1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Iron transport protein
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
4ESWA 1B2HA 3KEIA 4IO2A 3CIJA 4KCCA 3GBAA 3K6VA 2O51A 1DMBA 4GRKA 3U8QA 2RC7A 3RUMA 3F11A 4ZE8A 4NF4B 4JWXA 1UIUA 4OHNA 2AL5A 3GXAA 5HPQA 1VFEA 2ONSA 3E3KA 3TEPA 3HSTA 1Y3NA 2Y7WA 4RY1A 4LA9A 1N3WA 3FASA 2HXWA 1LBCA 4DE8A 1A8FA 1Y1MA 5F7VA 3RY3A 3TYHA 1R9LA 1ELJA 3OELA 3K1NA 1ZJLA 3H4ZA 3C9HA 4HTGA 2GRVA 4OERA 4P0IA 1NFTA 5CM6A 3BKIB 1MM6A 1SDXA 4LATA 1EH3A 1QUJA 1CB6A 3N5LA 1B3LA 3C32A 3PPQA 3IOWA 3O97A 3IOVA 3MVXA 5DVIA 4ZEDA 1FTOA 1SW4A 1B46A 3QAXA 3ILUB 4DXCA 3VLUA 1FTLA 4H0WA 4JWYA 3B6WA 4WEDA 2Y84A 4KCDA 4KI0E 3E13X 4IO4A 3IR1A 2XXQA 2Q9TA 2RCBA 4F2QA 1JETA 1PB7A 1B7HA 4DIGA 4F1UA 4DZ1A 1B5HA 3TUSA 3QUFA 2ZXTA 4KHZE 4IB2A 1RYXA 3HHGA 3EF7A 1FQBA 3Q26A 1MPCA 3S2VA 2NXOA 2B3FA 2Q2AA 3EHTA 4POXA 1OIBA 3OXNA 2O7IA 1PC3A 1P1WA 5I57B 3T93B 4AB6A 1Y9UA 2THIA 1UTHA 5AA4A 2F8DA 4MBPA 5CBSA 5B7DA 3PMWA 4XKPA 3L6HA 4E0XA 2I3VA 3PV0E 4JDFA 5DEXA 1MS7A 1MDP1 4U2RA 4WXJA 2X26A 3S4UA 4EUOA 4F3SA 4O3AA 1N3XA 2ZMBA 3WAEA 2OWTA 4GOTA 2Z8FA 1QULA 2XHDA 2QPQA 4RXLA 3SEWA 1A8EA 4BDNA 3MPKA 1LB8A 2H98A 4QRZA 3OENA 1RYOA 4F3GA 1ANFA 2DVZA 2DSFA 4MLQA 1SW5A 1L5TA 4NWCA 2HAVA 3MP8A 1OLAA 3H6VA 1LFHA 1R1NA 1D9YA 3O28A 1NNKA 1BKAA 4MH5A 4EF1A 3RN8A 3IOTA 3KSXA 4NE4A 2HEUA 4XKRA 2QS3A 4NF4A 2GFEA 3JV9A 1B32A 1IITA 2R9JA 3EHSA 1D9VA 3FGSA 1VSOA 3CR9A 4OVJA 3B6QA 1MY0A 2RC8A 4C1UA 3M8UA 3SEUA 2HZLA 3ECRA 3TFLA 1DPEA 4YMBA 5JTYA 5M2VA 3DP4A 2D5WA 4G77A 4PQJA 2F7CA 1CE2A 5DVJA 4H1XA 3OO9A 2QJEA 3PPPA 2F5XA 3MWBA 3N94A 3PUZE 5DTBA 3SETA 1B3HA 3MVWA 5ITPA 3FXUA 5ICQA 1MPBA 1LGBC 3TQLA 2ANJA 3QIMA 5AA2A 1B5JA 5TP9B 4IO3A 3O6GA 4M4GA 3Q27A 5I58A 2G93A 3VLWA 1YTVA 4AB5A 3SESA 3GLBA 1J1NA 2FYIA 5AE4A 4ONYA 3U92A 1XVYA 1MRPA 2H5YA 3L6GA 1MXVA 2V3UA 1BLFA 4I1DA 3I6VA 