4X1DA

Ytterbium-bound human serum transferrin
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
677
structure length
658
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title "Anion clamp" allows flexible protein to impose coordination geometry on metal ions
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal transport
total genus 201
structure length 658
sequence length 677
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1dA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x1dA03
5JTYA 1FW0A 1ZLQA 3I6VA 2VGQA 3D4GA 5M2VA 4QSCA 4GQOA 1NNFA 2OWTA 1SW4A 4ZE8A 3MQ9A 3H6UA 2BJJX 2F35A 3KG2A 2ABHA 3SESA 4MFIA 5TPAB 4MF3A 1Y9UA 3O6IA 3LR1A 2FNCA 2XX9A 4JB7A 5B7DA 3PD8A 2I3VA 4F3PA 4YKIA 1A99A 1L5TA 1H43A 3O66A 5H8QB 2F7BA 4NF8B 3RQTA 3C36A 3FZVA 5KDTB 2CZLA 2F6PA 2ALUA 3VFJA 1IXHA 2OLBA 4YKJA 1EZPA 3H03A 5H8FA 2AIXA 2A5TB 1USYH 3KBRA 5EYFA 5I59A 1BIYA 3FXQA 2VHAA 4OMBA 4BDRA 5I2KB 4MH5A 3O9PA 1S7YA 3EHUA 2B3BA 3VXBA 2XXHA 5DEXB 2F6GA 1RKMA 3PPPA 2AL4A 5AA3A 1TWYA 5FHOA 1HSLA 4GXAA 3VVDA 3FVOA 3K02A 4LZ8A 3Q26A 2V3QA 2Y84A 4BDLA 1B40A 1QUKA 4JWOA 1P1OA 4OHNA 4IY6A 2DWHA 1MY4A 3T9UA 3TQLA 1B1HA 4XXUA 1NNKA 2XXVA 4ZDMA 3ZKLA 5L9OA 3UORA 4IO5A 1NMUA 3EF7A 1M5BA 4Z7EA 1MM7A 1NKXA 2ONSA 4AB5A 4O3AA 4YB5A 2ZNSA 2UYFA 1QULA 1POTA 1US5A 1DMBA 1M5EA 4H65A 4YZZA 2XD3A 4PP0A 3SEWA 4KYDA 2R9JA 1B9JA 2XD2A 3E13X 1MXXA 5HM4B 3TTKA 3FJGA 1TT1A 3L6GA 2I48A 1Y3NA 4BLAA 3DP6A 3RY3A 2I6EA 3T9VA 5DTBA 3TDJA 3CI8A 1FTKA 3MP8A 3MUQA 3U1OA 4TOZA 2IA4A 2NXOA 4KFQA 3UGWA 2PT1A 2H25A 3UA8A 4LATA 1PEBA 4R2BA 3ECRA 1D3KA 4ELOA 4NF6A 2QMWA 1XC1A 4IGTA 2X26A 2YPNA 3D4CA 2YJPA 3DP4A 1B0LA 2HCAA 3IAZA 4JBZA 4NF5B 3H06B 1MXYA 1PB9A 4EQ7A 1QKBA 3C35A 3FJ7A 1BKAA 3TYHA 3TTRA 1H45A 1A40A 2RKMA 4KHZE 3BBRA 1PBQA 3ZS6A 4R9GA 3ZSFA 1XS5A 1B2HA 4G68C 3C32A 3KSXA 4ISUA 3LUYA 3SERA 4NMYA 1JETA 4OWDA 4GL0A 2PVUA 1FCKA 4Q8RA 3K00A 4G8MA 3O28A 3MJNA 2V93A 1DPPA 2O7UA 