5CMCA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd e423s mutant glycine complex
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
LIGRHLRLGSVESQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSRHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular lock regulates binding of glycine to a primitive NMDA receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ML032222a iGluR
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
total genus 79
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmcA02
2HAUA 3LSLA 4NF6A 1OLCA 4KCDA 1NNTA 1R6ZA 2VP1A 2V3UA 3V83A 4IO6A 1N7WA 1SDXA 2Q8JA 3PMXA 4HS7A 1IXHA 1VR5A 4C1UA 1M5CA 3H4ZA 4OHNA 2AYSA 4BDQA 1Q1KA 3SEYA 2DWHA 1EH3A 2Z22A 1S50A 2QL3A 1KWHA 2IEEA 3KBRA 1IXGA 1QUKA 2XX7A 4ZE9A 3EN3A 2UVIA 2Y7RA 2DE4A 2F6PA 3H03A 4Q30B 4ESWA 2UYFA 3N26A 4EQ7A 2VD3A 3Q29A 2O69A 3TCHA 4THIA 3CR9A 1I69A 3K02A 4XKPA 4F2OA 1SBPA 2Y7WA 1MH3A 3EQ1A 3O9PA 3T9HB 1ANFA 4G8MA 2ZNUA 3CSBA 4AB5A 3VDFA 2QPQA 4LZ8A 3ZSFA 2ONRA 4ELRA 1GV8A 1LAHE 3DELB 1AIVA 2V84A 4JXIA 1AH5A 1N3WA 1DSNA 3HV1A 1VSOA 4GLIA 2PBWA 4YKPA 4MFIA 1PC3A 1LCTA 4IGTA 4JWYA 3MVXA 1LLSA 1ATGA 4PETA 5AA2D 3UIFA 1MM7A 1A8EA 2O68A 3VLUA 1ZU0A 4ECFA 1B58A 3N6UA 3IOUA 4U4SA 2DVCA 1BTJA 1FQAA 4M4GA 3Q25A 1LGBC 2NUVA 3MJNA 1ZLQA 3CSGA 4BDMA 5TP9B 1WVJA 1A40A 2ONKE 4I8CA 1H44A 4FATA 2XXUA 1A54A 5FHOA 1DPEA 2NOOA 4OVJA 4U1ZA 4QFOA 1URDA 4XTCQ 1MQJA 3KJ7A 4NF4B 1UQWA 3H6UA 3SEUA 4ZZAA 3BKIB 3K1PA 5I58B 1MY0A 3S4UA 2HXWA 2Y84A 3HCQA 3CIJA 1URGA 4FORA 3PPQA 5ICQA 1LFHA 1FTMA 2DXRA 2I6EA 4IY5A 1B3LA 5TP9A 5CMCA 1PEBA 5DYHA 2XXQA 3O6GA 3PMVA 3TODA 2G93A 4LQ5A 3PUVE 5ICTA 1QJMA 3CRBA 1LBBA 4F1VA 1BKAA 2KLFA 4NF4A 3EPEA 3MZ1A 4AQ4A 3O6HA 1IXCA 2PT2A 