1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Iron transport protein
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
1SYHA 5B70A 2P2AA 1B46A 3KN7A 2XHDA 1NNFA 4G68B 4C0RA 4JSDA 1FTMA 2D21A 4X48A 3MBPA 3PMVA 3S4UA 1A54A 1ANFA 1A8EA 2IEEA 4XKQA 2ONKE 4GLIA 3M3KA 3BBRA 3BFTA 3T66A 1SW5A 1LCFA 3MVZA 3IOUA 1AL3A 1N7XA 1DSNA 2H25A 3T9XB 2ESNA 3JYRA 4U22A 1N04A 2VOZA 4G2ZA 2DWIA 3B6QA 3MVWA 3S9MC 4F3BA 3B7DA 3LR1A 1MXUA 5H8NA 3JZJA 3E13X 5FTIA 3TQLA 3A3UA 4MH5A 1MQIA 2GHAA 3GZGA 2FNCA 3H6TA 5TU0A 5ELVA 3QK6A 1PB8A 3TCFA 3LBSA 5JK4A 1RKMA 3G3JA 3UK4A 1LCTA 1B58A 4I8CA 3N94A 3W15C 4F3SA 1IITA 3PUYE 3T96B 3I6VA 2V3UA 3MZ9A 2AL4A 3CSBA 4U4SA 1MY3A 3IL1B 3RT6B 2GH9A 3C32A 2PMSA 5BUUA 3DP8A 3QYTA 4YZZA 3IO6A 1FQBA 3Q27A 3FJGA 3L6GA 1EZ9A 1TFDA 4QSDA 1DTZA 4DLDA 2F78A 4TLMB 2R9JA 3HHFA 4OFJA 3OEMA 3MZ1A 3FXQA 2O69A 1A55A 1MXVA 1BLFA 3OOAA 3UA8A 3T9VA 2VHAA 4NMYA 2ZYKA 1IUDA 2ZMBA 3OMBA 1A7LA 3W9VA 4XTCQ 3AXFA 4WEPA 1LB9A 4X1BA 4ELOA 4R9FA 4PFYA 2DE3A 2P0SA 4LVQA 1A99A 3KZGA 3U72A 4DZ1A 2OLBA 2UVHA 1LAFE 3TMGA 2B3BA 4R75A 5AA1A 3MAMA 1SI1A 1LBCA 5EHSA 4IY6A 3N6UA 5AA4A 1R9LA 1I6AA 4OZ9A 4Q30B 1EU8A 2HAVA 3TODA 2ONRA 4P11A 1D4NA 2RCBA 3Q28A 3N6TA 1NNTA 1Y3QA 2Q2CA 4U23A 1O63A 5K2YA 3MJNA 3OD7A 5AA4B 1D3KA 5AA2B 3KG2A 3N26A 4ZE9A 2H98A 5TP9B 4AQ4A 3H6WA 4R6KA 3Q29A 1EZPA 4FIMA 1I69A 2Y7RA 3C4MA 1US5A 3C36A 4OESA 1JVXA 2Y84A 4H5FA 4JWXA 3CRBA 4OWDA 4R9GA 3S9EA 2DWJA 1ZJLA 1ZBMA 1SQYA 2HFBA 2XXUA 5FHNA 2OJTA 4OFOA 2V84A 2R6GE 2DYXA 1D9YA 1UQWA 4TLLB 1M5CA 4ISUA 4KYEA 1LAXA 4MFIA 2F5XA 1OLCA 1I6QA 4POWA 1B9JA 4EQBA 3K6UA 1B3EA 4UA8A 1H76A 3K6WA 3PD8A 4RNSA 3ONMA 2F6GA 1N84A 1Q35A 4N13A 4QSEA 4E0WA 2ABHA 2ALUA 1P1OA 4FEDA 3ZKKA 1QKAA 5L8DA 1B51A 1P1NA 5K2XA 4DXCA 2QRYA 5EHMA 1Y4CA 4F3GA 2REGA 3TELA 1DPPA 3HHGA 1DMBA 5CC2A 1PC3A 1MM7A 4JWOA 2V3TA 3PPRA 3TAJA 3FV2A 3RPWA 4YMBA 1NL5A 3OELA 3TTMA 3RNNA 2OWTA 1JQFA 3B6WA 4ELQA 3K4UA 1USYE 3S9LC 1L5TA 3EN3A 4DDDA 3VV5A 3R6UA 2D5WA 3O6HA 3RT8A 4OTEA 1MQGA 3MVXA 2A5TA 2CZLA 4KPTA 1Q1KA 5ITOA 4EF2A 4PE5B 2Q2AA 