3RY3A

Putative solute-binding protein from yersinia pestis.
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
492
structure length
489
Chain Sequence
TLQLAIGDEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Putative solute-binding protein
total genus 148
structure length 489
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3ry3A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ry3A01
4P11A 4Q5TA 4XXUA 2HFBA 4AB5A 4ECFA 3DRGA 1N3WA 3PU5A 4GL0A 2AL5A 3S9LC 1FQFA 1AIVA 2O84X 3FV1A 5FTHA 1GV8A 3SEVA 3N6UA 3MP1A 4G77A 2XXWA 4OENA 3V83A 4NF4A 5CBSA 2QS4A 2ONKE 3IB1A 3EF7A 3SEUA 5ISUA 5KCJB 3DRFA 2VHAA 3C33A 4U4SA 4EXLA 2GH9A 4G8HA 3PPNA 3MVWA 1IZ1A 3OO9A 2I0BA 4YICA 1ZKBA 4IGTA 5IKBA 3OD7A 3PUVE 2AYSA 4NWCA 2B4LA 3AXFA 4GD5A 4H1XA 1DTZA 3BFTA 1L5TA 5I2KB 4FE8A 1IQ7A 5H8NB 3OO6A 4FEDA 3IJXB 4KYDA 1XVXA 2XX7A 1M5BA 3OENA 3QSLA 3IOTA 4DXBA 5H8FA 1EH3A 1JW4A 3LVUA 3RNNA 4GFRA 4BLAA 1A40A 1ZIUA 1B0HA 2ONSA 1ANFA 5AA3A 4NMYA 2VP1A 4KI0E 3FXUA 3UK4A 3USDA 1H76A 5CMCA 4NWDA 1AH5A 1NFTA 1DSNA 2ZXTA 1NNTA 1XVYA 4YKJA 1SW1A 1MPDA 4HW8A 2H99A 4JXIA 3CFXA 1PBPA 3PUZE 1OLAA 2I6EA 4O3BA 1XC1A 2QMWA 3O28A 4GVOA 2A5SA 2O51A 5I84A 2QS1A 3FATA 4YAHX 5DVFA 3H03A 3VVDA 4YZZA 3OOAA 2VD2A 4MBPA 4ELPA 4F18A 3KOSA 2O1MA 2I48A 3LC8A 5A5XB 4IO3A 4OFJA 3TUSA 1B32A 2F5XA 3MZ1A 3MP6A 3MVXA 1R1NA 1N76A 1PB8A 3F11A 2F6GA 3O66A 5TU0A 2ESNA 1LCFA 2XXPA 2DVZA 3FGSA 3MWBA 2I3WA 3PD9A 4GIZA 4EQBA 3KEIA 1B5JA 3RYBA 2PMSA 2ZYKA 3IJOB 3PV0E 3TTRA 5J1DA 3TEPA 5DYHA 1DTGA 4OFLA 3OEKA 4EQ7A 2D21A 3MAMA 2XXRA 3C34A 4JDFA 5KZTA 3C36A 1NH7A 4G68B 2KLFA 1LB8A 2UXAA 1P1OA 3RUMA 4PQJA 4NEDA 4F3PA 1UTHA 3IAZA 5AA1A 3VXCA 2OWTA 4G2ZA 4TLMB 3TCFA 1A7LA 5F1QA 1VE4A 2UVGA 2YPNA 3KBRA 3MQ9A 4KFQA 2I4CA 3TTMA 1EZOA 4MLQA 2XD2A 4R74A 4U2RA 1SYHA 4KR5A 3PPOA 1Q35A 4YB7A 1B5IA 3N6TA 4THIA 1YPNA 3UN6A 3EHUA 3OSQA 1D9VA 3G3IA 4RK9A 3MW0A 4ZE9A 3T9VA 4ELQA 4RNSA 5H8FB 5AE4A 1R9LA 3KN8A 