4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
4YB5A 3RY3A 4Z0IA 4XXUA 2XXXA 3GBBA 4X9TA 2HAUA 2GHBA 5HBCA 2KLFA 1B5JA 1MPCA 1FQBA 1IITA 5H8HB 1DPPA 1QW0A 1S9TA 3S9MC 3RGYA 2DSFA 3O29A 2FA7A 3RNNA 3ILTB 3C36A 1OMPA 2B65A 1IZ1A 4F18A 2P1SA 3PPQA 4AB5A 5B70A 1P1NA 4GFRA 3H06B 1EZOA 4NF8B 5H8HA 1QULA 4ELOA 4ONYA 3M8UA 2F7CA 1SI0A 4GOTA 1B52A 1MPDA 4WEDA 4LATA 3TYHA 4OVJA 1FQDA 2XX9A 2RC9A 3TQWA 1M5BA 1SDXA 4F1VA 2OK2A 4RK9A 1NH8A 2XHDA 1PB8A 2D3IA 4KYEA 2ONSA 1YCJA 3FVKA 1YTVA 1B40A 4Z7EA 3RPWA 2HZLA 2GFEA 1ZMGA 4PP0A 3S9NC 1H43A 1A55A 4QFNA 2I3WA 3H03A 1IIWA 3O66A 5AA4B 3RUMA 1N3XA 2QRYA 4I1DA 1LCTA 2QS4A 4Q30B 5BUUA 2ONKE 1OVBA 3CIJA 1POY1 5H8FB 3N5LA 3OEMA 4LQ5A 1H45A 2XD2A 4U2RA 3K1MA 3OMBA 2P2AA 4H5FA 2HCAA 2X7PA 2O1LA 3DP8A 5KZTA 3T9HB 4L17A 3FGSA 2X26A 4F1YA 2ANJA 4O3CA 1IXCA 4JB7A 2QS3A 3CVGA 1R9LA 4ECFA 4OQOA 2XXIA 4KHZE 3IK6B 1SW5A 3O6HA 3IB2A 2H9BA 4GXSB 4F1UA 1ZLQA 3K0VA 4PETA 3U72A 1BTJA 4O3AA 3RLFE 3IJXB 4H67A 1EH3A 3VVEA 3PD8A 2H4IA 3LBSA 5H8NB 4IO2A 4LA9A 1B4HA 1D9YA 3H6VA 1DTZA 5EHMA 4QSCA 4KD5A 1LAFE 5I58B 3MVXA 1PBQA 1B3FA 3OSRA 4R2FA 1XC1A 1BP5A 1P1QA 4POWA 2RC7A 5H8NA 1B3HA 1TWYA 4OMBA 2I0BA 2X7QA 5AA2A 3IX1A 3IR1A 1LSTA 4IGTA 3CSGA 3DM0A 2DWAA 1SW1A 2Y7RA 5IAIA 1A8FA 2XXWA 1US5A 5F7VA 2PBWA 4MH5A 3HN0A 1IEJA 1UTBB 1NH7A 1B7HA 1RYOA 2PYYA 5TPAB 2W7YA 2H98A 2PT2A 3VXBA 2OZZA 4ZE9A 1MQGA 1NNTA 5CBRA 4YKJA 3RTWB 3U92A 3N26A 2D21A 5AA1A 3FV1A 1UTBA 4G68C 3TAJA 1JVYA 5TPAA 4BDLA 3VLVA 3MZ9A 4OZ9A 5I2KB 1MY4A 2Y7WA 3TCHA 1MY2A 4DCXA 2F7BA 2BJJX 1I6AA 4PFWA 2Q88A 4QF9A 4XTCQ 4N6PA 2OBGA 1ZIUA 2UXAA 3OSQA 4YICA 4RPNA 3I5OA 1FQFA 1P99A 1B0LA 4F2OA 3MP6A 2XXRA 3GBAA 2O6AA 3SEUA 3PMVA 3VXCA 1T0KA 3TFLA 3EN3A 1NFTA 3M3LA 1MQJA 2G93A 3BKIB 1WDNA 1RYXA 3UORA 3EQ1A 4LP2B 3SESA 3FJ7A 4QFPA 4JBZA 3PD9A 5F1QA 1GTKA 5CI5A 2Y7IA 1B4ZA 2Y7KA 2I4BA 2H5YA 4MFIA 2RF1A 4U1OA 2DE4A 3C31A 1F9BA 3Q26A 3UA8A 4NF6B 4OEUA 3B6WA 1R1NA 2O7UA 1QUKA 4GWOA 4LZ8A 2XD3A 2XX8A 3PUYE 4N07A 3K1PA 3VLWA 3CR9A 5FTIA 2ZYNA 3QUJA 1B2HA 5CC2A 3IOUA 