3KJ7A 3LSFB 3IX1A 1I6BA 1URDA 4X1DA 2O1LA 1VFDA 4YB6A 1FTKA 3PPQA 3HN0A 4RA1A 1XS5A 1VFEA 2I3VA 4FE8A 5H8SA 3H6UA 5CMKA 2Z8FA 3TQWA 1IEJA 1PB7A 3A09A 4JXIA 2VGQA 1AMFA 3T9HB 1IXGA 4OEUA 1GVCA 3D4CA 1Y1MA 2A5TB 1VSOA 3Q26A 1R9QA 2NOOA 2P1SA 2XXQA 1ZMGA 4RXLA 4LQ5A 4F2QA 2GHBA 3SKPA 5KZTA 3UIFA 2NWJA 2B65A 2RF1A 1ZIUA 3CSGA 1CE2A 4LA9A 5I84A 1MH3A 1TT1A 1NNPA 3P7IA 1LAGE 3USDA 5L9MA 3T93B 1B3HA 4Q0CA 1NFTA 2D3IA 1JW5A 4ONYA 2ANJA 1RYXA 1EZOA 3RUMA 5JTYA 2DOJA 1MH4A 2I48A 4ZZAA 2E0SA 4LZ5A 4H1XA 4THIA 3V83A 2HQ0A 1JW4A 4LQ2A 5KDTB 1Y9UA 5JEIA 1LGBC 1WVJA 4G68A 4EXKA 2PBWA 5L9OA 1N76A 3MUQA 4NWDA 1NH7A 3K2DA 3FATA 5IKBA 4OVJA 3FXUA 4BDOA 1B7ZA 4E0XA 1LFGA 2Q89A 4QFOA 2F35A 5CM6A 1JEUA 5FHOA 2I0BA 4EXLA 3IK6B 2O51A 1HSLA 4I9DA 1AOVA 5ICTA 2I3WA 4NF8A 4NE4A 1M5BA 2DVCA 2CMOA 2XX8A 1UTBA 4ZEFA 3C31A 1KWHA 4DE8A 1A40A 3ZKLA 2THIA 4NEDA 3MP1A 3LSLA 3C35A 2O7IA 4KCDA 1N3WA 3FASA 3ILTB 4NF8B 2XXHA 1S7YA 3PU5A 1MS7A 3E4RA 2ZYMA 3WAFA 4HS7A 1UTBB 1ZTYA 4ZEKA 3GBBA 1B32A 3G3FA 4G77A 3EHTA 1POY1 1LLSA 4JSOA 4NF6B 3R26A 3CVGA 5CBRA 1MQDA 1SW1A 2HZLA 3KBRA 4XKRA 4JWYA 2QS3A 4Z7EA 3VDFA 1MDP1 4IO5A 4KD5A 5CI5A 4NWCA 4GIZA 1LB8A 3SERA 4H67A 4H6DA 3RTFB 1VE4A 3MP8A 4F18A 1JETA 2YLNA 5DVJA 3QSLA 4H5GA 4R73A 3TTRA 5ISUA 2O68A 4BDMA 1N0TA 4BDQA 2QSXA 1BIYA 2G93A 1LSTA 4F1UA 1B40A 2YJPA 3EPEA 3FV1A 5FHMA 2E1SA 1XC1A 5I2NA 5M2VA 1FTOA 3O9PA 4O3BA 4C1UA 4YKIA 4RPNA 1BKAA 3UORA 3FVNA 5AA2D 2AYSA 1IQ7A 3VXBA 3OO8A 4MBPA 2FA7A 4OETA 2ZNTA 1LBBA 3KEIA 3TUSA 1PEBA 2OK2A 1JNFA 4WKMA 3TYHA 1MPDA 4LUBA 4U2RA 3K1PA 3H7MA 5I2NB 1SBPA 2G29A 3UN6A 3GBAA 2V93A 1QJMA 4EQ9A 1R6ZA 2Y7KA 1PBQA 3IB1A 4F1VA 5AA2A 1NH8A 1FQEA 2Y7IA 4GQOA 5TP9A 1IIWA 3A3CA 3V8XB 1US4A 3B6TA 3VLWA 3D4GA 3IR1A 4JB7A 4GRKA 2FYIA 4ZDMA 1B1XA 1QUKA 3ODBA 5F1QA 3HSTA 3EHUA 4RYAA 4DXBA 3FZVA 1OVTA 2H9BA 4QRZA 3PD9A 1B2HA 2OWSA 4YICA 3K6VA 3OO9A 4Z0IA 5CBSA 3FGSA 3W9WA 5H8QA 3TTLA 3MQ9A 4AB5A 2UXAA 1FCKA 3G3GA 1XVXA 2DWAA 3M8UA 2HZKA 2F6PA 4KFQA 3U92A 1CB6A 1B7UA 2DXRA 3K02A 5I57A 5HBCA 5HM4B 3MW0A 1YPNA 4YAHX 4P0GA 3RY3A 