1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport protein
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
4OERA 3OO9A 1LB9A 2XXHA 2Z8FA 4XXUA 4R9GA 1EZOA 2GHBA 3UN6A 1NNPA 4FAJA 2Q2AA 4ONYA 1B1XA 3IX1A 1MQHA 1MY4A 1FTMA 3OELA 1FTJA 5CMCA 3LSXA 4NTLA 1VE4A 4N07A 1M5EA 3FVOA 4YKPA 3TELA 1VR5A 2XXIA 3KN3A 3H4ZA 1EH3A 4OTEA 3E4RA 3L6HA 1LBBA 1PB9A 3FVKA 3FATA 3KSJA 5CBSA 1IITA 4NF4A 1TXFA 1B7ZA 2DS9A 2Q2CA 3IB0A 4OXVA 2XXPA 1SVXB 4NF6B 4R9FA 3HN0A 5FHMA 4F3PA 4EUOA 4FJPA 2GFEA 3MBPA 4G8MA 2HZKA 4NF4B 4NMYA 2VOZA 4TLLB 3VV5A 2QRYA 1D9YA 2V93A 1Y4CA 2I3VA 3VLVA 2DSFA 2P1SA 1MY3A 3CR9A 3O2AA 3H06B 5A5XB 3T9VA 2PMSA 2QJEA 3EF7A 2QL3A 1MH3A 5H8SA 2ESNA 1POY1 4P11A 3TDJA 3KN7A 3Q27A 1NNKA 4MBPA 1Y1ZA 3OD7A 1NH8A 1D4NA 5L9MA 1MQIA 1TWYA 1BTJA 2CZLA 2X7QA 4Q0CA 3U1OA 3WAEA 3ILUB 4ZEDA 2Y7IA 2OLBA 1FTKA 1IQ7A 2YPNA 3D4CA 1Z7ME 3O66A 4LATA 2ALUA 2HEUA 3QK6A 1B3EA 3K6XA 4O3CA 4JB7A 1LAHE 4FORA 3SETA 4F19A 1DMBA 1AL3A 2PX1A 3E9XA 4OFJA 4QSEA 5CMBA 3ZS6A 4QFKA 3W9VA 2DOJA 4GWOA 4NF6A 1YPNA 5I2KB 3K1NA 3W15C 3VLWA 5H8NA 2H4IA 4LVQA 4THIA 3VVEA 1FQFA 2HAUA 1H45A 4YB5A 1B5JA 2H5YA 3RN8A 2QS1A 4M4GA 4YKJA 2B3FA 3KJ7A 1S9TA 1BKAA 3FD3A 4IGRA 2DWAA 3G3GA 3IO6A 2VD3A 3C35A 2RCBA 2GHAA 4NF8B 1AMFA 4OMBA 4WEPA 1MXZA 3IB2A 4OQOA 3PD8A 3I3VA 1GVCA 4N6PA 2VD2A 1B3HA 3K6WA 4IO2A 4NEDA 4Z7EA 1S7YA 1B3GA 4ZZAA 3GLBA 4G68A 5H8FA 3T22A 4ELPA 5AA4B 4G2ZA 4F2QA 5IAIA 2VHAA 4PFYA 4U1OA 3K1MA 5H8HB 2F34A 1M5CA 4H8IA 4YKKA 2B3BA 4ZEIA 3EPEA 1URDA 5AA4A 1Y4TA 3CIJA 1JEVA 3G3FA 4K3FA 2IEEA 4IO5A 4HCWA 4NF5B 1GR2A 2M8CA 2HFBA 5ITPA 1JVYA 4POWA 3G7WA 3CFLA 1B51A 5AA1A 3A3UA 1MXYA 4ZE9A 5CBRA 3HCQA 1N3WA 2F5XA 2PYYA 1B58A 3B6TA 4MH5A 3B7DA 3IO4A 1LB8A 4POXA 4RNSA 3S9MC 4XKRA 3RTFB 3RUMA 3HHFA 3FIRA 1M5BA 4IO7A 2Z23A 4G4PA 1FQDA 2G29A 3C33A 3AXFA 1EU8A 3K6VA 3P7IA 4JDFA 3LUYA 4ELRA 4X1DA 1OVTA 