1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport protein
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
2LAOA 4PETA 3OD7A 3H4ZA 2O7IA 3A09A 1TWYA 2NUVA 4GL8A 4MBPA 1ZBMA 4ZS9A 4F3GA 4X48A 4FEBA 2RC9A 1NFTA 3D4CA 1XC1A 3G3IA 5FTIA 5H8FA 3D4GA 2QJEA 1B3FA 1GVCA 1LFHA 1TFDA 4KFQA 4X1BA 4XXUA 4F3SA 4JDFA 5H8QB 3M3FA 5KCJA 5DVJA 2ONSA 3LUYA 1H76A 5F1QA 4OZ9A 1IXCA 4KYSA 3RUMA 3TCFA 5I2KA 4KD5A 4OFOA 4X1DA 1S9TA 1MXYA 3LSXA 1FQBA 2O6AA 3PPNA 5ITPA 2O69A 5CBRA 2F7BA 4DCYA 5I59B 4F18A 3S9MC 3M3KA 2VGQA 1XVYA 2ZNUA 3TTLA 3LSWA 3MZ9A 2F6PA 3QYTA 1O64A 1VR5A 1I6AA 3TEPA 4ZZEA 1O7TA 2A5TA 2ZYMA 1A8EA 3UORA 4F1VA 4XKPA 1DTGA 2YLNA 4C0RA 2DS9A 1N0TA 1LCFA 1QJMA 3OSQA 4G8NA 1DTZA 1MDQA 4WXJA 3TUSA 1NKXA 3VV5A 1MM7A 4FORA 1H45A 1FQDA 1Q35A 5H8HA 3S2VA 4EXKA 1GR2A 1SBPA 1Y20A 1BTJA 3N26A 4GIZA 2O51A 1VE4A 1Z7ME 1P1UA 3P7IA 4OFJA 4OEUA 1B7HA 3TCHA 4NF5A 2Y7RA 4LQ5A 3SKPA 3O6HA 4LUBA 2F5XA 1LFIA 1Y1ZA 3U92A 3VVEA 1Y3QA 3DP4A 5ICTA 3PU5A 5A5XA 4JSOA 3K00A 1NNKA 5EHSA 3FVNA 4DIGA 3A3CA 3SETA 1OLAA 3S9LC 4KPTA 2F7CA 3CG1A 5CMBA 4Q8RA 1BP5A 2DQVA 1EZPA 1SDXA 1D4NA 2XXPA 3N6UA 4U4SA 1R9LA 2ALUA 4NF4A 4YKJA 3RT6B 4F1UA 4KR5A 1S50A 2V3TA 4ELOA 5I56B 3IJXB 3QIMA 4QHQA 4GD5A 3PV0E 4YB5A 3EQ1A 4JXIA 2BJJX 4TQUQ 2GHBA 3CSGA 3HHFA 4GOTA 2OBGA 1RYOA 3U72A 2VD3A 2IA4A 4IGRA 5CMCA 3W15C 5LOMA 4WEDA 5TP9B 3PUZE 2D5WA 1FQFA 2F8DA 3PMXA 3U93A 3VXCA 2I4BA 1SVXB 4YMAA 2V84A 1ZJLA 4YU0A 5HM4B 3FATA 4H5FA 4NTLA 2PBWA 3KG2A 4G8MA 3TCGA 1SYIA 1YPNA 3TODA 1B3EA 2DOJA 3ODBA 3BKIB 3VLUA 3T9XB 5HBCA 1LAGE 4N07A 3JV9A 1ANFA 2NWJA 3HPIA 4TLLB 3K1MA 4OVJA 2WKYA 3H6TA 3MP6A 1IZ1A 4FE8A 1IUDA 5JTYB 2E1SA 2ONRA 3OO8A 3OSRA 4LZ5A 3PGFA 5DEXB 1MM6A 2UYFA 3IL1B 4QSCA 1GV8A 5L9MA 2OJTA 4BDLA 1OVTA 4R2FA 4C1UA 3CFZA 4LZ7A 4PQJA 3GXAA 3LR1A 4QSEA 2REGA 3T22A 1EZOA 2H5YA 3A3UA 3IB2A 4FIMA 1LB9A 4BLAA 1B2HA 