3MVXA

X-ray structure of the reduced nika/1 hybrid, nika/1-red
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvxA01
1OQHA 5L9OA 4YKIA 1MXWA 4PFTA 2Y7KA 3FXQA 2UYFA 2PT2A 2BJJX 3FVOA 4MF3A 2RCBA 3CIJA 1XC1A 4GFRA 4KHZE 1B4ZA 1URGA 4I8CA 3FVKA 1NNTA 3H6TA 3W9VA 2QSXA 1HSLA 1B9JA 5KDTA 1B3EA 1POY1 2OWSA 5I2KA 3HSTA 3U72A 1R6ZA 3SEUA 1SD3A 3QUJA 3IAZA 3IOTA 4IO5A 3HN0A 4ZZAA 1N7WA 3TYHA 4C1TA 4Q0CA 1B5HA 3T66A 5DYHA 5HPQA 4IO4A 1AMFA 1UIUA 3RY3A 2I58A 5FHOA 5H8QB 4RK2A 3KGCA 1P99A 2PX1A 5ISUA 1Y3NA 1MPDA 4G2ZA 4EQ9A 3DLNA 2RCAA 1MQDA 4OYVA 3RYAA 2Y7WA 2IA4A 4MH5A 1MQJA 3MVXA 4H5GA 4HW8A 5LOMA 3IO6A 4DCYA 1QVSA 4IO7A 4LVQA 2WOLA 3OXNA 4BDMA 4ZDMA 5FTIA 4C0RA 1LGBC 3T9VA 3OO9A 4R6YA 3UORA 4G68A 2H9BA 1SW4A 5DT6A 5L9SA 1JQFA 3FD3A 4K3FA 3KN3A 5CMCA 5I58A 4OHNA 2DXRA 1EZ9A 1M5EA 5AA2A 1LBCA 5I56A 2O6AA 1FTOA 3S9LC 3T9HB 3RN8A 2NXOA 3FXUA 3C33A 1N3XA 3VV5A 4GVOA 4F3BA 1QUJA 4GL8A 5K2XA 5ELVA 4F1YA 4JB7A 1USYE 4XKQA 4RK9A 3WAEA 1FTMA 3C32A 3TFLA 3IL1B 2DXYA 1J1NA 5I2NB 1B4HA 1ATGA 2UYEA 2E1SA 2W7YA 3O9PA 1Q35A 4GXSB 4R2BA 1DPEA 3S9NC 4NTLA 1R1NA 3VXCA 1A99A 3SEXA 3S9MC 4FAJA 5H8QA 3MVZA 2ONSA 3CR9A 1B7HA 2Y7PA 4OEUA 3FV1A 2KLFA 4EXLA 1LLSA 4F22A 4DXBA 4FIMA 3T22A 3O6HA 4EF2A 4QHQA 3ZSFA 2YLNA 5AA3A 3QYTA 1GV8A 3S2VA 1B5IA 1Y20A 3B6QA 2CZLA 4XKRA 3OMBA 4YZZA 1B5JA 2OK2A 1F9BA 2G93A 4F39A 2Z23A 1MM7A 4R72A 2QS3A 5H8FA 1B05A 4NF5B 4G77A 3CSBA 1MRPA 4YU0A 4ZZEA 3FIRA 1M5FA 1SYHA 5H8SA 4Q8RA 4RJZA 4YMAA 1D9YA 1I69A 4UACA 1M5CA 1B32A 5CBRA 2NOOA 3G3JA 5F7VA 3M3FA 3D4GA 4NE4A 3PD8A 4OQOA 4ZEIA 5I2NA 1JW5A 3L6HA 3OOAA 3TELA 3FUZA 4ZEFA 4EF1A 1IUDA 2FYIA 3TZAA 1M5DA 2LAOA 4R75A 3TQWA 1EZPA 1NH7A 3SEWA 4YB5A 1PC3A 1JEVA 1YAEA 3EN3A 3GXAA 2PBWA 3PUVE 5KCJB 4IO3A 3R7XA 4P0GA 3H6VA 4KPTA 1JNFA 3USDA 1EZOA 3KBRA 1QJMA 4NF8A 3BBRA 2O1LA 3E13X 4KI0E 1Y3QA 4AB5A 1PB8A 3KJ7A 3LSWA 2XX8A 2DS9A 4H0WA 1BIYA 