3O6IA 3Q25A 1YAEA 3FXRA 2HEUA 4OEVA 1UTHA 5DTBA 3CG3A 2RINA 4R74A 4ELRA 4I1DA 4YKJA 5H8QB 1B5JA 2DQVA 3OENA 4P0IA 2DXYA 1URGA 3CI8A 2F8DA 1H44A 3MPLA 4YKKA 4Q5TA 4IO7A 5I57B 3S9NC 3H4ZA 3G7WA 4GWOA 2XX7A 3WAEA 2X7QA 3LUYA 1RYOA 1UTHB 2UYFA 1QW0A 4G8MA 1SYIA 5DVIA 5BWJA 4R2BA 3DLNA 1Y20A 3RGYA 4MLVA 4DXUA 1JVYA 1UIUA 3CG1A 3OO7A 1YTVA 3SETA 3TTNA 3MWBA 2GFEA 4WEDA 1NKXA 3MPKA 1MDQA 1GGGA 1S9TA 3TFLA 3R7XA 4PP0A 1MRPA 4PQJA 4H8IA 2A5SA 4BDNA 1VR5A 2I58A 3SEVA 1MPCA 2ZNSA 1P1UA 2H5YA 1T0KA 2DSFA 1PB9A 4KHZE 2PT1A 1N3XA 4K3FA 2DWHA 3IAZA 3K00A 1HSEA 3TTKA 4L17A 1EH3A 2H99A 3FVOA 4ESXA 4FECA 4YU0A 4HW8A 1TFAA 3VVEA 3CFZA 2IA4A 2DVZA 2Z8EA 3TCHA 3EHSA 2F7CA 4OFLA 3K6XA 3V89B 4OERA 3DP4A 2DE2A 1B5HA 4HTGA 4I62A 4QFKA 2F7BA 3KSJA 3FUZA 3L6HA 3TCGA 2B3FA 3U93A 4IGRA 1GTKA 4U21A 3O97A 4RPOA 2OBGA 3K1MA 4ZE8A 3OEKA 3JV9A 5KDTA 5DT6A 1LAHE 2Z23A 3O66A 2ZXTA 3THIA 2NXOA 4FJPA 4EF1A 1OVBA 2QS4A 3PUZE 5AE4A 5H8HB 2I4CA 5KCJA 2PT2A 2X26A 4GXAA 4PETA 3OXNA 1H3DA 5AA3A 3CFXA 1DPEA 4G68C 5ITPA 1XHYA 3K0VA 3G3HA 1OIBA 4GVOA 2VP1A 4YKPA 1QVSA 2YPNA 4PFUA 4F1YA 4ZECA 1XVYA 2HAUA 2I0CA 4DCXA 1USYH 3ZSFA 4M1VA 1Z7NE 3G3KA 3EF7A 1NNKA 4RJZA 1S50A 1M5EA 4G8NA 4X9TA 1FQCA 4WXJA 5KCJB 3TEPA 3ILUB 4YB7A 4F3PA 2LAOA 4POXA 3SEYA 3E9XA 4KCCA 4FAJA 1P1WA 4OMBA 2F34A 3VVFA 3PPNA 4O3CA 2UVGA 1D9VA 4ZZEA 5CMBA 4GL0A 3KJTA 2QMXA 1XT8A 2RC8A 4LP2B 1FQDA 4ZEIA 4F19A 3PGFA 2O6AA 3RLFE 4BDRA 4LZ8A 1B3FA 3KN8A 1Z7ME 2V25A 5L9SA 1Y3PA 3O2AA 3PMXA 2QPQA 4YB5A 2XXPA 3LSWA 3OO6A 3E3KA 4R2FA 4NF6A 4IO4A 1HSJA 3HV1A 3SEUA 1ZU0A 4EDPA 5EYFA 4ND9A 4GFRA 4QF9A 2Q9TA 1MY4A 2Q8JA 1B4ZA 3H03A 4AB6A 1J1NA 1B3GA 3VE1B 3K1NA 2NVUB 1GR2A 3IB2A 2QL3A 1Y4TA 3FVGA 4U4XA 2XXIA 1IXCA 4OYVA 4XIGQ 3KN3A 3SDFA 2XXXA 1F9BA 1B5IA 3U94A 2RC9A 3IOWA 2UYEA 1B6HA 3ZS6A 1O7TA 4Q8RA 3VLVA 3PV0E 4HCWA 2PVUA 1H45A 3HCQA 4ZS9A 4F29A 1B0HA 3C33A 1DOTA 4GL8A 5DYHA 2QJEA 2I49A 4H65A 4U1OA 2ZNUA 4IGTA 3H3GA 5H8NB 2BJJX 1QUJA 3H06B 4LONB 2NUVA 4IO3A 3KOTA 2Q88A 3FD3A 4G4PA 2F7AA 3FJMA 3QIMA 4JDFA 2UVJA 4N07A 4F39A 1H43A 3O29A 