1JNFA 4TQUQ 4NE4A 3G7WA 5I58A 4DZ1A 3TMGA 3ZKKA 2I4BA 3QAXA 2H5YA 3I6VA 3CFZA 3TUSA 3JZJA 1S9TA 5F7VA 4PFUA 4H0WA 2V93A 3TQWA 1VFDA 2QSXA 4G4PA 1AOVA 5DVFA 4GF8A 1SI1A 2I48A 4Z0IA 1GGGA 1JVXA 1BLFA 4OESA 2O51A 4K3FA 4Q5TA 3PU5A 2RF1A 4F1YA 3JYRA 4OERA 2ZXTA 2E1SA 1NFTA 1XS5A 1OLAA 1LAGE 4N07A 3PPPA 1MXXA 3LC8A 2F36A 3T96B 2IA4A 1MXZA 5HPQA 1FTOA 5I2KB 1RYXA 5KDTB 5DTBA 5B7DA 4DXCA 1O63A 1NNFA 1UIVA 4DXBA 5EYFA 1OVBA 4IO7A 2XD3A 1ELJA 1J1NA 2F35A 4NTLA 3AXFA 4Z7EA 1MDQA 3RTWB 3MZBA 4ZE8A 1MDP1 2CZLA 4F3SA 2H99A 1A55A 3K6VA 3OEMA 4AB6A 1ZIUA 2GRVA 4ZEKA 1Y3PA 3O28A 2NVUB 5I2KA 2DQVA 5KDTA 4PE5B 4OEUA 2REJA 3OOAA 1P1QA 1B9JA 4HCYA 1DTGA 4YKIA 5AA3A 3PUXE 4GXAA 1O7TA 1QUIA 2O7UA 3WAEA 1UTBB 2XXWA 2GH9A 1JW5A 2Z8DA 2QS3A 1NNPA 2PVUA 1P1NA 4OMBA 4XXUA 3SESA 2RCAA 4YB5A 3RLFE 3IOWA 4FIMA 1Y4TA 3RY3A 3MWBA 2Z8FA 4OFLA 1VFEA 1SW5A 4QFKA 2OZZA 3GXAA 5HM4B 3TELA 3FV2A 3W15C 4G8HA 2XD2A 4ISUA 3SKPA 4PP0A 2UVHA 4X9TA 1D3KA 4DLDA 1OMPA 1MQHA 1B0LA 4YICA 1EZPA 1CE2A 3A3CA 1ZBMA 1H3DA 1UTBA 4X1DA 4IO5A 2THIA 4ZDMA 1MM6A 3MVWA 4OXVA 4WEDA 3KN3A 2DS9A 4RXLA 1Y1MA 5I56B 4TOZA 4FJPA 2DE2A 3PD8A 3T9XB 4NWCA 4R9FA 3KG2A 1Y20A 4ELPA 1QUJA 3FXQA 3N6TA 2W7YA 5H8SA 3E3KA 2Y7PA 1QKBA 3RQTA 3LSFB 1FW0A 5DVIA 3CI8A 1XC1A 3D4CA 1USYE 2PX1A 4OTEA 2B3FA 2QRYA 1UIUA 3TQLA 5CI5A 2YPNA 5CRYA 3TTLA 4E0WA 4Q0CA 3T22A 3UORA 1HSEA 1IIWA 4H6DA 4JSOA 4POXA 3TKDA 3PPRA 3FVOA 5I56A 1B4HA 4HTGA 4R74A 5J1DA 1FTLA 3IB0A 4UA8A 1GVCA 1TXFA 4ELOA 3ONMA 3KEIA 3G3KA 3EHTA 3IOTA 3TTRA 5BUUA 3W9VA 3HPIA 3U8QA 3L6HA 3H3GA 3MVZA 1ZJLA 1MPDA 4NEDA 1N04A 3IORA 2ZNTA 3F11A 2BJJX 4C1TA 1T0KA 1A8FA 3G3HA 1TFAA 1B40A 1B32A 3O29A 2Q2AA 4QFNA 1MPBA 4BLAA 1US4A 2AIXA 4R6KA 4OFOA 2XXVA 3H6WA 4EUOA 