4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
1AOVA 4UA8A 1VR5A 1SYHA 2PX1A 2XXWA 4X9TA 4H8JA 4OFJA 4M4GA 3PV0E 1DOTA 4HCYA 2PT1A 2DWJA 3DP6A 1MM7A 1LLSA 3FIRA 1QW0A 5BUUA 1P1OA 1MM6A 4GQOA 1HSEA 4ELRA 1O63A 1M5BA 5AA4B 3KJTA 3C32A 3G3JA 2NUVA 2ZNUA 4EF2A 2XXPA 2DE4A 3RLFE 4X1BA 1ZJLA 1B58A 1UTBB 1BIYA 4C0RA 4ONYA 3U8QA 3FUZA 1Y3NA 3ODBA 2F97A 3KEIA 3G3GA 4OXVA 5I59A 4GIZA 2QMWA 5I57A 1LAGE 3OXNA 2ZNSA 4ZZEA 3MUQA 2CMOA 4OFLA 3V89B 5ISUA 1I6QA 3M3KA 1LSTA 1Y1ZA 4H6DA 1L5TA 4H5FA 2X7QA 4WEDA 3DM0A 4OERA 2QSXA 1FQFA 1RKMA 3LSLA 3K2DA 2VGQA 4YKPA 3RNNA 3HSTA 1SW5A 2ZXTA 1A7LA 4NF4A 5HM4B 3MVYA 3RY3A 2XD3A 1HSJA 2I49A 1MPCA 3RTFB 3QK6A 3IL1B 3TCFA 3C35A 3FVGA 3MC2A 3O2AA 4KQPA 5TPAA 4TQUQ 3IOUA 3B6WA 4F3PA 3ZKKA 4KD5A 1Y4TA 2E0SA 1CB6A 3KOSA 2OCUA 5KDTB 4NF6B 2HAUA 4YKIA 2XD2A 5JK4A 2XXHA 1FQEA 1D4NA 3E9XA 4G68C 3FATA 1Y3PA 5CI5A 1TWYA 2O1LA 1YAEA 1VFDA 1OLCA 2V84A 1WDNA 3VVEA 2F6PA 1USYH 2HQ0A 2RINA 3IX1A 5J1DA 4LQ2A 2GFEA 3TZAA 3CRBA 2H98A 2QS3A 3ZSFA 2R71A 4U23A 3TQWA 1T0KA 2DYXA 4XKQA 3F11A 2ZYNA 1J1NA 1B5IA 1LFHA 3E13X 5CC2A 3W9WA 1SW4A 1B4HA 4NWDA 3THIA 2QL3A 3D4GA 1PDAA 3H3GA 3OENA 4R9FA 1N7XA 2QMXA 3CFXA 2UVJA 1CE2A 4HCWA 3CG1A 4JWYA 5ICTA 2VD3A 3TPAA 5TU0A 2YJPA 1FQAA 5F7VA 3OSRA 2VP1A 3VLUA 4F39A 4ISUA 1ELJA 1R6ZA 1MPDA 2D21A 2F7AA 2FYIA 2Z22A 4F1VA 4F18A 3JV9A 4NEDA 3PUZE 2O68A 1EZOA 2I3VA 5I59B 4Q0CA 4UACA 4PFYA 2XXUA 2ANJA 4IO4A 4H0WA 2W7YA 3M8UA 3QSLA 1GR2A 2HXWA 1D9YA 1FQDA 1MG1A 3M3LA 4OMBA 1YTVA 5I2NA 2F7BA 3VLVA 4FECA 1S50A 4QFLA 4DE8A 5FHMA 3HN0A 5K2XA 3KOTA 2RC9A 3K1MA 1FTLA 3CFLA 4ESWA 1OIBA 3MP1A 5CMKA 3TQLA 3C4MA 1ZMGA 3KSXA 1B7UA 4JDFA 4C1TA 2XX7A 1A8FA 1B5JA 3FVKA 3MJNA 1QKBA 2HZKA 4U21A 1B4ZA 2O69A 1TXFA 2OJTA 2UXAA 4TLLB 5TPAB 4YAHX 4NF5B 4N13A 5I84A 3LC8A 5CRYA 2WKYA 1NKXA 2F35A 5JTYA 1B51A 3FXQA 3A09A 3JZJA 1WODA 3RPWA 2GHBA 1S7YA 2XX8A 3N26A 3HHFA 2AYSA 3E4RA 5H8SA 4XKNA 3T66A 1O64A 2V3TA 3S9LC 3SEWA 4IB2A 2XXQA 1MH3A 1M5EA 3LBSA 5EYFA 2LAOA 3PPOA 3N6UA 3ILUB 1XVYA 2UVIA 5L9MA 3MP8A 2AL5A 4OVJA 