3SETA

Ni-mediated dimer of maltose-binding protein a216h/k220h by synthetic symmetrization (form i)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA01
1R1NA 4OQOA 1QW0A 2I49A 3U92A 4GOTA 5H8HB 5L9OA 4YB6A 3PPNA 2DWJA 1UTHA 1EH3A 4DCXA 4ZEKA 1LB8A 3T96B 5CBSA 2UVGA 2PT1A 4ZE9A 3C32A 2F7AA 1JETA 3IJOB 2XXQA 3U93A 2I4CA 1M5CA 1RYOA 2Q9TA 2OBGA 4ECFA 1MY2A 1D9YA 1AMFA 1LAGE 3B7DA 3SERA 2DQVA 2Q88A 1A54A 3G3IA 3T93B 1B7UA 4PETA 1URSA 4OEVA 2DWIA 5F1QA 4KQPA 5I2NB 1Y3NA 4P11A 3OSQA 2RC9A 2GHAA 1A55A 4F22A 4KYSA 4UACA 3I5OA 4FE8A 1LCTA 1IUDA 3W15C 4U4XA 4BDNA 3KEIA 4QFOA 4U2RA 3HO7A 3IO6A 4I8CA 2PBWA 1JEUA 4R6HA 1UTBA 4LONB 2HZLA 1OLAA 3OEKA 5FTHA 3RT8A 4ELQA 3MVYA 2XD2A 2E0SA 2H9BA 3OO8A 2Q89A 1QKAA 2AL4A 3PUVE 1H43A 1XOCA 4ONYA 2ANJA 4F39A 1OMPA 1B1HA 4YU0A 4YB5A 1IQ7A 1P1WA 1FCKA 1O64A 1LFGA 2F6GA 4UA8A 5TPAB 3B6QA 3T22A 4GL0A 3ILUB 2PMSA 4X48A 4F2QA 2HEUA 4F19A 1ZU0A 4LVQA 3IL1B 2D5WA 3UK4A 3E3KA 2OLBA 4N13A 3RNNA 1N04A 2XXPA 3FZVA 3G3KA 3IAZA 3FVKA 4KI0E 1USYE 1B6HA 4FAJA 5IKBA 2DXRA 4HCWA 4R9FA 1LBCA 3EHTA 3TTRA 2RF1A 2UXAA 1NKXA 1PB9A 2Q2CA 3W9WA 2XX9A 3UP9A 1SDXA 4MFIA 3CI8A 2RCAA 4NF8B 5B7DA 4IB2A 4RK2A 3H06B 1P1OA 3ZKKA 4EDPA 4ESXA 3Q28A 4PP0A 5BWJA 4C1UA 3IOTA 4YMAA 4G68C 3DP8A 5ISUA 5H8QB 3KG2A 4OXVA 3CVGA 1SYHA 4OMBA 4H5FA 2XHDA 1RKMA 4KD5A 5I57A 3SEXA 3GBAA 1LFIA 2OK2A 2Q8JA 2O51A 3U1OA 4BDLA 5HM4B 2RC8A 4QSEA 3TTMA 1Y4CA 3KJTA 3TEPA 3KBRA 2Y7KA 1MXZA 4H65A 4ZEBA 4POXA 2F97A 5M2VA 2DXYA 1QUIA 5TU0A 4RPNA 2XXXA 2V3QA 5DVIA 5A5XA 2XXWA 5FHOA 1MQHA 1B3GA 4MBPA 4MH5A 1EZOA 5EYFA 2F7CA 1A99A 1NFTA 2Z8FA 3N26A 1DOTA 4BDRA 1OIBA 1B0LA 3FXUA 3PD9A 2B3BA 4R74A 1URDA 4DXBA 3QXMA 2ESNA 2NOOA 4GL8A 1F9BA 2NVUB 1S7YA 1FTOA 1XVXA 3IK6B 5L9SA 3MC2A 5AA1A 1UIVA 2GH9A 2F36A 4KPTA 1IZ1A 3O6HA 1SQYA 3GLBA 3PMWA 1XHYA 2FA7A 3C36A 3K6WA 2ZNSA 5DTBA 2V84A 3U8QA 3PUZE 3MJNA 4PFUA 