2GHBA 1TXFA 4ESXA 4QSCA 1MY3A 3A3CA 1GVCA 5K2YA 3MBPA 2O84X 4WEPA 4I1DA 4QFNA 2NWJA 3DRIA 4QFKA 1VE4A 3U92A 3TCGA 2XXRA 4NF6B 5IAIA 4ZE9A 3SKPA 2FA7A 3KOTA 2ZMBA 2OCUA 1B58A 4OTEA 5JEIA 4U23A 1MQGA 4DIGA 3PMWA 3PPQA 3TTKA 2GH9A 3O66A 4ZS9A 1IXIA 1ZTYA 1YTVA 2HAUA 2XXQA 4JDFA 3QK6A 2I6EA 2DE3A 2QS2A 4QSEA 4ECFA 4R2FA 1LAHE 2E0SA 4FE8A 3FV2A 1NKXA 2ALUA 1S7YA 1ZIUA 3K00A 1MXYA 4HTGA 1QKBA 4KR5A 4LONB 1LFGA 3KJTA 1MY2A 3ECRA 3UA8A 3PUZE 1H76A 1AL3A 2DE2A 2QRYA 4HCWA 4OZ9A 4YKPA 4ELQA 4F29A 3M3KA 3C36A 2OZZA 3TODA 4JSDA 1WVJA 4XKNA 2Z8FA 4MFIA 2PVUA 3VVEA 4NF4B 4ZEDA 3M8UA 1I6AA 1POTA 2UVJA 4G8NA 3B6TA 4GQOA 2O68A 5KZTA 4H67A 5B7DA 5H8NB 2O1MA 4R9FA 3MZ9A 3RTWB 1DTZA 3K6XA 1A54A 3RUMA 1ANFA 3QIMA 1S50A 3PPPA 3IOUA 3VXBA 1B7UA 3SEVA 1DPPA 1MY0A 3LC8A 1B6HA 3N6UA 1BLFA 3EHSA 2CMOA 1MS7A 3EQ1A 4NF6A 3K02A 4WKMA 4BDOA 3BFTA 4R73A 4E0XA 2XHDA 4GD5A 4IO2A 2I0CA 3CHGA 3VLUA 1OVTA 4AB6A 1DSNA 3A09A 3FJ7A 1N04A 1N76A 1EU8A 3DELB 3UP9A 1HSEA 1SQYA 5TPAB 4GOTA 4R6KA 3IB1A 3IOWA 4EDPA 4F1VA 2I49A 2B4MA 1P1WA 2XD2A 3N5LA 3QXMA 1TT1A 3E4RA 1PB9A 4F19A 3RT6B 2AIXA 3U8QA 4BDRA 3I6VA 4RY1A 4F1UA 4N13A 2O7IA 5AA4A 2X7QA 3IO4A 2R71A 4FATA 1XT8A 4KCCA 1LFIA 3TQLA 3MPKA 4X1BA 2WKYA 3FZVA 3GBAA 1CB6A 4NF4A 1O7TA 1I6QA 3O6IA 2D3IA 2V25A 5JTYB 1UTBB 1TWYA 1B3LA 3CFXA 4GWOA 3TKDA 3GBBA 3UN6A 3CG1A 3PMVA 3MUQA 4ELOA 3H06B 3PPOA 4PP0A 3R26A 4ISUA 3N6TA 1N7XA 4RYAA 4G4PA 3CFLA 4F3SA 1LAGE 2QJEA 1A8FA 3TTMA 4JXIA 3LSXA 3IOVA 2AL5A 4LUBA 2OJTA 4OFOA 1Q1KA 5HBCA 2F5XA 2QS4A 1H44A 3RT8A 3OEMA 3DP8A 4HS7A 2H99A 2DWHA 3RGYA 1OVBA 3V5AA 3V89B 2DSFA 5I57B 2I4CA 4F3GA 1MXUA 1QUIA 2F34A 1IITA 2F35A 2A5TB 3QUFA 2OLBA 3JZJA 3MZBA 4L17A 2XXVA 2ZNUA 1B0LA 1JVYA 1ELJA 2NUVA 3DRKA 1MQHA 4H6DA 1BP5A 4G68C 3EPEA 2F7CA 1MDQA 3C4MA 2WOPA 3CVGA 2Q89A 5DEXB 4H5FA 3G3GA 3PUYE 3QSLA 2F36A 1B46A 4LZ5A 4H1XA 3OO6A 1WDNA 1XVXA 4NWCA 2D5WA 