3RY3A

Putative solute-binding protein from yersinia pestis.
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
492
structure length
489
Chain Sequence
TLQLAIGDEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative solute-binding protein
publication title Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
total genus 148
structure length 489
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3ry3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ry3A01
4DDDA 3S9EA 1OLAA 4QSDA 1ZKBA 3EHTA 2QS1A 3PUXE 1B32A 2OBGA 3CVGA 3FXRA 2CMOA 1LSTA 3MW0A 2XXXA 2H9BA 3UN6A 1IQ7A 3VFJA 4R2FA 2H4IA 2ZNTA 5BWJA 4C1UA 2XD3A 3PD8A 4G68A 1FW0A 1UTBB 4NF8A 4EXLA 2I3VA 4FEDA 4H6DA 3RYBA 1QUIA 1LAHE 4ECFA 1NNPA 4NMYA 2AYSA 3EHSA 3W9WA 4LZ7A 4NE4A 3N5LA 4NTLA 2O7UA 2Z8DA 4F39A 2GH9A 3OEKA 4PETA 3B6WA 4YB5A 4H1XA 3O28A 3Q25A 4KD5A 2I3WA 4GIZA 3TODA 1LAFE 1QUJA 3K2DA 3OXNA 1ATGA 2ONKE 3PUYE 4PE5B 1OIBA 3U94A 1DTGA 3CFZA 3PV0E 3IO6A 4F1YA 4G2ZA 4I62A 2XXWA 1Y4TA 1GTKA 4QFLA 3MP6A 5KCJB 5DEXA 3MJNA 1EZOA 2QS4A 1JVXA 5FHMA 3C4MA 1P1WA 5EYFA 1NH7A 2B3BA 4EDPA 4YICA 4ELRA 1H43A 3TFLA 1UIUA 1FTJA 2DE3A 3ONMA 3TELA 1T0KA 3KBRA 1SBPA 1USYE 4JBZA 2RINA 2VD3A 4YKPA 2DXRA 3VLVA 2H25A 3EHUA 3HV1A 1I6BA 2F36A 3D4CA 3SETA 3SEVA 1B2HA 3MVZA 4MFIA 3BFTA 1FQDA 3PPNA 1R9QA 1EU8A 3E3KA 1ZJLA 3QK6A 1LAGE 4OWDA 1A99A 2UVGA 4LQ5A 2PT1A 3OSQA 4ZZEA 1LB8A 4AB6A 4PFYA 4EUOA 3MP8A 1FQCA 3KSJA 3T96B 4ZDMA 1NNTA 2A5SA 1F9BA 3VVEA 1GR2A 3FZVA 3T93B 2UYFA 4LP2B 1B52A 3SEWA 5H8HA 3SERA 2DOJA 1MM7A 3T9HB 1POTA 2IA4A 3T66A 5JTYA 5L9OA 3R26A 3CRBA 4ZZAA 3MBPA 1P1NA 4RYAA 4F19A 2Q88A 5I57B 1A8EA 4G68C 3JZJA 1Y3QA 3ECRA 2Y7KA 3JYRA 5L9SA 4YMAA 3KOSA 3U1OA 1JNFA 4Q5TA 1LCTA 3RTWB 2OLBA 3SEXA 4KI0E 