3SETA

Ni-mediated dimer of maltose-binding protein a216h/k220h by synthetic symmetrization (form i)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA01
1ANFA 3M3FA 2P1SA 2YLNA 3N6UA 1OLCA 3OEMA 1MQHA 3B6QA 3QIMA 1ATGA 4YKJA 5K2XA 3K6WA 1Y4CA 3UN6A 4ELRA 1II5A 2XXIA 1B3EA 3HHGA 4IO2A 4Q30B 4ZE8A 3UORA 2H4IA 3ILUB 2NUVA 3RY3A 2HZLA 3SDFA 1LCFA 1NL5A 3G3JA 4TQUQ 3B7DA 4JBZA 2KLFA 1BTJA 4I8CA 2QS4A 4FE8A 3TQLA 4NE4A 2CMOA 2O69A 3T22A 5DYHA 3O97A 2F7AA 2AYSA 3CRBA 4JB7A 1Z7NE 3UGWA 1BLFA 3ILTB 4XXUA 2RC7A 1Y9UA 2ZXTA 4F2OA 5I57B 3VVFA 3Q25A 3OELA 1MS7A 3FZVA 1S9TA 4G77A 3O6HA 4H67A 4OMBA 1YPNA 2ZYOA 1MXUA 2Q2AA 1N76A 2VD3A 3K00A 1D9VA 4HTGA 4NF8A 3K6UA 4O3AA 3LR1A 4YMBA 1LAGE 4PQJA 4MBPA 2F7CA 1MM6A 2ZNUA 1O63A 1P99A 3S2VA 4NF8B 5I2KB 4GWOA 3MP1A 4U22A 3D4GA 3K02A 4F3BA 3IX1A 1RYXA 5H8NA 4F1YA 3GBBA 1N04A 4EQ9A 2ZYNA 1VE4A 1H3DA 1VR5A 1JEUA 4JWXA 2UYEA 1OVBA 3CVGA 3S9LC 1Z7ME 1LCTA 1POY1 2DS9A 2I6EA 2XXWA 2ESNA 1H44A 2PT1A 3N26A 4XKNA 3RPWA 3TTNA 4NMYA 3KN7A 3RN8A 3UIFA 2I58A 2Q2CA 2PBWA 1FQFA 2F97A 3TTLA 1MXYA 1PB8A 1XOCA 1FTJA 2DWJA 4KQPA 5F7VA 4ZEIA 1YTVA 1TXFA 1B5HA 1DTGA 2ZYKA 5TU0A 5I2KA 3CFLA 5I84A 4LATA 3TEPA 4FEDA 3IOVA 4FEBA 2X7QA 1FQCA 1MQGA 4DCYA 1N3XA 2Y7PA 5H8FB 3SESA 1LB9A 5HM4B 5ITPA 2FNCA 3P7IA 2XXUA 3OD7A 4Q0CA 2FYIA 2RC9A 4QSDA 4G2ZA 3SEXA 2XHDA 4JDFA 4EXKA 3N5LA 2QS3A 2ABHA 5I57A 1IUDA 2FA7A 3L6GA 1NNPA 1N0TA 1LAFE 3MZ9A 4LZ5A 3S9MC 1B9JA 3R26A 3K1NA 4ZECA 1PBPA 1UIUA 3K01A 5FTHA 3BFUA 3MZ1A 1RYOA 1M5DA 3FV2A 3V89B 2DE3A 3IL1B 4FATA 3CI8A 4YMAA 2DWIA 1R9LA 2R71A 4YB6A 1JQFA 2VD2A 1Y1MA 3BBRA 3EPEA 3FIRA 3PUXE 4OEUA 1O7TA 4Z0IA 2DWHA 3K2DA 5DVIA 3TMGA 1JW5A 4QHQA 1B51A 1LFIA 2F6GA 5ELVA 1JW1A 5EHSA 1NH7A 2DVZA 1WODA 1ZLQA 1MY0A 4DLDA 3RT6B 1N84A 1OQHA 1S7YA 2ANJA 5M2VA 1DMBA 4QFPA 3HV1A 5I59B 4LZ8A 1SW2A 1BKAA 3IAZA 1L5TA 4I9DA 4IGRA 2XXQA 4Q5TA 2V25A 