2XXTA 4KR5A 3FVKA 1MY0A 4GD5A 2WKYA 1OQHA 3GLBA 5CMCA 4KYDA 4R6YA 4ECFA 1M5DA 1QKBA 3UP9A 4QFLA 3GXAA 3PUWE 4EUOA 2XD3A 3FJ7A 3IJXB 2XXWA 3O28A 1Y3NA 3LC8A 1MG1A 3PUXE 5DVFA 2UVIA 1P99A 3O6GA 3I3VA 3PUVE 4GF8A 3HPIA 3KGCA 1MQHA 4BDLA 2H4IA 4XKNA 1SDXA 3LSXA 1MXWA 4QFNA 2O84X 5TPAA 4OQOA 2RKMA 3SEWA 2Z22A 4MLQA 4QSCA 5A5XA 1ZKBA 4RY1A 1NMUA 1GV8A 3ECRA 2I6EA 1B05A 2I4BA 4N6PA 1QULA 3OSQA 4IY5A 4ELPA 1MY2A 4NF5A 4R6HA 4TOZA 4NF4A 2QMWA 4FEBA 3T22A 1MM6A 5TPAB 3TDJA 2AL5A 3SEXA 5B7DA 4TQUQ 4YMAA 5A5XB 4HCYA 2HCAA 3U8QA 2W7YA 4KQPA 4UACA 3CFLA 4GXSB 2F36A 1O64A 1IXIA 4NF5B 2O1MA 3QAXA 4NF4B 3PPPA 1YCJA 4OXVA 2OZZA 5DEXA 1UIVA 4PFTA 2DS9A 3BKIB 3IOVA 3HO7A 1URSA 3N5LA 1QUIA 2PYYA 4G8HA 5I59A 3IORA 1OQGA 1PDAA 1B4HA 1R1NA 3PPOA 3OSRA 1MQJA 1SW2A 2QS2A 1BP5A 3DELB 3C9HA 5CRYA 2Z8DA 1ELJA 3QUJA 2GRVA 2QS1A 4F31B 2PX1A 5DEXB 2DE4A 3QUFA 3CR9A 1FW0A 1JW1A 4RK9A 4FORA 2ZYOA 5I59B 5CMMA 3RQTA 3S2VA 3DM0A 4U1ZA 1AIVA 4PFWA 4ZEDA 3M3FA 1AH5A 3MP6A 2AIXA 1Y1ZA 5FTHA 1MY1A 2XXYA 1SD3A 2V3QA 3KFMA 1LFHA 4ZEBA 2XD2A 2ZYNA 3UGWA 1FTJA 4M4GA 1A8FA 3IO4A 4IO2A 4FATA 3QXMA 4C1TA 4O3AA 3VVDA 4ESWA 3U1OA 3BFUA 4DIGA 1TXFA 1SW4A 1FQAA 1JEVA 3KSXA 2RC7A 2Y7WA 3K01A 1XOCA 1MPBA 4F22A 1M5FA 4BLAA 5LOMA 2VD2A 1B1HA 3F11A 1ZLQA 1MXYA 1P1QA 4OHNA 4KYSA 1N7WA 1II5A 4F2OA 2RCAA 3H6VA 4OENA 3TPAA 2XXVA 3G3IA 3PMWA 4IB2A 4NTLA 1PBPA 3VFJA 2VD3A 3IJOB 1BTJA 3EQ1A 3IOTA 3TZAA 2XX9A 1ATGA 3MC2A 4JBZA 5H8HA 5I2KA 1FTLA 2R71A 5I56A 1WODA 4XKPA 2KLFA 5IAIA 4QHQA 4DCYA 2OCUA 2O7UA 4LZ7A 1WDNA 5J1DA 3IB0A 3C34A 2Y7PA 4QFPA 2HXWA 1LFIA 1FQFA 2XXRA 1B7HA 2M8CA 3KOSA 3T9UA 3VXCA 5I2KB 5I56B 1B3LA 4KI0E 5HPQA 5I58A 3V5AA 3CIJA 1IXHA 4H8JA 3RN8A 5F7VA 3I5OA 5H8FA 4GOTA 2X7PA 2ONSA 3TKDA 4R72A 3M3LA 1OLAA 3MVYA 1OMPA 1MXZA 1MXXA 4IO6A 5ICQA 3FIRA 3RTWB 4XXUA 3DP6A 1TWYA 1B0LA 4EQ7A 1DTGA 4H0WA 4RK2A 4LATA 5I58B 2DP8A 2F97A 4MF3A 5H8FB 1SVXB 1POTA 2REJA 1SI0A 5JTYB 3VLUA 1IZ1A 1B52A 3SESA 3MZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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