4R6YA 1NL5A 4NE4A 3EPEA 3IB0A 4HS7A 3KGCA 3ZKLA 2OLBA 5EHSA 2XXHA 5I56B 3UP9A 3K6WA 1UTBA 1MQJA 5HM4B 2Q88A 4R2FA 3K6UA 3W9VA 4DXUA 3O6IA 1IXHA 4QFNA 4LP2B 3FIRA 1KWHA 2ZNUA 2FA7A 5I58B 4Q0CA 5H8HA 1RKMA 4PETA 1UTBB 1Y20A 2P1SA 2GRVA 2E1SA 1POTA 3FJ7A 4R6HA 3H7MA 5CMMA 4NTLA 5M2VA 4E0WA 4LQ2A 1N04A 3S4UA 1TWYA 2UVJA 4FIMA 3SEXA 4O3AA 3K2DA 1B3LA 3CI8A 3QIMA 3JV9A 2AL4A 3R26A 3QXMA 1B9JA 2O7IA 3DRIA 3IOVA 1UTHB 2HAUA 5I59A 1B2HA 4ISUA 1B5HA 1MQHA 1YTVA 2XXYA 3M3KA 3QUJA 4YKIA 1O63A 1FTKA 3ILTB 3M3LA 2I3VA 3IOWA 3S9EA 1CB6A 3TCGA 2DWJA 1B0LA 3LSWA 1D9YA 1HSLA 4RPOA 2B3BA 2IA4A 2QRYA 2DSFA 3B6WA 3EN3A 2FNCA 3N26A 3R6UA 4GXSB 4ZZEA 4LONB 3SETA 3MZ9A 5KDTA 4R9GA 1MY3A 1MXVA 2VGQA 3K6XA 4KHZE 1TT1A 3E13X 4LQ5A 3VLWA 1O64A 4UACA 3VLVA 5IAIA 3CSGA 4RK2A 3G3HA 1IXGA 4XKRA 2DVCA 5TP9A 5H8NA 3U8QA 2XX8A 5ICQA 3R7XA 1P1WA 3KFMA 4ZEBA 3MUQA 4HCYA 1TFDA 4IO4A 4F1UA 1S9TA 3G3KA 4E0XA 3ONMA 5ITPA 4JWXA 1D4NA 1Y1MA 4H8IA 2HEUA 2PYYA 1SYIA 3N94A 1URDA 3E3KA 3O29A 3SKPA 4TQUQ 5H8HB 2NVUB 4BDRA 4F3SA 4QSDA 4QFLA 1QW0A 3SEWA 1A99A 1EZPA 4JSDA 2V3TA 4ONYA 3I5OA 2F8DA 1LFIA 2Z8FA 1B40A 1MRPA 1MY1A 1ZBMA 3H6TA 3Q27A 3VLUA 2ABHA 4H6DA 5AA2B 1FQAA 2XX9A 3Q28A 4OHNA 3TCHA 2NUVA 1NKXA 2O7UA 2E0SA 2DE4A 2OWSA 2Q2AA 5DVIA 3RTWB 3OELA 1UIUA 3TKDA 2F36A 2F6PA 3OO7A 3QUFA 3W9WA 1XHYA 2GHBA 1SD3A 4OQOA 3FTOA 1JW5A 2QMXA 4PFTA 4QF9A 1SI1A 2F97A 4I8CA 1XOCA 2F78A 3FVOA 4IO2A 1OLCA 4WXJA 3ZSFA 2F35A 3U92A 1SBPA 3PAMA 1H43A 4QFOA 3RQTA 1LFGA 3CIJA 4EXKA 2M8CA 2F34A 3FXRA 3U72A 4X48A 1D3KA 5L9SA 1PB7A 5AA4B 3DRKA 2OBGA 3B6QA 4RY1A 3FXQA 4XIGQ 1QJMA 1MQDA 1P1NA 3S2VA 4IGRA 2B3FA 3TFLA 3E9XA 2R71A 4EF1A 3SDFA 2Q89A 1FTOA 4YB5A 1B7UA 1MDP1 2Z8DA 5KCJA 4DXCA 2QS2A 4PFUA 3VXBA 1USYH 3FVKA 2H98A 3LUYA 5JEIA 4ND9A 2DQVA 3HV1A 3O97A 3O2AA 4GL8A 1JEVA 3QAXA 2XXTA 1S50A 2LAOA 1FQCA 3V89B 1ATGA 4DE8A 4RJZA 4GQOA 4LATA 3ZS6A 4MFIA 2H25A 2THIA 1B46A 3CFZA 3HN0A 3D4CA 1MY4A 4OMBA 4XTCQ 1Q1KA 