5CMCA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd e423s mutant glycine complex
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
LIGRHLRLGSVESQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSRHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular lock regulates binding of glycine to a primitive NMDA receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
molecule keywords ML032222a iGluR
total genus 79
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmcA02
3G3KA 4F22A 3F11A 3JZJA 2F6PA 3IB1A 3A3UA 3CR9A 1B3HA 2NWJA 2RCAA 1MQDA 3HCQA 3UK4A 4GRKA 1ANFA 4O3AA 4P11A 1EZOA 4WXJA 1LB8A 4I9DA 3ZKKA 4KCCA 3H6TA 1LFHA 1P1OA 4MF3A 2ZYMA 3QUFA 1LB9A 3IR1A 1UIUA 2THIA 4IY5A 4I62A 4OEUA 4R74A 3SEWA 1Y1MA 3DLNA 3IB0A 3A3CA 1IEJA 3PPRA 3S9LC 4UACA 4ECFA 4QSCA 2A5TA 3FJ7A 1MG1A 3K00A 3D4CA 5DVIA 3A09A 3SEVA 5TPAA 1BIYA 4HS7A 4OESA 1IUDA 2ZMBA 1JVYA 3O29A 3OO9A 4EF2A 4BDMA 1KWHA 2F36A 4N6PA 4JWXA 5I2KA 3PUZE 3TCGA 1B3FA 5TP9B 4MFIA 3DM0A 2REJA 3DP6A 3CFLA 3PUVE 3L6HA 4U1OA 4P0IA 4ZZAA 5M2VA 3H4ZA 1FQBA 2F6GA 1MY0A 2HZKA 3SEUA 5FHOA 3HN0A 5CBRA 2QL3A 3LSLA 4NF8A 1YTVA 3C31A 5CRYA 4FAJA 1JW1A 2CZLA 4IO7A 5AA1A 3VLUA 1N84A 1ATGA 4EQ9A 3MJNA 3CFXA 4NF4B 1O63A 1NMUA 1B5IA 1PEBA 4H65A 1MH3A 2GH9A 3DP8A 1N7WA 3MVYA 2Y7PA 4Q0CA 5A5XB 2BJJX 4QFKA 1B05A 1O7TA 3I3VA 4KI0E 5TPAB 3ILTB 3IORA 4OMBA 3VV5A 1HSLA 4BDRA 4XKNA 2H9BA 1JVXA 2ESNA 3S9EA 3H06B 3HO7A 4N13A 2RKMA 1VFDA 4TOZA 1B1HA 4F1YA 4FECA 1B7HA 3B6WA 4K3FA 3ZS6A 1DOTA 3OSRA 4R2BA 1P1WA 2OCUA 5DYHA 4OYVA 2HZLA 3TQLA 2NXOA 4FATA 3K6VA 3C4MA 1CE2A 1MXVA 4OHNA 2R71A 2XXUA 1VSOA 5K2YA 2A5SA 5H8QB 1LAXA 4YKJA 3H6VA 3C34A 3USDA 4HCWA 1XC1A 3VLWA 5AA4A 4LQ5A 1A99A 4WEDA 5KCJB 