3Q25A

Crystal structure of human alpha-synuclein (1-19) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSMDVFMKGLSKAKEGVVAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A01
4KPTA 3O29A 3OO6A 2OZZA 3OMBA 4DCXA 3LBSA 2X7QA 1URSA 1ELJA 3OSRA 2F35A 1NKXA 1OVTA 5I57A 1FCKA 3O2AA 1SBPA 2RC9A 1MG1A 4IO4A 4TQUQ 5ICTA 2I6EA 1O63A 1R9LA 3LR1A 3QIMA 2UYFA 4O3CA 3T96B 4N07A 4F39A 4KYEA 1Y9UA 3FUZA 1I6AA 3T9UA 3G3FA 2PMSA 3VLVA 4NWCA 1MY1A 3CI8A 1MQDA 4BDOA 4ZDMA 3OD7A 3PUXE 4G68B 1LLSA 1Q1KA 1I6QA 3Q26A 4G8HA 2O51A 2OWSA 5BWJA 3EF7A 1MRPA 1LFHA 1NH7A 2THIA 3CSGA 1R1NA 1USYH 2GH9A 2XD2A 3PUWE 2IA4A 5JTYA 4RA1A 4H1XA 4OEVA 1XHYA 3T9VA 4DCYA 2VD2A 3O6IA 5H8HA 2I0BA 4GIZA 1B3LA 3C4MA 5TU0A 2Y7IA 1QJMA 5KDTB 5ICQA 2G93A 4BDLA 2PVUA 1JVYA 3H03A 3IB1A 4M1VA 4ZE9A 5I2NB 3K4UA 4X9TA 4F2QA 3CFLA 1EZ9A 3FATA 2O6AA 4KR5A 2REJA 3MVZA 2UVIA 4NTLA 4F3BA 4F1VA 5JEIA 3I3VA 4I1DA 5L9OA 2QS4A 4Q5TA 3UORA 3I5OA 4QRZA 3BFUA 4JBZA 3DP6A 4RNSA 1N7XA 4BDMA 2F7AA 3C9HA 2QPQA 2Y7WA 1BLFA 1B05A 3A3CA 2Y7RA 4EQBA 4EDPA 4YB5A 1USYE 4N6PA 1B3FA 5AA2B 4Q0CA 3IOVA 1MQGA 4BLAA 4F1YA 3TQWA 1MDP1 1PBQA 4Q30B 3EQ1A 3IO6A 1XOCA 2I0CA 1P1OA 3CFXA 1FTJA 2XD3A 1QULA 2V3TA 2XXQA 1JEVA 4OHNA 5H8FB 1SYIA 3JYRA 4PFWA 5L8DA 1JNFA 3JV9A 1B3EA 1QKAA 4PP0A 4YU0A 5CC2A 4F31B 2ZYOA 2XX8A 2HZLA 2Z8DA 3ZS6A 4F1UA 1ZIUA 3PUVE 3H06B 4HTGA 4P0IA 4IB2A 3QK6A 3TTMA 3RTFB 3KJTA 4TOZA 4C1UA 1OQGA 4H8IA 1A8FA 4RY1A 3K00A 4G68A 4IO2A 4FEBA 4F3PA 3M3KA 1I69A 1B5IA 1US4A 4PE5B 3C32A 1TFAA 4ELPA 1GR2A 3TTNA 1P1WA 2PBWA 1YTVA 4X48A 5AA4B 5CMKA 3UA8A 5CMMA 2I4CA 4RXLA 4HW8A 3WAEA 2I58A 1TT1A 3QXMA 2XXXA 3KGCA 3BKIB 4EUOA 4YMBA 2DVZA 4IGTA 3N5LA 2HQ0A 4HS7A 1O64A 2ONRA 2XX9A 5DVJA 2ZNUA 2UYEA 1QUJA 3W9VA 5I2NA 4ZEIA 3PGFA 5K2XA 1MPDA 4NF5B 3Q29A 1JW4A 5L9MA 4MLQA 4KFQA 5H8NB 1N04A 4R2FA 4F3GA 4PQJA 3K6UA 1QKBA 3PD8A 2XXPA 2XX7A 2FNCA 4FE8A 