3H6VA 1MQHA 5B7DA 2RC8A 4I8CA 3OMBA 5L9SA 3U72A 2Q88A 1H45A 2DE2A 1PEBA 3UA8A 2GHAA 4LVQA 3O66A 2FA7A 2OK2A 4X48A 4XXUA 2UVHA 1IXIA 3SEUA 3VXBA 4EQBA 4OYVA 3I6VA 4BDLA 2B3BA 5BWJA 4MFIA 1BTJA 4G4PA 3RQTA 3H06B 1QULA 2F5XA 2OBGA 3SDFA 3N6TA 3OO9A 4Q5TA 5TP9B 4POXA 3C9HA 4OENA 2HAVA 3DP4A 5JEIA 4R2FA 3MQ9A 3FGSA 4JBZA 4F19A 1NFTA 4G68A 2Q8JA 4U22A 2PMSA 4H67A 1MY4A 4YMAA 3C33A 3TEPA 4RK9A 4U1ZA 3T9XB 1LBBA 4IY5A 1PB7A 2H5YA 3H4ZA 3S4UA 5I2NB 3PGFA 3MZBA 5DVFA 4NF8A 2DWAA 1PC3A 4QFPA 3OOAA 2YPNA 2ABHA 2RCAA 4R9GA 5I56A 5CMMA 3VVDA 4IGTA 4DIGA 3VLWA 4BDNA 1A99A 3TDJA 4BDQA 4EUOA 4GLIA 3IK6B 5EHMA 5FTHA 4HTGA 4EQ9A 4DZ1A 2DVCA 4OESA 4L17A 4PE5B 5JTYB 3RUMA 1XOCA 3KG2A 2H9BA 3TTNA 3MWBA 2DXRA 3B7DA 4F2QA 5IKBA 4ESXA 3CG3A 4G2ZA 1H76A 2OLBA 4P0IA 4ZECA 1PBPA 3EN3A 2DWHA 1PB9A 1NMUA 4QHQA 3VXCA 3PD8A 1XHYA 1D3KA 1IQ7A 1MXYA 1OVBA 5IAIA 1R9LA 4IO3A 4QSEA 2F8DA 1N3XA 3PMXA 1SW1A 4ZE8A 2P1SA 3CSGA 4F29A 3FASA 4ZEBA 1B3FA 2ONSA 2RCBA 1MQIA 1SDXA 3K6XA 1MH4A 3RTWB 1B3EA 2QS2A 5H8FB 3PMWA 1MDQA 2IA4A 2D3IA 4QSDA 2ESNA 3UIFA 3TTRA 1R1NA 4G8MA 2VOZA 3DELB 3H03A 3RT6B 3TTKA 3MVZA 2Q2AA 1JQFA 4R2BA 3BBRA 4I62A 1URSA 4G68B 3I5OA 2QJEA 4BDMA 1NNKA 1PB8A 4PQJA 2Z23A 4GXSB 1XS5A 3O29A 1B1HA 4QRZA 1DTZA 1UQWA 1SW2A 4R74A 4RPNA 3K4UA 3PPQA 1A40A 3Q27A 2DOJA 5K2YA 1GGGA 1WVJA 1DTGA 4AB5A 5KZTA 3CR9A 5DYHA 3K00A 2F78A 3GZGA 2I4CA 5I56B 1B7ZA 4YKJA 2AIXA 2E1SA 5EHSA 1SQYA 4YB7A 3FJGA 1MPBA 3S2VA 1LAHE 2M8CA 3GLBA 4I1DA 3QIMA 4FORA 2Q9TA 4QSCA 1M5FA 3B6QA 1XC1A 4ZEIA 1N84A 2XHDA 4FEDA 1JNFA 1FTJA 1MDP1 3CVGA 2V25A 3Q25A 4OZ9A 1ZKBA 1MXWA 4XTCQ 3VVFA 1MXZA 1TFAA 1QUIA 4FIMA 2DP8A 1I6AA 4H1XA 3H6TA 3MBPA 2G93A 3FXRA 1GTKA 3UK4A 1Y4CA 3T22A 3WAEA 3OD7A 2V93A 4GVOA 4JXIA 4FATA 1MXVA 5ICQA 1B3LA 3CFZA 2HEUA 3GBBA 3ZKLA 1QVSA 4WEPA 5FHOA 2O7UA 4XIGQ 4P0GA 2V3UA 1A54A 4F2OA 4PFTA 3QXMA 3QYTA 3G3FA 1DPEA 4JWXA 5H8QA 3G3HA 4KFQA 3MW0A 3M3FA 5H8HA 4F3BA 3SERA 1BKAA 1I6BA 5I57B 1PBQA 1B05A 3OEKA 4NE4A 2OWTA 4F1UA 4MBPA 1S9TA 2ZYOA 4ZEFA 4N6PA 1KWHA 3WAFA 5DEXA 3P7IA 