3MVXA

X-ray structure of the reduced nika/1 hybrid, nika/1-red
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvxA01
1FTLA 5A5XA 1N0TA 1P1UA 1R1NA 1EU8A 2B3BA 3C36A 4GF8A 4F31B 5AA2D 1TT1A 2ZNSA 3S4UA 1XVYA 3CVGA 4C0RA 3CG3A 2PT1A 4GRKA 3KN3A 3OEKA 5KDTA 3TYHA 4F1UA 3L6GA 3PU5A 2D3IA 1B52A 3Q29A 1ZBMA 1RYOA 5DVIA 1SW1A 1XOCA 3OO6A 3KFMA 4RJZA 2AYSA 4BDQA 2I4BA 1FTOA 2ZXTA 3M3FA 1Y1ZA 3S9NC 4X1BA 2O1LA 4H5GA 1EZPA 1VR5A 4UACA 1SVXB 3CFZA 3VLVA 3VV5A 2DWHA 3G3KA 4R2FA 1LAFE 2DOJA 3DRGA 2XXXA 4OFJA 4DDDA 3K00A 3W9WA 3ILTB 3LUYA 1PEBA 3IR1A 2CMOA 4ELPA 4TLLB 1US4A 3LBSA 5I57B 4HTGA 1M5CA 1MY3A 2DE2A 3I6VA 3SKPA 2UVIA 1OVBA 1OLAA 1I69A 3I5OA 1SYIA 4LZ5A 1DTGA 2ONKE 2F5XA 2QS2A 3KJ7A 4DLDA 3H3GA 3P7IA 2KLFA 4KR5A 4QSCA 4TQUQ 2AL5A 5DYHA 4F1YA 2Z22A 3JZJA 3VVEA 3TKDA 3IOTA 3CR9A 4KYDA 3MP6A 3T9VA 3OO7A 2WOPA 5CMMA 4LUBA 4OQOA 1NL5A 1M5DA 4LZ8A 3ONMA 4BDOA 4F3GA 3FGSA 3JYRA 5J1DA 1H44A 5H8HB 3N5LA 5CMKA 4H1XA 3E13X 1XVXA 4NF5B 3D4GA 1B58A 3O6PA 2HQ0A 4DE8A 5AE4A 1IQ7A 4IB2A 3VFJA 3UORA 3IJXB 2XXPA 2QL3A 3RGYA 4IO6A 2I4CA 2XX9A 4R74A 4FEDA 1QW0A 3M3KA 4EDPA 4POWA 4GWOA 4K3FA 1KWHA 1MY2A 3RTWB 3LVUA 4R9GA 3PGFA 4ZS9A 2HFBA 2VD3A 4RPNA 5I57A 4H0WA 4DXBA 2RINA 1B46A 1ANFA 1ZTYA 3L6HA 2ALUA 4LZ7A 3S9LC 4FE8A 2DWJA 4U1OA 3TTMA 1XT8A 5I58A 2XXIA 1CB6A 5H8QB 3OXNA 1I6QA 4JB7A 4WEDA 3S9EA 3A3CA 4G68A 1ZKBA 2QJEA 3IO4A 3BKIB 4JSOA 1PB9A 2Y7PA 3CFLA 1HSEA 4ISUA 2XXQA 2F8DA 3FJ7A 4IO2A 3DELB 1R9LA 3CI8A 3LSWA 4GIZA 1QULA 4EF2A 4IO4A 2QS4A 1OIBA 3O97A 4HCYA 4I62A 1LBBA 3DRJA 4ND9A 3GBAA 1MY1A 4F2QA 2BJJX 3MJNA 4MLVA 2H25A 3EHUA 4IY6A 4YMBA 4MBPA 3CHGA 1SW4A 2OJTA 2O1MA 2FA7A 1QUJA 4H8IA 3C34A 3VLUA 1AOVA 2DWIA 4FAJA 4HW8A 2RF1A 2DWAA 3RT6B 1EZ9A 4GXAA 1J1NA 3Q25A 3RYAA 2O51A 1POY1 2O6AA 2F35A 3RYBA 2HXWA 2OK2A 2WKYA 5FTHA 3VLWA 3IK6B 5I59A 1B3FA 2DQVA 1FTJA 1A55A 2Y7KA 3H6UA 3MZBA 1A54A 4LA9A 3TCGA 