3TTKA

Crystal structure of apo-spud
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 116
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttkA02
2FNCA 4N6PA 2Z8EA 3FJMA 5FHNA 3D4GA 1PB7A 5AA2B 1BIYA 2DWAA 4BLAA 1B4ZA 1RKMA 5AA2A 2V3TA 4KCCA 4OZ9A 1JEUA 3W9VA 1MM6A 2F97A 2XHDA 1HSJA 3D4CA 4DXUA 3UN6A 3BFTA 1MY2A 2G93A 1MY4A 2XXRA 3IK6B 3TQWA 1DTZA 3TKDA 5DEXB 2I0CA 4C1TA 1CE2A 4EF1A 4Z0IA 2XX9A 3LSXA 2QMXA 4LZ5A 1MXVA 1MY1A 3KN3A 4NF5B 4OHNA 3OD7A 2F6PA 4EXLA 3CVGA 3TCGA 1FTMA 3KBRA 4Q30B 2VOZA 1Z7NE 2A5TB 2I49A 3CR9A 3G3FA 5BWJA 2XXQA 2A5TA 4H8JA 4QSEA 4QFOA 3PPRA 1ZLQA 2X26A 2AYSA 3TZAA 3SDFA 3HV1A 2NUVA 2P2AA 4PFUA 3T9UA 4ZEBA 1I6BA 3CFZA 3CSGA 4FATA 4H67A 3KGCA 3PPNA 1MH4A 3IX1A 1O7TA 1P99A 4JWYA 2NVUB 3Q25A 1GR2A 1MXZA 3K6WA 5F1QA 1POTA 4H5GA 5EYFA 3EF7A 4NTLA 4EQBA 3DP8A 2O84X 3N6TA 2OBGA 3IOUA 2Y7RA 1B7HA 2I4BA 4G68C 3MZBA 4E0XA 2O1MA 3K1MA 3VV5A 1YAEA 5JTYB 5DYHA 1MPBA 4U23A 3T9XB 4WKMA 1AH5A 5JTYA 4XKQA 3MUQA 1B3HA 1DOTA 4MFIA 1YCJA 4EQ7A 4F29A 3LR1A 3MVZA 3FJ7A 3TODA 3C35A 3PU5A 1A54A 2THIA 1LAFE 4QFNA 3T9HB 3I3VA 2DOJA 4G8NA 3T96B 2DQVA 2HEUA 1PB9A 5FTIA 4FORA 1B6HA 1D9YA 2PT2A 4LZ7A 1EZ9A 4THIA 4XTCQ 2DP8A 2ZYNA 2Q9TA 3VFJA 3O6IA 5AA4A 1FTJA 1LLSA 1IUDA 1IXGA 4OMBA 4YKIA 1VFEA 2H4IA 1A8FA 4KR5A 1P1UA 1H45A 1Y4TA 4FIMA 4R2FA 1MXUA 3OSQA 2XXTA 2ZYOA 2XXPA 3PUWE 1NH7A 4OYVA 4ZEDA 3C9HA 1Y3QA 4YKKA 3TTMA 4NWCA 4ND9A 3ONMA 1QUIA 3W9WA 1UIUA 4XKNA 3ZSFA 3CI8A 3UGWA 2F34A 3RGYA 5L8DA 1FW0A 1UQWA 5JK4A 4N07A 1BKAA 4YKPA 2Y7PA 1DPEA 3MP8A 2P1SA 1SW5A 3EHTA 3V5AA 2QS3A 4ZE8A 1TFAA 4KQPA 1MS7A 2V25A 4WXJA 4H65A 3RLFE 1LB9A 5ISUA 4GOTA 3TTKA 4F22A 4NWDA 4HCWA 1TWYA 1SBPA 5AA2D 4F39A 4IO3A 4U4XA 1SD3A 3CIJA 3VXCA 3KN7A 1Q35A 5CM6A 3UP9A 4ZEFA 4OFLA 4LZ8A 3MZ1A 3OMBA 3K4UA 4ZECA 4MLQA 3VVFA 3H6WA 5DVFA 4IB2A 2Y84A 1JW4A 3OOAA 4GRKA 1Y1MA 1JQFA 3IB2A 1H44A 3S9EA 3C34A 4PFTA 4LP2B 3FUZA 4G68B 3K6VA 4GL8A 4G68A 4F3BA 4Q5TA 2G29A 4ZZEA 1IIWA 1D4NA 1OLAA 2F78A 4KCDA 4HCYA 2VHAA 2OWSA 1FTOA 3FXRA 4NE4A 4X9TA 1T0KA 3KOTA 1R9QA 5I57B 1OIBA 3A3UA 3N94A 