4ZE8A 1MPCA 2ONKE 1YPNA 5B70A 3T9XB 2D21A 3T96B 3OO7A 1A8EA 5JTYA 1ZMGA 4JBZA 4R9GA 1B2HA 1ZJLA 3Q26A 2O51A 3H7MA 5EHMA 1US5A 1A40A 1LCFA 4BLAA 3RQTA 2Q9TA 4PE5B 3G3KA 3H03A 3VVFA 3MP8A 2A5SA 4PQJA 2XXUA 3C9HA 3MP6A 4OVJA 3Q27A 2AL4A 1B1HA 3K6WA 5ITPA 4OXVA 4ZECA 2XXPA 3K4UA 1NNFA 5DTBA 2QPQA 4YKJA 3G3IA 2ZYMA 2FNCA 2DWIA 3GZGA 4YICA 2QMXA 5I84A 4PFYA 5HM4B 3HV1A 5CM6A 2PMSA 1LSTA 2IEEA 3VLWA 1NNPA 3MVYA 1D9VA 4WXJA 1IXGA 3SESA 2PT1A 2P1SA 2YJPA 5I57A 3CG3A 3PD9A 3UK4A 4QF9A 2A5TA 2HQ0A 3N94A 4P0IA 5A5XB 4OMBA 1N0TA 1NFTA 4G8HA 3CI8A 4G8MA 4U1ZA 4NMYA 5M2VA 3K0VA 4DZ1A 2HZLA 1QW0A 3TMGA 4ZEKA 3T93B 3AXFA 3QAXA 4OWDA 2HZKA 2I3WA 4GXAA 3KOSA 3DP4A 1Y4CA 2F8DA 3BFUA 5DEXA 4QFOA 3OO8A 1FQDA 2F6PA 3OSRA 5TU0A 2PYYA 4XXUA 3PGFA 3I3VA 4KYSA 3ZS6A 1FQBA 4YKKA 2Z8EA 2RC8A 1RYXA 1OLCA 2V84A 2GHAA 1NL5A 4OFLA 3FASA 4BDQA 1MPBA 2HEUA 3LSLA 4JSOA 3KFMA 1PB7A 4POXA 4NF5A 3SERA 2F97A 3MPLA 2XXXA 1PBQA 3ILTB 4YB7A 2XXHA 3TAJA 1I6BA 1Y4TA 4R6HA 2DP8A 1Y1MA 1LCTA 1OQGA 1PBPA 1FQAA 4H8IA 3Q28A 1AH5A 5CMBA 1BTJA 3EHTA 3EF7A 3OELA 4OESA 2P0SA 1PDAA 4MLVA 1SVXB 1D4NA 1URDA 2ZYNA 4JWYA 4NWDA 2Y7RA 3C35A 5I2KB 3S9EA 4U4XA 3MAMA 4QFPA 3V8XB 3DP6A 1II5A 4FJPA 1A55A 1IIWA 3MC2A 5H8HB 2O7UA 2UVHA 4H8JA 4POWA 3U93A 1ZU0A 4I62A 3W9WA 5A5XA 1AIVA 1P1OA 2H5YA 3DRJA 4KFQA 2RKMA 3TUSA 1FCKA 4O3AA 4PETA 2H98A 3RTFB 5KCJA 2RF1A 2V3UA 2Y84A 2B4LA 2Z8DA 3KN8A 4GLIA 1NNKA 2I48A 1MXVA 1VFDA 4TLLB 3C34A 5FHNA 4ESWA 3KSXA 1IZ1A 4Q30B 4DXCA 4LZ8A 4FEBA 3IB0A 1B0HA 3PV0E 3TTNA 4GL0A 3MQ9A 4F2QA 4G68B 3KZGA 1P1QA 4ONYA 1VR5A 2I3VA 5AE4A 4YB6A 2ZNSA 1T0KA 1WODA 3U94A 1Z7ME 3IJXB 1B1XA 3S4UA 3EHUA 5I58B 4O3CA 2G29A 2REJA 5DVJA 5AA2B 3IR1A 2HFBA 2XD3A 1R9QA 1KWHA 3CSGA 4EUOA 5F1QA 2ZXTA 3P7IA 1IXCA 4TQUQ 1USYH 3W15C 1LFHA 2V3QA 2X7PA 2ZYOA 1DTGA 1B51A 4F31B 4QRZA 1MM6A 4XKPA 3FVGA 2Q2AA 5ITOA 3VVDA 1R9LA 4QSDA 3FJMA 1GGGA 3LR1A 2ABHA 