2PT1A 4H8JA 3IL1B 4OZ9A 2V25A 2X7QA 3UN6A 3TDJA 3MWBA 1MRPA 4U23A 4R6YA 3O9PA 1M5EA 3KG2A 3LUYA 3EQ1A 3K4UA 4RPNA 5IKBA 4LZ7A 4WEPA 1QJMA 5ITOA 1UTBA 4C0RA 4NWCA 3GZGA 4LUBA 5DVJA 2O1MA 2QMXA 3S2VA 3KJ7A 5H8FB 1A8FA 1LFIA 3MP8A 1ZKBA 3T9XB 1JEUA 4H5FA 1MPDA 3MVWA 2REGA 2ZNSA 3B6TA 1M5CA 2XD2A 5I59A 1WDNA 2Y84A 5FHNA 3P7IA 3KSJA 3MQ9A 4ZZEA 2VHAA 3GLBA 1VE4A 3BBRA 2HEUA 4YAHX 2RF1A 2R6GE 4IO6A 5AA4B 1FQFA 4QRZA 4G8MA 4YMAA 2ONSA 2NUVA 4U21A 3ECRA 3OO8A 1EZ9A 1LSTA 4QSEA 4YB5A 1MXZA 3JV9A 5I58A 4PETA 4F3BA 2H5YA 1I6AA 2XX9A 1Z7NE 2FNCA 3OELA 2QRYA 2DWAA 3QK6A 1UTBB 2XX8A 5I57B 3LR1A 1IITA 4L17A 1MPCA 3FZVA 4RXLA 4AB5A 3TTRA 3RN8A 1HSEA 3JYRA 2X26A 4F3SA 3CVGA 2P1SA 1GV8A 2ZYOA 4HW8A 3MP1A 4OEVA 4KYSA 4F1UA 3U1OA 1R9QA 1VR5A 1MY3A 4LQ2A 1HSJA 2QSXA 2OBGA 4KCDA 3V89B 2G93A 4DZ1A 3K0VA 2CMOA 3RQTA 4GXAA 1GGGA 4TLLB 2NOOA 3G3GA 2VD2A 5CMMA 4R73A 3MZBA 4ELOA 3O2AA 3TEPA 3THIA 2V3QA 4LONB 4FE8A 4EXKA 1UIVA 2O6AA 4KD5A 5CBSA 2YPNA 1US5A 4KR5A 3Q29A 4G68B 4ZS9A 1AIVA 3MVZA 1IXGA 3FVKA 3LSWA 3EHUA 3IJXB 4EQ7A 2I0BA 2GRVA 1OIBA 3OO7A 3K6WA 1OVBA 3KZGA 4MH5A 4FJPA 3MAMA 4RY1A 5KDTB 4TQUQ 1PBQA 5F7VA 3S9NC 3TCHA 2E0SA 2F78A 3IK6B 4NTLA 3LSXA 1NKXA 4YKKA 3PPNA 1D9YA 3ODBA 3T66A 2F5XA 1TFDA 3M8UA 4THIA 3VVDA 5ITPA 1Y3QA 3OSQA 3ILUB 2DXYA 4Q8RA 5AA2A 4YB7A 2F35A 1SW1A 4OFJA 5F1QA 1B3EA 2Z8DA 4GL0A 4MLQA 3VFJA 1QULA 4H8IA 3WAEA 4KHZE 1SYIA 4ZDMA 2RCBA 1I6QA 3GBAA 2Q8JA 4DDDA 1A7LA 1XS5A 3HSTA 4ZEDA 2P0SA 4X1DA 3K02A 2XXIA 4WKMA 4EXLA 1IXHA 4ZE8A 3VVEA 1SD3A 5TP9A 3K1MA 3PMXA 4QHQA 2ZYKA 3KN8A 4NWDA 4QFLA 1MQGA 1Y4CA 5DEXB 3PGFA 2ZXTA 3PD9A 3RT6B 1H3DA 5FHMA 1DTZA 3RUMA 4KPTA 2Y7IA 3E3KA 4GVOA 3WAFA 2ALUA 5JK4A 4PE5B 5AA2B 1ZTYA 1N76A 5IAIA 4NF4A 3O97A 