3FVGA 4YKPA 3CR9A 2X7PA 4F3GA 4NE4A 1B3FA 4GRKA 4NF5A 2QS4A 3C31A 1R9LA 1Y1ZA 1Y20A 2H4IA 4BDMA 1WDNA 3LBSA 4QSCA 1T0KA 2PT2A 4BLAA 3VVEA 2HQ0A 3SETA 4NF4A 1MM7A 1LGBC 5CC2A 1B2HA 2QS2A 4GD5A 5JTYB 3PUXE 4M1VA 2ONKE 1DTGA 4DIGA 2O1LA 2ZXTA 1M5FA 2DVZA 2Z22A 5HPQA 4ZDMA 4U4SA 1FTLA 3PV0E 5ITOA 4IO3A 4GXAA 3FJMA 5AA4B 4TLMB 4I62A 1B3HA 3EN3A 5TP9A 1M5EA 1CE2A 2E1SA 3O9PA 1IXCA 4HS7A 4ZEDA 4OERA 3C33A 3PPRA 1UTHB 1ZKBA 1VSOA 3TQLA 3ZS6A 4F31B 2AL5A 2DS9A 3VLVA 2Y84A 1L5TA 3V8XB 2QS1A 2A5TA 1RYXA 2R9JA 1H3DA 1ELJA 4RY1A 4OVJA 2HAUA 3BKIB 4DCYA 3PD8A 4F29A 3ZSFA 2F34A 3VVFA 2M8CA 4R73A 4H67A 2KLFA 3WAFA 4EQBA 3MPLA 1FQFA 4EF2A 1FQBA 3MBPA 3D4GA 2IEEA 3CRBA 4M4GA 1MM6A 3VLWA 2Q2AA 1N7XA 1POY1 2ZYNA 3THIA 1JVXA 2XXHA 4U22A 1I6AA 5FHMA 1GGGA 3PPQA 3VFJA 4H0WA 2ZYMA 4OZ9A 2DE3A 5FHNA 5H8NB 4JWOA 3KGCA 3QSLA 2H5YA 2OJTA 2GHBA 4Q30B 1FTKA 1Z7NE 5L9MA 2Z8DA 2FYIA 3IB0A 1BP5A 5L8DA 1MDP1 3C9HA 1MG1A 1A8FA 3ILTB 1SW5A 4PE5B 3DP6A 1MH3A 1AL3A 1OVBA 5I56B 3EHSA 1GVCA 1B32A 3V83A 4QRZA 4YB7A 3TTLA 3CFLA 3N5LA 3U94A 1XS5A 2I4BA 4IO4A 1VE4A 3DLNA 4G8NA 5FTIA 1MRPA 1VR5A 3K1PA 4F3SA 1DPEA 4LQ5A 1LB9A 2G29A 2V3TA 3CFZA 1UQWA 1FQCA 2YLNA 3QYTA 2Y7IA 2UVHA 1DSNA 3S2VA 1XC1A 3MQ9A 5I59A 1S9TA 4LATA 4K3FA 5DYHA 1AOVA 4NTLA 1S50A 4OHNA 4F1VA 1JEVA 1URGA 1AH5A 3IJXB 4C0RA 4JXIA 2I48A 5CMMA 4OEUA 2YJPA 3KZGA 4ZE8A 3SEWA 1N3XA 3MVWA 2ALUA 1QVSA 4I1DA 3RT6B 1N84A 4ELOA 3N6UA 2VD2A 2B65A 4HCYA 2XXIA 2H99A 4YMBA 3MP1A 4IO7A 3UIFA 4R75A 1WVJA 2PX1A 5H8HA 2VHAA 4OWDA 3FJGA 3TTNA 2I0CA 1PDAA 4XTCQ 5H8FB 3FXQA 3QAXA 4LA9A 3O66A 2DWHA 3F11A 1QKBA 3TUSA 4N6PA 1D9VA 4QFKA 4RXLA 3EQ1A 3S9LC 1P1NA 1PEBA 3TCHA 2BJJX 3O6GA 4QFLA 1UIUA 3E13X 2DSFA 1YCJA 4JBZA 3IOVA 2UVJA 1AIVA 2RCBA 4DE8A 5KCJB 3SESA 2REGA 5CI5A 3MP6A 3TPAA 4G68A 4RJZA 1B3EA 3FXRA 3FV1A 3KOSA 1VFEA 2D21A 1SW4A 3RGYA 4U23A 4ISUA 2QJEA 5I2NA 1P1UA 