2ZYMA 1FTLA 3G3JA 3N26A 3MP1A 4G77A 1IXHA 3TDJA 2QS1A 2I48A 5TPAA 3D4CA 3KEIA 2O1LA 1MXZA 3KBRA 4BDQA 1OIBA 2F7BA 1A8EA 2P0SA 5I56B 3RNNA 5HM4B 1Y1ZA 3R7XA 5I57B 1IIWA 3WAFA 1AIVA 4NE4A 5BUUA 1EU8A 2OBGA 3DELB 3S2VA 2DSFA 4OZ9A 5H8SA 3UK4A 3TUSA 1KWHA 4F2OA 3FZVA 3IB0A 1H3DA 1OLCA 4YZZA 1JEUA 4HCYA 1WVJA 3FXRA 2GFEA 5AA2D 5H8FA 1B1HA 4L17A 2O7IA 3FASA 2PT1A 3RUMA 3VV5A 4DXCA 3LSLA 4F22A 5DTBA 3C34A 3TQLA 5FTHA 4DZ1A 4XKQA 2VGQA 2ANJA 2RCBA 4WEDA 3F11A 1P1UA 1T0KA 1MM7A 4KQPA 1MH3A 1PB9A 2HZKA 1MQIA 2ZMBA 3VVEA 1YAEA 4G4PA 1A40A 3EPEA 4LQ5A 3PMVA 4NF4B 4FAJA 1GVCA 1IEJA 5AA4A 5H8HB 3GBBA 1II5A 2CMOA 2F97A 1P99A 3B6WA 3D4GA 4U22A 3TCGA 4THIA 2Q88A 2PX1A 2RKMA 2OLBA 1CE2A 1QUKA 4FATA 3DP8A 3GXAA 5CBRA 1Y4CA 4G2ZA 2ABHA 3U8QA 2W7YA 1S50A 3TTRA 3H6WA 3L6HA 1LBCA 2R9JA 5AA1A 1ATGA 1DTZA 1B7ZA 2I3VA 3U93A 4NF5A 1IUDA 4OQOA 1PBPA 2HEUA 2NUVA 2DWJA 4F29A 5H8NA 5A5XB 4C1TA 2I49A 5B7DA 4U4XA 1LCTA 4I8CA 4YMAA 2R71A 1TXFA 5IKBA 3N6UA 3OEMA 3VVFA 4H5FA 3FJMA 3QUFA 1FQAA 4OERA 2M8CA 1B5JA 2Z8EA 2Q9TA 4IY5A 1VFDA 2ZYNA 3T93B 2GRVA 4KCCA 3FVGA 3IOTA 3K02A 4U21A 2O68A 4GF8A 2ZNTA 1J1NA 1A7LA 3E4RA 3MVXA 5I56A 1OMPA 2ZNSA 3S9EA 1MXVA 1B6HA 3CG3A 5LOMA 2XXTA 4LATA 1ZKBA 1NMUA 4XKPA 2H98A 4TLLB 4ZECA 3FIRA 5B70A 2Y84A 5IAIA 3W15C 3K6VA 5H8QB 1ANFA 5DT6A 1UIVA 1URDA 2REGA 4ONYA 1MY4A 1PDAA 3PUYE 1FQBA 5ISUA 2XXHA 3FV2A 5I2KA 2GHBA 4QSEA 2F5XA 3SEWA 3RGYA 1Y4TA 1UTHA 3GZGA 1WODA 3IOUA 1DPEA 4UACA 4RK9A 3PPOA 4PETA 3VDFA 4M4GA 3IORA 4ESXA 4UA8A 2OJTA 5JK4A 1B4HA 3KZGA 4H67A 1FQFA 3TZAA 1SW5A 3H6UA 4NF4A 2VD3A 4LZ7A 3C36A 3E9XA 1LAGE 4DE8A 3MP6A 2RCAA 3QAXA 4MFIA 2GHAA 4Q8RA 4R74A 3G3KA 5EHSA 3SEYA 3BBRA 4GLIA 1FQCA 1POY1 3PD9A 1R9QA 2DQVA 3O9PA 4R6HA 3MP8A 4XTCQ 1EH3A 4IO6A 4JWOA 2V3UA 3HHFA 3SETA 1MXXA 4NF8A 3PMXA 3B6QA 2F34A 2XXRA 2DS9A 4G68C 4R6YA 1ZU0A 2AIXA 2F36A 2ALUA 3SEUA 2A5SA 3O6HA 3TYHA 