3RTWB 1LFGA 2UVIA 4NF5B 5CMCA 4I8CA 3SESA 5A5XA 1IXIA 2HAUA 4IGTA 2KLFA 3FVNA 1ZMGA 4FEBA 1B52A 1MS7A 4XXUA 1B1XA 3UP9A 3O66A 1A54A 4G4PA 2I3VA 4DCXA 3E9XA 2PMSA 4X48A 1XVYA 1S9TA 1YPNA 1VFEA 3OMBA 3W9WA 5EHSA 4KYDA 4PFWA 2QPQA 4ESWA 1NNTA 1FQDA 4OQOA 3PUYE 2ZYNA 4H0WA 4ZEKA 3N6TA 1NNKA 5I2NB 3OEMA 4F39A 1DSNA 1JNFA 3KN3A 3OO6A 2DE4A 1MPBA 5BWJA 1FTOA 1DMBA 4DXUA 4GQOA 2FYIA 1DPPA 3RTFB 5H8QA 1N3XA 5I84A 4R72A 3RGYA 1ELJA 4JWOA 3VVFA 2DWHA 1XOCA 1QUKA 5HPQA 5KCJA 2I0CA 1R9LA 1SW2A 3HHGA 4F1VA 2XX7A 1Z7ME 1QKBA 3VXCA 2FA7A 1FTMA 5TU0A 2V93A 1XHYA 4R75A 5BUUA 4LVQA 4XTCQ 1MDQA 1N0TA 2Y7KA 3AXFA 4RJZA 5H8FA 3FXQA 1LAHE 1NNFA 2QS4A 4JSDA 4RPOA 2DQVA 1YAEA 5CMBA 4OETA 1TXFA 4KYEA 3MPLA 5CMKA 3KBRA 1USYH 4EQBA 1CB6A 5AE4A 3IOTA 1OVTA 3Q27A 1MXYA 2ONRA 3OEKA 4E0XA 1ZIUA 3SETA 5JEIA 1B3LA 2ONKE 3CG3A 2DE3A 2I58A 5AA3A 1LGBC 2QS1A 3T22A 2R9JA 3HHFA 3TTKA 4IY6A 2H99A 1JW4A 4IO5A 3TUSA 4C1UA 4PQJA 1URDA 2HFBA 3KOTA 1MQHA 4RK9A 3ZKLA 4ISUA 1LAGE 1GR2A 1JETA 3FJMA 4JB7A 2PBWA 3TMGA 1B7ZA 1P99A 1FTLA 4OWDA 3H03A 1AL3A 4F31B 4NEDA 4IO2A 2O7UA 3FVGA 3SEYA 3TKDA 4GWOA 5I57A 2LAOA 2UXAA 3IB2A 3TFLA 3U72A 3O6IA 3S9MC 3QUJA 3TZAA 1J1NA 1WVJA 4BDQA 1B6HA 1R1NA 2NVUB 2DWIA 2OZZA 2QMWA 5ELVA 3KOSA 3ZSFA 3G3HA 1B40A 2ZNUA 4GIZA 5J1DA 5DTBA 1A55A 3IO4A 1FTJA 1M5FA 3V5AA 1MY2A 1DPEA 4QSDA 1M5BA 1N7XA 2AYSA 3QAXA 4X9TA 2VOZA 3QSLA 4F18A 1OQHA 2OWSA 1P1NA 1PDAA 3MPKA 4OENA 3Q25A 4JXIA 2I6EA 4G77A 1LBCA 1S50A 2XHDA 3PUWE 2P2AA 4I1DA 4G68A 4ZE9A 1TFAA 4FORA 2H25A 2UYFA 3L6GA 1QUJA 2B3FA 2O1LA 4Z0IA 4R9GA 4DCYA 1M5DA 1RYOA 1F9BA 5I56B 1N04A 2O7IA 3TCFA 1H43A 4DLDA 3UIFA 1FQAA 3QXMA 3K2DA 3RLFE 5HM4B 3EPEA 3OXNA 1XVXA 1AH5A 5KDTA 5L9OA 3CIJA 4XKPA 2Q88A 4H5GA 