4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
2D3IA 2OK2A 1B3GA 3PPQA 3K00A 4GF8A 4OMBA 2VP1A 4G77A 5I58B 5DT6A 3LUYA 3TTNA 3BBRA 3W15C 4FIMA 2NWJA 4OFLA 1GTKA 4PETA 4XTCQ 1JETA 3FD3A 4F1VA 3OOAA 1B0HA 2FNCA 1SBPA 4F2QA 3PUYE 2QPQA 2DSFA 2KLFA 4IGRA 4X1DA 3IJOB 3Q25A 3MQ9A 2VD3A 1PB9A 4GD5A 5TP9B 2O6AA 3MVYA 1LB9A 5I2KA 3TTRA 1QKAA 3G3KA 4ZZAA 3F11A 4R6HA 3FVOA 2XHDA 1TFDA 3SEWA 1URSA 3A3CA 1H44A 4QRZA 2HAUA 2PYYA 4LZ8A 4NF4B 3ZKLA 4JDFA 1CE2A 1LBBA 1UTHA 1SYHA 3VXBA 2ONSA 1OVBA 2ZNTA 2DXYA 2D5WA 3S2VA 3U72A 1NNTA 1OQHA 1MM7A 2HZKA 3KN7A 4F19A 1LB8A 5AA2B 4FEBA 3RTWB 3PPPA 1BTJA 4JSOA 3SEYA 1N7XA 1DMBA 4MBPA 2AL5A 2O7IA 3MBPA 2DWIA 1B52A 3O6GA 2F36A 4JXIA 4ZEIA 4HCWA 1JQFA 1QJMA 3ODBA 3OMBA 3MPKA 1B58A 3MPLA 2H5YA 4YZZA 2OWTA 3QUJA 4R6YA 4BDLA 3GXAA 1B4HA 5EYFA 2QJEA 2ESNA 1EZPA 4F29A 3OENA 2ONKE 1ZIUA 3ECRA 1BIYA 1YTVA 4AQ4A 3IR1A 1NL5A 4N6PA 1PC3A 4IO5A 4KCDA 5JK4A 2XXYA 2XXTA 2HFBA 3V8XB 1VR5A 3B6TA 2DS9A 3UP9A 1P1UA 3HPIA 3TTLA 3KFMA 3IO4A 3RNNA 5TPAA 3LSFB 3B6WA 3SEXA 2B65A 3PPRA 5ISUA 1II5A 1P1WA 4N13A 3B7DA 3SEVA 3G3HA 4TLMB 2P1SA 5FHNA 2XX9A 3TMGA 3PV0E 2F6GA 1IQ7A 5L8DA 3HV1A 1H76A 4XXUA 3WAFA 1R6ZA 1B3HA 1B9JA 4RA1A 4LONB 2E0SA 4RK2A 2H99A 1LAFE 1URGA 4PFYA 3K6XA 3SERA 3IOUA 2XXRA 3LSWA 2F7CA 3FGSA 3TEPA 3H03A 5CC2A 5FTIA 4ZEBA 2V3TA 5ICTA 4ECFA 4F1UA 3C31A 4RYAA 4HS7A 3RY3A 1N76A 4WEDA 5A5XB 3TZAA 1DOTA 4WEPA 5AA1A 1QULA 3VXCA 1GGGA 1RYXA 3TTKA 4OENA 3BFTA 1XVXA 4F22A 3FXQA 2DWHA 2YJPA 4OESA 3C34A 3LBSA 5DEXA 4XKPA 2QL3A 4R2BA 4OQOA 1VSOA 4NWDA 4LATA 3B6QA 3TYHA 2OLBA 1L5TA 3IO6A 4MLQA 4NF8B 5CBSA 3K1NA 2XD3A 4GIZA 1EZOA 2Q88A 1QVSA 1FQFA 3ILUB 1B0LA 1YCJA 3EQ1A 2AYSA 1B2HA 4YMBA 3R7XA 3FJMA 1BKAA 3VVEA 1MXXA 5FHMA 5H8QB 1UQWA 2DE3A 2R6GE 3BKIB 4G8NA 1I6BA 1QUJA 3KN3A 2A5TB 1VE4A 4M1VA 3MUQA 1FQBA 3FVNA 1LFGA 1XC1A 3FVKA 2UYEA 2ZNUA 3EHSA 1US5A 3MP1A 2O1MA 3S9NC 5L9SA 4EDPA 1Y20A 3KJTA 2I0BA 2F97A 1M5DA 2QS2A 3RT8A 3G3FA 1MXYA 2B3FA 3IB1A 4L17A 1RKMA 4IO3A 4KYEA 1SW5A 4WKMA 4FECA 2XD2A 3PD8A 3T22A 4OWDA 4F1YA 