4LONB 5H8HA 4GRKA 1IZ1A 4DZ1A 1BIYA 1UTHB 3RLFE 4OQOA 5ITOA 4RK9A 2NXOA 1LSTA 2HCAA 2I3VA 2Z8FA 2ZNTA 1URGA 3BFTA 3IB1A 1QUKA 2O84X 3LUYA 3Q27A 3C4MA 3O2AA 4PFWA 3T9HB 5B70A 1SW4A 2DXRA 5H8SA 4F29A 5LOMA 2VOZA 4O3CA 2QMWA 4H5FA 3T96B 3JV9A 1US4A 3CIJA 3MQ9A 5B7DA 1DPPA 3FVGA 3TCHA 1SVXB 2VP1A 5CI5A 4DIGA 1JVXA 4GXSB 5TP9B 3FGSA 2W7YA 5I56B 1AH5A 3A3CA 4IO3A 4R6YA 1B4HA 1TT1A 5AA4B 3S4UA 4P0IA 3MC2A 4O3BA 4QSCA 1LLSA 2O7UA 2B65A 1SI1A 3GLBA 2HEUA 1Y4TA 3BKIB 3T9VA 1P1QA 2F78A 2F8DA 3E13X 3LSFB 4OTEA 5I58B 2D5WA 3VXBA 2I4CA 2ZMBA 3H6WA 1ZMGA 3U8QA 2Z23A 3QK6A 1M5FA 4QRZA 3C35A 1NNFA 1XS5A 4PE5B 4GLIA 4TLMB 4EUOA 4F1UA 4F1VA 4DXBA 4LA9A 1H45A 2UXAA 3EHUA 1VFEA 4JSOA 5BWJA 3KOTA 2XXYA 1KWHA 2OLBA 4RJZA 3HHFA 3H6VA 3PPRA 4P0GA 1J1NA 1USYE 2VHAA 3R6UA 2DOJA 4OENA 4YKIA 5ICTA 5AA2A 4DDDA 3RNNA 4LQ5A 5EYFA 2R6GE 2Z22A 4KPTA 1GV8A 1URSA 2F6PA 1P1WA 3IO6A 3LBSA 4R2BA 5CMCA 4F31B 4KCCA 5I58A 3FVKA 3PMXA 1M5EA 2HFBA 2HAVA 4N07A 2F7BA 4OFOA 4NWCA 4RXLA 5HBCA 3KG2A 3H06B 3IK6B 1DOTA 1LBBA 4IO5A 3T9UA 5CMBA 4AQ4A 4POWA 2PT2A 3TODA 1B58A 4GOTA 4XIGQ 3D4CA 3USDA 2UYFA 1PC3A 4QF9A 4HW8A 3IJXB 4GL8A 4YAHX 3FJMA 2HZKA 3IOWA 3M3KA 4C1TA 3Q26A 5KCJB 5TPAA 2OJTA 4OVJA 1MY2A 5JTYB 2YPNA 3W15C 2HQ0A 3S9NC 5I2NA 2A5TA 3O6GA 2I4BA 5AA2D 4LUBA 2Q88A 1RKMA 3FATA 5BUUA 2DE2A 4FJPA 4G68C 5DVFA 2DVCA 3MVZA 1Y3QA 4BDMA 3EHSA 3HCQA 3PD9A 4U2RA 4X48A 1Y3PA 3CSGA 3QYTA 1PB9A 4FAJA 3FV1A 1IXGA 3ODBA 4GIZA 3M3LA 4H0WA 1EZ9A 5DT6A 1GTKA 2LAOA 3C33A 3HN0A 2V93A 1MH3A 3SERA 1UQWA 3U72A 1NKXA 2OWSA 2AL5A 3K0VA 1GVCA 2DWAA 2Q8JA 3KJ7A 3OENA 1MXWA 1MY3A 4GD5A 4H8JA 2DQVA 4F2QA 1MG1A 1MY1A 4YB7A 2I49A 3RT8A 3T9XB 2I3WA 3OMBA 2H5YA 2O1LA 1SYIA 3C36A 2XD2A 3VVDA 1UTHA 3W9WA 1TFAA 1B5IA 5FHOA 3WAFA 3TTMA 1LAHE 1FTLA 1UIVA 2I0BA 1SD3A 3IOTA 1MDQA 2H25A 4OERA 1A54A 1FW0A 4G68A 3B6WA 5H8QB 1N3WA 3TDJA 4ESXA 2DE4A 5HPQA 