4YMBA 4JDFA 1B4HA 3CG1A 3B6QA 4F2OA 2HXWA 3K1PA 3PV0E 3PMVA 1Y9UA 1NNPA 3KGCA 2H4IA 4JBZA 3O28A 3N5LA 1OQGA 2QJEA 2Q89A 3C9HA 4ONYA 1NFTA 3MW0A 4X1BA 4YKPA 4OFLA 4QF9A 2XD3A 3SEXA 1A8EA 1MXUA 3CSGA 2E1SA 1EU8A 5L8DA 1NH7A 2O51A 1NL5A 4M4GA 3FATA 1EZPA 2XXPA 1BLFA 2DOJA 1SW5A 3FV1A 1SI1A 3C33A 4ZEFA 4KFQA 1FQCA 3VDFA 1Y1ZA 3O6HA 3UGWA 3IO6A 5ICQA 1BTJA 1B32A 1QVSA 4F2QA 4U22A 3EN3A 3IOWA 3TTMA 5DEXA 4OVJA 3TTLA 1P1QA 2RINA 2VD3A 3LSFB 5K2XA 4IO3A 1I69A 4GL8A 1MXXA 4NF5A 4BDLA 3D4GA 1LAFE 2Z8FA 1PBPA 4Q30B 3R7XA 3G3IA 3EF7A 4LA9A 2UVJA 3G3FA 2Z22A 4NF6A 3OOAA 2I48A 3VE1B 2G29A 3K01A 1OLAA 4C1TA 4GD5A 2XXHA 1B58A 5H8HB 1QKAA 2DYXA 2Q9TA 4R6HA 3RPWA 3C35A 4GXSB 4ZEIA 3RT8A 1URSA 2F97A 5FTIA 3EHTA 4YZZA 3BKIB 3VXBA 2Y7RA 1R6ZA 1Y4TA 1SW4A 2F8DA 2UYEA 4DE8A 5I2NA 1FCKA 5B70A 2PYYA 3I6VA 3IJOB 4R6KA 3K6UA 3PMWA 4XKQA 2F7BA 3MBPA 5CI5A 3MZ1A 2DS9A 5H8NA 5AA2D 1LCFA 2DXRA 5CC2A 2W7YA 3PPQA 1NH8A 3M3FA 1QW0A 1RKMA 2HAVA 5JTYB 4QFPA 2ANJA 3TAJA 1SQYA 1MQJA 1H76A 1URGA 4EUOA 4Z7EA 3U92A 2DE2A 1B3GA 3KEIA 4YKIA 3PPOA 1H45A 4BDOA 4LP2B 5KZTA 3Q28A 1SI0A 4NF6B 3RNNA 2VGQA 1SBPA 3PPPA 3VLVA 1ZJLA 4NE4A 4BLAA 1AMFA 2PVUA 4H67A 4GFRA 3MP6A 1MQIA 3N94A 2YJPA 1QUIA 3R26A 4MBPA 4XIGQ 3FIRA 1ZU0A 4ND9A 2Q2CA 4H1XA 2ABHA 3U94A 3IOUA 5H8NB 5DT6A 5FTHA 4ESXA 2V3TA 1L5TA 2O84X 4G68C 3BFUA 4U1ZA 1POY1 3TELA 1IZ1A 1Y20A 1JW5A 3KN7A 1B0HA 1MY4A 3H7MA 1TT1A 4GF8A 3KFMA 2RC9A 4HCYA 3C32A 3T93B 3H6UA 1TWYA 4Q5TA 4F3GA 4M1VA 4P0GA 3K6XA 3TTNA 2A5TB 1BKAA 3H6WA 1Q35A 3MUQA 5CM6A 5DVFA 4EF1A 1POTA 1ZBMA 3T9VA 2UVGA 2I3WA 4R9FA 3FASA 3DELB 1MH4A 1Y3NA 1AOVA 3PU5A 3W9VA 2XXYA 3SDFA 2Z23A 4OTEA 3SKPA 4POWA 2D5WA 3B7DA 4POXA 5I2KB 2GHAA 3MC2A 3LC8A 2H98A 4U4XA 3LBSA 