4KYDA 4U2RA 3TEPA 1I6QA 3C36A 1MM7A 2REJA 1EZOA 2PMSA 4PETA 4HW8A 3C33A 1FQAA 1PEBA 1LBCA 3TAJA 2Q89A 3I5OA 2DE3A 1FQFA 2A5SA 1NMUA 3G3GA 4XXUA 3FV1A 1HSEA 1S7YA 3OEKA 3T93B 4RPOA 4R74A 2PYYA 4OEVA 4JXIA 4BDQA 4KI0E 2XXVA 3O9PA 5L9OA 4LUBA 4EQ9A 2O68A 1XT8A 2QRYA 3QIMA 3IORA 3DP6A 4FAJA 4NF8A 2QJEA 3VE1B 5H8NB 3H06B 5AA1A 4IO5A 1MXYA 1B3FA 3Q28A 1ATGA 5H8NA 2I4CA 3OO9A 1MQJA 3TFLA 2NOOA 5I2KA 4IY5A 4P11A 2HXWA 4YMAA 3WAFA 3IOVA 4F1VA 2ZYMA 1URSA 4ZEKA 2XD3A 4R72A 3BFUA 4LQ2A 1SW4A 1A40A 4PQJA 3IJXB 2NWJA 4PFWA 3DP4A 5HPQA 1B2HA 1A55A 3RN8A 5I59B 1QW0A 1MRPA 4N13A 5H8HB 3IOTA 4TOZA 5H8HA 4H5FA 4RPNA 5IKBA 1NNKA 3G3KA 3IB1A 3MZ9A 2OLBA 1I6AA 1LFIA 3EN3A 4ECFA 2F7BA 5CMCA 4GFRA 2DWJA 3IJOB 3S4UA 5BUUA 4F3PA 1IITA 3QAXA 3OSRA 3PD8A 4AB6A 2UVHA 3UIFA 1S9TA 4YB5A 5K2XA 4JWOA 2XX8A 3LBSA 3C32A 3WAEA 4X1DA 1MQGA 3L6GA 4JSOA 1I69A 2VD3A 3MP6A 4FJPA 3V89B 1H3DA 3SEVA 1B58A 3PV0E 4LQ5A 1VSOA 3I6VA 4NF6B 5I2NB 2QS4A 4R2BA 2VD2A 5CBRA 2OCUA 1QKBA 3PUVE 5CMKA 4NF6A 2GRVA 3K02A 3FATA 5DVIA 4Z7EA 1NNPA 2H99A 1B9JA 4OQOA 3PPOA 4O3AA 4QRZA 3TELA 1A7LA 5JEIA 1B7ZA 2HAUA 5DEXA 3JZJA 1NKXA 3K2DA 3TCHA 4FECA 2DWIA 3FXUA 2I6EA 1QJMA 2UYFA 1B46A 4NF5A 3MQ9A 2YPNA 2B3FA 5H8FB 3CSBA 2Z8DA 1XVXA 3EHUA 3VLVA 3KZGA 2F7CA 3O28A 5EHSA 3FGSA 4ELRA 1MDP1 1OVTA 5FHMA 1M5CA 3MC2A 4YKJA 4LA9A 2ZMBA 2O1LA 1EH3A 2B3BA 3PMXA 4AB5A 3RUMA 3UK4A 3CG3A 3G3JA 2ONRA 4QF9A 2CZLA 1MY0A 2DS9A 3E9XA 3QSLA 1AMFA 1IXIA 4R9FA 1F9BA 3FVGA 1B3GA 2DE2A 3MVWA 3OXNA 1KWHA 4XKPA 3QUFA 3EPEA 4ELQA 1SDXA 1N3XA 3PUXE 4O3CA 3HHGA 5EHMA 4ESXA 1URDA 1YTVA 4YU0A 4M1VA 4R6KA 4M4GA 5AA3A 4TQUQ 5I56B 1QKAA 4LONB 3UORA 3T22A 5I56A 1XOCA 1TT1A 1B3EA 4NF4B 1FTKA 2AL4A 5ICTA 2VGQA 1SI0A 3E4RA 1B40A 1B1HA 4IO2A 1N0TA 4H8IA 1SI1A 1IEJA 3H6TA 4F1YA 4ZE9A 3ECRA 3LSFB 1GGGA 1EU8A 1S50A 2DVZA 3RTFB 3DM0A 3KFMA 5B70A 4DE8A 4I9DA 3FIRA 1ZIUA 2W7YA 3N6UA 4U1ZA 2GFEA 1B0LA 2BJJX 5F7VA 3LSLA 3RQTA 2P0SA 3H3GA 2ZNSA 5TP9B 2PBWA 4WEDA 4JBZA 3GXAA 2DWHA 3H6VA 3MAMA 4IO7A 1MPDA 2ONKE 2O6AA 4GIZA 3K1PA 3C4MA 1B52A 2ZXTA 4F3SA 4RK9A 4HS7A 3C31A 