2RC8A

Crystal structure of the nr3a ligand binding core complex with d-serine at 1.45 angstrom resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
KLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A
total genus 100
structure length 284
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A02
4DXUA 3SEUA 2P2AA 4RA1A 4Z0IA 1EU8A 1H43A 3ZS6A 1ZIUA 4OYVA 2XXPA 5DT6A 3TMGA 4ZEDA 2DWIA 3CSGA 3R6UA 4YKKA 3K0VA 1NNFA 4GXAA 5CM6A 3CG3A 2FNCA 3GLBA 4WKMA 3OO8A 3MAMA 3IAZA 2PBWA 2DYXA 1N0TA 1HSEA 2FYIA 5H8NA 4EF1A 5I56B 4ONYA 1QUKA 3FZVA 3BKIB 1B7HA 3T9VA 4LA9A 2NOOA 1A55A 4R75A 3KOTA 2Y7RA 1IEJA 1O63A 3KN3A 4OXVA 1IIWA 2Z22A 4GQOA 3MC2A 4JSOA 4EXLA 4OVJA 4H8IA 4JWYA 1FW0A 1M5DA 3TCGA 4HS7A 4IO6A 1L5TA 2UVGA 5I2NA 3EHUA 1QW0A 1ZMGA 2QPQA 3H6UA 1MXZA 4F1UA 1LFIA 3C36A 4F18A 2A5TB 3UP9A 1MY4A 4JB7A 1N3WA 4NEDA 2XX7A 3KOSA 1URGA 4ZEKA 1US5A 4QFKA 4NTLA 4GOTA 4UACA 1HSLA 1MQIA 1ZKBA 4QSEA 3PPRA 2PYYA 4XKQA 5H8HA 1OIBA 2Z8FA 3KEIA 4YU0A 3TQLA 5JTYB 1R6ZA 3OSQA 4MF3A 2W7YA 3LUYA 1JW4A 1NNPA 3I3VA 4R9GA 1AH5A 3RY3A 5FHNA 2OBGA 3MBPA 1RYXA 3QYTA 1H76A 4JSDA 2ABHA 1OLAA 3G3GA 4PP0A 3RT8A 4F29A 4KCDA 1I6BA 1A40A 5KZTA 3VLVA 2V84A 5JEIA 2REJA 3N26A 4U1OA 2DSFA 3GZGA 3JZJA 3MQ9A 2O7IA 1LCFA 3U94A 4L17A 3SEXA 2V3UA 4HCWA 4YB6A 3C34A 2DVZA 5FTIA 2YPNA 1N84A 4ZZAA 3TTNA 1R9LA 4E0WA 1AMFA 2ONSA 5ITOA 4DLDA 5KDTA 1AIVA 3OO7A 1DPEA 3QSLA 1B5HA 1QKAA 5K2YA 2I6EA 3CI8A 4OZ9A 1AL3A 5J1DA 4YMAA 5HM4B 4FORA 2E1SA 4QRZA 4THIA 2ONKE 4BDQA 5AA2A 1A54A 3SEVA 4ELRA 5BWJA 2OCUA 4XKRA 1IQ7A 2YJPA 1DTZA 4F3BA 4RPNA 5H8NB 3PPPA 5DEXA 1SQYA 2Q89A 1B3FA 1B40A 3S9EA 2KLFA 2R6GE 5CMBA 2VP1A 3R26A 4GL0A 3KN8A 2B3BA 3SERA 3M3FA 5AA2D 5I59B 3CRBA 4LATA 4RK9A 4G2ZA 2UYFA 3MP6A 1JW5A 1US4A 3ZKKA 4FAJA 3VLUA 1M5EA 1OLCA 4EQBA 1PB9A 2Q2AA 2HAVA 1RKMA 1MY0A 4QFLA 3QUFA 2XHDA 5BUUA 1LAGE 1GR2A 1YPNA 2NUVA 1IUDA 4M4GA 2O69A 4R6YA 3EQ1A 2Q2CA 