4ZEIA 3A3UA 1FCKA 3H3GA 3WAFA 4ZEKA 3TEPA 1II5A 5EHSA 4R74A 1MQGA 4ZE8A 3CSBA 2DSFA 2HEUA 1AH5A 3G3HA 1MQHA 3K01A 1N7XA 1BKAA 1P1OA 3H03A 1B5JA 4U21A 4GL8A 1B40A 1I6AA 3I5OA 4R6KA 5I56A 4ZEDA 3MQ9A 3PMXA 3GBAA 4ESXA 4Q30B 3OELA 1TFDA 2DWHA 4MH5A 2DWJA 4MF3A 2XXPA 4WEPA 3T22A 1Z7ME 5DVJA 4G8NA 2XD2A 2VHAA 3PPQA 3FVOA 3HSTA 3IJOB 3IAZA 4N6PA 4LQ2A 4X1DA 1L5TA 1ELJA 2RC9A 3OO9A 1MDQA 1O64A 3IX1A 1MH4A 3CHGA 4F29A 2AIXA 3JV9A 2PX1A 1MY2A 2HXWA 2ZYNA 1MM6A 3O6HA 3K0VA 4FE8A 4H8JA 2Z8EA 3O2AA 2CZLA 5H8FB 4HCWA 2DQVA 1B4HA 2F7BA 3QIMA 2ESNA 4BDQA 4YKIA 3O97A 1P1UA 2B65A 2OK2A 5CM6A 3M3KA 4YKKA 2ZYOA 4F3SA 1FQBA 4NF4A 2F6PA 4M1VA 4AQ4A 4BDOA 2F7AA 5ICQA 3N6TA 4BDLA 3V8XB 2P2AA 1B1HA 4QFOA 2ONRA 1QVSA 5I58B 5CBRA 3QSLA 4ONYA 4EQ7A 3S4UA 1N0TA 4UACA 3MZBA 2I4BA 1LLSA 1MY0A 4IO4A 3RPWA 5DVIA 4BDMA 2V3UA 2M8CA 2F6GA 5I59B 2AL5A 1MQDA 2O51A 2DWIA 5ISUA 4YZZA 1MS7A 1ANFA 4I8CA 4QFKA 4F3BA 1MG1A 4THIA 4R75A 1M5CA 5CRYA 1O63A 3ODBA 4XKNA 3RT6B 1N3WA 4LVQA 2ZYKA 3IORA 3N6UA 1H76A 1SW4A 1DOTA 4NF6B 3VXCA 4R72A 1BIYA 4GF8A 3TDJA 1S9TA 2UVJA 4QFNA 3TMGA 4JWYA 4XXUA 3VXBA 5KDTB 2Q9TA 3V83A 4IO5A 3O6GA 3K1MA 4H67A 2REGA 1MXUA 3G3KA 2F5XA 4KCCA 1ZTYA 1OQHA 3DRJA 1JW1A 3IOWA 1Q35A 5A5XA 3FVGA 4BLAA 5TPAB 4EF1A 1A55A 5FTHA 1MXYA 5TP9A 3N94A 5B70A 2I58A 1XC1A 3FXQA 3FD3A 2XXVA 3M3FA 1UTBA 2QPQA 2OCUA 2ZNUA 4KPTA 1WVJA 1B58A 3KFMA 2HAUA 4ZEBA 3VLWA 2Y84A 4YAHX 5AA3A 5TU0A 1B7ZA 4ELOA 5K2YA 3C35A 4KYSA 1M5EA 3PPOA 3K6XA 1DPEA 3PUVE 1LAXA 4HS7A 3OO8A 4Z0IA 2QMWA 3TAJA 2HZKA 4G8HA 4NF5A 4RK9A 1XS5A 4OFJA 2PVUA 1J1NA 1IUDA 1Y3PA 4H5GA 5FTIA 5DT6A 1MQIA 3FATA 3I6VA 1N3XA 3SEYA 1TWYA 1FTOA 5KCJA 2HAVA 1OLCA 3S9LC 4KFQA 1LFGA 4G8MA 3IK6B 1MXXA 5AA4A 4YMBA 3OSRA 3K1NA 3U93A 3QAXA 