4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
4QHQA 2O6AA 5DEXA 4LONB 5AE4A 3GZGA 1B4ZA 4N07A 4M1VA 1H76A 3VVDA 5DT6A 3OSRA 1WODA 2V3TA 2A5TB 3CG1A 1JEVA 2OJTA 1MXZA 4F29A 4QFPA 1QUIA 2F36A 1NNPA 1TFAA 3A09A 4G68B 2O1LA 2DWJA 1PB7A 2RINA 2QS2A 4F2OA 3BKIB 1LFGA 4G4PA 4MH5A 1IXHA 2F7CA 4EF1A 4FATA 3VXCA 3QUFA 3EN3A 2F78A 1H44A 1QVSA 2I3VA 2I48A 1N84A 3H6VA 4G8HA 3K02A 4LP2B 4RA1A 4PETA 3SEWA 3FJGA 5ICTA 3PMVA 2Q88A 4H8JA 4U4XA 1USYE 4IO3A 4OMBA 5I2KA 2NUVA 1FQFA 1MPDA 3O9PA 2AL4A 3HN0A 1MM6A 1B2HA 2RC8A 1FTJA 1D9YA 5H8SA 5L9SA 3M3FA 4ZEFA 4TOZA 2Q9TA 1Y9UA 5FTHA 3PU5A 1N04A 2YLNA 3PUXE 1JVXA 3C33A 3MPKA 3QIMA 1IXCA 2AYSA 1LGBC 1FTMA 1ZTYA 2H5YA 4PFYA 4MLVA 2XXHA 1DTZA 3JV9A 4WEDA 1URDA 3K2DA 4KYEA 2DOJA 2HCAA 4ZEIA 4MBPA 4X1BA 3FJMA 1ZKBA 1I69A 1TXFA 1TT1A 4KHZE 1B0HA 5A5XA 4C0RA 1PDAA 4PP0A 3M3LA 2XXPA 4I9DA 3CRBA 2IA4A 5BWJA 4IGRA 2ALUA 4R74A 1LAGE 1N7WA 4P0GA 4EQ9A 3IOTA 3DP6A 3LUYA 2ZYMA 1VFEA 1LB8A 1JQFA 4LVQA 3IB0A 3IX1A 1XVYA 4YAHX 3T9XB 4C1UA 3MVZA 1LB9A 2AIXA 5H8NB 3LSWA 3RLFE 2ZYKA 4H5GA 2D3IA 3OD7A 3E3KA 3FVGA 3T66A 3MP6A 2O84X 3SETA 2BJJX 3GLBA 1JW5A 3JZJA 2GFEA 5H8QB 3M8UA 1DPEA 1FCKA 2F7AA 1NNTA 2OZZA 4GOTA 4I1DA 1M5BA 5I59B 4ESWA 3FASA 3KZGA 2UVHA 3TELA 3GXAA 5K2YA 2WKYA 3TPAA 1B51A 3DELB 4X48A 2Z22A 3K6WA 2F34A 3VLUA 1P1NA 5I57A 2Y7WA 3PPPA 2DQVA 1P1UA 2PMSA 5AA3A 3ZS6A 4MLQA 4NF8B 1ZIUA 4ZDMA 3ZKKA 3WAEA 3RT6B 5IAIA 3PPQA 3PUWE 4OEUA 3TTKA 3MAMA 4MFIA 1N3XA 2ONKE 3MBPA 3LBSA 1VR5A 3IOVA 1B3HA 2HFBA 2ESNA 3CSBA 3G7WA 5DVJA 3TCFA 2I58A 4R9GA 3IOWA 1H43A 2DE4A 2A5SA 2Z23A 2V3UA 1LFHA 2GH9A 4I62A 3Q27A 5CM6A 3GBBA 4F19A 1IUDA 1YPNA 2DP8A 1FQDA 5I84A 1B52A 1OLAA 3N26A 2P2AA 2PVUA 2OBGA 4F39A 1SYIA 4BDRA 2RCBA 1QJMA 4O3CA 3MP1A 3TCHA 1URSA 3SEXA 4QFNA 1P1QA 1CE2A 4P11A 3WAFA 4JBZA 3G3JA 1B0LA 4OWDA 4R6HA 1R9QA 4Q5TA 1MY2A 4H8IA 2R71A 3MZ1A 4EXKA 1Y3QA 3TFLA 2QMXA 2UVJA 2DWIA 3RTWB 5KDTA 3ZSFA 3S9EA 3PUYE 2F6GA 3VXBA 4XKQA 1SI1A 2ZYNA 2XXTA 2GHAA 4BDLA 1DSNA 3S9MC 4YB5A 1B3GA 4EUOA 4U22A 1UTBA 3VV5A 3OEKA 4LUBA 