2RKMA

Structure of oppa complexed with lys-lys
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2rkmA02
1DSNA 3LSWA 2GRVA 1EU8A 1D4NA 3C4MA 1NH8A 3PU5A 3IOVA 2GHAA 2HAUA 4PETA 3K4UA 4OFLA 2QJEA 4EF2A 3MP1A 4M4GA 1ZLQA 3K1NA 2DXYA 3HHGA 4FEBA 3OSQA 3EHSA 3S2VA 1PBQA 1POY1 4XTCQ 1IQ7A 4F1UA 3MVWA 3RQTA 3TTNA 1B2HA 5CMCA 1P1QA 3FXQA 3LUYA 4FIMA 5I2KA 4QHQA 4O3AA 3QUFA 1MDP1 4I9DA 3K1MA 4DXCA 3VVEA 2XXXA 2Z8EA 3CSGA 1QUJA 4NF5B 3U1OA 3H3GA 4XXUA 4DDDA 3PPQA 4GLIA 1TT1A 5BUUA 1M5FA 4R75A 1Z7ME 3RT8A 2Y7KA 3UN6A 5HBCA 2Z23A 4Z7EA 1B05A 5CBRA 3HSTA 3KZGA 1YTVA 4U1OA 3LBSA 1AIVA 3WAEA 3RLFE 4G77A 1I69A 3EHTA 2XXTA 3C35A 3SEUA 4N6PA 3N5LA 2WOLA 2R71A 3MC2A 3TQWA 3LSXA 3VFJA 4BDMA 4EQBA 2VD2A 1US4A 3B6WA 2B3FA 2QPQA 1R9LA 1RYXA 1T0KA 1NL5A 2F8DA 2F7CA 3E13X 2XX8A 3MP8A 3SERA 3FXUA 1JNFA 1BIYA 3DRJA 3G7WA 1POTA 3ZS6A 3IX1A 3FASA 1M5BA 3DM0A 3TTKA 1BKAA 5FTIA 1AL3A 3CG3A 3KJ7A 3H6UA 3DP8A 2Q2AA 5H8FA 4JWOA 1LCTA 5KDTA 2ZNSA 1R6ZA 5EYFA 3OO7A 3MJNA 1UTBA 5L9SA 2F7AA 4GQOA 4U23A 3G3FA 3Q29A 4HCWA 1QVSA 1PB8A 2OCUA 3FIRA 3TCGA 2UVJA 3VDFA 1M5DA 1HSLA 1B4HA 2XXYA 4OYVA 2G93A 3OELA 3ZKKA 4ZDMA 4GFRA 1N7XA 3Q25A 3SDFA 4ZEDA 4OEVA 4BLAA 1A8EA 3S4UA 3JYRA 1VSOA 3GLBA 4ELOA 3A3UA 2WKYA 1SW2A 4YB7A 3OO8A 4ONYA 4MBPA 5L8DA 4Q30B 3OXNA 4OQOA 1DPPA 4TQUQ 3FV2A 4O3CA 2REGA 4IO2A 3TAJA 3S9NC 1R1NA 4N07A 5I58B 4IGRA 2HEUA 2YPNA 4F3BA 2QS4A 2D3IA 1A40A 1MS7A 1ANFA 2DSFA 1PB9A 3VV5A 2HZLA 1P99A 4LZ5A 3ECRA 1B3EA 2BJJX 4GRKA 1VFEA 4ELRA 1S9TA 4YU0A 1A7LA 2I58A 1B32A 5JEIA 1ZMGA 5EHSA 3RPWA 4LA9A 3IR1A 1B5IA 2IEEA 5I2NA 4ZEIA 3G3GA 5I59B 4KYEA 1NNKA 3OMBA 1WVJA 5AA3A 2RCBA 3U8QA 1SW1A 3SETA 4UACA 3L6HA 3Q28A 4F39A 1IXCA 2V93A 3H6WA 4MLVA 4YMBA 5EHMA 2REJA 3IK6B 3TMGA 1CB6A 3OO9A 1L5TA 4GL8A 4NF4A 3TFLA 1D9VA 1IEJA 3O9PA 4KYDA 3E4RA 3MUQA 5AA1A 2B3BA 1JETA 4TOZA 1OVBA 1XVYA 5DTBA 4H8IA 5J1DA 4UA8A 3TPAA 2OWTA 