2RKMA

Structure of oppa complexed with lys-lys
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2rkmA02
4EF1A 3RY3A 4NF8A 3K0VA 3TTRA 1GGGA 2DYXA 3VXBA 4EXKA 1SI1A 3MVWA 1B05A 4H0WA 1FTOA 3TKDA 1MXWA 2Q89A 3VFJA 3TELA 3HSTA 4OEUA 1N76A 1URSA 4JDFA 4JWOA 4GD5A 3H03A 3N26A 5F7VA 3USDA 2H5YA 4P0GA 5CBRA 5H8QB 4U21A 3RPWA 1VSOA 3H4ZA 5TP9A 3SEVA 2XXRA 2Q88A 2Z8FA 1BTJA 1B7UA 3UGWA 2ZXTA 4NTLA 1TFAA 2DSFA 3IK6B 5ITOA 1NNTA 4EQ7A 4DXBA 4KYEA 3BFUA 2D3IA 4OESA 5I2KA 2B65A 3K6VA 5I2NA 4GXAA 1MQDA 4F18A 3OSQA 1JW5A 4LZ8A 2B4LA 4R9GA 1B32A 4IO4A 3SDFA 1WODA 3GLBA 3QSLA 5KDTA 4GRKA 2H98A 2Z23A 1Y4TA 5JEIA 5FTIA 1GTKA 2QJEA 4QFPA 2F7CA 3ZS6A 1XT8A 3T66A 5A5XB 2CMOA 3Q27A 3BBRA 4U4SA 4NF4B 1AL3A 1LB9A 2B3FA 2O6AA 3C32A 3PU5A 3CFLA 1OIBA 4YB5A 4MH5A 4KPTA 1YPNA 3PPQA 3Q26A 3G3FA 2Y7IA 2NXOA 3GZGA 3LSLA 3TYHA 3THIA 1JEUA 2QSXA 3MUQA 3MZ9A 2RINA 3H7MA 1S9TA 2XXIA 1MY1A 4O3AA 4R72A 2FNCA 3HHFA 4DZ1A 2QRYA 2HFBA 4YKJA 2DOJA 4O3CA 1B2HA 2Z8DA 3CVGA 3G3KA 1SI0A 3OOAA 4GF8A 5IAIA 2F97A 4ZZAA 3TUSA 4GXSB 3Q28A 3H6WA 2G29A 3D4GA 1LGBC 5TPAA 2DWIA 1Z7NE 5FHMA 5L9MA 1TFDA 1UTBA 1XHYA 1FTMA 3RNNA 1QUJA 3O66A 4JB7A 4AQ4A 4ONYA 4XIGQ 1RKMA 3U72A 4GWOA 5DT6A 1MM6A 3M3FA 4WKMA 4YKPA 2F8DA 2XXVA 3T9HB 4ZEFA 3U94A 1I6AA 5I59B 1B5HA 3OENA 3LSWA 3OXNA 2BJJX 2Z8EA 2H25A 1JVYA 3CI8A 1R9LA 2PX1A 1XVYA 4DLDA 3FV2A 3KZGA 4ZEKA 5AA4A 3O9PA 4RK2A 5H8HB 3CG1A 4HS7A 2WKYA 2CZLA 4F29A 4OVJA 1PB8A 2RC9A 4UA8A 4MF3A 3IJXB 3WAEA 4PFTA 3QYTA 1P99A 1FQEA 5KZTA 1XVXA 1MXUA 1P1WA 2RKMA 2Q9TA 3MP6A 4YB6A 3QXMA 1EZOA 3SERA 2F6PA 3DLNA 2O1LA 4NF6A 1BKAA 5DVIA 3CSBA 2XXTA 4EUOA 2AL5A 3K6UA 3LBSA 4DE8A 5H8SA 4ZS9A 4G77A 2AIXA 