4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
3OO8A 2O6AA 2DVCA 1SYIA 1JW1A 2RCBA 3H03A 5HM4B 2D5WA 2Z8EA 2DXYA 4FIMA 3ILTB 4MF3A 3SKPA 5EHMA 1GR2A 3K2DA 3ODBA 3EHUA 4RNSA 1Y9UA 1MS7A 1LFIA 4LATA 1M5FA 1LLSA 2Y7RA 5CMBA 2AL4A 4ZE9A 3ECRA 4RK9A 4U4XA 4F3GA 2DWIA 1UTHA 1FQEA 3TCFA 2F7AA 1MXWA 1ELJA 1Y3NA 3N94A 2I0BA 2V84A 1SW5A 5DVIA 1B40A 4O3CA 5CI5A 2IA4A 4GD5A 1IEJA 4EXLA 5IAIA 2QS4A 2VOZA 4HCWA 4KI0E 3EPEA 3H6VA 5L9MA 1N04A 3U94A 4OEUA 4R6KA 2BJJX 4F2OA 4GRKA 5FTIA 5AA2D 1EZ9A 1FTOA 4U1ZA 4XXUA 3VVFA 3FJMA 2M8CA 4O3AA 2DWHA 3TFLA 1CB6A 1DTGA 3MUQA 4FAJA 3TELA 1B7HA 4GLIA 4KCCA 2UVIA 2OWSA 3RN8A 3USDA 1MRPA 2RC8A 4R9FA 2PBWA 3TQWA 4ZE8A 4LUBA 4IGTA 2O68A 1AOVA 1XHYA 3CSBA 3MZ9A 5EYFA 2RINA 3O28A 1I6AA 4I1DA 3Q25A 5KZTA 1GVCA 1IXHA 3ONMA 2B3BA 5DEXB 5HPQA 2CMOA 4MLVA 1QUIA 4KCDA 2V93A 1P1QA 2RF1A 3PUZE 1FQAA 3C33A 2O1MA 3Q28A 3G3IA 4ESXA 4C1UA 1MXVA 2REGA 4F1YA 3RUMA 4AB5A 1MDQA 4NF5B 4YZZA 3ZSFA 3FIRA 1DMBA 1SDXA 4MH5A 4QSEA 5B7DA 3S9EA 4NF8A 4G8NA 4Q0CA 4QFNA 4NF6B 4F3SA 3PD8A 1B9JA 3PV0E 2HEUA 2DVZA 2OZZA 2XXPA 3QSLA 3RT8A 1MH3A 3O29A 4JSDA 1YPNA 3MAMA 5I56B 4IB2A 4R75A 5FHMA 1LAGE 4MFIA 2F7BA 1UQWA 1QULA 4DDDA 3I6VA 5A5XA 5BUUA 2X7PA 2XD2A 2OK2A 4TLLB 1QUKA 2X26A 4Z0IA 5H8NB 2GHBA 1BTJA 1YAEA 5I58B 4F1VA 2DWJA 2Q8JA 3DP4A 4N6PA 1TFDA 4XKPA 4H67A 3SDFA 3C35A 4X9TA 1EZOA 3OO7A 3EHTA 3UA8A 1IZ1A 1MPDA 2QMWA 4WEDA 4PFWA 1B5JA 4LZ5A 3TCGA 5I59A 2F6GA 4F2QA 3KGCA 2GRVA 1JETA 3CIJA 3N26A 2F6PA 3SERA 3KN7A 4X48A 1B3FA 4PQJA 1DPEA 1B0HA 2QS3A 5H8QA 3PPPA 1PBPA 4JWXA 4ZS9A 1N84A 1B1XA 5FHOA 5CRYA 2Z23A 3OEMA 5K2YA 5DYHA 4BDNA 5TP9B 3PMVA 4OYVA 3V5AA 3VLUA 3V89B 3QXMA 3KN3A 3B7DA 1MDP1 5I84A 2PX1A 3O66A 1MY4A 2ZNTA 4NWCA 4TOZA 5DVJA 2B3FA 1SYHA 3TQLA 1OVTA 3E13X 4H6DA 1SVXB 3K00A 3VDFA 3THIA 1B2HA 3U93A 1PDAA 4G68B 3IO6A 3C32A 2XD3A 4DCXA 2ANJA 5TPAB 3W9VA 1Y4TA 4ZZEA 1ANFA 2Q88A 1RYOA 3PPQA 3TKDA 4NE4A 3ZS6A 3IX1A 1USYE 3G3KA 4QFLA 3GXAA 2H9BA 1MM6A 1WODA 4XKQA 2Q9TA 4OFOA 1NFTA 2PYYA 2RKMA 3MVXA 3SETA 3KN8A 5L9OA 3DM0A 1A99A 