3Q25A

Crystal structure of human alpha-synuclein (1-19) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSMDVFMKGLSKAKEGVVAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 120
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A01
3R26A 3CVGA 5DYHA 5ICTA 1SD3A 4U1OA 4JB7A 1SVXB 1ATGA 2B65A 4C0RA 4QSCA 5I56B 4FEDA 3IK6B 1EZPA 4YB5A 3FXUA 4JSOA 4OHNA 4RXLA 4OENA 4C1TA 3USDA 5JEIA 3PPRA 1NNPA 3LUYA 2I0CA 4YB7A 1EZ9A 1B58A 2XXTA 3K02A 1UTBB 1TWYA 3ILTB 3MZ9A 2PT1A 1IXCA 2ZMBA 3R6UA 4NF6B 4F3GA 3OO7A 3OEMA 1LAFE 3U92A 3MP8A 4L17A 1NNKA 2DXYA 1SW5A 4QFNA 2HAUA 4ZS9A 1WDNA 4YMAA 3FXRA 4MLQA 4EQ7A 1FTKA 2XD3A 4M4GA 3DM0A 4GFRA 3H4ZA 1OLAA 1SBPA 2ABHA 3VFJA 4P0GA 4F2QA 1GV8A 2DE3A 3OELA 3FUZA 5CMCA 2I3VA 3H6VA 2V3QA 1BIYA 2VHAA 4RK9A 4FIMA 1D3KA 1CB6A 1BKAA 3S9NC 3MVZA 4E0WA 1UIUA 4KI0E 2QL3A 2DSFA 4E0XA 2F7BA 4QRZA 3DP6A 4F2OA 4M1VA 1AOVA 1D9VA 4G68A 2BJJX 2QS1A 3K1MA 4ELPA 4NF4A 4DLDA 3T22A 3M3KA 1FQDA 1JW1A 1URGA 3S2VA 1S50A 4LZ8A 1POTA 1SYHA 2VD2A 4LA9A 1LAGE 3FV1A 4LQ5A 2V3TA 1B3EA 2UVJA 3H6TA 1QKBA 3GLBA 5F1QA 4DIGA 3G3FA 3DP8A 2I48A 3UK4A 3G3HA 3K1PA 4XXUA 3IB2A 4F1UA 4IO4A 3LSLA 4UA8A 3HPIA 4HCWA 1B5JA 4F31B 2B3BA 3KSXA 2P0SA 2V25A 1MRPA 4EF1A 2YPNA 1B5IA 3UP9A 3G3IA 2Q88A 4NF5B 1Z7ME 1VR5A 2B3FA 3OSQA 1B3LA 5AA4A 3QXMA 4GL8A 2UVGA 1O64A 3PPQA 4F3SA 2RCBA 3PD8A 5FHOA 2RF1A 1MQJA 1BLFA 5AA2B 1XS5A 5DTBA 1O7TA 4MH5A 3MAMA 1SW4A 1QKAA 3TTMA 4RNSA 3T9UA 1NNFA 2OJTA 2V93A 2YLNA 3DELB 3KG2A 3IO4A 3JZJA 4F39A 2HZLA 2ZNSA 4YKIA 1OVBA 2OZZA 1MDQA 3IAZA 5ITPA 5TP9A 3EHTA 4Z7EA 2HQ0A 2XHDA 4G8NA 4IO7A 3K1NA 1QUIA 3QAXA 1B1HA 1ZU0A 5AA1A 1B51A 3MBPA 2Q9TA 2PVUA 4LZ7A 3KOSA 1MPDA 3RLFE 1HSEA 1FQBA 3A3UA 1MY1A 4TQUQ 2F35A 4Q5TA 1B4HA 4ECFA 4RY1A 3K6UA 4JWOA 2P1SA 3PMVA 3PPPA 4H6DA 3T9XB 1DMBA 5H8QB 3MVXA 2GFEA 2PT2A 5I58A 4ELOA 1MXUA 3RT8A 2DE4A 1L5TA 4NEDA 3CFXA 2G29A 1PB7A 3N94A 4GVOA 