1L5TA 1FQFA 5FTHA 1OVTA 3EN3A 3PUZE 1QKBA 3B6QA 1OLAA 3S9MC 2OWSA 4RXLA 3I5OA 1LBCA 5JTYB 4RYAA 5DTBA 1NH8A 3S9EA 2ONSA 3K6XA 1I69A 4RY1A 3C9HA 3QUJA 1Y3QA 3W9WA 1SBPA 1JW1A 1R6ZA 4KCDA 3VVEA 1A54A 2I6EA 2VD2A 3KG2A 3FXQA 3TTMA 3TEPA 4NWDA 3PUWE 3KFMA 1QW0A 2WOLA 1CB6A 4I8CA 1P1QA 5H8FB 3SEXA 3SEYA 4F3PA 1S7YA 2RCAA 3HCQA 2XHDA 2O51A 3C4MA 2UVHA 3K4UA 1EZPA 4FECA 3DP6A 4OERA 4LP2B 4LZ5A 2HAVA 4H8JA 2ZYKA 3MVYA 3RQTA 1PEBA 1EH3A 2DVZA 3VDFA 3TTNA 4LVQA 5H8NB 2NVUB 2QS4A 2ZNUA 3ODBA 2F34A 2XX9A 3RYAA 4BDNA 4Z7EA 3HO7A 3IO4A 3T22A 4ISUA 3IR1A 3RLFE 3FD3A 1ZIUA 2LAOA 3CIJA 2A5TB 4DXUA 3VLVA 2VGQA 1GVCA 3LUYA 3OO6A 2OZZA 2I4CA 4OETA 3KN3A 5A5XA 1LFGA 1GV8A 1LAHE 3EF7A 4R2FA 4TQUQ 2REGA 4KYSA 2P2AA 2RC8A 1ZTYA 4YMBA 4GLIA 1NMUA 3C35A 3A3CA 3IB1A 2PT1A 4H8IA 3SEWA 2I3VA 1D9VA 3P7IA 5AE4A 4H65A 4OQOA 4HTGA 1DTZA 1SDXA 2I58A 4YAHX 3N94A 2ZYNA 2DE3A 1OLCA 1DSNA 1B58A 3R6UA 2DWJA 3FXUA 1B4ZA 4ZE9A 1HSEA 4QFLA 1Y20A 2UVJA 4G68C 1B6HA 3A3UA 4P11A 3MC2A 2YPNA 1IEJA 1ZMGA 4MLQA 4BDOA 3MQ9A 2ZMBA 3CSGA 2O7UA 1Q35A 3RT6B 1ZKBA 2WOPA 1USYE 3K1PA 2HAUA 1RYOA 1AIVA 2ONRA 4N13A 2PT2A 3PPPA 3SEUA 2ZNTA 3TQLA 3FASA 4F2QA 4K3FA 3L6HA 3PPRA 4E0WA 4KR5A 1MG1A 1A8EA 4MBPA 4EDPA 4F3BA 1MDQA 1ZBMA 5BWJA 1J1NA 2F36A 1II5A 4BLAA 1AMFA 4JWXA 1EZ9A 1H44A 2V3TA 1UQWA 2Y84A 2OJTA 4N6PA 1HSJA 3TAJA 4C0RA 3TTKA 3KSXA 1NFTA 2F7BA 2ANJA 3K02A 1MQHA 1JNFA 3IO6A 3TODA 4KD5A 5L8DA 1AH5A 3MVZA 4R73A 2DVCA 2UXAA 1B1HA 3O6PA 4LONB 1O63A 4XXUA 3EQ1A 5I56B 3UP9A 1TT1A 4IGTA 3Q25A 5KCJB 4PE5B 4MFIA 3VLUA 2Y7WA 1AOVA 1LCFA 3B7DA 3QUFA 4LA9A 4KYDA 1M5BA 2RF1A 3MVXA 5JK4A 4GQOA 4BDLA 2Y7PA 3T9UA 4X1BA 1LSTA 4QSEA 1WVJA 4BDRA 