2YPNA 1JVYA 4PFTA 1BP5A 3MVWA 1MPCA 4F1VA 1US4A 1A8FA 2R6GE 4P0IA 4OFJA 3ONMA 3VVFA 1RKMA 3FATA 4XIGQ 2V25A 4N13A 3T9UA 5K2XA 3KG2A 1S7YA 2Y84A 4DXBA 3LC8A 5FHMA 4BLAA 2O68A 3R6UA 3N6UA 4NF5A 2QS1A 1JNFA 5JTYA 3RT8A 1MY1A 4BDQA 4ECFA 4ISUA 3OSQA 3RTFB 2XX9A 1MRPA 3CFLA 1ANFA 4EQBA 4XKRA 4ESXA 3E9XA 3L6GA 1A54A 3H03A 4H1XA 3P7IA 2Y7KA 1B7HA 3QAXA 1RYOA 2Q2AA 3LSXA 5AA2D 4R2FA 4IO6A 4IY6A 4OTEA 3B7DA 3F11A 4KYDA 4KPTA 2ONSA 2CZLA 4U4SA 3K4UA 4BDMA 1H3DA 4ZZAA 4IO2A 2DWAA 3CSGA 2XXQA 1MPBA 4Q0CA 1LCFA 3SDFA 3U8QA 2I6EA 2DXRA 1AH5A 4GWOA 2HQ0A 2XX8A 3FD3A 4UA8A 1QKAA 4QSCA 4R73A 4WEPA 1SD3A 3OXNA 2FNCA 2XXXA 2DVCA 1MQIA 4F3SA 2DVZA 1QULA 4G77A 4K3FA 5I56B 5CMBA 3TTMA 4JSOA 3K1PA 4BDNA 2UYFA 4JB7A 3K6XA 1MDP1 3FVKA 5TPAA 3MP8A 4PE5B 2QPQA 3OO6A 2X7PA 3PUVE 1POY1 1MQJA 1L5TA 4DZ1A 2ABHA 5DVFA 1SBPA 3O6IA 1AL3A 3C36A 1P99A 3H3GA 3VE1B 1YCJA 3FGSA 4F22A 3W15C 2G29A 1II5A 1R9LA 3OO9A 3HHGA 4YMBA 3EF7A 4HCWA 1M5CA 5CC2A 1SI0A 2Y7IA 4WKMA 2O7UA 4X1DA 3N6TA 4OENA 3RNNA 1MXVA 4YU0A 2REJA 5F1QA 2RF1A 4IO7A 4I8CA 4NF6A 1GTKA 3TQLA 3HV1A 5AA1A 3VVEA 2DS9A 2QS4A 2NOOA 5KCJA 1D9VA 4KR5A 3IO6A 3HPIA 2E1SA 5AA4A 2F6PA 4GL0A 1XVXA 5A5XB 5EHMA 1DTGA 4ZS9A 3S9NC 2I4CA 2Z8DA 5H8HB 1OMPA 3TAJA 3A3CA 1SW1A 4GVOA 4XKPA 3KN7A 2V3QA 2XX7A 4TLLB 1IXGA 2ZXTA 3BFTA 3S9LC 3O6HA 2QL3A 3KN8A 4OETA 4OESA 3BFUA 3TODA 5EHSA 1IITA 3TMGA 4HW8A 3FJ7A 2RCAA 1Y3NA 3VFJA 3IO4A 3EHTA 1MQHA 1EZ9A 3C9HA 4LQ5A 4Z0IA 4U1ZA 3H06B 3S4UA 1RYXA 4O3BA 1N3WA 4E0XA 2W7YA 3CG3A 1SVXB 4FJPA 1UQWA 1JW1A 3IORA 5ISUA 3RPWA 2G93A 4LZ5A 4OEVA 4ZE9A 2RC9A 1GVCA 2DWHA 5TU0A 4WXJA 4DXUA 3O29A 1N0TA 3OMBA 2I49A 1I6AA 4OVJA 3MWBA 2O51A 4JWXA 3FVOA 1JEUA 4FIMA 3KGCA 3C34A 2O69A 3K1MA 1CB6A 1GR2A 3EHUA 3D4GA 1B5JA 4YKIA 4DXCA 2D21A 3SEYA 3RN8A 4ELQA 4LATA 4F3PA 4QFKA 1MY3A 1R1NA 1MH4A 5CBRA 1Y4TA 1FW0A 3KSXA 3PGFA 1MQDA 3RGYA 4KQPA 1B40A 5JEIA 2I4BA 1GGGA 4RJZA 3K1NA 2HEUA 3DP8A 4ZEBA 5ITPA 1Q1KA 4L17A 4JXIA 2I0CA 1TFDA 1B3FA 2VHAA 1ZBMA 5H8FB 3LSFB 4BDOA 3MPLA 1VFDA 4E0WA 4QRZA 4F3BA 3U72A 2XXIA 