3RY3A

Putative solute-binding protein from yersinia pestis.
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
492
structure length
489
Chain Sequence
TLQLAIGDEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Putative solute-binding protein
publication title Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
total genus 148
structure length 489
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3ry3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ry3A01
1QULA 3IOVA 3VE1B 4HCWA 2F7BA 3OELA 4KQPA 1GTKA 3VVEA 4KD5A 4TQUQ 4G8NA 3VDFA 4LZ8A 2HAUA 2I3VA 5KZTA 1US5A 5I57B 1ELJA 3OO7A 3W15C 2B3BA 4LATA 4RK2A 5JK4A 3IO4A 1B3GA 4QSCA 2F7CA 3V8XB 1HSLA 3KJTA 1I6QA 5H8HA 4P0GA 2QSXA 3FJMA 1QUIA 4GQOA 3G3FA 3O66A 1VSOA 4PQJA 2QMXA 2CMOA 3SEYA 1FQEA 3EHUA 3DRFA 4ZEBA 3HO7A 4WKMA 5DYHA 1T0KA 1MQGA 5K2XA 2G29A 5B7DA 5CC2A 1II5A 2OJTA 2F7AA 2RC8A 4NF8A 4NEDA 4YZZA 4GWOA 3MZ1A 1P1OA 3KOSA 3C33A 1WDNA 1ZIUA 3IOUA 3B6TA 4ELOA 5J1DA 1TFDA 2F97A 4O3CA 4XTCQ 3OENA 3CFZA 5CBRA 1XC1A 2OK2A 1P1WA 5H8HB 2I0CA 1J1NA 1IIWA 1JW5A 1B5JA 4U1ZA 3T9VA 3H6TA 1GVCA 2I58A 5H8SA 3UORA 5ITPA 4P0IA 1QW0A 2REGA 1QVSA 4HCYA 5KDTA 3PPQA 4PP0A 2ESNA 3OO8A 2RKMA 1LAFE 3QUJA 3OMBA 4PFWA 3IOTA 4XKQA 4OERA 3LSLA 1UIVA 5I59A 3QIMA 1IXGA 1B7UA 3GXAA 5M2VA 4X9TA 2Q8JA 4YKKA 2DWJA 4QFPA 4QFLA 3RY3A 2R6GE 4R6HA 1MY3A 3OOAA 1LFHA 2XXQA 3SDFA 5H8NB 4YAHX 3VVDA 1TT1A 3LR1A 1SQYA 3ILUB 4N07A 3EF7A 4ZDMA 1JW4A 2DSFA 3OEMA 1UTBA 5TP9A 3KSJA 4KI0E 5KCJA 5IKBA 3O29A 3G3GA 3FVOA 3IB2A 4OTEA 3H3GA 5I59B 3T96B 3CHGA 1H44A 3IJOB 1DOTA 2O84X 3I6VA 2Z8EA 2XXTA 3ZS6A 4QSEA 1NKXA 2YLNA 5F7VA 5I84A 4EDPA 4DE8A 1CE2A 1FTOA 2I49A 4ZECA 1QKBA 1TWYA 3L6GA 3USDA 2QMWA 3RLFE 2HQ0A 1NNPA 1SDXA 5AA3A 1ATGA 4LVQA 1MQIA 4H5FA 1MPCA 1UTBB 2DOJA 5TP9B 1B52A 3HSTA 4XKRA 3EPEA 4ZEKA 3M8UA 3W9VA 1DTGA 5KCJB 3IR1A 4ESXA 3B6QA 1B9JA 5LOMA 4N13A 4MBPA 2NXOA 3KEIA 4DLDA 3MW0A 3T66A 4E0WA 1PEBA 5FHMA 2Q2CA 4AB5A 5FTHA 3K01A 