4F39A 4Q8RA 3OO7A 3OEKA 3WAEA 1XC1A 1A99A 3KSJA 4NF4B 2H9BA 2R9JA 4MF3A 1NMUA 3H3GA 3MP8A 5DTBA 4I62A 2A5SA 2QS1A 3QAXA 4WEPA 4R6HA 4YICA 4ZEKA 4HCYA 5JEIA 2PMSA 1B3LA 4KR5A 3MVWA 3SEWA 3PMWA 4F3SA 4U4SA 4ECFA 3S9EA 1AL3A 2XX7A 1JEVA 3LC8A 3KOSA 4IB2A 2O51A 4NEDA 2QJEA 4C1UA 3KZGA 3PUWE 1B32A 3CG1A 4KFQA 2WKYA 4GFRA 4ZDMA 1B46A 1SDXA 4POXA 3U92A 2GRVA 4RPNA 1SI0A 4DE8A 1GGGA 2DSFA 2QRYA 2RCBA 4KHZE 4X9TA 3RQTA 3RTWB 4EXLA 1IXCA 1CE2A 2REGA 3ECRA 3HSTA 5FTIA 1B0LA 3FASA 3Q28A 5L8DA 1AMFA 3JZJA 1PEBA 1B3FA 3K6XA 3KGCA 3RGYA 2Q9TA 4R73A 2V3UA 4EF1A 3MVYA 1MPDA 3SEYA 1A8FA 2IEEA 1XVYA 1B40A 2RCAA 4KYDA 4DCXA 2V3QA 3FD3A 1DSNA 1XT8A 1B2HA 3VLVA 1AOVA 3IR1A 1QUIA 5L9MA 4FORA 4JSDA 1USYH 5FHMA 4GF8A 3W9VA 4M1VA 1T0KA 1A40A 3O29A 3FJGA 4JXIA 1OQGA 2UVIA 1TFDA 1N7WA 1AIVA 1JVYA 2XD3A 1IQ7A 3HPIA 2REJA 3CFXA 1CB6A 2RKMA 3MVXA 1OIBA 3IOUA 2O68A 3PPPA 3SEUA 3T66A 1UTBB 3KBRA 1MPBA 2G29A 3RTFB 3H6UA 3ZKKA 2ZYMA 1MM7A 3TZAA 5FHNA 4XKRA 4L17A 4WXJA 2NOOA 3H6TA 3VVEA 5L9SA 4H6DA 4F18A 2Y7KA 3PMVA 5CBRA 1LGBC 2GHAA 4ZE9A 2D3IA 3FVNA 4G4PA 2PX1A 2ONSA 4MFIA 1B7ZA 1FTMA 1Y3NA 3KN8A 4H1XA 1TWYA 3G3GA 2QSXA 2Y7WA 4KCDA 3I3VA 3OSRA 4YU0A 1VFDA 2B3FA 4ND9A 4QFKA 3E3KA 1N7XA 3OOAA 3VE1B 3VLWA 3DP4A 4GXAA 3MP6A 2NVUB 2E1SA 4BDRA 1QUJA 2V84A 5I56A 3GXAA 1Y20A 2VGQA 3MPKA 1B6HA 4QFOA 4RK2A 4MLVA 3TTKA 2XXVA 3A09A 4KD5A 1IXHA 1ZTYA 1SQYA 3PPQA 1MH4A 2M8CA 4NF5A 1EU8A 4DXCA 3PD8A 1IITA 2V3TA 3MWBA 4GL0A 4R2FA 3SEVA 1YAEA 3C34A 5ISUA 4EQBA 4GQOA 4MH5A 3DLNA 4NTLA 4ZEBA 3FUZA 4IO6A 2UVJA 3EF7A 3MPLA 4G8NA 4JWOA 1MQJA 1VSOA 2F35A 3OO6A 4NF5B 4E0XA 3CG3A 3PUYE 2OZZA 4FIMA 2XXTA 3K6VA 1DPEA 4ZS9A 1QKBA 3U94A 5KCJA 1EZOA 3H03A 4KI0E 2BJJX 2QPQA 1PBQA 4LVQA 5K2YA 4QSEA 3OXNA 4RYAA 3L6HA 2H99A 4U23A 4G68B 4F3PA 5AA3A 2F5XA 3IORA 2XXRA 2ZNSA 5AA2B 2Y7RA 4IY5A 5F1QA 5J1DA 1ZBMA 1FQAA 3V5AA 1LBCA 4U1OA 1HSEA 