4G68A 4IO2A 1TWYA 2HFBA 3EPEA 4MH5A 5FTHA 4DE8A 4H0WA 1YCJA 4X9TA 4R72A 3AXFA 2XXRA 4KI0E 3T66A 3VFJA 2UYEA 1B1XA 3K1MA 3KN7A 1PBPA 3W9WA 2X26A 1IITA 4KD5A 1MQHA 3RGYA 3DP4A 2XXVA 4OHNA 4OEVA 1MQDA 1P1UA 1SDXA 1Y1MA 3CFLA 2GRVA 4TQUQ 1D9VA 2Y7KA 2P0SA 2F35A 3CFZA 3DLNA 3FVNA 3E13X 3HN0A 4MLVA 2RCBA 4FEBA 3IOWA 1FTKA 1B1HA 2ZMBA 4XKNA 1SW5A 2M8CA 3B7DA 4LVQA 5HPQA 3MZ1A 5B70A 3CG1A 5A5XB 1Y3NA 4XXUA 5AA3A 2RC7A 4H6DA 1UIVA 1VE4A 5DTBA 3PPOA 2BJJX 3RUMA 3T9HB 3USDA 4GLIA 2F78A 1BKAA 2GH9A 4R6KA 2H99A 3PMVA 3N5LA 4OTEA 5DVJA 5I2KB 3OELA 3TCHA 3G3FA 3U1OA 4OFJA 3SEYA 3M3KA 4F1YA 4H5GA 4X1BA 1FQAA 1XT8A 3K00A 3Q27A 4NF4B 5M2VA 1GV8A 2OK2A 3K6XA 4AB5A 1BIYA 1D4NA 2DWJA 1MQJA 3D4CA 5I2KA 1NMUA 4U23A 5I2NB 4P0IA 4KYEA 5ISUA 3MWBA 2H25A 3SKPA 3UGWA 3S2VA 4IGTA 2NVUB 3O97A 1LAXA 5DEXB 4I8CA 3OO6A 2O6AA 4RXLA 3CSBA 2XXUA 1YAEA 3TTRA 2HEUA 3V83A 1S7YA 3O2AA 1ZJLA 1ANFA 2DP8A 4JDFA 4I1DA 4ZECA 2REGA 1JVYA 2Y7WA 1SW4A 3K4UA 1B0LA 1SYHA 2XXQA 4TLLB 3ECRA 4IY6A 3MZ9A 5L9OA 3HHGA 3HV1A 2A5TA 3VV5A 2OJTA 4LZ8A 3S9MC 2ALUA 3PPQA 5H8FB 5HBCA 1MM7A 4Q30B 1LGBC 1MRPA 3FJGA 3MPLA 1SBPA 1Y3QA 2OWTA 2I3WA 2XXWA 3FJMA 4GWOA 1BLFA 1NH8A 4KHZE 4MFIA 4ELOA 3T22A 2AL5A 4FATA 2HCAA 1BTJA 4NF6B 4NF8B 4XTCQ 5H8QB 2RINA 3UN6A 2QMXA 4IGRA 1NH7A 4DXCA 1POTA 3FD3A 3C32A 1USYH 2OZZA 1MY3A 3D4GA 3FV1A 4NF6A 3TELA 1JEVA 2Y84A 4NF8A 4BDRA 3TUSA 1S50A 1O64A 1VFEA 2I49A 3IOTA 3H6WA 1B3GA 2DQVA 3MJNA 3OSRA 4LQ2A 2DS9A 2E0SA 3IOUA 4U4XA 5L8DA 4X48A 3TDJA 4TLMB 3THIA 2UVJA 1II5A 2XXYA 3PV0E 3EHSA 1B5IA 1Y4CA 3G3JA 3MP1A 3QAXA 4IO3A 3W9VA 4NMYA 1XS5A 3RTWB 4BLAA 1AOVA 4R6HA 3B6WA 1MH3A 2AYSA 1FTMA 2Q88A 3K2DA 3C31A 2B3FA 3PUZE 3S9NC 4MLQA 4P11A 4IB2A 2X7QA 1B5JA 4R74A 3OXNA 3VXCA 3OD7A 4ESXA 4QFOA 1SW1A 4QF9A 1M5CA 3PGFA 4Q8RA 5ELVA 2I0CA 4KYSA 2RC8A 1JQFA 5CI5A 1M5FA 3L6GA 3A3UA 1OMPA 3E4RA 4OFLA 3TODA 3WAEA 3DP8A 1SI0A 1P99A 3RPWA 1JW1A 1NKXA 