4XKQA 3DP8A 1MXZA 1XT8A 4I62A 3RPWA 1LCTA 3E4RA 2OJTA 1T0KA 1BTJA 1LGBC 3V5AA 2I49A 1OVTA 1DMBA 5JTYB 4H0WA 1AOVA 1UIVA 3RTFB 3RT8A 5DTBA 4PP0A 3FJGA 4U22A 4PFWA 4FJPA 2YLNA 1JW1A 1VSOA 1VFDA 5L8DA 1NMUA 2NOOA 4M4GA 5TPAB 1RYXA 5DT6A 1A55A 1H3DA 3IOUA 4MF3A 2BJJX 2DE3A 3BFUA 2XXXA 3I6VA 4GF8A 1BIYA 2VD3A 2Y7PA 3GXAA 4P0GA 2CMOA 3U1OA 1PBQA 1VFEA 4OXVA 2PT2A 2B65A 1Y3PA 4NF8B 4OYVA 1ZLQA 4ZS9A 1ZJLA 2XD3A 3VVEA 2HAVA 3K01A 3C35A 3VE1B 3D4GA 3KG2A 4QSEA 1DPPA 1FQBA 4K3FA 5ELVA 3VFJA 3T9XB 4G68C 4ESWA 3RYAA 4NF4B 5CBRA 4OEVA 2UYEA 4KYEA 4MLVA 1SW4A 1B6HA 4G68A 3EHSA 2ZNSA 3O6HA 4YKKA 3T93B 1URSA 4C0RA 3L6GA 2X7PA 3UGWA 3JZJA 5H8QA 1A8FA 2RCAA 3PMXA 1MXYA 4F19A 4I1DA 3GBAA 1N3XA 1ZMGA 1PC3A 2PX1A 2A5TB 4GOTA 4F39A 1Z7ME 1N0TA 2G29A 3SEYA 1BLFA 2F7AA 3TMGA 3DRJA 2O1LA 3KJ7A 4YMAA 5I2KA 2XXUA 4DLDA 3BBRA 4IY6A 4Z7EA 3K0VA 5K2YA 3UIFA 3PMWA 4OETA 1P1QA 2AIXA 2Q8JA 1YCJA 2XXQA 4U21A 3O6PA 4LA9A 1P1UA 1MXWA 1OMPA 4N6PA 5HBCA 1IIWA 3U94A 3OSRA 5EHMA 4ZDMA 2QJEA 1MPBA 3DELB 1MDQA 1B3GA 3FJMA 3H6VA 1B05A 1NNFA 3FV2A 4R6KA 2I0CA 4M1VA 5CRYA 3O9PA 2PBWA 3K1PA 4U4XA 5HPQA 1JQFA 4JWOA 3CG3A 2RC7A 3C32A 1WODA 2UVHA 1O7TA 1MQGA 3MBPA 3MP8A 4R73A 5FHOA 4OEUA 5CC2A 1BKAA 4GLIA 2V25A 4KCCA 4KQPA 4QHQA 3THIA 3DM0A 2H4IA 2ANJA 3A09A 3H4ZA 4L17A 4H67A 4WKMA 4EDPA 2DP8A 4PFYA 1MG1A 4RYAA 3LSLA 2DWAA 4GRKA 4NF6A 4Q30B 1R9QA 3IK6B 3PUWE 2CZLA 4G4PA 3CVGA 1FTMA 2V3QA 5I2NA 2QS3A 4LZ8A 4JWYA 1FTLA 4YU0A 3U93A 3G7WA 1N84A 5B70A 1QUKA 2HCAA 2DXRA 3SESA 5DEXA 2F7BA 4OVJA 3S9MC 4KPTA 1JVYA 1QVSA 3ILUB 2Z23A 3EHTA 4ZE8A 1NNKA 3IB2A 3MPLA 3PMVA 4NF8A 3TTNA 4N07A 1SDXA 4X1DA 3IR1A 1Z7NE 1PEBA 4ELRA 3HCQA 1Y4CA 2A5TA 2HZKA 1IUDA 2O69A 2YJPA 4LUBA 5BWJA 1JVXA 1ELJA 1S7YA 2V93A 1GR2A 1NH8A 1YAEA 2DE2A 2DXYA 3BKIB 5CMBA 3M8UA 3KN7A 3LBSA 1OQHA 1B3HA 3KJTA 5JK4A 3GZGA 3IORA 2NWJA 1N7WA 2QSXA 4KYSA 4F29A 2R9JA 3QYTA 4F2OA 4BDQA 2RF1A 1Y3QA 1AMFA 3V8XB 1MXXA 2P0SA 4QRZA 4C1TA 4R75A 