3SESA 3MZ9A 5TPAB 4H65A 1PB8A 5A5XA 2PYYA 4R2BA 2OCUA 3OSQA 2ESNA 1URGA 4R75A 2Q2CA 4XXUA 4PFTA 2V84A 1OQHA 1B52A 3VVDA 1QVSA 3KJ7A 2DWIA 3OENA 3RT6B 1AMFA 4RYAA 4X1DA 1B40A 1B2HA 3KOTA 4IGRA 3VLWA 2B65A 5DVIA 1IITA 2V3QA 4NMYA 1MY0A 3EHSA 3MVYA 2Z23A 2UXAA 3K6WA 5I58B 4QFPA 3V8XB 4OFOA 3QSLA 2QMWA 3K1PA 2RINA 3H4ZA 2D5WA 2NVUB 1B46A 4JDFA 4ZZEA 3HHGA 5H8QA 5K2YA 2O69A 1B51A 2X7PA 4HCWA 4LP2B 3S9MC 2IEEA 3LSWA 5ITPA 2O1MA 3G3GA 5CRYA 4WEPA 4Z7EA 1RYXA 3IK6B 3U1OA 2I4BA 2F6PA 2FYIA 4OVJA 2XXUA 1VSOA 3Q28A 4IO5A 3B7DA 4E0XA 1H45A 1IXIA 4XKRA 3HPIA 3Q27A 1B7UA 4RPOA 3EHTA 4H6DA 3TTLA 4F19A 2OK2A 5F1QA 2Q8JA 3DLNA 3MJNA 3C33A 2F78A 5I59B 4H0WA 4E0WA 3L6GA 4H5GA 1BTJA 2AL4A 4EF2A 1XS5A 1MQJA 2PT2A 2DVCA 1BKAA 1SVXB 5M2VA 3KOSA 4JSDA 4KI0E 1M5DA 2VHAA 2HCAA 1LAXA 2F7CA 4OESA 3TEPA 3IR1A 4GOTA 3FV1A 1B32A 4U2RA 1FTKA 2E0SA 3FXUA 4TLMB 4ZEFA 3GBAA 3PV0E 1MXWA 1AH5A 3DM0A 4R73A 3E3KA 1QW0A 1QUIA 4OTEA 3PU5A 4QF9A 3FJGA 3U92A 3RT8A 4RK2A 1MS7A 1M5FA 4ELOA 3TFLA 4KD5A 2R6GE 1Y3PA 4I62A 4KCDA 2H9BA 1S9TA 4QFOA 3KG2A 1D3KA 4JWXA 3IJXB 1OVBA 1MPCA 1DSNA 3V5AA 3V83A 1AL3A 5J1DA 1N84A 3M8UA 3KN3A 3PUZE 4ELRA 3U94A 3ECRA 3TKDA 2D21A 1B0LA 5I58A 4O3AA 3O6GA 1A54A 5KCJB 4MF3A 4JWYA 4QHQA 3SDFA 3ZKLA 5I2KB 2NXOA 1XT8A 3CIJA 4ZEKA 3CFZA 1UTHB 4QFNA 3MWBA 1LAHE 5CMCA 1BIYA 3K0VA 3A09A 2KLFA 1H43A 3IB2A 4ELQA 3K2DA 4F18A 3HSTA 3G3HA 3SKPA 4YB7A 3E13X 4YAHX 2DE2A 4MH5A 1F9BA 1B1XA 3OXNA 3OEKA 1B3GA 1H44A 1M5EA 4O3BA 3VFJA 3MPLA 3B6TA 4YICA 3OOAA 5I59A 2O7UA 3AXFA 2CZLA 2Y7KA 2A5TA 2LAOA 1FQDA 3H6TA 2VOZA 4OEUA 4F3SA 4NF8B 1N76A 2H4IA 1UTBB 4U1OA 4NF6A 4OXVA 1HSLA 1IXGA 4QFLA 2H25A 2XXIA 4FJPA 4ZZAA 5AA3A 2YPNA 1B7HA 4U1ZA 3TAJA 3MZ1A 4GFRA 3C31A 1EZOA 1PB7A 3SEXA 3FD3A 1SW1A 3N6TA 2F8DA 1DTGA 3I6VA 4LZ5A 1LFGA 3T22A 5DEXB 4DXUA 1OLAA 2Z8FA 3MZBA 3MW0A 4U4SA 1MXUA 3PPRA 4YKIA 3S4UA 3ONMA 1ZTYA 3G3IA 