2Q88A 2XXWA 4U4SA 3FASA 5FHNA 4ELRA 1MPDA 3RLFE 1SI0A 3TDJA 4F39A 1JW5A 3KOTA 3OMBA 2F36A 2RKMA 1QUIA 1B2HA 3M8UA 4M1VA 1MPBA 2I0CA 4GOTA 4ZEFA 4OTEA 3C35A 1QKAA 3TTNA 1IXHA 5H8SA 4C1TA 4R73A 5A5XB 3O6GA 4P0GA 3GXAA 4KFQA 2V84A 4IGRA 4H5FA 3DP8A 4YB5A 3U72A 4O3BA 2PBWA 4XXUA 2Q89A 3KG2A 3N94A 1QKBA 3KGCA 5DVJA 4PQJA 4F1VA 5EHMA 1B6HA 3UP9A 3IJOB 2DVCA 4KCCA 1IIWA 5KDTB 3IB0A 1LB8A 3FZVA 1ZJLA 2PT2A 4XKRA 1IXCA 5AA4B 3LC8A 3R26A 1NNFA 4FEBA 4FECA 4NE4A 4NWCA 3V5AA 4AQ4A 4MH5A 2Z8DA 4G2ZA 3G3HA 2NOOA 1MXWA 1UTHA 3FATA 4Z7EA 2REGA 1BLFA 1P1OA 4FIMA 1VFEA 1B5IA 1MDP1 3FXQA 2F7AA 1O64A 4YKJA 3O29A 4F22A 1FTKA 3OSQA 1GTKA 5H8NB 1US5A 4NF6B 4EQ7A 2H98A 1LFHA 3IOVA 4O3CA 4QRZA 5TP9B 4U23A 1GV8A 3E4RA 4ZZEA 4G4PA 2QRYA 2B65A 4XKNA 4RPOA 3QIMA 4NWDA 3N6UA 2Y7WA 2RC9A 1O63A 4ZDMA 3K1MA 4WXJA 4QFOA 1A40A 3UA8A 5H8FB 1YCJA 1DTZA 1B3EA 4GFRA 1B9JA 5BWJA 1AH5A 1TFAA 4JSDA 2Z8EA 5L9OA 3S2VA 5AA4A 4GLIA 3K6XA 3MC2A 4DXCA 2IEEA 4R2BA 4PETA 3Q28A 4LQ5A 3C9HA 1B0HA 3DP6A 4QHQA 2WOKA 1D9VA 1ZIUA 3V8XB 3FV1A 3PD8A 4F3BA 1SBPA 2QPQA 3SEXA 4ZEBA 2REJA 2VGQA 3FIRA 2VD2A 3FTOA 4NMYA 1MQDA 5L8DA 2Y7IA 3R6UA 1PC3A 1Y9UA 4ESWA 5H8NA 3Q26A 1LGBC 3MWBA 5FHOA 3FJMA 4NF6A 3EPEA 2IA4A 1PBQA 1FQAA 3IB1A 4KI0E 3E9XA 4G8MA 3TAJA 2Q9TA 1DPPA 1SDXA 1T0KA 1N3XA 3PPRA 5TP9A 2V3TA 3EF7A 4U1ZA 1DPEA 1LAGE 4R6KA 5AA3A 1N7XA 1B4ZA 3DM0A 3HHFA 3IO6A 2F34A 1N76A 5I58B 5JK4A 3K6UA 1MG1A 2HCAA 2ZNUA 5H8FA 4OESA 1OQGA 4U21A 3UK4A 4AB6A 4ECFA 2DS9A 2O7UA 4RK9A 3PUWE 3K6WA 4G68B 2G93A 1LCTA 3T93B 4MF3A 4PE5B 4JBZA 2I3VA 2ZMBA 3LSLA 3MP8A 5KZTA 3QK6A 4AB5A 1ZLQA 2V3QA 4X1DA 4OENA 5DTBA 4RK2A 5ISUA 3H6TA 3FVNA 3PPNA 5CMBA 3HV1A 1QJMA 1BIYA 1QUKA 3TUSA 2I48A 3VVDA 1UIUA 2CZLA 3EN3A 4IO7A 3OO8A 3W15C 2PVUA 4OERA 1LBCA 5L9MA 3I3VA 1MXZA 1UIVA 1SW2A 4BDLA 1MQJA 2Y7RA 2OBGA 5L9SA 3EHTA 4GL0A 1I6BA 3V83A 2Z23A 2NXOA 4FJPA 4GVOA 2P1SA 3OOAA 