2G29A 4YKPA 4ELQA 1FTJA 2XX8A 3MVXA 5KZTA 4NF6A 4F29A 4R6YA 3VVFA 3KN3A 1B51A 4BDRA 3L6HA 2X7PA 3KBRA 1B58A 4ELPA 3MPLA 4NWDA 1MQGA 2AL5A 3Q28A 3U1OA 5JEIA 1Y9UA 5JTYA 1B46A 2YJPA 3SDFA 3HO7A 3MZ1A 3OO9A 1OVBA 2REJA 4I9DA 3N94A 1QUKA 1ZU0A 4ONYA 3FXRA 1GTKA 1SW2A 5I84A 2FA7A 1QUJA 3FD3A 3FVOA 1B1HA 2A5SA 4UA8A 4OEVA 3E4RA 2VP1A 2HCAA 1WODA 1N76A 2QMWA 1JW5A 1AH5A 2DYXA 2XXWA 3FASA 4LZ8A 3W9VA 1B0LA 2OLBA 3H6UA 3HHGA 4NE4A 4R73A 2XXTA 3ZKKA 1B0HA 3PPOA 1N04A 3O9PA 2HQ0A 3FV1A 3VE1B 4DXUA 4DLDA 1LCTA 3EPEA 1CB6A 5DVIA 2Q9TA 5AA3A 2YPNA 2XD2A 4QRZA 3C9HA 3FXQA 1B1XA 1A7LA 1P1QA 2AL4A 2DE3A 5JK4A 3C34A 2HZLA 2OWTA 4OFLA 2W7YA 4U4XA 1QVSA 1UIVA 4EQBA 3KSJA 2RINA 1SW5A 4IO5A 4Q5TA 2UVGA 3H03A 2GRVA 2XXIA 4PFUA 2THIA 1BKAA 3G3FA 1SD3A 1ZTYA 2RCAA 4R6KA 4ZEBA 1LLSA 3FUZA 5I57A 1TT1A 1RYXA 3V8XB 3M8UA 3PD8A 2Y84A 4ZDMA 1FTOA 4LVQA 3G3JA 3IOUA 4G2ZA 1M5FA 2XXUA 1MQHA 4IY6A 4KI0E 4E0WA 3B6TA 3MQ9A 4RA1A 3RTWB 1B3HA 2O68A 2ZXTA 4GRKA 4YKKA 1P1OA 1Y3NA 4DXBA 1ELJA 4GXSB 4OWDA 2XXRA 1B3GA 2DWAA 5F7VA 3MP1A 3MWBA 2HFBA 5J1DA 1MG1A 5DVFA 4F2OA 4NMYA 1LFGA 4F39A 5H8NB 1MS7A 2FYIA 4GLIA 1MY1A 3VLWA 1XVXA 1FQCA 1QKAA 2DVCA 4XKRA 2RC8A 4BDOA 5TP9A 1MXXA 1AIVA 1Y4CA 1LAHE 2D3IA 4I8CA 3FVKA 3E3KA 2A5TB 3RLFE 5I2NB 1T0KA 3I3VA 3PPPA 3TELA 3KJTA 4OERA 4OETA 3IOWA 4QFPA 5EHMA 2ABHA 5K2YA 5I56A 4DZ1A 1WVJA 2QPQA 3EN3A 5I59A 2X7QA 2VHAA 3SEWA 2AYSA 2V3QA 2Y7IA 4EQ9A 4EQ7A 1EH3A 3FJMA 4O3BA 2HAVA 5KCJB 1Y1MA 3IO4A 1JVYA 2KLFA 5AA4B 3MVWA 4IB2A 3BBRA 3TQLA 5CMMA 4ESWA 2DE4A 4F22A 5CRYA 2M8CA 3UA8A 3S9NC 4G68C 4OQOA 1FTLA 3H7MA 4R2BA 3PMVA 3PUYE 1UTHA 2R9JA 2UYEA 3FGSA 2VD2A 4H8JA 3UGWA 4KYDA 4QF9A 5I58B 3TTMA 3G3GA 2PMSA 3GBAA 4ECFA 2I0BA 4RYAA 4R72A 1OQHA 1II5A 1MPCA 3R26A 3O29A 4Q0CA 4QFNA 4ZZAA 2O1LA 1P1WA 3HCQA 4POXA 4TOZA 1F9BA 1I6QA 5DTBA 1LB8A 1MXZA 1SI0A 2Z8DA 4G8HA 4DXCA 1Y4TA 