4OETA 4LVQA 1GR2A 3TELA 4LZ7A 3FGSA 1OLAA 2I49A 4YKJA 5BWJA 1BP5A 3MZBA 4G2ZA 2HZKA 4KR5A 3FATA 1SW5A 4QFKA 1HSEA 3PUWE 3K01A 2ZNUA 4PP0A 4RY1A 3V89B 1SD3A 4G68A 1B3LA 1SI0A 1LLSA 1MY1A 3M3KA 1YPNA 2X7QA 3K2DA 2QS2A 1GV8A 2OWSA 2UVHA 1GTKA 4BDRA 1DTZA 3MAMA 3FTOA 1FCKA 5I84A 2H98A 2F97A 3F11A 3THIA 4C1UA 4R2FA 5AA4B 1Y3NA 1FTMA 2NWJA 2VHAA 5I57B 1OVTA 3FJGA 4NE4A 4NWCA 2CZLA 3WAFA 4R6YA 4EF1A 4IO7A 1M5CA 4YAHX 3UGWA 1B52A 3RTFB 4QF9A 1QW0A 2DYXA 2Y84A 3FUZA 3JZJA 2HXWA 4AB6A 1N76A 1P1UA 4F18A 1N84A 2ZNTA 2ESNA 1MXZA 3PMWA 5AA2B 2E0SA 5H8QB 5FTHA 4LATA 3TEPA 3T96B 1S50A 1NKXA 5ISUA 3HN0A 4KHZE 4PFWA 3OD7A 4EQ7A 3TCFA 3T9HB 1ATGA 3CFZA 2RC8A 4P0GA 4RA1A 3OSRA 1R9QA 4THIA 3MPKA 1JW4A 3FVOA 3IOUA 5FHOA 3QXMA 2DWIA 4IO3A 1H3DA 3E9XA 3CHGA 3MZ1A 3D4CA 5DVFA 2YLNA 1IIWA 2QMXA 5ELVA 1O7TA 5L9OA 2DOJA 1Y4CA 2IA4A 2PX1A 4OEUA 4F29A 4GWOA 4POWA 1JW5A 1B1HA 2ALUA 2ONSA 2P2AA 3IO6A 3TTLA 2DE2A 4BDOA 1D3KA 1DOTA 3DELB 4GXSB 1P1NA 2R9JA 4N13A 3A3CA 3B6QA 4XKRA 3ILTB 4G8NA 3IJOB 3H7MA 1MQHA 4JB7A 1B58A 3MVZA 2QL3A 3MQ9A 4YKPA 1FTKA 2QSXA 3PMVA 1UTHA 3BFUA 3U72A 3DP4A 2DE4A 4RYAA 4NF8A 5K2YA 1QKBA 5JTYA 2DVCA 5FHMA 2F35A 4H67A 2NOOA 1FW0A 1II5A 4L17A 4GF8A 5TP9A 5HPQA 3H6VA 4U22A 3PUVE 4M1VA 5KCJB 3HPIA 4YKIA 3OENA 1FQDA 2VP1A 2Q89A 1B4ZA 4C0RA 4R73A 4F2OA 3LSLA 3TCHA 5ICQA 4H8JA 1MH3A 5KZTA 5I56B 2O7IA 1EH3A 1A54A 4JXIA 4OESA 3FVGA 2V3UA 1LFHA 3PGFA 2M8CA 2UYFA 4GD5A 1MRPA 1SI1A 4DZ1A 4EDPA 2F7BA 4BDQA 1IITA 4NF5A 1AOVA 1B5HA 4G8MA 3FJMA 4K3FA 5K2XA 1SDXA 1B3HA 3PUYE 1J1NA 3O2AA 1DMBA 3T9UA 1N3WA 2I3WA 5H8FB 2DVZA 5KDTB 4LQ5A 4RXLA 3CFLA 4ZEKA 3SEVA 5TU0A 4OXVA 1NNPA 3VXCA 1MQDA 4H65A 3H06B 2O1LA 4R9FA 5CI5A 4R74A 1N0TA 1LCFA 4ZZEA 2GH9A 1IUDA 2RC9A 1B0HA 2A5TA 2O68A 1BTJA 4RK9A 2I4CA 4JBZA 2V25A 2P0SA 2DWHA 4RPOA 1Y20A 1SBPA 1TFAA 4X1DA 1Q35A 4MH5A 3PUXE 3P7IA 4IO4A 3T66A 3Q26A 2V3QA 4NMYA 2UYEA 