1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport protein
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
1NNFA 1MY4A 4QFNA 4YKKA 1PB7A 4F22A 4RJZA 4OFLA 3Q28A 4TLLB 4ISUA 3O9PA 2GHAA 5J1DA 3CSGA 3MPKA 2O84X 4BDLA 4QHQA 2V3UA 4PFYA 1YPNA 2O7UA 3B6QA 3RT6B 4OEUA 2DXYA 3OOAA 1EZ9A 1URDA 3PUYE 4QFKA 4KFQA 3FATA 1SD3A 4X9TA 4YAHX 5TU0A 3HV1A 4FORA 4NF4A 1IXIA 2A5TB 2ZXTA 3UN6A 2NXOA 3R7XA 4DXUA 2OWTA 4Q30B 2XHDA 1S9TA 4U1OA 1B7ZA 1A55A 4IY5A 4R9GA 2DWAA 3VXCA 5I57A 3MVZA 1SBPA 4OTEA 1WVJA 2XX7A 3SDFA 3ZKKA 3KJTA 3V83A 1SDXA 4O3AA 4G8MA 5I84A 2XX8A 1MQJA 4GOTA 1MM6A 1B1HA 4PETA 2F8DA 3CVGA 2Q2AA 1FQFA 3O6GA 4LZ7A 1N0TA 3U93A 1FQAA 4DIGA 1Y9UA 2I0CA 2PBWA 3M3LA 2VD3A 2ZYOA 4JB7A 3W15C 5AA4A 2B3FA 2D21A 2F7AA 1O7TA 4M1VA 4ECFA 2Q9TA 2R71A 3Q26A 4XIGQ 1Y3QA 3SEWA 5L9SA 2NVUB 2M8CA 3N6TA 1P1WA 3FXRA 3TTLA 4GL0A 1ZJLA 4U4SA 1D9VA 1GR2A 3TTKA 4BDOA 4KHZE 4R73A 3TAJA 4NF6A 3UP9A 4GLIA 3PMXA 2VD2A 4E0XA 2Q2CA 4HTGA 5AA2A 4KD5A 1VFEA 1AL3A 3G7WA 1BTJA 3TKDA 1A40A 5B7DA 3GBAA 1PB8A 1VE4A 5CMMA 2DWIA 2UVJA 4DDDA 3S9EA 2UVIA 3BFUA 3RGYA 3TDJA 1D4NA 3PD9A 4MF3A 4GFRA 1RKMA 3MPLA 5F1QA 4YKPA 4I9DA 2NWJA 1IZ1A 3KZGA 1XT8A 1MXXA 1DOTA 4IGRA 4ZEFA 1P1NA 1OMPA 3IR1A 5A5XA 5EHSA 1FTLA 3CG1A 1MQDA 4MH5A 3PPOA 1SQYA 2H9BA 2I48A 3QXMA 3C4MA 3MAMA 3IOVA 1IXCA 2BJJX 1MQIA 4GXSB 3TTMA 5BUUA 1DSNA 2QPQA 1IITA 1US4A 2X7PA 2XXQA 4R72A 2P2AA 3A3UA 2XXXA 4EDPA 2IA4A 3FASA 1LSTA 2F34A 1SW2A 2ONSA 3GLBA 2E1SA 4H1XA 1IXHA 1R9LA 4ESWA 3P7IA 1LAFE 4BDNA 5H8NB 4HCWA 4F3PA 3OO8A 1Z7ME 4ZEDA 5AA3A 1B5JA 4AQ4A 1F9BA 3MP1A 1N3WA 2Y84A 4LP2B 3EHSA 3K6XA 1URGA 2RINA 3OXNA 1WODA 3H4ZA 4WEDA 2ZNTA 4GWOA 3HN0A 4XKRA 1TFAA 3K1MA 4AB5A 3THIA 3WAEA 2THIA 1PBPA 2ZYKA 1Y4TA 2YLNA 3KGCA 2DE2A 1B3FA 1H44A 4G68A 2ANJA 4JXIA 5ISUA 4GIZA 3TCHA 1A8EA 1H3DA 3N6UA 4F3SA 4U22A 2R9JA 4H65A 4RK9A 3GBBA 2R6GE 2RCBA 