4F18A 2I0BA 3MZBA 1Y3QA 3CSBA 2F35A 1HSJA 4PFTA 1ZBMA 4RK9A 4XKRA 3OENA 2XD3A 1ATGA 4E0XA 3H6VA 3GXAA 2VOZA 3K4UA 3OD7A 3MAMA 4OTEA 4IY5A 4HW8A 5DEXB 2NXOA 5I58A 1B46A 1MH4A 1ZJLA 3MPKA 1SI1A 2V3UA 4F3BA 1B7HA 1FW0A 2DE2A 2VGQA 2NWJA 2XX7A 3CSGA 1MPBA 3LSXA 1JNFA 4ELRA 4OFJA 1JVYA 4FEDA 1QULA 3UA8A 5KDTA 3N94A 4NF6A 2ZNTA 4X1BA 4XIGQ 3IB1A 4NF5B 4F1YA 1PBQA 3P7IA 2QRYA 2DYXA 3T9VA 5I2KB 4OFLA 3OMBA 4XKPA 1MQJA 3GZGA 5B70A 2O7UA 3HV1A 2I58A 3S9MC 5CMKA 3K0VA 4FIMA 4H1XA 2QS3A 3S9NC 4ND9A 3K01A 4KHZE 3QUJA 1MXVA 1Y1MA 4U1OA 3MWBA 3K1NA 4YKKA 3UGWA 3CFXA 1B3LA 3FGSA 1NNKA 3K6UA 1GV8A 2AYSA 4FEBA 1OQHA 4EUOA 1Y9UA 1B1XA 3TKDA 2P0SA 3O2AA 1MY0A 2DE4A 2Z23A 3O29A 1QJMA 5CRYA 3M3FA 4RYAA 4OENA 4QSDA 3K6VA 1YTVA 4LP2B 3G7WA 1YAEA 3G3JA 1HSEA 2F8DA 1Q35A 4G8MA 3ODBA 2UYEA 4O3AA 4FATA 4F2OA 3G3FA 4F1UA 3SEUA 4G4PA 4QHQA 4OYVA 3VDFA 4GF8A 4HTGA 4WEDA 1LFHA 4GQOA 3SKPA 2ZYOA 3EF7A 3PPOA 4GIZA 3R7XA 3MVZA 3Q26A 1II5A 4KCDA 5DVFA 1B4ZA 2OZZA 3O6IA 4XXUA 2F6PA 3DM0A 3RLFE 3MP8A 1B5IA 2HXWA 3CG1A 3HHGA 4GVOA 5AA2B 2F7BA 1TFDA 4JB7A 3H6UA 1N7WA 4DZ1A 3PUYE 2XXTA 2ZNUA 4KR5A 3M3KA 4GXSB 2ONRA 2XX8A 3KN3A 1MQIA 3H4ZA 3ECRA 3OEMA 3FASA 1TWYA 1BIYA 4WEPA 2O69A 1OVTA 4DXCA 3K2DA 1O7TA 2XXUA 2I6EA 3A09A 4PQJA 3SEYA 1D3KA 2GFEA 4ZZEA 4LUBA 1B7ZA 1TXFA 1EZ9A 4TLLB 1GR2A 3LC8A 1M5DA 3TDJA 1CB6A 4Z0IA 2B3FA 3C4MA 4FECA 4IO2A 3KJ7A 5H8SA 2RINA 1DTZA 1IXHA 3TQWA 1FTJA 1YPNA 2ZYKA 1I6BA 1POTA 2VP1A 1IITA 1B52A 2P1SA 4NMYA 1PB7A 4QFNA 2Z8EA 4GLIA 1MQGA 1B51A 3AXFA 5I59B 1B9JA 2XXRA 4R9GA 3ONMA 3N6TA 3VV5A 4KFQA 1B58A 5I84A 1MS7A 3PGFA 1DMBA 3OSRA 1Y4TA 5ITPA 2CZLA 1JW5A 3BFUA 4LQ2A 3OELA 4H6DA 1UTBB 4EF1A 1R6ZA 3JV9A 5AA4A 4KYDA 1N3WA 1MDQA 2LAOA 3TCGA 3G3GA 1N76A 1MXYA 4GWOA 3SEVA 2HZKA 3LUYA 4R72A 1LAFE 1A7LA 4Q5TA 3FVNA 3B6TA 3G3HA 5AA3A 1MPCA 4ZEFA 3TODA 3CG3A 1D4NA 3Q25A 1SD3A 2REJA 2AIXA 2PVUA 