2F7CA 3EHTA 2DWHA 2ABHA 3OOAA 3GXAA 1ZU0A 4GF8A 4BDOA 1SYHA 3MVYA 3TCHA 3MC2A 4BDMA 1MH4A 1YAEA 1A7LA 1R6ZA 2PBWA 1OQHA 1QVSA 2XXUA 2ZYOA 3PPNA 4U1ZA 1B05A 3DP8A 4N13A 5DVIA 5FTIA 3U93A 1Y1MA 3IAZA 5CMKA 4C1UA 1FQCA 1IXCA 3OO7A 4H65A 3C34A 4OVJA 4OWDA 4KCDA 3N6UA 4E0WA 1POTA 2AYSA 1A40A 2HXWA 3DP6A 3H6UA 4ISUA 3ECRA 4NF8A 3K02A 1FCKA 3MVWA 2XHDA 2D3IA 1P1OA 4QFOA 3MAMA 1B2HA 1MS7A 1R9LA 5I59A 1NL5A 1I69A 1NNFA 1XVYA 2O1LA 2V3UA 2V84A 2DXYA 1SDXA 3E13X 3G3JA 3LC8A 4GD5A 2THIA 4YZZA 1N0TA 2HCAA 2ZXTA 5DEXA 2AL4A 3FVGA 2DXRA 3DELB 3IOUA 4PFUA 4RJZA 2DE2A 4ZE8A 5TP9A 3RLFE 4XKQA 4R6KA 3UIFA 4KD5A 5I56A 2H9BA 4RYAA 5I57B 5ICTA 4DXUA 3KGCA 4H8JA 3QAXA 4F1VA 4YAHX 3N94A 3Q26A 2D21A 3BFUA 3IOTA 1IUDA 3V83A 1II5A 2QS2A 1O63A 3O97A 4OFLA 3S4UA 1XVXA 4KYSA 5DTBA 3FUZA 3MVXA 1GTKA 1IXGA 1YTVA 1DSNA 1CB6A 2RC9A 3T9HB 5L9OA 4HTGA 4KYEA 4NE4A 4H5GA 2F6GA 5J1DA 3K1PA 2ZNUA 3TODA 4H0WA 3FXUA 2GRVA 2Q8JA 3TTKA 3C4MA 3G3KA 2HAVA 3T93B 4U4SA 3MZBA 3I6VA 1FQAA 1MPBA 3ODBA 2WKYA 1PDAA 4PETA 2NUVA 3SEXA 3TQLA 2E0SA 1LGBC 4JSDA 3TTRA 1R1NA 1UTBA 1XT8A 2F36A 3MW0A 4IGTA 1PC3A 3FVNA 5L8DA 4DE8A 4JSOA 2AL5A 3Q25A 3K00A 4GL0A 4Z0IA 2F78A 4O3AA 4XIGQ 2F97A 3U72A 2I58A 2LAOA 3PUXE 4GL8A 4ZDMA 5TU0A 4QFNA 3SDFA 1AIVA 1OLAA 3OEMA 1B1HA 5FHNA 1ZBMA 1B0LA 3CG3A 1MDP1 4MLVA 4ZS9A 4DDDA 4R72A 1N76A 4F18A 3IJOB 2GH9A 2F6PA 2OWTA 3EN3A 2RF1A 2NWJA 2I6EA 3C36A 3O9PA 3QSLA 3T9UA 1TFAA 2Z8EA 3T96B 1B5IA 1SYIA 1ZLQA 4OZ9A 4P0GA 3SESA 2XX7A 4KHZE 3TCGA 1N7WA 3VXBA 1DPEA 3R26A 1ZTYA 1MY0A 4GIZA 4RPNA 3MP6A 4U21A 3O6IA 2QSXA 3PUVE 4TQUQ 4F1YA 2FYIA 3W9WA 4F39A 3TTMA 3RT8A 4YICA 4OFOA 1FTOA 3TKDA 3T66A 1A54A 1PEBA 2FNCA 2Y7KA 3RY3A 1R9QA 3PV0E 3HO7A 5IKBA 2V3QA 3OO6A 1FQBA 3GBAA 4YB6A 4EQ7A 3ZKKA 4BDRA 3MP8A 4QSCA 2DVCA 1B32A 1Z7NE 4KPTA 4QF9A 5JEIA 3TZAA 2DQVA 1MQJA 1FQEA 1H43A 1OMPA 3K0VA 3PPQA 1JW4A 