1N0TA 1B0HA 1O7TA 4IO7A 3FGSA 2UVIA 1IEJA 5H8SA 4NEDA 5TU0A 5I2NB 1LFIA 2VP1A 3T9XB 4ECFA 3RTWB 4XIGQ 5DVJA 2Z8EA 3OO8A 1HSJA 4GRKA 4I1DA 3N5LA 3FVKA 4G8NA 4KCDA 3KN3A 1A55A 2H4IA 3CFXA 3KOTA 1SD3A 2XXQA 4OERA 4YAHX 3H7MA 5KDTA 1LAFE 4F3GA 4BDNA 2AYSA 3UP9A 3FJMA 2UXAA 3RUMA 3HN0A 4G68A 2HAVA 3GLBA 2B65A 3IOUA 5I57A 2A5TA 1NL5A 4H1XA 4QF9A 1B7UA 4PQJA 4GFRA 4C0RA 3T9HB 1IITA 5I2KA 4ZZAA 3G3IA 3K1MA 1ZBMA 4K3FA 3PUYE 1Y4TA 4YKPA 2DP8A 3CR9A 2RC8A 3WAEA 1J1NA 4YMBA 1P1NA 5H8NB 4OEVA 2A5SA 3N94A 2Y7RA 2X7QA 2PT2A 2Y7WA 1Y3QA 4FORA 2OCUA 2PYYA 2QS4A 3TODA 3LSLA 2QSXA 4YB6A 3DELB 1FQAA 5HBCA 3MPLA 4F1VA 4RY1A 5FHMA 3TKDA 4GL8A 1N04A 1H76A 2I0BA 2O6AA 1RYXA 3R26A 3MAMA 5ITPA 3PUZE 3V5AA 1N3XA 4R75A 4EQ9A 3VXCA 3IJXB 1B4HA 1S50A 3LC8A 1A8EA 3IJOB 3M8UA 4ZECA 3KJTA 3OO6A 1FQEA 2OWSA 2F78A 4HS7A 2XXRA 1OLCA 4RYAA 3PMWA 3IOWA 1EZ9A 1Y1MA 4U21A 1M5DA 3TCHA 1MM6A 1FTOA 3CFZA 1URGA 4LONB 4U2RA 5BWJA 2XXWA 2V25A 4DIGA 3OMBA 2Z8FA 2F36A 4NF5A 2GH9A 4FE8A 4DDDA 2UVHA 4LZ5A 1SW1A 1MXUA 2G93A 3RPWA 3IOTA 4R74A 2XXTA 4YICA 4ELQA 4EF2A 3H6TA 3QYTA 1MPBA 4NWCA 1ZU0A 1IQ7A 3U94A 3CG3A 4G2ZA 5F7VA 2V3TA 2QPQA 1N7XA 1JW1A 3TTMA 1NNPA 1OQHA 3O29A 4OVJA 4IO2A 3QSLA 1M5FA 4YKKA 1B5IA 1B51A 4IO6A 3A3CA 4C1TA 2NWJA 4H8IA 1SYIA 3SETA 4OEUA 3QXMA 3HPIA 4X9TA 1H3DA 1IXCA 4EXKA 3RGYA 1VE4A 3PUWE 4P11A 3KN7A 3RT6B 2XXUA 4XKNA 3MW0A 2ZYMA 1B52A 1YPNA 3BFUA 1Q1KA 2V84A 1ZIUA 5CMKA 1MQDA 2DXRA 4FATA 1B3FA 4QFOA 2YLNA 4WEPA 2B3FA 3USDA 2HAUA 4QHQA 4MLQA 1AIVA 1Z7ME 4ZE9A 1CE2A 4G4PA 4RPOA 2Q89A 3KGCA 5ITOA 2XXXA 2FYIA 1DOTA 1MG1A 2I4BA 1B05A 3KFMA 3QIMA 3FXUA 3ODBA 3PPNA 3MZ9A 4GF8A 1MDP1 3MWBA 2DYXA 3PPQA 4ZS9A 3FD3A 2XX7A 4BDMA 4GLIA 4DCYA 1FTJA 4U1OA 2I3WA 3TCFA 4F1UA 1VFDA 3AXFA 2KLFA 3V83A 3SEVA 2UVJA 1LLSA 3HHGA 4IB2A 2WKYA 4R9FA 5A5XB 1AMFA 1LGBC 3PMXA 4F3SA 4NF4B 3EHTA 4L17A 4F22A 2QMXA 4AQ4A 4G8HA 2F8DA 4ELRA 2DVZA 3S9MC 2PMSA 4HTGA 5CBRA 4OENA 1B3HA 1UIVA 2DWJA 4KI0E 