4QSEA 4LZ8A 3TUSA 1IIWA 4FE8A 4YKJA 1FQBA 3PD9A 2F35A 2Y7PA 2Z8EA 3CR9A 4QFLA 1MQGA 4EQ7A 1MXUA 5TP9B 3B6TA 3IJXB 1MY4A 3HO7A 3ECRA 2XXRA 3OOAA 3T93B 4DE8A 3K01A 5H8NA 1DOTA 4FORA 3TYHA 5L9MA 5HM4B 1LSTA 2PYYA 3MW0A 2OLBA 4ZECA 3PPOA 4YB7A 1LBBA 1D4NA 1IXIA 1B5IA 3N94A 4FEDA 1EH3A 4YKKA 4OZ9A 4RK2A 3S2VA 3O6GA 5I59A 3UN6A 3SESA 1S9TA 3QK6A 2HXWA 1LCTA 3T9HB 1LFIA 4QF9A 3IB2A 1SW5A 4RY1A 4NF5B 3BBRA 1WVJA 4H5FA 4IO4A 1B05A 2H25A 5JTYB 1B4HA 4DCYA 2F97A 3I5OA 4F1YA 5I58A 2UVGA 4F3GA 2VD3A 1POTA 3G3HA 2X7QA 4JSDA 2QMWA 5L9OA 5CMCA 4HCYA 3PMXA 1MXXA 2XXVA 4YB6A 4F31B 2XD3A 1MG1A 1MM7A 2DYXA 1FTLA 1Y3PA 3U94A 4ND9A 3TTLA 1BLFA 4OHNA 3R7XA 1IEJA 1Y1ZA 2GRVA 4ZEDA 3RUMA 3HHFA 4NF4B 3T22A 3CVGA 1FQAA 4EXLA 5J1DA 4OFLA 3IB1A 3C35A 3PV0E 4FEBA 3IAZA 1AMFA 5AA2A 1J1NA 1ZLQA 4EF2A 4GF8A 1PBQA 5CRYA 3FXRA 2V93A 5DEXB 1F9BA 1NH7A 3OEMA 3PMWA 5TPAB 2F5XA 1B6HA 4IY5A 4U21A 4NMYA 2LAOA 1B32A 1GV8A 1NMUA 1NL5A 2OWSA 2UXAA 3IL1B 4GLIA 1N76A 2QJEA 3KSJA 1R6ZA 1B9JA 3GBAA 1MXWA 3KOTA 2B3BA 4YICA 3SEUA 1SW2A 1PB8A 3CFXA 4DLDA 3DP4A 1MH3A 2B3FA 4QSDA 4LZ7A 2FA7A 3UK4A 5KZTA 1Y1MA 3KEIA 1FQCA 2AL5A 2Q8JA 4DIGA 1B5HA 4NF6B 1EZOA 4GIZA 4O3AA 3H7MA 4GFRA 5I2NA 3U1OA 3MC2A 3OO8A 3O66A 5IKBA 5AA4B 1OLCA 5I2KB 2XHDA 3TCGA 3K6VA 4OQOA 4H6DA 1M5EA 4LA9A 1LBCA 1I6QA 2FYIA 3KBRA 4POXA 1B46A 1D3KA 2ZYOA 1UTHA 4POWA 2P1SA 3EPEA 1TWYA 4UACA 2DE2A 1MY0A 3LSLA 1T0KA 2UVIA 2B65A 1HSLA 3HSTA 3MZBA 2XXYA 3UORA 2QSXA 3Q25A 4F18A 4G68C 4RYAA 3W9VA 4F2QA 2GHBA 3IR1A 3ODBA 3UGWA 1O63A 3H4ZA 3QUJA 3VDFA 1BIYA 4U1OA 1QKBA 4ELRA 3W9WA 3U93A 1B1XA 2THIA 2RKMA 1ZU0A 1EU8A 4PFWA 4RK9A 5FHOA 2UYEA 2VD2A 4FAJA 1US5A 5I56A 4G8NA 1USYH 1P1WA 4MF3A 1QUKA 3VLWA 1WDNA 2OWTA 1ZMGA 3THIA 3OELA 1PB9A 2XD2A 3O2AA 2D5WA 1PC3A 2KLFA 1ATGA 1PBPA 3UIFA 3USDA 1AIVA 4U23A 4U2RA 4R9FA 4ZZEA 3T96B 4YKPA 2NWJA 1XS5A 3MQ9A 2A5TA 3H6WA 3MZ9A 2F8DA 2CMOA 1MS7A 2HZKA 2PT2A 2DSFA 1UIVA 4G68A 3TKDA 4GD5A 3QYTA 3C32A 4HTGA 2X26A 3A3UA 4QFOA 3JYRA 1AOVA 5B7DA 4KI0E 3FVNA 1Q35A 3D4CA 1NFTA 2PX1A 2DXYA 2ZMBA 