3IB2A 3TFLA 3O66A 1O64A 2Z8EA 4M4GA 4AB6A 4BDOA 5H8NB 1P1OA 3DP8A 1B0HA 1Y1ZA 3G7WA 4ESWA 3UK4A 4QFLA 1IEJA 1ZIUA 3OSQA 1MQDA 1FTKA 2OBGA 3EHTA 3KSXA 3EQ1A 1JW4A 4R6KA 2YJPA 4R9GA 2O1MA 3K1PA 1FTOA 3N94A 1I69A 1SBPA 2ONRA 1FQDA 1SYHA 1ZJLA 2QS2A 3FXQA 2H98A 3LSXA 4H8IA 3I6VA 3O9PA 1I6QA 4N13A 4N6PA 4JWYA 2I0CA 4UACA 3T93B 3KEIA 2P2AA 1MY4A 1XHYA 3DP6A 1MRPA 3PUVE 1UTBA 3RUMA 3TYHA 5IAIA 4KYSA 3GBAA 4K3FA 4OFJA 4U4XA 4BDLA 4YB5A 4EF2A 3C32A 4ZEDA 1LB8A 2IA4A 1D9YA 1OMPA 3FXRA 3H7MA 1EH3A 3OO9A 1JNFA 3MAMA 4YKKA 2XXHA 3R7XA 3CSBA 1GR2A 2DYXA 2Y84A 3MZBA 3PUZE 5TP9A 4IGTA 3C31A 3TKDA 1D3KA 4F3GA 1ZKBA 5JTYA 2RF1A 3AXFA 5TPAB 1A55A 3QUFA 4NWDA 4PFYA 1P1UA 5DVJA 4ZZEA 5KZTA 2GFEA 4NF6B 4TLLB 3O6IA 4H5GA 2O7IA 3VXCA 4DXUA 1QW0A 4OFLA 4R75A 1R9QA 2E0SA 5CMMA 4U21A 5CMKA 3PV0E 1B7HA 4E0WA 3FXUA 2F34A 1MQIA 4LZ7A 4XKQA 2PVUA 1NNTA 4HS7A 5KDTB 2X7PA 2OCUA 1H76A 2GH9A 3QSLA 2DXYA 3HO7A 1FCKA 2Y7IA 3KJTA 4ONYA 1LFGA 4MLQA 1LFHA 4FECA 1WVJA 1PB7A 2THIA 2AIXA 1OVTA 3TUSA 3OO8A 3MJNA 1I6AA 3G3HA 4G8HA 4PETA 5L9OA 4EDPA 1URDA 2XXXA 3ZSFA 1FQEA 2X26A 4R72A 4YKPA 3E4RA 4AB5A 2CZLA 3IJOB 2Z8DA 5H8QA 1B1HA 3QXMA 2Q89A 3IB0A 3K1MA 4OWDA 1B3GA 3DM0A 4PP0A 1DTZA 5ICQA 2OK2A 4KYEA 5A5XB 4NF6A 2A5TB 1MXZA 4OYVA 4ELPA 1M5BA 1MXXA 3F11A 3IO4A 2RC8A 3VDFA 3U93A 3QUJA 1R6ZA 3TTRA 5AA4A 2RINA 4RNSA 2F36A 3TELA 3UP9A 3CR9A 5AE4A 1QJMA 5CBSA 5IKBA 4X1BA 1XVXA 4UA8A 1HSLA 1POTA 4BDNA 3LSWA 1MPCA 4I1DA 4QFNA 5DEXA 4RY1A 5CC2A 1LAXA 3K4UA 1P1NA 4F19A 1Q35A 2UVGA 2DP8A 3V83A 2UVHA 3FVOA 1QKAA 3UA8A 1NH8A 4WKMA 4LQ2A 1F9BA 4ZZAA 4EQ7A 1FQBA 1HSJA 4G8MA 3SETA 1QVSA 3PU5A 1ELJA 4WEDA 4ELQA 3PPOA 4ELOA 3I5OA 1OLAA 4X1DA 1EZPA 4F22A 3DELB 1B3HA 3SKPA 3THIA 3VLUA 3VV5A 3U1OA 5JK4A 4OHNA 2XX9A 4YZZA 5H8HB 5I2NB 4Z7EA 1ZU0A 2O6AA 1I6BA 1MDP1 3O28A 4NF4A 4XKPA 2B3BA 3TAJA 3VFJA 3TCGA 1H43A 5A5XA 1WDNA 3GZGA 4OEVA 