4ISUA 1P1QA 1DPPA 2UVGA 4IY6A 2RF1A 1M5EA 4JDFA 4FEDA 2M8CA 1N04A 1UIVA 2FYIA 3BKIB 1OMPA 3EQ1A 4YICA 1Y3PA 5CMMA 3VDFA 2Z23A 2R71A 4QFKA 4P0GA 3E13X 5M2VA 3PUYE 1IZ1A 3DELB 4QHQA 3LUYA 3RT8A 1D3KA 3M3FA 3M8UA 3FVNA 3S9NC 3MJNA 2HZLA 1M5FA 3GBBA 1Y1ZA 4BDRA 1IQ7A 2O51A 1DSNA 1LB8A 3U93A 1PDAA 4U22A 3G7WA 2D21A 3VLWA 3VLUA 2R6GE 4BDLA 2ZNUA 4QFLA 4BDMA 2DSFA 1ELJA 1Y9UA 2Q2CA 1R9LA 3V83A 1B0HA 2D5WA 1MDQA 4GQOA 3KJ7A 1ZU0A 1XS5A 2F36A 2QS1A 3SETA 1WDNA 1VFDA 3IB0A 3TTNA 4ZS9A 3K00A 4GLIA 3KOSA 1BTJA 1ZJLA 5DVJA 1JETA 3SKPA 2XXUA 1N84A 3R7XA 4GF8A 5I57A 3OO8A 4EUOA 3PPPA 2ESNA 4ZDMA 1IXCA 4OWDA 1MXXA 2YJPA 3O29A 1FQDA 3B6TA 2OJTA 3KG2A 1ZMGA 1P1NA 2F6GA 2ALUA 2I0BA 3QK6A 4DZ1A 1B1XA 4DDDA 3Q29A 4ESWA 1RYXA 1LAXA 2B65A 3FZVA 3HHFA 1VR5A 1YPNA 1MQDA 4RY1A 2XXYA 3FJGA 1NFTA 1FQBA 3ZKLA 1LAGE 3O6HA 2AL5A 4RXLA 1DTGA 3JV9A 1NH8A 3LC8A 4IGRA 4U4SA 5A5XB 3TPAA 1Y3NA 2O7UA 3MWBA 4DXBA 5B7DA 1RYOA 3IO4A 1MH3A 1A8EA 5CI5A 1JVXA 4FE8A 2H9BA 2XXWA 3K1NA 1UTHB 4NMYA 2IEEA 2XXXA 4PP0A 4OFOA 1UTHA 1PB8A 4F2OA 3B7DA 2V3UA 2DXRA 3KSJA 1WODA 2RC9A 2REGA 2I58A 4ELPA 5I59A 4DLDA 3JYRA 4MLVA 2Q8JA 1N76A 3PMVA 3TTLA 4YB6A 3A3CA 2DYXA 1JNFA 2RINA 4GL0A 4H6DA 3S9MC 2CMOA 4F3GA 2OWTA 5FTHA 1M5BA 4EF2A 1AIVA 3S9LC 1LGBC 3O6GA 4IO4A 4TLLB 4DCXA 4I62A 3GBAA 3TMGA 1CB6A 4IGTA 3PUZE 3UA8A 5H8QB 5ITPA 5HM4B 4RNSA 3BBRA 5LOMA 1DMBA 1AOVA 2ONSA 5L9MA 4QFPA 5ITOA 3PPQA 5HBCA 4KYSA 2NXOA 2FA7A 3MVXA 4P0IA 1J1NA 5J1DA 3H03A 5I58B 4POWA 2H25A 2QSXA 2HCAA 2H5YA 4U21A 5CRYA 3USDA 1LAHE 3RPWA 5I2NA 2DXYA 2HAVA 3SEUA 3RTWB 4IO6A 1OVBA 3MPLA 2F8DA 4OVJA 2UXAA 4C1UA 5CMBA 4G8MA 1Y4CA 1Q1KA 2Y7KA 4YZZA 1LCTA 1AL3A 4I8CA 1PC3A 1O64A 4G2ZA 1NNTA 5KCJB 5ELVA 1MXWA 1PBPA 1GV8A 5H8FA 5KCJA 4F31B 1N7XA 4EXKA 2RCAA 1ANFA 1ZTYA 2XXIA 3VVEA 1BP5A 1B5HA 1QULA 2F7AA 3IAZA 5DTBA 2ZNTA 4YMBA 4XIGQ 3DLNA 4QSCA 3TUSA 4GXAA 2ZYKA 2QMWA 1EZPA 2V93A 1B7UA 3R26A 2I3WA 3PD9A 2YLNA 1NL5A 5FHOA 3HN0A 3GZGA 1M5DA 5AE4A 1NNFA 3A09A 2GH9A 1US5A 3SEYA 3H6UA 3K6UA 4X48A 4OTEA 4ELOA 2UVIA 1JEVA 4HTGA 4RJZA 1UTBB 2PVUA 4TLMB 