4LQ2A 3LVUA 4XIGQ 2F6GA 4WEDA 2VD2A 4RNSA 1FTLA 4KQPA 1N3WA 1MXZA 4F2OA 5EHSA 4M4GA 3DRFA 1OIBA 5H8HA 4R74A 4U2RA 3U1OA 1SYIA 2XXYA 1UTHB 1Z7NE 4PFUA 1DMBA 3FGSA 3K1MA 4MBPA 2VHAA 1SW5A 3HPIA 3K6UA 1GR2A 2OBGA 4N07A 1VFEA 1SBPA 3SDFA 2GRVA 1ZLQA 3G3FA 4RXLA 2UVIA 3PMXA 2QL3A 2UXAA 1MH3A 4DLDA 2V3TA 3B7DA 5CRYA 4GF8A 1H43A 2HXWA 2B65A 2O69A 2H25A 2ZYKA 3FJGA 1JW1A 3Q25A 2XX7A 3FATA 1MXXA 1US4A 1IXHA 5H8NA 3CFZA 3KEIA 3O2AA 3LBSA 2THIA 3UIFA 2H4IA 1RKMA 5H8FB 2DE4A 3RLFE 3TTLA 2RC9A 3IB2A 1MY1A 1FW0A 4EQ7A 1CE2A 2OWTA 3D4CA 1SI0A 2Q2CA 2R9JA 1TFAA 3I5OA 2XXTA 3H3GA 2DOJA 3JYRA 1GTKA 2ANJA 4BDLA 4X1DA 3HCQA 3FTOA 1B40A 1ZBMA 5FHMA 4EQBA 4RPNA 1VSOA 3DRHA 3O6GA 3E9XA 2V93A 4OETA 1B3HA 3PPNA 3IJOB 2XX9A 5TPAA 1LB8A 2F7BA 4U1OA 4OERA 3GLBA 1XS5A 1B52A 1LAXA 4EXKA 1JW4A 1UTHA 4QFLA 1O64A 1FTJA 1EH3A 3E3KA 3CRBA 5L9MA 3LUYA 3KG2A 1B7ZA 4YAHX 3G3HA 3Q29A 4IGTA 2AYSA 1L5TA 1ZKBA 3MWBA 1MG1A 3VDFA 5CC2A 4DXUA 4O3BA 1S9TA 5EYFA 1B3GA 4KYDA 4ND9A 3OD7A 1MDP1 3KN7A 1A7LA 3O29A 4TLMB 2ONRA 1UTBA 4NF8B 5ICTA 5BUUA 4PFWA 4OENA 3L6GA 5DVIA 3FVNA 3FXRA 1P1NA 1NMUA 3TEPA 3H6UA 4HCYA 3N26A 4KYEA 3H6WA 1QULA 4F3PA 5FTHA 5I59B 4YMBA 3TPAA 3JV9A 4THIA 4IGRA 5AA2D 3OSQA 4IY5A 3T9UA 3A3UA 3MJNA 2P2AA 3ZKLA 4FECA 2Y7IA 4E0WA 2RC7A 1HSJA 4ELPA 1QUKA 1UIVA 3F11A 2GFEA 1M5BA 5DVFA 3ODBA 2HAVA 5BWJA 3VE1B 4P11A 3K2DA 4OFJA 5L8DA 4DDDA 1JEUA 1SW2A 3TCFA 5TP9B 5CMMA 4IY6A 2VOZA 4Z0IA 4F18A 1RYOA 4DE8A 4ZEBA 3RYBA 2R6GE 2NVUB 1O63A 3LSFB 2ESNA 3R6UA 1P1UA 2B3BA 3HHFA 1B3FA 3B6WA 3UGWA 1XHYA 3V83A 3TDJA 1Y1ZA 3O6PA 1FQEA 1LB9A 5J1DA 2VGQA 2VD3A 3VLVA 2HCAA 2UVGA 4XTCQ 2YPNA 1AOVA 5JK4A 4BDNA 4N6PA 5CBSA 2Q8JA 1D3KA 1H45A 4TOZA 1Y9UA 4X9TA 4IB2A 1DOTA 3PPRA 3VFJA 4C1UA 3MVWA 5IKBA 4KD5A 1BKAA 1LBBA 1SW1A 3C31A 4FORA 4MLQA 3MZ1A 4X48A 2XXWA 2X26A 1FTKA 1LAFE 3DM0A 1IEJA 1YCJA 2F78A 4KCDA 1FQFA 1JVXA 4U21A 3PUXE 4JWOA 