4G8HA 1LCTA 1MY4A 1P1UA 3O2AA 3OENA 1MH3A 2O1MA 1ZKBA 3E9XA 2Z8EA 5K2YA 2GH9A 1H44A 4HS7A 3Q26A 1N04A 3JYRA 4GWOA 4OFJA 1JQFA 3KN7A 4ISUA 4HTGA 4XTCQ 2CZLA 3EF7A 4BDLA 4R9FA 5EYFA 1US4A 5H8HA 1R9LA 2X7PA 2X26A 3IL1B 3OSRA 4XKPA 4LQ2A 3IO6A 1MS7A 1AH5A 3PD9A 2GRVA 4MBPA 2QSXA 1S7YA 2A5TB 2O84X 2HEUA 1LB8A 5IAIA 2Q2CA 2RC7A 1SYIA 3TTNA 1Y3PA 4QFKA 4NF8B 3U72A 4U4SA 1LB9A 3RTWB 1XC1A 3OO9A 3QYTA 1Y3NA 1UQWA 2V84A 2PMSA 2OK2A 4KYDA 4P11A 4UACA 1M5EA 4IO3A 1H45A 1ANFA 3C9HA 2DYXA 3N26A 2I49A 4YICA 2XX8A 3U1OA 5DEXA 2XXUA 1PB9A 3B6WA 2XD2A 4QSEA 3VVEA 2QJEA 1B9JA 1B46A 5ISUA 3EPEA 5CRYA 3MZBA 2CMOA 4PFYA 2Y7KA 4EXKA 3LR1A 1FQAA 4NWCA 5A5XA 4MFIA 3G3JA 1USYH 2QS2A 3G3GA 1MY3A 4BDMA 4ZEFA 2HZKA 1N84A 3PV0E 5CM6A 4I8CA 3VVFA 5EHSA 4BDOA 1POY1 2M8CA 2I4CA 2QRYA 1R1NA 3TCHA 3PGFA 4ZE9A 3O29A 3IOUA 3GXAA 3A3CA 3K6WA 1MDP1 4GD5A 1NNTA 2NOOA 1NH7A 1SI1A 5I57B 3K01A 5I2KB 3PUWE 2HXWA 3KSJA 1N76A 1SDXA 4ELRA 5FHNA 2QS3A 4KHZE 3HHGA 2OCUA 3EHUA 2Z22A 3RTFB 2XXWA 2O6AA 4IGTA 3VDFA 3WAFA 2RINA 1SQYA 1N3WA 3SDFA 1UTHB 5BWJA 2XXHA 1MH4A 4OXVA 2IA4A 3H7MA 1MPCA 4R72A 1B2HA 3S9LC 1VFEA 2O7IA 2VP1A 2NVUB 4K3FA 4DXCA 1AMFA 4R74A 2V3UA 1WVJA 5I2NA 3CFZA 2DP8A 1GVCA 3CFLA 3H06B 2WKYA 3IX1A 4H0WA 2RC9A 2H5YA 2ONKE 3I5OA 5I56A 3O97A 2UVHA 3RQTA 1US5A 1Y4CA 3D4CA 3THIA 3ZS6A 3BBRA 2UYEA 2YJPA 3K6XA 1UTBA 2ONSA 2E1SA 1LFGA 3M8UA 3MWBA 1M5BA 1AL3A 2DOJA 2AIXA 3JV9A 5DVJA 5L9SA 1NMUA 3VXBA 4NF6A 3QUJA 1HSLA 4KD5A 2XXVA 4LUBA 1ELJA 3QSLA 3TEPA 1A8EA 5LOMA 1JW4A 1ZIUA 1LBBA 3Q28A 4X48A 4DCXA 1JW5A 1IZ1A 1PB8A 4IY6A 5JTYB 4ZDMA 5DT6A 5TPAB 5F7VA 1QUKA 4KPTA 1RYOA 1B7HA 3IJOB 3T9VA 1B0HA 3IB0A 4LP2B 1LSTA 3C35A 1Q1KA 4I1DA 4RYAA 1QUJA 4XKQA 2F78A 1FTMA 1B7UA 2FYIA 1QVSA 4H8IA 2ZYNA 2RCAA 3VXCA 2LAOA 1IUDA 2F34A 4FAJA 3K6VA 3TELA 3OEKA 3IR1A 3T66A 1M5FA 3HN0A 1MQIA 3TYHA 5HPQA 5ITOA 2DWAA 4MLVA 1IEJA 3B7DA 2REJA 1MXXA 4G77A 