2UVIA 4JSDA 3TELA 3B6WA 3E4RA 3OO7A 1FTMA 3BFTA 3V89B 3MZ9A 2OWTA 2QMXA 4ZEIA 3Q29A 1MPDA 4G2ZA 2I3WA 4G68B 3A3UA 4EXKA 3H7MA 1B5JA 2VD3A 1US5A 3HSTA 3PMXA 3QIMA 3L6GA 4Q0CA 5ELVA 4ELPA 4DLDA 3TMGA 2O7IA 4X9TA 1SYIA 2QL3A 1ZTYA 3UORA 4XKQA 2H25A 3H03A 5H8NA 2XXYA 3K00A 2DP8A 3PMVA 2ZMBA 4RA1A 1J1NA 4WKMA 3LSFB 4DDDA 1LCFA 3E9XA 1USYH 3M8UA 5I58B 4P0GA 4IGRA 5I57B 3WAEA 4PFWA 3VLUA 1EU8A 1ZIUA 3O28A 1MXUA 5I56A 3SDFA 5CMBA 3LSLA 1JQFA 5LOMA 1QUJA 5KDTB 1B05A 4NF6B 3VVDA 4AB6A 3MW0A 2Y7PA 3V5AA 1MY1A 2V93A 5A5XB 4C1TA 1FQEA 3IX1A 4BDOA 4ZZAA 1ZLQA 3HHFA 5EHSA 4U21A 2DWAA 4NEDA 2NUVA 2UYFA 4POWA 4YKIA 1NMUA 3C34A 1VFDA 1IEJA 2A5SA 3CIJA 3JZJA 1R9QA 4RNSA 2QPQA 1A40A 2Y7WA 1FQAA 1N0TA 2R6GE 4JDFA 3K6XA 1EZPA 1LSTA 3PUWE 4G8HA 4P0IA 5F7VA 1OLCA 1IXGA 4KYEA 5EHMA 3KSXA 3C35A 1PB8A 3H6TA 5DT6A 4Z7EA 4IGTA 1H76A 4PFYA 2H98A 4FORA 1LBBA 2RKMA 4LZ8A 2G93A 3MUQA 4H8JA 3QUFA 4GFRA 3MZ1A 5J1DA 3T9XB 5H8FA 3OOAA 1PC3A 1HSLA 2O1MA 1TFAA 4RPOA 4KCCA 5TPAA 3TYHA 1LLSA 4THIA 5IAIA 1TT1A 2RC7A 1OQGA 1WODA 4JSOA 4IY6A 3FVOA 3T9UA 4MLVA 1A8EA 3M3LA 1BKAA 4EXLA 3ZKLA 1SW1A 3KSJA 5KCJA 1DPPA 4NF4B 3T9HB 4QFPA 5CBRA 1NNPA 1IXIA 3RN8A 2QSXA 3OXNA 1MXXA 3U72A 3S4UA 2O68A 5K2YA 3FJ7A 1BLFA 4OETA 4YICA 2R71A 4G77A 1GTKA 1SVXB 4ESWA 4AQ4A 3DELB 2FNCA 5TP9B 4NF8A 5ICTA 1Q1KA 3FIRA 3TCFA 4O3BA 3H6WA 3FUZA 1P1QA 3Q27A 1B40A 2F5XA 3RPWA 4EQ7A 1LAXA 4X1DA 1B5HA 2HAVA 1I69A 3IO4A 5H8QA 4H8IA 2CMOA 1XVYA 3TFLA 4F3PA 3LSWA 5DEXA 2F78A 3W9VA 1MQDA 1MY3A 1O63A 5JK4A 4Q8RA 4R2FA 3RTWB 4DXUA 2ABHA 4AB5A 3HCQA 5KZTA 4YKJA 2A5TB 2IA4A 3TTKA 3VXBA 1BTJA 1MXWA 3RUMA 4WXJA 1XT8A 4NWDA 2D3IA 2PYYA 3IOWA 3H3GA 2I3VA 3DP4A 4U1ZA 1ZMGA 1H44A 4XKNA 3RQTA 4H5GA 4TQUQ 3O97A 4I9DA 1SW2A 2V25A 3IOUA 1FQDA 3UN6A 1NNTA 5I2KA 3OO6A 5BUUA 2Y7RA 3TZAA 1LAHE 2ONSA 3KOTA 3FV2A 4QF9A 3VXCA 3RTFB 2GRVA 4MLQA 2OCUA 2DVCA 3IORA 1PBPA 