4H67A 1XVXA 2Q2CA 5BUUA 4R6HA 3KOSA 5J1DA 2DSFA 2W7YA 3A3UA 4AB6A 3H3GA 3GBBA 1UTBB 2H5YA 3SEUA 1P1WA 4YB7A 4DXBA 1JVXA 2VD2A 2R71A 3CIJA 4PE5B 5JEIA 3C4MA 5TP9A 3EN3A 4ZEKA 3PPOA 2I49A 3U72A 3PMVA 1WVJA 3P7IA 3C34A 3EQ1A 3PUXE 4O3CA 3OELA 2XHDA 3KJ7A 1SI1A 2DE2A 3FUZA 5AA2D 3TZAA 4R73A 1Y1ZA 3FXRA 3K6WA 3MP6A 1CB6A 4THIA 3B6WA 3THIA 3SEYA 3CVGA 2ANJA 3M3KA 1A54A 1I6AA 4ZEDA 4QFKA 1FQBA 1MY0A 1BTJA 2F97A 1VSOA 3LBSA 1SI0A 2Z22A 4R6KA 5FTIA 1UTHB 1MQIA 4OFLA 1YAEA 1MXVA 1BP5A 4ZEBA 1F9BA 4KCCA 4OESA 3O97A 3OD7A 5DYHA 1POY1 2PX1A 3OOAA 2DWAA 4EXLA 2VOZA 1JNFA 4OFJA 3JV9A 5JK4A 3MZ1A 2ZNTA 4OXVA 2RINA 2ZYNA 5TPAA 3ONMA 4ESXA 3V89B 5H8HB 1M5CA 1XVYA 5IAIA 1LAXA 5ICTA 4Q0CA 1O63A 2QL3A 2DVCA 4H0WA 5IKBA 2DWIA 5ISUA 4FAJA 2P0SA 1JVYA 1FTLA 4F18A 1SYHA 1ZTYA 5H8QA 1JW5A 1Y3PA 3K01A 2O69A 4NF8A 4JSOA 3Q28A 4P0IA 1TXFA 4XKPA 2OK2A 3OSQA 3CRBA 3TPAA 3OSRA 2ZYKA 1B7ZA 3MVZA 3I5OA 2DE4A 2REJA 5KZTA 5B70A 3LSXA 5HPQA 1SW5A 1SDXA 2G29A 1JQFA 4PFUA 2E0SA 2D21A 3FVGA 1Y4CA 5CC2A 3IR1A 4DXUA 4BDOA 3VV5A 1B3LA 1PB7A 4X48A 3IO4A 4GXSB 3QAXA 3E9XA 4QRZA 3B6TA 3FVNA 5CMCA 4X1DA 5DEXA 5CRYA 4LP2B 2QS2A 4OQOA 2ZYOA 2H9BA 4H6DA 4NTLA 1A8FA 1HSEA 5L8DA 4FIMA 1MH4A 3K1NA 3TTNA 4M4GA 5DVFA 3F11A 5CI5A 4NF4A 1XHYA 1LCFA 4F1YA 4ZZEA 1ZKBA 5CM6A 2PBWA 2V3UA 1UIUA 1LAGE 1VR5A 3RLFE 1FTMA 3HSTA 4U22A 4LQ5A 2ESNA 3G3FA 3I3VA 1P1QA 4PETA 4GOTA 4DE8A 5KCJB 4R2FA 5LOMA 2RC7A 3CFLA 2Q2AA 4NE4A 2F7AA 1LAHE 2DXYA 2GHBA 1RYOA 1UTBA 2XX8A 2Q88A 3ILUB 3O6GA 2OBGA 2DQVA 2RCAA 3VVEA 1B1XA 3G3JA 3U93A 1QUIA 5K2YA 3QUJA 4I9DA 1MQGA 1OIBA 3TEPA 3Q27A 5I56B 4HW8A 4KPTA 4C1UA 4XKQA 1WDNA 3RTFB 2O84X 1FQFA 1USYE 1TFAA 1B46A 2REGA 5I58B 1D9VA 1Q35A 2XXYA 4NF6B 4IGRA 5AA4B 3W9VA 1D9YA 5L9MA 3TUSA 1OMPA 2R6GE 1BLFA 3OEMA 4ONYA 2O68A 1T0KA 1MS7A 3VLUA 1NH8A 1OVBA 1DTZA 1UTHA 2VD3A 3MP1A 2Z8DA 3PPRA 4R72A 5I84A 3S9NC 4GIZA 2D5WA 4Z0IA 4KYSA 3TMGA 2RC9A 4LQ2A 4WKMA 2M8CA 4FECA 4JSDA 3QK6A 