4C1UA 4FEBA 3PUVE 4EUOA 4O3CA 3H3GA 3ZSFA 1N3XA 4ZZAA 5KZTA 1PBQA 4OEVA 4POXA 1SW1A 1HSJA 2QMWA 1TFDA 3QK6A 5KDTB 4EF2A 1FCKA 4OMBA 2A5SA 2F7AA 5I84A 4NF5A 1GGGA 3TPAA 2F5XA 4BLAA 1N0TA 3IOVA 4RK2A 1B5HA 1M5CA 4WEDA 4HW8A 4PQJA 1XVXA 3Q27A 3FVKA 1FTLA 3T9HB 3L6HA 4MF3A 4U1ZA 4G2ZA 5AA2A 1D9YA 3B6QA 2AL4A 3IJXB 5H8FB 2KLFA 4EXLA 1B32A 4YZZA 3O6IA 2O69A 3CI8A 4F29A 3MZ1A 4YKJA 3BFTA 4QF9A 5CMKA 2ALUA 4WKMA 4U4XA 1FQCA 3RT6B 5I58B 2HFBA 4FORA 1A40A 3UORA 1LCFA 1LBCA 4GRKA 1B05A 5IKBA 4NTLA 1O63A 1LLSA 4PFWA 1Y3QA 3UN6A 1LFIA 2ONRA 3E13X 2DS9A 1Y1ZA 3KEIA 2Y7IA 1TFAA 4ESXA 3FIRA 2XX7A 2ZXTA 3SETA 3S9MC 2I0BA 3O6HA 5KCJB 2DVZA 4F3BA 5L8DA 3O66A 3FGSA 4LVQA 2DVCA 4DDDA 1EZOA 1YCJA 3KBRA 2DWJA 2Q8JA 4U2RA 2ZYMA 5H8QA 1IQ7A 3FJMA 4I9DA 4U22A 4FATA 2VOZA 2REGA 1MXYA 3MPKA 4G8MA 1URDA 3PPOA 2I3WA 1MQDA 3TTKA 1B3GA 4X1BA 4JBZA 3O9PA 5AA2D 4IO2A 1NFTA 1MXVA 4X9TA 1EH3A 4IB2A 3S9EA 2Y7RA 3HV1A 4ZEKA 1OQGA 3I6VA 1TT1A 1LAXA 3K4UA 4F19A 5FTIA 3TQLA 2G93A 5H8NB 4H5GA 4KQPA 1RYXA 2D21A 1PEBA 3FZVA 3P7IA 2IEEA 3K0VA 5JK4A 1VFDA 3LSWA 2PX1A 1KWHA 3M3LA 4DE8A 1FQFA 2A5TA 4GF8A 2I4BA 4JSDA 5H8SA 4OERA 1B6HA 3N6TA 4YB6A 4H67A 5HBCA 5K2XA 3IB1A 1MM6A 5AA3A 4NF8A 3V89B 3SERA 3F11A 2R6GE 3SESA 1XOCA 4OFLA 3SEUA 3VLWA 4Q8RA 4BDRA 4TLLB 3MUQA 4OQOA 4XIGQ 2P2AA 1EU8A 2O51A 1MQHA 3C31A 4G4PA 2HCAA 5I59B 4ZZEA 3CSBA 4IGRA 2GHBA 3HCQA 2RC8A 4KCCA 4ZEIA 3W15C 2DWIA 3TCFA 4JXIA 3H6WA 2ESNA 1VSOA 4XKRA 3N6UA 2H25A 3T96B 5CBSA 1T0KA 4DZ1A 4KFQA 4U23A 3OOAA 1XT8A 2FA7A 3HHFA 1P1QA 1B7ZA 2XXYA 3RN8A 4GIZA 3TUSA 3KN8A 1I69A 3MC2A 3R7XA 3KOTA 4R6KA 2F6PA 3UA8A 2QMXA 4OYVA 2XXIA 5AE4A 1B3HA 1JVXA 4H65A 2OLBA 1MQGA 3L6GA 1DPEA 5I2NB 5I57A 5ICQA 3TFLA 2H98A 2X7QA 1Y20A 5I2KA 2I58A 2XX9A 3RPWA 4G68C 2O1LA 4R6YA 1JETA 3O6GA 2DXRA 2PBWA 3TMGA 3TAJA 2F6GA 1URSA 1LGBC 1BP5A 5CBRA 3CG3A 3LBSA 3TZAA 3CIJA 1H3DA 1UTHA 1FTOA 3EHSA 1PC3A 