2I6EA 4ZECA 5HPQA 4NWDA 4OTEA 1SD3A 3C4MA 1O7TA 1MXYA 3I3VA 3PMWA 1MQIA 3HO7A 4RPOA 4Q8RA 1JQFA 4RYAA 4DZ1A 4FE8A 3C32A 4DCYA 3FUZA 4KI0E 5JEIA 1MXXA 3KN3A 1WVJA 1XVYA 2DWJA 4TOZA 3TODA 2Q8JA 3Q29A 3D4CA 3RN8A 3O28A 5DVJA 1NL5A 3E13X 3G7WA 4R6KA 3FVGA 3MC2A 1RKMA 4BDOA 2F6PA 4ZZEA 1OQGA 3H3GA 3MZBA 2HEUA 3MZ1A 1Z7NE 4ZEKA 1LFHA 1B6HA 1UTHB 4MLQA 2OWTA 3MW0A 1MPBA 2ZYKA 1D3KA 3A3CA 1LB8A 3WAEA 4DDDA 1CB6A 1OQHA 1UTHA 3DP6A 2LAOA 3V89B 3EHSA 3G3HA 1VSOA 3C34A 3OO8A 1USYE 2DQVA 2GRVA 3ZKKA 2QJEA 1JNFA 5JTYB 1OLCA 2F7AA 5IKBA 2UYEA 1Q1KA 1CE2A 2O84X 4OENA 1XT8A 2O51A 1TFAA 3C35A 2REGA 3U1OA 3IOVA 4YMBA 4F29A 4FJPA 5AE4A 5JTYA 3G3FA 4KFQA 1FTJA 3A09A 1VR5A 4ISUA 1PDAA 3SDFA 1R9QA 1QKAA 4PE5B 4Q0CA 1LLSA 4KCCA 1POTA 3N6TA 2V3QA 1MG1A 3IO4A 2DS9A 2NOOA 4NF8A 3T22A 3OO6A 4BDNA 3S9EA 3B6TA 1S50A 4IO4A 4ZEIA 3W15C 4R75A 4IGRA 2H25A 1NNFA 4NE4A 4MLVA 4FAJA 2DWHA 1XVXA 2O69A 2V3UA 1Y4CA 1MXZA 3GZGA 4WEPA 4F3GA 2B3FA 3QAXA 3B7DA 4POXA 3KGCA 3V8XB 3P7IA 2E0SA 4F31B 1B46A 3TQLA 4HCYA 3VFJA 4YKPA 3G3GA 4YKKA 4EF1A 4P11A 2NVUB 1P1UA 2DXRA 5LOMA 4U21A 4QSEA 5DVFA 5AA4A 4N13A 2UVHA 4RJZA 4OWDA 2ESNA 5ELVA 4R2BA 5TU0A 2O68A 3QXMA 5H8FA 2QS2A 1OIBA 1SYIA 1B58A 1JW1A 3V5AA 3W9VA 2VD3A 3QK6A 3U93A 3O97A 4EQ9A 3B6QA 1M5CA 4LZ7A 2XXQA 4MBPA 5TP9B 1A40A 2R6GE 2P0SA 2DOJA 3FVNA 1GVCA 5H8QB 2M8CA 3KSJA 1M5EA 2OCUA 1ELJA 3KJ7A 4G68B 1LAGE 2ZMBA 4FIMA 1ZBMA 4K3FA 1MQDA 2VGQA 4DXBA 3TTRA 4QHQA 3TMGA 2ZNUA 3SETA 5TP9A 1JVXA 4U4SA 2ZNSA 3DLNA 1MRPA 3KOTA 1DOTA 3TUSA 3HCQA 4YMAA 3FIRA 5H8QA 4OEVA 1OLAA 4G8MA 5A5XB 2I4CA 5CMMA 4G68A 2REJA 1IXIA 1Z7ME 3KJTA 3KBRA 3BFUA 2PMSA 3QUFA 4IO6A 5I58A 4F3PA 5FHMA 3IORA 2YJPA 1QUJA 3F11A 3FXUA 4QFLA 5I2NB 1XHYA 3H7MA 3R6UA 4Q5TA 3K6VA 2F5XA 3VDFA 5K2YA 3SKPA 2G29A 4YAHX 3RQTA 3TTLA 3VVDA 3E3KA 3SEVA 4ELRA 1ZU0A 3LC8A 4LZ5A 3BFTA 4JWOA 5AA2D 2AL5A 2D5WA 5I2NA 5ICQA 4BDQA 3BBRA 3TCFA 5HM4B 2DP8A 4DLDA 4ZEFA 4I62A 1DMBA 3K00A 1B1XA 2AYSA 4GL8A 1QUIA 1JEUA 3KSXA 2I3VA 2I48A 4IY6A 3H4ZA 2O1MA 1ATGA 1N7WA 3GLBA 4THIA 1WODA 1B7UA 