1J1NA 3RY3A 4JB7A 3PPPA 3I3VA 3TTLA 3ZKKA 1B52A 3K02A 1P99A 2PVUA 3FZVA 2WOLA 3MVZA 3TQLA 4FEBA 2B4MA 3HO7A 3KOTA 4X9TA 5I57A 1MM6A 1VR5A 5CI5A 3ECRA 1A8EA 2ALUA 1TXFA 4FAJA 3KN3A 3DP6A 5TP9B 4DZ1A 1I6AA 1II5A 3EQ1A 3CR9A 3OXNA 3MZBA 5TPAA 1MS7A 3H6UA 3OO8A 2RC9A 3HHFA 3UA8A 4PE5B 4U1ZA 2UYFA 4DCXA 3G3GA 3FASA 3MC2A 4F3BA 3OEMA 4QFPA 2Y7KA 1MM7A 5I56A 3G3FA 2ONRA 4XKNA 3ODBA 4POXA 1LFHA 3OMBA 4LVQA 1M5DA 5DEXB 3K1NA 3G3JA 4O3CA 2XHDA 3WAEA 1I6QA 2DWIA 4BDMA 1MH3A 4H5GA 4IB2A 1MXUA 1POY1 2D3IA 3VV5A 4Q8RA 1LAHE 1B1HA 3PUYE 3RGYA 3T96B 1B3FA 2UVIA 5ICTA 4DIGA 2Y7IA 3LSFB 3TYHA 1XS5A 1FQEA 4H8JA 4RXLA 2Y84A 1I6BA 4TLLB 1B1XA 4AQ4A 4DDDA 2DS9A 4NF5B 2RKMA 3DP4A 4OWDA 1EZ9A 2Y7RA 4JBZA 5FTIA 3T22A 4OZ9A 2ZMBA 3H06B 1CE2A 3VVFA 4KD5A 3CSBA 1M5CA 3B7DA 2HZLA 2O6AA 1Y4TA 1FCKA 4F2QA 1JEUA 2P2AA 5CMKA 3A3UA 3PPQA 5H8QB 5I59B 4YKPA 2REJA 2Z8EA 4IO7A 3IL1B 4MH5A 3SERA 1GGGA 4TOZA 3C31A 3UORA 2ZNTA 3HPIA 2I4BA 3Q29A 2H9BA 3H3GA 1B4HA 3FVNA 4OESA 4FORA 1AL3A 2PT1A 1HSJA 2OCUA 1LBCA 1QKBA 2HQ0A 4XKPA 1HSEA 5H8SA 3T9HB 4U1OA 4IY5A 4EF2A 4ESXA 2V3UA 4KCDA 3TDJA 3PUXE 3TODA 3JYRA 2H5YA 4LZ7A 1MQIA 2O68A 4F3GA 4POWA 3WAFA 1ZU0A 2FYIA 1SVXB 1FTJA 2NXOA 1Y3NA 2RC8A 3C9HA 3FD3A 4QSCA 5JTYA 2Z22A 5BUUA 3QK6A 1MPCA 3T9UA 1F9BA 1M5EA 1ZTYA 3KSXA 4U23A 1MH4A 3HSTA 4DCYA 2HXWA 3MPKA 2ZYOA 3H6WA 5AA2A 4FECA 3S9NC 2OK2A 4F22A 4R2BA 3K00A 4G8NA 4I9DA 4BDLA 1QULA 2I58A 2GHAA 3P7IA 1PDAA 4N13A 2GFEA 4F1VA 5EYFA 3T66A 1H45A 1OVBA 3PGFA 1LBBA 3DRHA 3CG1A 3W15C 2WOKA 4C1UA 5I58A 1FQDA 4GXAA 4ZECA 5LOMA 1QUIA 3TZAA 4HTGA 2XXVA 4NF6B 2Y7WA 3DLNA 3K4UA 1IXCA 1SI0A 2Q9TA 2WKYA 2X26A 2ZYMA 3B6TA 4P0IA 4R72A 3CRBA 4OERA 4YB6A 4HCWA 4NF5A 3IX1A 2V84A 5F7VA 3TELA 4BDOA 3TPAA 1LAGE 2X7QA 1A54A 1B4ZA 1EU8A 1H44A 1OIBA 4IO6A 4UA8A 5A5XA 2WOPA 5AA4A 1US5A 1I69A 2Q2CA 4OTEA 3GLBA 3C4MA 4ZEFA 5B7DA 1TFAA 3FUZA 1LAXA 1IEJA 2G93A 3O6GA 3Q26A 1R6ZA 3A3CA 5DVJA 4OFOA 4ZEIA 3VDFA 4ZEKA 