2AL4A 3LR1A 3TQWA 4H1XA 3K1PA 5I59A 4U2RA 1A99A 5DVFA 1A8FA 3IO6A 4G8NA 4BDNA 4E0XA 4DZ1A 1Y4TA 2HZKA 5CMKA 5EHMA 3O29A 3IB0A 1MXWA 2DXYA 2XXXA 3KJTA 2QMWA 1UQWA 4I9DA 1N7XA 3FXRA 3O6GA 4GL8A 4POWA 1VFDA 3H7MA 3N6TA 3MUQA 4GRKA 3JYRA 4JWXA 5JTYA 2XX8A 4C1UA 1A8EA 3RQTA 3FXQA 1WVJA 3P7IA 4LP2B 4N07A 4ESWA 3PMWA 4PETA 4P0GA 2DWHA 3KFMA 2PX1A 2UXAA 2QSXA 5I84A 5CBRA 1Y20A 2XXHA 3H6TA 3VDFA 2Y7IA 2ZXTA 1M5BA 3F11A 1QUIA 4TOZA 2AIXA 2OLBA 2Z23A 4JBZA 2H4IA 4YKPA 1KWHA 2GHBA 3EHTA 5TP9B 4YKIA 3Q29A 5TPAB 1URDA 1H44A 3T9UA 1MXXA 3FVOA 5FHMA 3GBBA 3O66A 2V25A 1VSOA 1R1NA 1B46A 3VVFA 1PB8A 2O1MA 5IKBA 2GHAA 3OOAA 2UVHA 4RYAA 5CMCA 2V3QA 1QKBA 2I48A 2QS1A 3PUWE 4DXBA 3IB2A 4F22A 3H4ZA 3IB1A 4FECA 4NWDA 3N94A 3M8UA 4ZE8A 4IO5A 2ANJA 2H5YA 5L9MA 1LSTA 1OVBA 3CFXA 1IXIA 3HO7A 3MPKA 4JXIA 2ZYOA 3MVWA 2Z8EA 4NF4A 4OMBA 4YAHX 5JK4A 2DE2A 2F97A 5H8SA 1PDAA 3C9HA 3PPNA 2V93A 4UA8A 3S4UA 2P1SA 4R9FA 4EF2A 2F36A 3SDFA 3TTKA 1LAFE 3UK4A 3TZAA 3IJOB 1Z7NE 1B05A 1LBCA 1B51A 1CB6A 4KYDA 4O3CA 1BP5A 3K6UA 4Z7EA 4F2QA 4WEDA 3VLWA 1XVXA 4F3GA 5DVIA 2HXWA 4OESA 1TXFA 1Z7ME 4I62A 1EZ9A 1NL5A 2B65A 3I6VA 1DOTA 2YLNA 4G68C 4AQ4A 3RLFE 4OETA 3QIMA 1URSA 3G7WA 4FEDA 1Q1KA 2XX9A 2A5SA 3C4MA 1S9TA 4H65A 2D21A 5H8FA 4ZEIA 3PUVE 3TTLA 3TEPA 1MPBA 1OQHA 1FCKA 3KG2A 3U8QA 1B4ZA 5ICTA 2I3VA 2R71A 3W15C 1Y1ZA 3V5AA 4BDMA 1B9JA 2ZNUA 4QFPA 5H8QA 4N6PA 4YMBA 4ZE9A 2RF1A 3DP6A 1P1NA 1GVCA 5A5XA 2H9BA 3ILTB 4OWDA 4EDPA 5TPAA 5I57A 1JNFA 1B6HA 1QJMA 2V3TA 3QUJA 1LBBA 2H98A 2QS4A 1XOCA 3K6WA 1ZLQA 4G68B 5TU0A 4LUBA 2Q9TA 3U92A 3IJXB 3EF7A 4NWCA 1P1WA 3WAFA 1LB9A 3RNNA 2O68A 4QSDA 4WEPA 3A09A 4ZZEA 1YTVA 3VVDA 1DTGA 1NNTA 1OQGA 3EN3A 4RNSA 3SETA 3FJ7A 1QVSA 4YZZA 1T0KA 4QHQA 4EQ9A 1LFHA 1D9YA 4PFYA 3G3KA 4R2FA 2DE4A 3RT6B 5K2XA 3B6QA 1FTOA 3ONMA 2FA7A 1UTBB 3FGSA 4X1DA 3TYHA 4XKPA 1FTJA 1SW2A 2XD3A 3IX1A 3K01A 2I4CA 3MVXA 5EYFA 4ISUA 4NF5B 4OQOA 