4KCCA 3RQTA 1H45A 2H99A 5DTBA 4JDFA 3FIRA 3EQ1A 4DCXA 1DPPA 1OQGA 1LAFE 3B6WA 4AB5A 5B70A 4RPNA 3RY3A 1HSJA 1JW4A 2QRYA 4IGTA 1NNKA 1FTOA 3MVYA 1B3EA 5CMKA 3TEPA 1ELJA 3QXMA 4X9TA 5I57B 1FQEA 3ILUB 3T9VA 4Q8RA 5H8HA 3SEVA 2Q2CA 1OVBA 2O7IA 4G8MA 3KOSA 1M5FA 1NH8A 3IK6B 3QSLA 5CI5A 1SQYA 2I3WA 3Q28A 3MUQA 5EYFA 5L8DA 3DM0A 2NVUB 2E0SA 2OCUA 1IQ7A 4OFOA 3IOUA 4H67A 3C4MA 3CIJA 4KFQA 4R2BA 4GL8A 1XT8A 3UA8A 1FTKA 2P0SA 2Y7RA 1UIUA 1B58A 1LAHE 3E4RA 3FUZA 4KYSA 2HZLA 3KFMA 1LAXA 4Z7EA 4JWYA 3EHSA 1A55A 1SYHA 1QW0A 1SW4A 1VSOA 4THIA 3FV1A 3KJTA 1BKAA 3VLVA 3TTNA 3U92A 2XXUA 3C31A 1ZJLA 2ANJA 4GXSB 3IJOB 4R6YA 4GRKA 3K00A 4AB6A 4NE4A 3FV2A 3L6HA 1XC1A 1JETA 1OQHA 2I0BA 4PQJA 5I58B 4TQUQ 2YJPA 3TTRA 2H4IA 5KDTB 4LQ2A 2Z8FA 3LR1A 3KN3A 4XKNA 4ZEKA 5ITOA 3G3IA 1A7LA 1IZ1A 1UTBB 4FECA 3N5LA 3Q29A 2H9BA 3G3FA 2PBWA 5H8QA 2M8CA 1BTJA 5HBCA 4IO5A 2XXWA 1M5DA 4R6KA 5M2VA 5CMMA 2ZNSA 4OXVA 1OVTA 3V83A 2VOZA 1YTVA 3B6QA 1YAEA 3SERA 3CI8A 1OIBA 4KCDA 4C1TA 5H8FA 5AA2B 1B7UA 2O1MA 1P1OA 4NF8A 3I3VA 5ICQA 3AXFA 1SDXA 4H0WA 4RXLA 3SKPA 4G2ZA 5F7VA 4OYVA 2R9JA 1LLSA 1Z7NE 4OERA 1Y4CA 3Q26A 5TP9A 2HAVA 5FHNA 2QS3A 4AQ4A 1NNFA 1Z7ME 5BUUA 4JWOA 2IEEA 4NWCA 3E13X 4PFUA 5ELVA 1A8EA 4M4GA 3O97A 4XXUA 3TDJA 3UP9A 3OO7A 3HCQA 4H65A 3ZKLA 4ZE8A 5LOMA 1Y20A 3OENA 1QUJA 4Q30B 5CBSA 3FXQA 3MVXA 2V84A 3KJ7A 4HS7A 5DYHA 3FZVA 4GQOA 2VP1A 1MXYA 2NXOA 4KD5A 4NEDA 4EDPA 3R26A 5DVIA 3FXUA 1B1HA 3TQWA 3G3KA 3V5AA 4N6PA 4R75A 1XOCA 2ZNUA 1A40A 3G3GA 4DDDA 5I2NB 4RPOA 4ELPA 2Q89A 1O7TA 3M3KA 4GXAA 2RC7A 4TLMB 1I6BA 1KWHA 3K6UA 1B3LA 1N7XA 1O64A 1UTHB 4RNSA 1DMBA 1B7ZA 2HAUA 3MJNA 4IB2A 1EZPA 2DE3A 1NKXA 1URGA 2F7BA 3V89B 5JK4A 3I6VA 1MDQA 2ONRA 4F1UA 1XHYA 3PUZE 2PT1A 1A99A 4R72A 3H6TA 4ONYA 3V8XB 3DLNA 3O28A 2REGA 2ZNTA 3PPRA 3TZAA 1HSEA 3CFZA 4NWDA 2H98A 1PEBA 2VGQA 4XTCQ 3PPNA 4ELOA 5HPQA 2OK2A 3K0VA 4YMAA 4NTLA 4NF4A 3PD8A 5KCJB 1VE4A 1S50A 3H6UA 4YZZA 5FTIA 3ILTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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