1URGA 5FHMA 3M3FA 3MJNA 2VOZA 4JSOA 3IO4A 4H5FA 4RA1A 4WEPA 2OZZA 4X1BA 3RN8A 1MY0A 5CM6A 2ZYNA 3PPRA 3GBBA 4YMBA 1FW0A 3L6HA 1QUJA 1GVCA 1JETA 4GWOA 3RT6B 4EQ9A 3LR1A 3TAJA 1SQYA 2QPQA 4WEDA 4EUOA 3TTKA 4H65A 1LAFE 3N5LA 3MVYA 4BDNA 2RCBA 2W7YA 3Q25A 5ITOA 1PB9A 1JNFA 3CHGA 4R9FA 2QL3A 1RYOA 1USYE 1LB9A 1UQWA 2RINA 5I57B 3RLFE 3PD8A 1NNPA 3CFLA 1DPEA 2DYXA 5FHNA 4F31B 4LZ5A 1B7ZA 1N7XA 2F7CA 1B7HA 1B3EA 1Y9UA 4G8MA 4ZEDA 4RPNA 1GTKA 3LSXA 1LLSA 5L9MA 5AA2D 1DOTA 1OQGA 5I2NB 1WVJA 3HHGA 3KZGA 5L9OA 2DWHA 1Y1ZA 2R6GE 3FVGA 1B58A 4F1YA 4ZZAA 5KDTB 1SW2A 4QFKA 1SW5A 4AB6A 1B51A 4IO5A 4Z0IA 1US4A 4ELOA 2XXIA 2D5WA 3KSJA 3TQWA 3K1MA 1QKAA 1BP5A 1WDNA 3K6VA 1LSTA 1IXIA 1MY2A 1IITA 2DOJA 2REGA 3IO6A 5K2XA 2IEEA 1M5FA 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XXUA 4AB5A 4ECFA 4AS4A 3PU5A 2O84X 3FV1A 2XXWA 4NF4A 5CBSA 2QS4A 3EF7A 2VHAA 3C33A 4U4SA 4P56A 1IZ1A 4IGTA 2WEFA 4GWWA 3AXFA 1DTZA 3OO6A 2HHMA 2XX7A 3IOTA 4NMYA 1H76A 1AH5A 4YKJA 5ET7A 2H99A 4MMPA 4GVOA 2A5SA 2O51A 4XF5A 3KOSA 1AWBA 4IO3A 3MP6A 2ESNA 1LCFA 2DVZA 3FGSA 4GIZA 2V4CA 3KEIA 1B5JA 3TEPA 4EQ7A 2HXRA 3C36A 4G68B 2UXAA 3RUMA 1P1OA 1UTHA 3IAZA 3VXCA 3MQ9A 1K9YA 3PPOA 4QXDA 3OSQA 1D9VA 3G3IA 3ISPA 4N17A 4RNSA 1R9LA 4HS7A 1NV3A 5LTCA 2XXHA 5I56B 2Q88A 3O6IA 1T0KA 4QFNA 4PETA 3U65A 2ZZVA 5CMMA 4X04A 4LQ2A 1TWYA 1FBGA 1B3LA 1G0IA 4MAGA 1B9JA 2O7IA 1NV0A 3IOVA 2HAUA 1MQHA 4YKIA 1O63A 1FTKA 3M3LA 1CB6A 1K9ZA 4RPOA 3B6WA 4PBHA 4GXSB 2XWVA 3MZ9A 2VGQA 4KHZE 4LQ5A 3E13X 3VLVA 1FBFA 3CSGA 4RK2A 3G3HA 4XKRA 3U8QA 5TP9A 4IO4A 1S9TA 1Y1MA 3E3KA 4TQUQ 5H8HB 4HE0A 3VLUA 1XI6A 3TCHA 2NUVA 2O7UA 5DVIA 3FBPA 2F36A 2F6PA 4OVPA 3QUFA 2GHBA 5IZ3A 1SD3A 4HXVA 4OQOA 4PFTA 4QF9A 2F97A 3FVOA 1OLCA 1SBPA 4N8YA 4EXKA 3FXRA 1NV5A 3DRKA 4RY1A 4XIGQ 4IGRA 2B3FA 2Q89A 4YB5A 1B7UA 3FVKA 5JEIA 3QAXA 4DE8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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