4U21A 3PUZE 4OENA 3H4ZA 2OZZA 4OMBA 3FASA 3MP1A 3N26A 1SW1A 2KLFA 5AE4A 3TUSA 4E0XA 1MY1A 4U4XA 2PX1A 3I5OA 3U93A 1Y1ZA 4NF5A 4G68A 1OQGA 2HXWA 5DVJA 3LBSA 4GRKA 3TTLA 4LUBA 3T9XB 4GVOA 3K6VA 4G8HA 1TXFA 1MXXA 4KYSA 4MF3A 4EF2A 3EQ1A 2V3TA 5ISUA 4ND9A 3GBAA 4O3AA 2F8DA 4YB7A 4GXSB 3KG2A 4U1OA 1LLSA 2Q88A 3O9PA 3GBBA 2FNCA 3S9EA 1FTLA 3FVKA 3Q27A 3TCFA 3IB0A 4Z7EA 4TLMB 4GL0A 1BIYA 1XOCA 2Q89A 2RCBA 1IXCA 4ELRA 1VFEA 2HZKA 1QKAA 3RNNA 1MXWA 2DE4A 3OEKA 3TKDA 4F2OA 4NF5B 3RT6B 4G68B 1N76A 5ITOA 3M3LA 1N0TA 1LAGE 2F6PA 3KN8A 3IB1A 4F3GA 3KOTA 1LBCA 3G3HA 1R1NA 3EN3A 3IOWA 4LQ5A 1B7ZA 2I4CA 5IAIA 1MRPA 4PETA 4F19A 1ZMGA 3QSLA 1DPEA 3LC8A 2O51A 1R9LA 4DIGA 2F78A 5AA1A 2Z8DA 5CM6A 1GGGA 1M5CA 2X26A 1NNKA 3K6WA 1B46A 2D21A 1M5FA 4WEPA 5EHSA 4R2BA 3DM0A 3T93B 1BP5A 4WEDA 3IO6A 4IO6A 3PPOA 5EHMA 3V5AA 4BDLA 4QHQA 2V25A 3KSXA 5DEXB 1ANFA 4H6DA 1BLFA 1SYHA 4RJZA 5I58B 3VLVA 3E9XA 4QRZA 4G68C 4RK9A 2DP8A 3H6UA 3O2AA 3FJ7A 3OO6A 4IGRA 3FTOA 4RPNA 4H65A 2VD3A 1OVTA 1H76A 1POTA 3ZSFA 4Z0IA 3MAMA 2B4MA 4EXKA 1SI0A 1WODA 4QFOA 1O7TA 1LB8A 2UVJA 4XXUA 3FATA 1MDQA 2ALUA 3SEXA 4JWYA 1P99A 2ZMBA 1Y1MA 3M3KA 3SERA 2UVHA 2VGQA 4RNSA 1B4ZA 1B51A 4LA9A 4OETA 2P1SA 4KCCA 5CBSA 3ILTB 1PB7A 4DCYA 1POY1 2Y7RA 5AA2D 5BUUA 2Z8FA 1EZ9A 3DRGA 3TELA 3DP8A 3B7DA 3QK6A 1M5DA 3RPWA 3A3UA 4GLIA 3F11A 3K02A 3JYRA 4RA1A 3FXQA 2AL5A 3SEUA 3BFTA 4O3BA 3H6VA 2XXRA 2F5XA 3FJGA 3VXCA 4OZ9A 2GRVA 2F6GA 4H67A 3MZ9A 2ZNTA 4NF6A 1US4A 3N6UA 3Q29A 1OVBA 2UXAA 4RPOA 1LAXA 3KGCA 1RYOA 2HFBA 2UVGA 4YU0A 3T22A 1Y3PA 4UACA 1NMUA 1QJMA 3MP6A 1Z7NE 2REJA 3QAXA 3EHTA 3PPRA 4IO7A 2M8CA 2PT1A 2WOPA 3UIFA 3K1PA 2QL3A 4HW8A 4QFKA 2R9JA 1P1QA 3C36A 3PUXE 4NF6B 3TQLA 1MXZA 2B4LA 2NVUB 1A40A 4R9FA 4JB7A 3TMGA 3TTKA 2XXPA 3FGSA 4FEBA 1N3XA 3SEWA 2ZYMA 2B3FA 2Y7IA 4F3BA 4I8CA 1URDA 3CRBA 2Y7WA 3PAMA 3TTRA 4IO5A 4F18A 4F3SA 4FIMA 2G93A 2Q9TA 2XXXA 3RTFB 4KR5A 1MY0A 4BDNA 1AL3A 3RUMA 3GLBA 4BDOA 3PUYE 5AA2A 4YKIA 3E4RA 