3ZSFA 2XXVA 2UVIA 4E0XA 2I58A 3MW0A 1NNTA 5FHNA 3IO6A 5TPAA 4EF2A 4KCCA 1S7YA 4YKIA 2UVHA 1MY3A 3CFLA 3OEMA 4QFKA 4BDNA 4N6PA 3OMBA 4F31B 3H6VA 3C31A 4P11A 4WKMA 3O6GA 3PD9A 3MZBA 3KZGA 1VFDA 2DVZA 2QS4A 5M2VA 4ZE9A 3DP6A 5ICQA 3K02A 3K4UA 4H67A 5ITOA 4XKQA 3KOSA 5ISUA 4MFIA 1R9QA 1Y3PA 4U22A 3MAMA 4MH5A 1UTHB 5I58A 4IO2A 1N7XA 2ZYOA 1LAFE 5FHMA 4PFWA 1URDA 3K6UA 3OO6A 4ZEFA 5I57B 4JB7A 3S9EA 3SESA 3TPAA 5IAIA 1WDNA 5AA4A 3OEKA 2GH9A 3T66A 1H3DA 2OZZA 3GBBA 4GF8A 3MC2A 3S4UA 4M1VA 2P1SA 2Q2AA 5L9OA 1LGBC 1USYH 3Q26A 4MF3A 4Z0IA 3JZJA 3IAZA 1D9YA 1I69A 2F7AA 4H5GA 1FQEA 4AQ4A 1PBQA 3IJOB 1DPEA 3QK6A 4U23A 3V83A 1B9JA 1PBPA 3OENA 4RY1A 3K1NA 2XX7A 4JSDA 5I2NA 4GXAA 4ELRA 4G68B 5BWJA 1N84A 3KJ7A 4U1OA 3TTKA 5CC2A 3B6QA 3B7DA 2O1MA 3ZKLA 1MH4A 3KFMA 1NMUA 4NF8B 1UQWA 3VLVA 2B3FA 1L5TA 4RJZA 1FQAA 2NXOA 4O3AA 1B7ZA 4MLQA 5H8NA 1IIWA 3I5OA 1M5BA 2DXYA 3H3GA 3JYRA 4Z7EA 4NWCA 3O2AA 3B6WA 2E0SA 1I6BA 4MLVA 3TDJA 4LONB 3O97A 3OO7A 1PEBA 4DE8A 2OK2A 1J1NA 4JWXA 3PPQA 1B5IA 2I3VA 2Q2CA 3THIA 3CFXA 2F36A 1IXIA 2H25A 2NVUB 3W9WA 4QFOA 1B52A 1JEUA 2DWIA 4YZZA 1R1NA 2NOOA 2IEEA 2Q89A 3H6WA 4H65A 5IKBA 4LATA 2PT1A 4UACA 3T96B 1IQ7A 3AXFA 3RN8A 1USYE 4WEPA 2HXWA 1IXGA 2CMOA 5CM6A 3WAFA 4JBZA 1DPPA 4NF6B 5L9SA 3FVGA 3ECRA 3KOTA 3TQWA 3QUJA 4F2QA 4OESA 5H8SA 2GFEA 1QULA 4OENA 4G4PA 3RPWA 3VDFA 3VXBA 2RC7A 2DWJA 4DDDA 4AB6A 2Q8JA 4IO4A 2ANJA 2HEUA 1UIUA 2ESNA 1CE2A 3TTNA 3WAEA 3O6IA 1XT8A 1IITA 5DT6A 2ZNSA 3OOAA 3N5LA 1MPDA 3DELB 2V25A 3H06B 3U8QA 4RK9A 1VSOA 1B32A 3E13X 3C36A 2ZMBA 2Z8FA 1PB7A 1P99A 1ZKBA 2XXXA 2F97A 1KWHA 1MQJA 3QUFA 4O3CA 4RPNA 3TTRA 3V5AA 3ILUB 1A99A 3R6UA 5TU0A 3TZAA 1MY4A 1NNFA 4FJPA 4P0GA 2QS1A 4ZEIA 1A8FA 1IXHA 3CRBA 1TFAA 3K6WA 3CR9A 1SW4A 4YAHX 1TXFA 2R71A 4PFTA 3TYHA 4M4GA 3FJ7A 3EHUA 1PB8A 4ND9A 4QSDA 4HW8A 3HN0A 4F19A 3PUVE 1YCJA 5AA2D 2ZYNA 1OMPA 3OELA 