1YAEA 1YCJA 3OO8A 4U4SA 5ITOA 5TPAB 3A3UA 1R6ZA 4BDLA 3FJ7A 1SYHA 4OEVA 1H44A 4DCXA 2F6GA 2X7QA 3A09A 1O7TA 3CG3A 3KN3A 1GR2A 4BDOA 1P1WA 1N7XA 2ZYOA 3PPQA 4LP2B 1JW1A 4R2FA 5FTHA 1N7WA 1FCKA 1MXYA 3FGSA 3IO4A 5H8HB 4F39A 5FHOA 4KCCA 3RY3A 4F1YA 1JETA 3DRJA 1N84A 1MG1A 1ANFA 3FIRA 4TQUQ 5CMBA 3SESA 4YMBA 4JXIA 1LGBC 1XT8A 5BWJA 1SVXB 1B1HA 1IITA 2QS4A 4JWOA 4NEDA 1MY0A 4RXLA 5K2YA 4OTEA 4XKNA 1Y9UA 2V3QA 2HAUA 3GZGA 3K1MA 4RNSA 4YB7A 1LAXA 3F11A 3U1OA 2X7PA 1SBPA 3KJTA 2B3FA 4QRZA 4PFWA 1KWHA 3BFTA 3U72A 4NF5A 5I2NB 3N94A 1DPEA 3C35A 3K00A 3VE1B 4OEUA 1HSJA 1MY4A 1MRPA 1A7LA 3OSRA 1GV8A 4QF9A 4Z7EA 5F1QA 1JEVA 3LSFB 1TFAA 4JWXA 4LA9A 4MBPA 2B4LA 4OFLA 4WXJA 5DVIA 5CMKA 2ZNUA 1LFHA 2FYIA 4L17A 4QSDA 2I4BA 2P0SA 3G7WA 3ZSFA 1NNKA 1JEUA 4TOZA 4P0GA 1PC3A 1LBCA 3FV2A 4FJPA 3N6TA 1P1QA 1LFGA 2GFEA 1B0HA 4ZEIA 3SERA 3UK4A 5I2NA 4TLLB 3DM0A 2D21A 5L9OA 3Q26A 3MWBA 1SW5A 1FQBA 1P1OA 2H4IA 3SEUA 3W15C 1A55A 4NMYA 2Q88A 1LBBA 1TXFA 1ZBMA 1UIUA 3PUXE 4DDDA 3ZS6A 5AE4A 4OVJA 1VE4A 3U94A 2DE4A 2ZYNA 2RCAA 4H8IA 1O64A 3KN7A 4THIA 3SETA 3V5AA 4EDPA 5KCJB 2O7UA 1NNTA 3CR9A 5ITPA 3M8UA 4G8NA 3MBPA 3ONMA 3CFXA 3G3HA 1WODA 3WAEA 2IEEA 3RN8A 4RA1A 4K3FA 2VD3A 2HZLA 2UYFA 4IO7A 1JNFA 3WAFA 2O1LA 4EQBA 1DTZA 4F22A 4U1OA 4UA8A 1AIVA 1MDP1 4GIZA 1FTJA 2Y7RA 4G2ZA 3IJOB 3IOWA 1MY2A 4OWDA 1Y4TA 4YKJA 4IO6A 5L9MA 4EF1A 2OCUA 5AA4A 1MXUA 2B65A 5DYHA 1MM6A 1DOTA 2P1SA 1QKBA 1B2HA 3LVUA 2G29A 1A99A 3CHGA 4GLIA 2WOPA 3TQLA 2O6AA 3UORA 4F1UA 1SW4A 4U1ZA 2NWJA 4E0WA 1YPNA 3S9EA 4WKMA 2H5YA 4AB5A 3C4MA 1S7YA 2ALUA 2FA7A 3HN0A 4MFIA 4DXCA 1RYXA 5A5XB 1PB9A 2AL4A 4I62A 3TTRA 4ECFA 1XVYA 5BUUA 5KDTA 2REGA 2O84X 3H3GA 1NKXA 4QFNA 1Q35A 2I58A 2ABHA 4H5FA 4OHNA 4RPOA 5J1DA 5KZTA 1BKAA 2I49A 3H6UA 1MDQA 1SI1A 4FECA 4M4GA 3DRGA 4G68B 3I3VA 3N26A 1PB8A 3KZGA 4GD5A 2VD2A 3H06B 4LATA 4NWCA 3UIFA 4NF6A 4ELOA 2Q89A 3PUVE 3O28A 4OERA 3K01A 1M5EA 2ZNTA 3TKDA 3OENA 4GVOA 4YKIA 4JSOA 1A8EA 3RYAA 2QPQA 3V8XB 3MZBA 2QMXA 2ZYMA 3GBBA 4IB2A 5KDTB 2PYYA 3CG1A 2F7CA 2HQ0A 3FV1A 1LSTA 3CFZA 4OXVA 4NF5B 2DP8A 1BTJA 2REJA 4ELRA 3PU5A 3IO6A 1AMFA 1Y20A 2OBGA 3BFUA 4G8MA 