2RKMA

Structure of oppa complexed with lys-lys
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2rkmA02
1JW1A 5KDTA 3IOWA 4OEVA 1N3XA 1B0HA 2Z8FA 5DTBA 3SDFA 3EPEA 2Y84A 3SEUA 3QUJA 2H25A 3VLWA 3U94A 1B1XA 4F31B 3C9HA 4AB6A 2GFEA 3DP6A 3O28A 5DEXA 4U1OA 3Q29A 3TPAA 2M8CA 4MH5A 3K2DA 4ZDMA 1UIUA 4RPNA 4C1UA 3I6VA 3FVNA 4GWOA 4LZ8A 1NFTA 1Y3NA 4X9TA 5L9OA 3R7XA 4QSDA 2PBWA 1MRPA 2O1MA 2DWJA 3U92A 3ILTB 1WDNA 1QKBA 1N0TA 3VXBA 2ZXTA 3RY3A 4QFNA 4ESXA 1B40A 3E3KA 3RGYA 1VFDA 4HCWA 1ZBMA 2DWHA 5CRYA 1LAXA 1B1HA 2RINA 3TTNA 3MPKA 3K0VA 1Y1MA 2XD3A 1POY1 1HSJA 2ZYMA 4K3FA 4NEDA 2XHDA 5EYFA 1H76A 5I2KB 4ZEIA 5JTYB 1B3HA 4FIMA 4F22A 4THIA 1UIVA 1FQAA 4IO6A 3TAJA 3K6VA 1I6QA 1QW0A 4OMBA 5I57A 4GVOA 3QXMA 3C32A 1MQDA 1SI0A 5H8FB 1MY0A 2OWSA 1Q1KA 2X7QA 1Z7ME 1DSNA 4TQUQ 3A3CA 3H6WA 2REJA 3BFTA 4JWXA 3U93A 3DRHA 5CI5A 2GHBA 1LB8A 2WOKA 2H99A 4PQJA 4NWCA 2OCUA 4OENA 3K01A 2F97A 1O7TA 1VSOA 4WXJA 5AA2D 2WOLA 4HW8A 2F5XA 4F39A 4ZEKA 3RUMA 3UGWA 1B9JA 3MAMA 1H44A 3TTMA 1AOVA 4NF4A 3CG3A 2Y7KA 1N04A 3HN0A 4ZS9A 5FTHA 5CMBA 4N07A 1LGBC 1A55A 4BDQA 3IJXB 3UA8A 1M5FA 4ZEDA 1NNKA 1OQGA 3HPIA 3TFLA 2NOOA 2QMXA 4F1VA 4E0WA 3S9LC 1NL5A 2RF1A 4LQ2A 2GH9A 2HQ0A 3IO4A 2OK2A 5K2XA 2I4CA 3K02A 4POXA 4KYSA 2DE3A 4X48A 3K00A 4YMBA 1FQFA 1D3KA 1FW0A 4ONYA 5F7VA 2FA7A 3S9EA 2F8DA 3MWBA 1IITA 1IIWA 4GD5A 5L9MA 3DLNA 1SVXB 2OWTA 1FTKA 4UACA 1A54A 2OBGA 2F7CA 3FUZA 3RQTA 3RPWA 3KOTA 4OETA 1YCJA 3H7MA 3Q25A 4F3PA 5H8NB 4YB6A 1FTLA 1Y20A 5TP9B 1N84A 5I58A 4H6DA 1PBPA 3PMWA 1JQFA 1BTJA 1USYE 3OSQA 5ELVA 3DRIA 3KFMA 1Y9UA 3I5OA 1QKAA 3VLVA 4RA1A 3HO7A 1OVTA 5J1DA 1VE4A 4ZEFA 3BBRA 2V84A 5DT6A 4AB5A 4GOTA 2Y7RA 3C36A 3FJ7A 1B7HA 2V3TA 1T0KA 1Y4CA 3BFUA 2NWJA 1MG1A 4IO5A 3CFXA 5ISUA 2XX9A 3JZJA 4BDLA 3CHGA 4FEBA 3FZVA 3MC2A 3IB0A 1IXHA 4POWA 4OESA 1MM7A 1MY2A 3KJ7A 3VVDA 1OQHA 1JETA 1NNTA 2I49A 3MZBA 1VR5A 3DM0A 2YPNA 