4ZEDA 2QS4A 4ELQA 3MW0A 1IIWA 2OWTA 4Q0CA 3SEWA 1R6ZA 3SEYA 4IO6A 4X1DA 4AQ4A 1OMPA 3I3VA 4F3PA 2Q89A 4TLMB 2PYYA 3D4GA 3RUMA 3M3FA 1DPPA 4G68B 5CMBA 3OD7A 4QFOA 2QPQA 1MG1A 3FVGA 2ZYOA 4NF4B 3U94A 2XXRA 4OFOA 2O7UA 1F9BA 2UXAA 3BKIB 1P99A 1USYE 1JEUA 1SW2A 2NXOA 1OIBA 1YPNA 1OVTA 4HCYA 1NH8A 3PPNA 1PBPA 4PFTA 3KJ7A 3N5LA 3RGYA 4JWYA 4ZECA 1B52A 5DVFA 4DXUA 1P1NA 3UIFA 4XKNA 3C36A 1LAHE 3O28A 5EHMA 4OEUA 4P0IA 3IOWA 5JTYA 2F7CA 1GTKA 5FHMA 5TPAA 1I6QA 1R9QA 3EN3A 4IY5A 4RPNA 1II5A 4JWXA 4GXAA 4F18A 2DQVA 5AA4B 4FECA 5J1DA 2Y7WA 3TODA 4KCDA 3C32A 3MVWA 3DP4A 3KGCA 2H4IA 1QULA 4NMYA 4THIA 2ZNUA 1P1OA 3FASA 1JNFA 4LONB 4ESWA 3H6UA 1ZLQA 3PMXA 3WAEA 5TU0A 3G7WA 3G3KA 5B7DA 3KZGA 3B6TA 4N07A 4N6PA 2ZNTA 4QHQA 3TQWA 3GBBA 1YTVA 1OQHA 4GXSB 2ANJA 5FTHA 4ZEBA 3VLUA 4H8JA 5TP9B 3T93B 3ONMA 1PDAA 1OLCA 3K00A 3MPLA 3VLVA 3RY3A 2UYFA 3MQ9A 1MY2A 1H43A 3OXNA 5CI5A 1A99A 2F97A 3QIMA 2DE2A 3ZKLA 5L9OA 2HAVA 5KDTA 2R9JA 4O3AA 3E3KA 4H5FA 3FVNA 3PUYE 1FQEA 1XHYA 4YKPA 4KYSA 3H03A 4QSDA 3PUZE 1MXZA 4Q30B 1B4ZA 2NUVA 2VGQA 1ZTYA 3CG1A 3AXFA 2FNCA 3V8XB 3LC8A 4OTEA 3PMWA 1JVYA 3KJTA 3DLNA 4PFUA 5CC2A 4GQOA 1Q35A 2OWSA 3K2DA 4OVJA 1LFHA 3BFUA 4QFLA 4NE4A 2O68A 2I6EA 5H8FA 3MP6A 4KYEA 1B3FA 2THIA 4LATA 4KR5A 4ND9A 4R9GA 3TCGA 3E4RA 3FD3A 3TTRA 5B70A 4JDFA 4YKKA 3V5AA 2XXXA 3SKPA 3LSFB 4O3BA 3VV5A 2OBGA 3RNNA 4R2FA 2D5WA 1I6AA 1TXFA 5HM4B 3MP1A 1NKXA 2R71A 4PP0A 4Z0IA 4OETA 1BTJA 3SEVA 3V83A 5ELVA 2E0SA 1VE4A 3C34A 3GBAA 5H8HB 1SI0A 4OWDA 1A8FA 3KFMA 4PETA 4AB5A 3EQ1A 4F1YA 1FTJA 1XVYA 4RJZA 1I6BA 1IXHA 4BDQA 5M2VA 1S9TA 1Y9UA 2D3IA 3FV2A 2Z8DA 1UIVA 5KCJA 1DTGA 3OMBA 3VVDA 4N13A 3OO6A 3CRBA 2Z23A 3IORA 1B40A 2UVIA 1DOTA 3C4MA 1QW0A 4GOTA 1NL5A 1A55A 3MJNA 1AIVA 1IXGA 2H9BA 3CR9A 4AB6A 4EQ9A 5BUUA 4PE5B 1B1XA 4FE8A 5DEXB 3FXQA 4H1XA 1A54A 3U93A 3PUXE 1MXWA 3SEXA 2Y7PA 3HO7A 4F22A 4ZE8A 5L9MA 4POWA 1Y1MA 3KN3A 