3MW0A 1N7XA 1B1XA 4PQJA 1SW4A 4LUBA 4O3BA 4RA1A 4U22A 2DXYA 4YZZA 1B4HA 2A5SA 3R7XA 3FVGA 1BP5A 1IQ7A 4WEPA 5DEXB 1IXHA 5I57B 4HW8A 4YKKA 2QS2A 3IB2A 3UA8A 3KOSA 1MH4A 2DWAA 3KJTA 3O6IA 1DPPA 1NH7A 3VLWA 3MJNA 4F31B 3HN0A 3PUVE 3SESA 5B7DA 3V5AA 1MS7A 1ATGA 1CE2A 3O29A 4FIMA 1JETA 1B5JA 3PAMA 5AA2B 3OMBA 3FJ7A 4X9TA 3S2VA 3O6HA 3JYRA 4TLMB 4FATA 2B3BA 3BFTA 2THIA 1P1NA 1US5A 1WDNA 2HEUA 3T96B 3IORA 4LQ2A 3IOUA 4NF5B 4IO3A 2OLBA 4BDQA 1OQGA 4NF8B 1FQCA 4ZEIA 3MWBA 1BLFA 1M5CA 2UYFA 2I4BA 5I84A 3TDJA 3UK4A 1LAFE 1MQGA 2XXXA 4JSOA 1UTHA 1B7HA 3RGYA 1M5DA 1F9BA 1IXGA 1DTGA 4THIA 3OD7A 2FYIA 2I3WA 1D3KA 1B5IA 4U23A 3OO8A 4ZEDA 5TP9B 3K6WA 2VOZA 1R9QA 3FXRA 3RTFB 3K1MA 5B70A 2OBGA 3MAMA 1N3WA 4JXIA 2H99A 3M3LA 3PV0E 4XKNA 3FV1A 3F11A 4R74A 4IO7A 2A5TA 5I2NB 2Z22A 1QUIA 4KHZE 1PDAA 3MBPA 4IY6A 4X1DA 3C36A 1MY2A 2F78A 2XD2A 3PD8A 2V84A 2IEEA 1M5FA 2XXQA 3TMGA 5KDTB 4OZ9A 1SW5A 3OSRA 5I58A 4PFWA 2GFEA 4YMAA 3BKIB 4ELPA 3ONMA 4XKPA 2DP8A 3SKPA 1B52A 2D5WA 4MLVA 4AB5A 1FTJA 2XX8A 3VVFA 4Q8RA 3O97A 2UVIA 3I3VA 1QUKA 3OO7A 4OHNA 3KEIA 2H4IA 3L6GA 3ZKKA 1H45A 2OWTA 1UIUA 3SETA 2YJPA 3RTWB 2VHAA 4LATA 2O84X 3QK6A 2XXHA 4F1VA 1YCJA 4EQBA 1IUDA 5CRYA 2V25A 1IXCA 3V89B 4XKRA 1MQIA 1DPEA 1NNPA 3JZJA 3E13X 1IZ1A 4KQPA 3LR1A 5DVFA 3KN7A 4U2RA 2AYSA 4OXVA 3AXFA 4GIZA 3H3GA 1JW4A 3OEMA 3OELA 2O7IA 3H6VA 1POTA 1DOTA 4OYVA 4OFJA 2GHAA 2YLNA 4M4GA 5H8QA 3DRGA 3K2DA 1SYIA 2ABHA 2V3QA 4GVOA 4KFQA 2XXYA 3G7WA 4E0XA 1FTLA 2HXWA 5TPAB 2XD3A 3LVUA 3M3KA 3LSFB 1UTBB 4TLLB 1Y9UA 2GH9A 2P1SA 2WOKA 1H43A 3FTOA 2Y7KA 2PBWA 1B9JA 4N07A 4IGRA 1Y1MA 3T9XB 4WXJA 1RYXA 1P1UA 1MXYA 4Z0IA 1SQYA 3GBAA 4X48A 1B3FA 1D9YA 