1Y20A 1LBBA 1Y9UA 4JXIA 4LVQA 2DE2A 3AXFA 1QKBA 4MF3A 4NF4B 2O7IA 3ECRA 2V25A 3FXRA 5I2KA 5L9MA 2Z8EA 3FJGA 2DE3A 2Q2AA 1N7XA 1KWHA 1EZPA 4IY5A 5K2XA 4EQ7A 3ZSFA 1IXHA 1IQ7A 3FJMA 3O9PA 4XKPA 3HPIA 4F3SA 4I9DA 1JEVA 5ISUA 5DEXB 3MP1A 3CSBA 3QYTA 3K01A 4ZE8A 4F19A 1A8EA 3H6WA 5AA3A 1I69A 3VV5A 1R6ZA 1GR2A 4H65A 4PFYA 1DSNA 5CMCA 1JW5A 4U22A 4GF8A 1NMUA 4P0IA 4M4GA 2R71A 1SYHA 1ZKBA 2AL4A 3USDA 1B51A 3THIA 4AQ4A 4ESXA 1MDP1 4R9FA 1LAHE 1Y1MA 3PGFA 1Y1ZA 3O6IA 1SW2A 4NF6A 4R72A 1FW0A 1MY1A 1TFDA 2A5SA 1LCFA 1PEBA 3CG1A 3OEKA 2Z8DA 4IO5A 3I6VA 3MJNA 3CRBA 1VE4A 4X1BA 1TXFA 1A54A 4JSOA 4ELPA 4R73A 1JW4A 1URGA 3K6XA 1HSEA 1MXUA 3HSTA 1Q35A 3OENA 1MXWA 5I56B 2RC8A 5J1DA 3OXNA 5EYFA 4DIGA 3LSXA 4ESWA 1SQYA 2Z23A 5I56A 2WKYA 1H76A 4P0GA 1FTOA 4DXCA 5ICTA 2NUVA 4E0XA 4ZDMA 2NWJA 4NWCA 5I59B 1B05A 1B7ZA 4G2ZA 3L6HA 4IB2A 3V83A 4ZEBA 4KCDA 2E1SA 4ZZAA 1S7YA 3KFMA 1URDA 1H3DA 3SEWA 3CG3A 3T9UA 3MVZA 2XXUA 3H6TA 4BLAA 3C9HA 3TTMA 3PPRA 1B5IA 4YB7A 1I6BA 5B7DA 3PU5A 3PUVE 2CMOA 3MAMA 3FVOA 1UQWA 4UA8A 3R26A 1BKAA 5CMBA 1M5DA 1EU8A 4I8CA 3UN6A 4KQPA 1SW4A 3IOWA 1MXVA 1MH3A 1B3EA 3N6UA 3T96B 4KYSA 5FTHA 3Q27A 1B9JA 1L5TA 4C0RA 2V93A 2DWIA 3UK4A 4JSDA 2A5TB 4FEBA 3W9WA 1XS5A 1MH4A 3TEPA 4H6DA 1YAEA 1MS7A 4M1VA 1FQEA 5EHSA 4U1ZA 3DELB 2XXTA 1SBPA 4C1UA 1URSA 2V3TA 3OO7A 3ILUB 1LB9A 2A5TA 2F78A 2F97A 2DXYA 1PB9A 2XXVA 3T9VA 1P1WA 2HFBA 4JDFA 3G3IA 1IUDA 1N04A 1US4A 3HHFA 1P1OA 4OYVA 4R74A 1AH5A 2RINA 4EXLA 3PMXA 1B0HA 3ODBA 4LQ2A 3TPAA 3EHUA 1YPNA 3K1NA 2PX1A 1II5A 4GIZA 5ITPA 4GL0A 4OFLA 4ZS9A 3IAZA 4GLIA 5KDTB 2UVGA 5CM6A 1NNKA 1XOCA 2F35A 4HTGA 5DVIA 1VFEA 3JYRA 1OVTA 1MQHA 2HQ0A 4KPTA 4RNSA 3JV9A 4IO7A 2ALUA 4XKQA 3QSLA 4GD5A 3O6GA 3LSWA 3N94A 4WKMA 3ZKLA 3L6GA 1AIVA 2ABHA 3K2DA 2YPNA 5KDTA 3R7XA 3MVWA 4XKNA 1LFGA 5L8DA 4TLLB 4YZZA 1SI1A 4KYDA 4PQJA 2PVUA 1QVSA 3RTFB 2DVZA 3S2VA 1MM6A 1FQAA 1Y4TA 4OXVA 4XIGQ 4X48A 1GV8A 4EQBA 3FXQA 3KG2A 3Q28A 1D9VA 3A3UA 4NF5B 1PBPA 3VLUA 3M3FA 1IXGA 4QRZA 2XXHA 2DVCA 4PFUA 4NEDA 5ITOA 4YB6A 2F8DA 4TQUQ 4GXAA 