4YU0A 3RNNA 3EF7A 4ZEFA 5CC2A 2HZLA 1MY1A 4IO3A 5EHMA 3B6TA 2NXOA 1IXGA 4OHNA 3FVNA 4I9DA 3ILUB 3N26A 2H98A 2NUVA 4IO2A 1FQEA 3MVWA 1B0HA 3PU5A 3D4GA 3L6GA 2AL4A 4JDFA 4F3GA 1SW2A 3TYHA 4H65A 4RPOA 1B7HA 4RA1A 3DP4A 3ILTB 3AXFA 1VE4A 2UVHA 3H6VA 2XX9A 2R6GE 3HN0A 3UA8A 5H8SA 3DELB 4WEDA 2ZXTA 5JEIA 3PPRA 2O1LA 3K6UA 3HCQA 3K6WA 2ZMBA 3PGFA 4G68B 5I57A 1GGGA 4KYEA 4QSCA 5F1QA 3LSFB 1AIVA 2GHBA 1I6QA 1GV8A 4NWDA 3FASA 3TUSA 4MLQA 3LSXA 3H4ZA 4NWCA 1B3LA 2I0BA 2P0SA 2XX8A 1AL3A 3H6TA 2ANJA 1N7WA 2XX7A 3DP6A 4Z7EA 4FORA 3FUZA 3MUQA 4I1DA 1N04A 3TQWA 1OQGA 4GQOA 4MLVA 3FGSA 2B3FA 3K6VA 1SI0A 4EQBA 4MBPA 3G3GA 4PFWA 3P7IA 5LOMA 1B3HA 2DYXA 2V93A 3KN8A 1MQJA 4ELQA 3R7XA 4OEVA 2I48A 4Q0CA 3RYAA 2PBWA 2REJA 3TKDA 5HPQA 2WOPA 3GLBA 3IB2A 3HPIA 5IKBA 2A5TB 1IXHA 4OYVA 2G29A 4OQOA 3PPPA 4IY5A 2H99A 2KLFA 2GHAA 5CMMA 4KR5A 3MVXA 4JB7A 4YKJA 4OETA 4IY6A 2X7QA 5H8QA 3RTFB 2DWAA 1QKAA 1TFAA 3T9XB 5H8FA 4IO7A 2IEEA 3K02A 3IR1A 3BKIB 1GVCA 1IEJA 1A40A 3IB1A 1KWHA 2H5YA 1MRPA 3OEMA 5H8NA 1LFIA 4P0GA 5H8HB 4PP0A 1A8FA 2UYEA 5JTYB 3EPEA 5ITOA 1NKXA 1POY1 3Q26A 2OWTA 2Z23A 3PMVA 2G93A 4QFPA 3H6UA 4RNSA 5I58A 2Y7PA 1FQAA 3LC8A 4F31B 2ONSA 3MVYA 3VVDA 2P1SA 2FYIA 5ELVA 1SI1A 3QUJA 4G4PA 3LSWA 2I0CA 2QMXA 1Q1KA 2PT2A 1P99A 1R9LA 4ISUA 1OVBA 3CG3A 3S2VA 3MPLA 1MXZA 4F2QA 3ZS6A 4LZ5A 3KZGA 4OFOA 4JWXA 3BBRA 1JVYA 3V5AA 3G3IA 4BDRA 4E0XA 1B3EA 1DTZA 2RC7A 4DE8A 1TXFA 2I6EA 4EXKA 4OESA 3UP9A 1HSEA 1B3GA 5I2KB 3VLUA 1URGA 5I56B 4P0IA 3KG2A 1USYH 1M5DA 1D9VA 2Y7WA 4R6YA 3C31A 3IB0A 2NOOA 3KN3A 4POXA 3FV2A 1XVYA 1O7TA 1PB9A 3G3FA 5KDTA 1B9JA 1SW1A 2RCBA 4GOTA 3SDFA 3U92A 4TLLB 1M5BA 1YTVA 3PAMA 3TCFA 4QRZA 2DS9A 4F22A 4DXCA 1XT8A 3FJMA 1D3KA 4GL0A 2RCAA 3DP8A 5TPAA 3L6HA 4DCYA 