5F1QA 3LSWA 1A55A 1P99A 4E0WA 1XS5A 1TT1A 3KG2A 2DSFA 3MZ1A 2QJEA 4RPOA 3N5LA 3IOUA 3S2VA 4BDQA 3JZJA 1RYXA 3T96B 4F19A 4NF4B 4MBPA 1IXCA 1LFHA 1M5DA 3W9WA 1XVYA 2RC9A 4RA1A 2I48A 3CG3A 3TCHA 2OWTA 5BWJA 3MVZA 3H7MA 4EXKA 1ZTYA 1Y1ZA 4ZEKA 1EH3A 1MM7A 3RT6B 3OO6A 4F1UA 5DTBA 1WVJA 2DP8A 4OTEA 3CFLA 3E4RA 3LBSA 4JBZA 1DTZA 1MPCA 4PFUA 4DZ1A 4H1XA 1QKAA 1N3WA 4Q30B 3Q27A 4ISUA 2O51A 2XXXA 2VP1A 1MQIA 2DE2A 1Q1KA 4JWOA 4H8JA 3KOTA 4IY6A 2AIXA 4IO3A 1JVXA 3JYRA 4R9GA 5DEXA 4YB5A 3LC8A 1LGBC 2A5TB 1ZBMA 1H44A 2X7QA 1N0TA 4TLMB 3R26A 3FVGA 4PP0A 2FYIA 5I2NB 3S4UA 1USYH 3IB0A 1NKXA 1LCTA 1N7XA 5H8FB 2I3WA 4L17A 4NF5A 1B4ZA 3O9PA 2UVGA 2XXRA 1VSOA 1OLAA 1B5HA 4YU0A 4OHNA 2G93A 4DIGA 2XXTA 2DYXA 4EDPA 3IB1A 4AB6A 1Z7NE 1B3GA 4NF6A 3MP8A 4IO7A 2PVUA 3TEPA 1POY1 2I0CA 1B3HA 2P0SA 3R6UA 3G7WA 1IXIA 3LUYA 3HSTA 4KYSA 4ECFA 1VE4A 1FQDA 5I56A 2I58A 3VXBA 4ONYA 4PETA 1B46A 3SEXA 2H25A 1URDA 1EZPA 2Y7PA 2RC7A 4U1OA 1GGGA 3V8XB 3FATA 1NNFA 1VR5A 5H8NA 3IB2A 4Q8RA 5I58A 1T0KA 2XHDA 3OD7A 3M3FA 1AL3A 3W15C 1ZJLA 1SI0A 1VFEA 2ZMBA 4RXLA 1FQBA 2HFBA 2UVHA 4LA9A 1Y20A 4C0RA 4F31B 1AIVA 3HHFA 2Y7WA 4OFJA 1FTMA 1NL5A 2V3TA 3PPNA 2DOJA 4XTCQ 1Y3QA 5ITOA 4M1VA 5KCJB 1P1OA 1D4NA 2XXQA 1F9BA 4H5GA 4EF1A 4UA8A 1ZKBA 5TP9A 2ZYNA 1ZMGA 2AYSA 1B1HA 3I5OA 3T93B 3IORA 1R6ZA 3ZKKA 3M3LA 5AA2B 4KD5A 3VLVA 3DP6A 4H65A 4JDFA 1B52A 1TFAA 2GHAA 2ABHA 1NNKA 4ZZAA 3FXRA 4G68A 3IK6B 1S50A 1II5A 3PPOA 3VE1B 1I6BA 4YKPA 2VGQA 4RYAA 5I57B 5TPAA 1PB9A 1IXGA 3TMGA 1YCJA 1JEUA 3CG1A 4R2BA 5I2KB 1XVXA 1A7LA 2OCUA 3KJTA 1MY1A 2O7UA 2YJPA 3RY3A 1VFDA 4NMYA 1N76A 3FD3A 4OWDA 3TTMA 3TODA 3GBBA 2DS9A 4YKIA 2DXRA 4IGRA 3G3GA 2FA7A 4P0IA 1OMPA 2OBGA 3UN6A 2Z22A 3M3KA 4LZ8A 3S9LC 4LVQA 3QK6A 3PGFA 1US5A 2GFEA 1JEVA 2Y84A 4F29A 4FATA 3BFTA 4N07A 4NF4A 1GV8A 3T9VA 1SBPA 4XIGQ 4KYDA 5EHSA 2R9JA 1PB7A 3O6HA 3C4MA 4QFPA 4AQ4A 3DP8A 4WEPA 2ZNSA 3PUXE 1N3XA 4ZEFA 2V25A 2LAOA 1AH5A 3U92A 3DLNA 1OQGA 3G3JA 5JTYB 1S9TA 2VD3A 2RCAA 3KBRA 4ELPA 1R1NA 3M8UA 1Q35A 1B3EA 3BFUA 2H98A 3TYHA 3EHSA 1M5EA 