4OFOA 4L17A 4MFIA 3H4ZA 4HCWA 3MPLA 5F7VA 2DSFA 4Q5TA 2R9JA 5CM6A 4UA8A 1CE2A 2Q8JA 2I58A 3O66A 3PMWA 2UVJA 3HHGA 5K2XA 5JEIA 2OZZA 2GHAA 5I59B 4TLMB 3OD7A 1PDAA 4OMBA 3OEMA 3DRIA 3ZKLA 4DCYA 2ZYOA 3G3FA 4IO5A 5HPQA 1Y3QA 4E0XA 2F6GA 4Q8RA 1PB8A 2F97A 3TCFA 4QSDA 3T66A 1M5EA 3O28A 4ZECA 3CRBA 2W7YA 4KCDA 1B3HA 1P1QA 1UTBB 3IX1A 4ZEIA 3ZSFA 1PB7A 4YKPA 2E0SA 1Q35A 1GGGA 5F1QA 5LOMA 1MXYA 3HCQA 2Q2AA 1M5FA 2ZYKA 4LQ2A 3FJGA 3T22A 1WODA 4P11A 4EXKA 2I3WA 1AIVA 1VE4A 1OVTA 4NTLA 3CIJA 5CBRA 3MAMA 4ZE8A 1FCKA 2O68A 3PV0E 1NMUA 5JTYA 1YAEA 4JXIA 3T9HB 1B3GA 4X9TA 3KZGA 3HPIA 4H65A 3WAEA 4BLAA 1LLSA 3V89B 2M8CA 4ELOA 2H99A 2DXRA 1MXXA 3VE1B 3H03A 5EYFA 2RC8A 3ECRA 3MZ1A 1N3WA 1JVXA 2QS3A 1NFTA 4EXLA 1SW5A 3K2DA 4G8HA 1H45A 2ZYMA 3OO9A 4KPTA 1MY0A 3SEWA 1Y3NA 3G7WA 3HN0A 4OEVA 2PYYA 3M3LA 3FXUA 3LSFB 1TWYA 1XS5A 4YKKA 4YKIA 3DRHA 4LP2B 3UIFA 3IOWA 4RA1A 2RC7A 1UTHB 1B7HA 3Q27A 3SETA 4F18A 4KYEA 2UYEA 1UTBA 2H9BA 2V25A 4ELQA 1LCFA 3KJTA 4X48A 1P99A 1UQWA 4JWOA 2X26A 5CI5A 3N26A 2F7BA 1BKAA 4OETA 2QMWA 4LATA 1BP5A 2YPNA 4F3SA 3MZ9A 1JQFA 3MQ9A 3TQLA 3TTRA 4FATA 4DCXA 3GBBA 3EQ1A 4I9DA 2HEUA 4O3AA 3QUJA 1N7WA 1GVCA 5AA2A 1NH8A 3FVKA 2XXHA 2OWSA 2UXAA 3A3UA 2XXTA 5I2NA 3SERA 3G3IA 2OLBA 4YB6A 3O6HA 4M4GA 5TPAB 4QSEA 1FQEA 3TCHA 3FVGA 3R7XA 5I56B 3S9MC 2XHDA 3OENA 4G8NA 1B7ZA 4BDNA 1A8FA 2O7IA 5ICQA 2WOLA 2P2AA 1B0LA 4TOZA 2B3FA 3RT8A 4U4XA 5HM4B 1EZOA 4DXUA 3PD9A 3KBRA 4RYAA 2OCUA 3B6QA 1D3KA 3H06B 3K02A 4P0IA 2DVZA 4KHZE 1O7TA 1ZMGA 4R6YA 3KEIA 1DOTA 1B3LA 3T9XB 3B6WA 3T9UA 5EHSA 1MPCA 4E0WA 2NWJA 4F29A 4XIGQ 1URDA 3DP4A 4I1DA 3LSXA 1EH3A 4NF8B 1LSTA 3SEYA 2ONSA 1B5HA 1MQIA 4MLQA 2B4MA 1NNPA 1B32A 4QFKA 1B1HA 1SQYA 3K1PA 2HZKA 1Y4CA 1MH3A 3PPOA 3U8QA 5DEXB 1II5A 3U93A 4Z0IA 4R9FA 2RCBA 1IITA 3A09A 1IXIA 4OYVA 3MVYA 1H43A 2PMSA 5FTIA 5TPAA 2V93A 4KQPA 3RTFB 5I56A 3PMVA 2ANJA 3IORA 2UVHA 3C32A 4I8CA 