1H45A 1VR5A 4X9TA 4QF9A 1JW5A 2XXPA 1B9JA 1IXHA 3VDFA 4H6DA 1QKAA 4OFJA 2Q8JA 4X48A 2ZYMA 3RQTA 4Q8RA 3ILTB 3TZAA 4FEBA 1MQDA 4XTCQ 4LZ7A 1IUDA 5CMMA 1Y3PA 1KWHA 1FQDA 4LP2B 5I57A 3K1PA 1ATGA 3QUJA 2OWSA 3OO7A 4U4XA 4QFLA 2OCUA 4OFOA 3C34A 4GIZA 5FHNA 3VV5A 3KOSA 1BTJA 3K02A 4U23A 3CVGA 3D4CA 5KDTB 2XD3A 1MQGA 3H03A 4LQ5A 3K01A 4FIMA 4JB7A 2XX8A 4KYDA 4RPOA 4HCWA 3VVFA 1GGGA 2DXRA 3PGFA 1IXGA 4OYVA 3FUZA 2GH9A 1M5BA 2PT1A 4GXAA 3DM0A 3U1OA 1MXXA 3MVYA 1LLSA 3ZS6A 1IXIA 4ZZAA 2FNCA 1MG1A 3FJGA 3FZVA 3MQ9A 4IY6A 4NF8B 3IO4A 4O3CA 3LSLA 1UTBA 2HZKA 4LZ8A 2NUVA 3K0VA 4E0WA 1B05A 2VD3A 3B7DA 3FVNA 2Z8EA 1N04A 1OQHA 2ZNUA 3FATA 4XXUA 1A55A 1JW1A 1D4NA 1P1NA 5I84A 5J1DA 2ONKE 3UORA 5AA1A 3TTRA 4U1ZA 4BDMA 1VFDA 4FE8A 5EHSA 4UA8A 1NNTA 2I49A 3EQ1A 1POTA 5I2KA 4QSEA 1QVSA 1MM7A 3U72A 2O7UA 4TLLB 2DE4A 1FTKA 4U21A 3OEMA 4EXKA 2PYYA 3K6XA 2GHBA 3FVOA 1P1UA 4LUBA 3VXBA 1QJMA 4Q0CA 1MPDA 2IEEA 1LBBA 3KN7A 4MF3A 4HS7A 4PFYA 5A5XB 5H8HB 2ZYNA 3ZKLA 2QL3A 3O6HA 1PB8A 2PMSA 1H3DA 1MQIA 2W7YA 4ZE9A 4G2ZA 4RPNA 1QW0A 3ZKKA 3SDFA 3M3KA 1MXYA 1XC1A 1O63A 5DYHA 4R2FA 3I5OA 1UIVA 2DXYA 5FHMA 4ND9A 3TODA 2AL4A 4LONB 4NF6B 4GL8A 5HM4B 1QUKA 4KYEA 1N84A 1B6HA 4YKJA 4U1OA 3TCHA 4H5GA 4H67A 3TCFA 1TWYA 4G8MA 2QMXA 3S9NC 3DP8A 3O6IA 5ITOA 3CFXA 1B3GA 1I6BA 1LAXA 2P1SA 4PE5B 2RKMA 2NOOA 3PU5A 3OD7A 1AL3A 2YLNA 5I56B 4TOZA 1SYIA 5KDTA 2XXVA 3IORA 1B40A 3TKDA 3G7WA 2HCAA 4G68B 1JW4A 3FXQA 1OVBA 3IOUA 5IAIA 1XHYA 1NH7A 1TFAA 5F1QA 2DOJA 4ZS9A 2DVCA 3RPWA 2XXWA 3TAJA 4OTEA 4GVOA 1B0HA 2HFBA 3RTWB 4Q30B 1IZ1A 1A7LA 1MY1A 3N6UA 1OMPA 2KLFA 1SD3A 1OVTA 3A3UA 3K00A 1Y3QA 5KCJA 2ESNA 2V84A 5CRYA 4Z0IA 3VVEA 1YAEA 5L9SA 4OMBA 1A40A 1B3FA 4EF2A 2QS1A 4Z7EA 1NL5A 3LUYA 1B7ZA 3R6UA 4X1BA 1GVCA 4OXVA 2O84X 2ONRA 3PPNA 3DP6A 4I8CA 4YKKA 3MP1A 1FW0A 2FA7A 1IEJA 1ZBMA 2V3TA 1VE4A 1Y4CA 4IGRA 1B5IA 3KN3A 1EU8A 