2HCAA

Crystal structure of bovine lactoferrin c-lobe liganded with glucose at 2.8 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of bovine lactoferrin C-lobe liganded with Glucose at 2.8 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin (Lactoferrin)
total genus 102
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hcaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hcaA02
3L6GA 5DT6A 1UIUA 2F35A 2XXXA 3FV2A 3K0VA 4KCCA 1QKAA 4MLQA 4OVJA 1EZOA 1XVXA 4G2ZA 5DVIA 1MM6A 1B7UA 3LSFB 4NF4B 4C0RA 3E4RA 1EZ9A 3S9LC 2RC8A 3MZBA 5JK4A 3KSJA 3O6IA 1R9LA 3DLNA 1B3HA 2H4IA 3I3VA 4NF5A 5DTBA 2Q8JA 3U93A 3FD3A 1B46A 2DP8A 2PBWA 2PVUA 2V3TA 1N3WA 1II5A 3K01A 3K1MA 4P11A 4U1ZA 2VP1A 3EF7A 2O7UA 1Y4TA 2Y84A 4LATA 3O28A 2I4BA 3LSXA 1NH8A 2IEEA 4IO2A 1XC1A 4YZZA 3QXMA 2H9BA 4GOTA 4OEUA 4NTLA 4ONYA 3ILUB 1I6BA 2AL5A 4Z7EA 4BLAA 3TODA 4M1VA 1GGGA 3MQ9A 2QS4A 1VE4A 2WKYA 2XXYA 2D5WA 3HPIA 1LBBA 1M5DA 2GHAA 3LSWA 4KFQA 4F1VA 4ZZEA 1M5FA 3T9VA 5A5XB 5CM6A 3CFXA 5KCJB 1UIVA 3N6UA 2I4CA 1SBPA 5KZTA 1ANFA 1EH3A 1PB7A 4GQOA 4G77A 4JBZA 3PUZE 3ZSFA 3EPEA 5AA3A 1IEJA 5TPAA 3V8XB 1N7XA 3TKDA 1B1HA 4F18A 2QS3A 2F78A 3TELA 5BWJA 2ZYKA 5KDTA 5H8NB 3PPQA 3G3JA 3T9HB 1AH5A 4I9DA 1H45A 1A7LA 1DPPA 1N76A 3H4ZA 4ISUA 2B65A 3CRBA 1TFAA 3H03A 3G3HA 4XXUA 1SVXB 4Z0IA 3G3IA 4LUBA 2GFEA 4JWXA 2YPNA 3CI8A 4EXKA 1US5A 1A55A 3E9XA 4ELOA 4NF4A 3VVDA 4H6DA 3KOSA 1B0HA 3BKIB 1BP5A 2F8DA 2HAUA 3IL1B 3EN3A 2YLNA 1LAFE 3V5AA 4ZEBA 1OLAA 4BDRA 4ESXA 4L17A 5ITPA 4OFLA 5DEXA 3RLFE 2V25A 1FW0A 2XX7A 3K2DA 3WAEA 2ZNUA 2QRYA 1WODA 1SYHA 2PYYA 1FTOA 4FE8A 1LAXA 2I58A 3Q28A 5FTIA 1LFGA 2VGQA 3IOTA 4Q5TA 4DXBA 2ZXTA 3M3FA 4QFKA 5I59A 4OENA 2RKMA 3MVWA 