1NH8A 4NWCA 5HBCA 3R26A 2X7QA 3HPIA 3USDA 4YZZA 3PU5A 1IIWA 1JW1A 5DVJA 2WKYA 1M5BA 3I3VA 4R2BA 3RY3A 5CMCA 2P2AA 4LZ5A 1JW4A 4EQ9A 3QK6A 1B4HA 3OO9A 2W7YA 1SBPA 5AA2D 1ANFA 4ZS9A 3T66A 3I6VA 2O84X 3D4CA 3JYRA 2HFBA 5CM6A 3R6UA 1Y3PA 3KFMA 2DOJA 3LR1A 5JEIA 1H45A 3S9EA 3IB2A 3PPPA 3EPEA 3VE1B 3MVXA 5AE4A 2QMWA 5K2XA 4TOZA 3HN0A 4L17A 3K02A 1NNFA 4R6YA 2HCAA 2X26A 3FATA 4JWXA 3GBBA 3EHUA 1US4A 1I6QA 4YAHX 5ICQA 1QUKA 2XXVA 3A3CA 3L6HA 2O6AA 4IO5A 3K1MA 1NL5A 2THIA 1P99A 4ZECA 1B0HA 1NH7A 2OWSA 4BDQA 3IR1A 4JWYA 5JTYA 4O3CA 4FJPA 4R6KA 1MY4A 1KWHA 5AA2A 3TAJA 1SI0A 3KN8A 4IO6A 3BBRA 2YPNA 4OFOA 4MF3A 4LZ7A 4E0WA 1Z7ME 4N07A 3KN7A 4OESA 3FD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R1NA 4OQOA 1QW0A 2I49A 3U92A 4N4UA 4GOTA 4NF0A 5H8HB 5L9OA 4YB6A 3PPNA 4MX6A 2DWJA 1UTHA 1EH3A 4DCXA 4ZEKA 5EQ7A 1LB8A 3T96B 4IR8A 5CBSA 2UVGA 2PT1A 4ZE9A 3C32A 2F7AA 1JETA 3IJOB 2WBBA 2XXQA 3U93A 1NV0A 4GWYA 2I4CA 1M5CA 1RYOA 2Q9TA 2OBGA 4PBHA 2KR0A 5IZZA 4ECFA 1MY2A 1D9YA 2JJKA 5ET6A 3RYDA 1AMFA 1LAGE 3B7DA 2PFZA 3SERA 2DQVA 1SPIA 2Q88A 1A54A 3G3IA 3T93B 1B7UA 4PETA 1URSA 3RPLB 4OEVA 2DWIA 2B4MA 5F1QA 4KQPA 5I2NB 1Y3NA 4P11A 3OSQA 2RC9A 2GHAA 1A55A 2L5VA 4F22A 4KYSA 4UACA 1LBZA 3I5OA 3KBZA 4FE8A 1LCTA 1IUDA 3W15C 4U4XA 4BDNA 3KEIA 4QFOA 3BIHA 4U2RA 4GWSA 3HO7A 4OVPA 4MAGA 3IO6A 4I8CA 2PBWA 1JEUA 4R6HA 1UTBA 4LONB 2HZLA 1OLAA 3OEKA 5FTHA 3RT8A 4ELQA 3MVYA 5I7IA 2XD2A 2E0SA 2H9BA 3OO8A 2Q89A 1QKAA 2AL4A 3PUVE 1H43A 1XOCA 4ONYA 2ANJA 4F39A 1OMPA 1B1HA 4YU0A 4XFEA 4YB5A 1IQ7A 1P1WA 1FCKA 1O64A 4MCOA 2CZKA 4OANA 1LFGA 2F6GA 4UA8A 3GYYA 5TPAB 3B6QA 3T22A 4GL0A 3ILUB 3SZPA 2PMSA 4X48A 2QVRA 2HEUA 4F2QA 4GWXA 4F19A 1ZU0A 4LVQA 3IL1B 2D5WA 3UK4A 3E3KA 2OLBA 4GBWA 2PFYA 1K9ZA 3ROJA 4N13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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