3SETA

Ni-mediated dimer of maltose-binding protein a216h/k220h by synthetic symmetrization (form i)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA01
4HW8A 2QSXA 3R26A 3RLFE 1SQYA 3CRBA 3OEMA 4H5FA 4U4XA 1MPBA 2REGA 2M8CA 3IJXB 4OEUA 4QSCA 4WEDA 3DP6A 4DE8A 5A5XA 5DT6A 2ZXTA 5HM4B 5CMKA 3THIA 3K2DA 1MS7A 4KHZE 2F78A 4ONYA 4ELPA 4E0XA 3QUFA 1M5DA 4F19A 1H45A 2D5WA 1DTGA 3A3CA 3K00A 4TOZA 4U4SA 4YB5A 3V89B 2Q8JA 2I49A 1Q35A 2ZMBA 1A7LA 5AA2D 1AH5A 1B5IA 3U92A 3H4ZA 3FVGA 1VFDA 1UTBA 3TFLA 3OOAA 4YKKA 3TCGA 4EF2A 5ITOA 4ZE9A 4KCCA 4X1BA 2O7IA 1ZMGA 1TXFA 4EXLA 1URSA 2THIA 1KWHA 3KSXA 3L6GA 2DWIA 3GZGA 4JB7A 4OENA 3SDFA 5CM6A 5I58B 1QJMA 5ELVA 4OZ9A 4YMBA 2NUVA 4GRKA 1I69A 4OETA 1A99A 3H6WA 3FIRA 3U93A 3UK4A 1POTA 2PBWA 3ZS6A 1B05A 2I3VA 2CMOA 5KCJA 4N13A 4GF8A 5A5XB 1MRPA 1MXWA 1NL5A 1UQWA 2XXRA 1NNFA 3KJTA 1DOTA 3H6VA 3IOUA 4I8CA 4LP2B 1POY1 1MDQA 2OWTA 5I2NB 3H6TA 1SW2A 3KSJA 3T9XB 1MM7A 3KEIA 2X7PA 2F7CA 1DPPA 1P1NA 2W7YA 5CC2A 4YB6A 3O6HA 2VD2A 4QRZA 4QSDA 1VFEA 1DMBA 1YCJA 3C33A 1OVTA 3O29A 5JTYB 1QUKA 2ANJA 5TPAB 3UORA 1A54A 4DXUA 3IB0A 1Y9UA 3LSLA 3MPKA 1FTMA 1IZ1A 1NKXA 2BJJX 3TAJA 5L9SA 1MXZA 4Z7EA 4K3FA 2OWSA 4X48A 5DTBA 1LAFE 2UYEA 3RT6B 4I1DA 3MQ9A 4LONB 3WAFA 4HS7A 4OYVA 2V3TA 4FE8A 3IOWA 2Y7KA 3FVOA 3G7WA 3G3GA 1ATGA 4JSOA 4QFPA 4E0WA 2O51A 1Y20A 1MY0A 2OLBA 4O3BA 2PVUA 4FEBA 4X9TA 1WDNA 4POWA 2OCUA 3Q25A 4UACA 3MBPA 4OTEA 5IAIA 3PPRA 5I2KB 5KDTB 4G4PA 4PQJA 1NNKA 2GH9A 4WEPA 2NVUB 2H4IA 1N7WA 5B7DA 4F22A 4RYAA 1N0TA 2F7AA 2PT1A 3IAZA 5I2KA 3MZ1A 3PD9A 4OFOA 1LCFA 2RKMA 4YKIA 5ISUA 2RCAA 2ZYOA 4BDQA 1I6QA 5FHOA 2FNCA 1DPEA 1SYIA 1XVYA 2V93A 4MF3A 1B40A 2V84A 3MC2A 2XXIA 1TWYA 4ZE8A 4POXA 5H8NA 1MXUA 2NXOA 4G8NA 2H98A 1VE4A 3FZVA 2ONRA 3G3KA 4DLDA 4F2OA 1FQCA 1FQFA 1O7TA 3GBAA 3KN8A 2H25A 2O7UA 3QYTA 3G3FA 4NMYA 4R6KA 3EHSA 5H8HA 3VLWA 2H9BA 1SI0A 4G68C 3KG2A 2D21A 1B1XA 3F11A 3PPNA 3PUVE 3HV1A 4PETA 4U23A 1ELJA 3I3VA 4NEDA 3T9UA 4Q8RA 2RF1A 4PFTA 4F31B 1HSEA 2R9JA 3MVXA 2OBGA 1Y1ZA 1PB7A 5F7VA 1PC3A 4R74A 1YAEA 1SI1A 1MQJA 3V5AA 2R6GE 