2HCAA

Crystal structure of bovine lactoferrin c-lobe liganded with glucose at 2.8 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin (Lactoferrin)
publication title Crystal structure of bovine lactoferrin C-lobe liganded with Glucose at 2.8 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 102
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hcaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hcaA02
2OWTA 4OWDA 5FHNA 5FHOA 1IUDA 2UVGA 5DT6A 1FTOA 4P0GA 2XXPA 2AIXA 3KFMA 1N3WA 4OETA 5ICTA 1Y20A 3QIMA 4FECA 5IAIA 4HTGA 1CB6A 4OESA 4N07A 3I3VA 4OTEA 4FEDA 1US4A 2H5YA 4ZEKA 2I3WA 4IB2A 3CFLA 1LLSA 5DTBA 1RKMA 4EUOA 3FVGA 1I6QA 3C9HA 4XTCQ 3T96B 3GLBA 4GWOA 5I58A 4OEUA 2UVIA 1A8EA 3CG1A 3CI8A 4G4PA 4NF4A 2I49A 1BLFA 4GVOA 1HSEA 1ATGA 1M5DA 1UIVA 3DP4A 1PBPA 4AQ4A 3K6WA 3CFXA 1PDAA 4RK2A 3VV5A 4LATA 4ESWA 3TTMA 3K1PA 2QS3A 1Y1MA 5A5XA 3IB0A 1USYH 1B3FA 4PE5B 3TTLA 4P0IA 3OO6A 4DCXA 4IGTA 1ZKBA 2F8DA 3RTFB 4YZZA 3EQ1A 1R9QA 4X1DA 4R6HA 4MH5A 3ZKLA 1MQHA 4JWXA 2Z8DA 4QFLA 3KOSA 2R71A 1B9JA 3HPIA 1SYIA 1QVSA 4WKMA 4RPNA 3E3KA 2GH9A 3MUQA 2HFBA 2OJTA 3SESA 4FATA 3TQWA 2HCAA 2HXWA 3OELA 3CRBA 3R26A 5DYHA 5LOMA 2NXOA 4NMYA 3IOVA 1LAFE 5I56B 1MXYA 1MQDA 4U1ZA 3M3FA 2QS2A 3N26A 3LC8A 4Q0CA 3Q29A 1N3XA 2ZNUA 3V83A 3MZ1A 2O69A 4U21A 3MP6A 5TPAA 1QULA 3SERA 1R6ZA 3MP8A 4QFOA 3MP1A 1VE4A 5DEXB 1VSOA 3WAEA 2UXAA 1LFHA 3RQTA 4G68C 1Y4CA 2PYYA 2Y7RA 3KBRA 1XC1A 2PBWA 4HCWA 3U92A 1UTBB 3S2VA 4F31B 2P2AA 3LBSA 2H25A 1OQHA 5I2KA 3MWBA 1FQAA 5KDTA 3QUFA 4DLDA 2QPQA 3P7IA 4LZ8A 1WDNA 1I69A 1IQ7A 3MVYA 4OFJA 4RY1A 4MLQA 3UIFA 5AA1A 2V3TA 4ECFA 1US5A 2XD3A 4UACA 4NTLA 4XKNA 4G68B 4XKRA 4F2QA 3UN6A 3PUXE 1MQJA 3FIRA 3IOUA 2ABHA 