1D9YA 1LB8A 3SETA 5I2KA 3U1OA 3HHFA 3OSRA 4OWDA 4IO3A 4E0WA 3FJ7A 3FXUA 3OD7A 1NKXA 1VFDA 1VSOA 3W9WA 1MXUA 4YKPA 5JTYA 3M8UA 1BLFA 2Q2AA 3MZ1A 4OXVA 2NWJA 2F97A 1XT8A 3B7DA 3OO7A 4H8IA 5I56B 3MPKA 1FQEA 1QULA 3FGSA 1DTZA 3FASA 1Y3PA 1B5IA 2ONKE 5ISUA 1SI0A 4R75A 3E13X 1SD3A 2HZKA 4GVOA 1QKBA 1B6HA 2DQVA 4LZ5A 1JVYA 4QHQA 5F1QA 5TU0A 2XXVA 4MBPA 4Q0CA 3RNNA 3TYHA 1P1OA 2HQ0A 3BFTA 3O66A 3VLWA 4O3BA 3S4UA 2Z22A 2CZLA 3DM0A 3OELA 1ZJLA 5L9OA 4EF2A 2RINA 4LA9A 4OTEA 1MDQA 3GBBA 2LAOA 3S9MC 1H43A 1O64A 2F7BA 4NF6B 2R6GE 3QSLA 2HZLA 2RC7A 3O6GA 4U21A 2QMXA 2DE2A 1B9JA 1A40A 1PBPA 4XKQA 1WVJA 5FHMA 4R9GA 5AA2B 3SERA 3FV1A 3R6UA 4ZEKA 3RN8A 3JYRA 3K1NA 1MY3A 3K6WA 4GF8A 4OZ9A 1IIWA 2QL3A 2Y7IA 4YB6A 4G8HA 5I2NA 1LAGE 1SYIA 4NEDA 4YMBA 3UIFA 5J1DA 2PT1A 3C32A 1GR2A 2UXAA 2I0CA 3CSBA 5TPAB 4F1UA 5CBRA 3HSTA 1LCTA 2QS1A 3IOVA 1Y20A 4PQJA 5JTYB 3FVOA 3T22A 1Z7NE 3B6TA 4IO6A 4YICA 5I57A 4KI0E 4R6HA 4FJPA 4KPTA 3V89B 2O6AA 1UTHA 2G93A 3IB2A 1MQIA 3SDFA 5AA4B 1MDP1 2H99A 1N04A 1NFTA 4OFOA 3IO4A 3OXNA 4LQ5A 1QUJA 1MXYA 4OETA 1FQBA 4PP0A 3K1PA 4BDOA 3M3LA 1MPBA 1H44A 1JW4A 1NNTA 4H5FA 5F7VA 5FHNA 3OO8A 4IO7A 4DCXA 4OESA 1SDXA 2ZMBA 1YCJA 1IXIA 2O7IA 2UVIA 2HXWA 3LBSA 3N5LA 3EHSA 5DVJA 3CIJA 3KEIA 4TLLB 2B3BA 5DVFA 3PPPA 4GD5A 5TP9B 4ZECA 1T0KA 3QUJA 2H98A 5L9SA 1B2HA 3VVEA 3TUSA 2ZNTA 1B32A 1A99A 5EHMA 4ZE9A 3KG2A 1MG1A 3D4GA 2Q88A 3UN6A 2DE4A 3VV5A 1IZ1A 2PMSA 2DXRA 3FIRA 4U23A 5CRYA 2HEUA 3R7XA 1JQFA 4HS7A 4RY1A 2REGA 4G68B 1ZLQA 3U8QA 1R1NA 4FEDA 1IXHA 1JETA 2PT2A 1Y9UA 2XXHA 3Q29A 3ZKLA 2O51A 5H8QA 1I69A 1MQDA 2Y7WA 4C1UA 4BDMA 4F19A 1B5JA 3G7WA 4BDNA 5FHOA 4GXSB 1LLSA 3JZJA 1I6AA 2Z23A 3HCQA 1B40A 1USYH 3H6TA 4JWOA 4X1DA 