1B9JA 3U93A 3PUYE 4R72A 3DP8A 1MY1A 3B6TA 4R6HA 3S9NC 4I9DA 1UIVA 2P2AA 2ONRA 5FTIA 2NVUB 4NF4B 3S9MC 3G3IA 1A55A 1NH8A 3K6VA 1MY0A 2XXVA 1FQCA 4PETA 3TMGA 1LCFA 1Q35A 1JEVA 4OEVA 1B46A 4M1VA 3EHTA 3FJ7A 2O7IA 3VE1B 3SESA 3IORA 2HZLA 1B32A 3N5LA 3K1PA 3HHGA 3G3KA 4YU0A 2A5SA 1FW0A 3MAMA 3MVWA 4IO5A 2GH9A 3ZS6A 2XXIA 2H25A 3UP9A 4R73A 3K6UA 2PYYA 5AA2A 2RF1A 2RKMA 1IZ1A 1JVXA 4LQ5A 4FE8A 3C34A 4OETA 4DDDA 2PT2A 3VDFA 4H65A 4QFNA 1FQBA 4BLAA 3N94A 3U92A 4O3CA 2QPQA 4N07A 1UTHA 3EF7A 4GRKA 4AQ4A 2QRYA 1F9BA 3O97A 1N04A 4MLVA 1NH7A 4KYEA 2ALUA 5LOMA 4DCXA 1YCJA 3V5AA 3SKPA 1H44A 1Z7NE 2B65A 4RXLA 3VFJA 5HPQA 2QS1A 4YB5A 5ELVA 1RYXA 4JSDA 1A8EA 3SEVA 1B3HA 4KHZE 5H8QB 3UN6A 1OQHA 4RY1A 3OO7A 3EHSA 1IIWA 2G29A 3SEXA 2BJJX 3IJXB 1LFGA 1OMPA 3E3KA 2DSFA 1SVXB 4JB7A 4LA9A 2F34A 4LZ5A 2I58A 2I3WA 2H99A 3ECRA 2Y84A 4ZDMA 3IB1A 3TAJA 2I48A 4P11A 3LSWA 1LB9A 1LGBC 2H4IA 4KYSA 3IOTA 3C31A 3KZGA 2HCAA 4O3BA 3O6GA 4MH5A 1ZBMA 5I58A 2DXYA 4KCCA 4TLMB 3V8XB 3Q29A 3FXUA 3H7MA 1YPNA 4DCYA 4ELPA 4WXJA 1N76A 2XX9A 1USYE 4NF6A 5L8DA 1BP5A 4FAJA 1EH3A 1MQGA 4IGRA 1OLAA 1EU8A 3PPNA 1SBPA 3KJ7A 4KYDA 5ITPA 1IXHA 1Q1KA 4NTLA 2VD2A 1VSOA 4FEBA 3AXFA 2THIA 3JYRA 2Y7RA 3OO8A 3EQ1A 5AA2B 3K01A 3VV5A 3FV1A 4EXKA 3PUVE 4OQOA 5CMCA 1AIVA 3BFTA 5KCJA 1II5A 2RC7A 4RYAA 2UVGA 2Y7WA 4YZZA 1URDA 3TTLA 1N0TA 1GVCA 4LATA 4AB6A 4H8IA 4HW8A 3PUXE 3C36A 1UTHB 4KCDA 2DE3A 4U1OA 3R7XA 2O6AA 3V83A 1JETA 1POTA 4ZEDA 5A5XA 1QUJA 1DSNA 3PPPA 1FTOA 2XXRA 5HBCA 3ONMA 2DS9A 1H43A 3TYHA 2AL4A 4RK2A 3R26A 1ZLQA 4Z0IA 1IITA 2DQVA 3UORA 2D5WA 3UGWA 3USDA 4IO6A 1AL3A 3SEYA 3G7WA 4H5GA 3KGCA 4RNSA 3KN8A 3OEMA 3TFLA 3MPLA 4GOTA 1SI1A 3CI8A 3MZ9A 2Y7PA 4YB6A 1TFDA 1FTMA 4U4XA 4ZS9A 4ZE9A 4DXBA 1M5DA 2O51A 1B0LA 2I0BA 4NF8B 3W15C 1B2HA 3O28A 5AA2D 2X26A 4G8HA 3OELA 4K3FA 3LR1A 1IEJA 2FNCA 3BKIB 2ZNTA 3FV2A 4THIA 4ZZAA 3KFMA 3IB2A 4OHNA 5I58B 3L6GA 2GRVA 3HCQA 4NF5A 4U4SA 5DVJA 3KBRA 1POY1 5DTBA 1VFEA 1JEUA 2NWJA 1P99A 1ANFA 2P0SA 5CM6A 3HPIA 1UIUA 2A5TA 4PP0A 2F36A 2NOOA 1IXCA 2UYEA 4XKRA 