5CC2A 1MH4A 2R6GE 1Y4TA 3VVFA 3U92A 3T96B 3ODBA 1D9YA 3OSRA 3CSGA 3PPQA 1F9BA 2AL4A 2DE3A 4RNSA 3H6WA 2QSXA 4BDMA 4ONYA 2YJPA 2ZYNA 4ZE9A 4U22A 5FHMA 1USYH 4NF4B 3TELA 2X7QA 4QFNA 1B5JA 1FQFA 3UN6A 4YICA 3PUXE 2VP1A 4DIGA 2D21A 3AXFA 1YPNA 1LB9A 1MXUA 3GZGA 3TFLA 1USYE 2E1SA 4NF8A 4PFTA 3TTLA 3G3GA 2XX8A 1B4HA 2FNCA 1JW1A 4EUOA 3TMGA 1B1XA 2NUVA 2F6PA 3RN8A 3KSXA 5I2KA 1RKMA 3THIA 3C33A 3EHSA 2XD3A 2YLNA 5DEXA 2P0SA 3SESA 4EQ9A 4F2OA 1P1WA 1DSNA 1NKXA 4ESXA 4ZEDA 3BBRA 4HS7A 4BDRA 3TTKA 3MVZA 4H6DA 2LAOA 4PP0A 3K0VA 3U1OA 2XXYA 4OZ9A 2VHAA 2B4LA 2H4IA 2AIXA 3K01A 1JVYA 4QF9A 4F19A 3QAXA 1MRPA 4QFLA 1PBPA 2ONRA 1Y3PA 2PX1A 1JETA 4LONB 4YB7A 4GL8A 5CRYA 2R71A 3IB2A 4JWYA 1H76A 3FXRA 2A5TB 3CSBA 5B70A 4G77A 3QUFA 1BTJA 3KN7A 3FV2A 1MY4A 1IEJA 3HSTA 2XD2A 4NF4A 4XKQA 3K6VA 1XC1A 1MQGA 1JNFA 4YU0A 5JTYB 4PFUA 1HSJA 2RCAA 5CMCA 3VXCA 1LFGA 1FQCA 3IAZA 3KSJA 2GRVA 1OQHA 4WEPA 4RXLA 1OMPA 4GD5A 3E3KA 5KCJB 1P1NA 2UVGA 4LVQA 3MVWA 2HAVA 4R75A 1Y1MA 4YZZA 1I6AA 1D4NA 2THIA 5BUUA 1HSLA 1VFDA 1ATGA 1L5TA 2XXUA 2Y84A 3TQWA 1XHYA 4XKPA 1IUDA 1R9QA 2OWTA 1SYHA 2UYFA 4PFYA 4YAHX 3BFTA 1MM6A 1AMFA 5IAIA 1GR2A 5IKBA 4YMAA 1WDNA 2Q2CA 1SD3A 2I0BA 4H67A 2DP8A 2O69A 5K2YA 3TZAA 2A5TA 4WKMA 5HBCA 1S50A 3PMXA 3DRFA 4OFLA 5H8HA 2A5SA 3ZS6A 4NF5A 4N6PA 3RUMA 3PUYE 3DLNA 4H8JA 3UGWA 3SEUA 2HAUA 5AA2B 3MVXA 3KN8A 5I2NB 1MS7A 2ESNA 1OLCA 1TXFA 1Z7NE 2H5YA 1MDQA 1JEUA 3KOSA 1A8EA 1S7YA 5KCJA 4THIA 3TPAA 4NEDA 1IXGA 1SI1A 3PAMA 2NVUB 1FW0A 4IO3A 5I84A 3VDFA 3WAFA 1NH7A 2I49A 3F11A 4IY5A 5AA1A 1YTVA 2DXYA 1N04A 3SEVA 4PFWA 2HZLA 3G3JA 3QSLA 4POXA 3H7MA 1POTA 4FORA 5H8QA 3PUVE 4KYSA 4XTCQ 5CBSA 3U94A 3IL1B 4F3PA 1MM7A 1Q1KA 3D4CA 4QFPA 4EF1A 2VOZA 3RPWA 4Q0CA 1DMBA 3JV9A 4N13A 1FQDA 4JWXA 1URSA 1ZU0A 2GH9A 3SDFA 4G68C 2GFEA 5ICTA 3QXMA 3MUQA 2DYXA 3H6VA 3RY3A 3O9PA 3QYTA 4R72A 5DT6A 5DVFA 1QVSA 4U2RA 3GLBA 1M5BA 