1B58A 2QRYA 5CBSA 3RT8A 1N84A 2GFEA 4Q5TA 3GBAA 1YCJA 4LA9A 1XT8A 5L9SA 1VFEA 2Q8JA 1EU8A 3G3GA 1XOCA 2ZMBA 5I2NA 3TCGA 1MY3A 5H8HA 3K0VA 2F5XA 5EHMA 1MQHA 3S9LC 2HFBA 1MY1A 3CG1A 4F31B 1ELJA 2OZZA 1SVXB 4RXLA 3HV1A 4EQBA 3VLVA 3CSGA 3SDFA 3K6XA 3MPKA 4WXJA 4KR5A 1MRPA 2Y7KA 1GVCA 4H5FA 1US4A 3DM0A 1N7WA 3G7WA 3K6VA 1PB8A 3DP8A 1PC3A 3FATA 3HCQA 4ESWA 2AL5A 5AA2B 1QW0A 4H5GA 3S2VA 3H6WA 3Q25A 3V8XB 4G68B 1GV8A 3W15C 3IOVA 1II5A 1LFHA 5I57B 3K2DA 4JWYA 3G3KA 3IO6A 4OETA 1JW4A 3R6UA 1OVTA 4QFLA 1B6HA 3IB0A 4N6PA 1I6QA 4Q30B 1LSTA 4GVOA 3H6VA 4RJZA 2QS3A 3E4RA 4RNSA 1MPDA 3FASA 5H8NA 3IL1B 1KWHA 4LVQA 3IB2A 4TLMB 3TAJA 3IX1A 1N3WA 4ELPA 3B7DA 1URSA 1URDA 1MY2A 4G77A 1AH5A 3KEIA 4F39A 1NFTA 4RK9A 3U92A 3UK4A 2Q9TA 3L6HA 3JYRA 3C9HA 1I6BA 3VLWA 3E3KA 3K1PA 4EF1A 3A09A 3KSJA 3N6TA 5KCJA 5EHSA 4ZEFA 4FEDA 1Z7NE 1DPEA 4JDFA 3PUVE 3K6UA 4E0WA 5DVIA 2NOOA 1ZMGA 2I58A 3T66A 4N07A 1R1NA 5ELVA 3SKPA 1AL3A 1SBPA 4E0XA 3VVFA 2P1SA 4KYEA 1Y20A 3S4UA 1B3EA 1UQWA 1GTKA 5I56A 3KN8A 4OFOA 1TFDA 3C31A 1IIWA 1JEUA 2OJTA 3OO9A 3Q29A 3CSBA 5I58A 3T93B 5FTHA 3QUFA 3S9EA 2Y7IA 2O1LA 2IEEA 5CMBA 4H8JA 4U23A 4RA1A 4LUBA 5AA4A 1R9LA 4U4XA 3M3LA 2Z23A 5DT6A 1LB9A 3OO7A 4YMAA 1I69A 4JXIA 3TELA 3O2AA 1QKAA 1IZ1A 1MQJA 1WODA 4NWDA 1H44A 1IXIA 3K4UA 3ZKKA 2E1SA 4PFTA 2ZXTA 3R7XA 1NNTA 1O64A 3WAFA 2X7PA 3TFLA 3PD9A 1EZOA 3MBPA 4F2QA 5JTYB 4KQPA 2UVGA 4GWOA 3VE1B 4RK2A 1MXWA 1LBBA 2O51A 3GXAA 3MVWA 3FIRA 1LCTA 3DLNA 1B3GA 4QFNA 4XKRA 1PDAA 2UYEA 4POWA 3U8QA 1P1UA 3HO7A 2H99A 4P0GA 4GD5A 2ZNUA 4LZ7A 2RF1A 4PFYA 4F29A 1QVSA 4N13A 3RN8A 3TTLA 2DE3A 2FA7A 4OTEA 3VDFA 1PBPA 4DXCA 1MPCA 1JEVA 1QUJA 3PU5A 3O6HA 4M1VA 2RCBA 4F3BA 1MXZA 2DOJA 4OYVA 1FQCA 1R9QA 3HHFA 5FHNA 4JWXA 5H8FB 1DSNA 5AA2A 1GR2A 3B6QA 2Y7PA 4TLLB 3LSFB 4MLVA 4PFWA 5I59B 4OZ9A 1OLAA 1S9TA 1LB8A 4HCWA 3C33A 2LAOA 1LBCA 2I4CA 3IB1A 3LSWA 1SQYA 2O7IA 5CMMA 3T96B 3G3HA 5AE4A 4XTCQ 2I0CA 4R6YA 2QS1A 3RNNA 5A5XA 1YTVA 