3M8UA 5DT6A 2HZLA 3W9WA 5I58A 1II5A 1OIBA 2ONRA 1JVYA 2G93A 4EF2A 1B05A 5TPAA 3U72A 2VP1A 2QL3A 4TOZA 1PC3A 3U94A 4X48A 2Q88A 4IO7A 3H6TA 4JWYA 4JSDA 4QFPA 4BLAA 1GGGA 2RC9A 4NF4B 2FA7A 2O6AA 4XKPA 1NNPA 4DCXA 2H99A 3K2DA 3K6VA 3I5OA 1YCJA 1MPCA 3KJ7A 4POWA 1A8FA 3CFLA 3FV2A 4EUOA 1DMBA 3Q29A 3E13X 3CRBA 3MP8A 5JTYA 1MY3A 2O51A 4FECA 2QJEA 3IO4A 4JSOA 5L9OA 1SW1A 4IO5A 3S9LC 3OMBA 1B7HA 1JETA 2I3VA 3FVKA 4KR5A 1SVXB 5AA4B 2ALUA 5DVJA 2DVZA 3TODA 3ECRA 1MM7A 5DEXA 4PFWA 2Y7RA 3BKIB 4ELRA 5ELVA 1NNTA 1NL5A 5CM6A 1M5BA 4NF8B 1IIWA 2X26A 3H7MA 1A99A 4P0IA 1XHYA 4NTLA 3QSLA 5DVIA 1NH7A 2QS1A 3EF7A 1M5FA 1ZU0A 2CZLA 2Z23A 5CRYA 4ELPA 1H76A 2HCAA 1I6QA 1P1OA 1B3HA 3KN8A 4DXBA 3G3HA 2Z22A 3N5LA 2O1MA 4G77A 4ZDMA 2RC7A 5AA2B 1GTKA 1N84A 4E0WA 1LLSA 2ZNSA 2PVUA 2Z8FA 2Z8DA 4R74A 2Y7IA 1B32A 3DP4A 4NF5B 4U1ZA 1JW5A 4JBZA 1QUJA 3PD8A 1R1NA 1ELJA 1PB9A 3FVGA 3U1OA 5I59A 2QS4A 2A5SA 4LZ8A 2I49A 1SI0A 4R2FA 3EHUA 2ONKE 1IEJA 1S50A 3EQ1A 3K1NA 3T93B 5A5XB 2OJTA 4KPTA 4QSCA 3V8XB 3B6TA 5TP9A 1URSA 1FQDA 2H4IA 4GF8A 4TQUQ 4LA9A 4LZ5A 1A54A 5H8FA 2B3BA 3MVYA 4H67A 4FAJA 3G3GA 5CBRA 2PT2A 1USYE 2DE4A 1CB6A 1MG1A 3MQ9A 3FJGA 3SEXA 5FTIA 3MZ9A 2Q8JA 3T22A 5K2YA 1JEUA 3G3FA 4HS7A 4NWCA 4MLQA 5JEIA 2RCAA 4R9FA 3TTNA 5DVFA 2VOZA 2QMXA 1YTVA 4FATA 4HW8A 1Q35A 5I56B 2O68A 1N7XA 1O64A 3MUQA 2ABHA 5M2VA 2I58A 1US5A 4PQJA 3IOWA 3T9HB 3TQWA 3IAZA 1M5CA 2XXRA 3VLUA 1A7LA 3WAFA 2DOJA 4GXAA 3AXFA 4QFLA 1SYIA 2ZYMA 4KI0E 3KN3A 4OMBA 3R6UA 1FTMA 3OO6A 4F39A 1ZMGA 1LAHE 3FXQA 3E3KA 1M5EA 4G68B 4ZZEA 4F2OA 4NEDA 2H25A 1M5DA 5ICQA 1P1UA 5ICTA 5EHMA 5I58B 3LSFB 1SI1A 3FGSA 3OELA 4H8JA 5TPAB 4OFJA 1QKBA 2QSXA 1B7UA 2GH9A 3TCFA 4GVOA 3DP6A 3RPWA 2FNCA 1JNFA 3KBRA 2XXVA 2AIXA 4QF9A 4U23A 1Q1KA 1B6HA 3M3FA 5FHNA 1S7YA 4LONB 3RUMA 1UTBA 5KDTA 4OWDA 2XXHA 2XXUA 4YB7A 2Y7KA 3IB2A 3KOTA 3KFMA 1ZLQA 4DLDA 