2RF1A 1DSNA 4U1OA 2VOZA 4PFYA 3KN8A 4X1BA 2XXTA 1XVXA 4YB7A 1N0TA 2NWJA 3RPWA 1AH5A 1N7XA 3IOWA 3GZGA 4JB7A 4TLMB 4NWCA 1NH7A 3IO4A 4FORA 3RUMA 1DMBA 5HM4B 1LFIA 1XS5A 3SKPA 2I0CA 4ZS9A 3MBPA 4H65A 3SDFA 4Z0IA 1N7WA 1D9YA 1IITA 1IXHA 5H8QA 5H8FB 5I2NB 2Y84A 2X7QA 4ELPA 4ELQA 3CIJA 4OYVA 4KPTA 2XX7A 3CSGA 3PMWA 1Y9UA 4U2RA 1MPCA 4ZDMA 3W15C 1XVYA 3SEXA 4QFNA 2I58A 3KGCA 2O7UA 4GIZA 3W9VA 1IXCA 1LCTA 2XXIA 3KSJA 3RLFE 1UTHA 1QKBA 3V89B 3H3GA 1I6AA 2I3VA 1TXFA 5H8NB 1LAXA 2UVJA 5FTHA 2B3FA 4OENA 2XXHA 3PPOA 3UP9A 1S7YA 2QL3A 3TCGA 1JEUA 1ZIUA 1MXUA 3FD3A 4ISUA 4EF2A 3MPLA 4GFRA 1JW5A 4ZEBA 3KG2A 1O63A 3B6TA 1H43A 3PPPA 4EQ7A 1O64A 1J1NA 2DS9A 1B4ZA 1M5CA 4TQUQ 2ZYMA 4ZE9A 1N84A 1LCFA 1N76A 2XXYA 4P11A 4HW8A 1B0HA 3VLVA 4GXSB 3EF7A 3MJNA 2F97A 3RNNA 2UYEA 2D3IA 1PC3A 3ONMA 2HZLA 1HSLA 2F5XA 5TP9A 1FQBA 5K2YA 2Y7PA 3G3HA 2E0SA 3EHUA 2OZZA 1MY3A 3FV1A 1OIBA 5L8DA 4MLVA 1FW0A 1TWYA 4OFLA 5JEIA 2DSFA 4RJZA 2Y7KA 1SW1A 2REGA 3TPAA 4YMAA 1Z7NE 3RTWB 1MM6A 2DQVA 5BUUA 3VXBA 4BLAA 3H6TA 1R1NA 4G77A 4NE4A 4ZZEA 2DXRA 3E13X 5I56A 1JVYA 2Q2AA 3FJGA 3E4RA 5I59A 2RKMA 1B1HA 3OD7A 1LAGE 1ZLQA 1H3DA 3JV9A 4F2OA 5JTYA 1MXXA 1FTJA 2ANJA 3G3GA 3K6XA 3EN3A 4KYEA 1RYXA 1POY1 1OMPA 4OERA 2RC9A 1P1QA 4WEPA 2A5SA 3OXNA 1YPNA 3HHFA 1TFAA 5H8HB 2D21A 4LA9A 1EH3A 5EHSA 2KLFA 1EZOA 4KR5A 2R9JA 3V5AA 1NFTA 4C1TA 4BDNA 4NF8A 4OEVA 4DZ1A 3T66A 3H7MA 3QXMA 1FTMA 3PUZE 1MRPA 4X9TA 5AA2A 5CMBA 4R2FA 2F6PA 3O6IA 4ELRA 3VVEA 1EZ9A 2DYXA 3TODA 4O3CA 3OEKA 1A7LA 2H4IA 1WODA 3SEVA 3JYRA 3U94A 1QJMA 3BFUA 4NF5B 4YKKA 5CBSA 3D4CA 2GRVA 3PMXA 1MY2A 4FIMA 4F1UA 2REJA 2V3UA 3QK6A 2O1LA 2V3QA 1BKAA 2O51A 2ZYKA 3T22A 3IB2A 1VR5A 2HZKA 3FVOA 5L9MA 3T9VA 4FJPA 1SQYA 