2RC8A

Crystal structure of the nr3a ligand binding core complex with d-serine at 1.45 angstrom resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
KLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 100
structure length 284
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A02
4L17A 2ABHA 3OO7A 2Q88A 5L9SA 1FQCA 3R26A 3OSQA 2F5XA 4DZ1A 4ONYA 4MH5A 4OMBA 3SEXA 5CI5A 5M2VA 3SESA 4POXA 4RK2A 1B52A 4ZEDA 2XX9A 4XTCQ 3CVGA 4F1VA 4RPOA 3IJXB 5CMCA 3G7WA 4K3FA 1LLSA 4DDDA 3RPWA 2Y7KA 3IO6A 2O1MA 3T9HB 5FTIA 1NNPA 4NF6B 2PBWA 1EU8A 1EZPA 5J1DA 4XKQA 4JSOA 4DXBA 1AH5A 3MC2A 1NKXA 2Y7PA 4X9TA 4MFIA 2NUVA 1H43A 4KCCA 1DMBA 2UVJA 3FASA 2CZLA 3ZKLA 3C4MA 2RC7A 4YKIA 3CRBA 2I3WA 4F18A 3FVNA 2H99A 2ANJA 5H8FA 2D5WA 4LP2B 4NF5A 3P7IA 3HCQA 1VFDA 2ZNSA 4IGTA 4G8NA 3PPNA 5TP9B 3VLWA 1UIUA 1BP5A 3O6GA 5AA4A 3KN8A 3VLVA 4F2QA 5L8DA 2D3IA 3SEYA 2V3TA 3V89B 3KSJA 2LAOA 2AIXA 4FIMA 3QIMA 1GV8A 3I3VA 3KN3A 3K0VA 3I6VA 1B3GA 1OQHA 2FNCA 3O66A 1IITA 1QJMA 2HZLA 2DYXA 1WDNA 3C31A 4IGRA 1MXXA 1OQGA 1IXHA 1OLCA 1US5A 3TODA 5CM6A 1O64A 1B3EA 1P1WA 4GD5A 4FE8A 4C0RA 3MAMA 3G3GA 4E0XA 3AXFA 1NNTA 1IUDA 4IY6A 1R9QA 4QFLA 4BDLA 4N6PA 3SDFA 4OXVA 3PD9A 3FJMA 1D4NA 1NNKA 1B0HA 3USDA 5I56B 4PQJA 4GL0A 2DVZA 3UIFA 4DCYA 1IXIA 2B3BA 1MQIA 2F7AA 3CG1A 4LA9A 5AA1A 1MG1A 3FJ7A 4GFRA 3IX1A 5H8HB 5AA2A 1TXFA 4X1DA 2OLBA 3MPKA 4F22A 2ZYNA 1Y4TA 5AE4A 2DQVA 2THIA 4JXIA 2IA4A 2QS3A 3PPRA 2G93A 4TLLB 4OQOA 3G3JA 4ZEBA 4OHNA 5I59A 3CR9A 5EHMA 3IR1A 5FTHA 3RLFE 4IO4A 4AB6A 3DM0A 4U2RA 1FQDA 1GGGA 2F34A 3OMBA 1MPBA 1PB9A 1ZBMA 3OEKA 3E3KA 5DEXA 2BJJX 2PMSA 4YKJA 4H8IA 4THIA 5CBSA 4FEDA 1L5TA 4OERA 1MQJA 3K1MA 1LAGE 4HW8A 2OZZA 