3OO7A 2DSFA 1D3KA 3ZS6A 4KYDA 5CI5A 3PUXE 2LAOA 2AYSA 2V93A 2UYFA 1GV8A 3MVXA 4I1DA 3FXUA 4C1UA 3FD3A 4I62A 3LC8A 4XKNA 5DEXB 3PU5A 3LR1A 3SERA 3DLNA 3R26A 3FV1A 3K0VA 4G68C 3MWBA 2V3TA 3IB0A 4THIA 1DPEA 4ZE8A 2HAVA 2UYEA 4EQBA 2GHBA 1BLFA 3RN8A 1MDP1 3PUWE 4F1UA 4QRZA 1JEVA 2ESNA 5CBSA 3V5AA 4LQ2A 3O28A 1B2HA 1LCTA 1MXYA 4IB2A 5CMBA 1XOCA 1LFHA 3KSXA 1N76A 3E9XA 1POTA 3LUYA 3A09A 2YJPA 4H0WA 1AH5A 3HO7A 3JV9A 4KQPA 1P1QA 5FHOA 3O97A 1Y3NA 1LFGA 3VDFA 1GVCA 1N7WA 3VVEA 4X1DA 5CMKA 3Q27A 3ILTB 3IJXB 5CC2A 1LB9A 3M3KA 1Z7NE 3K4UA 2REGA 3C35A 4Q0CA 5I2KB 3RNNA 3I3VA 5H8FB 2F35A 2GFEA 1B5HA 2UXAA 1LBBA 1DTGA 3TEPA 1NKXA 3PGFA 3QIMA 1B3EA 4RPNA 3USDA 3CSBA 1B40A 2DYXA 1B9JA 1H43A 2I6EA 1B0LA 4KYSA 3QAXA 4R75A 4RYAA 2XD2A 3QUFA 4F1YA 1UTHA 2O69A 4NWDA 1FQBA 3CR9A 2F7BA 3MP6A 3VVFA 1B46A 4K3FA 3UA8A 4RXLA 1UIUA 3IB1A 2P0SA 1LCFA 3C32A 3TMGA 4ZEKA 4JWXA 3L6HA 3IORA 2HXWA 3IX1A 3V89B 5I57B 4FE8A 3K02A 3FUZA 4PP0A 4N6PA 3D4GA 2V25A 5HM4B 3HSTA 4ZS9A 1QJMA 1NMUA 4EXKA 3C31A 4F3GA 2HEUA 3U92A 3B7DA 5JK4A 3ILUB 3VLVA 3SETA 4WKMA 2PT1A 4U2RA 4R2BA 2DWJA 3IK6B 4RA1A 3A3CA 2O7IA 2DXRA 4TLMB 3K01A 4AB6A 1Y1MA 1TWYA 3S2VA 2DQVA 1LFIA 5ITPA 1B5IA 1BP5A 1UIVA 3FVNA 1KWHA 1FQEA 3K6UA 1JW4A 2HFBA 3G3KA 5L8DA 1QVSA 4PE5B 4NF6B 1LAGE 3IOTA 1WDNA 2OWSA 3PUZE 3T9XB 1VR5A 3B6WA 4N07A 4XKQA 1NH8A 1Y4CA 3LBSA 3S4UA 2HZKA 3CI8A 5KDTB 3H06B 1LGBC 4FJPA 4KCCA 4RK2A 1XVYA 2XD3A 1EZPA 2P1SA 2QS3A 2XX9A 4F31B 3K00A 3SEYA 4EF1A 4LQ5A 3KSJA 1MY0A 1B0HA 1O63A 4OZ9A 1YAEA 4DZ1A 1MXVA 2NUVA 1XC1A 5KCJA 4OHNA 1BIYA 3LSLA 3OO9A 4GQOA 3G3IA 1TT1A 4ZEIA 3QYTA 3PPRA 3LSWA 4U21A 4GRKA 3OSQA 2I0BA 1PDAA 1H45A 1ATGA 2HAUA 3CFXA 4G8HA 2IEEA 3T9UA 3SESA 1OQHA 4ONYA 3VFJA 4O3CA 4L17A 2AL4A 2F6PA 1ZIUA 2QMWA 3O2AA 1Y1ZA 4R6KA 1EU8A 1ZTYA 1B58A 2D3IA 4H8IA 3H3GA 5K2XA 3TYHA 1NFTA 3IOUA 3HHGA 1MDQA 1MPBA 1N04A 1FW0A 