5JEIA 2I49A 4F31B 3OO9A 2I0BA 4G2ZA 2O84X 5BWJA 1N3XA 3MP6A 1JEVA 4DCYA 1MG1A 4PFYA 4H8IA 2DYXA 2XHDA 3PUWE 3MVYA 4FEDA 4POWA 1ZTYA 3SDFA 4FAJA 3KFMA 2XXTA 2OWSA 4JWOA 4F3PA 1MH4A 4U2RA 3OEKA 3V89B 1B4ZA 2ALUA 4KFQA 4NF5B 1SQYA 3FASA 5EHSA 4GQOA 3VVDA 5CC2A 3H7MA 4LP2B 5HBCA 3FGSA 3SETA 1MY4A 3PUYE 1LCFA 2D3IA 3TFLA 2XXIA 1IQ7A 4OENA 4YZZA 1B7HA 3E4RA 4G8NA 3RNNA 1LAFE 3U93A 1XVYA 2F7AA 1LB9A 4YKJA 4U21A 4KQPA 3M8UA 3K4UA 3OO8A 1I6BA 1AMFA 2Y7IA 1B5IA 3OXNA 4XKNA 1O64A 3E13X 4MBPA 4N13A 4R6HA 3JV9A 4F3BA 3K1MA 5H8FB 4LUBA 4F2QA 3MUQA 4RK9A 2Z23A 4NF5A 4QSEA 2AL5A 2PYYA 3IOVA 4IB2A 2I58A 2FYIA 2XXRA 2GHBA 2ZMBA 2XXPA 2HQ0A 2GHAA 4P0IA 3KSXA 4XKRA 3H06B 1MXWA 4ZS9A 3FXRA 1JETA 2OJTA 1EZOA 3EF7A 4XKQA 3MZ9A 5B70A 3IAZA 5I84A 3S2VA 2QJEA 3PD9A 4YAHX 1OQGA 1TFDA 2DSFA 2XX9A 3VE1B 1LSTA 2OK2A 4WEPA 5H8FA 2F7CA 3UK4A 4YU0A 5FHNA 1SW2A 2Q2CA 3RUMA 2A5SA 3ZKLA 2X7QA 1XT8A 1B3HA 5JK4A 3WAFA 4TLLB 3C35A 1LFIA 2PT1A 3KGCA 1Y9UA 3B6TA 4PQJA 1B0HA 4YB7A 4H5GA 3MAMA 3LR1A 3QIMA 5FTHA 3FXUA 2VHAA 2Z8EA 3UN6A 3C34A 3CFXA 4FEBA 4X1BA 2Y7KA 4KYDA 2ZNSA 1MXYA 3QSLA 4F1UA 5AE4A 1PB7A 1FTJA 2F5XA 3BFUA 3ODBA 4LQ2A 4F39A 2V3TA 2V25A 4N6PA 1ZKBA 4IGRA 2VD2A 1MY1A 4ZEIA 4GRKA 1IUDA 3IB2A 3W9WA 4XIGQ 3OSRA 4H1XA 3IJXB 4ESXA 2E0SA 3H6VA 1A7LA 1URSA 4QSDA 5H8NB 1MQGA 2D5WA 2I3WA 3PV0E 2XXHA 4EXLA 3K6WA 4RY1A 4TLMB 3FJ7A 3IX1A 3ZS6A 3TDJA 5L9MA 4MH5A 3VFJA 1PDAA 1POY1 4C0RA 3HO7A 5AA4B 3CG1A 3R7XA 1B52A 3TCFA 2DXYA 2M8CA 4EF1A 4RPOA 4HW8A 4RPNA 3VXCA 4OWDA 4F22A 4LATA 4F29A 3IK6B 1QVSA 3ILUB 3MQ9A 3SEVA 2QS2A 3CG3A 1Y3QA 3FVGA 3K00A 5H8NA 3QXMA 4U22A 2HCAA 2QS1A 3OD7A 3KN7A 1OIBA 4DDDA 1YAEA 2OCUA 2DWAA 3I5OA 3T66A 1Y1ZA 3QYTA 1JW1A 4H5FA 4X48A 3M3LA 4EF2A 3RPWA 