1MG1A 1WODA 3KJ7A 3PUWE 4P0IA 1DPPA 5H8SA 2X26A 2G29A 1B7ZA 5KDTA 4K3FA 2F35A 5TU0A 3UK4A 1GV8A 1M5BA 4PFTA 2R9JA 2H4IA 4U4XA 1MPDA 4I62A 4BDOA 2XXQA 5L9OA 3CG1A 1B5HA 1IZ1A 2ZYKA 5H8FA 4X9TA 4MLVA 1B7UA 1A55A 4FORA 5CM6A 4U2RA 2RINA 1LSTA 5HBCA 2XX8A 1UTBA 3G3IA 4GXAA 4DZ1A 1P1OA 2B3BA 5CMCA 1MQJA 1SQYA 2FA7A 3N26A 2Z22A 2NUVA 3CSGA 3EN3A 2ALUA 2Z8DA 4PQJA 3O66A 1WVJA 2IA4A 3IB0A 2XXVA 1PB7A 2REJA 1M5FA 3FV2A 5IKBA 1I6AA 1H43A 3LSLA 5F1QA 4OVJA 3OSQA 4G68A 5JTYB 5ITPA 4ELOA 1JW5A 1WDNA 5LOMA 3UN6A 5I2NA 3JYRA 4F3GA 4PFWA 3M8UA 3RGYA 3WAEA 4F3SA 4ELPA 3USDA 4R9GA 1MXUA 3FJGA 4MH5A 3LSXA 2RC9A 4F18A 3W9WA 2OZZA 1IEJA 1NFTA 3TCHA 1UTHB 2ZYNA 1JEUA 2XXWA 4RJZA 3Q28A 4PP0A 2Q2AA 1UIVA 4H5FA 5J1DA 1B6HA 4OHNA 1XVYA 3A3UA 4G8MA 5I59A 4YKJA 4KHZE 4R72A 2I48A 4RNSA 2HXWA 5KZTA 1DPEA 3O97A 3R26A 4QSEA 1FTJA 1R9LA 5H8HA 5EHMA 4R73A 1FTOA 1O64A 3HCQA 3TFLA 1B3LA 1SW4A 1US4A 4OEUA 3CSBA 4O3CA 4NWCA 4X1BA 4NEDA 4QFNA 3QK6A 1BLFA 4EF2A 3OEKA 2ANJA 3TODA 4OZ9A 2PMSA 3PMVA 3E3KA 1P99A 1MXZA 5DTBA 3ONMA 1UIUA 2ABHA 1Y3NA 1N7WA 1QUKA 3CFXA 3MP8A 2DVZA 3OO6A 3ZKKA 1R9QA 4U21A 3IAZA 4LP2B 4EQ7A 3HO7A 1ZBMA 3IJXB 4EQ9A 4OTEA 3G7WA 5AA3A 3N6TA 3CFLA 1D9YA 1MDQA 4F39A 3KZGA 3SKPA 4GOTA 1Q1KA 2M8CA 1MS7A 3JV9A 3CI8A 3C36A 1Z7NE 3R6UA 1IUDA 4QFKA 3AXFA 3G3JA 1NH7A 1NNKA 5B70A 2UXAA 4Q30B 2P0SA 4ZEKA 3THIA 3K6UA 2NVUB 5H8NA 3LR1A 4G8HA 2ZNSA 3FJ7A 2F34A 1B46A 1Q35A 3TCFA 3IX1A 4JBZA 2OCUA 3N94A 4IO4A 1QKBA 3QSLA 1S50A 4BDNA 2YPNA 5AA4B 4BDRA 1LBCA 1KWHA 3RPWA 2I3VA 3HHGA 1B40A 3I5OA 4C1UA 1NNPA 5DEXB 3KBRA 4GWOA 2V3UA 3MVZA 1I6QA 2GFEA 4ZEFA 4F3BA 4Z7EA 1LCTA 3MWBA 2GRVA 5AA2A 2I49A 3PUVE 4RY1A 3N6UA 4Q5TA 1SYIA 1FW0A 3VVDA 4C1TA 1B7HA 4YAHX 4M4GA 5CMBA 2CMOA 1SVXB 3HSTA 5DVIA 3FV1A 3L6HA 3KOTA 3FVGA 3KGCA 1H45A 3RTFB 5ITOA 2V25A 3D4GA 4YU0A 1FTKA 3HN0A 3BFUA 3PPOA 1FCKA 4IO6A 2DXRA 4I9DA 3FIRA 2RCBA 2QS1A 1F9BA 1B4ZA 2V93A 3UA8A 2ZXTA 3S9MC 2F78A 4YKKA 1QUIA 1FQAA 4IB2A 3SEUA 4G2ZA 3IK6B 3KEIA 1TWYA 4KYDA 2I3WA 3TPAA 5I57A 2RF1A 4AB5A 3L6GA 3SESA 5HM4B 