3KJTA 1A8FA 1BIYA 5ELVA 4DE8A 1II5A 2XD2A 5KDTA 3B6QA 5ITPA 1DOTA 2HAVA 3EHUA 1DTZA 2O68A 3O97A 5I57A 2ALUA 4DXUA 4OFJA 2E1SA 4QFNA 1VE4A 3UGWA 4Q5TA 5ITOA 2OWSA 2Y7WA 4DLDA 3MUQA 4QF9A 3IOWA 3UN6A 2RC9A 3MW0A 1PBPA 3QAXA 1URSA 3E4RA 2DWHA 1TT1A 4EQBA 2VP1A 4G8HA 1FQAA 4F3SA 3O6HA 4FAJA 5DVIA 4YMBA 2NWJA 2Z23A 1IEJA 1B1XA 4WEDA 3TCHA 3UK4A 4KYEA 5H8FB 3PUVE 4NF5B 1QUKA 1SBPA 1QUIA 4QSCA 1ANFA 1AMFA 1LFIA 5AA4B 3ONMA 3Q25A 2DVCA 2GRVA 2H4IA 3JYRA 1H76A 5F1QA 4H6DA 3MWBA 3LC8A 2B3FA 1Q1KA 4FJPA 3M3LA 3VV5A 4R75A 3K00A 3MVWA 2Q2AA 3E9XA 1LBCA 2UYEA 3IOVA 2XXVA 3H4ZA 1USYE 1XS5A 2P2AA 2RC8A 5B7DA 2ZXTA 2G29A 5K2YA 4NF4B 4G68A 3QYTA 2Q89A 3OELA 4Z0IA 4F1YA 3CSGA 3FXRA 1IXCA 2XXXA 1VR5A 3MVXA 2R6GE 2ONRA 3KBRA 2DP8A 4OETA 4G8MA 1B3LA 5IAIA 1H44A 1NNFA 4R74A 4RK9A 2Q8JA 1LSTA 3S2VA 4NTLA 3U72A 1MY2A 2PVUA 2Z22A 3JV9A 3LSWA 2I4BA 3G3FA 3KGCA 3PMXA 1M5BA 4E0WA 1ZIUA 4YB5A 1M5CA 3PUZE 3CSBA 5DYHA 2DWIA 5AA2B 3VFJA 3U93A 4Q30B 4U4XA 3ILTB 2O6AA 4IO6A 2DE3A 1JNFA 4HCYA 4OFOA 4MLVA 1QUJA 4G68C 2ONKE 3U92A 3TQWA 3RTFB 2I49A 2QL3A 2H98A 4XKPA 5I59B 1US4A 2UVHA 4IY5A 1EZOA 1DPEA 4YKKA 1MDP1 1Y1MA 4LQ2A 1MM6A 4H65A 1SQYA 2YLNA 3TTRA 3FXUA 2ZYOA 5DEXB 3GLBA 5H8QB 2ZNUA 3ODBA 2DS9A 5H8SA 2H9BA 3VXCA 3O6IA 1UTHA 2VD2A 3VVEA 1B3FA 2ESNA 4YKPA 4MBPA 2F78A 5KDTB 2PT2A 1B46A 1ZU0A 3CG3A 3LR1A 4POWA 4RNSA 2V3QA 4F19A 1RYXA 1JVXA 1SI0A 4IO2A 2OBGA 1MH4A 5I57B 3TMGA 4BLAA 3SEUA 3OO9A 3FIRA 1UIVA 4TOZA 4P0GA 1JQFA 2XXUA 4U1ZA 1R1NA 2IEEA 1P1UA 4H67A 1XT8A 4ZEKA 3PUWE 4P0IA 1O7TA 3T66A 4O3AA 4GWOA 1N76A 4H5FA 3C36A 4R9GA 4BDMA 4NF8A 3MQ9A 3ZSFA 3OO6A 2O51A 4PFTA 5I2KB 4LQ5A 1A99A 2OWTA 1ZKBA 3LUYA 2P1SA 4ZECA 3LSFB 4ZZEA 