4ZDMA 2ANJA 3KSXA 1FQAA 4EQ7A 1JVXA 4YB7A 5B70A 1FCKA 4GL8A 2A5SA 3ZS6A 1Y3NA 2DWHA 4KCDA 1BIYA 3KOTA 3WAFA 5KDTB 1PC3A 1BKAA 1Q35A 3GLBA 3MBPA 1MXZA 1OLCA 1Z7ME 1RYOA 4XKRA 3PUVE 5L8DA 1MXVA 4EUOA 2I3VA 2ZNSA 2Q9TA 4QF9A 1EZPA 1TFDA 4MLVA 2O1MA 3IAZA 2XD3A 4RNSA 2A5TB 1XVYA 3KJTA 4ZS9A 4ESWA 4NWDA 2HCAA 4JSOA 4RA1A 3U92A 5K2YA 1Y1MA 3MP6A 1US4A 4U4SA 1CE2A 1ATGA 1AMFA 4YKKA 3VFJA 3S9NC 1B7HA 1HSEA 2UYFA 3C33A 3QUFA 4KYDA 4NMYA 4ZEDA 3CG3A 1SI1A 3FZVA 5I59B 3IX1A 4WXJA 2DWJA 2ONRA 4YKJA 1GVCA 2GH9A 4H1XA 1MH4A 1YPNA 4KR5A 2Y7PA 3T9XB 3IJXB 4YU0A 4NWCA 2I3WA 5IKBA 1URSA 3OEMA 2VOZA 4RJZA 1S7YA 3RTWB 3TCFA 2I6EA 4OHNA 2CMOA 2O68A 1B4HA 3KJ7A 3RTFB 3CG1A 1B3GA 1MRPA 3USDA 3IJOB 1NH7A 1DTGA 2FYIA 1B05A 4U22A 4XKNA 4GXAA 1MY4A 1URDA 3ILTB 1O7TA 4OEVA 4OYVA 3FATA 3K02A 4R2FA 1SW4A 1URGA 3H3GA 2W7YA 3PPRA 4GL0A 5CI5A 4M4GA 4XIGQ 3DP8A 2XXRA 4QSCA 1IUDA 3KN3A 1OQHA 3C4MA 3I6VA 3PU5A 1RYXA 2QPQA 3KFMA 3EQ1A 4H67A 1DPEA 2OBGA 3HN0A 4LQ2A 3CVGA 2V93A 3C35A 3ECRA 3RY3A 1FQFA 3MP1A 4O3AA 2QMWA 2THIA 4K3FA 4UACA 2D21A 4QFNA 3ODBA 4G8NA 5KCJA 4X9TA 1Y1ZA 4FIMA 3SEWA 1B3EA 4KHZE 4U1OA 1OVBA 2DYXA 4FORA 4GFRA 4F2OA 1ZMGA 2V3QA 3FXQA 3TTLA 1ZU0A 1NNFA 4O3CA 5EHSA 3UK4A 2DS9A 3SEUA 3UGWA 3G3KA 1UTBA 3FVGA 4FAJA 1NNPA 4H0WA 1Y4CA 4NE4A 1PDAA 4ND9A 4KQPA 2XXWA 4JB7A 2XXPA 4IO5A 3MWBA 4ZEFA 1LGBC 1QUIA 3RUMA 1D4NA 3EHUA 1IXGA 5TP9A 1MXXA 1FQCA 2NOOA 3ONMA 3Q25A 3UP9A 1AOVA 1QJMA 1NMUA 4LONB 3SEYA 5CMBA 1PB9A 5EYFA 1EU8A 3K6UA 4LVQA 4LZ8A 4F3BA 1Y3QA 4IGRA 2OZZA 1A8FA 5H8QB 4R9FA 1P99A 3A3CA 4KD5A 2XD2A 1VR5A 2F5XA 2NXOA 2X26A 4R6KA 4R72A 4OFJA 4DLDA 1MH3A 4PFUA 1MY1A 1F9BA 3VLUA 1UQWA 4DXUA 3VLVA 4YAHX 1USYE 4NF8A 3LC8A 1L5TA 2Q2CA 