1MY0A 1TXFA 2NVUB 3K6VA 3RLFE 3CFXA 1FCKA 1LAFE 5LOMA 2I6EA 3RTWB 3K01A 1IUDA 2A5TA 5CBRA 2I4CA 3JV9A 3K6UA 3U72A 1H43A 1MG1A 5I2NA 4I9DA 4C1TA 1A40A 4LONB 3V83A 3TAJA 4RY1A 2AL5A 5H8FA 1B0LA 2O7IA 2FNCA 2UYFA 1LB9A 1QW0A 4YICA 3T9XB 2PT1A 3I3VA 1O64A 1JVYA 1B7UA 1O7TA 3MPLA 3K02A 5CMMA 5KDTB 2ESNA 4ZEBA 2ONKE 4MLQA 4PFTA 2XXVA 3F11A 3OOAA 4BDLA 1AMFA 5ITPA 4PFYA 4KR5A 2F78A 4H0WA 1JW5A 1SW1A 1SD3A 1UIUA 4GFRA 4X1BA 1B32A 5ISUA 1ZLQA 1OVBA 3K0VA 1FQCA 3LSFB 3WAEA 4PE5B 3Q29A 3C34A 1B3LA 4EUOA 3OMBA 2NOOA 3N6TA 1LBCA 4BDOA 3MWBA 4ZEDA 2Q2CA 3MW0A 3SEVA 4JSOA 4OXVA 4THIA 1MXYA 5CM6A 4GXSB 1FTKA 5IKBA 1MY3A 2QS2A 4KYEA 4F18A 5AE4A 3OENA 1B7ZA 1XOCA 1B5IA 4LZ7A 1HSEA 3MZBA 3K1PA 3L6HA 3TTRA 2NUVA 4DLDA 3HV1A 2YLNA 3CVGA 3KJ7A 2I49A 4E0XA 2IEEA 1L5TA 4ESWA 2YPNA 4ELQA 5KCJA 1NH8A 1B4HA 4QSDA 1MPBA 4IO4A 4NTLA 4XKNA 2D21A 1A8FA 1A8EA 2GH9A 1SW4A 1URSA 3GZGA 3OEKA 3H6UA 4ZECA 3FV1A 1FQFA 5H8HB 3HO7A 3T9HB 4EQ7A 4ND9A 3TTLA 2R6GE 2Z8FA 5AA2A 4DXUA 3SESA 4UACA 2XXHA 1M5CA 5L8DA 3IOVA 3ILUB 1US4A 3IL1B 2XXYA 3FZVA 3O6IA 3RQTA 3HPIA 2HAUA 1Y4CA 5I57A 1TWYA 1MQDA 2HAVA 1FW0A 3IJXB 3OXNA 3R7XA 1BKAA 5CMCA 1HSLA 3PU5A 3FVOA 4POXA 2ONRA 1JNFA 3KFMA 2OLBA 3PUWE 5I2KA 3UORA 4Q5TA 3E9XA 4YKJA 4DXCA 2H5YA 1B05A 3KEIA 3OSRA 2ZXTA 5JK4A 3PUVE 4X1DA 3OELA 4XKRA 4DXBA 1IIWA 3PPRA 3EN3A 5M2VA 5F7VA 3KZGA 2HCAA 3MPKA 4G68C 4LQ2A 3C36A 4GF8A 3H6TA 4EQ9A 4GL8A 1SQYA 4LP2B 1M5BA 4G77A 3IOWA 4GXAA 1P1NA 3GBAA 1FTLA 5AA4B 4YMBA 1XT8A 3QUFA 3TPAA 4TQUQ 4YB6A 1MXXA 2B65A 2F34A 1LBBA 2THIA 2W7YA 3LR1A 3E3KA 3TTNA 1MY2A 2QS1A 4HS7A 3FXQA 4GVOA 4ELOA 1GTKA 2QRYA 2P1SA 3UGWA 1LAHE 2H4IA 1MQHA 1BLFA 4QHQA 4H8IA 1DOTA 3DELB 5JTYA 2V3QA 5L9SA 1ATGA 3D4GA 3G3FA 3VVEA 1QVSA 2ZYOA 3MQ9A 3D4CA 1JQFA 5TU0A 4FECA 2Y7IA 2Y7KA 3VV5A 3FGSA 4NEDA 2QPQA 1PEBA 3FVKA 4GIZA 3CI8A 3EQ1A 3VFJA 1KWHA 1D3KA 3HN0A 1IQ7A 4R6YA 2ALUA 2WKYA 1H45A 4HCYA 1QJMA 3IJOB 1SW2A 5CC2A 4OVJA 5FHNA 2VD2A 5H8SA 5DT6A 3IR1A 3RGYA 1BIYA 4GWOA 3WAFA 1ZIUA 3AXFA 2VHAA 1CE2A 4OETA 2F5XA 3OSQA 2DE4A 3A3CA 