3K1NA 3K00A 3E3KA 3KZGA 1N04A 1CB6A 2XXVA 2ZYNA 4NF8B 4H1XA 1JEUA 5HM4B 4K3FA 5I2NA 1IUDA 5I2KA 4BDRA 1VR5A 4G2ZA 3TZAA 2GHAA 1B5IA 4F3PA 1B4HA 5B70A 1Y3QA 2Y7KA 1UTHA 4THIA 2RINA 3KFMA 3JZJA 2GH9A 1SI1A 3G3JA 3S9MC 2F35A 4NE4A 4NTLA 2O7IA 2THIA 2FYIA 5AA2B 2OCUA 4AQ4A 3PMWA 2RCAA 4X48A 1YCJA 1LB9A 5KDTB 1MPDA 1IITA 2XX9A 2HZLA 2QS4A 3PPPA 2NWJA 3N94A 3RN8A 5I2NB 5I2KB 3RQTA 4BLAA 4N6PA 1A8EA 1B58A 3LSXA 2RF1A 2Y84A 4ZS9A 4KPTA 1UTHB 4Q0CA 1UIUA 3IAZA 2PBWA 2YJPA 3DLNA 3G7WA 4NWDA 5A5XA 2DWAA 3DRKA 2A5SA 3MBPA 1B1XA 3C32A 3C35A 4FAJA 4DXUA 4ESWA 1EZOA 2H99A 3H03A 2XXHA 4MH5A 5FHNA 1A55A 4LQ2A 5ICQA 3HHFA 4EF1A 5CRYA 4YKPA 1B3HA 4ELQA 3MC2A 3QXMA 3MJNA 5A5XB 5EYFA 2ZYOA 3H06B 1MQHA 4LONB 3D4GA 3FD3A 3G3IA 1N7XA 1AH5A 4NWCA 3TEPA 5HPQA 3V83A 1IEJA 3KBRA 2XHDA 4BDMA 3IL1B 4EQ9A 4R75A 4AB6A 4OESA 3DELB 3O6GA 1B0HA 5H8FA 1ZTYA 4KYDA 1JW1A 1URSA 3IORA 3FIRA 4R6KA 1B40A 3RYBA 4ZZEA 4EXLA 4ZE8A 4U4SA 4IO4A 3H6WA 4YICA 1JVXA 4JSDA 2I0BA 4PFTA 2DWIA 3MVYA 4L17A 1A54A 3Q26A 3VLWA 4F1UA 4OEVA 1ZU0A 5CMMA 2XXUA 3OD7A 5FTIA 2OLBA 2DXRA 4H5GA 4GFRA 5JEIA 3U92A 2WOKA 3H7MA 5H8FB 1EU8A 3TCHA 4I9DA 2BJJX 4ZEFA 3OO9A 4OXVA 1MM6A 4JDFA 3VLUA 3MPKA 3O6IA 4OFOA 5CI5A 3K6XA 4KHZE 4BDQA 2DXYA 4G77A 3O6PA 2WKYA 1B0LA 4GOTA 1TFAA 4OYVA 3C34A 1FQCA 4ZZAA 3IK6B 3ZKLA 1MS7A 4FEDA 2Z23A 4MFIA 4NF4A 2Y7PA 2P0SA 5K2YA 3LVUA 2H9BA 4X1BA 1JEVA 4QSDA 3VXBA 1Y9UA 4DXCA 2GFEA 5TPAA 4C1TA 1FW0A 3CR9A 1L5TA 4PFYA 4OVJA 3C31A 3K2DA 3DRIA 2YPNA 4ZE9A 2Q2AA 3CSBA 2D3IA 4C1UA 3S2VA 1DSNA 1IXHA 1VE4A 3PUWE 2XD2A 4NF4B 1SD3A 3VFJA 4ZEIA 1FCKA 3OSQA 1B6HA 2O1MA 3PGFA 3FXRA 1HSEA 3THIA 1HSJA 3MPLA 3S9NC 4F22A 4KYEA 3IJXB 3PMVA 2I6EA 4OFLA 1F9BA 3DRJA 1YPNA 3K0VA 3U94A 2Z22A 1YAEA 4KFQA 4ONYA 2ANJA 1WVJA 1Q35A 3SESA 2NUVA 5L8DA 2QS1A 1FQDA 4TLLB 2H4IA 4C0RA 3DP4A 3WAFA 5TU0A 3CSGA 4YKJA 2UYFA 2DYXA 1ZBMA 3SETA 2R71A 3HHGA 2ZXTA 3P7IA 2ZNSA 3WAEA 1PDAA 4G8MA 3MVZA 5I56A 1M5EA 1N7WA 2NOOA 1FQBA 5BWJA 