1B5HA 1IUDA 2H98A 2CMOA 4FEBA 5K2XA 1A7LA 4FJPA 2HXWA 3BFTA 3FV1A 4UACA 4O3BA 2F7CA 1SW2A 4I8CA 5AA1A 2GRVA 4DLDA 3GZGA 1N76A 1IXGA 4ZEIA 3H4ZA 1GGGA 1QJMA 4RPNA 3T22A 4IY5A 4WEDA 3OENA 1MH3A 2QJEA 3W9WA 4X1BA 2GHAA 4YU0A 3UN6A 3IK6B 2HZKA 3EPEA 4UA8A 4F2OA 1D4NA 3N26A 1B5JA 4DCXA 3MVYA 5F1QA 1LFGA 1P99A 2NUVA 4EDPA 2HZLA 1DTGA 1NH7A 1ANFA 4ND9A 1AOVA 1MDQA 2O1MA 4TQUQ 5TP9B 2HQ0A 3FV2A 3IORA 3BKIB 2THIA 1ATGA 4F19A 1FQDA 1B7HA 3PV0E 2NVUB 4KD5A 2P2AA 3OEKA 4IO4A 4I62A 4U1ZA 3UIFA 3SEXA 3OXNA 3N6UA 4IO3A 3EHSA 1B4ZA 4MBPA 3PGFA 3KZGA 3MC2A 3M3FA 4BDQA 3ILTB 2XXIA 4HCYA 2HEUA 3TQWA 3MVXA 1R6ZA 2DS9A 2ONKE 2D3IA 1ZJLA 4QSDA 4QFPA 4U4SA 1B32A 4DZ1A 2XXPA 1OQGA 1EH3A 4EUOA 2ONRA 5ICQA 3MZBA 4QSEA 3JZJA 4POXA 2F34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JTYA 1FW0A 1ZLQA 3I6VA 2VGQA 3D4GA 5M2VA 4QSCA 2Y5LA 4GQOA 1NNFA 2OWTA 1SW4A 4ZE8A 3MQ9A 3H6UA 2BJJX 2F35A 3KG2A 2ABHA 3SESA 4MFIA 1FBHA 5TPAB 4MF3A 1Y9UA 3O6IA 2V4CA 3LR1A 2FNCA 4PAKA 2XX9A 4JB7A 5B7DA 5EQ9A 3PD8A 2I3VA 4F3PA 4YKIA 1A99A 1L5TA 1H43A 3U65A 1FBFA 3O66A 5H8QB 2F7BA 4NF8B 3RQTA 3C36A 3FZVA 5KDTB 2CZLA 2F6PA 2ALUA 3VFJA 1IXHA 2OLBA 5EQAA 4YKJA 1EZPA 3H03A 5H8FA 2AIXA 2A5TB 4PAFA 1USYH 3KBRA 2JJKA 5EYFA 5I59A 3E79A 1BIYA 3FXQA 2VHAA 4OMBA 2HHMA 4BDRA 5I2KB 4MH5A 3O9PA 1S7YA 3EHUA 2B3BA 3VXBA 2XXHA 5DEXB 2F6GA 1FJ9A 4P1LA 1RKMA 3PPPA 2AL4A 5AA3A 4O7MA 1TWYA 1FPFA 5FHOA 1HSLA 4GXAA 3FVOA 3K02A 4LZ8A 3VVDA 3Q26A 2V3QA 2Y84A 4BDLA 1B40A 1QUKA 4JWOA 4P8BA 1P1OA 3ROJA 4GBWA 4OHNA 4IY6A 2DWHA 1MY4A 4PCDA 3T9UA 1DCUA 4H46A 3TQLA 1B1HA 4XXUA 1NNKA 2XXVA 4ZDMA 3ZKLA 5L9OA 3UORA 4IO5A 1NMUA 3EF7A 2ZZXA 1NV3A 1M5BA 4Z7EA 1MM7A 1NKXA 2ONSA 4AB5A 2ZZWA 1INPA 4O3AA 4YB5A 2ZNSA 2UYFA 1QULA 1POTA 1US5A 3RPLA 1DMBA 1M5EA 4H65A 4YZZA 2XD3A 4PP0A 2R8TA 1FSAA 3SEWA 4KYDA 2R9JA 1B9JA 2XD2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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