2Q2CA 3CVGA 3RT8A 3TUSA 4H8JA 4H6DA 5ICQA 2QS1A 3K6UA 1OLAA 5CI5A 4QSDA 5TU0A 3GBBA 3MW0A 5B70A 2DP8A 5H8FA 4YICA 3UORA 3K6VA 4OVJA 3U8QA 5I57A 1F9BA 3C32A 4GRKA 1FTKA 4JSOA 1B7HA 3H6VA 4ZEIA 3FASA 1M5EA 4R9FA 1LB8A 3FV2A 4ZECA 1B05A 3QYTA 3LR1A 1LFGA 5F1QA 3ODBA 1XT8A 1O7TA 2ZNSA 4PP0A 4F1YA 4HCYA 2XXRA 4PFTA 1H76A 3OMBA 4Q5TA 1B46A 2GFEA 3ECRA 3K02A 1D4NA 1Y3QA 3C31A 3OO9A 1D3KA 2E1SA 3TTNA 1N04A 4G8MA 2I4CA 4AB5A 1Q35A 1DTZA 5AE4A 3B7DA 1MPDA 1GVCA 3T9HB 4DIGA 4R2BA 3G3FA 2F6GA 2THIA 4WXJA 2ZXTA 4YAHX 3B6QA 3UGWA 4XIGQ 3HCQA 3HV1A 1NNTA 4N13A 3MZBA 1FTLA 3H03A 2Y7IA 1ZU0A 3Q27A 2CZLA 3OSQA 1LAHE 1B58A 1S9TA 3A3CA 2OLBA 1OQGA 1DTGA 3T93B 2VHAA 3VLWA 4F3PA 1TFDA 2XX8A 3ZS6A 2F7BA 1GR2A 1B32A 4EDPA 4E0WA 4QHQA 4DXCA 3R7XA 1SI1A 1IXGA 2AYSA 1AOVA 4QFKA 2Z22A 4OXVA 1PEBA 3PMVA 4U4XA 4BDLA 1BP5A 1JEVA 3HHGA 2FA7A 4ZZAA 1EU8A 4OMBA 1B3HA 5H8SA 5CM6A 1NL5A 2DVZA 3TTRA 3LUYA 2V84A 1B7ZA 4GD5A 1YAEA 5JK4A 5I58B 2ALUA 1MDP1 4NF4B 4MF3A 5B7DA 4GOTA 2O7IA 4EXLA 1B3EA 5KCJA 2F35A 3R6UA 3M8UA 4YKPA 4NF6A 4ZEDA 5AA4A 2I48A 3CG3A 5A5XB 2QMXA 3S9MC 2DE2A 1NMUA 1MXVA 4KD5A 1P1UA 4JSDA 4F3BA 1ZTYA 3EHSA 2VGQA 4R73A 1MH4A 1II5A 4R74A 2DWHA 2DWJA 3TELA 4LQ5A 3RT6B 2IA4A 3IORA 4H5GA 4F18A 4O3BA 3M3LA 3O6GA 3OEMA 1NKXA 2B3BA 3TKDA 1B3LA 1DOTA 4GLIA 4PETA 4F29A 1XHYA 3PPRA 4LQ2A 4EQ9A 2DWAA 3BFTA 4H8IA 2W7YA 1LBCA 1A8FA 2I4BA 1IXIA 1H44A 5AA3A 2YPNA 1WVJA 3FZVA 3PD8A 2OCUA 2HQ0A 2OBGA 3TCHA 1B2HA 3FXUA 4BDRA 3C4MA 1SW2A 3O9PA 3DLNA 4QSCA 4OZ9A 2H99A 3VVDA 4F3GA 4ZEFA 1ZBMA 2X7PA 1IIWA 1B5HA 4LVQA 2ZYOA 2QMWA 1B52A 3IJXB 3VFJA 5F7VA 3KN3A 4F19A 5IKBA 4THIA 2X26A 3IX1A 2B65A 2PT2A 1KWHA 4I9DA 1MH3A 2RCBA 2RC7A 5FHMA 1URDA 5I2KB 1B5JA 2XHDA 