1XVXA 4GL0A 1SQYA 3CRBA 5CM6A 3W9WA 1Q35A 4ZE8A 4AQ4A 3H3GA 1LSTA 1DOTA 3VLUA 1B58A 4LA9A 1P1NA 1POTA 4EXKA 3MBPA 3UN6A 1P1QA 1LCFA 1LAFE 3G7WA 4ZS9A 1NL5A 5DVFA 2Y7PA 1MXYA 2P2AA 3VXBA 1JW1A 1H76A 2DOJA 3H7MA 3TMGA 3K1MA 3OO9A 3TCFA 1Y1MA 3RTWB 1JETA 5KCJA 4POWA 4R9FA 4LONB 3HO7A 1B9JA 3ZSFA 1MH4A 1JW5A 4JSOA 2HXWA 4C0RA 3RPWA 4FEDA 2DXYA 1B0HA 2B3FA 1R6ZA 3GLBA 2YLNA 1SI0A 2H99A 1ZLQA 4OYVA 2QL3A 4R9GA 1PEBA 2FA7A 3PPNA 4YB6A 5ITOA 2G29A 3KN8A 4GXAA 3LUYA 3M3LA 3T9HB 3U72A 4H8JA 3CVGA 4ISUA 1A99A 1PC3A 1SI1A 3OELA 4BDNA 3VE1B 3IJOB 5FHOA 1B5HA 1GV8A 3FVOA 5HBCA 3RQTA 5FTIA 4KHZE 1UTBA 1FW0A 5HPQA 2OWTA 2Q2AA 4FORA 2DYXA 3VXCA 3M3FA 2NOOA 4G8NA 4X1BA 4OFLA 1IXCA 1NNPA 1TFDA 3Q25A 4FIMA 4YKKA 4XKNA 1B3HA 4WXJA 2QJEA 2P1SA 5DEXA 3EHUA 3QYTA 4KYDA 3S9NC 2QSXA 4NEDA 4LZ8A 1NNTA 2XHDA 4GXSB 3CR9A 1SW4A 4OMBA 3TCHA 2DE3A 1GGGA 3MUQA 1Y20A 4DDDA 1LGBC 1FQEA 3H6VA 2AYSA 3ZKKA 3KSJA 1D9VA 4ZEDA 2QS3A 3T9XB 3FJ7A 1FTMA 1LB9A 2QS2A 1RKMA 4EQ9A 2QMXA 2HFBA 1MY3A 1YPNA 3IOWA 4GQOA 3SERA 1JVXA 5EYFA 1MY2A 2O84X 5TP9B 1VE4A 3PPPA 2DP8A 4Z0IA 2DXRA 4LVQA 4ND9A 2XXVA 4MLVA 5CI5A 1NH8A 4AB5A 2Q89A 3PPQA 1M5BA 3ODBA 3K01A 2DWAA 3ILUB 5FHNA 4BDRA 1VFEA 3UIFA 2BJJX 1EZPA 4I9DA 3TODA 4POXA 1A55A 4ESWA 2WKYA 2ONSA 2A5TB 2UVHA 4ECFA 1HSEA 3K1NA 3IX1A 5CBSA 2QRYA 4MBPA 4NF6B 1UIUA 5KDTA 1NFTA 4EQ7A 1Y3QA 2X26A 4OETA 3KSXA 3FGSA 4R6KA 1L5TA 1SYHA 3P7IA 3LSXA 5ELVA 3SEVA 3IAZA 4R72A 1Z7NE 2Z22A 4YKPA 1AOVA 4GD5A 1SW2A 2DE4A 4GL8A 4QFKA 3IO4A 2DWHA 1TWYA 3O97A 4OENA 1Z7ME 1DMBA 3MQ9A 2HAVA 1D4NA 4QSDA 2RC7A 2UVGA 1N0TA 4PFYA 4RPNA 1IQ7A 1VR5A 4IY6A 1B4ZA 3EN3A 5AA2A 2ONKE 1MM6A 1CB6A 3MPKA 5KZTA 3MC2A 4EF1A 3THIA 4RJZA 1I6BA 4KYSA 1LB8A 3O66A 3KN7A 5DYHA 3TELA 1O7TA 3RN8A 2RC8A 4OWDA 2XXYA 1DPPA 1N3XA 1US5A 3UP9A 1N7WA 1MQHA 4OFJA 2VP1A 3KFMA 3FXQA 4U23A 4JXIA 3TTKA 3JZJA 4K3FA 4DXBA 4XIGQ 3ILTB 