1TXFA 5H8SA 1QKAA 1OLAA 3DP8A 4FEBA 4Q8RA 2X7QA 1XS5A 4NE4A 3QUJA 3SKPA 1J1NA 2ZMBA 4LUBA 3TQLA 1LAXA 4X1BA 1CE2A 5HPQA 4MLVA 3N94A 2O1LA 1BKAA 1AMFA 1JVXA 2B65A 3PMVA 1FCKA 5H8HA 3OD7A 5LOMA 1IUDA 1MXWA 2VGQA 2XXPA 1MXZA 4BDQA 3KN7A 4F18A 3I6VA 4Z7EA 4YKIA 1IXGA 4YU0A 3PUVE 3JZJA 2I4BA 1HSJA 2F78A 4OFOA 1R6ZA 2XXYA 1I6BA 5IAIA 4G2ZA 1VSOA 2PYYA 4DCYA 3BBRA 2V3QA 3IJOB 3PPQA 1OVTA 2DVCA 4PFTA 1UTHB 4O3BA 3VVDA 3UGWA 1Y20A 4H5GA 3FZVA 1FTKA 3HPIA 3N26A 2DS9A 3IL1B 3VXBA 3KOSA 1EZOA 1QUIA 2UVHA 3OENA 3VE1B 1EH3A 2KLFA 1DPPA 3MJNA 1P99A 1SYHA 4ESXA 3UK4A 4F19A 3GXAA 4NF8A 4GL8A 1MH4A 2QS2A 1USYH 4KYEA 3FJ7A 5I2NA 1JW1A 2XXIA 2XXWA 3C36A 4YKJA 5JTYB 1OQGA 4UA8A 1MRPA 5L9MA 1B1XA 4RNSA 1RYXA 3C34A 4RY1A 3VV5A 4NF5A 4N13A 4F2QA 4QSEA 2OBGA 4JWOA 1LBCA 4MFIA 5IKBA 3ZSFA 1DTZA 4EQ7A 2V84A 3TTRA 4QSDA 4OVJA 1UQWA 2Q89A 4IY6A 2UVGA 4OXVA 1ZBMA 2ZNUA 5H8QA 3T9VA 4YB5A 3PPPA 1QW0A 3MBPA 3C9HA 2XXTA 1I6AA 2NOOA 2W7YA 3TELA 4F29A 2OLBA 4LVQA 3D4CA 5F7VA 3H03A 3EN3A 4ELOA 1OLCA 1SW4A 2RC8A 5BWJA 2WKYA 1PBQA 1N3XA 5FTHA 2D5WA 4XTCQ 4C1TA 3K6WA 3MW0A 4ND9A 3IO6A 1FQCA 4M4GA 5EYFA 1L5TA 4OYVA 1B3LA 3MZ1A 3RTWB 5I59B 4C0RA 3LSXA 4EXLA 2F7CA 1Y3PA 4YB6A 1B51A 2FYIA 4OEVA 5I56A 2F5XA 2F6GA 2OCUA 3FVOA 4Z0IA 4ELQA 5AE4A 5KCJB 4HCYA 3ONMA 4LATA 2A5TA 4OETA 5FHMA 3H6VA 3K1PA 2YPNA 2H98A 4YMBA 3QK6A 5TP9B 2PMSA 4IO4A 3TCGA 2VHAA 1AIVA 3TFLA 4R6HA 3GZGA 3O6IA 4POXA 4IO6A 2E0SA 3UORA 2HQ0A 3SEUA 4YMAA 1NNKA 4OQOA 4DXCA 5ITOA 3C33A 1HSEA 1B4ZA 1FTJA 1MY2A 2H5YA 3O6HA 5HBCA 4WXJA 3S9NC 3TZAA 1VFDA 4G8NA 3CIJA 1MPDA 3ZKLA 1RYOA 3T66A 2DP8A 2GRVA 2Y7PA 1QUKA 3F11A 1MQGA 3VLWA 4KCDA 2G29A 4YICA 3G3JA 4ZE9A 3O29A 4U4XA 1B4HA 1ANFA 1B3GA 3RY3A 1FTOA 4IO3A 2DWHA 3RLFE 1LB8A 3UIFA 3DELB 1POY1 1ZKBA 1D9YA 2REJA 3EHTA 3S9MC 1MH3A 1R9QA 3KG2A 5H8HB 2Z8EA 3RT8A 4H5FA 4BDRA 1I69A 4R6YA 4FIMA 3MVWA 4NMYA 