4EF1A 3U94A 1B3EA 3O2AA 1ELJA 2OWSA 3CG3A 1JNFA 4LQ2A 4XKRA 3RN8A 3EPEA 5KDTB 5I56A 4G68C 2VOZA 1LGBC 3DP8A 3CFZA 1EZ9A 4LZ7A 3K02A 4KI0E 4H8IA 1D4NA 1YPNA 5CRYA 1AL3A 1FQDA 3PU5A 3CIJA 5H8FB 1MQIA 1FQEA 4ISUA 1IXHA 2PX1A 1YAEA 4ZS9A 2XXIA 4LVQA 1TXFA 1ZJLA 3E13X 4U23A 3GBAA 4OXVA 1D3KA 3FASA 3E4RA 1B5JA 3E9XA 3H6WA 1TT1A 4P0GA 1AMFA 1NMUA 5ICQA 4XIGQ 2F5XA 2ZYOA 1DTGA 3S9EA 4OEVA 4POXA 4YB7A 3U1OA 3CVGA 1B3FA 3QAXA 1SI0A 4G68B 2O84X 5A5XA 4GRKA 5CI5A 4H8JA 4GXSB 3GZGA 1MH4A 1VFDA 5I2NB 1PEBA 1IXCA 5M2VA 4KR5A 2Q8JA 3H7MA 4ELQA 4QSDA 4Q0CA 1LFHA 2H25A 4JWXA 4RXLA 2HZLA 3MW0A 3RT6B 4OFOA 2PT1A 4DE8A 3IOWA 4KYSA 1T0KA 2OBGA 5K2XA 1XOCA 4LA9A 4ZEDA 4H65A 4GL0A 1PBQA 3KG2A 3JZJA 5KCJB 3PPNA 2OJTA 3GLBA 4R75A 4QFOA 3N5LA 4NF6A 3TDJA 1DSNA 2O51A 1JVYA 4G4PA 2O1LA 3KOSA 5I59B 4KD5A 1A8FA 1ZMGA 3O9PA 3Q29A 1LLSA 2QS3A 4I8CA 4YB5A 4R2FA 1GR2A 4GQOA 3PMXA 4WXJA 3PGFA 1OLAA 1HSJA 4NTLA 4ESWA 5H8HB 2W7YA 1ZKBA 2I0CA 1MY2A 1XHYA 3H6VA 5I2KB 5I84A 3VE1B 2E1SA 3VVFA 4RK9A 3O6HA 1OLCA 3U92A 2V84A 4E0WA 1XS5A 1SI1A 3C33A 1POTA 1IITA 3DELB 5DVJA 2G93A 2R71A 4GL8A 4YICA 1Y1MA 2RC7A 1MY0A 3T9UA 4I1DA 3MAMA 5L9MA 1B5IA 4GFRA 3O28A 4QSCA 1JW1A 5BWJA 2Y7WA 1MPBA 3U93A 3TUSA 3FZVA 3QXMA 1N3WA 5FHOA 2FYIA 4RPOA 3W9VA 3T9XB 3VLVA 2P2AA 2Q89A 3EF7A 4TOZA 4NF5A 4Z0IA 2HCAA 1Z7ME 3I6VA 4IO2A 2DVCA 4YB6A 1AIVA 1JW4A 2XXPA 2I4CA 4PE5B 3RUMA 3Q27A 3FUZA 3UGWA 4C0RA 3OEMA 3UORA 2THIA 2Z8FA 3EHTA 5JTYA 2IEEA 2ONRA 3H4ZA 5DVFA 1O63A 1A40A 2F7AA 1AOVA 2V3QA 4UA8A 5H8NB 1J1NA 3MVWA 4XKNA 3P7IA 4IGTA 4FAJA 4JWOA 3TKDA 1Y3PA 3H3GA 5AE4A 3KN8A 4AB6A 4N07A 2XXXA 3CRBA 2F8DA 4QHQA 1MY4A 5TPAB 2AL4A 1MQDA 1A8EA 1ZU0A 3H6UA 4BDMA 3T9VA 1JVXA 1LAHE 5B7DA 4ONYA 3MZ9A 2WKYA 4PFUA 4KQPA 3RQTA 1MXVA 3CR9A 2QRYA 1MY3A 1IIWA 3IB2A 3MJNA 3O29A 1URDA 4FATA 2RKMA 2Z8EA 5I58A 5AA2D 3DLNA 1Y4TA 4NMYA 1NH8A 4DCYA 4ZE8A 1CB6A 4JWYA 2O69A 1M5CA 3VV5A 2X7QA 1OVTA 3PMWA 5ELVA 2GHAA 1OMPA 4GVOA 3M3LA 4U4SA 1MPCA 4DLDA 2O7UA 5TP9A 3T66A 3M3FA 3RLFE 2QS4A 3K6VA 2ZMBA 3T93B 4EQBA 1ZLQA 3TAJA 