1B1XA 1LBBA 1AL3A 5KDTB 3BKIB 3IK6B 3RGYA 3TDJA 2I6EA 1EZPA 1AIVA 1FQFA 4R72A 4JWOA 3OSRA 5ISUA 3EHTA 1T0KA 4YB5A 2RC8A 4C0RA 4BDOA 4R75A 3TAJA 1MPBA 3FGSA 3JZJA 3VXCA 4QFPA 1MM7A 3ZKKA 3PPNA 3N6UA 1MDQA 1HSJA 4GXAA 1BIYA 1Y3PA 1YCJA 3QSLA 3H6UA 2P0SA 1MY1A 4ND9A 4XKQA 2V93A 1B4HA 3EPEA 1B3GA 1FCKA 2CMOA 2XXUA 5EHMA 5FTIA 2XXVA 4KCDA 5DEXA 3ILUB 2Q8JA 2H9BA 3SEUA 3K0VA 4GL0A 4KYDA 3IO6A 4LONB 4JBZA 2P1SA 5H8QB 2DE4A 1SYHA 1BTJA 1UTBA 3H06B 3GBAA 1FQDA 4IO7A 1CE2A 1TT1A 5CC2A 4ZE8A 3IR1A 3PU5A 3A09A 3PPQA 3MC2A 1GV8A 3TTKA 1DPEA 3SEWA 2F34A 5CMMA 5AA2D 4U4SA 2NVUB 2ONKE 4EF1A 5HBCA 4PQJA 3FATA 1GTKA 1B40A 2RCAA 4H1XA 2R6GE 3IB1A 3Q25A 1ANFA 3O97A 3ZSFA 1P1WA 2O6AA 4G8HA 1UTHB 4G68A 3N5LA 3KJTA 1PB7A 1I6BA 3T9XB 4MFIA 2IEEA 1Y3NA 3S4UA 2UVHA 3N6TA 4BDMA 2XXXA 4I8CA 4IO2A 5ITOA 2Z8FA 2NOOA 3IJOB 2D5WA 1MY0A 3K2DA 5I84A 2F78A 1SBPA 2G93A 2BJJX 4BDQA 2PX1A 3CFZA 3USDA 2H98A 1JETA 3L6GA 1MXWA 4Q30B 3LSXA 2NUVA 3HSTA 3FXRA 4NEDA 3IAZA 4H0WA 3SETA 1PB9A 4LZ5A 1SDXA 3F11A 1A54A 1FQEA 4YKJA 4ESXA 1D9VA 4LP2B 4KFQA 5I2NA 5KZTA 2QS4A 1ZMGA 3E9XA 4H67A 3K01A 4DCYA 3WAFA 1JW4A 3UA8A 3DM0A 3CR9A 4KCCA 1M5FA 1P1OA 1ELJA 5DVJA 2O84X 5CRYA 2ZNTA 4K3FA 1A40A 3THIA 1B7UA 5TP9B 4YMBA 3MQ9A 1Z7ME 1MXZA 3N94A 2ZYNA 4R6YA 1LB9A 3Q28A 5ITPA 4R6KA 4KI0E 2AL5A 1DPPA 3MPKA 4NWDA 4UA8A 4H5FA 5H8NA 2QJEA 1LSTA 3U72A 3PD9A 3QAXA 2HAVA 3O6HA 5DVFA 2VD2A 2QSXA 2Z23A 4IO3A 5I59B 3TEPA 1SW5A 4EQBA 1PBQA 2FNCA 1SD3A 2Q89A 1B0LA 1USYE 2ESNA 5JTYB 2A5TB 4OQOA 4JDFA 1UIUA 1ZJLA 3RN8A 3K00A 5J1DA 2Q88A 3O2AA 3FJ7A 3QUJA 1NH8A 4DXUA 4IY6A 2GHBA 4QF9A 2DE3A 4I62A 1JNFA 4NF8B 1IZ1A 2QRYA 4EXKA 1L5TA 4GL8A 5ELVA 4FAJA 2VD3A 3T9UA 5AA2B 3LSFB 1M5BA 3AXFA 