4TQUQ 3KGCA 2YPNA 3UGWA 4GLIA 5JK4A 3RLFE 4XKQA 5CI5A 5CMKA 4FJPA 2XXIA 1VFDA 1SYIA 3OO6A 1OVTA 2YLNA 3PUWE 4F1VA 4JWOA 1B0LA 1PDAA 4KYDA 3OD7A 4FEBA 2D21A 1HSLA 2OWSA 3TTMA 4JSOA 4HTGA 4GFRA 2FA7A 4GXSB 3CR9A 1PBPA 3S9MC 5CMBA 4GVOA 5DVFA 1BLFA 3SKPA 3VE1B 3DRIA 2E1SA 4LATA 3IO4A 4NF4B 5I2NB 4DZ1A 5ITPA 2WOLA 1LGBC 3K4UA 1YAEA 1EZPA 2V84A 1IXCA 2V3QA 4OTEA 4C1TA 3GBBA 1ZBMA 1FTKA 5HBCA 1NNFA 2XXQA 1VR5A 1RKMA 4F1UA 3G3JA 4F2OA 1B1XA 1MXVA 1R1NA 3S9NC 1M5FA 4FECA 4OERA 5ICTA 1WDNA 3FVKA 1MXWA 2DXYA 3Q28A 2QSXA 1LCFA 1YPNA 3CSGA 4H5FA 1B5IA 1JW4A 4PFUA 3O6IA 1YCJA 4NEDA 3MAMA 4RXLA 1DPPA 4ZE9A 2HFBA 1P1QA 3IL1B 4RJZA 1PEBA 2I49A 4K3FA 2D5WA 4BDNA 4DXUA 4U23A 2QL3A 5AA2B 1MPCA 3FV1A 3T9VA 1S7YA 4RY1A 5DYHA 4PQJA 3G7WA 1B3FA 2D3IA 2FNCA 4GXAA 2PMSA 1Y9UA 3IOVA 4POWA 5L9MA 1Y3NA 3U72A 1B5HA 3UK4A 3R6UA 2NWJA 3A3CA 1NNKA 2V3TA 4Q8RA 1ZU0A 2B4LA 4H8IA 5A5XB 3OO7A 2ZYMA 5AA2D 3IOUA 2THIA 4F3PA 3TPAA 2F78A 5TP9B 2F8DA 4EF2A 1SD3A 2XXTA 3DRFA 1US4A 1UTHB 1URDA 2Z8FA 3TTNA 2DE2A 1DMBA 3VV5A 2RKMA 3EQ1A 3CFXA 4WKMA 4OEUA 4YB7A 3H7MA 3Q27A 1UIVA 3DM0A 2NVUB 4ND9A 1MY3A 3MZ1A 2XHDA 4KQPA 4XIGQ 2WOKA 4LA9A 3Q29A 4N13A 1PC3A 3KOTA 1QW0A 1RYOA 2O7IA 1SW5A 4H0WA 2F35A 3TCGA 1MPDA 3RN8A 3A09A 2BJJX 1I69A 3GXAA 2VGQA 3HO7A 4NF5B 3HHFA 3H6WA 3ZKKA 1JW5A 2X26A 1H45A 1RYXA 4R9GA 4QHQA 1ZLQA 4U2RA 3E13X 3THIA 1SDXA 2DVZA 4P11A 3C36A 4IB2A 3TTRA 4NF8B 1IIWA 2XXUA 5AA4B 3VVFA 4OENA 2RF1A 3KJTA 3ZSFA 1R6ZA 3SESA 1QULA 1JETA 1IZ1A 3DRHA 3IJXB 1B51A 3QUFA 3VDFA 2A5TA 2E0SA 4RPNA 1PBQA 1SYHA 2XXHA 3MC2A 5L8DA 1JQFA 3EN3A 5IAIA 3UIFA 4PFTA 3CIJA 3SEUA 3T9UA 2Z22A 2WKYA 4O3CA 4L17A 5AA1A 3FIRA 2VOZA 2F34A 2Y7IA 3LR1A 1QKBA 4EQ9A 2OZZA 2DP8A 2XXYA 5DEXB 3O29A 2DVCA 1A54A 4JXIA 