2PX1A 4BDMA 4OQOA 3KFMA 4ELOA 4ZEBA 1HSLA 2F35A 4H6DA 4GL8A 1SD3A 1MDP1 3Q26A 4JSDA 5I56B 5I59A 2F97A 1LFHA 1FW0A 3FUZA 4NF5A 1EZOA 5BUUA 1A8EA 1OLAA 2DVZA 3R6UA 4RNSA 1N7XA 1YPNA 2OJTA 3ZKKA 4EF1A 3S9LC 3O28A 5CMCA 3FV1A 1NNPA 3EHTA 1Y4TA 2QMXA 4OHNA 4F1VA 2AL5A 1PB8A 1IITA 4EQBA 4H67A 3DM0A 4MH5A 3VLUA 5I57A 4AB5A 2Q89A 1IXHA 4DDDA 1B3GA 2Y7WA 4JWXA 4GFRA 3CI8A 4IO6A 3T22A 4OMBA 3OD7A 3EN3A 4NF4B 4LZ7A 4Z0IA 1A55A 4YB7A 4RA1A 4ZZAA 3O66A 3W9WA 3FJ7A 1ANFA 4YICA 3JYRA 3N94A 1OLCA 4H0WA 4G8HA 2PYYA 4G8MA 5FTHA 4P0GA 2QJEA 2XXWA 4GOTA 1NH7A 2ESNA 2FYIA 3FXRA 3EQ1A 3ODBA 3FD3A 5K2XA 2UVJA 1LFGA 1US4A 1Y3QA 4GWOA 2I4CA 2RC8A 4OVJA 4H65A 2A5TA 3OSQA 3DLNA 1SW5A 1UTBB 3IX1A 2F6GA 3VVDA 1AIVA 2Y7IA 5DVIA 1B6HA 1MQIA 1B7UA 3TELA 2Z22A 2B3FA 3ZSFA 1LAGE 5TP9A 1H3DA 1OQHA 2E0SA 1D9VA 2V3UA 1WVJA 2GHAA 1MM6A 2DE4A 3IOVA 2ONKE 3KJ7A 1GTKA 2DS9A 1XOCA 4KR5A 1FTKA 4RPNA 5FHMA 3TMGA 3N6TA 1R9QA 1M5BA 4PP0A 1VR5A 4ECFA 4IO3A 3TEPA 3VXCA 1OQGA 3CR9A 4KYEA 1NNTA 4IO5A 3T9HB 4H8JA 3R7XA 3S4UA 3PPQA 5CBRA 1Z7NE 4QHQA 4O3AA 5H8SA 3Q27A 3MWBA 3W9VA 4HTGA 3S9NC 1UTHA 1D9YA 3FJGA 3PGFA 4F1YA 4F2QA 2ZNSA 3TCHA 2XX8A 3VVFA 5ICQA 2XXXA 4PFWA 1DTZA 4TQUQ 2F7BA 3C35A 3UA8A 1EU8A 1QKBA 3O97A 4R6YA 3K1PA 4U1ZA 1B3HA 1DSNA 2P1SA 3KGCA 3K6VA 1JVYA 4N07A 2F36A 4DZ1A 4IO4A 3I5OA 3LC8A 3QSLA 4U21A 3MPLA 3RUMA 3FASA 3L6HA 4MLVA 4ZEKA 4IO7A 1BKAA 5AE4A 3QAXA 3CVGA 4LATA 4R2FA 1FQDA 1LLSA 4JXIA 4NF5B 5CMBA 4AB6A 3TPAA 4JDFA 4G2ZA 3M3LA 3TCFA 1LBCA 1QULA 3IK6B 3MVYA 3T93B 2XXPA 2RC7A 1S9TA 3OO9A 3CFXA 2PT2A 4NF8A 4BDRA 4H8IA 4N6PA 5AA4B 2QS1A 2REJA 5JTYA 4OWDA 1RKMA 5DYHA 4NF6B 1B32A 3K6WA 3KOTA 1SVXB 1XS5A 3OO7A 2ZNTA 5KDTA 3DELB 1QKAA 3PMXA 1B3FA 3SEYA 3PD8A 1RYXA 3BFUA 3G3HA 1LSTA 3SEXA 3TTMA 2I58A 1JEUA 2HEUA 1NH8A 2I4BA 4I62A 1AMFA 1GVCA 3C36A 3TKDA 3FVKA 4QF9A 3TQWA 1LAXA 5DVFA 4DCYA 2HCAA 4LA9A 2AYSA 4UA8A 3OENA 1M5FA 1MY4A 4EDPA 4OEVA 5AA2A 1AOVA 2RINA 2P0SA 3VV5A 4LUBA 2DP8A 1J1NA 1QUJA 2Y7RA 3SERA 4BLAA 1P1QA 2HZKA 3HCQA 3O6GA 5L9OA 2UVHA 2OK2A 3H06B 3BBRA 3M3FA 1XC1A 3HSTA 3GBBA 5J1DA 