4OFOA 3C4MA 5AA3A 3MVYA 3O6PA 1EZ9A 3PGFA 3LVUA 4OFLA 1IXCA 4ELQA 1MXYA 1BLFA 3K6WA 2Y7WA 5TP9A 1LAGE 4Z0IA 1OMPA 3PV0E 2A5SA 3GLBA 2B3BA 5AA4B 1MS7A 4XIGQ 3TUSA 1H45A 4XXUA 2G29A 1II5A 1XC1A 3O9PA 4R9GA 1PBQA 1PB7A 4IO3A 3O6IA 3RT8A 4YKJA 3T9VA 5CMKA 3N5LA 1I69A 4RXLA 4YICA 1NKXA 1KWHA 2I4BA 4MFIA 4FECA 1ZKBA 3E13X 3CIJA 4EUOA 3CSBA 2DWAA 4OHNA 1GGGA 2HXWA 4GL8A 2ZYNA 5H8SA 3FVGA 1DTZA 1DOTA 4G4PA 5I2NA 2VD3A 4UA8A 4OERA 4YAHX 2V3UA 1B3EA 4E0XA 4EF1A 1A40A 3D4CA 4JWOA 4RPOA 2V25A 3FGSA 3OO8A 1I6BA 4X1DA 3FJMA 3SESA 1MXVA 2H5YA 3HHFA 2F78A 2DE4A 3IORA 2NUVA 4R72A 3LSWA 1P1WA 1HSLA 1QUJA 2ZYKA 4GQOA 5AA2B 1ZLQA 3C31A 1MQHA 3KEIA 2RC7A 3B7DA 3K1MA 4X1BA 4KYDA 3LR1A 4LATA 3BKIB 4G77A 4HTGA 3TYHA 2VHAA 4KQPA 3TMGA 4ISUA 2F6GA 2Z22A 1YPNA 3H4ZA 1B5HA 1US5A 3PUXE 1JNFA 1SW5A 2ZMBA 1M5EA 3DELB 4NF5A 2UVJA 1D9VA 4N6PA 4FORA 1TT1A 1D4NA 3M3FA 3VFJA 2H4IA 4LA9A 5EHSA 4TLLB 4R75A 1OIBA 4ZEBA 1B3GA 1R1NA 4GRKA 3OXNA 4OXVA 2F7BA 2Z8DA 3C33A 3OEMA 5H8QB 5I56A 4ZZAA 4QHQA 1JVXA 4G68A 4R2FA 3MVZA 1B2HA 3JV9A 1IEJA 2Q89A 3RLFE 4EF2A 5I59A 2H9BA 1R6ZA 3H6VA 2RC8A 5TPAA 1SW1A 3T9UA 1BP5A 1I6AA 3MZ9A 3TODA 3UN6A 1Y3PA 5F1QA 3PMXA 4LONB 3OO7A 3LBSA 4G8MA 3TTLA 2Q8JA 4GFRA 1DPPA 4XKRA 5CC2A 4BDMA 2ONSA 4QFPA 4GXSB 2WKYA 3ONMA 2GRVA 4LQ5A 4NWDA 1QUKA 5H8HB 2X26A 1NH7A 3PPRA 2RKMA 2I58A 2OJTA 3TEPA 4G68C 2QJEA 4F3BA 3OO9A 4WKMA 3PAMA 3KN7A 2E0SA 2DS9A 2XXWA 4U1ZA 5IAIA 2A5TB 1B3FA 3TDJA 2V93A 3TQWA 3CRBA 4ELOA 4R73A 4I1DA 3CVGA 3O29A 4H65A 3DRFA 3RTFB 4Z7EA 2OLBA 3H03A 3H6TA 4OFJA 1B32A 4KFQA 2REGA 1UTBB 2DVCA 2UVHA 4XTCQ 3KN8A 5DVJA 4QFLA 1XVYA 3M8UA 1H3DA 1O63A 1Y1ZA 4YKIA 1OLCA 4G8NA 5H8HA 5CBSA 2I0CA 1BKAA 3IO6A 3IB1A 3EHSA 5CMMA 1DTGA 4TOZA 1LB9A 3DP4A 1B7UA 2B4LA 1MY4A 4QF9A 2AL5A 4R6HA 3THIA 3T9XB 4Q0CA 3RTWB 5DVIA 3OEKA 5IKBA 1AH5A 2XXPA 1SBPA 4WEPA 3U8QA 3QYTA 4O3AA 1B51A 3KG2A 1XOCA 4OTEA 3V8XB 