1XC1A 1ZJLA 3FVKA 3R26A 3HV1A 3CSBA 3HCQA 5TP9A 4LQ2A 3K6XA 4IO7A 5F7VA 4IO3A 2AL5A 1JQFA 3MAMA 5CMBA 4P0GA 2F6GA 3LSFB 1ZMGA 3IL1B 3QUJA 4GRKA 1LFIA 4DIGA 5EHMA 5JTYB 3S9LC 2HAUA 3A3UA 4G8MA 4LUBA 3USDA 2RF1A 4YKJA 2ZXTA 2B3BA 3MVWA 1ZBMA 1RYOA 1NNKA 2NWJA 4JB7A 3LC8A 3RY3A 1XVYA 3C35A 5AE4A 1UQWA 4AB6A 1MDQA 5L9SA 3TPAA 2YJPA 4EXLA 1SDXA 5I84A 3N94A 4N13A 1SD3A 2H5YA 2E1SA 1N3WA 1NNFA 3CG1A 4NWDA 3OO8A 1Y3NA 3RLFE 1D9YA 4PFUA 3V89B 4FECA 2V25A 3DP4A 2UVJA 3UGWA 3R6UA 2I3WA 2V93A 3T66A 1LBBA 3PMWA 1FTOA 2D3IA 4P11A 1BP5A 4GWOA 4GVOA 4WKMA 3BFTA 1MPBA 5FHMA 3HN0A 3FVNA 2ZYKA 1GTKA 3O28A 4DLDA 4QSCA 2XXWA 4ZEBA 1WDNA 1YCJA 1HSJA 1M5CA 1IZ1A 1S7YA 3OO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWYA 4KPTA 3O29A 3OO6A 2OZZA 3A29A 3OMBA 4DCXA 2OX3A 3LBSA 2X7QA 1URSA 1ELJA 3OSRA 2KR0A 2F35A 1NKXA 1OVTA 5I57A 1FCKA 3O2AA 2WBBA 1SBPA 2RC9A 1MG1A 4IO4A 4TQUQ 1Q9DA 5ICTA 2I6EA 1O63A 1R9LA 5IZZA 3LR1A 3QIMA 3SZPA 2UYFA 4O3CA 3T96B 4N07A 4F39A 4KYEA 1FPEA 1Y9UA 3FUZA 1I6AA 3T9UA 1FPFA 3G3FA 2PMSA 3VLVA 4NWCA 1MY1A 3CI8A 1MQDA 5EQAA 4BDOA 4ZDMA 3OD7A 3PUXE 4G68B 1LLSA 5EYHA 1Q1KA 1I6QA 3Q26A 4G8HA 2O51A 2OWSA 5BWJA 1IMCA 3EF7A 1MRPA 1LFHA 1NH7A 2THIA 3CSGA 1R1NA 1USYH 2GH9A 2XD2A 3PUWE 2IA4A 5JTYA 4RA1A 4H1XA 4OEVA 1LBVA 1XHYA 3T9VA 4DCYA 2HPGA 5IZ3A 2VD2A 3O6IA 5H8HA 2I0BA 2JJKA 4GIZA 1B3LA 3C4MA 5TU0A 2Y7IA 1QJMA 5KDTB 5ICQA 3D1RA 2G93A 4BDLA 2PVUA 2FHYA 1JVYA 3H03A 3IB1A 4M1VA 4ZE9A 5I2NB 1CNQA 3K4UA 3LUZA 1IMAA 4X9TA 4F2QA 3ISPA 3CFLA 1EZ9A 3FATA 2O6AA 4KR5A 2REJA 3MVZA 2UVIA 1KZ8A 4NTLA 4F3BA 4F1VA 5JEIA 3I3VA 4I1DA 5L9OA 2QS4A 4Q5TA 3UORA 3I5OA 4QRZA 3BFUA 4JBZA 3DP6A 4RNSA 1N7XA 4BDMA 5FBPA 2F7AA 3C9HA 2QPQA 2Y7WA 1BLFA 1B05A 4GWSA 3A3CA 2Y7RA 2L5VA 4EQBA 4EDPA 1D9QA 4YB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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