1NL5A 3FJGA 1D9YA 4O3BA 5CBSA 3C9HA 1S50A 3LBSA 5F7VA 1WODA 1US5A 2UXAA 4DLDA 3C33A 3BFUA 5J1DA 1AOVA 1XVXA 4OXVA 2W7YA 3B7DA 1DSNA 1B4ZA 1NH8A 5K2XA 2QRYA 4IGTA 1LFHA 1IITA 3E4RA 3UORA 3O66A 3IOTA 4G77A 5AE4A 4KHZE 1H44A 2VP1A 2F97A 1FQFA 4OZ9A 1MPBA 2X7PA 4R9FA 3V89B 2VD2A 1Y20A 3PUZE 5KZTA 1A7LA 2ALUA 3TTLA 3FTOA 4FIMA 4LUBA 3DRGA 2V25A 3DLNA 3U8QA 3W15C 4OVJA 2Q2CA 3KSXA 1PB8A 5I2KA 2QS2A 3LUYA 5M2VA 3F11A 1JEVA 4AB5A 3PMWA 1IXIA 1EZ9A 1Y4CA 3OENA 3O9PA 4DIGA 2YJPA 4HW8A 2ZNSA 3USDA 1H3DA 4GWOA 3OMBA 2O6AA 3KEIA 4QSEA 5I59A 1MY4A 4U1OA 4U4SA 3KN7A 2UVIA 4X1BA 3W9VA 4XKPA 4ZS9A 4XTCQ 2Q89A 1LBBA 4X9TA 1VSOA 4QF9A 5H8QB 4XKRA 1N84A 3TZAA 4N07A 5CMCA 3RQTA 3OOAA 1Y1ZA 4O3AA 4KCDA 1HSJA 3TCHA 4E0WA 3QYTA 1D4NA 5DTBA 4NF6A 2OJTA 5H8NB 2B4MA 2DE4A 1MDP1 4HCYA 2Y7RA 1ZMGA 1SVXB 3C34A 3RUMA 4IGRA 2O68A 5FHOA 1B05A 1Y1MA 1B46A 4R73A 5I2NA 4U1ZA 4ELPA 2QS3A 4F18A 2GFEA 1CE2A 1MH3A 2RC8A 1Z7NE 1QUKA 3PD9A 1ZIUA 4FATA 2GRVA 4WXJA 2HCAA 2F7CA 3I3VA 4TLMB 4LONB 1XHYA 4DCXA 1SQYA 4JSDA 3C32A 3DRKA 4UA8A 1B6HA 3E9XA 4U22A 1NMUA 3HHGA 2R71A 1QJMA 1N76A 4U4XA 1BTJA 3TTKA 1PB7A 3M3LA 1JEUA 3CFLA 2PYYA 1CB6A 1LB9A 4R6HA 5BUUA 2LAOA 4M4GA 4YB6A 5AA2A 2O69A 3MZ9A 4LZ8A 4C0RA 3ZKLA 2I4CA 1B7UA 3MWBA 3TQLA 4FAJA 1AMFA 1UQWA 4GD5A 4ZECA 3RY3A 1TT1A 3M8UA 5B7DA 3H06B 4ESWA 5I84A 4OFLA 4RK2A 3MPKA 1XOCA 4OMBA 4R2BA 2QJEA 4X48A 2Q2AA 1VFEA 3MP1A 2R9JA 3CG1A 4GRKA 3CI8A 1NFTA 1UTHA 3WAEA 1EH3A 1URSA 5HM4B 2ABHA 3RT8A 3K1PA 3O6PA 4IO6A 2O1MA 3RGYA 1LBCA 4TOZA 1OMPA 2HQ0A 3FXUA 2Q8JA 3FJ7A 2O84X 2XXRA 5FHNA 3QXMA 4DXBA 3B6QA 1FTLA 1FTMA 3KJ7A 3LVUA 1BP5A 3GZGA 3LSLA 3K00A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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