4Q5TA 3RPWA 4IO6A 4M1VA 2QS1A 2QMWA 4LATA 1PEBA 5I59A 3K01A 2REGA 3G7WA 3ZKKA 4LP2B 1JETA 3DRGA 3PAMA 2DVCA 3IX1A 2DQVA 3O97A 3M3LA 3TTRA 5KDTB 2WOKA 4LQ5A 5CMKA 4GIZA 4LZ7A 3OENA 1UQWA 4UA8A 4LA9A 4GRKA 2ZNTA 3H4ZA 3ILUB 2RINA 4RA1A 2XXIA 5TP9A 1SI1A 3SETA 3IK6B 3MW0A 3THIA 2I0BA 3K1NA 2DWJA 1FQCA 1XOCA 3TCHA 4NEDA 3ONMA 2B3FA 3PUWE 1OMPA 2F7AA 1IQ7A 1MY4A 1MH4A 4Z7EA 2DVZA 3RNNA 5AA1A 3WAFA 3SEYA 3K1PA 1Y3PA 2M8CA 3HO7A 2Z22A 3BKIB 4OEVA 4RPOA 4DCXA 4U4SA 1SDXA 2Q88A 1NH8A 1QKAA 2I4BA 3OEKA 3KSJA 4AQ4A 5AA4B 4ELRA 3K6VA 4H65A 1URSA 2VP1A 1MQIA 1H3DA 1N84A 1XVYA 5CI5A 5ICQA 1TFDA 3PU5A 4JWXA 3IORA 4FEDA 3HHGA 4I9DA 4U22A 3MP1A 3O28A 2DYXA 1OLAA 5I56B 2DWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DW8A 1OQHA 4P8BA 5L9OA 4YKIA 4G61A 1MXWA 4PFTA 2Y7KA 3FXQA 2UYFA 2PT2A 2BJJX 3FVOA 4PBQA 4MF3A 2RCBA 3CIJA 1XC1A 4GFRA 4KHZE 4O94A 1DCUA 1B4ZA 1URGA 4I8CA 3FVKA 1NNTA 5EQAA 4IR8A 2FIEA 3H6TA 3W9VA 2QSXA 1HSLA 1NV4A 5IZ3B 4N91A 1B9JA 5KDTA 1B3EA 3B8BA 3U65A 1POY1 2OWSA 5I2KA 3HSTA 3U72A 1R6ZA 4OVSA 3SEUA 1SD3A 3QUJA 3IAZA 3IOTA 4H46A 4IO5A 3HN0A 4NGUA 4ZZAA 1N7WA 3TYHA 4C1TA 4Q0CA 1B5HA 3T66A 4NHBA 5DYHA 5HPQA 4IO4A 1AMFA 1UIUA 3RY3A 2I58A 5FHOA 5H8QB 4RK2A 3KGCA 1P99A 2PX1A 4PFBA 5ISUA 1Y3NA 1MPDA 4G2ZA 4EQ9A 3DLNA 3B50A 2RCAA 1MQDA 4OYVA 3RYAA 2Y7WA 2IA4A 4MH5A 1MQJA 3MVXA 4H5GA 4HW8A 2OWZA 5LOMA 3IO6A 4DCYA 1QVSA 4IO7A 4LVQA 2WOLA 3OXNA 4BDMA 4ZDMA 5FTIA 4C0RA 1LGBC 3T9VA 2Q74A 3OO9A 4R6YA 4N8YA 3UORA 4G68A 2H9BA 1NUZA 1SW4A 5DT6A 4OA4A 5L9SA 1JQFA 3FD3A 4K3FA 3KN3A 4PFRA 5CMCA 5I58A 5EYGA 4OHNA 2DXRA 1EZ9A 1M5EA 5AA2A 1LBCA 5I56A 2O6AA 1CNQA 1FTOA 1FBCA 3S9LC 3T9HB 3RN8A 1FBDA 2NXOA 3FXUA 3C33A 1N3XA 3VV5A 4GVOA 4F3BA 1QUJA 4GWUA 4GL8A 5K2XA 5ELVA 1FPDA 4F1YA 4JB7A 1USYE 3E78A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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