2PX1A 4G4PA 3BFTA 4BDMA 1AOVA 2QRYA 4ZZAA 3OEKA 3MZBA 3TUSA 4F3BA 4YZZA 3PMWA 2CMOA 2I3WA 3Q25A 2OZZA 2OK2A 3E4RA 2DE3A 4QFOA 1TFDA 3T96B 2AL5A 5CMCA 2F36A 3MC2A 1T0KA 4GD5A 5AA1A 1MXUA 5AA2D 1JQFA 1XVXA 1UTBB 3PV0E 5B70A 3EPEA 3SEVA 3L6GA 2F97A 4DE8A 3JYRA 3TPAA 2ZYNA 4F1VA 4RPOA 5I2NB 3OEMA 3OSRA 3HHFA 1IQ7A 4JDFA 1QULA 1SW5A 4H6DA 3O66A 3H6WA 3PPNA 3CFZA 4IO2A 4I8CA 4MBPA 4IGTA 3H6UA 3W9VA 4ZECA 4P0GA 4UACA 3U8QA 1MY1A 5H8NA 1PEBA 1HSLA 2RF1A 4OESA 4PFUA 5DTBA 4Q5TA 3RTFB 4P11A 1MS7A 3FIRA 4OERA 4WEPA 3ODBA 5H8QB 4EQ9A 3KEIA 3CG3A 5DYHA 2RKMA 3HCQA 4OENA 1B52A 4FEDA 5I2KA 1MQHA 5KZTA 3DM0A 4ZEBA 3RQTA 2I4CA 4XXUA 3FJMA 1OVBA 2Y7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NNFA 1MY4A 5LTCA 4QFNA 4YKKA 1PB7A 4F22A 4RJZA 4OFLA 3Q28A 4TLLB 4ISUA 3O9PA 2GHAA 5J1DA 2Q8MA 3CSGA 3MPKA 2O84X 4PBHA 4BDLA 4QHQA 1LBXA 2V3UA 4PFYA 5ET8A 1YPNA 2O7UA 3B6QA 3RT6B 3A29A 4OEUA 2DXYA 3OOAA 1EZ9A 1URDA 3PUYE 4QFKA 1NV6A 4KFQA 3FATA 1SD3A 4X9TA 4YAHX 5TU0A 3HV1A 4FORA 4NF4A 1IXIA 2A5TB 2ZXTA 5A5LA 3UN6A 2NXOA 3R7XA 4DXUA 2OWTA 4Q30B 2XHDA 1S9TA 1FPDA 4U1OA 1B7ZA 1A55A 4IY5A 4R9GA 3IFAA 2DWAA 3VXCA 5I57A 3MVZA 1SBPA 4OTEA 1WVJA 4MEVA 2XX7A 5EQ8A 5I5PA 4GWXA 3SDFA 3ZKKA 3KJTA 3V83A 1SDXA 4O3AA 4GBVA 4G8MA 5I84A 2XX8A 3E78A 1MQJA 4GOTA 1MM6A 1B1HA 4PETA 3T0JA 2F8DA 3CVGA 5EQ9A 1FPKA 1AWBA 2Q2AA 1FQFA 3O6GA 4LZ7A 1N0TA 3U93A 3B8BA 1FQAA 4DIGA 1Y9UA 1IMAA 2I0CA 2PBWA 3M3LA 2VD3A 2ZYOA 4JB7A 3W15C 5AA4A 2B3FA 2D21A 2WX9A 2F7AA 1O7TA 4M1VA 4ECFA 2Q9TA 2HPGA 2R71A 3Q26A 4XIGQ 1Y3QA 3SEWA 2R8TA 5L9SA 2NVUB 2M8CA 3N6TA 1P1WA 3FXRA 3TTLA 4GL0A 4U4SA 1ZJLA 1D9VA 1GR2A 2WBDA 3TTKA 4BDOA 4KHZE 4R73A 1IMCA 3TAJA 4NF6A 1SPIA 3UP9A 4GLIA 1KZ8A 3PMXA 2VD2A 4E0XA 2Q2CA 4HTGA 5AA2A 4KD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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