3C9HA 4X1BA 3RGYA 4R73A 3PUYE 3TTKA 2DVZA 2ONSA 2ZYOA 1MS7A 2FA7A 2F7CA 3GZGA 3OO9A 3G3GA 3T93B 4LP2B 1JW1A 4EF1A 4EDPA 1B1XA 1B58A 1LB9A 3CR9A 3MVZA 4I1DA 1TWYA 4OERA 3KN7A 2A5TA 5AA2A 1LSTA 1TXFA 2Q89A 1PB8A 2ZYNA 3PD8A 4PFWA 1FTJA 4NF6A 2OWTA 3N6TA 3TDJA 4MFIA 4ECFA 2XX8A 1A8EA 3H7MA 2V84A 1MQGA 1ZIUA 3EHTA 3MUQA 4GRKA 2DE3A 2XX9A 2YJPA 1ZKBA 1FTLA 3PUXE 3H6VA 3VXCA 1FQDA 3O9PA 3IK6B 3C31A 4F39A 5CMMA 1R6ZA 4GWOA 1DOTA 4OQOA 4R74A 2DVCA 3C36A 4I8CA 4OMBA 2Z8EA 1WDNA 2IA4A 4PE5B 5H8FB 5L9MA 1D3KA 3TEPA 1UTHB 1YTVA 4NF5B 1TT1A 4EQBA 4BDLA 3MJNA 3FJGA 4MH5A 1N0TA 3VVFA 3PMVA 5K2XA 1BTJA 1JNFA 1MQJA 2F36A 4Q30B 5DYHA 2VD3A 4X48A 4JXIA 5M2VA 5AE4A 1N7WA 3E3KA 2QS2A 2AIXA 3B6WA 2E1SA 4JDFA 4ELRA 1MM7A 4YMAA 3I5OA 4C1TA 3V83A 1OQGA 4N13A 4DXCA 5CC2A 1MY0A 1MQHA 2I48A 3GBAA 1HSJA 3DELB 3UA8A 3HO7A 3BBRA 5IAIA 4DCYA 4IB2A 1B51A 1N84A 3F11A 1M5CA 2O1LA 2P0SA 3FJMA 2OJTA 4RXLA 4ZZAA 1B5HA 5B7DA 1FTKA 5BUUA 5ICQA 1H3DA 1SQYA 2GHBA 2R71A 3K4UA 4JWYA 2OCUA 2XHDA 2QSXA 2O69A 3Q27A 3OEKA 3FXRA 5I2NB 3QAXA 4RK9A 3MC2A 2F7AA 3VXBA 3OOAA 4PETA 1JEVA 3IORA 3H06B 1LBCA 3CFLA 3P7IA 3PPOA 4KYSA 4P0IA 4QFLA 3TQLA 2G29A 4MF3A 2ESNA 5ICTA 5HBCA 5AA4A 3GXAA 3JV9A 3PGFA 3VE1B 4IO4A 2ALUA 4KYEA 2XXUA 2M8CA 3MPLA 4F3PA 1MPCA 2R9JA 1DSNA 3O97A 1P1QA 4GIZA 5I56A 1LCFA 1LAHE 3IR1A 2RC9A 1OIBA 2F6PA 3KGCA 1JEUA 1QW0A 2UVJA 1D9VA 1LFHA 4LZ7A 4FEBA 4HCWA 3U72A 5A5XA 3FVKA 4DE8A 3D4CA 3QIMA 1GV8A 3CFZA 3Q26A 3O29A 5JEIA 3IOWA 2Y7KA 4WEPA 4H65A 2XXIA 1SW5A 3K00A 1S9TA 4AB6A 4F2QA 1S50A 5FTHA 1UTBB 3G3FA 1NNKA 4N6PA 1HSLA 2QJEA 4QRZA 4F31B 1IXCA 3BFUA 1MY2A 2OLBA 3THIA 5AA1A 4ELQA 1P1WA 5AA2D 3CSGA 4QFPA 2UVGA 1B0LA 5I58A 2VHAA 1B4ZA 3A3UA 3OSQA 