4FEDA 2P2AA 4F1YA 1LAXA 2CZLA 4OTEA 1ZMGA 3RGYA 2G93A 4OYVA 4KHZE 4IY5A 2GHAA 5B7DA 4IGTA 4R75A 4OMBA 3C33A 2Z22A 2O7UA 5DYHA 1B4HA 1OIBA 4TLMB 3IORA 1B7UA 1XOCA 1QW0A 4FECA 4OXVA 1RKMA 3DP8A 1MXWA 3Q25A 1B5JA 3IB1A 3IOVA 4L17A 5A5XB 3T9HB 4AB5A 1SYHA 5L8DA 5CBSA 2DXRA 1EZ9A 1YAEA 5DEXA 1GGGA 1PB9A 3FXUA 2HAUA 2DWHA 3K01A 1PC3A 5FTHA 4ZE8A 3E9XA 2HZKA 2ZNTA 4ESXA 1QKBA 4EXLA 2Y7WA 1PDAA 4NF5B 1SW1A 4Q30B 3MVZA 2RCBA 1JNFA 3GZGA 4RXLA 1SQYA 3O28A 4HTGA 2QMXA 3UP9A 3ZS6A 2ZYKA 2VOZA 4RNSA 3T93B 2XX9A 1MY0A 2RKMA 1DSNA 1FTKA 3TKDA 3C35A 2I6EA 1MRPA 3MUQA 4QFLA 3TMGA 4JWYA 4F3BA 4U21A 1XS5A 2B65A 3MP8A 1IEJA 1JQFA 2FNCA 3VVDA 3G7WA 1FTMA 5K2XA 2Z23A 4FATA 2P0SA 3BFUA 1NNPA 2F34A 3K2DA 5EYFA 3PUWE 1NL5A 1SI1A 4NF4B 3F11A 3CSBA 3MVYA 4HCYA 3Q27A 2OCUA 2I49A 2F78A 3PUXE 4IO7A 3TFLA 3KN7A 1LBBA 2I0CA 1NH7A 3GLBA 1HSEA 4GWOA 4PE5B 4XTCQ 4KYEA 2PX1A 1LBCA 1MDP1 2ONKE 1URGA 2DSFA 2X26A 1ZLQA 3KN8A 3SEYA 3IOTA 4U2RA 1B05A 1DMBA 4I62A 4R74A 4XKNA 2UXAA 1OLCA 5AE4A 1N7WA 1H43A 3CI8A 3DLNA 3LC8A 1D3KA 2Y7KA 2V93A 4H0WA 5FHOA 2QS2A 1Q1KA 3N6TA 3R7XA 5CMKA 4RK2A 3SEVA 3U94A 5KDTA 3EHTA 1AMFA 4IO3A 3O66A 4GVOA 3ILTB 3IR1A 3RT8A 3IK6B 4U1ZA 4LP2B 4XIGQ 5H8HB 3TAJA 4BDQA 2H99A 1ZIUA 4FAJA 4ZEDA 1B3LA 1M5DA 4THIA 1JW4A 1OQGA 3QXMA 3RY3A 4P0IA 4G77A 2R6GE 1JVXA 1BIYA 4KQPA 4PFYA 2DP8A 2F6GA 3PMWA 3HSTA 4NEDA 2RF1A 1B40A 2DE2A 4ZEKA 3RQTA 1M5CA 3UK4A 3V89B 2O84X 2Y7PA 4DCXA 3BFTA 2Z8EA 4H1XA 5CI5A 5BUUA 1BLFA 4EF1A 3EHSA 4YICA 4EUOA 1FW0A 3L6GA 5AA2A 1VFEA 3SEUA 4R6HA 4GQOA 2F35A 2V3UA 3Q29A 1AOVA 4KCDA 2B3BA 4JWOA 3IX1A 4OHNA 1MH3A 1MQIA 1MY2A 2QRYA 3FIRA 4ISUA 4EDPA 3C32A 4HS7A 1DOTA 3K6XA 3QSLA 2OWSA 2XXHA 3I6VA 5I2KB 3CG3A 3QAXA 4NF8A 3LSLA 5H8QA 3K0VA 5ELVA 3M3LA 1US4A 1A40A 5H8FB 2H9BA 5HPQA 1MXUA 2D21A 1URSA 1N3WA 1R6ZA 2XXQA 3EF7A 3RNNA 3CIJA 2XHDA 1A55A 3RTFB 1HSJA 1O63A 5AA1A 