3I3VA 1QJMA 1B5JA 2PYYA 3SEYA 3GXAA 2LAOA 1NMUA 3H4ZA 4YB6A 1JVYA 3ZSFA 1B3GA 3SEWA 2Y7IA 4OMBA 2X7PA 4ZEBA 3MWBA 3RUMA 1USYE 3PUZE 4U21A 2XXQA 3JV9A 3M3LA 2Q88A 1OQHA 4GXAA 1B7HA 3DRIA 3K00A 3IL1B 3USDA 1Z7NE 3VVDA 4DLDA 2UVGA 2AL5A 1AH5A 5DT6A 4G68C 3VVFA 3IOTA 4F3GA 1MY0A 4XKPA 1UIUA 1JW1A 1MG1A 3C33A 2R6GE 2ZYOA 4KCDA 3CI8A 2I0BA 3U94A 4YZZA 2F36A 3KN3A 1I6AA 5CRYA 5DEXA 1OIBA 5IAIA 5H8NA 3S9LC 4Z0IA 4YKKA 2DS9A 3TZAA 1VFDA 5TPAB 1XT8A 1MXYA 3MBPA 4H6DA 4NF6B 3FV1A 4PFYA 4RNSA 5B7DA 3KSXA 2XHDA 1MY2A 4U2RA 3EQ1A 1Y1ZA 3QIMA 1TXFA 4R9GA 5CC2A 3GBAA 3IB2A 4I1DA 1ZTYA 5A5XB 1MY4A 5H8HB 4C1TA 1FTJA 4DCYA 3IAZA 4OHNA 1B0LA 4FJPA 3QUJA 4IGTA 3FD3A 3I6VA 4XKNA 1EZOA 4F3SA 2AL4A 4TLLB 1B1XA 1A55A 3K6WA 3K6XA 4ESXA 3R6UA 4H5GA 3RTWB 4G68B 1B46A 3C34A 4JWXA 3IB1A 3CRBA 5DYHA 4ECFA 2XXUA 2RC7A 1LAFE 3RN8A 1SQYA 1URGA 4KCCA 3CG1A 1B9JA 3L6GA 1RKMA 5CMBA 2DQVA 5LOMA 2Q8JA 5FHNA 2OJTA 4OTEA 4WXJA 4G4PA 2O7UA 1ELJA 1MM7A 4X1BA 1SYIA 2QRYA 3ONMA 2I48A 2UXAA 1LAGE 1QUIA 4ELQA 2RCAA 4DXBA 2XD3A 1DPEA 1PC3A 1LGBC 5ITOA 1XVXA 2I6EA 4OERA 3N26A 4JWYA 1JQFA 5CMKA 2OLBA 1NNFA 4H5FA 3K0VA 4F1VA 1WDNA 2E1SA 3G3HA 3R7XA 3IJXB 2WOKA 3AXFA 3G3JA 4X9TA 4PFUA 3DRHA 4IY6A 2ZYMA 3K1PA 4KYSA 3ZKLA 4ZE8A 1TWYA 3PAMA 2PBWA 2QMWA 4HTGA 4QSDA 4F3PA 4H0WA 3RYAA 1ZJLA 1N04A 4F19A 1IXHA 4AB5A 4XIGQ 1A99A 2G29A 2NVUB 2XD2A 3VE1B 1BLFA 1PDAA 4F31B 2PVUA 1MQGA 2ANJA 3PD8A 3IO4A 3HV1A 2DXRA 3ILUB 3RY3A 2FNCA 5ITPA 2H5YA 5M2VA 3IORA 4AQ4A 2UVIA 2B4LA 2Q2CA 3V8XB 1O64A 4Q8RA 5AA2A 1QULA 3B6TA 1Y3PA 4YMAA 2VD3A 1PBPA 1UTHB 1VE4A 1URDA 4EQ9A 3S9MC 3DRKA 3SKPA 4QFPA 5JTYB 4FORA 4OFJA 4KQPA 2DE3A 3I5OA 3MZ9A 2V84A 1I6BA 2ONKE 2DWAA 4GL0A 1VR5A 2ZMBA 5TP9B 3KOSA 4E0XA 4FECA 3KJTA 5I2KB 4P0IA 3LVUA 3U92A 4KFQA 2XXIA 3DRGA 4XKQA 4DCXA 4JSDA 4DIGA 4OVJA 2Z8DA 1B40A 3C31A 1QKAA 1NFTA 3A09A 2O84X 3MPLA 4MF3A 5DVJA 2I3VA 1PB7A 3QK6A 