4KFQA 3VVFA 5I57A 1IXHA 2A5TA 3GBAA 3FTOA 1ZLQA 2G93A 3DLNA 3QUJA 4NF6B 4WEPA 2Q2AA 5ICQA 2R9JA 1EZPA 2ZMBA 3C32A 4KHZE 1POTA 3R26A 4BDNA 3TELA 3MZ9A 3T9UA 3IK6B 3CSBA 2ANJA 3MJNA 1D4NA 3U8QA 5K2XA 4OZ9A 4JWYA 2PVUA 4GFRA 3TFLA 3W9VA 1B3GA 4KYSA 4LQ2A 4KQPA 2FNCA 3P7IA 3MQ9A 3UN6A 2HZKA 2DE2A 1ZJLA 4O3BA 4R6HA 2I48A 1M5CA 1MXZA 4H1XA 3Q25A 5AA2B 4X9TA 1UTHB 3KOTA 3KBRA 3PV0E 3RT6B 4F19A 3EHUA 4ZZAA 4ZEFA 1MQGA 1PBPA 1Y1MA 4YB5A 4ZEKA 2B3BA 2OWTA 1B51A 4HTGA 3MVZA 1OIBA 4F29A 5H8FA 3MC2A 1RKMA 4XKPA 1OVTA 3PMWA 4N6PA 4O3CA 4FAJA 5H8NA 5B7DA 3DRIA 1R9QA 5JEIA 1D9VA 4OESA 1QUJA 4Q5TA 3SEYA 2P2AA 1S9TA 1ZTYA 2RC7A 3TTKA 3K6XA 3PMVA 4EF2A 4R6KA 2QMWA 1UTHA 4U2RA 1MS7A 4PFYA 1OLAA 4ESXA 5IAIA 4UACA 1B7HA 1OLCA 1FQAA 2BJJX 3OO9A 4HCWA 4LONB 5DVFA 2ONSA 3PMXA 5TP9A 3QXMA 1J1NA 3PGFA 5H8FB 4PETA 4ZS9A 3Q28A 4KPTA 2QS1A 1NL5A 2E0SA 3FASA 1Y3PA 2QSXA 3H6WA 4H0WA 4NTLA 1B0LA 1UTBB 2XXVA 5F7VA 5H8NB 2ZNSA 4IO5A 2HXWA 4NF4A 2Y84A 3FVOA 3LC8A 1B32A 1XVXA 5I59A 3CRBA 2H25A 4JDFA 3SDFA 4C1TA 5CMMA 3VXCA 4KI0E 4POWA 3HCQA 1MXXA 3K1PA 1SW1A 2F7AA 4I1DA 1QULA 3G3JA 3RTFB 4QSEA 4Q8RA 1MXVA 3LSWA 1TT1A 4RY1A 2RF1A 5H8QA 4ZEBA 1MPCA 3B6TA 1FTLA 2D5WA 2DWIA 4U22A 3VLVA 4GF8A 4G4PA 1USYE 3K0VA 1B3LA 2H98A 1IEJA 1JVXA 1US4A 1UTBA 1ZIUA 3C31A 1JVYA 4QFKA 1B52A 5I84A 3QIMA 2XX7A 2F36A 2KLFA 4X1DA 4G68A 1LB8A 5I59B 4Z0IA 3T96B 1PDAA 5JK4A 4YKKA 1MPDA 3THIA 3AXFA 2LAOA 2HCAA 3JZJA 2DOJA 3KFMA 3O6PA 3C36A 3MUQA 2O51A 1F9BA 2XXRA 3Q27A 5H8QB 4BLAA 2O7IA 2ONKE 2V3UA 1MPBA 3DP8A 4RK2A 4IGTA 1JW5A 2HAVA 2UXAA 3LSLA 3A3CA 1QUIA 1XHYA 1IXCA 1NH8A 1QVSA 2DSFA 2GHAA 2UVHA 1NH7A 3KGCA 3OSQA 4FEDA 1MY3A 2I3VA 4KYEA 1VSOA 3FVNA 2PBWA 2A5TB 3O6HA 5I57B 4EUOA 1LCTA 4R72A 2F7BA 3SEVA 2I6EA 4ZECA 3IORA 3EQ1A 4H67A 3OELA 2VGQA 1IXIA 4G77A 4GXAA 1ELJA 3MW0A 4U23A 4M1VA 2Y7KA 5FHMA 4LVQA 3D4CA 3FXRA 3E3KA 1N0TA 3K02A 1B7UA 1YTVA 3QK6A 3N5LA 3CSGA 3ECRA 4KR5A 1L5TA 4F2QA 1GGGA 2F97A 1FQCA 1QW0A 3B6QA 3PD9A 2Z8EA 1FW0A 2YJPA 4YMAA 2XXTA 3CI8A 4P11A 2V3TA 2WKYA 5AA2A 3S9NC 4IGRA 2XXPA 3IR1A 1B1XA 1JW4A 3N6UA 1II5A 4IO2A 4EXLA 1RYOA 2ONRA 2XX9A 3OXNA 1US5A 4YB6A 