4ESWA 1I6BA 1B40A 2HCAA 1SW1A 3R26A 4ZEBA 4L17A 3FIRA 2NUVA 2R71A 2QPQA 1LBBA 2XXUA 5CMBA 3RYBA 1A8FA 1VR5A 3B6TA 4R9FA 1PB7A 1XC1A 1H3DA 2XXPA 4NF4A 4ZECA 1B7ZA 3TCFA 4YKIA 2NWJA 2QS1A 3LC8A 5AA4B 3EHUA 5BUUA 1LLSA 4Q5TA 1GR2A 1A40A 2X26A 4KI0E 1OMPA 1Y1ZA 1XOCA 1NL5A 3G3HA 4EF2A 2O68A 2V3UA 3PPNA 3DM0A 4ZZEA 4YICA 3FJMA 3TPAA 3ILUB 1B51A 4C1UA 4NF6B 3HHGA 1LAGE 3FGSA 2FA7A 1MXVA 1O7TA 4QHQA 3A09A 3EHSA 4IB2A 5HBCA 2ALUA 3N5LA 3ILTB 3IOTA 2DXRA 4JBZA 1SW2A 3ZSFA 4H6DA 5DYHA 1DMBA 3DRFA 4U4XA 3MZBA 5ICTA 2I49A 4H5FA 1MXXA 1MPCA 5HPQA 2PYYA 4LQ5A 1MY4A 3B6WA 4BDMA 1IXIA 4EQ9A 1YAEA 4POWA 1VFEA 4RNSA 5ICQA 1O64A 2KLFA 1N04A 3KN8A 1B0LA 4AB6A 4IY5A 1R1NA 3GBBA 4OMBA 3H06B 3RT8A 5CMKA 5ITPA 4GL8A 1B3GA 4NEDA 4RK9A 2Y7RA 1PB9A 4QRZA 5J1DA 1QKAA 5I59A 2QL3A 2QS3A 4EXLA 3LSXA 2X7QA 4P0IA 4R75A 3K00A 4I62A 3VXCA 4Q0CA 3MPKA 2G93A 5FHOA 2W7YA 3QAXA 4ECFA 3W9VA 2F7AA 3IOWA 1QJMA 4OENA 2R6GE 1I6QA 3CHGA 5EHSA 5H8HA 4ESXA 4R6YA 4U1OA 2ZYMA 3TFLA 5K2XA 3VE1B 5EHMA 3PMXA 1LFIA 2Q2CA 4ZDMA 4WEDA 4DIGA 1BIYA 2RCBA 3UIFA 5CBSA 1LB8A 2AL4A 3EHTA 3CRBA 4H5GA 2I0CA 4HCYA 4G8NA 3KGCA 4TOZA 1QVSA 4ND9A 3H6UA 5FHNA 1MM7A 2HQ0A 2DE4A 1Y3NA 3E3KA 1VFDA 1T0KA 5L9SA 4H1XA 3QIMA 4HCWA 4U1ZA 4OTEA 3PMVA 5EYFA 4Q30B 4RPOA 4FAJA 1B3EA 5HM4B 3FVOA 1H76A 4PP0A 3DRJA 3T93B 2XX7A 3GXAA 2ZYOA 1A99A 4ELOA 2UYEA 3ZKLA 4LZ7A 5JTYA 2B4MA 1SVXB 5LOMA 3KOTA 1B0HA 2ESNA 3K1NA 3UN6A 2QMXA 3O28A 2I48A 1MPBA 1N3XA 4F3SA 1MQJA 2DWHA 4DXCA 4OFOA 4G68B 2M8CA 2O69A 4NE4A 4JWYA 1VE4A 3U93A 4IO5A 3UORA 4QF9A 3PMWA 3Q29A 5H8FA 3PUYE 3TQWA 3G3IA 4G4PA 4RPNA 1MPDA 1FW0A 1D4NA 4POXA 4G2ZA 3RN8A 4F22A 3TCGA 3G3GA 4FEBA 3KSJA 1LAXA 