3FIRA 4YB7A 1ELJA 2GFEA 3U72A 2ESNA 3B6TA 1H45A 2DVCA 3PUYE 4LZ5A 3MVZA 1B3LA 3Q28A 1Y9UA 2HZLA 1LCTA 3KJ7A 1MM6A 1USYE 1OVTA 1XHYA 2RC9A 2DOJA 2IEEA 2F34A 1I6AA 2O7UA 2CZLA 3O28A 1F9BA 1PB7A 1PEBA 2NXOA 3H3GA 2CMOA 2ONRA 3IL1B 1B0HA 1XVYA 4F19A 4U22A 1FQDA 3FUZA 4LQ5A 3HCQA 5LOMA 1MQGA 2PT1A 4IO7A 4KR5A 1JVXA 3SESA 1SI1A 4PFUA 4F39A 1EZOA 1I6QA 1MS7A 2QJEA 2VD3A 4KFQA 4GD5A 3OEMA 4H67A 1MY1A 2VOZA 4HTGA 1TFAA 3H06B 4O3BA 5CRYA 5TP9A 3CR9A 5B7DA 1EZPA 1MXYA 1R9QA 4G8MA 1ZU0A 1B58A 1MG1A 1PBQA 2Y7PA 1IXCA 3OENA 4HCYA 1O7TA 4GFRA 2HQ0A 3TPAA 2ZYMA 3TFLA 3VXBA 4OEUA 4H8JA 1VR5A 3KGCA 1IXHA 1LFGA 1B52A 2XXTA 3KBRA 3TCFA 2DXRA 2F7AA 3V8XB 4GVOA 1NNKA 3K02A 3DM0A 4LZ7A 5CC2A 3LC8A 4N13A 3U93A 3GBAA 4F31B 3T96B 1B7ZA 4ZEFA 3ODBA 3TAJA 4JWOA 1FQCA 4ZDMA 1POY1 4ELQA 4EQ7A 1WODA 3MW0A 4OERA 2DWAA 1MY2A 3HPIA 4GIZA 4PFWA 4RPOA 3I5OA 3OMBA 2THIA 1GTKA 4FE8A 5AE4A 5CMMA 3UA8A 4BDLA 2HAUA 3ZSFA 1MPCA 4ND9A 3IOVA 5DYHA 5F1QA 2VHAA 3MVYA 3UORA 1XC1A 5KCJB 3M3LA 4OENA 5FHOA 4WXJA 4KQPA 3G3HA 2D3IA 3PUXE 2XXIA 3DELB 3FVKA 3PU5A 4FIMA 4POXA 4MBPA 4YB5A 2G93A 3IK6B 4DDDA 1SVXB 1A7LA 3RN8A 1TT1A 5KCJA 2O51A 3ZKLA 1ATGA 3IORA 1H3DA 4BDOA 1DPPA 3O6IA 1NFTA 3O6HA 5IAIA 2ZNTA 3O9PA 4KCCA 2ZYKA 1D3KA 1PC3A 2DE3A 2I4BA 3GXAA 3LSWA 4G4PA 4PE5B 4RY1A 5ITPA 2OWSA 1TFDA 4Q0CA 1UTHA 4R2BA 4U1ZA 3V89B 5AA2B 3JV9A 3H03A 3PMXA 4IO4A 1B7UA 4QFNA 1LAHE 3A3CA 3E9XA 4IY5A 3RTFB 3PD9A 3T93B 3CVGA 2Z8DA 4LONB 1UTHB 3VVEA 4C0RA 5I58A 1DMBA 1LB8A 3BFTA 3BBRA 3LSFB 1SD3A 2O1LA 3E3KA 3OEKA 1JETA 5AA4B 4PFTA 5EHSA 4ECFA 4ZS9A 4DIGA 4EXKA 2G29A 3LSXA 5KDTB 3CIJA 2F5XA 2QL3A 4DCXA 2F6PA 3KSXA 2X7PA 1FTLA 3Q25A 4F3SA 1QUJA 4RK2A 1Y3PA 4EUOA 5I56A 1FQFA 2IA4A 2QRYA 5AA4A 1B2HA 4GF8A 1MH4A 4G8HA 4PQJA 3FASA 3OO9A 5CBSA 1I69A 3R7XA 3LSLA 1UTBA 4U21A 3K1NA 1P1OA 2PT2A 2QS3A 3FATA 5F7VA 1J1NA 2VGQA 4XIGQ 2I0BA 3C35A 4FJPA 1IZ1A 4NE4A 4F2OA 2RKMA 3QXMA 