3UGWA 3TTKA 1B3FA 2XX8A 4MLVA 3OSQA 1Q35A 3KOTA 3FVNA 3LSWA 1I6AA 2FA7A 5AA4A 5CBSA 1P99A 3K2DA 4ZZEA 1PB8A 3VLVA 4F3GA 4R2FA 4DCXA 3OO7A 1N76A 4JBZA 2OWTA 3E9XA 4R6YA 1YTVA 3KOSA 1N7XA 3IO6A 2O7IA 2Q88A 3PPOA 3VVFA 3LBSA 2F6GA 1FCKA 2RC8A 1CB6A 4Q8RA 1Y4CA 1NL5A 1R9LA 3GZGA 5K2YA 2ZYMA 2A5TB 3HHGA 3OENA 4R2BA 3IJOB 5LOMA 2HAVA 4LA9A 1MQIA 2P1SA 1NH7A 2UVJA 2GFEA 4ND9A 5ISUA 2RC7A 2F78A 4U4XA 2X7PA 4GL8A 4R72A 4DIGA 2Q9TA 5CBRA 2I4CA 3IB1A 5ITPA 4YMAA 4LZ5A 1FQFA 2DWJA 3B6WA 3UA8A 1SW4A 4G68B 1M5FA 1JVYA 4H67A 3C36A 4IO3A 3MP1A 4GOTA 3PPNA 4ZEDA 4FECA 2D21A 4GL0A 5F1QA 1LBCA 4U1OA 1BIYA 2ABHA 3Q28A 1WDNA 2ZYNA 4JB7A 1B7UA 2LAOA 3CVGA 4KR5A 2A5TA 1FTKA 1YPNA 3MBPA 5FTIA 3B7DA 4IY6A 1DPPA 5DT6A 3T9VA 3TTMA 1EZ9A 5I59B 2B3BA 1SW1A 3GBAA 4ELQA 5CMKA 2WKYA 1FQEA 4ZECA 5I57B 1OVTA 4GIZA 3SERA 2H4IA 1H76A 1MXVA 3G3FA 3M3KA 4RK2A 4BDOA 3GLBA 4G68A 3PMWA 3G3IA 3HHFA 1Y3NA 4JWXA 3K01A 2UXAA 5I2NB 3KZGA 4NMYA 1SD3A 3K6UA 3TCGA 1NH8A 3I3VA 4OFJA 3VXBA 3RGYA 2V3QA 1MS7A 4QF9A 1MXUA 3P7IA 5TPAB 3DP8A 3A09A 4QFPA 4M1VA 3VVEA 1L5TA 4KYEA 5I59A 1QULA 1VE4A 4EQ9A 2DWIA 1LB8A 4I1DA 5I57A 4R73A 2P2AA 1LFGA 2QMWA 2R9JA 1EU8A 2I3VA 4OQOA 3C4MA 4YKKA 3K0VA 4NWDA 3RT8A 2QMXA 5JTYB 5I2NA 5L9OA 1DOTA 1FQDA 1IITA 3RT6B 3D4GA 1JQFA 4RNSA 1MRPA 5IAIA 4IO4A 5TPAA 1DMBA 5AA1A 3IR1A 1BP5A 3FZVA 2QS4A 3QK6A 5EHMA 3USDA 3M3FA 1M5DA 3FV1A 3TAJA 3IO4A 2ZYOA 4O3BA 3FJGA 2NWJA 3QUJA 3GBBA 3MPLA 3CFLA 5A5XB 1H43A 1M5BA 3B6QA 1IEJA 1PBQA 2NXOA 2ZYKA 5H8HB 4JDFA 1FQCA 1B3EA 1OQHA 3HSTA 2ONSA 5JTYA 4PFTA 1PB9A 5KZTA 3RTFB 3PUZE 1QKAA 4QHQA 4OETA 4RJZA 4WKMA 1B3GA 2RKMA 3FJMA 5DVJA 4PFWA 4GD5A 3VLWA 5DEXB 4H65A 4R9GA 2O1MA 2G29A 3U92A 3VV5A 1QW0A 3K6XA 5A5XA 2ESNA 5KCJB 4MF3A 5H8HA 