4JDFA 1FQEA 3SKPA 1MQIA 4DE8A 1ANFA 2Z23A 5I2KA 4BDRA 5FHNA 5JK4A 1GTKA 4P0GA 5JTYA 3A09A 1EH3A 2Q88A 4H8JA 3KSJA 1TWYA 1LFIA 5KCJB 4GL0A 4H1XA 3JYRA 3KBRA 2RCBA 3DRGA 1UTBA 2LAOA 3TZAA 1MXXA 1TXFA 5B70A 1MPDA 4FEDA 3SEVA 4DIGA 5H8FA 3VE1B 2QPQA 1XHYA 1N3WA 2GHAA 4YB5A 4H8IA 3FVKA 4LUBA 4PE5B 1JEVA 4YKKA 1WODA 3GXAA 1FQDA 5LOMA 3R26A 5K2YA 4KYEA 2F36A 4EXLA 4KR5A 4LZ7A 3I3VA 4F29A 3T22A 2QRYA 1IXGA 2O51A 4BDNA 2O6AA 2XX7A 5A5XB 3HCQA 2O69A 3VDFA 4F3GA 3PUZE 2FYIA 1NNFA 3MVWA 3CG1A 1N7WA 1EZOA 1SQYA 1B58A 4M1VA 3PUVE 5ITOA 1SW2A 1ZIUA 5KCJA 3ZSFA 4G8HA 3IOVA 4EXKA 2P2AA 3MP8A 3MVXA 1LSTA 3MZ1A 3LSXA 2D3IA 1NMUA 5KZTA 3OO6A 4DZ1A 2UVGA 1GVCA 4RK2A 4MBPA 3V83A 1LLSA 4QFOA 4IB2A 2I3WA 1GR2A 3F11A 4FJPA 3FASA 4MLVA 4IY5A 2D5WA 3Q26A 3PPQA 1XT8A 2VD2A 1QJMA 3N6UA 4FE8A 2DP8A 3N26A 1FQBA 2AL4A 1O64A 1B3LA 2ZNTA 1J1NA 5TU0A 2PMSA 2PYYA 3ZKKA 4OZ9A 3FD3A 4F2QA 1AIVA 1B5JA 5H8NA 1PB9A 3RYAA 3E4RA 4FATA 4XKPA 3CSGA 2RC9A 2DSFA 1A7LA 2DYXA 4XKNA 2QS1A 3MW0A 3FVOA 3FV1A 2B4MA 3IR1A 5I84A 1P1OA 3PD9A 3OSRA 3FIRA 3O2AA 1SD3A 2O84X 2BJJX 3C35A 2Q2AA 1MQGA 4DXUA 3K1PA 5BWJA 2R6GE 4NF8B 2WOPA 1B46A 5ICTA 1EU8A 3G3KA 1R9QA 2Q2CA 5AA1A 1UTHB 2FNCA 1RKMA 2O7IA 5EHMA 2XXHA 3D4GA 1MY1A 3O6GA 1LAHE 2I48A 3VLUA 1LBCA 3O6HA 3PPPA 4ZE8A 1Q35A 2VGQA 1URDA 2DQVA 5FHMA 3VV5A 2YLNA 1M5CA 3FXQA 2G93A 3K6XA 4U2RA 3FJGA 4YU0A 5AA4A 2NVUB 3G3GA 5FTIA 3LUYA 2HCAA 4ZECA 1XVXA 3ODBA 2I3VA 3ZKLA 1QULA 3OENA 3H06B 1B52A 1ZU0A 1DMBA 1PDAA 4KCDA 4U21A 1ZMGA 3TQLA 1UTHA 3O66A 1S9TA 2Z8EA 5KDTB 2XXYA 2XXTA 3TCFA 4O3BA 4F1UA 1P1NA 5JEIA 3LC8A 4QSCA 4RJZA 3L6HA 2IEEA 3FTOA 3SEWA 3FXRA 4L17A 3VVEA 4F18A 2X7PA 4EQ9A 4PP0A 3PD8A 5DEXB 5AE4A 1MXUA 4N13A 2AIXA 1POTA 4H0WA 2XXXA 2P1SA 3RT6B 5HPQA 2QS3A 1MH3A 1LAFE 4WEDA 4IO4A 4M4GA 4OVJA 2HAUA 3RN8A 4JWYA 4OWDA 4KPTA 3TKDA 4ZZEA 1OLAA 4NTLA 3V89B 5AA2A 1P99A 2HFBA 4BLAA 2R9JA 3G3HA 