3JZJA 5DVFA 3MP1A 3VLUA 2XXHA 4G2ZA 3E13X 3KFMA 1EH3A 2O7UA 3H03A 2XHDA 1URGA 3FATA 2REGA 2XXTA 3K2DA 1XVYA 3H06B 4M4GA 1B3HA 5B70A 2ONSA 4ELOA 4F29A 2GH9A 4ZZAA 3U94A 4ESWA 4DCXA 3MZBA 1A8EA 3A3UA 2VGQA 5LOMA 5JTYA 3H6WA 1SVXB 4JB7A 1D9VA 3FVKA 4EUOA 4IO5A 4F3BA 1P1QA 3PPPA 4ZEIA 4MF3A 2YJPA 2HFBA 1M5EA 2DWAA 1ELJA 1FTLA 1N3WA 3D4GA 3K1NA 1T0KA 1N7WA 3KJ7A 3HPIA 3RT6B 1P1NA 5DT6A 4NWCA 1QKAA 4YMAA 4P11A 3M3FA 3C34A 3DP4A 1B2HA 5A5XA 3VDFA 1BLFA 4F39A 3S9LC 1MQGA 2V93A 4KCDA 3T9XB 1I6BA 3ILUB 1B0LA 1R9LA 3RNNA 4ZE9A 2DXYA 1PC3A 1UTBA 3C35A 5CMBA 3T22A 1LAFE 4KYSA 3KOSA 3EF7A 1N84A 4U1OA 2XXPA 3KG2A 1A55A 4QFOA 2HEUA 1JW1A 3TQLA 3EHTA 1B7HA 1O63A 4I1DA 3M8UA 3A09A 1F9BA 3TYHA 3IK6B 3B6TA 3FV2A 4EDPA 2V84A 3TZAA 3IORA 1UQWA 3KOTA 4F31B 2NXOA 3EPEA 4XXUA 2O7IA 1GTKA 1FTOA 1LCTA 1JEVA 1MY3A 1SD3A 1B4ZA 3PPQA 3FVGA 1SYHA 1MQDA 3OSRA 2R9JA 1N04A 2FA7A 3Q26A 3Q29A 4QHQA 3PU5A 4LZ8A 1A40A 3OD7A 3GBAA 3CI8A 3R6UA 3TPAA 2NOOA 3K1PA 1LGBC 5HPQA 2PX1A 3RN8A 3HN0A 1SW5A 4NEDA 4ELPA 2XX7A 1MXUA 1URDA 3HO7A 2Y84A 1OIBA 2D21A 1ZJLA 3T93B 5AA2D 2XXRA 3O2AA 3FZVA 3A3CA 3K01A 4GF8A 4JSDA 1JW5A 5FHOA 3UP9A 5EYFA 4QFPA 3GZGA 4YAHX 1N7XA 4NF8B 3UA8A 2VHAA 3I5OA 4IB2A 4EXKA 3TFLA 1JEUA 1JW4A 1MXYA 3RT8A 1LB9A 1SDXA 1MS7A 3TEPA 4PFUA 3FV1A 1I69A 1FTJA 4UA8A 4OEUA 3FVOA 3IB2A 2RF1A 4WKMA 1SYIA 1B4HA 1N0TA 4GXSB 2E0SA 4M1VA 5TP9A 3RGYA 4QFKA 2PT1A 3TCGA 4X1BA 1POTA 2AL4A 2XXQA 2QS4A 2M8CA 2Q2CA 1FTKA 1S50A 3MBPA 2X26A 1IZ1A 5CRYA 1HSJA 1NL5A 4R72A 2A5SA 5I2NA 3IOTA 3S4UA 1ZLQA 4GIZA 3BKIB 2F8DA 4LONB 2FYIA 3U1OA 3PGFA 1A54A 4JWYA 4EF1A 2HCAA 3T9UA 2I58A 4R2BA 1QVSA 4R9FA 4OEVA 3QUJA 3GXAA 4EF2A 4OENA 3LBSA 4ELRA 