4KPTA 3BFTA 3R6UA 4P11A 1RYOA 4IO2A 1US5A 1R9QA 1H45A 4I62A 5FHMA 3MW0A 2HZKA 4ZEFA 4H8JA 4HCWA 1GTKA 1B5JA 4KYSA 4KI0E 2DP8A 3FD3A 1II5A 3R26A 1RKMA 2OLBA 1HSLA 4LVQA 4O3CA 5L8DA 3U1OA 3N5LA 3O97A 5DEXA 5ITOA 2DVZA 4OZ9A 1SVXB 1MPCA 4I9DA 3LSXA 1NNKA 2H9BA 3K1NA 3FATA 5L9SA 1XOCA 1PBPA 4LZ7A 1A99A 3PGFA 4DE8A 2VOZA 2UVGA 3MPKA 1P1OA 2F8DA 5KCJA 3SEXA 2OBGA 1HSJA 2REGA 2P0SA 3C33A 1MQDA 3O2AA 3S9MC 4ZEBA 1MY3A 1SYHA 3TPAA 2DOJA 2B65A 1LAXA 1DTZA 4OEVA 1Z7ME 5CMMA 3ILTB 2YJPA 1XHYA 3SEWA 4LONB 2AL4A 1TWYA 2H25A 2YLNA 3V8XB 5K2XA 1POTA 3FVKA 3OO6A 3QUFA 3TZAA 2XXXA 2DE3A 3BBRA 1ZMGA 4BDLA 4L17A 4BDNA 4P0GA 2F7BA 1N0TA 4R75A 1B05A 1D9VA 1TT1A 4NF8B 2F97A 3T9UA 4KCCA 3KJTA 5TU0A 3C32A 1B5HA 4O3AA 1NKXA 3C9HA 3S9LC 2HFBA 4GVOA 3EHUA 5ELVA 4KD5A 1B6HA 1P1WA 1B7ZA 4ONYA 3T93B 5AA2B 4BDRA 3S9EA 4U23A 4JSDA 2Q89A 1MY2A 1B1XA 1I6QA 1WODA 1B51A 1JW4A 4G68C 2X26A 1D4NA 1UTHB 4F18A 5IKBA 2XXYA 1S7YA 2R71A 4NF8A 1JEUA 4GWOA 4G77A 4E0XA 1FQBA 4MLQA 1D9YA 3S9NC 4YMBA 3KN8A 2R6GE 3OELA 4GXSB 3Q27A 1NMUA 5H8QB 2HZLA 3G3JA 5AA2A 4EQBA 2I0CA 3C31A 4RA1A 3LUYA 3A3UA 3G3GA 1XVXA 5CM6A 3U72A 3THIA 1IXIA 1N84A 2RC9A 3O6IA 2VGQA 1USYH 5CMBA 3FUZA 4FE8A 3OMBA 3N94A 3MC2A 2CMOA 2ANJA 3IL1B 3DP4A 3KSJA 4OYVA 1UTHA 2O6AA 3O66A 1AL3A 4QSCA 4GFRA 2F34A 4NF6B 1P1UA 1B46A 4UACA 4DXUA 1SI0A 1YCJA 1R1NA 1B2HA 3DLNA 2H98A 3TTNA 1GR2A 2PMSA 2RCBA 4EXKA 5M2VA 1SYIA 3DP6A 4F19A 3FIRA 5H8QA 2HEUA 2O1LA 4KHZE 1B1HA 3UP9A 2RINA 1F9BA 4QRZA 4QFLA 3H6TA 3L6GA 3V5AA 3U94A 3DM0A 3EHSA 1IZ1A 4RYAA 2UYEA 3ECRA 3HN0A 4YB6A 1Z7NE 3Q26A 4WXJA 2FNCA 3TYHA 3TEPA 3RN8A 4EDPA 1M5EA 3MP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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