2D5WA 1JEVA 2O84X 5M2VA 1H3DA 3MW0A 2GHBA 3TODA 3C4MA 3CFXA 1JW4A 4RY1A 3B6TA 3C31A 4KD5A 3BFUA 3MP1A 2XXVA 4N07A 3ILUB 1R6ZA 3FUZA 3TEPA 3N6TA 2F78A 3MBPA 2G29A 1LAHE 3O2AA 1RYXA 2XX7A 2QS1A 3CG1A 3PUZE 3K1NA 3VXBA 5B7DA 1TFDA 4GXSB 2DE4A 4OVJA 4GQOA 1B51A 1B7UA 4ZEKA 3ZKKA 3K4UA 5ITPA 1MQHA 2FYIA 4C1UA 4EQBA 3PPPA 1URGA 5ELVA 3OELA 3USDA 3W9VA 4OHNA 4IGTA 4ZZAA 4R6HA 2F7CA 1VSOA 3FD3A 4DZ1A 3MPKA 1S9TA 4OWDA 3HO7A 4JDFA 1WVJA 1NNKA 4Q30B 1B05A 1LAXA 2V3UA 1LFIA 3LR1A 1FTMA 3IOUA 3B7DA 3FVOA 1B40A 1IZ1A 1A7LA 1Z7ME 3RNNA 5ITOA 1A99A 4OEUA 5I2KB 4OXVA 2I6EA 2ZNTA 1N84A 2Z8FA 1AL3A 1NNTA 1ELJA 3O6IA 5TU0A 2ABHA 1FQBA 2QMXA 1Y20A 3DRKA 3RQTA 2XXRA 1MXVA 2X7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FTLA 5A5XA 3KC1A 3B50A 2CEYA 1N0TA 1P1UA 2L5VA 1R1NA 4P47A 1EU8A 2B3BA 3T0JA 3C36A 4GF8A 4F31B 5AA2D 1TT1A 2ZNSA 3S4UA 1XVYA 3CVGA 4C0RA 3CG3A 2PT1A 4GRKA 2VPOA 4GWSA 3KN3A 3OEKA 5KDTA 3TYHA 4F1UA 1NV7A 3L6GA 1IMEA 3PU5A 2D3IA 1B52A 3Q29A 1ZBMA 1RYOA 5DVIA 1SW1A 4X04A 1XOCA 4GX6A 3OO6A 3KFMA 4RJZA 2AYSA 4BDQA 2I4BA 1FTOA 2ZXTA 3M3FA 1Y1ZA 3S9NC 4X1BA 2O1LA 4H5GA 1EZPA 1VR5A 4UACA 1SVXB 3CFZA 3VLVA 3VV5A 4N4UA 2DWHA 3G3KA 4R2FA 1FPGA 1LAFE 1DBZA 2DOJA 3DRGA 2XXXA 4OFJA 5ET8A 4DDDA 3K00A 3W9WA 3ILTB 3LUYA 1PEBA 3IR1A 2CMOA 2KR0A 4ELPA 4TLLB 4X8RA 1US4A 3LBSA 5I57B 4HTGA 1M5CA 1MY3A 2DE2A 3I6VA 3SKPA 2UVIA 1OVBA 4OVPA 1OLAA 1I69A 3I5OA 1SYIA 4LZ5A 1DTGA 2ONKE 2QVVA 2F5XA 2QS2A 4MHFA 3KJ7A 1JP4A 3H3GA 4DLDA 3P7IA 4GX4A 2KLFA 4KR5A 2ZZWA 4QSCA 4TQUQ 2AL5A 1YZ0A 5DYHA 4F1YA 2Z22A 3JZJA 3VVEA 3TKDA 3IOTA 2CZHA 3CR9A 4KYDA 3MP6A 3T9VA 3OO7A 2WOPA 5CMMA 4LUBA 4OQOA 1NL5A 1M5DA 4LZ8A 3ONMA 4JVIA 4BDOA 4F3GA 3FGSA 3JYRA 3SZPA 5J1DA 4PF6A 1H44A 5H8HB 2R8TA 3N5LA 5CMKA 4H1XA 3E13X 1XVXA 4NF5B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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