4EDPA 2QMXA 3HHGA 2RCBA 4NF5A 5I57B 3PV0E 4OETA 2RKMA 3IL1B 4LONB 2DYXA 2H99A 2RCAA 2IA4A 4EUOA 4PFTA 3DP4A 2Q89A 1N0TA 3PPPA 4QFKA 3TCGA 1HSJA 4O3BA 1UIUA 5I57A 2OWSA 3TELA 2FYIA 4EXKA 2YLNA 3VVFA 4H1XA 5AA2B 3MBPA 3TDJA 1AL3A 3CFXA 2XXPA 4OESA 1B1HA 3D4GA 3K02A 3K6UA 1N84A 2HZKA 1MM7A 1B32A 1BLFA 4JWXA 3PUWE 2UVJA 2VHAA 2OJTA 1LGBC 5A5XA 3ONMA 4OERA 5KCJB 1B5HA 1O64A 4H5GA 3KN7A 3PPOA 1M5FA 1Y3PA 3TTNA 2QPQA 4OHNA 3LR1A 1D4NA 5L9SA 5JK4A 3LSFB 1LAXA 3MPKA 2Z8FA 4G8NA 5KCJA 5BWJA 3KEIA 5DT6A 2UVIA 1H44A 1SVXB 4OFJA 2HXWA 4H0WA 1ZJLA 4QSDA 2IEEA 3SEXA 4C1TA 4NMYA 4H8JA 2ZYOA 1FTKA 4DXUA 1A7LA 3HV1A 3OOAA 3FASA 1AMFA 4FECA 2PT1A 3G3KA 4FEDA 2F6GA 1JETA 3U8QA 3IOTA 2V84A 2Z22A 2Q2CA 4ND9A 4HW8A 3O2AA 4R6YA 1ZTYA 1AOVA 3MWBA 3PUZE 1MDQA 3RT8A 1NKXA 3MQ9A 4H8IA 1QJMA 1I6QA 3E4RA 5CMKA 3K4UA 3T93B 5CRYA 1BIYA 1ANFA 4NF4A 1EZ9A 3OO9A 3CFZA 5DTBA 3K6WA 1O63A 4RK2A 1VFDA 3LSLA 1N76A 4R6HA 4G4PA 2UYFA 4AB6A 2FNCA 1PC3A 3SERA 4U4XA 3MPLA 5H8SA 3MVYA 1J1NA 4F3BA 2XX7A 5M2VA 4ELQA 3E9XA 3WAFA 2Y84A 3EF7A 3C33A 3GXAA 4QFOA 2QL3A 5DYHA 3JZJA 4EF2A 5DEXA 3MUQA 3EPEA 4RA1A 2HAVA 2VP1A 3ZS6A 1GGGA 2ZXTA 1Y3QA 3S4UA 2THIA 4FATA 1TT1A 3IJOB 2ZYMA 1NNPA 3H6UA 3S9LC 4UACA 4GQOA 4HCWA 5L9OA 3OD7A 2OLBA 4U23A 3UP9A 2B3BA 2XXYA 4BDRA 5I84A 3MP8A 3FD3A 1PB7A 1N3WA 3EHTA 3QIMA 3PPNA 4BDMA 4XKRA 3KOSA 4OFOA 3IB0A 3VE1B 4TLMB 4GRKA 2AIXA 3FV2A 2Y7PA 3UGWA 2I49A 2I58A 4LUBA 4GVOA 1FTLA 3CFLA 1Y3NA 4WXJA 3T9XB 1LFIA 1FQCA 4RY1A 5FHNA 3TTKA 1A99A 2VOZA 3FZVA 4RXLA 4G77A 1DPEA 3TZAA 1UIVA 3IB1A 3KN8A 3Q25A 4X1DA 1DTGA 3KZGA 2R9JA 4YU0A 1LBCA 2ONRA 2QMWA 2VD2A 5FHOA 4JWYA 3SEYA 3LUYA 4DE8A 4E0WA 4F2QA 2I0CA 4F22A 3RT6B 3TKDA 3M3KA 3CI8A 2F34A 2Q9TA 3U94A 3FATA 3OELA 4ZEDA 2F36A 4FORA 1FCKA 3PUXE 2QSXA 4IO3A 1B3GA 4YKIA 2CZLA 2ZNTA 3IO6A 4KR5A 4NTLA 5I59A 2NXOA 5CBSA 2GH9A 3UIFA 4F39A 1FTMA 1USYH 1MY3A 1MY0A 1HSLA 4G8HA 4R9GA 3T66A 3G3JA 1B3LA 2QS1A 2GHAA 4HS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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