4Z7EA 4RNSA 1B5IA 4LZ7A 1P99A 3G7WA 2V25A 3I6VA 2ONSA 5CMCA 4RXLA 3CSBA 1QW0A 3TYHA 3OENA 5CBRA 2M8CA 3HN0A 4FE8A 4RK9A 4JXIA 3W9WA 2LAOA 1AMFA 3OO7A 4PFUA 4ELOA 3KN7A 4F1VA 1NNKA 4AB6A 2RINA 3IOTA 2VP1A 1H45A 3K1MA 3U1OA 3VE1B 2WKYA 2GHAA 3UK4A 1JVXA 3C34A 2XXQA 4KYSA 4PFWA 3PUYE 4KHZE 2F7CA 4IGRA 3DELB 3H6WA 3KJ7A 3OOAA 4POWA 2F36A 4M4GA 5BWJA 4DE8A 1URSA 3S9EA 1YTVA 1GGGA 5H8HA 3TZAA 3G3KA 4JWYA 1SI0A 3LSLA 1SW4A 3IL1B 4I1DA 1QUKA 1B51A 3Q26A 5HPQA 3C36A 2AL4A 3G3IA 2PMSA 3DP6A 1MS7A 1R9LA 4R9GA 5I57B 1MQIA 4E0XA 1XOCA 3H4ZA 2XD2A 4Q8RA 2ZMBA 2XX9A 3B6WA 2PVUA 3FXQA 3KOTA 3MAMA 2DXYA 2DVCA 4NF5A 4IO5A 4G8NA 2Q9TA 1A99A 1NNPA 4N6PA 4TLLB 1Y4TA 3HO7A 5M2VA 3FUZA 3MVZA 2Z8EA 4IY5A 2HAUA 5L9OA 2XXWA 1VFDA 3DP8A 1POTA 3K1NA 4C1UA 3TFLA 4OHNA 2G29A 5TPAB 4G2ZA 4DXBA 3LSWA 1RYOA 3TCFA 3C33A 3A3UA 2FYIA 1URGA 4DDDA 5CMKA 4XXUA 4TOZA 3ILTB 3O29A 1A55A 3PGFA 4KQPA 2OWSA 3BBRA 1OVTA 5K2XA 1LGBC 1UQWA 3PUVE 3VLUA 2Y7WA 4F3SA 3K4UA 4XKPA 4HS7A 3MZ9A 4RA1A 1QKAA 3VDFA 4FEBA 4IO6A 1Q1KA 4RYAA 3FJMA 4M1VA 1MY4A 1FQCA 3D4GA 3KZGA 2ONRA 5DVIA 3MVXA 3MVWA 3U93A 3GXAA 4QRZA 4QSEA 4POXA 2HEUA 1NNFA 2O1MA 2PT1A 3FVNA 4X48A 3C35A 1IEJA 4YB6A 3KSXA 1B6HA 1PB8A 3S9NC 2I0BA 3V8XB 4U22A 4GQOA 4F22A 5L9SA 3L6HA 3FVKA 4F39A 2O68A 3SEYA 5EYFA 2DWIA 4O3AA 2YLNA 3G3JA 3O28A 1QUIA 1Y1ZA 4U23A 3I5OA 4YKIA 1OVBA 2F7AA 3KEIA 1MQGA 1VFEA 1MG1A 3PUWE 1JQFA 3TQLA 2UYFA 1QUJA 3RY3A 4OFOA 5KCJB 4MBPA 4WEDA 4YU0A 1JW1A 3VVFA 4LUBA 3PV0E 2A5TA 4NF6B 5AA4B 4IO4A 3TMGA 4RPOA 1OLCA 4L17A 1S50A 3M3KA 4GF8A 2DOJA 2YJPA 3OO8A 3O66A 1SVXB 1P1NA 3S9LC 2OK2A 4ONYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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