1R6ZA 2UYEA 1OMPA 3PUVE 3EHSA 2H5YA 1SYIA 2H98A 3CI8A 1DMBA 3KJ7A 1AIVA 2IA4A 1B05A 1D3KA 3C4MA 3FUZA 5CMCA 1FTJA 1VFDA 3UGWA 3V89B 1ZKBA 3K6UA 4Q30B 1I6BA 2XXWA 4XIGQ 3W9WA 1KWHA 5H8QA 4R72A 3CG3A 4FE8A 4OHNA 1D9VA 1MXUA 3ECRA 4JXIA 4I1DA 1PBQA 3PD9A 3RGYA 2RC7A 2DE2A 5I56B 2HAVA 1B5HA 3HV1A 3R7XA 2P2AA 3FZVA 1LSTA 1OLCA 4POWA 2AL4A 2PVUA 1SW5A 5DVIA 4XKNA 3ODBA 3S9LC 1NNTA 3MWBA 4XKPA 2ABHA 3AXFA 3BBRA 1UQWA 1IQ7A 3RTWB 5H8QB 3PD8A 3MVXA 2QS2A 1ZLQA 3K1MA 4JWXA 4X1DA 3TAJA 2B65A 3SKPA 2XX7A 1A99A 3D4CA 4U2RA 4DXBA 5ICTA 3VV5A 3KN7A 2PYYA 1QUJA 5DT6A 5DTBA 3O6HA 2RC9A 1NNFA 3T9UA 4IY6A 2VHAA 3DRHA 3K4UA 1AOVA 3RYAA 1MDP1 2WOLA 3CIJA 5H8NA 4JSOA 2ONKE 4EUOA 1O64A 5CMBA 5ELVA 3HPIA 1Y4TA 3B6WA 2GHBA 2ZYKA 1DPPA 3LUYA 3CG1A 1JVYA 1B2HA 1N84A 5L9MA 5HBCA 1H45A 3GZGA 1MM7A 3TQWA 1B3LA 4LZ5A 3PU5A 2F36A 3Q25A 1LCTA 1Q1KA 2AIXA 4DCXA 4UA8A 4R6YA 1H3DA 3U72A 2F34A 3N6TA 1BTJA 2A5TA 3R6UA 2OWSA 3DP6A 1B3EA 4F1VA 1URGA 3CFLA 1A7LA 2V3UA 3TTMA 2DS9A 5CMKA 4MLQA 1XT8A 3C9HA 3FVGA 4R2FA 2E0SA 2I48A 2HCAA 3U8QA 2V93A 2OWTA 4GD5A 2DE3A 3TYHA 1QUKA 4GIZA 4FATA 1LAHE 1SVXB 1NH7A 4KCDA 4IGTA 4IY5A 4DZ1A 2I3WA 4FORA 3OXNA 4OQOA 1XS5A 2A5TB 1A8FA 1D4NA 3UP9A 1OQHA 4U22A 1NH8A 3LSFB 4G4PA 3JV9A 3FV1A 3QYTA 1NL5A 4ELPA 4F29A 2I4BA 2QJEA 4LP2B 3TPAA 1EH3A 1O63A 1IZ1A 1YTVA 2W7YA 1MPBA 1EZPA 4YMAA 4RYAA 2X7QA 1LFGA 3G3KA 3ONMA 2ONRA 3HCQA 4H8IA 2D5WA 4HS7A 4ECFA 3M3FA 3Q28A 1SBPA 4GF8A 1JNFA 1XVXA 4Q8RA 1R9QA 2IEEA 4QF9A 2PT2A 3TODA 1RYXA 4FJPA 1S9TA 2LAOA 1Y3NA 1N3WA 3A09A 4JWOA 3UK4A 1PC3A 4M1VA 4IO3A 4M4GA 4YB5A 3R26A 1MH3A 3PPNA 1MXYA 4JBZA 4R73A 2QPQA 1RKMA 1NFTA 2FA7A 5DVFA 1PB8A 4PFUA 4I62A 3HN0A 4FECA 5L9OA 1LCFA 2ONSA 2QRYA 3MZBA 4WXJA 4R9GA 1MY2A 2XXIA 3TFLA 3CFXA 5F1QA 1USYH 4F39A 4QFNA 1USYE 2VD2A 4TOZA 4NMYA 2VOZA 1Y20A 3L6HA 4YB6A 2CZLA 1I69A 5DEXA 3FVNA 4MLVA 3TDJA 4DDDA 3O28A 5I58A 4GL8A 1M5BA 2O68A 1P1UA 4YMBA 3T9HB 1GR2A 3S4UA 4ZEDA 1I6AA 3MUQA 1S7YA 4IO2A 