3TELA 1ZTYA 4EDPA 3LSLA 2O1LA 3EF7A 1MDP1 2CMOA 3IX1A 2YJPA 2PT1A 1IXIA 2F34A 2THIA 3TCGA 3FV2A 2HEUA 5L9SA 4KHZE 1LFHA 3MP1A 1H43A 1MXWA 1LFGA 2NXOA 2IA4A 1P1UA 1ZJLA 1LCTA 3QUFA 4XKQA 1ATGA 3LSFB 3VVFA 4H67A 4H5FA 1SYHA 4YB7A 5M2VA 2QSXA 3K6UA 5ICQA 5I57B 3T96B 2XXUA 2ZNUA 5B7DA 2W7YA 1PB8A 3OMBA 3ILUB 4BDOA 1WVJA 1B5IA 1URSA 2AYSA 3G3IA 5FHOA 5H8QA 3CFZA 1B05A 2F35A 4KI0E 1Y3QA 2OZZA 2DXYA 3VXCA 4IGRA 3N94A 2F7AA 1P1QA 2ZYOA 1YTVA 1PEBA 3Q27A 2XXRA 4GIZA 3TTRA 1MPCA 4Q5TA 2ESNA 3MQ9A 5CMCA 4PFUA 4NF4B 4LP2B 2PX1A 4U22A 3WAEA 4ECFA 4R6KA 4IO2A 3B6TA 5BUUA 1NH8A 1AMFA 5DYHA 3FXUA 1R9LA 4YZZA 4JSOA 2Q9TA 4U4SA 3Q28A 3T66A 3KSXA 4PETA 4YKPA 3W9WA 2I0BA 3CI8A 1M5BA 4PFTA 2CZLA 3M3KA 3TCHA 3PPNA 3IAZA 4IO7A 2V3QA 1OVBA 1QUIA 1MDQA 1A99A 2DOJA 4ELPA 3DP8A 1A8EA 3UORA 3PMVA 2A5TA 1ELJA 4I9DA 3V5AA 4RK9A 1L5TA 1IZ1A 3OD7A 4JSDA 4QSEA 1N76A 3TTKA 1S7YA 1LBBA 3SEYA 4HCYA 3L6GA 2UXAA 1QVSA 1FTJA 3HHGA 4U4XA 3B6QA 5I58B 2QL3A 1IQ7A 1BIYA 2ONRA 1SYIA 1GV8A 4C0RA 5HBCA 3MBPA 3QSLA 1HSEA 4ND9A 5HM4B 4R2BA 4LZ5A 1M5DA 2UYEA 3G7WA 3EHTA 1LCFA 2PT2A 4EQ7A 1TFAA 3MP6A 2XD2A 3USDA 3SETA 2DXRA 2ZNSA 3UK4A 2HZKA 2QS4A 4G2ZA 5DVFA 4QRZA 4DDDA 2XXVA 1URGA 1SI1A 2R71A 3C34A 3SEXA 1JW4A 3K1NA 4NF6B 4NE4A 3QK6A 1IUDA 4DCXA 2QS2A 3R6UA 3G3FA 4DCYA 2Y7IA 2Y7PA 1USYH 2DWIA 2H98A 1MQJA 4F1YA 5L8DA 1EZPA 2HZLA 4P0IA 3M3LA 1RYOA 4HS7A 1D9YA 2B3FA 1VFEA 4I8CA 1SDXA 4PFYA 1CB6A 4ZE9A 3GBBA 3PUYE 3DRKA 1XS5A 3K4UA 3QAXA 3RNNA 1MH4A 5A5XA 4RYAA 3DRJA 3A3UA 3QIMA 3P7IA 4F19A 1RYXA 2RCAA 3MJNA 2KLFA 4H5GA 2O68A 3KN3A 3MPLA 4NF6A 4QFKA 3OOAA 4TLMB 4O3CA 5I2NB 3EHUA 1PC3A 3OELA 4R74A 4IGTA 4DXBA 1JVYA 4F3SA 4U23A 4Q30B 4IY6A 4KD5A 1CE2A 2XXIA 3U72A 2DE2A 3IOTA 4JBZA 1FTOA 2XXQA 3H6UA 4I62A 2QMWA 3H3GA 3KJTA 1Y4TA 1NNPA 1MXZA 3T9HB 3SERA 2XX8A 3KOSA 4MF3A 4P11A 5CM6A 1A8FA 3W9VA 4R9FA 3U1OA 1S50A 3S4UA 2B65A 4OEUA 5ITPA 