1S7YA 3TKDA 1JEVA 3KEIA 3TUSA 3O6GA 2FYIA 4KPTA 1JEUA 3V83A 1IXGA 4LQ2A 2OK2A 1FQEA 1YCJA 1LB9A 2ONRA 4IY5A 3W9VA 3O97A 4QFLA 3FVNA 4GOTA 2Q9TA 1O63A 3O29A 3Q27A 4G8HA 4R72A 5IKBA 4IB2A 4YB5A 5KCJA 4NTLA 3KGCA 5AA2D 1MM6A 4WKMA 1H76A 4ELPA 3KFMA 2ZYKA 4PFTA 2B4MA 4HW8A 1MPDA 2H9BA 3N6TA 2HFBA 5I56A 5CBSA 4ZZAA 1PEBA 2XXHA 1F9BA 2A5TB 3DRFA 4IO6A 1LAHE 1UTBB 4FEDA 4RPNA 1GVCA 1XOCA 1P1OA 2THIA 1OQGA 3MVXA 1TFDA 1HSJA 1UQWA 2F5XA 4EXKA 3M3FA 3FXRA 2WOPA 3QSLA 4RJZA 3M8UA 1P1WA 1AMFA 3EN3A 4HS7A 3GBBA 3S9EA 1SYHA 1Y3QA 3PPOA 1FTOA 3GZGA 2DWJA 1B7UA 3HHFA 2I4BA 4R6KA 4OFOA 1LFGA 4H1XA 2O6AA 2A5SA 1LBBA 4R2BA 3CIJA 1B3FA 3RNNA 1LB8A 3BKIB 3SEXA 3U93A 4QSCA 4ZE9A 2I0CA 1XHYA 3RYBA 1D9YA 4LP2B 1MY3A 3TODA 1QUKA 2Y7WA 4NWDA 2CMOA 4FATA 1ZKBA 3ODBA 3W9WA 4EXLA 1OLCA 2ZXTA 1H45A 4TLMB 3OEKA 3UP9A 2F78A 1RYOA 3MVYA 3MW0A 4U4XA 5CMMA 4FE8A 4HCYA 1USYH 4E0WA 4QFOA 2Z22A 3LC8A 3N94A 5CM6A 1JVXA 3LSFB 4LONB 1FQCA 3SESA 1LFIA 2O69A 2PMSA 1XC1A 3FJ7A 1MXWA 3K6UA 1US5A 4Q5TA 1MXXA 3UIFA 3C36A 3EPEA 1M5EA 5HM4B 3K02A 2AIXA 3BFTA 2F34A 5DVIA 5I2NB 5DEXB 1MDQA 3VLUA 5H8NB 2QS1A 3CFXA 4ZS9A 3KOTA 4QFNA 3QYTA 3VXBA 1DTGA 4F1YA 2KLFA 3KSJA 3FVKA 4DXUA 5I58A 2O1MA 5JK4A 5L9MA 2VGQA 3TDJA 5H8SA 4ZEFA 2H4IA 4NF4B 3O28A 3KG2A 4F22A 2XX7A 1CE2A 2HAVA 1FQBA 3T22A 4ZECA 2XX9A 4ND9A 3C9HA 1H43A 1MPBA 3OOAA 4GVOA 2RINA 4MLQA 4LUBA 1GGGA 1ZU0A 2P1SA 4JDFA 2D21A 2HQ0A 4R6HA 3HCQA 4U1ZA 1MPCA 4ESWA 1IZ1A 3MP6A 4BDLA 2XXRA 1KWHA 1MXVA 3O6IA 2QS3A 1N7WA 3FZVA 2ABHA 5I59A 2DP8A 3TQLA 4KD5A 3KN7A 4P11A 3TYHA 3DP6A 2XXVA 3B7DA 3G3KA 5TPAA 3UORA 3KBRA 3V5AA 3CVGA 4JSOA 1EZ9A 1WODA 4NF6A 4NEDA 4QRZA 2X26A 2Y7RA 3PD9A 3UA8A 3BBRA 3TTRA 3W15C 3RGYA 3VLVA 3RT6B 4QSEA 4X48A 3EHUA 4EUOA 3O6PA 5B70A 3HO7A 2OBGA 3CR9A 2YJPA 4F2QA 5A5XA 5H8HA 2RKMA 1MQIA 3OEMA 3C32A 4KI0E 2F6PA 1B51A 4POXA 2XXWA 3T9XB 1N3XA 4I62A 4BDNA 3UK4A 2PT1A 