1Y3QA 2B3FA 1ATGA 3HV1A 3BFUA 4E0WA 4POWA 3O6HA 1XVXA 2O84X 5KCJB 1B6HA 4EDPA 1NNPA 4GF8A 1LFIA 1B7HA 3PUWE 1JW1A 1MXXA 1SD3A 3IR1A 1FCKA 1QJMA 2OZZA 4PFUA 5DVIA 3R6UA 5B70A 2ZYMA 2ZYKA 1QKAA 3H6WA 3U1OA 1ZU0A 1MS7A 2UYFA 5CMBA 1MY2A 5A5XB 1DPPA 4ND9A 2VHAA 4OEUA 5H8NA 3RN8A 3CSBA 5TP9A 1LCTA 4R75A 1US5A 3D4CA 1BLFA 3OSQA 5AE4A 4GFRA 3GXAA 4R6KA 5I2KA 1NL5A 2KLFA 3IOWA 2Y7IA 2Z8EA 3T9VA 3K1NA 2CZLA 2X7PA 3EHUA 4GL8A 3IO4A 3MVXA 2QS4A 3CIJA 4F3SA 3IOVA 3TCHA 4F31B 3MPKA 5M2VA 3TCGA 1AMFA 3T93B 4BDRA 3TODA 3K02A 1B1XA 3QAXA 1OQGA 4GWOA 1RYOA 2PVUA 4MF3A 2Z8DA 3K0VA 5AA1A 4U2RA 1P1WA 2Y7KA 4YICA 1OVTA 4F3GA 4G77A 1P1QA 4E0XA 1HSLA 2I6EA 4EF1A 2Z8FA 4DXUA 4ELOA 2Q89A 4OWDA 1P1NA 4PFWA 4OTEA 1URGA 1O7TA 2F6GA 4LONB 1B40A 4GL0A 3KN3A 4IO2A 2XXYA 4ZEKA 1LAFE 2NXOA 4DLDA 4NWCA 1JVYA 3TTMA 3HO7A 1N3WA 5ITOA 1MQJA 3T9HB 3IB0A 1TT1A 3IJOB 2A5TB 3S9EA 1Y9UA 3PPRA 4EQ7A 1MRPA 3QUFA 2Q2CA 4G8NA 4TOZA 4QFKA 1B5HA 3LSFB 1MQDA 3A3CA 1QUKA 1IXGA 2YLNA 4YMBA 2DVZA 4LP2B 1D9VA 1NNFA 1Z7ME 2REGA 3H6UA 3QUJA 2I4BA 4WKMA 5L9OA 5AA3A 5AA4A 1B52A 4NMYA 1MY3A 1M5CA 4IY6A 4JSOA 1DMBA 4Z7EA 4EXLA 1UTBA 3RT8A 2IEEA 1SYIA 4C1UA 1LB8A 1Y1MA 3TUSA 3LSXA 1GV8A 1MXUA 4QF9A 1JW5A 4FJPA 4RA1A 3EPEA 3KN7A 1ZTYA 3U94A 5H8FA 5CBRA 3DLNA 3KSJA 1N7WA 5H8HB 2R6GE 1SI0A 3Q26A 3I3VA 3PMVA 1XT8A 2XXXA 1LBCA 5DT6A 5H8NB 3T9UA 3SETA 3A3UA 4LUBA 4JWOA 1I69A 4GD5A 2OWSA 4XKPA 4IO7A 3MP6A 2O1MA 5I2KB 3FJMA 1B3GA 1VE4A 5DEXB 2ONKE 3Q28A 3T96B 4F22A 1FTKA 4Q8RA 4F1YA 4HS7A 2F7CA 4YKKA 4RJZA 4KR5A 4QFOA 3L6HA 1P1UA 1LAXA 4OFOA 3ILTB 4LZ8A 3IO6A 1EZ9A 2V3QA 5FHNA 3FZVA 4KPTA 4RPOA 3FD3A 4ECFA 2ZMBA 2XXTA 1EZPA 3W9VA 5CBSA 4GXAA 1US4A 1ZIUA 3O6IA 3IAZA 4BDOA 1JW4A 1NNTA 4MLQA 2R9JA 3O9PA 5KDTA 1IUDA 3FVOA 1Y20A 4Q30B 4DXCA 4X1DA 3K6WA 3FVNA 2PBWA 4LZ7A 3PD9A 3GBAA 1B0HA 2DWIA 3TKDA 3MZ1A 3RGYA 2I0CA 3LUYA 5F1QA 4ELQA 1R9QA 4KI0E 2HFBA 2REJA 3OO6A 1H3DA 3TELA 4R6YA 1AH5A 4O3AA 3PU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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