3S9NC 2UVIA 1B4HA 4R6YA 4GXAA 4FAJA 3FATA 1JW5A 1JEUA 3UIFA 1FTMA 1MPBA 2I6EA 1B4ZA 3RYBA 4NF5B 1MY3A 4GF8A 3EQ1A 4DLDA 3ZS6A 4ELRA 4LVQA 1Z7NE 2HAVA 3CR9A 2F6PA 5CBRA 4NF8A 1B7ZA 3N6TA 4JB7A 3CFLA 2D21A 5I56B 2DVZA 1TFDA 3IK6B 4GLIA 1MM6A 2ALUA 4G68B 3AXFA 4RY1A 4NMYA 3S9MC 3HV1A 4YMAA 5I59B 3S2VA 3EN3A 3O97A 1DPEA 4F2OA 2VP1A 1N7XA 1AL3A 1US4A 5TPAB 3T93B 4DXCA 3PUWE 4RNSA 2VOZA 3G3JA 3IOUA 2ABHA 2O7UA 3E9XA 1YAEA 4KCCA 4C1TA 3IB2A 4OQOA 2ONKE 3HSTA 2UYFA 3UP9A 3B6WA 4AQ4A 3PU5A 4Q8RA 4ESWA 3GBAA 1F9BA 2ANJA 3MUQA 3PPOA 3KGCA 4JXIA 3KZGA 1B6HA 1FQCA 3W15C 4MLQA 1B0LA 3IJOB 3WAFA 3GZGA 2P0SA 1FCKA 2E1SA 3ECRA 1UQWA 4EQBA 4PFWA 2PVUA 1SW4A 3IL1B 4OYVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MHFA 1JW1A 5KDTA 3IOWA 4OEVA 1N3XA 1B0HA 2Z8FA 5DTBA 3SDFA 3EPEA 2Y84A 3SEUA 3QUJA 2H25A 2Q74A 1FPLA 3VLWA 3U94A 3SZPA 1B1XA 4F31B 3C9HA 4I40A 4AB6A 2GFEA 3DP6A 3O28A 5DEXA 1NUWA 4U1OA 3Q29A 3TPAA 2M8CA 4MH5A 3K2DA 4ZDMA 4JVDA 4N4UA 4PDDA 1UIUA 4RPNA 4C1UA 3I6VA 3FVNA 2ZZVA 4GWOA 4LZ8A 1NFTA 4KXPA 1Y3NA 4HE0A 1KA0A 4X9TA 5L9OA 5IZ3A 3R7XA 4QSDA 2PBWA 1KA1A 1NV1A 1MRPA 2O1MA 2DWJA 3U92A 3ILTB 1WDNA 1QKBA 1N0TA 3VXBA 2ZXTA 3RY3A 4QFNA 4ESXA 1B40A 3E3KA 3RGYA 1VFDA 4HCWA 1ZBMA 2DWHA 5CRYA 1LAXA 1B1HA 2RINA 3TTNA 3MPKA 3K0VA 1Y1MA 2XD3A 1POY1 1HSJA 2ZYMA 4K3FA 4NEDA 2XHDA 5EYFA 1H76A 5I2KB 4ZEIA 5JTYB 1B3HA 4FIMA 4F22A 4THIA 1UIVA 2WX9A 1FQAA 3A29A 3B8BA 4IO6A 3TAJA 3BIHA 3K6VA 1I6QA 1QW0A 4OMBA 5I57A 4GVOA 3QXMA 3C32A 1MQDA 1SI0A 5H8FB 4HXVA 1MY0A 2OWSA 1Q1KA 2X7QA 1Z7ME 1DSNA 1DK4A 4TQUQ 3A3CA 3H6WA 2REJA 3BFTA 4JWXA 3U93A 3DRHA 5CI5A 2GHBA 1LB8A 2WOKA 2H99A 4PQJA 2JJKA 4NWCA 2OCUA 4OENA 3K01A 2F97A 1O7TA 1VSOA 4WXJA 5AA2D 2WOLA 4HW8A 2F5XA 4F39A 4ZEKA 3RUMA 3UGWA 1B9JA 3MAMA 1H44A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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