2X7QA 4KFQA 4NE4A 2DSFA 5CBSA 3T9VA 3TTKA 2Y7PA 2LAOA 4NWCA 3MJNA 1IEJA 1SW4A 1B1HA 2A5SA 2DWJA 2I0BA 2O6AA 3B6QA 3E3KA 3PPOA 4PFYA 1JW1A 4QFOA 4NF4A 5CRYA 4ZZEA 2ZYKA 5AA3A 5ITPA 3TDJA 4RY1A 3SESA 2DXRA 3UIFA 3FXQA 2RC9A 1PBPA 3A3UA 4ISUA 2ONSA 3A09A 3B6WA 4XIGQ 1T0KA 1BLFA 2XXYA 2XXVA 1ZTYA 1P1UA 4TLLB 4IY6A 1B7HA 1S7YA 2DQVA 2FA7A 4F29A 4ZEDA 1Y4CA 4MBPA 4ZECA 1MG1A 3KN7A 1PB9A 4OXVA 2F34A 3TODA 5CMMA 3MZBA 3IR1A 2YLNA 3MAMA 3GXAA 3S2VA 2DWHA 1FQBA 4DXCA 3IB2A 2Z8FA 4HCWA 5DEXA 3LSXA 3M3KA 5EHMA 5K2YA 4QFNA 3U8QA 4TLMB 3MZ9A 3RTFB 1B5JA 1N04A 3QIMA 4JBZA 3VDFA 1B7ZA 1Y1MA 4C0RA 4R6HA 3MVZA 2QMWA 2Z8DA 3PUWE 1MPDA 1FQEA 3MUQA 4FATA 1XVXA 3G3JA 2UVIA 3UP9A 1ZBMA 4FAJA 4OERA 4U1OA 1B58A 3MW0A 3KZGA 2YJPA 4JWYA 3MP8A 4FIMA 4R73A 5EYFA 3RT8A 3VXBA 5ICTA 5JK4A 3K01A 2ZYMA 3TYHA 4I9DA 5L9MA 1ZLQA 1H43A 1N76A 1AL3A 1P1OA 3OSRA 3GLBA 1MY3A 3ILUB 4NF6A 5TU0A 4KI0E 2DE3A 5DEXB 1SDXA 3K6UA 3SEUA 3FGSA 3VVEA 2DE2A 3P7IA 1MH3A 4YMAA 4LQ2A 4QFLA 3T66A 1SBPA 4C1TA 3H3GA 2XXTA 4KYSA 1D4NA 2H5YA 4BDNA 4DCXA 2G29A 5TP9B 3EF7A 1B0LA 4R72A 4FECA 4FEDA 2GHBA 4LVQA 4XKQA 2ABHA 3OELA 4F3BA 3LR1A 1QUIA 5H8HB 2AL4A 3USDA 1I6AA 3K6XA 4F3PA 4R2BA 1R1NA 2O1MA 3FATA 3K4UA 1P99A 2QS2A 3MVWA 4GQOA 4KPTA 4MFIA 4Q0CA 4GVOA 4RK2A 3D4CA 2ZNUA 5B70A 1SW1A 2QRYA 3TTNA 3IO6A 3IO4A 5M2VA 1LFIA 1ZIUA 4Q5TA 4ZEFA 4OFLA 1URGA 3IB1A 1B46A 4IGRA 1OVBA 2Q2CA 4QSEA 4EQ9A 2B3BA 2GRVA 4NTLA 3V8XB 4AQ4A 1R9LA 3H03A 4ELRA 1OIBA 1VSOA 5HPQA 3SEVA 1MQHA 2DVCA 1IQ7A 2ALUA 2O1LA 3ONMA 1I6BA 5I59B 2QS4A 1JQFA 2HAUA 4BDOA 1B4ZA 2RCBA 1FTJA 1SYHA 1NMUA 4U22A 5LOMA 3EHUA 3CFLA 2HZLA 3H7MA 5DVJA 3VE1B 3B6TA 3TQLA 3O2AA 3TTRA 3CG1A 3ZKLA 1B3LA 2WKYA 4RXLA 2HFBA 1L5TA 3VLVA 4ESWA 1M5CA 2V3QA 1UTHB 1O63A 1O64A 4L17A 1MH4A 1MXXA 3TUSA 3C9HA 4LZ8A 3QXMA 3HHGA 1N3WA 2XD3A 3BKIB 4XKRA 1Y3NA 2NOOA 3E9XA 5I56A 3FVNA 3C32A 2O84X 4GXSB 1MXYA 1R6ZA 2HXWA 1TT1A 3B7DA 3K02A 5EHSA 4C1UA 2B65A 2P2AA 2I6EA 2QL3A 2G93A 1UIVA 3CSBA 3IJOB 4LQ5A 2XXHA 3BFTA 2O68A 5L8DA 4OFJA 4PFUA 3SEWA 5H8NB 3IORA 1IXGA 4P0IA 1IXIA 3CFZA 1B9JA 