1S9TA 3VVDA 2ZNTA 3GBBA 1GVCA 4HCWA 3S9NC 4OWDA 4NWDA 1M5DA 5CMKA 2B65A 2UVIA 1FQFA 2Z8EA 3H3GA 3FGSA 2I6EA 2REJA 2QSXA 4AQ4A 2O84X 4O3BA 4Q0CA 5F7VA 5I56A 3TAJA 2F36A 1LAXA 1PB8A 2UYFA 3L6HA 4QSDA 5KCJA 1I6QA 3SERA 3ZS6A 1YCJA 4YICA 3T9VA 3MVZA 1MXZA 4BDQA 2F6PA 3K02A 5DVJA 2A5TA 4U22A 4U4SA 4XKRA 4OVJA 2F35A 4XIGQ 3S9MC 1B40A 1JETA 1YAEA 2XXWA 1MXWA 4LVQA 1OLAA 2F7CA 3TCFA 3O28A 3PMWA 3C33A 3IOUA 4AB5A 3RQTA 3R7XA 1YPNA 4KI0E 1D3KA 3TTMA 4XKNA 1B6HA 1MY4A 4PE5B 1R6ZA 3C9HA 5AA3A 4WEPA 1QULA 2RCAA 4BDRA 4NE4A 2H5YA 1B5IA 4YB7A 3F11A 3N6TA 2O1LA 1LBBA 5HM4B 1IIWA 3L6GA 1N3XA 3WAEA 1MY1A 4FORA 2XX8A 2AYSA 1TWYA 3LSXA 4RY1A 3O9PA 3OOAA 4KYDA 5CBRA 1B05A 4DXCA 2GHBA 1NMUA 3PV0E 4GVOA 5BWJA 3K6WA 3B7DA 2QS2A 3IL1B 4PETA 4R73A 2XD3A 2HAUA 2HXWA 1XOCA 3PPOA 4TLMB 3FJGA 3SEVA 1Y9UA 3DELB 1P99A 5TU0A 4H0WA 4H8JA 3EN3A 3TELA 2V25A 1BTJA 2H25A 2R71A 1PEBA 4GLIA 3Q27A 1B32A 2Z8FA 3CIJA 3EHSA 1NFTA 3B6WA 2I0CA 1MH3A 2I3VA 2DSFA 2ZYKA 2OCUA 3RY3A 4IO7A 1XC1A 3H6UA 1EZ9A 3IB1A 4I8CA 5CMMA 3G3KA 5JK4A 3OXNA 3TDJA 1AOVA 4JWOA 2HZKA 3MVYA 1I6AA 3DP6A 5ISUA 3T96B 3PUXE 1SW4A 3C32A 3G3IA 4WXJA 4U23A 4LZ5A 4N13A 5I2NB 3OO8A 3VXBA 5ICQA 5KZTA 4G68B 2QRYA 1SW2A 1FCKA 3LSLA 4GL8A 3VVFA 5TPAA 3K6UA 2VD3A 5L9OA 2OJTA 2OK2A 1B7UA 2NVUB 4ZE8A 1IXGA 4NF4A 4ELQA 4HTGA 2RCBA 4JDFA 4G4PA 3THIA 4Z7EA 3MZ9A 1MXVA 1RYOA 4GRKA 3FUZA 3HHFA 1OVBA 3QXMA 4KHZE 4R6YA 3U8QA 4JBZA 3RTWB 5H8NA 5I58A 1SW1A 3BFTA 1POY1 1XHYA 5L9MA 1TFAA 2CMOA 1YTVA 3BBRA 3S9EA 4KQPA 1GR2A 4OESA 4HS7A 3W9VA 2DE2A 5KCJB 1DPPA 1JVYA 3SKPA 3FD3A 4I62A 4F2OA 4KD5A 2W7YA 3WAFA 4KPTA 5EHSA 1D9YA 3Q28A 3MP8A 4UACA 3HV1A 5FHMA 2A5TB 1NH8A 3M3KA 5CC2A 4FECA 3QUFA 