1BP5A 1B05A 1B52A 2G93A 2P0SA 3JYRA 1B5JA 1SW5A 4IO4A 3N6TA 3V8XB 4U1ZA 4BDQA 3ZKLA 1QULA 2NWJA 3MUQA 1IIWA 3H4ZA 3FJ7A 4IO7A 1S50A 5CM6A 1R1NA 4TOZA 4RPOA 4LP2B 4XTCQ 2AL4A 3PPNA 3MBPA 1IXIA 3B6TA 4BLAA 2QL3A 1JETA 4OZ9A 2XXPA 1MXVA 2I48A 4GVOA 1A7LA 1B4ZA 2D21A 4ZEFA 2ALUA 3CFZA 3TQWA 2OWTA 1NFTA 5KDTA 1PDAA 5EHMA 5H8FA 3PGFA 1D4NA 1Q1KA 3EN3A 3KFMA 3ZS6A 2HXWA 3M8UA 1US5A 5CRYA 3Q29A 4C0RA 1B7UA 1NNKA 3TPAA 4OESA 4R9FA 5AA1A 1M5CA 3A3UA 4HCWA 4R74A 3KN3A 2GHBA 4PFTA 4THIA 2QMXA 1A8EA 3G3IA 4RA1A 3G3FA 1YCJA 4IY6A 4OETA 4OXVA 4PFUA 3C9HA 4H65A 1B1XA 3G3KA 2HAUA 2ONKE 3ONMA 3MW0A 2PYYA 4ISUA 5DEXB 2XX8A 3TCFA 3E9XA 3LSLA 4P11A 5I59A 1SW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N6UA 4ELRA 4YKJA 3K6WA 1II5A 4ZE8A 4IO2A 4Q30B 3ROJA 3RY3A 2XWIA 1NL5A 3B7DA 4JBZA 4I8CA 2F7AA 1NUWA 3UGWA 4XEQA 1BLFA 5EYGA 2RC7A 5ET8A 5ET5A 3O6HA 4OMBA 1MXUA 2VD3A 4HTGA 4NF8A 5IZ3B 4PGNA 4MBPA 5EQ9A 4O7IA 3S2VA 4XFEA 5I2KB 4GWOA 4U22A 3D4GA 4F3BA 3IX1A 4F1YA 1N04A 5DW8A 1FPBA 3KBZA 2UYEA 3CVGA 3S9LC 1Z7ME 2I6EA 1FBHA 3UIFA 1YXIA 4KXPA 1PB8A 1TXFA 5TU0A 5I2KA 3IOVA 2X7QA 2FNCA 3P7IA 4MAGA 2XXUA 4QSDA 4G2ZA 4JDFA 2QS3A 4AS5A 1IUDA 1NNPA 1LAFE 4ZECA 3K01A 3FV2A 4FATA 3CI8A 2DWIA 2R71A 4NF0A 3EPEA 3PUXE 4BDMA 4Z0IA 3K2DA 5DVIA 1JW5A 1B51A 1JW1A 1WODA 1MY0A 1OQHA 1N84A 3HV1A 4GRKA 1IZ1A 3RLFE 1URGA 4DCYA 3T9HB 2FBPA 1DPPA 2VP1A 5TP9B 4I3YA 3T1BA 4R6YA 1B4HA 3S4UA 4P0IA 2O7UA 1Y4TA 3T9VA 5I58B 2ZMBA 3H6WA 3QK6A 4JVDA 5BWJA 2OLBA 2P3VA 4HE2A 4MCOA 3H6VA 3PPRA 2VHAA 4OENA 5ICTA 3KC0A 1GV8A 2HPGA 2F6PA 5I58A 4N6DA 2HFBA 2HAVA 5HBCA 4NWCA 4PAIA 3KG2A 3IK6B 4POWA 2UYFA 4GL8A 5KCJB 5TPAA 1MY2A 2A5TA 3HCQA 4X48A 4JVIA 4FAJA 1EZ9A 3RPLB 3C33A 1LBVA 3KJ7A 4H8JA 2FVZA 5A5LA 4NN3A 2CZKA 2H5YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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