4H5FA 3G3HA 3MUQA 3OSQA 4QFPA 1S50A 3BFTA 2XX9A 1JNFA 4F3PA 3H6UA 2H9BA 2IA4A 4F39A 3TPAA 4PFTA 4AQ4A 1B3EA 3IB2A 2A5TA 4U4SA 1N0TA 5CI5A 3FJMA 2O68A 3BBRA 4G8NA 4EDPA 4F2OA 2OK2A 2PT2A 3FIRA 5H8HA 1AOVA 4KQPA 4R72A 2I3WA 1XOCA 1URSA 2QMWA 4Q5TA 4RK9A 1N7XA 3HHFA 2CZLA 3QSLA 2V93A 4ZECA 3IB0A 4X1DA 4PETA 3MP6A 4EXLA 1DSNA 1SW2A 2XXHA 4UACA 4OZ9A 2XXXA 3G3JA 4ISUA 1I6AA 2PX1A 5I2NB 1Z7ME 3O29A 4P0GA 2D3IA 3MBPA 3VLVA 2PVUA 1LAGE 4R9GA 1M5FA 4DCYA 4QHQA 3DELB 1FTJA 4F19A 2HAUA 1MXUA 2ABHA 5FTIA 3SEYA 3H3GA 3LC8A 4NF5B 5TPAB 3K4UA 3SEXA 4JSOA 3V89B 5JEIA 3IJOB 1DPPA 2D21A 5I56A 2I48A 4K3FA 2NWJA 1R9QA 1DOTA 3QYTA 4R6HA 1O7TA 1WDNA 1YCJA 4F29A 1FTMA 4I62A 2E1SA 2DE2A 3MAMA 1B1XA 5H8NB 4QFKA 1NNFA 3IAZA 1MH4A 3T66A 3PUXE 2OZZA 2NVUB 4YZZA 1SI1A 2ZYOA 3KOTA 1PEBA 4KR5A 1GTKA 5CBRA 1USYH 3AXFA 3B6TA 1SVXB 2DP8A 2F7AA 4IO5A 3OOAA 3LSWA 3TMGA 1PBPA 3E9XA 1B4HA 3ONMA 4RA1A 2DWJA 2XXTA 1H76A 2CMOA 3OO6A 4FECA 2DS9A 1I6QA 3OSRA 2I0BA 1Y4TA 3IL1B 1ZU0A 3IJXB 4ELOA 4HW8A 3QXMA 5AA3A 4ELRA 1H44A 3OEKA 2XD2A 5LOMA 3CFLA 4G4PA 1DTZA 1II5A 2OJTA 1TT1A 4ZDMA 2DE3A 4G8HA 4F31B 3PMVA 2B65A 2RINA 4YB6A 3VE1B 1S9TA 3MVZA 1N7WA 1URGA 1LAFE 3KGCA 4JSDA 1NMUA 2RF1A 1EZOA 3THIA 4F18A 4DXUA 2O1LA 2A5SA 4PFUA 3UK4A 4ZEFA 4POWA 3TTLA 3D4GA 1NH8A 1P1OA 2G29A 2Q2CA 3HV1A 1FQFA 3KJTA 2Y7PA 1PDAA 5ICTA 3N26A 2RC9A 1Z7NE 4LZ5A 2Z22A 2LAOA 5I2NA 3MJNA 2F6PA 4ELQA 2O6AA 1MY4A 1MDQA 2V25A 2I58A 1PBQA 1R6ZA 3KFMA 1SI0A 4PFWA 1UTHB 2AYSA 4H8JA 4OQOA 4M1VA 3V83A 1AH5A 2F6GA 4F1YA 3C35A 3JZJA 1USYE 3S9EA 4WEPA 4N13A 3KJ7A 5TPAA 2REGA 4DXBA 1BIYA 3HPIA 1TXFA 4JWOA 2Q88A 3VFJA 2Y7KA 4QSDA 5TP9A 1QKBA 2QSXA 2QRYA 5DVFA 3MW0A 4FAJA 1AMFA 1AIVA 1EZPA 4NWDA 4R9FA 1JVXA 3G3FA 2P2AA 1T0KA 4F1VA 1MY3A 2F35A 3O2AA 1US5A 5ELVA 3PPRA 2REJA 3DLNA 5CC2A 2YPNA 3PMXA 1B4ZA 2UXAA 3BFUA 4EQBA 4YMAA 1B58A 3M3LA 1US4A 1JQFA 