1MQJA 2Z8FA 1MXUA 1LSTA 1OMPA 1EZPA 3E3KA 2PT2A 3N6UA 3PPRA 4GIZA 3T93B 1H44A 3PPNA 2ZYNA 4ISUA 4OENA 1NNTA 2FA7A 4FAJA 4IO5A 3O6HA 2D5WA 3IB0A 4WEDA 3EF7A 5F7VA 3QAXA 4O3BA 1ZBMA 3PMXA 1LBCA 3TTMA 1LAXA 4OZ9A 4DE8A 1YAEA 1Y9UA 4LZ8A 4YICA 4I8CA 2HCAA 1NH7A 1B7ZA 2NXOA 2AYSA 3K6VA 5AA4A 4RK2A 4OWDA 1B6HA 2F6GA 5I57A 3H6TA 2Y7PA 1IXIA 2XXPA 1URSA 4WEPA 3O66A 2VOZA 3OO6A 1SVXB 2B65A 2RF1A 1MH4A 2O51A 3KN8A 3PPPA 1I6QA 2GHBA 4PE5B 5AE4A 1SW4A 3T9VA 1Y1MA 3IOWA 2OZZA 3LR1A 3CSBA 2V3TA 1Y4TA 3H03A 5H8QA 3R26A 1FTLA 1XS5A 2NUVA 4Q0CA 5F1QA 4MFIA 5ICTA 2GFEA 1A8FA 3PV0E 2H99A 4NF8B 1FQAA 2W7YA 1ZIUA 3D4GA 3VLWA 2H25A 1UIVA 4U4SA 3DLNA 1Q1KA 4PQJA 1FQFA 3G3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DSNA 2FIEA 3LSWA 2GRVA 1EU8A 1D4NA 3C4MA 1NH8A 3PU5A 3IOVA 4MNCA 2GHAA 2HAUA 4PETA 3K4UA 4NF0A 4OFLA 2QJEA 3BIHA 4EF2A 3MP1A 4M4GA 1ZLQA 3K1NA 2DXYA 3HHGA 4FEBA 3OSQA 4NGUA 3EHSA 2HXRA 3S2VA 1PBQA 4MCOA 1FBPA 1KA0A 1POY1 4XTCQ 1IQ7A 4F1UA 1FPJA 3MVWA 3RQTA 3TTNA 2CZIA 1B2HA 5CMCA 1P1QA 3FXQA 2FHYA 3LUYA 4FIMA 1NUYA 5I2KA 4QHQA 5LDZA 4O3AA 4GWXA 3QUFA 1MDP1 1NI9A 4I9DA 3K1MA 4DXCA 3VVEA 2XXXA 2Z8EA 1FJ9A 3CSGA 1QUJA 4NF5B 3U1OA 3H3GA 4XXUA 4DDDA 3PPQA 4GLIA 1TT1A 5BUUA 1M5FA 4R75A 1Z7ME 3RT8A 2Y7KA 4JVDA 4DI3D 3UN6A 3SZPA 5HBCA 2Z23A 1KZ8A 4Z7EA 1B05A 5CBRA 4MX6A 3HSTA 3KZGA 1YTVA 4U1OA 3LBSA 3MYUA 1AIVA 3WAEA 3RLFE 4G77A 1I69A 3EHTA 2XXTA 4O8MA 3C35A 4OA4A 3SEUA 4N6PA 3N5LA 2ZZXA 5EQ7A 2WOLA 1IMAA 2R71A 3MC2A 3TQWA 3LSXA 3VFJA 4BDMA 4EQBA 2VD2A 2GQ1A 1US4A 3B6WA 2B3FA 2QPQA 1R9LA 1RYXA 1T0KA 1NL5A 2F8DA 2F7CA 3PTYA 3E13X 2XX8A 3MP8A 3SERA 3FXUA 1JNFA 1BIYA 3DRJA 3G7WA 1RDYA 1POTA 3ZS6A 3IX1A 3FASA 1M5BA 3DM0A 1FRPA 3TTKA 1BKAA 5FTIA 4HE0A 1AL3A 3CG3A 3KJ7A 3H6UA 3IFAA 3DP8A 2Q2AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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