1XHYA 1S50A 3OSRA 1IXIA 1B3FA 2O6AA 2O7UA 1MY4A 2E1SA 2DVZA 3VVFA 2H25A 2ZNUA 1FQAA 4RY1A 3UN6A 2DQVA 3E13X 1PB9A 4P11A 2UVIA 2V3QA 4HTGA 3TCGA 4F2QA 1OLAA 4GXAA 1SW2A 2PMSA 1MG1A 1Z7ME 3U1OA 1FTMA 4U23A 2V84A 1BKAA 2HEUA 3UA8A 3FV2A 1AMFA 3O97A 5AA4A 5L9SA 4POXA 3LSWA 1LFIA 4LZ7A 3PV0E 4OEUA 5JTYA 1DTZA 1LGBC 1FTKA 3BFUA 2AYSA 5TPAB 2XD3A 3MP8A 1MH4A 1B32A 1JETA 3RT8A 2O69A 1D9YA 2DWHA 3FXUA 2OBGA 4ISUA 3MQ9A 1P1NA 2X7PA 1LBBA 1B7HA 3SEVA 1B1HA 1H43A 3PMXA 4F31B 5AA4B 2QS3A 2VP1A 3ZKKA 3QUFA 3KN3A 4RXLA 4H8JA 1ZJLA 1MXVA 4PE5B 4Q5TA 4EQBA 4EQ7A 4IB2A 5I57A 2O1LA 4OFJA 3N5LA 5JTYB 4F1YA 4H0WA 1MQDA 1JQFA 1MQJA 1SW4A 3TTNA 1FQFA 3A3CA 3CVGA 3MVWA 5FHOA 4R74A 1XVYA 1GV8A 1PBPA 2XX8A 3BKIB 1Y4CA 2DVCA 3I3VA 4OWDA 3IX1A 1OIBA 2XXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FBPA 1QULA 3IOVA 3VE1B 4HCWA 2F7BA 3OELA 4KQPA 1GTKA 3VVEA 1FRPA 4KD5A 4TQUQ 4G8NA 3VDFA 4LZ8A 2HAUA 5ET5A 2I3VA 5KZTA 1US5A 5I57B 1ELJA 3OO7A 3W15C 2B3BA 4LATA 4RK2A 5JK4A 3IO4A 1B3GA 4PAKA 4QSCA 2F7CA 3V8XB 1HSLA 3KJTA 1I6QA 4NQ8A 2V4CA 5H8HA 4P0GA 2QSXA 4NHBA 5EQ9A 3FJMA 1QUIA 4GQOA 3G3FA 3O66A 1VSOA 4PQJA 2QMXA 2CMOA 3SEYA 1FQEA 3EHUA 1FJ9A 3DRFA 4ZEBA 4PAIA 3HO7A 4WKMA 4MJOA 5DYHA 1T0KA 1MQGA 5K2XA 3MSTA 2WYKA 2G29A 5B7DA 5CC2A 2Y5KA 1II5A 2OJTA 2F7AA 2RC8A 4NF8A 4NEDA 4YZZA 4GWOA 3MZ1A 1P1OA 3KOSA 3C33A 1WDNA 1ZIUA 2CZIA 3IOUA 1FPJA 1RDXA 3B6TA 4ELOA 5J1DA 1TFDA 2F97A 4O3CA 4XTCQ 3OENA 3CFZA 1G0IA 5CBRA 1XC1A 2OK2A 1P1WA 5H8HB 2I0CA 1J1NA 1IIWA 1JW5A 1B5JA 4U1ZA 2ZZVA 3T9VA 3H6TA 1GVCA 2I58A 5H8SA 3UORA 5ITPA 4P0IA 1QW0A 2REGA 1NUWA 4MAGA 1QVSA 4HCYA 5KDTA 3PPQA 4PP0A 2ESNA 3OO8A 2RKMA 1LAFE 3QUJA 3OMBA 4PFWA 3IOTA 1NV1A 4N17A 4XKQA 4OERA 3LSLA 1UIVA 1FPGA 5I59A 3QIMA 1IXGA 1B7UA 3GXAA 5M2VA 4X9TA 2Q8JA 4YKKA 2DWJA 4QFPA 4QFLA 3RY3A 1LBVA 2R6GE 4R6HA 1MY3A 3OOAA 1QGXA 1LFHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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