1ZKBA 3LUYA 3V83A 1NFTA 3MP1A 5H8QB 1LAHE 1JNFA 1LBBA 1LCTA 3DP4A 3E13X 3HN0A 3HPIA 3K0VA 4IB2A 1TFDA 3FJMA 1GGGA 2H99A 3IL1B 3KN3A 4JWOA 3N26A 3PPPA 4BDLA 1RYOA 3K1NA 4WXJA 4F3SA 4EXKA 1N3XA 4XKPA 4F3GA 1LB8A 4LZ5A 4M4GA 4ZS9A 2F8DA 3ECRA 4DIGA 5I57B 4R9GA 3OEKA 1ZU0A 2I0CA 3EPEA 1P1WA 3OO6A 1Q1KA 2VOZA 1JEVA 2OZZA 3AXFA 3SKPA 5I2NA 4QFKA 1USYH 3HO7A 3QK6A 4P11A 2IA4A 4KCDA 4EUOA 1B2HA 3CIJA 1B0HA 2Q9TA 4DXBA 5H8FA 3T96B 3QUJA 3S9MC 4Q30B 1XHYA 1EZ9A 3LSFB 1IUDA 3M8UA 3PUXE 2DOJA 3HHFA 5H8FB 5TPAA 1EZPA 2XX9A 4FJPA 3U94A 4YAHX 2KLFA 1LB9A 4H1XA 4ESXA 1OMPA 1BTJA 4EQ7A 1LGBC 3Q29A 3N6UA 2X26A 1CB6A 4U2RA 1Z7ME 3OXNA 2QPQA 5JEIA 4XXUA 1QVSA 2AIXA 3FV2A 3H6UA 5F1QA 4F1UA 4G77A 2D3IA 2XXQA 3PUYE 3N5LA 2XX7A 3CG3A 4PE5B 1GR2A 3OMBA 3KOSA 3TTLA 3D4GA 3C34A 4R75A 1PEBA 2I3WA 1FTLA 5KCJB 1II5A 4KD5A 1BP5A 1JW4A 3RPWA 3MP6A 3RY3A 4HCYA 3PMVA 2HQ0A 2QS3A 2UXAA 3PU5A 2IEEA 2VGQA 3ILTB 3U72A 5AA4A 1Y3PA 4MLQA 2F5XA 1FQAA 4O3CA 4OESA 5HBCA 2VHAA 1GV8A 2YPNA 4RK9A 3UGWA 1QW0A 4GLIA 1US5A 1USYE 1MQGA 2UYFA 4XKNA 3E4RA 4YKPA 3RGYA 2A5TB 4G68A 3UN6A 2HAVA 2XHDA 1MY2A 1FTOA 3VFJA 1JVXA 2O69A 3PMWA 4IY5A 2NWJA 3W15C 2DXYA 2Y84A 1MPCA 3RNNA 3LBSA 2F6PA 4G68B 1B5HA 5FHNA 5IKBA 3C4MA 3KBRA 2Z23A 4NWDA 5I58A 2DYXA 2XD2A 4M1VA 3DP8A 4IO2A 4RJZA 1H44A 1CE2A 1WODA 2GFEA 4IGTA 4NF8B 4ELQA 3RQTA 1M5EA 4XTCQ 3O9PA 3RTWB 5H8QA 2DWAA 1MXVA 2VD3A 4KYDA 4R9FA 2R71A 4GD5A 3SETA 1MY1A 1URDA 2Q2AA 1EH3A 3FXUA 4GXAA 2XXUA 4H5GA 5FTIA 3Q28A 4FORA 5KZTA 1B4HA 4GL0A 4WKMA 4YKJA 3PV0E 2Z8EA 3U1OA 1BIYA 1FCKA 3K1MA 1MQDA 1XT8A 1B52A 2I48A 2Q88A 4RPOA 1JW5A 1PBQA 1YTVA 1IXCA 1F9BA 3JZJA 2V25A 3G3IA 1A40A 3I6VA 1A8FA 4ZDMA 4X1DA 3WAEA 5BWJA 1TFAA 3TZAA 4ND9A 4YZZA 1D3KA 3PUZE 1UIUA 4THIA 4GIZA 3OO8A 2UVGA 3S9EA 2VP1A 1B3EA 3C31A 3JV9A 4KQPA 3LSWA 4YU0A 1B51A 3CSGA 4ZEIA 3RN8A 5AA2B 1PDAA 1ZJLA 3IOTA 5I84A 2PMSA 1N84A 2ZYNA 1JETA 1IIWA 1HSJA 2E1SA 2CZLA 4F18A 1H76A 1S50A 5CI5A 5AA1A 3O6IA 4F39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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