2ZYKA 4OETA 4F22A 3CRBA 3G3IA 3KSJA 5EHMA 1SQYA 3Q25A 3MC2A 5L9MA 4YAHX 3V8XB 3IB1A 5HBCA 2VGQA 1B51A 3MZ9A 5FTHA 5JTYB 4MFIA 3GBBA 1GV8A 2Y7IA 2UVJA 3TDJA 3UIFA 3VVDA 4BLAA 2RCAA 3A3CA 3ZSFA 4H65A 4OESA 4N6PA 4BDQA 2PBWA 3W9WA 3VXCA 2I6EA 2UVIA 2GHAA 2ALUA 5AA2B 4KPTA 3T96B 4RK2A 3C33A 3MZ1A 3HN0A 5B70A 3H7MA 1IQ7A 4OWDA 5I58B 5I59B 4RNSA 4IGTA 3T9HB 3K6WA 1ZMGA 2R71A 4LQ2A 1MXZA 4NF8A 3T9VA 4N07A 4ZZEA 4TLMB 4ELPA 1Q35A 3S9LC 3EPEA 4IO6A 2ZNTA 3OMBA 2BJJX 3JYRA 5BUUA 5TU0A 3LSFB 2F7BA 1FQAA 1D3KA 5IKBA 3P7IA 3ODBA 2UVHA 4DCXA 2X7QA 2VHAA 3T22A 5H8QB 2R6GE 5L9OA 1YPNA 3C31A 3FJ7A 1WVJA 3G3GA 1P1QA 1LAHE 4HCYA 4JXIA 3H06B 5H8FB 1EZ9A 4XKQA 4R6YA 3T9UA 1N76A 1Y1ZA 3EN3A 2AIXA 4FATA 2WKYA 1HSLA 3PD9A 3V5AA 1ZKBA 1F9BA 1XVXA 4YICA 1BP5A 3FV2A 3RGYA 2Z23A 1LCTA 4KYSA 1IIWA 4GLIA 5H8SA 1FCKA 2M8CA 3UA8A 2DYXA 1LB9A 1SYHA 5A5XA 4R2BA 2H99A 3KG2A 1MQHA 1H43A 3LSXA 1IXCA 2VP1A 3TTMA 5DT6A 4JBZA 3WAFA 4DLDA 4F3BA 3O9PA 1UTBB 3RT8A 1JVYA 4ZEKA 1B0LA 4C0RA 1UQWA 4NF6A 3SEVA 3SKPA 2ZNSA 1NKXA 2F34A 3PUWE 2F36A 5L8DA 2O1MA 3PUVE 3KN8A 4QSCA 4YB5A 1FQEA 4EQ9A 3CG3A 2P0SA 3H6TA 3PPOA 3TELA 3N6TA 3FVGA 2XX7A 3TCGA 2H4IA 3HO7A 4R6KA 2I0CA 2XXYA 1LSTA 3A09A 4G68C 1NNPA 4H8IA 3UGWA 3PUYE 5I2KB 3C36A 4I9DA 3LR1A 4EQ7A 3RNNA 3EHUA 1B7UA 3R7XA 2DWHA 4R74A 3Q29A 2UVGA 5FHOA 1XS5A 2QS2A 3H6WA 3RLFE 4G68A 1PB9A 3K2DA 2H25A 2VOZA 1HSEA 3W9VA 4FJPA 4ECFA 5I59A 1M5DA 1SW1A 1P99A 3FD3A 3LBSA 3IX1A 2Z8DA 2F97A 2HQ0A 1O64A 1GR2A 5K2YA 4NEDA 5CMKA 2OBGA 2OLBA 3KBRA 4R75A 1S7YA 2QS4A 3TTNA 2YJPA 1LFIA 3HCQA 1URDA 4ZEIA 1HSJA 3TQWA 2DWAA 1SBPA 4PP0A 1ZIUA 1LFGA 2X7PA 4OEVA 4ZEBA 1ZTYA 3PD8A 3IK6B 5H8QA 4L17A 1FQCA 3CFZA 3TTKA 4DDDA 5JK4A 1MY2A 5CMCA 3RT6B 3CSGA 2O69A 4KD5A 1JEVA 4C1TA 4GL0A 3MZBA 4GWOA 3USDA 5H8FA 3IO6A 4YU0A 3U93A 4QFOA 4IO7A 4BDLA 3KZGA 1QUIA 3GZGA 3MPLA 3RTFB 4OFLA 1MQJA 2UYFA 