3KZGA 3SEVA 2RF1A 1NL5A 2AYSA 3SEXA 3C34A 1A54A 2FNCA 3VDFA 4RK2A 2DWIA 1FTMA 3IOUA 4F29A 3PV0E 4N07A 5H8FA 1RKMA 1DMBA 4I62A 4EXLA 2RCAA 5H8SA 1MXWA 3TPAA 4ZE8A 4ELPA 1P1NA 1P1UA 3TTNA 1AIVA 4R2BA 2OWSA 2Y7RA 4TOZA 3H6UA 1YAEA 3U94A 1O63A 4POWA 1J1NA 3DP6A 3FVNA 5H8NA 3RT6B 3MVYA 3OENA 3TAJA 2NUVA 4QSDA 1POY1 1SW2A 1OVTA 1VFEA 1XHYA 5I57B 4G4PA 3KBRA 4YKIA 4HW8A 1B3LA 1I6QA 4IY6A 4EQ9A 4THIA 2GRVA 3N94A 3TCHA 3W15C 2NVUB 3TMGA 3IB0A 1CB6A 2I49A 3ZKKA 4DIGA 1PBQA 3MP8A 4HCYA 2H25A 3OMBA 2P1SA 1B7ZA 1R9QA 2B3FA 4GLIA 2P2AA 5H8HA 4G68A 4XTCQ 1QVSA 2PX1A 1ZBMA 5I2KB 4F3SA 4IY5A 3AXFA 1MPDA 1AL3A 2DXYA 3O2AA 4G8MA 3IB1A 1XS5A 1IITA 4H8JA 3SKPA 1QUKA 3T66A 4AQ4A 2DSFA 4F22A 4DZ1A 5ITOA 2F34A 3MAMA 4RYAA 4RPOA 3PMXA 5DEXB 3R26A 4PFYA 3RQTA 4H5GA 3TFLA 3N26A 3TQWA 3TTRA 4E0XA 3M3KA 1JW5A 4G68C 3QYTA 1M5BA 3PUWE 3H6WA 5CMKA 4YB5A 1ELJA 3KN8A 2X7QA 3TTMA 5CBSA 3LSLA 4TLMB 3PD9A 4QSEA 3RT8A 4P0GA 3T96B 1OMPA 1ZTYA 4RPNA 4TQUQ 2AL4A 3LR1A 3SESA 4AB5A 2O84X 3S2VA 2H5YA 4POXA 3UORA 2VD2A 4F1YA 1IQ7A 1Q1KA 2I0BA 2OK2A 2RCBA 3HHGA 2ABHA 4U4XA 3T9UA 2REJA 3O6HA 3OO6A 3TZAA 1SW1A 2XXTA 2HAVA 3MVXA 4PFTA 5ELVA 2UYEA 4FATA 2Z8DA 3DP4A 2E0SA 2V3UA 3L6HA 1PEBA 3LUYA 4JSDA 3RPWA 5H8HB 3S9EA 3IO6A 2F6GA 3PMWA 4HTGA 4Q8RA 1XOCA 4XKPA 4U2RA 3FUZA 5I58B 5HM4B 1LFIA 2UVHA 1B52A 1N3XA 3K6VA 4QFOA 4R6YA 4F3GA 5LOMA 3TCGA 3PPNA 1KWHA 1GTKA 2X7PA 1M5EA 2BJJX 3A09A 4NF8B 2D3IA 4WEDA 1H76A 2Z8FA 4ZEIA 4DDDA 5HPQA 2XXQA 3W9VA 3MW0A 4WKMA 2ZYMA 4BDQA 3QK6A 4UA8A 2KLFA 2DOJA 5CMCA 2HFBA 5I84A 4IGTA 3MZ9A 1B3FA 1POTA 3HV1A 2DWAA 3K6XA 3B6QA 4FECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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