3O2AA 4JSDA 3O97A 3TYHA 2O7IA 1UTBA 4O3BA 2E0SA 3IL1B 1JVYA 3TQLA 1N3WA 4NF4A 2V84A 3CRBA 3H7MA 1P1OA 1QVSA 1B3LA 5KDTB 2I3VA 1LFHA 4GXSB 2H98A 1B5JA 1Z7ME 2F5XA 4R75A 5KDTA 4RA1A 4OETA 3FASA 3VVDA 4Q0CA 4YB7A 3ODBA 5L9SA 1OLCA 1B4HA 3G3HA 4OXVA 4FEBA 4L17A 1QUJA 1URGA 3P7IA 5AA4B 3KN8A 1R1NA 1JW1A 4NEDA 2PT1A 4MBPA 3ILUB 1R6ZA 1B5IA 4POXA 1B32A 1Y20A 4LATA 2QL3A 3B6WA 3FVOA 5TU0A 2PX1A 3ILTB 2X7PA 4R6HA 1LCFA 4DCYA 5TP9A 3FD3A 1SW1A 4KYEA 4GD5A 4F18A 3B6QA 3Q27A 3HO7A 4QSDA 1VE4A 5ICQA 3FXQA 3PGFA 2XD2A 3RY3A 4MF3A 1SVXB 2DVCA 2Y7WA 4RYAA 3ZS6A 4F1UA 2UVJA 2HQ0A 3MW0A 4LVQA 3IR1A 3H4ZA 4MH5A 1ZBMA 1FQEA 3TTRA 4I1DA 1LFGA 1O63A 1L5TA 1HSLA 4Q8RA 3K0VA 3O66A 2ABHA 4KFQA 1MPCA 3QUJA 3THIA 3HSTA 4ZEIA 1QUKA 1FTLA 1IXHA 5DT6A 1OQGA 2E1SA 3FV2A 2R9JA 5K2YA 2RC7A 3U8QA 2Q88A 1GVCA 3HPIA 1USYE 2RKMA 1GTKA 2GHAA 3M3LA 4OERA 3U92A 2HZKA 1MQIA 4X1BA 3MBPA 3MP1A 1ZKBA 3KJTA 4ONYA 1P1WA 3U1OA 2AIXA 3VXBA 4F2QA 4OEUA 4AQ4A 4BDOA 2OK2A 2Y7IA 3L6HA 2RCBA 5H8SA 3EHSA 4PE5B 1OQHA 4GWOA 3TCFA 1B05A 4DXCA 1BLFA 2F35A 2XXHA 4G77A 5CC2A 3FVKA 4JB7A 2ANJA 2Z8FA 1H43A 1US4A 4BDNA 2O69A 3OENA 3CG1A 4K3FA 3T66A 4R73A 3W15C 3TDJA 4RK2A 1USYH 3IO6A 3MVYA 4DIGA 4GVOA 3OELA 1D9VA 2QS2A 4PFYA 3MPKA 3R6UA 1SYIA 2X7QA 1POY1 4KPTA 3S2VA 3T9VA 3OO7A 4C0RA 3LSWA 2DE4A 4ZZAA 2RC8A 3U72A 2VP1A 3V8XB 4E0WA 3M3KA 3E3KA 3G3IA 5A5XA 4NF8B 3HCQA 3IOWA 4JWXA 4EDPA 1TFDA 1PBQA 2WKYA 3U94A 4XKRA 3RT6B 3ZKKA 1MQHA 5I2KB 2Z22A 4H0WA 3KSXA 5I84A 2V3QA 3KEIA 1XC1A 3GLBA 3CFXA 2XX7A 3OEMA 2I48A 5TPAB 3OO6A 4KHZE 4U1OA 4KD5A 2D3IA 3K01A 3QXMA 1H76A 5TPAA 2LAOA 4H1XA 1MG1A 1SQYA 1LBBA 1XVYA 4OFJA 3PMWA 1II5A 1B51A 1N7WA 4G8HA 5CBSA 1TXFA 3Q26A 4OENA 3CFLA 2HFBA 3N26A 2QPQA 3SESA 2IA4A 3K6XA 3SEXA 1A99A 2OZZA 2Q2AA 3SEWA 3RNNA 4UACA 3F11A 1FQCA 1WVJA 1MY3A 2GHBA 4OESA 4G4PA 3N5LA 1SYHA 2UYEA 4R6YA 3AXFA 5KZTA 1JW5A 5H8QA 5IAIA 4WEPA 3QYTA 4R9GA 4UA8A 1LSTA 3SERA 2KLFA 4F19A 1XHYA 1SW2A 4YAHX 1FCKA 5I58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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