4LZ7A 1USYH 3RT8A 4YKPA 5IKBA 4OFJA 1TFDA 2X26A 1QJMA 2Y7WA 3FD3A 4F2OA 2HEUA 4GOTA 3D4GA 3TTMA 1D3KA 1LAFE 4P0IA 3MP1A 3DP4A 1NFTA 3IB0A 3TTLA 3S9MC 1B9JA 4PP0A 1XC1A 2H9BA 3C33A 2DQVA 1B6HA 2Y7IA 1IIWA 2PT2A 3O9PA 1PB7A 5TP9B 4ELQA 3KSJA 1M5DA 3G3IA 1N04A 2F78A 3TCHA 2XXWA 1TWYA 3LR1A 2DE3A 4GRKA 3RPWA 2IA4A 3UGWA 3E4RA 4AB6A 5CC2A 4OFOA 3DP6A 3OD7A 4ISUA 3O6GA 2VOZA 3LUYA 4NF4B 1M5FA 5EHSA 3USDA 2QL3A 3TAJA 4NWDA 2DYXA 1AL3A 1Y1ZA 3MPKA 5EHMA 3TTNA 3UA8A 4RK9A 4IO4A 4ESWA 1EZOA 1N76A 2E1SA 4GQOA 3VV5A 4ONYA 4F3PA 1Y3NA 2Z8FA 3TEPA 2YLNA 3M3LA 1QUKA 1POY1 3H4ZA 4EQ9A 4R73A 4PQJA 1UIVA 1IQ7A 4PFTA 3G3GA 4H65A 1H76A 1B5JA 1QKAA 1MY1A 1P99A 3LBSA 4PE5B 1DPPA 3MP6A 3EHTA 4U4XA 3EPEA 3FZVA 3TMGA 2GRVA 3PPPA 1B3EA 4O3AA 3TQWA 3DELB 2DVZA 3DRKA 4U21A 4DIGA 5AA2D 1B3HA 1MQDA 1CE2A 1MQJA 1OQHA 2M8CA 2Q9TA 3MVYA 1EU8A 2OWSA 3MZ1A 4XKQA 2QS3A 3R6UA 4POXA 4XIGQ 4JSDA 4F31B 3G3FA 1Y3QA 1I6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AA1A 3G3KA 2VHAA 4FBPA 3I5OA 2UVIA 2UYEA 3PUWE 4O7IA 3MVWA 3Q29A 5M2VA 4FEBA 1NNPA 2MKZA 1S50A 3HHFA 3UP9A 4NF8A 2CZHA 1H43A 2DWAA 4KYDA 3DRFA 2OLBA 1B58A 4TLMB 1FPDA 3OMBA 2DWJA 4PDHA 3GYYA 4R9GA 2Z22A 1IXGA 4P9KA 3W9WA 2DXYA 2F35A 5B70A 2NOOA 4EQ7A 4LQ5A 1IMCA 1D9YA 1RDXA 5CM6A 4RJZA 2F5XA 5A5LA 4P56A 1RDZA 1B4HA 1Z7NE 3RLFE 4XKRA 4ELPA 2VPOA 1OVBA 4YU0A 5HPQA 4ZE9A 4Q0CA 2H99A 3IB1A 2WX9A 2NUVA 4GWZA 4F3SA 5TPAA 1FPGA 3RYBA 4GL8A 4I8CA 3GXAA 2PX1A 1FTOA 4F3BA 2XX8A 3S9LC 2Q74A 4O7MA 1ATGA 1VDWA 1I69A 3PPNA 2GH9A 2W7YA 2XXUA 1A40A 1K9ZA 3OEKA 1DBZA 4GL0A 5HM4B 3CIJA 3QSLA 4H5GA 4MF3A 3BBRA 5JTYB 1ZU0A 1H45A 4QFLA 3HSTA 1A54A 4MLVA 3K1NA 3PD8A 1MQIA 2ESNA 2XD3A 4OANA 5KCJB 1URDA 2V84A 2XXXA 5DT6A 2WOKA 2ZXTA 3QYTA 2AL5A 4OVPA 2OWZA 1EYKA 4MNPA 5DVJA 1LBWA 3T22A 2R6GE 2ZYKA 4PE3A 4N6DA 4ND9A 3RGYA 4XXUA 5AA4B 4N07A 2A5SA 4C1UA 1CNQA 4DLDA 3MAMA 1FQDA 2DXRA 1FQEA 1IUDA 1H3DA 4RYAA 1YAEA 5ITOA 3A3UA 1SYHA 3MPLA 3KN3A 1GR2A 4BDOA 2ZYOA 3PPQA 4R2FA 1N7WA 3IO4A 4F39A 5FHOA 1INPA 4YMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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