2LAOA 3HSTA 3ILUB 4KPTA 3G3IA 1MDP1 1UIUA 4RJZA 4DCYA 5L9SA 2QS2A 3TKDA 1GGGA 3K6VA 4NF5A 4Q5TA 3VE1B 1B3EA 2F8DA 2XD2A 4YICA 4F3PA 4OFOA 2NWJA 4M1VA 2UVIA 3S9LC 3PD8A 3IR1A 3FVGA 3T9XB 3UIFA 4C1TA 2R9JA 2F6GA 1SYIA 1ZTYA 1RYOA 3LBSA 3QK6A 5ICQA 4G77A 3HHFA 1QULA 1B4HA 1Q35A 4YKJA 4ELPA 1HSJA 5H8HB 2WKYA 1JEUA 1MXVA 2VD2A 3C33A 1EH3A 1N7WA 1P1QA 1ZBMA 2I58A 1FQEA 1B32A 2PMSA 3KZGA 4K3FA 4R73A 2RCAA 2O84X 4F1VA 3H6VA 3MP8A 2ZYNA 3MZBA 4H5FA 3KSJA 4ZEBA 2Q8JA 5I57B 2F7BA 2D5WA 1N76A 3TTMA 1WDNA 4QSCA 3FV2A 1N04A 5AA1A 3Q26A 3BFUA 4GXSB 1MDQA 1B3HA 1N3XA 2PVUA 1LLSA 3L6HA 3N6UA 3SEWA 1DSNA 2F7CA 5I58B 1FQBA 1IXGA 4AB6A 4HW8A 3IO4A 3FXUA 4U4SA 1MXUA 2ZNSA 1CE2A 4O3AA 1MPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P2AA 3GLBA 5LDZA 4GWSA 4NHBA 1HSEA 2FYIA 3BKIB 3KOTA 1FBGA 4JSOA 1FW0A 3C36A 4F18A 2A5TB 4ZEKA 1US5A 3ZSFA 5L9SA 1HSLA 4QSEA 1YZ0A 2PYYA 1NNPA 4QBAA 1RYXA 4H46A 2ABHA 4F29A 1I6BA 2V84A 4GBVA 3JZJA 2O7IA 4L17A 4HCWA 4PFRA 2QVRA 4E0WA 2YPNA 1AMFA 2ONSA 5ITOA 5KDTA 4LN5A 1NV0A 4YMAA 2VPOA 4FORA 2ONKE 3SEVA 1DTZA 4NQ8A 1SQYA 3S9EA 1NV5A 3KN8A 3SERA 5AA2D 3LV0A 5DW8A 1PB9A 2HAVA 1FJ6A 3EQ1A 5FTHA 1TWYA 1PBPA 3W9WA 3RGYA 2XXVA 1P1UA 1SDXA 4G61A 2GRVA 2Y7KA 2F35A 2PFZA 3E13X 4XEQA 1FTKA 3MZ1A 5B70A 3CG1A 5A5XB 4GWWA 3RUMA 3PPOA 4MHFA 3T9HB 3USDA 2F78A 1BKAA 2GH9A 4OTEA 5I2NA 3TCHA 3G3FA 3SEYA 4AS5A 1FQAA 1GV8A 2DWJA 5I2NB 4U23A 4MJOA 4RXLA 2XXUA 1LBWA 1YAEA 3TTRA 2HEUA 3V83A 1ZJLA 2DP8A 4JDFA 4I1DA 1JVYA 1SYHA 2B4MA 3ECRA 4PFIA 4X04A 4GBWA 3FJGA 4F2OA 4MFIA 4FATA 2HCAA 4NF8B 4IGRA 1NH7A 1POTA 2OZZA 3TELA 4BDRA 3TUSA 4NF8A 1S50A 1O64A 1B3GA 2WYKA 5L8DA 2XXYA 4IO3A 4OA4A 4MCOA 2OX3A 2AYSA 3K2DA 3C31A 2B3FA 1Q9DA 3LUZA 4QFOA 1M5FA 3L6GA 3E4RA 2AL4A 3TQWA 4U2RA 1A99A 4E0XA 4G8NA 3IO6A 1Y4TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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