1Q1KA 2F78A 2VD2A 3T9XB 3UN6A 3CI8A 2DWIA 2I4BA 4XIGQ 1Y20A 4O3BA 4XKNA 2Y7RA 4YKPA 5AA2D 3K6UA 4FEDA 3FXRA 4GXSB 3E4RA 2DQVA 3C4MA 4LVQA 5ISUA 1LCFA 4OEUA 1TFDA 5K2XA 3S9MC 3FV1A 1ZLQA 4YKIA 4TQUQ 3Q28A 5EYFA 4U22A 5CMBA 4FORA 3O66A 3UP9A 3R26A 5KCJB 2UYEA 4ESXA 4R73A 1OQGA 4RYAA 4NTLA 2I4CA 4BDRA 3G3KA 1WODA 4BDOA 2XXUA 1XT8A 4GD5A 3U94A 5AA4B 1A54A 3FVKA 4MLVA 1MXWA 1B52A 4OENA 4QFNA 3K1MA 1OLCA 5DEXB 4NF5A 3SERA 1POY1 3OO8A 3CG1A 3M3FA 3I3VA 4KFQA 1MH3A 4GQOA 3CSBA 1DTGA 4THIA 4GFRA 1B1HA 4IY5A 4P11A 4GF8A 2V3QA 1I69A 2XXRA 2XXIA 4YB7A 5KZTA 2Q89A 4WKMA 5BWJA 1M5CA 2A5TB 4NMYA 3W15C 2B3BA 1M5EA 1RKMA 5H8NA 1JEUA 4RJZA 2E0SA 1A99A 3QK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ESWA 1B2HA 3KEIA 4IO2A 3CIJA 4KCCA 3GBAA 4JVDA 3K6VA 2O51A 1DMBA 4GRKA 3U8QA 2RC7A 3RUMA 3F11A 4I3YA 4ZE8A 4NF4B 1FJ6A 4JWXA 3RPLA 1UIUA 4OHNA 2AL5A 3GXAA 5HPQA 1VFEA 2ONSA 3E3KA 3TEPA 3HSTA 1Y3NA 2Y7WA 5DW8A 4RY1A 4LA9A 1N3WA 3FASA 2Y5LA 2HXWA 5I7IA 1LBCA 4DE8A 1A8FA 1Y1MA 5F7VA 3RY3A 3TYHA 1R9LA 1ELJA 3OELA 3K1NA 1ZJLA 3H4ZA 3C9HA 4HTGA 2GRVA 1NV2A 4OERA 4P0IA 4X04A 3BIHA 4N6KA 1NFTA 5CM6A 3BKIB 1MM6A 1SDXA 4LATA 1FPJA 1EH3A 1QUJA 1FBPA 1CB6A 3N5LA 1B3LA 3C32A 2CEXA 4OVQA 3PPQA 3IOWA 3O97A 3IOVA 3MVXA 5DVIA 4ZEDA 1FTOA 1SW4A 1B46A 4OVSA 3QAXA 4N8YA 3ILUB 2XXKA 1K9YA 1NV0A 4DXCA 3VLUA 1FTLA 4H0WA 4JWYA 3B6WA 4WEDA 2Y84A 4KCDA 4KI0E 3E13X 4IO4A 3IR1A 2XXQA 2Q9TA 2RCBA 4F2QA 2VPNA 1JETA 1PB7A 1B7HA 4DIGA 4F1UA 4DZ1A 1B5HA 3TUSA 3QUFA 4MCOA 2ZXTA 4KHZE 4IB2A 1RYXA 1IMFA 3HHGA 3EF7A 1FQBA 3Q26A 1MPCA 1FSAA 3S2VA 2NXOA 2B3FA 2Q2AA 1NV7A 2QFLA 3EHTA 4POXA 1OIBA 3OXNA 2O7IA 1PC3A 1P1WA 1FBDA 2P3NA 5I57B 3T93B 4AB6A 1IMCA 1Y9UA 2THIA 3CHGA 1UTHA 5AA4A 2F8DA 4MBPA 5CBSA 5B7DA 3PMWA 4XKPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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