5I84A 1Y4CA 1MY0A 3ZKKA 1MPDA 4ZEFA 2DXRA 4F1UA 3KEIA 3BFUA 3H6VA 1FQBA 1WVJA 1WODA 2ZMBA 3FXQA 3TUSA 2I4CA 4U21A 2YPNA 4F3GA 3OENA 4FEBA 1H3DA 1AIVA 4LUBA 2P0SA 1ATGA 4NMYA 3TTKA 3CFZA 3TTLA 1UTHB 3V8XB 1MRPA 3W9WA 3HSTA 4RPNA 5H8QA 3K4UA 1HSLA 1M5FA 2DOJA 4KFQA 3ECRA 4GOTA 2X7PA 3DP8A 2RKMA 2O69A 5K2XA 3K6VA 1MM7A 4C1UA 1QW0A 2QMXA 5FHNA 3IAZA 1MPCA 4X48A 2V3UA 1HSEA 3IJOB 2RINA 1ZMGA 2HQ0A 4NF6A 1BKAA 4MLQA 3UORA 4F3PA 3V5AA 2I0BA 2UXAA 1Y3QA 4EQ7A 1Y3PA 2UVGA 2QPQA 4C1TA 1FQEA 1Z7NE 4H1XA 1LAHE 5BUUA 1PDAA 1ZTYA 5DTBA 1H45A 1PB7A 3SEWA 2ZYMA 1IQ7A 2XXYA 1QKBA 1B58A 3W15C 1USYH 2Y7IA 1CE2A 1NH7A 1B51A 2QS1A 1RKMA 1Y1ZA 4RA1A 4OYVA 4YZZA 4O3CA 1B9JA 1P1OA 1Q35A 1B7ZA 3IO4A 5I2KA 1LB8A 4OFLA 2Q9TA 1FTMA 4IO3A 1B1HA 4N07A 1TFDA 2Y7RA 4GQOA 2X7QA 1MDQA 3KN7A 4ND9A 2DWJA 3CFXA 1CB6A 3DLNA 3G3HA 1A7LA 4KR5A 5JEIA 3MP6A 4Q8RA 4G77A 4YU0A 4EXLA 2PYYA 5JTYB 3SETA 4H5GA 4QRZA 4ZS9A 3PMVA 3KZGA 4RJZA 1SI1A 1B5JA 4DIGA 3RUMA 3KSXA 2F6GA 3O29A 2AL5A 3MZ1A 1VFEA 3PD8A 2XXIA 4YB6A 1B5HA 3N26A 4BDOA 5TPAB 1DSNA 3EQ1A 3H7MA 4QSEA 4R6KA 3CFLA 4PFWA 1LFHA 1DTGA 4LATA 5ICTA 1OMPA 4PFYA 4R6HA 5A5XB 1LFGA 3K6XA 4EQ9A 1Y3NA 2QMWA 4OZ9A 4R2FA 4LZ7A 4GXAA 3D4CA 4FATA 2Z8DA 5H8NB 2WKYA 5I58B 3TTNA 1VSOA 4ECFA 1UTBB 4OTEA 1J1NA 1Y20A 3N94A 4PP0A 3QSLA 2F97A 4RYAA 2DE4A 3VE1B 5H8HA 1AL3A 1S7YA 2GFEA 4TQUQ 4BDNA 2I48A 1KWHA 1LCFA 2F7BA 3MJNA 3V83A 3H6TA 3HHGA 1Z7ME 4ISUA 1OVTA 3PUYE 4ESXA 4RXLA 2VOZA 2QJEA 4JWXA 3MPLA 3QK6A 3TKDA 1XVXA 5HBCA 5IKBA 1PBQA 3N6UA 3IB0A 1MQHA 2GHAA 1FW0A 4I9DA 4ZDMA 3N5LA 2KLFA 3OEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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