4LZ7A 4LONB 3PUWE 2A5TA 2XX9A 4R2BA 1A99A 2ZNTA 3O6HA 3H3GA 1LAFE 5ISUA 3MUQA 3ONMA 3THIA 1P99A 1F9BA 1Y3PA 2Q88A 4DLDA 2X7PA 1XHYA 3LSLA 5I56B 1UTHA 1BP5A 3A3CA 1VSOA 1ELJA 1PBPA 1FW0A 4KI0E 1MM6A 4YU0A 2OBGA 2O84X 3S9LC 1J1NA 1ZIUA 3K4UA 5JTYB 3H03A 1B7HA 4JWYA 4KFQA 1RYXA 2R71A 4ZZEA 2NVUB 2XXQA 1IEJA 3B6WA 5L9SA 2O1MA 1UIVA 4IO3A 1Y9UA 2V25A 3S9NC 3KEIA 1QULA 4Q8RA 1Q1KA 4LQ5A 1MQDA 4Q30B 4BLAA 1KWHA 4LP2B 4U22A 3SERA 3UA8A 2D5WA 3Q29A 4C1TA 5AA2A 1GV8A 3CG1A 4IB2A 4YKIA 4F3SA 2DYXA 1I6AA 1RYOA 1B4HA 3FZVA 3OENA 4XKPA 3RT6B 3MZ9A 4EDPA 2DP8A 3PD9A 1JVXA 1XC1A 5CI5A 2V3TA 3KOTA 4PQJA 3E3KA 2PT2A 2ZYMA 1MXVA 3LSWA 3TUSA 5AA3A 4G8HA 3SEYA 3FV2A 4BDNA 5KDTB 4PP0A 3TFLA 5F1QA 1RKMA 4IO6A 5I58B 4GOTA 2UVGA 4F3BA 1EZPA 1PBQA 3PPRA 4JBZA 4F3GA 5H8QA 3FXRA 1H76A 4U2RA 1MDQA 4F22A 4MFIA 1UTBB 4JXIA 1LFIA 1SW2A 4GVOA 1LBCA 4OHNA 2REJA 1UQWA 3M3LA 4QFLA 3R6UA 4GXSB 3TEPA 3TAJA 5AA2D 2QPQA 1LCFA 4WEDA 4ZEBA 2ONKE 4UA8A 4ZEFA 2O7IA 3PUZE 2RCAA 1MXWA 4GRKA 3MVZA 3KFMA 1QW0A 4LZ8A 4BDLA 5KCJB 1NNTA 2I49A 3BFTA 4TLMB 3S9EA 1B3FA 1Q35A 1NH7A 2XXYA 3LR1A 4IY6A 2Q89A 1B9JA 3HV1A 4LZ5A 4OEVA 1XOCA 1SI0A 3DP4A 1JW1A 1WVJA 3OMBA 4UACA 3VVDA 3EQ1A 1IXHA 2CMOA 3MP1A 1DOTA 4M1VA 4AB5A 4FEBA 3KG2A 3K2DA 4ELOA 1SW4A 2YLNA 4GXAA 3QXMA 3D4GA 2KLFA 2A5SA 2F8DA 2PT1A 1DPPA 2I3WA 3PPOA 1LFHA 1URGA 3KJTA 4XKNA 4QHQA 2QMWA 2UXAA 2H99A 2HZLA 4MF3A 2ZNSA 4ELQA 2ONRA 3UK4A 3LSFB 3H6WA 5EHMA 4ESWA 1VFEA 4QSDA 1I6BA 2DE4A 1B3LA 2I0BA 2UYFA 3GBBA 3SKPA 3S2VA 3UP9A 1ZMGA 1N3XA 5TPAA 4AQ4A 3EHSA 4OETA 3MJNA 1H3DA 1P1NA 3I5OA 5BWJA 1IIWA 2ZYNA 4H5FA 1B4ZA 4F31B 3OXNA 4U23A 2A5TB 1ZJLA 3VFJA 4LA9A 3N5LA 1L5TA 3TTNA 4O3BA 4ESXA 4IO4A 1IXIA 5M2VA 1USYH 2O51A 2REGA 1B52A 3FASA 3IORA 4I8CA 4H6DA 2I4BA 3G3IA 1QJMA 3G3HA 4I1DA 1JW5A 4KQPA 1NFTA 1WODA 3ILTB 1BLFA 3IJXB 1XS5A 4TOZA 5B70A 1P1QA 2I4CA 4DXCA 2XD3A 