4WEPA 1DSNA 2F36A 4LZ5A 4EQBA 3S4UA 3QUFA 2VD3A 1ZJLA 3FJGA 1P1WA 1CE2A 2XXQA 3LSXA 4ONYA 5A5XB 3ECRA 1B0LA 2RKMA 2Q2AA 1D4NA 4GLIA 5H8NA 2XXPA 1Y4TA 3FJ7A 4R2BA 3W9VA 4YMBA 4I62A 1J1NA 1H76A 2H99A 1YAEA 4F1VA 4U21A 2AL5A 3ODBA 1DTZA 1N7XA 3UGWA 4RPOA 1ZMGA 4YAHX 4BDNA 2AYSA 4OESA 3PU5A 1QJMA 4WXJA 4IO5A 2W7YA 3TKDA 3ZKKA 4RA1A 5DVIA 3U8QA 3TTLA 5CMMA 4R6HA 1A7LA 4OZ9A 1Z7NE 1GR2A 2Y84A 2F8DA 4FJPA 4DXBA 2DWHA 1MM7A 1IITA 4R75A 4GL0A 3OO8A 2ZYKA 4TOZA 4YU0A 3FVOA 1IXIA 3Q25A 3CSGA 3FATA 5I59A 3IOTA 3Q29A 1RKMA 4EDPA 3TDJA 3MVYA 4R73A 1WODA 1M5DA 3C33A 1JEVA 3HSTA 2Z8FA 1FW0A 1ZBMA 4DCYA 4QFPA 2GHAA 3ILUB 1N7WA 3A09A 3GZGA 1MY0A 2NWJA 3W9WA 3VE1B 1MPBA 4NWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R26A 2HPGA 1QGXA 3CVGA 5DYHA 5ICTA 1SD3A 4U1OA 4JB7A 1SVXB 1ATGA 2B65A 4C0RA 4QSCA 5I56B 4FEDA 3IK6B 1EZPA 4YB5A 3FXUA 5EYHA 4JSOA 4OHNA 4RXLA 4OENA 4C1TA 3USDA 5JEIA 3PPRA 5IM2A 1NNPA 3LUYA 2I0CA 4YB7A 4GX3A 1EZ9A 1B58A 2XXTA 3K02A 1UTBB 4P56A 1TWYA 3ILTB 3MZ9A 2PT1A 2QVUA 1JP4A 1IXCA 1XI6A 2Y5LA 2ZMBA 3R6UA 4NF6B 4F3GA 3OO7A 3OEMA 2FIXA 1LAFE 3U92A 3MP8A 4L17A 3FXBA 1NNKA 2CEXA 2DXYA 1SW5A 4QFNA 2HAUA 4ZS9A 1CNQA 1WDNA 4YMAA 3FXRA 4MLQA 4EQ7A 1FTKA 2XD3A 4M4GA 3DM0A 4GFRA 3H4ZA 3KBZA 1OLAA 1SBPA 2ABHA 3VFJA 4P0GA 4F2QA 1GV8A 2DE3A 3OELA 3FUZA 5CMCA 1IMAA 1NUZA 2I3VA 3H6VA 2V3QA 1BIYA 2VHAA 4RK9A 4FIMA 1D3KA 1CB6A 1BKAA 3S9NC 3MVZA 4E0WA 1UIUA 4KI0E 2QL3A 2DSFA 4MIJA 4E0XA 5EQ9A 3ROJA 2F7BA 4QRZA 3DP6A 4F2OA 4M1VA 5ET5A 1AOVA 1D9VA 4G68A 2BJJX 2QS1A 3K1MA 4ELPA 4PC9A 4NF4A 4DLDA 3T22A 3B8BA 3M3KA 1FQDA 1JW1A 1URGA 3S2VA 5ET7A 1S50A 4LZ8A 1POTA 1SYHA 2VD2A 4LA9A 1LAGE 3FV1A 4LQ5A 2P3VA 2V3TA 1B3EA 2UVJA 3H6TA 4N91A 4N6KA 1QKBA 3GLBA 5F1QA 4DIGA 3G3FA 5LDZA 3DP8A 2I48A 3UK4A 3G3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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