3DRKA 4H67A 3PUXE 4R6KA 1B46A 5H8NA 3I6VA 1FQAA 2UVGA 1XS5A 2PMSA 1PBPA 3ECRA 3PD9A 1URDA 4R6HA 1LCTA 4M1VA 1URGA 3PGFA 1UIVA 2DQVA 1SD3A 1USYH 1N84A 1FTKA 4ELQA 4F2OA 5I2KB 4JSDA 3CG3A 1MH3A 3TTLA 4FE8A 3IL1B 3S4UA 3D4CA 4R2BA 4QFNA 3C34A 4QFKA 5M2VA 3DELB 5L9OA 2GRVA 1HSLA 3T9VA 3VV5A 2VD3A 3RUMA 4QSDA 1M5EA 3IB0A 3DP8A 1QULA 3MP8A 2DE2A 4G8MA 3OO9A 3DRIA 4PFYA 4NWCA 4QSCA 2H9BA 2NOOA 2P0SA 1NNKA 4GL0A 1POY1 1MXZA 2HZKA 2ONKE 3V8XB 5CI5A 1ANFA 4F19A 1SYHA 1TXFA 3IOVA 3FUZA 3TCHA 4ZE8A 1A7LA 4C1TA 1FQDA 3N6TA 5ELVA 4G8HA 3IAZA 2F5XA 3KJ7A 2GHBA 4GOTA 1N0TA 4OFLA 3U8QA 1MDP1 4DCXA 3FATA 1S50A 1NKXA 1IITA 2PVUA 1FQBA 3G3JA 4XTCQ 1NNFA 3DRHA 4KCCA 4I9DA 3EPEA 5AA3A 1TWYA 1ZJLA 1US4A 4PFUA 1Y4CA 1EU8A 2E1SA 5AA1A 1MY0A 1ZU0A 2R9JA 2F6GA 1JVXA 3O6GA 3DP4A 4I1DA 2HZLA 3CFZA 3O2AA 3M8UA 4F3GA 2Q8JA 2IA4A 4FEDA 2I0BA 5CM6A 3CFXA 3FVNA 2RC7A 1ELJA 1KWHA 4F1UA 1PBQA 4GFRA 1Y3PA 3OEKA 4FORA 4FJPA 4RJZA 1B3HA 3VVDA 3WAFA 3C33A 5CC2A 4OEVA 2V93A 3V83A 2QMWA 2F35A 1OVBA 4PETA 2X7PA 2ZNSA 5IKBA 1UTHB 1P1OA 3S9NC 3MP1A 1OQHA 3MZ1A 1Z7ME 5I56A 1JEVA 1B3LA 4F39A 1MRPA 3TZAA 3IJOB 5KCJA 3E4RA 1Q1KA 4ELRA 3KBRA 1ZLQA 5TU0A 2VP1A 3CR9A 1JQFA 3IX1A 1PC3A 2REJA 5DVJA 1FCKA 1IIWA 5AA2D 4DCYA 1LFHA 4DDDA 5DEXA 3E9XA 5I57A 3U92A 2DS9A 4OWDA 5I58B 3S9LC 5K2YA 4NMYA 1A55A 5CMMA 4YB7A 1YTVA 3H6TA 4IO6A 4QFOA 5ISUA 3C31A 3FZVA 2D21A 4UACA 3PPOA 2OCUA 2Q2AA 3W15C 4F1YA 1N7WA 1MY3A 5CMCA 5AA2A 4IO2A 3K01A 3JV9A 2OK2A 3MPLA 3FVKA 3HV1A 5F1QA 3U1OA 2XXWA 3N6UA 4XKQA 4NF5A 2E0SA 2O1MA 4G68A 3HPIA 4YU0A 3FJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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