4F3PA 3LC8A 1MM6A 2I58A 2ZYMA 5JEIA 4ZECA 4MFIA 3SETA 4NF4A 5DYHA 2F6PA 4TLLB 5I57B 1B1HA 1IXIA 3C32A 3IOTA 3K6WA 2Z23A 3PD9A 4QFLA 1MRPA 4EUOA 4DDDA 4F2OA 3V89B 2H9BA 3VLWA 2DQVA 2Y84A 5I56B 3K0VA 1LAGE 1NKXA 4IY5A 4GLIA 2NOOA 2PT2A 3OO9A 1USYE 4MF3A 1ATGA 5FTHA 4EXKA 2UVJA 3MP6A 4THIA 4DCXA 4UACA 4U22A 1N04A 1JEVA 4X48A 1OIBA 1Y3QA 3DP6A 2X7PA 4U1ZA 2HQ0A 2UVHA 5CMKA 1POY1 3EHUA 3C4MA 4LZ5A 4DXCA 1SDXA 4TQUQ 4R9FA 5CMMA 1N0TA 1I69A 3S9LC 3TTMA 3SDFA 2RCAA 4OERA 3FATA 3MZBA 5EHSA 1MQHA 3C9HA 4FEDA 3IL1B 1A99A 3DP4A 3Q26A 2Y7RA 3QUFA 1H3DA 5AA4A 4H67A 4RPNA 1EU8A 3K1MA 4IY6A 3QYTA 2REGA 1MDP1 3M3KA 3OO7A 1GVCA 1P1NA 2QSXA 1A54A 1OQGA 2I6EA 3K1PA 1Y1ZA 1B51A 2QMWA 4JB7A 1PBPA 4DXUA 3TCGA 2Y7PA 1IXGA 1B1XA 4ESXA 4YKPA 4F31B 2I4BA 4E0XA 1FQCA 1SD3A 2VD2A 4ND9A 3OSRA 4O3BA 3KSXA 2D21A 1UTBB 2XXUA 4NF6B 1MY1A 4H5GA 1B05A 3PUXE 4XKQA 3TQLA 1HSEA 3ILTB 1O7TA 2UVIA 2CZLA 3GBBA 2Q2CA 1SW2A 2DOJA 1D9VA 1PDAA 5CBRA 3VLUA 1Y9UA 3V83A 1N3XA 2F7BA 2Y7KA 5IAIA 1MQGA 4H0WA 4O3AA 1MH3A 3UIFA 4KFQA 2DWAA 1R1NA 2QMXA 1LAXA 1B32A 4NE4A 1RYOA 2PBWA 3H06B 2XXHA 3HHFA 3TELA 3DM0A 3D4CA 4DIGA 3FXRA 1LCFA 4BDQA 1MXWA 3VFJA 4QF9A 3OD7A 3OELA 4LQ5A 1VFEA 5BUUA 1N84A 4BLAA 2GH9A 1PB8A 1AH5A 4NF8A 2XX7A 1FTMA 1XT8A 4R6KA 1SW1A 3U8QA 4HCYA 2UVGA 2Q9TA 3PUZE 3G3GA 5F7VA 4KPTA 1S7YA 1S9TA 2YLNA 3K4UA 3V5AA 1LFIA 2LAOA 3QIMA 2DYXA 4JSDA 4U1OA 4HW8A 4H6DA 5H8QA 3OXNA 2UYFA 3S4UA 4YMAA 1M5EA 2A5TA 2HEUA 4HTGA 3T96B 4OYVA 4YKIA 4NF5B 4FE8A 3MC2A 3A09A 4Q8RA 3ZS6A 1P1QA 5K2YA 2VGQA 2VHAA 3H6TA 4ZDMA 3MZ1A 4ZZEA 4POWA 1DTZA 4LUBA 4IO7A 2RC8A 2GHBA 3TQWA 2O68A 4OFJA 4P11A 1Y4CA 3MVXA 4R74A 2BJJX 3T9HB 1ANFA 4ELRA 3FXUA 2DP8A 2AIXA 4OETA 4EXLA 2HAVA 1USYH 2DWJA 3ZSFA 2H98A 1EH3A 4FJPA 1ZTYA 2A5SA 3VDFA 2Y7IA 1A7LA 3IORA 5HPQA 4QFPA 3IOVA 2DE2A 3O6IA 3C35A 1HSLA 3K01A 2DE4A 5KCJA 3K2DA 1QW0A 3KSJA 1NNFA 3I3VA 2PVUA 1TFAA 4DXBA 4KCCA 1BP5A 1FTLA 4ZE9A 3OO8A 2NXOA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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