1A8FA 1LAGE 1VFDA 4FE8A 2ANJA 5I84A 1B5HA 1JETA 1LLSA 3U94A 4ECFA 2OK2A 3KOSA 3PMXA 1DTGA 3FJ7A 3PGFA 5ELVA 4F1UA 3IB1A 4EXKA 3TTLA 2ZMBA 1PB8A 2G93A 3SEUA 1AH5A 4OENA 5HM4B 5JTYA 2XXWA 3FJGA 2XD2A 2B65A 1ATGA 1M5DA 4U4XA 2RC8A 1B7UA 2AIXA 2PVUA 4FEDA 1QKBA 1DTZA 3C9HA 3K6UA 3QIMA 3BBRA 4R6YA 3V8XB 1JQFA 1URSA 2Z22A 3A09A 4NWDA 2OZZA 4RA1A 1Y3QA 1B6HA 1TT1A 1QUIA 2DVZA 2H25A 5K2XA 3UORA 3V89B 3R7XA 2HQ0A 3O6GA 5I58A 3QUJA 1SBPA 3IR1A 2R9JA 2UYEA 3JYRA 3IK6B 4ND9A 4FATA 1JNFA 4NWCA 1Y20A 4DCXA 3V5AA 4DXBA 1H44A 5CRYA 4E0XA 2XXXA 4KCCA 4R74A 2OWSA 3T9XB 4I62A 3KZGA 3PMVA 5FTHA 3IL1B 5I2NA 1UIUA 5DVJA 4HS7A 3EHUA 3WAFA 2Z8DA 4Q5TA 1P1WA 1LCTA 3TQWA 4WXJA 3HHGA 1MRPA 2QS3A 3RPWA 4LQ2A 4YMAA 1BIYA 2DE3A 4RK9A 4IY5A 4YMBA 3IOVA 2UVHA 2E1SA 4EQBA 1M5FA 3SEWA 2W7YA 2VP1A 5H8NB 3M3FA 1B46A 2OCUA 4RY1A 3N26A 3K01A 5H8QB 1MY1A 2F7AA 1D3KA 4KR5A 1MM7A 2XXTA 5DYHA 4JWOA 3RNNA 3ZKLA 3TMGA 5TPAB 2RKMA 1SW5A 2FA7A 5EHSA 2NOOA 1ZKBA 3MPKA 3M8UA 1CE2A 2OJTA 2R6GE 3KBRA 4R75A 1QUKA 5FHOA 1OQGA 2I0CA 3U8QA 5H8FB 4WKMA 3RGYA 3VLUA 1JEUA 4F29A 1IZ1A 1UTHB 3BKIB 3FXQA 4R6HA 4BDQA 2F35A 1SW1A 3CSGA 1HSEA 5KCJA 2I48A 2O68A 2QS4A 3PUYE 3PU5A 4R2FA 1EZ9A 5JK4A 2H98A 3H6TA 5DT6A 3SEVA 4X1BA 2XX8A 2O6AA 3C31A 4ZEKA 1MQGA 1OIBA 1OVBA 2O69A 1A55A 1D9VA 2F7BA 3KSXA 4QFPA 4HW8A 4X48A 3KN8A 5BUUA 2Y84A 4P0IA 4G68B 4PE5B 1US4A 5ITOA 3O28A 4FIMA 4LUBA 2ZYKA 4G68C 3RQTA 3VE1B 5AE4A 4QRZA 5HPQA 3VXCA 1MXUA 5I2KA 2X26A 1N7XA 1N84A 3CFZA 5K2YA 4AB6A 3VDFA 4EF2A 1T0KA 1GGGA 1US5A 3TCFA 4HCYA 4YB7A 2XXVA 4NF5A 1USYE 4GQOA 4MLQA 4OEUA 5AA2B 5LOMA 5CC2A 3RTWB 5A5XA 1AOVA 1O64A 1TFDA 1NKXA 1Y3NA 1B40A 3OSQA 1MG1A 4L17A 2RINA 3FV1A 4OYVA 1OLCA 3CI8A 3F11A 1LFGA 3MQ9A 3LBSA 4GFRA 3DM0A 3VVFA 3DLNA 2NXOA 1LAXA 1SI1A 3IOWA 3JV9A 4OESA 3JZJA 1N04A 4RPOA 5H8HA 2DWJA 3QUFA 3CVGA 4H1XA 4GLIA 3OEKA 2Y7PA 5TP9B 3QYTA 