2QSXA 3DM0A 3K6VA 3K1PA 4GFRA 4H8IA 4LA9A 4X9TA 3LSFB 1AL3A 1H44A 4RPOA 2H98A 1Z7NE 1A54A 3FV2A 2Q88A 4K3FA 3T9VA 1QUIA 1HSLA 3C4MA 2PVUA 4R9GA 4YB6A 1B4ZA 1D9VA 4POWA 2XD3A 3FZVA 4LQ2A 1JEVA 2AIXA 1UTBA 1MPBA 3ONMA 4H6DA 4PP0A 1ATGA 3G3HA 4ZECA 1LSTA 3MBPA 1JETA 3SERA 2PYYA 3MPKA 2I3WA 5AA2B 1NH8A 3HV1A 1M5EA 3KSXA 1B6HA 3OXNA 2H4IA 1JW1A 2XXYA 1POTA 2QL3A 1YTVA 1MXVA 1P1NA 1POY1 3CVGA 3KEIA 3KGCA 3PPRA 1EU8A 2QS3A 4R9FA 1B5HA 4C1TA 3UN6A 3LBSA 4YB7A 4YMBA 5TPAB 3USDA 3T9UA 1UTBB 3G3KA 3UIFA 4N13A 4HCWA 5B70A 1MQDA 3IB0A 4GL0A 1FCKA 3SEXA 3FJGA 4I1DA 1XHYA 4G68A 3VFJA 2I48A 5KDTB 4F3PA 4BDMA 4IO6A 1US5A 3MJNA 1N3XA 2UVJA 2PT2A 2I4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFIA 1TWYA 4F3GA 1NV6A 4FEBA 1XC1A 1TFDA 4F3SA 5H8QB 2ONSA 5F1QA 1CNQA 1MXYA 3LSXA 2O6AA 3PPNA 5ITPA 2O69A 5I59B 3S9MC 2HXRA 2VGQA 3MZ9A 2F6PA 1O64A 1VR5A 1A8EA 1N0TA 1QJMA 3OSQA 1DTZA 1MDQA 1NKXA 3VV5A 1RDYA 1SBPA 1FBCA 1Y20A 1BTJA 3N26A 4GIZA 2O51A 5F24A 2B4MA 4OVSA 1P1UA 4OEUA 1B7HA 4NF5A 3SKPA 1LFIA 3U92A 3K00A 1NNKA 3KBZA 4XF5A 2F7CA 4U4SA 1R9LA 5I56B 3QIMA 3EQ1A 2BJJX 2GHBA 3CSGA 3HHFA 4NHBA 1FQFA 4NTLA 2PBWA 4G8MA 3TCGA 3TODA 2DOJA 3VLUA 3BKIB 4N07A 3JV9A 1IZ1A 2E1SA 2UYFA 4R2FA 3CFZA 3LR1A 2REGA 2H5YA 1IMCA 4FIMA 4BLAA 1LB9A 4NF6A 4R6YA 4O94A 3MPLA 4NWDA 2KQZA 1MQGA 3U1OA 5I7IA 1YYZA 1Y9UA 3SDFA 1QUKA 1ZU0A 5I84A 3FD3A 3E4RA 1JW5A 3FASA 4BDNA 3HHGA 2XXTA 1B0HA 3PPOA 3VE1B 3FV1A 4DXUA 1LCTA 2Q9TA 4MCOA 4QRZA 4HXVA 2HZLA 4PGPA 2W7YA 1UIVA 4IO5A 2UVGA 3SZPA 2GRVA 2XXIA 3G3FA 3FUZA 3V8XB 1RYXA 3M8UA 3PD8A 2Y84A 4ZDMA 4LVQA 1K9YA 4G2ZA 4KI0E 2XXUA 3MQ9A 4YKKA 1P1OA 4DXBA 1B3GA 5F7VA 5J1DA 3MWBA 2HFBA 1NV4A 1MG1A 4G61A 4F39A 1MY1A 1XVXA 1FQCA 1QKAA 1MXXA 1Y4CA 1T0KA 5I2NB 5EYHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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