4I62A 4RPNA 5KDTA 2QSXA 4BLAA 2A5SA 5AA3A 4IO5A 3RPWA 1J1NA 3SEWA 2O84X 3QYTA 1N7WA 3PD9A 1B51A 1Y3PA 2V3UA 1LFGA 4OESA 3CSGA 4KPTA 2HZKA 1UTBB 1B6HA 2REJA 3PMWA 4N13A 3O6GA 4DCYA 4RJZA 2UXAA 3FVNA 2F35A 3QUJA 3CFZA 1D9VA 2H99A 4QRZA 4KFQA 3MBPA 3FJGA 3UIFA 3EF7A 4G8HA 3MC2A 5FTHA 4HW8A 1LCFA 1ZU0A 1O63A 3IAZA 3KSXA 4F3PA 1H76A 3S9MC 4M4GA 4FE8A 3T9UA 2I3VA 4FEBA 5CMKA 1NNPA 4RK2A 3B6WA 2Z8DA 1WDNA 4KHZE 1EU8A 3FV2A 4R2FA 2D3IA 3LSLA 3A09A 3H3GA 4R74A 2DE3A 3ZKLA 3IOTA 2F97A 4FORA 3FXUA 3L6GA 3QAXA 1LB8A 2PT2A 1UTHB 3K1NA 4ELRA 3MVYA 4ZDMA 4R6HA 3GLBA 3TUSA 2NXOA 1URGA 1Y1MA 4KQPA 5H8HA 1QKBA 2O69A 4GL0A 4FJPA 1PC3A 2DWAA 1NNTA 2XX9A 4U2RA 2XXIA 1IITA 3PMXA 3FASA 1UIVA 1OQHA 5HBCA 3K4UA 2P2AA 1Z7ME 1SI1A 1I69A 4EF2A 3SEYA 3PUYE 3H06B 4BDMA 4QF9A 2HXWA 3UK4A 3BBRA 1NMUA 1MQJA 2F36A 1HSJA 1DPPA 4R73A 1NH7A 3B6TA 4LQ5A 4H5FA 2Q89A 1D9YA 4IY5A 4F39A 3C9HA 2E0SA 1MQGA 4G4PA 1R9QA 5ELVA 2ZYKA 2NWJA 5K2XA 2E1SA 3VXCA 2ZYMA 3BKIB 4Z7EA 1S7YA 3FJ7A 4POWA 3T22A 1MH4A 3HHGA 4R72A 5AA4A 2I4BA 4U21A 4G8MA 1LAXA 4IO2A 3K6XA 2O1LA 3SEUA 4NWDA 4OERA 4I8CA 3LSXA 3TDJA 3H6WA 5AA1A 4F3BA 4JWYA 4NF8B 3FUZA 3A3UA 4ZEIA 3RNNA 4O3BA 3HCQA 4OZ9A 3U1OA 4EQBA 1PBQA 4YKKA 2G29A 2Q2AA 4U23A 5ICTA 1A54A 3Q26A 4U4SA 3VLWA 3OO9A 3H4ZA 3KOSA 1DSNA 2F8DA 1R9LA 4QSCA 5A5XB 1P1WA 3O97A 3KSJA 3C31A 3MVWA 4IO6A 2QMXA 4G2ZA 3O2AA 2DQVA 1LSTA 5DVFA 3N6UA 1B58A 3TZAA 4YAHX 4P0GA 5JEIA 1RKMA 2OJTA 4WXJA 4F22A 3IO4A 3MP1A 2CZLA 1OIBA 1QUJA 2XXWA 4YB7A 3K1MA 1BP5A 1FTJA 1POTA 4OFLA 3VVDA 4FEDA 3RTFB 3T66A 1JW4A 4OMBA 2ZNUA 5I59B 1YTVA 2UVJA 2XX8A 3CRBA 2KLFA 3S9NC 4OENA 4GOTA 2ONSA 4K3FA 1I6QA 4QFKA 4JB7A 1MXUA 5H8QB 4U22A 2HQ0A 2UYEA 4HTGA 4QFOA 3U8QA 2QL3A 4GQOA 3P7IA 2PMSA 2HZLA 1MXZA 4BDRA 3G3HA 5B70A 3TTKA 1UTBA 1XC1A 2XXUA 3CR9A 3UP9A 2R71A 5J1DA 3MJNA 3B6QA 4P11A 4OQOA 1OLCA 1P1UA 1PB8A 3MP6A 4OEVA 2F7CA 4JXIA 3K6WA 4YMAA 5ICQA 4DE8A 3QIMA 4WKMA 5CBSA 1H3DA 2XX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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