5DEXB 3FGSA 5KDTA 3Q28A 4DZ1A 5KZTA 1MPDA 5CMMA 1O7TA 3O29A 3PMWA 2P2AA 3M3KA 1PB7A 4EXLA 3TPAA 2VGQA 2O7UA 2P0SA 2RC7A 1NMUA 3MPLA 4I9DA 4PFTA 4X9TA 2UVIA 1MY2A 3FJMA 2DWIA 2Y7RA 1QUJA 1HSLA 3CSBA 4FECA 4R73A 4RK2A 3MZ1A 5EYFA 2Y7WA 3H7MA 3USDA 3C32A 1SD3A 1MXXA 2BJJX 3GZGA 3N6TA 4DCYA 4ZECA 5I59B 5I2NB 2XXRA 4EQ9A 3OSRA 2IA4A 5DVFA 4EF1A 4C0RA 4G8NA 1B0HA 1P1UA 3CFXA 1MPCA 4H67A 2YJPA 4KYDA 5HBCA 1I6QA 3B6QA 3HPIA 4XTCQ 1ANFA 3ZSFA 3L6GA 1FTLA 3MWBA 2ONSA 3TYHA 4RXLA 4DIGA 1YCJA 1LSTA 3HSTA 3OO8A 4JWXA 2QMXA 4PFWA 1HSJA 1S50A 5F7VA 1SQYA 1WDNA 3UGWA 5CM6A 2UVJA 3U92A 3PPPA 2Q9TA 1QKAA 5B7DA 4F2OA 5ICQA 5I57A 1A8EA 4G77A 3CRBA 3H6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OO9A 1LB9A 2Z8FA 4XXUA 5A5LA 2FIEA 1LBZA 3OELA 1FTJA 5CMCA 4NTLA 1M5EA 3FVOA 4YKPA 3TELA 2XXIA 4PAIA 3E4RA 1TXFA 4NF6B 4F3PA 2GFEA 3MBPA 4NF4B 2QRYA 2QJEA 5T3JA 4MBPA 3Q27A 1NNKA 3OD7A 1MQIA 1BTJA 4Q0CA 3WAEA 2VT5A 2Y7IA 1FTKA 4LATA 4LN5A 2ALUA 1FJ6A 4JB7A 4MJOA 1DMBA 2DOJA 4NF6A 3K1NA 3W15C 2HAUA 1H45A 4H46A 4I3YA 1B5JA 4O7MA 4M4GA 3KJ7A 1S9TA 4NF8B 2VD3A 3C35A 2RCBA 1FRPA 4OMBA 1AMFA 3IB2A 4NEDA 4Z7EA 1S7YA 1B3GA 4ELPA 5AA4B 2WBBA 2VHAA 3CIJA 1JEVA 2WYKA 4K3FA 4NF5B 4HCWA 1GR2A 4POWA 3HCQA 1N3WA 2PYYA 3IO4A 3RTFB 4IO7A 4X1DA 1OVTA 2DWHA 3GXAA 1NV3A 1IMAA 4BDOA 4DI3D 4BDMA 1NV0A 1YAEA 2ZYOA 2XXUA 5FTIA 3IAZA 3OO7A 4KCDA 4P1LA 1Q9DA 1POTA 1FBCA 3H6UA 3ECRA 1FCKA 2D3IA 1P1OA 1I69A 3LC8A 5TU0A 3G3JA 4YZZA 2THIA 1N0TA 2ZXTA 3DELB 4ZE8A 4R6KA 2H9BA 5ICTA 3BFUA 1II5A 3S4UA 4KYSA 4QXDA 1CB6A 5IZZA 3FXUA 2GRVA 4X8RA 1PDAA 3TQLA 2NUVA 2E0SA 4DE8A 4Z0IA 3MYUA 4GL0A 4O3AA 2F97A 3PUXE 4N17A 1AIVA 2MKZA 1B0LA 4ZS9A 4R72A 1N76A 4F18A 3FBPA 3IJOB 2GH9A 1IMFA 2NWJA 2F6PA 3QSLA 1TFAA 3T96B 3SESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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