4G8HA 3DP4A 2V84A 3MVXA 5H8SA 3U93A 1GVCA 3Q26A 1BP5A 3FGSA 3KSXA 3S4UA 4OERA 3MZ9A 2XXRA 1T0KA 2GFEA 1GTKA 1UTHA 4NF8B 1MXWA 4PFTA 1B5HA 2VP1A 3T9HB 3UORA 1FW0A 2I4BA 2O69A 2GHBA 2Y7WA 3OENA 4BDNA 3M3LA 1B9JA 1Y3PA 3FV2A 4IGRA 2UVHA 1DTGA 4F19A 1B4ZA 4RNSA 1B7UA 2HQ0A 4ELPA 1II5A 5I56A 3FXUA 1IIWA 3BFTA 3FXRA 3IOVA 1D4NA 4GOTA 5HBCA 4KQPA 2QS2A 5EHMA 3T96B 1FTKA 3G3JA 4N07A 2DP8A 1B46A 3TODA 3W15C 4JSOA 4U2RA 5EYFA 4QFNA 1PC3A 4U4SA 2AL5A 1MM7A 3K1NA 4H6DA 1I6BA 1PB7A 1LCTA 2D3IA 2XXQA 1UTHB 3N6UA 1N3WA 2XXTA 3HV1A 5LOMA 5ICTA 2D21A 4TLMB 5L9SA 1O64A 1OLCA 4G8NA 4PFYA 4ELQA 3O6GA 2ZNTA 3R6UA 4O3CA 3FJGA 1RYXA 2IEEA 1SYHA 2F7AA 3PD8A 4FIMA 2QS3A 3G7WA 2F7CA 3TQWA 1JEVA 3C36A 3CI8A 2PX1A 2DWJA 1MY1A 1FQEA 1Q1KA 4E0WA 2B65A 4F29A 2PT2A 2M8CA 2WKYA 4AQ4A 4FEDA 2OLBA 1LLSA 2RC8A 2XXWA 2X7PA 3M3KA 2Z8EA 3PUXE 3I5OA 4OXVA 2IA4A 5I59B 4LZ5A 4DIGA 1US4A 3H3GA 3GXAA 1UQWA 4ELRA 2AIXA 4DXBA 4IO4A 1IXCA 1S7YA 4RA1A 4XKRA 3HPIA 1MM6A 3E4RA 2RC7A 4OFOA 4PP0A 2O68A 2I49A 3V8XB 5I58B 3U8QA 4O3BA 4HTGA 4YB6A 3IAZA 3FVOA 2DVCA 3ONMA 1D9VA 3N26A 1D3KA 4G2ZA 4GLIA 5H8HA 2XXXA 1P1UA 3EHSA 4PFUA 3CSBA 2OWTA 4QFOA 3IX1A 3FD3A 3FUZA 4IB2A 4DXCA 1A40A 4EDPA 1LBBA 3TPAA 1YCJA 4RYAA 4ZECA 2YLNA 3E13X 1USYE 4JWYA 1B51A 3T9UA 4F3PA 4R2FA 3OD7A 1ZLQA 1MDP1 1B0LA 4ZEBA 3V83A 3RY3A 4YICA 5ISUA 3UA8A 5JTYA 5B7DA 1H44A 4NMYA 1EH3A 2HCAA 3CRBA 1SVXB 2XXVA 2Q2AA 1IQ7A 3QIMA 2V3UA 2B3BA 1PB9A 2F34A 2OJTA 4MLVA 3QYTA 2DVZA 1XT8A 3SERA 2OK2A 1SDXA 1PB8A 3GBBA 3KJTA 4AB6A 4LZ8A 1B5JA 2AL4A 2I4CA 2DSFA 1JQFA 1WODA 4UA8A 5L9MA 4YU0A 4RK2A 4LATA 3TYHA 1B2HA 1OMPA 3CFZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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